皇帝竭尽全力去利用极佳的天气条件（天气好到不正常）给他带来的优势。据帝国军队中的一位外交官说：“他们说，此地在这个季节有这么好的天气，实属百年未见。有时下雨，有时起大雾，夜间寒冷，但没有当地历年常见的鹅毛大雪，也没有发生霜冻，所以人畜都没有损失。”[49]不过查理五世的身体状况不佳。有时他“乘轿行军，因为他的痛风很严重”；有时他能勉强骑马，但“因为右腿患有严重的痛风，他只能用一块布当作马镫”。即便如此，他仍然“亲自观察敌人的阵地，免得因为过度依赖别人的报告而做出错误决定”。每当可能发生战斗的时候，他就“披挂整齐，不断从一个单位走到另一个，与不同民族的士兵谈话，鼓舞他们奋勇作战”。官兵们“看到皇帝陛下如此平易近人地在他们当中行走，仿佛他是他们的战友、与他们平等，无不高举手臂，高声呼喊‘皇帝！冲啊！皇帝！冲啊！’”[50]
尽管1546年没有发生大战役，但联盟军队解散之后，南德的路德派统治者别无选择，只能像施图尔姆预言的那样，一个个与查理五世议和。有些诸侯在他的军队逼近时就投降，有的则在一次屈辱的公开仪式上表示臣服，不得不在皇帝面前“双膝跪地”。皇帝索取了大笔罚金之后宽恕他们，就这样（用参加仪式的一个西班牙人的话说），“削减了我们的敌人的力量，我们自己却没有任何损失”。[51]普法尔茨选帝侯弗里德里希二世曾莽撞地给符腾堡公爵送去援兵，如今他第一个向皇帝屈服。12月17日，他“走进皇帝所在的房间，只见皇帝陛下因为腿疼而坐在椅子上”，然后向皇帝哀求宽恕。
据一个目击者说，查理五世面无表情地听了对方的哀求之后，“从口袋里掏出他截获的一封选帝侯写的信，然后粗暴地说：‘读读这个。’并补充道：‘去和格朗韦勒谈你的事。’”弗里德里希二世这时泪流满面，皇帝答道：
我的亲人，你在近期起兵反对我，这让我非常痛苦。你是我的亲戚，我在自己的内廷里抬举你，你却派兵支援我的敌人，并且反对我，你支持我的敌人很长时间。不过，因为我是在你身边长大的，而且你已经表达了悔过……我决定宽恕你，并忘记你对我做过的坏事。
阿维拉写道，“看到如此尊贵的家族的这样一位显赫的绅士，并且是皇帝的亲戚，这样泪流满面地跪在皇帝面前，白发苍苍，没有戴帽子”，“见证此情此景的人们不禁对他产生了极大的同情”。但查理五世仍然对普法尔茨选帝侯弗里德里希二世有疑心。他向玛丽透露：“对他要听其言观其行。”[52]
下一个前来恳求宽恕的人是符腾堡公爵乌尔里希。查理五世也宽恕了他，条件是符腾堡公爵缴纳30万弗洛林的罚金（“因为此次战争给皇帝陛下带来了巨额开销”），交出自己的所有火炮和弹药，并允许帝国军队在符腾堡公国的三座设防城市驻扎，“作为履行条约的担保”。乌尔里希犹豫了一段时间才接受这些屈辱的条件，但最终“拿起笔来，仰望苍天，说：‘如果上帝愿意让皇帝在德意志一年之内收获两次，那么我为什么不满足陛下的要求？’然后他在条约上签了字”。记述这个场景的威尼斯大使报告称，就连平素极其冷静的格朗韦勒在亲眼看到“恺撒的幸运”又一次得到证明时，也不禁欢欣鼓舞：“皇帝陛下的事业表面上看去处于最低潮的时候，往往能够逢凶化吉，转败为胜，这真是了不起。”[53]
斐迪南曾希望收复十年前丢失的符腾堡公国（见第九章），查理五世向他保证，对于是否饶恕乌尔里希，他“思考了很久”，但“考虑到当前局势”，还是决定宽恕他，这既是因为萨克森选帝侯和黑森方伯仍然掌握着自己的军队，也是因为“征服符腾堡的开销是我们无法承担的”，并且皇帝需要避免让世人觉得“我们把自己的利益摆在第一位，因为世人普遍忌妒我们奥地利王朝”。查理五世思忖道，如今“我还不能决定如何利用上帝赐予我的优势”。他的三项远景目标没有变：“改善德意志的宗教局势”；“恢复我们在帝国的权威”；以及“缔造和平与团结”，从而让德意志能够更好地抵御外敌入侵。但达成这些目标的最好办法是什么呢？
他向弟弟征求意见：他是否应当再次召开帝国会议，并与参会者结盟，反对那些仍然武力对抗皇帝的人？或者他是否应当“打败和消灭那些仍然武力顽抗的人，从而获得召开帝国会议所需的权威与声望，然后解决尚未解决的问题，特别是宗教问题？”[54]
查理五世倾向于第二种办法。他告诉斐迪南，“有必要消灭”约翰·弗里德里希一世和黑森方伯，“否则就没有办法平定德意志，让它侍奉上帝并为你我的权威服务”。斐迪南与莫里茨联手入侵萨克森选侯国，以此配合皇帝。然后消息传来，弗朗索瓦一世终于表示愿意支持仍然在武装对抗皇帝的路德派诸侯，并征募军队去支持他们。查理五世在公开场合表示对这个事态不以为然，提醒法国大使：“我在两周内就能杀到你们的王国。我知道不止一条去法国的道路。若有必要，我还懂得如何在那里待下去。”但私下里，他很担心弗朗索瓦一世会发动突然袭击，就像1542年那样。“我不知道如何是好，”他向斐迪南解释了自己的困境，“因为我很想尽快亲自来帮助你，但我也需要到别处。”[55]
