一 731部队从成立之初就展开了细菌研究
（一）细菌战
1932年，在满洲“建国”宣言发布的4月，东京陆军军医学校成立了防疫研究室，室长为石井四郎。据《陆军军医学校五十年史》记载：“防疫研究室从事国军的防疫研究，当然是属于医学作战业务的特种机关，特设在陆军军医学校内。其特设的背景源于昭和3年（1928），驻在海外的陆军一等军医石井四郎在考察各国的情势时，痛感我国缺乏相应的设施，是国防上的一大缺憾。昭和5年（1930）考察结束回国后，就向上司提出了我国防上的缺欠，建议迅速展开研究。此后，石井作为陆军军医学校的教官，在指导学生之余，利用空闲时间日夜进行研究。昭和7年（1932），在小泉教官的支持下，石井获得了上司的认可，于是在军医学校内设置了以石井为头目的研究室。”“随着防疫研究室的进展，石井军医身负选择应用实地之特命前往满洲，为防疫特务机关的建设鞠躬尽瘁。”
结果，军医学校在哈尔滨东南约70公里的五常县背荫河建立了研究设施。
这里的“防疫研究”绝不是单纯的“防疫研究”，实际上研究室从设立之初就以细菌武器实用性的研究和开发为主要活动。
1945年10月6日，同石井四郎一起进行过细菌武器研究的内藤良一，就日军生物战研究的历史对美军调查官桑德斯做了说明：
在这个领域，最初展开活动的是石井四郎中将，这要追溯到石井少佐去欧洲考察、返回日本后的1932年。当时正值禁止生化武器的《日内瓦议定书》的签订，[43]以这时为起点，石井少佐考虑生化武器虽被禁止，但作为武器有潜在的威力。
于是，石井开始了被（国际法）禁止的细菌武器的研究。
曾在背荫河进行该研究的北条圆了在《大东亚战争陆军卫生史》一书中这样记述：“当时我是陆军军医学校附，隶属防疫研究室。该研究室负责细菌战基础研究的使命。”
该研究室成立时，军医学校内实际已经设有负责防疫研究业务的“防疫部”，而“防疫研究室”是与它并列的，目的就是进行细菌战的研究和开发。
（二）违反国际法
日本也派代表参加了日内瓦裁军会议，细菌战在当时的裁军协定中已经被禁止，军部的上层人物当然了解国际舆论是反对细菌战争的。后来任陆军大臣的下村定和陆军省医务局长的军医中将神林浩出席了这次会议，自然了解禁止协定的存在，神林浩也意识到：“全世界的舆论都反对细菌战。”[44]
出席裁军会议的另一名日本代表、陆军省医务局长原田二等军医正还写了关于细菌战的报告书，把日内瓦会议讨论的内容传达给医学界全体，石井四郎当然是知晓的，但未予理睬，“秘密开展细菌战的可能性深深打动着他的心，立志要着手研究日军细菌战的可能性”[45]。
于是，从背荫河研究之始，日军就进行了以活人为材料，使之感染细菌的实验。
据采访当时的队员KY[46]讲，人体实验并不局限在传染病的范围内，比如不给食物只让喝水的实验，观察人能活多久；还有用马血替换人血，观察结果会是怎样。凡能够为战场医学发挥作用的各种实验都进行。实验的材料是中国俘虏和“匪贼”（游击队）。
很明显，这样的人体实验是违反当时的国际法的。
《海牙陆战公约》规定禁止役使俘虏，日本于1911年11月6日批准了该条约，同年12月13日寄出批准函件。该公约的第23条还规定，禁止使用给对方造成不必要痛苦的武器和投放物。第46条规定，尊重个人的生命。另外，公约的前言部分还包括条款引申和扩大的内容，即“在颁布更完整的战争法规之前，缔约名国认为有必要声明，凡属他们通过的规章中所没有包括的情况，居民和交战者仍应受国际法原则的保护和管辖，因为这些原则是来源于文明国家间制定的惯例、人道主义法规和公众良知的要求”。在背荫河进行的人体实验，以及后来的关东军防疫给水部队所进行的人体实验、细菌和化学武器的实验，同《日内瓦议定书》是相悖的，至少从部队成立之初就违反了禁止利用人体实验的国际习惯法。
