肃顺先后打击了首席军机大臣彭蕴章，协办大学士周祖培、体仁阁大学士翁心存等人。至咸丰十年正月，肃顺被授御前大臣，并充经筵直讲。
御前大臣地位虽隆，但不得参与政事。至咸丰年间，时局变化，也导致了御前大臣职权的变化。遇到重要事件，咸丰召见军机大臣，征询意见。不想军机大臣们常以“听候皇上训示，不敢妄参一议”糖塞。有一军机老臣，跪的时间久了，竟然伏在蒲团上鼾声大起。咸丰听到他鼾声如雷，又不好责备，只能让太监将他扶出。从军机大臣处得不到所需的建议，咸丰就转而与御前大臣商量，重用亲贵如怡亲王载垣、郑亲王端华等人，“颇任宗室及御前大臣，枢密之权渐替。”
满人亲贵权势不断扩张，开始参与军机处事务。咸丰不时命亲贵如惠亲王、载垣、端华、肃顺等人，与军机大臣一起阅看奏折。在咸丰的朱批之中，常出现“此折与惠亲王、载垣、端华同看”等批示。亲贵参与阅看奏折，不是看热闹，而是为咸丰提供实际的参考意见。一次惠亲王身体不适，未能来军机处看折，咸丰特意让军机处将奏折送给他翻阅，“并知照惠亲王若稍可支持，可扶掖至军机处同阅。”同看奏折，这是对军机处职权的干涉，而军机处缮写谕旨的权力，也被干涉。咸丰有时命军机大臣与御前大臣商定之后，再缮写谕旨，有时则直接让御前大臣会同军机大臣拟旨。
咸丰十年，肃顺集团在政坛上如日中天。限于宗室不能入军机处的限制，端华、载垣、肃顺不能入军机处，但可以通过控制军机大臣，间接执掌这个中枢机构。军机处中，军机大臣穆荫、杜翰、匡源等人，都依附于肃顺，重新被启用的陈孚恩也投到肃顺门下，形成了“肃党”。肃顺权势凌驾于军机处之上，“军机处之权渐移，军机大臣皆拱手听命，伴食而已。”
军机章京虽然位微，但“隐握实权，势耀煊赫”。对军机章京，肃顺也加以扶持、控制。焦佑瀛军机章京出身，官场混了多年，咸丰十年才做到了五品的户部郎中。在肃顺提拔下，咸丰十年十月升为四品官，不到一个月，又“越次”升为军机大臣。其升迁之快，让官场惊叹。牢骚成性的绍兴人李慈铭不无愤懑地道：“焦佑瀛以五品京官，刚升到四品官就入军机处，除了穆荫之外，本朝再无这样的例子。”
有史家认为，“晚清时期的权臣，仅有一人，即肃顺。”肃顺的弄权，与前代的权臣如鳌拜、年羹尧、和珅都有极大区别。这区别就是，肃顺处于大清国力的最低谷，同时面临着更为严重的内忧外患，而统治这个王朝的却又是一名软弱的皇帝。1861年，英国驻广州领事罗伯逊一封信指出：“咸丰帝是一个当国家危急之机，不顾国政的人物，是毫无精力的皇族代表。中国民众对皇帝的懦弱是十分清楚的，他们谈到他就表示鄙视。”
咸丰性格多疑，且波动性大，他既需要强力的人物在自己身边效力，却又对他有所猜忌，这从奕訢的任用之上即可看出。肃顺能够被咸丰所信任重用，在于他敢于任事，“治事严刻”，不同于尸位素餐，昏聩无能的满人贵族。在处理行政事务时，肃顺能破除旧习，大力整顿。再则肃顺又是远房宗室，对咸丰的权力毫无威胁。
肃顺虽然呼风唤雨，但他也觉察到，自己在政坛的最大敌手，却是蛰伏着的奕訢。自从咸丰五年退出军机处后，奕訢每日里在上书房读书，貌似无比清闲。但上书房之中，人才济济，都是当世才俊，使奕訢与一批大儒相交，其中有朱凤标、殷兆镛、潘祖荫、许彭寿、沈兆霖等人。通过这些文人，他也树立了自己在士人中的形象，并结下了自己的人脉。
到了咸丰八年，内有太平天国战事，外有英法联军威胁，咸丰已是焦头烂额，看着被闲置在一边的能干的弟弟，觉得可以让他出来了，就让他帮自己主持祭祀。咸丰九年四月，奕訢又被任命为内大臣。此时奕訢的政治前途已经明朗，他再次崛起已是指日可待，他所需的只是一次危机，而满目疮痍的大清国，环顾之下，却是危机无穷。奕訢与肃顺的对决，即将展开。在军机处中奕訢所能得到的支援，来自于未曾依附肃顺的文祥。
英法联军带来的变局
咸丰八年（1858），英法联军进至天津，京师再次设置巡防处。性格木讷，持身清正，处事稳重的旗人文祥被任命为镶黄旗汉军副都统，至五月被任命在军机大臣上学习行走。
得知自己入了军机处后，文祥不胜惶恐，急忙请辞，咸丰安慰他不要担忧，只要尽力办事即可。此年十一月，文祥被授紫禁城骑马的荣耀，这表明他已进入咸丰亲信大臣的行列。虽被咸丰所宠信，但此时的政局变幻无常，皇帝的宠信也是一种巨大负担，身体虚弱的文祥，只能尽力操劳，以谢皇恩。
英法联军入寇的危机一直持续，虽然此期间，能干的僧格林沁曾在大沽口击败了英法联军舰队。可洋人却未曾停息用兵，不断调兵遣将。咸丰十年（1860），此年京师受到了威胁，这次的威胁比咸丰三年打到天津的长毛更为可怕。
