在大炮安全可以保障的前提下，应当始终把炮兵置于最有利的位置，让他们待在骑兵和步兵阵线前面，越靠前越好。
——拿破仑军事箴言第54条
加农炮面前人人平等。
——1819年4月，拿破仑对贝特朗将军说
“维也纳宫廷表现非常糟糕，”1809年1月15日，拿破仑从巴利亚多利德致信约瑟夫，“它会为此后悔的。不要不安。就算不动西班牙的军队，我也能在一个月内带足够兵力去维也纳……其实只要我在巴黎，奥地利又会衰退得像往常一样无关紧要了。”[1]当时，他不知道英国已经给了奥地利一大笔资助，并说服它开战，此战后来成为第五次反法同盟战争。卡尔大公已让所有18～45岁的健壮男子穿上新组建的国民后备军（Landwehr）军装。国民后备军是民兵，但其中一些部队和正规军并无区别。奥斯特利茨会战结束后，卡尔大公一直在奥军中实施深层变革：精简指挥结构，改善服役待遇；简化移动操练，引入密集编队（Bataillons-masse，这种编队方式让步兵组成更牢固的方阵以抵御骑兵）；废除团级炮兵，以便组织规模更大的炮兵预备队；修改散兵战术，招募九个猎兵（J?ger）团；最重要的是，采纳了军体系。1806年，大公与人合著军事战略著作《将军的战争艺术》（Grunds?tze der Kriegkunst für die Generale），他打算检验自己的设想。
1807年4月时，塔列朗曾建议拿破仑要鼓励奥地利去爱（aimer）法国及其功绩，他回答：“爱，我不知道政治里的爱是什么意思。”[2]此言不假。拿破仑看待国际事务时预设国家间会不断竞争，所以他的观点颇为自私。他明白奥地利想为曼托瓦、马伦戈、坎波福米奥、吕内维尔、乌尔姆、奥斯特利茨和普雷斯堡的屈辱复仇，但他觉得奥地利要犯蠢才会开战，毕竟它的盟友只有英国和西西里，何况英国还不会出兵。相形之下，拿破仑的盟友包括意大利、比利时、瑞士、那不勒斯、荷兰、拜恩、符腾堡、萨克森和威斯特伐利亚。“普鲁士已毁，”奥地利驻巴黎大使梅特涅总结普遍形势道，“俄国是法国的盟友，法国是德意志之主。”[3]对奥地利来说，此时并非宣战良机，但它又一次想赢回在意大利和德意志的地位，还是对法宣战了。欧洲列强之所以能拖垮法国，恰恰是因为1805年之后没有长期的和平，在这一点上，奥地利的坚持必然占了大功。
拿破仑确认自己的情报后，立刻像闪电一样从巴利亚多利德赶往巴黎。他和萨瓦里、迪罗克、鲁斯塔姆、一名副官、一个猎骑兵小队飞驰四小时，到达70英里外的布尔戈斯，途中他们经过很多游击队出没的地区。蒂埃博看见拿破仑超过他的马车，“一边策自己的马，一边鞭打副官的马”。[4]1809年1月17日早上7点，拿破仑动身，23日早上8点他已到达巴黎。他在六天中走了600多英里，这是个非凡成就。“反法同盟国家的内阁都以为他在西班牙北部作战，”迪马将军记载道，“但他已返回帝国中心，正组建另一支伟大的军队……此事不可思议，叫那些本想让他吃惊的人大吃一惊。”[5]拿破仑日后致信达武，对比西班牙和奥地利战局，称奥地利“民族如此优秀、理智、冷静、包容、安分守己，以至于在德意志作战时没有一个法国人被他们谋杀”，而西班牙人却是疯子。[6]
立法院已被削弱，1809～1810年它一共只开了四个月的会。拿破仑一回到巴黎就命令立法院提前一年征召1810年度新兵，因此他能动员23万人，这是目前为止他指挥过的规模最大的军队。1808年12月23日，弗朗茨就已决意开战，次年2月，他确认了这一决策。拿破仑的谍报网不仅让他非常了解奥地利的想法和动作，还警告了一件危险的事——富歇与塔列朗和解了。两人本是宿敌，现在却串通密谋，计划等拿破仑死在西班牙后立缪拉为法国国君。拉瓦莱特拦截了富歇和塔列朗友人的信件，欧仁传来的信息也佐证了这些信，拿破仑遂掌握了他需要知道的一切。1809年1月28日（周六）下午，他在杜伊勒里宫办公室召集康巴塞雷斯、勒布伦、德克雷、富歇和塔列朗，然后骂了富歇和塔列朗半个小时（出自帕基耶，他是听雷米萨夫人说的，而她又是听塔列朗说的）或两小时（出自莫利安，他不在现场，但认识所有在场者）。
拿破仑埋怨道，富歇和塔列朗不顾西班牙战局相对顺利的事实（苏尔特在科伦纳把英军赶出半岛，于1月16日击杀穆尔），在沙龙里批评战事。两人还扶持缪拉，阴谋反对约瑟夫的帝位继承权，这表明他们已经背离了效忠拿破仑的誓言。“哟，”拿破仑总结时对塔列朗说，“你只是丝袜裹着的一泡屎。”[7]塔列朗依然十分镇定，“明显无动于衷地”听皇帝说话，他仅仅在事后对一位朋友说：“太遗憾了，这么伟大的人竟这么没教养。”[8]面谈后第三天，拿破仑解除了塔列朗的次大选侯职务，但允许他保留别的头衔和地位。皇帝也没流放塔列朗，这令人难以理解。富歇也依旧当他的部长。没过多久，梅特涅花费30万～40万法郎向“X先生”购买法军作战序列的详细信息，而塔列朗被视为此事的首要嫌疑人。[9]
