甲申易枢
光绪八年（1882），直隶总督李鸿章请假，回湖北探望在哥哥李瀚章处的老母，不久老母去世，李鸿章丁忧在家。
李鸿章丁忧之后，直隶总督空缺，遂调两广总督张树声接任。张树声的儿子张华奎看着清流势力旺盛，羡慕不已，也跟着投到清流门下，成为清流大将黄体芳的门生。张华奎全力投入清流，在清流中不过是个边缘人物，外号“清流腿”，也就是帮清流跑跑腿。
为了提高自己在清流中的地位，张华奎建议父亲张树声，调张佩纶来帮办理北洋事务，并征得张佩纶同意。张华奎本是好意，不想张佩纶突然变卦，坚决不肯去。
清流领袖李鸿藻以为张树声想挖墙角，拉拢清流，就将张华奎找来询问：“听说令尊想调张佩纶帮忙，不知是什么意思？”
张华奎大窘，不知如何回答。
此事让张树声很是不满，大骂儿子多事，招惹是非。张华奎被老爹骂了后，对张佩纶心生怨恨，想要报复，但苦于没有等到机会。
清流一直帮助慈禧冲锋陷阵，但在奕訢加以笼络之后，也开始投怀送抱。张佩纶担任总理衙门大臣后，奕訢对他示好，表示“恨相知晚”，将总署中的事务全数交给他办理。
自慈安太后去世之后，恭亲王奕訢与慈禧之间再无任何缓冲。奕訢在兴建颐和园一事上持保留态度，让慈禧不满。而醇亲王奕譞与恭亲王奕訢长期不和，蛰居多年后蠢蠢欲动，想取而代之，与慈禧一拍即合。
此时的中法战争，文人之间的私怨，给了慈禧、奕譞一次整肃奕訢的机会。
太平天国战争之后，刘永福带了三百人逃入越南，自称“黑旗军”。越南此时正面临法国的入威胁，就利用刘永福抗衡法国人。1882年4月，法国攻陷河内。1883年逼迫越南签署《顺化条约》，取得了对越南的保护权。
越南侵法之后，恭亲王奕訢、宝鋆、李鸿章等人主和，令驻法公使曾纪泽与法国交涉。李鸿章主和最力，认为一旦开战会牵动大局，而中国如果调重兵至西南，则内地空虚。且出兵之后，“深入鏖战，恐无把握”，法国海军之精更非中国水师所能匹敌。奕訢也认为不可开战，准备将清军撤回，以避免爆发冲突。
清流派一心求战，接连上奏，认为宗主国不能容忍法国欺凌藩属国，越南的安危与中国休戚与共，辅车相依，唇亡齿寒。张佩纶多次上奏，请求整军备战，并推荐徐延旭、唐炯分领广西、云南两军，联合黑旗军对法作战。李鸿藻、翁同龢也大力主战，成为清流后援。翁同龢反对将黑旗军视为“匪”，主张重用黑旗军。
李鸿藻、张佩纶推荐了徐延旭担任广西巡抚、唐炯担任云南巡抚，以为二人到前线必定卖力作战，振起国威。不想唐炯、徐延旭二人消极避战，法国在越南攻城略地，很快进至广西边境。
徐延旭、唐炯在前方的败绩，让朝野上下不满。“清流腿”张华奎自从被张佩纶放了鸽子后，一直想要报复，此次看到了机会。
张华奎找御史王仁东商量，想弹劾张佩纶保举庸臣，贻误国事。王仁东拟好稿子之后，琢磨着由谁首先出击。此时张华奎灵感一闪，脑中出现一人，此人名叫盛昱。
盛昱进士出身，入翰林院，与张佩纶等人齐名。
看了拟好的文稿之后，盛昱认为单纯攻击张佩纶一个人起不到效果，应当将军机大臣一起攻击，一方面逼迫军机大臣改变态度，对外主战，另一方面则逼迫李鸿藻将张佩纶作为弃子牺牲，帮张华奎报仇。于是盛昱另行拟稿，弹劾所有军机大臣。
盛昱没有想到的是，醇亲王奕譞与慈禧，正联手对付恭亲王，并将火药、导火索都准备好了，就等着人来点火，此时盛昱拿着火把出现。
光绪十年三月八日，盛昱上奏，左右开弓，既弹劾清流张佩纶，又攻击军机大臣奕訢等人。盛昱将军机大臣一网打尽。一、攻击张佩纶、李鸿藻推荐唐炯、徐延旭，影响战局，责任重大。二、攻击恭亲王、宝鋆无知人之明，坐观成败。三、攻击景廉、翁同龢“才识凡下”。
盛昱攻击的重点是张佩纶，在奏折中用了较多火力，对恭亲王、宝鋆、翁同龢等人则是蜻蜓点水，留足了面子。
三月初八，奏折递上之后留中不发，当日在接见军机大臣时，慈禧针砭时局，认为现在边防不靖，疆臣守旧，国库空虚，海防粉饰，该如何面对祖宗。军机大臣听了之后只能惭愧的无地自容。
三月初九，慈禧突然行奇招，她竟然跑去了寿庄公主府。寿庄公主是道光帝的第九个女儿，醇亲王的同母妹妹。在寿庄公主府上，慈禧让醇亲王一起陪着吃饭，进行密商。此时恰逢慈安太后三周年祭日，慈禧又命恭亲王出京至东陵代祭，让他暂时离开中枢。
三月十日，慈禧单独召见奕譞，密商良久。
醇亲王奕譞
此时的政坛，被一层迷雾笼罩，官场大佬们看不明白未来政局走向。囿于其中的翁同龢着急不已，想从在外出差的慈禧亲信孙毓汶处打听消息。不巧此时电报联系却又断掉，翁同龢连呼“闷煞闷煞”。