虽然从战争法规上牵扯到人道问题，但为了用于实战，这项研究必须秘密地进行。
为此，日军建立了严密的警戒体制，所有的军医研究者都使用假名，必须严守机密，不许对外通信。
远藤三郎就任关东军作战主任参谋赴任满洲时，前任主任参谋石原莞尔大佐特意嘱咐：“石井军医正受命进行极秘密的细菌战研究，请予以关照。”为此他几次前往背荫河视察。远藤谈过这一秘密研究所的情况：
该研究所位于哈尔滨和吉林之间、哈尔滨附近的背荫河，周围有高墙，原来是一家很大的酱油厂。在这里工作的军医及下属都使用化名，不准同外部通信，所以对他们有些歉意。部队名字称“东乡部队”。被实验者分别囚禁在严密的牢房里，让他们感染上各种病菌，然后观察其病势情况。供实验的是哈尔滨监狱里的死刑犯，这些人总是要死的，虽说是为了国防，但确实是难以忍受的残酷。死者用高压电器炉焚毁，不留任何痕迹。该研究绝对机密，没有负责的上司，到任作战参谋的我这里为止，所以没有向任何人报告。
对视察的情况，远藤也做了描述，时间是1933年11月16日：
早8时半，同安达大佐、立花大佐一起去交通中队的实验场，视察实验情况。第二班负责毒气、毒液实验，第一班负责电气实验，实验对象是匪贼，每次实验两人。在毒气实验室里接受5分钟光气实验后，出现严重肺炎，病危，但从昨天到现在还活着。被注射15毫克氰酸钾铝之人，约20分钟后失去意识。对一人进行两万伏电压电流的数次测试，但仍没有死，后经注射才死去。另一人用五千伏电压电流实验，数次后没有死，最后连续通电几分钟后烧死。下午1时半乘列车回京。[47]
（三）逃走事件
1934年旧历8月15日，16名被关押的中国人成功逃脱，继续保守该研究所的秘密成为困难。
1948年帝银事件发生时，原731部队的队员被当作怀疑对象，搜查本部的留目和金泽检察官为此调查了原背荫河队员井上政美，根据他提供的内容拟出以下提纲：
《（三）留目—金泽》 谈到背荫河的事情；昭和8年末到昭和9年初的事情；当时石井称东乡太郎，所以称作“东乡部队”；在背荫河约一年时间；背荫河守备队及守备队情况；约200名研究者；这时发生了大批逃跑事件；一年后一度返回陆军军医学校。
在逃跑的16人中，有12人参加了东北抗日联军第三军，当时的第一师长刘海涛获知这一情况后，于1936年1月给共产国际中共代表团发出《关于满洲情况的报告》：
还有一个情报，日本帝国主义专门设置了杀人场。该杀人场位于哈尔滨东南、邻近双城县的拉林县（镇）以东的背荫河。那里有铁路和车站，是哈尔滨至五常、五常至吉林敦化县的铁路。他们在背荫河设置了极秘密的杀人场，外人完全不了解内情。杀人场有能容纳数百人的房屋，门窗都是铁制，被关押的犯人不能望到外面，屋子里用铁棍隔离成许多监房，每名犯人被关押在各自的监房里。
逃走事件发生后，防疫班（东乡部队）唯恐内部秘密暴露，因此关闭了背荫河，一度返回陆军军医学校，后迁移到哈尔滨南岗。
二 关东军防疫部的编制
（一）在军令下创建
1936年，石井率领的东乡部队（又称加茂部队），按照5月30日天皇军令陆甲第七号命令，成为正式军队。这样，东乡部队不再是军医学校研究室的派出机关，而成为一支军队，隶属关东军统辖，所以称关东军防疫部。
现存的档案资料中，至少有以下6份可以证实这一部队是经过陆军中央部的正式编制而编成的部队。
1.《满洲派遣部队一部的编成及编成改正要领决定案》（1936年4月13日）
2.《关于充实在满兵备的意见》（1936年4月23日）
3.《关东军勤务令》（1938年9月8日）
4.《编成（编制改正）详报提出之件的报告》（1939年9月23日）
5.《满洲驻屯陆军部队的编制及编制改正完成之件》（1941年7月1日）
