此战中清军还俘获了个奇怪的人物，即自称为“天德王”的洪大全，此人被立即送往后方赛尚阿大营。
取胜之后，清军继续行军，追赶太平军。被前日的大胜给冲昏了头脑，清军将士都以为胜利就在眼前，拼命向前追击，好立下天大功劳。在泥泞的上路上，清军“皆穿靴，衣长袍”，“又两人负一炮行山，前后牵制。”
二月十九日，清军行至大峒山一处山凹之间时，由于连降大雨，山路泥泞不堪，士兵只能奋力前行。大雾之间，难以辨别前方，只听得人声鼎沸，一片怨声。正行军时，突然闻得一声清脆尖锐的响箭从山顶直升而起，两旁群山之中，伏兵四起。
清军拥堵在山路之上，前后被围，进退不能，也无法布阵。士兵们互相推诿，只想冲出包围。前方的清军向前冲击时，却发现前路上的太平军，手执长长的竹矛，布成矛阵。太平军手中的竹矛是用山中竹子制成，削尖之后，锐利易用，清军根本无法突破。
清军陷入混乱后，太平军呐喊着从山间汹涌而出，冲向清军。太平军单衣短刀，手执藤牌，赤足而行。太平军贴近清军之后，肉搏激战。清军为了活命，只能拼命抵抗。但山间泥泞，穿着战靴的清军行动不便，又腹肌难耐，激战一上午之后，均被消灭。此日上午，清军总兵长瑞、长寿、董光甲、邵鹤龄四人战死，清军阵亡者有五千人。穿靴子的，终究还是玩不过赤脚的。
二月二十日，洪大全被押解到赛尚阿营中，自称与洪秀全地位相当，太平军“一切用兵之法，都请教于我。”洪大全本名焦亮，湖南兴宁县人，曾考取廪生，参加天地会后改名洪大全。
洪大全读过书，能吟诗，持才傲物，投奔太平军后以为能得到大用，不想却被洪秀全凉在了一边。洪大全心生不满，出逃不成，反被关于入狱中，太平军在永安突围时将他带上，又被追来的清军抢走。洪大全被擒后已将生死生死置之度外，自称“天德王”，好得到清廷重视，能有酒肉享用，也算轰轰烈烈一场。
此日赛尚阿得到前方大败的消息，全军震骇。洪大全吹嘘自己与洪秀全平起平坐，同称万岁，赛尚阿知道其中必有不妥。可此时连遭败绩，为了弥补，只能将洪大全当作大人物上报朝廷了。为了让洪大全看起来更逼真，由赛尚阿的幕僚操刀，进行了一番包装，然后押解送去京师请功。洪大全本就抱了必死之心，只要好酒好菜伺候，也就积极配合。
可这个太平天国大人物洪大全的故事有一个破绽，洪大全被抓时头发很短，而太平军都留长发，被称为“长毛”。为了让故事逼真，幕僚们编造了段故事：“洪大全因为苦读不中，愤懑之下，出家为僧，并研究兵书，要学诸葛孔明一样争霸天下哩。”
二月二十一日，赛尚阿的亲信，随军的军机章京丁守存，亲自将洪大全押送进京。临行前，赛尚阿紧握住丁守存的手，老泪纵横，竟然说不出话来。
可这个洪大全的破绽太多，很多人都看出其中蹊跷，“军中讳败饰胜，事所常有，唯奏获洪大全之事则过于虚谬矣。”给事中陈坛则上奏咸丰，指出洪大全并非著名头目，如果把他当回事，只会使“逃匪闻而窃笑。”
洪大全一案，在两广一带传的沸沸扬扬，“人人嗤笑”。对于这个被送到京里的“叛贼头目”，咸丰将他交给了军机处审理。负责审理的军机大臣也很为难，洪大全的供词中破绽连连，要揭穿这个把戏也很容易，但这样就要追究赛尚阿的欺君之罪。
在京的军机大臣与赛尚阿是多年同事，关系亲密，哪里能下此狠手。再说，如果赛尚阿因为此事被追究，又要让其他军机大臣顶替他到前线去吃苦，还不如卖个人情，帮赛尚阿搪塞过去，留他继续在前线效力。权衡再三之后，军机处将洪大全当作了太平军重要头目审理，押上刑场凌迟处死，临刑前洪大全犹高呼：“拿酒来”。
洪大全（焦亮）娶妻许香桂，妻妹许月桂则嫁给了焦亮弟弟焦三。咸丰五年五月，广东天地会攻克郴州，焦三、许月桂、许香桂聚众反叛，被湘军王錱击溃，三人被擒后均被处死。
对于洪大全一案的内情，耳目灵通的咸丰洞悉于心。抓到了洪大全这样的“重要头目”，清军前线将领却一个也没得到赏赐，反而被咸丰严厉训斥。押送洪大全进京的军机章京丁守存，不仅“未晋一阶”，反被军机处中的同僚嘲笑。
长寿、长瑞等四总兵同日战死，赛尚阿不敢隐瞒，快骑到京师汇报。翻阅奏报时，看到长瑞、长寿兄弟同日战死时，咸丰情不自禁，竟热泪盈眶。咸丰下令将长瑞、长寿老母接回京师赡养，同时又询问二人后人情况，嘱咐好生照看，待成年后加以重用。长寿的儿子荣禄此时十五岁，后来权倾朝野，成为首席军机大臣，左右晚清政局。
四总兵同日战死，不久乌兰泰在追击太平军时中炮身亡。此后太平军一路直下，势不可挡，攻桂林，连陷兴安、全州，声势浩大。太平军由小县城一路打到省会桂林，咸丰震惊不已，将赛尚阿降四级留任，此时他知道，赛尚阿不能主持军事。
