一国边境或是大河，或是群山，或是荒漠。三地皆难行军，而最难征服者当属荒漠。
——拿破仑军事箴言第一条
恺撒做出十分残忍的决策，砍掉每位士兵的一只手。内战中，他宽待部下，但无情冷待高卢人，常对其有残暴之举。
——拿破仑，《恺撒战史》
1799年1月，萨姆胡德（Samhoud）之战爆发，德塞击溃穆拉德贝伊，并俘获对方在尼罗河上的小型舰队，上埃及的威胁就此平息。拿破仑的统治几乎扩张至埃及全境，他可以着手进攻杰扎尔了。从开罗出发那天，他告诉督政府，自己打算阻止皇家海军使用阿克、海法（Haifa）、雅法等黎凡特（Levant）港口，并煽动黎巴嫩人（Lebanese）和叙利亚基督徒反抗土耳其人，然后再决定是去君士坦丁堡还是印度。[1]“这次远征，我们要战胜很多敌人，”他写道，“沙漠、当地人、阿拉伯人、马穆鲁克、俄国人、土耳其人、英格兰人。”[2]此信提到了俄国人，这不仅仅是拿破仑式夸张。沙皇帕维尔一世（Tsar Pavel I，即保罗一世）憎恨法国大革命代表的一切，自认马耳他骑士团保护人（事实上，沙皇安排自己当选骑士团大头领，接替冯·洪佩施的职位。）1798年平安夜，帕维尔一世同英国以及俄国的老敌人土耳其联手，计划派一支俄军深入西欧。但此时此刻，拿破仑并未暗示这一点。
长期以来，历史学家认为此言表明拿破仑计划打到比阿克更远的地方，但这几乎不可能，因为他在埃及留下了三分之一的兵力，只带了13000人。就算阿克失守，就算德鲁兹教徒、基督徒和犹太人全部加入法军，但军队仍受后勤体系与兵员素质制约，哪怕是拿破仑这样雄心勃勃、足智多谋的将军也无望入侵土耳其或印度。他后来声称，若有印度的马拉塔（Mahratta）王侯相助，他能把英军逐出印度：他将向印度河（the Indus）进军，日行15英里穿越沙漠，途中在幼发拉底河（Euphrates）停留较长时间；行军时，单峰驼驮载病人、弹药和粮草，士兵每天伙食则为1磅大米、1磅面粉和1磅咖啡。然而，阿克和德里（Delhi）相隔2500多英里，军队得穿过今叙利亚、伊朗、伊拉克、巴基斯坦全境以及印度北境部分地区，这比他从巴黎到莫斯科的征程长得多，后勤根本无法保障。这些规划只能是亚历山大大帝征服史诱发的黄粱美梦。
苏丹计划从东边陆地侵入埃及，杰扎尔将支援他。1799年2月，拿破仑的眼下目标是先发制人，事成之后，他得返回埃及应付等候多时的夏季攻势，届时土耳其会水陆并举进攻亚历山大，好在这两股攻势未经协调。拿破仑使用了其老计谋中央位置战略，并且把规模放大了很多。1799年1月25日时，他的确致信英国在印度的最大敌人蒂普苏丹，宣称即将“率一支兵力雄厚、所向披靡的军队开赴红海，摘除您所负英国铁轭的愿望鼓舞着它”。[3]英军巡洋舰[4]截获了此信。当年5月时，出类拔萃的英军中校[5]阿瑟·韦尔斯利（Arthur Wellesley）爵士[6]率兵攻克迈索尔首都塞林伽巴丹（Seringapatam）[7]，蒂普身亡。拿破仑知道他的信会落入敌手，所以其目的很可能只是传播假情报。
德塞待在上埃及，马尔蒙留守亚历山大，夏尔·迪加（Charles Dugua）将军坐镇开罗。拿破仑入侵巴勒斯坦时，雷尼耶打头阵，克莱贝尔、邦和拉纳各率一个步兵师，缪拉指挥骑兵。法军唱着鼓舞人心的1794年革命歌曲《出征曲》（Le Chant du Départ）走出开罗，这首歌后来成了波拿巴派圣歌。在军事会议上，只有约瑟夫·拉格朗日（Joseph Lagrange）将军公开反对出击。他指出，阿克在300英里之外，行军路上要经过酷热的沙漠和不少严密设防的城市，攻下城池后就得留分队防守，而拿破仑打算带去的兵力本来就比较少。拉格朗日提出不如在埃及俟敌来犯，从而迫使敌人穿越西奈半岛，而非在他们的地盘开战。[8]然而，敌军准备在6月水陆并行进犯埃及北部，拿破仑觉得时间宝贵，经不起消耗。他需要越过沙漠击败杰扎尔，并赶在夏季的沙漠变得不可通行之前归来。
1799年2月10日（周日），拿破仑从开罗动身，13日下午3点，他到达卡提耶。出发前夕，他给督政府写了一封长信，其中有一句密码文，破译后如下：“如果3月时……法国与诸王开战，我就回国。”[9]3月12日，第二次反法同盟战争爆发，法国最后要对付俄国、英国、奥地利、土耳其、葡萄牙、那不勒斯的君主以及教皇。
为了穿过当时尚无地图的西奈半岛，拿破仑必须解决少粮、缺水、高温的问题，还得对付敌人贝都因部落。他组织单峰驼队，让士兵轮流练习快速射击，并配备插桩（pieux，一种曲柱，用于迅速搭建栅栏），直到一战时期，驻殖民地法军一直沿袭上述做法。[10]“我们已经在沙漠里走了70里格（league，相当于170多英里），累得筋疲力尽，”旅途中，他致信德塞，“我们喝盐水，有时完全没水喝。我们就吃狗、驴和骆驼。”[11]后来他们还吃猴子。
