拿破仑努力用启蒙科学和理性征服埃及人，甚至提议建造天文台。[84]法国人充分利用印刷机、医疗器械、望远镜、时钟、电力、热气球等近代奇观，试图震慑埃及人，贾巴尔提爽快地承认的确“心灵大为触动”，但这些东西似乎不能促进法国人的政治事业。（贝托莱在学院展示化学实验，一名谢赫问这实验能否让他同时出现在摩洛哥和埃及，贝托莱答之以法式耸肩，谢赫遂下结论：“好吧，他根本算不上什么巫师。”[85]）
拿破仑误以为塔列朗已去君士坦丁堡兑现承诺，在埃及学院成立之日，他给对方写信，称不久之后，埃及会运大米去土耳其，并保护通往麦加（Makkah）的朝圣路。[86]同日，他派高级参谋官约瑟夫·博瓦松（Joseph Beauvoison）上校去圣地巴勒斯坦，试图同阿克（Acre）帕夏艾哈迈德·杰扎尔（Ahmed Jezzar）谈判（此人绰号“屠夫”，令人闻风丧胆）。杰扎尔敌视马穆鲁克，也对土耳其举起反旗。他的专长是伤人肢体、毁人容貌，但他也设计恐怖的折磨方式，比如给受害者的脚钉上马蹄铁、把活着的基督徒砌进墙里、先剥光50名腐败官员的衣服再砍死他们。[87]杰扎尔杀了7个妻子，但他爱好赠送来访者他自己剪的纸花。既然易卜拉欣贝伊被迫从埃及逃往加沙（Gaza），拿破仑就希望能和杰扎尔联手消灭他。杰扎尔拒绝接见博瓦松，反倒与奥斯曼和解。（杰扎尔有时会砍掉他讨厌的信使的脑袋，博瓦松是个幸运儿。）
按照拿破仑的盘算，一旦征服埃及并稳固下来，他就返回法国。9月8日，他却致信督政府（像其他书信一样，这封信也得经地中海上的皇家海军查验）：“我恐怕不能践行10月回巴黎的承诺，但我只会耽搁几个月。此地一切顺利，这个国家已经归顺，开始适应我们。剩下的必须由时间来完成。”[88]然而，这回他又误导了督政府，因为埃及显然没有“开始适应”法国统治。他的很多书信涉及法军为巩固驻军采取的措施，如斩首、扣押人质、焚烧村庄。[89]然而，拿破仑满足于军团的着装与待遇，他给巴拉斯写信时提不出别的要求，仅让对方送一个剧团来军中表演。[90]
10月20日，拿破仑得知一支土军在叙利亚（Syria）集结，预备来袭。他需要前去迎敌，但当天晚上，开罗全城的光塔（minaret）响起呼声，呼吁全民反抗法国统治者。次日上午，城中大部分地区公开起义。开罗总督多米尼克·迪皮伊（Dominique Dupuy）将军在街上被人一矛刺死，苏乌科夫斯基与拿破仑的15名私人警卫也遇难，他们的尸体被丢去喂了狗。[91]（共有8名副官随拿破仑去埃及，其中4人被杀、2人受重伤，这其中，欧仁在围攻阿克时负重伤。）埃及人弄沉尼罗河上的不少船只。拿破仑后来对督政府声称有53名法国人遇害，但死亡总数约为300人。[92]反抗者占据了开罗最大寺院之一贾马-爱资哈尔（Gama-el-Azhar）大清真寺，把它当总部。有人传播谣言，说死去的迪皮伊其实是拿破仑本人，此事就像乌理玛（宗教学者）一样激化了起义。于是乎（正如布列纳回忆道），“波拿巴立刻上马，他只带30名向导，前往所有受威胁的地方，恢复我方信心，并且镇定自若地采取防御措施”。[93]
开罗城寨墙厚10英尺，高高在上掌控全城，守住这里是拿破仑最重要的目标。城寨安全后，多马丹随即居高临下，用8磅炮轰击敌军要塞。炮轰长达三十六小时以上，他毫不犹豫地把15发加农炮炮弹射入大清真寺内，之后步兵猛攻寺院，损坏了它。2500多名反叛者死亡，更多人后来在城寨中被处死。多年后，皮埃尔-纳西斯·介朗（Pierre-Narcisse Guérin）描绘拿破仑宽恕起义者，而他在这之后过了很久才原谅他们。[94]当时，他下令把抓到的所有武装反叛者斩首，并抛尸入尼罗河，尸体随河漂流，恐吓其他埃及人。他们的脑袋被装进口袋里，由骡子驮去开罗中心的伊兹贝克耶广场，那儿的头颅堆积成山。[95]“我没法描述这种恐惧，”一位目击者回忆道，“但必须承认，很长一段时间中它保障了安宁。”[96]10月27日，拿破仑致信雷尼耶：“我们每晚都要砍30个脑袋。”拉瓦莱特称，埃及警长“出门必带绞吏。实施最轻微的违法行为就要被罚打脚掌”。这种手段被称作脚掌笞刑（bastinado），因为脚底有大量神经末梢、小骨头和肌腱，这种刑罚十分痛苦，就连女性也不能免刑。[97]残酷的措施确保普通开罗人不像忠诚信徒一样成群地反抗法军，否则他们可没法对抗60万人。起义结束后，11月11日，拿破仑随即规定讯问时禁用脚掌笞刑。“殴打涉嫌掌握重要秘密的人这一野蛮传统必须废止，”他对贝尔蒂埃下令道，“折磨毫无价值。可怜的家伙们想到什么审讯者爱听的话就说什么。”[98]
