二月二十四日，清廷开始搞捐输。捐输是政府不到万不得已的时候，绝不会使用的办法。咸丰朝为了解决军饷问题才开捐输，为此，咸丰帝还特意解释，搞捐输实有不得已之苦衷。现在太平时期，为了修园开捐输，一些以清正闻名的大臣自然激烈反对。二月二十六日，文祥上奏，坚决反对搞捐输，认为捐输所得，对于工程来说不过是杯水车薪而已，请停止工程。
同治帝是铁了心要修园子，哪里理会文祥的劝阻。迷上了重修圆明园的工程，同治帝多次亲临工地察看。三月十一日，同治帝出宫，在圆明园盘桓终日，流连忘返。下旬，又准备驻跸圆明园。御前大臣赶紧上奏，以安全为由，劝阻皇帝不要去。可皇帝哪里听得进。四月初九日，同治帝到圆明园工地巡视。五月十一日，又去工地巡视。
圆明园工程让同治帝将一切抛在了脑后，帝师之中，军机大臣李鸿藻与同治帝是关系最为融洽的，对同治帝也最为袒护。这次李鸿藻也忍耐不住，劝阻同治帝不要再去查看圆明园工程了。可老师的话成了耳边风，六月初三，同治帝照样兴致勃勃地巡视了圆明园。
就在同治帝踌躇满志时，突然发生了李光昭诈骗案，让他的计划遭遇重挫。
早在同治十二年(1873)，就在同治帝为了圆明园工程而摩拳擦掌时，有广东商人李光昭向内务府大臣贵宝表示，自己经商十余年，在各地购置了很多巨木，现在愿意“砍伐运京，报效上用”。贵宝听了大喜，立刻向皇帝汇报。同治帝不假思索，立刻下令：“迅速派该员解运来京，由两湖四川等六省起运，免税放行。”
此后李光昭以“奉旨采办”的名义，在各地招摇撞骗。同治十三年，李光昭以五万两的价格向法国商人订了三船木材，并以三十万的价格上报清廷。六月，法国商人将木材运到天津后，向李光昭讨要木材的款项。李光昭是做无本生意的，手里哪里有闲钱，四处借钱也没有借到，就找了个借口，说法国商人木材的尺寸不符，终止合同。法国商人不肯罢休，去直隶总督李鸿章处告状。李鸿章一查，发现这个李光昭是个骗子，以圆明园工程监督的名义，在各地诈骗官员与洋商。
七月初六日，同治帝命令李鸿章迅速处理，从重查办。李光昭随即被处斩监候，秋后行刑，内务府大臣贵宝也被御史们弹劾去职。
李光昭一案之外，京师内又在风传皇帝借察看圆明园工程之名，私服外出逛妓院。风传的流言，皇帝的折腾，使恭亲王、醇亲王及帝师们一致认为，同治帝闹得太不像话了，必须立刻加以制止。
七月十六日，惇亲王、恭亲王、醇亲王、文祥、宝鋆、沈桂芬、李鸿藻等十名重臣联合上奏。奏折中首先请停止圆明园工程，同时批评同治帝恣意妄为，与太监嬉戏，频繁去工地视察，警告他“人言不可不畏”，并提出六条意见，要求他“畏天命，遵祖制，慎言动，纳谏章，勤学问，重库款”。
奏折递上后，同治帝懒得看，扔在一旁。奕?对这个侄子的脾气是了如指掌，强烈要求同治帝接见，当面进谏。
七月十八日，在同治帝召见恭亲王、醇亲王等十大臣时，奕?先是列出当下需要紧急处理的大事，第一项就是“停园工”。
看恭亲王和众大臣气势汹汹，有教训自己的意思，同治帝很不耐烦，对众臣道：“朕停工如何？你们还有什么话要说？”
奕?道：“臣奏折中的事很多，不单单是停工一事。”随后将奏折中的事逐条细细道来。
同治帝越听越恼火，突然发作对奕?道：“此位让尔如何？”
此话一出，不啻晴天霹雳，众人无不目瞪口呆。同治帝的这句话，已不是皇帝的身份，而是无赖负气后的表现。众王公大臣除了失望，已无他语。文祥反应最为激烈，听了此话竟然伏在地上号啕大哭，几乎喘不过气，被人搀扶着先出去。
随后，七叔醇亲王奕也大哭着劝告侄儿，并一一列举他的不良言行。当听到奕说起自己微服出巡、逛妓院取乐时，同治帝耳朵立即竖了起来，追问他有什么证据。
