16世纪20年代末，笼罩亨利的迷人光芒被消磨殆尽。他想要在海外一展抱负的雄心受挫，试图休掉凯瑟琳并迎娶安妮·博林（Anne Boleyn）一事亦进展不顺。此时，亨利的“玛丽玫瑰”号和其他船只已是破破烂烂，停在码头无人修缮，而他不得不面对身为一个欧洲国家君主的劣势，还有强大的查理五世——西班牙国王、辽阔的欧洲帝国和“新大陆”的统治者。亨利无法对罗马教皇施加影响，也无力向他的属国发号施令。
亨利在经过漫长的内心斗争后意识到：第一，英格兰是完全独立的帝国，任何外邦人都不能凌驾其上，即使是教皇也不行；第二，国王是臣民的宗教领袖，臣民当服膺他的威权。此等激进立场——经历了痛苦的酝酿——把他摆在了几乎整个欧洲的对立面，尤其是凯瑟琳被抛弃后，她的侄子查理五世认为自己肩负着坚决惩治异端的重大责任。西班牙是远洋海事强国，而且查理还以其强盛的海军力量统治着荷兰——他如果与法国和苏格兰结盟，就能对英格兰形成严重的海上威胁。
一个岛国如果正面临如此危情，依靠海军保卫自身的独立地位才符合常理。但英格兰并未立即这样行动。宗教改革（Reformation）持续了很长时间，其影响不是一时之间就能平息下来的。1533年，帝国使臣厄斯塔斯·沙皮（Eustace Chapuys）向查理五世进言，目前亨利的所有巨型船舰都无法使用，完全修复它们要耗费18个月。这其实就是在怂恿查理趁着英格兰实力下降、势单力孤之时大举入侵——沙皮是凯瑟琳的忠实党羽，但查理此时正忙于更重要的事务：和穆斯林世界的海战，和土耳其人的陆战。
沙皮的想法有一定的道理，亨利的巨型船舰确实已经被弃置了很久。不过英王还有其他战船可供调遣。1536年是亨利的多灾之年，国内爆发了以“求恩巡礼”（Pilgrimage of Grace）为名的叛乱，还面临着遭受入侵的威胁。包括“玛丽玫瑰”号和“彼得石榴”号在内的8艘巨舰被改建，“伟大哈利”号和“巨帆”号（Great Galley）被重新建造（“改建”意指在原有船体上进行翻修、扩建和改进；“重新建造”则意味着全部从头再来）。此外，还有新船编入了船队。
这个为战争而准备的雄心勃勃的项目由亨利的第二大财源支付。英王宣布从1534年起解散修道院，由此筹得维系海军所需的费用。
1539年，英格兰正面临遭受入侵的险况，这次的敌人是查理和弗朗索瓦的联军；可敌军真正打来的时候，英格兰海军呈现了前所未有的强盛之势。据法国使臣禀报，亨利的整个船队共有150艘船，其中包括征用的商船和威尼斯、拉古萨（Ragusa）以及佛罗伦萨的雇船。
这或许不是欧洲规模最大的海军，但在技术上是当时最领先的，尤其是武器方面。“玛丽玫瑰”号和其他巨舰在改建时都增加了主炮甲板，并在船侧安上了炮眼。据沃尔特·雷利（Walter Raleigh）说，“玛丽玫瑰”号的主甲板炮眼离吃水线仅18英寸。这样船上的大炮得以轰击敌船船身，给对方造成最为严重的结构性损坏。
海军的核心是那些浮动城堡一般的巨舰，其周围环绕着种类多样和型号较小的船。有把大炮安置在船桨上方的桨帆船，有把大炮放置在桨手上方平台上的加莱赛船（galleass）[44]，还有驳船、克拉克帆船和卡拉维尔帆船。其中也出现了葡萄牙武装快船（pinnace）——这种附随大船的小船靠帆桨行动，行速迅捷，并配有轻型火炮。这支海军剑走偏锋，是有意试验可用于战斗的帆船的形式，特意安排型号各异的船是为了应付各种不同状况。
