清流们虽然不喜沈桂芬，却无法抓住他私生活上的把柄。沈桂芬人称“驴车宰相”，一日乘坐驴车前往军机处上班，“及东华门，门者呵止。公下车而进，众乃大惊。”沈桂芬在京师东厂胡同的住所也是租住的，翁同龢评价沈桂芬一生“清、慎、勤”。
与沈桂芬相比，王文韶手段还不够老辣，资历还不够深厚，至于私人生活上更是非议不断。清流一直攻击王文韶家产钜万，营私舞弊。王文韶的儿子王庆钧，更是借着老爹的资本，为人狂放，品行不端，生活放荡，京师称“王氏四郎要嫖不要命”。王文韶返乡时，“司道以下，日候其门”，以为钻营之计。
沈桂芬去世之后，光绪七年，“铁汉”邓承修出击，弹劾宝鋆性格诙谐，为人不正经，将国事视为儿戏，王文韶则家资钜万，不知财产从何而来。就在王文韶被清流炮火覆盖之时，又爆发了云南报销案，可谓火上浇油，予他重创。
清代就军费的使用有明确规定，凡用兵完毕，一定要将军费到户部报销。光绪七年，云南巡抚杜瑞联平定了云南少数民族起义，派亲信崔尊彝、潘英章二人到京师事先打点，以顺利报销军费。
崔、潘二人到京后，首先找了军机章京周瑞清帮忙。经过周瑞清从中牵线搭桥，户部经办司员孙家穆同意帮忙，但狮子大开口，开价十三万。崔、潘二人认为价格太高，就讨价还价。就在此事悬而未决时，户部尚书将换为阎敬铭的消息传出。阎敬铭此前在户部任职多年，素以清廉严厉闻名。户部司员对他多有敬畏，就赶在阎敬铭到任前以八万两的价格了事。
光绪八年七月二十三日，不知何处泄漏风声，御史陈启泰上奏弹劾周瑞清受贿，并将存银场所都摸清。
此案牵涉到军机大臣景廉、王文韶，因为此案发生时，二人正担任户部满汉尚书。随即刑部传讯了北京天顺祥钱庄、乾盛亨汇局的掌柜，查出了五万三千两银子的用途，所余三万两银子，仍存在天顺祥钱庄。
崔尊彝此时回到安徽老家扫墓、潘英章此时已外放为永昌府知府，上谕要求云南和安徽的地方大员立即“饬令崔尊彝、潘英章迅速赴部，听候质询。”同时免去周瑞清军机章京的职务，“听候查办。”
此案背景复杂，周瑞清是军机章京，他所奔走串联的都是当朝大员，如果详查下去，将会有一批高官被牵连。故而此案暂时陷入僵局。就在此时，有彗星出自东南，清廷认为这是朝中有人失德，出现警兆，下令各级官员谏言，弹劾不力官员。
受此鼓励，八月二十四日，御史洪良品上奏弹劾景廉、王文韶，称二人收受贿赂，有失重臣名节，请将二人罢职。此事牵涉到军机处，恭亲王为了避嫌，奏请慈禧派惇亲王奕誴与翁同龢二人传讯洪良品。
二十六日，在被召见时，洪良品掏出早已写好的详细情况说明，翁同龢看了后却道：“大臣受贿，应该有钱财过付之人及交纳之地。你这里根本没有写明。”
洪良品道：“受贿时他们就怕御史知道，怎么能不有所准备？”
翁同龢道：“你有无物证？”
洪良品道：“万口同声，到哪里去找是谁。”
翁、奕继续追问还有其他证据否，洪良品却说没了。
翁、奕二人遂回报，称待崔尊彝、潘英章到案之后再加审讯。
九月初一，铁汉邓承修，弹劾王文韶“贪秽之声，流闻道路。才不足以济奸，贪可以误国。”同时也指出景廉历来谨慎，此案已发生近两年，却未能事先加以揭发，“纵非受贿，难免瞻徇。”
王文韶看着局势不妙，就自动请求开缺，回乡奉养老母，被慈禧挽留。王文韶转而请假十日，假满之后，再次请求开缺。慈禧仍以军机处需要用人为由，加以挽留。朝廷对王文韶的宽容，及对云南报销案的冷处理，让张佩纶等极为不满。张佩纶连上三折一片，弹劾王文韶，甚至认为当时的地震与王文韶有关：“今文韶甫被慰留，地气即不安靖。臣不必谓文韶足致地震，然也适然而相值矣。”
张佩纶
