清军直进至城下，吴世璠被迫遣兵，出城迎战，在归化寺附近激战多时，终被清军击败，赖塔部进至银锭山，蔡毓荣夺重重关与太平桥，赵良栋、穆占、巡抚王继文夺玉皇阁。三路军分拨后，开始连续数日夜猛攻，世璠与郭壮图惊慌失措，眼看城将被攻破，却计无所出，一筹莫展……
清兵进抵昆明城下，与城上吴军相视，已近在眼前。章泰等统帅在加紧攻城的同时，又展开政治攻势，向城内射出一封封招降书，进一步动摇了吴军的军心。城内食已尽，一酒杯米价值高达白银一两！人都饿死了，又面临清军日夜攻击，无处可逃，城旦夕可下，都感到无生路。城内吴军包括将领也无心守城，打算早降，不失为死中求生。十月二十二日，吴将余从龙、吴成鳌悄悄出城投降，将城中虚实如数报告了清军统帅。章泰等人知城内已到了山穷水尽的地步，亲自督战，各路大军猛攻，四面逼城，又密派余从龙进城招抚……
康熙二十年(1681年)十月二十八日，吴将线、吴国柱、吴世吉、原任都统何进忠、林天擎等密谋，准备发动兵变，欲逮捕吴世璠、郭壮图献给清军。世璠得到这一消息，立即穿上皇帝的服装，登临大殿，举刀自刎，一刀未死，又照喉管猛刺一刀，血流如注，一头栽倒在血泊之中。死时才十六岁。关于吴世璠死时年龄，各书多不载，今从《平吴录》。他的皇后郭氏投环自缢死。宫中从死的达百余人。线等拥兵闯入郭壮图家，当即杀死壮图心腹郭得胜。壮图闻变，和他的儿子郭宗汾皆自刎死。城中顿时大乱。线等人又擒住三桂的大学土方光
琛及其子学潜、侄学范首要分子，接管了全城。
次日，二十九日，线等将官打开昆明城门，向清军投降。清军破城日期，官书如《清圣祖实录》，卷98、《平定三逆方略》，卷60及《平吴录》、《庭闻录》皆记十月二十九日。惟蒋氏《东华录》将此事记在十一月，不知有何根据。
数十万军队集于昆明地区，围城、进战近一年，备尝劳苦。及至昆明城降，诸将以军士劳苦，请求准许他们进城抢掠，作为对他们的赏赐。三桂在昆明经营多年，财富充溢府库，美女藏后宫，这些都引起清将领和士兵的垂涎，都想乘机抢掠一番，以饱私囊。大将军章泰不同意这样做，他说：“如抢掠，老百姓逃散，兵粮将无所出。”他与赖塔、赵良栋、蔡毓荣等统帅议定，委派穆占、马齐二将军率部入城，办理受降事宜，查清府库数目，然后大兵进城，再按数确查。《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页。
十月三十日，穆占、马齐受章泰之命，率部入昆明城，其余各部人马分守各城门。《云南备征志》，卷21，26页；参见《庭闻录》，卷5。共收降吴世璠所属大小将吏5 600余人、兵33 600余名，缴获大金印14颗、小金印7颗、银印92颗、金策8件。见《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页。又，《清圣祖实录》，卷98，16页及《清史稿·吴三桂传》等书载；破昆明城时，收降“伪官弁一千五百八十余员、兵五千一百三十余名。”
统帅部原约定，清军进城不得抢掠。可是他们并未执行，特别是诸将领带头争抢子女玉帛，连统帅们也自食其言，如蔡毓荣抢占了吴三桂的爱妾“八面观音”，穆占抢占了三桂的另一爱妾“四面观音”。只有赵良栋严格约束本部属，他自己亦分毫不取。《清史稿·赵良栋传》，卷255，9776页，《庭闻录》，卷6。
进城后，章泰、蔡毓荣、哈占、赵良栋等主要统帅举行会议，讨论如何处理吴世璠以下的骨干分子。议决：没收吴世璠家产，把他头割下，传送京师示众；将“首谋(反叛)献计”的方光琛和他的儿子方学潜、侄儿方学范立即于军前凌迟处死。《清圣祖实录》，卷98，16页。接着，又制定了处置“逆藩”人员条例：凡助贼肆恶、事迫投降的高启隆、张国柱、巴养元、郑旺、李继业等人皆处斩，妻女财产没收入官。将王永清、江义等人凌迟处死，他们的亲属一律处斩。《逆臣传·吴三桂传》，卷2。
吴三桂已死去三年多，朝廷仍不放过他。清军一进城，就搜查他的棺柩，准备戮尸示众。但查找多处，不得其真假，问三桂手下的至近人，也说不清楚。据有的书载，清军迫昆明时，吴世璠和他的岳父郭壮图为防万一，极其秘密地把三桂的尸骨改葬他处，此事只有世璠、壮图等极少数的几个人知道，可是他们都死了，他人无法知道三桂的真尸骨埋在何处。清军已挖掘过三桂的坟墓，但都是伪墓。清军到处搜寻，甚至一天中竟挖得十三具尸骨。连清统帅们也无法辨真伪，下令用火都烧掉。据传，三桂的真骸骨埋在远离昆明的中缅边界铜壁关外。《庭闻录》，卷6。有的书记载，清军搜查三桂尸骨，毫无踪迹可寻。这时，吴三桂的一个侄儿出首说：三桂的尸骨已焚化，骨灰匣藏在安福园石桥水底戽水。清军照此挖掘，果然找到一骨灰匣。然后将世璠的头与三桂尸骨一并送到京师。《平滇始末》。康熙二十一年(1682年)正月十九日，议政王大臣会议做出决定：“逆贼吴三桂骸骨分发各省，吴世璠首级交与刑部悬挂示众。”另将已押送京师的夏国相凌迟处死，巴养元等五人斩首示众。《清圣祖实录》，卷100，11页。