行之有效的管理体系也在这一次就位。亨利在位早期，一套以某个人为中心的临时制度开始形成。都铎政权早期，威廉·贡松（William Gonson）大放异彩，功绩卓著。他在伦敦城（the City of London）做生意和当船主时聚拢了大笔财富，不过他同时还涉足皇室和政治权力的中心——他是亨利的传令官，并且身兼国库出纳之职。贡松还运用自己的航运经验指挥由皇家船只和雇佣商船组成的海军中队。指挥海军的往往就是这些将贸易活动和服役皇室相勾连的人，贡松正属此类。
他在仕途上的晋升得益于当权者对其才干的赏识，但他自身的实力则源于对财政大权而非官职的掌控。伊里斯（Erith）和德特福德（Deptford）两地的仓库由贡松看守，这似乎是一个没什么前途的职位。亨利在位期间，官位卑贱者往往能平步青云，飞黄腾达。在海军方面，贡松听命于托马斯·沃尔西（Thomas Wolsey），后来又到了托马斯·克伦威尔（Thomas Cromwell）[45]麾下。作为忠诚奉职的回报，他可以直接动用国库的钱款并和自己中意的人签署合同，为皇家海军提供补给、维修和军粮。这样，贡松就在海事领域有了权势，并且能够接触到巨量的现金储备。
20年间海军都由贡松一手把持。出海时他是领航的舰队司令，驻港时他负责维护事宜。但1541年他的儿子因叛国罪被处死后，不知是因为儿子的死，还是因为英格兰陷入战争后独力经营海军所承负的巨大压力，贡松在1544年自杀身亡。整个海军系统随之崩溃。
此事对英王是一个沉重的打击，他花了两年时间才将这个窟窿填起来。贡松的位子由“海事理事会”（Council for Maritime Causes）接替，史称“海军部”（Navy Board）。其中三个常设职位是此前已有的：船只书记员（Clerk of the Ships）、审计官（Clerk Comptroller）和仓库管理官（Keeper of the Storehouse）。另外四个新增的职位是：副将（Lieutenant，亦称Vice Admiral，舰队副司令）、财务官（Treasurer）、船舰监造官和帆手（Surveyor and Rigger）、军需官（Master of Naval Ordnance）。人们把担任这些海军职位的人称为“核心军官”。
这套曾以众大臣及其指派任命的成员为核心的体系，现在迈出了走向专业化的第一步。任职者可以领到数目公允的薪水。詹姆斯·贝克（James Baker）是第一位由皇家海军直接聘用的造船师。到了1548年，海军又聘请了其他三位船匠和铸锚匠，此外还有若干书记员、供应商、仓管员、守卫、看船人、杂役和驻船牧师。
主宰了皇家海军整个中世纪的特设体系并未从此销声匿迹。粮草供给的重任还是落在了一个外人肩上，此人就是绰号“鳕鱼干”（Stockfish）的温切斯特主教斯蒂芬·加德纳（Stephen Gardiner）。一有战事，还是按照自古以来的传统，由贵族和大商人指挥海军，从渔船和商船上征召船员。
然而，无论规模还是实力，16世纪40年代的整个亨利海军并不能满足这位国王的凌云之志。1544年，他向自己的海上属臣宣布了一项声明，授权属臣们可以不受任何法律限制攻击国王的敌人。一个世纪前，英格兰海盗的声势曾攀至顶峰，但随后的几十年中，他们一直受到都铎王朝的严厉打压。现在，这只恶虎再次出笼。
英格兰的水手抓住了这次机会。威廉·霍金斯放弃了正快速发展的大西洋贸易，转而投身本国海域的私掠（privateering）[46]活动，这里的利润更为丰厚。越来越多的贸易商开始放下手中的活计，投身于此。16世纪一个至关重要的历史时刻就此到来。
