1543年，16岁的菲利普二世执掌西班牙。1554年，他继承了那不勒斯王国，同年他与玛丽·都铎并结连理，并因此成为英格兰国王。其后他又于1555年继承了勃艮第公爵的爵位与领地，1556年继承了西班牙王国。同时，新西班牙（即墨西哥）、西印度群岛、秘鲁（Peru）、智利（Chile）和菲律宾（Philippines）也都是他的领地。守卫帝国在欧洲的广袤领土正需要从新世界运回来的财富。但菲利普王冠上最闪亮的明珠、帝国疆域中最为富饶多产的欧洲领地，还得算荷兰。
1568年，这些都乱了套。西印度群岛的形势还不是危机的根源；圣胡安事件虽然十分让人头疼，但从大局来看还不是什么举足轻重的大事。正当霍金斯闯入帝国的新世界领地时，英吉利海峡爆发了更为严峻的危机。在法兰西胡格诺派教徒的武装民船的追击下，几艘菲利普的航船躲进了普利茅斯港。约翰的哥哥威廉·霍金斯会见了他们，并说服他们将货物运到岸上的防御工事中，以防出现什么意外。西班牙人同意了，船上所载货物是数量惊人的银币。
银币刚进入英格兰的保护范围，女王就盯上了它们。这是热那亚的银行家们借给菲利普的贷款，将作为军饷被运往荷兰，帝国军队正在那里平定一场声势浩大的叛乱。伊丽莎白决定将这笔贷款收归自己使用。
菲利普大发雷霆。西属荷兰乃是他整个帝国经济的命脉所在。更紧要的是，加尔文教派在煽动丹麦叛乱。在菲利普看来，守护天主教的纯洁是上帝赋予他的使命，他必须不惜一切代价镇压这场政教双重叛乱。只可惜，扼守西班牙和荷兰之间航线的这座岛屿的居民民风粗野，既好战成性又散漫无序，而且信奉的还是新教。
地处欧洲边陲，它原本是一个无足轻重的破败岛国。从亨利七世到伊丽莎白，历代国王或女王都畏缩在西班牙帝国的巨大身影之下，一向与哈布斯堡的君主们修好和睦，从不敢有违逆之举。但此时的英格兰在海上到处惹事。从眼前这堆烂摊子的背后，菲利普看到了伊丽莎白的身影。她一边煽动丹麦的加尔文教徒，还一边资助信奉新教的胡格诺教徒，帮助后者对抗法兰西国王。菲利普认为这是多股新教势力在合谋串通，主使人正是伊丽莎白。抢夺白银之事终于让他忍无可忍。眼看着他在荷兰的征战将因此而被迫中止，菲利普报复性地扣押了英格兰在西班牙境内的资产。
丹麦加尔文教徒、法国胡格诺教徒和伊丽莎白治下的英格兰有一个共同点：要想对菲利普蔓延全球的大帝国做出实质性的伤害，他们都只能从海上出击。为了突破西班牙的封锁，杰出的海军上将加斯帕尔·德·科利尼（Gaspard de Coligny）率领法国的胡格诺教徒远涉重洋，前往新世界开辟殖民地。这股海上势力的大本营设于拉罗谢尔。丹麦的“海上乞丐”组织由一帮荷兰来的武装民船组成，基地也设在这个布雷顿（Breton）港口，他们在伊比利亚半岛和荷兰之间劫掠西班牙运输船。1568年，为了回击菲利普没收英格兰货物的举动，英格兰航海者们加入了新教兄弟的行列，与西班牙不宣而战。
约翰·霍金斯也投身其中，他主持了一次前往布列塔尼的远航探险。和此前一样，这看着似乎是一次商业远航。而实际上，他在向拉罗谢尔的胡格诺教徒运送食物、武器和钱币，回程时又载上红酒、盐以及从天主教堂里抢夺来的铜钟。体型巨大的铜钟融化后可以铸成大炮，再用来对付天主教势力的船舰。
富庶的西班牙商人在英吉利海峡的狭长海域中时而遭遇剪径突袭的新教徒海盗。英格兰南部沿海成了海盗盘踞的巢穴，英格兰港口则成了他们卸载和出售赃物的乐园。英格兰水域再次进入不受管束的状态，让一批胆识过人的雄才攫取了巨额财富，但这种氛围同时也起到了战略作用。菲利普从西印度群岛获得的财富原本是用来维系军队的，结果却养肥了他的敌人。
小吨位的船舰是这些劫掠行动的主角，它们紧贴海岸周围的区域活动。有少数私船为了搜寻西班牙货船，一直行驶到了加那利群岛和亚速尔群岛附近。而弗兰西斯·德雷克所行较之更远。