醇亲王就将时间、地点都说了出来，同治帝顿时脸红脖子粗，下不了台，只好打圆场，说园工不能立刻停止，等请示太后之后再定夺，然后赶紧打发叔叔、老师们出去。
这次大吵之后，朝野内外都以为皇帝肯定会让步了，工程也会停止。“样式雷”家中的记载也在揣测：“有无旨意下，园停工不停？”不想同治帝和大臣们吵完后，二十一日又跑去圆明园巡视工地了。在同治帝看来，国事家事，关我何事？圆明园才是朕的头等大事。
七月二十七日，同治帝召见醇亲王，不想此日醇亲王恰好去南苑验炮。同治帝就召见恭亲王，想打探自己外出鬼混的消息是从哪里泄漏的。不料同治帝刚一发问，奕?立刻告诉他：“这是臣子载澄所言。”
载澄是恭亲王的长子，以风流放浪而闻名，从小陪皇帝在弘德殿读书。他虽比同治帝小，可鬼点子多，常能玩出新花样，兄弟两人有相见恨晚之感。一次载澄陪同治帝演出亵剧，让恭亲王恼羞成怒，带回家关在家里不让出门。几年之后，同治帝亲政，自然不能忘记这个好兄弟，召唤他入宫相伴，所以载澄对皇帝的私事了解甚多。
同治帝听说是载澄泄漏消息之后，不由怒火攻心，圆明园工程一事被他置于脑后，只想报复载澄及叔叔奕?。
七月二十九日早朝时，同治帝突然发怒，谕旨革除恭亲王所担任的军机大臣及一切职务，降为不入八分享国公，交给宗人府严议。
王公大臣们都请求同治帝不要仓促决定，稍后再说，同治帝也不理众人，径自退朝。
中午，同治帝召见王公大臣及帝师翁同龢时，责问翁同龢，为何不早点反对圆明园工程。翁同龢叫苦道：“我刚从南方出差回来。”
听了翁同龢的话，同治帝稍微解气，又开始指责恭亲王、醇亲王，称他们：“离间母子，把持政事。”
恭亲王、醇亲王听了，一起大力申辩。就在叔侄口水大战时，翁同龢过来转移话题，道：“圆明园工程到底要不要进行下去，请皇上表态。”
同治帝顺水推舟道：“过十年、二十年，等四海升平了再说吧。”
众人一起欢呼：“如天福，彼时必当兴修。”
圆明园工程决定叫停，改修三海工程。退朝后，翁同龢等人赶去军机处，帮拟定谕旨，不料递上后却留中不发。
到了午后，宫中有谕旨发下，交给文祥等军机大臣。谕旨称奕?“目无君主，欺朕之幼，诸多跋扈并种种奸弊，不可尽言”，下令革去恭亲王世袭罔替王爵，降为郡王，恭亲王儿子载澄的贝勒爵位也被革去。文祥等人看到谕旨大惊，称皇帝盛怒之下，措辞过重，请求同治帝暂缓发出处分恭亲王的谕旨。同治帝批示：“文祥等所奏着不准行。”
文祥再递奏片，“云今日俱散值，明日再定”。获同治帝批准。文祥此举，在军机处历史上前所未有，因为皇帝谕旨，军机处只有遵循的份儿，从来没有人敢抗拒。
七月三十日，同治帝又再次发出谕旨，称亲政以来，恭亲王对他一直不尊重，“语言之间诸多失仪”，将他降为郡王，革去世袭罔替王爵，同时革去载澄贝勒衔。虽然此次对奕?予以处分，但明显改变了语气，如对奕?的指责改为“语言之间诸多失仪”，相比昨日的火药味十足，已有所缓和。
看着儿子闹得不可开交，慈禧知道必须加以制止了。两宫皇太后当即在弘德殿召见了恭亲王，加以安慰，又发出懿旨，恢复了奕?及载澄贝勒衔，同时正式确认停止重修圆明园工程。同治十三年(1874)八月，同治帝发布上谕：“前降旨令总管内务府大臣将圆明园工程择要兴修，嗣朕以经费支绌，深恐有累民生，已特降谕旨，将圆明园一切工程即行停止。”
两宫皇太后出手，暂时制止了同治帝这匹脱缰的野马。同治帝这个精力充沛的皇帝，注意力随即从圆明园转到了北海、中海、南海这三海，此后马不停蹄地视察三海工程。至于被革职的贵宝，很快被恢复了职务，并让他负责办理三海工程。