对穿梭于浪涛的海客们来说，战事的波及范围并不仅仅局限于英格兰敌国。霍金斯心中有仇未报。长年以来，霍金斯之流和伊比利亚人（Iberian）[47]之间的贸易往来相当融洽，但这种局面因亨利离婚和宗教改革而荡然无存。出国探险的英格兰人遭到西班牙人满是敌意的对待。而对于西班牙人和葡萄牙人在欧洲以外的贸易中的垄断地位，霍金斯等人也早已心生不满。毕竟，他们之所以敢自命不凡地瓜分世界，仰赖的不过就是教皇的权威。但英格兰人反对这种权威，此时更已将之定为教门异端。
在心怀雄图的贸易商们看来，梦想着建立寰宇帝国的伊比利亚人显得无比狂妄自大；查理五世一边凭借从“新世界”攫取的财富来征服“旧世界”，一边不断强化天主教的权威，竭尽全力成为世界的主人。1544年和1545年，亨利急切地向海客们求援，这为英格兰人提供了绝佳的机会。他们不仅攻击法国与苏格兰的船只，还以西班牙参与或有可能参与和敌人的通商活动为由，对西班牙船只发起同样猛烈的攻击。
不受约束的混战给亨利惹来了大麻烦。查理五世已经视英吉利海峡为要冲重地。登基初期他忙于意大利的事务，而到了16世纪40年代，荷兰引起了他的注意。此地在查理的帝国版图中，既是最重要的也是最棘手的。现在这条欧洲经济的命脉正滑向新教阵营，查理誓要遏止这一趋势。因此，要想维持西班牙经济的繁荣以及实施查理对帝国的规划，英吉利海峡和爱尔兰海就成了必争之地。疯狂劫掠的英国航海者们将形势推至了危险境地。
查理在战事正酣时转身与亨利为敌。为了反击海盗，他扣押了英格兰在“低地国家”的船只和货物。此举的唯一后果就是促使更多的商人加入海盗的行列。私战中有一个举足轻重的人物叫罗伯特·瑞尼格尔（Robert Reneger）。他和霍金斯一样，与伊比利亚、巴西贸易时积累了十分可观的财富。他深陷当时的宗教浪潮，认为西班牙在宗教上的偏狭固执和法兰西的海盗势力正威胁着自己今后的人生。1545年，他发动了一次货真价实的巧妙突袭，俘获了正从圣多明各（San Domingo）返航的西班牙运宝船“圣萨尔瓦多”号（San Salvador），一场巨大的外交风波也由此引发。人们突然间发现，西班牙帝国没有想象中威武强大，实际上相当孱弱可欺。当时武装轻简的西班牙人正自信满满，结果在圣文森特岛被瑞尼格尔的4艘船轻而易举擒下。
亨利大感头痛，此时他正全身心投入与法国的战事，罗伯特·瑞尼格尔却把他拉向了和查理帝国开战的危险边缘。但瑞尼格尔同时也带回了巨大财富，他的战绩着实将伟大的天主教帝国嘲讽了一番，英格兰的海上威名也因此远播四方。朝中大臣与群僚鼓动他继续照此行事，并瓜分其利。不论居庙堂之高还是处江湖之远的人，都将罗伯特视作英雄人物。
英格兰西境的航海者和伦敦的贸易商竞相成为下一个罗伯特·瑞尼格尔。贵族、城市商人以及西境的士绅，或资助或亲自率领武装民船出海，想要大捞一笔，挣一个不朽功名。其中就包括托马斯·温德姆（Thomas Wyndham），他曾在爱尔兰为克伦威尔效力，并参加亨利的队伍抗击苏格兰军队，这些经历磨砺了他的军事技能。很多像温德姆一样风光体面的人物转身加入海盗行列。海军大臣莱尔（Lisle）写道：“南方来的西班牙人、葡萄牙人或者佛兰德人，我国的冒险者把他们都抢了个遍，有些人自称是苏格兰人，有人还戴起面罩来。”[48]
在此情形下，国王已经无力控制局面。安特卫普的人抱怨道：“一艘船要是不被英格兰人留下些什么，肯定走不了。”[49]对一些获利颇丰的枉法之人，惩罚还是有的。比如为了安抚西班牙方面的情绪，威廉·霍金斯被象征性地关了一小段时间。托马斯·温德姆因为抢夺一艘西班牙船而被罚款。但罗伯特·瑞尼格尔不在此列，携“圣萨尔瓦多”号归来后不久，他就到亨利驻扎在南安普敦沿海的船队任职去了。
