他不论何时出场都露尽风头，但他在事业起步时遇上了尤其适合自己提升的时代。
——梅特涅论拿破仑
二十二岁时人生尚有很多可能，过了三十岁就不行了。
——拿破仑致符腾堡的弗里德里希选侯
巴士底狱被攻占八天后，欧索讷再次爆发了动乱。“给你写这封信时，我身边是喧闹的鼓声、武器以及鲜血。”拿破仑从欧索讷致信约瑟夫。[1]他自豪地告诉哥哥，迪泰伊将军就此状态询问了他的意见。他逮捕了33人，花了大半小时劝说暴动者住手。
拿破仑厌恶暴徒，严格意义上他也是贵族，尽管如此，他却拥护法国大革命。至少革命初期阶段很符合他从卢梭和伏尔泰处汲取的启蒙思想。他支持革命的反教权作风，不介意他并不特别尊重的君主国被削弱。此外，革命似乎为科西嘉提供了更具独立性的前景，还让穷困又势薄的有志异域青年有望获得一个好得多的前程。拿破仑相信大革命承诺引入的社会新秩序将消除他的这两个不利因素，并建立在启蒙哲学家（philosophes）眼中的唯一权力基础——逻辑和理性——之上。
拿破仑后来声称，科西嘉贵族中“唯有”波拿巴家族支持法国大革命，实情并非如此，但他们属于拥护大革命的少数的岛上贵族之一。[2]有一点看上去倒是真的：巴黎军校同期炮兵毕业生中，只有拿破仑赞成推翻路易十六；1789年，他所属部队的军官中，很多人逃离法国，连他在内，只有少数人支持国王下台。拿破仑忠实地执行军务，镇压瓦朗斯和欧索讷的食物暴动（欧索讷暴动中，他的团有人哗变倒戈），但他也是革命组织宪法之友协会（Society of the Friends of the Constitution）当地分会的早期追随者。回过头来看阿雅克肖，拿破仑的弟弟、14岁的吕西安明显更热衷、更坚持激进政治，他加入了极端的雅各宾俱乐部（Jacobin Club）[3]。[4]
1789年8月8日，巴黎陷入骚乱，很大一部分法军军官队伍混乱无序，此时，拿破仑再次获准返乡休病假。接下来的十八个月，他都待在科西嘉，兴致勃勃地投身于岛上政治。这回也无迹象表明他真病了。博斯韦尔的《科西嘉记》描述了当地城市、九个行政区和大量基督教教区群（pieves，“世俗职能同宗教职能一样多的”教区群）的政治分歧。总督权力以首府科尔特为基，受到制约。城镇之间、乡村之间、宗族之间有敌对传统，岛民深深依恋天主教会和流放中的保利，拿破仑正是热情地踏入了这个旋涡。此后四年，他关心科西嘉政治远胜自己的法军军官生涯。
在约瑟夫和吕西安的支持下，拿破仑一返回科西嘉就号召岛民拥护革命事业、升起新的三色旗、佩戴新的三色帽徽，并且建立“爱国者”革命俱乐部、组织科西嘉志愿兵团。这个团是国民自卫军民兵部队，被寄予日后赶上总督的军队的希望。总督关闭了俱乐部，解散志愿兵，随后拿破仑的名字在巴黎制宪议会收到的抗议请愿中居首。[5]10月，他撰写小册子，谴责科西嘉的法军指挥官，批判岛上政府缺乏革命性。[6]就在拿破仑领导阿雅克肖革命派之际，制宪议会科西嘉代表安托万-克里斯托夫·萨利切蒂（Antoine-Christophe Saliceti）让更大的巴斯蒂亚镇（Bastia）激进化了。
1790年1月，在萨利切蒂的强烈要求下，制宪议会颁布法令，规定科西嘉是法国的一个省。拿破仑支持这一变化，而伦敦的保利则予以斥责，称此举意在将巴黎的想法强加于人。眼下，萨利切蒂和拿破仑认为巴黎是科西嘉革命道路上的盟友，所以若保利回岛，他们多半会同他产生重大分歧。当年3月，约瑟夫当选阿雅克肖市市长。即便是忙于所有这些政治活动，拿破仑也夜读恺撒的《高卢战记》（Gallic Wars），并整页整页记诵。病假结束后他又请求延期，因为团里没剩多少军官，他的指挥官承受不起拒绝的代价。
拿破仑花了十五个月重写科西嘉史，但他找不到出版商。此书现存部分辩称，科西嘉人本是古罗马一切美德的化身，却被“莫名的命运”降服，沦为其牺牲品。这时候，拿破仑还写了暴力色彩格外鲜明、含有报复意味的短篇小说《新科西嘉》（New Corsica），它一开始是个冒险故事，接着却变作政治声讨，最后则成了一幕血祭。文中，一个英国人遇见一位老者，此人向他讲述了1768年法军入侵后科西嘉岛上出现的暴行。“我离开我的人，飞奔去救我那不幸的父亲，”老人说，“他浑身是血，用最后一丝力气告诉我：‘儿子，为我复仇，这是自然的第一法则。若别无选择，就像我一样赴死，但永远不要向法国人屈服。’”老汉回忆道，他找到母亲的遗体，她被人强暴，赤身裸体，“伤痕累累，摆着最下流的姿势”。他还说：“我的妻子和三个兄弟也被吊死在那。我的七个儿子遭遇同样的命运，其中三个还不满5岁。我们的木屋被焚毁。我们的山羊的鲜血同我家人的混在一起。”诸如此类。[7]“从那时起，”老人说，“我在我的祭坛上重新起誓，发誓绝不放过任何一个法国人。”[8]20岁现役军官拿破仑笔下的这则故事乃反法的复仇幻想，读来令人不快。老者狠狠地复仇，杀光了一条船上的法国人，连侍者都不放过。然后，“我们把他们的尸体拖到我们的祭坛，一把火烧光。新的焚香似乎取悦了神明”。[9]大革命开始时，拿破仑显然无法抵御暴力的诱惑。
