为了指挥一支军队，你需要不懈地投身于它，抢先获知情报，为一切做好准备。
——1813年4月，拿破仑致约瑟夫
胜利与失败仅一步之遥。我发现最关键时刻总是细节定乾坤。
——1797年10月，拿破仑致塔列朗
在意大利战局中，拿破仑的头号敌人一直是奥地利，但他也能利用奥地利不具威胁性的短暂时间保卫后方。1796年6月，法军进入教皇国，据说他们用圣烛点烟斗，不过这画面太过生动，像是一记反法宣传。[1]庇护六世倒是确曾批判法国大革命，并支持第一次反法同盟，但他没有正式加入同盟。教皇很快要为这一侮辱行为付出高昂代价。庇护六世现年78岁，已统治二十一年。6月18日拿破仑进入摩德纳，次日又入驻博洛尼亚，教皇的军事水平和个人能力无法阻止他。他驱逐了两地教廷当权者，强迫他们在一周内妥协。6月下旬，拿破仑与教皇达成停火协议，要求对方“捐赠”1500万法郎，这笔钱足以让督政府考虑缔结和约。萨利切蒂还与教皇国商谈艺术品交接。“法国专员有权挑走100件画作、花瓶、半身像或雕像”，其中包括尤尼乌斯·布鲁图的铜制半身像和马库斯·布鲁图的大理石半身像。此外，法国人还拿走了梵蒂冈图书馆的500份手稿。[2]8月11日，拿破仑敏锐地察觉到图书馆打算尽量敷衍，遂致信法国驻罗马代理人弗朗索瓦·卡科（Fran?ois Cacault）：“条约写的是500份手稿，不是300。”[3]
6月21日，26岁的拿破仑给督政府写了至少四封信。这些信警告道，他只有一支“中等规模”的军队，却得用它“四处救急：拖住（奥地利）军队、围攻要塞、保护后方，并威慑热那亚、威尼斯、佛罗伦萨、罗马、那不勒斯。全线都需强势兵力”。[4]诚如此言。意大利的大城市（名单上甚至可添加米兰和都灵）之所以受制，既是因为似乎无敌的拿破仑威震全境，同样也是因为其附近有随时可供调遣的军队。妥善协调的反叛容易损害他。督政府仍然认为莱茵战场重要得多，没给他多少增援。
此时，拿破仑在意大利的治国策略讲求巧妙明智地运用威胁与漠视。“在此必须烧杀一番，营造恐慌气氛，”6月21日，他写道，“在彼必须视而不见，因行动时机未到。”[5]他满足待征服者的自尊，但也叫他们完全明白反抗的下场。“法军热爱全人类，尊重全人类，特别是淳朴正直的山民，”当月，他对蒂罗尔居民发表宣言，“但若你们不为自己着想，执意拿起武器，我们就化身恐怖的天降烈火。”[6]
拿破仑很依赖贝尔蒂埃，但他大大方方地维护自己的能力。6月22日，拿破仑在博洛尼亚会见米奥·德·梅利托，问外交官某则流言的情况：“他们说胜利多亏贝尔蒂埃，他指挥我的计划，我只是听从他的建议。”米奥曾在凡尔赛结识青年贝尔蒂埃，他否认了谣言，于是拿破仑热情地说：“没错，贝尔蒂埃一个营都管不了！”[7]此言非他本意，因为1798年与1800年，他分别让贝尔蒂埃指挥意大利军团和预备军团，但它说明他格外关心自己的公众形象。亦有另一件风格与之相似的事：他修改宣言文本，去掉“法军指挥官们”的“们”字。
英国商人与托斯卡纳大公友好通商，6月27日，法军将他们逐出里窝那，缴获了价值1200万英镑的货物。米兰城寨经受了四十八小时炮击，于29日陷落。7月11日，英军回击，吞并意大利海岸线上的大公国前领土厄尔巴岛，拿破仑理智地评论道：“我们违反中立在先，没资格抗议别人。”[8]事后不久，拿破仑从弗朗茨皇帝胞弟、托斯卡纳大公费迪南德三世（Ferdinand III）处榨取了一笔“捐赠”，此人曾授予里窝那的英国商人经营特权。7月1日，拿破仑造访佛罗伦萨，从圣弗雷迪亚诺教堂（San Frediano）到碧提宫（Pitti Palace）的街上“挤满市民”，他们争着看他一眼。[9]他在碧提宫波波利花园拜访费迪南德，一睹美第奇（Medici）家族委托彼得罗·达·科尔托纳（Pietro da Cortona）创作的天顶画杰作，这幅画不好运往巴黎。他也一览鲁本斯、拉斐尔、提香、凡·戴克和伦勃朗的作品，这些都能拿走。大公待拿破仑极尽礼数，而后者告诉前者：“令兄在伦巴第再无寸土。”此言不实——曼托瓦仍在顽抗。费迪南德“非常克制，显得全不在意”，但他清楚，若曼托瓦陷落，他的权位马上不保。[10]
6月26日，约瑟芬终于含泪从巴黎启程去米兰。同行之人有约瑟夫·波拿巴（他正在调养性病）、约瑟芬的女伴（demoiselle-de-compagnie）路易丝·孔普安（Louise Compoint）、约瑟夫的妻舅尼古拉·克拉里（Nicolas Clary）、金融家安托万·阿默兰（他依赖约瑟芬过活，想去拿破仑处谋职）、朱诺、四名仆人、一队骑兵护卫以及约瑟芬的小杂种犬好运（Fortuné）。好运在床上咬过拿破仑，后来同其厨师的狗干了一架，这是一次不公平的打斗——厨师的狗更大更凶猛。[11]约瑟芬胆大包天，她竟然带上骠骑兵情郎伊波利特·夏尔。路上，朱诺勾引路易丝，约瑟芬到米兰后便解雇了女伴，从此她与朱诺结仇，两年后痛悔不已。