江忠源在蓑衣渡设伏，击毙冯云山之后，太平军转而突入湖南，连陷多城，包围长沙。赛尚阿领兵在后，一路猛追。长沙四周城门都被堵死，在东北设置了长梯，将士入城或出战都要经过此处。赛尚阿一路追击太平军，到了长沙城外，也由此入城。而将领带兵出战，也从此出，负责湖南防务的罗绕典调侃道：“此出将入相之门也。”
长沙被围后，赛尚阿的仕途也到了尽头。九月初二，咸丰以赛尚阿调度无方，号令不明，赏罚失当，以致劳师糜饷，日久无功，革职回京治罪。赛尚阿出任钦差，不足一年半，便被革职押解回京。
在当时官场，赛尚阿是少有的洁身自好，清廉持正的官员。但他是个书生，对于军事一窍不通。至前线后，各路骁将又彼此推诿，互相争功，赛尚阿为人仁厚有余，虽然日夜操劳，以致于形神疲猝，却劳而无功。
被押解回京的途中，路过某县时，县令过来安慰赛尚阿。赛尚阿却大哭道：“我是顾命大臣，朝中首相，现在辜负国恩，死不足惜。可这贼不是寻常的贼，总愿别人不要同我一样才好。”
赛尚阿也是明眼人，这些崛起于两广的长毛，却不是那种水浒英雄般的造反者。他们有着明确的纲领，有着严密的组织，有着无比的雄心，有着殊死一战的决意，欲图开天辟地，营造出一个新的天国。这是场旷日持久的战争，陨落于此战中的文臣武将足以填满京师的昭忠祠。
咸丰三年正月二十二日，经过军机大臣会同刑部审理，赛尚阿被定为斩监候，秋后处决。审判时，赛尚阿伏地痛哭流涕，自言不忍心杀人，所以没有控制住前线将领，导致军心涣散，连遭败绩，对不起皇上。
当时舆论颇是同情赛尚阿，认为他“清勤公正，朝野共知。至于将略，本非所长，以致师久无功，溃围失利。”咸丰也知道将这个心底仁厚，清廉公正的老臣派往广西前线有所不妥，暗中对赛尚阿加以回护。查抄赛尚阿家产时，咸丰特意派了同是蒙古人，且与赛尚阿有交情的僧格林沁负责，以让他多留点家产过日子。
赛尚阿被发往边疆戍边，至咸丰五年，被特旨释放。赛尚阿活的很长，至光绪元年方才去世，他也可以一睹后来的历史发展。皇室对赛尚阿的愧疚，在以后的岁月中得到了补偿。他的儿子崇绮在同治四年一举高中，成为清代唯一的蒙古族状元，他的孙女则成为同治的皇后。书法家启功的外曾祖，是赛尚阿的五子崇纲，启功的母亲就是崇纲的孙女。
清代惯例是，每逢有大的战争，都以满蒙重臣至前线督导大军。乾隆、嘉庆年间，有阿桂、福康安、勒保、额勒登保等人，不辞辛劳，料理戎机。道光朝，有长龄经营西域，亲自披坚执锐，飞骑纵横天山南北，于雪花纷飞之中擒拿张格尔。此后的鸦片战争中，至前线的重臣，如奕山、奕经之类，却是纨绔子弟，根本就不能一战。咸丰延续祖先的惯例，派出首席军机大臣穆彰阿至前线，不想竟然徒劳无功。
“朝廷兵柄，不轻假汉人。粤匪之乱，始用赛尚阿，不济；继用向荣、和春，亦无功。”此后清廷所能依赖的，只能是曾国藩、胡林翼这样的汉人中坚了，而兵权也开始逐渐下移。
亲王破例入军机处
咸丰三年（1853）二月，太平军攻下南京，之后随即组织了北伐与西征。
太平天国北伐军由林凤祥、李开芳、吉文元等将领统领，从扬州出发，取道安徽，沿途连克多城，进入河南。北伐军本准备从归德渡过黄河，只是清军防守严密，渡船也被烧毁殆尽，遂转攻开封。太平军只是虚攻开封，吸引住清军之后就绕城别走，继续在黄河边寻找船只，以渡过黄河。
太平军的北伐，吸引了北方无数底层人的关注，果敢无惧者纷纷投入其中。在巩县，当地运煤工人用运煤船将北伐军运过黄河，随后直扑怀庆府，以夺取火药和粮食。怀庆府被围两个月后，清军各路援军终于出现，并对太平军形成反包围。
北伐军此时采取迂回作战的方式，转而西进，进入太行山区，绕道山西北进。在山西境内，北伐军战无不克，打得清军望风而遁。看着前方久战无功，清廷就将山西巡抚哈芬革职，以胜保为钦差大臣，全力围堵北伐军。新任的钦差大臣胜保，用兵粗蛮，莽撞无惧，也未能围堵住太平军，
此年九月，一路驰骋歌呼的北伐军，进入直隶境内，占领深州，此后又连续攻下青县、静海、独流、静海，逼近天津。狂飙一般席卷而来的北伐军，让整个京师震动，无不惊愕。
而此前在前线领兵围剿北伐军的大员们，为了哄皇帝开心，编出了天大的捷报送到京师。咸丰看到“捷报”后大喜过望，亲笔题写“喜报红旌”四个大字，制成匾额，挂在军机处值班房。此时太平军狂飙一般涌至天津城外，军机大臣们该如何面对这个匾额？至今这个匾额仍挂在故宫军机处旧址内，只是再无八百里红旗捷报送来。