1770年，颇具影响力的启蒙思想家雷纳尔教士匿名首次出版《欧洲人在东西印度群岛殖民和贸易的哲学与政治史》（Histoire philosophique et politique des établissements et du commerce des Européens dans les deux Indes），此书随后在法国遭禁。这本成功著作大受欢迎，它篇幅浩大，但论辩有力。雷纳尔教士被迫流亡了好几年，但1787年，他受邀回国。1790年6月24日，拿破仑把科西嘉史寄给雷纳尔。附信上的日期是“自由历元年”，他在信中称：“国家因家庭琐事彼此残杀、以宇宙主宰之名互相割喉。它们热爱奇迹、心怀畏惧，狡诈贪婪的教士利用这一点影响它们的想象力。”[10]他对雷纳尔说的这番话同样夸张：“我急于接受这份取悦我对祖国之爱的工作，然后羞愧不悦、深受束缚。”他模仿博斯韦尔和卢梭对科西嘉荣耀的理想化描写，补充道：“我高兴地发现，我的祖国是罗马自由仅存遗迹的庇护所，我的民族是加图后人，这令宇宙蒙羞。”[11]他说喜好争吵的科西嘉人是争取罗马自由的斗士马尔库斯·波尔基乌斯·加图（Marcus Porcius Cato）的真正后代，这种观点与其说是有益的历史见解，不如说是拿破仑对古典世界的浪漫执念。他还把书稿寄给昔日他在布列讷的导师迪皮伊（Dupuy）神父。迪皮伊建议他完全重写，不过少有作者会乐意接受这种意见。
1790年7月12日，制宪议会通过《宗教人员民事组织法》（Civil Constitution of the Clergy），将教会纳入政府管辖，并废除修道会组织。《宗教人员民事组织法》要求教士对国家起誓效忠宪法，这导致第一等级分裂为宣誓派（即发过誓的教士）和拒宣誓派。次年3月，教皇庇护六世（Pius VI）批评这一规定。对基督教的普遍敌意，特别是对罗马天主教的仇恨鼓舞了很多革命者。1793年11月，巴黎圣母院（Notre-Dame Cathedral）已然改为理性崇拜专用地。六个月后，雅各宾派领袖马克西米连·罗伯斯庇尔（Maximilien Robespierre）颁行法令，建立泛神性的至上崇拜。数万名贵族被剥夺财产，他们被迫流落他乡，成为国外流亡者（émigrés）。此外，成千上万的教士也离开了法国。
拿破仑写了本小册子支持《宗教人员民事组织法》，其内容有足够的煽动性，以至于小册子出版后不久，有一回拿破仑和约瑟夫在阿雅克肖偶遇宗教游行，结果险些被处以私刑。［强盗特伦塔·科斯特（Trenta Coste）救了他们，拿破仑当上第一执政后给了他恰当的回报。］[12]1790年7月，65岁的保利返回科西嘉，此时他已被流放了二十二年。拿破仑和约瑟夫都是欢迎保利归来的阿雅克肖接待委员会的成员。保利立刻被一致推举为科西嘉代理总督，并当选科西嘉议会议长及新成立的国民自卫军司令。
尽管拿破仑明显渴求保利的赞许，后者却视波拿巴家的小伙子们为通敌者之后，只花了一点点功夫保持他们的忠诚。保利最初的举措中有一项是将首府从科尔特迁至巴斯蒂亚，这惹恼了如波拿巴家族之类的阿雅克肖居民。根据当地传说，拿破仑与保利同游蓬泰诺沃战场时指责后者的布阵，这令保利大为光火（但约瑟夫在回忆录中说，拿破仑仅仅和长兄谈了批评意见）。[13]在启蒙运动晚期的数十年中，保利是欧洲进步人士尊敬的人物，波拿巴一族愿意不遗余力地迎合他。
9月15日，约瑟夫被选为科西嘉议会的阿雅克肖代表之一，后来又就任市执行政府（名为行政府）主席，但拿破仑既没当选议员，也没当选国民自卫军高级军官。“这个城市里尽是坏公民，”他致信岛上的政府官员卡洛-安德烈·波佐·迪·博尔戈（Carlo-André Pozzo di Borgo），“你不知道他们多疯多卑鄙。”他建议革除市政会中三名委员之职，“这项强硬措施也许不合法，但有必要”，并引孟德斯鸠的话作为结论：“法律就像某些神的雕像，有时必须蒙上面纱”。[14]这次他没成功。
