今年没见人去麦加朝圣。
——佚名伊斯兰教史学家笔下的1798年
如果我留在东方，我会像亚历山大大帝一样开创帝业。
——圣赫勒拿岛上，拿破仑对古尔戈将军说
关于谁是埃及远征的倡议人有多种版本，如塔列朗、巴拉斯、蒙日（尽管只有他自己这么说）、百科全书编者兼旅行家康斯坦丁·德·沃尔内（Constantin de Volney）等。事实上，早在18世纪60年代，法军策划人员就开始考虑此事，1782年，弗朗茨皇帝的伯父、奥皇约瑟夫二世（Joseph II）也建议妹夫路易十六吞并埃及，以此作为瓜分奥斯曼帝国的更大计划的步骤之一。[1]1517年，奥斯曼土耳其征服埃及，眼下它仍是埃及的正式统治者，但实际控制权早已落入源自高加索（Caucasus）的格鲁吉亚（Georgia）军人阶级马穆鲁克（Mamluks）手中。24个马穆鲁克贝伊（Bey，军阀贵族）被视作外族，他们征收重税，所以不得民心。大革命之后，法国的激进理想主义者认为征讨埃及可以传播自由、解放被暴虐异族压迫的埃及人，卡诺、塔列朗等更精于算计的战略家则想对抗地中海东岸的英国势力，因此埃及远征对这两类人都有吸引力。拿破仑属于后一类人，1797年8月，他告诉督政府：“为了根除英国，我们现在必须拿下埃及。”[2]塔列朗毛遂自荐，称愿赴君士坦丁堡劝苏丹塞利姆三世（Selim III）不要积极反对远征。这是他第一次误导拿破仑，但绝不是最后一次，也绝非最严重的一次。
1798年3月5日，拿破仑秘密就任埃及军团司令，他仅用十一周不到的时间组织筹备整个远征，5月19日就率军启程。但在准备期间，他仍设法出席了法兰西学院的八个科学讲座。作为假情报战的一部分，趁沙龙中有人讨论假日时，拿破仑当众说想带约瑟芬、蒙日、贝尔蒂埃和马尔蒙去德意志。为了进一步瞒天过海，官方重申任命拿破仑为屯于布雷斯特的英格兰军团司令。
拿破仑称埃及为“通向世界的地理钥匙”。[3]他的战略目标是摧毁当地的英国贸易并代之以法国贸易，最起码也要消耗皇家海军，强迫他们同时掩护地中海入海口、红海入海口以及美洲和印度之间的贸易线路。[4]1796年，皇家海军丢了基地科西嘉岛，若法国海军可从几乎固若金汤的马耳他岛（Malta）港口行动，它将更加受限。“何不攻占马耳他岛？”1797年9月，拿破仑致信塔列朗，“它可以让英国海军霸权更受威胁。”[5]他告诉督政府：“这个小岛值得我们不计一切代价去争取。”他给督政府列了三条远征理由：把埃及变成永久的法属殖民地；为法国产品开辟亚洲市场；建立可容6万将士的军事基地，为进攻英属亚洲领地奠定基础。他向战争部索要孟加拉（Bengal）与恒河（the Ganges）的英语地图，还让公民皮弗龙（Citizen Piveron）随行，此人曾担任过驻英国最头疼的印度敌人、“迈索尔之虎”蒂普苏丹（Tipu Sahib）处使节。上述举动也许反映了拿破仑的最大野心，或者说最终幻想。然而督政府打击了这些梦想，仅授权拿破仑入侵埃及，并告诉他自筹资金。按照预期，他要在六个月内回国。
远征将花费800万法郎。事后人们发现，拿破仑让贝尔蒂埃、茹贝尔和布吕内分别在罗马、荷兰与瑞士勒索“捐赠”，相对来说，他没费多大力气就筹到了这笔钱。他认真挑选远征军高级军官。出身贵族的路易·德塞（Louis Desaix）将军在德意志战场表现出色，显得前途无量。3月28日，德塞带另一位贵族将军路易-尼古拉·达武去胜利街初访拿破仑。勃艮第人达武现年28岁，拿破仑对他的第一印象不算很好，但德塞担保达武军事才能突出，为他在远征军争得一席之地。拿破仑后来欣赏达武在埃及的表现，不过两人私交平平，这对他的未来极为不利，因为达武日后跻身他麾下少数几个独立指挥也出彩的元帅之列。不出所料，拿破仑任命贝尔蒂埃为参谋长，让已从沙隆炮兵学校毕业的弟弟路易和英俊的继子欧仁（绰号“丘比特”）当副官，并带上师级将军让-巴蒂斯特·克莱贝尔（Jean-Baptiste Kléber，莱茵军团老兵，嗓门大，比他的士兵们高整整一个头）、德塞、邦、雅克-弗朗索瓦·德·梅努、让-路易·雷尼耶（Jean-Louis Reynier）以及贝西埃、马尔蒙等14名旅级将军，其中很多人曾随他在意大利作战。
