过了几天，慈安太后果然收到了慈禧送来的月饼，样式和味道和上次吃到的没什么两样。不料，当天晚上慈安太后便觉得腹痛难忍，御医来后也束手无策。没过多久，慈安太后便含恨去世，估计就是慈禧在月饼中下了毒。
慈安太后被慈禧用毒饼害死及咸丰密诏事均来源于恽毓鼎的《崇陵传信录》，恽毓鼎曾担任过光绪皇帝的日讲起居注官。此后，这两种说法又被各种野史加以夸大演绎，不过这些故事情节固然生动有趣，但终究禁不起推敲。如熟稔清宫掌故的著名学者金梁即对此提出质疑：“近人依托宫闱，流言无实，尤莫甚于恽氏笔录所载孝贞暴崩事。即云显庙手敕焚毁，敕语何从而知？食盒外进，又谁确见？恽氏曾事东朝，横造影响无稽之言，后之览者，宜深辟之。”
事实上，慈安和慈禧这两宫太后的关系一向比较融洽，并不存在什么尖锐的矛盾。慈安虽贵为中宫之首，但她本人识字不多，又为人和善，对政治也没有兴趣。如曾出使欧洲的薛福成即记载说，“东宫见大臣，呐呐如无语者。每有奏牍，必西宫为诵而讲之，或竟月不决一事。”所幸的是，慈禧则对政治颇有天赋，正好弥补了慈安的缺陷。在两宫太后的垂帘听政安排中，慈安德高望重，慈禧才干突出，可谓相得益彰。在近三十年的时间里，宫中的两个重要女人一直保持了相对和谐与稳定的关系，这在以往的后宫历史中都是不多见的。
当然，慈禧与慈安也不是完全没有矛盾，如前面提到的安德海被杀和同治选皇后之事。安德海是慈禧太后宠信的太监，他在出京南下途中被山东巡抚丁宝桢杀掉，这得到了慈安太后和恭亲王奕訢的支持；另外，同治选皇后时，他违背了慈禧太后的意旨而选择了慈安太后看中的阿鲁特氏，这让慈禧感到十分郁闷，她无法理解和原谅的是，自己的亲生儿子竟然会将慈安太后置于比自己更高的地位。
但是，这两件事尚不足以证明慈禧对慈安怀恨在心，因为杀安德海的丁宝桢后来非但没有被慈禧太后非难，反而一升再升，死后还获得了“文诚”的谥号；而对于同治和皇后的不满，随着这两人的先后离世，慈禧也似无必要记恨于慈安太后。
由此看来，说慈禧谋害了慈安显然只是民间传闻，并没有确凿的证据支持。事实的真相很可能是，慈安太后的确是突然发病而亡。当时，光绪的师傅翁同龢兼任礼部尚书，由于其负责办理了慈安太后的丧仪，因此得以了解慈安太后的整个发病过程和死因。
日记中，翁同龢记载了慈安太后发病后的脉案、药方和病情进展状况：“晨方：天麻、胆星；（脉）按云类风痫甚重。午刻一（脉）按无药，云神识不清、牙紧。未刻两方虽可灌，究不妥云云，则已有遗尿情形，痰壅气闭如旧。酉刻，一方云六脉将脱，药不能下。戌刻（晚八时前后）仙逝。”
由此可以看出，慈安太后是突然发病，并有神识志不清、牙关紧闭、尿失禁和痰壅气闭的临床症状，而御医脉案中判断的“类风痫甚重”，其实就是现在所说的脑中风，或者说是现代医学中说称的脑血管疾病。
爬梳历史记载的话就会发现，慈安太后的病其实早而有之。翁同龢在日记中就曾经记载了慈安太后的两次发病史，一次是同治二年二月（1863年3月），慈安26岁时，当时病症表现为“有类肝厥，不能言语”，可能是中风的先兆，不过这次因为慈安年纪轻，很快便得到恢复。七年之后，33岁的慈安再次“厥逆半时许”，所幸治疗及时，没有造成严重后果。
从某种程度上说，慈安太后的死也不能完全说与慈禧毫无关系。或者说，正是因为慈禧太后久病不愈，不得已之下，慈安太后被推上了前台，去面对那些不得不处理的政务，而慈安本人并不是一个善于理政的人，这对她来说无疑是一个极为繁重的苦差事，让她不堪重负、身心疲惫，进而引发昔日的宿疾。
据陈昌《霆军纪略》中记载，光绪六年（1880）五月二十七日，原霆军统领鲍超觐见慈安太后，后者问：你这到湖南好多路？奏：轮船不过十余日至湖北，由湖北不过十余日即到任所；问：你咳嗽好了没有？奏：咳嗽已好。谕：我靠你们在外头，你须任劳任怨，真除情面，认真公事！奏：仰体天恩，真除情面，认真公事，不敢有负委任；问：湖南有洋人否？奏：洋人曾到湖南，因湖南百姓聚众一赶，后遂未到湖南。
由此也可以看出，慈安召见大臣只是礼仪性的，大多是问问身体如何、地方情形如何，她本人却不会提出任何指示性意见和指导性见解，事实上她也确实不太懂朝政。这段时期被顶出来理政，也主要是因为慈禧患病，不得已而为之。
事实上，从发病前一日慈安太后“两颊微赤”的情况来看，这可能已经是脑血管疾病的前兆了。以慈安的知识水平和应对能力，她都远远不如慈禧，理政吃力，由此疲劳过度引发脑出血，这种可能性相当不小。由此，慈安太后为何会突然暴毙也有了相对合理的解释。