索取通行证前，梅特涅尽可能待在巴黎，也许他是为了继续从“X先生”处搜集秘密情报。拿破仑照例严厉警告敌人开战的后果。3月23日，法奥外交关系即将崩盘，这天他看见了梅特涅，问道：
你们被狼蛛咬了吗？什么在威胁你们？你们又恨谁？你们仍想让世界燃起战火？为什么？我的军队在德意志时，你们不觉得自身存在受威胁，如今它在西班牙，你们倒觉得自己陷入危机了！这思维有些奇怪。结果会是怎样？我将武装起来，因为你们在武装。我终于有害怕的东西了，所以它值得我小心对付。[10]
梅特涅用圆滑的外交辞藻反驳，但拿破仑打断了他：“你们的忧虑从何而来？先生，如果是您将这些忧虑传达给了您的宫廷，那这么说吧，您需要什么解释来安抚它，我全给您……先生，我同您的宫廷交易时总是被耍，我们得开诚布公地谈谈。”[11]就像第三次和第四次反法同盟战争一样，拿破仑既不渴望，也不需要打这场仗，并且言明自己想阻止它。然而这回，他还是根本不肯为避战而妥协，因为他自信会赢。为筹备未来战事，光是3月9日这一天，他就写了29封信。[12]
卡尔大公计划一边率八个军进入拜恩，一边派一个军去波兰、派两个军去意大利。他希望普鲁士对法宣战、德意志全境激烈反抗拿破仑的统治，但局势表明这两件事都不会发生，于是他转而把多瑙河南岸当作主战场，以便掩护维也纳，并同意大利的奥军保持联络。卡尔的决策导致来回穿行于这一地区的奥军出现严重混乱，还浪费了宝贵时间。萨拉戈萨英勇抵抗法军，2月20日该城终于陷落，两天后约瑟夫重新在马德里称王，而拿破仑也能全力应对盟友拜恩面临的威胁。
达武和马塞纳都是志骄意满、战功赫赫的资深元帅，认为彼此平起平坐，拿破仑知道没法让两人中的一人指挥另一人，所以在亲临战线前，他任命贝尔蒂埃为德意志军团司令。3月30日，他已经替贝尔蒂埃拟好整个战略。按照预期，4月15日前后奥军将进攻，届时法军将组成巨型营方阵，以便引诱奥军进入巨大的陷阱。勒菲弗的拜恩军充当法军前卫，屯于伊萨尔河（the Isar）岸边。勒菲弗军的三位师长为拜恩的路德维希（Ludwig）王子、卡尔-菲利普·弗雷德（Karl-Philipp Wrede）亲王、贝尔纳·德鲁瓦（Bernard Deroy）伯爵，其参谋长则为让-巴蒂斯特·德鲁埃（Jean-Baptiste Drouet）将军，即未来的埃尔隆（Erlon）伯爵。卓越的战士拉纳从西班牙回来后会立刻率自己的军同勒菲弗会合。在拜罗伊特和纽伦贝格之间，左侧是规模颇大的达武军，该军下辖三个步兵师、第2重骑兵师、一个轻骑兵旅，还新添了一个预备队、一个德意志师，全军共有55000人与60门大炮；右侧是乌迪诺军，该军下辖步兵和轻骑兵，屯于法费诺芬（Pfaffenhoffen）。马塞纳军在奥格斯堡（Augsburg）充当后卫。贝西埃的骑兵预备军由两个轻骑兵师、两个重骑兵师组成，它和帝国近卫军、旺达姆的符腾堡部队在斯特拉斯堡列队。德意志军团共有16万人与286门大炮，各军彼此相隔较近的行军里程，雷根斯堡则是军团布阵的中心枢轴。拿破仑给贝尔蒂埃的命令称，如果奥军在4月15日前进攻，法军就转而在奥格斯堡和多瑙沃特集结。
拿破仑依据《爱尔福特条约》请求俄国支援对奥作战，作为答复，沙皇亚历山大派戈利岑亲王率70000人驰援，但直到5月22日，俄军才设法穿过边境，到达伦贝格（Lemberg）附近的奥属加利西亚（Galicia），结果他们完全没有与敌人交锋，整场战役中仅折损两人。[13]因此，奥地利只需在东边部署最少的军力，并可集中几乎一切力量对付拿破仑，这令他火冒三丈。
4月3日，奥地利正式对法国和拜恩宣战。卡尔大公本人反对宣战，他认为现在开战太早了，但6日他还是对奥地利民众发布军事宣言。[14]四天后，127000名奥军士兵渡过因河，侵入拜恩，但行军速度未达卡尔大公的期望，反而因为天气恶劣降至一日6英里。15日，卡尔大公才到伊萨尔河，当天奥军也入侵了华沙大公国。贝尔蒂埃误解了拿破仑的指令，奥军比预期日提前五天进攻时，他又慌了手脚，结果他搞砸了法军战役的开局着数。4月14日，贝尔蒂埃没派达武军去奥格斯堡，反而命令他们在雷根斯堡集结，此外他还沿莱希河分散军队，分别让52300人和68700人待在北岸与南岸，其中很多部队的间距超出行军里程。与此同时，奥军集中大股兵力，突袭兰茨胡特（Landshut）。4月12日时，拿破仑收到可视信号系统的报告，获知奥军已过因河的警报。[15]五天后，他赶到多瑙沃特，当地司令部这才恢复镇静。“士兵们！”他宣称，“我像雄鹰一样飞奔至你们中间。”[16]