5000年的历史中，约旦河与地中海之间的地区大约爆发了500场战斗。拿破仑避开山区和约旦河谷地通道，他选择的西部沿海路线是当年亚历山大大帝的行军线路反过来。拿破仑当然喜欢战役中的历史层面，他后来回忆道：“经过《创世记》记载的地点时，我总会阅读书中相关的内容，惊讶地发现它们仍和摩西描述的一模一样。”[12]
阿里什要塞距开罗170英里，该地守军为土军前卫与其盟友阿拉伯人，他们共有2000人。2月17日，拿破仑与其主力已到阿里什，并修好了战壕与炮台。又渴又累的“士兵大肆抱怨”，还不公平地把整个远征归咎到学者头上，辱骂他们，但军队在发现有希望开战时就安静了。[13]19日，炮弹在城墙上打开的缺口已能容法军进入，拿破仑遂要求阿里什投降。要塞守将易卜拉欣·尼扎姆（Ibrahim Nizam）、马格里布人（Maghrebians）指挥官哈吉·穆罕默德（El-Hadji Mohammed）、雇佣兵（Arnautes）阿迦（Aga，军官）哈吉·卡迪尔同意献城，[14]他们和麾下的高级阿迦以《古兰经》之名对拿破仑起誓，保证“自己和部下绝不投身杰扎尔帐下，而且今后一年内不回叙利亚”。[15]拿破仑遂允许降军保留武器，放其回家，不过他没有对马穆鲁克履行承诺，缴了他们的械。20世纪下半叶以前，战争规则简单粗暴、大同小异，中东地区尤其如此；不过违背释俘誓言乃公认的重罪。
2月25日，拿破仑赶走加沙市的马穆鲁克，缴获了大量弹药、6门加农炮以及20万份饼干。“这里地形崎岖，生长着柠檬树与橄榄丛，样子极像朗格多克（Languedoc）郊野。”拿破仑告诉德塞，“我感觉如同身处贝济耶（Béziers）附近。”[16]3月1日，拉姆莱的嘉布遣会修士告诉拿破仑，阿里什守军正去往10英里外的雅法，途经拉姆莱时他们说“不打算遵守投降条款，因为我们在缴他们械时先违约了”。[17]修士们估计雅法守军有12000人，“君士坦丁堡也运去大量加农炮和弹药”。拿破仑于是在拉姆莱集结军队，然后继续向前。3月3日中午，法军开始围攻雅法。“波拿巴和其他几个人走近，离它不超一百码，”多格罗回忆雅法城墙时道，“我们回身时被发现了。敌军冲我们开火，有一发加农炮炮弹触地时离司令非常近，他落了一身土。”[18]3月6日，守军发动突击，多格罗于是发现奥斯曼军队成分相当复杂。“有马格里布人、阿尔巴尼亚人（Albanians）、库尔德人（Kurds）、安纳托利亚人（Anatolians）、尕勒莽尼阿人（Caramaniens）、大马士革人（Damascenes）、阿勒颇人（Alepese）和（塞内加尔的）塔克鲁尔（Takrour）黑人，”他写道，“他们被赶了回去。”[19]
次日黎明，拿破仑给雅法总督寄去一封礼貌的劝降信，称“如果城市陷入战火，煽动他的魔鬼就会降临全城”。总督的回应是愚蠢行为，他杀了信使，在城墙上悬其首级。拿破仑遂下令轰开城墙，下午5点，焦渴愤怒的数千法军拥入城中。“场面惨不忍睹，”一名学者写道，“枪声四起，女人与父亲尖叫，尸骨成堆，一个女孩在母亲尸体上被凌辱，血腥味弥漫，伤者呻吟，胜者大吵着分赃。”法军“杀够了人、拿够了金子”，终于停手了，“他们脚下是一堆尸体”。[20]
拿破仑给督政府的报告承认：“整整二十四小时，我军洗劫雅法、制造所有战时恐怖事件，我从没觉得这些事如此糟糕。”[21]他补充道，因为自己在阿里什、加沙和雅法的胜绩，“共和国军队已是巴勒斯坦之主”，但他说得太早了。雅法之战中，法军有60人死亡、150人受伤，尚不清楚敌方军民的死亡人数。[22]
法军在雅法俘虏了阿里什之战食言者，但也抓获了其他人。拿破仑残忍地对待雅法的战俘。3月9～10日，邦的师中的士兵把几千名战俘押至雅法以南1英里处的海滩，冷酷地屠杀他们。[23]“你……命令参谋军士把抓到的武装炮兵和其他土耳其人都带到水边，”拿破仑给贝尔蒂埃的命令明确写道，“枪毙他们，采取预防措施，确保无人逃脱。”[24]贝尔蒂埃则说，不管在阿里什发生了什么，他认为雅法回绝劝降时这些人就已放弃了生命，而他并不区分战死与无情谋杀。[25]高级军需官路易-安德烈·佩吕斯（Louis-André Peyrusse）致母亲的信描述了接下来发生的事：
约有三千人放下武器，司令下令直接把他们带去营地。到了那里，埃及人、马格里布人、土耳其人就被分开。次日，所有马格里布人被押到海边，然后两个营开始冲他们射击，马格里布人无处可逃，只能跳海。逃到海里也躲不开子弹，海水瞬间被染成血红色，水面上漂着大量尸体。少数人本有机会靠礁石逃出生天，那两个营便派人坐船来解决他们。我们在海边留下一支分队。一些被残酷屠杀的人注意到了我们的背信弃义……命令建议我们不用火药，而我们也凶残到用刺刀杀人……这个事例将教会敌人不能相信法国人，三千名牺牲品的血迟早会叫我们血债血偿。[26]