最终，帮助查理五世做决定的人是约翰·弗里德里希一世。他攻打了莫里茨的主要要塞莱比锡，并说服斐迪南的一些波希米亚臣民起来造反。现在查理五世率军东进，开往波希米亚，不过他因为患病，只能乘轿，或者乘一辆有炉子取暖的马车。斐迪南、莫里茨和查理五世的联军向萨克森选帝侯发动进攻。1547年4月23日，皇帝的联军在易北河西岸发现路德派军队就在东岸的村庄米尔贝格扎营。路德派教徒自以为安全无虞，于是把火炮送往易北河下游的维滕贝格，并放心大胆地睡觉。但查理五世在午夜起身，准备立刻采取行动。他的军队借助浓密晨雾的掩护渡河，皇帝亲临前线，身穿全副铠甲，骑着“一匹深栗色的西班牙骏马”，“马衣是红色天鹅绒的，饰有金色流苏，马衣之上只有一条金边的深红色宽饰带。他头戴一顶德式的宽帽檐头盔，手持镀金利剑和一支几乎可以算是标枪的长矛”。在提香为他画的那幅威风凛凛的骑马像（见彩图25）里，他就是这幅装束。[56]
米尔贝格战役更像是狩猎而不是作战。路德派军队分散在好几公里的范围内，所以几乎毫无抵抗。不过，皇帝还是“在长达21小时的时间里骑马行动，全副武装，没有休息”，并且（根据威尼斯人的一份报告）“他回营之后下了马，快活地说：‘给我准备饭菜，因为我打了一整天的猎，抓获了一头野猪，是非常肥胖的一头。’”[57]此言不虚。约翰·弗里德里希一世极其肥胖，所以很容易被认出。他骑马逃跑时被查理五世的士兵包围。令他们吃惊的是，选帝侯拔出手枪打死了一名士兵，并用剑砍倒另一人。但有人“用重剑猛击他的左颊”，让他再也无力战斗或者逃跑。于是他只得投降，被押到皇帝面前，这时他脸上血流如注。“他三次尝试下马，都因为身体肥胖并且缺乏通常会得到的帮助，没有成功”，只是说：“最尊贵的皇帝和主公，命运让我作为俘虏来到陛下面前。因此我请求陛下按照我的衔级和姓氏的要求来对待我。”皇帝冷淡地答道：“你现在倒是称我为皇帝了。你过去可不是这么称呼我的！”因为选帝侯和黑森方伯在之前的作战期间都把查理五世称为“自诩为皇帝的根特的查理”。查理五世结束了这次会面，最后用了黑森方伯曾对不伦瑞克公爵海因里希二世说的那句阴森森的话：“你将得到你应得的待遇。”[58]
尽管有不伦瑞克公爵的殷鉴（并且海因里希二世公爵此时仍在狱中），约翰·弗里德里希一世还是相信，皇帝这句话的意思是，他将得到善待。但在此次胜利之后，查理五世的告解神父佩德罗·德·索托就在御前会议上主张处死选帝侯。但阿尔瓦公爵和佩勒诺反对，因为这可能让约翰·弗里德里希一世成为新教的殉道者，从而延长战争。他们认为，更好的办法是“留他一命，把他牢牢控制住，把他带到”所有曾经支持他叛乱的地方示众。5月10日，皇帝签署法令，判处萨克森选帝侯死刑并没收他的土地和财产，撤销他的所有职务，以惩罚他的武装叛乱；但皇帝开出了条件，如果戒备森严的维滕贝格城向皇帝投降，就可以饶他一命。九天后，维滕贝格城投降了。[59]
1547年5月25日，查理五世进入维滕贝格，参观了路德的埋骨之地城堡教堂和其他几个地方。曾居住在维滕贝格城下的皇帝军营的巴托洛梅乌斯·萨斯特罗在自己的《回忆录》中写道，查理五世及其随从回营之后，“说路德墓前有长明灯和日夜燃烧的蜡烛，人们在那里持续祈祷，那景象和天主教堂的圣人墓地一模一样”。但萨斯特罗没有记录一段后来成为传奇的对话。根据一个口头流传的传说，阿尔瓦公爵主张将路德开棺戮尸，查理五世答道：“让他安息到审判日吧。”佩勒诺也说要挖掘路德的墓地，皇帝怒道：“我不向死人开战，我只和活人打仗。”有人怀疑这段对话的真实性，但一位在此时访问皇帝营地的英格兰外交官注意到，皇帝身边的人普遍憎恨新教徒和路德：“西班牙士兵们嘴里只有一个词：路德、路德。”所以，查理五世入城之后若是没有人主张破坏路德的墓地反而会显得奇怪。皇帝有能力这么做，但拒绝了。[60]
维滕贝格投降之后，查理五世兑现诺言，饶恕了约翰·弗里德里希一世的性命，但坚持要求他放弃选帝侯地位、将绝大部分土地交给莫里茨，并庄严宣誓“在得到进一步命令之前亲身到皇帝陛下的宫廷，或者到西班牙，去皇帝的儿子的宫廷。皇帝陛下将决定他［约翰·弗里德里希一世］居住的地点和时间”。在随后五年里，就像阿尔瓦公爵和佩勒诺建议的那样，约翰·弗里德里希一世以囚徒的身份陪在皇帝身边，这是在不断提醒人们，背叛皇帝的下场是什么。[61]对约翰·弗里德里希一世的严酷待遇表明，查理五世所处的整体形势（无论是国内还是国外的）已经有了极大改善。亨利八世于1547年1月驾崩，弗朗索瓦一世在两个月后薨逝，这都让查理五世至少在短时期内不必害怕英格兰或法国。在3月曾与约翰·弗里德里希一世谈判的波希米亚人得知米尔贝格战役的消息之后，也赶紧向斐迪南表忠心。皇帝的大捷也推动了他与苏莱曼大帝的停战谈判，双方于6月19日签订了协议。苏丹现在集中力量对付波斯，查理五世不必再担心奥斯曼人的进攻。[62]