综合各书记载，朝廷所得三桂尸骨不一定是真的。因为世璠临败前，必将他的祖父的尸骨妥为保存，免致败后遭戮，伪造几个疑墓是完全可能的。如果三桂尸体已焚化，更难分出真假。反正随便拿出谁人尸骨，就说成是三桂的，又有谁去辨伪存真！朝廷的目的，不过是作为惩治三桂尸骨，以儆戒后人罢了，而对于一个死人，无任何实际意义！
最后，还须交代三桂最宠幸的爱妾陈圆圆的下落。当初，就是这个女人促使三桂“冲冠一怒”，弃明投清，从而改变了自己的命运。清军入昆明后，在三桂的籍簿上确无陈圆圆的名字，亦不见其人。她到哪里去了？下落何处？这已成为至今未解的一个历史之谜。据《平滇始末》、《平吴录》等书所载，城破时，圆圆同郭皇后，还有一个叫印太太的，一同自缢而死；又一说“陈沅(圆)不食死”；还有的说，她当了尼姑隐居起来而得善终；还有的说投滇池而死。众说不一。清代野史说，陈圆圆的墓在昆明商山寺，甚至说她死于康熙二十八年(1689年)。墓已不复存在，也难辨真假。直到20世纪80年代初，据报载，在贵州岑巩县水尾乡马家寨发现了陈圆圆墓，有碑一通，上面镌刻：“吴门聂氏之墓”六字。“吴门”非指为吴(三桂)家人，而暗示圆圆籍贯苏州，亦即“吴门”之意。至于“聂氏”，也是用他人之姓代用，这大概是为了避讳政治嫌疑才隐姓瞒名的，碑文明载当年圆圆由昆明来到贵州岑巩平西庵为尼(庵今仍存，在今岑巩县大有乡桐木寨)。何时到此？大抵是三桂反后，兵驻湖南，或许她为避祸，而悄悄远离昆明，来此僻地隐居，故能得以善终。又据报，这个寨子有三百多户人家，除一家之外，都姓吴。他们自称是吴三桂的后代，祖上有训，要为陈圆圆墓保密，所以墓才保存到今天。《中国旅游报》1986年11月11日，“陈圆圆及其墓地”。圆圆墓旁是三桂的心腹大将马宝的衣冠塚。这一切，都表明此墓的真实性。这一事实如能成立，那么，可以认为，圆圆早在昆明城破前已离开这一危地，三桂的后人或于破城前后也躲过清军盘察和追索，而与圆圆来到贵州岑巩这一穷乡僻壤，在这里了此终生了。这只是推测，还缺乏足够的史实依据。因此，有关圆圆晚年及死后埋葬地之谜，有待于进一步揭开。
与吴三桂同时代的清代著名诗人吴梅村唱出了《圆圆曲》，只道出了三桂与圆圆的初期恋情和历经曲折而重新结合的一段艳史，却是以吴氏全家的白骨为代价换取的。三十多年后，三桂与圆圆各走一途，又以吴氏灭族的血的代价而最终结束了这一度显赫世家的历史！吴氏家族的兴衰，乃是人间一出悲喜剧。从历史的眼光来看，三桂的一生是“恶的历史”，权势欲和政治上的野心最终毁灭了他自己，也毁灭了他的子孙，累及中国蒙受了八年之久的战争灾难。清朝为保持它的统治地位，不遗余力地进行了这场战争，取得了最后的胜利。这场
战争，是它对全国的重新统一。也许因为它进关后所得到的胜利来得太快、太容易，所以历史赋予它新的使命：从北到南，从东到西，重新进行统一战争，补了入关后的一课。战争无疑消耗了它的实力，损失了巨大的物力、财力和人力。然而它的胜利，足以弥补所受到的损失，并且变得空前强大，使它成为不可争辩的中国统治者！圣祖和他的大臣们已充分估计到赢得这场战争胜利的深远意义，这从康熙的《滇平》一诗中，得到了充分的反映。这首诗是圣祖在得到清军克取昆明，三桂的余党投降的消息时，不由得感慨万端，挥毫而成：
洱海昆池道路难，
捷书夜半到长安(指京师北京)。
未矜干羽三苗格，
乍喜征输六诏宽。
天末远收金马隘，
军中新解铁衣寒。
回思几载焦劳意，
此日方同万国欢。《康熙御制诗选》，38页，春风文艺出版社，1984年版。
通往云南的道路何等艰难！可是，胜利的捷报仍然在半夜传送到北京。赢得这场战争的胜利，并非是专用武力征讨，而是恩威并重，使云南的各民族受到感化。幸喜战事结束，开始减少对云南军队征调和物资的征收。在南天边收复了昆明，兵士们可以解下穿在身上感到寒冷的铠甲征衣了。回想起过去几年来的焦虑和艰辛，至今日才同天下百姓举国同欢。
这首诗，道出了圣祖接到捷报瞬间的奔涌的感情，充满了激情和无限的喜悦。他首先想到的是云南各族百姓从此可以获得安宁，广大兵士们解甲，不再遭受征伐的牺牲和痛苦。全国人民同他都忍受了数年的艰辛，终于迎来了与天下同欢的新局面！