他说对了。1801年5月，法军弃守尼罗河畔的阿夫特（El-Aft），没逃掉的人都被土军斩首。在场的英国人抗议暴行，土军的“回答则是几声怒吼，‘雅法！雅法！’”。[27]雅法屠杀的另一位目击者克雷特莱上尉看到：“我们枪决了第一队俘虏，剩下的遭骑兵冲击……他们被赶进海里，试图游到离岸几百码的礁石上……但这些不幸的可怜人被海浪吞没，最终未能获救。”[28]
当时的法国史料所载死亡人数大相径庭（土耳其没有相关材料，原因很明显），但它们给出的数字一般在2200～3500人。更严重的说法的确也有，但多出自心怀政治动机的反波拿巴主义者。[29]雅法城破，全城沦陷，多语种的土军坚守仅剩的旅馆。欧仁承诺法军会宽待他们，但拿破仑下令处死所有人。因为在阿里什起誓者只有约2000人，他肯定处决了没参加阿里什之战的人。（佩吕斯说屠杀将教会敌人法国人不可信，他指的也许就是这一点。）个中自然有种族因素，拿破仑不会杀害欧洲战俘。
拿破仑本人声称死亡人数不足2000，并说：“他们这些魔鬼太危险了，不能再放一次。我别无选择，只能杀人。”[30]又有一回，他承认死了3000人，对一位英国议员说：“好吧，我有权利……他们杀了我的信使，割了他的脑袋挑在长矛上……我没有足够补给养活法国人和土耳其人，其中一个必须完蛋。我没有犹豫。”[31]以食物为由不能服人，因为他在雅法缴获了约40万份饼干和20万磅大米。然而，当时他很可能想到自己的兵力太少，没法分出一个营押送这么多战俘经西奈半岛回埃及。[32]拿破仑对巴黎九月屠杀的看法以及他在比纳斯科、维罗纳和开罗的行为表明，若为情势所需，他觉得可采取无情措施。他特别在意确保受过训练的800名土耳其炮兵无力再战。（1795年，若他接受苏丹提供的职位，这些炮兵中会有很多人是他的学生。）拿破仑曾经相信土耳其人的誓言，但没法指望他再信一回。敌人杰扎尔现年79岁，半个多世纪来，他的极端暴行一直为人传说，当年，他将400名基督徒缝进口袋，然后把袋子丢进海里。拿破仑很可能认为自己也要像杰扎尔一样冷酷。[33]
屠杀期间，拿破仑于3月9日致信杰扎尔。他说自己严惩了违反战争规则的人，并补充道：“几天后我就会向阿克进军，但我为何要让素昧平生的老人折寿呢？”[34]信使走了运，因为杰扎尔选择忽视这一威胁。当天，拿破仑也对谢赫、乌理玛和耶路撒冷指挥官发表演讲，他说敌人将受到严酷惩罚，但接着宣称：“真主宽大慈悲！……与人开战非我本意，我是穆斯林的朋友。”[35][36]
历史上少有罪有应得（poetic justice）的例子，但这次它的确出现了——法军强暴并劫掠雅法居民后染上了他们的瘟疫。[37]这种疾病致死率高达92%，只要身上出现它的横痃症状，就类似于被判死刑。[38]克莱贝尔师老兵夏尔·弗朗索瓦（Charles Fran?ois）上尉在日记中写道，洗劫雅法后，“有士兵染上瘟疫，他们的腹股沟、腋窝和颈子很快长满横痃。不到二十四小时，病人的身体和牙齿都变成黑色。染上这种恶疾就会高烧身亡”。[39]此疾病是鼠疫（la peste），当时，中东流行多种瘟疫，它是最严重的之一。拿破仑下令把旧雅法（Old Jaffa）海边的亚美尼亚修道院医院（今天它仍在此处）改成传染病医院。3月11日，他与德热内特探视医院。军饷官让-皮埃尔·多尔（Jean-Pierre Daure）称：“他抱走躺在门口的瘟疫患者。我们吓了一大跳，因为那个病号的衣服上全是白沫与令人恶心的横痃脓水。”[40]
拿破仑与病人交谈，安慰人心，振奋士气。1804年，安托万-让·格罗（Antoine-Jean Gros）创作的不朽名画《波拿巴探访雅法传染病医院》描绘了这一场景。拿破仑后来说：“身为司令官，他认为自己有义务给病人信心，让他们振作起来，而他履行职责的方式是和不同的患者谈话，并鼓励他们。他说自己也染上瘟疫，但很快康复。”[41]（最后一句话没有证据支持。）拿破仑相信鼠疫受毅力影响，多年后，他说：“精神高昂、不被必死之念左右的人……大多痊愈，但心灰意冷者几乎都是恶疾牺牲品。”[42]