当太平军出兵北伐之后，咸丰已从各地调兵，“密云防兵千名”、“盛京防兵八千名”来京。又令科尔沁郡王僧格林沁、步兵统领花沙纳、右翼总兵达洪阿、军机大臣穆荫办理巡防事宜。当北伐军进入直隶后，咸丰惊呼：“畿辅重地，岂容逆贼窜扰”，又从各地紧急调兵加强直隶、京师防御力量。
出现在天津城外的北伐军，让京师群臣一片混乱，有建议迁都西安的，有建议迁往盛京的，有建议闭城死守的，不一而足。咸丰帝也惶惶不可终日，以为自己将落得与明崇祯皇帝一样的下场，“今豫南北皆残破，贼已渡河，明代事行见矣”。
国难之时，上阵还是自家人最靠谱。九月初九日，咸丰任命叔父惠亲王绵愉为奉命大将军，表兄科尔沁郡王、御前大臣僧格林沁为参赞大臣，统领精锐四千五百人出京，会同钦差大臣胜保围堵北伐军。九月十日，又委派弟弟恭亲王奕訢办理京城巡防事务，并署正白旗领侍卫内大臣。
常有史学家云咸丰为苦命天子，一个十九岁的青年，继承了无限的权力，而前代帝王所积累下的无数问题，在他登基时全部爆发，这既是对他的考验，也是他的机遇。处理的好，他就是中兴之主，可以以赫赫武功，挽救危局而标榜于史册。处理不好，则会黯然落幕，如崇祯那样找棵歪脖子老树上吊。
面对着狂飙突进的北伐军，咸丰坐卧不宁，他不甘心黯然落幕，他立志要做一个英武过人的君王，度过这艰苦的岁月，将这大清江山世代传下去。当此非常时期，自然可以行非常之举。十月初七，咸丰打破祖先定下的规矩，让弟弟恭亲王奕訢入军机处，担任首席军机大臣，此年奕訢刚好二十岁。
兄弟二人曾竟争帝位，哥哥胜出做了皇帝之后，对弟弟表示了大度，封他为亲王，赏用黄绒结顶冠，穿蟒袍，用金黄色。弟弟也感恩戴德，不时称颂哥哥，兄弟二人诗词来往，你唱我和，看起来是感情融洽。一个雄才大略的弟弟，终究不是皇帝哥哥所能容忍的。奕訢小心翼翼压制着自己的才华，与哥哥的唱和诗歌中，也尽量压制自己的才气，曹植的命运已是生动的先例。再说，当年道光帝遗命封他为“恭亲王”，恭字的意思很明显，就是要“兄友弟恭”，老爹可是用心良苦。
咸丰二年四月，奕訢被赏给了府邸，宅子是让人羡慕的和珅旧宅。和珅跌倒后，他府邸的一半，被嘉庆帝赏给了乾隆最小的儿子永璘，作为庆亲王府。永璘不是铁帽子王，后代不停降级，没有资格住在王府。咸丰将永璘后人撵出，把这个府邸赏给了弟弟奕訢。咸丰二年六月，奕訢被正式册封为亲王。虽然道光在遗命中已册封奕訢为亲王，咸丰登基之后也已确认，但正式手续却一直拖到道光大丧结束之后。一拖两年，这也是哥哥对弟弟的考察。此期间奕訢曲意奉承、低调谦恭，赢得了咸丰的信任。
和春园已闲置多年，经过清理之后，奕訢搬入。此园虽然简洁，但清溪流淌，荷塘清月，古松幽竹，别有出尘之感。奕訢喜欢上了这里，居于此间，“松风水月入襟怀而妙道自生也”。咸丰偶尔也来看望弟弟，并将此园易名为“朗润园”，此园即后世燕京大学所在地。
咸丰做皇子时，在南苑狩猎曾从马上坠下，将腿摔断，此后行走不便，不时腿病发作。咸丰三年五月，皇帝腿病发作，持续了将近一年，不能参加各种祭祀活动，就让弟弟奕訢帮行礼。让兄弟帮代行礼，与祖先之制并不冲突，先皇们多有先例。可让亲王入军机处，却与祖先之制不符了。
祖先定下规矩，亲王不得入军机处，以防止亲王坐大，威胁到皇权。可现在太平军兵临城下，哪里还顾得了许多，关键时刻最靠谱的还是自家人。再说，咸丰对弟弟还是比较了解。奕訢虽然年青，但有胆略，处事果敢，与优柔寡断的自己可以互补。让他入军机处，可以操控全局，全心办事。再说，亲王入军机处也有先例，雍正朝的怡亲王允祥，嘉庆朝的成亲王永瑆，不也是在非常时期入了军机处。
入了军机处，贴近了朝政，奕訢才发现大清帝国的危机糜烂的如此之深。太平军控制扬州，漕粮被切断，军费开销日昂。咸丰三年六月十六日，户部奏报：“自广西用兵以来，迄今三载，经臣部奏拨军饷及各省截留筹解，已至二千九百六十三万余两。户部银库，截至本月十二日止，正需待支银仅存二十二万七千余两。”
为了扑灭北伐军，军机处只能四处筹集军饷。十月二十七日，军机大臣与咸丰见面时，建议将山西省的地丁银借征一年，以用作军饷。山西地丁银每年可征三百余万两，且历年来都能如数交上，可谓纳税模范省。现在军情紧急，不得不杀鸡取卵，限山西地方官员，在三个月内额外再征三百万两地丁银，并许诺待将来库帑充沛之后，免山西地丁银一年。
恭亲王奕訢
