当军机大臣被皇帝召见，回到军机处后，将此次召见的主要内容向章京们转达，这就是“述旨”。然后章京们开始“批拟”，即拟定谕旨。一般情况下，军机大臣要根据皇帝口述的意思，于晚上将谕旨拟定，第二天进呈。一些军机章京由于善于缮写谕旨而飞黄腾达。如军机章京申甫，所起草的谕旨都能切中乾隆的意思，且明白流畅，洞彻机要，后来升任二品大员。军机章京孙永清，拟定谕旨，一气呵成，被刘统勋、于敏中等人所看重，后来也做到了广西巡抚。
军机章京的勤劳，皇帝每日都看在眼里，不时会有封赏。金川战事最吃紧时，乾隆突然想起来，得奖励奖励天天加班的军机章京们了，下旨称：“办理金川军务以来，军机处行走官员，皆黾勉供职，著分别等次，交部议叙。”随后军机大臣将军机章京按照出力多少，分为三个级别，造表献上，一一予以奖励。
军机章京久处中枢，与皇帝及重臣接触的机会多。常有军机章京因为办事干练，给皇帝留下深刻印象而飞黄腾达。军机大臣在外出征战时，常常会亲自点名，将自己信任而又能干的军机章京带上从军。在前线的实际历练，与军机大臣们的同甘共苦，无疑是今后仕途中的重要资本。
军机章京升迁的机会多，在科举考试中更是突出。历年科举考试中，军机章京问鼎者较多，以致当时有“历科鼎甲皆为军机处所占”之说。乾隆二十五年会试的状元毕沅、榜眼诸桐屿，都是军机章京。到了乾隆二十六年，恰逢恩科，第一名是江南赵翼，第二名是浙江胡高望，第三名是陕西王杰，第一名、第二名又是军机章京。乾隆就将第一名赵翼与第三名王杰置换。军机章京之所以在科举考试中屡屡高中，因军机处所处理事务关系时政。在八股考试之中，经过军机处浸染多年，通达政事，熟谙公文，又具文采的军机章京们自然容易高中。此外，因军机章京长期在中枢，贴近皇室，升迁的机会也更多。
自创设后，军机处对保密工作格外重视，如规定军机处工作人员不得与各部臣僚来往，在军机处服务的仆役均选不识字的少年担任，对公文也严加管理，不得私自带出。军机处直庐为禁地，虽王公大臣，未奉旨也不得擅入。
但军机处在人事制度上的弊端，决定了很难避免泄密。军机章京都是兼职，从各部选调得力人员进军机处，称“入直”。但军机章京仍须处理原衙门的事务。如军机章京程焘，原先是兵部主事，调入军机处后也得办理兵部事务，经常不来军机处值班。傅恒很恼火，抱怨道：“程焘经常不来上班，想必是留恋兵部吧？如果在兵部好，可不必再来军机处。”程焘听到后立刻收拾铺盖准备走人，傅恒一看他真要走，就赶紧过来将他挽留住。
对能干的军机章京，军机处时常请皇帝免去他们原衙门的事务，专心在军机处办事。如乾隆四十四年，军机章京孙永清本已经升任刑部郎中，但他是军机处得力干将，军机处特意奏请将他升衔留任，并请将他刑部的事务免去，专心办理军机处事务。
作为帝国的最高机构，军机处之中机会多，风险也大，一着不慎，往往有性命之虞。军机大臣如此，军机章京们也如此。在军机处历史上，军机大臣、军机章京常牵涉进泄密案件。
虽然军机处做了诸多保密工作，但由于与原衙门的联系，加上官场千丝万缕的人际关系，军机处根本不可能做到绝对保密。军机处创设之后泄密事件屡屡发生，虽再三整顿也无济于事。军机处处理的事务，有很多是地方督抚也不知道的。京师、直隶、江南、浙江等地有些小官，与军机处工作人员串通，将不发抄给督抚的公文打探出，提供给督抚以博取欢心。为此乾隆特意下谕，斥责地方督抚严加查办。
军机大臣们多年经营，编织了密如蜘蛛网般的人脉。他们的这些人脉之中，很多是巨富之家。富商们常在河边行走，难免鞋要湿掉。春江水暖鸭先知，军机大臣们得到消息之后，自然要帮忙照顾。军机大臣裘曰修与盐商牛兆泰是亲家。牛兆泰被人控告后，裘曰修立刻修书联络地方大员，嘱咐帮忙照顾。乾隆得知后，认为“军机处行走之人，尤当以慎密防闲为要”，下令免去裘曰修军机大臣职务。