3月14日，拿破仑离开雅法，向阿克进军。次日，皇家海军巡航舰“忒修斯号”（Theseus）与“老虎号”（Tigre）到达阿克港边，船上有英国海军准将西德尼·史密斯（Sidney Smith）爵士以及拿破仑的布列讷同窗、法国保王党人、军事工程师安托万·德·菲利波（Antoine de Phélippeaux）。除了逐退法国侵略军的渴望，英国-俄国-土耳其联盟没多少共同目的，可这一愿望已经足以让皇家海军努力阻止拿破仑拿下阿克了。1104年，十字军领袖、耶路撒冷国王鲍德温一世（Baldwin I）攻陷阿克，后来他在此修筑8英尺厚的城墙。几个世纪以来，阿克的城防大大削弱，但鲍德温修的城墙仍然矗立，尽管不算太高，而且城外有一条很深的护城河。港口守军包括约4000名阿富汗人（Afghans）、阿尔巴尼亚人与摩尔人（Moors）以及杰扎尔的犹太裔优秀参谋长哈伊姆·法尔希（Haim Farhi，这些年来，主人割了他的鼻子，砍了他的一只耳朵，挖了他的一只眼睛），现在，史密斯准将、能干的菲利波以及200名皇家海军士兵与水手一同助他守城。他们增设斜坡工事，以某一倾角加固墙基，并建造斜土堤，以便把加农炮拉到城墙上（雅法城墙太脆弱，无法安置大炮）。部分防御工事以及史密斯布置的一些海军加农炮至今仍然可见。
3月15日，纳布卢斯的阿拉伯骑兵在卡孔（Kakoun）与法军小战，拿破仑、拉纳和克莱贝尔轻松打退进攻，仅折损40人。三天后，拿破仑就得在俯瞰海法的悬崖上惊恐地观望了。海军旅级将军皮埃尔-让·斯唐德莱（Pierre-Jean Standelet）率9艘船只运送拿破仑的所有攻城炮，这支小型舰队绕过迦密山（Mount Carmel）海角时正好落入“老虎号”与“忒修斯号”之手，6艘船被俘，另有3艘逃往土伦。于是拿破仑最重型的武器大都被送去阿克对付他自己了。事件进程也转入另一个同样明确的讯号：杰扎尔恢复老一套了，将他派去求和的信使斩首。[43]
3月19日中午，拿破仑开始围攻阿克，在300码外围着城池修工事、挖战壕。他准备先用自己的轻型炮轰城，打开缺口后即命令法军全力猛冲，并希望仍可借此拿下城池。拿破仑司令部设在距阿克1500码的图龙山坡（Turon hillsides），此地恰是1191年狮心王理查围攻阿克时的司令部旧址，但他的部分围城战线被迫经过蚊虫肆虐的湿地，因此军中很快暴发了疟疾。法军着手挖掘战壕，并制作围城工事需要的束柴、堡篮（gabions）和导爆药卷（saucissons）。
“乍一看，这个地方守不住，”多格罗认为，“似乎很难撑过八天。我们以为，只要我们站在阿克城下，帕夏就会想起轻易失守的雅法命运多么悲惨，心生恐惧。”[44]多格罗借事后诸葛之便总结道，此时拿破仑应该回埃及，因为杰扎尔失去了阿里什、加沙和雅法，3月18日又丢了海法，他已无法继续威胁埃及，而且拿破仑撤退前可留人驻守海法。但此次入侵的首要目标是消灭在大马士革（Damascus）集结的土军，拿破仑尚未达成目的。
接下来的九周时间里，拿破仑至少对阿克发起了9轮大攻势、3轮小攻势。与此同时，他还得派兵防备土耳其人、阿拉伯人与马穆鲁克，好在他们没有协同行动，而是一个接一个来袭。他一度紧缺弹药，只好花钱雇士兵捡拾皇家海军舰队和阿克城发射的加农炮炮弹，捡一发炮弹的报酬介于半法郎和一法郎间，视其口径而定。并非只有法军实施激励措施，土军之所以多次出击（达26次），原因之一便是他们可拿法国人的脑袋换杰扎尔的丰厚赏金。[45]（1991年，阿克战场出土了四具骷髅，其中两具的头颅被割。）3月28日，一发加农炮炮弹落入拿破仑的两名副官——欧仁与新任督政菲利普·梅兰·德·杜艾之子安托万·梅兰（Antoine Merlin）——之间，距他自己仅三步之遥。[46]在一次炮击中，某座塔楼有些塌陷，法军随后进攻，但因为梯子太短，行动告败。法军士气于是遭受打击，这可以理解。有一次，土军出击后，法军战斗了好几个小时才击退敌人。战斗工兵开始在另一座塔楼下埋地雷，但被反雷对策挫败。
与此同时，为阻止大马士革增援，拿破仑分别派缪拉和朱诺夺取萨菲德（Safed）与拿撒勒（Nazareth）。4月8日，朱诺在卢比亚村（Loubia）附近的小战中击败土耳其突袭队，且自身未受损失。拿破仑称：“这场著名战斗为法国人的冷静增光添彩。”[47]六天后，一次重要得多的战斗爆发，事实上，整个叙利亚战役正因此战彰显意义。
塔博尔山（Mount Tabor）[48]之战名不副实，虽然克莱贝尔曾绕行塔博尔山，但实际战场是8英里外的哈默雷山（Mount Hamoreh）。晚上，在大马士革集结的约25000名土耳其人与马穆鲁克会在泉水边给马和骆驼喂水（饮牲口耗时很久，因为一头口渴的骆驼能喝40升水）。克莱贝尔十分大胆，他想趁那时率2500人进攻兵力远超己方的敌军。然而，4月16日早上6点太阳升起来了，但克莱贝尔的部队还没出中央的杰兹里尔山谷（Vale of Jezreel），土军看清敌人全貌，从平原另一侧袭来。克莱贝尔有充足的时间让士兵结成两个大方阵，尽管很快被包围，他们仍保持队形，沿哈默雷山的平缓斜坡慢慢下山，而敌军骑兵在缓坡上能发挥的效力较少。中午时分，克莱贝尔已在高温下战斗六小时，他遭受了损失，水和弹药也不多了。然后他顺利完成危险复杂的机动，将两个方阵合为一个。
