同治元年
咸丰十一年十一月初一，慈安、慈禧两宫皇太后“御养心殿垂帘听政”。慈安对政治不感兴趣，谨守后宫之德。慈禧则野心勃勃，善于玩弄权术，可此时的她既缺乏执政经验，在朝中又无根基，且还要应对内外危机，这些都不是她所能担当的。垂帘听政之初，慈禧将大政都托付给了小叔子奕訢。此时的慈禧“小心谨慎，不便明揽大权。但事事留心，以得政治学术之经验。”
奕訢控制了内府、外廷、宗室，其权力之大，为清代前所未有。奕訢身上承载了诸多的期望，很多大臣将他比作周公，希望他能有所作为，使大清国摆脱内外困境，一举振起。辛酉政变之后，奕訢在人事上做了诸多调整。十一月十八日，以曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省，巡抚以下各官都受曾国藩节制。十一月二十一日，祁寯藻、翁心存、李棠阶等被闲置的大臣也被起用，肃顺的党羽陈孚恩则被革职发配新疆。
同治元年之后，两宫皇太后名义上是垂帘听政，实际上把一切都交给了奕訢。奕訢以议政王的身份主持军机处，操控一切政务，“所承之旨，即军机之旨。所书之谕，即军机之谕。”恭亲王奕訢以议政王身份在军机处行走，军机处的廷寄格式也发生了改变。军机处所发廷寄，开首语书写“议政王、军机大臣字寄”字样，突出了奕訢的政治地位。
奏折呈递，惯例是先交到皇帝手中，再发军机处。此时改由两宫皇太后阅览后，再发交议政王军机大臣讨论。军机处讨论妥当，于当日召见时将处理意见汇报给皇太后，然后再由军机处拟旨，最终决定权仍然掌握在两宫皇太后手中。此时军机处所拟定的谕旨，慈禧只是“偶有更动”，绝大多数情况都是顺利通过。
军机处虽有议事，大体上是恭亲王一人说了算。奕訢大权独揽，在军机处内部具有决定权，各部对他也是极力奉承，揣摩他的心意行事。奕訢权力的扩大，让慈禧有所警惕，特意命令各部，“一切应办事件，各有专司，只宜勘酌例案，不准多所揣摩。”又颁发谕旨，令言官对议政王、军机大臣加以监督。
同治元年的军机处，开局不是很顺利，经历了一些人事变动。
同治元年（1862）六月，军机大臣桂良去世。年迈的桂良，入军机处不过是给女婿奕訢站场而已。他对于一切都很满足，世上该有的富贵与荣华，他都得到了。虽然当时政坛对他是恶评如潮，可他自巍然不动。
桂良一向被科甲正途出身的读书人瞧不起，因为他是通过“捐纳”这条路步入仕途。捐纳出身，并不影响他的飞黄腾达，道光朝，桂良历任湖广、闽浙、云贵总督、兵部尚书等要职。道光二十八年，桂良的十女儿，嫁给了皇六子奕訢，更为他增添了政治影响。
咸丰年间，桂良出任被称为“天下总督第一”的直隶总督，主持围剿太平天国北伐军。北伐军用兵机动灵活，避开保定，绕道攻往天津，导致京师大乱。桂良迁怒迁于直隶布政使张集馨，上奏弹劾，请将他发配到新疆。张集馨看着形势不妙，转投胜保门下，在前方卖力作战，虽然丢了官，却躲过了发配新疆戍边的惩戒。
在直隶总督任上，桂良挖空心思捞钱。保定知府文廉刚上任时，桂良对他是“极其嫌恶”。但不久两人关系改善，相处融洽，其中奥秘，在于文廉给他送了钱。文廉曾无奈地道：“此老非钱不可”。咸丰六年，桂良要巡视河北永定河工程，临行前让孙子先行放出风声。地方官与治河官员一起凑了三万两送礼，让桂良心满意足而归。
时人对桂良都是深恶痛绝，京内御史也知道他的斑斑劣迹，“而绝无一人敢于劾参者”，因为他有个亲王女婿做靠山。辛酉政变之后，桂良被授军机大臣，入军机处后不过八个月就去世，死后被破例授谥号“文端”。
同治元年七月，军机大臣沈兆霖改任陕甘总督，次年却被山洪给淹死。
沈兆霖是杭州人，三十六岁时考中进士。道光二十年，外放为陕甘学政，在任三年，兢兢业业，在士林之中口碑较好。做了些年外官后，沈兆霖回京师被道光重用。道光病死之后，丧礼上的祭祀文字，多出自沈兆霖手笔。咸丰年间，沈兆霖外放为江西学政，此时恰逢太平军经略江西，遂在地方上组织乡兵，对抗太平军。
咸丰五年，沈兆霖返回京师，入值上书房，正逢奕訢被贬在上书房读书，彼此之间诗词唱和，结下了一段交情。奕訢在《乐道堂诗钞》中，以“书斋诸友”称呼在上书房行走的师傅们。咸丰十年，皇帝出走热河，肃顺一党散布恭亲王的谣言，沈兆霖主动帮助澄清，还两次上疏请咸丰回京。
看着洋人出现在京师之外，大臣们怒发冲冠，却又无可奈何，只能咬牙切齿地咒骂。当时群情激昂，主张杀巴夏礼以退敌，沈兆霖力陈不可，认为应加以囚禁，留待议和退兵时用作筹码。沈兆霖对英法联军的观察，眼界却在其他大臣之上。咸丰十一年十一月，沈兆霖在奏折中谈道：“夫以万余众入城，而仍换约而去，全城无恙，则彼等之专于牟利，并无他图，已可深信。”