对于慈安后事的处理，慈禧的做法还是无可非议的。在其去世后，慈禧立刻召集在京的王公大臣入宫商议安排慈安太后的后事。天明之后，慈禧命太监揭开蒙在慈安太后脸上的“面幂”，令在座的王公大臣们瞻仰，当时惇亲王奕誴、醇亲王奕譞、各御前大臣、内务府大臣等人均亲眼看过慈安太后的遗容。在此过程中，慈禧并没有遮遮掩掩，而是大大方方地安排一切，这也表明她心中无鬼。
另外，对于民间传闻说慈禧慢待慈安太后、甚至只给慈安准备了一个很小的棺材之事，这也显系谣传。事实上，慈禧为慈安太后准备了一个很大的金匮，当时翁同龢也记载说慈安太后的“金匮甚大”，而且也是按照祖制将慈安太后的遗体在其死后第二天放入棺材，而并非是民间所称的提早入殓。
不管怎么说，慈安太后的中年早逝，这让与之相处了近三十年的慈禧感到孤独和寂寞的同时，也为她后来的一人独裁专权扫清了道路。尽管慈安太后的死并没有引起清廷政局的任何变动，但其中潜藏的巨大变化却绝不可等闲视之。
从某种意义上来说，慈安太后虽然极少参与政治亦无参政的能力与谋略，但她作为正宫太后，其存在本身就是对慈禧独裁专权的一种莫大威慑和有力约束。换句话说，只要慈安太后在世，慈禧就不敢过于任意妄为、一手遮天。更微妙的是，慈安太后的死也使得唯一能平衡慈禧政治力量的奕訢集团失去了一个极为重要的倚靠对象，而慈禧的党羽势力也由此大增，双方的平衡很快就会被打破。如此一来，虽然当时的政局风平浪静，但其中却是潜流涌动，随时都可能爆发出来。
清流为我所用，玩弄股掌之间
光绪六年（1880年）中秋节的前两天，病中的慈禧太后派遣太监李三顺给她的妹妹家、醇亲王府送宫廷特制的中秋礼盒，于是李三顺顺便带着两个小太监拎着八个食盒，想走午门东左门出宫。
按规矩，宫中敬事房如果没有通知门禁，太监是不允许随便出宫的。因此，当李三顺们到达午门时，把守的护军照律不许他们通行。慈禧太后身边的这些太监，一向骄纵成性，李三顺又以“西佛爷懿旨”为护身，非要从这里强行通过，结果双方发生争执，守门的护军玉林、福祥、忠和等人坚决不予放行。
很快，门口的争吵声把当值的护军统领岳林、护军营章京和午门“司钥长”等人都惊动了，他们纷纷赶过来查看。问明原因后，岳林等人劝李三顺先通过敬事房办好手续再出宫，免得坏了规矩，大家都不好交代。李三顺则觉得在小太监面前丢了面子，其一怒之下竟然硬闯午门，结果护军玉林在拦阻时，也不知道是他碰倒了食盒还是李三顺故意将食盒丢在玉林身上，食盒被掉落在地上，里面的东西散落一地。
事情搞成这样，李三顺却跑回去报告慈禧太后，说午门护军无理取闹，不但不让他们出宫，还故意打翻了送往醇王府的食盒；不仅如此，这些人连自己也打，一点儿都不把太后放在眼里。正在病中的慈禧本来就心情烦躁，听到这事后立刻肝火上升，她一把打翻了正待吃的药碗，大骂道：“这帮兔崽子，我还没死，就敢欺负到我的头上来了！”
随后，慈禧立刻派人去将慈安太后请来，哭诉她被人欺负，口口声声说要不将这几个护军杀掉的话，她就不想活了。慈安太后见慈禧发此盛怒，只好将此事交给刑部处理，并亲自交代刑部尚书潘祖荫，要将护军玉林等三人斩首。
潘祖荫不敢怠慢，随后便召集刑部各司最精干的、人称“刑部八大圣人”的八名官员一起审理此案。但是，这八人经审理后均认为护军无罪，于是他们上报潘祖荫说：“既然交给刑部处理，那就应当依照大清律例。如果太后非要杀之，本部不敢与闻。”
接到这个处理意见后，慈禧更是气得两眼发直，她随后带病召见了潘祖荫。其间，慈禧好一阵捶床痛骂，又哭又叫，几如村妇骂街，潘祖荫被骂得冷汗直流，不敢做声。回去后，潘祖荫只得下令重判，玉林、福祥被革去护军，销除本身旗档并发往黑龙江充当苦差，遇赦不赦；忠和著革去护军，圈禁五年，著枷号加责；护军统领岳林交部严加议处。
这个处罚结果出来后，朝中很多官员议论纷纷，认为对护军等人处罚过重而对太监却不置一词，如此过于偏袒，只能助长了太监们的气焰，以后怕是流弊无穷。
这时，朝廷中的“清流派”官员首先站出来为护军抱不平。这里所谓的“清流”，指的是同治、光绪年间清廷中的一批言官，他们取法儒家传统，以刚正不阿相标榜，以评议时政、上疏言事、弹劾权臣、指斥弊政而闻名。大体而言，这些人大都出身翰林或御史，每遇应言之事则一拍而起，声讨纠弹，相互呼应，时人又称之为“清流党”。