克莱贝尔先前曾警告拿破仑自己遇上大股敌军，所以后者接过邦的师，去拿撒勒支援前者。16日，拿破仑到达拿撒勒，此时克莱贝尔已经开战，于是他采取合围机动，将士兵从西边调至哈默雷山。大马士革帕夏阿卜杜拉（Abdullah）忽视了某条基本战术规则，他本该派侦察兵提防试图救援克莱贝尔的军队，就比如说这支援军。拿破仑向拿撒勒东南方行军，他能看见克莱贝尔以一敌十之地腾起烟雾与灰尘，中午左右他正好赶到土军后方的战场。拿破仑沿山脊分水岭上山，这条路完全避开了土耳其人的视线，就算他们骑马也看不见他。杰兹雷尔山谷远望平坦，但谷内有海拔30～60英尺的丘陵与天然弯道。今人若从（原样保存的）当年战场眺望峡谷，便可轻易明了为何拿破仑的部队绕行哈默雷山时会被这些地形轮廓“掩藏”形迹、为何土军完全没料到法军会袭其后方，这是所有将军都梦想的组合，拿破仑将之发挥到极致。法军还没来得及重创敌人，奥斯曼军队就逃走了，但他们已然分崩离析，无望夺回埃及。
战后，拿破仑入住拿撒勒附近的修女院，并随人参观院中圣母玛利亚的卧室。院长指着一根破旧的黑色大理石柱，“尽可能用最庄严的语调”对他的部下说，天使加百列“前来宣告圣母荣耀神圣的归宿时”劈开了那根柱子。有些军官忍俊不禁，但正如其中一人记录的，“波拿巴将军严肃地看着我们，于是大家又变得一本正经”。[49]拿破仑经常重游战地，次日，他再访塔博尔山之战战场后返回了阿克。整个4月下旬，他组织起更多的攻击与反击。
4月27日，最受欢迎的指挥官之一卡法雷利永别了法军将士。几天前，他的右臂中了加农炮炮弹碎片，伤口滋生坏疽，夺去他的生命。“全军的惋惜之情为卡法雷利将军殉葬，”拿破仑的当日公告写道，“军团痛失一员大勇指挥官，埃及痛失一名立法者，法兰西痛失一位优秀公民，科学界痛失一个杰出学者。”阿克会战的伤员包括迪罗克、欧仁、拉纳及四位旅级将军。5月10日，邦在城墙下负致命伤。所以说，战斗时军官待在前线，这是他们的关键职责，士兵也因此敬爱他们。有一次，阿克守军炮轰城下，贝尔蒂埃的副官中弹身亡，当时他就站在拿破仑的旁边，因为加农炮炮弹呼啸而过时的“空气颤动”，拿破仑自己也被震倒。[50]弹药纸告罄后，某日公告要求士兵把没用过的纸都交给军需部。
5月4日晚，法军奇袭阿克未遂。三天后，拿破仑已经看见海平面上有前来驰援的土耳其海军，遂命拉纳猛攻阿克。颇有胆识的将军设法在东北塔楼插上三色旗，但他未能更进一步，然后被赶了回来。此时拿破仑已对贝尔蒂埃说，阿克不过是“一粒沙”，这表明他在考虑放弃围城。他也确信西德尼·史密斯爵士是个“疯子”，这是因为英国海军准将提出和他在城墙下单挑。（拿破仑回信称，史密斯不配当他的对手，“他不会来决斗，除非英国人能让马尔伯勒从坟里出来”。）[51]史密斯还想了个主意，他伪造拿破仑给督政府的信，哀叹法军处境危险，然后又假装截获这封信。逃兵在法军中散发伪信，据说拿破仑见信后“勃然大怒，把它撕成碎片”，并禁止全军谈论它。这出军事诈术（ruse de guerre）肯定骗过了土耳其人，奥斯曼驻伦敦大使信以为真，还寄了一份副本给外交部。[52]
然而，史密斯最出色的心理战术并不复杂，这一招既不含假情报也不含误传，仅仅是给拿破仑提供信息。他打着休战旗，送来不少英国和欧洲的最新报纸，拿破仑拼凑报上信息便能明了最近打击法军的一系列灾难。早在1月，他就试着积极寻求报纸。现在他能读到下列消息了：3月，儒尔当在德意志的奥斯特拉赫（Ostrach）与施托卡赫（Stockach）战败；4月，谢雷在意大利马尼亚诺（Magnano）战败，整个意大利地区中，只剩热那亚还在法国手中。拿破仑的心血之作内高卢共和国已然灭亡，旺代又出现叛乱。如拿破仑日后解释时所说，报纸令他明白，“照法国当时的处境，不能指望它会派援军来，但没有增援就没有进展”。[53]
5月10日黎明，一个旅进攻阿克。先前进攻中战死的人正在腐烂，该旅士兵翻过战友尸身，但并未如英国宣传人员所说故意拿尸体当云梯。正如一位目击者回忆道：“有人进了城，但他们遭弹雨袭击，又发现城中修了新战壕，于是被迫退回缺口。”这些士兵在那儿战斗了两小时，因交叉火力而不断减员。[54]这是最后的攻势，次日，拿破仑决定放弃围城，返回埃及。“这个季节已经过了太久，”他告诉督政府，“我预想的目的也已达成。埃及需要我……阿克现在仅剩一堆石头，我应该涉沙返程。”[55]