横跨大洋而来的洋人，仗着坚船利炮，轰开了天朝的大门。七月二十八日，咸丰一度准备借木兰秋狩的名义出逃，被文祥劝阻。为了安抚京师人心，咸丰特意让军机大臣缮写谕旨，声明自己没有逃跑的意思。
八月初二，英法联军破大沽口。八月初七，攻陷天津。气势汹汹的洋人，一路杀奔北京。
洋人吵闹了几年，最终撕破了脸开打，个中原因说来简单，竟然是为了要派驻公使进京。咸丰可以给这些蛮夷最惠国待遇、领事裁判权、降低关税，可以多开通商口岸，但就是不能容忍他们进京。堂堂天朝上国，若是让几个蛮夷小邦到京派驻公使，这不是等于认同他们与自己平起平坐吗，而天朝的尊严又将置于何方？
炮声越来越近，京师人心越来越乱，天朝的尊严终在民间的喧嚣不安之中，稍稍地降了下来。咸丰偷偷摸摸地派出怡亲王载垣、首席军机大臣穆荫为钦差大臣，去和洋人谈判。载垣是个糊涂蛋，哪里能和洋鬼子谈判，一切事务都交给了穆荫去处理。穆荫临时受命与怡亲王载垣一起到通州议和，仓促之间将钦差大臣桂良的关防拿了授给他。
在通州谈了两天，穆荫对英、法两国所提，包括公使驻京问题在内的所有条款全部答应。眼看就要谈妥时，参加谈判的英方代表巴夏礼却突然变卦，要求换约时必须亲见皇帝，当面递呈国书。至于礼节么，自然要依照西方规矩来，而不行中国的磕头礼。
巴夏礼也是个传奇人物，他少年时随姐姐、姐夫来到澳门，开始学习中文。十四岁时曾参与了《南京条约》的签订。能说一口流利中文，长得如瓷娃娃一般可爱的小洋鬼子，吸引了参加谈判的中国大臣的眼光。吃饭时，钦差大臣耆英特意将他拉到自己身边，亲手给他夹菜。此后巴夏礼长期在各通商口岸英国领事馆充当翻译，是个不折不扣的中国通。此次英法联军入侵之战，他被英国专使额尔金任命为中文秘书。由于他能说中文，并负责谈判工作，以致当时清方官员都认定他是最主要的头目，公文及文人笔记中，都将他记为“酋首”。
巴夏礼
巴夏礼提出的要求，让咸丰无路可退，而此时他又被认定为“酋首”。依照擒贼先擒王的思维，从咸丰到文武大臣，都以为将巴夏礼拿住，就可解决所有问题。载垣、穆荫看着双方谈不拢，就主动出击，命令僧格林沁将巴夏礼谈判团队抓捕送京。
八月初四日，巴夏礼得意洋洋地带了八名英国军官与记者，在十七名印度兵护送下前往通州，准备继续谈判。途中发现清军开始调动，巴夏礼觉察到苗头不对，准备撤出时被僧格林沁的部队重重包围。巴夏礼被绑了送到僧格林沁面前，并被逼跪下行礼。此外，法国谈判代表三人和十名法国士兵也被擒拿。载垣兴高采烈地禀报道：“巴夏礼善能用兵，各夷均听其指挥。现已就擒，夷兵必乱，乘此剿办，可必操胜算。”随后，巴夏礼等人，被戴上手铐脚镣，装上囚车，送入京师。
正被夷人杀入所威胁的京师，“酋首”被抓的消息，好比绝境中的人得了根救命稻草，每个人都在奔走相告，唯恐有人不知道这个利好消息，整个京师沉浸在兴奋的气氛之中。巴夏礼被到刑部大牢囚禁，他悲催地发现，自己被关入一群大约七八十个外表粗野的囚犯之中。大臣们也被巴夏礼的擒获而刺激得亢奋不已，户部右侍郎袁希祖激动万分，狂吹道：“自古平夷之功，未有捷于此者也。”更建议皇帝登临午门，举行献俘礼，然后将巴夏礼等洋鬼子凌迟处死。
兴奋持续了没多久，城内又陷入了恐慌之中。次日就有消息传来，洋兵派人到通州，从城门门缝里塞进了封信，要求立刻释放巴夏礼，不然将立刻进攻京师。此时清廷也无路可退，一旦释放巴夏礼，手中更无牌可打，且还要面临夷人面见皇帝、亲交国书这个不可让步的关键问题，现在唯一的选择就是开战。
八月初六日，以骁勇好杀闻名的胜保，带着京师内八旗兵，往城外与僧格林沁的蒙古骑兵会合。此次京内旗兵尽出，连圆明园的八旗抬枪手一千名也出城助战。虽然城内弥漫着不安恐慌的气氛，但在京师外开战这样的热闹事情，让无数游手好闲之徒心痒不已，纷纷成群结队，出城观看战事。通州城内客栈已经住满了结伴而来的各色人群，有京内混混，有读书人，有老头，有年轻人，都是一脸期待的神情。和洋人开战这种热闹事，多少年也难得看到一回。
八月初七日，阴云惨淡。昨日已有神通广大的看客打探到，洋兵和大清国今日要在八里桥开战。众看客早早起身，或骑驴，或乘马，或坐轿，出城往八里桥观战去了。
八里桥本名永通桥，明正统十一年（1446）建，横跨在通惠河上，是一座三劵高拱石桥，因为距离通州八里，俗称八里桥。白日登临桥上，凭栏东望，可见凛凛通州古城，巍巍宝塔矗立，桥下驳船骈驶，桥上辐辏穿梭，南来北往，好生繁闹。八里桥为京津陆路必将之处，故而清军密集于此防守。一群看客热热闹闹地出了通州，此时已没法过八里桥，就在通惠河边上，选了个高坡眺望双方交战。