6.《关东军防疫给水部队略历》（1982年4月6日，由厚生省向众议院内阁委员会提出）
在第1份文件中，关东军防疫给水部队着手创建的时期规定为：“昭和11年8月上旬，另一部分可在同年12月上旬”，编制为军医、药剂师等70人，需要时由参谋本部决定，“人员可以增加”。
第2份文件的“三、在满部队的新设及增强改编”中的第23项，内容是：
关东军防疫部的新设增强
按照预定计划，昭和11年（1936）度，为实施急性传染病的防疫对策研究和不明流行疾病等特殊调查，以及进行细菌战的准备，新设关东军防疫部。另外，随着在满部队的增加，昭和13年（1938）度以后再扩充一部分。关东军防疫部的驻扎地在哈尔滨附近。
其中，明确提出关东军防疫部的使命是“进行细菌战的准备”。
第4、5、6份文件都证实，基于天皇编制权的军令确定了这支部队的编制和扩编，而且是极秘密地进行，年提供经费1000万日元（1940年数额），是在对国会议员也保密的情况下秘密支出的。
该部队的编制及部队进行细菌武器研究业务所需经费，需要向议会提出特别报告，纳入关东军非常军事总预算中，这样才能对在议会中占有席位、与军部疏远的议员以部队秘密业务为由保守机密。
原关东军副参谋长松村知胜在伯力审判时作为证人也提供了证言。（内容后述）
（二）保守机密
部队用地选在哈尔滨市郊的平房地区，1936年秋命令当地农民迁出，开始在黄家窝棚和刘家窝棚耕地上施工。
本部栋与研究室栋（ロ号栋）由建设会社松村组负责，在ロ号栋的中央特设有为人体实验而关押收容者的特殊监狱（7号栋、8号栋）。为保守秘密，招募石井四郎家乡的人员进行施工，在利用地缘或血缘关系上真是花费了脑筋。
1938年作为第一建设班到达现场的荻原英夫，在1953年4月15日追记道：“我们主要的工作是修建人体实验所的7、8栋。我们到达时入口和内部已经打成若干隔断，中间部分如同礼堂还没有间隔。7、8栋被3、4、5栋围在里面，从外面根本看不到，入口设有厚重的铁门，3、4、5、6栋的3楼犄角处，安装有照射到7、8栋的照明灯。围着7、8栋的3、4、5、6栋（瓦盖）以及3、5栋之间有相通的走廊（在4楼、砖瓦结构），宽约4米，用水泥涂抹四壁，3栋的楼顶有了望楼。我们到现场时，建设班的技工工藤告知我们，7、8栋的内部工程在本年末（1938年）必须完成，有关业务情况对部队的内部人员也不能泄露，谁泄露了要受到严惩。每天出入7、8栋的人员要向保密班（保守机密的组织）提供身份证明以及接受身体检查。木工、泥瓦工的头目必须把设计图交回保密班。我的叔父青柳是20人的工头，每天要向保密班报告出工人员、作业种类以及场所等。”
另外，哈尔滨宪兵分遣队也经常直接派宪兵到部队，进行部队保密工作，并对在部队内劳动的中国人进行防谍调查。
宪兵队在这里设置了两个组织，一是“协防班”，另一个是“协和防谍班”。
一个是在工人中组织的，秘密收买一些人作为他们的班员，负责调查在营区内工作的工人的思想、言论、劳动态度等。还有一个组织是协防班，设有8个分区事务所，由哈尔滨宪兵队平房分遣队和香坊区警察署平房驻在所共同管理。区长兼协防班的总班长，各分区的协防班长由分区长兼任。各村的村长要对管区内农民的言论、行为进行秘密调查。分区内设置的8个协防班，收买了27人，他们分散居住在平房屯、腰二道沟、义发源、正黄旗三屯，秘密设立了39个协防班。结果，班长以上的密侦就增加到60人。这两个组织的协防班在密侦活动中互相协助。[48]
（三）“特别输送”
与此同时，关东军上层人物策划了以人为实验材料的“特别输送”处理规定。1938年1月26日以“关宪警第58号令”下达给关东军下属的各宪兵队。时任关东宪兵队司令部警务部第三课长、直接负责“特别输送”的吉房虎雄曾亲笔记述：
