一九五四年五月四日，蒋介石接到时任参谋总长周至柔报告称「胡琏不欲接任第一军团司令」，对此蒋介石颇为震怒，于日记中记下「据至柔报告胡琏对第一军团司令之任命不满态度，及其不愿就职之言行，此殊出意料之外，较之吴国桢叛乱情形，对余（指蒋介石）精神打击更大。以胡为一手造成，而乃其竟专为地位与权利（按：应为力）惟视，如此则尚有何言，此人不能再寄有希望矣。」（蒋日记，一九五四年五月四日）
初读蒋日记不明内情的人士认为，以胡琏对蒋介石孤忠耿耿，怎敢奉命不遵拒接军团司令？何况以当年制度，军团司令位阶高于金防部司令，胡琏没有理由「抗命」。兼以蒋指控胡为「吴国桢第二」，实属骇人听闻，坐实胡有「叛变疑虑」，一则军事首长例行性人事调动，竟然引起胡琏情绪反弹如此强烈，必然是事出有因。
更奇怪的是，蒋介石为安抚胡琏情绪，于五月十一日亲自召见胡琏问明原由，竟促胡接受命令调任第一军团司令，结果彼此会谈搞得非常不愉快。蒋于日记中记载「彼（胡琏）答现在接受，殊有将来辞去之意，余未加斥责也。」（蒋日记，一九五四年五月十一日）
蒋介石对将领一向严厉，蒋纬国说过一则故事，一九五七年五月二十四日发生刘自然事件，时任参谋总长彭孟缉因处理过于缓慢答辩几句，结果蒋介石气得把红墨水泼在彭孟缉身上。从蒋对彭的态度，反射在胡蒋关系，胡琏拿矫「待命坚辞」，蒋居然未加斥责，必有内情。
胡琏抗命事出有因，蒋介石屈意宽容事有内情，蒋在日记中没说缘由，胡琏在呈蒋介石函稿中为「刘玉章未能于五月一日接任司令官」之事提出解释，「因金门正值雾季防务不能轻忽须等到五月底始能离金门。」这分函稿现藏于国史馆。有趣的是，胡琏为何要呈稿？导致坚辞第一军团司令。
其实函稿内容平淡无奇，仅在说明防务交接，初读不致有疑，然而却暗藏「削藩」杀机。一九五四年四月二十四日蒋介石主持军事会议听取陆军整编报告，蒋介石透过周至柔告知胡琏升任第一军团司令，高魁元出任金防部司令、刘玉章调任第八军军长。讵料隔天周至柔明告由刘玉章转任金防部司令，限于五月一日办理交接，令胡琏气上心头，与周起争执。胡琏认为金门战场经营由十八军、十九军、第五军打造而成，派熟悉战场的高魁元接任金防部司令符合军系伦理。可是人事命令一夜生变，兼以第五军、十九军需与胡琏轮调回台，此乃蒋介石不信任胡琏的政治动作，胡难免有情绪反弹。何况刘玉章可以将嫡系部队第八军（五十二军改编而成）完整调往金门，而胡的部队却割裂到其他单位，这是最高当局对胡进行第二次削藩动作，令胡感到愤恨势属必然。
胡琏于五月十一日与蒋介石会晤，再经陈诚婉劝，勉强就任第一军团司令，讵料不到两个月风波再起，使胡对蒋介石政治手腕感到「惊骇」，二人师生关系也就渐行渐远。
这场风波的发动者是刘玉章，也是胡的同期同学兼同乡，与前陆军总司令关麟征并称为西北三名将。刘接任不到两个月，金防部预财组上报三件事。一是金门伙食费发不出来，部队有断炊之虞。二是胡琏任内有多笔经费，挪作他用仍未核销。三是物资供应社转投资事业单位，账目亏空盈利不明。刘玉章接获报告后在震惊之余，除指示时任政治部主任尹殿甲全面清查胡琏任内账目外，还指令预财组报告资金去向，兼核查张子英、杨迈卿、周新春、石让斋、李仰尧等胡琏幕僚财务状况，准备严办贪污不法之事。