远征军骑兵由出身海地的达维·德·拉帕耶特里（Davy de la Pailleterie）将军指挥，他一般被称作老仲马（Thomas-Alexandre Dumas）[6]。1797年1月，老仲马成功阻止奥军返回阿迪杰河对岸，他们就给他起了个绰号“黑魔鬼”（Schwarzer Teufel），因为他是法国贵族与加勒比女黑人之子。拿破仑还让埃尔泽阿·德·多马丹（Elzéar de Dommartin）将军统率炮兵，并派独腿的路易·卡法雷利·迪法尔加（Louis Caffarelli du Falga）主管工兵。奇怪的是，那个年代最勇猛的骑兵指挥拉纳却摊上文职军需总监。首席军医是勒内-尼古拉·德热内特（René-Nicolas Desgenettes），四年后他会从医生角度撰写埃及战局史，并把书题献给拿破仑。埃及军团军官队伍人才济济、前景光明，堪称劲旅。
拿破仑还特地建了个图书馆，他带了125本书，其题材涵盖历史、地理、哲学与希腊神话。这些书包括库克船长的三卷本《航程》、孟德斯鸠的《论法的精神》、歌德的《少年维特之烦恼》以及李维、修昔底德、普鲁塔克、塔西陀的著作，尤利乌斯·恺撒的书自然也少不了。他也带了蒂雷纳、孔代、萨克斯、马尔伯勒、萨伏依的欧根、瑞典国王卡尔十二世和百年战争时期法军著名指挥官贝特朗·杜盖克兰（Bertrand du Guesclin）的传记。诗集和剧作也名列书单，如莪相、塔索、阿廖斯托、荷马、维吉尔、拉辛与莫里哀的作品。[7]拿破仑从《圣经》中获知德鲁兹派（Druze）与亚美尼亚人（Armenians）的信仰，从《古兰经》中认识穆斯林，从《吠陀经》中了解印度教徒，不论战事最终把他带到何处，他对当地居民发表宣言时几乎都可尽情引用合宜素材了。他还带了希罗多德的书，因为书中有涉及埃及的内容（幻想色彩浓厚）。（多年后，拿破仑说，希罗多德“相信，照射在泥土上的阳光的热度形成了人类。希罗多德告诉我们，尼罗河的黏土会变成老鼠，可以看见它们的变化过程”。[8]）拿破仑知道亚历山大大帝征伐埃及、波斯和印度时曾让学者与哲学家随军。身为合格的法兰西学院院士，他希望这次征途不仅是征服战，还是科学文化盛事。为此目的，他在军中安置了167名地理学家、植物学家、化学家、考古学家、工程师、历史学家、印刷工、天文学家、动物学家、画家、音乐家、雕刻家、建筑师、东方学家、数学家、经济学家、记者、土木工程师和气球驾驶员，这些人就是所谓的学者，他们大多是科学与艺术委员会成员。拿破仑希望学者们的工作能赋予远征军事层面以外的意义。[9]他没能劝服一位职业诗人同行，但他设法让51岁的小说家、艺术家、博学者维旺·德农入队。旅途中，德农画了200多幅速写。蒙日和贝托莱领导的学者队伍也包含当时的顶尖人才，如数学家兼物理学家约瑟夫·傅立叶（Joseph Fourier，他发现了热传导的傅立叶定律）、动物学家艾蒂安·圣伊莱尔（étienne Saint-Hilaire）、矿物学家德奥达·德·多洛米厄（Déodat de Dolomieu，白云石“dolomite”以他命名）。学者们不知此行终点，只知共和国需要他们发挥才干，而他们自己也可在学术界留职加薪。“学者与知识分子就像风情女人，”拿破仑后来告诉约瑟夫，“你能与他们见面聊天，但别娶一个回家或招一个当部长。”[10]
1798年5月10日，拿破仑在土伦发表宣言：
地中海军团将士们！你们现在是英格兰军团侧翼。你们在山地间、平原上、要塞前战斗过，但不曾渡海作战。你们有时能和罗马兵团一较高下，但还不能与之比肩，而罗马兵团正是在这片海域迎战迦太基人……胜利从未离开他们……欧洲注视着你们。你们肩负伟大使命，需战斗不息、排除万难。你们手握法国的繁荣未来、人类的利益和自己的光荣。自由理想曾立共和国为欧洲主宰，亦将立它为遥海远境之主。[11]
拿破仑在这篇演说中许诺道，他将分给每位士兵6阿庞（arpents，6阿庞相当于5英亩）土地，但他没明说在何处分地。德农后来回忆道，登陆前，船上士兵看到埃及的贫瘠沙地，于是互相打趣道：“那就是他们要给你的6阿庞！”[12]
远征埃及是十字军东征后法国首次对中东用兵，拿破仑凭其惯有的细节掌控力准备此役。除了军队所需全部军事装备，他还收集了天文望远镜、气球设备、化学仪器、一台印刷机以及拉丁文、阿拉伯文、叙利亚文的铅字。[13]他致信蒙日，“你知道我们将多么需要好酒”，并告诉对方不仅要采购4800瓶酒（大部分是他最爱的勃艮第红葡萄酒），还要雇“一名优秀的意大利歌手”。[14]（远征军一共带了80万品脱葡萄酒去埃及。）如今，拿破仑的名望足以克服给养困难，他委派弗朗索瓦·贝努瓦耶（Fran?ois Bernoyer）置办军装，此人着手雇佣裁缝和马鞍匠，并记载道：“只要我说远征的指挥官是波拿巴，一切就迎刃而解。”[15]