八里桥外一马平川，清军在此布阵。作战计划是，僧格林沁率领马队迎战东路，胜保、瑞麟分别督八旗军迎战南路和西路。
甲胄在初升的阳光下闪光，铁盔已经被汗水给浸透，马扬起蹄子，喷出粗气，乌黑的大旌在劲风里怒吼。从前列至后线，蒙古骑兵宽阔黝黑的脸上全无表情。一名传令官手执黑旗在全队前策马狂奔，整合队伍，胯下的那是黑色雄马，在飞驰中已经勃起，这是它最风光的时刻，好给那无数牡马展现自己的魅力。主人全然没有想到黑马的私心，胸中被万千骑兵的壮观给震撼。列队如林，静默如山，这是可以摧毁一切的力量。
英法联军进至八里桥
八旗今日也尽出精锐，和魁梧黑壮、杀气腾腾、仪容雄伟的蒙古骑兵不同，八旗兵大多面目白静，带有倦畏之色。他们在京内安享太平日久，每天斗鸡走狗，赌博喝酒，寻欢作乐，突然拿起刀枪，再上战场，他们已经缺乏祖先的那股勇气。今日出战的，还有一千名驻防圆明园的抬枪队，这是保卫皇帝的近卫队，历来以骁勇闻名，他们期待着一展身手，让洋兵看看八旗子弟的威武。京内的武器，由于交给士兵自己保管，日久之后，大半无用。所用抬枪还是战前刚从山西、河南等地赶运过来，山西运来了三百杆，河南则送来了一千杆，今天可以派上用场。
僧格林沁骑于马上，表情复杂。自从绿营、八旗兵屡战屡败之后，他所统领的蒙古骑兵，已成为清国的中坚力量。但蒙古骑兵雄壮的阵列，却没有增加僧格林沁多少的自信。虽然他曾在大沽口打败洋人的进攻，可这些看来固若金汤的防御工事，今年却被洋人摧枯拉朽地扫除干净。而蒙古骑兵在快枪利炮面前能抵抗多久，他不能估计。
和僧格林沁不自信相比，胜保则显得自信满满，杀气腾腾。过去几年，在与捻军的战斗中，他少有胜绩，屡战屡败，被革去职务。这次皇上开恩，赏回顶戴花翎，让他带兵出战。他期待着一洗前耻。中国战争列来强调的是天时地利人和，胜保认为自己三者兼具。
布阵完毕后，让所有人惊讶的是，顶戴花翎，全身朝服的胜保，独自一人，骑了匹矮马，慢悠悠地向洋兵阵前而行。胜保身躯肥胖，小矮马被他压得大口喘着粗气，驼着一堆肥肉慢步而行。
见胜保只是一人，洋兵也未开枪，一名官佐模样的洋人还走上前去，在阵线中间迎接胜保。不想胜保在马上，伸出双指，怒道：“吾乃胜保，尔等亦尝闻我之名乎？尔夷人，何敢犯我天朝乎，还不退兵，保全尔等性命。”
胜保越骂越激动，脖子间肥肉不停耸动，口水飞溅，将须上也粘湿。洋人官佐被喷了一脸，也不理胜保，自行归队。胜保得意洋洋地回到本队，以为自己的勇敢行为激励了全军。
八里桥大战
英、法联军并没有被胜保的所谓勇敢给惊倒，士兵们相对比较轻松，并对这场战事充满了自信。和中国军队相比，英、法军队已经全部使用了最新式的武器。此年英军使用的是最新式的阿姆斯特朗炮，法国人则带来了改进型的拿破仑炮。阿姆斯特朗炮是当时最为先进的线膛炮，从后膛安装炮弹，射程远，炮身轻，威力大，精度高，是无与伦比的利器。作为前装炮，法国的拿破仑炮多年来一直是世界各国仿制的对象，此次法国人带来的则是最新改进型前装线膛炮。在武器上，英军使用的是恩菲耳德式步枪，法军使用的则是米涅式步枪，二者均是当时最先进的步枪。
虽然跨海而来，但英、法联军，丝毫不担心后勤问题。来自广东地区的大批潮勇，被编入英军中，从事后勤等工作。这些人勤奋耐劳，得到英军赞许，却激起了中国人的无限愤慨。此外，还有一些来自山东芝罘的劳力在英军中效力。一名文人在自己的日记中写下了疑问，山东芝罘地方，被英国人控制不久，人心已开始倾向洋人，且愿意为洋人卖力，是何原因焉？
战鼓响起，骑兵开始慢跑，黑沉沉一大片骑兵，如同公牛在预备冲刺，前方原野上身着红衣的英军阵线，则是他们的目标。马越奔越疾，刀也已经出鞘，发射着光芒。众骑并进，呼啸成群，骑手们在马背上呀呀地吼叫着，不时将刀娴熟地画出个漂亮的圆圈。一时间，烟尘蔽日，不可辨识。
冲了一半路程时，骑手们惊讶地发现，前方的洋兵丝毫没有被万马奔腾的气势给吓倒。一排排洋兵严正以待，手上的枪支已经盯上了这些急奔的骑士。
一阵烟雾散过，啪啪声在洋兵阵线上次第响起。声响过后，战马惨嘶，马蹄高高扬起，马背上的骑手被重重地摔倒地面，而战马沉重的身躯，则猛地将他压住。