不想咸丰对于这个杀鸡取卵之策很是不满，认为征集过程中，难保地方官员不中饱私囊，骚扰民众。奕訢苦口婆心，劝说咸丰，不用此策，哪有银子打仗？再说，可以适度变通，不再硬性规定三个月内必须征满，由山西地方官员确定征募的时间。同时严禁地方官员贪腐，凡地方官员骚扰民众者概以军法从事，并实行连坐制，一个官员出事，连带追究地方督抚。经过咸丰许可，最终决定从山西再征地丁银。
就任首席军机大臣后，奕訢才知道军机大臣不好当，最头大的事情就是筹集军费。由于军饷匮乏，朝廷号召广大官员们捐款救国。军机章京们虽然薪资微博，也凑了一千两银子捐出来作为军费。咸丰看到后批示：“现军务繁多，章京日夜当差，朕念伊等辛勤，所捐银两不必，赏收。”
自号召捐款以后，京内外大小官员，有捐几两的，有捐几十两的，就是没人捐大笔银子，看来大家还是不积极。军机处无奈，就设立褒奖条例，凡是官员捐款多的，给予特别奖项，或加升官爵，或抵消处分。
钱不够花，咸丰也急了，六月他就下令将三座纯金打造的大钟处理掉。忙了半年，才将金钟处理成金条，折下来合银子三万二千四百九十七两。这个事情咸丰也不放心，让奕訢在军机处好好监督，不要被人给私贪了。金条铸好了，奕訢上奏报告，咸丰批示：“知道了，熔成金条，永远实用，自可无虞。如何使用，待朕缓酌。”咸丰对金银看得极重，又让奕訢送几块金条给他看看成色如何。
奕訢忙着筹集军费之时，十月三十日，北伐军进至距天津不过十里的稍直口村。此时太平军恍若是冲到禁区的足球运动员，就等着发出终结大清王朝的临门一脚。形势是如此紧急，一旦天津被陷，则北京将岌岌可危，咸丰已开始准备逃亡热河行宫。北京城中一片混乱，百业停顿，逃出京城的有三万多户人家，原本繁华无比的大栅栏一片萧条。
天津蒙受了巨大的威胁，知府钱忻、知县谢子澄等地方官员迅速组织团练，协同守城。团练人数不足，监狱中的囚犯都被放出来守城，以戴罪立功。为了阻滞北伐军，运河大堤被挖开，以引水护城，结果“大水漫衍百里，城在水中，西通一线之路。”
九月二十八日，太平军到达天津城外，果然被大水给阻碍。次日北伐军组织了几十只船，准备渡水攻城。天津城内的官员组织“雁户”进行狙击，“雁户”平日在水上以猎杀大雁为生，枪法精准，此次被天津官府以重金聘用。“雁户”伏在小船上，身上盖有芦席，埋伏在芦苇之中进行猎杀，导致北伐军损失严重。北伐军无奈地望城空叹时，僧格林沁又带了快若疾风的蒙古骑兵，在天津西北的杨村准备包抄北伐军退路，北伐军遂退至静海过冬。
至静海后，林凤祥、李开芳分兵，一在静海，一在独流，扎下营寨，互为犄角，彼此援助。负责攻打北伐军的，主要是胜保与僧格林沁两支部队，军机大臣瑞麟也被派到前线来作战。
咄咄逼人的胜保，以跋扈骄横而著称。骁将一般统领的都是悍兵，可胜保却很无奈，在他的统兵生涯中，一直没有统领过一支像样的部队。胜保所统领的都是临时招募来的士兵，士气、战斗力都极差，士兵战斗意志的来源，一是杀戮抢劫发财，二是胜保的激励。
与胜保的乌合之众相比，僧格林沁所统带的是清国最精锐的八旗蒙古兵。看着僧格林沁骑兵的整齐划一，威风赫赫，旗甲鲜明，胜保满肚子怨气，满心嫉妒，满脑子不服。打仗不行，可胜保杂牌军抢军功的功夫过人，双方矛盾不断。作为首席军机大臣，奕訢不时得出面调和胜保与僧格林沁的矛盾，并严明军纪。
胜保和僧格林沁进攻北伐军，但师久无功。眼看着太平军在自己眼皮底下扎下根，咸丰怎么能睡得着，恨不得立刻消灭掉北伐军。前方的两个主将，僧格林沁是自己一贯推崇的表兄，不好发脾气，只好拿胜保出气。于是乎，胜保得了点小胜，立刻被加官进爵，胜保一有小败，咸丰就破口大骂，威胁要拿胜保的脑袋和全家性命相抵。
天津城内的团练，多数是市井无赖，“私斗则勇，杀贼则怯”，将领们都认为天津团练不能用，可钦差大臣胜保却不信，大度地将这批混混儿们纳到了麾下。
十月十八日，胜保带了一千六百名天津团练出战。出城时，团练们无不踊跃，如同河豚鼓足了气一般，摆出出城慷慨赴死的表情，口中豪言壮语，感天动地，胸口拍的叮当作响。可天津市民最了解这帮人，都等着看好戏上演。
果然，仗还未开，枪尚未发，这批原先膨胀无比、斗志昂扬的天津团练，就掉头狂奔。胜保一看不好，在马上赶紧拔刀大喊：“不用害怕，有我在此！”
不想天津团练没有一人理他，都一口气狂奔逃回城内，让天津市民嗤笑不已。此时北伐军已经追了上来，胜保一个人尴尬地骑在马上，环顾四周一个手下也没有，只有扔了一地的刀枪与旌旗。胜保还没勇敢到能一个人冲锋陷阵，挥戈返日，立刻掉了马头，往天津城内狂奔。