在南下途中，拿破仑的长长情书汹涌而来。一封典型信件如此收尾：“再见，我的爱人，吻你的唇，吻你的心……（盼着）在你怀中、在你脚边、在你胸口的那一刻。”[12]他从托斯卡纳的皮斯托亚（Pistoia）致信她，说自己口袋里“塞满没寄给你的信，因为它们太蠢太傻，只能用荒唐（bête）来形容”。[13]考虑下他真正寄出的信的文风，我们便可断定留下的一定分外夸张。拿破仑早年的感情受虐癖复发，他写道：“尽情嘲笑我吧，别离开巴黎，叫大家都知道你在找情人，绝对不要给我写信。啊！我只会更爱你十倍！”[14]
7月10日，约瑟芬抵达塞尔贝洛尼宫，三天后，拿破仑来此同她会合。之前六周，他从米兰出发，途经哈布斯堡帝国、教皇国、威尼斯以及独立城市佩斯基耶拉、布雷西亚（Brescia）、托尔托纳、摩德纳、博洛尼亚、里窝那、佛罗伦萨、罗韦尔贝拉（Roverbella）、维罗纳，然后返回米兰。他一共行军300英里，震慑整个意大利中部，攫取了总计超过4000万法郎的“捐赠”。拿破仑没有注意到伊波利特·夏尔，朱诺、缪拉和约瑟夫都不想揭露实情，而且约瑟芬似乎热情回应他的殷勤，不管她心里有何情绪。阿默兰回忆道：“他不时离开书房同她玩乐，拿她当孩子一般。他逗她，惹她尖叫，粗暴地拼命爱抚她，我只好走到窗边，看窗外天气。”[15]他们的关系的确非常依赖触觉，剧作家卡里翁·德·尼萨（Carrion de Nisas）记载道：“波拿巴夫人年老色衰，但极其谦和迷人。她时时爱抚丈夫，他似乎对她痴心一片。她常为很小的事落泪，有时每天都哭。”[16]
萨利切蒂为约瑟夫谋得意大利军团军需总监一职，拿破仑召兄长过来，这样的话，他身边便有人可托付微妙的秘密外交。约瑟夫去里窝那、帕尔马和罗马执行任务时，他在这方面的才能为弟弟所用。他后来和米奥·德·梅利托重建法国对科西嘉的统治。在这些征途中，约瑟夫发现自己确有外交才华。
武姆泽正率5万人南下，法军得赶在他解围前从博利厄手中夺取曼托瓦，所以拿破仑只能待两晚。“我打算大胆出击。”他告诉督政府。[17]然后他又和督政说了缪拉的计划：缪拉将率乔装改扮、身着奥军军服的士兵趁夜渡河，此举旨在打开城门、为他赢得入城时间。拿破仑写道，缪拉的“突袭就像类似行动一样取决于运气，比如一条狗或一只鹅”，[18]可见他当时很可能想到拯救古罗马的卡皮托利诺山上的鹅。最终，波河水位下降导致湖面萎缩，夜袭计划告败。
7月下旬，拿破仑安插在奥军参谋部的情报贩子报称，武姆泽正沿加尔达湖两岸南下解曼托瓦之围。武姆泽指挥的部队中有从莱茵战场调来的精锐老兵。在曼托瓦，疾病开始拖垮博利厄的守军。战时，拿破仑很仰仗情报，他不让参谋插手，坚持自己分析敌情，从而亲自确定每条信息的可信度。[19]为了搜集军情，军队审问逃兵与战俘、派骑兵巡逻，甚至把雇农妻子扣作人质后让士兵假扮雇农。拿破仑清楚，执行侦察任务的间谍和军官可能混淆军团和小分队，他们的报告常常也非亲身见闻，而是从“恐慌或惊讶的人们”那儿听来的。[20]他命令情报官员：“每到一处都要仔细侦察隘路与浅滩；觅得可信向导；盘问教士和邮政局长；迅速了解居民；派出间谍；拦截公文与书信……简言之，当大军最前头的总司令抵达时，你们要能回答他的所有问题。”[21]
这回的间谍报告属实。武姆泽率五路纵队沿加尔达湖东岸南下，兵力合计32000人；出身克罗地亚（Croatia）的骑兵、彼得·冯·夸斯达诺维希（Peter von Quasdanovich）将军率18000人沿西岸南下。拿破仑让塞吕里耶留下10500人继续围攻曼托瓦，自领31000人迎接新敌。他派皮埃尔-弗朗索瓦·索雷（Pierre-Fran?ois Sauret）带4400人去萨洛拖住夸斯达诺维希，令马塞纳率15400人去东岸。他调遣亚森特·德皮努瓦（Hyacinthe Despinoy）将军的4700人，以便掩护佩斯基耶拉-维罗纳一线。他让奥热罗的5300人从东边监视公路，并留下基尔迈纳的1500名骑兵充当预备队。此后拿破仑本人不断往返于布雷西亚、卡斯泰尔沃诺（Castelnuovo）、代森扎诺（Desenzano）、罗韦尔贝拉、卡斯蒂廖内（Castiglione）、戈伊托（Go?to）和佩斯基耶拉，哪儿能最好地把握战局，流动司令部就搬到哪。天气常常炎热，他又不停奔波，在短时间内接连累死五匹坐骑。[22]拿破仑的波兰副官代齐德里·亚当·赫瓦波夫斯基（Dezydery Adam Chlapowski）回忆道：“他从不用马刺或膝盖策马，只用鞭子。”[23]
