瞿鸿禨去职，岑春煊赖在上海养病，但仍担任着两广总督，这是一只卧虎，而不是病虎，奕劻、袁世凯如何能够容他。奕劻、袁世凯在打击政敌时，最直接有效的一招就是，就是将政敌与慈禧最厌恶的人联系起来。如果要说慈禧晚年最厌恶的人是谁，那就是康有为。
慈禧认定，戊戌变法之中，光绪受了康有为的蛊惑，要做出大逆不道的事来。可这狂妄的康有为，竟然出逃海外，并在海外兴办报纸，捏造谣言，不停攻击慈禧。康有为也视慈禧为大敌，为除去慈禧，康有为一直密谋收买死士刺杀慈禧，却终究未能实施。
慈禧的执行力比康有为强大多了，她派人挖了康有为祖坟，又派人到香港康有为宅子下面挖地道，准备炸死他，结果却被香港警方察觉。由对康有为的痛恨，连带着痛恨所有与康有为有联系的人。总理衙门大臣张荫桓，因为与康有为是南海同乡，也在庚子年被下令处死。
当时的各种报纸之中，常描绘了奕劻、袁世凯设计，伪造岑春煊与康有为、梁启超的合影，交给慈禧。慈禧看了之后哀叹，想不到岑春煊也负我，遂令将他罢职。
梁启超与岑春煊合影
但实际上递送的不是照片，而是奏折。
恽毓鼎在七月初二再次出击，剑指岑春煊，他在奏折中指出：“乃都人士有从上海来者，谓康有为、梁启超现已到沪，与岑春煊时相过往，岑春煊留之寓中，又证以各处函电，均确凿可凭。”此奏递上后留中不发，岑春煊在七月初四被革职。岑春煊开缺的当日，军机大臣林绍年也被外放为河南巡抚。一个多月后，瞿鸿禨门生汪康年主笔的《京报》也被查封。
对自己的两个密折拉下一批高官，恽毓鼎得意洋洋，在日记中记载：“两月中，毓鼎所上两疏皆立见施行，又皆重大之举，圣明过听，盖当勉自收敛，以避嫌忌之乖。”
恽毓鼎通过弹劾瞿鸿禨发了一笔财，之后却染上吸食鸦片的毛病，烟瘾愈来愈大，烟枪须臾不能离。宣统二年，摄政王载沣等严厉推行禁烟，要求京师侍郎以下官员，一律接受戒烟公所的检验。禁烟公所建了个四面装有玻璃的浴室，大员们要“裸而入浴”，并有人监视。此后要换上禁烟公所的皮衣、棉衣裤，监视七日或十日。
恽毓鼎无法容忍这种“裸体受检”侮辱，于宣统三年三月十七日提出辞职，二十四日获得批准。清室覆灭之后，恽毓鼎对于自己攻击过的岑春煊仍抱成见，在日记中大骂他为清室叛臣，“对于岑门为贼子，对于民国为乱党，可为无耻之尤。”
瞿鸿禨、林绍年离开军机处后，载沣、张之洞、袁世凯三人补入。袁世凯入军机处，又破了军机处的一个成例。军机处历史上，凡汉军机大臣，基本上都是进士出身，最差也得举人，如左宗棠。袁世凯则是荫生出身，入军机处是破格而为之。载沣之入军机处，则是慈禧刻意栽培之。
丁末政潮是光绪军机处的最后一次内讧，此次内讧以奕劻大胜而告终。瞿鸿禨在政坛上虽颇具心计，但他到底延续了文祥、沈桂芬等人的务实风格，在军机处中以练达实干而成为顶梁柱。他一离职，军机处剩下的只有年迈的奕劻、张之洞，年轻而胆怯的载沣，核心骨也就是野心勃勃的袁世凯了。
迟来的张之洞
张之洞入军机处时，已七十一岁。
张之洞一生仕途顺畅，历任湖广、两江总督，纵横捭阖，经营有方。可他也有遗憾，那就是他与中枢军机处无望。
清代文官的完美履历，是既入内阁担任大学士，又入军机处为大臣。曾国藩、李鸿章等重臣一直外任总督，朝廷让他们入内阁，做个名义上的宰相。张之洞历任封疆多年，却无缘内阁，更不要说是军机大臣了。
张之洞外宦既久，自负硕学重望，与张之万、李鸿藻私人关系又深，应该竭力援引内用，纵不能立晋揆席，位列宰辅，秉持钧衡，最低也应该内调尚书八座，充任经筵讲官，总裁会试，主持文柄，师表人伦。张之洞虽与李鸿藻、张之万交善，可翁同龢却不喜欢他，屡屡从中作梗，从此张之洞只好历任封疆，不得内用。
翁同龢与张之洞交恶，缘起于光绪十年的报销。此年翁同龢主持户部，张之洞担任两广总督，张之洞在两广主持了系列战事，又编练军队，建造港口，创办企业，用款比其他各省多出十倍。而依照陋规，户部对于报销款项，每一百万两要扣四万两。张之洞认为两广的开支多，每一百万两扣二万两就可以了，而翁同龢则坚决不同意。
被翁同龢卡住不能报销，张之洞一急之下，就找了担任军机大臣的堂兄张之万帮忙。张之万就去找醇亲王说情，讲述了张之洞在两广的困难。醇亲王遂出面找翁同龢做工作，最终同意只扣二万两。虽然款项得以报销，但翁同龢对张之洞是意见大的不得了，此后时常与他作对。
