自正月吴军由岳州撤退，湖南战场形势为之一巨变：各处吴军不守，闻风即逃，其势如退潮，在不到两个月的时间里，自北而南，吴军毫不停歇地向后退去，清军马不停蹄地尾随紧紧追逐，几乎是兵不血刃，追到一处，得一处。于是，在湖南的广阔战场上，出现了一种战争的奇观景象：一方铁骑如云，玉轴相接，似狂潮奔腾，似疾风骤雨，滚滚向前，席卷而来；一方丢盔卸甲，溃不成军，急急如丧家之犬，狂奔逃命。造成这种局面，其基本原因是吴军失去统一指挥，将帅们已完全丧失战斗意志，无心抵抗，清军未到，率先逃跑。至三月间，吴国贵、马宝、夏国相弃衡州出逃，奔永州(零陵)，被穆占部击败，逃向新宁(今仍名)，再逃至湖南的西南部、接近贵州的武冈(今仍名)，暂获喘息，驻扎下来。清军取永州后，南下取永明(江永)、道州(道县)、江华(永明东南侧)、东安(今东安南)等县城。
吴应期、胡国柱、王绪等经长沙一口气逃到辰州，安营扎寨，依险据守。到这时，除了辰州、武冈、新宁，湖南绝大部分地区都被清军占领。
残留在辰州等地的吴军处境极为狼狈而艰难，据清兵于四月末侦探报告，逃到辰州的吴军不下万人，大部分兵士无甲，看军势，“比往日在澧州、衡州之军势冷淡极矣”。仅有窝统四五千，在此之前，所拥有的大炮、鸟机、兴隆等炮都丢弃了。“军饷全无”，新从云南发来两船金子，每名军士该给银五两，折金子才四分几厘，买酒买肉都不够用。差城中文武官下乡买粮，只能买到三五十石，没有买过上百石的。每名军士给谷二斗，不够吃。又据清朝方面侦探，“贼兵全是黔蜀土司为之窃用”。他们粮饷不足，特别是从云贵征来的苗瑶士兵大为不满，甚至怨恨。每天夜里，几十人、上百人逃跑了，都说：“大兵(指清兵)一到，不过一走。”吴国贵、马宝等诸将每天愁眉苦脸，叹息不已。马宝曾同胡国柱等人议事，说：如支撑不住，只管扯回铁索桥据守，他同几个将军横冲直走任何地方。军中将士都怨恨吴应期“将岳州大门打开”，以致清军势大难敌，吴军不断败逃。以上见《明清史料》丁编第10本，955页。
又据清兵侦探于五月二日进一步探明吴军驻守辰州地区的兵力部署情况：从界亭驿(辰龙关附近)往下，至神龙关，有吴军守关，其背后郭家溪有军埋伏。在辰州坪，有将军王惠带兵二千余人，扎有木城；在清捷铺，有将军巴养元带兵二千余人，周围挖有马堑；在惠姚铺，有吴应期自领兵二千余人；在辰州府城有姓赵的将军带兵二千多人，驻扎西关。胡国柱住在城内，往来办理粮草。在水路，白溶(应为“北溶”，白、北两字音近)渡口驻有祖述舜将军所领三千余人镇守。至五月二十四日，又增加了王将军所领两千人，把守青浪地方。还有姓柳和姓周的两总兵带水军三千多人，有战船八十三艘，在青浪停泊。《明清史料》丁编第10本，956页。
吴应朝等在以上城镇驻兵，皆在辰龙关到辰州之间，各据险要固守，陆续集结溃散吴军，已达一万三千余人。吴应期等决意在此固守，企图阻止清军进入云贵。辰州(沅陵)临近贵州和四川，位沅江之畔，由水路和陆路直通贵州。特别是辰龙关“乃通云贵的孔道”，此关一带，山势险峻，林木森密，人行不易，骑兵不能成列。辰龙关为辰州的门户，不破此关，也就不能通过辰州。还在三月间，勒尔锦部已至辰龙关附近，但见群山林立，林深路险，不敢进兵，畏缩不前，又赶上雨季，便以种种借口，“急行退还”，因而使吴军得以从容部署
，构筑防御工事，在此稳定了局面。圣祖对勒尔锦和他派遣取辰州的将领非常不满，给予严厉申斥。《平定三逆方略》，卷44，11~12页。从五月七日到二十四日，清谍工又进行侦察，所报吴军人数比前次侦察时有所减少，可能是兵士不断逃亡所致。《明清史料》丁编第10本，957页。
迟至七月，清兵仍没有进攻辰州。大将军简亲王喇布指挥下的清军，在辰州南的武冈(今仍名)，向据守的吴军发动了强大的进攻。异军骁将吴国贵率残部二万余人与清军对抗。喇布派穆占及其所部于八月一日先取新宁县，然后与大将军安亲王岳乐合军攻武冈、枫木岭等处。他们知道吴国贵是一劲敌，不敢轻视，特集结优势兵力：岳乐率每佐领各十一人、绿旗兵一万人，约计一万五千人，简亲王喇布所部也不下二万人，合计近四万。激战在枫木岭隘口展开。吴军尚有战斗力，没有溃退，而是迎战上前，拼力厮杀。新降的林兴珠与提督赵国祚等将熟知吴军内情，他们亲率清军奋击，击败了吴军。在枪炮互相轰击中，吴国贵误中冷炮，当即倒在血泊里。吴军一看主帅身亡，弃武冈而逃。固山贝子“定远平寇大将军”章泰(岳乐已调回京师，其职务由章泰接任)等率所部追到木瓜桥，再败吴军。武冈、枫木岭随之而下。《平定三逆方略》，卷46，10页。