不出所料，7月29日，夸斯达诺维希将索雷逐出萨洛，不过该镇曾三度易手。同日凌晨3点，东岸的马塞纳在拉科罗纳（La Corona）和里沃利（Rivoli）遭遇大举进攻，只得沿阿迪杰河且战且退，他下行很长一段路，于夜幕降临时抵达布索伦戈（Bussolengo）。奥地利人大胆前进，拿下里沃利。“明天，或许之后，我们会夺回你今天失去的一切。”拿破仑为了让马塞纳放心，于是说道，“勇气在，一切就在。”[24]然而，7月30日，奥军发起“布雷西亚奇袭”，以3人死亡、11人负伤的微小代价俘虏了当地守军，并占领医院。医院病人包括拉纳、被某位吕加（Rugat）夫人传染了性病的缪拉以及克勒曼之子弗朗索瓦-艾蒂安（Fran?ois-étienne Kellerman），小克勒曼是出色的骑兵。拿破仑要约瑟芬从布雷西亚回米兰，就连她也差点在路上被俘，他便发誓道：“武姆泽必须为那些眼泪付出惨痛代价。”[25]
拿破仑对督政府承认道，“我们遭受了一些挫折”，同时他把所有不必要的装备运至后方。[26]7月29日中午，他认为大批敌军将从巴萨诺（Bassano）南下，遂命令军队在维罗纳东边的维拉诺瓦（Villanova）集结。奥热罗师来回行军五十五小时，一共走了60英里，但次日中午，拿破仑发现敌军主力其实在北边和西边。如果他迎击主攻的武姆泽却未完胜，不管怎么说他也拿不下曼托瓦，于是他决定先对付夸斯达诺维希。7月30日，他命令塞吕里耶放弃围城、增援野战军：路易·佩尔蒂埃（Louis Pelletier）旅支援奥热罗，达勒马涅旅支援马塞纳。[27]拿破仑命令奥热罗退回罗韦尔贝拉：“每一秒都是宝贵的……敌军在三处突破我军阵线，并掌控科罗纳和里沃利两处要地……你会发现，我们与米兰和维罗纳已经失联。在罗韦尔贝拉待命，我本人会去。”[28]奥热罗一刻也没有耽误。
法军放弃曼托瓦围攻，同时放弃至少179门无法运走的加农炮与臼炮，并沉弹药入湖。这样做令拿破仑痛心，但他明白当前战事的关键不是要塞，而是野战大捷。“不管发生什么，不论代价多大，明天我们必须在布雷西亚睡觉。”他告诉马塞纳。[29]31日，他的往复奔波险些酿成悲剧。在从罗韦尔贝拉去戈伊托的路上，他侥幸逃过一支克罗地亚部队的伏击。
在布雷西亚和萨洛之间，海拔3000英尺的群峰与数列冰碛山丘经洛纳托（Lonato）、卡斯蒂廖内以及索尔费里诺（Solferino）延伸至沃尔塔（Volta），非常破碎的地表亦随之降为宽阔平坦的平原。7月31日凌晨3点，法军向西进军。黎明时分，索雷与奥军将领奥特（Ott）在洛纳托镇激战四小时。与此同时，马塞纳在代森扎诺与洛纳托之间展开部队，将第32战列步兵半旅置于左翼。奥特寡不敌众，败走。奥热罗尽全力迅速赶到，现在夸斯达诺维希要用1.8万名奥军士兵对付3万名法军士兵，所以他立刻撤退。当晚，拿破仑担心交通线，遂与奥热罗一同进军布雷西亚，次日上午10点到达该地。
武姆泽听说拿破仑一边向西边的布雷西亚进军，一边在罗韦尔贝拉集结兵力掩护曼托瓦围城战线（其实法军已放弃围城），他完全糊涂了，按兵不动，结果丧失了主动权。第18轻步兵半旅指挥官安托万·拉瓦莱特（Antoine La Valette）曾仓皇逃出卡斯蒂廖内，次日，拿破仑当着18半旅的面将其撤职。那一天，军队热情高涨，促使他决心设法击溃夸斯达诺维希。8月3日，第二次洛纳托之战爆发，他派布雷西亚的德皮努瓦去加瓦尔多（Gavardo）击退夸斯达诺维希右翼，令获得增援的索雷去萨洛攻其左翼，并让达勒马涅旅在两地间行军，使两支部队相连。索雷的士兵冲拿破仑抱怨饿肚子，他回答敌营有食物。
让-约瑟夫·皮容（Jean-Joseph Pijon）将军的旅被逐出洛纳托，皮容本人也被俘。值此关头，拿破仑率马塞纳师部分人马赶到，命令第32战列步兵半旅排成“连纵队”。伴着鼓声与音乐，列队一完成他就让32半旅发起刺刀冲锋，并派18半旅支援他们。两个半旅都折了营长，但奥军被他们赶回代森扎诺，径直撞上拿破仑的骑兵卫队连、第15龙骑兵团部分兵员、第4轻步兵半旅。朱诺身负六伤，但仍接受整个奥军旅投降。夸斯达诺维希得知灾难，于是紧沿加尔达湖北岸撤退，试图同武姆泽会师，接下来十天他一直未参战。“我平静了，”拿破仑的战后公报写道，“勇敢的32半旅在那儿。”32半旅在军旗上把他的话绣成硕大金字，自豪感驱使他们变得更勇敢。“语言对人的影响令人惊讶。”多年后，拿破仑提起32半旅时如是说。[30]