三月十一日，孙毓汶紧急回到京师。次日，慈禧召见奕譞、孙毓汶会商良久，军机大臣只是被匆匆召见。当日在密商时，慈禧明确军机大臣将全数退出军机处。
三月十三日，慈禧突然打破陈例，既不召见恭亲王奕訢，也不召见军机大臣，只召领班军机章京一人入见，并命其拟旨。
随后谕旨颁布，要其内容如下：指责恭亲王奕訢“近年爵禄日崇因循日甚，每于朝廷振作求治之意，谬执成见不肯实力奉行。”
念在奕訢、宝鋆二人入直最久。一系多病，一系年老，从宽处理。奕訢开去一切差使，仍留世袭罔替亲王，赏食亲王全俸，撤加恩双俸，家居养疾。宝鋆著原品致休。
谕旨指责李鸿藻在军机处当差有年，但才识有限，“遂致办事竭蹶。”景廉在军机处中，“经济非其所长”，二人均开去一切差使，降二级调用。翁同龢在内廷多年，虽然没有过错，“亦有应得之咎”，著革职留任，退出军机处，不过仍保留了他帝师的资格。
将所有军机大臣赶走后，慈禧又命礼亲王世铎、户部尚书额勒和布、阎敬铭、刑部尚书张之万，著在军机大臣上行走。工部左侍郎孙毓汶、著在军机大臣上学习行走。次日，再发谕旨“军机处遇有紧要事件，著会同醇亲王奕譞商办，俟皇帝亲政后再降懿旨。”
甲申巨变导致朝野震惊，一些御史接连上奏，帮恭亲王奕訢求情，希望留他继续在军机处。此次事件的肇始者盛昱，事后也后悔不已。依照辈份，盛昱与皇室“载”字辈平辈，称奕訢为六叔，常到恭亲王府行走，“素为恭邸所重，饮食教诲如家人谊。”
盛昱此次上奏，本意是想鼓励恭亲王奕訢主战，不想却导致他去职，内心无比懊恼，又上《请收回成命奏》，反对醇亲王奕譞执掌军机处。慈禧看了奏折后勃然大怒，将奏折撕碎扔在地上，大骂盛昱“利口覆邦，欲使官家不任一人。”
对于自己的鲁莽上疏，导致甲申巨变，盛昱一直都很懊悔。他自光绪十四年之后就辞职在家，把时间都花在了写诗、收藏之中。对甲申年的事情他不想再提，在生平著作中没有收录一篇奏折。后半生他过得很是快乐，他在诗中写道“短衣匹马西山下，好逐春风一放颠”，却是生趣盎然。庚子年八国联军入京后四处抢劫，闯入盛昱家中时，见图书狼藉满地，只有一名老妪看护着重病的盛昱。洋人士兵道：“此读书人家也”，掩门叹息而去。光绪二十五年十二月，盛昱病逝，享年五十岁。后来张之洞来京，在《过盛昱故宅》中写道“密国文章冠北燕，西亭博雅万年船。不知有意还无意，遗稿曾无奏一篇。”诗中可见，张之洞对于盛昱当年捅下的大窟窿还是心存芥蒂。
此次事件的肇始者张华奎，后来在官场上名声却是不错，不似当年的鲁莽。张华奎到四川当官时，积劳成疾，咯血而死。张华奎的父亲张树声，甲申年死在两广总督任上。临死之前，他在遗折中写道：“夫西人立国自有本末。育才于学堂，论政于议院，君民一体，上下一心，务实而戒虚，谋定而后动，此其体也。轮船、大炮、洋枪、水雷、铁路电线，此其用也。中国遗其体而求其用，无论竭蹶步趋，常不相及，就令铁舰成行，铁路四达，果足持欤？” 张树声认为“采西人之体以行其用”，如此才能奠定国家灵长之业。张树声遗折字字中的，直指清廷核心，即必须全面学习西方，方能走向富强。光绪读到此折时，想必会被深深震撼。
甲申易枢之后，左宗棠在五月二十六日再次被调入军机处。慈禧知道此老非同常人，让他不要去军机处入值，有重要事传问即可，不想左宗棠却坚持要每日都入值。五月二十九日，翁同龢拜会左宗棠，二人长谈，左宗棠老毛病发作，又开始大骂曾国藩。
再入军机处不过三个月，左宗棠却三次被弹劾，连吃处分。第一个处分是闰五月十九日，左宗棠用内阁印行文，照会旧部黄少春，命他调军赴广西。自军机处创设之后，调军事宜，历来与内阁无关，为此左宗棠被申斥。十二天之后，他又上奏保举了曾纪泽等人，并特别称赞曾纪泽“于泰西各国情形了如指掌”。不想被御史弹劾，认为不该保举一二品大员。
六月二十六日，是光绪皇帝的万寿节生日，大员们都要到乾清宫外祝贺。左宗棠年迈，行走不便，也就未去。七月二日，礼部尚书延煦首先上奏弹劾左宗棠。
军机处汉人大臣基本上是进士出身，延煦认为左宗棠出身举人，是“蔑礼不臣”。礼部建议对左宗棠处以“罚俸一年”的处分，并得到批准。
七月六日，醇亲王奕譞出来帮偶像左宗棠打抱不平。延煦在弹劾时没有指责左宗棠失礼行径，却认为左宗棠举人出身是“蔑礼不臣”，而军机处并没有规定必须进士才能做军机大臣。结果，延煦反被罚俸一年。
