在西安行在，军机处也迎来了名新人瞿鸿禨。瞿鸿禨是湖南善化人，二十一岁中举，次年成进士后入翰林，可谓少年得志。光绪元年大考，又列为一等第二名，被提拔为翰林院侍讲学士。翰林院中的佼佼者，才能被提拔为学政，在学政任上，不但财物收获丰盈，且可以录取门生，经营人脉。二十余年之间，瞿鸿禨先后历任江苏、浙江五省学政，门生遍布天下。
瞿鸿禨
担任广东正考官时，瞿鸿禨取了第八名名叫康祖诒，此人后来改名为康有为。戊戌政变时，瞿鸿禨正督学江苏，赶紧自行检举，不认康为门生，脱清了关系。
军机处搬到西安后，军机大臣刚毅、载漪、启秀、赵舒翘等人，或已死掉，或被罢黜，只剩下荣禄与王文韶二人。军机处缺人，荣禄遂想引入新人，在推荐鹿传霖入军机处后，还需选一人入枢。荣禄思来想去，脑海中出现了瞿鸿禨。瞿鸿禨是把兄弟李鸿藻的门生，李鸿藻时常称赞瞿鸿禨的才华。荣禄就让瞿鸿禨速来陕西。
光绪二十七年（1901）正月十六，瞿鸿禨赶到西安，慈禧接见时对他道：“李鸿藻向来说你好，他们也说你好，望着你早来。”
光绪插了下嘴道：“主要还是荣禄说你好。”
军机大臣之中，荣禄别号略园，王文韶别号退圃，瞿鸿禨别号止庵，光绪间皆煊赫一时。再加上张之洞别号香涛，当时人谓“荣略而不略，王退而不退，瞿止而不止，张香而不香。”
瞿鸿禨上任后，在西安行在将所有外交案牍翻阅了一遍，认为在签订《辛丑条约》后，应当与俄国谈判撤出东三省的问题。但此时的议和大臣李鸿章与刘坤一、张之洞等人意见分歧，正闹别扭，遂由瞿鸿禨拟写廷寄给李鸿章劝解。廷寄措辞委婉得体，慈禧看了非常满意，说：“我现在才知道你的学问真好，无怪乎荣禄、王文韶两人都力保你，从前李鸿藻也说你好。”
刚到西安行在，瞿鸿禨得以近距离观察慈禧、光绪，发现二人欢颜愉色，并不似外界风传的关系紧张。慈禧也对他诉说过自己的苦衷：“我往年时，文宗行幸热河，我骑马，后马惊，至今思之心悸。此次出京，与皇帝备尝艰险，更不堪回首。我命甚苦，一生都在忧患中，无一日安逸，徒以宗社之重，生民之苦，不敢不勉为其难耳。”
慈禧喜欢听外边的事情，到了西安之后，每次召见吴永时，都让他随意说话。于是吴永就将地方上利弊、民间疾苦一一说来，一讲几个小时。至军机大臣被召见时，慈禧大发雷霆，叱责军机大臣瞒报地方上情况。军机大臣们都相顾失色，只有磕头而已，心中对吴永是痛恨不已。
一日在军机处，荣禄、王文韶、瞿鸿禨三人，将吴永找了过去。王文韶教训他道：“渔川（吴永字），我和你是同乡，所以关照你。今后太后召见时，在你本职范围内的事，你就简单扼要的说下，不要东拉西扯，节外生枝。奏事有体，非同儿戏。”
此时各省拖延解送西安的饷银，军机大臣就上奏，请派随同出行的大员到各地去催促，并保举了吴永去了两湖，此后大家都乐得清静。
《辛丑条约》签署后，慈禧以为大局已定，就给军机大臣加官进爵。瞿鸿禨坚决不肯接受。瞿鸿禨之所以推辞，也是别有隐情。他二十一岁考中进士，此后主持五省学政，再入军机处。瞿鸿禨升迁过快，以致于有人认为他和同治长得较像，得到慈禧青睐，所以要韬光养晦。
军机处在西安行在办公，前后总计一年零八个月。
西安行在以巡抚衙门东编厅为军机处办事之所，此时时局危急，只能因陋就简。虽然如此，每日里公事档案，都处理的妥当。西安行在中，需要处理的奏折电报极多，四名军机大臣通宵达旦，在此办公。
两宫出逃之后，年迈的李鸿章返回京师，与各国谈判，以收拾残局。此时的北京已被八国联军控制，满汉大员均已逃光，李鸿章孤身一人，古稀之年，多病之躯，在京与各国周旋。在频繁的谈判活动中，李鸿章病倒，带病与各国接洽。有法国记者去采访李鸿章，见守门者为俄国哥萨克骑兵，野蛮凶横。住处一片狼藉，似准备随时逃亡。李鸿章身着破旧皮衣，但精神尚佳。
经过不断的讨价还价，最终在此年七月二十五日（9月7日）签署了《辛丑条约》。条约规定赔款四亿五千万两，分三十九年付清，以中国的关税和盐税偿付。合约签署后，慈禧也放心了，一改从北京出逃时的狼狈不堪，准备风光回京。
为了筹集回京的路费，慈禧命东南督抚捐银百万，又令各省漕米留在襄阳者就地出售。陕甘总督升允见慈禧时，只不过问了句能否如期返京，慈禧就大怒道：“你只想我早点儿走，好装自己腰包。”慈禧如此挥霍，难怪当两宫西逃的消息传出后，西北一带富商纷纷举家逃往四川或东南地区，以免家产不够勒索。
八月二十四日（1901年10月6日），慈禧从西安出发返京。