1798年5月19日（周六），天气晴好，拿破仑的大舰队从土伦驶向亚历山大，马赛、科西嘉、热那亚和奇维塔韦基亚的船队陆续入队。当时，这支队伍是史上最大的地中海舰队。远征舰队共有280条船，其中有13艘战列舰，其规格从74炮到118炮不等。118炮军舰是海军中将弗朗索瓦·布吕埃斯（Fran?ois Brueys）的旗舰“东方号”（L’Orient），它是水上最大战舰。拿破仑一共集结了38000名陆军士兵、13000名水手与海军士兵、3000名商船海员。他的陆军有些头重脚轻，因为非军官人员与军官人数比一般为25∶1，而远征军共有2200名军官，这一比例为17∶1，可见很多壮志满怀的青年渴望投身拿破仑帐下。“你就当我会一路晕船，”出发前，拿破仑和布吕埃斯说笑道，“给我准备张舒服的床。”[16]
纳尔逊正率13艘战列舰寻找拿破仑，庞大的舰队在横渡地中海时幸运地躲过了他。拿破仑出港前夜，纳尔逊的舰队被强风吹散，漂向撒丁岛。6月22日晚，两支船队在克里特岛（Kriti）附近的海雾中擦肩而过，彼此仅隔20英里。纳尔逊根据经验猜出拿破仑要去埃及，但他在6月29日到达亚历山大，次日便走了，而30日正好是法军抵达的前一天。[17]三次躲过纳尔逊堪称奇迹，但事不过三。
旅途中，拿破仑让学者在甲板上给军官办讲座。在某次讲座上，朱诺的鼾声太响，他只好叫醒朱诺，准其离开。他后来从图书馆管理员处获知，高级军官大多看小说。（他们已经开始赌博，直到“大家的钱很快进了几个人的口袋，再没出来过”。）拿破仑断言道，小说是写给“贵妇侍女”看的，并且命令图书馆管理员“只给他们历史书，男人应该只看历史”。[18]他显然忽视了自己带来的40本小说，其中有英译法作品。
6月10日，舰队抵达掌控地中海东部入口的马耳他岛。拿破仑派朱诺去见圣约翰骑士团大头领费迪南德·冯·洪佩施·楚·博尔海姆（Ferdinand von Hompesch zu Bolheim），要求他打开瓦莱塔港（Valletta）并投降，两日后头领照办。卡法雷利对拿破仑说，投降是桩幸事，不然“大军根本没法入港”。[19]马耳他岛曾挺过围攻，1565年的一次防御战尤其令人瞩目，当时土耳其人炮轰瓦莱塔港四个月，一共发射了13万发加农炮炮弹。二战期间，马耳他岛被围三十个月也未屈服。但是1798年骑士团正在内讧，亲法骑士不愿战斗，而且他们的马耳他臣民也起义了。
拿破仑在马耳他岛上待了六天。他驱逐骑士们，只留下其中14人；他废止中世纪的管理机构，改设政府会议；他关闭修道院，引进路灯照明和块石路面；他释放所有政治犯，安设喷泉；他革新医院和邮政系统，并改造大学，让它在人文科目外增设科学课程。[20]他派蒙日和贝托莱劫掠金库、铸币厂、教堂与艺术品（但他们错过了圣约翰教堂的银门，因为人们明智地把它涂黑了）。6月18日，拿破仑写了14封急件，安排马耳他岛未来的陆军、海军、行政、司法、税收、租赁和警务。他在这些信中废除了奴隶、仆役、封建制度、贵族爵位，并解除了骑士团的武装。他允许犹太人修造岛上一直禁止的犹太教堂，甚至指定每位大学教授的薪水，规定大学图书馆管理员也得讲授地理，否则不对其发放1000法郎年薪。“我们现在拥有欧洲最坚挺的土地，”他对督政府自夸道，“想赶走我们可不容易。”[21]他留下政治盟友米歇尔·勒尼奥·德·圣-让·丹热利管理马耳他岛。大革命时期，丹热利是《巴黎日报》（Journal de Paris）的编辑，他也当过法国罗什福尔港（Rochefort）的海军宪兵。
在从马耳他岛去埃及的路上，拿破仑下达总指示，指明军队上岸后马上要做的事：查封公共财产以及征税员的住宅与官邸；抓捕所有马穆鲁克，没收其马匹和骆驼；解除一切城乡武装。他指示道：“入民宅盗窃马或骆驼的任何士兵都将受罚。”[22]拿破仑尤其注意避免圣战。“不许顶撞他们，”他规定士兵应如何与穆斯林相处，“就像我们对待犹太人和意大利人那样对待穆斯林，你们要像尊重拉比和主教那样尊重他们的穆夫提（muftis）和伊玛目（imams）……罗马兵团保护所有宗教……这儿的人对妻子的态度和我们的不同，但不管在哪个国家，强奸犯都罪大恶极。”[23]他接着补充道，法军要去的第一座城市是亚历山大大帝建的，这一点对士兵的意义不及对他自己的。
7月1日（周日），舰队抵达亚历山大港边。晚上11点，拿破仑在8英里外的马拉布特（Marabut）登陆。次日上午，他力克亚历山大。梅努的部队轻松地翻过该城城墙。“我们先进攻（亚历山大的）一处没有防御工事的地方，”军团参谋上校皮埃尔·布瓦耶（Pierre Boyer）致信留在法国的好友基尔迈纳将军，“500名土耳其新军士兵（Janissaries，马穆鲁克精兵）防守那儿，他们几乎都不会用滑膛枪瞄准……我军折损150人，如果我们只传令该城（投降），也许就能避免损失，尽管如此，但军中认为开局时有必要震慑敌军。”[24]拿破仑把死者葬在花岗岩雕成的庞培柱（Pompey’s Pillar）下，在柱面上镌刻其姓名。[25]