10月，制宪议会实际上已掌握法国主权，它通过米拉波伯爵的提议，称科西嘉现在是法国的一部分、适用法国法律，但此后该岛将完全由科西嘉人治理。消息传来，全岛热烈欢庆，每个教堂都演奏《感恩赞》（Te Deums），拿破仑在波拿巴宅挂起巨大横幅，上书：“国民万岁，保利万岁，米拉波万岁。”[15]他照常语带夸张（此时或可理解），向雷纳尔大肆宣扬道：“大海再也不能分隔我们。”[16]然而，保利的新政治秩序中没有拿破仑的位置。保利派与巴黎政府开始失和后，波拿巴家族仍然忠于制宪议会，1792年9月后，他们又追随它的后身国民公会（National Convention）。[17]他们逐渐和保利派分道扬镳，其间矛盾既有激化亦有缓和，但到1793年春时，双方已彻底决裂。
1791年1月6日，拿破仑出席阿雅克肖革命俱乐部“全球爱国者”（Globo Patriottico）创立仪式，它模仿了雅各宾派和更温和的吉伦特派在巴黎建立的俱乐部。当月晚些时候，他出版政治小册子《致布塔福科先生的一封信》，指控二十三年前受命治理科西嘉的人充当叛徒、支持“荒唐封建政权”。小册子也谴责保利被布塔福科欺骗，“置身狂热分子之中”。“狂热分子”指那些倾向于为科西嘉制定英式宪法的返乡流亡者，而拿破仑偏好法国革命宪法。当时，保利与布塔福科合作良好，他对小册子的反应激烈，不同意拿破仑将科西嘉史题献给他。他说，“年轻人不该写历史”，史书作者必须“成熟公正”。[18]保利补充道，他没法归还手稿，因为他没空去找，他也拒绝了拿破仑索要资料的请求。不管拿破仑曾有怎样的成功作家梦，现在他的希望再次受挫，而且阻碍者还是他少年时崇拜的英雄。后来，有谣言说约瑟夫窃取阿雅克肖市资金（炮制此流言的动机很可能是政治因素，但它说的多半是实情），而保利也没支持波拿巴家族。[19]
1790年10月15日，拿破仑的假期正式到期，但次年2月1日他才从科西嘉出发，前往自己所属的团。他带上了12岁的路易，准备供弟弟在欧索讷上学。拿破仑对向来耐心的指挥官出示疾病诊断书，甚至拿出恶劣天气的证明，长官便友善地给他发了三个月欠饷。尽管如此，路易还是得睡在紧挨着拿破仑床位的壁橱底板上。兄弟俩仅有的家具就是一张桌子和两把椅子。“知道我怎么做到的吗？”拿破仑回忆这段人生时说道，“我从不去咖啡馆，从不社交。我吃干面包，刷自己的衣服，好让它们可以更耐用。我窝在小房间里，就像一头熊，朋友只有书籍……那是我年轻时代的欢乐与放纵。”[20]此言也许稍有夸张，但程度不重。他最重视的是书籍和良好的教育。
1791年2～8月，拿破仑参加里昂（Lyons）学院有奖征文，以“什么样的真谛和情感对人类学会幸福最重要？”为话题写了一篇论文。学院和雷纳尔修士会准备奖励最佳投稿1200法郎，这比他的年薪还多。拿破仑花了六个月的时间写文章，此文谴责野心的虚荣，甚至批评亚历山大大帝妄自尊大，“亚历山大从底比斯（Thebes）跑去波斯又跑去印度，他在搞什么？他一直坐立不安，他失去智慧，他自诩为神。克伦威尔的结局又怎样？他统治英国，但复仇女神的利剑难道没有折磨他吗？”[21]拿破仑还写了无疑带有自传色彩的话：“你回到阔别四年的故乡，漫步于那稚嫩的、早年的嬉戏场所……你感到对故土的一切有种似火的热爱。”[22]
拿破仑日后声称，他在评奖前撤回投稿，但他其实并没有。因为文章的风格太夸张，学院的评审给它打了低分。一位评委说，此文“无甚趣味、条理不清、严重杂糅、漫无边际、字迹潦草，没法吸引读者的注意力”。[23]数年后，塔列朗从学院档案室找到了稿子，把它呈给拿破仑，后者重读一遍，说：“我觉得该用鞭子抽作者一顿。我都说了什么混账话啊，留着它们我该多恼火啊！”[24]于是他转而“将文章投入火中，用火钳把它往下按”，生怕“别人会嘲笑我写出这玩意”。[25]拿破仑根本没能获奖，但他甚至能参与法语征文比赛，这体现了他那可观的自信心。
22岁的拿破仑是个高产的文学创作者，这篇正式作品仅仅是其产出之一。他还写了《关于爱情的对话》（Dialogue sur l’Amour），文中人物“B”代表他自己，另一个人物亚历山大·德·马齐（Alexandre de Mazis）真有其人，现实中，此人是他的朋友以及他在卫戍部队的战友。马齐和拿破仑关系有多密切尚存疑虑，因为文中他自吹自擂、缺乏耐心，相对而言，“B”却沉着冷静、善驭形势。这篇对话辩称，爱情是社会和个人幸福的噩梦，为了让所有人更快乐，上苍应当消灭爱情。另一篇文章《回顾自然状态》（Reflections on the State of Nature）探讨为何社会产生前人类生活得更好，这一理念套用了卢梭的很多观点。