中途驻跸开封，以乾隆帝当年巡幸故地为行宫，军机大臣值班房设在宫门内，军机章京们则在宫门外搭起临时帐篷办公。军机章京们在帐篷内正襟危坐，缮写谕旨，处理电报，也是有声有色。沿途行宫之中，大多狭窄，召见四名军机大臣时甚至难以容身。
过黄河时，诸臣分批渡河，四名军机大臣随同御舟先过。是日天气晴朗无风，风平浪静，水面如镜，渡河之后，就起大风，随行者都以为是吉兆。到保定时，一行人转乘御用火车回京，四名军机大臣一个车厢，也有了军机处历史上第一次火车上办公。
太后、皇帝尚未到京，李鸿章就先去世。九月二十日，主持外务部的徐寿朋突然死亡，李鸿章闻听消息后大惊，咳血昏倒。九月廿七日，李鸿章病逝。
最后的裱糊匠李鸿章故去之后，大清这间破屋又在风雨之中飘摇了十年。
不好打的庆亲王
从西安返京途中，八月二十七日，荣禄唯一的儿子病死。王文韶无比同情，认为荣禄“以六十六岁老翁，只此一子，忽遭不测，情何以堪。”荣禄体虚多病，又经历了丧子之痛，一再请求退休，慈禧让他好好调理，退休就不必了。
荣禄担任首席军机大臣时，虽然他也有点文墨功夫，到底不能与翰林院出来的瞿鸿禨相比，就将让他在军机处主笔。此时总理衙门大臣改为外务部，瞿鸿禨又兼任了外务部第一任尚书。
瞿鸿禨的祖父、祖母都精通书画。祖父瞿岱为人忠信，知识鸿博，尤擅长绘画，人称鲁青先生。瞿岱的绘画颇有功底，人物画惟妙惟肖，山水画意境深远，左宗棠见了他的画连声赞叹，称五十年内绝无人可与之媲美。
光绪二十六年十二月十九日，瞿鸿禨将祖父的两幅画进呈慈禧太后和光绪帝，一幅是《自济图》，一幅是《分镫课子图》，并恳请御笔题字。两宫即命呈上，“课子图”中瞿岱有教子读书的画像，慈禧看了他祖父相貌大乐，对荣禄道：“他倒是有厚德人。”两宫当日兴致颇佳，慈禧在画上题了四个字，光绪则题了一首诗。
每逢两宫召见，在乾清宫西暖阁时，太后坐西，皇帝坐东。西苑则在勤政殿冬暖阁，颐和园则在仁寿殿北楹。
召见之处，仁寿殿空间较大，同跪列远者不能听到两宫说话，奏对也不能传达，往往由靠得近的军机大臣代为传递。乾清宫召对，最为合适。勤政殿则空间狭窄，军机大臣为六人时，跪垫都摆不下，进退时只能鱼贯而入。
西苑军机处值庐环境最好，在西苑门北，南海东岸，临水五间，窗明几净。湖中芙蕖盛开时，还赏赐乘舟游玩，到了冬季，湖面结厚冰之后，军机大臣坐在拖床上，用人推行，过湖到南朝房召见。其他时候则坐二人抬肩舆，沿着东岸绕行至朝房。
颐和园军机处值庐，在东宫门外南面，初始只有五间，中间为过道，与章京值庐面对面。值庐靠着街道，人声鼎沸，影响办公。1901年从西安回京之后，另外拓建了五间，宽敞安静。军机章京办事之所也较以前更为整齐。
此时军机处管理也没那么严格，在颐和园赐大臣看戏时，张百熙不喜吵闹，时常逃出来，跑到军机章京值庐中闲坐聊天，也不顾及大臣不得擅入军机处的规定。大年初一赏赐章京们荷包，荷包中总有一小锭银子，但军机章京高树拿荷包回军机处后，竟然被厨子给偷走。高树对厨子打趣道：“遇赏赐时，汝来充章京，我来充厨夫，可乎？”
军机章京欧阳旭庵，胆大包天，竟然带了内弟混进西苑军机处值班房游玩，被瞿鸿禨发现后，下令捉拿。瞿鸿禨本准备弹劾欧阳旭庵，被众章京求情，方才罢休，遂让欧阳旭庵退出军机处，回原衙门。
雍正以前未设军机处时，常由南书房翰林拟旨。此后承旧制，召见时以南书房太监当差，军机大臣也称呼这些太监为“南书房”。每日一早，军机大臣将拟写的谕旨，装入匣中，由南书房太监捧着前行，退下时也如此。
军机处的文件多数由军机章京缮写，但有二事，必须军机大臣亲笔书写。一是考差单。考差单是派往各省主持乡试的人员名单，由军机大臣开列书写，密封好后交给两宫挑选。一是每年督抚所奏年终密保单。密保单涉及到各省官员的提拔任用，必须由军机大臣处理。
军机大臣入对，太监放置软席，称“赏垫”。每日入见，军机大臣向太后、皇上各一叩首，然后奏事，有赏赐时，三叩首，谓之磕头。万寿节时，军机大臣花衣补褂，先行三跪九叩，照常上殿奏事，退后更朝服就班朝贺。据王文韶言，以往的规矩是一跪三叩首。此次回京后，一开始还是如此，不想荣禄改为九叩首，庆亲王也跟着九叩首，此后都改成九叩首。
军机大臣每日都有堂餐、茶烛等，由内务府支给，每五日赏给果饵。夏天则有冰瓜，冬天有薪炭。逢年过节都有礼物赏给。每年坤宁宫赏吃肉三次，军机大臣皆得参与。祭神之后，太后坐北、皇帝坐南，诸臣鱼贯而入各一叩首，然后就垫，内务府大臣捧肉献给两宫，然后在给大臣分肉及咸菜。皆一叩首。分奶茶，一叩首。瞿鸿禨一直素食，一日被光绪所知，此后每遇赏饭时，诸臣之中，必为他独开一桌素席。