就在朝臣们为了同治帝接下来将折腾出什么新花样而头痛时，皇帝突然感染重病。
十二月初五日，同治帝因染天花去世。翁同龢日记记载了同治帝最后的情况：“十二月初五日，溃烂蔓延至口颊，腮部肿块不能成脓，只流血水，牙断糜黑，食少寐减，神气渐衰，精神恍惚。”当日，同治帝龙驭上宾。同治帝死后不到百日，皇后也绝食而死，她被视作节烈的代表，大肆褒奖了一番。
同治帝一死，当月两宫太后就发布懿旨：“所有三海地方一切工程。无论已修未修，均着即行停止。”
五 三海及颐和园工程
康熙二十三年(1684)，在内务府设置奉宸苑，负责管理畅春园、圆明园、颐和园、御船处、热河行宫等处建筑的管理、修缮事宜。光绪年间进行的三海工程及颐和园工程，也由奉宸苑管理。
同治帝在位时，曾想重修圆明园，遭到群臣劝阻，不得不停止。此后，同治帝将注意力转移到三海工程，不想他突然死亡，导致工程停止。光绪朝初期，慈禧忙于垂帘听政，无心进行大工程，三海工程暂时停止。到了光绪十一年(1885)，眼看皇帝已长大，即将亲政，慈禧开始考虑自己的养老问题。慈禧知道，要重修圆明园，必然面临较大阻力，而三海工程则阻力较小，但是仍然有人反对三海工程。光绪十一年四月二十日，总管内务府大臣嵩申奏称：“三海工程，为数甚巨，请拨何项银两？”慈禧太后闻奏后，面有不快之色，嵩申见此，遂叩头退出，不敢再说。
自从决定开工之后，对于此次修缮经费的来源，外间有各种议论。甚至有传言称，此次南、北、中三海等项工程所需银数十万两，“由已革总管内务府大臣文锡独力捐输”。由此可见，文锡在内务府大臣任上贪腐之多。
自光绪十一年五月初九日，慈禧发布懿旨之后，三海工程开始推进。各地肥缺衙门都被勒令进献银两，如粤海关就挪出了一百万两。“钦奉懿旨，三海工程紧要，着粤海关监督筹款银一百万两，解交奉辰苑应用。”
三海工程包括殿宇、房屋、道路、河池、假山、堤泊、点景、花园、电灯、铁路、冰床等，重点则在南海的瀛台、中海的丰泽园、仪鸾殿、西苑门一带。工程项目有一百多处，既有旧址翻新，也有重新修建的项目。为了扩建工程项目和奉宸苑工程用地，清室购买了大批民房，其中还包括外国教堂。当日清室还不够强悍，必须用钱购买，而不能强行拆除。
三海工程调动京师内十六家木商及数万工匠参与，在南海重修了瀛台、翔鸾阁、澄怀堂等处，在中海重修了船坞、水云榭，添盖了军机处办公场所等，在北海重修了承光殿、阐福寺等处。三海工程中还有一条小铁路，全长三华里，经过中海、北海西岸，一直通到极乐世界殿。光绪十四年(1888)，由外洋购到的小火车运送到京师，经海军部同奉宸苑联合办理，调动工匠七百人，小铁路于九月二十九日开工。
慈禧极为重视南海瀛台工程，指示殿阁内外的油饰、糊饰等都要见新。每隔一二日，慈禧就要派李莲英去现场察看，监督工程质量。为了去除油味，慈禧又令刚建成的殿座内要焚烧香料。
南海瀛台工程规模浩大，京师内各处著名商铺如兴隆、广丰、义和、德兴等，都作为分包商承包了部分项目。在众承办商中，兴隆木厂规模最大，承接的活计也最多。光绪十三年进海施工的一万零七十九人中，兴隆木厂就有九千九百七十八人。大量工人聚集后，在京师各处滋事。
光绪十三年三月初一日，京师西安门内大街茶社内有瓦木匠多人在其中喝茶，皆是参与三海工程的匠人。与邻座老者闲谈时，双方发生口角。老者大怒，去官府控告，官府派出差役抓捕诸匠人。众匠人大怒，将差役打走，又拥至官厅，抓住老者一顿痛打，更将官厅窗壁拆毁。官员见工匠人多势众，急赴步军统领衙门禀报。待步军统领衙门派人至现场时，工头已派出多人，将官厅被毁的窗壁全部修补好，并将匠人带走。面对此种场面，步军统领衙门也不知如何处理，只好不了了之。