“我到达战场时，贝尔蒂埃已经慌得丢了魂了。”拿破仑日后回忆道。[17]此言不假，然而一旦他到达战场，发现己方军队严重分散，他便察觉奥军进攻兰茨胡特一事既是威胁，又是机会——德意志军团各军可以立刻从不同方向朝卡尔大公的位置集中。拿破仑命令马塞纳和乌迪诺进军兰茨胡特，威胁敌军交通线，派旺达姆与勒菲弗去阿本斯贝格（Abensberg）。达武则奉命经80英里艰难行军返回至主力部队，并留下自己的堂姐夫、上校路易·库塔尔（Louis Coutard）男爵的第65战列步兵团驻守雷根斯堡的桥梁。这些命令非常重要，以至于拿破仑传达每个指令时都派了四名副官送信，平常他只会派三个。马塞纳的任务如下：迅速推进至法费诺芬，进攻敌军侧翼，与此同时，确保作战基地奥格斯堡固若金汤。
到4月18日时，奥军发现他们不但没有如己所想地追赶退兵，反而面对着反抗的敌军。拿破仑前往英戈尔施塔特，拉纳陪在他身边。路过德意志部队时，皇帝鼓励士兵。当日，奥军总参谋部的一名上校被俘，然后被带至拿破仑面前接受盘问。上校拒绝回答问题，皇帝便说，“别担心，先生，反正我什么都知道”，接着他马上准确地描述奥军所有的军甚至他面对的团的位置。奥军上校心生佩服，问道：“我有幸与之说话的是何人？”“这时，”赫瓦波夫斯基回忆道，“皇帝倾身向前，摸摸他的帽子，回答道：‘波拿巴先生。’”[18]（上校的观察力一定特别迟钝，因为赫瓦波夫斯基指出，面谈时法军步兵不断从旁边列队经过，同时高呼“皇帝万岁！”）
当晚，拿破仑致信马塞纳，解释道，卡尔“已经率三个军从兰茨胡特去雷根斯堡，他约有8万人。达武离开了雷根斯堡，正前往诺伊施塔特（Neustadt）……假如你的军天亮前经法费诺芬动身，然后进攻卡尔大公的后方，敌军就输了。那样的话，18日至20日之间德意志所有的战事就结束了”。他还亲笔写了一则附言：“行动，行动，速度！我指望着您。”（Activité，activité，vitesse！Je me recommande à vous.）[19]马塞纳回信，承诺必要时连夜行军，并且言行一致。此次战局中，他非常勇敢坚韧。卡尔大公收到报告，得知达武已率约3万人来到多瑙河南岸。就像本尼希森在弗里德兰对拉纳打的算盘一样，大公也想歼灭拿破仑大军的这支孤军，他显然忘了三年前达武军在奥尔施泰特独立作战的战果。
次日，法奥两军在德意志战局中首次真正接触，这次遭遇战奠定了该战局其余战斗的套路。卡尔大公想在多瑙河下方的托伊根村（Teugen）和豪森村（Hausen）消灭达武，但后者设法逃脱了，与拿破仑安全会合。两军对敌军实力的看法都一样不确定。天空低沉，战事在丘陵地带展开，奥军缓慢严谨地作战，达武的老兵娴熟地实施机动。奥军战败后退往东方，拿破仑遂能组织追击。同日，勒菲弗与蒙布兰（Montbrun）分别在阿恩霍芬（Arnhofen）和施耐德哈特（Schneidhart）取胜。卡尔的野战军有9.3万人，拿破仑的有8.9万人，可如今，法国-拜恩联军在很大程度上掌握了主动权。
拿破仑计划切断卡尔去维也纳的退路，把他困在拜恩。此时达武在左翼，勒菲弗和拉纳在中路，乌迪诺在右翼。拿破仑对马塞纳下令：派兵援助阿本斯贝格，并率自己的主力去兰茨胡特攻击敌军交通线。4月20日，库塔尔上校偃旗投降，交出雷根斯堡。面对兵力远超自己的奥军，库塔尔设法守了超过二十四小时，使敌军折损达到己方损失的两倍。在多瑙河南岸、英戈尔施塔特以东20英里处有一系列小村庄，同日，拿破仑沿覆盖这些村子的宽广战线发动持续进攻。凌晨3点时他已经醒了，正向勒菲弗、马塞纳与旺达姆传令。早上6点30分，他和拉纳、贝西埃骑马前往阿本斯贝格。在城外的一座小山坡上（它日后得名拿破仑斯山[20]），拿破仑为拜恩军的军官写了一篇激动人心的演说词，它由拜恩王储路德维希译成德语，并作为当日公告发布：
拜恩士兵们！我来到你们中间，但我现在不是法国皇帝，而是你们的国家和莱茵邦联的保护人。今天你们将独自迎战奥军。你们的前排队列里面没有法军，我完全相信你们的勇气。两百年来，拜恩旗帜在法国的保护下抵抗奥地利。奥地利频繁伤害你们的国家，而我们要去维也纳，在那儿我们将知道如何惩罚它的行径。奥地利想瓜分你们的国家，解散你们的部队，把你们分入它的团。拜恩人！这是你们最后一场反抗敌人的战争，用刺刀进攻吧，消灭他们！[21]