彻底平息吴三桂发动的大规模的武装反抗斗争，从根本上消除“三藩”的隐患和威胁，国家重归一统，由大乱走向大治，大清江山从此得到巩固。圣祖和廷臣们都把这一件事，视为清建国史上特大盛事。京内外百官纷纷上表庆贺，行贺礼。圣祖则于康熙二十年(1681年)十二月二十日，“颁诏天下”，其文略曰：
朕缵承丕绪，统御寰区，仰惟天地眷佑之庥，祖宗付托之重，圣祖母太皇太后慈训之殷，蚤夜孜孜，勤求化理，期于兵革寝息，海宇安。不意逆贼吴三桂，负国深恩，倡为变乱，阴结奸党，同恶相援，抗违诏令，窃据疆土，滇、黔、闽、浙、楚、蜀、陇、两粤、豫章之间，所在驿骚，肆骋痛毒。吴三桂僭称伪号，逆焰弥滋，负罪尤甚。
朕恭行天讨，分命六师，剿抚并施，德威互济，或絷颈于阙下，或骈戮于师中。擒扑诛除，以次收服。乃吴三桂即膺神殛(指三桂病故)，逆孙吴世璠，犹复鸱张，据大诏之一隅，延残喘以拒命。朕惟贼患一日不除，则生民一日不靖，策厉将士，屡趣师期。于是虎旅协心，进逼城下，贼众计穷势蹙，通款军门，约日献城，凶渠授首，师克之日，市肆不扰，边境晏如，捷书既至……神人胥悦，遐迩腾欢。
念自变乱以来，军民荼苦，如在水火，披坚执锐，卒岁靡宁，行齎居送，千里相望，被兵之地，既罹于锋刃，供亿之众，复困于征输。朕悯恤民艰，不忍辄加额赋，间施权宜之令，用济征缮之需，意在除残，事非获已。而身处宫寝之内，外厪闾阎之依，中夜屡兴，旰食不暇，惄焉思治，八载于兹。今群逆削平，疆圉底定，悉剪除历年之蟊贼，永消异日之隐忧，用是荡涤烦苛，维新庶正，大沛宽和之泽……诞告天下，咸使闻知。《清圣祖实录》，卷99，14~16页。参见《明清史料》丁编第10本，988~990页、《实录》删除《明清史料》所全载“恩诏”即对有功人员的奖励和对负罪之人的宽大处理的部分。
这是一篇典型的官样文章，完全是从清朝的立场对这一事件做了总结，观点未必尽正确，事实未必尽真切。不管怎么说，清朝大胜了，吴三桂大败了。清朝完全有理由也有权力来按自己的政治需要书写历史！
二十、“诸逆”授首
吴氏政权的覆亡，招致整个家族的毁灭。吴氏是一个庞大的家族，几乎没有一个善终的。除了吴三桂和他的妻子张氏死于昆明城陷之前，免受斧钺之苦，其余无不死于非命：其子、孙、侄如其子吴应熊、其孙世霖、世璠，侄吴应期、女婿等等，或惨死于阙下，或毙命疆场，或饮刃于宫室，或相残于萧墙，而他们的家属或株连同死，或没入官府为奴，连三桂的美妾亦被夺占。他储积的庞大家产也于一日之间化为乌有。结局是很悲惨的。三桂的部属、同盟者，其首要分子和骨干也几乎难逃厄运，纷纷被押上断头台。这是三桂失败的直接后果
之一。
吴氏满门灭绝，并未使圣祖和廷臣们感到丝毫怜悯，相反，他们认为必须这样做。他们看到吴氏家一颗颗人头落地，报以满意的欣慰。政治斗争如同战场上两军格斗，你不杀他，他一定会杀你，二者必居其一。谁若手软，或稍一迟疑，性命就会被对方取去！所以，同自己的最危险的政敌作殊死之斗，根本不需要怜悯，也不需要有点滴的同情，要的就是铁的手腕，流血的镇压。这才是一个政治家的特色呢。圣祖当之无愧！战争已经结束了，一切生死予夺大权重新操在圣祖和朝廷之手。本来，乱源业已清除，照理说，一切都成为过去，应面向未来，如何治理国家。但是，事情远未结束，他们还感到只镇压吴三桂一族还是不够的，必欲把其党羽全部干净、彻底地消灭掉，如斩草必须除根，不留一点儿令人不安的隐忧。于是，清洗与镇压同时进行……
在战争进行期间，圣祖为了分化、瓦解和孤立吴三桂，一再施以招抚之策，百般诱使“归正”。政策相当宽大，待遇相当优厚。不管谁在吴氏政权中任何种职务，犯有多么严重的“情罪”，只要放下武器，立即会得到极优厚的待遇，对以往之事，一概免究。圣祖表示，“朕决不食言”，可“昭之日月”。这些诺言，都行之于文字，载入件件诏书之中。可是，当战争胜负已成定局，特别是在攻下昆明之后，圣祖马上想到处置已降的吴三桂的党羽，时机已经来到。在他的指示下，朝廷开始甄别，以种种理由和口实，将已降的原属从叛的骨干分子逐一查出，定罪处死。举其要者，叙其原委，以明历史真相。
在响应吴三桂起兵的政治势力中，最重要的人物莫过于靖南王耿精忠了。他在福建起兵，给三桂以巨大的支援。至康熙十五年冬投降，圣祖既往不咎，免去一切处分，恢复其靖南王爵，他的属下人官职如旧，他主动要求随大军剿台湾郑氏之军，正合圣祖之意，要他“立功赎罪”。他在收复福建沿海被郑军占领的泉州、漳州后，驻守潮州。次年(康熙十六年)四月，精忠为表达自己的忠心，把自己的儿子耿显祚送入京师侍奉皇帝，实则是送“人质”，消除朝廷对自己的疑虑。