张佩纶又认为光绪四年王文韶入军机处后，请假接老母入京师，沿途铺张，民怨沸腾，此后数年华北干旱。“验之天象，考之人事”，张佩纶信誓旦旦地认为这一切天灾，都是王文韶这小人所导致。
其实王文韶与张佩纶私交并不坏，王文韶儿子结婚时，还请了张佩纶及其夫人一起吃饭。王文韶与张佩纶丈人朱学勤都是浙江仁和籍，两家来往频繁。此次张佩纶对王文韶的攻击，却是伤透了王文韶的心。
十月二十九日，京师收到消息，崔尊彝一个月前在江苏丹徒病故，京师则风传崔尊彝是自杀而死。
清流以往的搏击，虽然成功逼退一群高官，但中枢的军机大臣却一个也未曾扳倒。此次王文韶之战乃是清流在政坛上的关键一战，若能逼走王文韶，则此后政坛上无人能当其锋，遂全力攻击。
十一月初五，王文韶第三次请求开缺，得到慈禧许可，总算能全身而退。王文韶清楚地认识到形势，在失去了沈桂芬这样有力的援助之后，面对清流的搏击，他只能逃跑，留得青山在，不怕没柴烧。王文韶的日记存世颇多，但是此年的日记却全部丢失，也是遗憾，不然可以一睹此年他的心境。
王文韶去职的当日，翁同龢补入军机处。次日，又以潘祖荫入军机处行走。
此时恭亲王生病，军机处大臣中，最有话语权的则是宝鋆与李鸿藻。依照资历及各方势力接受程度来看，翁同龢、潘祖荫也是最为适合的人选。
李鸿藻一直想拉老友张之万入军机处，光绪七年，张之万丁忧期满，未被启用。李鸿藻派亲信去探望，询问生计如何。张之万云生计无忧，虽然丁忧期满，仍哀痛不已，暂时不想入京。光绪八年，张之万入京担任兵部尚书。李鸿藻想将他拉入军机处，张之万却不想趟这浑水，力辞不就。李鸿藻转而推荐翁同龢、潘祖荫二人为军机大臣。
王文韶离职的当日，即以翁同龢入军机处。次日，又以潘祖荫入军机处。潘祖荫在军机处不到三个月就丁忧回乡，此后再未入军机处。
光绪九年二月，涉案当事人潘英章到京。审讯人员调集了天顺祥、百川通等钱庄、票号的账簿，查明二人在京师共用银八万七千两，其中查清着落的五万三千两，余款三万四千两，仍存在天顺祥钱庄。
五万三千两的用途，其中相当部分是给京内官员送去的各类“炭敬”、“别敬”、“节敬”之类。奕誴主张严查，翁同龢认为外官至京师馈赠，向来是陈例，不属于受贿，不主张追查。李鸿藻自己也承认，曾收过钱。至于余下的三万两，潘英章否认此笔钱是要分送王文韶、景廉，户部经办司员也否认此笔钱与二人有关。
此案如若追查下去，牵连甚广，经过翁同龢运作，阎敬铭、张之万、薛允升、麟书等人聚在在翁同龢家中会商，拟定了处理意见，并交给奕誴。奕誴看了后觉得判的太轻，认为三万两银子肯定是留给王文韶、景廉的，应将二人严办。
纷纷扰扰之中，总算走到了光绪八年年末。除夕夜，慈禧匆匆接见了下军机大臣之后，也就退朝。此日李鸿藻腹泻未曾入值，明天又是他的生日，张佩纶赶来探望。张佩纶前来，既是探望李鸿藻，又有一桩大事，牵涉到清流派大将宝廷。
宝廷虽为清流中人，却喜狎游，风流放荡。同治十二年，路过浙江富春江时，一时饥渴难耐，就买了个船妓做小妾。为了掩人耳目，宝廷安排船户将船妓从水路送到京师，自己则单独先行。至京师后，宝廷眼巴巴的等了良久，小妾却杳无影踪，人财两空，在京师成为笑柄。
光绪八年宝廷前往福建主持乡试。去福建之前，李鸿藻已经再三告诫他沿途要自爱，宝廷则开玩笑道“必载美妇归”。宝廷在福建主持乡试期间，挖掘了一批人才，其中著名者有郑孝胥、陈衍、林纾、康咏等。
至返回时，宝廷按耐不住寂寞，再次在富春江买了个船妓做小妾。汲取了上次被骗的教训，这次宝廷将小妾带在身边同行，一路招摇。行至杭州袁浦时，县令觉得他不对劲，正经官员，谁会带个妓女一路招摇。县令判断宝廷是个冒牌官员，将他扣住审讯。