这些事态使得黑森方伯陷入了危险的孤立状态。起初他对自己的困境不以为意。得知米尔贝格战役的消息之后，黑森方伯菲利普阴森森地表示，除非查理五世同意合理的条件，“我们会在上帝的佑助下坚决自卫，再坚持一整年”。一个月后，他命令自己的臣民准备一场新战役。[63]但在6月，他授权莫里茨和勃兰登堡选帝侯（也是他的亲戚）与安托万·佩勒诺和皇帝的副首相格奥尔格·赛尔德会谈，谈他（黑森方伯）投降的条件。通过谈判，黑森方伯获得了比约翰·弗里德里希一世有利得多的条件：他不用割让领土，也保住了性命，只需要缴纳15万弗洛林的罚金，交出全部火炮和弹药，并拆除他的领土内的几乎全部防御工事，只保留一座（由查理五世挑选）。他还不得不背弃自己的全部盟友（无论是德意志境内还是境外的），并释放在战争期间抓获的全部俘虏。作为回报，两位选帝侯[64]以皇帝的名义承诺，黑森方伯不会被终身监禁。他们还敦促他尽快到皇帝面前下跪臣服，并向他保证，他们为他这趟旅程发放了安全通行证。[65]
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黑森方伯不情愿地承认，自己不大可能获得更好的条件。于是，1547年6月19日，他批准了佩勒诺、赛尔德和两位选帝侯谈成的协议，然后步入皇帝所在的房间。只见皇帝周围簇拥着“一大群人，简直数不清有多少观众”。但黑森方伯在下跪之前“停在两位选帝侯之间，与他们说笑打趣。这让皇帝颇为恼火”。黑森方伯下跪之后，皇帝拒绝伸手给他亲吻（对于其他的投降者，皇帝都会伸手允许对方亲吻，表示友好）。据在现场的巴托洛梅乌斯·萨斯特罗说，查理五世在这时“怒气冲冲地用手指着黑森方伯，说道，‘哼，我会教你怎么笑’”。[66]黑森方伯显然没有把这个威胁当回事，因为他臣服之后立刻接受与阿尔瓦公爵一同用膳的邀请。而阿尔瓦公爵立刻将黑森方伯逮捕，并指示若干西班牙士兵看押他。
两位选帝侯大惊失色，因为说服菲利普接受皇帝条件的人就是他俩，并且他们还以自己的名义给菲利普发放了安全通行证。当夜，两位选帝侯与阿尔瓦公爵和佩勒诺发生了激烈争论，一直吵到次日凌晨2点。两位选帝侯言辞激烈地抗议道，囚禁菲利普等于损害了他俩的荣誉。皇帝的两位大臣则反驳说，各方都读过并批准的投降协议仅仅保证不会将菲利普终身监禁，并没有说不能将他监禁一段时间。次日，查理五世得知这场争论之后，选择站在两位大臣那边。他还否认自己知道菲利普曾得到安全通行的保证。这让两位选帝侯更加义愤填膺，于是派遣一个使团去见斐迪南（他前不久还与莫里茨并肩作战），抱怨说，他们之所以给黑森方伯发放安全通行证，就是因为他们相信查理五世会保证黑森方伯“不会被处死，也不会坐牢”。[67]
我们有必要搞清楚查理五世在此事当中扮演的角色，因为就像五年前刺杀林孔和弗雷戈索的事件一样，他对待黑森方伯的方式也会成为战争的导火索。有些同时代人和许多历史学家认为，皇帝刻意在协议草案中使用了“任何监禁”（einiger Gefencknus）的措辞，这样只要一笔就能把它改成“终身监禁”（ewiger Gefencknus），还不会引起任何人的注意。这种说法很巧妙，但难以令人信服。查理五世会说德语，但德语水平不够，不可能想出这样的文字游戏。赛尔德后来在与朋友吃饭时给出了一种更有说服力的解释。他回忆道，当时他和佩勒诺（都是优秀的律师，也都精通德语）先是给两位选帝侯灌酒，然后趁他俩的法律顾问不在场的时候与他们谈判。所以两位选帝侯没有注意到，佩勒诺提出“不将他终身监禁”（nit in ewiger Gefencknus halten）的说法仍然允许查理五世判处黑森方伯有期徒刑。[68]
不过，即便查理五世不是设计这个诡计的人，他也利用了协议文本的模棱两可。6月15日，也就是黑森方伯下跪臣服的四天前，查理五世向弟弟指出，黑森方伯“明确同意无条件投降”。皇帝继续写道：
我承认，两位选帝侯要求我承诺，除非协议里有具体规定，不惩罚黑森方伯本人，也不没收他的财产，也不将他终身监禁。因为他们用的词是“终身”，我接受了他们的提议。你已经知道我这么做的理由：为了把他控制在我手中至少一段时间。所以我打算等他来臣服的时候将他逮捕。两位选帝侯不能反对，因为我并没有违背自己给他们的诺言，因为我的承诺是不将他终身监禁。