辛酉政变之后，军机大臣的入选标准，一是政变前与肃顺集团的关系，二是政变后对待西方各国的态度。辛酉政变前，沈兆霖担任户部汉人尚书，满人尚书则是肃顺。沈兆霖事事受到肃顺挚肘，无从施展手脚，心中很是不快。英法联军攻入北京后，沈兆霖留在京师，与奕訢彼此呼应，反对肃顺集团。沈兆霖在外交上的看法，也与奕訢、文祥大体吻合，自然列入军机大臣人选。
沈兆霖入军机处也是政治平衡的考虑。辛酉政变之后，一批老臣如祁寯藻、贾桢、周祖培、翁心存等人重新出山。但这些老臣的问题是，他们资历太深，官衔太高，影响太大，门生太多，若是让他们入了军机处，奕訢未必能驾驭得住。
六部之中，吏部尚书陈孚恩已被革职，吏部之外，最为重要的就是户部。户部汉尚书此时是沈兆霖，从资历、人脉、影响来看，沈兆霖自然不能和祁寯藻、周祖培、贾桢这些老臣相比，但又在其他人之上，且政治观点大体与奕訢相符合。以他入军机处，既可以操控，又可以平衡各方力量。
辛酉政变之后不久，沈兆霖改任兵部尚书，并在军机大臣上行走。奕訢的本意是让沈兆霖在军机处中做个象征，但沈兆霖平日为人处世，“素负气不为人下”。刚入军机处，沈兆霖对奕訢大权独揽极为不满，“因与之相左”。
一看沈兆霖不是可以随便控制的傀儡，奕訢就施了计策，将他排挤出军机处。沈兆霖入军机处不过十五天，就奉旨与刑部尚书麟魁前往甘肃查办案件。到了同治元年五月，在甘肃查办完案件后，奕訢又设计将他军机大臣职位解除，外放为陕甘总督，以此“不令其回京”。
对这个任命，沈兆霖只能接受，陕甘总督怎么也是封疆大吏，主政一方，呼风唤雨。同治元年七月初七，沈兆霖由西宁返回兰州，行至平番（今甘肃永登县）县境内竟然被山洪淹死。当天下午，沈兆霖一行三十七人行至永登县城外三公里处，天上黑云骤起，狂风大作，眼看着山洪就要爆发。沈兆霖误判地理位置，以为已接近县城，让轿夫加速前进，不想此时山洪突然涌起。
看着山洪狂暴，坐在轿子内的沈兆霖没有畏惧，他以为自己是陕甘总督，可以用自己的官威，镇住山神，逼退山洪。沈兆霖先将自己的靴子脱了扔到水里，想止住山洪，不想却没有效果。这总督的靴子，不能起到铁牛、铁剑、铁镜诸般镇水神器的作用。
此时山洪越来越大，轿夫与护卫的兵丁都惊恐不已，纷纷逃跑。沈兆霖使出撒手锏，拿出总督大印扔到水中，想镇住洪水，结果仍然没用。山洪一涌而上，将沈兆霖一行冲散。除了两名仆人逃到山上，得以幸免之外，其余三十五人都被山洪冲走淹死。沈兆霖号雨亭，名字中都是雨，最终也被雨所淹没。
水退下去之后，当地官员寻到了沈兆霖尸体，肢体已是残缺不全。地方官一看这么大的官死了，心中害怕，就编造了个神话，称“水退，得兆霖尸，犹端坐舆中，面色如生，冠履完整。”可沈兆霖之前已脱靴子镇水，不知道这“冠履完整”是从何而来？
为了推卸责任，当地的县官还出了个昏招，带了衙役，将城内外所有的城隍庙、土地庙、山神庙内供奉的城隍、山神、土地塑像，用绳索捆绑起来，再用皮鞭抽打，以为报复。过了一些天，总督大印被一名牧童偶尔拾到，交回官府。地方官又是一番荒唐处理，牧童先被打了四十大板，然后再赏给五十两银子，让人摸不着头脑。由于很多闲人绘声绘色地称看到沈兆霖已单骑飞往山中。事后当地官员在发现沈兆霖尸体处，修建了一个“沈公祠”作为纪念。
桂良去世，沈兆霖离职，军机大臣人数不足，遂在同治元年，以理学名臣李棠阶入军机处行走。李棠阶远离庙堂已多年，刚入军机处，一切事物都不熟悉，此时军机处的顶梁柱，乃是文祥。
文祥之叹
同治元年，文祥四十五岁，在文武大员之中可谓是年富力强。此年他以工部尚书兼兵部尚书、内务府大臣、总理衙门大臣，此外还要负责神机营练兵，事务烦琐。
神机营的创办，源于英法联军的刺激。咸丰十年，亲身目睹了洋人枪炮的威力后，奕訢提议在八旗内挑选子弟，练习抬枪，打造出一支精兵。至于练兵的军费，则由海关关税内提取。
辛酉政变之后，神机营正式创办，在煤渣胡同内设置营署，从京师禁军、内务府挑选精锐一万人，又从两翼前锋营、八旗护军营中抽调精锐枪兵、马队，开始练兵。创办神机营的一个条件是，此前俄国人曾赠送清廷一万杆洋枪，正好可以用来练兵。历经周折之后，这批枪械总算在同治元年运送至京，其中绝大部分被装备了神机营。俄国的洋枪也不算犀利，清廷又从国外订购洋枪，加强军备。武器是有了，可此时财政权下落，地方督抚们忙着扩充自己的军事实力，哪里肯从口里吐出银子，筹集练兵军费的任务就落到了文祥身上。