因为盐商的关系，乾隆三十三年（1768），军机处发生泄密。这次泄密案件让乾隆暴怒，多名才气横溢的军机章京被贬值，送去边疆从军，最后命陨沙场。
盐政是清代最肥的官职，官员从盐商处收取贿赂，在官场中人人皆知。可索取贿赂也得遵循尺度，也就是俗语所云，吃相不能太难看。
乾隆三十三年，尤拔世出任两淮盐政使，一时顾不上吃相，急火火地跑去找盐商要银子。盐商有钱支撑，也有点骨气，有点傲气了，因中国社会，向来面子第一，大富人家，更注意吃相。尤拔世猴急地过来要银子，面子无存，吃香难看，这让盐商们也看不上，对他嗤之以鼻。
对官商勾结，侵吞帑银的积弊，尤拔世洞然于心。勒索不到银子，尤拔世使出泼皮的招数，去找乾隆揭发。尤拔世缓步渐进，盖盐商势力庞大，一不小心，可能会将自己给扳倒。他先是上奏称盐商家资丰裕，奢靡成风，请乾隆教导盐商要节俭度日。不想乾隆看了奏折后，对军机大臣道：“盐商有钱，花自己的钱再多有什么关系？奢侈点有什么不好，可以养活好多游手好闲之徒呢。尤拔世才到两淮，不晓事体，实在是谬见。”
一计不成，又生一计。尤拔世揭发前任普福与盐商勾结，贪污受贿。乾隆遂令江苏巡抚彰宝与尤拔世联合调查，不久查出普福、高恒、卢见曾等官员，利用预提盐引的漏洞捞取私利。
“盐引”是盐商经营盐业的许可证，由户部统一印制。盐商缴纳包括税款在内的盐价之后领盐引，然后凭盐引运销盐。盐引每年定量配给各地销售的，称为“正引”，卖不完的盐引称为“余引”。在有的地方，如两淮，每年的“正引”不够，就从下一年的配额里预先提取，称为“预提盐引”。
两淮地区的“正引”，每引需要缴纳三两六钱四分，但“预提盐引”仅需一两五钱。“预提盐引”与“正引”之间的差额为二两一钱，这差价本来是要纳入国库的。
两淮预提盐引始于乾隆十一年（1746），随着两淮地区人口激增，用盐量增加，遂在此年增加预提盐引。此后乾隆多次南巡江南，盐商沿途接待，耗费颇具，就将预提盐引余下的钱补贴给盐商。
从乾隆十一年至乾隆三十二年，两淮预提盐引共4计四百九十六万六千六百二十二道，余利银总值在一千零九十二万两左右。而统计下来，用在乾隆历次出巡及购买贡品上的开销，不过四百六十万两左右，尚有六百余万两的余款。由于此笔巨款如何使用没有明文规定，盐商只要把两淮盐政使摆平，就可以自行开销。
随着案件调查的深入，查出盐商曾送给高恒十三万五千两银子，又代普福垫银购办贡物，卢见曾则接受盐商玉器古玩等贿赂。案情明朗后，乾隆对涉案人员分两类情况处理。对于盐商，他虽然极为不满，但只是让盐商将侵吞的银两吐出来了事。此笔银两数目巨大，在一千万两以上，两淮盐商被勒令分九年缴清。虽然赔出了巨额款项，但盐商总算能保全了性命。
此案涉及到的官员众多，如高恒是乾隆的小舅子。卢见曾则是当时的大学者，与大学士纪晓岚又有姻亲关系。当事人都有广泛的人脉，当案情微露端倪时，就有人给他们通风报信，以早做准备。
七月，山东巡抚富尼汉前往卢见曾德州老家查抄家产，结果查出“钱数十千，并无金银首饰，即衣物亦甚无几。”富尼汉见家产中并无金银器皿，就张榜公告，请知情者自首，随即监生李容第一个出来自首，交出卢见曾藏匿的财物。
然而，李容的自首，益发让乾隆狐疑。军机处在六月二十五日发出查抄卢见曾家产的廷寄，查办此案的谕旨也未传抄发放。卢家却先后两次提前转移家产，使乾隆不解，“伊家何以早得风声？”
乾隆知道是有人泄密了，令富尼汉严刑逼供卢见曾，“令将得自何处何人，实情供吐。”不想卢见曾倒是硬气，酷刑之下却不露口风。此时卢见曾的儿子卢瑛，孙子卢荫文正在京师应试，乾隆遂下令抓起来审讯。卢荫文被捕后，吃不住拷打，遂供出真相。