拿破仑随后沿两条轴线攻击奥军：第一条从阿本斯贝格和派辛（Peissing）向东南方延伸，直至罗尔（Rohr）和罗滕堡（Rottenburg）；第二条从比堡（Biburg）向东南方延伸，直至普费芬豪森（Pfeffenhausen）。奥军的兵力和法军的一样多，还占据有利位置，当天大部分时候，他们表现不错，但拿破仑得知左翼的拉纳有所进展后立刻从拿破仑斯山骑马前进，以便监督左翼战事。
战后，第2猎骑兵团少校（chef d’escadron）向拿破仑呈现他缴获的两面军旗，这是此次战局中法军缴获的首批军旗。少校受了刀伤，伤口中的鲜血顺着他的脸流下。拿破仑问他叫什么，而他有一个很妙的名字——迪厄多内·利翁（Dieudonné Lion）[22]。“我会记住你，而你会感激我，”拿破仑对少校说，“你非常引人瞩目。”几个月后，贝尔蒂埃举荐一人填补近卫猎骑兵空缺，拿破仑否决了这一提议，说他想让“雄狮”晋升。
拿破仑认为自己正追着敌军主力前往兰茨胡特，事实上卡尔大公正在向雷根斯堡进军。约翰·冯·希勒（Johann von Hiller）男爵的两大股奥军纵队在兰茨胡特集结，导致当地两座桥梁附近出现大面积交通堵塞。雅克·德·洛里斯东将军（像很多拿破仑的高级指挥官一样，他也是从西班牙战场调来的）的炮兵在阿尔特多夫（Altdorf）和埃戈尔丁（Ergolding）之间的山脊上布阵，向人口密集的城镇倾泻炮火。（今人若站在兰茨胡特的桥上，便能发现奥军能开火反击的地方非常少。）奥军一过桥就试图烧桥，但雨下个不停，浇灭了火焰。12点30分，拿破仑对副官乔治·穆顿将军说：“你去那路纵队最前头，夺下城镇。”[23]
当时，这句话听来肯定像死刑判决，但穆顿率领掷弹兵冲锋，小岛岸边的密集滑膛枪射击掩护了他们。穆顿的战斗工兵用斧头劈碎城门，第13轻步兵团的士兵、三个拜恩营、两个拜恩中队、一些符腾堡人加入战团，到下午1点时，兰茨胡特已陷落。卡尔大公损失了11门大炮、近5000人、全部辎重车队（共226辆货运马车）。[24]拿破仑后来送给穆顿一幅描绘桥上战事的出色画作，并且一反常态地说了句不太巧妙的俏皮话——他的“绵羊”（“Mouton”意为“绵羊”）变成狮子了。“拿破仑给的这件纪念品比最高赞誉都珍贵。”画中的另一名副官说。战局结束时，穆顿已经受封洛鲍（Lobau）伯爵。[25][26]
“铁元帅”（Iron Marshal）达武设法在莱希灵（Laichling）阻挡了卡尔大公，就像1806年时那样，拿破仑战后才发现达武在那儿遇上了敌军主力。4月21日早上7点至傍晚5点，达武给拿破仑送了4封信，告诉他卡尔正调来预备队，准备大举反击。从22日凌晨2点开始，拿破仑蓦地行动起来，命令拉纳、旺达姆和圣叙尔皮斯（Saint-Sulpice）率20000名步兵与5500名骑兵尽快北上。乌迪诺和其余的拜恩部队已经奉命去和达武会师，所以不出一小时，拿破仑的50000名步兵、14000名骑兵和114门大炮就逼近卡尔大公了。
22日，拿破仑在埃克米尔迎战卡尔大公，这次会战是兰茨胡特机动的高潮，也是军体系的又一次胜利。达武军钉住了54000名奥军士兵与120门大炮，但卡尔推迟了进攻，直到约翰·科洛夫拉特（Johann Kollowrath）将军的军从战场以北15英里处的雷根斯堡赶来，拿破仑遂有时间让拉纳和马塞纳从兰茨胡特急行军25英里至埃克米尔解救达武。拜恩和符腾堡骑兵到达战场，迫使一个奥军师退到城镇后方的高地上，卡尔大公发现后取消了整个进攻。下午2点刚过时，皇帝随拉纳军与马塞纳军赶到，并攻击敌军左翼。拿破仑取胜，折损了3000人，奥军则损失了4100多人与39门大炮。事后不久，他封达武为埃克米尔亲王。
“随军时，白天我一般会穿着厚厚的优质皮大衣坐马车出行，因为总司令应该在晚上上班，”多年之后，拿破仑说，“假如白天他徒劳地累着了，晚上他就会太疲惫，无法工作……如果埃克米尔会战前夜我睡觉了，我就不可能实施如此出色的机动，那是我最好的一次机动……通过行动，我一个人能变成几个人。拉纳睡得太死了，我不停踹他才把他弄醒。”[27]德塞死后，拉纳和迪罗克是他最亲密的朋友。拉纳在元帅里面最得皇帝的宠爱，有些玩笑只有他开拿破仑才会接受。拉纳甚至说，“人们应该同情他，因为他如此不幸地热爱这婊子（cette catin）”，即拿破仑。正如沙普塔尔所回忆的：“皇帝知道，当他需要元帅时对方总是在自己身边，所以他听到这些玩笑后付之一笑。”[28]