文祥像
同治二年（1863），南方的军事刚占据上风，不料西北出了大事，回民爆发起义，捻军则崛起于江淮之间，国内仍然是纷乱不一，自然又是一番忙碌。曾国荃包围金陵日久，却久攻不克，朝中议论纷纷，怀疑曾老九是否有能力攻克金陵。文祥力排众议，认为早晚必能攻下，予曾国藩、曾国荃鼎力支持。
同治三年（1864），八百里红旗捷报到京，克复金陵。十余年征战，方才平息战事，一时间文祥竟既喜且悲。
考虑到军机大臣日夜操劳，依照惯例，这样的战功，军机大臣们自然要加官进爵，以示厚恩。文祥被赏加太子太保衔，侄儿也被提拔入军机处做章京。
看着平息了太平天国，操劳多年之后，文祥萌生退意，恳请致仕返乡奉养老母。但两宫皇太后与奕訢如何肯放他走，虽平息了太平天国，捻军依然在江淮平原上纵横，西北也是狼烟四起。文祥知道朝廷还需要用人，就收回请求，继续在军机处耕耘。
对于两宫皇太后及军机大臣们，曾国藩曾评论道：“两宫皇太后才地平常，见面无一要语。皇上年少，还没法评判。时局主要靠军机处维持。恭亲王、文祥、宝鋆主持军机处，权过人主。恭亲王虽极聪明，可还是有皇子的浮躁气息，而不能脚踏实地。文祥为人正派，可规模狭隘，事必亲躬，也不知道找几个人帮忙。”
文祥其实也不想自己这么累，辛酉政变之后，他的兼职太多，且都是要职肥差，他屡次三番请求辞职，可朝廷却一直不许。只要他在任一日，以文祥的性格，他就要负责到底。哪怕是他不熟悉的，最不喜欢的崇文门税务，他也要极努力去经营好。文祥受到重用，自然有很多人不满，各种流言蜚语议论纷纷。文祥在年谱中自述：“清夜扪心，如履冰渊，不胜畏惧。”
文祥想起早年相命时，八字先生曾对他道：“你一生多虑，就是进入顺境也不称心，反而更多劳碌。”此时回忆起这句话，更觉得言之凿凿。此年冬，文祥被任命为神机营阅兵大臣后，更加惶恐，坚决请辞而不得。
多年操劳之后，文祥身体已经累垮。赫德去总理衙门时，看到文祥腹泻严重，却拖着衰弱的病体坚持办公。对于自己的忙碌操劳，文祥曾对同文馆总教习，美国人丁韪良道：“你看过小驴拉大车吗？累得喘不过气来，那就是我的写照。”文祥的工作太多，恭亲王一度让总理衙门大臣薛焕、恒祺两人，将文祥的全部税务工作接过去，好减轻他的负担。
被誉为恭亲王左膀右臂的，一是文祥，一是宝鋆。与苦苦耕耘的文祥相比，宝鋆显得更加活泼，更有生机，更加轻松。宝鋆是吉林人，虽然隶属八旗，却出身贫寒，是故知晓民间疾苦。道光十八年，三十一岁时宝鋆考中进士，此后宦海风云，有升有降。咸丰八年，在浙江主持乡试时，宝鋆擅自作主，额外扩大名额，多录取了一名生员，为此被咸丰斥责。对此咸丰感到不解，认为宝鋆平日里敢作敢为，以清廉自诩，想不到也和其他人一样营私舞弊。
宝鋆像
咸丰十年，皇帝逃亡避暑山庄，宝鋆留守北京。此时宝鋆担任总管内务府大臣，咸丰命他从银库中提出二十万两白银，送到热河修葺行宫，却被宝鋆拒绝。宝鋆认为此时正值国难，要节俭着过日子。不久英法联军火烧圆明园，宝鋆在城头上看着漫天火光，却无计可施。
圆明园被英法联军抢劫后，宝鋆到园中查探清历代皇帝画像情况，到园时只见满地灰烬，一片狼藉。宝鋆碰到独自看守宫舍的苑丞崇礼，两人相对而泣。此时画像已被抢走，两人骑行了十余里寻觅，见画像散佚在地，残破不堪，二人均惊惶无措。崇礼认为画像被毁坏至此，即使拿回去也不能保全，不如火化较为得体。二人就寻了稻草，举火跪地，泣而焚之。崇礼此日的表现，让宝鋆大为欣赏，此后特意提拔重用崇礼。后来崇礼做到了礼部尚书，有人弹劾他习气太重，识字不多，不配做礼部尚书。宝鋆回护道：“识字无多，苑丞何能与太史公比？但事理明白即可。”事理明白，即此日之表现。
因为宝鋆所管辖的三山被抢劫，内务府的大印丢失，宝鋆自知官帽要丢，自我调侃：“冠下之物且不顾，遑计冠上区区者哉”，不久果然被降为五品顶戴。此时适逢乱世，还是需要用人，一个月后宝鋆就官复原职。
文祥与宝鋆，年轻时都贫困不堪，都由科举出仕，都是奕訢的得力助手，但宝鋆与文祥却是两个极端。宝鋆好酒，好马，好出游，酒后诗兴大发，泼墨挥毫，洋洋洒洒。文祥滴酒不沾，沉默寡言，不与人多交往，更从不谈军机处中事务。文祥的诗写的极好，可甚少有成集的作品，宝鋆去浙江，一路上在轿子里就吟出了一卷诗。军机处中，只要奕訢与宝鋆凑在一起，就彼此挖苦，互相调侃。可只要看到文祥，这两人都表现的规规矩矩，端端正正，虽然文祥不是理学中的刻板夫子。