军机大臣每天早晨五六时就要入军机处办公，故而大多住在内城，以节省时间。军机章京则要四点钟就赶到办公，一大早就要起床，也是个苦事。皇帝召见军机大臣，一般到九、十点就可以出来。
廷寄的形式，在庚子年之后也发生了变化。原先军机大臣每日被召见后，根据皇帝的指示，就某事拟定处理意见，再由驿传发至各省。此时有了电报，廷寄改用电传，军机处自身并无电报房，交给总理衙门（外务部）电务房发报。
军机大臣之间彼此依关系亲热及官衔而定称呼，章京也依官衔称呼军机大臣。但军机大臣们对军机章京却极为客气，一概称为某某老爷，凡军机章京拟好谕旨后送到，军机大臣一定要站起来接。
军机处工作流程长年不变，变换的只是人事。光绪二十九年（1903）三月，首席军机大臣荣禄去世，随后以奕劻入直，担任首席军机大臣，时人谓“死荣禄，生奕劻”。
奕劻
奕劻为何备受慈禧信赖，在晚清留下无数猜测。奕劻的祖父永璘是乾隆帝第十七子，封为庆亲王。永璘死后，连着三个承袭爵位的人，不是早死就是犯了事，这一支自此一蹶不振。奕劻年少时家中清贫，靠着微薄的宗人府津贴生活。奕劻家在北京方家园，毗邻慈禧娘家。奕劻擅长山水画，书法也佳，靠卖书画，代人书写信件糊口。奕劻时常帮慈禧家人代书家信，并与慈禧弟弟桂祥结为儿女姻亲。
自方家园飞出了金凤凰之后，奕劻也跟着发达起来，同治十一年（1872）加郡王衔，担任御前大臣。光绪十年甲申易枢后，奕劻担任总理衙门大臣，此后不久又封为庆郡王。光绪二十年，被封为庆亲王。荣禄活着的时候，慈禧还用不着奕劻，让他一直在总理衙门。荣禄一死，环顾朝野，除了奕劻，再也找不到可以信赖的人了。
在甲午战争之前，奕劻以御前大臣身兼总理衙门、海军衙门大臣，位高权重，地位显赫。文廷式认为，咸丰朝军机大臣的权势不如御前大臣，故而肃顺当国时，不必入军机处就能掌握全局。现在奕劻既为御前大臣，又为海军大臣，并被封为亲王，再任首席军机大臣，实属空前绝后。
奕劻能权势显赫，在于他会奉承慈禧。在海军衙门任上，奕劻将大笔款项挪给慈禧兴修颐和园。海关总税务司赫德在一封信中写道：“最近十年来，每年都给海军衙门拨去一笔巨款，现在还应当剩下三千六百万两。可是你瞧，他们说连一个制钱也没有了，都被那个慈禧太后任意支用去满足她那些无谓的糜费了。”
奕劻与荣禄同岁，一直称荣禄为“二哥”。戊戌政变之后，荣禄执掌军机处，主内；奕劻执掌总理衙门，主外。在军权上，二人也彼此制约，荣禄掌握着武卫军，奕劻执掌神机营。以奕劻、荣禄二人控制政局，互相制衡，也是慈禧的权术。
从奕劻多年主持总理衙门的经历来看，他对外交事务有所了解，在处理各种教案时，以妥协忍让为主。庚子年，当义和团发展到京畿后，奕劻上奏，认为义和团是“外来奸民”，在京散布谣言，想拆毁教堂，除灭洋人，应该迅速加以镇压，免生事端。奕劻控制的步军统领衙门颁发了《禁拳章程》，称拳民为奸民。在与英俄国两国公使见面时，奕劻表示清廷已经采取了最严格的措施，逮捕和惩罚首要分子，保证使馆安全。
奕劻亲近洋人，敌视义和团，自然被视为汉奸。天津的一张义和团揭帖警告他：“你若不改过，悔之晚也。”
在对待义和团上，荣禄、奕劻初期都力主镇压。当慈禧逐渐转变心意，开始支持主战派后，荣禄消极抗拒，奕劻则随慈禧心意行动。
五月十四日，对外主战的端郡王载漪，担任总理衙门首席大臣，位次在奕劻之上。主战派得势之后，奕劻明哲保身，在御前会议不发言，但神色沮丧。当主战派逼他表态时，则“支吾其间，噤不敢言”。虽然奕劻态度暧昧，可载漪对他这种墙头草还是不满，甚至将他列入铲除对象。”
但慈禧始终都留有一手牌，一方面，她利用刚毅、载漪等人，操控义和团打击洋人，另一方面，则将与各国公使熟悉的奕劻留在身边，一旦打不过，则以奕劻出面谈判。自庚子年五月之后，奕劻基本上每日都要到慈禧身边出谋划策。
私下交谈时，奕劻不时挖苦义和团，并认为与八国对抗的下场必然是失败。但在公开场合，他极其谨慎，从不发表任何反对义和团的言论，所以有人评价奕劻“外虽端谨，内实精明。”在慈禧召见时，他必然也对慈禧分析过利害关系，也只有得到慈禧的默许，他才能在清军攻打各国使馆时，与各国公使眉来眼去，传递信息，送吃送喝。