骑手们不断地冲，可是洋兵的枪声、炮声，却总也不见停息。每一轮枪响之后，前列骑手与战马的宿命，就是倒在地下咕咕地喷着鲜血。战马惨嘶，骑手狂嗥，钢刀举起，喊杀不断。最勇猛的骑手，怎么会怕这小小的子弹，它不过如蚊子在身上叮咬一下而已，带着子弹咬过后的血迹，骑手们继续冲锋。可洋兵的开花大炮，每一次落在地下，总要送出千百个致命的钢铁。硝烟弥漫，地动山摇，火海四起，血流成河。黑色波浪不停地向前涌动，想去挑战悬崖峭壁。悬崖峭壁纹丝不动，将波浪撕得粉碎，血红的浪花四溅。
看着黑压压的蒙古骑兵策马狂奔，如狂潮涌动，惊涛汹汹，胜保生起无限豪情，抹了抹湿漉漉的胡子，扬手对八旗兵狂呼：“杀鬼。”
八里桥大战
八旗兵没有蒙古兵马快，只能靠双腿前进，看着在弹雨下纷纷落地的蒙古骑兵，已经开始双腿打颤。胜保指挥军队向前时，联军阵列也开始向前逼进。眼看双方愈走愈近，洋兵突然止步，在阵前将枪一一列起。八旗兵一看，知道坏事，走在最前列的是持轻便鸟枪的鸟枪队，赶紧举枪，不待命令就开始发射。硝烟弥漫之后，八旗兵却看到自己所射出的枪子，在半途就纷纷坠地，击打的地上尘土四起。
鸟枪队正手忙脚乱地装弹时，洋兵阵列上枪声爆起，走在前列的八旗兵倒下一片。清军鸟枪手在腰间扎有装满火药的袋子，并将火药捻缠绕在臂膀上，以方便点火。被击毙之后，火药捻继续燃烧，最后引爆火药袋，倒在地下的尸体不时发出爆炸声。八旗兵见自己的鸟枪打不到洋兵，而洋人却能射中自己，都乱了阵脚，发声喊，开始后退。胜保见鸟枪队无用，恼羞成怒，举手命令抬枪队上前去。
抬枪笨重，需要两个人抬着使用，且难以整成队形。到了阵前，抬枪手们用各种姿势准备发射，有用肩膀扛着的，有弯腰用背抵着的，还有用双手托住的，不一而足。抬枪手准备好后，也不等号令，就各自燃放。一阵阵巨响之后，胜保看到对面鬼子兵阵线中倒下了两个人，顿时大喜，这抬枪虽然笨重，但还是管用的。
胜保策马上前，呼令全军前进，此时一颗飞弹嗖地穿过，击中胜保下巴，血满胸前。胜保没有丝毫感觉，仍如山般稳坐于马上，指挥众兵前进。八旗兵见胜保带伤指挥作战，顿时勇气暴增，齐声大呼杀鬼，进如山倒。正呐喊着前进时，猛地一声巨响，胜保连人带马被炮弹轰倒在地。
随从亲兵过去一看，马首已被炮弹炸飞，胜保被马尸给压着。抬起马尸后才发现，两块弹片穿过马鞍，击中胜保胯部，马倒人翻，胜保又被压伤左臂，倒地后昏迷不醒。亲兵将胜保抬起，赶紧后撤。不想胜保肥胖，亲兵抬着费力，就找了两根旗杆，将他放在上面弄了下去。八旗兵见胜保倒地受伤退下，刚刚被激起的战意顿时灰飞烟灭，跟着胜保亲兵一起退了下去。
正在后面压阵的瑞麟，见胜保那边退了下来，知道大事不妙，一人先行策马狂奔而逃，手下众官兵也跟着逃散。僧格林沁正在指挥时，看到胜保、瑞麟二军已散乱，知道大势已去，急忙钻入一辆事先准备好的骡车也逃走了。在前方奔突的蒙古骑兵，看到后方已乱，又不见僧格林沁踪影，一起调转马头，开始逃命。
蒙古骑兵逃跑时，却被八旗军堵塞了退路。此时逃命心切，也不管是否伤到人，纵了马蹄肆意而奔。一些八旗兵看到蒙古骑兵有马可以逃得快，正自愤懑时，又看到纵马踩人，更是怒不可遏，将鸟枪举起，朝着骑兵放了几枪，这又激起了一片怒骂声。一时之间，只听的怒骂声、马嘶声、哀叫声、皮鞭声、飞弹声此起彼伏。蒙古骑兵好不容易从八旗乱兵之中，冲出了逃跑的道路，而八旗兵只能撒腿狂奔，路上丢满了各式鸟枪、抬枪、大刀、号衣、大鼓，充斥于途。
在远处观战的一群看客看了此景，各自表情不一。一个京师内混混打扮的，兴高采烈，狂叫：“好好好。”一个文人装束的，满脸郁闷，连呼：“痛痛痛。”一个商家打扮的，目瞪口呆，连叹：“唉唉唉。”
八里桥之战后，僧格林沁一退再退，最后退至东直门外。京内听到消息后，骂声一片，给他取了个外号“松王”。英法联军也进至慈云寺，距离朝阳门不过八里。虽然战败，可军机处仍以六百里快递通知地方，凡杀黑鬼子首级一颗赏银五十两，白鬼子首级一颗赏银一百两，著名鬼子首级一颗赏银五百两。
最让京师内民众郁闷的是，八月初八，圣驾在巡幸木兰的掩饰下，丢下子民，逃去热河了。
咸丰一度征用马车，准备“北狩”，京内文武官员听到消息后纷纷上奏，请皇帝不要离开，甚至请求他从城外的圆明园，搬回城内皇宫，以安抚人心。清军在通州大败之后，有大臣请咸丰巡幸木兰，暂时躲避。文祥则认为此举不可，会动摇人心，而且热河无险可守，英法联军也可以轻易攻至。
在咸丰召见时，文祥一再恳求咸丰留在京师。听了文祥的意见，咸丰若有所思，命文祥退出，不久下谕，称将留在京内，朝野暂时安心。文祥却不知道，咸丰此时已下定决心要去热河，谕旨只是虚与委蛇，安抚人心而已。