8月3日，奥热罗在干旱平原与敌鏖战十六个小时，夺回卡斯蒂廖内。此后多年，每当自己的随员指责奥热罗不忠，拿破仑就会说：“啊，但别忘了，他在卡斯蒂廖内救了我们。”[31]8月4日，法军在卡斯蒂廖内重新集结。武姆泽已再无机会袭击拿破仑的后方。他正率2万人沿索尔费里诺缓慢上行，此时他最好的盼头就是为曼托瓦争得时间应对下次围城。8月4日早上，拿破仑在洛纳托，身边只有1200人，而夸斯达诺维希麾下掉队的3000名奥地利士兵突然误入镇中。拿破仑冷静地告诉对方的谈判军官（parlementaire），他的“整个大军”都在这里，“如果八分钟内奥军师不放下武器，我就叫它全军覆没”。[32]为了以假乱真，他命令贝尔蒂埃调配掷弹兵和炮兵，后者知道这些部队根本不存在。奥军缴械投降后才发现周围并无法军，他们本可轻易俘虏拿破仑。
在第二次洛纳托之战中，拿破仑首次采用了营方阵（bataillon carré）系统。18世纪60年代和70年代，吉贝尔和布尔塞分别在教科书中发明营方阵，但拿破仑最先在战场上成功运用它。在营方阵体系的菱形阵型之下，举个例子，若右翼遭遇敌军主力，右翼师就变成新前卫，负责钉住敌军，原前卫与后卫大队的人自行变成实施机动的集团（masse de manoeuvre），这一核心打击力量能支援新前卫师，其目标是包围敌军侧翼。因此不论哪个方向，大军皆可相对轻松地转90度。营方阵还有可以放大的优点，它既适用于师，也适用于整个军。这一系统的关键是布尔塞所谓的“有控制的分散”（controlled dispersion），拿破仑凭此大大增强了军队的灵活性，根据战况变化不断变更战场前线。[33]
8月5日（周五），曼托瓦西北方20英里处爆发了第二次卡斯蒂廖内之战，拿破仑又使用营方阵战术。武姆泽右翼为索尔费里诺，左翼为曼托瓦-布雷西亚公路上梅多拉诺山（Monte Medolano）上的某处多面堡，其兵力在2万到2.5万人之间。拿破仑有3万多人：马塞纳的1万人在左翼排成横队与纵队；奥热罗的8000人在卡斯蒂廖内镇前方组成两排横队；基尔迈纳的骑兵在右翼留作预备；德皮努瓦的5000人正从萨洛折回；帕斯卡尔·菲奥雷拉（Pascal Fiorella）将军率塞吕里耶师的7500人从南方赶来，打算给奥军后方决定性一击。拿破仑计划佯退，诱使武姆泽的预备队北上。第二次卡斯蒂廖内之战非常复杂，站在洛纳托壮观城堡的顶端和索尔费里诺的拉罗卡（La Rocca）钟楼顶楼可非常清楚地纵览全局，也可最充分地理解此战。
8月5日上午9点，拿破仑听见南方加农炮响，他以为菲奥雷拉来了，但那其实只是法军第8龙骑兵团在圭迪佐洛（Guidizzolo）洗劫奥军辎重车队。他令马塞纳和奥热罗发动进攻，派马尔蒙携12门大炮去梅多拉诺山。双方全面开战，武姆泽被迫调步兵阻挡菲奥雷拉，奥热罗遂拿下索尔费里诺，德皮努瓦也及时赶来援助中左翼。武姆泽发现自己困在两路军队中间，还有第三路正威胁他的后方，他被迫撤退，差点被法军轻骑兵抓获。强行军赶来的法军筋疲力尽，仅仅因此奥军才免遭灭顶之灾，逃至明乔河对岸。
当日，奥军有2000人伤亡、1000人被俘，还有20门大炮被缴获。拿破仑的军官清点法军死亡人数，发现伤亡及失踪人员合计约有1100人。[34]“于是我们做到了，”8月6日，拿破仑回报督政府，“用五天完成又一战役。”[35]两日后，他再次占领维罗纳，便补充道：“奥军……像梦一般无影无踪，被他们威胁的意大利也安静了。”[36]8月10日，他二度包围曼托瓦，10英尺厚的城墙内仍有16400名奥军士兵，不过只有12200人尚可到岗。
8月剩下的三周中，拿破仑重整军队。他非常佩服索雷与塞吕里耶，送这两位受伤的将军回家，并让炮兵中的老手克洛德-亨利·沃布瓦（Claude-Henri de Vaubois）将军、近日才晋升的让-约瑟夫·萨于盖（Jean-Joseph de Sahuguet）将军接任，巴黎对此没有多少指示。拿破仑每打一次胜仗，他在法国的声望就涨一分，督政府也愈发怀疑无法控制他。“哪怕一个心灵纯澈的法国君子怀疑我的政治动机，”他告诉卡诺和巴拉斯，“我就马上舍弃报效国家的快乐。”[37]此时拿破仑知道，这番虚张声势被他们指责的风险不大。先前他得跟政府商量晋升哪位将领，因为当局有一堆现役将军，多达343人。然而，他越取胜，督政府就越依赖他聚财立威，于是也就越少干预他的选择。
他的私生活显然不那么安定。他努力去找度假的约瑟芬，“两周来我妻子一直在意大利游荡，我想她在里窝那或佛罗伦萨”。拿破仑曾让吕西安在马赛处理军需工作，但弟弟突然不经自己的司令（和哥哥）同意就去了巴黎。拿破仑提出，要是能追上“精力勃发但刚愎自用”的吕西安，就在二十四小时内送他去北方军团（Army of the North）。[38]