11月30日，开罗已恢复正常，足以让拿破仑开放蒂沃利（Tivoli）休闲庭园了。园内一位“美艳动人、活泼爽朗的妙龄女子”吸引了他的目光，她就是第22猎骑兵团中尉让-诺埃尔·富雷斯（Jean-Noёl Fourès）的20岁妻子波利娜·富雷斯（Pauline Fourès）。[99]当时人士称，她有美丽的圆脸与金色长发，若此言不虚，则富雷斯中尉带妻子参战之举的确愚蠢。距拿破仑发现约瑟芬不忠已有六个月，他初次看到波利娜没过几天，两人就开始缠绵。他们的风流韵事有一层喜剧色彩。12月28日，拿破仑派富雷斯中尉携他所说的重要急件去巴黎，往返本需三个月，结果就在次日，皇家海军巡航舰“狮子号”（Lion）拦下了他乘坐的船。当时间或有放过军事小角色的惯例，所以英军没有关押富雷斯，反而送他回亚历山大。于是富雷斯中尉比预期返程日提早十周到达开罗，然后发现波利娜已经住进拿破仑的埃勒菲贝伊宫，她还得到了绰号“克娄巴特拉”（Cleopatra）。[100]
有种说法称，富雷斯随后与波利娜争吵，往她裙子上泼了一瓶水。但另一种说法称，他用马鞭打得她头破血流。[101]不管真相为何，两人离婚了。于是，拿破仑驻开罗时期，波利娜成了其正式的情妇（ma?tresse-en-titre）。他设宴时，她在席上尽女主人之谊，两人还共乘马车驶过城市与郊区。（欧仁深感苦恼，拿破仑允许他不在这些场合出勤。）外遇分散了拿破仑绿帽子上集中的非议，对当时的法军将领来说，戴绿帽是个比找外遇严重得多的话柄。拿破仑离开埃及时把波利娜交给朱诺，但后者在决斗中负伤，不能回巴黎，于是又把她交给克莱贝尔。波利娜·富雷斯后来靠巴西木材生意赚了一笔钱，她穿男人的衣服，还抽烟斗。再后来，她带着宠物鹦鹉与猴子返回巴黎，一直活到了90岁。[102]
11月19日，拿破仑威胁杰扎尔：“如果你继续庇护埃及边境的易卜拉欣贝伊，我就视你为敌，进军阿克。”这预示他决心发起战役。[103]当代历史学家称这场战役为叙利亚战役，尽管拿破仑从没到达今叙利亚的地界，而一直待在今加沙、以色列和约旦河西岸。12月上旬，杰扎尔回敬拿破仑，宣称要将埃及从法军手中解放出来，他侵入加沙、拉姆莱（Ramleh）[104]和雅法三省，在阿里什（El-Arish）建立阵地，此地距拿破仑在西奈沙漠（the Sinai desert）边沿的埃及要塞卡提耶（Katieh）仅22英里。
12月下旬，拿破仑访问苏伊士，他既视察当地要塞，也追踪拉美西斯二世的运河。这条运河沟通尼罗河和红海，他沿河走了40英里，直到它消失于荒漠沙地。（他几乎不会料到，1869年，自己的亲侄子会继承苏伊士运河开凿事业。）拿破仑还宣称，“摩西和犹太民族的宇宙论源自上古，出于对他们的敬意”，他想去西奈山（Mount Sinai）。[105]除了向导们，随行人员有贝尔蒂埃、卡法雷利、多马丹、海军师级将军奥诺雷·冈托姆（Honoré Ganteaume，他从尼罗河会战中生还，拿破仑说这是此战唯一的怜悯）、军务组织长官让-皮埃尔·多尔（Jean-Pierre Daure）、蒙日以及另外四名学者。[106]“我们走得快，”多格罗回忆道，“司令疾驰出开罗，我们就驱马全速前进，累得它们气喘吁吁。”[107]
12月28日，拿破仑趁退潮跨越红海的一部分，[108]但就像在任何战场上死里逃生一样，正是在这次从苏伊士去西奈的观光途中（不过他从没到达西奈山本身），他似乎同死神擦肩而过。“我们轻松到达对岸。”多格罗说。拿破仑一行参观了摩西泉（Spring of Moses）等古迹，中午时在纳拜井用餐饮马，但夜幕降临后，他们迷路了，在低洼的海岸湿地徘徊，这时潮水上涨了。
我们的坐骑很快有半个身子陷进泥沼，它们挣扎着，但脱身太难……我们丢下很多被困住的马，历经千辛万苦才到达另一片海湾……当时是晚上9点，潮水已经涨了3英尺。情况糟透了，这时有人说发现浅滩。波拿巴将军是最先过去的人之一，向导们四处分散，引导剩下的人……我们太高兴了，庆幸自己没落得法老军队的下场。[109]
[1] Murphy，Orville T.，‘Napoleon’s International Politics：How Much Did He Owe to the Past？’Journal of Military History vol.54 April 1990，p.165，Volney，Constantin de，Voyage en égypte et en Syrie 1787，p.235
[2] ed. Lentz，Thierry，Les Apprentissages 1784-1797 2004，no.1908 p.1118，August 16，1797
[3] eds. Bertaud，Jean-Paul，La France de Napoléon 1987，p.312
[4] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2390 p.80，April 13，1798
[5] Abulafia，The Great Sea p.516
[6] 《基督山伯爵》作者大仲马（Alexandre Dumas）之父。