戊戌年春（1898），张之洞派亲信到京师，联络徐桐、荣禄等人造势，想回京入军机处。经徐桐、荣禄等人运作，张之洞内调回京之事敲定。外放多年之后，得回京畿，张之洞激动无比，从武汉行到上海时，突然接旨让他仍回两湖。翁同龢对张之洞一直不爽，不想让他入京。此时恰逢宜昌发生教案，就向光绪奏请，由张之洞回去处理教案最为合适。张之洞虽然不满，但只能调头回去。
1903年，为了废科举，开学堂，张之洞入京。五月十六日，张之洞抵达北京，第一个去拜见的却是奕劻。奕劻对两个人最为警惕，曾称封疆大吏之中，为人张扬跋扈的，前有左宗棠，后有张之洞，对此辈唯有敬鬼神而远之。此次张之洞进京，必对奕劻有所孝敬，以为拉拢。
张之洞
入京之前，张之洞发了一电报给瞿鸿禨、鹿传霖。军机处得电后，命军机章京拟稿，待张之洞到京之后再共商。军机章京对张之洞此老极为敬畏，花了数日功夫，再三斟酌才拟定。张之洞到京后看到稿件，讽刺道：“此军机笔耶？何恶劣如是。此不能用，须吾自为也。”
过了几日，张之洞被赐西苑骑马，照例要谢恩。张之洞请军机处帮拟稿，瞿鸿禨不理会他，鹿传霖和他是亲戚，没法推脱，就让军机章京帮他代写。稿子拟好后，张之洞看了又摇头叹息：“军机之不通如此，仍须吾自为之。”此后再无人帮他写稿
入京之后，军机处在颐和园值班，奕劻请张之洞到军机处商议废科举事。到了军机处门前，张之洞却不肯上台阶。瞿鸿禨聪明，知道张之洞的意思。虽然此前清廷屡次三番规定，军机重地，不得擅入，但张之洞是被特命邀请过来商量事务的，并不触犯规律。
张之洞不肯入军机处，是因为他愤愤不平，多年封疆大吏，竟然一直不能进入中枢。瞿鸿禨遂请奕劻、鹿传霖、王文韶出来，到军机处外面与张之洞商议。
此番入京，张之洞私下与姐夫鹿传霖打听，得悉军机大臣上有空缺，以为势在必得。不想在朝堂上，张之洞一句闲话，激起了军机处老臣王文韶的怒火。
张之洞在总督任上，唯我独尊，有啥说啥，他此次入京商讨废除科举事宜，自然更不避讳了。张之洞雄心万丈地道：“科举一日不废，则学堂一日不兴。”
年迈的王文韶一听，须眉倒张，双目发红，拍桌子怒问张之洞：“别的我都不管，我但问你，你是科举出身，还是学堂出身。”
张之洞不服，与王文韶争辩。王文韶益加愤怒，撩起衣袖，亮出老拳，要揍张之洞，被仆役拉开。王文韶仍不肯罢休，大叫着要以老命与张之洞相拼。
张之洞主持废除科举，得罪了一大群人，而此次入京后，他主持了特科考试，考生是各省保举的经济特科人才。考试后，第一名梁士诒，第二名杨度，为了表示重视，特意将名单以黄榜悬挂在金水桥东。不想却有人出来捣乱，称梁士诒与梁启超同姓，杨度与谭嗣同是湖南老乡，所录取的都是康梁余党。受此牵连，不得不重新进行特科考试。
张之洞在京待了良久，待军机大臣任命出来后，却是荣庆。张之洞打听之后，知道是王文韶从中为难。既然不能入军机处，张之洞准备继续回去做他的湖广总督，不想王文韶竟然冷笑：“不叫他去，他敢去？”
张之洞既不能入军机处，又不能走，每日无事，只能喝酒赋诗作乐，樊增祥每天也跟着他后面厮混，乐此不疲。不过湖广重地，张之洞经营多年，却还是离不开他，王文韶可以阻止他入军机处，终究不能让他不回湖北。
光绪三十三年（1907）七月，张之洞、袁世凯同入军机处，多年夙愿得偿。八月初三，张之洞交卸职务后乘京汉火车入京任职，此前他刚刚充任体仁阁大学士。“入阁拜相”加上“入参军机处”，张之洞为自己的仕途划上了圆满的句号。八月初五，张之洞抵京。
张之洞入京之前，他的门生故吏，筹集资金在武昌黄鹄矶上建“奥略楼”。“奥略”二字，出自《晋书·刘弘传》中“恢宏奥略，威重南服”。1953年，修建武汉长江大桥时，此楼被拆除。
担任军机大臣之后，张之洞却主动帮政敌翁同龢开复原官，封给谥号。李焜瀛前去拜见张之洞时，张之洞却道：“翁叔平无他，惟不晓事与执拗耳，赐谥之典宜从厚。”
张之洞瞧不起翁同龢，却帮他要谥号，这是效法司马光在王安石死后帮他请封谥号的做法。但张之洞对翁同龢并未释怀，不时在诗文中讽刺一二。张之洞去世之前，命门生圈校诗集，对一些不宜留下的诗句加以删除。其中一首诗后面有注云：“叔平相国，一意倾陷，仅免于死，此种孽缘，不可解也。”门生及他的次孙张厚琼都认为这样的注解应该删去，以免结怨于翁家。张之洞却执意不肯，可见他对翁同龢成见之深。