与文祥相比，宝鋆是个快活的人，他在塞外纵马，得意时吟诗云：“天下快事哪有此，一转瞬间百余里。”在草原上，喝着奶茶，他高呼：“穹庐雅相称，门外野风凉。”1869年，丁韪良被聘为同文馆总教习。在就职典礼上，学生们身穿长袍，头戴配有流苏的礼帽，向丁韪良行额手礼致敬。丁韪良当场用汉语发表了一番演讲，结果在一旁的宝鋆听了诗兴大发，随即赋诗一首，抄写在一对精美的卷轴上送给丁韪良留念。
操劳之中，看着女儿结婚了，侄儿也有所成了，文祥心中也有稍许安慰。同治四年，文祥的女婿来京参加会试。为了避嫌，为了不充当主考官，文祥生平第一次对他所忠诚的朝廷说了谎，称病躲在家里。
考完之后，文祥看了女婿默写出来的文章，觉得考中毫无问题，不想放榜之后，竟榜上无名。对于女婿科举上的挫败，文祥很是淡然。想当年他也是多次会试之后方才考中，一次挫折算不上什么。爱婿心切，文祥就将留女婿在京师用心读书。
在同治朝，文祥最大的功绩是他办理外交及扶持同文馆。《清代名人传略》认为文祥的年谱“谦逊而可信”，但文祥于年谱中谈的最少的就是办理外交。在当日的国人看来，文祥办理外交，一味主和，软弱无力，完全可以划入一线汉奸行列。文祥也不知后世将如何评价他，对这段历史避而不谈。
在满人官员之中，文祥算是具有开明思维的。面对着三千年未有之巨变，他也知道，必须对外开放，对外交流了。辛酉政变之后，文祥协助恭亲王办理洋务，主要有几个创举：一是参与创设总理衙门，二是开办并扶持同文馆。
总理衙门创立后，奕訢、文祥、桂良，成为第一任总理衙门大臣。奕訢事务繁多，桂良年迈，实际上由文祥主持总理衙门，“凡事文（祥）皆为政，恭画诺而已。”
在总理衙门，文祥与西方人有着较多的交往，他也喜欢与洋人交流。1861年，赫德代理粤海关总税务司，此后来京造访。在京师期间，他所接触的第一个清廷高官就是文祥。赫德记录：“文祥四十三岁，精明而善于进取，是总理衙门的推动力量。”
赫德能够说一口流利的中文，虽然他最初学习的是宁波土话，并通过阅读《红楼梦》提高了汉语能力。两人见面时相谈甚欢，有时甚至一谈一整天。担任户部侍郎的文祥，急于了解有关商业、财政方面的信息。在谈话时，赫德准备了充分的海关资料讲给文祥听。文祥对海关事务充满了兴趣，边听边做了详细的笔记。
文祥与赫德的交流，也吸引了奕訢的兴趣，并加入聊天。赫德一早赶到总理衙门，此时奕訢已先到，与赫德一通闲聊。两人所谈论的话题广泛，从野人到洋马，无所不包。奕訢对赫德所穿的西装很感兴趣，认为西装口袋很是方便。文祥赶到后，加入继续聊天。文祥、奕訢称赞赫德“肯讲真话”，并认为清国的大臣几乎无一人可信，将赫德视为“我们的赫德”。
不过文祥有时也发表一些奇谈异论，一天他兴致勃勃地对赫德道：“等我手头钱足够多了，要送一名佛教大师去法国传教。”这大概是文祥对法国在不平等条约中，逼迫中国允许西方传教士在华传教感到愤懑的表现。遗憾的是，文祥一生都很清贫，未能有派佛教大师去法国传教的壮举。
将国际公法传入中国的第一人丁韪良，在被聘为同文馆总教习之后，与文祥有着密切交往。他认为文祥“智勇双全”，文祥瘦弱的身体与硕大的脑袋，则让他联想到在欧洲叱咤风云的法国外长塔列朗。
文祥与丁韪良交往时曾表示，对西方文明，将择其善者而从之，其不善者而改之，这已是“师夷长技以制夷”的意思了。与思想开放的文祥相比，宝鋆的头脑里装了太多的诗词格律，并在古老的信念中不能自拔。一日，丁韪良听到宝鋆在同文馆中大声嘲笑地球自转的学说，边说边仰天狂笑，学生们则对宝鋆的无知以微笑待之。
当然不是所有西方人都对文祥持有好感。对于文祥办理外交的手段，英国公使威妥玛有着生动描述：“我在中国当了七年驻京大使，受尽文祥折磨，怄气已多。近文祥去世，又有沈桂芬，办事是一样套路，无非欺瞒哄骗。”外交舞台本就是诈计百出，这也说明了文祥的外交手段。
清人笔记中则记载，文祥在总理衙门，“遇事持以定力，虽敌情万变，而不为所挠”，可谓佐证。同治一朝，虽然边境屡屡起衅，终究不成酿成影响国运的大战，也是文祥主持总理衙门之功。文祥的弟子沈桂芬也延续了文祥的风格，在他主政期间，外交上尚属平静。待沈桂芬一死，则是一片喊杀声，四海兵戈起了。
