一 美国的关注
（一）美国对日军的注意
美国最初关注日本的细菌战，是在日本偷袭珍珠港的前两年。1939年2月，日本陆军军医学校教官内藤良一想从纽约的洛克菲勒医学研究所获取黄热病过滤性病毒，但遭到拒绝，因此向所内人员进行了贿赂。美国陆军部通过洛克菲勒医学研究所了解到这一情况，于是注意到日本正在进行细菌战研究。
6个月后，又有情报传来，东京大学传染病研究所的宫川米次为了获得黄热病过滤性病毒，向洛克菲勒医学研究所所长进行贿赂。参谋部接到这份报告后判断：“日本之所以想获取病毒性很高的黄热病病毒菌株，是准备用于细菌战。”为此采取了禁止把黄热病过滤性病毒及相关设施交给日本及其同盟国家的措施。[61]
从这时开始8个月后，即1941年10月1日，陆军部长亨利·史汀生请美国科学学会会长推举特别细菌战委员会的委员，于是成立了由9名生物学者组成的WBC委员会。
第二年，该委员会向陆军部长提出报告，建议进行“细菌战的攻击和防御方法的研究”，这一提议被总统采纳。1942年8月，以约翰·W.马克为领导，组建了战争研究军务局（WRS），统一协调有关细菌战的所有作业。11月，又成立了陆军化学战部队（CWS），展开了实质性的细菌战研究。
（二）来自中国的控诉
这一时期，正是日军在中国的衢县、宁波、常德等地进行细菌攻击的时期，常德等地鼠疫刚刚流行之后，各类报告也传到了美国。计有：
1941年11月27日情报局的报告。
1941年11月27日化学战部队（CWS）情报部收到科学部的报告。
1941年12月12日化学战部队情报部发表的向中国派出医疗援助团的研究报告。
1941年12月18日目击者说明及化学战部队情报部的报告。
1941年12月19日传教士的说明，以及在中国的耶鲁大学的医疗报告。
1941年12月20日及30日的检测报告、红十字会报告、美国大使馆武官的报告等。
另外，还有中国卫生署署长金宝善的《日军在中国进行细菌战的企图》（1942年3月31日）的报告，以及中国外交部经由美国大使馆转来的报告书。
金宝善的报告在Rocky Mountain Medical Journal1942年8月号上发表。
但是，这些报告长时间没有被确认而被忽视，原因是日本的细菌战研究是在极其秘密的情况下进行的，情报很难获得。对因飞机投下细菌造成鼠疫流行也只是怀疑，因为细菌投下后就立即死亡了。另外，还考虑到日本可能并不具备将细菌武器远距离地运送到美国的能力，所以（对美国来说）暂时还没有危险。
（三）美国对日军的疑惑
1943年4月20日，美军的细菌战研究，以位于马里兰州弗德里克军用机场的底特里克作为基地，开始了正式的活动，以密西西比州的阿伊兰特以及犹他州的古拉尼特·毕克为试验场，另在印第安纳州的威格建立了细菌工厂，以炭疽菌为中心开始生产鼠疫、牛疫、布鲁氏菌等20种以上的细菌，特别研究细菌的寄生体和细菌的散播方法。据当时的参与者称，“能使人、动物、植物发病的病原菌，以及由此而产生的毒素都是研究的对象”。[62]
到1944年春，细菌武器的开发进展到可以将4磅炭疽菌装填到炮弹里。
美军研究人员对日本进行细菌战研究的可能性产生强烈关注是从1943年开始的，这一年美军抓获了许多日军俘虏，发现其中的军医和卫生兵都具有相当的知识和技术水平。为了了解日军是否使用了作为细菌武器的病原体，美军对日军俘虏进行了多次关于疫苗的详细讯问。
急切盼望获得有关细菌战的情报的情报部，特意准备了75项审问俘虏的事项，如作为细菌武器研究对象的病原体是些什么，在什么地方制造，如何保管，参与的人员是谁，等等。
同时还向各方发出通告，要求“在太平洋作战的美军，要确保有关细菌战的医学书以及器材等补给品的保存，认识其重要性”；“有关日军细菌战的证据，无论是什么，都要立即报告给谍报本部”。
1944年12月4日，美军从第230号日军俘虏口中，第一次确认日军在中国浙江金华附近、湖南常德附近的确进行过细菌战。该俘虏还回答：“前述（细菌战）的事例，都是通过飞机散播细菌。”