国王正需要像瑞尼格尔这样富有海战经验的战士。1545年，英王的战船和私掠船控制着英吉利海峡，法国人对此并不甘心。一支入侵大军正在塞纳河河畔集结待命。船的数目大概在150～200艘，其中有30艘是战舰，25艘是地中海桨帆船。这支水师搭载了3万～5万人的部队。他们的目标是将南安普敦和朴次茅斯变为废墟，并全力摧毁英格兰舰队。
亨利海军停驻的主要港口是泰晤士河口（Thames Estuary），但是此时西南向的盛行风对法国人有利，英军可能会因此被困在泰晤士河中，使得南部疆土任人宰割。春、夏、秋三季，能够让海军停留在英吉利海峡的仅有朴次茅斯和南安普敦两个港口，它们是守卫英格兰的枢纽。法国人如果能把这两个港口夷为平地，英国人在布洛涅将不再有立足之地，英吉利海峡对法国商人而言将是一片坦途。
海军大臣莱尔手中有80艘船，以对抗法国入侵大军。7月19日，它们正停靠在朴次茅斯港整装待发，国王亲自前来检阅这支军容雄壮的海军。当时他正在“伟大哈利”号上享用晚餐，突然间法军逼近朴次茅斯的消息传来。亨利命人爬上高处查看。果然，怀特岛外是不计其数的船帆。国王急忙离开庞大的旗舰，在众人簇拥下到了岸上的防御工事之中——此处可将战况一览无余。
法国船队占据了怀特岛东岸的圣海伦斯（St Helens），从这里可以尽览朴次茅斯港入口的情形。海面风平浪静，桨帆船借此良机划进索伦特（Solent）海峡，英军船舰一旦离港，就会进入巨型蛇神大炮的射程。
形势已然紧急，可海面上却一丝风都没有，英军根本无法出击。下午晚些时候总算起了一阵小风，英军这才得以出港。为防止法军的桨帆船出击之后就迅速退回舰队，攻击桨帆船成为英军的当务之急。“玛丽玫瑰”号打头阵，从船舷发射的猛烈炮火正可对付那些偷偷摸摸的桨帆船。就在它驶出港口、冲向法军桨帆船的时候，整个船体开始在风中倾斜。“玛丽玫瑰”号右舷一番轰鸣之后，左舷正要再来一次齐射，突然间一阵风刮来，船体再次发生倾斜。
右舷的炮口还是敞开着的，海水汹涌而入，“玛丽玫瑰”号随即迅速下沉。防止敌人登船的织网密布整个甲板，船员自己也被困住，无法逃生。最终415人中只有30人逃出生天。事后，“玛丽玫瑰”号的船员被指责酗酒失职和违抗上命。法国人则声称是他们的致命一击把船击沉的，但只要看看被击沉的法军船舰上那点可怜的炮火装备，就知道这显然是妄说。极有可能是因为船体经历了整修，又装载了大量的枪炮，结果在遭遇强风时发生了致命的剧烈倾斜。四敞大开的炮口更是雪上加霜。国王在听闻噩耗后惊呼道：“哦！诸位！哦！我英勇的战士们！”
那阵小风不久就停息了。之后，英格兰舰队余部凭借对潮汐的熟稔运用驶出了港口，他们的意外出现让桨帆船队慌忙溃退。法军在怀特岛登陆，战况陷入僵局。“玛丽玫瑰”号的沉没让法军处在了始料未及的优势地位，但上将克劳德·德·阿内博尔（Claude d’Annebault）几番糟糕的尝试未能将这种优势保持下去。随后几天的海面一直风平浪静，加上补给短缺和疫病出现，法军只得承认登陆英格兰已不可能，入侵行动也付之东流。
统率大军的安内博尔对入侵作战并不上心，压力来自法国国王弗朗索瓦，他几次三番敦促他的上将与英军交战。而身患痛风的安内博尔在干燥的岛上一刻也待不下去，于是带着浩浩荡荡的船队回到苏塞克斯海岸。与此同时，海军大臣莱尔正在重组水师，从英格兰西南诸郡招纳大量的船后，船的总数剧增到了104艘。它们分为三层排列：第一层是从汉萨同盟租来的大型商船，开战时在最前面吸引炮火；第二层是主战战船；接着的第三层由战船和征召来的商船组成。整个阵容的两翼则是桨式战船——桨帆船、加莱赛船、大舢板（rowbarges）[50]。