慈禧出逃时，忠心耿耿的奕劻一路随行，走到怀来时因病停留，实际上也是留下来继续观望。各国公使多年与奕劻打交道，都认可他这个人，甚至派人到王府内寻他。留在京师负责谈判的崑冈就奏请让奕劻回京，与各国公使洽谈。总税务司赫德认为：“必须庆王爷急速回京，李中堂来与不来均可。”
为何必须奕劻回来，因为“各国素与庆亲王奕劻办事多年，最为信服。”李鸿章也提议让奕劻立刻回京，参与谈判。
八月初十，在联军护送下，奕劻到京谈判。谈判中最为棘手的问题是“惩凶”，各国公使开出了必须处死的十二人名单。奕劻认为处死皇室近亲，会使皇室蒙羞，希望免除死罪。同时也根据实际情况指出，董福祥“素为陕甘两省汉回所倾服”，如果操之过急，恐怕后患无穷，最终回护了皇室成员，并夺去董福祥兵权。就战后赔款，奕劻再三请求减些数额，各国却一口咬定四亿五千万两，此数字经过“中国财源调查委员会”调查，认为是中国所能承受的价码。
《辛丑条约》签订后，慈禧一改逃离京师时的狼狈，风光回京。慈禧回到紫禁城时，总理衙门已改为外务部，奕劻议和有功，被赏食亲王双俸。荣禄一死，奕劻权势无人能匹，名声也更坏，但慈禧对他是一如既往的信任。
袁世凯升任直隶总督、北洋大臣后不久，得知奕劻要入军机处，派人给奕劻送去一张十万两的银票。此后，每逢奕劻府上活动，从儿女婚事到孙子满月，所有开支均由袁世凯负担，不费王府一文钱。盛宣怀一次就送给奕劻日本金币二万圆。奕劻收下钱后喜滋滋地回信说: “杨柳风前，忽好音之惠我。荷蒙厚赐，崇饰贱辰，百拜承嘉，五中增感。”
奕劻虽然贪财，但捞钱的方法却很笨拙，不外是接受官员馈赠。官员到奕劻府上拜访时，用红信封装上银票，当面递交，美其名曰“请王爷备赏”。奕劻拿到手后看下银票，然后客气下“让你费心”，就塞到坐垫下，客人走后再送去银行储存。至于帮人谋取官缺，奕劻不出面，自有手下人去处理。奕劻帮人弄官职，每次捞的钱一般在千两左右。当日的官员也得十分注意，不能过分纵恣，买官花的钱太多的话，连老本都捞不回来。
奕劻入了军机处后，对军机章京们倒是慷慨，以笼络人心。一次军机章京高树拟写谕旨时，奕劻看到高树身上的貂裘已破旧，就问军机大臣铁良：“这是什么裘皮？”
铁良道：“这不见得就是貂裘。”
奕劻叹道：“贫可知矣。”遂下令每人发给一百二十两银子改善生活，军机章京们无不欢呼雀跃。
光绪二十九年（1903）九月，蒋式瑆弹劾奕劻，称其入军机处之后，收受外省票号汇集之款，就不下四十万两，在京师中受到的贿赂更不知多少，甚至俄国人也用外交经费五百金来运动该亲王，“诚不解其何以丧心病狂止于此”。这封奏折递上去后，慈禧留中不发，不了了之。
庆亲王
半年之后，光绪三十年（1904）年初，蒋式瑆再次弹劾奕劻，称上年十一月二十二日，日俄宣战之后，奕劻得悉华俄银行、日本正金银行缺乏款项，紧急将私产一百二十万取出送到东交民巷英国汇丰银行储存。汇丰银行知道奕劻着急，故意刁难，不肯收下，最后谈妥每月利息仅二厘，“鬼鬼祟祟，情殊可怜”。
蒋式瑆指出，奕劻自担任军机大臣以来，门庭若市，其父子饮食起居都异常奢华，如此挥霍还能有巨款可存，万一皇上追究起来，“该亲王必浃背汗流，莫能置对。”蒋式瑆建议，不妨将这笔款项取出，存放在大清官办银行之中，月息也可以给他加到六厘。
此事由鹿传霖会同蒋式瑆一起前往汇丰银行查账。第一次去汇丰银行是周日，银行无人。隔日再去汇丰银行，会晤该行管事洋人熙礼尔(E．G．Hillier)及买办杨绍渥。但英国银行不是大清票号，根本不理鹿传霖，称银行帐目从不示人。鹿传霖询问庆亲王是否有往来，则称从来没有见过。
当日的高官在汇丰银行存款，都是用假名，大臣那桐在汇丰银行存了一年期的五千两银子，五厘利息，用的名字是“绍景沂”。鹿传霖见无从查帐，就追问蒋式瑆从哪里得来的消息，蒋式瑆说是听来的。既是听来的消息，又查不到帐目，蒋式瑆成了诬告，被革去御史职务。
另有一说认为，蒋式瑆的消息来于吴懋鼎。吴懋鼎为天津四大买办之首，从光绪八年至光绪三十年（1904）年，担任汇丰银行买办长达二十五年。1904年，吴懋鼎从汇丰离职，可能是他泄露了奕劻的存款信息。
蒋式瑆弹劾奕劻失利后，对于仕途再无兴趣，决定改弦易辙，创办实业。1904年，蒋式瑆与几名同年一起创办了京师华商电灯股份有限公司，并在1906年对外供电，结束了北京没有电的历史。后来蒋式瑆又在滦州创办了火柴厂，在唐山兴办了中国第一家水泥厂。