十一月，藩下参领徐鸿弼、佐领刘延庆、护卫吕应晹、典仪陈良栋、护军苏云会等人联名向兵部揭发精忠“归顺后尚蓄逆谋”的罪行五款：（一）违背康亲王杰书之命，不全部供出“奸党”人员；（二）暗中勾结“海贼”（指台湾郑氏），互通音讯；（三）曾与叛将刘进忠“执手耳语”，说：“乞降非所愿”；（四）暗令心腹储藏铅药，等待“异日取用”；（五）遣散旧兵归农，令他们各携武器走，不准留给征剿的清军。尤其是在投诚前杀死范承谟以灭口，足见其罪重大，兵部大臣以徐鸿弼等人揭发信上报给圣祖。
精忠的弟弟昭忠正在福州，他事先已得到徐鸿弼等人的揭发信，也将此事及时向圣祖做了报告。《逆臣传·耿精忠传》，卷2，35页。
圣祖扣留了上述报告，隐而不发。主要原因是时机不成熟，此时正征剿吴三桂，必须稳住已降但心怀疑惧的这批人，惟恐打草惊蛇，再生意外。还将影响到未降的人不敢来降。至十七年春，才令精忠从潮州回福州驻扎，令其弟昭忠携其祖父耿仲明骸骨还京。至秋，吴三桂去世，加速了吴军的崩溃，清朝形势顿时大为好转。圣祖开始考虑如何处理精忠。他虽然已降清朝，但圣祖仍把他视为一只猛虎，担心他留在福建如放归深山，不知何时会再出来作乱！他要把他擒住。可他不想鲁莽行事，他要一步步去做，不动声色。他先给康亲王杰书一封密信，说明他不撤精忠的王爵，是为了稳住他及其藩下之众。现在如下令让精忠来北京，又怕他生疑惧，“变生意外”。圣祖授意康亲王可暗示精忠，让他自己主动提出进京陛见皇帝，他即可批准。这样做，不但连精忠，就是他的部属也不会生疑的。恰好康亲王也报告精忠的罪行，请求逮捕处死。圣祖不赞成，说“逆党”“归正”的不止千万，如将精忠马上处死，其属下或其他余党可能要寒心，如果他能自请来京，那么一切都会顺利、平安无事。他要康亲王“当加意开导”他。其实，圣祖的这番话也不是心里话，他自有打算，不便过早地告诉他，免得他坏了自己的部署。
康亲王杰书做了一番工作，精忠料知躲不过，于康熙十九年三月上疏，请求入京觐见。圣祖立准，命马九玉为福州将军，管辖靖南王藩下部队。精忠到京不久，其弟阳忠、聚忠又联合揭发了精忠叛逆罪行，请求予以严惩。他们一再要求惩治自己的兄长，一则划清界限，免使自己受连累；一则很可能已了解圣祖和朝廷的意图，及早上疏，变被动为主动。
精忠这只“虎”已入笼中，惩治的时机已经成熟。于是圣祖批准了昭忠兄弟的请求，连同以前扣留未发的揭发材料一并交给法司进行审问。精忠极力分辩，自陈他“归顺后，绝无叛志”。然而，从圣祖到朝廷必欲惩治，已是既定方针，他的分辩有谁去听一句！法司即以所揭发的事实定成叛逆罪，议决严处：应革去精忠王爵，与其子耿显祚及骨干分子曾养性等人俱应凌迟处死，家产籍没。圣祖打算等把所有逆党要犯捉拿到京时再“核议”，暂时把精忠看押起来。这时，他采取措施彻底解决耿藩的问题：迁移精忠的亲属归旗，原属精忠的旧
部在浙、闽当官的都还京；马九玉也被解除职务归本旗。这一措施，便把耿藩从组织上彻底瓦解，不复存在了。以上见《逆臣传·耿精忠传》，卷2。36~37页。
就在耿精忠被授意进京“陛见”时，即康熙十九年三月，尚之信的护卫张永祥、张士选也赴京“首告”之信“谋叛事”。世祖与议政王大臣密议：命刑部侍郎宜昌阿等人以巡视海疆为名赴广东，调查之信的罪状。同时携张永祥、张士选同回广东，秘密询问都督王国栋、之信的弟弟副都统尚之璋。国栋也参与揭发之信的事件。他曾表示，他可以将之信逮捕。圣祖很信任他，即委以此任。揭发尚之信的还有他的两个母亲舒氏、胡氏、总督金光祖等人。此时，之信正在广西平叛，他要求撤还广州。圣祖指示，宜昌阿等抵广州后，可详察具体情况，如应撤还，即报告说广州“不可无之信”，可以将他一人调还广州。嘱宜昌阿不要过多株连，如发生意外，可“酌便行事”。宜昌阿等钦差按上述旨意，离京南下。《平定三逆方略》，卷51，1~2页。他到广州后，发现城内无满兵，便在半夜密调赖塔部满兵二千入广州，以防意外。
尚之信对朝廷密谋逮捕他一概不知。这时他还在为平叛效力，提议会同镇南将军舒恕所部从贵县（广西贵县）、他同总督、提督两臣由浔州（桂平）水陆进取武宣（广西武宣）。圣祖批准了他的进兵计划。《平定三逆方略》，卷51，5页。之信很快夺取了武宣。
圣祖表面上批准之信进兵武宣，而暗中指令“密图擒拿”。宜昌阿至广州即设计逮捕他。《清圣祖实录》，卷90，17页。宜昌阿与王国栋等密谋，密令总督金光祖、提督折尔肯、总兵官班际盛、副都统金榜选等赴武宣逮捕之信。之信毫无思想准备，当金光祖等宣读“圣旨”，之信“即下马解胄，自系铁组”，被带回广州监禁起来。之信不服，上疏自辩。圣祖一时不忍下手处置，命将之信押解京师对质询问。
