此时起用恭亲王的呼声日高，二十九日，五十七名翰林联合上书请求起用恭亲王。战争的背后，牵涉着敏感的人事斗争。光绪亲政以来，事事都被慈禧牵制，清流派倾向于光绪，此次遂借机鼓噪，请恭亲王复出，一则能牵制慈禧，二则能打压孙毓汶。
九月初二，翁同龢到天津。翁同龢，李鸿藻二人在日记中对此日的会面表述不一。
翁同龢记载，自己到天津后严厉指责李鸿章。李鸿章则惶恐地答道：“缓不济急，寡不敌众。”
随后翁同龢接连开炮，李鸿章则唯唯而已。翁同龢追问李鸿章如何应对蔓延至东北的战事，李鸿章回答：“奉天兵实不足恃，又鞭长莫及，此事真无把握。”
李鸿章的日记中则这样记载：“同龢见鸿章，即询问北洋兵舰，鸿章怒目相视，半响无一语，徐掉头曰：‘师傅主持度支（户部），平时请拨款辄驳诘，临事而问兵舰，兵舰果可恃乎？’同龢曰：‘计臣以撙节为尽职，事诚急，何不复请。’鸿章曰：‘政府疑我跋扈，台谏参我贪婪。我再哓晓不已，今日尚有李鸿章乎？’同龢语塞，归乃不敢言战。”
就在两人口水大战时，突然一封廷寄发到了天津，称俄使即将到天津，李鸿章会面后应将详细情形告诉翁同龢，由他回京复奏。
慈禧此举何其高明，她命翁同龢去天津见李鸿章，等于给主战派注水，稀释其浓度。翁同龢心中愤愤不平，到了天津之后难免要自作主张，又加发了个廷寄，以限制翁同龢手脚。至于让俄使到天津会晤，所谈的自然是议和，再由他回京复奏，也摆明了要压压翁同龢求战之心。
翁同龢离开京师后，九月初一，恭亲王复出。慈禧突然改变心意，起用恭亲王，原因在于当日翁同龢与她公开对抗。慈禧当时虽没有发作，但对翁已有成见，稍后改变心意，准许起用恭亲王，以制约翁同龢。
九月初二（10月6日）下午，孙毓汶、徐用仪一起拜访赫德。三人从下午四点谈到六点，孙、徐二人几乎痛哭流涕，讲述了自己的苦衷：“以前没人敢提倡议和，就是现在，如果议和的消息传出，北京那帮不明实情，又没有责任职守，只喜欢高谈阔论的人，仍会攻击主和派。”孙、徐二人认为现在继续作战毫无把握，和解才是最好的办法，并请赫德帮助联系英国出面调停。
九月初五，正在云贵担任总督的王文韶，被令迅速进京。让王文韶进京，也是慈禧在做人事布局。王文韶自从云南报销案离职之后，虽再被起用，但一直在外省任职，与京内牵扯较少。王文韶对慈禧一直比较忠心，当此危难之际，可以让他到京畿来效力。
眼看着慈禧生日将至，前线烽火四起，血流成河，后方的大臣们却在为了太后生日而操碎了心。九月二十五日是大臣们进献贡物的日子，虽然翁同龢在军机处表态，他绝不会进贡，并得到了众人一致认可。可每个人私下都准备好了礼物，送进了宫。翁同龢自己也置办了礼物，如期进贡。
谁敢让她老佛爷不高兴？
九月下旬，日军渡过鸭绿江，进入中国境内，同时在辽东半岛登陆。清廷龙兴之地被日军侵入，慈禧、光绪大为紧张，连日召见王公大臣商量对策。此时是打，还是和？打，马上就是慈禧生日。不打，日军已进攻中国，龙兴之地将处于日军直接威胁之下。
当日的局面，真是让所有人纠结，大臣们的共识就是“战难，和亦不易”。
慈禧的心思已经确定，必须尽快解决掉这场危机，好迎接自己的大寿，如此必须在人事上做出重大调整，以配合自己的步骤。
九月二十九日，步军统领福锟开缺，由西安将军荣禄继任。
十月初五，以恭亲王督办军务，所有统兵大员均归节制。
十月初六，翁同龢、李鸿藻、刚毅，授军机大臣。
军机处一下子补了三名大臣，只能在军机大臣值班房内额外再加上三张方凳。李鸿藻腿不好，在军机处中以久坐方凳为苦。张之洞得悉后，特意从江南请了名医陈莲舫来京帮他治疗，却未能痊愈。
十月初九，英国公使欧格讷向奕訢提出两点条件，一是朝鲜为各国保护国，二是须向日本给付军费。次日，在军机处商量时，孙、徐力挺英国的建议，认为“不如此，不能保陪都，护山陵。”
再入军机处的翁同龢、李鸿藻则全力反对，认为应该等等，与俄国人再商量。
当日慈禧召见军机大臣，认为第一条可以允许，第二条“可商”。翁、李则不同意，认为：“欧使可恶，且所索究竟多少？”认为如果日本开的价码太高，终归还是要战，应该从速调兵备战。
慈禧听了二人的话后就改口道：“若（索赔）多仍不允”。
孙、徐二人一听就急了，一起抗议，认为“不如是，则沈阳可危矣。”
最后决定，同意向日本赔款。对日议和赔款的消息传出后，孙、徐二人立刻成为舆论声讨的对象，并被痛骂为“奸邪”、“内奸”、“汉奸”。
慈禧之所以同意赔款议和，因为明天是她的生日。