一般认为，晚清的“清流党”分前后期，其中可以中法战争为界限。前期清流以军机大臣李鸿藻为首领，其中以张之洞、张佩纶、陈宝琛、黄体芳、宝廷、邓承修等人为主要人物；后期清流则以户部尚书、帝师翁同龢为宗主，盛昱、王仁堪等人是主力，后来又有志锐、文廷式等人参与其中，这些人在甲午战争前后因拥戴光绪而又被人称为“帝党”（与拥戴慈禧太后的“后党”相对应，这是后话）。另外，前期清流多为北方人，所以也有人称之为“北派”；而后期清流多为南方人，故也被称为“南派”。
从某种程度上说，“清流党”大多是没有实权的言官，而为牵制恭亲王奕訢和地方上的汉人实力派，慈禧太后也有意无意地纵容他们作为平衡力量。正因为如此，同治、光绪年间那些“清流党”争相弹击，言辞凌厉，成一时之风气。
光绪初年，张之洞、张佩纶、黄体芳、宝廷四人被合称“翰林四谏”，在当时政坛上锋头极健，为士人所瞩目。午门案发后，清流派官员激愤异常，决心一逞锋芒，讨个公道。张佩纶最先看到午门案的上谕，于是便告诉了时任翰林院左庶子的张之洞，后者又去找了右庶子陈宝琛，两人一商议，便决定分别上奏。
陈宝琛写了一折一片，指出护军是奉职行令，如此处罚将造成护军不敢严守禁门，以后太监只要说声“奉有中旨”，护军便不敢阻拦放行，势必造成严重后果。写好后，陈宝琛让人送给张之洞征求意见，张之洞觉得奏片的口气太激烈，劝他不要上奏。这时，张佩纶来访，看了奏片后拍手称赞，连说不用可惜，于是陈宝琛便将一折一片同时上奏。
与此同时，张之洞也写了一个很长的奏折上奏。奏折中，张之洞没有为护军辩护，而从防范太监的角度入手，以历史教训为鉴，警告慈禧要防止宦官专权。不仅如此，张之洞还特意举出嘉庆年间有太监内应的“林清之变”及其当时发生的“天棚火药案”“刘振生擅入宫禁案”，以加强他的观点。
张之洞与陈宝琛的奏折几乎同时上达，慈禧接到后反复思量，特别是张之洞所提到的“天棚火药案”和“刘振生擅入宫禁案”，更是让她觉得事态严重。说来也巧，“午门护军案”后，宫中又连续发生了两个案子，其一是内务府工匠在拆除宫殿遮阳防暑的天棚时，在长春宫的屋顶天棚上发现了大包黑火药和引信。长春宫是慈禧的住所，此案案情重大，当时内务府都不敢将此事禀告病中的慈禧太后。
不料此事尚未查明，又发生了“刘振生擅入宫禁”的事情，而且这次还让慈禧亲自撞见了。原来，就在当年十一月初八中午，慈禧太后在路过体元殿西配殿时，居然发现一个身穿老羊皮袄的中年汉子坐在台阶上一边抽烟，一边吐痰，猝然间这么一碰上，慈禧是气得差一点儿晕过去。经审问后，得知此人名叫刘振生，他认识一个名叫魏丰的苏拉（宫廷杂役），于是央求魏丰带他进宫长长见识，一饱眼福。这个魏丰也是不知死活，竟真的把他带入宫内。由于午门案的教训，这段时期护军不太敢盘查太监、苏拉，于是两人安然入宫。入宫后，魏丰有事走开了，老刘胡走乱走，不巧被慈禧撞见。此事发生后，神武门当值护军及刘振生所经各处值班失察的太监，一大批人都受到严厉的处分，刘振生则被斩立决。
在张之洞和陈宝琛两人奏折的警示下，慈禧宣布撤销之前午门案的处罚上谕，交刑部重新改判：玉林改为杖一百，流二千里，福祥改为杖一百；忠和改为杖一百，圈禁二年；岳林免交部议处；太监李三顺责三十板；首领太监刘玉祥罚月银六个月。
据说，禀理此案的恭亲王奕訢在反复阅读张之洞和陈宝琛的奏折后，拍案赞叹：“这才是真奏疏！”客观地说，恭亲王的赞誉并非虚赞，在慈禧盛怒、百官缄口的情况下，清流党人敢于大胆上争并为护军挽回死局，也的确令人刮目相看。
不过话说回来，清流人物虽然饱学善辩，文章作得漂亮痛快，而且攻讦当权者不留情面，但言谈之间大多“闭门造车”，不通实务。慈禧太后当时也认为，清流中的大多数人物可以做言官，或者还可以做学官，但乏有稳重成熟的务实干员，难以担当重任。倘若那些清流闹得凶了，便要让他们去做做实事，吃吃苦头，也乘机杀杀他们的威风。果不其然，后来这招儿还真就用上了。
甲申政潮，恭亲王奕訢出局
太平军和捻军等各处乱事被镇压下去后，大清帝国的总体局势发展良好，人心思定，各地争办洋务，开矿建厂，中外相安，国内一时间欣欣向荣，颇有“中兴”之象。不过，在这平静当中，却隐隐有一种不安的气氛，那就是周边地区开始出现危机。
最开始时，是中亚浩罕国的阿古柏乘着回乱之际，于1865年在新疆妄建“哲德沙尔国”（“哲德沙尔”本是“七城”的意思，指的是被阿古柏侵占的喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、乌什七座大城），而此时俄国也趁火打劫，以“代中国守土”的名义，悍然出兵侵占了伊犁。所幸的是，左宗棠在镇压陕甘回乱后率大军西进，并于1876年彻底击败阿古柏势力，一举收复新疆。在清军的压力下，俄国被迫与中国就伊犁问题展开谈判，后经晚清著名外交家曾纪泽（曾国藩长子）的努力，被侵占的大部分领土最终收回。