张之洞入军机处至去世，前后二十五个月。此期间张之洞主持了新政，修建铁路，扶持企业，而他最大的努力则是抑制满人亲贵势力的膨胀。早在1900年年底，英国驻汉口领事在一封信函中谈到，张之洞曾私下向他表示：“憎恨满人，因为他们把持中国，搜刮民脂民膏。他们不顾自己的能力和是否胜任，总能升官发财。中国要想改革只有一法：废除满人特权，不论是旗人的俸禄还是仕途特权。”
张之洞入军机处时，清廷已处于风雨飘摇之中，各地民变频频，革命党人在“革命排满”的旗帜下四处举事，立宪派叫嚣着要进一步推行宪政。张之洞力请大赦革命党人。张之洞认为，大赦党人，“开其自新之路，免致党祸潜滋。”张之洞言词恳切，两宫听后很是动容，对待革命党稍有宽松。此前各省拿到革命党人，均可立即正法，此后以上谕饬令地方上要将人犯口供全部送交法部，待审核后再行定夺。
自慈禧、光绪去世之后，以载沣为首的满族亲贵，控制军政大权，压制地方督抚，进一步激化满汉矛盾。张之洞清晰地认识到，当务之急是缓和满汉矛盾。可年迈老臣的教诲，却敌不过年轻气盛的亲贵们。载沣的弟弟载洵要当海军大臣，张之洞坚称不可，载沣却不理他，一心扶持亲贵集团。
载洵权势过人，“现中央政府大权虽统握于军机处，而载洵不在军机，其权势实出各军机之右。”遇有重要事件各军机所不能主持者，载洵一言而定。载洵保举者，无不如愿以偿。京师相传，其为军机外之军机。
正是出于调和满汉的考虑，张之洞对袁世凯有所回护。张之洞、袁世凯同入军机处，此番人事布局，自然是希望彼此牵制。张之洞与袁世凯之前交往不多。光绪二十八年冬（1902），袁世凯在河南料理完老母丧事，特意前去南京拜访署理两江总督的张之洞。酒宴正酣时，袁世凯兴起，豪气万千地对张之洞道：“今天下英雄，唯香帅与世凯耳。”
面对这赤裸裸表白，张之洞的反应也很高明，他当即伏案假寐，不理袁世凯。袁世凯自觉无趣，径自离去，到了江边登上军舰，命令开船。军舰管带称没有张之洞的命令不敢开船，袁世凯怒道“我这北洋大臣难道不能杀你南洋水师管带吗？”军舰开动后，张之洞飞马来到江边。袁世凯在船上拱手道：“香帅请回，容日后相见。”
此年袁世凯入军机处后，排场比张之洞大的多了，他所携带的卫兵，打扮奇特，卫兵穿着黄布衣，衣上有虎头虎纹。未曾练新军时，清军之中，多有此类打扮。不想操练新军的袁世凯，竟也沉迷于此。多年不见此种打扮，宫中太监都看得呆了。袁世凯的卫兵，都是虎背熊腰，凶悍无比。在西苑入值时，袁世凯以卫兵开道，太监避让慢了也被痛斥。围观者无不叹息：“太凶猛。”一名太监甚至嚷嚷：“难道袁某非海外天子耶？”
载沣监国之后，握有重兵的袁世凯成为载沣集权的最大障碍。载沣驱逐袁世凯，绝不是为了戊戌年的恩仇。光绪帝被当时在京的外国人视为“神一样孤独的男人”，对他的弟弟载沣，他也没有什么感情流露。载沣在日记之中，以两个圈儿代替光绪，也没有一句亲情的流露。
载沣将袁世凯驱走，唯一的理由是权力争斗。此场权力争斗，涉及到财政权、外交权问题。
此年袁世凯兼任外交部尚书，派了亲信唐绍仪访美。唐绍仪访美除了外交谈判外，更重要的议题是借款。而清廷命令唐绍仪出使时，并未授权他谈及借款问题，借款纯是袁世凯的私人指示。唐绍仪赴美之后，建议清廷批准中美互派大使，而此事事前清廷并不知晓。此外，袁世凯与掌握度支部的载泽，为了财政问题争论。袁世凯主张给地方督抚财政权，载泽则极力反对，甚至大怒云：“宁不为尚书，绝不受袁之侮。”
袁世凯在外交、财政上的擅自主张，让载沣心生警惕，此时载泽等人又在耳边吹风，建议他将袁世凯清除。就如何处理袁世凯，载沣在十二月初六，征求了奕劻的意见。奕劻反对惩处袁世凯，但不能挽回载沣心意。奕劻夹杂在中间难做人，就在初十，以足疾为由称病请假，此时他肯定给袁世凯通风报信。
十二月十一日（1月2日），载沣召见军机大臣，此日奕劻病假，未曾入见。
待军机大臣退出之后，载沣再次召见世续、张之洞二人，将已经拟好的罢免袁世凯的谕旨出示。张之洞、世续毫无准备，看了大吃一惊。张之洞请载沣征求奕劻意见之后再决定，但载沣心意已定。
张之洞转而劝告载沣，修改谕旨中的严厉词句，给袁世凯下野留足面子。
载沣对此表示许可，随即召军机章京许宗蘅过来缮写旨。许宗蘅急匆匆走出来时，看到袁世凯正在军机处外徘徊不安，他知道将有风暴来临，却又不敢私自出走。
不久世续、张之洞二人出来，世续将蓝笔谕旨出示给袁世凯（大丧百日内不能用朱笔）。袁世凯看了后脸色大变，问道：“是否即出去。”
那桐道：“可以。”
那桐向来与袁世凯是一个鼻孔出气，知道形势不妙，支持他暂时躲避为上策。