对于同文馆，文祥给予了大力扶持。同治元年六月十五日，同文馆创办。同文馆与总理衙门在建筑上连在一起，这间接表明了它的作用，即为总理衙门提供可用的洋务人才。同文馆所在地的房产，原属于军机大臣赛尚阿。在围剿太平军失利后，赛尚阿被革职回京，投入监狱，房产也被没收。赛尚阿的儿子崇绮自愿陪老父入狱，成为当时一段传奇。后来崇绮被取为状元，也可以视为是对赛尚阿的补偿。
同文馆创设的初期，以英文教育为主，后来陆续扩充了俄法等国语言的教学，并开设了更多的科学技术课程。同文馆创设之后，文祥时常到同文馆中体验感受，并对同文馆中的学生生活予以关照。
同文馆的学生蔡锡勇回忆，少时在广东学习英文，后来被选送到京师同文馆学习。刚入同文馆时，一名老翁带领新生参观同文馆，将宿舍、教室、食堂等处一一加以介绍。新生们只是觉得这名老翁相貌和蔼，却不知道他是什么人。参观完毕后，老翁温和地询问大家有没有吃午饭。当听说还没吃饭时，老翁喊了声，立刻出来一名红顶花翎的官员在一旁恭敬侍候，并听老翁的命令安排午饭。此时学生们才知道，老翁乃是军机大臣文祥。
同文馆总教习丁韪良建议文祥，在同文馆设立一个印刷所，文祥让他拟定所需经费。经费造表送上之后，文祥批示给了他三倍的钱。印刷所的设备买回来之后，被扔在一个破棚子里，丁韪良向文祥进行了交涉。文祥没有直接给他答复，过了一两天，一队工匠出现，开始建造印刷所。
让丁韪良纠结的是，文祥对于创办同文馆印刷厂给予了大力支持，但却不允许铲平同文馆内的一个小丘，认为这样会破坏风水。丁韪良认为总理衙门是“守旧与进步的歧义组合”，文祥也是现代与传统交织的人物，与同时代人相比，他的视野与思维更为开拓。
丁韪良请了四名翰林来参观发电报的实验，不想其中一名翰林看了实验后轻蔑地道：“中国虽然四千年没有电报，却仍是泱泱大国。”翰林们对于玩具的兴趣，远远比科学技术来的多。丁韪良对他们的评价极其中肯：“在文学上他们是成年人，在科学上他们还是孩子。”文祥却认为电报很重要，时常来同文馆观看电报实验。
同文馆对近代中国的意义，是文祥没有预料到的。五十年后，丁韪良对此给予了描述：“有希望革新这个古老帝国的是新教育，新教育的肇端同文馆，是五十年前在北京设立的一个小学校。”辜鸿铭也评价过文祥：“文祥设立了同文馆，一个旨在使中国青年接受充分的欧式教育的学院。”
宝鋆年轻时贫困，以富贵而终。但文祥毕生贫困，并以此而自豪。美国国务卿西华德（1861-1869在任）来华时，曾希望到文祥的府中拜见他，被文祥拒绝，称“寒舍不宜接待海外贵宾”。文祥在京师的房子是租来的，相当简陋，所以文祥反过来登门去拜访西华德。不过在华的西方人也认为，文祥的这种安于贫困，并非有益于国家。
一国的发展与希望，终究是寄托在制度上，而不是依赖于人。人总是可变的，哪怕是圣人也会有缺点，而良好的制度则可以最大限度地限制人性的不足。如此，在这种制度中，也不需要有苦行僧一般的圣徒，去践行着崇高的理念。为社会、为国家做出了贡献，就当享受更好的生活，这是应当得到的报酬。然而，在中国历史上，一直被膜拜的，仍然是海瑞这般穷的没法生活的清官们，文祥自然可以列于此类清官队列之中。
总署：影子军机处
咸丰出走热河之后，留在京师的恭亲王、文祥与英法俄等国打交道的过程中，对西方也有了较多的认识，并认定太平军、捻军是心腹之患，英国人则是肢体之患，英国来华志在通商，“并非争城夺地而来”。咸丰十年十月，当《北京条约》签署之后，英、法、俄三国也调整了对华政策，认为应当将奕訢等人培植成为了解西方，并可为西方所信任的政治家。同时应使奕訢“既了解我们的温和，又明白我们的力量”。
而要与西方各国打交道，就需要设立专门的外交机构。咸丰十年冬，清廷一度设置“抚夷局”，处理外交事务。可洋人也刁钻了，知道“夷”不是好字眼，提出抗议，自然得换个其他名字。
咸丰十年十二月初一，恭亲王奕訢、文祥上《筹洋务全局酌拟章程六条》，列出大事六端，并提请创设总理衙门。
咸丰十年《北京条约》签署之后，各国驻华公使开始直接与清廷打交道，并将军机处视为处理外务的机构。军机处主要工作是拟定谕旨，为皇帝提供重大政策咨询，参与审案等，现在多了外交事务，更是繁忙无比。“各国事务头绪纷繁，驻京之后，若不悉心经理，专一其事，必至办理延缓，未能悉协机宜。”作为中枢机构，军机处直接与洋人打交道，不啻承认西方各国与大清国平起平坐，从此角度考虑，也有必要设立一专门机构，专门处理外交事务。
成林、文祥、宝鋆在总理衙门
总理衙门的创设，也是出于权力斗争的需要。肃顺将军机处带去了热河，在京的奕訢与仅有的一名军机大臣文祥，通过设置总理衙门，抵制了肃顺控制的军机处，将外交权置于奕訢手中。