蒋式瑆从事实业的成功，导致了流言蜚语。一些人认为他与汇丰银行串通好整奕劻，奕劻得悉自己被弹劾后，对汇丰银行说银子不要了，蒋式瑆从中分得了一二十万两银子，以此做本钱创办实业，这些故事纯系小说家的想象。汇丰银行管理严格，存款不可能随意侵吞，且奕劻是首席军机大臣，汇丰银行哪里敢去吞他的钱。进入民国之后，奕劻一直将钱存放在汇丰银行，可见他对汇丰银行的信任。
慈禧也知道奕劻好财，但与奕劻相处几十年，知道他对自己绝对忠心，且也有一定的能力，就随他去了。再说，喜欢钱的奕劻，更让慈禧放心，这样的人，不会有太多的政治野心，也不会造成什么威胁。有大臣曾当面弹劾过奕劻。慈禧听了后“嘿然有愧色”，却不发表任何意见，对奕劻一直重用如故。
丁未政潮
光绪三十一年（1905），一件影响中国前途的大事发生，科举废除。
庚子变乱之后，西方各国在议和条件之中，将废除科举作为条件之一。1901年，清廷作出了新政的姿态，在科举制度中增加策论、中外政治等内容，并废除八股，停止武科考试，又命新科进士到京师大学堂学习。此年，南方各省督抚联衔上奏，请求进行科举改革，中枢对此意见分歧。
首席军机大臣荣禄对于科举改革并不积极，持疑虑态度。荣禄不是科举出身，如果支持废科举，难免给人掺杂了个人感情的感觉。王文韶则坚决反对废除科举，甚至扬言“老夫一日在朝，必以死争之。”军机大臣瞿鸿禨支持废除科举，但孤掌难鸣。鹿传霖模棱两可，不明确表态。此三年间，虽然废除科举的呼声极高，但最终均未能形成任何有效行动。
光绪二十九年三月十二日，袁世凯联合张之洞上奏，认为虽不能立即废除科举，但应该酌量变通，分科递减，即将科举录取的名额按年递减，让天下士子入学堂读书。袁世凯对废除科举，表现的比张之洞还要急切，这其中包含了他的考虑。
袁世凯非科举出身，对于科举是素无好感，在北洋创办洋务的过程之中，他对于西方新式学堂已有较多了解。而科举废除之后，他手中大量的新式学堂出身的北洋人马，正好可以占据各个要职。
两名实力总督联合上奏，慈禧就与中枢商量，但军机处之中仍然分歧严重。《大公报》报道：“三军机皆愿议准，惟某公一人极力阻止是真。”赞同的军机大臣是荣禄、瞿鸿禨、鹿传霖，反对的则是王文韶。
王文韶此时年迈，耳朵又不好。每逢军机处有事纷争，相持不下时，慈禧问王文韶的意见，王文韶就莞尔而笑。慈禧道：“你怕得罪人，真是琉璃球。”王文韶照样笑而不语。对于废除科举，王文韶大力阻止。一日他对新科翰林道：“吾老矣，无能为矣，惟有三事可报效朝廷。一力保科举，一力阻经济特科，三力废大学堂，使你们可以无忧。”
翰林闻听后，无不感激涕零。王文韶外号“琉璃球”，处事圆滑，唯独对于废科举一事却坚持到底，时人多以为异。
事情突然起了变化，三天之后，荣禄病死，奕劻补入，导致军机处人事发生变化。五月，张之洞入京，参与修订《奏定学堂章程》，试图减少科举录取名额。
入京召见时，慈禧让张之洞免冠叩首，看到他已是满头白发，不由想起张之洞二十六岁时参加殿试，由慈禧亲点为探花，那时还是少年峥嵘，此时已是白发老翁。回首往事，慈禧竟不能自抑，泪流满面。张之洞看着太后哭了，跟着老泪纵横，此次召见竟未发一言。
入京后，综合各方消息，张之洞分析奕劻虽不会公开表态支持废除科举，但也不会阻碍，最大的阻力则是王文韶。张之洞嘱咐瞿鸿禨，要在奕劻面前大力讲废除科举的好处，同时与王文韶“婉商”，争取其改变态度。
在内阁之中，张之洞已争取到了张百熙、孙家鼐的支持。在军机处中，最大的阻碍是王文韶。鹿传霖此时已经年迈，两耳听力不好，遇事甚少发表言论。为了换取王文韶的支持，张之洞做了一定让步，在奏稿中加入了妥协的内容，如规定新式学堂推行六年后，若是不能根除科举流弊，也不能培养人才，则恢复科举原额。并反复声明，科举减额只是“暂行试办”。
到了九月，荣庆担任军机大臣。荣庆相貌堂堂，白面黑须，飘然有凌云之气。荣庆讲究衣着。当时官场有服饰之精美，荣禄之后，唯有荣庆之说，“纱袍褂颜色花纹，无一天同者”。荣庆偏向于变法，以他入军机处，也增加了变革的力量。
光绪二十九年（1903）十一月二十六日，荣庆、张之洞、张百熙，第三次联衔请递减科举。在《奏请递减科举注重学堂片》中，三人增加了诸多科举停废后的善后措施，并且采用了“暂行试办”的妥协字眼，最终得到了军机处的支持。此奏得到清廷批准，自丙午科（1906年）起依照奏章办法递减科举录取名额。
此时京内也弥漫着反扑之声，指责攻击之声不绝于耳。光绪三十一年（1905）五月，王文韶罢值。传瞿鸿禨设计将王文韶弄出军机处，而袁世凯也从中出了一把力。