九一八事变后，日本帝国主义公然允许在东北的部队依据自己的判断便可以随意残杀中国人，称之为“严肃处置”[49]。但是，后来由于抗日志士持续的抗日斗争，这种“严肃处置”到1937年被表面禁止。
之后，关东军司令官植田谦吉、参谋长东条英机、军医石井四郎、参谋山冈道武以及宪兵队司令官田中静一、警务部长梶荣次郎、部员松浦克己等人秘密策划取代“严肃处置”的屠杀中国人民的计划，这就是从特别简单而且无限制地培养细菌的活体材料入手。
1937年关东军司令官下达了“特别输送”秘密命令。“特别输送”就是宪兵队和伪满警察非法逮捕中国人民，如果认定他们有“重罪”，不用经过审判，由宪兵部队输送到石井部队，将其作为细菌实验的材料杀害。[50]
这段文字是吉房在抚顺战犯管理所时写下的，吉房被释放回国后，这些文字在日本公开发表，可见这绝不是强制命令下的供述。
“特别输送”的文件下发5个月后，关东军上层人物认为，平房周围设立特别军事区符合《满洲国军机保护法》，于是颁发了下面［见（四）］的命令。这是1950年莫斯科外国文图书出版局出版的伯力军事审判《伯力审判资料》中，作为证据（照片）收录其中的。
（四）特别军事区
设立平房附近特别军事区之件
关参一发第1539号 昭和13年6月30日 参谋长（签署）
依据命令通告如下：
1.指定平房石井部队厅舍（外墙之内）为特别军事建筑物。
2.附图的甲地区依照满洲国军机保护法规则，列为第三种地区甲号地区，所有禁止事项适用该保护法规则。
3.附图乙地区内禁止营造二层以上的建筑物。
4.关于航空禁止事项，对民间航空（满洲航空株式会社）指定航路及禁止空域。
5.由治安部在部队建筑物的周围揭示甲地域及乙地域的地界与禁止事项，并由防卫司令官执行之。
6.本件只通告与部队有直接关系的部门，不予以公示。（其他略）
关于部队的进驻情况，出生在黄家窝棚的哈尔滨市人民政府地方志编纂办公室副主任关成和先生，曾组织研究者和卫生防疫专家采访了近200名中国人劳工，调查结果如下：
平房特别军事区由1个基地和4条防线组成，日军内部称基地为“17号军事基地”，约6平方公里，建有731部队本部和各种关联设施、队员生活区等。4条防卫线由空中1条和地上3条组成。空中的防卫线分别以军令的形式向军用和民用航空系统提出通告，如果发现违反规定的飞机来到上空，731部队与8372航空队（现哈尔滨飞机制造公司位置）的专用飞机会立即升空迎击。还准备有高射炮。不过，直到1945年731部队撤走，空中危机的情况一直没有发生过。
陆上的防卫线有三道，第一道是围绕“17号军事基地”，即731部队本部的土墙，墙高2米，总长5公里，墙上拉有通电的铁丝网。墙的外围还挖有宽3米、深2.5米的沟壕。土墙东侧有两个门，南、西、北各有一个门，配备步兵哨和哨所。西门经常关闭，南门正对本部的正面，只允许该部队的人员通行，门的旁边有检查所，两侧设有哨兵观察台。检查所的旁边建有80平方米的哨兵室，常驻1个分队的兵力。南门前方一侧立有警示牌，写着“非经关东军司令部的允许不得入内”的字样。中国劳工出入时走北门或东门，每次出入需检查“劳工证明书”，还要频繁地进行询问和搜身。
第二道防卫线是1539号训令指定的“甲地区”，最里侧距离731部队本部约2～5公里。第二道防卫线占地总面积约32平方公里。“甲地区”是特殊管理区，适用伪满洲国《军机保护法》中规定的各项目（未经许可不得进入军事设施及其周围，禁止航空、航行、测量、观察、调查、摄影等）。
第三道防卫线是“甲地区”外围80平方公里的“乙地区”。根据1539号训令，该地区不得建造二层以上的建筑物。在该地区的外围，特别是交通要道立有界线标志，无关者一律不得入内。[51]