八里桥开战前，僧格林沁给咸丰上了一个奏折，称：“若奴才等万一先挫，彼时即行亲征，亦不致落后。”这是含蓄地告诉皇帝，我如果打败了，您就赶紧逃命吧。
八里桥清军一败，咸丰立刻从圆明园闪人，临走前命恭亲王奕訢、军机大臣文祥全权负责，与英法议和，重要王公大臣如肃顺、怡亲王载垣、郑亲王端华及军机大臣，都随行前往热河。肃顺此时也乐得让奕訢留下，处理的好，自然于大清国有益，处理的不好，则可以借洋鬼子之手去掉这个政敌。
咸丰溜走后，军机章京沈淮没能随行，嚎啕大哭着准备跳井自杀。幸亏家人及时拦阻，才未能自杀，看他这份忠心，军机处赶紧让他去热河，免得再去跳井。
在咸丰离开京师时，奕訢点名要了朱学勤和张德容两名军机章京，帮助自己“办理抚局”，专门起草、处理有关公文事宜。朱学勤和张德容在与各国议和，办理换约的过程中，当差极其出力，深得奕訢与文祥赏识，成为奕訢的得力干将。利用此次英法联军入寇之机，朱学勤在京内低价收购了各种珍贵藏书，编有《结一庐书目》，后来这些藏书都给了女婿张佩纶。
咸丰一跑，京内人心惶惶，从京官到做买卖的，争先恐后抢着出城。出城时，所携带的物品用骆驼装载，各城门口骆驼穿行而过，络绎不绝。把守城门的官兵乘机拦住城门，大肆勒索，每车每驼，需支付银三四两不等。京内物资奇缺，物价暴涨，青菜豆腐这类最普通的食物也奇贵无比。
对于文祥，京内近日是一片骂声，说他是汉奸之类云云。原来一日，有洋人男女六七十人，骑马到朝阳门外游玩。被革职在家多年的老臣赛尚阿再被起用，赏给了五品顶戴，和文祥一起巡视城防。看到洋人时，赛尚阿激动不已，让城防士兵准备大炮，轰击洋人。不想文祥却反对，并严令官兵不得惊动洋人，凡擅自开炮者斩。赛尚阿气得鼻子都歪了，拂袖下城而去，事后大骂文祥是汉奸。
洋人兵临城下，奕訢、文祥希望能早日达成停火协议。八月初九日，英法提出要先行释放巴夏礼等人，不然绝不停战议和。八月十一日，英法联军通知奕訢，限三日内交还被扣留的巴夏礼等人。期满之后，奕訢并未放人。咸丰也指示奕訢，一旦英法联军攻城，则立即将巴夏礼提出正法。
八月十四日，英法联军通知奕訢，明日如果不放人，将立刻攻城。但由于法军援军暂时未到，联军暂时未发动进攻，并继续威胁奕訢迅速放人。奕訢则针锋相对，“和议未定，难于草草送还。若用兵力威逼，不独和局可惜，恐两国在京之人，性命亦难保。”
不愿意立刻放人的原因在于，“惟前将吧嗄哩（巴夏礼）发交刑部，跪锁押杠，熬审数日，须发全行烧燎，未敢遂行释回。”随即奕訢命将巴夏礼放出，送到风景胜地高庙疗养，好吃好喝伺候。大学士周祖培还建议，不妨弄点女色迷诱巴夏礼，好为我所用。
八月二十二日，英法联军逼近德胜、安定门外，并大败僧格林沁、瑞麟军，此后窜往圆明园，大肆抢劫。驻园大臣文丰投河殉难，内务府员外郎泰清，全家十六口自焚死。院内的宫女和太监，死者颇多。
英法联军入园所抢劫的多是容易携行的物品。洋兵抢劫完毕后，各处乡野居民和土匪，一拥而入，将园内精致陈设抢掠一空。土匪抢劫之后，欢天喜地地抬着财物撤走，不想半途又被胜保的部下拦住劫杀，所得多数落入胜保囊中，真是螳螂捕蝉，黄雀在后。
八月二十三日，英军再次要求立刻释放巴夏礼。
无奈之下，奕訢最终决定释放巴夏礼等人。八月二十四日，巴夏礼先被释放。此后几日，又有几个被抓的“白夷”、“黑夷”被分批送出京师。英国专使额尔金见清国放回人质，虽同意不攻城，但却不肯签署和约，一定要等所有人质被释放后再签。
额尔金入京谈判
在通州诱捕的三十九个洋人，巴夏礼等九人被关在刑部，其他人分别被关在昌平、密云、房山各县监狱。奕訢一查之后，大吃一惊，在狱中已经被折磨死掉了二十人，活着的也都被折磨的不成人样，泰晤士报记者包尔贝更被分尸。
此时清廷无法隐瞒，只好如实相告。英国专使额尔金决定对清廷虐杀外交代表的行为施行报复，要将圆明园焚毁。法国专使葛罗拒绝参加焚烧行动。焚园行动之前，英国军队在驻地及圆明园贴出布告：
“宇宙之中，任何人物，无论其贵如帝王，既犯虚伪欺诈之行为，即不能逃其所应受之责任与刑罚也。兹为责罚清帝不守前约及违反和约起见，决于十八日焚烧圆明园。所有种种违约行动，人民既未参预其间，决不加以伤害，惟于清室政府，不能不一惩之也。”
九月初五（阳历10月18日），圆明园及万寿山、玉泉山、香山等处宫殿被英军纵火焚烧，大火日夜不息，烟雾蔽天，满城皆是宫殿被焚后飘过来的松木气味。圆明园被焚烧时，至北京参加会试的陈宝箴正在酒楼上饮酒，目睹西面火光冲天，顿时伏案嚎啕大哭。正在城外的奕訢，带了随从行到高处，远眺圆明园一片火光，不禁跺脚大哭。老大帝国被打痛了，才会哭，哭了，却不一定能改。