之信被囚，权势已失，其藩下都统王国栋便擅自行动，查封王府库藏，“恣取资财，肆行无忌”。藩下长史李天植等愤愤不平，勃然大怒：“国栋陷身旗奴，要不是先王（指可喜）赏识，破格提拔，岂能有今天！如今他既不替公（之信）辩白冤屈，又不遵旨将公送入京师听候勘问，却如此恣意妄为，是将图谋不轨。”他与心腹计议，将忘恩负义之人王国栋杀死。这件事，之信事先一无所知，因此也就不存在他跟李天植等密谋杀害王国栋的问题。以上见《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。清官方却作了这样的记录：“尚之信谋益急，令其弟尚之节等阴纠党羽，诱杀王国栋，欲为乱。”《清圣祖实录》，卷90，19~20页。此系诬辞，不足为信。王国栋刚被杀，暗中监视尚之信的赖塔趁机出兵，将尚之节、李天植等参与其事的人一并逮捕。
尚之信的本意，既然自己被人告发，就应遵从圣旨“本身就法”。他坚信“媒孽之诬”是蒙蔽不了皇上的圣明的，他“见天（指圣祖）有日”，一切都会分辩清楚的。他正在被监禁，不想也不可能干出谋杀王国栋而“欲为乱”的蠢事来。他认为，这不但救不了他的命，相反只能伤害他。当他听到王国栋被杀的消息，不禁愕然，长叹不已，他认为这是“倒行逆施”，帮了倒忙，只能加重他的罪过。《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。
在赖塔、宜昌阿审讯李天植等人时，他们一口咬定此事与尚之信毫无关系，是他们自己所为，自认责任和后果由他们来负。还有舒氏、胡氏也翻供，称：“之信无谋叛迹”，前揭发他的那份奏疏，都是王国栋伪造的，借她们的名义写的，她们根本就没有揭发过自己的儿子，也不知有这么回事。
然而，朝廷对此根本不予理睬，也不再调查。康熙十九年七月，朝廷即匆匆定议，并经圣祖批准，对尚之信及有关人员做出如下判决：“同谋者”尚可喜妻舒氏、胡氏从宽免死，并免家产籍没；尚之孝、之璋、之隆等都从宽，革职枷责。之信“不忠不孝，罪大恶极，法应立斩，姑念曾授亲王，从宽赐死”。其余如李天植、之信弟之节等都按律就地正法。原定让之信进京勘问，因而取消，就地处置。《平定三逆方略》，卷53，10页，《清圣祖实录》，卷91，19~21页。闰八月十七日，钦差奉命至广州，向之信宣读完旨意，赐一条帛，令其自尽。上午七时许，之信气绝身亡，葬于广州城西报资寺后山下。他的弟弟尚之节、长史李天植等人被押上刑场斩首。之信等人的妻子都籍没入官。《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。圣祖又指示，尚之信所有资财，用来充作军饷；过去属平南王的私市私税每年所获银两，不下数百万两，“当尽充国赋，以济军需”《清圣祖实录》，卷91，21~22页。。
尚之信一死，其平南王藩亦随之撤去。他所属的人员编为十五佐领，被分入“上三旗”（即正黄、镶黄、正白），令驻广东。还有三总兵标下官兵，留下其中两总兵的官兵镇广州，剩一总兵的兵员都裁去。《清圣祖实录》，卷91，26页；卷96，22页。康熙二十年冬，又将其“属下旗员，俱应撤还京师，另行安插”。《清圣祖实录》，卷98，5页。至此，富甲天下的显赫一时的平南王藩也不复存在了。
康熙二十一年（1682年）正月十九日，圣祖和他的议政王大臣们又讨论对耿精忠及其骨干分子的处理。议政王大臣们先拟了一个处分意见：将耿精忠包括他的儿子在内共十人应凌迟处死，同党黄国瑞等十九人应予斩首。
圣祖表示意见说：“耿精忠身造罪孽，应当极刑。其子等都处以凌迟，亦有可怜悯之处，可否改为斩首？”凌迟之法，将使受刑者在极度痛苦中慢慢死去，而斩首却来得痛快，一刀下去，人头落地，几无痛苦。这种死法当然比“凌迟”要好得多。皇帝毕竟与众不同，在此表示了他的大慈大悲，对手无缚鸡之力而待死的人给予了怜悯之情，将凌迟改为斩首。
可是，他的臣子们却不这样考虑。大学士明珠说：“耿精忠之罪，较尚之信尤为重大。尚之信不过纵酒行凶，口出妄言，耿精忠负恩谋反，且与安亲王书内，多有狂悖之语，甚为可恶。”他的意思很明白，仍维持原议。
圣祖持慎重态度，说“耿精忠等人，事关重大，着议政王大臣会同九卿、詹事、科道各部门官员共议”。
这种大范围地动员朝廷各部门官员议耿精忠罪，徒具形式。因为罪名已定，皇帝意图已是明显，谁敢给精忠说情？更没有人敢提出减刑。二十日，议政王等大臣会议，还是照圣祖已表示的意见做出判决：将耿精忠等分别“凌迟”或处斩。圣祖当即批准。名单如下：