与此同时，大清帝国最南边的藩属国越南也开始被法国侵扰。19世纪60年代后，法国迫使越南签订了第一次《西贡条约》，越南被迫开港通商，而且南边三省被割让给法国。由此，越南开始逐步沦为法国的殖民地。一年后，法国又控制了柬埔寨，整个湄公河下游都落入法国人之手。1867年，法国人再割越南三省，整个越南南部改名为交趾支那，并设立总督进行治理。得寸进尺之下，法国人还不满足，其将侵略的爪子又伸向了越南北部，并试图打开中国西南地区的门户。
1882年后，法国再度加紧蚕食越南并进而威胁广西边境，法军在与中越边境的刘永福黑旗军发生冲突后，法国人悍然发动战争，并攻占了越南都城顺化。1883年，乘着越南阮氏王朝国王阮福时病死、宫廷出现内讧之机，法国人威逼越南签订了《顺化条约》，由此取得了对越南的“保护权”。
在此情况下，清廷按说是有责任和义务去帮助藩属国维护国内稳定和抵抗外来侵略的，但在两次鸦片战争中，大清帝国吃尽了西方列强的苦头，如今自己也是泥菩萨过河，自身难保。面对这些如狼似虎的西方列强，清廷即使有心援手，但未免也有些“心有余而力不足”。
限于实力问题，清廷内部对援越抗法问题也出现两种对立观点：第一种是主张对法国人采取强硬措施，甚至不惜与之一战；其理由是，对法国软弱妥协的话，其他列强也将步法国的后尘，对大清帝国的其他藩属国心存觊觎之心，到时局面更加不可收拾，这派观点的代表人物主要有左宗棠、张之洞、张佩纶等人。
第二种观点是主张不卷入法越矛盾漩涡，甚至干脆放弃越南，如当时的李鸿章就认为，越南对大清早已是离心离德，而且也没有主动求援；既然如此，倒不如放弃算了。朝议中，恭亲王奕訢等人也部分持这种观点。
在法国迫使越南签订《顺化条约》后，中国即成为了法国“保护”越南的唯一障碍。为消除这一障碍，法国人于1883年9月提出谈判，要求清廷承认法国对整个越南的殖民统治。鉴于对中国西南地区的屏护作用，加上左宗棠、张之洞等主战派的高声疾呼，清廷这次一改以往的消极态度，在敦促李鸿章加强和法国谈判时，也把军队派出镇南关，表示不惜一战的决心。
眼见谈判讹诈不行，法国人便决定使用武力迫使清廷就范，中法战争由此爆发。1884年年初，由于清军准备不足，其在法军的猛烈攻击下全线溃败，广西、云南边境告急。消息传到北京后，慈禧太后大为震怒，满朝文武大感震惊。随后，这次战败的主要责任人广西巡抚徐延旭和云南巡抚唐炯均被革职拿问，前者甚至被判为斩监候，发配新疆。为重整旗鼓，鼓舞士气，清廷又任命了潘鼎新为广西巡抚、张凯嵩为云南巡抚，着其立刻部署前方战事。
徐延旭和唐炯承担这次惨败的责任当然有些冤，事实上，作为最高统治者的慈禧才应该负主要责任。在危机爆发的开始，慈禧在对法交涉问题上犹豫不决，这使得前方将领也摸不清清廷到底是要战、还是要和，备战由此陷于形式化。而在开战前，慈禧太后将对外交涉的事务交给李鸿章全权处理，对即将爆发的战争明显抱有侥幸心理。
替罪羊虽然找了两个，但这事还没这么快完结。当年三月初八，慈禧在召见军机大臣分析战争失败原因时，其斥责朝中官员因循守旧、应对不力，矛头直指主持军机处的恭亲王奕訢，并为改组军机处制造舆论。
就事论事，身为军机领班的奕訢，当时的表现也的确不佳。在做了二十多年的军机领班后，长期的劳累使得奕訢的身体每况愈下，这几年更是经常生病，动辄请假。战争爆发前，奕訢还曾大病一场，病愈后也是精神不振，远不如前。另外，奕訢深知慈禧太后对权力专断的贪婪，其锐气在这二十多年中也日渐消磨。尤其在慈安太后死后，奕訢更是感到孤立无援，凡事能避则避，即使关乎国家命运的大事也大都不置可否，以揣摩慈禧太后的意向为能事。
由此，奕訢在对法交涉中也是模棱两可，一味应付，但战争的失利最终引发了慈禧和大臣们的极大不满。此时，奕訢似乎也感觉到了什么，他为了讨好慈禧而急忙费心费力地筹划半年后慈禧的五十寿典，企图以此来博得慈禧太后的好感。
但这一切都已经晚了。这一次，慈禧决心要利用这个机会对军机处大换血，并让奕訢彻底出局。在慈禧的暗示下，清流党人、翰林院左庶子盛昱上折弹劾恭亲王奕訢、军机大臣李鸿藻和宝鋆等人，要求他们承担战争失败的责任。对此，慈禧太后暗中欣喜，随后即将奕訢打发到东陵主持慈安太后的三周年祭典。在此期间，慈禧更是频频召见亲信宠臣，为政局改换做准备。
