汪康年的不高兴并没有很快表现出来。《时务报》第十五册仍然刊登了《广时务报》的一个创刊公启，并注明该刊将由梁启超“遥领”。
《广时务报》的创办对于《时务报》来说是一次重大考验，其核心阵营由此发生了一次裂变。吴德潚、吴樵父子及邹代钧、谭嗣同等群起反对，以为梁启超即便“兼领”主笔，也必须以《时务报》为主，坐镇上海而且《时务报》与《广时务报》不能发生实质性的关联，最好不要使用“广时务报”这样容易引起歧义的名字，好像姊妹刊物，与其两败，“毋宁慎之于始”。否则，不是一荣俱荣，而是一损俱损，“恐一被弹而两俱废也”。他们力劝汪康年坚定信念，独立办报力劝梁启超不要“兼领”，还是尽早回到上海，将心思用在《时务报》上。他们怀疑《广时务报》的计划“大有阴谋”，并非共赢。
这些批评都是对《时务报》的爱护，所以《广时务报》后来更名为《知新报》，梁启超也没有“兼领”主笔，而是列为一般撰稿人。但是，梁启超由此对汪康年产生了不必要的误会。
矛盾逐步公开
1897年3月，梁启超从广东回到上海。在《时务报》工作的同门梁启勋、韩云台向梁启超抱怨，汪康年在这段时间对他们多有不公，甚至报馆中用人也对他们另眼相看。对于梁、韩的抱怨，梁启超当然不会高兴，在随后写给黄遵宪的信中，也多少抱怨汪康年对这些问题的处理不尽妥当。黄遵宪本来就与汪康年稍有矛盾，在《时务报》筹办之初就不希望汪康年一人揽权。于是，他在收到梁启超的信后致函汪康年，再次提出仿西方近代国家立宪政体，将立法、行政分开，设立报馆董事会，提议汪康年辞去时务报馆总理职务，改任总董，驻沪照支薪水，负责联络馆外之友、伺察馆中之事，提议由吴樵或康有为门人龙泽厚担任总理。
梁启超致信黄遵宪，或许仅仅是为了寻求同情，而黄致汪的信则使问题复杂化。梁启超认为，他自己虽不太满意汪康年的一些举措，但事情尚未闹到需汪辞去总理的境地，《时务报》总理在当时非汪莫属。于是，他抱怨黄的建议实在是“卤莽不通人情”，反而使梁启超在报馆中的处境更为尴尬。
汪康年在收到黄遵宪的信后很不高兴，他觉得黄遵宪与梁启超是在有意联手排挤自己。他复函黄遵宪进行反驳，“深衔”黄氏，“日日向同人诋排之，且遍腾书各省同志，攻击无所不至”。黄、汪、梁三角矛盾逐步公开。
其实，黄遵宪提议中不便明说的理由，主要是他感到汪康年应酬太繁，不能兼办馆中全部事务，故希望汪让出报馆实际位置，利用所长负责馆外联络应酬。而汪康年的办事风格也确实留下了这些把柄，汪素来认为“必须吃花酒乃能广通声气，故每日常有半日在应酬中，一面吃酒，一面办事”。这种办事风格显然与具有外国生活经历的黄遵宪格格不入。
黄、汪、梁几近公开的矛盾对于刚有起色的《时务报》极为不利。他们的一些共同朋友，如谭嗣同、张元济、夏曾佑、吴德潚、邹代钧等，得知此事后万分焦急，纷纷劝说他们以大局为重，不要因意见分歧而影响报馆事务。
在友人劝说下，梁启超主动与汪康年和解。他向汪解释说，这次矛盾之所以产生，主要是因为双方性格差异所致，相互之间又缺乏及时沟通。至于黄遵宪的建议，梁启超认为也不应从消极层面去分析，就其本质而言，也是为了《时务报》未来的发展，有其合理成分在。他与汪康年共约，既然各自意见都已讲明，此后当“誓灭意见”，为《时务报》的未来贡献心智。
梁启超与汪康年的冲突得以暂时消解，但二人并没有真的恢复原先的友谊和情分。此后的梁启超，一反当初约定，热衷于宣传乃师康有为的“三世说”“大同说”及创立孔教等主张。在时务报馆，康门弟子以康有为为“教皇”，“目为南海圣人，谓不及十年，当有符命”。如此极端言论引起各方面反对。同在报馆工作的章太炎借酒壮胆，大骂康有为是“教匪”，与康门弟子发生极不雅观的肢体冲突。
章太炎是汪康年的同乡，康门弟子与章太炎大打出手以及章太炎因此愤而辞职造成了极为恶劣的影响。外间纷传时务报馆“将尽逐浙人而用粤人”，将报馆内部无形中划分出浙、粤两系人马。梁启超与汪康年自然成为两派首领，双方猜疑更重。
梁启超赴任时务学堂
当是时，钱塘县令吴德潚计划在杭州西湖租赁一屋，购书数千金，并聘请英、法教员各一人，邀请梁启超前往。吴德潚的邀请对“数月以来，益困人事”的梁启超很有吸引力。因此，他决意离开报馆，隐居西湖静心读书。谭嗣同对梁启超的西湖读书计划表示赞成，以为有助于缓解矛盾。