8月下旬，拿破仑得知武姆泽准备再解曼托瓦之围。他疏导交通线，又从阿尔卑斯军团获得援军，现在共有5万人。武姆泽可行的南下路线有三条，拿破仑不知其会选哪条，他的布置如下：沃布瓦率11000人封锁加尔达湖西岸的路；马塞纳率13000人去里沃利，奥热罗率9000人去维罗纳，从而构成核心的实施机动的集团；基尔迈纳率1200名步兵与大部分骑兵监视东边的路。拿破仑本人领预备队3500人待在莱尼亚戈，萨于盖领10000人包围曼托瓦，另有6000人提防克雷莫纳（Cremona）起义。一旦拿破仑猜出武姆泽的进攻路线，他就能集中兵力，在那之前，他一直忙着保障白兰地、面粉、草料、军火和军用饼干（烤面包制成的方形硬面饼）供应充足。
9月2日，拿破仑确认武姆泽将从阿迪杰河流经的瓦拉加里纳山谷（the Vallagarina valley）南下。他打算一得知德意志军团司令莫罗将军到达因斯布鲁克（Innsbruck）就从瓦拉加里纳谷地出击，因为若有可能，他的进军应同德意志战况协调。然而，9月3日，卡尔大公在维尔茨堡击败儒尔当将军，而莫罗深入拜恩南部，突袭慕尼黑（Munich），所以他俩都不能帮他忙。若拿破仑被迫同时对付卡尔大公与武姆泽，那么他根本没有足够人手。他必须提防这种风险。
拿破仑前进至特伦托以南15英里处的罗韦雷托镇（Rovereto），4日，他在此截击武姆泽前卫。破晓时分，他来到防守严密的马科峡口（defile of Marco，在罗韦雷托正下方），此时另一支敌军屯于阿迪杰河对岸的莫里（Mori）设防营地。皮容的轻步兵占领马科以左的高地，奥军阵线顽抗两小时后放弃了。法军约有750人伤亡或失踪，奥军将领达维多维希（Davidovich）男爵损失3000人（大部分被俘）、25门大炮和7面军旗。[39]
罗韦雷托之战后，奥军全线撤退。下周，双方又在小山谷内连战四场。在卡利亚诺（Calliano），奥军警备太松懈，结果他们做早饭时遭法军突袭，丢了阵地。9月7日，法军在普里莫拉诺（Primolano）进攻似乎牢不可破的阵地，靠强势冲劲拿下了它。山谷两侧猛然汇聚成U形，两侧的陡直峭壁彼此仅隔半英里。奥军本可轻松守住谷口，但当日下午，法军轻步兵纵队拥上两侧山峰、蹚过及腰湍流布伦塔河（the Brenta），完全用冲锋对敌，奥军遂逃往巴萨诺。
当晚，拿破仑睡在奥热罗师，他吃士兵口粮，裹斗篷躺在星空下，早期战局里他经常这么做。次日，他在巴萨诺俘虏2000名奥军士兵，缴获30门火炮和不少弹药马车。法军只有一次小挫折。11日在切雷阿（Cerea），马塞纳追歼敌军时冲过头遭遇小败，导致400人伤亡。次日，奥热罗不费一卒攻克莱尼亚戈，他缴获了22门大炮，释放了当地关押的500名法军战俘。仅仅三天后，即9月15日，基尔迈纳在曼托瓦城外的拉法沃里塔（La Favorita）击败武姆泽，迫使奥军司令进入围城之中。
9月19日，拿破仑回到米兰陪伴约瑟芬，待了近一个月。他派马尔蒙携最好的宣传工具——22面奥军军旗——赴巴黎，将其陈列在荣军院中。凭借快速的作战节奏，他总是先发制人，奥军本可在狭长山谷内的很多地方拖住或阻击他，但他却像玩保龄球般接连打击他们。布伦塔河谷的闪电战役完美证明了为何军旅精神无价。拿破仑动用自己的意大利统治权询问当地民众，采取能让军队瞬间转向的营方阵。他在罗韦雷托将奥军一分为二，迫使他们各自走开，然后他操作经典的中央位置机动，各个击破敌军，而且他常常在黎明发动进攻，一直给武姆泽施压。
战役开始时，武姆泽有20000人，还比拿破仑提早三天行动。战役结束时，他被迫率剩下的14000人退入曼托瓦，同已然受困的16000人合兵。10月10日，曼托瓦又挤得满满当当，只不过这回武姆泽也身在城中。六周之内，他的军队有4000人死于伤病和营养不良，另有7000人住院。城中食物只够支撑三十八天，武姆泽只好出击，以便去乡间寻找给养，尽管此举令他折损近1000人。
曼托瓦撑不了太久，然而大战局环境不利于拿破仑攻陷该城。9月21日，卡尔大公把儒尔当赶回莱茵河对岸，所以奥地利多半会三度派兵解围，而且这回的兵力将远超之前的。拿破仑要督政府增派援军25000人，以防罗马和那不勒斯宣战，他补充道，还好“帕尔马公爵表现很好，但他也一无是处”。[40]10月2日，拿破仑向弗朗茨皇帝求和，他既奉承又恐吓，想借此引诱对方谈判。“陛下，欧洲渴望和平，”他写道，“这场战争灾难实在太久了。”他警告弗朗茨，督政府已令他封锁的里雅斯特（Trieste）等亚得里亚海（Adriatic）岸边的奥地利港口，并补充道：“我不希望这场战争再添无辜牺牲者，（因此）尚未执行指令。”[41]奥地利皇帝弗朗茨也是神圣罗马帝国皇帝（神圣罗马帝国是个松散联盟，其治下的半独立国家遍布德意志与中欧的很多地区。神圣罗马帝国和奥地利是不同的政治实体，但前者受后者控制），为人骄傲清贫、精于计算，并且憎恨将其姨母玛丽·安托瓦内特斩首的大革命。1794年的佛兰德（Flanders）战役中，弗朗茨曾短暂指挥奥军，后来他把指挥权交给弟弟卡尔大公。论军事能力，弗朗茨远不及卡尔。拿破仑的求和书如泥牛入海。