三月十三日，慈禧避开军机大臣而直接召见了御前大臣、大学士和六部满汉尚书，随后发布了一道上谕，将奕訢为首的军机处大臣一概以“委蛇保荣，办事不力”的罪名逐出军机处。其中，奕訢被革去一切职务，令家居养疾；奕訢多年的得力助手宝鋆以原品休致（退休）；李鸿藻和景廉降两级调用，翁同龢因是帝师，革职留用但退出军机处。
随后，慈禧太后又宣布组建新的权力班子，其中以礼亲王世铎、户部尚书额勒和布、阎敬铭、刑部尚书张之万、工部左侍郎孙毓汶五人为军机大臣，贝勒（后为庆亲王）奕劻主持总理各国事务衙门。数天后，慈禧太后又再下一谕：“军机处遇有紧要事件，著会同醇亲王奕譞商办。”如此安排，换句话说就是让醇亲王奕譞代替了兄长奕訢的位置。由于这一年是农历甲申年，慈禧太后导演的这次重大人事异动，历史上也称之为“甲申易枢之变”或“甲申政潮”。
●慈禧太后亲笔写下罢免奕訢的朱谕
回头看，慈禧太后的这次行动，下手之迅疾，理由之充分，更换之彻底，着实让人凛然生畏、叹为观止。在经过二十多年的垂帘听政后，慈禧的权术已经修炼得炉火纯青，达到了收发自如的境地。不过，权术的成熟并不意味是件好事，特别是没有了恭亲王奕訢的帮衬与牵制后，慈禧太后由此变得更加专制跋扈，这恐怕就不是国家之福了。
战和不定，中法勉强打个平手
清廷“甲申易枢”，军机处被全面改组后，中法战争也暂时进入一段和平期。法国人见清军已经基本退出越南，便也想鸣金收兵，把胜利成果以条约的形式肯定下来。随后，中法之间又展开谈判，法国人提出的要求主要有两点：一是中国承认法国成为越南的保护国；二是允许法国在中国的西南地区通商。
由于对继续战争缺乏信心，慈禧决定派李鸿章同法国人进行接触。经过短暂的谈判，李鸿章与福禄诺于1884年5月11日在天津签订了《中法简明和约》，又称《李福协定》。
《李福协定》主要有五款内容：中国承认法国与越南签订的条约和对越南的保护权；法国与越南修约时，不出现有损中国体面的字样；中国驻越清军调回境内；法国不索赔款，中国在中越边境开埠通商；三个月后，双方派遣全权大臣，制订详细办法。
《李福协定》只是初步协定，具体条款还需要进一步议定。但尚未等到和约具体议定，法国人便急哄哄地要求中国军队撤军接防，结果在1884年6月双方在中越边境再次发生冲突而重新进入了战争状态。
事件发生后，双方相互指责对方破坏和约，强蛮的法国人竟然照会清廷，要求清军立刻撤退，同时还讹诈军费两亿五千万法郎（约合白银三千八百万两）；其声称，如果清廷不照办，法国就要占领中国一两个海口当作赔款的抵押。
在法国的无理勒索下，慈禧仍旧想息事宁人，她派了两江总督曾国荃到上海与法国人接触，但由于法国人的要求太过分，谈判没有结果。随后，法国便将战火扩大到了中国东南沿海，战争进一步升级。
为扩大海军优势，法国人将其在中国和越南的舰队合编成远东舰队，以远东扩张的积极鼓吹者孤拔为统帅，准备攻占福州和基隆，扣押为质，作为谈判的筹码。不知道是巧合还是英明，就在法国人组建远东舰队的同一天，也就是1884年6月26日，在曾国荃的推荐下，淮军将领刘铭传被派往台湾督办军务，以加强台湾的防卫。结果法国舰队到达基隆后，非但没有占得任何便宜，反被打得狼狈逃窜。
但法国人并不甘心失败，随后他们又将进攻的矛头指向了马尾军港的福建水师。恰在此时，不知道慈禧太后是想杀杀清流党人的锐气还是有意加以历练，在朝廷中坚决主战的张佩纶被任命为钦差大臣，前往福建督办海疆事宜。
书生典兵，大多有祸无成。由于当时认为和议将成，张佩纶和闽浙总督何璟、船政大臣何如璋、福建巡抚张兆栋、福州将军穆图善等人根据清廷“不可衅自我开”的训令，其在法国军舰陆续闯入闽江口并进泊马尾港时，福建水师和岸防部队并没有进行任何拦阻，生恐发生冲突，影响和局。
8月23日，由于谈判没有结果，法国舰队不宣而战，向福建水师发起了突然袭击。当日下午一点半，马尾港中潮水涨平，天空突然黑云滚滚，风雨大作，在闪电雷鸣中，法国舰队猛然进攻，结果福建水师全军覆没。
马尾军港激战正酣时，钦差大臣张佩纶和船政大臣何如璋听到海港内的隆隆炮声后，竟然吓得赶紧从福州船政局的后山逃走。据时人描述，当时天下大雨，电闪雷鸣，张佩纶吓得连鞋都掉了，跑到一半实在跑不动了，只好由亲兵拖曳着往前走，极为狼狈。