太后的寿辰极为隆重，有“前三后四”之说，一共七日，称“花衣期”。看着热闹非凡的庆典场面，喧嚣的焰火，主战派们是心如刀绞，此时前方不断的败绩传到，也让慈禧的寿辰扫兴不少。在慈禧许可之下，孙毓汶、徐用仪开始联系李鸿章，准备议和。
十月十九日，额勒和布、张之万退出军机处。
此二老在军机处多年，只是伴食，且二人与李鸿章有着诸多联系，让二人退出军机处，可以安抚下躁动不已的主战派。二人退出军机处的消息传出后，果然主战派欢声雷动。
受到鼓舞，十月二十二日，御史王鹏运弹劾孙、徐二人，认为二人“辜恩误国”，追问二人一味议和，是何居心。
二十三日，吏部尚书徐桐弹劾孙、徐，请将二人严惩以振奋军威。
二十四日，江南道御史钟德祥瑞弹劾孙、徐，认为二人“通夷纵敌，私己害公”，应该先将他们除去，才能平定倭寇。由于慈禧回护，这些弹劾也不了了之。
主战派们眼中的头号大敌，李鸿章也连带着被打压，以安抚主战派们。十月二十四日，李鸿章被免去直隶总督职务，摘去顶戴，暂时留任，待王文韶前来接任。
外廷围绕战和展开大战的同时，内廷也爆发了冲突，冲突的当事方是慈禧与珍妃、谨妃。
十月二十九日，二妃被褫（chǐ）夺贵妃封号，降为贵人。此次珍妃被慈禧责备，有各种说法。其中一说认为，慈禧六十寿辰时，福州将军出缺，皇后隆裕想帮她舅舅谋得这个职位，托珍妃向光绪进言，珍妃没有理睬她。隆裕自恃受慈禧宠爱，以“大不敬”罪名在慈禧面前弹劾珍妃。慈禧遂召见珍妃，命太监掌责之。珍妃性格刚强，这点颇像慈禧，被羞辱之后，与慈禧大闹。慈禧发怒，将其封号褫去。几日之后，慈禧怒气渐消，赏赐给珍妃八盒食物，作为安慰。
主战派对于慈禧阻挠战事，力挺李鸿章、孙毓汶等主和派，向来愤懑于心，只是不敢发作。此此二妃被贬，却让主战的清流大受刺激。
婆婆与媳妇闹矛盾，这本是皇室的家事，但当此战和之际，惩戒二妃，实若杀鸡儆猴，警告光绪及清流。清流不敢直指慈禧，遂以其亲信开刀。
在二妃获罪的次日（十一月初一），文廷式上奏弹劾慈禧亲信孙毓汶，对其人格大加攻击：“孙毓汶纨绔庸才，自其少时，酗酒纵博，为乡人所不齿。”又称其生活腐败，欺蒙君上，与李鸿章勾结，揽权谋和，请诛杀以振朝纲。
奏折上去之后，慈禧大为不满，光绪看了也大怒。文廷式在敏感时期上此奏，不啻激化皇帝与太后的矛盾，离间之意过于明显，故而光绪温言安慰孙毓汶。
十一月初三，又有御史弹劾军机大臣在二妃落难时明哲保身，“唯阿取容，无所匡救”。孙毓汶乘机报复，称清流结党陷害，夙习已然。
文廷式等人弹劾孙毓汶不成，反而让慈禧心生警惕。宫中之事本属皇室家事，现在被扯进朝廷，其中所包含的权力之争业已明朗。慈禧遂令正在外招募团练的珍妃哥哥志锐立刻回京，好加以控制，又命自己的亲弟弟，皇后的父亲桂祥带领神机营四队回京。
十一月初六，慈禧突然转变，要与日本开战。
慈禧转变态度，原因是中国全权大臣张荫桓、邵友濂赴日谈判，竟然被日本拒绝，这大大地伤了天朝的面子。当日慈禧愤懑不已，认为“势难迁就”，预备撤使回国，以免受辱。日本人不想与张荫桓谈判的真正原因，因为他熟悉外交，谈判时必然能降低日本的要价。
对再开战，恭亲王、孙毓汶、徐用仪都表示反对。因为此时中国请美国出面帮调停，突然又要开打，等于不给美国人能面子，今后谁再帮你调停。
故而三人认为“宜留此线路，不可拒绝”，不然则美国“无体面”。
慈禧却反驳道：“若尔，中国体面安在？”
十一月初八，当日慈禧做了系列大动作，令恭亲王担任军机大臣，将满汉书房撤掉，打发志锐到新疆。撤掉满汉书房，可以减少翁同龢与光绪独处的机会，降低其对光绪的影响力。将志锐弄去新疆，也是打压下光绪。同时以刘坤一代替李鸿章，指挥关内外各军。
主战派对恭亲王寄予了厚望，希望他能控制军机处，进而积极备战。不想恭亲王此时年迈，体弱多病，再无当年的雄风，与军机大臣们又不熟悉，因循守旧，哪里还有心思整军备战，只想早日议和，安享太平。
十二月初二，安维峻上了个奏折，可谓是惊天动地。他在奏折中指出：“又谓和议出于皇太后，太监李莲英实左右之，此等市井之徒，臣未敢深信，何者？皇太后既归政皇上，若仍事事牵制，将何以上对祖宗，下对天下臣民乎？”
此奏毫不留情，指责慈禧一味主和，牵制光绪，并暗指慈禧宠信李莲英祸国。奏折递上后，慈禧气了半死，又不好出面回应。光绪看了奏折也是大怒，将安维峻发配军台了事。恭亲王病愈回军机处后，就此奏责备军机同僚：“此等奏折，归档了事，何必理会，诸公是否欲成此人之名？”