图说：胡琏抗不移交：胡琏呈蒋中正因刘玉章未能于五月一日接任司令官且金门正值雾季防务不能轻忽须到五月底始能离开金门等（数据源：国史馆）
刘玉章查胡琏亏空三百六十万
此事初起刘玉章认为，这是胡琏部属「欺生」，是对刘的下马威，一度使刘对胡非常不谅解，二人芥蒂频生。然而经尹殿甲缜密调查，不仅查出胡琏任内部队伙食费挪用问题，还杠上开花找到胡琏任内亏空达三百六十万元的证据。三百六十万是则什么概念，依当年物价指数推估，可在台北市中心总统府旁的衡阳路买十五到十八栋房舍。如在台南市中心东门路东门市场边，可买三进式闽南式建筑物约三百栋房屋。
由于胡琏亏空金额过巨超出金防部偿还能力，刘玉章不得不以「专函密陈」方式呈报最高当局，请求「解决之法」。蒋介石阅后，不动声色连同账册转发胡琏处理。此时蒋介石未召见胡琏，也没有要求胡说明亏空款项流向，更没有赋予参谋本部、总政治部查办权力，而是静待胡琏怎么处理亏空款项问题。
面对棘手亏空案，胡琏采取的做法，（一）确定部属有没有「贪污」的事实，经查部属都很清白，于此胡琏心中大石悄然落下。（二）找杨迈卿等人回台说明「亏空」资金流向，有没有「中饱私囊」的事实，经查都很干净。（三）亏空款项有没有用于「公」，经查均与金门建设有关。（四）挪用的款项，每笔钱是否呈报金防部司令核定，经查都奉司令官指示办理。既然钱都用于公务支出，兼以胡还担任福建省主席，军款公用于福建省，问题自然得以厘清。再者胡琏支付许多款项乃是从「走公」而来，并非来自预算项目，金防部司令当然有权挪做他用。
胡琏在确认亏空案绝非蒋介石主动开启调查，而是刘玉章「意外」之举后，为免亏空案台面化，私下找胡刘二人共同部属张晴光会商。张晴光是刘玉章长年部属出身五十二军，与刘熟识。后于一九五三年赴金担任游击队总队长，在胡指挥下参与东山岛突击战，与胡有深交。一九五四年三月游击队遭编遣出任福建省工程处少将处长，受刘玉章差遣，负责处理金门要塞化与工事地下化业务，能与刘玉章说上话。注意，张属福建省工程处长，时任省主席是胡琏，而非刘玉章，工程处请领款项，仍需胡琏批准。而胡任第一军团司令仍兼福建省主席，是以张晴光充当胡刘传话者，不失为适当人选，显示胡也是手腕圆融的将领。
胡琏与张晴光在第一军团司令部会面，暗示「亏空」属公务，而非私务。二人见面胡请张看过账册后说：「我不亏钱，粤华福利社（按：指物资供应社）有百万元资金，投资酒厂、烟厂、土磁厂、盐厂、铝厂，日后经营都可回收成本。建营房、码头、基地的钱，可向国防部报销。」胡向张说明每笔金额过高的资金流向，目的是请张晴光传话给刘玉章，所谓「亏空」等同金防部「代垫」款项，完全用于公务建设，未来均可回收，此事不必穷究到底。希望刘玉章明白内情，妥善处理亏空案。胡还告知张晴光：「这些事总统都知道！」所谓「总统都知道」，指的是在蒋介石充分授权下，胡琏动支各项建设均由司令官决断不必呈报，刘玉章查账乃是小题大作。