纪晓岚的女儿纪韵华嫁给了卢见曾的孙子卢荫文。纪晓岚在京内朋友众多，消息灵通，得悉开始调查卢见曾之后，派家人给卢荫文送信。但纪晓岚尚不敢明言所查的是历年预提盐引，只是在信中暗示，正在查两淮盐务中的“小菜银”。“小菜银”乃是盐商给两淮盐政衙门的陋规，“每日商人供应饭食银五十两”。“小菜银”总计下来数目也不多，不会惊动纪晓岚来通风报信，卢萌文怀疑此中必有所指。
此后不久，卢荫文与军机章京王昶聊天时，问“小菜银”何指。王昶告知并非在查“小菜银”，而是历年预提盐引案事发。卢荫文探知真相后，即于六月十四日派人回家送信，让转移家产。此外，军机章京赵文哲、徐步云，刑部司员黄骏昌等人，也均泄漏了调查两淮预提盐引的消息。
此案由军机大臣刘统勋负责查办。刘统勋此年在军机处汉人大臣中排名第一，有望在未来成为首席军机大臣。纪晓岚、王昶均是刘统勋的学生，且与刘统勋的儿子刘墉是好友，赵文哲、徐步云也都是军机处的职员，可以说都是老熟人。刘统勋为官清廉，不徇私情，初入官场时虽官卑位微，却敢上书弹劾当时的军机大臣张廷玉、讷亲，奠定了他在乾隆心中的地位。对于此案，刘统勋在处理时不敢徇私，只能加以严惩。
此案牵连官员甚多，前后三任盐运使高恒、普福、卢见曾被以侵吞盐引余息，接受贿赂罪处死。纪晓岚因为泄密被发配乌鲁木齐，在伊犁养了条叫做四儿的狗。两年后纪晓岚回京，这条狗一路追随，不离不弃，为此纪晓岚特意作诗称颂。
军机处中，军机章京徐步云被发往伊犁，军机章京赵文哲、王昶则被发配到阿桂军中，参与缅甸战事。王昶、赵文哲都是上海人，与钱大昕等人并称“江南七子”，在军机处本前途无量，不想因为泄密被贬。
通过预提盐引案，乾隆严厉整饬了地方盐官，将两淮盐务纳入到中央控制，并进一步加强了对盐商的控制。就军机处泄密事件，乾隆一直是耿耿于怀。不久乾隆再次下谕警告：“军机章京常与官员亲友暗通消息，从前有因此而获罪者。如果再查出有徇私泄漏，必严加惩治，决不宽贷。”虽然乾隆屡屡整顿，但军机处泄密事件却是层出不穷，招惹出无数是非，也埋下了诸多杀身之祸。
一个太监与一群高官
乾隆三十八年（1773）十一月十六日，首席军机大臣刘统勋死在任上。
当日刘统勋一早坐轿前往军机处，行至东华门时病发，未及上朝便急忙回家。乾隆闻讯后，急忙派福隆安从宫中带药前往刘府急救，到达时刘统勋已溘然长逝。刘统勋去世之后，乾隆亲自前往刘府祭拜。不想到了刘府门前，因为刘家门太小，轿子无法通过，把轿盖掀掉才得以进去。乾隆看到刘统勋虽为一品大员，家居如此简陋，大受感动，嘉奖道：“如刘统勋方不愧为真宰相，汝等宜法效之。”刘统勋死后谥号“文正”，乾隆朝六十年，得此谥号者仅此一人。
刘统勋去世之后，以于敏中为首席军机大臣。于敏中是张廷玉的门生，出生在江苏金坛，于氏家族在当地是名门望族。乾隆二年，二十四岁的于敏中考中状元，在翰林院供职七年，被调任“起居注官”。“起居注官”工作不过是记载皇帝的一言一行，但只有皇帝最欣赏的臣子才能得任。
乾隆二十五年，于敏中被调入军机处，此后在乾隆身边出谋划策。在乾隆朝的几次重大战役中，由他负责谕旨的拟定工作，于敏中一丝不苟，俯察机要，与万里之外的武将不谋而合。在刘统勋去世后，于敏中担任首席军机大臣担任自然是众望所归。
于敏中之前，历任军机大臣虽然位极人臣，无不谨慎，唯恐过于招摇，导致皇帝忌讳。讷亲虽被斩首，但在担任首席军机大臣时，为人苛严，不通人情，门庭冷落，无人过来钻营。傅恒随时乾隆的小舅子，却是谨慎无比，丝毫不敢露出权力欲望，刘统勋担任首席军机大臣时更以清廉闻名。