革去耿精忠王爵，凌迟处死；其子耿显祚革去散佚大臣，处斩；
精忠部属徐文耀、王世瑜、白显中、江元勋、曾养性、王振帮、蒋得、刘进忠等均凌迟处死；
判处黄国瑞、林芳孙、廖廷云、李似桂、夏季旺、吕应斗、武灏、司定猷、沈伟、郭景汾、罗万里、祖弘勋、陈仪、陈斌、吕八斩首。
以上各犯，立即行刑处决。
其中，耿精忠、刘进忠两人在处死后，割下首级示众。
在处理这一“逆案”中，仅赦免了田起蛟、金镜、李学诗、陈梦雷等四人的死刑，他们中有的是旗人，给予他的本主为奴；系民人的，要入官，给披甲新满洲为奴。以上见《清圣祖实录》，卷100，11~13页。
由撤藩而引起的一场战争，使撤藩不得进行，迫使朝廷宣布停撤。经过八年血战，才一劳永逸地解决了问题：吴藩在战争中被武力消灭，耿尚两藩也是通过武力，被强行撤去。其撤藩手段，不过是“擒贼先擒王”，分别把耿精忠、尚之信及其心腹逮捕处死，问题马上就解决了。
从已揭示的史料来看，我们有理由认为，圣祖对耿精忠、尚之信的处置，是一场有组织、有计划、有预谋的政治谋杀。圣祖撤藩，是既定国策，体现了满族统治者的根本利益和要求，当然也符合封建中央集权的要求。耿、尚连同吴三桂及其子孙，再推而扩之，累及他们的部众，都成了撤藩的牺牲品。
圣祖对他们采取的政策，前赦而后治，不能不认为是言行不一，背信弃义。在战争进行中，圣祖千方百计地招抚，许以种种诺言，无论有多大“罪过”，概行宽免，一律不究，官复原职，待遇不变，甚至稍有微劳，即加官晋爵，极尽笼络之能事。他的目的，就是最大限度地孤立分化吴三桂，并借用他们的力量来消灭吴三桂。当他大功告成时，这些人已无使用价值；相反，又视此等曾从叛的人为心腹之患，痛恨起他们曾从恶反对朝廷，尤其对其首要分子和骨干不肯放过，必罗致罪名予以彻底消灭掉，才肯罢休！
吴三桂被消灭后，耿、尚是必欲除掉的首要目标。平心而论，精忠、之信等“归诚”后，还是忠于朝廷的。精忠在沿海防剿台湾郑氏兵，夺回被占城镇，保住了海疆的安定。尚之信在广东、广西屡次征战，招抚，保固了广州及全省，在“归诚”前，已屡次密疏，要求朝廷进兵广东，他予以接应。即使暂时归名于吴三桂，不为所用，保固了广州不受侵害。祖泽清叛于高、雷州，他率部将其击败，立下了不少功劳。在逮捕他们后所加的罪状，多系不实之词，有的是望风扑影，甚至有的是无中生有。例如，尚之信的一个主要“罪状”就是他“投诚”后，在广州按兵不动，屡次征调他出兵，他以种种理由迟迟不行，其实，此言过分。当时广州确实不安定，叛兵进逼广州，如潮州、雷州等处的叛军势力尚强，他有自己的王府的利益在，不肯轻离广州去广西，也是有的。甚至也可以说，不那么忍心打吴三桂，这点隐私就算存在，但从根本上构不成新的“叛逆”行为！在判处精忠时，大学士明珠把之信跟精忠作了一番比较，说了实话，一语泄露天机：他称“尚之信不过纵酒行凶，口出妄言”。毋须解释，此意甚明，他没有把尚之信列入“叛国”“犯上”之罪，用今天的术语来说，他是犯刑事罪：纵酒行凶，随意肆虐他人。按律来断，以他亲王的地位，断不至判死刑！因为扯不上“叛逆”，也就不能处死。圣祖本意是把他调来北京“对质”，却改变主意，匆匆处死了事。大概怕夜长梦多，处决亦可息事。
至于精忠，以参加叛乱而论，他陷得最深，给清朝造成的损失也不小。这一点，他犯下的“情罪”的确比之信重得多。既然业经圣祖亲自赦免，爵位恢复，而他本人却也恭顺，未尝不可以不给条生路。然而，当天下平定时，又来算总账、旧账。正如明珠所强调：“精忠负恩谋反，且与安亲王书内多有狂悖之语，甚为可恶。”事属以往，既往不咎，为什么此时又推翻已许下的诺言？况且他的这番论罪并无新的叛逆事实，却以“归诚”前的罪行为据，来决定其生死。我们从官方《实录》或档案中看不到他们“归诚”后所犯罪行的记录，仅是
揭发人提供的简单而不明确的“事实”。这一切，都说明清朝必须让尚之信和耿精忠死，以绝后患，亦解“可恶”之恨！所以前列揭发精忠的那些具体罪状，多属似是而非，不足为据。如说，精忠与刘进忠“执手耳语”：“乞降非所愿。”试问：耿刘二人“耳语”，除了两人知道外，他人何能知之？徐鸿弼等作为藩下人揭发此条罪状，是怎样得知的？因此，类似的“罪状”，都无法令人信服！这才是欲加之罪，何患无辞！