胡的抱怨，张没有答腔，类似不立文字的默契，仅有蒋胡心里清楚，无法与外人道及其中不堪闻问的内情。最终胡将未批示、未签名的账册，转交张晴光，请张返金后将账册交还给预财组长杨迈卿依胡琏指示销案。张晴光回金立即向刘玉章解释此事原委，力劝刘不要小题大做，何况蒋介石没下令查办，刘再查下去免不了惹出谁都无法善后的风波，既伤总统诚信，又毁胡琏清誉，再毁刘玉章领导权威，以此劝谏逼使刘玉章罢手。此外张晴光还交代杨迈卿、石让斋、周新春、张子英、李仰尧等人，尽快妥适处理亏空案，待事件告一段落，刘玉章既怀疑幕僚与胡琏亲密关系，周新春等人应办离职，让刘玉章好做事。
在亏空案结案后，谁都没有料到，伙食费问题再起，依然困扰着胡刘二人。由于伙食费系国防部核拨的公款，与物资供应社款项无关，系属挪用性质，又与军队切身利益有关。胡琏深知此事若不善后，不知有多少官员受牵连，在情势不利状况下，胡琏只好请陈诚出面说项。陈诚见事态严重，问胡琏「伙食费发不出来是怎么回事？」胡琏说的原委是，刘玉章初接金防部司令，时兼任福建省主席的胡琏指示，核拨一百多万元作为金门建设之用，钱即从伙食费调拨，其次金门从事金台港三边贸易有多笔应收款还未入账，以填补垫支款项。再者金防部有多笔代国防部垫支款项，国防部仍未核销，导致伙食费（按：主要是副食费支出）发不出来。
陈诚时任副总统未兼阁揆，无法动用行政资源以解胡的燃眉之急。几经考虑，透过关系向时任台湾银行总经理瞿荆洲提出「商借」之法。陈诚知悉此事敏感性高，兼以陈胡关系又特殊，处理稍有不慎，反而会引起蒋介石猜忌。于是陈诚将亏空案分阶段处理，以商借一百二十万元为原则先行解决伙食费问题，至于其余二百四十万元的亏空，由金防部自行填补。
陈诚义助胡琏
陈诚之所以分阶段处理亏空案问题，乃是陈诚曾出任台湾省主席、行政院长理解资金调度重点，一是亏空金额过高偿贷处理旷日费时，难免会再度引发不必要的政治风波。二是军中主副食费国防部均编列预算支付，金额固定，只要金防部提出信用担保，每月均能冲销问题不大。三是二百四十万元从物资供应社与粤华福利社将每年盈余逐笔摊还，问题不大。四是避免节外生枝，让尔后金防部司令资金调度权限有所限缩，避免触法。五是金门还待修整各项工事，金防部自筹款项高达百分之六十五，若因故亏空是政府问题，若不解决自筹困境，尔后军系将领谁敢接司令官？
也许是陈诚出面，台银旋即核拨贷款，从而解除胡琏困境。此时仍有一则难题待解，就是胡琏兼任福建省主席必须去职。刘玉章认为，胡兼主席造成「一军二主」，影响指挥官权责。以亏空案为例，胡在台湾仍可支用金门款项从事民生建设，而刘仅能动支军用公帑，有违指挥体制，所以刘建议胡不能兼任省主席，而省主席职位，刘玉章认为金门乃海岛作战，外援很难，须集中精力用于作战，于此，刘恳辞免兼福建省主席之职。由于刘不接省主席，而胡经亏空案震撼亦坚辞省主席，两方都不愿就任情势下，蒋介石选任出身黄埔五期的戴仲玉出任福建省主席。
对胡辞去福建省主席，胡琏有则说法，「军人可以不搞政治，但不能不懂政治」，金防部司令不兼省主席，未来必将发生指挥权责的问题。果不其然，戴仲玉接任省主席不久，即因金门生产单位权责画分与刘玉章搞得非常不愉快，最终为战地政务需要，福建省被迫迁居新店，事件方告平息。