[7] Rose，John Holland，The Life of Napoleon 2 vols.1903，Ⅰ p.185，ed. Handel，Michael，Leaders and Intelligence 1989，p.41，ed. Hicks，Peter，Clisson and Eugénie 2009，p.56
[8] ed. Latimer，Elizabeth，Talks of Napoleon at St-Helena 1903，p.69
[9] ed. Moreh，Schmuel，Napoleon in Egypt 1993，p.12
[10] Henri Plon，Correspondance de Napoléon Ier，1858，15 no.12924 p.537
[11] Henri Plon，Correspondance de Napoléon Ier，1858，4 no.2570 p.128
[12] Plumptre，Anne，A Narrative of a Three Years’Residence in France 1802-1805 3 vols.1810，p.321
[13] Strathearn，Paul，Napoleon in Egypt 2007，p.39
[14] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2415 p.94，April 19，1798
[15] eds. Tortel，Christian and Carlier，Patricia，Bonaparte de Toulon au Caire 1996，p.28
[16] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2391 p.81，April 13，1798
[17] Knight，Roger，The Pursuit of Victory 2006，p.284
[18] ed. Frayling，Christopher，Napoleon Wrote Fiction 1972，pp.ⅹⅴ-ⅹⅵ
[19] Lavalette，Count Marie，The Memoirs of Count Lavalette（Philadelphia）1832，p.37
[20] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2519 p.142，June 13，1798，Rose，John Holland，The Life of Napoleon 2 vols.1903，Ⅰ p.184，ed. Bingham，D.A.，A Selection from the Letters and Despatches of the First Napoleon 3 vols.1884，Ⅰ p.210，ed. North，Jonathan，Napoleon on Elba 2004，p.76
[21] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2547，p.155，June 17，1798
[22] Anon.，Copies of Original Letters Ⅰ pp.239-40
[23] ed. Bingham，D.A.，A Selection from the Letters and Despatches of the First Napoleon 3 vols.1884，Ⅰ pp.212-13
[24] Anon.，Copies of Original Letters Ⅰ p.132
[25] 这很难说是理想图腾，因为公元前48年庞培刚踏上埃及海岸就遇害。布瓦耶提及的150人中，只有40人死亡，剩下的人负伤。
[26] ed. Bingham，D.A.，A Selection from the Letters and Despatches of the First Napoleon 3 vols.1884，Ⅰ p.210，Rose，John Holland，The Life of Napoleon 2 vols.1903，Ⅰ p.188，Anon.，Copies of Original Letters Ⅰ pp.244-6，ed. Moreh，Schmuel，Napoleon in Egypt 1993，p.3
[27] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.4174 p.820，January 28，1799
[28] Strathearn，Paul，Napoleon in Egypt 2007，p.46，Rose，John Holland，The Life of Napoleon 2 vols.1903，Ⅰ p.190