安维峻果然由此奏声名大噪，名震中外，还未出京时造访者就络绎不绝。至出京时送行者充塞于途，有送钱的、有送物品的、有送文章的，大侠王五则一路护送他到张家口。安维峻性情刚烈，每上奏时，都抱定拼死一击的决心，但血性之下，意气纵横，所奏所劾，多有脱离时局现实之感。后来安维峻至京师大学堂教书时，学生们发现他已没有了当年的血气。
刘坤一
十二月二十一日，刘坤一出京前往山海关，慈禧召见时，提及安维峻此事，仍然怒不可遏，认为安维峻是在挑拨母子，并数度落泪。刘坤一出发时相当乐观，称“金鼓一震，日本心胆俱碎”，结果却连遭败绩，狼狈奔逃。当时士人嘲讽他道：“中东一役，狼狈颠簸之状，闻者喷饭。”
十二月二十五日，日军在山东登陆，被翁同龢赞誉为“伟人”的李秉衡在前方也是连遭败绩。翁同龢此时，只能无奈地仰天长叹奈何奈何。
十二月二十六日，王文韶到京，担任北洋大臣，主战派希望能以王文韶取代李鸿章。然而中枢的人事调整，对于前方战局并无帮助。号称能战的是宋庆毅军，在前方接连溃败。宋庆毅军由中枢直接调度指挥，不经李鸿章之手，此时一败，再无可依仗之军力。
被寄予厚望的将领们一个个都失魂落魄地败阵而逃，主战派们却不甘心，建议迁都再战。慈禧也没有了主见，“令顺天府备车二千辆，骡八百头”，准备出逃，只是“终未成行”。孙毓汶力主和议，翁同龢等则主张迁都再战，两派在朝会时激烈争辩。
孙毓汶认为要议和则必须割地，并认为不割地则不能议和，不议和则不能保陪都、护山陵。
主战派大臣听了后一片哗然，认为他是危言耸听，请求将“乞和奸邪”孙毓汶立即罢免。孙毓汶丝毫不惧，面对主战的光绪帝，他毫不客气，口水直喷地指责光绪是“少年喜事者”，又劝告道：“那个战字不要提了”，将光绪气得半死，可前方的败绩让他却又无法驳斥孙毓汶。
光绪二十一年正月十八日，刘公岛失陷。正月三十日，宋庆毅军大败于太平山。二月初八日吴大澂军大败于牛庄。当清军在战场上连遭败绩之后，翁同龢、李鸿藻等主战派仍不肯认输，上朝时对光绪痛哭流涕，请与日本血战到底。
至清军彻底战败之后，清廷不得不与日本进行谈判。依照职务，本该由翁同龢出马议和，但翁同龢不耻于此。清廷遂赏还李鸿章三眼花翎及黄马甲，授为全权大臣，前往日本议和。
光绪二十一年二月十九日，李鸿章前往日本议和。二十三日抵达日本马关，二十四日开始谈判。二十五日，日本提出了苛刻的停战条件，要求军事占领大沽口、山海关、天津三地，并限三天答复。伊藤博文甚至说：“此约惟有可否二字。”面对日本的蛮横，李鸿章坚决拒绝，这激怒了日本国内的极右分子。
狂热的日本浪人小山丰太郎见中国战败之后前来求和，却又不肯接受日本的条件，遂决定刺杀李鸿章。二十八日（3月24日），李鸿章乘轿前往谈判地点春帆楼，李鸿章着天鹅绒上衣，戴金丝眼镜。谈判进行了一个半小时之后，李鸿章原路返回，途中挤满了围观的日本民众。行到一处杂货铺时，小山丰太郎冲出，从正面对着李鸿章轿子开枪，李鸿章左颊被击中，随后被日本警察护送回寓所。
小山丰太郎不久被日本警察捕获，判了无期徒刑。在法庭上，小山称日本如果放弃占领北京，这将是日本的耻辱。小山丰太郎被判刑时不过二十七岁，在狱中几十年，至六十余岁时被特赦。时李鸿章后裔李国超寄居日本，小山求见。相见时回顾前尘，唏嘘不已，这是后话了。
李鸿章被刺后侥幸未死，却由此摆脱了外交上的被动局面。李鸿章被刺后，国际舆论一转而为同情中国。不得已之下，日本只好放弃了占领天津等地的要求，转而要求赔款两亿两，割让台澎及辽东。
此时中枢态度也发生变化，倾向于议和的恭亲王卧床不起。翁同龢虽极力主战，却无法影响慈禧与恭亲王。
三月二十八日，中枢指示李鸿章签约，并称“倘事至无可再商，应由该大臣一面电闻，一面即可与订约。该大臣接奉此旨，更可放心争论，无虞决裂矣。”三月二十三日，双方在草约上签字，并议定四月十四日在烟台换约。
《马关条约》签署后，清廷在内阁大堂上宣读上谕，王公大臣、六部九卿齐集。听到条约中赔款二万万两的时，李鸿藻放声大哭，李的得意门生汪鸣銮也跟着大哭，如丧考妣。
议和成功之后，李鸿章返回天津，将事情奏报完毕后，请假二十日养伤。就在李鸿章归国的当天，徐用仪在街上遇刺，一人用火枪向他乘坐的轿子射击，子弹击穿了轿子玻璃，碎玻璃将徐用仪的脸划破，但没有被子弹击中。