一九五五年二月一日福建省主席交接，胡琏偕同戴仲玉飞金，与刘玉章就亏空案进行会商，此事争议获得初步缓解。至于剩余二百四十万元的弥补，待胡琏于一九五七年七月再度回任金防部司令将投资盈余与结余款项逐次摊还，争议总算画下休止符。
胡琏亏空三百六十万元这桩奇案，当年可谓是「极机密」事务，知悉者屈指数来仅有七、八人通晓内情，依序是蒋介石、陈诚、刘玉章、蒋经国、尹殿甲、张晴光、瞿荆洲、胡琏。而涉案遭调查者人数约有二十多人，以此亏空金额庞大，案件之严重，至今均无只言词组记载。笔者翻遍《蒋介石日记》、《陈诚日记》、《国史馆档案》、《国军史政档案》、《刘玉章戎马五十年》都未见相关史料。唯独张晴光所著《西北名将关麟征、胡琏、刘玉章》一书中有简略记载（页一九八），但对事件来龙去脉与解决过程写得语焉不详。所幸该事件有位知情者汪兴智，当年在预财组任职，负责处理金港台物资报表的军官，将事件本末讲得非常清楚，从一九五四年七、八月发生，到一九五五年二月中旬止，发展过程的起承转合全部说出来。汪兴智认为，当年金门驻军约五万八千多人，游击队约九千人以上，民众约三万七千多人，合计约十一万人。这十一万人的开销，全属胡琏责任。整个金门建设，台湾仅酌发公务经费，就是公务员、军人的薪俸与主副食经费，其他就没有多余款项挹注。于是逼得胡琏不得不搞金港台三角贸易，改善金门生活。这些钱胡琏认为都是自己赚的，而且获得蒋介石授权动支，胡琏就专断裁决，不容许台北方面过问，时间一久当然会引起高层猜忌。刘玉章查账，胡琏有恃无恐凭借的就是与蒋介石的默契。然而胡琏没有算到伙食费是公帑，是国防部按年月核发，被刘玉章抓到把柄，事情闹得不可开支。奇怪的是，在证据确凿状况下，蒋介石为何不查办胡琏？而胡琏身边涉案幕僚于风波平息陆续调离金门，为何没有一个人因案坐牢？更奇怪的还有过去政府始终不承认的金港台三角贸易，蒋介石突然在一九五五年九月一日下手令「俞（鸿钧）院长、彭（孟缉）总长，转刘（玉章）司令：金门与香港通航，与直接贸易应绝对禁止，不得违误。此令！中正（九月一日）」，距离胡琏亏空案风波平息，正好六个月。
图说：蒋介石禁止金港台三角贸易文书（数据源：国史馆）
汪兴智再谈，刘玉章看到蒋介石亲下手令，非常光火怪罪胡琏，认为若不是亏空案断绝金门外贸金流，蒋介石也不会下手令告诫刘玉章。毕竟金港台三角贸易金流，占金门总体经费约六成以上，司令官拥有这笔经费不必事事看台北眼色，一旦金流断绝，司令官必须低声下气仰承台北鼻息，以胡刘的高傲，不可能吞下这口气。举例说，在一九五○年代初期，军士反映晚上睡觉蚊虫太多影响战备，胡琏多次行文要求补发蚊帐，被某长官抢白说：「军人怕蚊虫怎么打仗？国家物资艰困，以后再补。」隔没两个月，胡琏透过三角贸易盈余买五万多顶蚊帐供军士使用。讵料该长官知悉后反而向胡琏调拨一万顶蚊帐供军士使用，遭胡琏拒绝。尔后透过陈诚说项，胡琏勉强调拨三千顶蚊帐救急。从蚊帐看出，三角贸易的存在，的确是司令官手中利器，权力被剥夺难免有失落感，这是刘怪罪胡琏的关键因素。
其实从胡琏亏空案，折射出几则有趣的史实：
（一）蒋介石三令五申严禁军队经商，为何容忍胡琏「走公」，事发后对胡琏网开一面？