这样通过对许多俘虏的持续调查，美军终于在1945年4月6日在审问4名俘虏时断定，（日军的细菌武器研究）是在陆军的指导下进行的，“细菌研究所在哈尔滨”，参与细菌战的人物有“神林军医中将、梶塚隆二军医中将、石井四郎——关东军细菌研究所长”等。
5月，陆军化学战部队向湖南常德派出了调查组，重新调查1941年11月4日日军在该地散播细菌的情况，详细听取了第一位检查日军飞机的投下物、第一位诊断鼠疫患者并进行了尸体解剖的谭学华医师的报告。最后，调查组长杰姆·R.盖德斯提出一份报告，作为调查组的结论。报告中称，“日军投下谷物之前，当地没有发生过鼠疫。在形态学上类似PP的细菌表示，以及谭博士预测鼠疫流行，米谷类投下7日后的多数患者出现，这些症状都证实了其可信性。这是日军使用细菌武器、并在中国当地获得的最有力的证据。考虑到这些事实症状，恐怕是属于实验试行阶段。之所以如此认为，是因为后来没有对这些战术进行观察，也没有得到报告。”“我们认为，1941年11月，日本在常德散播了含有鼠疫菌的米谷类物质，造成鼠疫扩大的可能性极大。”
在战争临近结束的1945年7月26日，美军情报部将此前收集到的情报简要地汇集成一份报告书，内中认为：
日本尚没有在大规模的攻击中首先实施细菌战的意图，但是，在不被发现或被发现可能性极小的小规模攻击中曾使用。
从上面两份报告书可知，在战争结束之前，美国意识到调查日军细菌战研究的必要性，但是并没有把这一研究视为“严重的威胁”，美国认为日军在中国实施细菌战是事实，而且判断其属于小规模地“实验试行”。此时，美国还没有掌握日军利用活体反复进行实验，以及对美国实施细菌战攻击的计划。
二 战争结束时日本毁灭证据
（一）“国体护持”
1945年7月26日，美、英、中三国发布了敦促日本投降的《波茨坦公告》。
铃木贯太郎首相排斥《波茨坦公告》，宣布要把战争进行到底。8月6日，广岛被投下原子弹，接着8月9日，原子弹又在长崎爆炸，苏联开始进攻满洲。于是，战争最高指导会议召开成员会议，在阁议的基础上召开御前会议，最后由于天皇的裁断决定接受《波茨坦公告》。
无论是主张接受还是不接受《波茨坦公告》，争议双方都是站在以护持皇室为第一位的立场上的。
据负责记录会议经过的御前会议干事、综合计划局局长池田纯久记载：
铃木贯太郎总理发言，本日以讨论《波茨坦公告》为中心的战争指导会议，其意见归纳如下：
1.绝对保证皇室的地位安全。
2.（部队）解除武装，复员返回内地。
3.战争罪犯由本国处理。
4.保留保障占领。
另外，外务大臣提出如下意见：
7月26日三国共同宣言（《波茨坦公告》）提出的各条件中，除不变更天皇在国法上的地位外，其他条件日本政府予以承认。
外务大臣案 赞成 6
四项条件 赞成者 4
中间 5
但也有减少条款的意见。
东乡茂德外相的“唯一提案，是护持天皇的安泰”。对此意见，海军大臣米内光政表示同意。陆军大臣阿南惟几的意见是：“要和平，必须绝对保证（我们的）四项条件。”参谋总长梅津美治郎的意见是：“四项条件不过是（让对方做出）最小限度的让步。”可见，尽管他们接受《波茨坦公告》的条件各有不同，但其考虑的第一目标是护持皇室和统治权。
第二天的8月10日，日本政府发布通告，要求在理解“不变更天皇的国家统治大权”的前提下接受《波茨坦公告》。
对此，美国国务卿贝尔纳斯的回答是：“（日本）从投降之日起，天皇以及日本政府的统治权限从属于盟军最高司令官。”贝尔纳斯又通告：“日本最终的政治形态依照《波茨坦公告》，由日本国民的自由意志决定”，（盟军）占领统治通过日本政府实行间接统治。
这样的结果，是对旧统治势力的安抚。
对日本的占领统治，正像以往讲的那样：
日本不存在意大利那样强有力的抵抗势力，间接统治这种形式，是使旧势力得以存续的条件。因此，日本的统治阶层，以“国体护持”为最大目标，维持天皇制和社会秩序成为最大的课题。占领军进驻后，逐步推行占领政策。而日本政府则千方百计为实现“国体护持”，进行了持续顽固的抵抗。[63]
美军进驻不久后的9月6日，杜鲁门总统向麦克阿瑟下发了《（日本）投降后美国初期对日方针》，遵照其中关于处罚战争罪犯的方针，从9月10日起，美国方面发出逮捕战犯的指令。