10月8日，拿破仑又威胁辞职，这回的理由是全身乏力。“我不能骑马了，”他写道，“我只剩下勇气，但单凭勇气难当此职。”他还宣称，2月之前难克曼托瓦，而且“罗马正在武装，并煽动人民的狂热”。他认为梵蒂冈的影响“不可估量”。[42]他警告道，秋雨导致医院病号增加，要求督政府授权他同那不勒斯签署“最关键”的最终条约、同热那亚和撒丁结成“必要”的同盟。拿破仑传达的中心信息是，“最重要的是派援军来”，但他也希望巴黎知道，“在你们拿去冒大险的东西中，你们的意大利将军永远不是核心”。
两天后，拿破仑未经督政府批准与那不勒斯全面媾和。和约规定，若波旁家族同意不参加任何反法活动，拿破仑就允许他们保留王位。为防奥军从北面入侵，他得保障南部安全。他也确保交通线不经过皮埃蒙特-撒丁，而是从更可靠的热那亚过境。撒丁新君卡洛·艾曼努尔四世（Charles Emmanuel IV）不值一提。
巴黎人正传播流言，他们说拿破仑的动机完全是野心，他以后可能推翻政府。他知道这些传言，于是在致信督政府时嘲笑诋毁者：“要是两个月前我想自封米兰公爵，今天我就想在意大利称王！”[43]然而，督政府并不信服。巴拉斯和卡诺承认拿破仑的军事才能不可否认，但民众越来越喜欢他，督政们都担心意大利战局后他将如何利用这一点。当时，拿破仑的心思大都在狡猾又不可靠的军队承包商身上。他常常说，承包商特别是实力雄厚的弗拉沙公司（Compagnie Flachat）是一群骗子。弗拉沙公司“不过是一帮没钱没信誉没道德的忽悠”。他希望可以枪毙他们，10月12日，他告诉督政府：“我不断逮捕他们、把他们送上军事法庭，但他们买通法官。这很正常，在此地一切都是交易。”[44]
10月16日，拿破仑叫武姆泽献城。“勇士应该直面危险，而非沼泽瘟疫。”他写道。武姆泽一口回绝。[45]同日，他宣布博洛尼亚、费拉拉、摩德纳、雷焦（Reggio）四地成立奇斯帕达纳共和国（Cispadane Republic），督政府对此也没多少指示。立国之举牵涉废黜摩德纳公爵，此人曾允许护粮队进入曼托瓦。拿破仑组建了2800人的“意大利兵团”（Italian Legion）保卫奇斯帕达纳共和国（名字含义为“波河沿岸”），它废除封建制度，规定平等民权，创立普选议会，并发起民族复兴（Risorgimento）统一运动。这一运动历时四分之三世纪，但它最终让意大利成为独立、统一的国家。奇斯帕达纳共和国开了不下38次制宪会议，因为拿破仑积极投身其中，这证明他有耐心。亚平宁半岛几百年来一直政权林立，现在法国人开始促其形成统一政权。
然而在某一领域，法国的革命制度一直难以战胜意大利保守主义，此领域便是天主教会。意大利人激烈反对拿破仑的宗教改革，在意大利史上所谓的“法国时代”（epoca francese），他的教会改革所遭抵制之顽强，堪比他引入的行政文化所受拥护之热烈。[46]拿破仑早就开始试着恐吓梵蒂冈。1796年10月，他警告庇护六世不准反对奇斯帕达纳共和国，更不许等奥军回来后袭击法军。他语带不祥地告诉庇护六世，“想摧毁教皇的世俗权力，光愿望本身还不够”，但和平时期“一切也许能安排妥当”。他接着警告道，若教皇宣战，“反对共和国大众的疯子将面临毁灭与死亡”。[47]儒尔当和莫罗在德意志战败后，督政府无力调拨拿破仑急需的25000名增援士兵，仅派3000人支援接下来的战役，所以他只好同梵蒂冈拖时间。正如他对罗马的卡科所言：“我们的游戏真的就是把球丢来丢去，好骗过那只老狐狸。”[48]
11月上旬，奥地利准备就绪，试图三解曼托瓦之围，他们策划的战略只有维也纳宫廷会议这种委员会才想得出：匈牙利老将约瑟夫·阿尔文齐（József Alvinczi）率28000人，把里沃利的法军赶回曼托瓦；乔瓦尼·迪·普罗韦拉（Giovanni di Provera）将军率9000人从布伦塔去莱尼亚戈，牵制法军；巴萨诺的10000人袭击各处，防止拿破仑集中兵力。委员会把19000人的主要任务定为佯攻，只留给主力部队28000人，这说明他们没从过去六个月的战事中吸取教训。61岁的阿尔文齐具有丰富的履历，曾在拜恩、荷兰和土耳其作战。拿破仑后来说，当时阿尔文齐是他遇上的最好敌将，这也是为何他在公报里对阿尔文齐不置可否（相反，他盛赞自己看不上的博利厄、武姆泽和卡尔大公）。他还在宣言和当日公告中说，自己非常尊敬普罗韦拉。那是因为拿破仑认为这些人中普罗韦拉最差劲，他希望此人不会被解职。