拿破仑在亚历山大待了一周。他监督全军下船，收缴当地人的武器，仅伊玛目、穆夫提和谢赫（sheikhs）除外；他联系身在埃及的法国商人，占领附近的罗塞塔，设立一座传染病医院（lazaretto）；他致信开罗帕夏，表明自己敌视马穆鲁克，并告诉对方，“你知道法国是苏丹在欧洲的唯一盟友”；他还用法军的印刷机印制宣言。“回历一千二百一十三年元月”的宣言提到马穆鲁克时称：
惩治他们的时刻已经来临。这帮从高加索和格鲁吉亚买来的下贱奴隶在世上最美的土地上当了太久暴君，但是万物之父真主下旨，要他们的帝国灰飞烟灭！……埃及人民！我到这儿来是为了恢复你们的权利，是为了惩罚篡位者。我崇敬……真主，也尊重他的使者穆罕默德和《古兰经》！……教皇煽动人们同穆斯林开战，我们不是打垮了他吗？马耳他骑士团那帮蠢货以为对抗穆斯林是神意，我们不是消灭了他们吗？[26]
只要能达成目的、赢得民心，拿破仑不怕援引神意，哪怕他看上去支持穆斯林对抗教皇。他惯有的夸张语句被精心翻译成阿拉伯文。然后他很可能提到了1536年弗朗索瓦一世与苏丹苏莱曼大帝缔结的法土同盟，慷慨激昂地问：“难道这几个世纪来，我们不是至高阁下（Grand Signor）（愿真主允他遂愿！）的朋友和他敌人的敌人吗？”他从阅读中获益良多，这份宣言也模仿了《古兰经》的韵律与风格。
拿破仑把舰队留在阿布吉尔湾，命令布吕埃斯停泊在足以防御袭击的近岸海域。7月7日傍晚5点，他向开罗出发，在行军途中度过了整个月夜。这是近代西方军队首次穿越沙漠。通往开罗的路长150英里，次日上午8点时，法军抵达路上第一站达曼胡尔镇（Damanhour）。之后拿破仑的部队就得白日进军了。士兵们讨厌白天赶路，因为天气酷热、焦渴磨人、蚊蝇滋扰、蛇蝎出没、沙暴狂舞，不怀好意的马穆鲁克和贝都因阿拉伯人（Bedouin Arabs）也一直在旁骑行，准备杀死掉队者。一路上，很多水井和蓄水池要么被人下毒，要么塞满了石头。贝尔蒂埃回忆道，行军途中水和金子卖到一个价。沙眼（又叫颗粒性结膜炎或“埃及”眼炎）问题尤其棘手，灼人阳光会使内眼睑糙化，最终导致至少200人失明。[27]年轻的炮兵参谋中尉让-皮埃尔·多格罗（Jean-Pierre Doguereau）终生难忘在柔软的沙地中拖曳加农炮多么吃力，那里的沙子可以一直淹到大炮车轴。“好吧，将军，你就这样带我们去印度？”一名士兵冲拿破仑喊道。他仅仅回答道：“不，我不会带你这种兵去！”[28]
沙漠严重打击了士气。“军团初到埃及时的厌恶、不满、忧郁和绝望难以言表。”那个年代的历史学家安托万-樊尚·阿尔诺（Antoine-Vincent Arnault）写道。拿破仑甚至看见两个龙骑兵冲出队伍，投尼罗河自尽。[29]在埃及战局中升为上校的优秀工程师亨利·贝特朗（Henri Bertrand）上尉看到，就连缪拉、拉纳等出色的将军都“把他们带花边的帽子扔进沙里，再狠狠踩几脚”。[30]士兵从亚历山大到开罗一共走了十七天，他们的主要牢骚是路上没面包吃，也“没口酒喝”，而且正如布瓦耶对基尔迈纳所言，“我们沦落到吃甜瓜、葫芦、禽肉、水牛肉，喝尼罗河水”。[31]
拿破仑在尼罗河边的舒卜拉希特（Chobrakhyt）扎营，该地又叫谢卜雷西（Chebreis）。7月13日上午8点，马穆鲁克进攻法军营地。穆拉德（Murad）贝伊率领约4000人进攻，此人是切尔卡西亚人（Circassian，也译作切尔克斯人），身材高大，脸挂伤疤，多年来，他与易卜拉欣（Ibrahim）贝伊联手统治埃及。拿破仑以营为单位围绕骑兵与辎重结成方阵，而马穆鲁克只是骑马绕法军打转。他们身着多彩丽装，装备中世纪武器，骑跨良马，显得非常华贵，但布瓦耶不喜欢马穆鲁克的方式，因为“他们四下散开围着我们并且乱转，活像一群牛。他们有时纵马疾驰，有时又十人、五十人、百人不等一起迈步缓行。过了一会儿，马穆鲁克多次试图冲破我们的方阵，他们的作战方式既荒唐可笑又古怪离奇。”[32]拿破仑的副官苏乌科夫斯基和布瓦耶用了同一个词：“对训练有素的军队来说，这仅仅是荒唐可笑的。”[33]马穆鲁克配有标枪、斧头（他们有时掷斧）、弯刀、弓箭和老式火枪，他们不敌受过训练的滑膛枪射击。穆拉德折损了近300人，骑马逃走。这次遭遇战对拿破仑有利，他趁机实践了某种战术，后来充分应用它。他告诉督政府，“法军习惯猛冲，相对而言，这种新型战斗需要很大的耐心”，它依赖坚定的防御。[34]舒卜拉希特之战后，马穆鲁克依然狂妄不可一世。“让法国佬来吧，”某贝伊（可能就是穆拉德）说，“我们会在马下把他们剁成肉泥。”[35]（另一个版本则是：“我会从他们中间骑过，像摘西瓜一样收人头。”[36]）