此时京师内又起了变化，主战派再据上风。
却说三月十九日，和约条款在京师内传开之后，一时间反对声大起，各地纷纷发电，坚决反对签署和约。此年恰逢会试，聚集在京的各省举人也联名发出公车上书，反对和约。一时间废约开战之声，遍布朝野，为前所未有。
受此鼓励，翁同龢更在军机处与孙毓汶等大臣激辩，“入对时，不免激愤”。此时国际形势也发生变化，英法德三国不满日本扩张，开始与日本交涉，逼迫其归还辽东。在等待三国干涉消息的同时，朝野上下主战者益多，力陈整军再战。
在召见军机大臣时，光绪也想废约再战。孙毓汶又跳出来告诫皇帝：“战万无把握，而和则确有把握”，又言“和约已双方议定，毁约有丧国体”。
此时距离四月十四日换约之期将近，光绪没法把握，就在四月初一致电前线统帅刘坤一、王文韶，询问有无取胜把握。
四月初三日，刘、王二人紧急至唐山会晤。
此时由于暴风雨，北京至天津的电报线路被阻断（当日电报为有线）。
延至四月初六日，刘、王二人复电至。
刘坤一在复电中先是慷慨激扬地谈了一番，认为可以与日军一战，之后却笔锋一转，称“‘持久’二字实为现在制倭要著”。至于能否取胜，他没有回答，最后义愤填膺地表了决心，“必欲决一死战”。刘坤一这个回电，表明上看是在主战，但实际上却是主和，因为他并没有给光绪保证，开战后必定能取胜。且他突出“持久”二字，潜台词是，一旦开战，将旷日持久。
王文韶的复电送到军机处时，翁同龢、李鸿藻、孙毓汶在座。看了电报之后，孙毓汶大笑道：“我说如何？”翁、李二人则相对失色，再无一言。
孙大笑，翁、李失色，在于王文韶表示不可再战。
王文韶是文字高手，在电报中先表示，前方将领声称可以一战，各地也有可用之将，不过“究竟是否可靠，臣实不敢臆断。”随后他又将皮球踢给中枢，“事关全局安危，请饬军机处、督办军机处、总理衙门通盘筹议，请旨定夺。”此外，在另一封电报中，王文韶报告了天津遭遇海啸的情况。
四月初七（5月1日），王文韶再发电报，详细报告了灾情。天津突然爆发海啸，受灾严重，天津驻军也被水淹，军械营房都狼藉一片，根本不能指望军队再去打仗。王文韶认为：“事已至此，不宜再等，如再延误，和议不成，恐兵连祸接，疲兵再战，后果不堪设想。”
此时距离四月十四日虽还有几日，从北京到烟台至少需要四五天，故而必须在四月初八前作出决定。
被寄托了较大希望的俄法德三国干涉，却一直没有准确消息。清廷一度想再延缓十数日，待各国干涉之后再行换约。孙毓汶催促光绪早日批准和约，与翁同龢、李鸿藻每日在军机处吵架，“声彻户外”，双方都咬牙切齿，攘袂扼腕，几乎欲动手肉搏。
四月初八日，孙毓汶以天津海啸为由，捧着合约催促光绪立刻批准，徐用仪则在一旁附和。光绪犹豫良久，“绕殿急步约时许，乃顿足流涕”，最终大哭着签署了和约。
换约专使伍廷芳等人离开北京后，三国干涉还辽方有消息出来。三国要求日本归还辽东半岛，不得保留旅大港口。翁同龢认为这是机会，可以借此照会日本，暂缓换约。孙毓汶、徐用仪等人坚决不赞成，双方又是一番冲突。
十三日，最终确定暂缓换约，并请李鸿章电告在烟台的专使，也请美国公使转告日本。
至十四日，徐用仪得到德国公使意见，督促如期换约。俄国外交部表示：“已经明告，则中国换约大臣自能办理。”无奈之下，清廷遂在四月十四日十时，最终换约。
孙毓汶力主签署和议，被清流所不满。孙毓汶的门生文廷式等人，聚集到孙毓汶府外，吵着要拿回门生帖，断绝师生关系。《马关条约》签署之后，五月初四，孙毓汶申请了一个月的假期养病。孙毓汶倒不是装病，翁同龢记载了他的病情“乳核兼脱肛”。假期满之后，孙毓汶又再申请开缺，光绪假惺惺地表态挽留，并再给了他一个月假期。至六月初五，孙毓汶假满后，再次申请开缺，此次光绪再未挽留，遂退出军机处。
孙毓汶不在军机处，徐用仪成为众矢之的，舆论纷纷指责他卖国，“今日政府之所谓害马与污秽者，孙毓汶外，则为徐用仪。”御史们接连上奏弹劾徐用仪，称他贪赃枉法，惟洋人之命是从，品格低下。但徐用仪为官清廉，却无贪污是之举。
康有为在年谱中认为孙毓汶离开军机处之后，徐用仪仍继续与翁同龢作梗，但实际情况并不如此。孙毓汶走后，徐用仪在军机处与翁同龢大吵了两次。徐用仪为此请假十二天养病，翁同龢反思之后，知道是自己的过错，遂拜访孙毓汶，请帮忙修补双方关系。