宝廷虽然说明了自己不是骗子，可他买妾的消息已经传了开来。宝廷知道事情不妙，自己在京师时得罪的人太多了，出差途中买妾，怎么也不是光荣的事。宝廷头脑一热，想出了个昏招，他使出自己最擅长的弹劾功夫，主动弹劾自己“途中买妾，自请从重惩责。”
除夕当日，军机处拟定处理意见：“宝廷奉命典试，宜如何束身自爱。乃竟于归途买妾，任意妄为，殊出情理之外，宝廷著交部严加议处。”
张佩纶与宝廷是死党，看到他被处分，就跑去李鸿藻处探听消息。得知前后经过后，张佩纶大为懊恼，认为宝廷不知自重，实在是咎由自取。
光绪九年正月，宝廷去职，此后再未出仕。后来宝廷做诗自辩：“江浙衡文眼界宽，两番携妓入长安。微臣好色原天性，只爱娥眉不爱官。”宝廷去职之后，靠亲友们的资助度日，不时还得“典衣聊一沽”，去职七年之后在贫病之中死去。后世对宝廷的诗歌评价极高，认为他在晚清诗人之中“踞一席无愧”。
光绪九年五月二十一日，老滑头王文韶离开京师，这是最明智的选择。如果他不离京，奕誴不肯罢休，清流党要继续攻击。王文韶放低姿态，借口送老母出京，先到天津观望，如果此案平息也就回乡。对王文韶此举，翁同龢在日记中评价道“毕竟聪明”，又好笑他在离京之前送了头黑骡子给自己，遂送了五十两银子给王文韶作为骡子的钱。
二十五日清晨，翁同龢入宫等候召见，惇亲王奕誴过来商议，想约翁同龢一起入觐，被翁同龢拒绝。奕誴邀请翁同龢单独入内，乃是想避开其他办案大臣，争取有利地位。老翁何等精明，自然不肯单独入内。
待六人会齐后，在东暖阁接受召见，慈禧询问：“报销案如何？”
阎敬铭道：“案内不敢一字遗，案外不敢一字牵涉。”
阎敬铭的回答，意思很明确，即此案应该限定范围，不能牵涉，如果硬要清查收受陋规的话，则卷入的官员极多。
慈禧又询问：“此案罪名如何？”
阎敬铭又简单的介绍了下。
慈禧道：“国家多事，天子幼冲。官吏如此舞弊，你们不可以轻纵。惇亲王，你有什么话尽管说。”
奕誴力主从重处理，翁同龢则表示反对。
奕誴道：“太后垂帘听政，如果从轻处理，将来皇上亲政时必有议论。”
翁同龢立刻反击：“惇亲王失言了，太后垂帘听政以来，事事秉公持正，怎么能这样说呢？”
慈禧遂道：“我的意思也不是从重处理，但需要遵照律例来。”
翁同龢等几人赶紧附和：“无一字非律例。”
翁同龢又道：“现在已加重处理了，如果再加重，岂不是要杀王文韶、景廉二人？”
慈禧遂让奕誴学习下律例，看得明白了再与其他人商量，不要不懂装懂。
奕誴则抱怨：“今后要讨论就在太后面前单独与我讨论，不然我一个人对你们五个人，怎么是你们的对手？”
最后奕誴建议，将所引律例出处一一标注，送给慈禧审定后再拟定处理意见，各方都表示赞同。
六月二十六日达成了处理意见，周瑞清革职、赔赃、流三千里，孙家穆革职、赔赃、徒三年。王文韶、景廉对户部失察，保举孙家穆为一等，降二级调用，其他涉案人员各有处罚。
由云南报销案，李鸿藻及清流成功逼走了王文韶，改变了沈桂芬在位时的僵持局面，使清流势力为之大振。景廉虽受到牵连，却留在了军机处，且慈禧也认为他是无辜被牵连，日后必予以补偿。
清流之肆虐，既是军机处内部分歧，彼此倾轧，遂利用清流为斗争工具，也是慈禧特意纵容，以分化瓦解，利于政治操控的结果。清流在光绪朝政坛上，一方面既起到了激浊扬清，鼓舞人心，纠正官场弊端的作用。另一方面，又因清流们自觉或不自觉地，成为政治斗争中的工具，常捅出无法弥补的大窟窿，贻害无限。
光绪八年（1882），清流们的出击，导致了整个军机处的人事大变动。