1791年6月，拿破仑晋升中尉，并返回瓦朗斯，转入第4炮兵团。他在拉费尔团待了六十九个月，却请了至少三十五个月的假，眼下，他也不打算改变自己的作风。“给我寄300法郎，”他一到部队就致信费施，“这个数够我去巴黎了。在那儿，人至少能崭露头角、克服困难。一切都昭示我会成功，难道你要为了100克朗阻止我吗？”[26]拿破仑的急切和抱负并没有错，然而，要么是费施反对他去，要么是他同时获知科西嘉国民自卫军正在招募四个营，因为他最后没去巴黎，而是打算请假回家。新长官孔帕尼翁（Compagnon）上校以拿破仑才入团两个月为由不准假，这倒也可以理解。
1791年6月末，国王一家试图逃离法国，经过瓦雷讷（Varennes）时，他们在所乘马车中被捕。国王一家被迫返回杜伊勒里宫（the Tuileries Palace），重新过上近似监禁的日子。7月10日，奥地利皇帝利奥波德二世（Leopold II）对欧洲其余王室发出请求，恳请他们救救他的妹夫路易十六。此时，拿破仑已是宪法之友协会瓦朗斯分会秘书。攻占巴士底狱两周年纪念日当天，他在庆祝宴会上向“欧索讷的爱国者”祝酒，那些人正提请审判国王。拿破仑致信一位朋友称，“这个国家充满热情与烈火”，并补充道，虽然大革命只能仰仗他的团一半的军官，但下层军人一致拥护它。[27]“南方的血液以罗讷河之势奔流过我的血管，”他在附言中又加了一句，“如果你阅读我的潦草字迹有困难，务必见谅。”
虽然拿破仑被长官拒绝，但他不肯罢休。8月30日，他向迪泰伊将军请假。事后，迪泰伊告诉自己的女儿：“那个人能力非常强，他有朝一日会成名。”[28]拿破仑获得了四个月返乡假，条件是他要在1792年1月10日携军旗出席全团阅兵式，否则将被视作逃兵。
拿破仑发现科西嘉一片混乱。大革命开始后，岛上共有130起谋杀案，税收则为零。自从六年前父亲去世后，家族的金钱困扰一直占用了他大量的时间与精力。1791年10月15日，拿破仑的叔祖父、领班神父卢恰诺·波拿巴去世，他把遗产留给波拿巴家族，多少缓解了他们的经济困难。1792年2月22日，拿破仑竞选科西嘉国民自卫军第2营中校[29]，卢恰诺的钱便派上了用场。选举中有大量贿赂行为，投票日当天，三个监票人中甚至有一人被绑架，他被扣押在波拿巴宅，直到选举胜利已成定局。拿破仑的最大对手马泰奥·波佐·迪·博尔戈（Matteo Pozzo di Borgo）是颇有势力的科西嘉政客卡洛-安德烈·波佐·迪·博尔戈的弟弟。马泰奥在圣弗朗切斯科（San Francesco）教堂外被拿破仑的持械支持者轰下讲坛。科西嘉政治一向野蛮，但这些招数严重违反了公认的惯例。保利支持马泰奥，要求当局调查这桩他所谓的“腐败与阴谋”。巴黎立法议会代表的科西嘉代表萨利切蒂阻止了保利，所以选举结果没变。与此同时，1月已过，拿破仑误了归队的最后期限。他在战争部的档案仅仅注明：“放弃军职，1792年2月6日被取代。”[30]
1792年1～3月，巴黎严重的粮食暴动进一步激化了政治危机。在2月初时，奥地利和普鲁士结盟。两国打算推翻法国革命政府并且恢复君主制，虽然它们未言明自己的目的，但那几乎算不上秘密。英国没有加入第一次反法同盟，但它显然也敌视大革命。战争流言传开后，科西嘉革命发生了激烈变化。2月28日，萨利切蒂下令关闭阿雅克肖、巴斯蒂亚、博尼法乔（Bonifacio）和科尔特的男女修道院，并将其收入划归省政府金库。保利和绝大部分科西嘉人反对此举。信奉天主教的阿雅克肖居民想保护当地的修道院，复活节（周日）当天，他们和拿破仑的国民自卫军爆发冲突。斗殴中，他的一名副手在他身旁被击毙。镇民同国民自卫军在城中混战了四天四夜，双方脾气暴躁、僵持不下。在此期间，拿破仑一度试图从法国正规军手中夺取防卫森严的城寨，但他失败了。事后，城寨驻军指挥官马亚尔（Maillard）上校向战争部寄去一份证据确凿的归责报告，有力地指控拿破仑谋反。通往阿雅克肖的路上挤满背着空口袋的农民，他们急切地预谋劫掠城镇。
保利站在马亚尔一边。他命令拿破仑离开阿雅克肖来科尔特向自己报告，后者照办。对拿破仑来说，好在明显更紧迫的战争部文件多如山倒，马亚尔写的这起混乱事件的报告被它们淹没了。奥军和普军的司令部位于科布伦茨（Coblenz），两军将从西北方入侵法国。为了挫败预料中的进攻，4月20日，法国抢先对奥地利和普鲁士宣战，八天后，法军侵入奥属尼德兰（Netherlands，今比利时）。阿雅克肖骚乱结束后，拿破仑没法留在科西嘉了，但他也不能回瓦朗斯，在那儿，他的正式身份是逃兵。于是，他去了巴黎。