此时左宗棠觉得军机处真乃是非之地，又萌生退意，遂请缨前往福建。七月十五日，他找到醇亲王奕譞，主动请求统兵出征。奕譞对此次会面记录道：“左相其志甚坚，其行甚急。”
七月十八日，清廷调左宗棠为钦差大臣，赴福建督师。外人认为他“老态龙钟，而豪迈之气犹然”，可左宗棠自己却觉得已老了。路过天津时，左宗棠哀叹道：“老矣，到天津不能与李鸿章抬扛，到江南不得与曾国荃抬扛。”
此时曾国荃担任两江总督，两人见面时，执手唏嘘，都已是满头白发了。左宗棠又是豪兴大发，对曾国荃道：“老九之兄死矣，我便是老九之兄。”又问曾国荃一生最得意之事是什么。曾国荃也是快意中人，道：“挥金如土，杀人如麻。”左宗棠听后大喜：“吾固谓老九之才气胜乃兄也。”
十月二十七日，左宗棠抵达福州，入城时声势浩大。旁观者记载道：“一人乘肥马，执长鞭，头戴双眼花翎，身穿黄绫马褂，堂堂相貌，主将左宫保是也。一见宫保，无异天神降临。”左宗棠的些许威风，并不能弥补甲申易枢所带来的负面影响。
自奕訢去职之后，军机处虽以世铎为首席军机大臣，但他却又不是个有担当的人。慈禧虽命军机处有大事找醇亲王奕譞，可醇亲王又对慈禧怕得要死，对慈禧百依百顺。军机处在大政国策中的地位被大大削弱，军机大臣们惟慈禧心意是从，慈禧获得了无可挑战的地位。此种局面，在光绪成年执政之后，又将造成无数纷扰，
可以说，晚清乱局，慈禧擅权，实肇始于甲申。
太后心腹孙毓汶
光绪十年甲申易枢后，恭亲王派系退出政坛，醇亲王获得压倒性胜利。新入军机处的大臣，除了阎敬铭之外，无人敢逆慈禧心意。
甲申易枢后，宝鋆曾在家中摆了酒席，召了戏班子来唱戏，请奕訢、奕譞两兄弟会饮，想调和二人关系，但效果如何，外人不得而知了。
光绪十一年五月，慈禧下令修三海工程，随后又开始兴建颐和园。奕譞虽然不同意慈禧大兴工程，汲取了乃兄奕訢的教训，只能默不作声，小心谨慎。光绪十年三月至十六年十一月，奕譞主持大政期间，他往昔的保守思想有所改变，对于洋务也有了较多认识，海军、铁路及新政开始推行。
善庆、醇亲王奕譞、李鸿章
光绪十二年六月十日，在召见奕譞时，慈禧突然宣布，皇帝典学有成，明年正月即行亲政。
奕譞的反应是立刻跪求慈禧不要着急，缓缓再说，又示意儿子光绪跪下求慈禧收回成命。慈禧却表示，这是要真心放权。
奕譞出来后，立即与军机大臣、帝师翁同龢等人商量。翁同龢的意见是此事重大，应当立刻带领诸军机大臣请求再次召见。奕譞则云慈禧现在已经拿定主意，不能更改，改日待军机大臣被召见时再商量。
至军机大臣被召见时，均请求暂缓降旨，继续听政。但慈禧貌似心意已定，要让光绪早点接班，军机大臣苦苦劝告也不能挽回。
然而，军机大臣中，只有孙毓汶懂慈禧的心思。
眼看着光绪一日日长大，亲政是早晚的事情。慈禧是老实放权，安静过日子，还是另谋他途，继续执掌权柄？尝到了权力甜头之后，慈禧如何肯轻易放权。但要继续掌权，必须名正言顺，此次她先做出试探，看群臣如何反应。
孙毓汶揣摩到慈禧心意后，建议奕譞“请训政”，即皇帝登基之后，慈禧仍然可以干预朝政。
作为帝师，翁同龢的想法又不一样。皇帝早一日亲政，对他来说影响就不一样。翁同龢所盼望的格局是，皇帝亲政之后，慈禧不要再干涉政治。与其让慈禧继续“训政”，不如再延缓些时日，让皇帝正式“亲政”。
所以翁同龢建议奕譞再次请求召见，想说服慈禧在皇帝亲政后放权。奕譞此时心思烦乱，不想去面对慈禧，就推脱殿门已关，待明日再说吧。
翁同龢对此大不甘心，当夜跑去拜访孙毓汶。想请他帮忙改变慈禧的心意，即慈禧你老可以再掌几年权，但一旦光绪正式亲政后，你就不要再多管了。孙毓汶对翁同龢的反应是“唯唯否否”。
就奕譞而言，他知道自己玩不过慈禧，他被慈禧这尊佛牢牢地捏在掌中，他所期盼的是儿子能早日正式走上政治舞台。看到儿子像模像样的坐在龙椅之上处理国政，能满足父亲“望子成龙”的心。至于慈禧继续“训政”，在他看来并无不可，因为儿子还是需要人辅佐，能力过人的慈禧，自然能予光绪扶持。
到了六月十一日，奕譞反而劝翁同龢支持慈禧训政。此时孙毓汶亲自拟定奏折，并游说王公大臣联名请慈禧训政。奏折上去后，慈禧大为满意，发布懿旨，阐释自己继续训政的理由：“抚育训诲深衷，十余年如一日。即（皇帝）亲政后，亦必随时调护，此责不容卸，此念亦不容释，即著照所请行。”