拿破仑现在有41400人，他再次驱策军队快速向前，好尽量获知奥军在何时何地出现的警报。另有2700人守卫布雷西亚、佩斯基耶拉和维罗纳。第40半旅的2500人已从法国出发，尚未到达。11月2日，阿尔文齐渡过皮亚韦河（the Piave）。他指示夸斯达诺维希和普罗韦拉分别经巴萨诺与特雷维索（Treviso）去维琴察（Vicenza）。奥军开始前进了。
拿破仑命令马塞纳不要开战、直接退回维琴察，后者万分懊恼。马塞纳像奥热罗一样，开始欣赏拿破仑的领导能力和军事才干，但上司被称作法国最好的将军之一，这令他嫉妒，而且他为自己的绰号“胜利的宠儿”自豪。马塞纳不喜欢奉命撤退，哪怕敌人兵力占优。11月5日，拿破仑带奥热罗去蒙特贝洛（Montebello），他看到奥军就在法军纵队正前方横渡布伦塔河，遂决定次日发动进攻。与此同时，马塞纳在丰塔尼瓦（Fontaniva）攻击普罗韦拉的纵队，把他们赶到河中的一些小岛上，但未彻底将其逐过河去。
11月6日，夸斯达诺维希的军队刚在巴萨诺露面，奥热罗便发动进攻，他苦战一场，但未将敌军赶回布伦塔河对岸。当日，诺韦村（Nove）数次易手，奥军有28000人，拿破仑的兵力不及敌人，只有19500人，于是他被迫撤退。当时有很多的胜负判断标准，如减员人数、是否保住战场、是否挫败敌军计划，但不管怎么看，巴萨诺之战都是拿破仑的第一次败仗，不过后果不算严重。
拿破仑退回维琴察，获知沃布瓦在琴布拉村（Cembra）和卡利亚诺村与达维多维希小战五天后告败，其部队中有超过40%的人死亡、受伤或失踪。拿破仑立刻令奥热罗返回维罗纳以南的阿迪杰河，派马塞纳去维罗纳，并让巴泰勒米·茹贝尔（Barthélemy Joubert，律师之子，15岁时，他从家里跑掉参加炮兵）将军从曼托瓦调一个旅去里沃利助沃布瓦集结。他随后鼓动沃布瓦的部下：“第39和第85步兵半旅的士兵们，你们不配继续投身法军。你们既无纪律又缺勇气，几个勇士就能在你们的阵地拦下大军，但你们竟被敌人赶走，所以参谋长会在你们的军旗上题字：‘这些人不再属于意大利军团’。”[49]拿破仑能敏锐察知何事会鼓舞部队、何事会打击士气，如他所料，因为公开羞辱，在接下来的几天，这两个半旅作战时都比之前更卖力。
奥军在巴萨诺取胜后几乎停滞不动，拿破仑便得空重整部队。12日，他派2500人守维罗纳，调6000人守阿迪杰河一线。与此同时，被贬的沃布瓦在里沃利拖住达维多维希，基尔迈纳继续包围曼托瓦。于是右翼的马塞纳和左翼的奥热罗各自剩下13000人和5000人，两人在维罗纳以东10英里处的卡尔迪耶罗村（Caldiero）进攻阿尔文齐。大雨劈头浇在意大利军团步兵的脸上，他们没有体现此前常有的冲劲。大风刮走火药，法军的鞋也在泥泞中打滑，他们战斗一上午，但只在右侧稍稍站稳阵脚。下午3点，奥军援军一到，法军就被迫放弃已得的阵地。双方都有约1000人伤亡。拿破仑当然宣称战胜，但事实告诉我们，那年他下令铸造勋章纪念蒙特诺特之战、米莱西莫之战与卡斯蒂廖内之战，却无视了卡尔迪耶罗之战。
11月13日，两军休战。拿破仑趁机从维罗纳给督政们写了一封绝望的信，有力地将当前处境归咎在他们头上：
我们也许即将失去意大利。我等待的救援统统没来……我在尽责，军团在尽责。我的灵魂裂成碎片，但我意识平静……天气依然恶劣，全军赤足，疲乏至极……伤员都是精兵，优秀的军官和最好的将军都失去了战斗力。每个来我这的人都如此无能，连身为士兵的信心都没有！……我们被丢在意大利深处……也许我……大限将至。我不敢暴露自己，我死了部队将会消沉。[50]
的确，塞吕里耶和索雷负伤，拉纳、缪拉与小克勒曼住院，但拿破仑麾下还有不少良将。此信的结尾当然语气乐观，盖过一切前文：“过几天，我们试最后一回。如蒙幸运照耀，曼托瓦可取之，意大利可随之平定。”
拿破仑想出了一个大胆的计划，他打算绕到阿尔文齐后方的维拉诺瓦，迫使对方保卫自己的撤退路线。那儿的战场是成片的稻田，奥军兵力优势难以发挥。在阿尔巴雷多（Albaredo）渡过阿迪杰河会比较轻松，但奥军骑兵可以发出警报，于是拿破仑避开了阿尔巴雷多，选择在龙科（Ronco）过河。因为先前战事，法军在龙科修了一座浮舟桥，桥已被拆解，但其部件藏在附近的安全处。11月14日晚，马塞纳离开维罗纳，他故意向西，愚弄城中的奥军间谍，然后他折向东南方，在路上同奥热罗会合。