他们被揭发，都是他们属下人甚至是他们的心腹干的。照情理说，他们随主人叛而叛，随主人顺而顺，已得朝廷大赦，彼此毫无损害，大家可以相安无事，他们没有必要再冒很大风险去告发自己的主人。结果，与人们的估计相反，这些人分别秘密地揭发，一告即准！须知，按以往成例，一个仆从人敢告王爷、亲王，是要犯重罪的！奇怪的是，连之信的生母与异母胡氏、舒氏也告发了自己的儿子！当她们明白真相时，急忙向朝廷申辩：此系王国栋伪造，假托她们的名义告发之信，不予承认。令人惊异的是，朝廷对此重大情节竟不予审查，极力回避，只说胡、舒两氏“饰言”掩饰而了之。这些迹象不能不使人怀疑，两藩的藩下人几乎同时“背主”揭发，难道是巧合？是否受朝廷暗中指使？否则他们何敢如此大胆揭发赫赫的王爷！如，圣祖暗中指使康亲王杰书做精忠的工作，授意他进京“陛见”，目的就是调虎离山，至京捕抓处置！精忠当然明白，他为了表明自己对朝廷忠心不贰，决心悔罪，便毅然来京。很清楚，精忠来京，是圣祖施的一条欺骗之计。精忠的弟弟昭忠等起来揭发，也令人怀疑是否受了圣祖指使的朝廷大臣的“启发”？这同胡氏、舒氏揭发儿子的情节何其相似！至于逮捕他们的办法和手段，完全都是预谋策划好的。
种种迹象表明，朝廷对耿、尚的处置，是有预谋的政治谋杀，不是因一般刑事处死。处死一人即可，还得处死其子、兄弟，再扩大至他们的部属。这就说明圣祖及其统治集团是把尚、耿视为一股政治势力或政敌，从肉体上加以彻底消灭的！对他们的首要人物施以最残酷的刑法，正表明圣祖对他们痛恨的程度。尚之信托了其父尚可喜的荫庇，死得倒“文明”些。
这里，特别要提到，康熙四十一年（1702年），圣祖给尚之信平反：“上（圣祖）廉知公（尚之信）贞诚，特旨赐公妻子归宗完聚，仍赐田房、奴仆，服役养赡。公有未婚女五人皆特恩择配，复赐奴仆妆奁。”他的子孙至雍正朝皆为官。此事不见《清圣祖实录》和任何官书，却载于《尚氏宗谱》。试想，圣祖平反，如无其事，尚家人何敢在雍正、乾隆两朝续修此谱书时记载此事！仅此一事可以证明，当初圣祖杀之信，完全是出于统治集团的政治需要。
自康熙始，清朝统治者把这场动乱称之为“平定三逆”，“三逆”者，吴三桂、耿精忠、尚之信是也！至近世，又衍为“平定三藩”。这不尽符合历史事实，倒是充分反映了清朝统治者的立场和观点。公平而论，尚之信称不上“逆”，耿精忠叛了一年多又“归正”，则当别论。这场战乱从叛者方面说，自始至终，都是吴三桂集团在起主导作用，耿精忠仍视为胁从，有过一段叛迹。因此，正确的提法，应是平定吴三桂叛乱。今人所称的“三藩之乱”等等提法，都是不妥当的。
三藩以外的人，还有一个重要人物王辅臣，他的结局，也未能逃脱一死，不过死法不同而已。
据清官方史书记载，王辅臣系“病故”，未曾受刀斧之伐。其实不然。他这个人颇有政治头脑，当康熙二十年七月，清军正围困昆明时，圣祖下诏，令他随经略图海进京“陛见”，《清圣祖实录》，卷96，25页。他便料知此去凶多吉少，打好了主意。行前，他命人取出库中银两，各分成一封，多的达百两，少的也有数两，皆用字写明。剩余一两万两，放在库中，封上印条，留下账簿一册，记载银两、杂物等项及数目。他怕累及部下，将其余旧账目全部焚掉。然后，召集诸将吏亲随人员说：“你们随我很久，东西南北奔走，犯霜露，冒矢石，受了很多苦，现在我即将跟你们分别，你们都要远走高飞吧！”他根据每人功绩大小，各给一包银子，说：“愿归田的归田，愿入伍的，速投别的军镇，谁也不要说曾在我这里呆过。”众将吏都痛哭不止。辅臣催促说：“你们快走，我的事由我一人担当，不连累你们。从今天起，我们就永别了！”他的部属都被遣散了，还剩下数十人，日夜与他们饮酒。八月二十九日，从汉中已来到西安，他照旧同门下人饮酒，饮到半夜，辅臣老泪纵横，对门下人说：“我起身行伍，受朝廷大恩，富贵已极，前迫于众人，做了不义事，又做不成，今虽反正，但朝廷蓄怒已深，岂肯饶我！大丈夫与其骈首僇于刑场，何如自己死去！可用刀自刎、自绳自缢、用药毒死，都会留下痕迹，将连累经略图海，还连累总督、巡抚和你们。我已想好，待我喝得极醉，不省人事，你们捆住我手脚，用一张纸蒙着我的脸，再用冷水噀之便立死，跟病死的完全一样。你们就以‘痰厥暴死’报告，可保无事。”门人们哭着劝谏，辅臣很生气，欲拔剑自刎，门人们这才同意，依其法行事。到天亮时，就以“厥死”上报，朝廷没有怀疑。《广阳杂记》，卷4，187~188页，参见《清圣祖实录》，卷97，14页。