9月18日，东久迩宫稔彦总理召开记者招待会，提问集中在天皇的战争责任和虐待俘虏问题上，当时他没有予以明确回答。9月21日，日本政府才形成《会见外国记者后的措施事项》，着手制定战争罪犯问题的对策，同时要求各部、局制定“天皇没有战争责任”的说明。
10月2日，盟军总司令部设置法务局，开始战犯的罪证收集和调查活动。
内阁为了制止战争责任问题波及天皇，遂于10月3日把各部、局的说明进行了归纳，形成《关于战争责任等的应答要领》。
在这样的形势下，日本政府以及旧军队上层人物都把“国体护持”作为第一要义和最重要的课题。根据“大陆命”下达的“大陆指”，731部队对中国实施细菌攻击是不容否认的事实，违反国际法利用人体实验进行细菌战研究，更是极其隐蔽的事实。
11月5日，内阁做出《关于战争责任之件》的阁议，决定按照宪法运行的惯例，大本营和政府决定的有关作战事宜，包括未被天皇否决事宜，须坚持以下原则：
关于战争责任之件
第一，一般原则
必须坚持以下几点以为准绳
1.必须坚信大东亚战争是帝国鉴于周边局势而不得已之举。
2.天皇陛下一直主张对美交涉，寻求和平解决。
3.天皇陛下对于开战决定、作战计划实施等项，遵从宪法运用和确立的惯例，碍难否决大本营或政府决定的事项。
4.为了避免在日美交涉过程中发动攻击，在下达日美交涉结束的通告上付出了努力。
注：当时帝国面对军事和经济方面的压力，发动自卫权，受到关于开战规定的海牙条约的限制。
5.宣战诏书主要是以国民为对象，是面向内部的。
6.鉴于美国同英国及其他国家的关系，不能对它们分别对待之。[64]
（二）政府和军部指示销毁证据
决定接受《波茨坦公告》后，日本于8月15日播放了天皇的“玉音放送”，陆军省召开了联络会议，阿南惟几陆军大臣指示销毁证据。
后来，从俘虏情报局长田村浩的记录中证实了这一点。
1946年3月7日，东京审判国际检察局（IPS）的G.S.乌尔瓦斯在讯问田村时，田村回答道：“能让联合国看出的对己不利的军方文件全部烧毁了。”这一命令是由副官口头传达的，所以（烧毁文件）是按命令行事。
对于731部队，陆军省军事课员新妻清一中佐则更早就做出了决定，于8月15日上午8时30分下达销毁证据的指示。
新妻是负责包括日本陆军特殊武器研究等所有技术研究的责任人。据共同社记者太田昌克对新妻的直接采访，新妻称：“14日早，得知战争结束的消息，不是（陆军）大臣的命令，而是我本身做出的判断。”“细菌武器的开发在国际法上触犯了禁止细菌武器的《日内瓦议定书》，如果让美国知道会有麻烦。所以我决定尽早处理之，于是同有关方面进行了联系。”
新妻还证实：“在忙乱的陆军省的一间办公室里，我开始给国内外的有关部门打电话。早8时半，首先打到负责武器开发和制造的陆军兵器行政本部。”“得到战争结束消息的新妻中佐最先映入脑海的是负责秘密战、谋略战的陆军登户研究所（又称陆军第九技术研究所），该所正在秘密开发对美作战的秘密武器，称‘ふ’号。新妻命令该所的负责军官处置‘ふ’号。”“接下来联络的是正在苏联军进攻下败退的关东军，主要是关东军属下负责防疫给水的两支特殊部队。事实上，一支是与防疫和给水的本来业务有别，而是使用‘马路大’进行细菌武器的实战开发的731部队，另一支是策划对家畜和农作物进行细菌攻击的第100部队。随后，新妻又联络了负责粮秣管理的陆军粮秣本厂，处理的对象是‘粮秣本厂一号’，这是一个代号，实际是在种子岛研究特殊武器的部队。这样，新妻给有关部门打了一通电话后，又对来办公室拜访的陆军省医务局有关人员传达了电话联络的内容，他们都领会了‘处置’一事。”[65]
这时，中午的“玉音放松”开始。为了不忘记，新妻将上午联系的部门、时间、接电话的人员做了记录，题为《特殊研究处置要领》：
《特殊研究处置要领》
（昭和）20年8月15日 军事课
一、方针
不给敌人以不利证据，紧急处理和销毁特殊研究之证据。
二、实施要领
1.“ふ”号以及登户关系已向兵本草刈中佐直接传达，立刻处置。（15日8时30分）
2.关于关东军、731部队及100部队已同关东军藤本参谋电话联络，予以处置。（本川参谋不在）
3.“粮秣本厂一号”向粮课主任渡边大尉联络，处置之。（15日9时30分）