（二）陈诚一生痛恨贪腐，为何出面帮胡琏说项，进而为胡琏抱屈？
（三）胡琏亏空金额庞大，非短期累积，时间长达四年六个月以上，有关单位为何不举发，反而暗助脱困？
（四）刘玉章对财务一向辎铢必较，从不接受说项，为何接受胡琏解释，没将预财组官员全部移送法办？
（五）蒋经国于一九五四年一月亲自过问此事，要求时任金防部主任李德廉解释胡的用钱，为何于事发之后不置一词？
（六）从一九四八年十一月起至一九五四年九月九三炮战止，金门虽不在美国军援范围内，然自十月后，美国军援正式挹注外岛防务，此时蒋介石为何不下手令禁止金门「走公」，反而在事件处理完隔六个月，下令金门禁止经商。
（七）胡琏亏空案引发一连串政经高层人事互动，终陈诚等高层之力解决棘手的难题，胡琏没被问责、没送法办、没追回一毛钱送缴国库，此事怪异在于，蒋介石指斥胡琏为「吴国桢第二」，应运用此案除去胡琏，以解心头之患。蒋为何接到「项目密陈」，反而要求胡自行处理？
胡琏是陈诚爱将，蒋又怀疑陈胡勾结培养亲近势力，于此陈诚该避嫌，力主惩办胡琏以向蒋介石表忠，然而陈诚却不避嫌为胡琏解套，岂非坐实蒋介石的猜疑。
时任总政治部主任蒋经国既已过问此事，理应配合蒋介石惩办胡琏，收编十八军土木系，为何在紧要关头牺牲赣南部属金防部政治部主任李德廉？
刘玉章与胡琏是同期同学，也是同朝为官的竞逐者，趁此追杀胡琏，既对蒋介石有交代，更可向蒋氏父子交心，为何听部属张晴光一席话，改变态度将「积极查办」转为「查而不办」，还为胡琏担保，解除胡的困境，兼被剥夺司令官经贸权，开罪金门民众，两面不是人，最终奉调回台出任陆军副总司令，处境堪比胡琏，这对刘玉章而言，真是情何以堪。
确切的说，胡琏亏空案是波折横生的重案，是最典型的「因果案」，绝非法律案件而是政治事件，事涉蒋介石与胡琏之间的诚信问题，胡琏能全身而退，与蒋「诚信」有关。胡琏曾说金门「走公」，事先征得蒋介石、陈诚同意，为养活孤悬外岛的军民，「走公」是权宜的无奈。既然是「走公」，游走于灰黑领域就是靠诚信、本领、良心，因为有些事完全见不得光，也不能对外明言，目的仅有一个，就是守住金马等外岛，以报效蒋介石知遇之恩。果不其然，金马外岛在没有美元挹注下，坚守时间长达五年，靠国防部杯水车薪的供给，难以解决外岛困境。当年国防部连蚊帐都供应不起，军人餐风露宿于野外，部队那有战力可言。
何况金马外岛本身连当地群众都养活不了，将近七万大军驻守，外岛怎堪负荷。这是胡琏在战场面对的难题，若不游走于灰黑领域，军民存活都有问题，何来亏空。此时历史之因出现，就是蒋介石、陈诚都同意胡的灰黑做法。
胡琏靠七十万元起家，动用两艘中字号拼装船从台海走向南海，搞起三角贸易。随资金累积，胡于外岛大肆建设，用的几乎是灰黑领域的钱。胡琏说，国府迁台，全台国军部队那个敢经商？唯有金防部统辖的部队敢经商。若没有最高当局默许，以胡的个性绝对不敢「走公」，搞到亏空的地步。