法军在埃克米尔取胜后，有些混乱的奥军被迫退到雷根斯堡，希望逃到多瑙河对岸。4月23日，拿破仑到达雷根斯堡。他决定不围城，因为那太耗时了，与之相反，他坚持靠攀登猛攻城镇。法军在距城墙20步处架设云梯，试了三次后终于拿下雷根斯堡。卡尔唯一的退路经过宽30英尺的坚固石桥。不论当时还是现在，这座桥都是多瑙河上最大的桥之一，它有六个石质大桥墩，不易被加农炮摧毁。卡尔过桥后安全了，但在此过程中，他又损失了5000人和8门大炮。在今天的铁轨附近，拿破仑的右脚踝被一发冲力已尽的子弹击中，受了挫伤。他坐在一面鼓上，让伊万医生处理伤口。医生在他的靴子上剪了个洞，这样他骑马时不会太疼。[29]为免军队士气受挫，伤口刚处理完毕，拿破仑就“在热烈的欢呼声中从整条战线前骑过”。[30]战事继续进行了一段时间，这时他说：“那些子弹看上去像在侦察我们，难道不是吗？”[31]5月6日，他安抚约瑟芬道：“擦到我的子弹没有伤到我，它差点削掉了我的阿喀琉斯之腱。”[32]
雷根斯堡之战结束后，一个牢骚兵自称曾在“酷热”的雅法给了拿破仑一个西瓜，于是向他索要荣誉军团星章。他说这个理由太微不足道，拒绝了对方，老兵便愤怒地补充道：“那好，难道你不认为我在阿尔科莱桥、洛迪、卡斯蒂廖内、金字塔、阿克、奥斯特利茨、弗里德兰受的七处伤以及我参加的十一场战役，十一场在意大利、埃及、奥地利、普鲁士、波兰……”皇帝大笑，打断了老兵，然后他封此人为享有1200法郎津贴的荣誉军团骑士，当场将星章挂在对方胸口。“皇帝正是靠这种亲密赢得士兵的仰慕，”马尔博指出，“但这种方法仅适用于因累累战功闻名于世的指挥官，其他将军这么做就会损害自己的名誉。”[33]
拿破仑在阿本斯贝格、兰茨胡特、埃克米尔和雷根斯堡度过的连续四天中，胜利频繁降临，频率世所罕见。4月24日，趁大军休整之时，皇帝则与一些军官进行面谈。据布拉兹上尉的记载，皇帝与一名显然熟记所属团名册的上校展开了如下对话：
“现在多少人有武器？”
“陛下，48人。”
“今年招了多少新兵？”
“22人。”
“多少士兵已经服役四年了？”
“65人。”
“昨天多少人受伤？”
“18人。”
“战死的呢？”
“10人。”
“被刺刀杀死的？”
“是的，陛下。”
“不错。”[34]
刺刀拼杀被视作最勇敢的行为。5月3日的战斗结束后，拿破仑高兴地发现第26轻步兵团最勇敢的战士其实是卡宾枪手下士巴约内特（Bayonnette[35]），于是他封此人为享有津贴的荣誉军团骑士。[36]
1809年5月10日，拿破仑到达维也纳城门，他的波兰副官亚当·赫瓦波夫斯基记载道：
若非亲眼所见、亲耳所闻，我不会相信眼中景象，即便当时我也觉得难以置信。城墙并不拥挤，但仍有很多富裕的居民待在护墙上。皇帝直接骑马上斜堤，所以他和人群只隔一条10码宽的沟。他上一次来这儿是在1805年，他们根据那时的记忆认出了他，于是纷纷脱帽，我想这可以理解。然后人群开始欢呼，我觉得这不必要，而且更不恰当……我对几个法军军官述说自己的惊讶之情，这些人便向我保证道，这正是1806年他们在柏林勃兰登堡门的见闻。[37]
拿破仑花了半小时骑马环绕维也纳城防，只有25名护卫骑马随行，他“不停举帽回应欢呼，仿佛正骑马环绕巴黎”。然后他转向城外的美泉宫（像1805年一样，他住在那儿），并对赫瓦波夫斯基说：“等我们到那儿，你的床就已经备好了。你在马背上度过了那么多夜晚，现在该承蒙法兰西皇帝的照料休息一下了。”[38]
维也纳遭受了非常短暂的炮击，5月13日凌晨2点，该城向拿破仑投降。此时卡尔大公已毁掉所有的桥，正屯兵于多瑙河右岸。今天的多瑙河水流平稳，有大量运河，但当时的水道截然不同，要湍急得多。“这个家族的王公们抛弃了他们的首都，”当日，拿破仑发表宣言称，“他们不像是屈服于战场环境和挫折的光荣战士，倒像是被自身悔恨追赶的伪证者。”[39]然而，虽说他不介意指责哈布斯堡王朝，他却不想疏远维也纳市民，他们已然保证自行承担城中警务。“围捕所有以疲惫为借口离队去抢劫的掉队士兵，”14日，他命令道，“将他们移交临时宪兵法院审判，并在一小时内实施处决。”[40]每个纵队都设有惩罚劫掠的审判庭。
拿破仑的军队花了三天时间在维也纳下游架设浮舟桥，以便去河对岸攻击奥军。5月18日傍晚5点，加布里埃尔·莫利托（Gabriel Molitor）将军的步兵师开始乘船横渡多瑙河。他们只到达了宽2英里的洛鲍岛，然后开始在小岛和对岸间架设更多的牢固桥梁。拿破仑日后被指没有造出足够坚固的桥，但他的军队里没有多少专业工兵，而且水流湍急，奥军又不断在河中投放漂浮的树干和其他碎屑，让它们顺流而下摧毁浮桥，有一次他们甚至投放了拆解后的整个风车。