风波过后，一切如旧，只是军机处中有人事变动而已。光绪十二年，阎敬铭离开军机处。自光绪八年，阎敬铭执掌户部之后，严厉收支，清查库银，整顿弊端，被他查出隐瞒的杂款多达七百余万两。甲申易枢后，阎敬铭成为军机大臣之中，唯一一名靠能力与清廉而入职者。
入军机处之后，阎敬铭做了件让所有军机大臣不满的事，也就是撤掉“点心”。乾嘉年间，由于军务繁忙，为了犒劳军机大臣们，就在军机处值班房内提供茶水点心。茶水点心本费不了多少钱，但军机处一切开销均通过内务府操办，如此一来，外面几个钱的点心，到了军机处中，价格要翻上十几倍。阎敬铭素以简朴著称，觉得浪费过度，就奏请裁撤点心钱。此后在军机处内，常有同仁抱着肚子喊饿，阎敬铭则从袖中摸出块烧饼充饥，旁若无人。
阎敬铭在户部期间，推动了户部北档房改革。依照往日惯例，天下财赋总汇，皆由户部北档房执掌。财赋乃是清廷最核心的机密，自然不能让汉人着手。所以清代两百余年，北档房只用满人。
但在北档房的满人，却不熟悉财政业务，导致弊端连连。阎敬铭在户部供职多年，深知其中弊端，1882年升为户部尚书后，上奏“欲为根本清理之计, 非参用汉员不可”。慈禧竟然批准了阎敬铭的改革请求，让汉人办理天下财政，时人以为“此亦满汉权力消长之一大事也”。
慈禧之所以重用耿直的阎敬铭，在于他能理财，而理财的目的，则是为她修建园林提供款项。慈禧修建园林的经费，一来自北洋海军经费，二来自户部。阎敬铭在户部辛辛苦苦，弄了几年，竟然有余款上千万两，这是咸丰、同治两朝前所有未有的。慈禧看着户部有钱，频频伸手去要。阎敬铭理财是为了国家富强，哪里肯填补一个妇人的无底私欲。慈禧向他要钱，阎敬铭就请节省开支。
于是乎，一度被慈禧亲昵地称为“丹翁”的阎敬铭（阎敬铭字丹初），成了太后眼中的绊脚石。光绪十一年，阎敬铭户部尚书一职，被倾向于慈禧的翁同龢所取代。翁同龢主持户部之后，对慈禧兴建三海工程所要的钱是尽力予以满足。阎敬铭对于慈禧心意之转变是心知肚明，遂在光绪十二年九月，主动请求辞去军机大臣职务。
阎敬铭辞职前，翁同龢曾于晚间拜访他，在日记中记载了当夜的情况：“明年皇上即亲政，老成人先去位，非国之福，相对流涕。”阎敬铭致仕之后，隐居山西老家，六年之后去世。慈禧最初不想授予他谥号，经大臣力争，才得了个“文介”的谥号。
光绪十七年，奕譞去世。此后以礼亲王世铎主持军机处，庆亲王奕劻主持总理衙门。礼亲王给人是庸碌无能，只爱财货。庆亲王奕劻同样爱好财货，但以精明能干著称，二人都仰慈禧鼻息，揣摩太后心意行事。
照例军机大臣有病，一二日不入值是正常，五日以上要请假。光绪十九年，军机大臣礼亲王脖子上生了疖子，额勒和布则眼睛有毛病，孙毓汶脚不好，许庚身鼻子受伤，四人同时请假，只剩张之万一人独对，张此时也是八十岁老翁也。
首席军机大臣礼亲王庸庸碌碌，不想管事，孙毓汶成为实际上的首席军机大臣中心。外省官员进京，给孙毓汶送六百两银子，礼亲王三百两，其他军机大臣二百两。馈赠银子的数目，显示了军机大臣们的实际地位。
甲申易枢后的十年之中，军机大臣张之万、额勒和布、许庚身，都唯唯诺诺，没有什么主见。光绪十年张之万入军机处时已七十三岁，对于政务懒得一管，官场上讥讽他除了书画之外别无他长。额勒和布的特点是“木讷寡言”，因为在官场廉洁自守而出名。许庚身在军机处做了多年的军机章京，但一直没有被提拔重用。甲申易枢之后，被提拔为军机大臣，也就一边倒向了慈禧，“以应对敏捷，太后亦信仗之”。
光绪十九年，许庚身在军机大臣任上去世，以徐用仪替补。
许庚身早在同治年间就进入军机处，在辛酉政变中立下大功。先后在军机处担任军机章京三十年，业务熟练，应对机敏。许庚身在前期依附于奕訢，后期倾向于奕譞，并得到奕譞的信任。值得一提的是，台湾历史作家高阳，本名许晏骈，出自浙江仁和许家，与许庚身是同一个家族。
徐用仪是浙江海盐人，自幼聪慧，有大志，外顺内刚，小事不置可否，大事必曲折以伸。咸丰九年，参加顺天府乡试考中举人，同治元年入军机处任军机章京，此后多年，帮办洋务，对西方有较多了解，以他入军机处也是应对日益频繁的外交事务。
甲申易枢后，军机处整体沉闷，所用者多是老臣，在军机处中尸位素餐，无所作为。军机处的这种格局，却使能窥探慈禧心意，深为慈禧信任的孙毓汶，实际上主持起军机处的日常工作。孙毓汶的发迹史，却有一番故事。