当日发出蓝谕三道，袁世凯开缺，回籍养疴，那桐入军机处。当年翁同龢开缺被指责“揽权狂悖”，瞿鸿禨开缺被指责“窃权结党”。袁世凯此次开缺，可谓是给足了面子，谕旨对袁世凯功劳予以肯定，并对他因为“腿疾”不能胜任感到遗憾。之所以让袁世凯体面下野，张之洞从中劝说出力甚多。
当日下午袁世凯携带了部分家眷乘火车一路狂奔，逃到天津，躲在天津英国租界利顺德饭店内，由直隶总督杨士骧派人保护，并做好了出逃日本的准备。当得悉安全无忧后，袁世凯又在当夜返回北京，以免留下把柄。
对于袁世凯的老搭档奕劻，载沣则暂时未动。
御史的政治嗅觉是最为敏感的，朝内的动静被他们敏锐地捕捉。此前多次出击，弹劾奕劻不成，在不利于奕劻的背景下，更得出力将他扳倒，政坛局势一片沸腾。
宣统元年六月，张之洞患肝病，服药无效，仍继续入军机处办公。此时载沣大力任用亲贵，导致满汉分裂严重，张之洞忧形于色。
宣统元年，吕海寰担任津浦铁路督办，李德顺担任总办，为了修建铁路，必须向农民征地。李德顺动用官方力量，低价征地，被人弹劾，吕海寰、李德顺均被撤职。在召见军机大臣时，载沣提议由唐绍仪接任督办，张之洞不同意，认为唐绍仪“不洽舆情”。
载沣看张之洞反对，只好道：“中堂以为不可，谁还能说可。”
张之洞就反驳道：“朝廷用人，如果不顾舆情，恐怕要激起民变。”
载沣道：“国家养着兵，还怕什么民变？”
张之洞道：“国家养兵，不是打老百姓的。”
退朝之后，张之洞跌足道：“不意闻此亡国之言。”
七月，张之洞病情加重，请假养病。病榻之上，张之洞还亲自拟定了创办京师图书馆的奏稿。自庚子年变乱之后，京师中所藏珍贵书籍遗失甚多，张之洞得悉后很是痛心，就奏请创办京师图书馆，此即后来的国家图书馆。
八月二十一日夜，张之洞去世。当天载沣亲临张之洞府中探望，载沣到时，张之洞还比较清醒。待军机大臣世续到时，又陷入昏迷。到了夜里，张之洞醒来，召集所有子孙，每个人都有遗命，语言清晰，颇有文法。张之洞又将遗折要来，读了几段紧要语句之后方才去世。
张之洞去世后，谥号“文襄”，是文臣的最高荣誉。载沣一直倚重张之洞，对他的去世极为痛惜。张之洞在湖北担任总督时，亏空共计四百余万。即使他死了，其中的私人部分，家属也要偿付。为此载沣特意下令，亏空不论公私，一概不追究，也算是对老臣的一份心意。
资政院肉搏军机处
自庚子变乱后，在内外压力之下，清廷不得不表态，将推行改革。清廷的表态，并不是统治集团自身执政理念发生了变化，只是大势所逼迫，唯有如此方能维系其统治。至于改革如何推行，会造成什么样的后果，清廷不能预测。改革涉及到哪些实际内容，清廷也很模糊。拖到1905年，日俄战争中，日本击败俄国，这予中国以巨大刺激。“日俄之胜负，立宪专制之胜负也”，清廷开始认真对待改革问题。
随后清廷派出五大臣出国考察立宪，不想五大臣出国之前遭到了吴樾的狙击。在此之前，吴樾一直将暗杀的目标锁定在满清实力人物铁良身上。此年清廷宣布出洋考察立宪，康有为、梁启超等保皇党兴高采烈，宣布宪政时代即将到来。吴樾认为这是清廷所施展的手段，以延缓革命，遂决定刺杀五大臣。吴樾持激烈排满态度，认为“排满之道有二，一曰暗杀，一曰革命。”并称“我四万万同胞，人人实行与贼满清政府势不两立之行为，乃得有生之权利。”
光绪三十一年（1905）八月二十六日上午，吴樾换上了买来的官服，从北京正阳门车站混上了火车。火车上人多拥挤，吴樾挤到五大臣包厢前段的车厢夹道中，掏出炸弹准备投掷时，火车挂车，猛地颠簸了一下，炸弹引信触发爆炸。“惊天动地，石破城摇”，吴樾当场身亡，炸死三名侍卫，五大臣有两人受轻伤。次日慈禧召见未受伤的大臣，竟“凄然泪下”，感叹世事之艰险。
刺杀事件之后，五大臣继续出国，先后考察了日本、美国、英国、法国、德国、俄国等国。回国后，他们认为推行立宪有“巩固皇位、减轻外患、消弭内乱”的好处，建议“宣布立宪”。
光绪三十二年（1906）七月，清廷发布了“预备仿行宪政”的谕旨。谕旨肯定了当下中国“日处阽危，忧患迫切”，须及时“仿行宪政”。但同时清廷认为“目前规制未备，民智未开”，不能立刻推行宪政，而要经过一系列准备，如改革官制、厘定法律、兴办教育、整顿武备之后，才可施行宪政。改革的核心则是“大权统于朝廷，庶政公诸舆论”。
随后清政府就中央官制进行了改革，开始学习西方，创设了法部、邮传部、民政部、农工商部等部门。这些部门中分设尚书一人，侍郎二人，名义上规定高级官员不分满汉，但在十三名高级官员中，只有四名汉人。次年六月，清廷又变更地方官制。