皇帝随后向弟弟征求意见，在黑森方伯兑现了投降协议的其他所有条款之后，应当以什么形式囚禁他，以及囚禁多长时间，因为“如果我离开了德意志，他可能会兴风作浪”。斐迪南建议，等黑森方伯履行协议并为自己将来的忠诚给出恰当的保证之后就释放他，免得得罪“卷入此事的两位选帝侯，也是为了防止黑森方伯狗急跳墙”。但查理五世不同意。[69]在黑森方伯下跪臣服不久之后，皇帝写信给弟弟，说除非把黑森方伯控制在监狱里，否则“无法保证他能履行协议。目前他在争取时间，等待我解散军队”。并且，皇帝现在感到自己的荣誉受到了威胁。两位选帝侯“竟敢问我会不会遵守诺言，这是对我的荣誉的侮辱！”
查理五世怒不可遏，因为（按照他自己的说法）：“我素来一言既出驷马难追，哪怕遵守诺言意味着放弃获得个人利益的绝佳机会。”所以他告诉弟弟：“此事已经发展到我不可能让步的地步：如果我不囚禁他，世人就会认为我这么做是错误的，我是被别人强迫改主意的。”他打算先等等，“看黑森方伯会不会尽快诚实守信地行事”，然后再决定囚禁他的期限。[70]
斐迪南又一次敦促兄长慎重。斐迪南也认为，在黑森方伯履行全部条约义务之前必须囚禁他，但在那之后，“我认为陛下不能疏远两位选帝侯，而是应当同意释放他，当然前提条件是这么做不会损害您的利益”，也许可以把黑森方伯的儿子当作人质。但查理五世拒绝对黑森方伯开恩，并指示西班牙士兵严密羁押和监视菲利普。萨斯特罗阴郁地评论道，黑森方伯发现，“皇帝的那句话‘我会教你怎么笑’绝不是说说而已”。[71]
查理五世后来会后悔自己没有听斐迪南的建议，但在当时他似乎已经取得了压倒性胜利。黑森方伯得到的唯一安慰发生在几天之后。他被装在一辆大车上，在西班牙士兵的簇拥之下被押走，这时查理五世走过来炫耀，“头戴天鹅绒帽子，身穿天鹅绒镶边的黑斗篷”，这时突然下起了瓢泼大雨，皇帝“不得不把斗篷翻了个里朝外，然后用斗篷给帽子挡雨，导致他自己被淋成落汤鸡。真是可怜！”萨斯特罗挖苦道：“他为了打仗已经花了这么多钱，现在为了保护自己的天鹅绒帽子和斗篷，居然宁愿自己淋雨！”[72]
萨斯特罗说得对，这场德意志战争的经济代价极其昂贵。1546年，查理五世在西班牙贷款将近300万杜卡特，次年又贷款70万杜卡特；玛丽在尼德兰贷款75万杜卡特。而皇帝能够用来还款的资金只有教宗提供的20万杜卡特、向曾经挑战他的人征收的罚金（大约一共80万杜卡特），以及从路德派城镇与诸侯那里没收的重型火炮能够换到的钱。而他已经把这些火炮分发到自己领地的各地，以宣扬自己的胜利。[73]缴获的大炮还不是唯一的胜利象征。查理五世在去奥格斯堡参加新一届帝国会议之前解散了自己的很大一部分军队，但保留了3000名官兵“守卫奥格斯堡城的各城门与广场”，另外派遣2万名步兵和4000名骑兵驻扎在乌尔姆、符腾堡和奥格斯堡“周边地区”。所以新教徒将此次帝国会议称为“武装会议”。根据好几种史料，在米尔贝格大捷之后，查理五世曾吹嘘：“我来，我见，上帝征服。”现在他的目标是，利用自己的压倒性军事优势，一劳永逸地解决德意志的宗教和政治问题。[74]
武装会议
据佩勒诺说，查理五世来参加本届帝国会议时“希望快速办好自己的事情”，但佩勒诺补充道：“我相信，如果我们为了把所有事情都办得井井有条而加速谈判，反而会适得其反。”[75]他说得对。本届帝国会议从1547年9月1日开到1548年6月30日，持续了整整十个月，形成的文件多达2760页。皇帝的官员提出了一系列方案，旨在加强皇帝在德意志的权威：将执法和铸币标准化；加强和精简帝国枢密法院（Reichskammergericht）；认可皇帝在尼德兰的诸领地为一个单独的帝国行政圈（Reichskreis）[76]；建立一个新的帝国联盟（Reichsbund），将帝国臣民与哈布斯堡家族（而不是帝国）紧密联系起来；筹集军费保卫匈牙利，抵抗土耳其人可能发动的进攻；设立预备金库，准备动员一支27000人的军队，“以防将来有人企图违逆皇帝与帝国的敕令与命令”。最具争议的一点是，他们还为帝国之内的宗教统一提出了新的框架。[77]
最终，本届帝国会议要么批准这些措施，要么允许皇帝设立特别委员会来处理相关事务，但我们很难准确判断查理五世在这些辩论与决策中发挥了什么样的具体作用。根据他的贴身男仆让·旺德内斯记录的详细旅行日志，皇帝在这年冬季仅出席了几次大型公共活动：1547年11月30日，他出席了金羊毛骑士团的一次宴会；1548年的主显节，他参加弥撒，就像东方三博士一样“献上三个杯子，分别盛有黄金、乳香和没药”；1月30日，他召集选帝侯们商讨认可尼德兰为单独的帝国行政圈的事情；2月24日，即他生日那天，“他身穿皇袍、端坐在宝座上”，庄严地册封莫里茨为新的萨克森选帝侯。