所以看胡琏亏空案，绝对不是「贪污」与「法律」问题，而是政治诚信问题。查办胡琏法律绝对站得住脚，要办胡琏正当性却有问题。这是蒋介石难以言喻的隐痛，也是胡琏无法言明的创伤。胡告诉张晴光说：「这些事总统都知道」，非常突兀，不明就理的人认为，这是蒋介石蓄意包庇；胡琏拿蒋介石欺压刘玉章。历史不能仅凭一句话，做诛心之论。而是应就时间、场域、人物、事件去探讨这句话实质意涵。蒋介石默许胡琏走公，从未形诸文字、档案、公文，但从蒋禁止刘玉章走公，间接证实「走公」史实长期存在。
胡琏七度拒绝蒋介石出任要职
胡琏亏空案未见诸文书、档案，并不代表史实不存在，或许胡琏在《金门忆旧》、刘玉章《戎马五十年》等相关当事人，都没有提及这段往事，但在张晴光《西北名将》，徐叔节将军、汪兴智先生证词中却说得很清楚，配合蒋介石日记与突如其来手令禁止金港贸易，就能看出「因果」关系，与当事人处理危机的态度。亏空案胡琏躲过浩劫，却对尔后历史产生深远影响。胡琏曾于军团司令任内兼任「凯旋」反攻计划主持人，乃是蒋介石赋予重任的将领，然在亏空案发生后，却与蒋介石关系渐行渐远。胡琏曾在「学术飨宴」餐叙中提及，他一生七度婉拒蒋介石重用之意。依序为：
（一）一九五七年五月蒋成立「中兴计画室」，意促胡琏出任主持人兼反攻军总司令，胡琏拒不从命，后改派雷开瑄为计划主持人，问题得以解决。
（二）一九五八年十月十七日，胡辞卸金防部司令，蒋介石任命胡出任副参谋总长兼作战次长，胡琏坚辞不受，遂改任陆军副总司令。
（三）一九六二年八月蒋介石成立「国光计画室」，选任胡琏为计划主持人，胡坚不受命，最后改派朱元琮接任。
（四）一九六一年八月刘安祺任满回台接任陆军总司令，蒋介石三度指派胡琏出任金防部司令，遭胡坚拒，后改派王多年接任。
（五）一九六二年七月，蒋介石指令胡琏出任副参谋总长兼执行官接替马纪壮，负责督导作战、反攻业务，胡琏仍不受命，马被迫续任。
（六）一九六四年三月，蒋介石启动反攻大计，特派胡琏「四度」出任金防部司令接替王多年，胡琏婉拒任命，表示年事已高恳请简派尹俊接任，蒋听后不置可否，使王多年意外留任一年。
（七）一九六四年六月，蒋介石探询胡接反攻军总司令意愿，胡还是婉拒。胡七度坚不受命，亏空案绝对是主因。故而蒋胡师生关系濒临决裂，应该有不为人知的内情，或许亏空案即是因果关系的起手式。
确切的说，蒋介石对胡琏的忠贞虽未怀疑，但却有猜疑之心。问题出自陈诚与胡琏关系过于密切，是以胡琏自统兵以来，除一九四九年战乱时代，蒋介石赋予胡「绝对」兵权外，三战皆捷后，胡为何是第一位被「削藩」的将领？原因也与陈诚息息相关。八二三炮战后，胡琏终被解除兵权，再也没回到苦心经营的战场，即与陈诚声势看涨有关。
胡琏从不否认个人与陈诚关系，甚至在蒋介石面前，多次表态「效忠」领袖，绝不放弃支持陈诚的立场，令蒋介石颇为尴尬。尤其在亏空案发展过程中，陈诚义助胡琏摆脱被「法办」的命运，看在蒋介石眼中岂不是「同气连枝」，蒋虽不深究，但看陈胡显现的政治实力，心中难道没有「耿耿」之意？
所谓「耿耿」之意，系指陈诚没有动用行政资源，仅开协调会即筹措一百二十万元解套，调度手腕之高，在政坛实不多见。兼以胡受此恩惠，自然欠陈诚一份人情，这是蒋介石无法容忍的「僭越」之事。胡琏亏空不向蒋报告，恳求解决之道，反而向陈诚求援，置最高统帅尊严于何地？蒋介石不便明言，也无法暗示，当然对陈胡作为难以释怀。