意大利此地的堤道蔚为壮观（今亦然），只见湿地两侧高耸笔直陡壁，故法军来架桥时，奥军警卫浑然未觉。破晓时分，第51战列步兵半旅乘船过河，夺取桥头堡。早上7点，桥造好了。在河对岸的交叉路口，奥热罗走右路，沿堤坝抵达阿尔科莱镇（Arcole），他打算渡过阿尔波内河（the Alpone）北上至维拉诺瓦，从而袭击阿尔文齐的炮场；马塞纳走左路，进军波尔奇莱（Porcile），欲从后方击退阿尔文齐左翼。天色阴暗，奥热罗同路易-安德烈·邦（Louis-André Bon）将军的第5轻步兵半旅前进，但他很快在阿尔波内河沿岸公路全线遭遇射击。敌人是掩护阿尔文齐左后方的两个克罗地亚营和两门大炮。阿尔科莱防守严密，既有枪眼又设了路障。法军第一波攻击失败，奥热罗亲率第4轻步兵半旅再度攻袭，但也告败。攻方被迫滑下陡直河岸，躲避守方火力。与此同时，去波尔奇莱的马塞纳路遇另一个克罗地亚营和一个奥军团，他把敌军赶回波尔奇莱村，稳固了桥头堡左侧。伦巴第平原和山地是不同的战场，在伦巴第平原，奥军骑兵机会更多，但此地河流迅急、堤岸缠结，更利于明悉战术细节但手头骑兵数量远远不及对方的年轻指挥官。
阿尔文齐很快获知法军动向，但他认为既然此处是沼泽地，那么这些法军只是实施佯攻的少许诈兵。巡逻队回报维罗纳平静无事，阿尔文齐遂派人侦察左方军情。在那儿，马塞纳击败普罗韦拉的3000人，另外3000人则迅速奔向阿尔科莱，正午刚过时赶到此地。奥军安放了两门榴弹炮，堤道便沐浴在弹雨中。拉纳刚从米兰医院归队，结果又中弹负伤。
奥热罗夺桥未成，恰在此时拿破仑赶到。他下令再战，但被密集的炮火阻挠。奥热罗便抓过一面军旗，走到麾下散兵前方15步处，说：“掷弹兵，过来追你们的军旗。”拿破仑身边围着副官与警卫，此时他也抓起一面军旗，亲自指挥冲锋，还用士兵在洛迪的壮举鼓动他们。两天前，他告诉督政府不想置身险地，但他在阿尔科莱的确冒险了。然而，进攻失败了。米龙等人都死在拿破仑身边，但苏乌科夫斯基说“士兵胆小如鼠”，他们没冲上尸横遍野的桥。奥军反击，推搡中拿破仑摔进桥后的泥沼，因为掷弹兵冲锋才获救。他是勇士，但面对固守奥军的猛烈炮火，人皆力量有限。这种炮轰还会持续两日。今人参观此桥便可明了拿破仑当时如何被推进紧挨着的大排水沟，虽说不太体面，但他可能因此捡回一条命。
事态已见分明——法军无法夺下桥。拿破仑当即命令马塞纳与奥热罗返回阿迪杰河南岸，他在阿尔科莱留下燃烧的营火，假装法军仍在此地。如果里沃利的沃布瓦继续后撤，他得准备好去对付达维多维希。在小村庄龙科的教堂塔楼上，法军看见阿尔文齐从卡尔迪耶罗返回维拉诺瓦，并在阿尔波内河东岸布阵。接下来两天桥依然在奥军手中，17日，奥热罗和马塞纳返回阿尔科莱，成功夺桥，当时拿破仑不在场。法军遭受了严重损失，有1200人死亡（包括8名将领）、2300人负伤，相对而言，奥军有600人死亡、1600人负伤，但阿尔科莱会战的最终赢家仍是法军，因为他们俘虏了4000名奥军士兵，缴获了11门大炮。“击败阿尔文齐是运气好。”拿破仑后来如此承认道。[51]
冬季临近，战事暂歇。曼托瓦仍然被困，奥地利会四度尝试解围。奥军在这场战役中损失近18000人，而法军损失了19000多人。战役结束时，法军什么都缺，尤其缺军官、鞋子、药品和军饷。有些士兵饥肠辘辘，第33战列步兵半旅甚至哗变，结果三个连被关禁闭，两名魁首被枪决。战事一结束，拿破仑就革了沃布瓦的职，并提拔茹贝尔，令其指挥掩护里沃利的师。
11月19日，拿破仑向卡诺汇报情况，这份报告比之前的明显乐观许多。“意大利的命运开始明朗，”他写道，“我希望十天之内就能从曼托瓦司令部给你写信。没有什么战事比阿尔科莱的更激烈。我几乎失去了所有的将军，他们的忠诚与勇气无可匹敌。”他在结尾处说，曼托瓦一投降他就要向“顽固”的罗马进军。[52]11月下旬，督政府派拿破仑在测绘局的前上司亨利·克拉克将军去维也纳议和。他劝克拉克不要为和谈牺牲奇斯帕达纳共和国，因为曼托瓦注定失守。[53]“那个人只是自高自大，他一无所长，”据说拿破仑告诉米奥称，“督政府派他当间谍监视我。”[54]这几乎不可能是拿破仑的慎思之语，因为日后他不断提拔非常能干的克拉克，封其为费尔特雷（Feltre）公爵。克拉克先是拿破仑的私人秘书，后任战争部长，到1812年时，他已是法国的权力巨头之一。“给我30000人，我就向的里雅斯特行军，”拿破仑告诉督政府，“我会把战火烧向皇帝领土、让匈牙利革命、进军维也纳。到时你们就能盼着百万的财富与安逸的和平。”[55]