拿破仑到达巴黎旺多姆广场（Place Vend?me）的战争部后，发现那里也是乱作一团：1792年5～10月，新的革命政府历经六任战争部长。显然没人有机会看马亚尔的报告，抑或非常关心阿雅克肖那样偏僻的地方发生了什么。似乎也没人在意1月时拿破仑的假期就已正式到期，而那会儿他还没当选科西嘉国民自卫军中校。1792年7月，拿破仑晋升上尉，而且上任日期是一年之前，他能领到一年的全饷，但他没有获得新军职。凭借自卫军中校身份，他要求升至正规军中校，对于这一放肆主张，战争部所做标记是“SR”（sans réponse，意为“无答复”）。[31]
拿破仑对他的巴黎见闻不以为意。“冲在大革命前头的是窝囊废，”他致信约瑟夫称，“每个人都追求自己的利益，他们犯下各种罪行，从而找到法子实现自己的目标。人们搞的阴谋像以前一样卑鄙。这些都毁了雄心壮志。人们同情不幸投身公共事务的那些人。”[32]拿破仑其实是阿雅克肖的革命阴谋家，如果说同政坛浑水无涉的坦诚军人一面很不符合这一事实，他仍然在战略上成功扮演了这一角色。此时，拿破仑支持推翻君主制、将科西嘉修道院收归国有，这证明他是完全成熟的革命者。他在政治上倾向于雅各宾极端分子，再者，他们看上去也像赢家。随着大革命接近高潮，巴黎已经出现镇压行动，尽管他本人没有卷入这些事，但也无证据表明他反对它们。
1792年6月20日，巴黎暴民侵入杜伊勒里宫，他们抓住了路易十六与玛丽·安托瓦内特（Marie Antoinette），强迫国王头戴象征自由的红帽子站在王宫阳台上。拿破仑当时也在巴黎，布列纳在圣奥诺雷街的咖啡馆遇见了他。两人看见全副武装的群众向王宫进军，布列纳称，此时拿破仑说：“我们跟着暴民吧。”他们在河边阶梯上站定位置，“惊讶又愤怒地”（表情想必是精心伪装出的）观看接下来的历史性场面。[33]两天后，拿破仑致信约瑟夫，描述了自己所见：
七八千人拿着长矛、斧头、剑、枪、烤肉叉、削尖的棍子当武器……朝国王去了。杜伊勒里宫花园的门关着，国民自卫军的1.5万人把守那儿。民众打破大门，进入王宫，把加农炮对准国王的寓所，还撞倒了四扇门。他们给国王看两个帽徽，一个是白色的（波旁王朝的颜色），另一个是三色的。他们让他选。选，他们说，选在这儿还是在科布伦茨统治。国王露面了。他戴上了红色无边软帽。王后和王子也戴了。他们让国王喝了口水。他们在王宫里待了四小时……这些行为都不符合宪法，并开创了危险的先例。在如此暴风骤雨般的环境中，难以预料帝国接下来会发生什么。[34]
布列纳后来说，拿破仑评论道：“多么疯狂！他们怎么能放暴民进去？为什么不用加农炮轰倒四五百人？那样，剩下的人立马会自己跑掉。”那时候，国王一家的屈辱遭遇进一步降低了拿破仑对这个君主国的评价。他支持推翻国王，但不理解为何路易十六顺从地任人侮辱。事实上，要不了两个月，国王夫妇危险的自由生活就会结束。
十天后，奥地利和普鲁士入侵法国，这催生了某种非常正当的猜测：路易十六与其奥地利妻子赞成入侵，勾结法国的敌人。如今，这些敌人公开声明他们想恢复路易十六夫妇的所有权力。8月10日，拿破仑再次明显鄙视波旁王室的懦弱。当日，暴民再现，他们逮捕国王和王后，屠杀王室的瑞士卫队。拿破仑离开马伊街（rue de Mail）的旅馆，去骑兵竞技场（Place du Carrousel）的朋友家旁观事态。路上，人群中有人看见穿着得体的年轻军官，便要他高呼“国民万岁！”数十年后，他回忆道：“如你所想，我赶忙喊了！”[35]拿破仑的朋友家堆满了贵族财产——贵族被迫在逃离法国前低价甩卖财物。他从楼上的窗户俯瞰，发现瑞士卫队不肯向暴民开枪，便用意大利语喊道：“多蠢啊！”事实证明，卫队士兵为此付出了自己的性命。[36]七年后，拿破仑自己搬入杜伊勒里宫，并叫人抹平了从那天起便留在这栋建筑上的弹孔。
9月上旬，暴民在巴黎市监狱无情地杀害1200多人，其中包括115名教士，当时拿破仑仍在首都。9月3日，不伦瑞克（Brunswick）公爵的普鲁士侵略军攻克凡尔登（Verdun），四天后，针对通敌嫌疑人的荒唐谋杀开始了。拿破仑日后试图为发生的事辩护：“我想九月屠杀可能强烈震慑了侵略军。那一刻，他们看到全体人民站起来反抗自己了。”[37]他声称屠杀执行者“几乎都是士兵，他们……决心不放过面前的任何敌人”。至于资深雅各宾革命者，“不管人们怎么评价，他们并非卑鄙之徒。很少有人能像他们那样在世上留下印记”。[38]统治法国后，拿破仑并未否认自己的雅各宾历史：“曾有一度，一切有血性的人应融为一体。”他甚至分别给了小罗伯斯庇尔的遗孀和女儿7200法郎、1800法郎抚恤年金。[39]他评估亲身经历的形势，像父亲一样支持看上去像赢家的一方。