输阵不能输人，边逃胜保边回头与北伐军对骂，展示了他扎实的毒舌功夫。所幸其他部下拉了门小炮过来轰退了北伐军，才将胜保救下。此战过后，无人再敢统带天津团练，都视之为毒蝎，避之唯恐不及。胜保行事夸张，僧格林沁没他那么高调，可也有他的独特方面。僧格林沁时常青布马褂青布鞋，头戴青呢大帽，上阵时持关公大刀，骑黄马，面色枣红，俨如关圣。
十一月二十三日，不甘寂寞的胜保，带了蒙古副都统佟鉴、天津知府谢子澄等人，到运河大堤上勘察地形，却被太平军设伏包围。佟鉴当场被杀，谢子澄中了七枪而死，胜保狼狈逃回。北伐军也派出多批密探，混入京师，刺探情报。军机处布置严密查访进京人员，特别是由天津一带北来的可疑人员。在必经之路通州南门及八里桥，清军设下卡口，严密盘诘形迹可疑者。虽然北伐军雇了些能说北方方言的密探进京，但这些人都被尽职的清军守卫查出。
咸丰四年正月，北伐军自静海、独流南撤，占据河间府束城，在束城等待援军不至后，转退往献县。二月十五日，北伐军占领阜城，随即构造坚固工事，等待援军。
阜城失守，导致山东震动，咸丰下令僧格林沁、胜保迅速歼灭北伐军。阜城攻防战中，北伐军重要将领吉文元战死，损失惨重。此时也有利好消息传来，太平军派出的援军，“号称三十万，所过城邑，莫不摧破。山东一带，人心汹汹。”
清军紧急部署，以僧格林沁包围阜城，胜保南下拦截太平军援军。
处于困境之中的北伐军，听闻太平天国派出的援军北上，就放弃城外据点，收缩城内待援。清军之中，将帅不和，士兵放纵，军官琦龄沿途劫掠民众，甚于盗贼，在军中甚至与士兵争抢娼妓。阜城之战中，琦龄自告奋勇，查探地道，结果被手下士兵从背后击杀。攻防战一直持续到四月初，援军还未出现，北伐军弹尽粮绝，多次尝试突出包围。战至四月初九，北伐军冲出包围圈，退走直隶东光县连镇。
太平军援军北上后，一路势如破竹，进至山东。二月十七日，太平军攻占临清。临清地理位置重要，在此既可固守等待北伐军突围，也可继续前进接应北伐军。援军的快速推进，让咸丰哀叹，一旦两军回合，无疑于虎添双翼，严令胜保务必须堵住援军。
攻下临清后，援军继续北进的计划却被阻。因为沿途进军时扩充了大量人员，这些人员来源复杂，主要是盐枭、溃败的清兵、地方上的无赖及游民之类，现在听说要继续北上作战，都鼓噪着要南撤。其中有上千人不听命令，径自南下，其他部队也跟着南撤。援军将领无奈，三月二十五日，下令全军南撤。至此援军是兵败如山倒，沿途遭到清军与地方团练不断袭击，损失惨重，最后全军覆没，只剩下将领许宗扬一人逃回天京。
与太平军援军人员混杂一般，胜保统领的也是乌合之众，在山东一带到处劫掠。张集磬就亲眼看到一名川勇头目因为劫掠被村民抓住处死，沿途所见被当地民众杀掉的兵勇极多。“营制之坏，不可救药”。
在连镇的北伐军并不知道援军失败，在五月初二分兵，由李开芳率领马队六百三十人，突围进入山东，经过德州、平原、恩县。五月初三，李开芳到达高唐时，得知援军已失败。在各路清军逼迫下，李开芳占领高唐，进行抵抗。
京外打的热闹，京内的奕訢一刻没有闲着，最烦恼的问题是国库存银无几，经费紧张，连中枢军机处也受到极大影响。每年四月，照例由内务府拨出四千五百两给军机处，作为军机章京及仆役们一年的伙食费及纸张器具木炭各项开销。但咸丰三年国库告罄，军机处只领到了一半的钱，内务府承诺，等手头一宽就将钱给补上。
不想到了咸丰四年四月，内务府一直也没把钱给补上，军机章京们的积极性受到了打击。眼看着又到了发办公经费的时间，满汉军机章京们唯恐又要扣下一半的钱，就一起鼓噪，抱怨每天没日没夜干活，还要自己出钱吃饭。虽然说做臣子的要忠君爱国，可忠君爱国，也得让人过好日子啊。肚皮问题都不能解决，谁理你那套虚空的忠君说词。
四月二十二日，在咸丰召见时，奕訢、祁寯藻等军机大臣赶紧奏请，说今年事情太多，军机处进来的新人也多，不能再扣钱了。去年拖欠的办公费用，内务府给不给回头再说，但这次一定要给全经费。
咸丰一看也是，不能只让马儿跑，不给马吃草，赶紧让内务府把钱拨全，提高军机章京们的工作积极性。同日，奕訢向咸丰奏报，北伐军现在南撤，似无北犯之虞。在卢沟桥等地设卡盘查的官兵，以现在情势而言，均可撤回，这样可以节省军费。一看能省钱，咸丰自然大笔一挥，准了。
奕訢担任首席军机大臣的主要任务，就是筹钱。就在他忙得焦头烂额之时，咸丰四年却又发生了户部书吏贪污库银一案。