[29] Arnault，A.V.，Memoirs of the Public and Private Life of Napoleon Bonaparte 2 vols.（Boston）1833，Ⅰ p.86
[30] Bodleian MS Curzon e1. p.15
[31] Anon.，Copies of Original Letters Ⅰ p.134
[32] Anon.，Copies of Original Letters Ⅰ p.133
[33] Jonquière，Clément de la，L’Expédition d’égypte 1798-1801 4 vols.1908，Ⅱ ch.5
[34] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2625 p.193，July 24，1798
[35] ed. Moreh，Schmuel，Napoleon in Egypt 1993，p.8
[36] Holland，Lord，Foreign Reminiscences 1850，p.248
[37] Bourrienne，Louis-Antoine Fauvelet de，Memoirs of Napoleon Bonaparte 1836，Ⅰ p.66，Stuart，Andrea，Rose of Martinique 2003，p.234
[38] ed. Howard，J.E.，Letters and Documents of Napoleon vol.Ⅰ 1961，Ⅰ pp.258-9
[39] BL Add. MSS 23003
[40] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2635，p.199，July 25，1798
[41] ed. Lentz，Thierry，Pacifications 1800-1802 2006，no.5277 p.230，May 11，1800
[42] Anon.，Copies of Original Letters Ⅱ p.111
[43] Anon.，Copies of Original Letters Ⅰ p.121
[44] Gichon，Mordechai，‘East Meets West：The Clash Between French and Oriental Society during Napoleon’s Campaign in Egypt’Napoleonic Scholarship vol.1 no.3 May 2010，p.106 n.12
[45] 事实上，从胡夫大金字塔竣工到1798年历经四十四个世纪。
[46] ed. Dufourcq，Albert，Mémoires du Général Baron Desvernois 1898，pp.121-2
[47] Chaptal，Jean-Antoine，Mes souvenirs de Napoléon 1893，p.270
[48] Duffy，Christopher，Austerlitz 1977，p.137
[49] Anon.，Copies of Original Letters Ⅰ p.133
[50] ed. Brindle，Rosemary，Guns in the Desert 2002，pp.15-16，Anon.，Copies of Original Letters Ⅰ p.78
[51] ed. Bierman，Irene A.，Napoleon in Egypt 2003，p.85
[52] ed. Latimer，Elizabeth，Talks of Napoleon at St-Helena 1903，p.209
[53] Solé，Robert，La conquête de l’égypte 2006，pp.108-9
[54] Balcombe，Betsy，To Befriend an Emperor 2005，p.74
[55] Bertrand，Henri-Gratien，Cahiers de Sainte-Hélène 3 vols.1951，Ⅰ p.21
[56] 拿破仑指的是630年穆斯林征服麦加后破除异教。
[57] Henri Plon，Correspondance de Napoléon Ier，1858，29 p.570
[58] 拿破仑曾建议一位法国主教允许法属西印度群岛实行一夫多妻制，“但是阁下他不听”。Kerry ed.，The First Napoleon，p.99.
[59] ed. Kerry，the Earl of，The First Napoleon 1925，p.99