九月十一日，额尔金入京，住在怡亲王府。午刻，奕訢等大臣，在胜保的四百人卫兵护送下前往礼部大堂，双方签署《中英北京条约》。
条约签署后，额尔金突然下令所有人都不许动，将清廷官员吓得半死，以为又要生出什么变数。于是在英国摄影师的镜头下，清廷官员表情僵硬，一动不动地拍完了照片。西方人观察到，奕訢对额尔金此举极为不满，脸上“露出厌恶的情绪”。签署条约时，洋人又导致了大批北京民众聚集围观，“观者万余人”。后世学者痛批民众只知围观，不知抗议，可这国家大事与匹夫小民又有什么关系？
次日，葛罗入京，住贤良寺，在礼部大堂签署《中法北京条约》。两个条约的主要内容为，割让九龙予英国，对英赔款八百万两，对法赔款八百万两，开天津为通商口岸，准许华工出国，归还以前被没收的天主教教产。签约时法国态度相对温和，奕訢也愉快地接受了葛罗所赠送的法国货币。奕訢向咸丰奏报道，法夷“较英夷更为恭顺”，真是输战不输人，任何时候清国官员都能在口头上占尽便宜。
和约签署，让咸丰皇帝吃了定心丸。但让京师内臣子惊讶的是，皇帝竟然赖在热河行宫，不想回京了。恭亲王奕訢、胜保等大臣屡屡上奏，请咸丰回京。胜保甚至说：“京师久空，根本一失，将无可救。”但咸丰对此置之不理。
咸丰迟迟不肯回京，主要有三个考虑：其一，咸丰对这些跨越大洋而来的洋人，从骨子里感到厌恶，设若回京，洋人驻京，如果提出要求觐见咸丰，将如何处置？在回复胜保的谕旨中，咸丰就指出：“尔能保夷人不再至者，朕不吝还。”再说，弟弟奕訢这么能干，会将一切料理的妥妥当当，有他在京师，自己大可躲起来安享太平。
其二，咸丰到了热河之后，与洋人议和及外交事宜交给自己的六弟奕訢，对付太平天国的事宜交给了曾国藩，剿灭捻军的事宜也交给了僧格林沁，自己在热河行宫中，可以安逸过快活日子。自咸丰亲政以来，被内外事务困的焦头烂额，未尝有过什么清闲。此次出奔热河后，突然之间，卸下了肩上的万斤重担，顿觉轻松，自然不肯再回京做那苦命天子。在热河咸丰自称“且乐道人”，逍遥自得，偷得浮生多日闲。
其三，咸丰患有痨病，时常咳血，而这种病在当日根本无法医治，只能静养。咸丰的身体情况，也使得他具有了不回京的天然理由。
既然此年皇帝回宫无望，只有等来年了。咸丰十一年，在热河过完新年后，咸丰于正月初二下诏，定在二月二十三日返京。
不想到了二月二十二日，咸丰下谕旨称身体有恙，需要精心调养，至于回京之事，则待入秋后再行商量。咸丰长期不回京，让京内大臣猜测不已，都以为是肃顺集团在从中作梗，不让皇帝回京。
就肃顺集团而言，确实不希望咸丰立刻回京。当初让奕訢留在京师，本以为他会被洋人收拾掉，不想奕訢却是能干，与洋人议和成功，又形成了自己势力。如果让咸丰立刻回京，以奕訢之功劳，必将凌驾于肃顺之上。肃顺集团的对策，一是拖延，让咸丰暂时不要回京，二是攻击，编造各种关于奕訢图谋不轨的非议。
可肃顺的问题是，他将咸丰留在热河，有曹操挟天子以令诸侯之势，但曹操挟持天子是在京师，肃顺所处的却是偏远的热河。肃顺拳脚施展的空间不过是热河，而京师内更广阔的天地则被奕訢所控制。
恭亲王奕訢于三月上奏，请求前往热河探视，但被咸丰回绝。咸丰称现在外交事宜已经处理完毕，没必要来热河。此时京师风传咸丰患了重病，一时间流言四起。被肃顺长期打压的大臣，乘机依附于奕訢，形成了奕訢集团，他们希望扳倒肃顺，获得翻身机会。在军机处内部，曾担任过首席军机大臣的奕訢，也得到了众多军机章京的支持。
就肃顺集团而言，其骨干一是王公，二是军机大臣。军机大臣多数是肃顺的人马，但肃顺集团却未能对军机章京，特别是汉军机章京形成影响。军机章京之所以倾向于奕訢，原因多重。
其一，肃顺集团张扬跋扈，对军机处事务指手画脚，经常越权让军机章京帮他起草文稿，军机章京许庚身就拒绝过肃顺的要求，并得罪肃顺。留在京师跟着奕訢议和的军机章京，事后都得到了提拔，如朱学勤由候补主事成为主事，奕訢还提议将朱学勤与张德容遇缺即提拔重用。跟着恭亲王后面混能有好前途，直接影响到其他军机章京的选择。
其二，肃顺集团在政治上的敌手极多，当时政坛的资深老臣如彭蕴章、翁心存、周祖培等人，均被肃顺斗倒。这些人都是科举正途出身，此后又多次主持科举，在朝中经营多年，门生遍布天下。而肃顺既不是科举正途出身，且在政治斗争中下手狠辣，大臣如柏葰、耆英等均被他送上刑场，翁心存侥幸才留了条老命，老臣们对肃顺恨之入骨。汉军机章京之中，多数来自南方，通过科举等各种关系，与彭蕴章、翁心存、周祖培有着密切联系，在此次政治斗争中，自然要反对肃顺。