咸丰十年，在《北京条约》签订之后，奕訢、文祥等奏请设立“总理各国事务衙门”。 “总理”二字，也反映了总理衙门的地位。清代凡是负责某一方面专门事务的王大臣，照例有“总理”某某事务的称号，如“总理练兵事务”等等。
咸丰批准了总理衙门的设立，但他要硬在其中加上“通商”二字，就成了“总理各国通商事务衙门”。奕訢对此表示反对，他认为天津、上海已有专门处理通商事务的机构，如果在总理衙门中加入“通商”二字，则西方各国会怀疑此衙门专门处理商业事宜，而不肯与之办理外交，会滋生不必要的麻烦。
咸丰却不是和弟弟为难，在他以及相当部分大臣的眼中，外交就是通商，洋人来打仗，不就是为了通商贸易吗？军机大臣焦佑瀛就曾提请设立“办理通商处”处理外交。看到奕訢的奏折之后，咸丰随即同意去掉通商二字。笃守“华尊夷卑”的咸丰，勉强同意了总理衙门的创设，但认为总理衙门是天朝的耻辱，只能作为临时机构，“日恨其（总理衙门）不早裁撤，以为一日衙门尚存，即一日国光不复。”
咸丰十一年（1861），总理衙门在北京东堂子胡同原铁钱局公所创办。从《北京条约》签订，至总理衙门创设，三个月中，奕訢、文祥、宝鋆每日里都忙的不可开交。文祥曾说，每天都是衣不解带，目不交睫，愁劳备至。
总理衙门创设时，奕訢就提出“一切均仿照军机处办理”，总理衙门大臣均是兼职，由六部尚书、侍郎兼任，总理衙门章京也从各部挑选。辛酉政变之后，奕訢执掌军机处，自然不便再将总署分割为一个独立衙门，遂以军机大臣兼总理衙门大臣。总理衙门设置之后，前后任总理衙门大臣者六十人，其中身兼军机大臣者有十九人。身兼军机大臣与总理衙门大臣者，在总理衙门中地位较高，作用更大。
总理衙门主要处理外交事宜，但并不因此而分军机处之大权，也不是外界所云的军机处主内、总理衙门主外的局面。
总理衙门实际上等于是六部之外，新设置的一个外交部。
总理衙门负责外交事务，貌似分了军机处之权，但由于军机大臣兼任总理衙门大臣，实际上还是由军机处统辖。军机处与总理衙门之间，不是平行关系，而是从属关系，总理衙门所奉的谕旨由军机处发下，重要事务仍要上报军机处。
军机大臣兼任总理衙门大臣的好处是，洋人一开始只认军机大臣，以为这是最权威的人。军机大臣坐镇总理衙门，就可以直接与洋人打交道，不必再经由军机处。文祥说道：“现臣文祥办理抚局，设各国使臣有照会军机处文件，亦可由臣文祥于总理处接收，并与会晤，不至再行饶舌。”各国得知军机大臣文祥主管总理衙门后，都“尚以为重”，直奔总理衙门来了。
至于各省、各口岸送来的涉及外交的文件，依照程序，先送给皇帝，再发到军机处，然后交给总理衙门，饶了一个大圈子，效率极低。军机大臣直接兼任总理衙门大臣，则绕过了程序的圈子，可以直接翻阅文件。
总理衙门的重要文件，也要送交军机处保存。最初奕訢的设想是，在紫禁城内找个地方，专门存放机要文件。但咸丰对洋人是畏惧过头了，认为一旦在紫禁城内设置存放之地，“但恐各国驻京人闻之”，以为总理衙门在紫禁城内“别有宫所”，可能会提出进紫禁城的要求，遂否决了此提议。最后折中处理，将机密文件送到军机处保管，一般文件放在总理衙门。
文件分存两地，检索起来麻烦，且军机处与总理衙门诸多事务的交涉，需要人员沟通。最终决定，总理衙门的三十二名章京中，由军机处派满汉章京八人兼任，凡机要文件，只有此八名军机章京才可以翻阅。这八名军机章京在两个衙门之间行走，持续四十年不变。总理衙门成立之后，朱学勤和张德容成为第一批到总理各国事务衙门值班的军机章京。。
总理衙门也有它的独特之处，由于它以办理洋务为主要内容，而大清国皇帝则恶于与洋人发生直接接触。在某种程度上，总理衙门具备了其自身独立性，它不必事事都以奏折向皇帝请示报告，它可以直接与各国进行外交谈判，并加以处理。
在主持总理衙门期间，思想开放的文祥，引入国际公法，派出外交使团，开启了中国外交与国际接轨的重要步骤。
近代中国在与西方打交道的过程中，由于不熟悉国际公法，吃了很大的亏。经过美国驻华公使蒲安臣介绍，丁韪良与文祥结识，并开始进行《万国公法》的翻译工作。文祥派出四名学者，协助丁韪良进行翻译。翻译完毕之后，由总理衙门出资，印刷了三百部，分给各省备用。
由国际法的翻译，奕訢、文祥有了外交使团的概念。文祥看了《万国公法》之后，曾表示：“我们向欧洲派遣使者时，将以此为准则。”