继武冈战役后，辰州的战役也相继开始。从辰龙关至辰州，再至辰溪(今仍名，在辰州南)，吴军沿沅江分水陆两路固守。胡国柱原守辰州，不久又改调到辰溪驻守，吴应期仍驻辰州灰窑铺，其他将领杨有录、周祯、杨宝荫、祖述舜等各率所部占据要地。为了迷惑清军，他们每天都变动驻守地，“迁移不定”。吴军逃亡情况严重，有的营地的兵士几乎逃尽了。《明清史料》丁编第10本，962页。
清军夺取了武冈，截断了辰龙关的后路，吴军更加惊慌。
康熙十九年(1680年)初，大将军察尼向辰州发动了进攻。他指挥清军从间道袭破辰龙关，于三月十三日抵辰州城下，吴军不守，争先逃窜，知府傅祖录献城投降。守辰州地区的吴将帅都放下武器，各率所部投顺。《平定三逆方略》，卷46，10页。计有：
“援剿右将军”杨宝荫标下军官28员、兵士1 531名；
“定北将军”杨有录标下副将许龙、石恩2员、兵士1 961名；
“亲军后将军”祖述舜标下五营总兵官肖伏成、尹宗儒、何可量、柳应春、库大有等5员、“戎旗”副将石虎、“援剿总兵官”侯登甲等所部兵士共2 146名，还有游击、守备官舒明申等44员、千总和把总共17员；
“水师左将军”周珍标下“戎旗右营”参将陈长、中营领兵都司陈贵、左营游击郑昉、右营游击吴际圣等“食俸领兵官”39员、“食全俸随征官”96员、候补文职兵备道周其泽等8员，总共军官143员、兵士3 060名、家属1 254名；
水师“右将军”标下中营副将吕贵原带随征都司、守备陈灿等3员、兵627名；
辰州总兵张敬先标下参将郭海龙带兵950名；
辰州水师副将刘顺等带兵400名。
以上，各级军官294员、兵士11 201名。《明清史料》丁编第10本，982页。辰州不战而降，吴军损失之重，于此可见一斑。
清军得了辰州，继续向南进军，攻破了沅州(芷江)，吴应期、胡国柱等败走贵阳。“枫木岭、辰龙关一经开辟，则滇、黔势同破竹。”《明清史料》丁编第10本，979页。通路已经打开，清军便势无阻挡地直取云贵了。
湖南全境恢复，吴军残部都已溃退到云贵去了。清军的下一个战略目标，立即指向了云贵！
在扫荡湖南残余吴军，追逐吴应期、胡国柱之际，圣祖料到了四川叛军必然闻风震慑，便不失时机地发动了对四川叛军的总攻击。
对四川的总攻是从兴安、汉中开始的。康熙十八年(1679年)六月二十五日，圣祖敕大将军图海速取兴安，平定四川。八月，图海分四路进兵：图海与将军佛尼勒由兴安出击，总兵官程福亮为后援，驻守旧县关等处；将军必力克图、提督孙思克由略阳进兵，西宁总兵官朱衣客为后援，驻守西河等地；将军王进宝、汉中总兵官费雅达等由栈道进，延绥总兵官高孟为后援，驻守宝鸡；宁夏提督赵良栋等由徽州经巴都山进兵。图海请定于九月四日四路并进，后改为十月初二日，先取汉中，圣祖则命将军噶尔汉等自郧阳进取兴安。《平定三逆方略》，卷46，11~12页。
张勇、王进宝、赵良栋这三员汉将，已经威镇西北，所部绿旗兵皆精锐。圣祖把最难征剿的四川交付他们去攻取，并让他们打头阵，满洲兵继其后而进。圣祖在给张勇的敕谕中说得很明白：“自古汉人逆乱，亦惟以汉人剿平，彼时岂有满兵助战哉！”《平定三逆方略》，卷47，15页。他用的还是入关前清太宗所定“以汉攻汉”的政策，让强健敢战的陕西汉将士去平定四川，而满兵仅是“助战”。
早在进剿四川及武冈、辰州前，圣祖曾给三桂的核心人物王屏藩、胡国柱、马宝、郭壮图、夏国相、吴应期等人各写了招抚的谕旨。圣祖强调：“背恩反叛之罪在吴三桂”，你们都是“附和之人”。朝廷愿意赦免和保全你们，同他人一样“论功录用”，条件是必须归顺，接受清朝的名号。《平定三逆方略》，卷47，17~18页。圣祖想错了，王屏藩这些人非同他人可比，他们与三桂结成了密不可分的联盟，在反清的根本立场上完全一致，采取了毫不妥协的态度。即使三桂已死，他们始终坚持到底，直至彻底失败而罢休！他们不投降，圣祖的
政策是，那就把他们全部消灭！
在图海的统率下，清兵冒着寒冷，四路并进。王屏藩拥众数万于兴安、汉中等地，实力相当雄厚，吴之茂据守松藩(今仍名)地区。十月下旬，王进宝部克武关，二十七日追剿叛军，直抵汉中。王屏藩引兵从青石关撤往广元。清兵收复汉中府。《平定三逆方略》，卷48，3页。赵良栋部恢复徽州，败叛军于巴都山，收取略阳。圣祖催令湖广提督徐治都率舟师溯江而上，直取重庆，又增派总督杨茂勋与徐会师，协力进剿。不久，图海报告，清军收复兴安，吴军总兵王永世率众献城降。
平定兴安、汉中后，圣祖马上发出命令，诸路兵马进川作战，特授提督赵良栋为“勇略将军”，以重事权。