虽然正值国难之际，可是捞钱的行径却没有停息。户部书吏黄遇清、银库书吏孙锦齐、顺天府书吏范鹤亭三人联合做手脚，将顺天府解交户部的银两贪污掉两千一百两。刑部审讯时，认为范鹤亭只分得了三百零六两，属于从犯，故而判了流放充军。咸丰认为判刑不当，未能从重处理，为此刑部多名官员被降一级，罚俸一年。随后三名书吏被改判为斩监候，多名户部官员被解职查办。负责管理户部三库的王公大臣，从奕訢开始，都被罚俸九个月，户部尚书祁寯藻被降二级留用。此后，祁寯藻萌生退意，请求致仕。
此案过后，咸丰对于户部银库弊端屡禁不止很是恼火，想将银库所有官员全部换掉。奕訢一看这可不好，请留下钟秀、灵杰二人，以带带新人。咸丰让京内各部迅速推荐人才，由自己亲自接见，判断是否可用，同时指出，现在国家情形不同以往，银库工作人员更当谨慎。
为了筹集剿灭太平军的军费，咸丰开始搞捐输。捐输名义上是士民自愿报效朝廷，朝廷则给予一定奖励，实际上是变相卖官。每逢战事，军饷不济时才开捐输，如康熙年征三藩，准噶尔，雍正年征青海，嘉庆年平定白莲教等。
对捐输咸丰也很苦恼，捐输的人，你要给他官吧。花钱买官，这就是生意投资，当了官儿肯定要捞回投资，羊毛出在羊身上，倒霉的还是老百姓。可不搞捐输，又没钱打仗，咸丰哀叹：“捐输乃朕不得已之苦衷”。
捐输在操作中是弊端百出，山西、陕西、四川等省地方上捐了不少银子，结果钱捐出去了，州县或隐瞒不报，或少报，将银子吞下。咸丰得知后大怒，这捐输本来就是朕背负骂名而行的不得已之举，你们竟然还敢从中挖一笔，下令严查，不要因为牵涉的官员多就畏惧。至于查办官员侵吞捐输，自然又是军机处的份内之事了。
皇帝、军机处忙着凑钱打仗，此时也有利好消息传来，胜保总算争了口气，以乌合之众，在山东击败了同样的乌合之众。胜保在山东围剿太平军援军胜利后，踌躇满志地又回师围剿在高唐的李开芳，然而，高唐之战的残酷却超过了他的想象。北伐军不过六百余人，清军连攻九个半月丝毫无功，胜保得了个诨号“败保”。
咸丰五年正月，僧格林沁将连镇攻下，林凤祥被擒后送京师处死。随后僧格林沁带兵增援高唐，咸丰看着胜保在前线屡战无功，将他革职治罪。李开芳见僧格林沁军南来，知连镇失守，就从高唐突围，前往冯官屯，占据村庄，掘壕固守。北伐军至冯官屯，坚守了两个半月。虽然只有区区百人，却打得极为坚强，僧格林沁久攻不克，就引水倒灌冯官屯。
至四月十六日，李开芳被僧格林沁诱出。李开芳至清军营中时，僧格林沁当面打出包票“我既准汝降，断不杀汝。”李开芳倒不失英雄本色，入敌营后“盘腿坐于地”，“旁若无人”。
咸丰五年四月，北伐军这支射向清廷中枢的利箭，总算被停了下来。奕訢也可以安心于军机处事务。
却说上年户部银库出事，一批官员被赶走，军机处特意奏请留下两人帮忙，将功赎罪。到了咸丰五年，留下来培养新人的银库员外郎种秀、灵杰已期满。为了留下二人，军机处向咸丰进言，这二人实在是优秀，在户部对库款出入无不细心，极其得力。如果离开户部，则将少掉两个得力助手。咸丰同意将两人留下，但还是要降四级。
奕訢一看这可不行，就对咸丰道：“既然让他们留任，那就应该鼓励，降四级留用，谁有积极性？”奕訢建议折中处理，二人也不要降四级了，去掉处分，留任三年看表现。咸丰一看弟弟这么说，知道确实离不开这两人，就批示“照所请行”。
奕訢帮助哥哥打点江山，兄弟两人互补，关系日渐融洽，眼看着大清国能早日摆脱危局，进入中兴。为了奖励弟弟的辛勤，哥哥还亲笔书写了“屏翰宣勤”四个字，制成匾额，敲锣打鼓，热热闹闹地送入恭亲王府，看起来是兄弟一心，其利断金。不想到了咸丰五年七月，兄弟之间却产生裂痕，奕訢也被赶出军机处。
此年夏，奕訢生母博尔济锦氏病重。博尔济锦氏曾抚养了咸丰十余年，咸丰登基后尊她为皇考康慈皇贵太妃，一切待遇均参照皇太后规制。自皇太妃生病后，只要政务不是特别繁琐，咸丰必要前去探望。
但皇太妃心中却有一个结，没法消除，在生命的最后关头，她仍然惦记着不能安心。亲儿子奕訢知道母亲的心思，那就是封号问题。作为皇太妃，虽然她尽享荣华富贵，但死后如果没有皇太后的封号，则不能入太庙，葬入皇陵。
可咸丰对于皇太妃的这个心愿，却一直不松口，不表态。奕訢急在心里，却无法表达。却说这日咸丰去探望皇太妃，在门口时刚好碰到奕訢出来，就问皇太妃现在病情如何。
奕訢跪下哭道：“已不行了，想要一个封号方可瞑目。”
咸丰听了后，不置可否地说了声：“哦！哦！”
奕訢一听，以为咸丰同意给封号了，立刻跑回军机处拟定谕旨，命礼部查制具奏，此时他是首席军机大臣，操作起来简单顺畅。礼部又以为这是皇帝的意思，立刻上奏请封皇太妃为康慈皇太后。