根据旺德内斯的记载，皇帝没有参加其他一些庄严的场合，甚至没有参加帝国会议的开幕典礼（由斐迪南的长子马克西米利安代表他）。但实际上参会代表会定期到安东·富格尔（雅各布·富格尔的侄子）家，因为查理五世下榻在那里。大家就在那里与皇帝面谈。[78]
查理五世没有经常公开露面的另一个原因是他生病了。有时他“坐着见客，一只胳膊支撑脖子，两脚搭在配有软垫的凳子上”；在冬天，为了缓解病痛，他爬进一座巨大的金属炉子，“或者更准确地说是熔炉，绝大多数人在里面只能待一刻钟，他却能待一整天”。[79]查理五世有时大发脾气无疑是因为病痛。1547年2月，他告诉教廷的一位外交官，保罗三世患有梅毒，并补充说：“我忍不住想起意大利人说的话：你可以原谅一个年轻人染上法国病［梅毒］，但不能原谅老年人得这种病。”外交官抗议说自己对这种事情一无所知，所以这肯定是“新近”发生的事情。皇帝“继续这个话题，说教宗患梅毒很长时间了”；外交官又一次试图反对，“我［查理五世］就向他告辞，说听弥撒的时间到了”。[80]
即便不是病魔缠身，查理五世也有两个理由对教宗发火。保罗三世已经把自己的远征军从德意志撤走了（理由是查理五世没有让那些落败的统治者恢复天主教信仰）；还把宗教会议的地点从特伦托搬到教廷国境内的博洛尼亚，这是德意志新教徒不能接受的，所以查理五世也不能接受。“我绝不接受改换地点，”皇帝告诉自己在此次宗教会议的代表，并命令高级教士们留在特伦托，“为上帝和我服务”（皇帝现在越来越经常把自己与上帝并列，这真是很傲慢的态度）。[81]他还重新考虑寻找一种能让全体德意志人都接受的宗教模式，路德在其最后几部重要著作中也主张这么做：“让我们亲爱的皇帝迫使教宗在德意志某地举行一次普遍的、自由的基督教会议，或者召开德意志民族的宗教会议。”和往常一样，这项工作也是由格朗韦勒打头阵。他于1547年8月向教宗发布了最后通牒：“要么会议地点改回特伦托，要么暂时中止宗教会议，直到本届帝国会议的结果出来。”[82]
但在随后一个月里，局势发生了戏剧性变化，因为查理五世的军队占领了皮亚琴察，在这过程中杀死了教宗的儿子皮耶路易吉·法尔内塞（详见下文）。现在保罗三世宣布，除非皇帝归还皮亚琴察，他绝不把宗教会议的地点改回特伦托。查理五世的回应是，暂时只为德意志寻求临时性的宗教解决方案。[83]1548年2月，皇帝、斐迪南、七大选帝侯以及在帝国会议中有代表的诸侯、高级教士和各城镇挑选了若干代表，召开会议，宗旨是寻找各方都能接受的宗教教义。天主教诸侯很快就明确表示，他们不接受查理五世自称拥有的宗教权力。他没有办法强制他们，于是授权天主教各邦维持现有的宗教习俗。但他同时坚持要求路德派诸侯遵循新的教义，它被称为《奥格斯堡临时敕令》，因为它仅在大公会议做出永久性决定之前有效。这种临时性的地位能够解释该教义为什么有许多自相矛盾之处。例如，它宣布，“教士可以结婚”和“信徒可以兼领圣饼和圣酒”这两种最明显的路德派教义是“错误”的，但为了维护和平，暂时对其予以容忍；尽管《奥格斯堡临时敕令》认为救赎需要信仰和恩典而不一定需要善功，但又明确许可了一些受到路德派谴责的天主教习俗（比如崇拜圣徒和为死者举行追思弥撒，后者暗示相信炼狱的存在）。
教会史学家内森·莱因指出，《奥格斯堡临时敕令》与1530年的《奥格斯堡信条》有太多“相似之处”，所以这“不可能是无意的。《奥格斯堡临时敕令》的措辞和对比喻的选择表明，其作者在有意识地指涉路德派的一些常用表达方式。熟悉这些方面的读者一定会注意到这一点”。《奥格斯堡临时敕令》的作者还巧妙地将救赎神学与仪式的执行分隔开，把仪式的执行留给世俗统治者，他们现在能够以维护公共秩序为理由，掌控臣民的宗教仪式生活（至少在大公会议做出与之相反的决定之前是这样）。[84]
查理五世决定在教宗及其代表那里尽量隐瞒《奥格斯堡临时敕令》的内容，直到瞒不住为止。1548年5月15日“午餐时”，他“传所有诸侯于下午4点到他面前，因为他打算发表《奥格斯堡临时敕令》”。安托万·佩勒诺“在下午4点前不久”拜访了罗马教廷大使，“根据皇帝陛下的命令”把《奥格斯堡临时敕令》的内容通知给他。佩勒诺还说：“陛下已经等待了尽可能久的时间，现在再也不能耽搁了。”下午4点，当着皇帝和帝国会议全体参会者的面，副首相赛尔德宣读了《奥格斯堡临时敕令》。该敕令的拉丁文和德文版本随即公开发表。[85]