阿克仅剩瓦砾当然是谎话，拿破仑致军队的宣言也一样虚伪：“再过几天，你们就能在帕夏宫殿正中央抓住他，但在这个季节，不值得再花几天夺下阿克。”[56]［多年后，拿破仑重读阿克宣言，抱憾承认：“这是个小骗局！”（C’est un peu charlatan！）[57]］他还告诉督政府，有人报称阿克城内每日有60人因瘟疫丧命，此言暗示不取城池也许更好，其实整个围城战期间，杰扎尔军没有任何人死于传染病。[58]然而，天气太热就没法穿越沙漠，他确实需要趁气温没那么高时回来。
事实上，拿破仑在塔博尔山之战中达成了“我预想的目的”，他攻打阿克纯粹是为了追逐梦想：经阿勒颇（Aleppo）侵入印度，在亚洲建立疆域延至恒河的法兰西帝国，抑或占领君士坦丁堡。但正如我们所见，这些念头仅仅是浪漫想象，算不上可行目标，而在叙利亚基督徒宣布继续忠于杰扎尔后，它们就更是泡影了（史密斯起了重要作用，他收集拿破仑致穆斯林的所有宣言，并交给叙利亚和黎巴嫩的基督徒）。“但是，阿克人本来都会支持我。”多年后，拿破仑悲叹道。[59]“我打算在阿勒颇换上包头巾”，他认为此举会赢来20万名穆斯林追随者。
1799年5月20日，法军悄悄放弃了围城战线，撤军时间是晚上8～11点，以防“忒修斯号”与“老虎号”趁他们沿海滩行军数英里时开火。[60]法军被迫钉死无法运走的23门加农炮，他们把其中一些埋进沙里，将剩下的沉进海里。[61]多格罗回忆道，“撤退过程中，波拿巴将军一直待在小山上”，后卫撤离时他才随之离开。[62]拿破仑首次遭遇严重的军事挫折（因为巴萨诺和卡尔迪耶罗的败仗几乎算不上重大），而且他必须彻底放弃在亚洲化身又一位亚历山大大帝的梦想。日后他总结自己的光辉理想，宣称：“我将建立一种宗教，我看到自己戴着包头巾、骑着大象向亚洲进军，手里拿着一本为我自己的需要而撰写的新古兰经。”[63]他描述雄心时无疑既自嘲又幻想。他显然考虑过改信伊斯兰教，但他看上去不大可能真的这样做。后来他告诉吕西安：“我在阿克与命运失之交臂。”[64]
对错失命运一事恼火也好，防止杰扎尔追得太近也罢，不管原因为何，拿破仑一路采用“焦土”战术，在巴勒斯坦倾倒垃圾。1810年，威灵顿撤回里斯本时也用这招对付马塞纳，1812年时俄军当然亦用此计。拿破仑被迫在迦密山医院留下15名重伤员，拜托修士照顾他们，但土军赶到后，伤员尽遭毒手，修士也被逐出居住了数个世纪的修道院。[65]法军撤往雅法时，黎巴嫩和纳布卢斯的阿拉伯部落袭扰其后方。拿破仑命令一些骑兵下马，把坐骑让给伤患。一名侍从武官问他想留哪匹马自用，他就用短马鞭抽打此人，大喊：“你没听见命令吗？所有人步行！”[66]这是不错的戏剧素材（除非你是那个侍从武官）。拉瓦莱特说，这还是他第一次看见拿破仑打人。
5月24日下午2点，拿破仑抵达雅法，他面临艰难抉择。穿越前方沙漠能把人累垮，瘟疫患者将无力返回开罗，但因为疾病会传染，也不能让他们乘船，所以他必须决定病人的命运。“待在雅法港时，我们眼中的景象一直很惨烈，堪称平生所见之最，”多格罗回忆道，“到处是尸体和垂死者。有人经过，濒死之人就向他乞求治疗，或是恳求他带自己上船，生怕被丢下……瘟疫患者躺在帐篷里和鹅卵石路上，每个角落里都有人。医院已经挤满。我们离开时留下了很多病号，我确定走之前曾采取措施，确保他们不会活着落入土军手里。”[67]“措施”是指在食物中添加过量的鸦片酊。德热内特认为安乐死有违他的希波克拉底誓言，拒绝执行，于是一名土耳其药剂师放了鸦片酊。根据法国目击者的记录，约有50人死亡。[68]拿破仑说死者约有15人，但他为自己激烈辩护：“是提前几小时经历迅速的死亡，还是被那些野蛮人折磨到断气，处于类似境地中的人只要头脑清醒，就会毫不犹豫地选择前者。”[69]叙利亚战役一结束，波旁王朝和英国就开始指责拿破仑待士兵冷酷至极，他回答：
如果我秘密毒死我的士兵，如果我像他们说的那样干些野蛮勾当，比如驾车碾过肢体残缺、血流不止的伤兵，你觉得全军上下还会热烈动情地为我而战吗？不不，我早被一枪崩了，就连伤员都会努力向我扣动扳机。[70]
虽说宣传人员歪曲雅法安乐死事件抹黑拿破仑，我们似乎也没道理相信其副官安德烈奥西的结论。安德烈奥西说：“那些死者已然无法痊愈，他这么做是慈悲为怀。”[71]