咸丰看了礼部送上的奏折，勃然大怒，但又无法发作，弟弟奕訢竟然敢径自做主，实在是狂妄至极。可皇太妃对他有抚养之恩，如果不同意礼部所请，岂不是出尔反尔，让人以为他先前对皇太妃的所有孝行都是装出来的。而如果向群臣坦白，旨意是弟弟所伪拟，则奕訢必然要被严惩，又会招惹出弟兄相残的议论。咸丰咽下了这口怒气，同意了礼部的上奏。七月初一日，正式尊康慈皇贵太妃为康慈皇太后，理由是“抚育朕躬十五载”。
七月初九日，被封为皇太后之后，博尔济锦氏心满意足地辞世。大丧礼仪，由恭亲王奕訢、怡亲王载垣、大学士裕诚操办。咸丰对于自己违心地尊皇太妃为皇太后，心中极其不快，就以军兴以来，国库紧张为由，下令降低葬礼的标准。不久又传谕内阁，今后太行皇太后不得升太庙，谨升袝奉先殿。
七月二十一日，咸丰突然下旨，让奕訢退出军机处，同时将他的宗人府宗令，正黄旗满洲都统等职务都开去。将奕訢罢职，咸丰的理由给的冠冕堂皇，他指责奕訢在军机处时间一长，对于礼仪多有疏略之处。咸丰同时责令弟弟，今后只准在上书房读书，“俾自知谨慎，勿再蹈愆尤，以副朕成全之至意。”
奕訢虽然年少，入军机处不过一年零十个月，可处理军政，筹集军饷，任用人事，均挥洒自如。时人对他当政充满好感，认为他为政中和，有名相之风。虽然暂时离开了政治舞台，奕訢也不着急，时局的危急，问题的棘手，却不是这个外表懦弱，内心急躁的皇兄所能处理的。奕訢有才华，还年轻，待以时日，早晚有他重新出山，重振旗鼓，再入军机处的机会。
奏折著与肃顺看
恭亲王奕訢为生母的封号搞出“矫诏”之后，被咸丰疏远。可咸丰身边还是离不开重臣的帮忙，而最可靠的人选，自然还是爱新觉罗一氏。自奕訢被赶到上书房读书之后，咸丰开始重用怡亲王载垣和郑亲王端华，此两人都属八家“铁帽子”王。端华是努尔哈赤侄子济尔哈朗的后代，载垣则是怡亲王允祥的五世孙。这两个铁帽子王才能力没有多少，遇事无主见，汉文不通达，自觉才短，就全力支持“知历史风俗利病”的肃顺，引为外援。
自弟弟奕訢被赶去上书房之后，性格木讷的咸丰失去了得力助手，而军国大事压得他喘不过气来，此时性格刚毅，记忆力过人的肃顺，开始被咸丰所看重。在政治舞台上，良好的仪表与潇洒的风度，总能给政治家加分。肃顺身材高大，相貌堂堂，“一顾盼间，风采照人”，咸丰对这样的风流人物也是格外青睐。而肃顺性格果断，勇于任事，与咸丰讨论天下大事时，所论均咸丰切中心意，“文宗喜肃顺，言无不尽。”
自咸丰四年奕訢被赶出军机处后，文庆担任首席军机大臣。文庆在满人之中，有崇高声望，“为八旗王公所敬信”。端华、肃顺等人对文庆比较尊重，也不敢直接插手干预军机处事务。
对于其他满人权贵，肃顺则不放在眼里。肃顺曾评价满人道：“咱们旗人混蛋多，懂得什么”，“满人糊涂不通，惟知要钱耳。”每见满人官员，肃顺如见仇敌，“大呼其名，恶语秽骂无所忌。一见汉吏，立即改容致敬，或称先生，或称某翁、某老爷。”
文庆死后，彭蕴章主持军机处，他碌碌无为，只求自保，其他军机大臣也多唯唯诺诺。在怡亲王载垣、郑亲王端华支持下，得到咸丰赏识的肃顺迅速崛起。肃顺崛起之后，在政坛一方面打击满人大员，另一方面则予汉人督抚以大力支持。
咸丰八年（1858），英法联军进逼天津，咸丰命大学士桂良、吏部尚书花沙纳为钦差大臣，至天津与英法联军谈判。不想英法联军提出，要效法道光年间授予耆英“便宜行事”之权。此时大家都想起来，已被闲置十年的耆英曾和洋人打过交道，就再次启用耆英。
咸丰告诫耆英，与英法联军谈判时，一定要强硬，不能丢了天朝的面子。不想耆英一见到老外，立刻就将咸丰的底牌给抖了出来，以讨好洋人。同时耆英与英国人大套近乎，声称当年与英国人关系如何密切。不料英国人却拿出了在广东总督衙门中翻出的，耆英大骂英国人的书信。
耆英像
耆英丢尽了老脸，不想再与洋鬼子废话，就私自回京。耆英走到通州时，军机处发出廷寄，“饬令仍留天津，自行酌办。”奢英也不理会，继续入京。耆英不听号令，事关重大，咸丰下令朝中王公大臣讨论如何处置。恭亲王奕訢及一些大臣认为，应当处以斩监候，这等于给他留条活路。但肃顺认为，应该即行正法。最后咸丰折中处理，赐耆英自尽。
与祁寯藻不同，肃顺对于汉人大臣极为看重。肃顺为人虽跋扈，却勤于任事，更善于选拔人才。肃顺认为在此危局之下，“非重用汉人，不能己乱。” 肃顺重汉轻满，搜罗汉人人才，加以提拔任用，其中最有名者如曾国藩、左宗棠、胡林翼等。