于敏中初入军机处时也能爱惜羽毛，注意与京内大臣保持距离。做了首席军机大臣之后，逢迎的人多了，此时于敏中也不再掩饰，广结外吏，“凡词林文士无不奔竞其门”，导致整个官风气为之一变。
在华的西方传教士所观察，傅恒在世时还表达过与乾隆相左的意见，而于敏中却从来不敢这么做。此时的朝臣们主要忙于书写颂词，编撰官方刊行的书籍。中枢的奢侈之风，不久就漫延到了全国，后世常认为，乾隆朝中后期的贪腐风气实源自于敏中。
于敏中
担任首席军机大臣没多久，乾隆三十九年（1774），于敏中卷入了太监高云从一案。
有清一代，对太监是严加管束，顺治立铁牌于内务府，“永禁内监干预朝政”，并规定太监不得与外官结交，不得假亲戚名义购买田产。如有太监与外官勾结，干预朝政者，即行凌迟处死。乾隆对太监与外官交往一直防范极严，曾有太监赵起龙与大臣庆复的儿子来往，私下议论乾隆人品之类。乾隆得悉后，立刻将赵起隆处死。虽然乾隆严厉禁止太监与官员来往，但却屡禁不止，乾隆三十九年又有太监高云从结交大员一案。
此年从五月到八月，乾隆一直驻跸在承德避暑山庄。皇帝不在京师，京内的一二品大员们就定期开会，互通信息，传达政务。话说七月间，兵部侍郎高朴在开会时，耳朵尖，听到左都御史观保、户部侍郎蒋赐棨、刑部侍郎吴坛、上书房行走倪承宽等人凑在一起讨论“道府记载”。高朴就去询问这是从哪里听来的消息，观保等人就含糊着说是从内廷执笔太监那里打听到的。
“道府记载”是皇帝的私人小秘密，上面记载着各省道府官员政绩的优劣，直接关系到道府官员的升迁或奖惩。“道府记载”由执笔太监书写，属于最高机密，其内容除了皇帝及执笔太监外无人知晓。几个官员凑在一起议论“道府记载”中的内容，高朴知道机密已被泄露，立即赶去避暑山庄，向乾隆告密。
但高朴也只是道听途说，乾隆问他是内廷哪个太监泄漏消息，他也说不出名字。乾隆就询问军机大臣怎么看待此事，首席军机大臣于敏中认为此事不必当真，定是谣传。因为此事关系重大，乾隆还是决定加以清查。不想一追查，发现“道府记载”果然泄漏，泄密者是宫内写字处太监高云从。
高云从被捕后，乾隆亲自加以审问，当得知于敏中也向高云从打听过“道府记载”之后，乾隆“不胜骇异”。随着追查的深入，发现高云从不但泄露机密，与京内高官如于敏中等人交往，更与各省高官往来密切，帮助弟弟谋取官职。
高云从的四弟高云惠，被托付给了粤海关监督李文照，跟着一起到广东捞油水。李文照本系内务府司员，乾隆对他特别青睐，提拔他管理粤海关税务，不想竟然也与太监来往，遂下令将李文照革职解京，交给内务府大臣审讯。高云从的另一个弟弟高云龙，此时正在山东临清跟临清知州身边做长随。乾隆随即严令山东巡抚徐绩，审讯临清知州，如何与太监结识。随着案件清查的深入，又查出山东河道总督姚立德与高云从结交，并将高云龙推荐给了临清知州。至于于敏中，高云从因为买地的官司纠纷，曾请他出面帮忙。
高云从结交诸多大员，举手间可以翻云覆雨，让乾隆目瞪口呆，严厉责问群臣：“朕如此开诚布公以待群臣，诸臣不思以恩图报效，良心何在？”而群臣交结高云从，不外是为了探悉乾隆心意，好谋取官职，这干预了乾隆的用人权，也是对皇权的极大冒犯，故而乾隆大怒道：“岂容此等事置之不问乎？”
高云从一案让乾隆很受伤，牵涉到的都是他最信任的臣子。比如吴坛，在乾隆眼里一直最有出息的臣子，政绩显赫。乾隆都替他安排好了仕途，先去做江苏巡抚，过几年再提拔为刑部尚书，不想也被牵涉进来。如蒋赐棨一家，累世功勋，祖父蒋廷锡与张廷玉都是军机处创设后的第一任军机大臣。