康熙十九年一月初，赵良栋率一万一千人，直逼成都，而王进宝已于去年十二月分兵三路，进逼保宁。两将军一路势如破竹，进展迅速。良栋部于八日至绵竹，叛军“劲武将军”汪文元迎降。十一日，至成都郊区，叛军巡抚张文德率文武官员二百余人迎降，清兵入城。王进宝一路遇到了叛军的顽强抵抗。王屏藩、吴之茂、陈君极等人都坐镇保宁。王进宝部进至保宁城二十里地方，占据孔道安营。正月十三日，王屏藩出动二万余人向清军进攻。进宝分兵迎战，大败叛军，追至锦屏山，破叛军营垒四座。叛军退至宝桥，清兵再次发起攻击，夺桥斩关，一拥而入城。王屏藩和他的将军陈君极走投无路，自缢身死。其余如吴之茂等三人及总兵郭天春等十七名将官被活捉。圣祖命将王屏藩、陈君极的头割下，并同被俘的吴之茂、韩晋卿、张起龙等首要人物解送北京。《平定三逆方略》，卷50，6页。
三月，这一行囚犯押解至京，圣祖马上作了处理：将吴之茂、韩晋卿立即凌迟处死，割下首级，与王屏藩、陈君极的首级一起悬挂城门示众。张起龙原为三桂旗下属员，圣祖赦免一死，命他赴云贵招抚，以赎其死罪。《平定三逆方略》，卷51，6页。
再说四川的战事。继克保宁之后，王进宝部于同年正月十八日抵顺庆(南充)，叛军知府彭天寿携众出降。于是，蓬州、广安州、合州、西充、岳池、营山、渠县、邻水、仪陇、遂宁、蓬溪诸州县相继而定。《平定三逆方略》，卷50，10页。
提督徐治都部也取得了重大进展。康熙十九年二月一日，恢复夔州，守将刘之卫、总兵瞿洪升等出降。十三日，据守云阳的谭洪以及“左将军”谭天秘到徐治都军门投降。《平定三逆方略》，卷50，11页。十六日，另一部清军至重庆，没经战斗，守城文武将吏出城迎降，达州、东乡、太平、新宁、南江、安岳等州县随之而降清。叛军将领杨来嘉、彭时亨等各派人至清营缴印投诚。《平定三逆方略》，卷51，1页。
四川号称天险，山峻谷深，道路阻断，进兵不易，出兵亦难。因此，圣祖将四川叛军暂置不理，先突破陕西与江西、福建两翼，然后倾全力突击湖南，待湖南全境将要恢复，就命将率师入川。趁此清兵大胜，吴军败亡的有利形势，一举收复兴安、汉中，再深入川中，除个别地方遇到抵抗，所到即降。当王屏藩等被迫自杀、吴之茂等被捉，四川一省全入清军掌握之中。清朝重新占有四川，给八旗兵进云贵又提供了一大方便条件。于是，清兵从西南包抄云贵。
十九、吴氏灭族
据守湖南的吴军像大海退潮一样，退到云贵去了，蜷缩在陕西兴安、汉中及四川一隅的叛军也在很短的时间里，被势如狂潮的清军扫荡干净。现在，清军攻击的目标，很自然便转向了云、贵，对三桂的继承人——吴世璠的政权来说，其存亡仅在指顾之间。然而，世璠和他的辅政将吏并不甘心束手就擒，他们还要战斗下去。一场争夺与坚守云贵的最后决战即将展开。当清军分别在湖南、四川、广西等省胜利进军时，圣祖就决策进兵云贵，并着手进行军事部署。
康熙十九年(1680年)三月，将军赵良栋奏请以湖广、广西、四川满汉大军分三路进取云贵，约期八月底，诸路齐进，直捣云南。圣祖接受建议，立即按此选将命官，调遣军队。
夺取云贵，是清朝平叛的最后的也是关键的一战，朝廷已估计到必然会遭到世璠集团的拼命抵抗，如仍依靠皇室贵胄统帅军队，很难完成这一战略任务。鉴于以往一些将帅征战不利，还有的统帅如贝勒尚善、莽依图已先后病故于军中。这样，为夺取这场战争的最后胜利，必须对原将帅进行调整，慎重选用新的统帅。因此圣祖下令，将安亲王岳乐、顺承郡王勒尔锦、康亲王杰书、察尼等王贝勒都解任，调回北京。他们曾分任湖广、荆州、浙江、陕西等方面军的统帅，多以征战不利，屡遭圣祖痛斥。回京后，勒尔锦、察尼及已故的尚善等王贝勒及其有关的一批将领都受到了严厉处分。《平定三逆方略》，卷55，1~4页。
圣祖把这些人撤下来以后，马上选拔新的将领，担任三路大军的统帅，他们是：
第一路即中路，统帅为“定远平寇大将军”贝子章泰。他是饶余亲王阿巴泰之孙、博和托之子。顺治八年(1651年)封镇国公，同年晋封固山贝子。九年，袭父爵，仍为贝子。吴三桂叛后，随大将军贝勒尚善，参赞军务，以敢战善计谋屡立战功。康熙十八年十一月，圣祖命安亲王岳乐解印回京，即以章泰接替岳乐，命为“定远平寇大将军”《八旗通志·章泰传》(初集)卷138，3653~3654页。。将岳乐撤下后，由他接任这一职务。其次是湖广总督蔡毓荣，于康熙十八年十二月被任命为“绥远将军”，总辖常德、武冈等处所有各省调拨官兵及湖广全省绿旗兵马。总督董卫国、周有德、提督桑额、赵赖、周卜世，俱听其节制。湖南现有文武官员听其遴选，携赴军前调用。有功者，可“具疏奏闻”，论功行赏；如有临阵退缩、运粮违误者，副将、知府以下各官“即以军法从事”，副将以上各官，“可指名飞章参劾”《平定三逆方略》，卷49，1~2页。。此路大军都到湖南沅州集结，由镇远一路取贵州。总计兵数，“每佐领二十人有奇”，再加上蔡毓荣及董卫国等总督及提督所部，兵数“甚多”《平定三逆方略》，卷51，11~12页。。