不过，梁启超隐居读书的计划并未成为现实。1897年8月，黄遵宪奉调湖南路过上海，与汪康年等人面谈，再次提出设立《时务报》董事会的建议。梁启超赞成黄的建议，并劝说汪同意，寻求一致。而汪康年对黄的建议根本不予考虑，寸步不让，声明“公度（黄遵宪）欲以其官稍大，捐钱稍多，而挠我权利，我故抗之，度彼如我何？”
黄、汪冲突严重影响了《时务报》的前程，各方友人纷纷劝说汪康年不要一意孤行。汪大燮函劝汪康年重视黄遵宪的建议，“办事之人不必议事，奉行而已议事之人不必办事，运筹而已。此至当不易之论”。张元济函劝汪康年，根据他的了解，黄遵宪对汪康年“并无贬词”，这个建议对事不对人，是个值得重视的建议。汪康年也是一个明事理的人，经各方劝说，终于接受建议，成立了董事会。
虽然汪康年接受了黄遵宪的建议，但交涉中的不愉快肯定影响了黄遵宪的心情。当他得知湖南将要创办时务学堂时，迅即向湖南巡抚陈宝箴、学政江标建议聘请梁启超出任学堂中文总教习。无论如何，这个建议对《时务报》都不是一个好消息。
梁启超大约也有点厌倦与汪康年每天面对面了，当他得知湖南方面的方案后，没有丝毫犹豫。至于汪康年，则似乎处在矛盾中一方面他内心深处或许期望梁启超和平离开《时务报》而又不太伤害彼此的友情另一方面又担心梁启超离开了，《时务报》业绩受损。他不愿接受黄遵宪让梁启超在湖南“遥领”主笔的建议，不同意梁启超离开《时务报》。
汪康年的拒绝使湖南方面极不高兴。熊希龄让谭嗣同亲往上海向汪康年“哀吁”，如果汪康年执意不肯放行，那么他们将不惜与汪冲突而“豪夺以去”。谭嗣同劝汪，不如“自劝”梁启超往湖南任职，“则尚不失自主之权，而湘人亦铭感公之大德矣”。
对于谭嗣同的要求，汪康年解释称，他之所以不愿放梁启超去湖南，完全是出于对《时务报》发展的考虑，绝没有其他想法。汪康年向谭嗣同述说了自己的苦闷，获得了谭嗣同的同情谭嗣同又反过来支持汪康年，“毅然决然不允所请”。
汪康年的想法当然只是一厢情愿，因为梁启超本人并不接受这个方案。1897年11月中旬，梁启超离开上海前往湖南，就任时务学堂总教习。
同仁刊物变为私有产业
在长沙，梁启超并不愿意辞去《时务报》主笔，但他确实又忙于应酬，忙于教学，没有时间履行职责。很长时间里，他只向汪康年提交了三篇应景文字《南学会叙》《俄土战记叙》《经世文新编序》。这当然使汪康年很不高兴。这不是两人之间的问题，而是《时务报》的发行量因为没有了梁启超的文字而急剧下降。汪康年既然得不到梁启超的文章，就被迫寻找替代的人。1898年2月16日，汪康年准备聘请郑孝胥为《时务报》“总主笔”，改梁启超为“正主笔”，并准备对《时务报》栏目进行调整。
汪康年的计划是一种不得已，但当他将这些计划函告梁启超、黄遵宪时，却引起了梁启超的大怒和彻底翻脸。不过，此时黄遵宪、梁启超实在顾不上《时务报》的事情了。他们在发了一通脾气后，只能接受汪康年的这些方案，《时务报》由先前的“同仁刊物”渐渐演变成汪康年的私有产业了。虽然梁启超、黄遵宪等心中有气，但随着时局急剧发展，特别是康有为受到朝廷重用介入新政后，梁启超转至北京，奉旨筹办译书局黄遵宪也奉命出使海外。紧张而愉快的生活多少抚平了他们的不满，他们与汪康年的分歧渐渐成为过去。
不过，新政进展并不顺利。康有为并没有像想象的那样掌控权力，甚至根本进入不了权力中心，被严重边缘化。于是，康有为在康广仁、梁启超的建议下，于1898年7月17日以御史宋伯鲁的名义上了一个折子，建议将《时务报》改为官报局，并建议朝廷委派梁启超主持。
光绪帝看到这个建议后并没有表示意见，而是批给管学大臣孙家鼐处理。7月26日，孙家鼐提交了一份处理意见不同意调派梁启超，因为梁启超正在筹办译书局建议调派康有为主持，理由是康有为现在没有什么实质性工作。孙家鼐顺带对这个机构提出几个原则一是责成主笔慎加选择，如有颠倒是非、混淆黑白、挟嫌妄议、渎乱宸聪者，一经查出，主笔者不得辞其咎二是既为官报，就不能像民间报纸那样自由议论时政，不准臧否人物三是经费自筹，政府不得强行要求公费订阅。当然，开办费用，孙家鼐建议可由上海道代为设法，但应由康有为自往筹商。
孙家鼐的处理意见虽然蕴含着许多阴谋，但合情合理，公事公办，在表面上无可挑剔。于是，朝廷当天就批准了这个建议。康有为的计划被孙家鼐顺手牵羊地破坏掉了。
《时务报》的争夺
康有为的建议主要还是来自梁启超。梁启超在没有获得朝廷重用后就想过返回上海继续办报，重新执掌思想界的牛耳，因而想到拿回《时务报》。但怎样才能拿回？梁启超想到借助于“公权力”，试图借用朝廷的力量让汪康年屈服。