[60] Ebrington，Lord，Memorandum of Two Conversations between the Emperor，p.18
[61] ed. Kerry，the Earl of，The First Napoleon 1925，p.89
[62] Forrest，Alan，Napoleon 2011，p.112
[63] Forrest，Alan，Napoleon 2011，p.108
[64] ed. Bingham，D.A.，A Selection from the Letters and Despatches of the First Napoleon 3 vols.1884，Ⅰ pp.221-5
[65] ed. Bingham，D.A.，A Selection from the Letters and Despatches of the First Napoleon 3 vols.1884，Ⅰ pp.221-5
[66] ed. Bingham，D.A.，A Selection from the Letters and Despatches of the First Napoleon 3 vols.1884，Ⅰ pp.221-5
[67] ed. Moreh，Schmuel，Napoleon in Egypt 1993，p.14
[68] ed. Bierman，Irene A.，Napoleon in Egypt 2003，p.85
[69] ed. Ainé，Desgranges，Histoire de l’expédition des fran?ais en égypte 1839，pp.13-14
[70] ed. Bingham，D.A.，A Selection from the Letters and Despatches of the First Napoleon 3 vols.1884，Ⅰ pp.221-5
[71] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no. 2625 p.193，July 24，1798
[72] ed. Latimer，Elizabeth，Talks of Napoleon at St-Helena 1903，p.64
[73] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.3890 p.706，December 9，1798，ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2676 p.216，July 30，1798
[74] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2870 p.299，August 19，1798
[75] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2870 p.299，August 19，1798
[76] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2857 p.289，August 18，1798，Smith，Digby，The Greenhill Napoleonic Wars Data Book 1998，p.140
[77] ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2870 p.299，August 19，1798
[78] Anon.，Copies of Original Letters Ⅰ p.ⅹⅵ，Alison，Sir Archibald，The History of Europe from the Commencement of the French Revolution to the Restoration of the Bourbons vol.1 1843，Ⅰ p.580
[79] Lavalette，Count Marie，The Memoirs of Count Lavalette（Philadelphia）1832，p.43，ed. Lentz，Thierry，La Campagne d’égypte et l’Avènement 1798-1799 2005，no.2832 p.277
[80] 今拉希德（Rashīd）。——译者注
[81] Cole，Juan，Napoleon’s Egypt（New York）2007，p.123
[82] Cole，Juan，Napoleon’s Egypt（New York）2007，p.126