法军继续向开罗前进。7月19日在瓦尔丹（Wardan），朱诺肯定了拿破仑可能已经产生的疑心——约瑟芬一直和伊波利特·夏尔偷情。（约瑟夫·波拿巴早知道了，但兄弟俩焦虑地和她面谈时，他似乎没告诉弟弟此事。）朱诺举出一封信为证，我们不知寄信人是谁，而且法军登陆后还没收过信。他又补充道，拿破仑的绿帽子是巴黎的谈资。[37]尚不清楚为何他要在这个特殊场合摊牌，夏尔曾捉弄他，把他的剑粘在鞘里，但那是数月之前的事了。
“真相大白后，我心如刀割，”六天后，拿破仑致信约瑟夫，“我在这世上只有你了。你的友谊对我弥足珍贵，只要失去它，只要我见你背叛我，我就会变成反人类者……我只能用单单一颗心盛着对同一人的这些感情，着实可悲。你能理解！”[38]此信令人想起克利松给欧仁妮的绝笔片段，它寄往法国时被皇家海军截获。英国发表了信中部分内容，但公开的段落不足以指明拿破仑在暗示什么。[39]
布列纳称，拿破仑归国后想离婚。他又致信约瑟夫：“我回来后，请你想办法在巴黎附近或勃艮第给我找个乡间住宅，我要在那把自己关一个冬天。我太烦人性了！伟大害了我，我需要孤身独处。我的感情耗尽了。”[40]拿破仑致约瑟芬的现存信件没有一封出自埃及战场上，有些历史学家认为那时的信遗失或损坏了，但解释成他压根没写明显更合理。下一封致她的现存信件所署日期已是1800年5月11日，彼时他更平静地称呼她为“我的好友”（ma bonne amie）。[41]
英国政府把在1798～1800年截获的信编成年鉴并出版，拿破仑感到很尴尬，这可以理解。编者们笑称他的军团“悲惨沮丧”，并再版很多人的信件以强调这一点，这些人中有拿破仑自己、路易·波拿巴、塔利安、布列纳、德热内特、梅努、布瓦耶、老仲马、布吕埃斯和拉萨尔。（拉萨尔也许是军中最骁勇的骠骑兵，他写信给母亲诉苦，说自己脱发了，“因为我根本没有发粉和润发剂”。[42]）他们给友人、家人和情妇写信时都说实话，而且除了拿破仑，所有人都想尽快离开埃及，不少人还称该地为“鬼地方”。再版书信集收录了拿破仑向约瑟夫抱怨约瑟芬奢侈的信，尽管这几乎算不上国家机密。它也载有朱诺揭穿丑闻后欧仁写给约瑟芬的信，“他希望亲爱的母亲不像说的那么邪恶！”尼罗河小型舰队指挥官、海军师级将军让-巴蒂斯特·佩雷（Jean-Baptiste Perrée）致信一位友人：“贝伊给我们留了些亚美尼亚和格鲁吉亚漂亮妞儿，我们让她们充公满足国家需要。”[43]
7月21日，穆拉德贝伊再度袭来，这回他率马穆鲁克6000人和阿拉伯非正规军54000人（大部分骑马）进攻尼罗河左岸的安巴莱镇。[44]20世纪前，吉萨（Giza）的胡夫大金字塔（The Great Pyramid of Khufu）一直是世界最高建筑，该地距战场近9英里，但仍清晰可辨，所以战前拿破仑发布的当日公告提到了它：“士兵们！你们到这国家来，是为了从野蛮中拯救居民，是为了把文明传到东方，是为了让世上的这片美丽土地摆脱英国统治。四十个世纪正从金字塔顶凝视你们。”[45][46]拿破仑后来常说：“终其一生，在所有给他留下印象的东西中，埃及金字塔和巨人弗里翁（Frion，法国个子最高的人）的身材最令他震撼。”[47]拿破仑提到了英国，但该国既无意干涉埃及事务，也完全不想从埃及牟利。此言纯属夸张，但它大概能得军心。
拿破仑让2万名士兵以师为单位排成五个方阵，并在每个方阵角上安置火炮，辎重、骑兵和学者则待在方阵中间。法军已在西瓜田解了渴，现在蓄势待发。他们知道，只要把刺刀指向马穆鲁克的坐骑的头部，照一位军官的话说，“战马就会用后腿站立，甩掉骑师”。[48]马穆鲁克最先进攻德塞师和雷尼耶师，布瓦耶称，两师“沉着应战，等敌军距自己仅剩十步时才猛烈开火……马穆鲁克接着攻击邦的师，该师也以同样的方式对敌。简言之，他们白费几番功夫后匆匆逃走”。[49]不出两小时，金字塔之战就结束了。多马丹的副官让-皮埃尔·多格罗撰写了军旅日记，他回忆道，很多马穆鲁克“跳进尼罗河，我们冲水上漂着的数千颗脑袋开火许久，并缴获他们所有的加农炮。敌军损失惨重”。[50]