此轮改革看起来很美，但实际上无非是将旧衙门换上新名字，再添设一、二新机构做点缀而已。借助官制改革之名，清廷又将实力派大员张之洞、袁世凯调入军机处，削掉他们的实权。
这次改革的结果是，清廷强化中央权力的措施，进一步加深了民族矛盾，也加剧了地方与中央的矛盾。立宪派所期待的政治目标无一达成，国会没有召开，军机处依然存在，责任内阁无从出现。立宪派对此大为不满，遂联名上书，要求开国会。这些当时中国最有影响力的立宪派都开始离心离德，满清皇族感到前所未有的孤单，不得不进一步摆出改革姿态。
光绪三十三年（1907）清廷宣布，筹备在中央设立资政院，各省设立谘议局，并派达寿等三人分赴德、英、日三国考察宪政。又改考察政治馆为宪政编查馆，同时着手制定宪法。但这番改革，锣鼓敲打的响亮，最后成果寥寥无几。民间的反应是，立宪“如镜之花，水之月，可望而不可及也”。
光绪三十四（1908）八月初一，为了应对立宪派的改革呼声，清廷颁布《钦定宪法大纲》，宣布九年之后正式推行宪政。此后不久，慈禧、光绪相续去世。
宣统元年（1909）年九月初一，除新疆、云南二省外，各省开谘议局。
谘议局的召开，一为指陈地方利弊，二为资政院储才之阶。谘议局的权限是：“议决本省应兴应革之事、议决本省岁出入预算、议决本身决算事件、议决本省税法公债事件、议决本省担任义务之增加事件、议决单行章程之增删修改事件、议决本省权利存废事件、议决资政院议员事件”等。
凡谘议局议定可行事件，交给督抚公布施行，督抚不同意则应向谘议局说明事由。谘议局议决不可行事件，督抚须更正后再施行，如果督抚不同意更正，也应说明理由。如果本省督抚有侵犯谘议局权限或违背法律事件，则谘议局可以向资政院申诉备案，由资政院裁决。
由于资政院的一半议员来自谘议局，这使谘议局在与督抚的争端中居有利地位。谘议局虽无立法权，但已对督抚们权力形成制约，这是中国政治史上前所未有的变革。
谘议局创设的同时，开创资政院的准备工作也在紧锣密鼓的筹划之中。至宣统元年（1909）七月，经过三次修改，资政院院章陆续公布。资政院的主要职掌有：“国家岁出入预算事件、国家岁出入决算事件、税法及公债事件、新定法典及嗣后修改法律事件（宪法不由此限），其余奉特旨交议事件。”
在与军机处、各行政部门的关系上，章程中也有规定。“资政院议决事件，若军机大臣或各部行政大臣不以为然，得申叙原委事由，咨送资政院复议。”如果资政院仍坚持原议，则应由资政院正副总裁、军机大臣、各部行政大臣分别具奏，由皇帝定夺。如果军机大臣或各部行政大臣侵犯资政院权限，则提交皇帝定夺。
虽然资政院的权限不能与国会相比，并受到钦定议员、皇帝定夺等限制，却已是巨大进步，并具有了一定的权力。如资政院可以对国家财政、立法等事务进行讨论，并对军机大臣、各部大臣形成制约。
宣统二年九月初一（1910年10月3日），资政院正式开院，当日摄政王载沣到场致辞，议员们站着聆听。资政院议员总数为二百人，分为民选议员与钦定议员，因为新疆的民选议员两名未能产生，钦选议员相应减少二人，各为九十八人。议长由王公大臣担任，可以限制议员发言乃至黜退议员。
在资政院，民选议员唱了主角，发言最为频繁，也最为激烈。活跃的民选议员主要有籍忠寅、孟昭常、雷奋、邵羲、罗杰、易宗夔等。据《公论西报》载：“钦选议员虽居过半，毫无把握”，致使“一切讨论均为民选所通过”。而据美国驻华使馆观察。“极为显得卓越能力及善辩之民选议员，已成为该院领导者。”
资政院第一次常年会议，从宣统九月一日开始，至十二月十一日闭幕，本来预期三个月，但因为议事未竣，故而延长十日，共计一百日。
初期资政院还对军机处报有希望，期待早日开国会，施行责任内阁，双方关系一度融洽。九月二十九日，资政院第十次会议时，军机大臣毓朗、徐世昌、那桐到资政院与会。
此前载沣突然问军机大臣，资政院内是否设有军机大臣的座位。毓朗回答已经设立。载沣追问，既然设立了军机大臣的座位，资政院开会也快有一个月了，你们为何一次也不去？
那桐回复：“最近繁忙，现在已拟定轮流去资政院。”
看着载沣神情不快，次日除奕劻之外，军机大臣们都出席资政院会议。
毓朗到资政院首先发表演说，内容不外是“时事艰难，总赖上下协力”云云。会上议员们不是大骂革命党，就是请求军机大臣早日开国会。