根据梁启超的这些建议，康有为托人函劝汪康年，希望他能和平地将《时务报》总理让给梁启超，理由是梁启超“新蒙宠眷”，如果由梁接任，何愁《时务报》不能“声价跃起”，再现辉煌。
但梁启超、康有为的计谋被孙家鼐轻易化解，康有为也来个顺手牵羊，将计就计。他迅即致电汪康年“奉旨办报，一切依旧，望相助。”“奉旨”二字的提示，已经表明康有为的意思。稍后，康有为又给汪康年写了一封信，希望他不要节外生枝，和平移交，一切都还好商量。
无奈汪康年根本不吃康有为这一套。他从纯商业立场回敬康有为，称我汪某为《时务报》的创办人，梁启超原为我汪某聘用的主笔，梁启超今天的名声都是“借吾报以得荣显，何遽欲反客为主？”
汪康年之所以敢于如此对待“钦差大臣”，是因为他对康有为在北京官场的困境了如指掌。朝廷将康有为改《时务报》为官报的建议批转孙家鼐处理的第二天，汪大燮就从北京致函汪康年报告消息，并称张謇等人对康有为的做法很不以为然。他们在北京想了一些防范办法，但考虑到《时务报》目前的实际情形，建议汪康年放弃《时务报》，抓紧将一切往来账目及档案清理出来。“此事此时，即不归官，将来必仍与君为难，断无好下台。兄意即不归官，亦可趁此推出。京城纷纷言近来《时务报》之坏，不堪入目，盖欲打坍局面也，更不如归官为妙”。
汪大燮的建议引起了汪康年的注意。所以，当康有为函电交驰、恩威并施时，汪康年不仅不在意，反而有意调侃，从容布置，请求张之洞奏请朝廷将《时务报》改为《时务杂志》继续出版。张之洞接受了这个建议，只是将新刊物的名字定为“昌言”，依据是皇帝的一道谕旨专门提到“从实昌言”几个字。
汪康年的活动能力远在康有为之上。他背后既有张之洞等大员支持，更得同业之多助。所以从《时务报》到《昌言报》，汪康年不仅袭用《时务报》的版式，而且利用原来的分发网络，一期也没有停止。这实际上已对康有为、梁启超构成了极大羞辱，“而南北诸报纷纷评议，皆右汪而左康，大伤南海体面”。
康有为得知这些消息后，气急败坏地致电湖广总督张之洞、两江总督刘坤一、江西布政使翁曾桂等要员，指责汪康年这些做法是在违抗朝廷旨意，要求他们施加压力迫使汪康年交出《时务报》，并停止刊行《昌言报》。
对于康有为的要求，张之洞根本不予理睬。张之洞反而致电管学大臣孙家鼐，称《时务报》原为汪康年募捐集资所创办，从未领取官款，世人皆知《时务报》为一份典型的商办刊物。现在朝廷责成康有为办官报，他自可去办，而汪康年遵照朝廷旨意另立名目，将《时务报》改为《昌言报》，似与康有为办官报并不冲突，因而也就不应该给予刁难，更不能查禁。
孙家鼐原本就对康有为非常讨厌，将康有为调虎离山赶出北京原本就是他的主意。所以，他对张之洞的说法一点都不吃惊。他在复电中兴奋地表示“公所言者公理，康所言者私心，弟所见正与公同，并无禁发《昌言》之意，皆康自为之。公能主持公道，极钦佩。”
两江总督刘坤一接到康有为封禁《昌言报》的电报，批转上海道蔡钧查办。蔡钧找到汪康年，将康有为原电抄交。由于汪康年早已做好布置，他详细介绍了《时务报》创办原委及其与康、梁之间的冲突始末。蔡钧对汪康年深表同情，遂将汪“所有为难情形”上报刘坤一。刘坤一据此上奏清廷，遂引起朝廷关注。
无聊的口水战
刘坤一的报告仍将《时务报》纠纷限定在康有为、梁启超和汪康年之间，因而朝廷责成黄遵宪途经上海时查明原委，秉公核议。
黄遵宪为《时务报》历次纠纷当事人之一，由他出面查明纠纷原委显然是不合适的。事实上，当康有为请求官方协助向汪康年施压时，黄遵宪就联络吴德潚、邹代钧、梁启超对汪康年进行反击。他们在《国闻报》上发表声明，强调《时务报》是他们四人联合汪康年共五人共同创办的。
梁启超也妙笔生花重构《时务报》创办原委，与汪康年在南北各报展开一场“同气相残”的口水战。梁启超抓住汪康年“重述”创办始末中的漏洞给予猛烈攻击，强调自己在《时务报》创办过程中并非汪康年的雇员，而是与汪康年地位平等、权利平等的创办人。
通观汪康年、梁启超等人对往事的“重述”，汪康年说梁启超为他当年所聘的主笔不合乎事实，无疑将自己置于尴尬的境地，而梁启超的准确反击，确实挽回了面子。面对此种尴尬，汪康年不得不道歉，承认“康年既不欲毛举细故以滋笔舌之烦，尤不敢力争大端，以酿朋党之祸，盖恐贻外人之诮，并寒来者之心，良以同志无多，要在善相勉而失相宥。外患方棘，必须恶相避，而好相援”。