光绪对徐用仪是深恶痛疾。六月十一日，就御史弹劾徐用仪的奏折，光绪召见恭亲王、翁同龢、李鸿澡商量。光绪对徐用仪极为不满，必欲将之赶出军机处，恭亲王与李鸿藻一起帮徐用仪辩护，称他“实无劣迹”，翁同龢也帮着徐用仪说话，认为他虽有过错，却不是故意。
光绪仍然大怒不止，让徐用仪暂时不要入值，待请示慈禧后再做决定。在征得慈禧同意之后，六月十六日，徐用仪被赶出军机处，此时距离孙毓汶离开军机处不过十日。徐用仪被赶出军机处后，并不为自己的主和态度后悔，反而认为：“出兵浪战，卒至一蹶不振。各国从此藐视我中国。”
孙毓汶、徐用仪退出军机处后，以刚毅、钱应溥补入。此期间颇有意思的一项任命是，翁同龢、李鸿藻二人奉命进入总理衙门。这两个清流领袖一直对与洋人打交道心存芥蒂，故而恭亲王推荐他们入总理衙门，让他们也尝尝办理外交的苦。翁同龢对此任命虽极其不爽，也无法推却。
甲午中日战争的失败，清流有着不可推卸的责任。在晚清，面对着前所未有的巨变，顺应时代潮流，及时变法图强，方是救国图强之上策。但在当日，却有一批出身翰林的清流，本着对传统的眷恋，对天朝大国的痴迷，横空出世，议论时事。同治、光绪年间，清流势力强大，控制朝野舆论，一时尊王攘夷之论弥漫于全国。懂外交、熟悉国际事务，对外持理性态度的人，常被清流攻击为汉奸。清流势力既盛，挟持其虚妄骄横之气，煽动无识之徒为后盾，竟至于能左右清廷之大政方针。“朝廷于和战之计，往往为之劫持，实数十年来外交失败之原因。”
光绪二十一年（1895）秋，翰林院学士六十八人联名弹劾李鸿章，称其昏庸误国。光绪对李鸿章也恨的咬牙切齿，发誓将永不予他以实权。随后李鸿章被剥去专折奏事的特权，此时他只剩下一个协办大学士的虚名。被开去直隶总督等实职后，李鸿章枯住京师贤良祠。
甲午战后，军机处发生变化。新补入的军机大臣钱应溥，曾在曾国藩幕府中效力，又在军机处中担任军机章京，与翁同龢交好。刚毅则是翁同龢一手提拔上来的，虽然异日他狠狠地给了翁同龢一刀，但此时军机处中，翁同龢占据了主导地位。
此次战事中，光绪第一次违背慈禧意愿，请削减颐和园工程费用，以充军费。慈禧虽然不悦，还是答应了光绪的请求。黄海海战失败后，光绪仍然一意主战，认为寒冬三月，日军畏寒，正是进兵之时，如果停战，实在误事。但最后的结果却让光绪失望，大清在海洋和陆地相续遭遇挫败。
战败之后，翁同龢记道：“无所补救，不绝涕泗横集也”，光绪则“宵旰彷惶，临朝痛哭。”一向被中国视为“虾夷”的小邦日本，却在陆地，击败了大清国久经战阵的陆军；在海洋，击败了倾举国之国力而打造的北洋水师。
“不欲为亡国之主”的光绪也认识到“非变法不足以救中国”。变法的风潮已经兴起，而未来的政局走向，却是谁也无法预测的。
戊戌四章京
光绪外表文静，据宫女们回忆，他文静的背后却隐藏着另外一面。他时而大发雷霆，喜怒无常，他手下的太监都不敢亲近他。他时常夜间不睡，半夜三更起来批阅奏折，遇到不顺心的事情就拍桌子大骂混帐。他既胆小，又任性。
到了光绪二十四年（1898），光绪皇帝突然下定决心，推行变法，“志意之坚定勇锐，宫中诸人极为惊骇”。
甲午战后，康有为上万言书，力言变法不可缓。光绪也认为变法迫在眉睫，时翁同龢辅政，也赞成变法。御使杨深秀、侍读徐致靖等也相续上书，请求明定国是。光绪二十一年（1895），康有为联合十八省举人，发动公车上书，请求变法，得到翁同龢支持和光绪赞同，此后一些变革开始出现。
光绪二十二年（1896）正月廿九，光绪下令设置官书局，翻译各国书籍报刊。二月初八，准民间募集股份采矿。二月十五，设置官邮政局，由英国人赫德直接管理，又拟加入在瑞士的万国邮政工会。二月十七日，光绪命各省鼓励开矿。
这些行动遭到慈禧的阻击。二月廿五，在慈禧逼迫下，光绪亲信，翰林院侍读学士文廷式被革职永不叙用。至四月，慈禧亲信荣禄被任命为协办大学士，怀塔布为礼部尚书，刚毅为工部尚书。怀塔布是慈禧内侄，少年时与刚毅同学，二人为莫逆之交。
奕訢、李鸿藻、翁同龢再入军机之后，李鸿藻与奕訢走的近，不时说：“没有恭邸，就没有今日的局面。”年迈之后，恭亲王、李鸿藻已忘却了早年的政争，相顾白头，彼此唏嘘，交情反见深厚。
李鸿藻的盟兄弟荣禄，从西安将军任上被起用，担任步军统领，不久授内阁大学士，参与机要。荣禄早年被翁同龢捅了一刀，赋闲在家多年，此次被起用之后，一直想报当年的仇。李鸿藻年纪一大，再无当年的火气，开始做起和事佬，屡屡帮二人周旋，也请恭亲王帮做工作。恭亲王不喜翁同龢，看在李鸿藻面子上，就劝告荣禄：“国家多故，对外对内，均须驾轻就熟，方好应付。用人惟旧，不宜更张。”有奕訢、李鸿藻在，荣禄还不好公开对翁同龢下手。