以上可知警戒体制是如何的森严，这也正说明关东军的首脑意识到部队的实验和研究与人道背道而驰的严重事实。
三 关于细菌战攻击性的研究
（一）关于细菌攻击性的研究
731部队以“特别输送”的人作为研究材料，反复地进行人体实验，从防御方面推进攻击性细菌战的研究。
原关东军副参谋长松村知胜在1977年写下的《关东军副参谋长的手记》中记述：“石井中佐不仅着眼于防疫，最后策划了攻击性的细菌战。”
研究的对象和用于实验的病菌包括鼠疫、霍乱、伤寒、破伤风等25种以上，还实验了“下雨”散播（病菌）的攻击方法以及病菌冻结干燥便于搬运的方法等。松村对此做了说明：
石井部队长设想制造细菌炸弹，一步步推动研究的进展，为培养以鼠疫菌为主的病菌，饲养了老鼠和跳蚤，然后将陶制炸弹装上飞机，在军医的操纵下投到地面。为了实验，在齐齐哈尔和哈尔滨之间的安达建立了实验场。最后，将实战实验用在中国战场上。根据特别命令，在重庆内地和华中日军撤退的地点投掷，虽然没有获得期待的效果，但是作为一种战略是有效果的。[52]
装有鼠疫菌的陶制炸弹从飞机上投下，在中国战场进行实战实验的事实，标志着731部队开发研究了攻击性的细菌武器。在731部队研究者写成的论文、报告书中，能够证实他们进行人体实验和攻击性研究的资料有以下几份。
1.《因黄弹射击皮肤伤害及临床症状观察》
1940年9月7～10日，以16人为对象，向他们进行了芥子气毒弹等5种毒气弹的人体发射实验，总结出实验的效果。
2.《破伤风毒素及芽孢接种时组织筋力的电位变化》
这是一份将破伤风毒素和芽孢接种在人的足部、背部，观察其发炎情况的实验报告，被实验者14人。
3.《关于斑疹伤寒等病原体的活体外保存》[53]
这是军医少佐作山元治在1942年第十一次日本医学会总会军医学部会上发表的论文，报告了利用干燥保存技术输送病原体，以及干燥的病原体在鼻腔内感染的实验结果。
4.《细菌战》[54]
这是南京华中派遣军防疫给水部队、即荣字1644部队长、陆军军医学校教官增田知贞军医大佐于1942年12月15日发表的论文，战后被美军没收并翻译成英语，现存在美国犹他州达古威实验场资料室，资料号013（胶卷）。
（二）增田知贞的研究
增田知贞的《细菌战》一书发表于1942年，在此前不久的1940年，农安、新京（即长春）流行了鼠疫，日军对浙江省宁波等地实施的细菌攻击也是在这个时期。另外，1941和1942年，日军先后对常德和浙赣地区实施了细菌战战略。
增田知贞的《细菌战》一书中隐去了细菌战的攻击内容，但对使用场合及效果做了详细的阐述。增田知贞在书中对细菌武器的使用对象是这样记述的：“细菌战不仅针对敌方人员，还包括敌国领土内的其他人员、牲畜、家禽、谷类以及野生植物”，“对倾向敌国，有可能成为敌国同盟国的中立国也可以使用”。（第3页）
书中对敌方和士气可以产生的影响效果写道：“无论效果如何，在文明国的国民中散播细菌，将影响到他们的士气”，“如果国内各地发生了疫病，必将耗费大量人员和资源去控制疫病，这样就大幅度地阻碍该国的战争能力”。（第4页）
另外，关于细菌的性质和效果方面，增田更具体地写道：
1.可以使用霍乱、伤寒、赤痢对给水系统进行污染。
2.对食物的污染，可以使用霍乱、伤寒、赤痢、兔热病等病菌。
3.对河流和海岸，使用霍乱、伤寒菌。
4.公共场合和铁路使用结核菌和炭疽菌。
5.对家畜和军用动物，可以使用禽流感A型菌、鼻疽、炭疽、兔热病等病菌。
书中还以符号对浙赣地区流行疾病的病原体及发生地点做了说明。