孙毓汶的前半生，即可以说他得志，又可以说他不得志。他出生在山东济宁的一个官宦世家，康熙年间，曾祖父孙扩图考中进士，乾隆年间祖父孙玉庭考中进士，官至两江总督、内阁大学士。再其后叔父孙善宝官至两江总督，父亲孙瑞珍历任礼部、工部、户部尚书。在这样的官宦世家，孙毓汶好比是含着金钥匙出生，但他的憋屈是，他是小妾所生。
在孙家这样的官宦世家，侧出的子弟，再才华横溢也不受待见。童年时族人的歧视，让孙毓汶留下了深刻的阴影。所幸父亲很是喜爱他，为了不让他在济宁受排挤，就将他带去京师，并聘请名师教授他学业。
孙毓汶天资聪颖，又得到名师指点，咸丰二年(1852)考中举人。咸丰六年，孙毓汶参加会试，父亲孙瑞珍对儿子寄予了很大的期望。此科考试之前，当时舆论普遍看好的状元人选，一是孙毓汶，一是翁同龢。翁同龢也出自名门，祖上与孙家是世交。孙瑞珍看着翁同龢是儿子夺魁的最大对手，就设计确保儿子夺魁。
殿试前一日，孙瑞珍将翁同龢请到家中吃饭，美酒佳肴，一通猛灌，果然将翁同龢灌的烂醉如泥。翁同龢酒醉之后，老爹翁心存却有准备，已经弄好了解酒药和人参汤，翁同龢吃了之后，第二天殿试时如有神助，精力特别充沛，下笔如有神，得了一甲第一名，孙毓汶得了第二名。此事在京师官场传的沸沸扬扬，由此翁同龢得了个雅号“人参状元”。
照理说，孙毓汶考中第二名榜眼，在家族中也可以扬眉吐气了。但他却被一个人压着，这个人就是他的堂哥孙毓溎 (yàn)。孙毓溎早在道光甲辰科（1844）就高中状元，此后历任高官，在孙氏家族中说一二不二。
咸丰八年，孙毓汶父亲去世，返回济宁老家丁忧，此时他的嫡母已去世，他就动起脑筋，想将自己的生母给扶正。依照礼法，在正房去世之后，如果经过全族同意，可以将偏房扶正，此后也就摆脱了小妾的身份，可以扬眉吐气。孙毓汶以为凭自己在科举上的成就，可以让族人欣然同意。不想此时堂哥孙毓溎的老婆在家主持内政，对此表示反对，此事不了了之。受此刺激，孙毓汶对整个孙氏族人都有意见。
丁忧期间正逢捻军在山东、河南、安徽各地蔓延，作为在乡官员，孙毓汶受命在济宁办理团练。在山东的僧格林沁，令孙毓汶带兵去守卫运河河堤。孙毓汶少年得志，又未曾上过战场，哪里能带兵打仗，就加以推脱，为此与僧格林沁发生争执。此后又逢咸丰大搞捐输，让官员捐钱，孙毓汶消极对待，被僧格林沁抓住尾巴。
此时恰逢奕訢复出，把持朝政，认为孙毓汶“世受国恩，首抗捐饷，深恶之”，下令将他革职发配新疆戍边。
在新疆吃了五年苦头，也让孙毓汶得到了磨练，知道人世的甘苦，懂得了变通。同治元年（1862），孙毓汶主动捐输，以助军饷，被官复原职，回到翰林院。
再回京时，他已不是昔日血气方刚的毛头小伙子，而变得老练沉稳。在京供职至同治五年，在京内朝考时，他被考为一等一名，升为侍读学士。侍读学士是个重要的官职，主要给皇子讲学，有着更多的发达机会。
此后在官场上，孙毓汶是飞黄腾达，步步高升，然而他的心结却始终未能解开。自从咸丰八年帮母亲扶正的努力失败之后，孙毓汶就一直对济宁孙氏比较冷淡。他的门生外任为济宁知府，特意去拜访他，询问对济宁孙氏家族有没有需要照顾的。不想孙毓汶反应冷淡，反而交代对孙氏族人要严加管教，违法者必须严加惩戒。
孙毓汶一直将母亲带在身边，以便尽孝。光绪元年，他的母亲重病不起，他食不甘味、寝不解衣，服侍母亲。生母病故之后，他不得不面对孙氏族人，当他将母亲的棺椁运回济宁之后，孙氏族人却提出，棺椁不得入祖坟，不得与孙毓汶的父亲合葬。
孙毓汶此时也出离了愤怒，他穿着孝服，跪在母亲灵柩前写下奏章，请两宫皇太后帮自己做主。慈禧看了孙毓汶的奏折后大为同情，就将孙毓汶生母封为一品夫人。
得到慈禧的站场之后，孙毓汶扬眉吐气，将父亲的棺椁从祖坟中起出，迁往新坟与母亲合葬。发丧当日，孙毓汶搞了一场隆重的丧事，让所有孙氏族人目瞪口呆，此后孙毓汶与济宁丁氏族人断绝来往。出于对慈禧的感激，在官场上孙毓汶惟慈禧是从，无比忠心。
丁忧结束后，光绪三年，孙毓汶回京继续做官。光绪五年五月，孙毓汶出任安徽学政，出任前与李鸿章频繁书信来往。出行时，孙毓汶乘坐李鸿章安排的轮船南下至上海，又由李鸿章门生刘芝田用轮船送到安徽。孙毓汶到了安徽之后，对李氏族人加以照顾，李鸿章的侄子李经羲被“甄取优贡”。
至“甲申易枢”时，孙毓汶与醇亲王结成朋党，在其中扮演了重要角色。
却说光绪朝，奕譞的儿子做了皇帝，他不得不暂时韬光养晦，低调做人，但“久静思动”，也开始组织人马，壮大势力。孙毓汶早就与奕譞结识，而他与恭亲王还有一段过节 ，当年他被发配新疆就是奕訢处理的，此番投到奕譞门下，参与密谋。