4.找来医事关系主任直接传达了要领，联络对象是小野寺少佐和小出中佐。（9时30分）
5.找来兽医关系的主任，直接传达要旨，联络人出江中佐。（仅内地文书，10时）
上述记录是用铅笔书写在B5便签纸的背面，现存放在新妻的遗属处。
虽然这一毁灭证据的指示是陆军省一名军事课员的个人决定，但联系前前后后，陆军大臣也在之后同样下达了“烧毁能让盟军看出的对己不利的军方文件”，这说明它是体现了陆军省意志的指示。
事实上，就在新妻同关东军联系之时，731部队已经销毁了证据，他们解散了部队，队员们偷偷向日本内地和朝鲜江界方向撤退。这是因为大本营作战参谋朝枝繁春中佐直接向石井四郎部队长下达了指示，所以采取了行动。
8月9日早4时，在市谷参谋本部作战室的朝枝中佐，就同关东军司令部直接通了电话，通知他们苏联已经开始了军事行动。
当时朝枝中佐最担心的问题之一，是关于731部队的事情。他后来在手记中写道：
我意识到，731部队如果落在苏联军队的手里，它的真相将暴露于世界，不久就会引发“天皇是战犯”的大问题，这牵扯到天皇的根基问题。[66]
8月10日，朝枝经上司批准，以参谋总长电名义，给石井四郎发出密码电报，内容是：“目前苏联已经对日宣战，关于贵部队的处置，请协助朝枝参谋，于8月10日中午时分，在新京军用机场等待晤面。”
在同一时刻，关东军司令部正在研究731部队的处置问题，决定将所有的实验室及细菌培养设施销毁。
对于此事，关东军副参谋长松村知胜在伯力审判时向检察官提供了证言：
12.部队所有的设备秘密处置，绝不能落在敌人手中，不仅如此，因为部队展开的业务本身是秘密的，为了掩盖这些业务的真相，必须制定对策。换言之，部队进行细菌战准备的业务以及利用人体进行实验的痕迹都必须予以销毁。
关于解散731部队和撤往朝鲜的命令（731部队为了防备苏联的进攻，事先由先遣队在朝鲜江界构筑了阵地），是由松村的部下草地大佐拟定的，由山田乙三司令官署名，送交到该部队。
与此同时，8月10日中午，朝枝参谋在新京第二军用机场的机库里与石井部队长会面，向其传达了参谋总长的特别命令：
1.贵部迅速全部地毁坏之，队员一刻不留地尽快返回日本本土，一切证据物件等，必须永远从这个地球上消失。
2.为此，由驻哈尔滨的某某师团派出工兵一个中队，配属贵部，爆破贵部的一切设施。
3.建筑物里的“马路大”，用电动机处理之，然后投入贵部的锅炉里焚毁，其骨灰倾倒进松花江里。
4.贵部53名细菌学博士医官，用贵部的飞机直接运送回日本。其他职员、妇女、儿童等利用满铁运送到大连，再返回内地。为此，关东军交通课长已经同满铁本部电话联系，下达了指示。在平房站有直通大连的特急列车（可运送2500人左右）。
以上可见，陆军省军事课、关东军司令部以及大本营作战课等军部上层人物，在苏联进攻开始后，立即浮上心头的是731部队的处理问题。正像山田乙三司令官在伯力审判中供述的那样：“关东军司令官没有中止这些部队（731部队和100部队）业务、解散部队的权力。”尽管如此，山田司令官还是指示731部队销毁证据。新妻清一中佐也是如此，超越了自己的权限。这说明掩盖731部队的活动是最重要之事，是比任何事情都优先的急务，陆军三方的动作清楚地说明了这一点。
按照命令，731部队立刻开始销毁证据。返回日本的朝枝参谋偶然目击了那种情况：“8月16日傍晚，我回到立川机场，立即去市谷台上的参谋本部作战课，办公室里乱七八糟，我搬出重要的文件和机密文书，室外，焚烧文件的烟尘弥漫在空中。为了防备盟军司令部不久后的占领，准备销毁所有的证据。”
（三）部队的破坏与撤退
接到军部上层的命令后，731部队全力进行了毁灭细菌战研究证据的行动。对部队的中心建筑研究栋（称ロ号栋）以及研究设备、实验用具、资料等予以销毁。
当时，部队内有特设监狱，称七号、八号栋，被关押的实验对象“马路大”由吉村班（负责冻伤研究的班）和特别班（监狱看守班）负责用毒药杀害，再由部队的现役兵（西山班）和军属少年班在ロ号栋中部焚尸，骨灰装进草袋子里，同被破坏的监狱铁门一起用卡车运走，按照朝枝参谋的指示，丢进流经市区的松花江里。