法军穿越沙漠返回开罗，一路上天气酷热（拿破仑报称气温达47℃），士兵口干舌燥。这是一个极低谷，有些被截肢的军官“虽然花钱雇人抬自己，仍被扔出担架”。一名目击者指出，军队士气彻底消沉下去，“这摧毁了所有的慷慨情感”。[72]法军不知道，在他们走的沿海路线上，地下水离表层很近，只要往下挖几码就能喝上水。“波拿巴骑单峰驼，迫使我们的马拖着疲惫步伐。”多格罗回忆道。[73]正如拿破仑对督政府所言，这是因为“每天得走11里格（相当于29英里）到井边，井里有一点含硫黄的热盐水，我们迫不及待地灌下井水，比在餐馆里喝上好香槟还心急”。[74]另一名士兵在信中写道：“大家都不满……有些人当着司令的面自杀，大吼‘看看你干的好事！’”[75]英军拦截并发表了这封信。
6月14日，拿破仑重返开罗，他提前传令该城筹办庆典迎接凯旋之师，并在入城式上重点展示战俘与缴获的军旗。“我们已经穿上了最好的衣服，”多格罗回忆这件事时说，“但我们看上去依旧惨兮兮。我们什么都没有……大部分人不是缺帽子就是少靴子。”[76]主要的谢赫赴开罗欢迎拿破仑，“对他归来一事致以最深沉的欣悦”，不过真实性几何就是问号了。[77]在叙利亚远征中，拿破仑折损4000人，他向巴黎汇报时大大缩小战损数字，称500人战死、1000人负伤。[78]回开罗一周后，拿破仑派冈托姆去亚历山大，让他安排威尼斯制造的巡航舰“卡雷尔号”（Carrère）与“米龙号”（Muiron，这艘船以拿破仑的前副官命名）为绝密长途航程做好准备。
“我们是沙漠全境之主，”6月28日，拿破仑告诉督政府，“并且打乱了敌人今年的计划。”[79]第一句没多少自夸价值，第二句是谎言，因为一支奥斯曼舰队已经动身。7月15日，拿破仑、蒙日、贝托莱和迪罗克刚从大金字塔里出来，就有人来报土军已到阿布吉尔沿海。[80]拿破仑致信大国务会议，称入侵军队中有俄国传教会，他妙用俄国人的东正教教义为俄军树敌，并迎合穆斯林的信仰：“他们谎称世间有三位神，所以憎恨一神论信徒。”[81]拿破仑认为亚历山大的马尔蒙即将被围，便给他寄去一串忠告，如“只在白天睡觉”，“离天亮还早时就吹起床号”，“确保所有军官晚上披挂整齐”，以及在城墙外侧拴一大群狗来提防秘密进攻。[82]
拿破仑把所有可用兵员一并从开罗调至亚历山大，7月23日晚，他本人赶到那里。路上天气太热，很多士兵裹着斗篷露宿。接近亚历山大时，法军得知阿布吉尔港的小股守军溃败，并且在土军指挥官穆斯塔法（Mustafa）帕夏面前被斩首。“这则消息影响十分恶劣，”多格罗记载道，“法国人不喜欢这种残酷的作战方式。”[83]由于雅法杀俘事件在前，这话听来是有些虚伪，但穆斯塔法的行径导致两天后的阿布吉尔会战中少有人被俘。当时，8000名法军大败穆斯塔法帕夏麾下的7000名土耳其人、马穆鲁克与贝都因人。“我们必须杀得他们片甲不留，”拉瓦莱特写道，“但他们很难杀。”[84]许多土耳其人完全是被拉纳、缪拉和克莱贝尔赶进海里。“如果对手是欧洲军队，”多格罗写道，“我们会抓到3000名俘虏，但这儿却有3000具尸体。”[85]事实上死者接近5000人。此言赤裸裸地承认，法军毫不关心不属于白种人和基督徒的敌人的命运。[86]
土军的第二次入侵破产，埃及已然安全。法国正面对英国、奥地利、俄国结成的新反法同盟，拿破仑决定尽快返回有危险的本土。长期以来，人们斥责他不过是丢弃部下出走，其实他是响应炮声召唤，当法国本身面临直接入侵的威胁时，它最好的将军还困在东方搞战略余兴节目就荒唐了。拿破仑临走前没有通知克莱贝尔和梅努，事实上，他去海边时还命令克莱贝尔去罗塞塔与己会合，以便分散他的注意力。拿破仑给克莱贝尔留下一封长长的指示信，为了让奉命接过指挥权的将军不那么难受，他承诺将“格外尽心”地送来一队演员，“他们能在军中发挥重大作用，还会改变这个国家的习俗”。[87]克莱贝尔管拿破仑叫“那个科西嘉矮子”，他是个直率的阿尔萨斯人，发现拿破仑离开埃及后便对自己的部下说：“那混蛋扔下我们跑了，丢给我们一条他拉满屎的裤子。回欧洲后，我们要揍他的脸。”[88]克莱贝尔未能享受那份快乐，1800年6月，24岁的叙利亚学生苏莱曼（Soliman）刺死了他。（处决苏莱曼时，长矛先从他的臀部刺入，再从胸口刺出。）[89]
拿破仑渡海之举远非胆怯，因为地中海几乎堪称英国内湖，过海需要很大的勇气。他从距亚历山大9英里的贝达（Beydah）出发，资深班底大都随行，包括贝尔蒂埃、拉纳、缪拉、安德烈奥西、马尔蒙、冈托姆和梅兰，同行的还有学者蒙日、德农与贝托莱。拿破仑也带上了一个马穆鲁克装扮的奴隶男孩，他叫鲁斯塔姆·拉扎（Roustam Raza），生于格鲁吉亚，当时年龄则说法不一，介于15岁至19岁。在开罗时，贝克里（Bekri）谢赫把他当礼物送给拿破仑。此后十五年，鲁斯塔姆一直担任拿破仑的警卫，每晚都携带匕首睡在他房门外的垫子上。[90]鲁斯塔姆11岁时就卖身为奴，他害怕航海，拿破仑告诉他：“什么都不用怕，我们很快就能到巴黎，那儿美人如云金钱成山。你看，我们会非常快乐，比在埃及时还快乐！”[91]德塞仍在追击穆拉德贝伊，朱诺离登船地太远，拿破仑命令此二人留下。他致信朱诺，谈到“我对你的温柔友谊”，此信全篇皆称对方为“你”。[92]