汪康年的大度为自己赢得了道义上的同情，并没有影响他在业界的信誉。而康有为、梁启超依然不依不饶，继续利用“公权力”向汪康年施压，甚至利用朝廷的信任将《时务报》改官报当作一单大买卖去做，要求孙家鼐对官报给予创刊及发行补贴，要求各省公费订阅。
康有为或许是想用这个办法刁难孙家鼐，不料孙家鼐技高一筹。他不仅没有回绝康有为的请求，而且如实将康有为的要求上报朝廷“臣以康有为所筹，事尚可行，请俯如所请，谨具折呈明。”孙家鼐似乎就是要将康有为赶出京城，至于经济上的补贴，在他看来并不构成障碍。
孙家鼐的建议很快获得批准，皇帝“以为久远之计。着照官书局之例，由两江总督按月筹拨银一千两，并另拨开办经费银六千两，以资布置。各省官民阅报，仍照商报例价，着各省督抚通核全省文武衙门、差局、书院、学堂应阅报单数目，移送官报局。该局即按期照数分送。其报价着照湖北成案，筹款垫解”。
康有为不知道皇帝为什么如此爽快地答应了这些要求，不知道自己久已成为京城官场中的“麻烦制造者”。孙家鼐和朝廷之所以在经济条件上不讨价还价，就是希望康有为平和地离开北京，让北京的政治气氛平静下来。然而，不明就里的康有为就是不愿意离开北京，想方设法寻找一切理由留在北京继续参政议政。又过了一个多月，9月17日，皇帝不得不再发明谕，措辞严厉地要求康有为火速出京。这一次，康有为确实接受了，只是当他仓皇离开北京时，不再是以“钦差大臣”的身份接办官报局，而是踏出其政治流亡生涯的第一步。
至于黄遵宪，他于1898年8月22日奉旨查明《时务报》纠纷原委，但他因故直至9月15日方才抵达。此前，汪康年先声夺人于8月30日在《中外日报》发表《上黄钦使呈稿》，对纠纷始末做了详细描述，表示他将遵从谕旨将《时务报》报名移交给康有为，至于《时务报》的经营款项则因该刊为众人集资创办，只能用来继续出版《昌言报》，以“上副圣天子广开言路之盛心，下答捐款诸人集资委托之重任”。
其实，汪康年不必向黄遵宪详细汇报。作为《时务报》的重要创办人之一，黄遵宪对《时务报》的内幕及康有为、梁启超与汪康年之间的争论与冲突比谁都清楚。只是没有等到他拿出一个“秉公核议”的处理方案，中国政治就在1898年9月下旬发生巨大转折，康有为、梁启超等逃亡国外，《时务报》改官报不了了之。
戊戌政变后光绪帝的处境
戊戌政变是突发事件，并非如过去所说是戊戌维新运动激进措施引起的反动，而是各种政治势力误读误判的结果。康有为一再说他们的目标是“保皇上、救中国”，结果却是害了皇上，也害了中国。
跳到黄河洗不清
严复曾经是梁启超的朋友，与康有为也属于“维新同志”。在戊戌政治变革中，他们南北相互呼应，推动变法，但在进入民国反省过去时，严复却对康、梁在戊戌年间的活动给出极为负面的评价。
《与熊纯如书之三十》，载《严复集》第三册，中华书局，1986，第630页。
吾国自甲午、戊戌以来，变故为不少矣。而海内所奉为导师，以为趋向标准者，首屈康、梁师弟。顾众人视之，则以为福首，而自仆视之，则以为祸魁。何则？政治变革之事，蕃变至多，往往见其是矣，而其效或非群谓善矣，而收果转恶，是故深识远览之士，愀然恒以为难，不敢轻心掉之，而无予智之习，而彼康、梁则何如，于道徒见其一偏，而由言其易。南海高年，已成固性。至于任公妙才，下笔不能自休。自《时务报》发生以来，前后所主任杂志，几十余种，而所持宗旨，则前后易观者甚众，然此犹有良知进行之说为之护符。顾而至于主暗杀、主破坏，其笔端又有魔力，足以动人。主暗杀，则人因之僩然暗杀矣主破坏，则人又群然争为破坏矣。敢为非常可喜之论，而不知其种祸无穷，往者唐伯虎诗云“闲来写得青山卖，不使人间造业钱。”以仆观之，梁任公所得于杂志者，大抵皆造业钱耳。今夫亡有清二百六十年社稷者，非他，康、梁也。何以言之？德宗固有意向之人君，向使无康、梁，其母子固未必生衅，西太后天年易尽，俟其百年，政权独揽，徐起更张，此不独其祖宗之所式凭，而亦四百兆人民之洪福。而康乃踵商君故智，卒然得君，不察其所处之地位为何如，所当之阻力为何等，卤莽灭裂，轻易猖狂，驯至于幽其君而杀其友，己则逍遥海外，立名目以敛人财，恬然不以为耻。夫曰“保皇”，试问其所保者今安在耶？必谓其有意误君，固为太过，而狂谬妄发，自许太过，祸人家国而不自知非，则虽百仪秦，不能为南海作辩护也。
严复的意思是，假如不是康、梁推动，政治变革不会这样快发生，光绪帝也不会因此与慈禧太后冲突，母子未必生衅。慈禧太后天年易尽，待其百年后，光绪帝政权独揽，徐起更张，中国的变革大致可以平稳进行。