颇具讽刺的是，张佩纶不久前还在朝廷上慷慨陈词，情绪激昂地大骂他人卖国投降，等到朝廷真派他去福建主持军务时，却侈然自大，漫不经心，结果致此大败。据说，法国舰队进入马尾港后，张佩纶居然把福建水师的所有战舰全部集中起来，和法国舰队近距离聚泊，并自称是背水布阵，置之死地而后生。后来的事实证明，这其实是为法国舰队聚歼福建水师创造了最有利的条件，如果福建水师的战舰分散停泊的话，损失是有可能降低的。
文官好战，外行指挥内行，后果相当严重。钦差大臣张佩纶、闽浙总督何璟、船政大臣何如璋、福建巡抚张兆栋四人，后来被福建乡人戏称为“两张没主张，两何莫奈何”，一时间独领风骚的清流名角就此仕途暗淡。所以说，慈禧太后这次对张佩纶的任用，真不知是故意挫杀清流的锐气还是浪费人才（简直就是在害他）。
遭此大挫后，慈禧也坐不住了，她在谴责法国“专行诡计，反复无常，先启兵端”后，决定对法正式宣战，发动反击。鉴于敌我的实力对比，清廷制订了“海上防守、陆路进攻”的战略计划，其中重点在越南北部向法军发起反击。
但是，尽管清军在人数上占据优势，但由于和法军在武器、训练等方面存在很大差距，加上指挥失当，清军在1885年1月底便一路溃退，甚至还主动弃守战略要地谅山，直接退回了中国境内。随后，法军攻破越南通往中国西南地区的门户镇南关（今友谊关），战火等于烧到了中国境内。当地商民听说镇南关失守后，纷纷举家迁徙，战败的清军游勇也大都溃散，逃军和难民成群结队，蔽江而下，广西全省大震，人心惶惶。
在此危急形势下，新任两广总督张之洞上奏朝廷，举荐当时已经解甲归田的老将冯子材出山。在冯子材的指挥下，清军在1885年3月24日取得镇南关大捷，随后又在3月29日收复谅山并重伤了法军指挥官尼格里。在镇南关大捷的同时，西线战场上的黑旗军在与清军的相互配合下取得临洮大捷，法军全面溃败。
当法军在镇南关和谅山惨败的消息传到巴黎后，好战的茹费理内阁在一片责骂声中轰然倒台。在这大好形势下，正当清军准备进攻北宁、河内，将法国侵略军彻底赶出越南北部地区时，慈禧太后却突然乘胜即收，停战撤兵，令前线将士一片愕然。
按理说，镇南关大捷本来使中国在军事和外交上都处于一个相对有利的地位，但慈禧太后却担心法国会“因愤添兵”，不断扩大战争，而这时主管谈判事务的李鸿章也认为“藉谅山一胜之威与缔和约，则法人必不再妄求”，以胜求和，免得兵连祸结。
武人好战，情有可原，但作为大清帝国的总当家，慈禧太后考虑的可能要多一点儿。就当时情况而言，虽然清军在镇南关、谅山等地大败法军，但法国舰队当时仍占领澎湖，对台湾地区形成了封锁状态。换言之，在陆海两个战场上，双方互有胜负，总体形成一种均势。
慈禧最担心的是，法国舰队万一像第二次鸦片战争一样北上攻击京畿，这就更加麻烦了。毕竟，中国的海军在海战方面和法国舰队根本不是一个级别。而且，战争耗费巨大，整个战争总共耗资一亿多两白银，清廷还为此借债两千万两，其中相当部分是以海关税收为担保、向外国银行所借的债款。财力上难以支撑，也是慈禧太后决定停战求和的重要原因。
另外，俄国和日本当时也在虎视眈眈地看着战争的进程。拿俄国来说，早两年因强占伊犁的阴谋未能得逞，目前正企图利用中法战争浑水摸鱼；而中法战争期间，日本策动朝鲜的亲日派开化党发动“甲申政变”遭到失败后，也不断鼓吹武力侵朝。慈禧太后当时最担心的是，万一法国和日俄勾结，南北呼应，到时清廷根本无法同时应对两场战争。
此外，当时台湾仍受到法国舰队的严密封锁，形势险恶。而越南当局在中法战争中一味地妥协投降，甚至在法国人的胁迫下公开断绝了同清廷的宗藩关系。越南的离心离德，也让清廷心灰意冷，失去了继续援越抗法的信心和理由。
正是出于多种考虑，慈禧在权衡利弊后，决定舍越南而保台湾，承认越南沦为法国保护的现状。恰在此时，法国茹费理内阁垮台，新的法国政府对持续的战争也感到不堪重负。正因为双方都不想再打下去，两国间已进行了多日的秘密谈判便开始互相妥协，彼此都表现出和平解决的意愿。
1885年6月9日，中法双方在天津签订《中法会订越南条约》（通常称《中法新约》），和约共十款内容，其中清廷承认了法国对越南的保护权，法国也由此打开了通往中国西南的商业之路（通商未必就一定意味着不平等）。
最后要说的是，现在很多人批评慈禧太后当时乘胜求和导致“不败而败”，这种说法是颇值得商榷的。当时的大清帝国，在西方列强面前远谈不上是什么大国，在自己国力并不强大且万事待兴的情况下，去保卫一个没有太多利益且已经单方面宣布中断传统关系的藩属国，未必是一个明智的选择。就这点而言，倒也不便过分苛责慈禧太后。