对刘玉章而言，查亏空案乃是意外之举，不料却捅了马蜂窝。由于刘玉章不知蒋胡默契，一旦案情公诸于众，谁都无法善后。「项目密陈」得不到蒋介石回音，却转来陈诚提出的解决之道，而胡琏仅派张晴光居中传话动态不明，于此令刘玉章左右为难，反而影响刘胡之间的公谊私交。
原本刘胡是公谊私交很好的同期同学，又有乡亲之谊，亏空案发后，二人绝少往来。于此考证一则小问题。刘玉章于一九五四年六月一日接任金防部司令，上任满三个月即发生震惊中外的炮战，时程达二十多天。在炮战进行期间，刘玉章不可能查亏空案，而是战后因某件事故意外查出亏空案，兼伙食费出问题，胡琏亏空如滚雪球越查越大，搞到不可收拾地步。
至于是那件事故，言人人殊，经查在张晴光《西北名将》所载：「有次刘（玉章）将军谈起，尹俊（时任警备总司令）前任十八军军长时，亏了二十多万元，在金门时向我要，没给他，得罪了他。他到警总没调你（指张晴光）报复，还算不错。」（页一九八）
从刘玉章事后回忆分析，尹俊应是重要的关键人物，查亏空是否因尹俊而起有待证实，但刘查办下去必然会抛出胡琏嫡系将领，这或许是陈诚被迫出面解决亏空案的因素之一。因为除胡琏外，嫡系将领也事涉亏空，也许是该案牵连过大，蒋介石不敢办亦是主因之一。
蒋经国为何不办亏空案
亏空案查办，一位被历史遗忘的人物就是蒋经国。当年蒋经国就曾追问金防部政治部主任李德廉，「胡琏怎么那么有钱，钱从何而来？」此事被李德廉敷衍过去，没有出卖胡琏，以蒋掌握全台情报与政战系统分析，蒋经国对亏空案必然知情。诚然亏空案发时，蒋已不在政治部任上，也没证据显示蒋有过问此事，但有则趣事则显示，蒋经国「看管」金门相当严厉。事情起源在于金门游击队经常往返于港台之间，有一次「走私」多项奢侈品。因未申报被查扣，经金防部长官下令放行，或许是数额超出法令规范，承办官员不敢遵办，事情闹到司令官办公室，决议「没收充公」，转由物资供应社处理。结果不到两天，蒋经国来文，指斥李德廉「重大违记事件」为何不报？
从这则金防部径行处理的「走私」案件，蒋经国都要「管控」，亏空案蒋没有理由束手。早期胡琏与蒋经国还能「称兄道弟」交谊密切，亏空案后，胡琏与蒋经国关系逐渐转为「相敬如冰」。蒋经国往返于台金之间，胡琏从不迎接，奇怪的是胡琏由金回台，蒋经国多次在机场接机。此举，令胡琏深感意外。胡晚年说到这段往事，都竖起拇指连称「他的政治手腕比其父强得多，难为他了！」
事实上，胡琏晚年虽绝口不提亏空案，但此事的确影响胡与蒋氏父子关系，从三战皆捷被削藩，买土地安置军眷被指称收买军心，亏空案又被说成以「公帑树私恩」，七度坚拒出任要职遭蒋介石指斥「骄悍」，类似指控一再重复显然不是孤立事件，而是有因果关系。其中涉及的权力之争，核心人物是陈诚。有关陈诚与蒋氏父子接班权力之争，论述已多，但在权力之争的阴影笼罩下，胡琏所处政治环境是极为特殊的个案。以亏空案而言，蒋介石之所以不处理，关键是蒋介石逼胡琏政治表态，也在测试胡琏此事反应。结果胡琏仍然选择陈诚，而陈诚也不避嫌为胡琏解套。