英格兰海军起锚后在肖勒姆沿海看到了法国人的踪影。结果和此前一样，海风再次偃息。双方都只能眼睁睁看着对方，什么也做不了。最后是法国桨帆船打破僵局，率先发起攻击。它们的群射收效甚微，英军加莱赛船漂亮地避开了攻击。夜幕降临，双方紧挨着抛锚。
可第二天晨光微露的时候，法军竟已全无踪影。后来英军从“伟大哈利”号的瞭望台上看到他们正向海中行驶，可这时海风再一次停歇。事后英方才发现，是安内博尔带着船队返回塞纳河了。弗朗索瓦大为光火，霜刃未试的莱尔和英军将领们深感被骗，而法国海军军官们则为了这次三心二意的远征而争吵不休。
皇家海军在亨利的诸多战事中其实只是一个装饰品，但在16世纪其内部运作发生了重大转变。1547年亨利离世时，皇家海军共有54艘船，负责指挥它们的司令官们都是练达老成之辈，在需要的时候，他们会把那些在私战和皇家服役中久经战场的将官们召集起来听命待用。此时的皇家海军已经有了常设的基地和仓库，有固定的船工，枪炮也由国内的冶铁业供给。作战基地设在朴次茅斯，船舰从这里出发后可以威慑法国海岸线并横扫整个英吉利海峡。修缮维护的地点设在法国舰队鞭长莫及的泰晤士河口。此外还有沿海要塞和一整套烽燧体系为海军提供护卫。毫无疑问，英国皇家海军已跨进了现代海军的行列。
但维护海军的开支是十分巨大的。皇家海军在16世纪40年代就吞噬了整整100万英镑。亨利的儿子爱德华六世继位时，对法国以及苏格兰的战争已经将国家经济弄得千疮百孔。
可新一代的朝臣、海军将领、商人、航海者和贵族们却无意就此止步，放弃去远海中获取财富与荣耀的非凡机遇。虽然亨利依靠私人力量解决海战的尝试未能成功，但是大洋上往来的惊人财富深深印入了英国人的心中。掠夺之心蠢蠢欲动，就连肩负督护之责的海军也按捺不住了。
海军大臣托马斯·西摩（Thomas Seymour）是爱德华六世的叔叔，盘踞在锡利群岛（the Scillies）的海盗就是他的人马，这让海军维持海上秩序的努力大打折扣。而负责弹药供给的军需官托马斯·温德姆本身就是一个彻头彻尾的海盗。一时间，人们可以在探险家、海盗、朝臣和海军将领这些身份中任意切换。
1550年后，安特卫普的逐渐萧条迫使商人们开始另辟财路。而远海探险这个话题在亨利八世离世后又重新热闹起来。约翰·卡伯特之子——探险家塞巴斯蒂安（Sebastian）于1547年应召回到离开多年的第二故土。垂垂老矣的塞巴斯蒂安虽已不复往昔峥嵘，但他的加入象征着那些曾赞助约翰·卡伯特并同他一起探险的老一辈英格兰人和爱德华继位后雄心勃勃的新一代人之间的一种延续。塞巴斯蒂安得到议会领军人物的支持，其中包括摄政王萨默塞特公爵（Lord Protector Somerset）和诺森伯兰伯爵（他也曾像海军大臣莱尔一样统领过英格兰海军）。众多商人和海客也闻讯而来，急切盼望塞巴斯蒂安能带他们一开眼界。