然而，当慈禧太后获悉有一个包围颐和园以图劫制她的政变阴谋后，其愤怒情形不言而喻。据苏继祖《清廷戊戌朝变记》记载“八月初六日，下诏训政，懿旨拿康有为。是日太后御便殿，召庆王、端王、军机御前大臣，跪于案右皇上跪于案左，设竹杖于座前。疾声厉色，讯问皇上曰‘天下者，祖宗之天下也，汝何敢任意妄为！诸臣者，皆我多年历选，留以辅汝，汝何敢任意不用！乃竟敢听信叛逆蛊惑，变乱典型。何物康有为，能胜于我选用之人？康有为之法，能胜于祖宗所立之法？汝何昏愦，不肖乃尔！’”
在训斥了光绪帝之后，慈禧太后也没有忘记训斥诸王大臣“皇帝无知，汝等何不力谏？以为我真不管，听他亡国败家乎？我早已知他不足以承大业，不过时事多艰，不宜轻举妄动，只得留心稽察管束我虽人在颐和园，而心时时在朝中也。我唯恐有奸人蛊惑，所以常嘱汝等不可因他不肖，便不肯尽心国事现幸我还康健，必不负汝等也。今春奕劻再四说，皇上既肯励精图治，谓我亦可省心，我因想外臣不知其详，并有不学无术之人，反以为我把持，不许他放手办事，今日可知其不行矣。他是我拥立者，他若亡国，其罪在我，我能不问乎？汝等不力诤，是汝等罪也。”
或许是慈禧太后的指责太过明显，刚毅马上出来辩解称“屡次苦谏，每加谴斥，其余众臣，亦有言谏过者，亦有不语者。”
愤怒的慈禧太后此时无心听刚毅的辩解，继续指责光绪帝“变乱祖法，臣下犯者，汝知何罪？试问汝祖宗重，康有为重？背祖宗而行康法，何昏愦至此？”
听了太后的指责，光绪帝战栗对曰“是固自己糊涂，洋人逼迫太急，欲保存国脉，通融试用西法，并不敢听信康有为之法也。”
太后闻言厉声怒斥“难道祖宗不如西法，鬼子反重于祖宗乎？康有为叛逆，图谋于我，汝不知乎？尚敢回护也！”
光绪帝早已吓得魂飞齿震，面对太后的愤怒，根本不知如何应对。太后复厉声问道“汝知之乎？抑同谋乎？”
皇帝战栗回答“知道。”
太后反问“既知道还不正法，反要放走？”
《中国近代史资料丛刊·戊戌变法》卷一，上海人民出版社，1957，第346—347页。
光绪帝只得同意拿杀康有为。
苏继祖的记载虽有不少“小说家言”，时间上似乎也比实际发生的时间提前了一天，但这段记载大体上反映了慈禧太后获知康有为“谋围颐和园”情报后的心态，由此也注定了政变后两宫之间的基本关系。
很多研究者认为，政变发生后，光绪帝被囚禁于瀛台，有所谓“瀛台泣血”栩栩如生的描写。但经过史学家的精细考订，这个说法可能并不是真实的历史。慈禧太后在没有弄清全部真相时，对光绪帝确实无比愤怒。毕竟二十多年养育之恩，拉扯大一个孩子谈何容易，就算自己不图回报，皇帝也不能恩将仇报，置自己于死地。因此太后获悉“围园劫后”消息时的情绪反应，属人之常情。
不过，一百多年的研究也充分表明，“围园劫后”只是一个不曾执行的计划，甚至是一个并没有完成规划的计划。真正知道、参与这一计划的，大约只有康有为、梁启超、谭嗣同、毕永年、康广仁以及康有为身边极个别的随从，属于康有为最紧密的朋友圈，范围大致在亲友间。外人知道的只有一个袁世凯。所以，康、梁后来坚持认为清廷知道政变阴谋，就是因为袁世凯告密。其实康、梁不知道的是，被捕后的康广仁和那几个门人、仆人说了什么。
光绪帝在“围园劫后”阴谋中，应该是一个极为被动的角色。他根本不知道康有为的计划，甚至也不知道袁世凯知道了什么，所以在慈禧太后连夜审讯时，他的惶惑、不解，也就极为自然。但同时，由于康有为后来在外面一直宣扬他们的目标是保皇上、救中国，这就将光绪帝强行绑在了他的战车上。这不是帮助光绪帝，而是在两宫之间放置了一个炸药包。
皇帝病了？
政变发生后，光绪帝无法解释清楚与康有为等人的关系，无法让慈禧太后内心深处重新认可自己。因此，光绪帝不得不请求太后再度垂帘听政
朱寿朋编：《光绪朝东华录》，中华书局，1958，第4200页。
谕。现在国事艰难，庶务待理。朕勤劳宵旰，日综万几，兢业之余，时虞丛脞。恭溯同治年间以来，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后两次垂帘听政，办理朝政，宏济时艰，无不尽美尽善。因念宗社为重，再三吁恳慈恩训政。仰蒙俯如所请，此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿办事。本月初八日，朕率诸王大臣在勤政殿行礼，一切应行礼仪，着各该衙门敬谨预备。