军机大臣鹿传霖开始转变态度，他不主张立刻废除科举，但可以缓慢进行改革，是故先前一直没有加以阻止。此时变为彻底废除科举，鹿传霖大为不满，遂暗中捣鬼，加以狙击。民政部参议刘彭年、翰林侍读学士恽毓鼎、给事中李灼华三人同时具疏，请恢复科举，奏折递上后均留中不发。时人对此极为惊讶，“三人本巧宦，忽进此背时俪俗之言，人皆讶之，后乃知为鹿传霖所授意也。”
恽毓鼎也是个趣人，他自己喜欢看林纾翻译的西洋小说，读来津津有味，却反对别人却学西学。对于张之洞、袁世凯力主废除科举，恽毓鼎是深恶痛绝，愤懑万分。西学的盛行，在他看来是“邪说横行，大为学术人心之害。”
但保守派发起反击，以图恢复科举的努力，在当时却不具现实可能性，朝野上下大多已认识到了废除科举，推广新式学堂的迫切性了。
面对着反扑的声音，为了避免功亏一篑，袁世凯提出了更狠的主张，他主动出击，请直接废除科举，而不是逐渐递减科举录取名额。袁世凯对于推行新政是大刀阔斧，曾道：“维新必放大胆量，振起手段，不可畏首畏尾。”
光绪三十一年（1905），直隶袁世凯领衔，盛京将军赵尔巽、两湖总督张之洞、两江总督周馥、两广总督岑春煊、湖南巡抚端方六名大员联衔上《立停科举推广学校折》，认为如果按照递减名额的做法，要二十多年后才有效果。要挽救时局，富国强兵，就必须推广新式学校，要推广新式学校，就必须雷厉风行，立即废除科举，
八月初四，清廷决定自明年起废除科举。
光绪朝军机处内纷争不断，前有沈桂芬、李鸿藻之争，再有翁同龢、孙毓汶之争，到了末期，又有奕劻、瞿鸿禨之争。此次军机处内部的纷争，也夹杂着直隶总督袁世凯与两广总督岑春煊的纷争。
瞿鸿禨素有清望，又得到慈禧宠信，袁世凯也想与他结交。袁世凯先是想拜瞿鸿禨为师，被拒绝；又想以换帖兄弟交往，再被拒绝；瞿鸿禨次子结婚，袁世凯送了八百金贺礼，又被谢绝。虽然在废除科举上，瞿鸿禨与袁世凯一度曾联手，达成了废除科举的目标。但在涉及北洋集团的诸多利益方面，瞿鸿禨却时常加以打压，遂成为北洋一系的政敌。
瞿鸿禨不想与袁世凯交往，是因为他打心眼里厌恶这种人。
瞿鸿禨是沈桂芬一类的人物，对于军机处的职权的界限看得极重。袁世凯用银子将奕劻喂饱，得以干涉军机处事务，让他心存恶感。而袁世凯野心勃勃，权势逼人，瞿鸿禨已意识到袁世凯将是大清国的最大威胁。一次军机处在西苑召见袁世凯，袁世凯所携带的卫士，狼行虎步，精锐无匹，王文韶、瞿鸿禨二人在军机处隔着玻璃看到后，“凭几而坐，默然不言者良久。”
光绪三十二年（1906）七月，清廷开始推行官制改革。在讨论立宪的御前会议上，奕劻力主立宪，认为有利无憋。八月二十七日，清廷宣布以九年为期，预备立宪，并颁布了《钦定宪法大纲》等系列文件。奕劻大力推进立宪，也是出于自己的考虑。立宪之后，作为首席军机大臣，内阁总理的位置必然落到他头上，而内阁总理此时将掌握实权。
袁世凯为首的北洋一系，想以内阁取代军机处，由奕劻担任内阁总理，袁世凯任副总理。军机大臣瞿鸿禨等人“自知新内阁成，皆当罢去”，乃“暗中扼之”。亲贵铁良也“抵拒有力”，屡屡与袁世凯拍案对骂。此时岑春煊的亲信于式枚偷偷进京，将电报密码本交给瞿鸿禨，双方密切联系。
京内御史一直与奕劻、袁世凯作对，此时奋然出击，力阻责任内阁制。御史赵炳麟上奏质问袁世凯：“立宪精神全在议院，今不筹召议院。徒将君主大权移诸内阁，此何心哉？”御史陈田则直接揭露袁世凯的心思：“世凯以组织内阁为名挟制朝廷，非将君主大权潜移于世凯手不止。”
九月十六日（11月2日），奕劻将所拟定的官职改革方案进呈，要点是设置责任内阁，裁撤军机处。就是否裁撤军机处，慈禧征询瞿鸿禨意见。瞿鸿禨认为军机处“立法精密, 实为千古所无”，建议继续保留，同时认为中国官民开化程度不足，议会不能立刻设立，地方也不能当即自治。瞿鸿禨曾收到一封奏折，大谈中国缺乏政党、自由、平等、宪法，是故不能强盛。瞿鸿禨翻阅后，“惊悸无人色”，将奏折偷偷拿了出来。次日展示给军机章京高树看。高树看后也惊叹道：“中国从此多事矣。”由此也可看出瞿鸿禨对待政治改革的态度。
至九月二十日公布了官制改革方案，让北洋系大为失望。官制改革将原来的吏、户、礼、兵、刑、工六部改为外务部、农工商部、民政部、度支部、陆军部、理藩部、法部、学部、礼部、邮传部，再加上原来的吏部共十一大部。