自三海工程开工之后，由于克扣薪资，工匠罢工不断。“宫中兴作，以三成到工为正例。”内务府经手的工程，常要扣去十之七八。未经动工，先派成数。“承修大臣去其一，勘估大臣去其一，派出司员又去其一，则实际落到工程者有限矣。”最后，包工工厂所得不过二三成，至于工匠所得更是微薄。光绪十二年(1886)三月，瀛台工程现场的兴隆木厂木匠煽动罢工，殴打头目。带头的二人被处以枷号二十日，押至西苑门外示众。五月端午前，兴隆木厂工人发动罢工，四处张贴传单，要求增加工资待遇。至端午后，工人仍然罢工，最后领头的工人被抓捕。五月初八，又有广泰木厂的木匠挟持广泰木厂厂商，躲到了德胜门外的黑寺庙内，经过多日方被寻到。
自从开工之后，各处工匠罢工运动，此起彼伏。内务府严惩为首的工匠，并解雇了大批参与罢工的工人，另行招募新工匠。此外，更有各色人等出入园中，招惹是非。为此，内务府在光绪十二年五月十六日下令，三海等处工程项目地方，“无论军民及在工夫匠人，如无腰牌，一概不准擅入”。
瓦木匠于光绪十二年三月初发动罢工时，恰好有监工大臣至工地巡视，见无人开工，急忙询问承办商人。监工大臣询问每人每日工价多少，商人答以一千二百文。监工大臣闻后道：“未免太少，每人每日可增百文，倘增工价后，再有罢工者，当即奏明皇上，按律交刑部惩处。”商人唯唯。
光绪十三年(1887)，慈禧不时催促早日将工程完工，李莲英的身影频繁出现在各处工地上。在不断催促下，工匠们的工作量日益加大，此时京师之中，物价暴涨，百姓生活窘迫，各处工地不时爆发工匠罢工的情况。负责工程项目的醇亲王奕张贴布告，指责工匠们贪得无厌，不断加价，万无再加之理。
光绪十三年三月初一日，六七十位木匠在高四、吴四带领下，喧闹罢工，要求增加工资。木匠作头目前去劝说时，众木匠各持斧头，上前将头目砍伤，将一名木匠作徒弟两腿打伤。在场的官兵袖手旁观，不敢劝阻。所幸奉宸苑值班官员带了木匠作中人员，持了木棍，将人救出，擒获领头的吴四，另一人高四逃脱。不久过后，吴四的母亲又来到木厂谩骂，声称如不将吴四放出，就要拼命云云，被清廷视为“刁恶已极”之徒，逮捕送交步军统领衙门。
一波未平，一波又起，三月十三日上午，有楠木作工匠纠集百余人罢工，要求增加工资，被官兵驱逐。到了午后，工匠朱汰独自潜入南海宝月楼，串联楠木作工匠一起罢工。清兵此时早已戒备森严，将罢工工人镇压，擒获带头的罢工工匠。吴四、朱汰先后带头闹事，依照大清律中的“寻常斗犯律”，不过是处以流放。为了警告其他工人，刑部决定从重处罚，将二人拟斩监候，“并请毋庸入于朝审，仍遵旨牢固监禁”。此事过后，清廷下令在三海等处加紧看管，各处出入口由内务府派三旗护军营看守，各处建筑的门则由太监看守。
到了光绪十四年五月初十日，兴隆木厂木匠又惹是生非。当日木匠多人，要进入园内某处宫殿游玩，被值班官员拦阻。众木匠大怒道：“我等所修宫殿，何以不准游玩。”值班官道：“皇家禁地，不准擅进。”众木匠不听，发生争执，木匠人多手杂，将该值班官饱以老拳。其他各处木匠闻讯之后，纷纷赶来增援。此时又来一名官员劝阻，木匠人多势众，将官员拖拉带至木厂。清军出动二百官兵赶去镇压，木匠也不畏惧，各自找了木料，准备厮杀。官兵见此等情景，唯恐闹大，好言安慰，方才平息此事。
光绪十七年(1891)，海淀颐和园应修各处工程期限迫近。各厂商不得不多集工匠，以期早日完成工程。此时承包的厂商有二十余家，工匠万余人，除了瓦石、油画、土作工匠外，单是雕作工匠就有三千余人。工匠在工程项目中，素来桀骜不驯，此前修三海工程时，频繁滋事。此次颐和园工程处木匠听闻慈禧即将驻跸，就一起聚集起来，要求增加工价，双方相持十数日，竟无一人开工。