现在困难的部分刚刚开始：确保大家都服从。保罗三世不愿帮忙，反而派遣一名特使去斥责查理五世“没有经过圣座的授权就发表《奥格斯堡临时敕令》”。在长达两个小时的觐见期间，教宗特使抗议道：“《奥格斯堡临时敕令》不符合神圣教会的教义与惯例，却涉及基督教生活的几乎所有方面。”查理五世立刻承认，“《奥格斯堡临时敕令》并非他希望的那样尽善尽美，但必须一点点把人们吸引回天主教信仰与我们的神圣教会这边来”。他相信“大公会议和教宗的权威能够完成余下的工作，把《奥格斯堡临时敕令》变得完美”。在这之前，“当德意志人接受《奥格斯堡临时敕令》时，也会接受教宗与教会的权威，所以皇帝认为自己理应为此得到祝贺而不是抱怨”。教宗特使问，查理五世是否愿意对《奥格斯堡临时敕令》做修改，比如在弥撒和教士可否结婚方面。皇帝答道，不能做任何修改，因为帝国会议已经闭幕。[86]
有些路德派统治者愿意服从《奥格斯堡临时敕令》。据萨斯特罗说，勃兰登堡选帝侯接受了《奥格斯堡临时敕令》，条件是皇帝帮他还债；符腾堡公爵和黑森方伯支持《奥格斯堡临时敕令》，因为他们希望借此改善自己的投降条件；莫里茨选帝侯已经向查理五世承诺会服从《奥格斯堡临时敕令》，并向维滕贝格大学的神学家们（如今是莫里茨的臣民）施压，要求他们合作。这些神学家几乎全都服从了，但其他地方的一些路德派教徒仍然拒绝接受《奥格斯堡临时敕令》，其中为首的就是曾经的萨克森选帝侯约翰·弗里德里希一世。格朗韦勒和他的儿子向他施压，先是暗示如果他服从，就可以释放他；被拒绝之后，格朗韦勒父子将他囚禁在房间内，拿走了他的书籍，并关押了他的亲信神父。即便如此，约翰·弗里德里希一世仍然坚守路德的教诲。在随后几十年里，路德教会将处于分裂状态。[87]
天气暖和起来之后，查理五世又公开露面了。他主持了1548年6月30日帝国会议的庄严闭幕。五周后，他把士兵部署到奥格斯堡的所有战略要地，封闭城门，并传所有官员来见他。赛尔德命令他们向皇帝下跪，以惩罚他们曾给施马尔卡尔登联盟出钱出兵，然后命令他们重新向皇帝宣誓效忠。随后赛尔德宣布撤销给奥格斯堡城的特许状，罢免所有官员，废止所有行会（之前是各行会选举市议会成员），然后任命一批新的官员来管理该城，其中绝大多数属于该城的精英集团。为皇帝办事的两位银行家安东·富格尔和巴托洛梅乌斯·韦尔泽都是该城新的枢密会议（总共由七人组成）的成员。
几天后，皇帝的西班牙军队去镇压另一座曾经给施马尔卡尔登联盟出钱出兵的新教城市康斯坦茨。当地的行政长官魂飞魄散，赶紧向斐迪南臣服。斐迪南撤销了该城的特许状，恢复了天主教信仰，然后将该城纳入自己的领地。查理五世曾短暂考虑在康斯坦茨建立一座要塞（就像他在根特、乌得勒支和康布雷做的那样），但因为担心引起帝国之内的骚乱，就放弃了。[88]
随后，皇帝着手处置另一座曾支持施马尔卡尔登联盟的城市乌尔姆，接受了当地权贵的下跪臣服。随后，赛尔德撤销了该城的特许状，罢免其官员，解散各行会，建立了一个由城市权贵组成的新政府。他还命令该城的路德派布道者接受《奥格斯堡临时敕令》（不过在奥格斯堡没有这么做），逮捕那些拒绝的人，并强迫那些接受《奥格斯堡临时敕令》的神职人员抛妻别子。在施派尔、沃尔姆斯和莱茵兰地区其他城市的路德派布道者为了避免遭到同样的处置，纷纷逃亡。1551～1552年，皇帝的官员在南德的二十五座城市撤销特许状、解散行会并设立由城市权贵组成的新政府。[89]
当时有些人（后来则有更多人）说查理五世的这些行动都是出于宗教动机。路德维希·菲尔斯滕维尔特在1893年写道：“对城市政体的改革，是反宗教改革的前驱，最终目的是在各城市保全或恢复天主教信仰。”但这种说法不能解释皇帝为什么不仅加紧控制路德派城市，还采取措施去加强控制天主教城市，其中一些在近期的内战中坚定地支持他。著名历史学家沃尔夫冈·莱因哈德研究了查理五世和斐迪南的现存档案，试图找到“某种显而易见的纲领”，但没找到，于是得出结论：“之所以找不到什么纲领，不是因为它躲过了历史学家的搜寻，而是因为它根本不存在。”也就是说，皇帝在这些城市采取行动意在普遍地遏制城市的独立性，尤其是行会的权力；镇压路德派只是他的次要目标。
所以，奥格斯堡、乌尔姆和其他一些德意志城市的戏剧性受辱，与1540年查理五世对根特的处置很类似。[90]锡耶纳流亡者巴尔托洛梅奥·卡瓦尔坎蒂观察到了一种普遍的行为模式。他在1552年写道：“皇帝的大臣们总是奉行同样的政策。他们总是尝试煽动城市的内部纷争，然后通过寡头暴政来压制自由与公民福祉。”他说的不只是查理五世对尼德兰和德意志各城市的压制，还有皇帝在意大利的所作所为。[91]
在意大利秋后算账