光绪二十三年（1897）年，李鸿藻患重病，精神颓废，行走困难，遂在家中养病，至六月二十五日病故。李鸿藻逝世后，恭亲王已是重病缠身，不能亲自前去祭奠，在家大哭着说：“又少一个为国家办事的人。”
李鸿藻病故之后，慈禧想再次启用孙毓汶。八月慈禧曾让太监去打探孙毓汶的身体状况，孙毓汶此时年迈，不想出山，就将袜子脱了，展示自己腿脚不便，又称自己腹泻。翁同龢等人对于孙毓汶是否再次出山，也是极为关注，“此公一出，天下事未可知也。”
孙毓汶最终没有出山，不久在京病逝，死前留下遗折称：“光绪十年，蒙皇太后特达之知，奉旨在军机大臣上行走。”
“特达之知”，一般都是向皇帝表达感激。遗折只提皇太后，不提皇上，可见孙毓汶对光绪的不屑，对慈禧的无限感恩。
李鸿藻灵柩回原籍时，翁同龢一直送到彰仪门外，沿途挥泪不止。二人在京几十年，彼此义气相投，虽有分歧争执，在大事上多能达成共识，同进同退，并在很多时候帮助翁同龢打圆场。
此间康有为连续上书，请求变法。至光绪二十四年（1898）正月，光绪想召见康有为，但被恭亲王奕訢所阻，遂命五大臣召康有为到总署，询问天下大计。
正月初三，翁同龢、李鸿章、荣禄五人参与了问话。康有为根据光绪的意见，写了《上清帝第六书》，提出三条建议：“诏定国是，设上书所于午门，设制度局于内廷。”
制度局之设，在军机处中的守旧者看来“是废我军机也”。此上书在奕訢手中被压了四十天，才送到光绪手中。
至四月，恭亲王奕訢去世。奕訢虽不支持变法，但在帝党与后党，南党与北党之间，扮演了缓冲的角色。在很多时候，他常偏向于光绪，所有帝党认为他“虽无识，不知改革，尚知大义。”光绪听得奕訢死讯后，当场“嗷然而哭”，翁同龢等人“亦不觉失声”。
恭亲王一死，双方失去了缓冲，斗争也激烈起来。奕訢死后，刚毅成为首席军机大臣，“后党气焰日炽”，而此时光绪变法的决心也已不可逆转。
四月二十三日，光绪下明定国是诏，开始维新变法。
四月二十七日，翁同龢开缺回原籍。
据梁启超在《戊戌政变记》中记载，翁同龢之去职，乃是慈禧所逼迫，“翁同龢一去，皇上之股肱顿失矣。”康有为则认为，驱逐翁同龢，命荣禄为直隶总督，统领三军，已是慈禧发动政变的前奏。苏继祖则云，慈禧下令罢免翁同龢后，“皇上惊魂万里，涕泪千行，竟日不食。”
这些记述都是赞成变法一方的说法。
翁同龢举荐康有为，本意是引为外援，增强自己的势力，同时适度进行变革。但没想康有为却要大刀阔斧地进行改革，而这些改革措施，在翁同龢看来过于激烈而难以接受。《翁同龢日记》中记载，此年年初，“康有为到署高谈时局，以变法为主，立制度局、新政局、练民兵、开铁路，广借洋债数大端。”
谈话结束后，翁同龢在日记中对康有为评道：“狂甚。”
康有为一方面主张大借洋债，撤销原有官制，学西方；另一方面，在《孔子改制考》中，康有为认为六经系孔子所撰，将孔子描绘为托古改制的伟大改革者。《孔子改制考》对当时社会的冲击，如火山喷发一般。而翁同龢则主张中体西用，“西法不可不讲，圣贤义理之学尤不可忘。”
四月初七日，光绪向翁同龢索取康有为所进书。翁同龢回复称，与康有为已不来往。光绪大为惊讶，问为何如此，翁同龢答：“此人居心叵测。”光绪问此前为何不早说，翁同龢答，最近才看到他的《孔子改制考》。
次日，光绪又向翁同龢索要康有为所进书，翁同龢照样回答，光绪大怒。翁同龢遂建议由总署递呈，光绪则坚持由张萌恒呈交。此后，因为会见德国亲王时的礼制问题，光绪与翁同龢爆发激烈争执，以至于光绪在朝会上严厉斥责翁同龢。翁同龢遂消极抗议，四月廿五日以看折子为由，不参加朝会。
在变法开始后，翁同龢突然转向，开始消极对待变法。而年轻气盛的光绪，此时已决意全力进行变法，不想被束缚手脚，于是将伴随自己多年的师傅翁同龢开缺。光绪之一生，与他最亲近的就是翁同龢，翁同龢自光绪六岁时做他师傅，一直到光绪二十四年，前后二十二年。不想到了戊戌变法时，二人竟生出龃龉。吊诡的是，此年新科状元的名字竟然是夏同龢。
翁同龢开缺发生得过于突然，就连号为“光绪亲信第一”的户部左侍郎、总署大臣张荫桓也颇感意外。这一天张荫桓也在颐和园，直至午初，军机章京凌福彭、军机大臣廖寿恒来访后，方得知翁同龢开缺消息。这让他惊骇不已，急忙“往晤常熟(翁同龢)，并询庆邸(奕劻)。”