就像在奥斯特利茨和波兰一样，拿破仑再次到达漫长补给线的尽头，并且深入敌境，直面首都沦陷后也不求和的敌人。5月8日，欧仁在皮亚韦河之战中击败弗朗茨皇帝和卡尔大公的弟弟约翰·冯·哈布斯堡（Johann von Habsburg）大公。此刻，约翰大公正率军从意大利返回多瑙河。魅力超凡的领袖安德烈亚斯·霍弗（Andreas Hofer）也率领蒂罗尔人反抗拜恩。反对法国霸权的德意志人心存不满，而卡尔大公的战略似乎旨在让拿破仑无法决战。可是19日近傍晚时，多瑙河上已然横跨一座长825码的桥，它由86条船和9个筏子组成。次日中午，大批法军已经上桥，向洛鲍岛进发。连接洛鲍岛和对岸的另一座桥长100码，由15艘缴获的平底船和3个支架组成。这座桥看起来明显摇摇晃晃，但拿破仑决定冒险过河。
阿斯佩恩村和埃斯灵村位于多瑙河东北岸、维也纳以东22英里处，彼此相隔3英里。5月20日午夜，马塞纳登上阿斯佩恩的教堂塔楼，发现营火较少，于是他告知拿破仑奥军正在撤退，可事实上他们正在列队，将要发动进攻。马塞纳犯了埃劳会战日早上缪拉的错误。5月21日（周日）黎明，拿破仑过河，他显示出惯有的远见，立刻下令加强桥头堡防务。不幸的是，马塞纳没有充分巩固阿斯佩恩的防御，大概他认为，既然卡尔大公在撤退，这样做并无必要。上午8点，事态已然非常显著——大公没有撤退。
1809年，阿斯佩恩的布局如下：106栋两层高房屋连同其带墙花园散布在两条东西走向的道路上，几条南北走向街道横贯其间；齐胸高的墙环绕教堂（今天的教堂内设有博物馆）及墓地；村子西头地势稍高，那儿有一栋坚固的教区神父住宅和一座大花园。东边某处河岸连着通往埃斯灵的路（今亦然）。埃斯灵村的广场两边各有一组房屋，合计56栋。村中还有一个大谷仓，其石墙厚3英尺。拿破仑打算一边把这两个村子和连接它们的路当作防御阵地，一边穿过村庄前方的马希费尔德平原（Marchfeld plain）展开攻势。这个平原非常平坦，所以奥军拿它当阅兵场。
多瑙河一夜之间涨水3英尺，上午10点，最北端的浮舟桥已被满载的驳船撞碎。让·德帕涅（Jean d’Espagn）将军的重骑兵上桥前，法军及时修好了它，重骑兵遂用下马中队队形过桥。拿破仑正位于阿斯佩恩东边，他得知桥受损后考虑撤退，因为忌背水而战乃战争首要原则之一，但将军们（只有贝尔蒂埃一言不发）保证自己能守住战场。下午1点，他听闻大股奥军正穿过马希费尔德平原，若奥军散兵没有干扰法军轻骑兵收集情报，他本该早点发觉这一点。投入战斗的奥军数目惊人：5月21日（周日），有约3.7万名奥军士兵进攻；次日，有8.5万名奥军士兵与292门大炮进攻。周日，约3万名法军士兵过了河，周一时又有2万名法军士兵过河，但他们只有58门大炮。[41]如果达武军设法到达多瑙河对岸，这一不利比率会更均衡，但桥梁的状态决定了这是不可能的。
下午1点至2点，阿斯佩恩率先爆发战斗。5000名法军士兵驻守阿斯佩恩，他们得击退兵力远超己方的敌人。法军炮兵痛击进攻纵队。第67战列步兵团的一个营站在墓地墙后射击，压制攻势，但奥军不屈不挠地前进，两军遂在村子的街道上激战。浓烈的炮击烟雾让战斗更加可怕。3点之后，奥军用90门大炮组成炮群，进一步轰炸村子，并清扫外围路障。
在大致位于两村正中间的小坑里（靠近今阿斯佩恩制瓦厂），拿破仑坐在一面鼓上，关注战事进展。他命令贝西埃派四个师保卫中部，这一职责同缪拉在埃劳的类似。贝西埃发起四次大规模骑兵冲锋，完成了任务。冲锋队伍前进时，拿破仑集中炮兵，痛击太靠近的奥军骑兵，从而支援阿斯佩恩的防御。奥军发动大举炮击，随后派三路纵队进攻，下午4点30分，守军已被迫撤出教堂和墓地。一小时后，勒格朗师奉命进入教堂和墓地，第26轻步兵团和第18战列步兵团也夺回阿斯佩恩。可是半小时后，卡尔大公亲率六个营进攻，另有十三个营支援他们。大公高呼：“为了祖国！勇敢前进！”（人们说他亲自擎着一面军旗，但他后来否认了。）村子着火了，与此同时，奥军猛攻教堂和墓地，法军开始撤离。
浮舟桥又有好几处塌掉了，但马塞纳第四军的克洛德·卡拉·圣西尔将军设法率其师渡过多瑙河，冲向阿斯佩恩，并夺回村子南部边缘。两军一直战斗到晚上9点。约8000名奥军士兵与7000名法军士兵在战场上过夜。晚上10点时，桥又修好了。近卫军的十四个营、拉纳军和多门大炮（足够让拿破仑的大炮总数变为152门）随后成功渡过多瑙河，但达武军仍未过河。21日下午4点40分，奥军曾进攻埃斯灵村及其附近坚不可摧的谷仓（谷仓木门上的子弹孔今仍可见），拉纳亲自监督防御，让士兵凿枪眼、瞄准炮群、在街上安放路障、在墙上加筑雉堞，直到晚上11点战斗停止。
