八月初二，为缓和与慈禧的矛盾，光绪命康有为前往上海督办官报局。
康有为在逃至海外后，却将光绪此日所给他的诏书说成是密诏，称光绪命他“汝可迅速出外国求救，不可迟延”。但实际上光绪给他的不是密诏，而是明诏，诏书是让他到上海督办官报局，而不是到国外营救。慈禧后来追问光绪，是谁建议让康有为出京的，光绪不敢承认是自己的意思，就推到杨锐身上。
就在双方紧锣密鼓布置之际，出现了戊戌年政治斗争中的最大插曲，这就是已经卸任的日本首相伊藤博文来华。戊戌年，光绪一度有联日抗俄的想法，曾命黄遵宪为出使日本大臣。在总署拟定的国书上，光绪亲笔加上“同洲同种同文最亲爱”。命王文韶、张荫桓带至日本使馆，交给日本公使矢野文雄，以瞒住李鸿章。盖李鸿章主张联俄，且仇日极甚也。
伊藤博文来华访问，以今天的眼光来看，这本是一次寻常的外事交流。但伊藤博文来华，却对清廷内政产生了巨大冲击。依照清廷仪制，光绪只接见正式的国家代表，伊藤博文此次来华，属于“自行游历”，并不具备官方身份。伊藤博文七月二十九日到达北京，并未期待能得到光绪接见。但此时维新派准备聘请伊藤出任清政府顾问，主持变法的风声开始在京师风传。维新派将引伊藤为外援的传闻，使“守旧者皆惶悚不安”。
大臣们与伊藤博文见面时，彼此也有很多交流。有大臣询问伊藤：“改法尽用年少之人，到底有无流弊？”
伊藤倒是坦率，认为用年少之人并无不可，但需要“才、胆、识”兼备，否则不若用老成人，而以年少者佐之。
八月初三，御史杨崇伊密奏：“风闻东洋故相伊藤博文既日到京，将专政柄。臣虽得自传闻，但近来传闻之言，其应如响。如伊藤果用，则祖宗所传天下，不啻拱手让人。”杨崇伊请慈禧重新训政，密拿康有为等人。
杨崇伊此人背景不简单，出击的时机更不简单。杨崇伊是李经方的儿女亲家，李经方则是李鸿章过继的长子。早在七月二十二日，李鸿章退出总理衙门，除了内阁大学士这一虚职外，已无任何实权，也想搅拌一番，从乱局中杀出。杨崇伊与荣禄关系密切，往来频繁，李鸿章、荣禄联合授意，遂有杨崇伊之出击。
就在此日，光绪决定召见伊藤博文，这在守旧派看来，仿佛是请伊藤博文主持变法的前兆。聘用伊腾博文主持大清国变法，在慈禧看来无异于是胡闹。此前光绪未经她许可就罢免官员，任命四章京，加上康有为四处煽风点火，更让慈禧生出警惕之心。杨崇伊的奏折，则让慈禧最终决定取消光绪权力，重新训政。
同日，慈禧取消光绪独立处理政务的权力，规定一切奏章需经她阅后方可定夺。此日下午，康有为拜见在京的伊藤博文，请伊藤劝说慈禧太后回心转意，将实权归还给光绪。
当日夜，谭嗣同造访住在法华寺的袁世凯，劝他杀掉荣禄，包围颐和园，囚禁慈禧。谭嗣同称：“我雇有好汉数十人，并电湖南招集好将多人，不日可到。去此老朽（慈禧），在我而已，无须用公。但要公以二事，诛荣某，围颐和园耳。”
袁世凯以枪支弹药储存在天津荣禄处，且小站兵营与北京距离二百里为由推脱，并请等待阅兵式时再杀荣禄。据康有为记载，当夜谭嗣同见袁世凯时，相与痛哭流涕，袁世凯的幕僚徐世昌也在场，跟着陪哭。
对康有为围园锢后之险招，林旭反对联合袁世凯。杨锐则告诉军机章京高树，康有为预备要用兵包围颐和园，不让慈禧干预国政。高树听了后大惊，建议他立刻发传单，撇清与康有为的关系。杨锐也同意发传单，但被林旭等阻止。刘光第也知道康有为此举，但态度却不明朗。