翁同龢去职之后，独坐观雨，回首往事，一生沉浮，无限感慨。
翁同龢开缺，慈禧的态度也值得注意。慈禧与翁同龢几十年交往，关系一直比较融洽，但在甲午战后，两人有所摩擦。光绪二十三年慈禧万寿节，慈禧命户部准备拨款百万搭排云殿彩棚。翁同龢此时担任户部尚书，以国库紧张为由，拒绝拨款，导致慈禧怒甚。戊戌年，奕劻、刚毅等人也在慈禧面前不断挑拨，使慈禧益加厌恶翁同龢。此次光绪将翁同龢开缺，正合了慈禧心意。
李鸿藻、奕訢相继去世，翁同龢离职，军机处此年补了五名军机大臣。二月份廖寿恒入直，五月王文韶入直，裕禄五月入直，荣禄八月入直，启秀十一月入直。此年军机大臣中经历了人事变动，军机章京中也发生了巨变，乃至导致了一场政变。
变法的最高潮在七月来临。
七月十九日，光绪未征询慈禧意见，解除礼部六堂官职务。此时引发许多人不安，“举朝震撼”。光绪要变法，军机大臣王文韶坚决不同意，一直围着光绪啰嗦。光绪听得烦躁了，恰好有砚台在手边，拿起来就砸向王文韶，所幸没有击中。王文韶溜出宫后，立刻跑去颐和园找慈禧告状。
七月二十日，光绪未征询慈禧意见，直接任命杨锐、谭嗣同、刘光第、林旭等四名力主变法者为军机处章京，参与新政。四人之中，杨锐四十四岁，刘光第三十九岁，谭嗣同三十四岁，林旭二十四岁。
谭嗣同，湖南人，江苏候补知府。
林旭，福建人，内阁中书。
杨锐，四川人，内阁侍读。
刘光第，四川人，刑部主事。
此四名章京的任命书中，明言其职责是“参预新政事宜”，四人并未在原有的军机章京中排班，而是单独开来，轮流值班。杨、林为一班，刘、谭为一班。
谭嗣同等四名军机章京，专门处理“司员士民”及各种上书，这导致了军机处历史上一个前所未有的改变。以往的文书处理流程是，先将奏折送给皇帝朱批，再发给军机处拟旨。此时四章京处理“司员士民”的上书，则事先签拟，提出意见，然后奏报皇帝，即他们具有自己的独立性，这是军机大臣所没有的权力。
此后光绪所批阅的奏章条陈，就是四章京事先阅看过的东西。新政的谕旨，也由四名章京拟定。军机大臣除了每日例行公事之外，就新政不能赞置一词，于是均忿忿不平，不满于四名军机章京。
四章京之间也存在分歧，杨锐与林旭、谭嗣同关系紧张。杨锐在给弟弟的信中指出谭嗣同与康有为关系最铁，到了军机处之后尚能安静。林旭则事事取巧，文书工作中常有不妥当之处，被杨锐逼着更改。有时林旭甚至被杨锐晚上拉倒家中教训，时间一长，彼此不相能。
杨锐一度表达了退意：“今甫数日，既已如此，久更何能相处？拟得便即抽身而退。”
林旭则年少气盛，被任命为军机章京之后，拉了朋友到台基厂饮酒庆贺，酒酣之后，自我吹嘘道：“相士曾说我活不过三十，如果活到三十当为军机大臣。我一直以为是瞎说八道，本朝还没有黑头发即为宰相者。今日看来，如果活到三十岁，其言当验。”林旭还跑到郑孝胥处，辩解礼部六堂官的罢免与自己无关。林旭走后，郑孝胥嗤之以鼻道：“阴若辩解，意实招摇。”
四人之中，刘光第性格内向，从不饮酒，也不看戏，很少参与应酬活动。刘光第对军机章京的职位也不是特别热心，他不喜欢政争，对所谓新党、旧党，帝党、后党之分感到寒心。在军机处，他一度试图调和双方矛盾，“意欲潜移默化，实稳健者流。”
光绪将新政的奏折都发给四章京处理，刘光第对此表示忧虑，担心激化矛盾，遇到要事他仍然和军机大臣商量，并建议光绪不要剥夺军机大臣之权。光绪准备越级提拔刘光第及杨锐，也被刘光第推辞，其用意自然是怕激起军机处同仁嫉妒。
入军机处之后，贫寒的刘光第发现自己的日子越发难过，用度日紧。首先是房子问题，刘光第囊中羞涩，连城外的房子也租不起。每隔数日要到颐和园上班，骑骡子不行，又要买马。冬日里还要添置皮衣，军机章京要面子，皮衣一定要买要狐皮的。刘光第不收陋规，碰到军机大臣们的过生日、升职，太监索要钱财他也不给，反正没钱。
谭嗣同个性强硬，血气十足，是四章京中最富冲进与斗志的。在军机处，他与杨锐不和，认为杨锐为人跋扈，“媚旧党而排南海”。至于刘光第，“虽不奋发，而心无他。”
新提拔的四名“新政”军机章京不和，与军机处中的其他军机章京，又有矛盾。新入的章京，惯例是要到军机大臣宅中拜谒，然后才可当差。四名“新政”章京自以为是皇帝特旨任命，也不去拜谒军机大臣就直接上班。军机章京办公处即所谓的南屋，五间值班房，两间为汉军机章京，两间为满军机章京，中间则为仆役纸匠。房内狭窄，桌子很少，到处都堆满了文件。