同治五年（1866），赫德将返回英国结婚，想从同文馆带一二名学生到英国游历观光。奕訢、文祥觉得这是个好机会，既可以避开棘手的外交礼仪问题，又可以刺探“夷人”真实情况。
清廷遂以总理衙门的名义，派人随同赫德前往欧洲考察。这次虽然不是正规使团，但备受国内外注意，到底这是中国第一次向西方派出考察团。考察团以斌椿为领队，同行的还有斌椿的儿子广英，及同文馆学生凤仪、德明、彦慧。
斌椿是满人，当过的最大官就是山西襄陵县知县。退休在家之后，不甘寂寞，就帮助赫德打下手，做起了文案。此次赫德要带人出国，也是公款旅游了，就照顾自己人，优先考虑斌椿。斌椿此年已经六十三岁，当时人将此次出国视为“苏武”之赴匈奴，以为凶险万分，亲友们纷纷劝阻他不要去。在壮士一去不复返的悲壮气氛中，斌椿起行。临行前斌椿被授予三品衔，派为总理衙门副总办，其他四人也都赏给六品或七品顶戴，以壮胆气。
同治五年（1866）二月十五日，斌椿抵达欧洲，前后四个多月，游历了欧洲十一国，主要考察了在伦敦、哥本哈根、斯德哥尔摩、圣彼得堡、柏林、布鲁塞尔、巴黎等城市。斌椿去欧洲，好比刘姥姥进大观园，对于一切都很感兴趣。但斌椿对于欧洲宫廷及外交礼仪一窍不通，并且极为讨厌正式的会晤。
在伦敦参观大英博物馆时，却发生了一段插曲。博物馆中陈列着一件英军从圆明园抢走的龙袍，斌椿看到后脸色大变，丢了魂儿一般，立刻跪下来磕头，然后起身一言不发就走。随后参观矿厂时，换上的一身矿工服让老先生大为不满，立刻唠叨着要回国。在伦敦，老先生照了生平第一张相片，摄影时惊魂不定，生怕自己的魂魄被摄走。当得知自己的照片登上了欧洲各大报纸之后，老先生又得意洋洋，踌躇满志。
在法国，老先生碰到了法国汉学家德理文，两人谈起中国诗词，有相见恨晚之感。德理文安排斌椿去观看法国戏剧，不想斌椿一看就上了瘾，每日里无戏不欢。斌椿老先生春心荡漾，兴致勃勃地记载道：“女优登台，多者五六十人，美丽居其半，率裸半身跳舞。”
欧洲之行，让六十三岁的斌椿大开眼界。电梯、电话、煤气灯、高楼、机器、火车，无不让他们震惊。虽是走马观花，但终有诸多收获，回国之后，斌椿将他的游历日记《乘槎笔记》递交给总理衙门。总理衙门阅读后大有感触，萌生了派出外交使团的想法，遂有了外交史上最为奇特的蒲安臣使团之行。
同治六年（1867），美国驻华公使蒲安臣任满归国。文祥突然生出了个离奇想法，邀请他作为中国政府的代表访问各国。在赫德的斡旋之下，蒲安臣同意作为中国代表出访西方。
蒲安臣像
蒲安臣是美国哈佛大学的高材生，三次担任国会议员。他是个充满理想主义与冒险精神的人物，秉持着美国独立战争时先贤们自由、民主、平等的理想，在国内反对黑奴制度，在国外反对国家之间以强凌弱。他曾与主张奴隶制度的议员决斗，也全力支持林肯参选总统，他热情洋溢地支持欧洲各国追求民主，为一切被压迫的人们而呼喊。由于支持反抗奥匈帝国的撒丁尼亚，他被奥地利拒绝接纳为公使，不得已之下才改任驻华公使。
由于南北战争，美国很少顾及中国事务，驻华的外交人员有较多的自主权。浦安臣在华期间的诸多行为，也体现了他的理想主义情结。浦安臣来华之前，对中国没有什么了解，到了中国后，他有了更多的认识，对中国抱持同情态度，进而主张采取“合作政策”，消除彼此间的误会，相互尊重合作。
至于清廷之所以出奇招，以外国人为大清国的钦差大臣，原因诸多。奕訢、文祥等人对蒲安臣印象极好，十分信任。受自己的理想所支持，蒲安臣在担任驻华公使期间多次出面，帮助清政府在外交事务中争取到有利地位，维护了中国权益。同时他的私人品德也让中国官员赞叹。在中美电缆工程招标时，蒲安臣岳丈的公司希望他能帮忙，却被蒲安臣拒绝。得悉蒲安臣即将离任之后，奕訢等人恋恋不舍，款款相留。蒲安臣也大受感动，表示今后中国如有外交上不平之事，“伊必十分出力”。
此时中国面临棘手的外交事务，却又缺乏外交人才。早在1858年，中国与英法俄美各国所订的《天津条约》规定十年之后修约。对于修约的内容与要求，清廷一无所知，一片茫然，只怕各国带了军舰来威胁。故而希望能由外交使团打开局面，劝告各国不要借修约来生事。此外，清政府对蒲安臣外交权力也加以限制。清政府派出志刚、孙家谷二人随行，地位与蒲安臣平等，以为掣肘。蒲安臣出使期间的一切行动，要经过总理衙门批准，只有谈判职权，而无决定权。