次日凌晨3点30分，战斗再次开始。在第26轻步兵团、第46战列步兵团和巴登猎兵团（Baden J?gers）的支援下，马塞纳的第4、第18战列步兵团冲入阿斯佩恩，在两条主街上发起纵队冲锋。到凌晨4点时，法军已夺回村庄大部分地区，不过教堂仍在奥军手中。日出后战斗继续进行，早上7点，马塞纳向拿破仑报称，阿斯佩恩四度易手后他夺回了全村，尽管到11点时奥军又夺回村子的大部分地区。青年近卫军推进至埃斯灵村，正好阻止了奥军攻陷它。
早上6～7点，拿破仑准备好让三个师用密集营纵队队形大举进攻。拉纳随圣伊莱尔师去右翼，乌迪诺在中路，让·塔罗（Jean Tharreau）将军在左翼。他们后面是安托万·德·拉萨尔（Antoine de Lasalle）将军的轻骑兵和南苏蒂的重骑兵。虽然晨雾笼罩，密集的奥军炮火还是狠狠痛击了法军。战士们非常勇敢。圣伊莱尔一度派第105战列步兵团对一个奥军胸甲骑兵团发起刺刀冲锋，迫使他们退向身后的掷弹兵预备队。因为货运马车无法过桥，上午9点时法军弹药已然不足。拿破仑曾承诺封圣伊莱尔为元帅，战斗中，他的脚被一发加农炮炮弹炸断了，此后法军攻势陷入停滞。（十五天后，圣伊莱尔死于伤口坏疽。）
桥又断了，卡尔也把巨大的炮群拉到中部，因此法军更不可能在那儿进攻了。拿破仑开始考虑全军经临时浮舟桥撤退的复杂问题，于是传令拉纳逐渐减少进攻。拉纳把他的营排成两排方阵，然后他们非常整齐地撤离，如同阅兵一般。撤退时，乌迪诺的参谋不是战死就是负伤，他自己则再添一伤。多尔塞纳（Dorsenne）将军胯下至少有三匹坐骑被击毙，他提出派老近卫军进攻奥军炮兵，拿破仑唯有回绝这一自杀性建议。
下午3点，奥军已攻占埃斯灵大部分地区，仅谷仓尚在让·布代（Jean Boudet）将军手中。拿破仑亲自命令老近卫军去埃斯灵以左阻挠卡尔大公前进，而士兵坚持要他在他们进攻前退回安全地带。幸好他离开了，因为接下来的战斗中有四分之一的人死伤。上午11点，马塞纳率青年近卫军的三个营步行进入阿斯佩恩，但到下午1点时，奥军已再度夺回村子。一小时后，双方都筋疲力尽了，当日会战此时已历经约十一个小时，其间战斗几乎一刻未停。下午3点30分，卡尔大公已在中部组织大炮群，他集中了150～200门大炮（当时这是战争史上最大的炮群），一个接一个地压制拉纳的炮群。然后，奥军炮兵转而轰击任何暴露在外的法军队伍，两日会战中，他们一共发射了44000发炮弹。大量法军战士命丧炮火之下，包括拉纳本人。他盘腿坐在一条沟边，这时一发3磅重加农炮跳弹炸碎了他的双膝。40岁[42]的元帅被带至多瑙河以南的埃伯斯多夫（Ebersdorf）营地，首席军医拉雷截掉了他的左腿，并奋力保住右腿。那个年代还没有麻醉剂，这些手术的痛苦无法想象，但目击拉纳负伤的人一致认为他是位模范勇士。
下午4点左右，浮舟桥刚好能通过了，拿破仑遂命令全军渡过多瑙河，退至洛鲍岛。他调来24门大炮和所用可用的火力掩护桥头堡。法军按照伤员、炮兵、近卫步兵（不包括轻步兵中仍在埃斯灵战斗的散兵）、重骑兵、步兵、轻骑兵、后卫步兵师的顺序过桥。一些腾跃兵直到深夜才乘船至洛鲍岛。尽管好几个奥军将领激烈反对，但卡尔大公认为军队太累了，已经无力骚扰法军撤退，所以他们继续待在多瑙河对岸。晚上7点，拿破仑难得召开了军事会议。贝尔蒂埃、达武、马塞纳都想远远撤离多瑙河，但他说洛鲍岛需充当未来战事的基地，撤离该岛就得放弃维也纳。皇帝说服了元帅们。
自从十年前在阿克战败后，这还是拿破仑第一次失败。到目前为止的军事生涯中，他仅有四次败仗。（规模相对较小的巴萨诺之战和卡尔迪耶罗之战发生在1796年11月。）据估计，法军总损失如下：2万～2.3万人死伤，3000人被俘。可是他们只丢了3门大炮，这证明撤退是有序的。奥军的损失差不多，他们共有1.9万人死伤，不过仅有700人被俘。[43]次日，拿破仑发布公报，仅承认有4100人死伤，并称阿斯佩恩-埃斯灵会战为“法军荣誉与顽强毅力的新纪念”，这是他能写出的最接近承认失败的声明了。他日后声称，拉纳恢复意识后说：“不出一个小时，您就会失去带着自己一直是、现在也是您最好的朋友这一点信念和荣耀而死的人了。”拉纳的一条腿刚做了截肢，另一条也可能被截掉，所以他的脑子里多半不会蹦出这种语法结构。[44]