第二路统帅为赖塔，他是太祖时额驸康果礼第四子。三桂叛时，他以都统被授为“平南将军”，先至浙江平叛，后至福建、广东等沿海地区驻防，屡次立下战功，为圣祖所赏识，于康熙十九年(1680年)九月授为“征南大将军”，统领广西满汉大军及选取驻广州清军精锐、原属平南王藩下的部分官兵，由广西南宁出师，速取云南。《平定三逆方略》，卷54，5~6页，参见《八旗通志·赖塔传》，卷152，3870~3871页。
第三路统帅为“勇略将军”赵良栋。他以“勇略茂著，操行廉洁”，深得圣祖的欢心，于康熙十九年正月末，授予云贵总督仍兼将军，统领四川与陕西满汉及绿旗兵，由四川分两路进兵，先取遵义，后进贵州。《平定三逆方略》，卷52，12页，卷53，2页。
每路兵力多少，三路大军总兵力有多少，圣祖在调兵时必有明确的指示，但官书如《清实录》、《平定三逆方略》等均不载。迟至康熙五十九年正月，圣祖在对议政大臣的谈话中，忆及往事，才透露出当年的用兵数，据他说，“征讨云南时，满汉官兵合计40余万”《清圣祖实录》，卷287，2页。！估计当时清朝在全国的兵力近百万。据顺治年间官方统计，绿旗兵已达60余万，如加上八旗兵，当不少于百万。圣祖动员了全国一半左右的兵力倾注于云南一隅之地，其意必欲踏平世璠固守下的昆明！在这40余万的清军中，当然还应包括为战争服务的军役人员，如转运粮饷及其他辅助性的非战斗人员。不管怎么说，圣祖动用如此之多的兵力，实为可观。在此之前，各个战场上的清军总数远不止40万。因为在部署进攻云贵时，圣祖已裁撤了部分满洲兵，把大部分蒙古兵、乌拉(吉林)、宁古塔兵都撤回去了。康熙十八年六月；一次就决定驻防常德的蒙古兵400余人、在澧州的2 300余人、松滋、宜都两处共500人、荆州的2 000余人，驻岳州的600人一并撤还。再有，驻全州、永州的蒙古兵1 700余人亦撤还。在新宁等处还有乌拉、宁古塔兵1 200余人，待破除新宁叛军后即行撤还。《平定三逆方略》，卷45，13~14页。生活在北方和东北地区的蒙古兵、乌拉与宁古塔兵不耐南方湿热的气候，把他们长久地留在南方，是不适宜的，而且云贵山多峻岭，沟谷纵横，专事骑射的蒙古和宁古塔兵无法发挥其长技。所以，在对云贵的战斗中，他们的作用就显得不足了。这次进征云贵，圣祖主要征调了很有战斗力的绿旗兵即汉人的部队，其次是汉军旗的汉兵也较之满洲八旗兵能战斗。这一点，已在同三桂、王辅臣及耿精忠等叛军的一系列战斗中得到了充分的证明。圣祖考虑到云贵山地多的地理特点，特指示行军作战皆由“绿营步兵居前，满骑继后”。他启用汉官蔡毓荣征云贵，由他“节制汉兵先进”。《圣武记》，卷2，70页。这就是圣祖说的，汉人的叛乱，由汉人平息。
吴世璠在云贵的兵力，史书没有记载，从各种情况分析，估计地的总兵力约十万人左右。云南是吴氏政权的根本。其兵力要多于贵州。由于历年征战，加之最后的大溃败，逃走、伤亡的，还有被招抚招降的，为数不少，使他的兵员损失相当严重。从湖南撤回去的兵员寥寥，而一直驻守云南的军队，不断被增调到前线，不足之数，由当地壮丁补充。还在康熙十四年时，留守云南的郭壮图以兵员紧张，不得不“括庄民为兵”《庭闻录》，卷5，7页。。到全线溃退时，守云南的兵力进一步减少。圣祖以四十余万之众对吴世璠之寡兵，真是以石
击卵，岂能不破世璠的最后顽抗！
经过充分准备，并制定了取云贵的基本战略后，康熙十九年九月二日，圣祖下达指令，“各路大军，如期进剿”。湖南一路的统帅大将军章泰提出报告，他所属部队已完成在沅州的集结，决定由蔡毓荣等统帅绿旗兵，分兵三路，将于九月十二日从沅州发兵；他本人将率满汉兵于十八日随后启行，共取贵州。《平定三逆方略》，卷52，1页。圣祖批准了他的进兵计划，同时通知广西、四川各将军、总督等出征将官，“俱令如期速行剿贼”。
正当清军“士奋马腾”，即将出师时，突然，从四川又传来发生叛乱的消息。原来，郭壮图等得知清军即将进剿云贵，便挟世璠进屯贵州，以拒清朝大军，并选派胡国柱、马宝、王会、高启隆、夏国相等为将，突袭四川，目的是牵制清军，分散其兵力，使之不得进云贵。四川清军不及备，连失泸州、叙州、永宁、建昌、仁怀等地。已降清的叛将谭洪、彭时亨等乘机再次叛变，夔州府百姓也随之而叛，谭洪一时得逞，率众至巫山，据守万县。