议员许鼎霖表白：“此次请开国会，想军机大臣断无有不赞成的。惟有革命党、哥老会土匪不愿意开国会。”
议员于邦华苦求军机大臣早日开国会，“我今替国民惟有对军机大臣叩头而已。”
议员易宗夔则道：“请速开国会，出于人民善意之请求，非由于人民恶意之胁迫。”
更有议员哭成一片，请早开国会。
毓朗等人只能回答现在尚未降旨，不能自行做主，但自信会竭力赞成。
到了十月，军机处开始与资政院碰撞，双方激烈肉搏多次。
宣统二年，长沙爆发抢米风潮，事后湖南须赔款一百二十万两。为了筹集这笔款项，湖南巡抚杨文鼎决定以铅矿做抵押，发行公债，此举得到了中央度支部的批准。
新设立的湖南谘议局有讨论本省税法及公债的权力，但杨文鼎却没有将此议案提交给湖南谘议局讨论。据此谘议局认为杨文鼎鄙视谘议局，滥发债务，将此事告到资政院。
资政院议员许鼎霖在审查报告中认为，“谘议局是立法机关，资政院也是立法机关，所定之章程若是不能遵守，则将来开了国会，中国亦是一个无法律的国家。”议员易宗夔认为杨文鼎之举“违背宪法，就是违旨欺君。”
十月初二，资政院经过辩论，认为杨文鼎“藐视局章，巧为朦蔽”，欺骗朝廷，据此认定杨文鼎发行公债违法，侵犯谘议局违法。
议员李文熙发言时认为，各省督抚一向惟我独尊，不受制约，将法律条文视为虚设，有了监督机构后一定要将督抚们至于监督之下，不然今后法律断难以实施。议员们认为资政院现在的处分并非针对杨文鼎个人，“实为维持国家法律之必要。”
资政院刚开张不久，却挟雷霆之势而来，击打的整个官场是漫天风雨。载沣也不能不对资政院有所表示，十月初三，清廷宣布将在宣统五年（1913）召开国会。资政院虽然希望早开国会，但两年时间也不算太长，就不再争议。现在资政院所面对的主要问题是，如何限制地方督抚的权力，真正发挥各省谘议局的作用。
十月初八，清廷对杨文鼎的处理意见出来。清廷认为此次杨文鼎未交谘议局纯属“疏漏”，之后应当注意，至于发行公债，则照常办理。夹在中间的清廷，显示出了调和的用心，但资政院议员对此处理很是不满。
议员易宗夔认为一个御史就可以弹劾督抚并奏效，而全体议员议决的事件竟然无效，如此则无必要设置资政院。议员罗杰认为，既然是“疏漏”就应该有处分，立宪国家的原则全在法律，督抚违法不予处分，那么宪政也不必实行了。
资政院议员恼火万分，遂以军机大臣副署制为突破口，要求军机大臣来资政院接受质询。
载沣担任摄政王后规定，在谕旨前一行钤摄政王印章，于钦此后一行书“军机大臣署名”六字，再书军机大臣名，此即军机大臣副署制度。军机大臣参与副署，在当时舆论看来是走向立宪的标志，因为在立宪国家中，国务大臣都要副署。
但此时的副署，并不代表军机处权力的扩充，军机处仍然要秉持载沣的意思行事。此种副署，与西方立宪国家中的副署有着本质的区别。西方立宪国家之中，大臣副署之后就得承担责任，并接受议会质询。在军机处几次与资政院碰撞之后，资政院议员不敢直接质询载沣，就转而利用副署制度，拿军机大臣开刀，要求他们如西方立宪国家中的大臣一样承担责任，接受质询。
状元出身的议员刘春霖认为军机大臣侵犯了资政院的权力，也就是违背了法律，如果不加以质问，日后军机大臣会更加肆无忌惮，要求军机大臣到资政院接受答辩。议员们对军机大臣早就不满，希望借此打掉军机处的威风，遂多数附和。
议员宋振声请议长立刻打电话给军机大臣，请到资政院来接受质询。议员黎尚雯则认为：“我们中国内政不休，外患日迫，都是军机大臣及各省督抚违背法律所致。”议员们催的急，副议长沈家本就打了几次电话，督促军机大臣出席会议，接受质询。
军机大臣哪里见过这等大场面，坚决不肯来，有军机大臣扬言：“宁见义和拳匪，不愿见资政院”。军机大臣不肯来，议员们也不可罢休，会场上一片沸腾。最后沈家本宣布休会二十五钟，休会期间沈家本找了部分议员召开做工作，请议员平心静气。继续开会之后，沈家本劝告议员：“今天军机大臣就是来院也已很晚了，今天还有其他文件要讨论。”议员们看着今日军机大臣肯定是来不了，又有一堆事要讨论，方才罢休。
资政院要求军机大臣接受质询，这是中国历史上的第一次。以往虽有御史们行驶弹劾的的权力，但这与现代政治中的议会监督政府到底有本质上的不同，当时报纸对此评论道：“是为资政院与军机处肉搏之第一次。”不过也有舆论指出，资政院如同考官，出了到试卷交给军机大臣们考试，军机大臣们绞尽脑汁，费力作答，敷衍着将试卷填满，以蒙混过关。