三月初二日，孙毓汶从西陵回京请安，六日，被派往湖北查办案件。出京之后，十二日，又被慈禧召回。三月十三日（4月8日），慈禧颁布朱谕，指责奕訢“委靡因循，罢军机大臣，停双俸，家居养病”，其余军机大臣全部撤掉，以礼亲王世铎、额勒和布、孙毓汶等人入军机处，有大事则与醇亲王商量。
礼亲王世铎为人懦弱，不大管事，醇亲王是皇帝的生父，不便直接入军机处，以免给人权势过盛之感。孙毓汶在军机处中，每日将军机大臣奏折送到太平湖醇亲王府邸，谕旨也由孙毓汶传达。“在军机处虽居末位，而权力则冠同僚。”
孙毓汶极得慈禧宠幸，“内则太监李莲英，外则军机大臣孙毓汶，均太后最得意信任之人”。慈禧在内廷赏戏时，赐有菜肴美酒，对于美酒，规矩是稍微品一下，不可多喝。孙毓汶则不管，酒一赏来，立刻畅饮干净，有时酒醉之后，立刻就入梦乡，鼾声如雷。孙毓汶极怕热，每年四月开始，从军机处回家后，就坐在天蓬下面，放开豪饮，酒醉脱光了酣然入梦，“醒即趋朝，历数十年如一日也。”
在军机处、总理衙门行走的孙毓汶，接触到各种机密信息，也利用此作为政治筹码，“暗藏机关，互相串通”。各省督抚能得到孙毓汶的只言片语或私人信件，往往视作“小圣旨”。 当时士人对孙毓汶恨之入骨，认为他“阴险深阻，深不可测”得了个外号“白面秦桧”。
后世对他指责也多。张謇认为，光绪十年甲申易枢之后：“醇王执政，孙毓汝擅权，贿赂公行，风气日坏，朝政益不可问自此而有。”他甚至认为，由甲申而有甲午朝局之变，由甲午而有戊戌政局之变，由戊戌而有庚子之变，由庚子而有辛亥革命之变，因果相乘，昭然明白。高阳则认为孙毓汶是清王朝覆灭的罪魁祸首之一，同光中兴的大好局面，也毁于他之手。
甲午分歧
光绪十五年四月二十七日，翁同龢六十岁大寿。此年二月初三，光绪正式亲政。
看着光绪坐上龙椅，翁同龢的眼眶中几滴泪光闪过，多年心血栽培，皇帝总算成人。而他的声望与权势，也将随之达到巅峰。
慈禧此时的心思都花在了建造颐和园上，表面上也表达了切实放权的意思。
就在光绪亲政之后，御史屠仁守上奏，请求仍将外省密折、廷臣封奏，由慈禧批阅之后再施行，即请慈禧继续干政。对此慈禧坚决否决，将屠仁守革职永不叙用。慈禧相当自信，她不需要这些表面文章，虽然她将权力托付给了光绪，可只要她一生断喝，战战兢兢的皇帝立刻会将所有权柄交出。
光绪亲政后，每日与翁同龢在书房商议要事，翁同龢一举凌驾于军机处之上。翁同龢声势之隆，连李鸿章也不得不折服，而李鸿藻则只能在角落里吃醋。
甲申易枢之后，李鸿章通过向慈禧献纳修建颐和园的经费，获得慈禧信任，得以在北洋大力经营。光绪亲政之后，翁同龢对光绪具有的强大影响力，使得官场大佬们纷纷向他献媚。得意之时当衣锦还乡，翁同龢也跳不过这道坎。此年他返乡探亲，一路上各地官员迎送，李鸿章更是刻意逢迎。
光绪亲政，使翁同龢的政治地位得以提高，也让政坛格局发生变化。翁同龢借着自己帝师的身份，利用主持科举考试的机会，大力扩充人马。对政治人物而言，声望与实力同样重要。有声势者，必须拉拢配置自己的嫡系人马，作为支援。势单力薄者，哪怕声望再隆，无人援助，也只能孤单落败。
政治上一个好的助手，也即曾国藩所云的“替手”，起着无与伦比的作用。曾国藩曾道：“办大事者以多选替手为第一义”，他选择的“替手”如李鸿章、左宗棠，在太平天国战争中均打开了局面，有力地支持了曾国藩。李鸿藻在光绪朝前期，之所以能呼风唤雨，不在于他有多大的声望，而在于他成功地凝结了一批“替手”清流，在政坛上横冲直撞，所向披靡。
翁同龢政坛打滚多年，对于“替手”这套是洞悉于心，利用各种机会，罗织有名气的人才于旗下，其中翘楚当为文廷式、张謇等人。
光绪十六年，醇亲王去世。醇亲王死后，孙毓汶更加铁心依附于慈禧，荣禄也被启用为西安将军。孙毓汶与翁同龢是同榜及第，久为私交，此时却势若水火。孙毓汶对清流是深恶痛疾，大力予以打击。二人的分歧，在甲午中日战争之中更加激烈。
光绪二十年春，中日两国在朝鲜对峙，战争一触即发，清廷内部就战和与否存在着巨大的分歧。
正月初三（2月8日），李鸿章被赏三眼花翎，这是清代官员的最高荣誉，也是汉人大员中第一个得到的。当年施琅收复台湾，希望能赏给三眼花翎，最终未能如愿。
四月六日（5月10日），李鸿章从大沽口乘船前往旅顺阅兵，入船门时，帽上大珠被碰落。船刚开行，大风突起，将帅旗吹落海中，同行者均以此为不祥征兆。