此次官制改革，军机处继续保留，吏部尚书鹿传霖、陆军部尚书铁良、民政部尚书徐世昌、学部尚书荣庆退出军机处。此四人中，徐世昌是袁世凯的亲信，荣庆为官清廉，独善其身，但与袁世凯私交甚好。二人的退出，使袁世凯在军机处少了有力援手。
因为《辛丑条约》中有“外部大臣须军机大臣兼任”的明文规定，瞿鸿禨主管外务部，不受此次官职改革影响，继续担任军机大臣。
鹿传霖、铁良、徐世昌、荣庆退出后，以世续、林绍年入军机处。世续在当时以收藏古董而闻名，收藏的古玉瓷器甚多。太监经常向他索要小物件，世续就拿一些赝品相赠，太监不识货，视为宝物收藏。林绍年是瞿鸿禨亲信，从广西巡抚任上调入军机处学习行走。
官制改革的挫败，袁世凯知道中枢对自己有了戒心，就辞去八项兼职，将北洋六镇中四镇的统兵权交给了陆军部。遭遇了重挫后，袁世凯一度闭门在家，“非要客不见，非要事不办。”
到光绪三十三年（1907）三月，在地方官制改革中，袁世凯一系却大获全胜。三月初八，清廷在东北设置督抚，总督徐世昌、奉天巡抚唐绍仪、吉林巡抚朱家宝、黑龙江巡抚段芝贵，都是袁世凯的人马。
就在袁世凯一系取得战绩时，瞿鸿禨的外援岑春煊，在三月十九日夜间突然进入京师，让整个官场为之一震。
庚子之乱时，担任甘肃布政使的岑春煊想带兵入京勤王。陕甘总督魏光焘以军费不足为由推却。岑春煊就从甘肃财政中挪出了三十万两，请调兵入京。不待军队集中，岑春煊带了十几名卫兵，从草地星夜前行，赶往北京。入京时，岑春煊随身带了五万两银子准备做军饷，此时仓皇出逃，扈从的军队吃饭住宿，一切费用就指望岑春煊了。岑春煊被任命为“办理前路粮台”，途中与李莲英结交，并亲昵地称李莲英为“老叔”。到了西安后，慈禧对于岑春煊一路卖力很是感激，曾对他道：“若得复国，必无敢忘德也。”
岑春煊在庚子年中的表现，使慈禧对他信任有加。岑春煊连续被提拔，庚子年之后历任山西巡抚、四川总督，再调任两广总督。在山西，他支持创办了山西大学堂，在广东，他创办了广东法政学堂，两广高等工业学堂等系列学校。在广东创办的系列新式军事学堂中，培养了一批人才。
从光绪二十九年到三十一年，岑春煊担任两广总督，其间大力整顿官场，大批官员被革职。他在两广总督任内的四年, 总计参罢文武大小官员一千四百余人，由此得了个外号“官屠”。岑春煊所“屠”的官，却是花了钱买来的，卖官的人正是首席军机大臣奕劻。奕劻看着岑春煊这样到处整人，断自己财路，心中忌恨，而岑春煊与袁世凯又是政治上的竞争对手，号为“南岑北袁”，遂联合起来对付岑春煊。
岑春煊
光绪三十二年七月，奕劻以云南边境不靖为由，请将岑春煊调任云贵总督，得到慈禧同意。清代的总督之中，直隶总督地位最高，两广总督最肥，云贵总督最苦。岑春煊的两广总督肥差，又被袁世凯的亲家周馥给得了，心中愤愤不平。
岑春煊奉调云贵后，第二天就有电报来，让岑春煊立刻前往云贵，不必来京师请训。岑春煊的幕僚岑炽看穿了其中的花样，即奕劻、袁世凯不想岑春煊入京与慈禧接触。岑春煊的对策就是寻找机会进京，利用慈禧对他的信任加以反击。
岑春煊从广东乘轮船到上海，借口在上海治病，拖延着不去云南。一直拖到了光绪三十三年正月，云南边境问题解决。云贵总督长期空缺也不是办法，奕劻就将四川总督锡良调任云贵，以岑春煊接任四川总督。
瞿鸿禨此时密电岑春煊，让他入京援助。岑春煊取道长江，借口前往四川上任，走到武汉时，突然请求入京进觐，不等批准就搭乘京汉列车入京。岑春煊入京之后，慈禧不但没有怪他擅自前来，反而相当感动，回忆起庚子年的辛苦时“不觉泪下”。
岑春煊乘机攻击奕劻贪庸误国，所用非人。慈禧初时不信，为他有何证据。岑春煊一一举例，称自己在广东时，查出新任出使比（利时）国大臣周荣曜，任广东海关库书时贪污二百余万。奕劻此时管理外务部，周荣曜是他所保举，不是受贿怎能得成？
慈禧道：“奕劻太老实，是上人的当。”
岑春煊道：“从前卖官鬻缺，尚是小官。现在内而侍郎，外而督抚，皆可用钱买得。丑声四播，政以贿成。”
慈禧一直回护奕劻，听了岑春煊的话只能不表态，但对奕劻的信任开始动摇。岑春煊向慈禧表示不愿做外官，要留在京师“为皇太后皇上做一条看家恶犬，未知上意如何？”
慈禧大受感动：“我母子西巡时，若不得汝照料，恐将饿死，焉有今日？我久已将汝当亲人看待。”在召见的次日，慈禧即任命岑春煊为邮传部尚书。
三月二十一日，上任当日，岑春煊就弹劾袁世凯亲信邮传部左侍郎朱宝奎，迫使其去职。