施马尔卡尔登联盟初期的成功让查理五世在意大利的一些对手备受鼓舞，于是纷纷起来挑战皇帝。在卢卡（一座小城市，是帝国的采邑，几乎持续不断地与佛罗伦萨争斗），城市权贵弗朗切斯科·布拉马基和一群流亡者图谋推翻美第奇家族的统治，并将卢卡、锡耶纳和佛罗伦萨统一成一个托斯卡纳共和国。1546年8月，布拉马基被出卖，在米兰被判终身监禁。[92]随后，“1547年1月3日午夜，热那亚城险些发生革命”。“曾研读尼科洛·马基雅维里的著作《君主论》”的颇得民心的显赫人物吉安·路易吉·菲耶斯基伯爵把一艘军用桨帆船带进了热那亚港，船上藏有他的200名追随者。他邀请安德烈亚·多里亚及其继承人詹内蒂诺赴宴，企图在席间将他俩谋杀，从而控制热那亚城。[93]
安德烈亚·多里亚接受了邀请，但因为患病而没有赴宴。菲耶斯基仍然决定按原计划发动政变。他的一半追随者夺取了城门，另外一半人占领了兵工厂内的多艘属于多里亚的桨帆船，释放了其桨手。他们的热烈呼喊引起了詹内蒂诺的注意，他企图恢复对兵工厂的控制，但不幸中弹身亡。安德烈亚·多里亚逃离了这座他自1528年以来就一直掌控的城市。群众在大街上奔走呼号：“自由！自由！”身穿全副铠甲的菲耶斯基在港湾落水溺死，仅仅因为这起事故，此次政变才失败。资深的西班牙驻热那亚大使戈麦斯·苏亚雷斯·德·菲格罗瓦认识到，菲耶斯基的死亡“是上帝的恩赐，因为如果他活下去，热那亚就完了”。[94]
几个月后，那不勒斯也险些发生革命。根据副王佩德罗·德·托莱多的请求，教宗任命了一位特别宗教法官来铲除那不勒斯王国境内的异端思想。这引发了大规模骚乱。当地的精英集团立即发出抗议，但副王对他们置之不理。1547年5月，三名当地人企图营救一名被宗教法官逮捕的同僚，副王下令将这三人处死。这引发了大规模的游行示威。托莱多用西班牙部队驱散群众，并用大炮瞄准城市的一些热闹区域，“仿佛”（这是一位编年史家的说法）“那不勒斯是一座法国或土耳其城市，而不是皇帝陛下的财产”。[95]1528年皇帝取胜之后被迫流亡的那不勒斯人现在开始返回，皇帝的权威摇摇欲坠，直到多里亚于8月从热那亚派来一队桨帆船，运来了3000名西班牙士兵。军队恢复了那不勒斯的秩序之后，查理五世为了谨慎起见，赦免了大部分反叛者。
哈布斯堡霸权在意大利受到的这一系列挑战，既反映了意大利人一种强烈的怀旧感（渴望回到“没有一位君主能够将自己的意志强加于另一位君主”的往昔），也反映了查理五世及其大臣惊人的洋洋自得。[96]菲耶斯基曾参加弗雷戈索于1536年企图夺取热那亚的行动，但在五年后，在多里亚的请求之下，查理五世赦免了菲耶斯基，还赐给他一笔年金。1545年5月，消息传到热那亚，说菲耶斯基的一个亲戚正在巴黎，试图求得法国人的帮助发动政变。但多里亚和菲格罗瓦都没有把这消息当回事。当有消息传来，说菲耶斯基已经从皮耶路易吉·法尔内塞那里购买了四艘桨帆船时，菲格罗瓦却向主公保证：“我相信，这些桨帆船在菲耶斯基手中，而不是在别人手中，对陛下更为有利。”[97]
如此漫不经心的态度险些酿成大祸，因为查理五世与热那亚的关系完全依赖于二十年前他和安德烈亚·多里亚缔结的私人纽带（condotta）。1546年成为米兰总督的费兰特·贡扎加提醒查理五世：“热那亚这样的地方，对陛下在西班牙和意大利的事业都极其重要，却依赖于一个八旬老人的生命，并且对于他死后将会发生什么没有任何计划，这是十分危险的，因为他随时可能去世。”贡扎加请求皇帝指示“一旦多里亚去世，我们该怎么做”。一天之后，菲耶斯基及其支持者发动了政变。[98]
菲耶斯基的失败（这是恺撒的好运气的又一个例证）让皇帝的政策变得更加咄咄逼人。贡扎加立刻率领1000名西班牙老兵开赴热那亚共和国边境，一旦有需求就施加干预。他主张没收菲耶斯基在米兰公国的全部财产，以儆效尤。他还派遣一名信使去“绝对保密地［con ogni dissimulatione］了解陛下的打算”。皇帝起初感到无助，“在更多了解此事的源头以及其他可能发生的事情之前，我暂时无话可说”。但在几天后，皇帝考虑了“如果我们能控制该城及其要塞，是多么有利”以及“最好早做准备，在多里亚去世之后让我们不必担心当地局势”，于是让菲格罗瓦给出建议，控制热那亚的最好办法是什么，比如可否建造一座要塞。[99]与此同时，他批准了贡扎加的请求，即没收菲耶斯基的全部领地。
查理五世还授权对新任帕尔马和皮亚琴察公爵皮耶路易吉·法尔内塞采取行动，因为他卖桨帆船给菲耶斯基是“不利于我的事业的行为”。因此，贡扎加必须“掩盖自己的真实意图，严加保密”，“尝试劝说当地的一些绅士”推翻法尔内塞。查理五世甚至明确规定了时间表：贡扎加应当在帕尔马和皮亚琴察“赢得支持者”，“做好准备，一旦出现教宗位置空缺的有利时机……就立即执行”。[100]等待教宗位置空缺（即前一位教宗去世和他的继任者当选之间的时间，教廷国在这个时期会陷入混乱）是个好主意，因为保罗三世（和安德烈亚·多里亚一样）将近八十岁了，一旦他去世，他的儿子就失去了主要的盟友。但查理五世很快改了主意。