咸丰十年，太平军攻克苏南，连下多城，两江总督何桂清逃亡上海，一时不知所终。咸丰想调胡林翼前往两江。肃顺奏请任用曾国藩，认为胡林翼在湖北已有建树，不可立刻调离，若用曾国藩，则可出大力。
经过满人两百年统治，祁寯藻、彭蕴章这样的汉人大臣，已经认同了满人皇帝。他们是从王朝利益的角度出发考虑问题，而不是从汉人的角度出发。他们认为从长远来看，如果重用汉人，一旦他们坐大， 拥兵自重，将会威胁到中央皇权，故而需要对汉人督抚加以限制打击。文庆、肃顺这样的满人大员，则着眼于当前，着眼于早日扑灭太平天国起义，认为需要重用汉人官员，而不是加以限制。从短期历史来看，由于汉人督抚持续的努力，太平天国被扑灭，清王朝被捍卫。从长期历史来看，地方督抚崛起，汉人大臣势力扩张，将在以后的历史中完成终结满人统治的使命。
肃顺集团崛起之后，开始打击以祁寯藻为中心的政治集团。祁寯藻虽然退居幕后，但在政坛上仍具有强大影响力，祁寯藻的政治盟友，有翁心存、周祖培、彭蕴章这样的政坛大佬。祁寯藻集团的影响力，对于肃顺集团来说是一个极大的阻碍。“凡肃顺所为掊克事，（祁寯藻等)皆力止之，肃顺大憾，每事相龃龉。”
肃顺崛起后，在政坛上的咄咄逼人，让翁心存、周祖培等老臣备受威胁。据翁同日记记载，咸丰九年，当肃顺出击，置翁心存于困境时，翁同龢紧急到祁寯藻处求救。祁寯藻给出的对策是暂时退让，避其锋芒。
中枢的政治斗争也影响到了地方，在江南尤以何桂清与曾国藩之争最为激烈。
两江总督何桂清与曾国藩，为了抢夺地盘、军饷而龃龉不断，互不相让。何桂清与军机大臣彭蕴章是同年进士，与祁寯藻、彭蕴章、周祖培、翁心存等人渊源极深，得到了这些大佬们的支持。
何桂清不时写信给彭蕴章，密报地方情况，并向彭蕴章吹嘘：“东南半壁，似非彼人不能支持。”在这些政坛大佬的支持下，何桂清对曾国藩不断加以限制。而肃顺集团则全力支持曾国藩，自然也将何桂清视为眼中钉了。
西方人画笔下的咸丰帝
何桂清在浙江担任巡抚时，以搜刮来的钱财支持江南大营，每月提供六万两银子，保持对江南大营的影响力。咸丰七年春，两江总督有空缺，在彭蕴章的鼎力支持下，何桂清担任两江总督。此后，又将善于理财的王有龄调到上海，增收关税四百五十万两。手中有钱，自然野心勃勃，何桂清一手操控军方，以雄厚财力拉拢江南大营，另一手则在政坛布局，想将江苏、浙江都置入自己的控制之下。
本来两江总督是无权干涉江南大营，但何桂清却不吃这套，声称：“弟在此间，不论何人的事，我都要管。”江南大营中的重要将领张国梁，对何桂清是言听计从。在两江总督任上，何桂清每月给江南大营的银子增至四十万两，大米一万余石，江南大营有成为“何家军”的趋向。
咸丰八年，江苏巡抚赵德辙离职，何桂清大力推荐王有龄接任，不想肃顺从中作梗，最终以徐有壬为江苏巡抚。而何桂清想安排自己嫡系担任浙江巡抚的计划，由于肃顺的为难，也没有得逞，以倾向于曾国藩的罗遵殿担任。咸丰十年三月，太平军兵围杭州，何桂清坐视不救，浙江巡抚罗遵殿自杀。随后何桂清推荐亲信王有龄担任浙江巡抚，更让肃顺痛恨。
咸丰十年五月，太平军全面出击，击溃江南大营，何桂清从常州狂奔，逃亡苏州。何桂清逃离常州时，地方上民众跪地挽留，堵塞道路，何桂清下令侍卫开枪射击，死亡十九人。五月二十三日，何桂清一路逃到苏州，不想驻在苏州的江苏巡抚徐有壬，却将城门紧闭，不让他入城。何桂清无奈，转奔常熟，又吃了闭门羹，只好逃亡上海。
六月二日，太平军攻克苏州，江苏巡抚徐有壬跳水自杀，死前上奏弹劾何桂清。看了徐有壬的奏折后，“朝廷震怒，著即革职拿问”。何桂清逃到上海后，他的亲信薛焕继任江苏巡抚，在上海拥兵五、六万，庇护何桂清。咸丰严令薛焕将何桂清押解进京，并阻止何桂清向英法借兵，不想薛焕对此命令阳奉阴违，既不抓捕何桂清，还暗中组织以洋人为主力的洋枪队。咸丰此时已焦头烂额，也拿薛焕、何桂清没有办法。
肃顺抓住何桂清大败这个契机，步步紧逼，一方面提请咸丰，对何桂清严惩不贷，另一方面则敲山振虎，打击彭蕴章。此时舆论四起，彭蕴章被指责“缺乏知人之明”。在压力之下，彭蕴章以“精力不济”为由，辞去首席军机大臣。彭蕴章一走，穆荫进阶为首席军机大臣。
穆荫在咸丰朝破了两次军机处的成例。军机大臣一般必须要以三品以上官衔，他以五品官破格提拔为军机大臣。军机处的惯例是，首席军机大臣必须是内阁大学士，穆荫不是大学士，却进阶为首席军机大臣，可见他在咸丰心中的地位。穆荫执掌军机处之后，惟肃顺马首是瞻，使“枢密尽移于御前诸贵”，肃顺集团权势日隆，如日中天。