辅臣如此死法，却是躲过了惩治。别的姑且不论，他杀害满洲重臣莫洛，正如精忠杀害范承谟一样罪大，甚至比精忠罪还重！但他“病死”了，朝廷也就放过了对他的人身惩治，令“停其世袭”之职。他的儿子继贞在父亲归降后，不仅官复原职，还被提拔为太仆寺卿。这时，既削辅臣的“世袭”，又罢免继贞之职，其家属归旗。《逆臣传·王辅臣传》，卷2，16~17页。由此可知，圣祖令辅臣进京陛见，是不怀好意的。他死后，其婿薛英等请携辅臣骸骨及家口回平凉。兵部不准，令将辅臣骸骨及家口一并送到京师。这不难看出，朝廷本意
是把辅臣调来京师，准备拿问的。《清圣祖实录》，卷97，14页。比较起来，耿精忠、尚之信却看不清楚“狡兔死，良狗烹”的道理，辅臣倒有先见之明。早在奉命进京之前，辅臣随图海驻汉中，圣祖频频给他父子俩加官晋爵，他不但没有欣喜，却惶惶不安，越发疑惧朝廷此意不善，曾自缢死过一回，被救醒过来。直到这次叫他进京，便预感朝廷要跟他算总账，不会放过他，让他不得好死，这才决心以此死法，哄瞒朝廷，使各方都不受牵累。
祖泽清，是明末辽东明将祖大寿第四子，他据广东高州响应吴三桂，康熙十六年“归正”，次年又叛。尚之信奉命率部迎击，曾一夜驰行一百八十里抵高州，泽清携家口遁入山中。十八年四月，圣祖明示：凡属从三桂叛的各处大小官员，不管出于何种情况，只要归降一概宽免。惟祖泽清父子受国家厚养，前叛时以为出于不得已，而降后复叛，可知他们父子“甘心从逆”，情罪重大，国法难容，不许招抚，亦不许其投诚，务令各路大军搜山擒获。至八月，泽清和他的儿子祖良梗等被搜出，押送京师。十九年二月，父子都被凌迟处死，他的几个儿子的家口也都被籍没为奴。《逆臣传·祖泽清传》，卷2，23~24页。
从康熙二十年年底攻下昆明后，至次年二十一年五月，圣祖又逐批处决了吴三桂属下已投诚的将吏，他们是：
原任贵州提督李本琛，以“从逆”论处，判磔刑，他的孙子李象乾、李象坤和民籍亲弟之子李济善、李济民一律处斩；《清圣祖实录》，卷100，14页。
三桂任命的将军王公良、王仲礼、巡抚吴谠、侍郎刘国祥、太仆寺卿肖应秀、员外郎刘之延等，“即行处斩”。原任清镇远副将、受三桂封为将军、镇远伯江义，以“情罪甚重”凌迟处死。以上被处死者的首级皆“悬示”。他们各自的十六岁以上的儿子一并处斩，家产籍没，其妻及未及成年之子，查交内务府，其余一般人员可分发山东、河南、湖广、江西安插。《清圣祖实录》，卷102，4页。
胡国柱、王绪、李匡已自缢、自焚死，他们的家属投诚。圣祖以胡国柱三人“情罪重大，伊等子弟法难宽宥”，“悉行处斩，妻女、家口、财物籍没，送交内务府”。《清圣祖实录》，卷102，5页。
彭时亨、谭天秘先叛于四川，后投诚，复叛，“情急归降”，以“罪恶重大”，“即凌迟正法”，割首级示众。《清圣祖实录》，卷102，18页。
仅据清官方记录，满洲人获逆罪被处死的有三人：原任布政使成额、笔帖式书舒处以绞刑，笔帖式巴席因参与甘肃巴三纲之乱，又系满洲人，“情罪甚为可恶”，判斩首，立即执行。《清圣祖实录》，卷101，8页。
以上各案犯皆系要犯，而没有载入官方记录的被处决的“从叛”或“胁从”之人，又不知凡几！这从圣祖的原则规定，可以知道被处死的人非常之多。这条规定是：“凡逆属旧人，及副将以上，悉令进京；参将以下，分插四省。”（指河南、湖广、江西、山东四省）又补充规定，其云南或别省后投靠到藩下的，释放为民，免迁徙四省安插。这样做的目的，是因为他们都是“为逆贼济恶之人，务使离逆贼旧踞之地，斯根株清而萌蘖不复生也”《八旗通志·蔡毓荣传》（初集）卷197，4609页、4612页。。这就是“斩草除根”的意思。
三桂藩中，副将以上的将官，究竟有多少？尚难统计，估计不会少于千名。所谓“逆属旧人”，是指“吴三桂名下真正家仆旧人”，在云南或别省投靠来的人，不在此内。一句话，清朝视为危险的是从早年就追随三桂、与他共命运的那批人。如在辽东时期，或入关后，辽东人投到他门下而被收留下来的人。清朝还把“逆贼所属匠役人口”，也包括在这批人之内！他们因为跟随最久，与三桂已结成了共同的利益，这些人才是三桂的“真正家仆旧人”。他们“助逆”最多，但未曾领过兵，未同清军对抗过，一律处死，处分太过；如留在云南，惟恐不知何时故态复萌，放将这批人悉数迁移北京。他们的人数远比副将以上的人多。据平吴后任云贵总督范承勋报告，他“通查伪包人（指王府服役人员）数”，据原档册报官役人共1 164名，而实际起发京师的达6 305名，还有续收候发的人口为120名。原藩下兵士，原档册报为22 558名，而已起发赴京师的则有27 552名，还有181名尚待续发。这就是说，实际清查出来的“真正家仆旧人”，包括其兵丁，比原报官记录在册的人数要多出不少。这说明，三桂当初有意隐瞒了藩下大量人口。《八旗通志·范承勋传》，卷194。4556页。