八月初八（9月23日）一大早，慈禧太后在勤政殿举行重新训政的正式典礼，接受光绪帝及百官的恭贺。典礼毕，慈禧太后复于便殿召集群臣继续质询光绪帝，并将所抄皇帝书房中及康有为寓中奏章说帖等件，逐条审讯，以诸臣质之。当看到杨锐、林旭述上意催康有为迅速出京之函时，慈禧太后大怒，问皇帝做何解释，皇帝不敢认，推托为杨锐的意思。其实，慈禧太后此时已从荣禄那里获知袁世凯的报告，对康有为、谭嗣同的密谋已有大概了解，但她似乎还不确定此事与光绪帝是否真的有牵连，所以才问皇帝康有为的这一计划究竟是什么意思。康有为谋围颐和园劫制皇太后的计划其实根本就没有明白告诉过光绪帝，因此皇帝也就很难说出计划的真实企图，只得将责任推到康有为一人头上。
《光绪朝东华录》，第4202页。
紧接着，清廷下令逮捕张荫桓以及军机四章京。各种信息持续汇集，态势似乎越来越严重。在这种情况下，光绪帝在事实上也已经无法正常工作，但传统中国政治体制是国不可一日无君。在没有确凿证据证明光绪帝领导或指使康有为等人谋反弑后的情况下，慈禧太后即便权威再大，光绪帝的反对者势力再强，也无法从根本上动摇他的地位，无法很快找到一个能够替代光绪帝的继承者。在这种情况下，光绪帝既不能引咎辞职，也无法在皇位上坚持工作、处理朝政，于是一个变通办法应运而出。八月初十（9月25日），皇帝降谕“朕躬自四月以来，屡有不适，调治日久，尚无大效。京外如有精通医理之人，即着内外臣工切实保荐候旨。其现在外省者，即日驰送来京，勿稍延缓。”
《光绪帝之被废黜》，载《中国近代史资料丛刊·戊戌变法》卷三，第479页。
在光绪帝这份谕旨发布前后，关于其身体状况的传言弥漫国内外。一个最极端的看法是，“目前的中国，据我们所知道的，已经是没有皇帝了。谣言众多而且散布极广，说皇帝已遭毒害，不过，根据他的手诏来看，他仅是被废黜了”。理由就是慈禧太后再次回到了前台，重新掌握政府的大权，而皇帝亲率文武百官向她祝贺。
其实这样的传言是没有根据的。在事情没有完全弄清楚之前，光绪帝固然无法像政治变革期间那样乾纲独断、发号施令，但也并没有像一些人所传言的那样被幽禁在瀛台，向隅而泣。真实情形可能是，光绪帝确实病了，而且也不算轻。
王庆保、曹景郕：《驿舍探幽录》，载《中国近代史资料丛刊·戊戌变法》卷一，第504页。
光绪帝身体不好，在当时实际上也是一个公开的秘密，至少在相当层面的大臣那里，这一点并不刻意保密。张荫桓后来在流放途中曾遇到押送者如此提问“闻皇上圣躬欠安，所服何药？大人日在上侧，当知详细？”对此，张荫桓答称“（皇上）病势渐成虚损，已入膏肓，服药无效，惟贴庆邸所进膏药稍可，庆邸已将呈进情节奏知太后。” 显然在相当层面上，光绪帝的病情并不保密。不过在这政治形势急剧变化的敏感关头，光绪帝公开声称自己自四月以来，实际上就是自新政开始以来屡有不适，调治日久，尚无大效，其政治方面的含义显然大于真实病情。因此，这道谕旨自然引起各方面的猜测，一个比较一致的看法是慈禧太后可能有意废黜光绪，另立新帝。
《光绪朝东华录》，第4205页。
情势最严重的时候，慈禧太后确实有废黜光绪帝另立新主的想法，但是随着时间的推移，真相渐渐浮出水面。慈禧太后也渐渐明白尽管光绪帝与康有为等人过于亲近不太对头，但光绪帝为了清朝的一片苦心也不可完全否定尽管康有为围园劫后的阴谋可能让光绪帝获得实际利益，但光绪帝并没有介入政变阴谋，这个阴谋本身毕竟与光绪帝没有关系。所以，清廷后来以上谕方式宣布康有为的罪状时，指责康有为“乘变法之际，隐行其乱法之谋，包藏祸心，潜图不轨，前日竟有纠约乱党，谋围颐和园，劫制皇太后，陷害朕躬之事”。 所谓“陷害朕躬”，就是强调光绪帝对这一阴谋并不知情，但给外界的感觉却符合皇帝的利益，以致陷皇帝于不仁不义之境地。这一论断应该是清廷最高决策层的共识。
李剑农：《中国近百年政治史》，复旦大学出版社，2002，第172页。
光绪帝获得了暂时解脱，但由他主导的新政显然不能继续进行下去了。慈禧太后从幕后走到前台，再作冯妇，三度出山训政。清帝国的政治走向从此开始进入一个“维新变法的反动时期”。 所谓“反动”当然是指反新政，凡是新政中所提出或实行的举措，似乎都值得拿出来重新讨论其价值。而新政的基本价值取向是向西方学习，所以这一政治上的反动时期在基本价值取向上无疑鼓励、纵容了盲目的排外主义，启发了国内莫名其妙的民族主义情绪。中国政治走向因戊戌政变而发生逆转。
帝后关系调适