此时中日两国在朝鲜对峙良久，日方则一心求战。
四月二十七日，日本参谋本部向日本天皇和内阁汇报：“中国士兵仅五分之三有步枪，一团中装备有十三种步枪。中国完全无准备，作战时机已到。”
对于清军斤两几何，李鸿章洞然于心，他始终主和，反对开战。军机处与总理衙门众大臣，初期与李鸿章观点一致，均认为不可轻易用兵。至五月中旬日军不断增兵朝鲜之后，朝中主战的呼声越来越高，此时光绪的态度已经明朗，即主战。
真正能决定战和走向的慈禧，却未明确表态，她尚在犹豫。此年是慈禧六十大寿，为了这场盛宴她已筹划了良久。她的内心极其矛盾，她自然不希望打仗，好快快乐乐、太太平平地庆祝自己的生日。在她的人生之中，四十大寿时碰上了日本入侵琉球，五十大寿碰上了中法战争，都被战争给搅黄了喜庆的气氛，她不希望六十大寿又被战事给影响。
可如果不打，国内的舆论没法交代，这岂不是坐实了太后挪用海军经费修颐和园吗？这让她如何母仪天下，面对国人？再者，如果能在战场上取胜，于大寿无疑是锦上添花，故而慈禧在战和之间摇摆不定。但她也划下了一道底线，即不论战和，都不能伤害大清国的面子。如果能给大清国赚够面子，那么打一打无妨。至于议和么，也不是不可以，只是“不准有示弱语”，即必须保证清国的面子。
六月十三日，备受慈禧宠幸的奕劻上奏，认为朝鲜之事，事关重大，必须集思广益，请派翁同龢、李鸿藻与军机大臣、总理衙门大臣会商。此奏当即被光绪批准，由此翁、李二人得以参与军机处决策。翁、李二人，此前已在军机处多年，入军机处会商军务也是轻车熟路。
甲午战争之中，翁同龢与李鸿藻结成联盟，共同主战。翁、李二人在诸多政治事件上观点一致，至于野史中所言二人政见相左，老死不相往来之类，纯属小说家想象。
六月十四日上午，李鸿藻、翁同龢一起到隆宗门内军机处值班房参与会商。自光绪十年甲申易枢后，二人已有十四年未曾再入此中。
甲午战前，中国乐观情绪洋溢，认为可以轻松击败日本，甚至连总税务司的赫德也认为日本不是中国对手。与军机大臣商议时，李鸿藻、翁同龢都力主增兵至朝鲜。光绪在召见军机大臣时大力主战，并称太后也主战。
此后几日，翁同龢、李鸿藻继续参与军机处议事。军机处中，孙毓汶、徐用仪二人大力主和。徐用仪虽入军机处不久，但与孙毓汶亦步亦趋，彼此援助。孙毓汶之所以主和，主要是迎合慈禧心意。徐用仪主持总理衙门多年，对日本有深刻了解。徐用仪认为：“东瀛方强，我师骄惰，未可轻敌”，主张通过外交谈判来解决中日分歧。
就在清廷内部分歧，两派尚在为战和口水大战之时，日本已在前方快速行动。六月二十一日，日军包围朝鲜王宫，并扶持傀儡主政。此时坐镇北洋的李鸿章，仍将希望寄托在俄国的外交调停上。对李鸿章消极备战，光绪极为愤怒，当日指责李鸿章，“命不得倚仗俄人”。
六月二十三日，日本海军击沉运送中国士兵的英国轮船高升号，当日清军在陆地上也与日军交火。开火之后，清军前方将领虚报战绩，称杀敌两千，让在后方的翁同龢等主战派闻讯大喜。
六月二十七日，军机处经过商议之后，拟定稿件，命李鸿章着手备战，但这不是宣战书。
七月初一，光绪正式下诏对日宣战。
七月十三日，御史安维峻弹劾全体军机大臣，认为孙毓汶、徐用仪尚能办点事，“余则般乐忘返”。
安维峻是甘肃人，左宗棠曾称赞他：“年少能文，器宇沈静，将来可望成一伟人。”作为清流之一，此次他以雷霆之势，发起攻击。安维峻上奏之前曾拜访过翁同龢，可以视为是在翁同龢授意下行事。翁同龢对军机处中的格局是相当不满，以此举逼迫其他军机大臣就战和表态。
七月十六日，珍妃的哥哥志锐上奏弹劾孙毓汶、徐用仪，奏折措词严苛，杀气腾腾，且择录其中几段：
“及皇上明诏下颁，赫然致讨，天下皆闻风思奋，孙毓汶独怏怏不乐，退有后言，若以皇上为少年喜事者。该大臣专愎性成，任性指挥，不顾后患。”
“秉政十年，专权自擅，在廷卿贰，无不受其牢笼，各省督抚，得其一书，至有相传为小圣旨之说者。”
徐用仪也被连带着被弹劾：“徐用仪起自章京，性情柔滑．事事仰承其（孙毓汶）意。”
这道奏折极其凶猛，将孙毓汶的专权自擅，对光绪的背后腹诽等事一一列出，并请将孙毓汶立刻赶出军机处，如此“朝政必有起色，军事必有转机。”
奏折递上后，光绪请示慈禧的意思。慈禧与奕劻会商后，对孙毓汶是大力维护，遂得无事。志锐、文廷式、安维峻都属翁同龢一党，以清流之弹劾功夫，而为翁同龢助阵。