这场测试使蒋介石意识到必须澈底整顿土木系，以翦除陈胡羽翼。出身十八军的廖明哲在《了了人生》一书中提及，蒋氏父子对土木系防范，运用割裂整军策略，将立有战功部队完全编列到特战部队、陆战队与预备部队，对此自削战力的作为，廖明哲百思不解。有一次因演讲，我与廖偶遇于三军军官俱乐部，会后谈及此事，我告知廖明哲将军，（一）国光计划反攻区重点位置闽、粤、赣省区，胡琏兵团均来自这三个区域，因而部队整编当然以十二兵团为主。（二）特战、陆战与预备师驻地分散，想召集很难，且属轻装，不如师级重装部队，以防兵团凝聚。（三）蒋氏父子与陈诚，胡琏心结难解，必然波及部属升迁，可以不用介怀。同时我告知廖明哲与胡琏相识过程，提及胡与蒋氏父子之间的恩怨情仇，廖听后默然不语。
其实胡琏与部属会面，少谈军中事，连人事升迁，胡也绝口不提，唯独对廖明哲说过一句话：「你不因跟我做过事，升迁受到影响吧！」（《了了人生》页一五七）
从胡琏话语不难想象，直到晚年胡还为往事挂怀不已。以亏空案来说，胡琏在陈诚支持下虽能全身而退，但与蒋介石师生情谊已回不去了。纵是如此，蒋介石为反攻大计仍需重用胡琏，一九五七年四、五月间，蒋介石多次召见胡琏，意促胡回任金防部司令，遭胡婉拒，双方搞得非常僵。蒋介石请胡提回任条件，胡置之不理。迫于无奈，蒋以晋升二级上将为条件促胡尽快接任，胡勉强就任的结果，反而加速彼此决裂，而后发生八二三炮战，彼此又因权责之争，闹得非常不愉快。此后胡琏被投闲置散，时间长达六年之久，期间蒋七度派职，胡坚不受命，可见亏空案影响深远，已非胡琏所能承担。至于蒋介石从此失去战将，想反攻也无能为力，历史因果关系难解，原因在此。
事实上，亏空案风波平息后，事件并未了结，还意外衍生案外案。据金防部预财组长，又是胡琏妹夫杨迈卿指出，所谓金防部亏空三百六十万元，仅局限于作战指挥单位。然而胡琏当年却身兼福建省主席、反攻军总司令、福建省游击队总指挥等三大要职，为全面清查这三个单位账目流向与经费运用，待文职人员全数离金赴台后，刘玉章与总政治部即协同查核账目，结果发现这三个单位亏空金额高达二百四十万元以上，其中经费多半用于金门建设与补贴民众生活所需。为此事蒋介石逼迫胡琏辞福建省主席。一九五五年二月胡琏辞卸省主席职位，刘玉章不兼省主席，婉拒担任福建游击队总指挥，不参与游击队整编事务。至于福建省与游击队亏空款项的处理，刘玉章将问题丢给胡琏与新任主席戴仲玉解决。胡琏迫于无奈，只得将亏空二百四十万元款项转由物资社核销，以逐年摊还方式填补亏空。
从杨迈卿《纪念文集》所陈述事实分析，胡琏在金门时代亏空款项高达六百万元以上，为解决庞大亏空问题，杨迈卿被迫滞留金门时间长达八个月之久，将资金流向、账目列表、填补亏空事项完成后，刘玉章始放杨迈卿回台初任新职。除杨迈卿陈述事实外，还有一则说法是，刘玉章在处理多项亏空案后，即着手清查胡琏所属军、师级单位的亏空问题。经查两个军、七个师都有严重亏空问题，款项达六十多万元，合计从金防部、军级到师级单位亏空超过六百六十万元以上，项目呈报至蒋介石手上。面对刘的呈报，使蒋介石下定决心，将胡琏所属部队，以「削肉、去骨、挑筋」策略，全数调离来台，整编为预备、海防、空降、特战、陆战等部队，彻底完成「削藩」作业，这就是亏空案的政治效应，从而影响蒋胡对彼此之间的观感。