被俘的菲耶斯基阴谋分子供认，教宗和他的儿子为皇帝的敌人提供了支持：除了卖桨帆船给菲耶斯基之外，据说皮耶路易吉还承诺从皮亚琴察派遣1000名士兵去热那亚，“牢牢占据那里，让其他军队奈何不了他们”。据西班牙驻罗马大使说，“我们越来越怀疑，热那亚发生的事情是教宗一手策划的”。但查理五世还在犹豫不决，不愿授权贡扎加自由地执行“收复帕尔马和皮亚琴察的计划，尽管我觉得这个计划甚好”，因为“当你决定好了要执行该计划的时候，德意志或法国的局势可能发生变化，使情况变得不适合攻击圣父及其利益，所以最好等等再说”。因此，“在你执行该计划之前，你必须征询我的意见，因为耽搁一点时间是不要紧的”，“我会根据整体形势给你最好的方案”。[101]
但这时消息传来，法尔内塞承诺支持又一起推翻多里亚对热那亚的统治的阴谋（这一次的领导人是菲耶斯基的一个兄弟和马萨侯爵朱利奥·奇博·马拉皮斯纳），于是查理五世终于放弃了谨慎的立场。贡扎加逮捕了马萨侯爵，并于1547年6月13日向皇帝提出两个理由，敦促皇帝立刻批准他在皮亚琴察招募的密谋者行动起来：首先，皮亚琴察的新要塞快竣工了，一旦竣工，皮亚琴察就将固若金汤；其次，因为密谋者需要在要塞竣工之前行动，所以如果查理五世现在不承诺支援和庇护他们，他们就会寻求法国人的帮助。“如果我们丧失了这个收复皮亚琴察的机会，”贡扎加补充道，“那么也许很久都不会有新的机会出现。”因此他“派遣一名信使，谦卑地”（可真是谦卑！）“恳求陛下下定决心，尽快裁决此事”。两周后，查理五世在德意志的主要敌人要么已经归顺，要么已经在押，于是他批准了贡扎加的请求，但有两个前提条件：“绝不可以伤害”皮耶路易吉本人，而是将他流放；“绝不可以让别人说此事是我命令的”。[102]
这两个限制条件让贡扎加的处境变得很尴尬。他担心，如果法尔内塞逍遥法外，将来会报复他（贡扎加）和推翻法尔内塞的密谋者；并且贡扎加犹豫不决，不肯“承担做这个决定的责任，这里就不重复弗雷戈索和林孔那件事情了”。于是贡扎加设计了一个巧妙的计谋来表明他和他的主公都没有参与此事：密谋者控制皮亚琴察之后立刻献城给查理五世，条件是他能在二十四小时内派兵将其占领（查理五世显然办不到这一点）；否则他们有权将城市献给法国人。所以贡扎加只需要在密谋者发动政变前不久率领400名骑兵来到皮亚琴察附近。他向皇帝指出，这条计谋“需要我独立行动，来不及征询陛下的意见，也能说明我的行动是不得已而为之，而不是我有预谋”。
查理五世批准了该计划。1547年9月10日，密谋者控制了皮亚琴察，在这过程中谋杀了皮耶路易吉·法尔内塞，随即向皇帝献城。[103]次日，贡扎加提前秘密派遣到边界附近的骑兵部队抵达了。9月12日，他以皇帝的名义占领了该城。尽管他通过奇袭占领帕尔马的计划失败了，但帝国军队于10月进驻锡耶纳，并开始在那里修建一座要塞。[104]
查理五世的这些胜利决定了他在意大利的其他敌人的命运。根据贡扎加的命令，卢卡的弗朗切斯科·布拉马基于1548年2月在米兰被斩首，马萨侯爵朱利奥·奇博·马拉皮斯纳于5月步其后尘。贡扎加还消灭了查理五世的两个佛罗伦萨敌人。他逮捕了著名的佛罗伦萨流亡者皮耶罗·斯特罗齐，在贡扎加宅邸（今称西蒙内塔别墅）将其谋杀；还派遣两名刺客去威尼斯，杀死了洛伦齐诺·德·美第奇，此人在十一年前杀害了查理五世的前女婿亚历山德罗·德·美第奇公爵。[105]
现在看来，查理五世似乎一帆风顺，但这只是表面现象而已。1548年9月2日，在施派尔，查理五世签署了一封给腓力王子的信，夸耀自己成功地“改变了好几座德意志城市的政府”，并“以更恭顺的人取而代之，还驱逐了新教布道者”。但随后查理五世承认了一件惊人的事情：他现在需要解散军队，因为“我再也没有办法维持兵员如此之多的军队，因为开销实在太大”。现在他不得不返回尼德兰，因为没有了军队，“我不想冒险留在这里［德意志］，否则我的人身安全难以保证；也是为了避免当着我的面发生一些无法弥补的事情，导致我损失新近获得的声望”。为了节约经费，他提议把目前驻扎在符腾堡的德意志部队撤走，以2000名西班牙士兵取而代之，让当地居民供养这支部队。一个月后，斐迪南向兄长警示了另外两方面的威胁。北方的一些路德派邦国仍然“拒绝臣服于陛下”，也不接受《奥格斯堡临时敕令》；此外，尽管萨克森公爵莫里茨已经被皇帝提升为选帝侯，但他仍然对皇帝囚禁黑森方伯的事情愤愤不平。斐迪南写道：“因为他［莫里茨］是个莽夫，我们不能把他逼到绝望的地步，也不能刺激他，否则他可能与周边城市与诸侯结盟。”[106]