新班子上任，一蟹不如一蟹
恭亲王奕訢被赶出军机处后，清廷政局随即发生了微妙的变化。其中尤其值得注意的是，慈禧太后规定军机处在大事处理上须会同醇亲王奕譞商办。这种做法，实际上是以奕譞代替了奕訢的军机首领地位。
按说，奕譞是光绪皇帝的生父，他理应回避朝政才对，何况奕譞这个人也算乖觉，他在儿子载湉被定为皇上后，很快便上疏说自己得知消息后，“身战心摇，如痴如梦”，致使“旧有肝疾等症”发作，委顿成废，请求辞去各项差使，免得其他大臣们弹劾他以皇帝本生父的名义干政。事后，奕譞又闭门谢客，作出不问政事的高姿态，以求自保并借以保护深宫中的光绪小皇帝。
对于奕譞的表现，慈禧是非常满意的。作为补偿，奕譞的醇亲王爵位也很快赏为世袭罔替，成为继清初的八大“铁帽子王”及怡亲王、恭亲王后的第十大“铁帽子王”。同时，奕譞今后碰到“皇帝升殿和皇帝万寿”时，可不用随班行礼（因为按儒家学说，即使儿子是皇上，父亲也不应给儿子行礼）。
事实上，在老六奕訢和老七奕譞两个小叔子中间，慈禧明显要偏向奕譞，因为后者不仅仅是自己的妹夫，而且他不像奕訢那样有主见和咄咄逼人。当年扳倒肃顺八大臣时，奕譞还亲自带兵捉拿了首犯肃顺，对慈禧可谓忠心耿耿，让人大可放心。
但是，慈禧太后的决定很快遭到了言官御史们的反对。他们认为，醇亲王奕譞参与政事不但在礼仪上多有不便，而且会引起“太上皇”干政的隐忧。对此，慈禧太后不以为然，她并不担心奕譞作为军机领班会造成什么隐患，因为她相信自己具备操控朝政的能力，也深知奕譞对她一贯是效忠尽力，服从有加。
可惜的是，忠心未必能干，没主见也往往意味着没能力，这往往是相对应的。相比而言，奕譞的能力和城府远不如兄长奕訢，加上他总担心别人会说自己以“太上皇”的名义干政，生怕慈禧对他起疑心，遇事也总是畏畏缩缩，不敢当头。更让人担忧的是，奕譞的政见和行为方式与奕訢大都不合，这也给朝政转变的缝合带来了不小的麻烦。
对奕譞的能力和作风，慈禧当然心里清楚得很。不过，任何专制者选人的标准首先是忠心，能死心塌地为自己服务，那就是他们最为看重的。在慈安太后去世、奕訢被扫地出门后，失去了制衡力量的慈禧也开始有点儿由着其性子来执政了。可惜的是，慈禧毕竟是个文化程度有限、见识相对浅陋且又缺乏战略眼光的深宫女主，清廷政局也由此步入一个平庸而缺乏朝气的局面，这和奕訢当政时显然差了一大截。
从新的军机处大臣名单上，可以明显看出这点。如名义上的军机领班礼亲王世铎，此人乃一才见平庸的老贵族，系清初入关后世袭罔替的“铁帽子王”之一。世铎是礼亲王代善的九世孙，道光三十年（1850年）承袭礼亲王，同治年间被授内大臣、宗人府右宗正、宗令等职。世铎为人平和，平日里和颜悦色，从未与人红过脸，但这个老好人最大的毛病便是遇事毫无主见，只知道一味敷衍，唯顶头上司眼色行事。譬如，醇亲王奕譞被任命为统领军机后，世铎老先生虽然贵为首席军机，却凡事均前往奕譞处讨主意，即使风尘仆仆，亦不为苦。说白了，就是不愿意承担责任罢了。世铎这样的人，在中国官场上很多，这种人不但不会出什么事，而且仕途上还官运亨通，这世铎就做官一直做到清朝灭亡。可惜的是，他肯定不是什么有所作为的好官。
另一位满人军机额勒和布是满洲镶蓝旗人，咸丰二年（1852年）进士，后来做过统兵大员，在东北镇压过马贼，还在新疆当过乌里雅苏台将军。一度病休后，清廷重新任命他做理藩院尚书、户部尚书和内务府大臣等职务。总体而言，在官员们揽权纳贿的晚清，额勒和布的操守廉洁不但才具一般，而且他本人一向木讷寡言，不善与人交往。
和额勒和布经历相似的军机大臣张之万，他是道光二十七年（1847年）的状元，河北南皮人，系清末名臣、清流党张之洞的族兄。张之万曾历任修撰、河南学政、内阁学士、礼部侍郎兼署工部等职，同治初年参与编写了《治平宝鉴》，由此得到慈禧太后的重视。和曾国藩一样，张之万在太平军起义时以文人典兵，在河南巡抚任上督师镇压捻军，并做过河道总督、漕运总督，后来又做过浙闽总督。光绪八年（1882年）时，张之万调任兵部尚书，这次他入值军机处，还兼署吏部尚书。
至于另一个军机大臣孙毓汶，他在46岁时才科举中试，虽说是个探花（咸丰六年，1856年），但人生经历不是很顺利，由此也养成了善于察言观色的性格。孙毓汶在太平军时期曾回原籍举办团练，以抗捐被劾而革职遣戍，直到同治元年（1862年）才靠输饷复官。受此挫折后，孙毓汶更是锐气全无，凡事只管一味寻思上头的意思，后来他想方设法结交了宫中第一太监李莲英，由此成为慈禧的宠臣。当时人对孙毓汶的评价不高，不过众人都承认他拍马屁的功夫的确是一流。