法军折损了300人，其伤亡大都系方阵间友军误伤，而非马穆鲁克所致。马穆鲁克的20门大炮、400头骆驼以及全部装备和辎重被缴获。他们的传统是携带一生积蓄上阵，所以单单一具尸体就能让士兵发财。金字塔会战后，胜利者法军算金币时都用“一帽子”做单位。贝尔蒂埃向战争部报称，“我们的勇士所受苦难得到充足的补偿”，《箴言报》刊登了这句话。埃及人给拿破仑起了绰号“克比尔苏丹”（Sultan Kebir，意为“火之王”）。穆拉德逃往上埃及，拿破仑派德塞追击。德塞在上埃及取胜数场，某次胜仗后，士兵们在尼罗河上捞尸首，好从淹死的马穆鲁克身上抢一笔。
战后次日，拿破仑进入开罗，该城有60万居民，它与巴黎一般大小，其面积在非洲显然居首。他把司令部设在伊兹贝克耶广场（Ezbekyeh Square）上的埃勒菲（Elfey）贝伊宅邸，然后立刻开始下令改革：开罗16个行政区皆成立国务会议（diwan），由当地显贵担任议员；每个国务会议推选一名代表出席大国务会议（Grand Diwan），由亲法谢赫沙尔卡维（Sharqawi）任主席。拿破仑授予国务会议一些司法权与行政权，他希望会议最终能“让埃及权贵适应议会与政府理念”。他和大国务会议开会时，氛围似乎轻松活泼。一名穆斯林历史学家记载道，他“兴高采烈，同聚集人群融洽相处，和他们说笑”。[51]拿破仑靠直接下令完成了下列事务：建立邮政系统，引入路灯和道路清洁；在开罗和亚历山大之间安排公共马车；创设铸币厂，规定合理税收制度，比起马穆鲁克的讹诈性税率，他减轻了埃及农民（fallaheen）的负担。此外，拿破仑废除封建体系，让国务会议成为新的权力机关，并成立一家新的法国商业公司，修建近代传染病医院。他还印刷书籍，这在埃及历史上是第一次（这批读物涵盖三种语言）。由于督政府没法传达信息，上述改革措施没有一项出自其命令。革新完全仰赖于拿破仑的主动性。
公元前332年，亚历山大大帝入侵埃及。他在锡瓦（Siwa）参拜阿蒙神庙（Temple of Amon），向当地神祇祷告。拿破仑认为此举是“卓越的政治手段”，还说“这助他征服埃及”。[52]7世纪以来，埃及一直是伊斯兰国家，所以拿破仑想尽量结好伊斯兰教，不过在这方面他从来不及他称之为“傻瓜梅努”的将军。梅努迎娶埃及女子，改信伊斯兰教，还取了中间名阿卜杜拉（Abdallah）。（马尔蒙问梅努是否“打算遵循这国家的习俗”，也娶多个妻子，他表示不会。[53]）二十年后，有人问拿破仑曾否真心归顺伊斯兰教，他笑答：“军人信仰战斗，我对此矢志不渝。其他宗教都是女人和教士的勾当。我自己的话，我到哪国就接受哪国的宗教。”[54]
拿破仑尊重伊斯兰教，他认为《古兰经》“不仅是宗教作品，也是民事与政治著作。《圣经》则只宣讲道德”。[55]他也欣赏穆斯林，“他们在十五年内归化的伪神信徒、推翻的神像、拆毁的异教神庙比摩西和基督的教众在十五个世纪内做到的还多”。[56][57]拿破仑不反对一夫多妻制，他说埃及男人是“贪心的爱人”（gourmands en amour），若条件许可，他们“更想娶各具风采的女人”。[58][59]他讨好乌理玛（ulama，神职人员），讨论《古兰经》，摆出一副可能改信伊斯兰教的样子，还试图用法国科学折服谢赫，上述举动皆为在埃及培养合作团体，但成果喜忧参半。事实证明，不管他如何遵从伊斯兰教仪式、称呼语和惯例，塞利姆三世仍然宣布对驻埃及法军发起圣战，这意味着今后他们所受袭击都蒙神明庇佑。
从埃及回来后，拿破仑经常开玩笑说自己差点变成穆斯林。在厄尔巴岛上，他对一名英国议员“幽默地讲述”他与伊玛目的神学讨论。他还说，自己“在开罗时多次和他们开会或严肃交谈”，终于“为法军争得不实施割礼的豁免权和饮酒许可，条件是每次旱季后军队要做一件好事”。[60]拿破仑说，伊玛目允许法军不行成年人的割礼（他称之为“剪掉”）后，他同意出资修造清真寺（在那种情况下，这是桩划算的买卖）。[61]这则故事在讲述中变长，历史学家仔细分析了这类轶闻，发现它们是夸大之谈，遂断言拿破仑撒谎成瘾。但人们不都是靠渲染一则好故事的细节来强化效果吗？
当然，拿破仑在埃及建立的宣传纸媒就像意大利战局中的一样，的确堪称谎话连篇。《政论家》（Le Publiciste）报道，科普特人（Copts）歌唱赞美诗，称颂“新亚历山大大帝”。[62]军中发行的《埃及邮报》（Courrier de l’Egypte）称，他“就像穆罕默德继承人一样平易近人”。[63]某日，他攀登大金字塔，观赏斯芬克斯像（法军炮兵并未如某则传说所言轰掉它的鼻子），然后和穆罕默德（Mohammed）等三位伊玛目交谈。当日公告重点突出他们的对话，逐字记录了每人的发言。即便是最简短的谈话摘录也证明会谈在当时无可非议。
波拿巴：向真主（Allah）致敬！到底是哪个哈里发（Khalifah）打开这座金字塔骚扰死者骨灰？