安达野外实验场是利用人体实验细菌武器的场所，其设施、建筑等，均不留痕迹地予以销毁。
1940年12月以来，731部队在中苏边境的孙吴、林口、牡丹江、海拉尔以及大连等地设置了支队。第二部（实验研究部）部长碇常重大佐驾驶轰炸机往返，把各支队的菌种和重要资料运送回本部，其余设施全部毁掉。
除ロ号栋以外，部队还有70余栋建筑及设施，由工兵将其炸毁，仅留下了部队本部，即第一栋，因为这里没有部队业务会被发现的担心。其他如队员宿舍、航空班、田中班、冷冻实验室以及小动物饲养场等建筑一律加以破坏，只剩下部分水泥残骸。
据沟渊俊美伍长的见闻，用于实验的404名“马路大”全部被处理掉，尸体搬运和焚烧阶段有亲历者大竹康二作证，运送骨灰有铃木进自述。这些环节紧紧相扣。除笔者亲自采访过他们外，沟渊、大竹、篠原鹤男等人还将参与销毁证据的行动汇编成书，以真实姓名出版。[67]
据731部队大连支队（大连卫生研究所）总务部长目黑正彦自述，8月15日傍晚，石井部队长乘飞机来到大连卫生研究所，带来部队被破坏后的摄影照片，称准备给内地的陆军省看。可见，石井的确遵从了陆军中央的命令，进行了隐匿罪证的行动。
但是，主要干部的相关研究数据等重要资料却没有被烧毁，而是被偷偷运回了日本国内，藏匿在金泽市，后来又转移到千叶县石井四郎的故里、原第四部部长增田知贞的家里。关于这些资料的运输过程，运输班的司机越定男在《日之丸·红色泪》一书中做了详细的记述。
731部队第一部血清班的负责人秋元寿惠夫，在战后不久把自己亲身经历的部队破坏经过正式出版。[68]动物班班员郡司阳子（化名）在《证言·731石井部队》[69]一书中也详细记载了部队撤退时的情景。
根据厚生省发表的《关东军防疫给水部队略历》以及原队员的记述，撤退时第一批约1300人是在途经新京附近时得知停战的消息，然后南下经朝鲜回国，其他队员也是从8月26日到9月5日，经釜山返回仙崎、萩、米子、门司等港口，然后上陆复员。
（四）向队员下达的封口令
为绝对保守秘密，石井队长在撤退之际，命令队员携带一旦需要时自杀用的氰酸钾铝。另外，对约40名隔离入院、“业务感染”（在作业中发生感染事故时称“业务感染”）的带菌队员，考虑到不能将其带回国内，用氰酸钾铝杀害，为的是保守秘密。[70]
撤退途中，在新京附近，石井队长得知战争结束的消息，唯恐队员复员后在内地暴露其犯罪事实，在新京车站和釜山港严厉命令队员对军历和业务内容严守机密，队员之间不得相互联系，不得从事公职等。
731部队的复员是作为军事机密处理的。陆军省军事课致石井队长的通知，现存放在防卫厅防卫研究所。内容如下：
军事机密
关于一部分部队复员之件 陆机密电88号（昭和20年8月28日）
关东军司令官及中国派遣军总司令官：
兹决定防疫给水及化学部有关部队的一部分或全部迅速复员。
关于实施复员的细则依照陆机密电第86号执行。此外，关于关东军防疫给水部队本部的复员，依据陆机密第369号《帝国陆军复员要领细则》执行，但是对该部现役军官中部长以下极少数的军官，不另外下达命令，命其充任金泽师团管区司令部附，待其他现役军官复员结束后的第二日，依照预备役细则第7条第6号转属。
注：此件已传达至石井中将。[71]
这里安排极少数的军官充当金泽师团管区司令部附，是考虑到如果需要重新召集部队，可把金泽作为部队的本部。另外，将队员转为预备役，是为了防止队员分散，泄露秘密。
队员们在各个港口登陆后组成小组回乡，之后在全国各地设立联络站点，由联络员经常走访，检查其是否严守队长的命令，并根据情况以生活费为名支付金钱，为的是封住他们的嘴。
面对这种态势，也有些队员并不贪图一直在威胁着他们、防止他们泄露秘密的石井的金钱，他们给石井发去信件，信件现在美军米德基地存放保管。[72]
这样的隐匿工作后来一直持续着，GHQ着手调查、命令各地的队员出面时，下级队员唯恐被当作战犯起诉，所以更是闭口不言。
东京审判结束后，1948年帝银事件发生，原731部队的队员成为嫌疑者被追查，队员们对731部队的一切事情更是缄默不语，包括几乎所有队员的家属也保持沉默。
三 战争结束后的隐匿
（一）桑德斯的调查