1792年9月21日，法国正式自称共和国，立法议会则宣布路易十六将因通敌、对法国人民犯罪受审。前一天，香槟-阿登地区（Champagne-Ardenne）的瓦尔米（Valmy）爆发战斗，弗朗索瓦·克勒曼（Fran?ois Kellermann）和夏尔·弗朗索瓦·迪穆里埃（Charles Fran?ois Dumouriez）两位将军击败不伦瑞克的普军，挽救了共和国。瓦尔米会战证明，法国公民军队可以战胜反革命国家的正规军。
到10月中旬时，拿破仑已返回科西嘉，并宣传雅各宾派的事业。他没有去法国正规军第4炮兵团就任上尉，而是复任科西嘉国民自卫军中校。他发现，自己走后，特别是九月屠杀和共和国立国后，岛上反法情绪大大增强。然而正如他所说的，他仍然“相信科西嘉的上上之策就是变成法国的省”。[40]拿破仑从激进科西嘉民族主义者变成了法国革命党人，原因既不是他终于走出了学生时代的欺侮阴影，也和他父亲毫无关系，更不像近年来某些历史学家和传记作者说的那样是奇怪的性心理作祟。他之所以转变，仅仅是因为法国和科西嘉政局风云突变，他在其中的位置也随之发生剧变。比起波拿巴一族，保利更想同势力更大、更具政治影响力的布塔福科一族和波佐·迪·博尔戈一族合作。他反对波拿巴家族支持的大部分革命议题，如建立共和国、关闭修道院。保利也不让吕西安当自己的幕僚，甚至设法阻止拿破仑重任国民自卫军中校。既然科西嘉民族主义的化身如此决绝地抛弃拿破仑及其家人，他也就没法再当科西嘉民族主义者了。
在错综复杂、瞬息万变、个人主义强烈的科西嘉宗族政治中，波拿巴家族渐渐输给保利派。由于阅读、教育、在巴黎的日子、法国文化的浸润这些因素，就连拿破仑在仍是狂热的科西嘉民族主义者时，他的脑子里也充满了法国思想。奥地利和普鲁士大举入侵，威胁了大革命一下子提出的普遍理念。拿破仑也明白，科西嘉关心的事较之这些理念有多狭隘。接下来几个月，他越发地认为自己不是科西嘉人，而是法国人。多年后，一位市长试图恭维他：“陛下，您不是法国人，但您依然热爱法国，为它付出良多，这太令人惊奇了。”拿破仑说：“我感觉像被他打了一拳！我背过身去了。”[41]
1793年1月21日路易十六被斩首，以及此后在巴黎的公共安全委员会（Committee of Public Safety）的成立，都加速了保利派和波拿巴家族的分裂进程。某个目击者回忆，拿破仑听闻路易死讯后私下感叹：“噢！可怜的家伙们！不幸的家伙们！他们要经历无政府状态了。”[42]10月，玛丽·安托瓦内特也落得丈夫一样的下场。拿破仑认为处死国王是个昏着。“如果法国人温和一点，不杀路易，”他后来提出，“整个欧洲都会革命，结果这场战争救了英国。”[43]然而，当时他还是公开支持已经发生的事，写信件抬头时也开始使用共和国的称呼“公民”。[44]在西班牙、葡萄牙和意大利的皮埃蒙特-撒丁王国（Piedmont-Sardinia）对法宣战之后不久，法国在2月1日也对英国与荷兰宣战。欧洲君主国忽视瓦尔米的结论，联合起来惩罚弑君的共和国。1793年3月，国民公会建立公共安全委员会，7月时它实际上成了法国政府的执行机关。委员会的杰出成员有雅各宾派领导人罗伯斯庇尔兄弟与路易·圣朱斯特（Louis Saint-Just）。8月23日，法国政府颁布普遍征兵令（levée en masse）。根据此令，18岁以上、25岁以下的健壮男子皆需响应号召，捍卫大革命与祖国（la patrie）。法军原有64.5万人，普遍征兵令使其兵力翻了一倍还多，达到150万人，它也让全体国民在共和国命运背后团结起来。
战争迟早会爆发，但共和国政权对英宣战却是大错特错。当时，小威廉·皮特（William Pitt the Younger）[45]（1783年，小皮特掌权，当时他24岁，年轻得惊人）的托利党政府打心眼里反感弑君的法国。凭借其岛国的地理优势，英国将成为目前为止革命法国与拿破仑法国最执着的敌人，在接下来二十三年中，双方和平相处的时间只有十四个月。早在1790年，政治哲学家埃德蒙·伯克（Edmund Burke）的《反思法国大革命》就预言了恐怖统治与独裁者崛起。“相信我，”小皮特对伯克说，“我们会继续下去，直到审判日。”[46]仅仅十年前，英国还在美洲受辱。此刻，英国意识到，它有机会利用海军力量打击法国的海外贸易，使法国殖民地中立化或将其夺为己有，同时巩固自己的世界经济中心地位。小皮特与其继任者们坚决反对法国大革命及后来的拿破仑法国，此举不仅满足了道德与意识形态的迫切需要，也营造了完美的地缘政治意识，让英国有望取代法国成为世界霸主。为此目的，伦敦的小皮特政府发放大量政府间直接现金补助，资助一连串反法同盟（总计至少有七个），拿破仑管这些钱叫“皮特的黄金”。[47]