拿破仑对军团撒了谎，称政府召他回法国。[93]“我很爱我的士兵，分别令我痛苦，”他说，“但我不会离开太久。”[94]8月22日，他登上“米龙号”。次日早上8点，在“卡雷尔号”陪伴下，“米龙号”顺东北风起航。拿破仑向来运气好，接下来两天风向没变，所以他躲过了当地海域的英军巡洋舰。两艘威尼斯出产的巡航舰绕道回法国，走得很慢。它们先是沿非洲海岸线南下至迦太基湾（Gulf of Carthage），接着又北上至撒丁岛（Sardinia）。“冗长乏味的沿岸航行中，我们一条船也没看见。”德农回忆道，“乘客波拿巴无忧无虑，他或是埋头钻研地理与化学，或是放松身心与我们一同欢笑。”，[95]旅途中，拿破仑不仅向学者求教，“还给我们讲鬼故事，故事里的他总是非常聪明……他每次提起督政府时都板着脸，并略带鄙夷之色”。[96]布列纳给拿破仑读历史书，一直读到深夜，哪怕对方晕船。“有一次，他问我克伦威尔的生平，”德农回忆道，“我知道我没觉睡了。”[97]保守派革命将领奥利弗·克伦威尔发动政变，推翻了自己鄙视的政府，他对拿破仑的示范作用比德农能猜到的还要大。
德农记载道，他们“最先看到的友方陆地”是科西嘉岛。9月30日，两艘船驶入阿雅克肖港，“两侧炮台鸣炮致敬，所有人冲到船边，围住我们的巡航舰”。拉瓦莱特回忆说，拿破仑看见阿雅克肖后“深深感动”，当时这个短语一般指代流泪。[98]在岛上这几天，他同旧日部下和家仆进餐，向约瑟夫·费施要了些现款，并“阅读公共报纸对我军”在意大利和德意志“所受灾难的悲伤报道”。[99]今人可在波拿巴宅看到他这次返乡住的房间。此后拿破仑再未返回故居。
10月6日，巡航舰从阿雅克肖驶向耶尔（Hyères）。8日傍晚6点时分，有人发现了英国船只，冈托姆想返回科西嘉，但拿破仑命令他去蔚蓝海岸（C?te d’Azur）的弗雷瑞斯港（Fréjus），该地靠近戛纳（Cannes）。这是旅途中拿破仑唯一一次下达航海指令。1799年10月9日（周三）中午，他在圣拉斐尔（Saint-Raphaёl）附近的海口踏上法国海岸，当晚就奔赴巴黎。他的回国经历是一段非凡之旅。1803年之后，拿破仑在书桌上放置了一件等比缩小的“米龙号”船模，后来还下令把该船本身“留作纪念，让它在某处保存几百年……若这艘巡航舰遭遇任何厄运，我将深信那是鬼神作祟”。[100]（1850年，“米龙号”报废。）
拿破仑的埃及冒险结束了，它长达一年又五个月。然而，对他留下的法军来说，这还不算结束。他们继续待在埃及，直到两年后梅努被迫向英军投降。1802年，他的军队和剩下的学者获准回国。拿破仑承认，埃及战局中共有5344人死亡，但这个数字大大低估了实情，因为1801年8月法军投降时，约9000名士兵和4500名水手已不在人世，而且他走后，法军相对来说没怎么打仗，哪怕是在亚历山大围攻的最终阶段。[101]不管怎么说，拿破仑照命令占领埃及，击退两次土军进攻，又在法国危急之刻归来。克莱贝尔给督政府寄去毁灭性的报告，他谴责整场战役中拿破仑的行为，描述痢疾与红眼疫情，并说大军缺乏武器、火药、弹药与制服。皇家海军截获此信，但它发表得太迟，未损及拿破仑的政治声誉。运气又帮了他一回，他却开始误把运气当命运。
拿破仑征战埃及的最长远成就不是军事或战略成功，而是学术、文化与艺术成果。1809年，德农的《埃及记》（Description de l’égypte）第一卷出版。《埃及记》篇幅浩大、内容权威，标题页写有“奉拿破仑大帝陛下诏令出版”，序言则回顾了亚历山大大帝与恺撒征服埃及的历史，他们二人在当地的任务正是拿破仑效仿的模板。在拿破仑的剩余人生中，这部不折不扣的杰作又出版后续卷册。事实上，他去世后，此书继续推出续作。全书最终达21卷，创学术与出版史上一大高峰。学者们的工作详尽彻底。《埃及记》收录细节翔实的等比缩放图（长27英寸、宽20英寸），每张图皆有黑白版与彩色版，图中景观包括方尖碑、斯芬克斯像、象形文字、王名框[102]、金字塔、性欲勃发的法老以及被制成木乃伊的鸟、猫、蛇、狗，取景点为所有古埃及神庙遗址所在地，包括开罗、底比斯、卢克索（Luxor）、凯尔奈克（Karnak）、阿斯旺（Aswān）。（根据第12卷的记载，奥兹曼迪亚斯国王并不像诗人雪莱说的那样“瘪嘴冷笑、令人生畏”，他的笑容很迷人。）图画前景不时出现休班后闲逛的士兵，但此举并非意在宣传，而是表现缩放比。