四川形势出现反复，使朝廷感到吃惊。它最担心的是，四川的叛军如跟贵阳的吴军“合势”，一旦“猖獗”难制，势必延缓清军向云贵的总进攻。圣祖对此不敢忽视，除了敕令四川官兵进征，还忙从进攻云贵的大军中调出部分满汉军扑灭叛乱。他派徐治都等将官会同将军噶尔汉等部“速赴夔州”，执行“剿贼”任务，《平定三逆方略》，卷54，4~5页。另遣将军王进宝等往镇“要地”保宁地区，兼守汉中诸处。《平定三逆方略》，卷54，8页。圣祖初以为谭洪等“小丑”成不了什么气候，“不日歼灭”，《平定三逆方略》，卷54，5页。但实际情况比预想的要严重得多。谭洪、彭时亨在攻占永宁诸处之后，又陷涪州，两军合而为一，已进至保宁附近地区，切断四川饷道。圣祖忙遣派陕西总督哈占速赴保宁。哈占以兵不足，再请援兵。圣祖迅即指令护军统领佟佳等“速往应援”，甘肃巡抚、提督各臣分兵固守略阳(陕西略阳)、阳平各处。四川叛乱如此“猖獗”，圣祖痛斥守川诸将“畏怯瞻顾，不竭力剿御所致”《平定三逆方略》，卷55，7页。。
四川再度叛乱，打乱了从四川进军云贵的战略部署，原定赵良栋统师出征云贵，也“不能如期进定云南”，专力于平息谭洪等人的叛乱，《平定三逆方略》，卷54，17页。但这一事件并没有影响到其他两路军出师，圣祖仍督令章泰、蔡毓荣、赖塔等仍按原定日期出师。
康熙十九年(1680年)九月十二日，蔡毓荣部自沅州率先出师。沅州正靠近贵州东部的湖南境内，有一河，名沅水(贵州境内段称沅河)，可从沅州直通贵州镇远。清军借助水陆之便，迅速进入贵州境内。在同后继部队大将军章泰部会合后，向镇远进发。守城的吴军将领张足法、杨应选等，未作任何抵抗，已于清军到达的前一天夜里悄悄逃走了。清军没费一箭一矢，于十月十二日接收了镇远府城，派出轻骑兵西追，收复偏桥(镇远西)等地。
圣祖自京中发出指令，以七百里加急，昼夜飞驰到镇远。他写道：“镇远至贵阳，道平坦，料贼不守贵阳，必据鸡公背、铁索桥诸处。”他要求各将帅、大臣等“务同心协力，以济大事，速取贵阳，即分兵取遵义”。他特别提醒诸将：遵义乃是叛军的后路，突入四川的吴军“势必退归”。因此，在川的各将领要“乘势长驱，荡平疆圉”。在这道指令中，圣祖还要求赖塔等部统领广西满汉大军“速进云南”《平定三逆方略》，卷54，I6~17页。。
章泰与蔡毓荣、董卫国、林兴珠等各将官按圣祖指授的进兵方略，督率满汉大军直取贵阳。他们从镇远出发，先后夺取清平等城镇，于十月十七日大破吴将韩天福部，夺取了平越州，同时还收复平越西的新添、龙里(今仍名)两镇。贵阳遥遥在望。章泰、蔡毓荣不给吴军以喘息时间，挥军速进，于二十一日直抵贵阳城下。
在清军刚出兵贵阳时，吴世璠急召夏国相、高启隆、王会等速从四川还军援贵阳，令马宝、胡国柱等继续在四川作战。援兵未到，清兵已进至贵阳郊区。世璠惊慌失措，与其将领刘国炳、叔父吴应期等率众乘夜逃回昆明去了。于是，贵州省城贵阳及轻易地为清军所得。世璠的侍郎郭昌同文武官员202人投降清军。经章泰招降，原任清提督李本琛率大小文武官员上缴伪印札归诚。
章泰挥军奋进，于十一月初，先后夺取了安顺、石阡、都匀、思南等城，平远(织金)知府郑开枢等献平远城投降。十日，清军进至永宁州，击败吴军，夺取了永宁，突至鸡公背。一万三千余吴军见守不住，焚烧盘江铁索桥，慌忙逃走。《平定三逆方略》，卷55，12页。盘江铁索桥是云贵间的咽喉，清军夺据，可以长驱无阻，直抵昆明城下。普安土司龙天佑、永宁土司沙起龙、礼廷试等迎清军投降，表示愿架设浮桥，帮助清军顺利地渡过盘江。
贵州省基本平定。章泰、蔡毓荣等在贵阳“秣马已经月余”，正在等候圣旨进兵命令，忽闻平远府被吴军攻下。原来吴世璠以高启隆为大将军，会同夏国相、王会、王永清、张足法等，共两万人马，一举攻陷了平远府。清大将穆占统兵反攻，于康熙二十年正月二十二日将吴军击败，高启隆败逃，王会等率领部下投降。平远府再次被收复。圣祖下了一道严令，即速取云南。于是，大军浩浩荡荡直奔昆明。《清史稿·吴三桂传》，卷474，12850页。参见《平定三逆方略》，卷56，1页；《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。
世璠逃回云南后，吴氏集团已处于崩溃之中。他的叔父吴应期是吴氏集团中的一个核心人物。他从湖南逃到贵州，曾去朝见世璠，因为是自家人，留在内庭款待。在酒宴席上，应期想到这一连串的失败，眼看连自家性命也难保，便把一切责任推到方光琛身上，大骂方光深是“首祸”，追悔莫及。国相等内外亲属都在场，被他这一骂，皆痛哭失声。他们已感到末日来临，后悔当初起兵，才落得今日之下场！但为时已晚，事到如今，也只有挣扎下去了。应期此次随从世璠从贵阳逃回云南，一路上招集散逃兵士，又得一两千人，至交水(今曲靖附近交河)驻扎，没有去昆明。他的打算是，重新集结逃散的吴军，企图回昆明搞宫廷政变，废弃世璠，取而代之。此时掌实权的是世璠的岳父郭壮图，他已掌握应期的动向，不待他有所行动，便跟大将线密谋此事。策划后，线便打着受壮图派遣的旗号，率部援贵州，至交水，骗应期慰劳军队，乘其无备，将其逮捕，当场用绳索勒死。壮图得到已处死应期的密报，也立即在昆明下手，把应期的两个儿子世琚和世珵一并勒死。参见《庭闻录》，卷5、《平吴录》、《平滇始末》。应期父子一死，吴氏政权便牢牢地掌握在郭壮图手中。世璠还未成年，不过十五六岁，凡事都决于他的岳父。内部倾轧，骨肉相残，进一步削弱了吴氏政权的实力，人心继续涣散下去，愈发不可收拾。