一波未平，一波又起，就在湖南公债案风波尚未平息之时，又发生了系列督抚与地方谘议局冲突的新案，导致军机处与资政院再次肉搏。
广西省筹办的高等警察学堂初次招生时，以生员、中学堂毕业生作为招生对象。招生时，广西巡抚认为广西地方上的生员、中学堂毕业生很少，需要招外省籍的学生。广西谘议局则认为，招收外省学生，对本省的方言、习俗都不了解，今后办事不便。退一步讲，真的要招收外省学生，应该限制名额，并收取学费。广西巡抚与谘议局的分歧，一直闹到了中央，双方均请求资政院裁定。
十月九日，资政院审查股进行了详细审查，认为广西巡抚所言本省生员已经搜罗殆尽的说法不成立，在参考了民政部的《奏定高等巡警学堂章程》后，裁定不得招收外省学生。
广西招生案之外，尚有云南盐斤案。云贵总督李经羲认为自云南禁烟后，财政紧张，遂想增加盐价，弥补财政不足。李经羲认为盐法乃是行政事务，不在谘议局讨论范围之内，遂不交谘议局议决。谘议局则认为，盐斤加价会影响民众生活，增加负担。此时又风传云南地方上穷人买不起盐，开始淡食，云南谘议局议员群情激杨，非要讨论此案不可。
此事一直闹到资政院，在资政院讨论时，云南籍议员张之霖要求立刻将总督命令取消。议员郑际平则认为此事关系到云南全省民众的生计，应由谘议局加以议决。议员易宗夔认为云贵总督不经谘议局讨论，擅加盐价，是“侵权违法”。
十月十四日，资政院议定，将此案交给云南谘议局讨论，所有已颁布命令停止施行。
不了到了十月二十一日，清廷突然颁发上谕，将广西招生案交给民政部处理，云南盐斤案交给盐政大臣处理。
此道谕旨，无异于给资政院当头一棒，导致议员们“群情大愤”。资政院认为，此两案已经过资政院讨论，摄政王载沣只有同意或者否决的取舍，现在让盐务大臣与民政部来审查，却是无视资政院的存在，是让行政机构干预立法机构的权限。但资政院此时还不敢直接挑战摄政王，就转而弹劾军机大臣。
载沣与溥仪
资政院中最为激烈的议员均是民选议员，其中湖南的易宗夔、罗杰，江苏的雷奋号称“资政院三杰”，在资政院中频繁发言。三个月内，易宗夔发言多达四百一十九次。雷奋是张謇的心腹，在江浙立宪派中影响甚大，《国民公报》说他“大江南北，声誉卓著”。
当日易宗夔在资政院就此发表了滔滔不绝的演讲，阐释了军机处与资政院之间的关系，并向军机大臣提出质疑：“既是军机大臣拟旨，军机大臣副署，则军机大臣有应负之责任。军机大臣岂不知道资政院这个机关是独立的吗？既然知道为独立的机关，就不能将立法机关所议决的案子叫行政衙门去查核。可见军机大臣是侵资政院的权，违资政院的法了。本议员倡议对于此事，因该照院章第二十一条上奏弹劾军机大臣为是。”
民选议员们决意弹劾军机处，哪怕解散资政院也在所不惜。为了争取钦定议员支持，雷奋也发表了演讲:“今天议决弹劾军机大臣的问题，二百名议员都应发表意见，不要存钦选、民选的心事。”至弹劾案表决时，到会议员一百二十四人，起立赞成者一百一十二人，超过三分之二的规定，弹劾案成立。资政院指定赵炳麟等六名议员，起草弹劾奏稿。
载沣、奕劻等人哪里见过这等场面，也乱了手脚，而此时舆论又都偏向于资政院，遂作出让步。三天之后，十月二十四日，清廷另发谕旨，同意广西、云南二案依资政院所议执行，不再交行政部门查核。同时表示，此前所发的谕旨只是咨询意见，并不是蹂躏资政院，还望资政院通融下，取消弹劾。
不巧当日资政院已拟好了弹劾奏稿，此时军机处又做出了让步，就是否继续弹劾，议员们产生分歧。资政院遂决定重拟奏稿，将重心从弹劾军机大臣，变为要求明确军机大臣的职责。奏稿中先对军机大臣加以攻击，称他们“尸位旷官，上负天恩，下辜民望”，并请早日开设责任内阁，取代军机处。在责任内阁未成立前，请明降谕旨，将军机大臣应担负的责任宣告天下，使其无可推卸。
奏折递上之后，首席军机大臣奕劻大为恼火，将资政院议长溥伦喊到军机处内痛斥了一番，指责他未能将此奏给压下去。溥伦满腹委屈，被骂后跑到南书房太监屋中，对钦选议员载润等人抱怨，众人听了都默然无语。溥伦是道光长子奕纬的孙子，曾与五大臣出国考察，一直主张推行君主立宪，建立责任内阁，在资政院中倾向明显。
被资政院接连攻击，军机大臣奕劻、毓朗、那桐、徐世昌脸面尽失，就奏请辞职。资政院的议员们沾沾自喜，以为大获全胜了。