看着跳动的维新党人，慈禧稳坐颐和园，照常看戏玩乐。此时表面平静，惊天大风暴即将袭来。
八月初四，此日最为关键。
当日慈禧从颐和园回宫，光绪依照惯例移居瀛台，一切政务照常。
此日，慈禧尚未接到袁世凯密报。依照慈禧性格，如果得悉康、谭等人密谋劫持自己，当即以雷霆手段对付他们了。
八月初五，中午，光绪会见伊藤博文，接见过程仅十五分钟。
是日夜，袁世凯坐火车到天津向荣禄告密，略述内情后有客来，先行告退。次日，袁世凯再到荣禄府上告密，详细陈述了康有为、谭嗣同等策划政变的密谋。
是夜谭嗣同与毕永年相见，毕永年劝谭嗣同速行，但谭嗣同已下定决心赴死。
毕永年
八月初六，慈禧正式训政，下令捉拿康有为、康广仁。在八月初六日之前，光绪并未被剥夺权力，慈禧回宫，只是为了防止光绪在召见伊藤时胡来。但到了八月初六，慈禧得到报告，康有为准备有所行动，便命令光绪捉拿康有为。光绪抗命，慈禧便出示杨崇伊的奏折，光绪见奏折中有请慈禧训政的内容，只能跪请太后训政。
经英国传教士李提摩太帮助，康有为得以出逃。在英国军舰护送下，康有为从上海逃至香港，辗转至日本。
八月初七，袁世凯告密内容到京。此后光绪处境更加恶化，慈禧下令抓捕谭嗣同等人。梁启超在日本人掩护下，乘日本军舰抵达日本。
戊戌变法中，光绪未请示慈禧就任命军机四章京，让慈禧心生警惕，于是准备从颐和园回宫。回宫之前，有御史杨崇伊请求慈禧重新训政的密奏。回宫之后，不久又得袁世凯密报，康有为、谭嗣同准备围园劫后。于是乾坤扭转，时局大变，光绪沦为笼中鸟矣。
“戊戌之变，外人或误会慈禧反对变法。其实慈禧但知权力，绝无政见之分。”慈禧不是一个保守的人，她没有什么政见之分。她的底线是，只要变法不触动她的权势，她就不干涉。戊戌变法中，维新派如果奉慈禧为中心，缓慢过度，也许历史将会是另一个结局。
血气方刚的光绪，碰上了个巧舌如簧，大言漫天的康有为，以为借助几个年轻臣子的助力，就能力挽狂澜，成就变法之举。变法开始后，康有为四处跳动，奔走游说，想快刀除慈禧。慈禧巍然不动，心中冷笑：“你们啊，太年轻，太天真了。”实如胡绳所言：“守旧派看穿了维新派。维新运动的实力不过是一群‘不安分’的士大夫和一个小皇帝。”
八月初八，杨锐、刘光第、谭嗣同三人被捕。
杨锐是夜半被捕的，从卧室内牵出，不许穿衣，裸体下狱。到了狱中之后，杨锐与张荫桓关在一起。张荫桓看着杨锐可怜，贿赂狱卒，买了一件衣服穿上。杨锐以为自己最多就是被赶出军机处，不会有其他大罪。同时他也认为，如果光绪有难，应当留下共患难。杨锐在狱中自辩，认为自己军机章京上当差之后，未上一折，遭祸实系冤枉。
刘光第被捕时也错误判断了形势，认为自己顶多会被流放，已经做好前往边关的准备。在狱中刘光第诵读《周易》等书，“陶然自喜”。
谭嗣同不想出逃，一则想以流血牺牲，唤起国人变法之志。二则避免牵连到父亲。谭嗣同被捕之后，领班军机章京郭之全，立刻将详情电告给谭嗣同之父湖北巡抚谭继洵。军机章京历来不准与外官交往，更不得传递信息，郭之全在紧要关头传递信息，如被查出则风险很大。