美军在战争结束时，就派出科学调查团成员、底特里克基地细菌战研究的第一人桑德斯中校到日本展开调查。
桑德斯的助手是内藤良一军医中佐。内藤是军医学校的教官，是到洛克菲勒研究所索要黄热病菌种的人，又是参与对中国的细菌战、参与南方军防疫给水部队进行细菌战准备的人，这一切桑德斯并不知道。只是因为此人是细菌学者，又能讲英语，所以聘用他担当这一工作。
调查从东京大学传染病研究所所长宫川米次开始，然后涉及军医学校防疫研究室室长出月三郎、细菌学教室室长井上隆朝以及军部的上层人物，没有获得有价值的情报。
出月、井上只是介绍“陆军内部流行病的防御”的研究内容，对研究者也只是提供了军医学校研究员的名单。
桑德斯只好评论称：“这是关于细菌战的最初会谈，完全不能令人满足，日本军医讲的如果是真的，从防御的侧面看也完全是幼稚粗放的。”这样，实际情况继续被隐瞒下去。
日本方面坚称细菌战的研究只是防御方面的研究，讯问出月、井上的问答记录如下。
问：军医学校进行了细菌战的攻击研究了吗？
答：什么都没有做，关于细菌战的攻击方面没有进行研究。
问：如果遭受攻击，最准备使用的是哪种细菌武器的病原体？
答：肠伤寒菌或肠管道细菌。
问：细菌战的攻击方面，没有进行任何研究，能解释得通吗？
答：的确没有进行攻击方面的任何研究，只是研究如何避免敌人的攻击。这些研究都在军医学校进行。
问：我们从许多各自独立的情报来源得知，日本存有细菌战使用的炸弹。关于这些炸弹的特征，所有情报提供的都一致。
答：这是战略的？[73]是事实，是我们责任外的事情，当然我们一无所知。
问：那么，谁知道这些事情？
答：参谋本部的人员。
问：参谋本部的谁？
答：我们也不知道。
问：如果没有攻击方面的知识，如何在防御研究上取得实效呢？
答：我们相信所采取的基本措施。
问：防御方面的研究记录可以让我看看吗？
答：建筑物几乎都烧毁了，有关细菌武器的医学研究资料也焚毁了。
从本文第一节第三、第四部分提到的细菌战攻击性研究、在安达实验场的实验、对中国的细菌战实施等事实来看，他们明显是在撒谎。
他们称所焚毁的研究资料，实际早在疏散时就被藏在山形和新潟的疏散地。
11月以后，桑德斯陆续调查了陆军上层人物，他们提供的都是虚假的证词，只有一点是相同的，那就是都坚持主张没有进行攻击性研究。
原陆军省次官若松只一：“我对细菌战不感兴趣，强调的是防疫。”
原参谋次长河边虎四郎：“据我所知，日本陆军绝没有进行攻击性研究。”
原参谋总长梅津美治郎曾任关东军司令官，多次下达对宁波、衢县进行细菌攻击的命令，他竟然说：“明确地说，日军没有进行攻击性研究的意向，唯一目的是研究有效的对抗措施。”
他还说：“使用细菌是国际法禁止的，因此我相信在任何场合都不应使用这种战斗方法。”
陆军大臣下村定，是曾参加包括细菌战在内的浙赣作战的第十三军司令官，也称陆军省不了解这类研究，“陆军省不知道在满洲的石井部队，只知道他们是独立地进行对细菌战的防御研究”。
桑德斯问：“防御给水部队这样大的组织已成立了十几年，陆军省竟然不知道他们有能力研究这个问题，实在令人吃惊。”
答：“是的，我也有同感，我也很吃惊，因此我想调查一下防疫给水部队。”
以上可以看出，这些回答都是虚假的，而且为了掩盖真相，他们事先统一了回答内容的口径。他们虽然站在各自不同的立场上，但是不难看出，他们所从事的是一种国家掩盖行为。
还有，不难想象的是，辅佐桑德斯的内藤良一一直在背后接受指示，是控制情报来源的人物。多年后，英国BBC节目制作组采访了桑德斯。
问：事实上，交到你（桑德斯）手里的情报，都是由内藤控制着吧？
答：是的，后来我才明白这一事实。确切地说，他（内藤）很谦虚，又很有心计，每天早来晚归地工作。有趣的是后来我才知道，他并不是回家，而是奔走于日本的各个司令部（headquarters）。
问：是为了整理第二天给你提供的情报吗？
答：是的，是报告给我们的任务（mission）。
问：不客气地说，他不过是为了你已经了解的情报忙碌吧！
答：完全是这样。