岑春煊的突然登场出手，在京师官场之中刮起了风暴，时人道“岑尚书乃一活炸弹也，无端天外飞来，遂使政界为之变动，百僚为之荡恐。”
袁世凯也觉得形势不妙，“大老被困，情形甚险。”大老者，奕劻也。
御史们积极配合岑春煊，三月二十五日（5月7日），赵启霖弹劾段芝贵在天津花了一万二千金，买了歌伎杨翠喜送给奕劻的儿子载振，又从天津商会王竹林处筹了十万金送给奕劻作为寿礼，由此从道员提拔为巡抚。慈禧看了后大怒，令醇亲王载沣、大学士孙家鼐调查。
奕劻狼狈不堪，哭哭啼啼地对载沣表态，请查明此事，还父子以清白。载沣、孙家鼐决定先去奕劻府中探查有无杨翠喜，再去看奕劻过生日的收礼簿中有无十万元的记录。外界听得这二人如此查案后，一片哗然，认为此举极为笨拙。此时袁世凯已经将杨翠喜暗中接回天津，逼富商王益孙用三千五百两买下杨翠喜，又让王竹林否认曾借过银子。
孙家鼐在京没查出名堂，被舆论攻击，不得已只好到天津继续查案。到了天津后，孙家鼐先到王益孙家中询问，王益孙称杨翠喜是自己一个月前买的。天津商会的账簿中，早已做了手脚，查不出什么问题。孙家鼐也不想开罪奕劻、袁世凯，就回复慈禧，查无实据。
四月初五，赵启霖被革职。御史江春霖、赵炳麟不平，接连发起弹劾，抗议对赵启霖处理不当，并指出此案中的诸多疑点。御史恽毓鼎则表示“言官不宜反坐”，反对将赵春霖革职。虽然此时恽毓鼎表现的正气昂然，不久之后他的突然转向让所有人瞠目结舌。其他御史也愤愤不平，联名准备继续上疏弹劾奕劻父子。迫于舆论压力，慈禧将赵启霖“开复革职处分”，免去段芝贵巡抚职务，并让载振自己辞职，可谓各打五十大板。
赵启霖此番出击，一则是长期不满于奕劻弄权，二则受到岑春煊鼓励支持。岑春煊从武汉来京，赵启霖提前到保定会合，陪同进京，路上商定了对付奕劻的计划。岑春煊攻势正盛，但奕劻、袁世凯哪里肯退让一步。
奕劻、袁世凯布置两广总督周馥、闽浙总督松寿等，电告南方各地出现叛乱，难以平定。四月十六日，作为首席军机大臣，奕劻在单独召见时，夸大两广军情，请让岑春煊再任两广总督，得到慈禧同意。
担任了二十五天邮传部尚书的岑春煊，再次被排挤出京。对此岑春煊极为不满，牢骚道：“朝廷用人如此。既有今日，则当时何必移我滇与蜀？”岑春煊遂称病不肯去广东，清廷再次催他上任。岑春煊请求面见慈禧，但也不能挽回，就再去上海养病。
岑春煊一去，火力集中到了瞿鸿禨身上。
早在四月十二日（5月23日），御史恽毓鼎至天津拜会袁世凯，收了一万八千两银子，倒向袁世凯。恽毓鼎是河北大兴人，在翰林院担任侍读学士，年薪只有一百零五两银子。光绪三十一年（1905）年，他有儿子五人，女儿九人，都要靠他养活。为了补贴家用，他长年在琉璃厂卖字。恽毓鼎缺钱，袁世凯缺打手，经过中间人撮合，双方一拍即合。
五月初六（6月16日），恽毓鼎递呈了早已拟好的弹劾瞿鸿禨奏折，称其罪行四条：“暗通报馆，授意言官。阴结外援，分布党羽。”
之所以攻击“暗通报馆”， 因为瞿鸿禨有一门生汪康年，时常在《京报》上发文讽刺奕劻。前不久在召见军机大臣时，慈禧偶尔流露出对奕劻的不满，有让奕劻退出军机处的意思。瞿鸿禨回家后告诉了夫人，夫人转告了汪康年夫人，汪康年又辗转告诉多人。此事被英国《泰晤士报》驻北京记者马利逊得知，作为新闻刊发。慈禧得知是瞿鸿禨泄漏消息后，严厉叱责了一番，此事京师官场人人知晓，是故恽毓鼎再将此事搬出。
恽毓鼎一击命中，次日，瞿鸿禨开缺离职。军队大臣林绍年对此大为不满，公开抗辩：“如此何足以服人？”请求调查此事，慈禧让孙家鼐、铁良调查，但又称：“林某要查，我不知如何查法。”
孙家鼐、铁良向慈禧索取弹劾的奏折，慈禧却道：“汝查而已，何必原折？”
慈禧这样做，明摆着是要瞿鸿禨去职，孙家鼐、铁良毫无办法。瞿鸿禨一走，年迈的鹿传霖再次入军机处。
瞿鸿禨回到湖南老家后，筑“超览”楼，谢绝访客，每日里登山游水，饮酒赋诗，也是潇洒。对于自己军机大臣任上的往事，瞿鸿禨在《儤直纪略》中作了记述，其中也有诸多有趣的故事。光绪、慈禧去世之后，瞿鸿禨大恸，彻夜不眠，导致身体状况不佳。六十岁生日时，连酒杯也端不起来。瞿鸿禨次子瞿宣治是民国初年的外交家，精通多国语言，1910年，瞿宣治生了个儿子，与祖父瞿鸿禨同为庚戌年阴历六月出生，遂取名瞿同祖，后日成为史学大家。辛亥革命后，瞿鸿禨避居上海。1918年瞿鸿禨在上海去世，葬在他最喜爱的西湖边，由陈三立撰写墓志铭。陈瞿两家是世交，陈三立儿子陈寅恪有诗云：“论交三世今余几，一别沧桑共白头。”