林旭当夜跑到郑孝胥处，两人聊了很久，林旭认为自己不是康有为党人，不会有多大的事情。
八月初九日，林旭被捕。
在狱中，谭嗣同写信给仆人，请王五帮忙通融，并去九门提督提取书三本送还会馆。同时也请仆人转告郭之全，请速电告湖北。
林旭曾做过荣禄的幕僚，与荣禄关系密切，变法中，荣禄一度曾提醒他不要牵涉过深。林旭岳父沈瑜庆请荣禄搭出面搭救林旭，但荣禄却未伸出援手。对此梁启超大为愤恨，后来在《林旭传》中大骂荣禄。
杨锐认为自己无罪，在狱中很是泰然。刘光第也认为自己无罪，连亲友都认为他不会有大危险。
八月十二日，慈禧下令御前大臣会刑部审讯六人，“限三日具奏”。
八月十三日，为避免各国营救，慈禧不经审判，直接在菜市口诛杀谭嗣同、康广仁、林旭、杨深秀、杨锐、刘光第六人。谕旨中还特意声明：“即行正法，此事为非常之变。”慈禧诛杀六人，实为痛恨康有为等围园劫后的密谋。
当日军机大臣被召见时，慈禧突然下令军机处缮写处死六人的谕旨。军机大臣廖寿恒大为惊骇，王文韶也是错愕不已。
廖寿恒与礼亲王世铎、刚毅、裕禄等人商量，想搭救下杨锐、林旭、刘光第，却未能成功。廖寿恒气得目瞪口呆，大骂：“刑之滥，罚之不公，至此极矣。”
当日刑部准备审讯六人，庆亲王奕劻与铁良、陈燮龙等人商量，认为杨锐、刘光第都是有学问的人，品行也好，被捕入狱，殊非公道，准备加以回护。刑部正要审讯时，突然就接到命令，将六人从监狱提出，押上刑场。京师官员闻听六人被杀消息后，都是无比惊恐，恽毓鼎在日记中记载道：“惊痛刺心，呕吐大作。”
林旭在刑场上很是冷静，仰天冷笑，谭嗣同极为豪迈：“我等为挽救中国而死，毫无恐怖。且今日杀一人，后起必有千人。”谭嗣同怒发冲冠，临刑前拒绝谢恩。杨锐沉默无语，刘光第本是木讷之人，此时却大声抗辩，质问监斩官刚毅“未讯而诛，何哉？”愤而不肯跪下听旨。
戊戌政变之后，军机大臣廖寿恒因为倾向于变法被弹劾。廖寿恒却没有明哲保身，继续维护张萌桓。借着各国公使出面干涉的机会，廖寿恒帮助帮张荫桓开脱，将他保全了下来。戊戌政变之后，廖寿恒利用自己军机大臣的身份，对变法人士如黄遵宪等也加以维护，并据理力争，保全了京师大学堂等新式机构。但面对着戊戌政变后的冷淡局面，廖寿恒“谈时势，甚愤闷”，在次年十一月十一日，以“足疾”为由，申请退休，返回嘉定养老。
光绪二十九年（1903）五月，廖寿恒从嘉定坐船前往常熟探望翁同龢，到了常熟后，住在曾担任过军机章京的俞佑莱家。五月初二中午，二人见面长谈，相顾白发，回首政坛风云，无限慨叹。八月，廖寿恒去世。
慈禧轻轻挥了挥手，维新派就被打得体无完肤，逃的逃，死的死，留下一个光绪被困瀛台。戊戌变法后，慈禧日益厌恶光绪。但却又说，光绪是个谨慎人，自己断不敢如此胡闹，必是身边人唆使，才闯出这个祸来，是故益恨维新党人。庚子年十二月初十日的谕旨中甚至称：“康梁之祸，有甚于发捻。”慈禧七十大寿时，一度大赦天下。但对于康梁党人，却绝不宽恕。
至戊戌变法失败后，康梁逃命，慈禧严令追捕。荣禄乘机上奏，称李鸿章旧勋宿望，不能久闲，广东为康梁原籍，可让李鸿章前往查办，遂命李鸿章为两广总督。此前李鸿章坐镇直隶二十四年，何曾看得上两广总督一职，现在竟也欣然接受，可谓此一时彼一时了。