由于工作进展得不顺利，桑德斯曾威胁过内藤。桑德斯说：“我对他说，这样下去，不仅丢脸，还有可能被送回国内，这样下去简直是合伙蒙骗。其实，我完全没有回国的意思，想让他害怕是事实。他说，‘你24小时什么也不必做’。我对他说，不然就要来一位比我更厉害的人替换我。”
就这样，第二天的10月4日早，内藤才拿来两页手写的报告，是从天皇到中国各地防疫给水部队的系统图和组织图，并概括记述了细菌武器研究的目的和结果。
可是，关于人体实验的事情却一直被隐瞒。这份报告的最后一页有桑德斯签署的意见：“曾问过内藤博士是否使用俘虏作为实验用的‘活体材料’，他发誓说那样的事情绝对没有。”
桑德斯认为，这份报告是调查的突破口，就将它交给了麦克阿瑟，并提出如下方案。也许，对桑德斯而言，获取细菌战的情报比追究战犯更为重要吧。
如何做才能（把资料）科学详细地搞到手：向内藤承诺，参与细菌战的相关人员不作为战犯被审判。
麦克阿瑟说，你是此事的科学方面负责人，当然不能实行拷问，但不这样做情报恐怕也不能到手，对内藤的承诺可以说是麦克阿瑟的意思，这样，资料就能到手。[74]
桑德斯把免于起诉的意思转告内藤。两天后，首先从讯问内藤开始，接着讯问了对731部队非常了解的新妻清一中佐，负责设计和制作细菌炸弹的金子顺一少佐，以及石井四郎的臂膀、策划细菌攻击计划并发表过细菌攻击方法论的增田知贞大佐，对他们进行了调查。
可是即使以免于起诉为条件，内藤仍没有放弃警戒心，一些隐匿的事实仍没有搞清楚。
这时正苦于应付关于731部队预算情况讯问的新妻清一，接到了来自增田知贞的一封信。
此时正是补充调查的时候，桑德斯把调查的结果写成报告书，文中可以看出增田知贞在隐匿工作中下了多大工夫。
原则上日军没有实施（细菌）攻击的计划，因此在预算上即使有攻击用的预算，但是并没有进行，只是做了攻击研究方面的预算而已。而且限于731部队使用范围内，在部队研究预算中只是一小部分。实际上，731部队攻击使用的预算中大部分属于PX方面，实际数字如不隐匿，则会暴露出攻击意图。
桑德斯调查的结果是，好不容易了解了细菌炸弹的种类、构造等，但是对日军利用人体感染率来进行实验和研究，即隐秘的人体实验的事实没有搞清楚。
（二）汤普森的调查
桑德斯在调查的第一阶段结束后返回美国，围绕着细菌武器和化学武器的高额支出，官僚之间发生了争执，桑德斯是为了协调这些关系回国的，但是因为他患了肺结核就没有再返回日本。
被派到日本接替他的是底特里克基地的阿沃·T.汤普森中校。在底特里克基地汤普森就研究了桑德斯的报告，决定从审问北野政次等二人入手，从而搞清平房部队的活动情况。因为北野从1942年8月就同石井在一起工作，后来接任731部队长。
桑德斯也把自己的怀疑之处提示给汤普森：“我对汤普森谈到炭疽菌炸弹和人体实验时，他很认真地听，我指示他要特别调查宇治型炸弹和炭疽菌的实验情况。”
汤普森在日本的调查从1946年1月11日开始，在此两天前，GHQ和SCAP就向日本政府提交了“关于将石井中将带到东京的命令”备忘录，内中要求日方，如果石井在1月16日前没有到达，必须详细报告石井的下落和没有出面的理由，以及强制石井出面的时间。
可是，日本政府在1月16日竟回复称：“终战联络中央事务局毫未耽搁，立即用电报同金泽地区有关部门联系（听说石井在金泽），但至今没有回信。”第二天，即1月17日，又回复称：“东京牛込区若松町77号石井四郎将军家中来了电话，他已经返回自宅，但患了胆囊炎。特此通告。”
所以，汤普森是从1月17日开始讯问石井的。此后的5周时间里，在技术情报部部员D.S.埃里斯中将的协助下，汤普森对石井进行了断断续续的讯问。
在讯问面前，石井隐瞒事实，拒不承认曾使用俘虏进行实验和大规模开发细菌武器，称在平房只是使用小动物进行了小规模的研究。
在此调查期间，苏军已经对满洲进行了封锁，同桑德斯一样，汤普森也未能到满洲现场进行调查。
另一方面，战争结束时任第十三军军医部部长的北野政次在上海被俘，被关押在拘留所里。1946年1月9日，美军用飞机把他带回日本。1月11日，S.E.哈瓦伊特塞茨和A.H.修威西典巴古（音译）两位上校对北野进行了调查讯问。