穆罕默德：那些人认为是信士们的长官（Amir al-Mu’minin）马哈茂德（Mahmoud）……也有人认为是著名的哈龙·拉希德（Haroun al-Raschid，9世纪的巴格达统治者），他们说他想寻宝，但只找到木乃伊。
波拿巴：恶人竹篮打水一场空。
穆罕默德（点头）：此乃智慧之谈。
波拿巴：向真主致敬！世间仅有一位真神，穆罕默德是他的使者，而我是他的友人之一……
苏莱曼（Suliman）：也向您致敬，无敌的将军，穆罕默德的宠儿！
波拿巴：谢谢您，穆夫提。《古兰经》启发了我的思想……我爱先知，我想敬拜他在圣城的安息地，但我首先得消灭马穆鲁克。
易卜拉欣（Ibrahim）：愿胜利的天使为您的道路扫清尘埃，张开翅膀庇护您……噢，耶稣最英勇的子民之一啊，真主会让毁灭天使跟随您解放埃及土地。[64]
拿破仑提到“身环主赐荣耀的盟友大苏丹”时又说了很多类似上文口吻的话，这也许会令塞利姆惊讶，因为他正在招募两支军队，打算把法军赶出埃及。拿破仑接着凭记忆引用“一夜之间穿过所有天堂”的至圣穆罕默德的名言，还说了诸如“追寻会腐烂的财宝之人、贪恋好比渣滓的金银之人乃罪人、大罪人”之类的话。[65]
拿破仑享受所有这些装模作样，伊玛目们或许也喜欢。三人中的苏莱曼称，拿破仑“宽大仁厚”地对待教皇，他则说教皇陛下不该判穆斯林永受地狱火刑。拿破仑说，读过《古兰经》后自己相信，“穆罕默德希望”埃及人与法国人一同歼灭马穆鲁克，至圣喜好“与诚实之辈打交道”，支持他们去梵天神庙（即印度），他想让法国人在埃及港口建立兵站，显然也想让埃及人“驱逐被诅咒的耶稣之子——阿尔比恩（Albion）岛民”。为此，拿破仑承诺道：“法兰克人会用友谊报答你们，直到你们升入七重天堂，坐在永远年轻贞洁的黑眸天国美女（houris）身旁。”[66]
在法军占领埃及期间，阿拉伯国家最重要的三位时代见证人是历史学家阿布德·拉赫曼·贾巴尔提（Abd al-Rahman al-Jabartī）、哈桑·阿塔尔（Hasan al-Attar）和尼库拉·图尔克（Niqula Turk）。贾巴尔提认为侵略军是真主对忽视伊斯兰教义的埃及所降之惩罚。他把法军看作新十字军，但毫不讳言自己钦佩法军的武器、军事战术、医疗进展、科研成果以及他们对埃及历史、地理、文化的兴趣。贾巴尔提喜欢和法国学者来往。他佩服拿破仑不讲排场，也欣赏其去苏伊士（Suez）时不带厨师与女眷，只带工程师与穆斯林商人。然而，贾巴尔提仍然觉得拿破仑是贪得无厌、不讲信用的野蛮无神论者，他欣喜地得知苏丹宣布要对异教徒发动圣战。[67]
大革命的平等信条和《古兰经》中的很多内容冲突，但贾巴尔提赞赏法国人修工程时善待当地工匠，他也兴致勃勃地模仿他们的化学与电学试验。他对法军士兵在露天市场砍价失败之事不以为意，认为他们想借此赢得民心。还有一件事令贾巴尔提生厌：法国异教徒（dhimmis）违背伊斯兰教律法，允许“最低贱的科普特人、叙利亚人、东正教教徒和犹太人”骑马佩剑。[68]
贾巴尔提的朋友哈桑·阿塔尔正好相反，他非常害怕被当作通敌者，所以拒绝学者的邀请，不肯参观他们的图书馆和实验室。尼库拉·图尔克说，拿破仑“是个聪明幸运的人，他瘦小苍白，右臂比左臂长”。[69]（没有证据表明图尔克正确记载了拿破仑手臂的相对长度。）图尔克补充道，很多穆斯林认为拿破仑是人们盼望的伊斯兰教救世主马赫迪（Mahdi，得道者），如果他把西方服装换成中东服饰，相信这一点的穆斯林人数又会激增。没有变装是拿破仑的惊人疏忽，他只有一次换上包头巾和肥大长裤，结果逗得部下们大笑。多年后，拿破仑对廷臣妻子说，既然此前一直信仰新教的亨利四世认为，为了统治法国自己值得改信天主教，“难道你会觉得东方帝国或许还有亚洲至尊权位不值包头巾和肥大长裤？”他补充道，大军“肯定愿意让自己变成这种笑料”。[70]
拿破仑喜欢埃及那有益于健康的气候以及肥沃郊野，但他鄙视“愚蠢、可怜、木头木脑的”的埃及人。他在开罗待了一天就无缘无故地告诉督政府，开罗居民是“世上最邪恶的人”。乡村人口大多无知，“他们宁要士兵衣服上的一粒纽扣也不要价值6法郎的一枚埃居币（écu），村民甚至不知道什么是剪刀”。[71]埃及没有水力磨坊，风车磨坊也只有一座，不用磨坊时，当地人就靠牛拉磨石碾稻谷，这令拿破仑惊讶不已。他后来说，埃及不像意大利，“没有葡萄酒，没有叉子，没有伯爵夫人来共度春宵”，所以大军讨厌埃及。[72]（拿破仑指的不是当地出产的酒。他自己从法国带了酒来，12月时，他命令马尔蒙卖掉其中的64000品脱，并写道：“小心点，只卖看上去可能要变质的酒。”[73]）