针对资政院的弹劾，摄政王载沣认为资政院只有上奏建议的权利，最后的决断权仍在朝廷手中。十一月十七日，载沣连发两道上谕，一道上谕大力挽留奕劻等人，不准开去军机大臣职务。另一道上谕则指责资政院，“军机大臣负责任与不负责任，朝廷自有权衡，非该院所得擅权，所请著毋庸议。”
议员们对此反应激烈，认为君主立宪国是议员与政府对峙，而非君主与议员对峙。资政院与军机处之间的是非，作为摄政王的载沣不该干涉。
议员们还不敢直接指向载沣，就继续攻击军机大臣，认为军机大臣：“挟天子以令诸侯，我们议员谁敢与皇上作对？”
对未来立宪，议员们均不抱乐观态度，汪龙光认为将来必然由立宪复归于专制，易宗夔甚至认为：“人民没有别的法子，只好拿出暴动的手段来。”议员郑际平则看得透彻：“军机处积习相沿，几乎劾不胜劾”，“资政院议员听任其不负责任，作为全国的代表，人民问起国家的事体，将如何面对，不若自动解散了吧。”
议员经过讨论之后，决定再次就是否弹劾军机大臣的议案进行表决，结果有一百零二名议员起立赞成。各省谘议局此时纷纷来电，支持资政院，社会舆论也都站在资政院一方。
一片纷争之中，载沣只好做和事佬，请溥伦在资政院做工作，让议员们不要激化事态。同时载沣也做出让步，以求博取议员们的信任。
十一月二十四日，清廷命令宪政编查馆，迅速编制内阁官制。此举一出，议员们中形成了新的分歧。一些议员们认为弹劾军机大臣的目的就是为了设置责任内阁，既然目标已经达成，则应适可而止。
一些议员认为速定内阁，不能成为取消弹劾军机大臣的理由。议员吴熙龄认为，如果不弹劾，将来责任内阁成立了，这一班军机大臣还是内阁总理大臣，“恐亡国的祸胎更不堪设想”。 经过激烈辩论，最终有八十五名议员同意不再弹劾军机处。
载沣本以为此场风波就此过去，可当日的舆论却是厉害，非政府所能控制得住。看到资政院与军机处达成妥协，各报展开火力攻势，大骂资政院议员对不起国民，“失全国之舆望，窒革新之动机。”
《北京日报》大骂：“议员不敢弹劾军机、质问政府，此议员便是无用废物。”
《公论实报》则弄了个“群狗竞争图”，讽刺议员们为走狗，禽兽不如。
《国风报》报道：“资政院弹劾军机一事，闻者莫不惊为自开院以来最有价值之壮举，转瞬间如烟消云散。”
面对舆论的抨击，议员们自觉心里有愧。十一月二十七日，在资政院会议上，议员李素提议再次弹劾，“方足以对天下”。罗杰也赞成重新弹勃，并表示“军机大臣若不负责任，我们资政院通过的议案全行无效。”经过议员表决，通过再次弹劾案。十一月二十九日，资政院通过了第二次弹劾奏稿。
弹劾奏折递上去后，军机大臣们反应不一，有建议解散资政院的，有建议申诉的。首席军机大臣奕劻则连日请假，不来军机处上班。最终载沣采纳了徐世昌的建议，将奏折留中不发，一拖到底。议员们一看奏折被留中了，就再次上奏，反对留中不发，结果这个奏折又是石沉大海，再无消息。此时第一次资政院年会即将结束，议员们尚有诸多议案需要商讨，第二次弹劾军机处遂不了了之。
资政院与军机处存在着的矛盾，却是政体架构上的缺陷。军机处自创设之后，一直是决策机构，而不是政务的实际执行机构。而依照立宪体制，资政院（议会）通过决议，政府（军机处）执行，并接受监督。但军机处又不是执行机构，真正的执行者是皇帝（摄政王），也即皇帝（摄政王）才是真正的政府。虽然军机大臣在谕旨上副署，但这只是一个象征，它不表明军机处就是实际政务执行者。资政院一直强调要军机处负责，军机大臣们也很委屈，抱怨“无权而负责，谁肯为之？”军机大臣们也一再告诉资政院，不要将军机大臣与立宪国家的国务大臣混淆一谈。
资政院中的议员也知道政治架构上的问题，遂力主建立责任内阁制，虚位于君，由责任内阁把握实权。资政院目标是建立英国式的君主立宪制，可载沣心仪的却是德国式的立宪制度。
德国宪法中设定了国王拥有无上大权，议会上院（贵族院）由国王指定人选；虽然存在选举和党派，但在选举中由于财产资格的限制，保证了贵族在议会中的多数地位。资政院所要达成的政治目标，与载沣等皇族的政治目标，可谓是南辕北辙，整个局面，如同鸡向鸭讲。经过此两轮肉搏，外界也清晰地看出，未来奕劻必将是内阁总理大臣。本被视为内阁总理大臣人选的毓朗，也公开表态力挺奕劻。
资政院挑战军机处，并与之多轮肉搏，让世人刮目相看。《协和报》连呼“壮哉！”。李提摩太惊呼：“今日之有资政院，一若满人权力递交人民，仿佛二十国同时革命不流一滴血。”可资政院的未来发展，并未如李提摩太设想的那么美好。