蒲安臣摇身一变成为大清国的钦差，头衔也极其响亮，“钦派办理中外交涉事务大臣”。为表正式，临行前清政府还特别颁发给蒲安臣一枚木质关防，“以资取信各国”。 蒲安臣也不是个安份的主儿，为了使大清国的大使看起来符合国际规则，他竟然为中国设计了一面国旗，黄底镶蓝边，中绘一龙。
同治七年（1868）二月二日，使团一行三十余人从上海出发，开始了长达两年八个月的旅程。第一站是日本，随后穿越太平洋，于三月九日抵达旧金山。美国官方给使团举办了盛大的欢迎仪式，加州州长的致辞极富文采：“我们的客人，一个最年轻国家的儿子，代表了一个最古老的国家。”闰四月二日，使团抵达纽约。闰四月十六，抵达华盛顿。在华盛顿，使团拜会了美国总统，并递交了国书。
六月九日，未经总理衙门许可，蒲安臣与美方签署了《中美天津条约续增条约八条》（蒲安臣条约）。蒲安臣对这个条约极为满意，认为条约保证了中国的独立与领土完整。此条约后世备受诟病，很多学者由此指责清政府将外交当儿戏。但平心而论，这是中国近代外交史上，唯一的真正平等条约。
条约中规定，中美彼此尊重对方的国家主权与领土完整。美国声明不干涉中国内政。中国的一切事务，如修铁路、开电报，搞改革等，均由中国自行决定。两国侨民可以自由往来，并尊重彼此的宗教信仰。中国学生赴美留学时，美国将给以最惠国同样待遇。条约也促使清政府放弃了禁止移民海外的政策，导致了大批华工出国，参与了美国的西部大开发。
此后蒲安臣又陆续访问英、法等国。但在这些国家，蒲安臣没有得到在美国所享受的隆重待遇。英国对使团反应冷淡，不想接触。法国对蒲安臣递交的国书不予回复，谈判时对实质内容不置可否。
蒲安臣使团合影
俄国对使团很感兴趣，沙皇亚历山大二世亲自接见。不想就在沙皇接见的次日，因为俄国寒冷，蒲安臣感染了肺炎，不治身亡。随后使团由志刚代领，继续游历欧洲，先后游历比利时、意大利、西班牙三国。1870年10月，使团从法国乘轮船归国。蒲安臣死后，奕訢、文祥等人极为悲痛，赏他一品官衔、白银一万两，感谢他为中国效力。
从斌椿到蒲安臣，大清国在外交上迈出了艰难的第一步。而洋务运动的推行，外交与国际上的接轨，却仍然需要漫长的时日，蒲安臣之后二十年，真正意义上的外交使团方才成行，此中也可见当日办理洋务的艰难。
总理衙门创办之后，不但主持各种外交活动，更直接推动了洋务运动。经由总理衙门操作，从西方各国采办战舰，建立海军，创设电报邮政，开办船政、铁路、矿务局，建设各种现代工厂，开启了中国的近代化。而由于总理衙门所处理的事务之繁琐，之重要，也使得在西方人眼中，它成为“帝国政府的内阁”。
当大清国被打开国门之后，面对西来的各国列强，唯一的选择只能是兴办洋务，求富求强。但在当日，洋务却被保守的士大夫们视为不可接受，而频繁施加阻力。已存在近百年的军机处如若直接出面推行洋务，必遭到更大阻力。作为军机处的影子，为处理洋务而设立的总理衙门出面办理洋务，则压力相对较小。军机处操控于后，总理衙门出没于前，此即当时办理洋务的格局。比如电报这样的洋玩意儿，如果在军机处中设置，自然会引发保守派的抗议。可若是在总理衙门中设置“电报处”，则没有任何争议，总理衙门就是为处理外交事务而生的。
奕訢、文祥等人主持之下，由洋务运动挽救了大清王朝正在急速下坠的颓废之势，也使得同治一朝被称为“同治中兴”。有史学家在论及“同治中兴”时说：“不但一个王朝，而且一个文明看来已经崩溃了。但由于十九世纪六十年代的一些杰出人物的非凡努力，它们终于死里求生，再延续了六十年。这就是同治中兴。”
总理衙门大臣董恂
叔嫂决裂
同治三年（1864）七月初一，醇亲王奕譞到隆福寺行宫，向咸丰灵位祷告，已克服金陵，请九泉之下安心。同日奕訢与军机大臣们商量如何论功行赏，朝堂之中，弥漫着喜气。
辛酉政变之后，奕訢执掌军机处，虽无军机大臣至前线冲锋陷阵，但居中调度却是功不可没。自天京事变，石达开出走之后，清军与太平军在安徽进行了激烈的争夺。胜保在前线无能，奕訢果断以僧格林沁驰援，擒斩捻军首领张乐行，随后攻克庐州。又抽调李鸿章淮军至上海，组建洋枪队，开辟苏南战场。以左宗棠为浙江巡抚，经营浙江，夹攻太平天国。以骆秉章主持四川，围堵石达开部，剿其于大渡河。同治朝在整体战略上的部署，明显胜过咸丰朝。
面对着日益转好的局面，有一人却忧心忡忡，这就是吴廷栋。他担忧胜利之后，君臣之间会由胜而骄，生出祸端。在克服金陵的第四天，他就上奏提醒君臣之间要“益加敬惧”。慈禧，对奕訢要敬；奕訢，对慈禧要惧，可这二人能做到吗？
同治四年，看着战事平息，局势平稳，慈禧开始打击奕訢。