其三，肃顺被视为挟天子以令诸侯的反面人物。在英法联军逼迫下，咸丰出奔热河，情有可原，但事后一直不回京师，京内的王公大臣、留守官员，无不惊愕，唯一的解释就是肃顺不想让皇帝回来，好控制政局，“上在木兰，政出肃顺”。于是舆论一转而支持奕訢，开始对他寄予厚望，希望以他抗衡肃顺，清君侧。怀抱着正统皇权理念的军机章京们，在此场舆论战中，自然受到影响，投入奕訢集团。
奕訢集团实力雄厚，但在军机处中，只有文祥一名军机大臣支持他，难以对抗肃顺集团。奕訢却也聪明，就另起炉灶。咸丰十一年，奕訢、桂良、文祥联合上奏，提请咸丰，在京师设立专门处理外交的机构，定名为“总理各国事务衙门”。总理衙门设立之初，“一切均仿军机办理”，实际上取代了在热河的军机处，掌握了外交权。
留在京师的唯一一名军机大臣文祥，此时也立下大功。咸丰离开京师之前，命文祥担任步军统领，与恭亲王奕訢一起留守京师，处理一切事宜。咸丰在谕旨中还特意让恭亲王奕訢与文祥不必驻在京师，可在城外办理事务，以便随时出逃。但文祥认为京内人心惶惶，不可驻扎在京外。
送走咸丰后，文祥立刻到朝阳门巡视，发现守城官兵已几天没有领取钱粮了，且守城器械也不充足，赶紧奏请开仓散发钱粮，并筹备守城工具。京内此时一片混乱，一些地方已经出现抢劫事件，文祥立刻组织人马进行抓捕，迅速处置。据文祥估计，京内的大小官员跑掉了八成，剩下的都窝在家中不敢外出，整个政府机构已经瘫痪。文祥家眷都在城内，看着京内人心惊恐，文祥将家眷送到易州暂避。
军机处的五名军机大臣，有四人跟着咸丰去了热河，剩下文祥一人在京主持军机处。军机处中值班的军机章京也少了一批，人手紧张，事务繁多。每日里发往各省的奏折，就已让他手忙脚乱，不得已之下，就辞去了步军统领一职，专心军机处事务。
圆明园被英法联军冲入之后，地方上民众、土匪也跟着涌到园中抢劫。圆明园内藏有军机处档案，文祥对此很是上心，担心档案被烧毁或抢走。在英法联军退出圆明园后，文祥立刻派人去圆明园整理军机档案。此时圆明园外到处都是土匪，英法联军也在路上拦截清廷官员。派去整理档案的史醇孙等人两次被拦回，不得不装成乞丐，白天躲在野处，晚上潜入园中整理档案，并将被抛弃在河边及各处的档案收拾整理，用蒲包捆绑后，以重金雇佣驴马驼回，运到天宁寺交给方略馆保存。档案运回后，文祥又让军机章京归档装箱，加以保管。幸赖文祥当年的及时抢救，后人才能运用军机处档案进行历史研究。
从七月底至九月中旬，文祥与英法联军频繁打交道，“出入敌营，备历艰险，与洋人非分之求，侃侃直言，折之以理使心服。”议和结束之后，文祥屡屡上奏，请咸丰回京，认为塞外天气寒冷，且为了大局考虑，你还是回来吧。不想咸丰在热河一住就不想挪窝了。文祥衣不解带，目不交睫，七十多天奔命操劳，一度咳血。到了年底，看着文祥在京内辛苦，咸丰特意从热河快递了福寿两个字给他作为安慰。
咸丰十一年二月，文祥想去热河见咸丰，劝他回京。不想咸丰知道他心思，让他留在京师，暂时毋庸过来。此时文祥的侄儿要回老家沈阳办婚礼，老母也跟着要回去，皇帝不在京师，军机处就他一人，文祥左右为难，不敢请假。不得已之下，就让老婆带了女儿先行去沈阳。到了沈阳后，照例又是岳丈德谦帮操办一切。
皇帝赖在热河不回，表面上是风平浪静，可各派政治势力都在暗中布局，积极行动。热河的情况如何，奕訢、文祥是一清二楚，一批在热河的军机章京，通过密札，随时向他们通报信息。
热河来的密札
咸丰十年，军机处共有汉军机章京共二十人，满军机章京十六人。汉军机分三班在热河值班，每班七人，时间为两个月。七、八两月，在热河的汉章京有曹毓瑛、吴兆麟、曾协均、郑锡瀛、方鼎锐、许庚身、沈淮、蒋继洙、朱智等人。俞炳坤在《热河密札考析》一文中推断，其中依附于奕訢的有曹毓瑛、许庚身、方鼎锐等人。
曹毓瑛初期与肃顺一度关系良好，肃顺推荐他做了领班章京，两人见面时，肃顺都亲热地称他为曹师爷，并称赞他“能为人画策定计，若孔明然。”咸丰十年十月，热河行宫军机事务繁忙，军机大臣们忙不过来，咸丰就让从军机章京推选一个人做军机大臣。众人一致推举曹毓瑛，不想曹毓瑛却坚决辞掉，遂改选了资历较浅，外号“焦大麻子”的焦祐瀛。曹毓瑛辞掉军机大臣的原因，在于他判断肃顺集团不能维持，暗中投靠奕訢，将热河的情形全部报告，而肃顺却全然不知。