奥军宣称赢了阿斯佩恩-埃斯灵会战，而拿破仑封马塞纳为埃斯灵亲王，尽管会战中他没去埃斯灵。巴黎警察局局长奉命张贴布告，通知巴黎人点亮前屋庆祝胜利。[45]然而5月23日，法军拆除了连接洛鲍岛和多瑙河北岸的桥，并把小岛改成要塞。当晚，疲惫不堪的法军士兵坐下吃马肉。马尔博回忆道，马肉“在胸甲里煮着，调味的是火药”，而非胡椒。渡船运补给和军火去洛鲍岛，伤员被送至维也纳。法军设立了野战医院，搭建更牢固的新桥，他们也在河床中插入柱子，以便保护桥梁。
拉纳的腿生了坏疽，九天后他去世了，其间拿破仑每天探望他两次。元帅断气后不久，皇帝又来看他。[46]不久之后，皇帝的贴身男仆路易·康斯坦（Louis Constant）在司令部里看见他“一动不动地坐在匆匆做好的早餐前，沉默不语，呆呆地盯着前方。拿破仑的眼中满含泪水，眼泪越聚越多，静静地滴入他的汤中”。[47]塞居尔、拉斯卡斯、珀莱[48]、马尔博、勒热纳和萨瓦里证实了拿破仑心怀悲痛。[49]康斯坦和皇帝的药剂师卡代·德·加西古（Cadet de Gassicourt）称拉纳谴责拿破仑野心勃勃，但马尔博、萨瓦里和珀莱强烈反对此说。[50]今天，拉纳长眠于先贤祠（Panthéon）22号墓穴（caverne），墓室墙上挂着写有他参加过的战斗的九面旗帜，而他的棺材包裹着三色旗。“今早蒙特贝洛公爵死了，我悲痛万分，”5月31日，拿破仑致信约瑟芬，“那么一切都结束了！再见，我亲爱的。只要你能做点什么安慰不幸的元帅遗孀，就去做吧。”[51]
6月上旬，拿破仑对萨瓦里提起俄国人：
我没搞错，那些盟友靠不住。如果我未与俄国人媾和，有什么事会变得更糟吗？如果他们不能保证德意志的和平，我同他们结盟又有何用？那时候，要不是残存人性阻止俄国人马上背叛信誓旦旦的信义，他们更愿意反对我。我们不能受辱。他们都想在我的坟上聚会，但不敢去那儿会合……我这边得到的不是盟友。我被耍了。[52]
爱尔福特会议多多少少维持了蒂尔西特的友善，但6月5日拿破仑返回美泉宫时，这一善意已经严重受损。
然而，当时的气氛也非全然愤怒，玛丽·瓦莱夫斯卡一来怒意就更少了。[53]某晚在美泉宫，拿破仑迟迟才用晚餐，叫人上一只冷鸡。鸡端上来后，他问道：“什么时候生下来的鸡只有一条腿一只翅膀了？我看有人指望我靠仆人的剩饭过活吧。”然后，他揪住鲁斯塔姆的耳朵，笑话他吃了另外半只鸡。[54]拉普记载道，尽管失去了拉纳，当时皇帝“总的来说心情挺好”，不过他看到巴黎警务报告后情有可原地发火了。该报告包括最新流言——他发疯了。“圣日耳曼郊区编了这些不错的故事，”他关注该地区向来令他心烦的贵族和知识分子沙龙，“这些人最终会气得我把他们统统赶去虱子肆虐的乡下。”[55]他对科兰古说，问题在于“沙龙社群总是敌视政府，在那儿什么都被批评，全无赞扬”。[56]
阿斯佩恩-埃斯灵会战后，卡尔大公沿维也纳以北的多瑙河集中军队。6月9日，奥军入侵萨克森，五天后，欧仁却在匈牙利拉布（Raab）[57]大败约翰大公。这取悦了拿破仑，因为拉布之战后卡尔大公无法获得急需的增援，而欧仁的意大利军团能同他会师了。波尼亚托夫斯基公爵的波兰人在西里西亚（Silesia）对战奥军，与根本不乐意参战的俄军形成鲜明对比，拿破仑也欣赏这些波兰人的表现。
7月上旬，德意志军团[58]工兵已在多瑙河南岸和洛鲍岛之间修了足够坚固的桥，以至于拿破仑自夸道：“多瑙河不存在了，它废掉了。”[59]阿斯佩恩-埃斯灵会战后第七周，洛鲍岛与北岸之间的灵活浮桥可以晃荡着投入使用了，所以拿破仑已做好复仇准备。他穿着中士的长外套，亲自来到对岸奥军哨兵射程内侦察，寻找最佳的过河点。拿破仑原先选择的过河点位于正北岸，但这回他决定改去东边城镇大恩策斯多夫（Gross-Enzersdorf）。1809年7月4日晚，军队开始过河。
拿破仑现在集中了130800名步兵、23300名骑兵以及至少544门大炮（由10000名炮兵操纵），这是阿斯佩恩-埃斯灵会战中法军兵力的三倍。布拉兹上尉回忆道，洛鲍岛上“能听到欧洲的所有语言”，有“意大利语、波兰语、阿拉伯语、葡萄牙语、西班牙语和每一种德语”。这支庞大的多语种军队的人数和D日进攻诺曼底的盟军兵力差不多，通过细致策划与筹备，拿破仑只用一个晚上就让全军与其全部马匹、加农炮、货运马车、补给、弹药渡过了欧洲最大河流之一，进入敌境，而且没让一个人掉队。[60]这是项惊人的后勤成就。法军刚到远岸就穿过马希费尔德平原，迎战卡尔大公的113000名步兵、14600名骑兵和414门大炮。当时，将要爆发的战斗是欧洲历史上规模最大的会战。