四人先是想到汉军机章京屋内办公，不想汉军机章京们嘲讽道：“我辈系办旧政者。”于是又去满军机章京处，又被满军机章京赶出来：“我辈满股，君何为搀杂？”谭嗣同、林锐当场发火，经过军机大臣调解，就在中间的屋子里设置了办公桌办公。
“四卿中（谭嗣）同、（林）旭均康有为弟子，意气尤甚。”一日，林旭拟就一篇谕旨，让满领班军机章京继昌找人缮写。不想继昌却一口回绝，称“章京拟旨，例均自缮，无人代书。”
林旭到底年轻，火气十足，当场厉声道：“今日非令汝代书不可。”
继昌也回击道：“无论如何，我决无为汝代书之理，汝未免欺人太甚。”
两人闹得不可开交，就一起去找军机大臣裁示。继昌本以为自己有理，军机大臣必然会站在自己一边。不想军机大臣都不敢做主，彼此相顾良久，裕禄以调解人面目对继昌道：“老哥是本处老手，公事既熟，书法又好。林旭到军机处未久，所以要仰仗老哥。此件是紧要谕旨，理当郑重，还是请老哥偏劳，替他写一次吧。”继昌无奈，遂含恨缮写。
军机章京之中，也有倾向于新政的，其中代表人物如郭之全、陈炽。郭之全是河南信阳人，光绪十二年考取军机章京，光绪二十年升四品衔后，担任汉领班军机章京。甲午战败之后，郭之全参与了签名反对批准《马关条约》。郭之全与谭嗣同关系最睦，在军机处中对新来的四章京，当有所照顾。
七月二十三日，光绪下旨，要裁撤中央、地方冗员及重叠的行政机构。此上谕极其严厉，要求一个月内将冗员全部撤掉，一时之间，官场上人人自危。京师官场之中，被裁撤的闲散衙门就有十余处，连带的失业者有上万人，朝野震撼。许多满人因此将丢掉饭碗，出于不满，遂主动罢工，一哄而散。翰林们也岌岌可危，恽毓鼎就担心翰林院被撤，每日里和同僚一起发牢骚，并表示如果真被撤掉，就要抱圣贤遗书，浪迹天涯。
七月二十七日，有湖南举人曾廉，上书弹劾康有为、梁启超，认为二人以民权、平等之说蛊惑人心，请斩二人。光绪看了上书后，唯恐让慈禧看到，导致不必要的麻烦，就交给军机大臣裕禄处理，并让谭嗣同逐条驳斥。谭嗣同列好了批驳文章之后，又以毁谤新政罪请杀曾廉，却被光绪否决，认为自己正在广开言路之际，怎么能因言治罪。
此日，谭嗣同受命草拟开设懋勤殿的谕旨。康有为等人的打算是，如果能开设懋勤殿，将在军机处之外出现一个只对光绪负责的行政机构，维新党人将能掌握大权。
变法进行的如火如荼之际，有消息传出称，慈禧与光绪将于九月到天津阅兵。康有为担忧慈禧借阅兵发动政变，开始积极应对，但他的应对措施却让人失望。为了对付慈禧，康有为抬出了袁世凯。他在年谱中自述，七月二十六日，他代礼部右侍郎徐致靖起草奏折，奏折中推荐了袁世凯。认为袁世凯常驻高丽，通晓外事，讲变法。请光绪召袁世凯进京，优奖之，以备不测。
七月二十九日，光绪前往颐和园向慈禧请安，提出开懋勤殿，设议政官，重用维新党人的系列主张，但被慈禧驳回。此前光绪未经慈禧同意，就废除礼部六堂官、任命军机四章京，现在又想开懋勤殿，在慈禧看来，这是赤裸裸地逼宫了。是故当日慈禧与光绪可能爆发了争执，光绪遭到慈禧严厉警告。
七月三十日，光绪知道事情不妙，让杨锐带出密诏。密诏中称，继续变法，光绪权力实有不足，如果硬要推行，“则朕位且不保”。诏书请杨锐、林旭、刘光第、谭嗣同等人，在不致有拂圣意（慈禧）的情况下，想出一个解决方法继续变法。
之所以召见杨锐，以为他在四章京中最为沉稳，能够托付大事。杨锐得知光绪的困境之后，当即建议光绪对慈禧做出适当让步，同时变法要有缓急，不可再快速升降官员。
八月初一，光绪召见袁世凯，任命他为侍郎，负责练兵事务。袁世凯还获得了直接给光绪上奏的权力。清代总督、巡抚才有密折奏事的权力，可以直接向皇帝汇报。光绪让他直接上奏，是给袁世凯的特殊恩宠，此举常被后世视为光绪想招揽袁世凯，发动政变。但当日，光绪并无兵变之心，召见袁世凯，是在慈禧的许可之下进行。光绪所期待的，只是能在自己的手中增加一个有力的筹码而已，他从未想过动兵戈。
康有为等人则不这么想，他们想一劳永逸地解决问题，而最大的政敌就是慈禧老太。同日夜，康有为等密谋兵变，预备包围颐和园，控制慈禧。据参与密谋的毕永年在《诡谋直纪》中记录，当夜，康有为、谭嗣同邀他密谋，准备以袁世凯新军包围颐和园，并由毕永年带领死士百人，冲入园内，劫持慈禧。毕永年当场推脱，称自己一人不可为，请等唐才常（谭嗣同同乡）来京之后共谋。康有为、谭嗣同遂发电急招唐才常入京。