路易十六被处死后的下月（2月），拿破仑第一次领到重要的指挥任务。保利的外甥皮耶尔·迪·切萨里·罗卡（Pier di Cesari Rocca）将率远征军“解放”皮埃蒙特-撒丁王国的三个撒丁小岛，拿破仑负责指挥炮兵部队，他私下嘲笑罗卡是“晾衣架”。[48]海军将领洛朗·德·特吕盖（Laurent de Truguet）率领一支小型舰队从博尼法乔出发，其中有一艘22炮轻型巡航舰“刺莺号”（La Fauvette）。2月18日，拿破仑同其科西嘉国民自卫军登上“刺莺号”。23日晚，军队攻占圣斯特凡诺岛（San Stefano），该岛距马达莱纳岛（Maddalena）和卡普雷拉岛（Caprera）不过800码。拿破仑布置好他的加农炮，以便炮轰另外两个岛，次日，大炮的确冲它们开火了。然而，罗卡的军队中，普罗旺斯（Provence）应征农民人数最多，他们在“刺莺号”上发现，一身戎装、斗志昂扬的撒丁人正拥向海滩，看起来并不怎么渴望解放。于是农民哗变，罗卡遂放弃整个远征。拿破仑大怒，但他只能钉死加农炮，并把臼炮丢进海里。
拿破仑的第一次军事行动是耻辱的经历，但保利只派了1800人，如果他按照国民公会的要求提供1万人，远征可能会成功。拿破仑朝保利抱怨道，他的部队“完全没有战争必需品，没有帐篷、没有制服、没有斗篷、没有炮兵辎重，就这么行军了”。他补充道，支撑他们的纯属“成功的希望”。[49]新恺撒的初阵并不顺利，但他从中悟到了士气、后勤和领导水平的重要性，再多的学校课程也不及这次的教训深刻。
在接下来的四个月，保利政府更加亲英（1794年7月23日，英军在保利首肯下占领科西嘉岛）疏法，拿破仑尽力维持两大分立的忠诚感，即便某次争吵后保利管吕西安叫“毒蛇”（serpent）。不信神的革命党人处死路易十六后，叛徒在天主教影响深厚的法国西部旺代地区作乱，这些人被称作朱安党（Chouans），他们支持波旁王朝，对抗政府。巴黎遂向全国上下派遣国民公会特派员（représentants-en-mission，据说这些人还携带移动式断头台[50]），确保思想意识统一，而保利在阿雅克肖城寨加筑防御工事，拿破仑的选择空间于是更狭窄了。迟至4月18日，他撰写小册子《致国民公会》为保利辩护，但当月他也写了《致阿雅克肖市政府的请愿书》，力劝该镇宣誓效忠共和国。萨利切蒂下令以谋反罪逮捕保利，拿破仑遂需要紧急决策。为了“爸爸”保利，岛民造反了，他们烧毁萨利切蒂的傀儡像，砍倒共和派栽种的“自由树”。只有巴斯蒂亚、圣菲奥伦齐、卡尔维及上述地区的法军卫戍部队坚持拥护共和国。
在1793年4月的国民公会上，罗伯斯庇尔的雅各宾派在政治上取胜，这一事态明了后，与人合力打赢瓦尔米会战的吉伦特党人迪穆里埃将军随即叛变，投奔奥普同盟。迪穆里埃的背叛和其他危机导致罗伯斯庇尔大规模逮捕吉伦特党人，10月31日，其中22人在三十六分钟内被斩首。恐怖统治开始了。
5月3日，拿破仑试图去巴斯蒂亚与约瑟夫会合，但保利派山民（montagnards）扣押了他。博科尼亚诺（Bocognano，波拿巴家族在当地曾有房产）的村民很快释放了他，于是他能继续上路了。5月23日，保利派暴民把阿雅克肖的波拿巴宅洗劫一空，但他们没像某些记载说的那样烧毁房子（很可能也没造成太大破坏，因为四年后波拿巴宅的翻修劳务费只有131法郎）。[51]保利主导的科西嘉议会正式宣布波拿巴家族不受法律保护，不过他们在岛上的30位亲戚不受牵连。议会按捺不住，诬蔑莱蒂齐娅，说她的家族“生于暴政的泥沼，靠遗臭万年、沉溺女色的已故帕夏（Pasha）马尔伯夫栽培，在他眼皮底下过活”。[52]
5月31日，拿破仑和巴黎雅各宾政府代表、驻科西嘉特派员萨利切蒂试图夺回阿雅克肖，但失败了。次日，拿破仑写了《科西嘉省军政态势回忆录》，他终于谴责保利“满怀仇恨与复仇执念”。[53]此文是他挥别故乡之作。1793年6月11日，波拿巴家族乘“新信徒号”（Prosélyte）离开卡尔维，两天后他们在土伦（Toulon）上岸，自此告别从祖辈开始生活了约二又四分之三世纪的科西嘉岛。[54]科西嘉雅各宾派失势后，萨利切蒂也被迫逃往普罗旺斯。当月末，保利已奉英王乔治三世（George III）[55]为科西嘉国王。
拿破仑从未和故土一刀两断，尽管后来他只回去了一次：1799年，他从埃及回国时在科西嘉待了几天。1796年10月，拿破仑下令夺回科西嘉岛，他大赦岛民，只驱逐保利派最核心人物，不管怎么说，这些人都被流放了。[56]1807年，保利逝于流放地伦敦。拿破仑日后谈话时“怀着对保利的最大敬意”，但1793年6月13日，当他踏上普罗旺斯海岸时，他知道自己要在法国构筑未来。[57]