无奈之下，厂商向木匠头目苦苦劝说，奈何木匠抓住工期将近之机，加以勒索。以前每日除了三餐外，各给工钱二千，这次工人狮子大开口，要求每人每日工钱七千五百文。厂商难以接受，双方多次争辩。
到了四月十七日，木匠聚集起来，向厂商挑衅，一言不合之下，木匠放炮为号，聚集其他各厂木匠，声势浩大。管事的工程官见了，大为畏惧，急调外火器营、健锐营、圆明园马队，携带枪械前来，以备镇压。木匠聚集了千余人，每人手持巨斧，气势汹汹，毫不畏惧。三队官兵到达后，将木匠包围在中间，严阵以待。最后经过工程处及地方官再三开导，木匠退让，答应复工，作为妥协，“嗣后每日给工钱四千”。
在三海工程进行后，颐和园工程也随之上马，借口则是训练水师。
早在乾隆十五年(1750)，乾隆帝以为其母庆贺六十生辰为由在瓮山建“大报恩延寿寺”，定下“万寿山”“昆明湖”等名。园林工程费时十一年，命名为清漪园。咸丰十年(1860)，清漪园毁于英法联军。
光绪十一年(1885)九月，成立海军衙门，以醇亲王奕总理海军事务，庆郡王奕劻、李鸿章为会办大臣。光绪三年，醇亲王奕曾想重修清漪园，被御史郭从矩阻拦。光绪十二年，奕巡阅北洋海防，遂想到了重修的理由。
光绪十二年八月二十七日，奕奏请恢复昆明湖水操，同时声明，为了恭备皇太后阅看水操，拟将万寿山暨广润灵雨祠旧有殿宇台榭，并沿湖各桥座、牌楼酌情加以保护修补，以供临幸。慈禧当即批准，并指示“参用西法，复京师昆明湖水操内外学堂”。
这样，奕打着训练水师之名，行修缮清漪园之实。光绪十三年，清漪园工程偷偷开工。光绪十四年二月初一日，光绪帝下旨将清漪园更名为“颐和园”，以备“慈舆临幸”，此时颐和园的许多工程已经开工，甚至完成了。
就在颐和园工程进入高峰时，光绪十四年十二月十五日发生了贞度门失火事件，这给反对工程的御史提供了批评的由头。二十日，慈禧发布懿旨：“所有颐和园工程，除佛宇暨正路殿座外，其余工作一律停止。”停工只是虚招，待舆论风潮过去之后，工程照旧。因为是挂着海军学堂的名字，所以颐和园修好之后，名义上处于海军管理之下，实际上则处于内务府掌控之中。
颐和园修好后，慈禧、光绪倒是多次来看了水操，如光绪十五年(1889)，《申报》报道：“皇太后、皇上于本月二十三日起至二十七日前往海淀颐和园昆明湖游幸调阅水操，此五日朝去暮归，并不驻跸其间。”光绪十七年三月初六日，“皇太后率诸位公主等于玉泉山安坐亭中，阅看神机营外火器营马队，圆明园马队，利字、健字两洋枪步队操练。各路马队、洋枪队，五花八门，枪马迅捷，两面演打，交冲一阵，杀声聒耳，几似大敌当前”。
比较起来，颐和园工程项目规模和所用经费小于三海工程，只是后世常以颐和园挪用海军经费，而以为其工程项目庞大，导致北洋海军覆灭。光绪二十五年，梁启超云：“吾尝游颐和园，见其门栅内外皆大张海军衙门告示。同游之人，皆窃窃焉惊讶之。谓此内务府所管，与海军何与？而岂知其为经费之所从出也。”
光绪十四年，颐和园动工，光绪十七年完工。范文澜在《中国近代史》中说建颐和园花了三千万两银子，此数据比较夸张。据当代学者邹兆琦考证，实际数目当在一千二百万两至一千四百万两之间。其实不仅仅在颐和园工程上，在三海工程上也大量挪用了海军经费，还拖欠了很多款项。1913年，有某木厂向躲在故宫内的逊清小朝廷奉宸苑追索三海工程欠款二百余万两白银之事。此时打官司开始讲究法律，控方还特意请了名律师去起诉。