假如没有后来一些特殊的原因，光绪帝或许将在太后三度垂帘的阴影中继续当他的儿皇帝，慈禧太后、清廷并没有立马换人的意思。九月初一（10月15日）庆亲王奕劻等总署大臣主动告诉英国驻华公使窦纳乐，声称中方清楚知道到处流传着关于皇帝身体状况以及所谓废黜的传言。庆亲王对窦纳乐表示，他可以负责任地证实这些传言是不真实的。真实的情况是，皇帝贵体微恙，经过调理，皇帝的健康大为增进，且常和太后一同听政，处理国事。庆亲王还向窦纳乐表示，期望通过窦氏向整个西方世界解释，其实慈禧太后并不是完全反对中国进行改革，只是太后以为准备条件不够，不适宜像皇帝那样进行操之过急而又规模过大的改革。
《窦纳乐致英国外交大臣电》，载《中国近代史资料丛刊·戊戌变法》卷三，第538页。
谈话中，庆亲王诚恳询问窦氏有什么办法能够尽快使动乱的中国恢复平静。窦纳乐对症下药，“一个保证有效地使不安状况归于平静的办法，便是找一位外国医生为光绪看病，并签署一份光绪的健康证明书”。窦纳乐预料，如果真的存在一个废黜阴谋的话，清政府就不会接受这样的建议。
窦纳乐的建议代表了西方世界对中国未来的普遍担心。他们觉得光绪帝主持的变法运动尽管有许多问题，但在大的思路上合乎西方世界的普遍价值观念，如果中国沿着这条道路持续走下去，必将成为文明开化的现代国家。而慈禧太后出园训政，不管有多少国内政治的足够理由，太后的政治思想肯定要比光绪帝落后得多。所以，列强通过多种手段干涉中国内政，普遍不希望由太后取代光绪帝，更不希望太后采取废立等非常手段处置光绪帝，因而尽量向清廷施压，迫使太后同意光绪继续留在皇帝的位置上。
庆亲王奕劻向窦纳乐提出建议或者说请求时，态度无疑是诚恳的。清廷包括慈禧太后在内确实不希望西方国家对中国政治权力的调适产生怀疑，他们清楚知道当时的中国正在融入国际社会，外国资本在中国经济中已占有相当分量。如果西方国家对中国国内政治稳定持有强烈怀疑态度，则势必影响西方资本在中国的投资，进而影响中国的经济发展与社会稳定。不过，庆亲王的诚恳态度并不意味着他告诉窦纳乐的那些话都是事实。实际上，当时光绪帝的健康状况不仅没有大为改善，反而更加恶化。在庆亲王信誓旦旦告诉窦纳乐“皇帝健康大为增进”的两天后即九月初三（10月17日），清廷御医率各省推荐来的名医对光绪帝进行了全面会诊，其结论是皇帝浑身上下都是病，“总由心肾不交，肝气郁结，阴不潜阳，虚热上蒸于肺，中气不足，升降失宜”。第二天，慈禧太后异乎寻常地将会诊报告批转六部九卿各大臣阅看。
《窦纳乐致沙侯》，载《中国近代史资料丛刊·戊戌变法》卷三，第549页。
名医的诊断应该是正确的，而太后将此批转各位大臣的用意很值得分析。从善意角度去理解，清廷最高统治层肯定受到了某种压力。为防别人误解清廷真的有什么见不得人的阴谋，或故意迫害光绪帝，所以太后将皇帝病情及时向六部九卿各大臣通报，以便皇帝万一有什么不测，也好使各位大臣心中有数。从恶的角度去分析，太后依然不能原谅光绪帝在新政后期的作为，尤其是其所谓“不忠”。她之所以向各位大臣公布皇帝病情，似乎是为有一天进行废立做准备。不过，后一种可能性应该极小，因为就在向六部九卿各大臣公布病情的同一天，清廷异乎寻常地接受了窦纳乐的建议，请法国驻华公使馆医生多德福入宫为皇上诊病。九月初六（10月20日），多德福向总理衙门出具了皇上患有肾炎或慢性肾炎的病情报告。根据多德福的诊断，光绪帝的病情并不太严重，只要在饮食方面善加调理，辅以必要的药物治疗，一旦排尿正常，气闷消失，病情就会明显好转。言下之意，光绪帝的病情并不影响他继续履行皇帝职责。
过去的研究多以为，多德福的诊断既是西方国家向清朝政府施加压力的结果，也是迫使太后无法废黜光绪帝的原因。其实这一说法并没有多少道理，只要想想几天前庆亲王奕劻与窦纳乐的交谈，就可以很容易判断出多德福的诊断只不过证实了庆亲王的说法皇帝健康大为增进，并与太后一同处理政务中外所传皇帝在太后的所谓迫害下健康日趋恶化以及阴谋杀害他的谣言都是没有根据的。这对于消除西方国家对中国政局的普遍担心应该说起到了积极作用。
《光绪朝东华录》，第4246页。《申报》1898年12月29日。