在湖南刚平定时，康熙十八年五月，大将军察尼曾派人赴云南招抚郭壮图，信中说：将军于平西王“属半子”，“大权在将军掌握，而雄才大略又足以左提右挚”，如能密图“归正”，将首推第一功，“胙土分茅以酬”。同时还给夏国相一封招降信。《明清史料》第10本，980页。郭、夏为三桂的心腹至亲，不会轻易出降，对招降置之不理。圣祖欲招降昆明，均归无效，只有用武力解决了。他正确地估计到，“目前逆贼困迫已极，旦夕危亡，若不乘机剪除，恢定滇土，更需何日”！他再次命令章泰尽速进兵，不得推诿延迟。因为章泰恢复贵州后，先借口“秣马”，逗留不进；后又以叛军势大而推诿，按兵不动。圣祖决意取云南，下了一道严令：如仍“逗留”，不疾速进兵，将以重罪论处。《平定三逆方略》，卷56，3页。康熙二十年(1681年)正月，章泰起兵前进。
当章泰恢复贵阳时，圣祖就下令，赖塔一路广西大军速由南宁出兵云南。康熙十九年十月下旬，赖塔奉命，率领大军从南宁出发，经田州(田阳)、泗城(凌云)，抵西隆州(隆林各族自治县)，于十一月十五日进入云南边境。《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。吴将何继祖等聚兵万余，在离安笼所三十里坚守石门坎隘口。此地高耸云天，羊肠石径，易守难攻。赖塔派都统贝勒希福、马奇等率前队清兵先进攻，他与金光祖等诸将分兵二队，作为后继。次年(康熙二十年，1681年)正月一日，清军乘势进攻，大败吴军，夺取了石门坎隘口，收复安笼所城，吴总兵陈义魁等率众迎降。《八旗通志·赖塔传》，卷152，3871页。
何继祖自石门坎败逃，至新城所，会合吴将詹养等，又聚兵两万余人据守黄草坝，用大象迎战。二月二日，赖塔督率满汉清兵进战，从早上五六时战至午后二三时，终将吴军击败，夺取二十二营，俘获詹养、王有功及吴军一千余人。赖塔率大军继续进兵，从黄草坝奔曲靖府，吴总兵尹士元、道员刘世忠率将吏不战而投诚。然后，遣兵取交水城(云南沾益北)，断吴军中路，吴将线败走《八旗通志·赖塔传》，卷152，3871页。。
线是在北盘江江西坡(贵州晴隆与普安之间)被章泰部击败后而逃到交水城的。江西坡之战打得十分惨烈，章泰于二月初五日至安南卫，八日进至江西坡。线率吴军万余人拒战。江西坡崇隆险峻，曲折盘旋，绕山而上，如缧纹。吴军依险，出大象布阵。还没交战，清兵及其战马就被大象吓惊，回头奔溃，蔡毓荣派正红旗兵督战，却制止不住。吴军驱赶大象趁势而进，清正红旗兵也返身奔逃。清军疾走两日夜，方停止退却。清兵“死尸山积”，大约死于吴军之手的，有十分之二三；互相践踏，被大象踩死、自相争着逃命而彼此格杀而死的，约占十分之六七。至康熙末年，在坡下种地，往往锄犁出白骨，可见当年这场战斗伤亡之多。见《庭闻录》，卷5。参见《清史稿·吴三桂传》，仅载：“师初战，为线等所败。”而《平定三逆方略》、《清圣祖实录》、《八旗通志·蔡毓荣传》及该书《章泰传》等皆不载此次失败。
过了两天，章泰令总兵白进功等再发动进攻，至砂子哨，吴军驱大象下山拒战。清军分三队继进，战斗自中午至傍晚，清军力战，吴军始败，线乘夜逃走。章泰派都统龚图等追击，追至腊茄坡，再战，又将吴军击败，线才率残部退保交水城，结果又被赖塔部击败，章泰击败线，清军恢复新城所、普安州。同时，穆占也收复了黔西、大定诸府州，活捉吴政权巡抚张维坚，斩于军前。《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。参见《平定三逆方略》，卷57，3页。
康熙二十年(1681年)二月十五日，章泰部至交水城。遂与赖塔所率广西清军会合。按，二军会合地点，《清史稿·吴三桂传》载，会于嵩明州(崇明)。《圣武记》与《平定三逆方略》则记曲靖府。而《八旗通志·章泰传》则明确记载2月15日至交水，与广西兵会合。又记：“两军于十九日齐至云南……”考交水隶曲靖府，且距离甚近，故以曲靖代之，细则以交水为准。