拿破仑到开罗之后命令布吕埃斯将军驶往克基拉岛（Kerkyra），海军在那儿更安全，还能威胁君士坦丁堡，但信使赶到阿布吉尔湾时舰队已经覆没。1798年8月1日，纳尔逊将军发动格外大胆的进攻，击沉了法军舰队。当晚10点，“东方号”爆炸，布吕埃斯殉职。法军的战列舰中，2艘被毁（包括“东方号”），9艘被俘，只有海军师级将军皮埃尔·德·维尔纳夫（Pierre de Villeneuve）指挥的4艘脱身（原文如此）。纳尔逊前额受伤，他在阿布吉尔花了两周时间养伤，然后驶向那不勒斯，并留下舰队严密监视埃及海岸。“就算布吕埃斯曾在这场灾难中犯错，”拿破仑后来宽容地评价他，“他的光荣牺牲也足以弥补过失。”[74]
“我深深理解你的悲痛。”拿破仑给布吕埃斯遗孀写了一封诚挚的信，“永别爱人之刻太残忍了，我们从此在世间茕茕独立，身体感受到深切痛苦的迸发。灵魂的功能变了，它只在扭曲一切的噩梦中与宇宙交心。”[75]上个月他才知道约瑟芬偷情，我们不禁猜想，他写下这句话时正想着她。拿破仑致信督政府时更加冷静，他照常篡改了数据，称此战中法军仅有800人伤亡，“不足为虑”。事实上，法军有2000人死亡、1100人受伤（相对而言，英军有218人死亡、678人受伤）。[76]
“看来你们喜欢这个国家，”获知尼罗河口之败的次日早上，即8月15日早上，拿破仑吃早餐时对部下们说，“那太好了，因为没有舰队送我们回欧洲了。”[77]阿布吉尔灾难不仅切断了他同法国的联系、引发失联状态暗含的所有问题，还让他面临紧迫的现金周转困难，因为估价为6000万法郎的马耳他“捐赠”随“东方号”一起沉入大海。然而，拿破仑不承认他所谓的“这次挫折”证明幸运女神已经抛弃他。“她没有丢下我们，事情远非如此，”他告诉督政府称，“整场远征中，她比以前更卖力地为我们效劳。”[78]他甚至对克莱贝尔说，灾难也许有利，因为英国人迫使他考虑进军印度，“兴许他们会逼我们干出超越计划的伟绩”。[79]
拿破仑一边尽力赢取当地民心，一边明确表示他不会容忍反抗。8月1日，他给贝尔蒂埃写了8封信，其中一封坚称应在反叛的达曼胡尔镇杀鸡儆猴，包括将五个最具影响力的本地居民斩首等，而且五人中至少得有一位律师。但是，他一般用鼓励手段来调和严厉措施。当年，开罗、罗塞塔（Rosetta）[80]等地的伊玛目借口资金匮乏、政局不稳，不想庆祝至圣诞辰，但正如德农所说的，其真实目的是向信徒暗示，法国人“反对他们宗教的最重要圣礼之一”。拿破仑得知此事后坚持负担一切费用，尽管他手头紧。[81]8月20日，三日庆典揭幕，节庆期间，柱悬彩灯，队朝寺院，乐音飘飘，诗声琅琅，熊猴表演助兴，魔术巧隐活蛇，彩绘麦地那（Madīnah）至圣墓妆点圣礼。一些男舞者表演淫秽舞蹈，就连前色情小说家德农看到后也惊呆了。至圣诞辰当天，法军鸣炮致敬，某个团的乐队加入人潮，军官们则参见赛义德·哈利勒·巴克里（Sayyid Khalil al-Bakri）阿訇，拿破仑宣称他是穆罕默德最尊贵的子民。百名阿訇举办盛筵，席上，他们允许法军饮酒，并宣布拿破仑是至圣的女婿，为他冠名“阿里-波拿巴”（Ali-Bonaparte）。他和埃及人互相迎合，正如一名法军军官回忆道：“士兵露出礼貌的表情，回到营地后，他们就嘲笑这出喜剧了。”[82]
庆典最后一日，拿破仑创立了埃及学院，他任命蒙日为院长，自任副院长。学院总部位于开罗郊区，其地址原是卡西姆（Qassim）贝伊的宫殿。这座宫殿足以安置学院的图书馆、实验室、九个车间、古董藏品乃至野生动物园。举办数学研讨会的厅堂本是后宫。首席气球驾驶员尼古拉·孔泰（Nicolas Conté）主管车间。除了风车磨坊零件、时钟、印刷机，学院车间还制造其他很多产品。德塞征服上埃及后，各种石头和珍宝被送至开罗、罗塞塔和亚历山大，只要能运载这些东西的船只到来，它们就会被送往卢浮宫。
埃及学院分为数学院、物理学院、政治经济学院、艺术院四个院，每五天开一次会。开幕式上，拿破仑建议学院选择研讨课题时应考虑非常实际的问题，如改善军队的烘焙技术、用他物取代啤酒花酿酒、把尼罗河水净化成饮用水、判断开罗更适合水力磨坊还是风车磨坊、分析在埃及生产火药的可能性、考察埃及人的法律与教育现状。学者们有自己的报纸《埃及周报》（La Décade égyptienne）[83]，拿破仑也希望他们教埃及人了解独轮车和手锯的益处。然而，学者们的活动与思考并非全受商业和殖民影响。他们研究埃及的动植物、古迹、地理和海市蜃楼，这些方面的成果就很少用于实践。