实事求是地说，奕譞的这套新班子，无论在威望、见识、能力乃至人品上，或者对国际事务和国内政情的了解，都比奕訢那届军机班子相去甚远。唯一的亮色，是户部尚书、人称“救时宰相”的阎敬铭。阎敬铭和孙毓汶一样，也在科举和仕途上走得不顺，但多年的挫折和历练反使得他更为清廉耿介。
清人笔记《春冰室野乘》中说，阎敬铭长得身材短小，相貌古怪，二目一高一低，一副未老先衰的模样，阎敬铭为此没少吃亏。有一次升迁考核中，阎敬铭本大有希望，但被考核的官员刚一列好队，负责考核的某亲王就被阎敬铭的怪模样吸引住。他看了看，觉得此人长相不雅，不适合升官，便高声道：“阎敬铭先起去！”这下把阎敬铭给气得半死。不过，阎敬铭虽然“其貌不扬”，但却“心雄万夫”，他为官数十年，严正无私，诸多恶势力都对他畏惧有加，人称“活阎王”。
阎敬铭一生最大的成就在于理财。光绪八年（1882年），阎敬铭上任户部尚书，当时户部官员素质低下，账目混乱，一些贪官往往利用职权中饱私囊，危害很大。阎敬铭上任后，决心革除积弊，力行改革。他上任的第一天，就亲自看账，并找来各管事的官员问账，结果发现无论是领办、会办还是总办，居然都不知部库存银几何、出纳几何和盈亏怎样，有的人甚至连算账、看账都不会。
户部掌管朝廷的财政命脉，但因为管理无方，竟然成为官员贪污的利薮，阎敬铭调查了实际情况后，其上奏朝廷说：“满员多不懂筹算，事权多半由胥吏掌握。这些胥吏平日弄虚作假，贪得无厌，要想从根本上厘清度支账目，凡南北档房及三库等处，非参用汉员不可。”由于当时清廷财政困难，库款亏空，慈禧太后同意了阎敬铭的整顿要求。在其主持下，户部采用了新的度支记账制度，随后又裁退了部分蛀虫官员和胥吏，并重新选用了一些有才干的汉人官员，从而扭转了清廷的财政困窘状况。
阎敬铭经手的国库银子数额巨大，数不胜数，但他本人却是一个出奇的俭朴之官。光绪三年（1877年），山西省遭遇灾荒，出现了大量的饥民，清廷虽然屡派官员前去赈济，但饥情并没有得到缓解。于是，阎敬铭被派去视察赈务。阎敬铭到山西后，穿一身粗糙的“褡裢布”做的官服上堂，要是见到属下穿着绸缎的，定要被他责骂，甚至要罚捐饷济灾。阎敬铭升堂办公时，属员们经常听到后面的机声轧轧——原来，其夫人就在大堂后纺绩，他家冬天的衣物絮袍，都出自其夫人之手。在阎敬铭的主持下，山西灾情才稍微缓解。
《清稗类钞》中有一趣闻，说阎敬铭家中饭食极其粗陋，某次他请某新上任的学政来家里吃饭，桌上摆的都是些干烧饼和蔬菜，一点儿肉食也没有。阎敬铭还像往常一样吃得津津有味，而学政大人则目瞪口呆，根本无法下筷。阎敬铭一边嚼着烧饼，一边还不断劝学政多吃，学政没办法，只得勉强吃了半碗米饭，随后赶紧匆匆告退。回去后，学政对别人大吐苦水：“阎大人这哪里是请客，简直就是祭鬼啊！”
阎敬铭的精打细算很快和慈禧太后的铺张浪费发生了冲突。在光绪亲政的前几年，慈禧太后想将颐和园重新整修一下，以便自己撤帘归政后能够住在里面颐养天年，但由于重修工程规模浩大、费用惊人，身为户部尚书的阎敬铭推三阻四，不肯拨银子，这也就引发了后来的海军军费之争。
瞒天过海，要舰队还是颐和园
说起大清帝国的海军，还得从太平军末期由英国人搞起的阿斯本舰队说起。鉴于两次鸦片战争的惨重失败，清廷认识到旧有海防和传统水师在现代海战中不堪一击，而要凭借本国造船能力来打造一支和列强舰队抗衡的海军力量的话，短期内又难以实现。
正因为如此，以“购买替代自主建造”的思维在洋务派中大行其道。他们认为，要迅速改变中国海防力量薄弱的状况，最好的办法就是直接从列强那里购买一批现代军舰，以最快的速度打造一支中国海军，拒敌于国门之外。
对于这样简捷的海军之路，慈禧太后也颇为心动。同治元年（1862年），慈禧从极为有限的经费中拨出专款80万两，随后委托第一任海关总税务司、英国人李泰国从英国买回八艘炮舰，这便是中国历史上第一支真正意义上的近代海军。
但是，这八艘炮舰于次年开回天津后，令人始料不及的是，将这八艘军舰带回中国的英国人阿思本竟然坚决主张由他继续担任舰队司令，而且他从英国招募回的六百洋水兵也要继续任用。如此一来，清廷觉得这简直就是一支洋人的舰队，不但难以操控，反可能构成心腹之患。最后，清廷干脆就决定遣散那些雇佣兵、并将八艘炮舰委托给李泰国拍卖了事。如此一来，不但损失了近40万两银子，大清的第一支海军也就此夭折。