章泰、蔡毓荣、桑额等所率湖广大军与赖塔所率广西大军各自冲破吴军的阻击，终于实现了战略大会师，这是清军的一个重大胜利。两军自交水分路齐进，于二月十九日进至昆明郊区四十里外，在归化寺附近立营。寺西北金马山，正北鹦鹉山，寺左右为石虎岗，城北山，都成了清兵的壁垒，军容之盛，令人望之不寒而栗。《庭闻录》，卷5，《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。
二十一日，郭壮图遣发将军胡国柄、刘起龙、黄明率马步军万余人出城三十里迎战，驱大象五只上阵。章泰军排于左，赖塔军排于右，从早晨至中午，大战不已。吴军又被击败，清军追至昆明城下，阵斩胡国柄、刘起龙等将官九员，俘获吴军六百余人。《平定三逆方略》，卷57，4~5页；《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页；《八旗通志·赖塔传》，卷152，3871页。。两军一齐推进至昆明城下。世璠毫无降意，坚闭城门，等待在四川的马宝、夏国相、胡国柱等应援。赖塔与章泰虑及世璠坚守，清军攻城必有伤亡，便决定掘壕围城。选择近城的南坝、萨石街、走马街、双塔寺、得胜桥、重关等处，“扼吭立营”，连营数十里。章泰还广布檄文和圣祖旨意，派遣官员招降吴将士。不久，大理府的“定远大将军”、“东平公”张国柱、姚安府“亲军车骑后将军”刘汉章、临安吴军总兵徐衷明、李玉彬、范应泰等，以及永昌等各镇吴将纷纷投诚。《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页。接着，吴将韩天福率官兵以武定府降清。还有从四川逃回的“亲军铁骑左将军”杨洪德、将军赵玉、杨开运、高启隆、刘魁等一大批将官各率所部官员士卒相继至清营投降。《平定三逆方略》，卷57，12页。
圣祖得知在川的吴将马宝等将回军云南援救，迅速发出指示，严令将军佛尼勒、赵良栋等各统官军“速行蹑击”，使之不得至云南，就地全歼，如不遵此令，有失军机，将以贻误军情重处。《平定三逆方略》，卷57，5~6页。
果然，马宝部已撤军，胡国柱也弃叙州，企图奔云南。驻永宁的吴将宋国辅感到势孤难支，向清军乞降。清军于三月十五日进永宁城。《平定三逆方略》，卷57，7页。
至四月，四川叛军基本被击败，谭洪刚病死，余众已瓦解，不足为虑。圣祖及时下令，调将军噶尔汉同总督哈占、将军赵良栋率部“速进云南”。《平定三逆方略》，卷58，2页。赵良栋接到命令，亲统绿旗兵自雅州起行，哈占也于五月十一日进兵。《清圣祖实录》，卷96，8页。
五月间，被三桂封国公的马宝、将军巴养元等从遵义奔回云南，携妻子驻楚雄。大约在此时，圣祖向马宝发出招降的谕旨，只要“悔罪归诚，将尔从前抗拒之罪俱行赦免，仍论功叙录……”圣祖招抚马宝的谕旨，为一残件。见《明清史料》丁编第10本，983页。此件写于何时？下缺，不得而知。从行文内有“乃行败遁，今复窃踞一隅”语，可知约当马宝窜居楚雄或稍前之时，似无疑问。但马宝没有接受。章泰遣都统希福统兵进击，追至乌木山，马宝全军覆没，仅以身免，逃到姚安山中，收集溃卒还不到百人。他无处可逃，会同巴养元于七月五日至姚安府希福军缴印投降。《清圣祖实录》，卷96，24页。与马宝、巴养元一起投降的还有将军赵国祚、郑旺、李继业、总兵郎应基等。马宝到姚安府这天，他身穿“幅巾深衣”，坐在八人抬的轿上，招摇过市，对人说：“我不出，必使很多人受连累，我不惜一死，是为了救一方百姓。”气色慷慨悲壮，俨然勇士一般。他从姚安被送到楚雄。清提督桑格出城迎接，表示恭敬之意，马宝很高兴。过了几天，有一次桑格同他夜饮，喝了一阵酒，他忽然心有所动，停下杯，不禁老泪纵横，涕泪沾须。他大概自知难逃一死，心中悲伤吧！不久，他又被送到云南。这时，圣祖下达了对马宝的处理决定。谕旨说：“逆贼马宝，所在抗拒大兵，今无地可遁，力穷势迫，始来投诚。殊属可恶！所犯情罪重大，断不可宥。大将军贝子章泰等，其执马宝，拨官兵严解来京。”命令将马宝与巴养元押送京师。九月末，经议政王大臣会议，圣祖批准，在北京将马宝处以凌迟酷刑。受刑时，他不发一声，至疼痛难忍时，才“哼哼”几声。最后，刀至洞胸，才大叫一声而死。头被割下示众。《逆臣传·马宝传》，卷1，37页；参见《庭闻录》，卷5；《清圣祖实录》，卷97，20页。
吴氏集团中另一个重要人物胡国柱及属将王叙等，从姚安逃散后，遁入鹤庆(属云南，今仍名)、丽江(属云南，今仍名)一带山中。赵良栋、哈占奉旨搜拿。都统希福、提督桑额率兵追捕。《清圣祖实录》，卷96，25页；卷97，6页。