在热河行宫的军机章京，通过密札，向在北京的奕訢传递情报。热河的密札，通过军机处内部传递，由热河传给在北京的军机章京朱学勤，再由朱学勤转递给奕訢、文祥。朱学勤实际上成了沟通热河和北京两地的秘密联络人，所谓热河密札由此而生。
由于军机章京的密札，在京内的奕訢得以随时掌握热河的情况。热河密札存世的有十二封，主要集中在八月份，咸丰病死后热河内部的争斗情况，但实际上密札通报的内容应该更多。密札到了军机处之后，即交给奕訢、文祥阅看。奕訢、文祥对于在热河的军机章京，也多有指示。
自咸丰十一年万寿节之后，咸丰卧床达半月之久。此后咸丰虽可起来行走，但气色衰竭，神情颓废，已有油灯枯竭之态。拖到七月上旬，咸丰突见好转，明眼人都知道，这不过是回光返照而已，咸丰自己却没有感觉。
七月十四日，咸丰身体感觉稍好，就去如意洲看戏。看完戏后，次日咸丰突然病情转危，但这个戏迷皇帝，却仍拖着病躯去如意洲看戏。
七月十六日早上，咸丰点了羊肉片白菜、脍牛肚、羊肉炒豆芽、烧豆腐。太医一看他这么能吃，估计这是回光返照。到了中午，咸丰果然昏倒，直到深夜才醒了过来，随后召大臣入内。肃顺带领众大臣进殿后，跪下等咸丰发话。等了半响，肃顺看咸丰虽然醒着，却不说话，就奏道：“皇上有什么圣谕，请颁发下来。”
咸丰躺在床上嗫嚅了良久，方才说：“皇长子载淳，著立为皇太子。”
说完之后，过了一会，咸丰又道：“皇长子载淳现立为皇太子，载垣、端华、景寿、肃顺、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛尽心辅弼，赞襄一切政务。”
说完之后，咸丰闭上双眼，不再言语。肃顺又跪奏道：“请皇上朱笔亲写谕旨。”
咸丰躺在床上，勉强坐起，让太监将朱笔拿过来，不想笔拿到手里，竟虚弱的握不住笔，朱笔掉落，墨汁洒在床上。见咸丰这个模样，皇后钮枯禄氏哭道：“还是让顾命王大臣写来述旨吧。”
肃顺等人见咸丰实在是虚脱无力，也就作罢。咸丰看着众大臣，在床上点了点头，勉强说了一句：“皇长子就有劳诸位照看了。”肃顺等大臣赶紧磕头齐呼定不负皇恩。
皇后钮枯禄氏与懿贵妃那拉氏，一直带着皇子载淳在床前流泪。咸丰嘱咐完大臣，又对二人道：“我这里有两个印，皇后拿‘御赏’印，懿贵妃拿‘同道堂’印。今后凡述旨，皇后盖‘御赏’印，懿贵妃代皇帝盖‘同道堂’印。”言罢闭目不语。同道堂者，咸福宫的后殿。
七月十七日凌晨，寝宫内太监赶去御膳房，说皇上要喝银耳汤，不想银耳汤刚做好，寝宫内传出消息，皇上于寅时驾崩。
咸丰之一生，处于大清帝国国力下降曲线的最低端，他二十岁登基，也想有所作为，有所振起。可祖先留给他的债务实在太多，他瘦弱的身体，无从扛起这内外如山的重压。做皇帝十一年，内有各省此起彼伏，连绵不绝的起义，外有英法联军的进逼，不得不仓促逃奔热河，只是在最后的岁月里，才能得享些安逸太平。咸丰临终时的安排，貌似周密，却埋下了祸端。他本想以两宫皇太后制约顾命大臣，这已经开了后宫干政的口子，野心勃勃的那拉氏，更是有恃无恐，借此干涉国政。
咸丰一死，消息次日就传到京师，京内官场一片震动，八名顾命大臣中竟没有恭亲王奕訢。恭亲王在京内已形成自己势力，实际负责清廷中枢运作。依附于奕訢的京内大臣有桂良、文祥、宝鋆、全庆、胜保、周祖培等，在热河则有曹毓瑛等军机章京作内应。文祥被赏给了肥差，负责崇文门税务，可他哪里有心事去管理。
皇太子登基之后年幼，由八位顾命大臣代拟圣旨。而八名顾命大臣之中，有四名宗室成员，四名军机大臣，这就打破了以往由军机处拟旨的惯例，开始由顾命大臣拟旨。
此时军机处所发廷寄开首语也发生变化，由原先的“军机大臣字寄”变为“军机处、赞襄政务王大臣字寄”。八大臣原本想以“赞襄王大臣字寄”代替“军机大臣字寄”，但思来想去，又觉得不合适，遂改为“军机处、赞襄政务王大臣字寄”。
四名军机大臣都是肃顺的死党，军机处实际上已被肃顺控制。名义上是八名顾命大臣拟旨，但当时人都看得出“诏旨皆出三奸之意，口授军机处行之。”但肃顺集团也受到牵制，顾命大臣所拟圣旨，却需要皇后“御赏”印盖于首，懿贵妃“同道堂”印盖于尾，方才有效。这样，就形成了肃顺、恭亲王奕訢、两宫太后三方政治势力。
八名顾命大臣之中，景寿最为特殊。景寿是咸丰的姐夫，为人忠厚木讷，操守极佳，所以咸丰也将他列为顾命大臣。翁同龢曾与景寿一起共事十余年，对他有着生动的记载：“公有异相，终日兀坐，而食饮皆无声息。有仆事之十五年，仅与一语耳。四次崇文门税差，贫不能自活。”