卡伯特渊博丰富的知识让所见所闻都囿于狭小国境的英格兰人大开眼界，人们希望到海外探险的热情高涨起来。跃跃欲试的众人整天围着卡伯特问这问那。英格兰岛已经有几十年没出现过这般航海探险的热潮了。至于探险的目的地，大致分三类：黎凡特（Levant）[51]，葡萄牙人占领下的西非，由北部航线所连通的远东。先说说黎凡特，英格兰人在有些地方很不受待见，黎凡特正可以锻炼他们如何化解远程探险中遭遇的排斥与抵触。身兼海盗和海军中将双重身份的托马斯·温德姆开启了和西北非的常态化贸易往来。其第一次航行是在1551年，他的“雄狮”号（Lion）从布里斯托尔出发时，“船上塞满了货物，武器也装得满满当当，有大量的莫里斯长矛、手枪、盔甲以及众多其他战时装备”。后知后觉的英格兰人急需武器。温德姆劫掠本国海域内的别国船只犹如砍瓜切菜，现在到了千里之外的外国殖民地，他又干起了老行当。他无视葡萄牙人的存在，前往巴巴里海岸（Barbary Coast）和几内亚（Guinea）的两次航行都非常成功，却在第三次航行途中命殒贝宁湾（Bight of Benin）。虽然后来船上的幸存者寥寥无几，但整个航行仍然获利不菲。
1553年5月10日，一支身着天蓝色制服的英国探险队从泰晤士河河边的拉德克利夫（Radcliffe）出发了，沿途有成百上千的伦敦市民欢呼雀跃着为他们送行。探险队行经格林尼治（Greenwich）时还向岸边病榻上的爱德华六世鸣炮敬礼。这在欧洲其他地区也引起了诸多讨论。此番由宫廷朝臣和都邑权贵出资筹集的远航探险，如果真的在伊比利亚人划定的既有世界格局之外开辟出一条新的东方航线，对身具教皇祝福之殊荣的伊比利亚人将是不小的打击。帝国大使在给查理五世的信中称英格兰人正在寻找从东北方向通往远东的新航道：“他们认为新航线将大大缩短航程，对英格兰岛来说尤为便捷，可以据此运输‘克塞斯’（一种羊毛布）到那边的国家交换香料和其他货物。”
结果却远非如此，他们还没找到通往中国的航线就在途中冻死了。但人们投身探险大潮的强烈欲望由此而苏醒。一时间，英格兰似乎已经踏上了海上强国之路。
正当英格兰的探险者和商业冒险家要和那些海上巨头们一争高下的时候，风云突变。1553年，年仅15岁的爱德华夭折。他的姐姐玛丽决意让英格兰重归罗马天主教廷。玛丽的丈夫菲利普（Philip）是查理五世的儿子与王位继承人，已袭那不勒斯王位，哈布斯堡王朝广袤疆域中的一大块也将归其名下。让许多英格兰人恐惧的是，菲利普已成为王夫。裹挟着丈夫的赫赫声威，玛丽登上了英格兰王位。在位期间她一再重申禁令：不得与葡萄牙和西班牙两国势力搅扰对抗。
信奉新教的探险家们对此项禁令非常不满。宗教改革运动正风起云涌，教皇承认西班牙与葡萄牙瓜分大西洋的诏令成了激化矛盾的导火索。人们开始质疑西班牙对大西洋的主宰权。在西班牙自己看来，这是天命神恩；但在兼具商人之贪婪和清教徒之狂热的新一代英格兰人看来，这就是一个站不住脚的异端邪说。
持此态度的英格兰人并非空口叫嚣。当时陆军、海军和私有船舰装载的加农炮都是青铜做的，耗资巨大，一般人承担不起。可是英格兰蒸蒸日上的冶铁业打破了这个格局，铁制枪炮数量充裕，成本也只有欧洲加农炮的五分之一。铁铸装备虽然品质赶不上青铜，但是其制造成本极为低廉，以致普通运货商船都可以被改造成火力凶猛的海盗船。武器价格的下降让原本就劫掠成性的英格兰人开始对世界航运线路构成威胁。英格兰海客们看见满载货物的船只从不手软，现在他们又有了充裕的武器，结果那些体积规模比他们庞大的外国船舰和殖民地据点顿时就招架不住了。海事史中的新篇章即将翻开——肯特郡威尔德（Weald）的熔炉和锻造厂正是其源头。
大西洋自此陷入无序与战乱之中——几百年来，笼罩着不列颠群岛海域的混乱无序经由英国航海者们开始向外蔓延，到了海上的东西就不再是受保护的个人财产，依靠改装的船只和廉价武器，他们把抢劫掳掠的触角伸到了遥远的大西洋深处。在这片茫茫无际之处，英国人学会了一种全新的战斗方式。