政治难民波拿巴一家抵达土伦，这个九口之家缺少父亲，几乎全靠莱蒂齐娅一生的积蓄及第4炮兵团上尉拿破仑的微薄薪水度日。此外，拿破仑就只能靠自己的教育和抱负支撑他们了。他把家人安置在土伦城外的拉瓦莱特村（La Valette），然后带着又一份离队原因证明去尼斯（Nice）加入他隶属的团，这一回，萨利切蒂在他的证明上签了字。幸运的是，孔帕尼翁上校需要每一个他能找到的军官，他麾下原有80名军官，但国王被处死、大批贵族离开法国后，只有14人还效忠共和国。
拿破仑在欧索讷的上司的弟弟让·迪泰伊（Jean du Teil）将军交给他一项任务——组织队伍护送火药至法国革命军中的意大利军团（Army of Italy）。7月中旬时，拿破仑转入南方军团（Army of the South）。南方军团司令、前职业画家让-弗朗索瓦·卡尔托（Jean-Fran?ois Carteaux）将军准备包围阿维尼翁（Avignon）的联盟派（fédérés，反雅各宾叛军），当地有一座重要军火库。7月25日，阿维尼翁陷落，虽然拿破仑当时不在场，但这次胜利成了目前为止他最重要的作品、政治小册子《博凯尔晚餐》（Le Souper de Beaucaire）的背景。从1792年1月开始，他的文章都包含军事或政治倾向。他描写自己青少年时期的幻想时所用的华丽散文辞藻听来如此虚假，如今他用这种文风描绘即将自饰主角的重大事件，它便呈现出更真实的壮丽色彩。1792年后，拿破仑不再给文学作品做笔记，他倒是写了阿雅克肖复活节事件记录、针对撒丁远征的自我辩护以及从英军手中夺取科西嘉的计划。
博凯尔村位于阿维尼翁和阿尔勒（Arles）之间，1793年7月末，拿破仑写了《博凯尔晚餐》，用虚构手法描述了当地旅馆的一次晚餐。小册子采用对话体，参与讨论的角色如下：卡尔托军队的一位军官，两名马赛（Marseilles）商人，一位蒙彼利埃市市民，一个来自邻近的尼姆（N?mes）的市民。小册子辩称法国形势十万火急，所以人们必须支持巴黎雅各宾政府，否则欧洲暴君和复仇心切的法国贵族就会取胜。代表拿破仑的角色对卡尔托评价颇佳，“今天这里有6000人，不出四天就会有10000人”，并声称卡尔托的全部战损仅有五死四伤。同样地，他预言以马赛为大本营的联盟派反对者将面临凄惨下场。拿破仑忍不住指涉自我、攻击保利：“因为最富有的家庭支持共和国统一，他就劫掠没收他们的财产，还与所有留在我军之人的祖国为敌。”[58]
小册子反映拿破仑确实是雅各宾分子，他用讽刺口吻评价联盟派：“每个知名贵族都急切盼望你们胜利。”其他用餐者只开了六次口，而且其发言的主要作用是引出军人的雅各宾式反驳。最终，他的雄辩说服了大家，他们痛饮香槟，一直喝到凌晨2点，“变得无忧无虑”。拿破仑把《博凯尔晚餐》手稿给萨利切蒂（现在他是国民公会驻普罗旺斯特派员）和马克西米连·罗伯斯庇尔的弟弟奥古斯丁（Augustin Robespierre）看，在他俩安排下，小册子以公费出版。《博凯尔晚餐》让雅各宾派认为，拿破仑是政治上可信的军人。
8月24日，卡尔托费了大功夫才夺回马赛。四天后，海军将领亚历山大·胡德（Alexander Hood）应上月叛变的土伦联盟派邀请，率英军、西班牙军和那不勒斯军进入土伦港，其兵力总计15000人。里昂起兵支持保王党，旺代（Vendée）发生了叛乱，西班牙军和皮埃蒙特-撒丁军侵入南部领土，普军和奥军则进犯东部边境，因此夺回土伦具有重大战略意义。9月7日，拿破仑就任第2炮兵团少校（chef de bataillon）。也许是因为科西嘉籍上校让-巴蒂斯特·塞沃尼（Jean-Baptiste Cervoni）的请求，下一周，他去奥利乌勒（Ollioules）拜访卡尔托司令部，该地正好位于土伦西北方向。[59]
巧就巧在卡尔托的特派员不是别人，正是萨利切蒂。南方军团右翼炮兵指挥官多马丹（Dommartin）上校已经负伤，副指挥官佩里耶（Perrier）少校不在队，卡尔托几乎不懂炮兵，正在物色替代人选。萨利切蒂与同僚托马·德·加斯帕兰（Thomas de Gasparin）劝卡尔托选拿破仑，尽管他只有24岁。拿破仑猜测巴黎军校的教育是他获得首次重大突破的决定因素。他后来说，炮兵部队缺少“饱学之士，全由中士和下士指挥，我了解炮兵军务”。[60]绝大部分法军军官是贵族，此时，大量贵族或移居国外，或被斩首，这严重削弱了军队的力量，所以拿破仑的年龄被忽视了。当然，他的盟友萨利切蒂监督卡尔托的任命，这一点也帮了他。