据中国派遣军参谋井本熊男的日志记载，1940年，井本同参谋本部作战课的荒尾兴功共同策划对宁波等浙江省地区实施细菌战之时，增田知贞也参与其中，而且是指导实施细菌战的人物。他正是基于在中国实施细菌战的经验和效果而写下了这些东西。
《井本日志》中的1942年10月5日，记载了增田知贞大佐关于浙赣作战的结果报告，题为《关于地面实施的实情》，内中称：“PX（P即鼠疫菌）首先成功，在衢县，T（伤寒菌）投入井中成功。”关于投掷的各种方法，增田在《细菌战》一书中称：“攻击战术采用细菌雨和投掷炸弹，装满细菌的炮弹，以及利用间谍等形式实现”，“对不同我军直接接触的敌军，特别是在舰船出港之前，用伤寒菌污染其粮食的方法，可以对付敌人的海军”。（第13页）
关于“重要的战略使用”，记载了如下内容。
对使用细菌武器的计划必须严守机密：
1.攻击目标，主要是军人和军用之物。
2.攻击活动，攻击活动利用飞机迅速实施，为此需要有接近目标的航空设施或兵工厂，为确保安全，应使用鼠疫和霍乱菌。
3.攻击使用的特征
①对污染区可以设置人工防御设施。
②可以削弱敌人的长处。
③使之发生疫病，在敌人密集的区域削弱其战斗力，并影响其进攻路线。
④使敌人的首都和军工厂流行疫病，削弱其政治和军事活动。
⑤在战场上对敌军直接实施细菌武器的攻击。（第11页）
关于外国研究细菌战的情况，增田特别指出，“各国已意识到细菌战的危险性和可利用性”，但没有提到国际上的禁止公约，只是陈述了细菌战的攻击性研究不可缺少：“事实上，细菌战作为奇袭攻击是必要的和不可缺少的，对于防御来说，不可能在细菌战攻击之前予以排除，再文明的国家，利用有素养的科学人才和科学设备，也只能把疫病控制在最小范围，可是如果不具备细菌攻击的能力，将对事后造成极大的苦难。”（第18页）
四 安达实验场
（一）攻击实验
731部队在位于飞机场东侧、平房西南方向城子沟西北120公里的安达建设了被称作特别实验场的野外实验场。在这个实验场进行细菌容器投掷、把活人绑在木桩上利用飞机散播细菌（称“细菌下雨”）、投掷各种细菌炸弹后的感染实验，以及毒气实验等。
731部队林口支队长榊原秀夫曾同牡丹江支队长尾上正男去过安达实验场，战后，他在中国羁押期间供述了如下情况：
见面后因安达设有杀人的实验场，石井说，如果各支部长希望的话可以参加，因此我去了实验场。在安达，第二部的演习员在部长碇大佐的指挥下正在做演习准备。不一会儿，重型轰炸机飞来，走出4名中国爱国者和警备人员。4名中国人被绑在安达演习场内间隔25～30米的木桩上。3时左右，石井四郎、第一部技师二木、总务部企画课长田部中佐也乘飞机到来。3时半，一架轻型轰炸机飞来，从150米的上空投下了陶制炸弹，在50米上空时炸开。我穿着防护衣，从500～600米的远处观看这场惨剧。炸弹里装填有恐怖的炭疽菌，人吸入鼻腔后肯定患上致死的肺炭疽，或者被炸弹碎片割伤引起皮肤炭疽，这简直是犯下残酷的罪行，我也参与其中。[55]
在安达实验场负责检验的第二部鼠疫检验班成员K·S曾对笔者讲述了以下情况：
一次实验多时使用十二三人（“马路大”），通常10人。在一个同心圆的外径，把“马路大”绑在十字木桩上，圆心以十字形白布为目标，通过无线电联系飞机投下装有跳蚤的陶制炸弹。检验人员穿防菌服，在人体图上记载炸弹碎片落在人体的什么部位，飞散到周围的碎片也做记录。然后，把“马路大”用卡车拉回部队。[56]
另外，能够证实安达实验场确实存在的资料还有以下几幅照片：
1.在安达实验场上摄影班班员和设立木桩的班员的照片。
2.安达实验场的风幡（绑在木桩上的布条）和两名工务班班员的照片。
3.运送“马路大”的卡车到达安达和摄影班员的照片。[57]
4.东北人民政府卫生部1950年调查记录《安达鞠家窑细菌工厂纪实》及其照片、略图等。