吴三桂的女婿夏国相及其部众，被清军打散，他带少数随从奔入广南(广西境内)，躲避清军的追剿。《清圣祖实录》，卷98，16页。大将军章泰、赖塔檄令土官侬朋与防守临安总兵官李国梁率兵追击。康熙二十年十一月初，直抵西板桥，将夏国相及其随从将官包围，堵住逃路。夏国相见无路可逃，决定放下武器投降。他带领将军王永清、黄福、李攀龙、杨松魁，率属下官兵至清营，各缴帅印、官印投诚。章泰、赖塔接受投降，经议定，将李攀龙等斩于军前。夏国相“为三桂婿，乃贼渠著名者，宜送京师正法”《清圣祖实录》，卷98，16~17页。
胡国柱一行逃到云龙州(云南云龙南)青里屋，都统希福紧紧追赶。国柱自料无法逃脱，征求幕客王愈扩的意见。王说：“君侯不见落花吗？或缤纷于裀席之上，或狼藉于泥土之中……”他还没说完，国柱已明白他话中的意思，连说：“说得是，说得是！先生爱我，敢不受命。”
次日，他准备死，对他的家人说：“我位至大臣，死是应当的，我只担心清军搜索不到
我，怕是连累了你们。”他命从人将他的决定告诉部从。待家人都出去后，他在屋里自缢。至气绝身死，吴军统帅之一王绪与李匡为他发丧，祭奠尽哀。他们两人把自己的家私散发给余部，让他们各谋生活去。命人堆积木柴，底下放进火药，然后，两人坐到柴堆上，纵情饮酒。至酒酣，王绪对仆人说：“你们去告诉我的两个妾，她们可以不死，赶快逃生去吧！”不一会儿，仆人急忙跑回来，说：“二妾已悬梁自尽了。”王绪慨然而叹：“她们也能死吗？”他转而命仆人：“可以点火了。”仆人慢慢地点着了火，一接触火药，顿时烈焰飞腾，发出劈里啪啦的巨响，王绪与李匡迅即消失在烈焰之中。
王绪与李匡自焚死，转瞬间化为灰烬。一切都过去了，将军王公良等率余众赴清营投降。以上见《庭闻录》，卷5、《平定三逆方略》，卷59，30页，《清圣祖实录》，卷98，17页。
吴世璠及郭壮图期待马宝、夏国相等人的外援都化为泡影，但他们不愿投降，仍在死守昆明。清军围城已达半年多了，还没有破城的希望。由于清军不服水土，生病的与日俱增，病死的也日益增多。粮饷不继，已发生饥荒，清军的日子很不好过。城内的粮食接济不上，生活也一天比一天困难。双方继续僵持着。
康熙二十年(1681年)九月十六日，圣祖向围城的将士又下了一道命令，催促他们速取昆明：“云南省城围困已久，若不速为克取；未免劳敝兵民，靡费粮饷。今逆贼外援已绝，株守孤城，穷迫已极。”如果继续“迁延时日，待贼食尽，恐粮饷渐至于虚糜，兵丁亦苦于疾病”。他要求章泰、赖塔等“速行攻取云南省城”《清圣祖实录》，卷97，16~17页。。他特别提到，军中有不少是投诚的吴军将吏士卒，应该叫他们攻城建功，以赎前罪。《平定三逆方略》，卷59，6页。圣祖这种策略，可谓以毒攻毒，即以吴军攻吴军，一则可以减少八旗兵的牺牲，一则以“赎罪”，可得这些人的死力而收攻城之效。
昆明久攻不下，固然是世璠集团拼命死守，但主要原因是清军离城四十里安营远驻，一面临昆明湖，一面倚山，围困不严。特别是昆明所赖水运昆明湖南北百里，并未封锁，任其舟船往来，没有人查问。原来驻守昆明湖一带的安宁、晋宁、昆阳、呈贡四州县的清军大都是吴三桂的旧部，他们不能看着困在城内的亲属和部属同僚挨饿，所以没有严加封锁，随便让城内船只出入，转运粮食。城内有粮食供应，便加强了守御到底的决心。当统帅部发现后，断然采取措施，撤换驻守昆明湖一带的吴军旧部，改派八旗兵驻守，从而切断了城内的粮食来源。
九月，赵良栋平定四川的叛乱后，率宁夏兵渡过金沙江，经武定、绵竹，抵昆明，与章泰、赖塔两路大军会师。赵良栋贯彻圣祖的作战方针，力主断昆明水道，从速攻取。在此之前，虽已加强了对昆明水道的封锁，仍然没采取更有力的措施，城内的船只仍不时出入。经赵良栋提议后，在昆明池内置“横筏施楼橹”大船，设置水军，往来巡逻，这才彻底切断昆明与外界的水运通道。至十月，城内粮绝，“人相食”。在这种情况下，良栋坚持速攻，说：“我等大军连营四布，不就近速战，等到日久，米粮不继，满兵无妨，绿旗兵何以存立？”满洲与绿旗兵待遇不平等，凡粮饷都先满足满洲兵的需要，而绿旗兵还经常受其凌虐，为他们做杂役，备尝苦累。所以围困越久，绿旗兵的生活就越困苦。但章泰却不顾绿旗兵的死活，只顾全满洲兵的利益，不同意速攻，说：“皇上豢养的满洲兵，岂可轻进，委之于敌人？你的军队远道而来，也应休养一段时间，怎能让他们再受伤损！”表面上，他倒是兼顾了满洲兵与绿旗兵的利益，实际上害怕进攻遭到损失。赵良栋见他按兵不动，就自率所部发动进攻，力战夺取土桥、新桥、至得胜桥，直抵昆明城下。他的部众远路跋涉，没有休息就投入战斗，疲惫到了极点！章泰又说：“你部已过度劳累，应先撤回，可叫总督蔡毓荣率兵据守。”良栋拒绝说：“我兵死战所得之地，怎能交给他人看守！”章泰无法，于十月八日，只得下令各军进兵，直至城下，围困数重。《清圣祖实录》，卷287，3页，参见《清史稿·赵良栋传》，卷254，9775页。