虽然震怒，但对此案，乾隆心中也很是忧虑，因为高云从目前所供出的大臣，都是位高权重的大员。若再追究下去，恐怕牵涉到的大臣会更多。案发七天之后，高云从即被斩首，乾隆以此告诉大臣们，他不想追究下去，“朕不屑因此遽兴大狱”。
此案发生后，牵涉的大臣如观保、蒋赐棨、吴坛、倪承宽等人，都被革职，交给军机大臣舒赫德查办。
在重要案件上，军机处能越过刑部，取得法律执行权。军机处审理案件，一是由军机大臣单独审讯，被审者押到内务府公所或步军统领衙门内接受审问。另一种则由军机大臣会同刑部审讯。此案涉及的都是当朝大员，故而交给军机大臣来处理。舒赫德在军机处资格最老，他是军机处创设之后的第一个军机章京，为人精明强干，对时局常有独到见解。但赫德锋芒毕露，不懂韬光养晦，官场人送外号“铁汉”。因为敢于发表意见，吃了不少苦头。
向来敢言的舒赫德，此次却因为没有上奏，而被乾隆一通责骂：“平日里你经常上奏，是非不断。现在入了军机处一年多，于敏中与太监结交的事情你肯定知道，却一直隐瞒不报，请你清夜自思，良心安在？”
舒赫德很是郁闷，自己并未与高云从结交，也不知晓于敏中与太监结交，却平白无故地皇帝骂了一顿，只好卖力审案以求赎过了。但舒赫德审案时也很头痛，因为被审的都是一、二品大员，依照礼制，对于一、二品大员不能动用大刑。
四名涉及打探“道府记载”的大员也一口咬定，称未曾与高云从有过交往。舒赫德无奈，就将皮球踢给了乾隆，问他怎么处理，是不是该大刑伺候？
乾隆也很矛盾，一旦用刑，打的血肉横飞，伤了大员的体面不说，如果这四人还是一口咬定没有与太监交往，岂不是丢了自己的脸么。思前想后，乾隆给出的处理意见是，参照高云从被处决的先例，依法处理。乾隆的台词很明显，就是处死这几人。不过因为与太监交往就处死四名大臣，却是过于严苛了，必然让朝野内外大臣寒心。乾隆也明白于此，故而埋下了伏笔，就看舒赫德会不会领会了。
伏笔乃是，不久就是乾隆的万寿节，照例是不能杀人的。舒赫德果然聪明，他会同刑部，急匆匆地将观保、蒋赐棨、吴坛、倪承宽等四人定为斩监候。舒赫德的意思很明显，也就是拖到万寿节之后，再等乾隆开恩饶四人一命。
乾隆看了舒赫德的处理意见，心中一笑，但还是板起脸来警告舒赫德：“你的鬼主意，朕洞然于心。你将四人判为斩候，以待朕加恩宽恕，你以为朕不明白？朕岂是汉献帝、明神宗这样能轻易被臣下蒙蔽的人吗？”话虽如此，几个大臣的命还是被饶了下来。
没过几个月，蒋赐棨首先被起用，先是承袭了祖父蒋廷锡的轻车都尉，不久又加恩令在武英殿行走。吴坛次年也被启用，没几年就做到了江苏巡抚。惩罚敲打于前，恩宠启用于后，一张一弛之间，此即为君之道，乾隆洞悉于此。
于敏中从政多年，自然知道不该与太监往来，却做出让乾隆失望之事，本来也要被严厉敲打的。
但此时正值金川战役最为激烈之时，乾隆需要于敏中来辅政，故而暂时免治其罪，革职留任。于敏中此时已是惊弓之鸟，只能卖力苦干，以求饶恕。至大小金川平定之后，乾隆表扬他：“自办理军务以来，承旨书谕，夙夜殚心”，重新恢复了他的职位，并赏给双眼孔雀翎。
乾隆四十四年（1779），六十五岁的于敏中去世，乾隆让他入了贤良祠。贤良祠是雍正所设，祭祀清开国以来满、汉大臣中勋德卓著者。不想于敏中死后，却被查出涉及诸多贪腐案。于敏中遗留来的家产估算下来值二百万两。乾隆闻听后不由怒道：“朕重用敏中几十年，一直以为他清廉，不想有这么多财产。”
查出于敏中贪污受贿，营私舞弊，乾隆虽然没有将他的子孙治罪，可怎么也得将他从贤良祠中赶出。乾隆大骂：“于敏中如果活着，朕必加严惩。贤良祠岂可有不慎廉偶之人滥行列入？”到了乾隆六十年（1795），记仇心切的乾隆将赏给于敏中后代世袭罔替的一等轻车都尉给夺去，又恨恨痛骂了于敏中一通。