七月十七日，翁同龢、李鸿藻到军机处看奏折，其中有曾广钧请用海军军舰做自杀性攻击的奏折。翁同龢看了后大为赞叹，认为“曾折甚壮，欲用之”。曾广钧是曾国藩次子曾纪鸿的长子，此时在翰林院担任编修，也是嘴上功夫过人。
孙毓汶、徐用仪认为海军军舰不是儿戏，岂能轻易乱用，对此折嗤之以鼻。当日军机处拟写谕旨时，孙毓汶、徐用仪看翁、李过来干涉，就消极怠工，不肯动笔。翁同龢毫不客气，召军机章京顾渔溪来写。
李鸿章这时被主战派所痛恨，清流遂抓住他生病的机会展开攻击。七月二十三日，志锐又请派大员到天津查看李鸿章病状，以早做准备，选出接任者，被军机大臣们给否决。当日翰林们出了个奇招，请刘永福带兵直捣琉球，逼迫日军回师救援，行围魏救赵之计。至于其他各种所谓的妙计也是层出不穷，甚至有人请以西藏金矿做抵押，从英国贷款买军舰攻击日本。
七月二十五日，主战派加大火力，围攻丁汝昌。当日翁同龢、李鸿藻在军机处与军机大臣大吵了一番。
主战派明白要直接除去李鸿章阻力太大，转而攻击其羽翼丁汝昌。翁、李二人主张将丁汝昌革职，军机大臣虽不同意，但拗不过二人。军机大臣额勒和布建议等李鸿章保举丁汝昌的接任者后再降旨，翁同龢又不同意，并恶语相向。孙毓汶反对明发上谕，主张电报告知即可，翁同龢又不同意。一直吵到中午，翁同龢还侃侃而谈，也不在乎军机大臣们对他怒目相向。
至于丁汝昌去职之后，由谁接替，主战派已有了合适人选。两天前，翁同龢在家中请山东巡抚李秉衡吃饭，赞美他为“伟人”，李秉衡被主战派视作接替丁汝昌不二人选。
七月二十六日，丁汝昌革职的奏折递上。慈禧对此却另有看法，让李鸿章先保举接替人选之后再议。李鸿章帮丁汝昌辩护，认为海军将才尚无出其右者。慈禧对李鸿章相当信赖，听从了他的建议，八月一日，令丁汝昌暂免处分。
八月初九，御史张仲炘弹劾李鸿章儿子李经方，称李经方在上海售米三千石给日本，又在日本订购煤三万石。进而指责李经方出使日本时，曾认明治天皇女儿为义女，并定为儿女亲家。更狠的是，奏折指责李鸿章在天津有“万寿前必议和之说”，直接逼迫慈禧表态。
八月十一日，御史们屡弹劾李鸿章不能成功，就转而攻击李鸿章的女婿张佩纶。御史端良弹劾张佩纶在李鸿章处干预公事。光绪将对李鸿章不满，发泄到了张佩纶身上，令李鸿章将其驱回原籍。李鸿章的亲信如盛宣怀、卫汝贵、张士珩等都被御史一一加以弹劾。
后方御史们以笔作刀，发动了系列凌厉的攻势，对前线的战局却无任何挽救。八月十六日，日军攻陷平壤，总兵左宝贵战死，叶志超、卫汝贵逃跑。八月十八日，北洋水师在大东沟与日本海军交战，致远、经远、扬威、超武四船被击沉。
八月十八日，当日军机处举行会商，李鸿藻认为李鸿章有心贻误战事，导致战局不利，应加以严办。张之万与李鸿章是同年，又是亲家，与李鸿藻激烈争执，大力回护李鸿章。
翁同龢也赞成李鸿藻的意见，认为李鸿章事事落后，自然是贻误战事。
军机大臣们争论不过二人，遂拟定处理意见：“一严议，一拔三眼花翎褫黄马褂。”
外人看来，此等处罚不足以动李鸿章分毫，实质却是对李鸿章的最大羞辱。三眼花翎是此年特别奖给李鸿藻，以表彰其三十年功劳，荣典空前绝后。黄马褂之赏，来于战功，太平天国战事结束后李鸿章才得此赏。此惩罚等于将李鸿章盖棺定论，将其一生功绩全部抹杀，可谓极其严厉。
八月二十七日，因前方战事失利，军机大臣集体辞职，被挽留。
战事的失败，又引出了翁同龢最不希望的局面，即慈禧重新出山。此前慈禧虽对中枢决策有影响力，但她一直在淡化自己的存在，不走上前台。至前线大败之后，慈禧走上前台训政。
八月二十八日，光绪、慈禧共同召见军机大臣并翁同龢、李鸿藻，此前慈禧已有五年未曾如此。
当天慈禧突然命翁同龢前往天津，面见李鸿章，让李鸿章设法请俄国同保朝鲜。此时电报在清廷中枢已是频繁使用，但慈禧却说“不能书廷寄，不能发电旨”，让主战派领袖翁同龢亲自前去天津，当面交待，摆明了是支持李鸿章议和。
翁同龢听了慈禧的指示后，反应极其强烈，当场抗拒，认为“此事有不可者五”，“叩头辞者再”。慈禧却不理他，坚持让他前去。翁同龢无奈，只能摆明态度：“臣为天子近臣，不敢以和局为举世唾骂也”，即自己可以去，但不代表自己支持议和。
受前往天津一事的冲击，本为当日的重头戏，起用恭亲王一事反而冷场。翁同龢与李鸿藻请求起用恭亲王时，慈禧反应冷淡，“虽不甚怒，而词气决绝。”慈禧心中对奕訢的疙瘩始终还是没能消除，她也知道御史们希望恭亲王复出，以增强主战派的力量。