5.1954年，黑龙江省公安厅调查书《关于日本陆军731部队安达飞机场的调查》。
6.《伯力审判资料》中，川岛清、柄泽十三夫、古都良雄的供述。
五 陆军中央的指导
（一）何人知道细菌战
对于日军的细菌攻击，都是一些什么样的人了解呢？
据井本雄男的日志，在1940年对浙江省进行细菌战的准备阶段，即1940年5月31日记载的“ホ号作战”，左侧署有参谋本部、陆军省、中国派遣军、关东军上层人物的名字，分别是参谋次长泽田中将，参谋本部第一部长富永少将，参谋本部作战课冈田大佐、高月中佐、荒尾中佐、原野少佐、谷川中佐、松前少佐，编成动员课那须大佐、美山中佐，陆军省次官阿南中将，陆军省军务局长武藤少将，军务局军事课岩畔中佐、西浦中佐、松谷中佐、松下中佐，其他还有冈本大尉、原田大佐等。中国派遣军方面有司令官西尾大将、总参谋长阪垣中将以及本多中将、公平大佐、井本少佐、渡边少佐等。关东军方面有司令官梅津中将、参谋长饭村少将以及秦少将、有末大佐、中山中佐等。这些人都是参与作战的陆军上层人物。
中央大学教授吉见义明和立教大学讲师伊香俊哉，根据《井本日志》撰写了《作战日志中涉及的支那事变》，其中：
5月31日，上述成员虽然没有出席会议，但是《井本日志》中记述了为实施“ホ号作战”，即实施细菌战，井本表示必须同参谋本部和陆军省上层人物联系，这是必然的。因为参谋本部的编成动员课和陆军省的军务局军事课，都是实施作战的重要部门。[58]
此后，对一直持续到1942年的对中国的细菌攻击，《井本日志》中的记载表明，所有计划、准备、联络、实施、报告等都获得了参谋本部的指导和承认。
1940年11月25日，参谋总长杉山下发的“大陆指第781号”中，指出：“依据大陆指690号”，“目前正实施特种瓦斯实验”。“大陆指”第781号是依据“大陆命”第439号而下发的，要求在“11月末”前完成作战命令。
这里所谓的“大陆指”，是根据天皇下发的“大陆命”，由参谋总长发出的指令。
据明治大学副教授山田朗的研究，按照惯例“大陆指”是需要上奏天皇的，所以天皇至少是知道细菌战的指示的。
原大本营参谋濑岛龙三也证实：“陆军的命令被称为‘大陆命’，即大本营陆军部命令的简称，海军称‘大海令’，即大本营海军部命令，没有这些命令不得用兵，即使是参谋总长和军令部总长，不经过这些严密的手续，也不得随便动用军队。”[59]
1941年对常德的细菌攻击，9月16日的《井本日志》中也记载：“三、ホ号的大陆指，发令”。
1942年在浙赣作战中的细菌攻击，5月30日的《井本日志》记载，石井四郎少将、村上隆中佐、增田知贞中佐、小野寺义男少佐、增田美保少佐等731部队和1644部队的干部5人被召到参谋本部，“由第一部部长传达大陆指及注意事项”。
以上可见，对中国的细菌攻击是依据“大陆命”，并以参谋总长的名义下发作战指示的。
另据原大本营参谋朝枝繁春证实，1944年塞班岛被美军占领，日军守备队全部阵亡后，参谋本部曾讨论过是否夺回塞班岛，作战课长服部卓四郎为此向天皇上奏了使用细菌武器的打算，但是，“服部沮丧地说，没有得到裁可而归，这样，塞班岛就没有希望了”。[60]
当时，军部虽然明知实施细菌攻击将遭到国际的谴责，却继续进行细菌战，这在井本雄男和陆军省医事课长大塚文郎的日志中都有记载：
对外国的非难谁负责任？医务局能够容易地制定进行攻防的业务，但需要制度的补充（进行卫生勤务的根本教育训练是必要的）。（《井本日志》1941年2月5日）
决定对英美作战（石井）——向军事课提出，多量攻击，先发制人，无须考虑国际问题。（《大塚日志》1943年11月1日）
这段话的意思表明，石井四郎面对可能遭到国际的谴责而毫无畏惧，建议要先发制人、实施大量的细菌攻击。