多德福的诊断报告公开后，在一定程度上平息了西方国家对中国政局稳定的怀疑。西方国家逐步接受了太后重出训政的政治现实。过去的经验也使西方国家普遍相信，即便太后出于稳定国内政局的需要可能会使中国政治一时倒退，但太后绝没有理由一直敌视西方人。在过去几十年间，正是慈禧太后的主持，使中国有了一定程度的开放与发展，所以他们普遍相信太后在本质上并不是一个十足的守旧顽固派，一旦她有效控制住局势，就会使中国与西方国家的关系很快走向正常。九月二十二日（11月5日），太后与光绪一起在仪鸾殿接见日本使臣矢野文雄 十一月初一（12月13日），太后又与皇帝一起在宫中召见英、美、德、法、俄、奥、荷、日等国驻京使臣夫人，光绪帝还与各位夫人一一握手还礼。 这一系列姿态试图向中外表明光绪帝健康已大为增进，两宫和睦，孝慈相孚，共同治理着这个古老国家，并不像外界尤其是康、梁等流亡人士所宣传的那样，帝后之间势同水火。
在野者袁世凯
《许宝蘅日记》第一册，中华书局，2010，第218页。
1908年11月14日傍晚时分（酉刻），年仅三十八岁的光绪帝龙驭上宾。第二天（15日）午后二时，慈禧太后“升遐”。“十一时中两遘大丧，亘古所未有，可谓奇变。” 因而国内外观察家普遍预感到中国很快会有更重大的事情发生。
仓皇离京
康文佩：《康南海先生年谱续编》，台北文海出版社，1972，第79页。
最先做出反应的是那些流亡海外十年的保皇党人。康有为“突闻光绪噩耗，悲病万分”，以为“光绪幽囚以来，并无大病，忽撄不治，传说纷纭。嗣闻为袁世凯所毒杀，乃由海外摄政王书，请诛袁世凯以谢天下，并发布讨袁檄文” 。
丁文江、赵丰年：《梁启超年谱长编》，上海人民出版社，1983，第479—480页。
梁启超也利用各种关系上书摄政王、善耆等，建议宣布袁世凯的罪状，“虽明正典刑，殊不为过”，“最轻亦宜加以革职，交地方官严加管束” 。
康、梁等的指责不过是捕风捉影，并没有确凿证据，但他们的呼吁蛊惑人心，使袁世凯迅即成为众矢之的。1909年1月2日，清廷发布谕旨军机大臣、外务部尚书袁世凯，夙承先朝屡加擢用，朕御极后，复予懋赏，正以其才可用，俾效驰驱。不意袁世凯现患足疾，步履维艰，难胜职任。袁世凯着即开缺，回籍养疴，以示体恤之至意。
不过，清廷并没有追究袁世凯的什么责任，摄政王载沣也没有如某些人所期待的那样，杀袁为乃兄复仇。其实，十年前的故事很清楚，不是袁世凯背叛维新派，出卖光绪帝。如果一定要说袁有责任，那么他的责任是“有密未告”，没有及时将谭嗣同夜访谈话上报朝廷。这些细节过去若干年已有深入研究，可惜康、梁那时不可能知道而已。
《许宝蘅日记》第一册，第228页。
军机章京许宝蘅为“天子近臣”。他在当天（1月2日）日记中写道入直。军机见起后复召世、张二相入，发出蓝谕三道一、袁太保开缺回籍养疴一、那相入军机一、澍贝勒在乾清门侍卫上行走。按，澍贝勒为孚郡王之嗣子，乙未、丙申间得罪革爵圈禁，庚子释免者。
从这里没觉得有什么阴谋，而且读许宝蘅日记还有一个收获，那就是可以知道袁世凯确实患有足疾，并因此请假多日。他在1908年10月7日写道“为项城拟请假折，因足疾请假五日。”袁世凯足疾并非一个虚假理由。
佐藤铁治朗：《一个日本记者笔下的袁世凯》，天津古籍出版社，2005，第109页。
1月3日，袁世凯入朝谢恩，随后搭乘快车潜至天津。有英国人海鲁在火车上意外发现袁世凯……头等车内仅三数人，予觅一近暖气处坐定。旋来一人，衣素服，发毛鬓鬓，随从甚多，坐处与余相对。见其仆辈置似新闻类一束于其旁，其人遂翻阅，两点二十五分，车过丰台，阅有四十分钟，其人端坐未行动。旋有仆人又置似酒类一樽于几上，车上之仆均事之甚谨。余察其人举动，异于常人，以英语询车中检票人，知为清国军机大臣袁世凯。四点三十分，车至老龙头，袁下汽车，即乘一华丽马车往西行去云。
杜春和编：《张国淦文集》，北京燕山出版社，2000，第80页。
袁世凯唯恐朝廷还有旨意，“匆遽微服赴津，暂憩于英租界利顺德饭店，令人密告直隶总督杨士骧嘱图一晤。杨闻之大惊，立遣其长子毓瑛（字璞山）往见，始知袁‘拟连夜搭轮赴日本避祸’。毓瑛告以‘其父不便出署，但太老师（杨拜门称受业，故毓瑛称太老师）系奉旨穿孝大员（袁以军机大臣、外务部尚书，奉旨赏穿百日孝），今擅释缟素，又不遵旨回籍，倘经发现，明日续有电旨令拿办赴京，则祸更不测，且亦决无法庇护’。袁听之徬徨无策。毓瑛返署报告其父。杨立饬铁路局速备三等车两辆，另调机关车，升火待发，再令毓瑛赴利顺德报告袁，即陪同坐一辆马车赴老龙头车站（即津东站）登车，由路局某总办陪同返京。杨并坚嘱袁‘明晨必须返豫，不可稍作勾留’。”
老江湖袁世凯似乎乱了方寸。其实在他潜往天津的时候，朝廷内部也对他的未来多有争论。庆亲王奕劻、张之洞、世续等轮番向摄政王载沣求情，以为袁世凯不管有怎样的问题，但毕竟其才可用。