北野称没有将细菌武器作为武器的意图，在平房的研究只是使用了猴、鼠、灰鼠等小动物。对汤普森的讯问，北野继续隐瞒着实施细菌战的实情，回答称：“那样的实验是不能使用人类的”，“细菌战在《日内瓦议定书》中是被禁止的事情，是不被承认的行为”。
北野隐瞒事实的举动，实际是按照背后的指示行事，即告诉他如何歪曲事实的指示。这封指示信现存新妻清一的家中，是用陆军便笺纸手写的，内容是：
同北野中将的联络事项
1.“0”与“保作”绝对不能讲出来。
2.关防给的石井队长等还在满洲。
3.增田大佐排除万难单独返回，向“麦”司令部出头。
4.关防给的总务部长兼第四部长大田、第一部长菊池、第二部长碇、第三部长兼资材部长增田大佐，其他人调转或解职。
5.第一部负责研究，第二部防疫实施及指导，第三部给水实施、指导及资材修理，第四部制造、资材保管、补给等。
6.七、八栋乃中央仓库，田中班负责P研究，八木泽班负责自营农场。
7.“保研”除石井队长、增田大佐外，无人了解全况。因研究分工详细，又经常换人，他人只是部分了解情况，而且其目的也不得而知。
8.北野中将在任时，“保研”只是在前任的基础上进行了若干实验，没有积极进行，处于停止状态。
9.“保研”没有上级指示，为了防疫研究的需要进行了一部分研究。
10.北野中将在任时专门从事流行性出血热的研究。
上面暗语的“0”指的是实验用的“马路大”，“保”即细菌战，“作”是作战，“保研”指细菌战的研究。另外，把监押“马路大”的七号、八号栋说成是中央仓库，从事鼠疫跳蚤研究的田中班称作进行鼠疫研究。把八木班为研究植物破坏病菌的菜园说成是自营农场，这就是指示的实际内容。
前面提到，部队队员已经转业，指示的内容明显是告之要扯谎。第3项的增田“单独返回”也不是事实，对此部队撤退时许多队员都亲眼看见了。
第5项中，第二部负责“防疫给水实施及指导”也是假的。实际上，该部负责安达实验场的管理、实验的实施等事宜。
第8项也不是事实，从1943年到1944年，北野曾在安达实验场进行过炭疽菌和鼠疫菌的人体实验，伯力审判时，柄泽十三夫和古都良雄都证实了这一点。
另外，与前述井本熊男的日志对照，第9项也是假的。
新妻在去世前，曾对前来采访的共同社记者太田昌克说，上述指示共做了80份，如果新妻讲的属实，想是用来发给有关人员，以求口径的一致。
据新妻称，这份回答讯问的指示是他搞的，但是肯定经由政府有关人士而做出，如此认定决不牵强。
对石井的讯问，起到作用的是石井的长女春海。
在春海负责讯问记录的打字工作之前，由原参谋本部作战课服部（卓四郎）负责此项工作，此人曾参与对美国和澳大利亚实施细菌战攻击的策划（据陆军省医事课课长大塚文郎的备忘录记载）。1945年12月1日，陆军省改编为第一复员省时，服部任史实调查部部长。1987年4月27日，记者西里扶甬子采访了春海，春海说：
最早接触石井队长的是GHQ的美国人，可能是汤普森。服部（卓四郎）参谋负责准备工作，他找来的陆军省的翻译マキ也来了，讯问的内容在打字后由我送到原陆军省大楼里。联络的事情完全由我进行，这是服部的命令，学会打字也是按服部的指示做的。
可以看出，政府方面也参与了汤普森的调查，731部队的相关人员相互联系，互相通气，共同掩盖了（731部队的犯罪）事实。
结果，汤普森拿出的报告同桑德斯一样，关于731部队人体实验的内容一点也没有涉及。
但是，有一点值得怀疑，即“日本关于细菌战的研究及准备，从各种情报源获得的情报看，很具有系统性，通过讯问情报提供者也得以证明，这说明情报无论是在质量还是数量上都接受了日本指示。”[75]
四 美国发现被隐匿的事实与战犯免于起诉
（一）苏联的讯问要求
731部队从事人体实验的事实被发现，源于苏联提出了讯问要求。
1947年1月7日，远东国际军事法庭的苏联代表部通过国际检察局（IPS）致函给GHQ的G-2副参谋长，指名要讯问细菌部队的三名军官。同时，苏联的次席检察官A.瓦西里埃夫少将也发来文书。文件中列举了731部队的人体实验、跳蚤和细菌的产量、跳蚤的生产方法、对关押在监狱之人的感染实验、在安达的实验、销毁平房的证据等犯罪事实，指名要求讯问与此有关的石井、第一部长菊池斋大佐、总务部长大田澄大佐等三人。