他选择了帝国巨人最薄弱的软肋——巴拿马地峡（Isthmus of Panama）下手，此地乃是连接秘鲁银矿和欧洲战场的枢纽。数量惊人的白银由驴车从秘鲁运到运宝船上，一路上防御极为松懈。德雷克针对运宝船和巴拿马地峡附近的营地发动了多次袭击，掳获了不计其数的财宝。他几次回国都带回了令人瞠目的财宝。一时间，德雷克富比陶卫，无人不晓其名。
对丹麦的“海上乞丐”和法兰西的胡格诺教徒而言，和菲利普之间进行的海战是其生死存亡之所系。但英格兰的形势要缓和得多。女王伊丽莎白极具谋略。她深知自己不可能真正击败菲利普，甚至都不希望成为西班牙帝国在新世界中的敌人。维持自己在荷兰的稳固地位才是她的真实意图：西班牙是这些自治城镇和省郡的领主，却没有绝对的支配权。如果西班牙被赶出荷兰，法国人就会乘虚而入，那将成为英格兰的噩梦。但如果强大的菲利普在荷兰立足，他将使这些省份成为入侵英格兰的据点。英格兰王位的继承人是苏格兰女王玛丽，她是一位天主教教徒。已有证据表明，西班牙国王正密谋行刺伊丽莎白，然后让玛丽掌权。虽然不是在一线战场和菲利普对峙，对方压倒性的实力还是让英格兰的新教势力十分忌惮。正如伯利勋爵（Lord Burghley）一贯主张的，荷兰的叛乱势力才是英格兰的第一道防线：“倘若他们被镇压了，英格兰也就大祸临头了。”[58]
纵容霍金斯和德雷克这样的人远涉重洋，劫掠西班牙帝国的海外基地，虽极具风险但回报也很可观。每一次劫掠菲利普的贵重金属和大宗香料，尤其是用于镇压荷兰人的海量钱币，都削弱了他在欧洲战场上的实力。霍金斯将西班牙在海面上的弱点展现给了世人。这确实是菲利普的软肋，结果又碰上伊丽莎白麾下那帮黩武好战的大臣对这一点抓住不放。
霍金斯和德雷克这样的雇佣兵对女王来说是十分理想的选择，他们提供了充足的回旋余地。如果他们真能带回财宝，这正合伊丽莎白的心意，而且缩减了西班牙帝国在战事上的投入。万一他们没能满载而归，甚至引发两国关系恶化，女王也可以和他们撇清关系，申明他们只是普通罪犯而已，没有得到自己的任何授权。而且这些人的属性是灵活可变的，是友是敌全看当时英格兰和西班牙是何种关系。1572年，为了利用西班牙制衡法国，伊丽莎白下令禁止“海上乞丐”进入英格兰港口，霍金斯等海盗头子也摇身一变成了朝廷命官，并被派去清剿海盗。
1577年，荷兰再次受到来自西班牙的威胁。伊丽莎白此时只能暗中施以援手。同年，约翰·霍金斯担任皇家海军财务官，弗朗西斯·德雷克成为一支海军中队的统帅，进行了数次神秘隐晦的出航。
霍金斯从岳父本杰明·贡松手中接过了海军部财务官的职务。自16世纪20年代起，贡松家族就一直把持着皇家海军，霍金斯继承的乃是家族事业。海军部成员大多长期在此供职，且有密切的宗亲关系。威廉·温特从1549年起担任海军部船舰监造官，1557年后又担任军械长（Master of Ordnance）。他的哥哥乔治在1560年至1582年是负责管理女王名下船舰的书记员（Clerk of the Queen’s Ships）。海军部审计官威廉·霍斯托克（William Holstocke）的仕途发端于贡松在地中海东部沿岸的贸易事业，那时他在贡松名下的船上供职。所有这些人不仅在政府供职，也热衷于参加皇家战舰的海上行动。
此外，他们还频频参与大西洋上的非官方交战以及英吉利海峡的私掠勾当，名下都有私掠船以及相关投入。贡松与温特家族就曾资助过霍金斯最早期的远洋航行。同时他们还是忠实的新教信徒，有着狂热的反西班牙主张。1554年，威廉·温特曾帮助简·格雷（Jane Grey）与玛丽·都铎争夺王位，亦在同年卷入托马斯·怀亚特叛国事件。海军部每周的议事会由海务大臣克林顿勋爵（Lord Clinton）主持。克林顿于1550年首次出任海务大臣，在普遍资历深厚的海军部成员中也算是老资格了。他和自己的下属一样，大力鼎助私人战船的发展。另外，在简·格雷和玛丽争夺王位时，他还用武力控制了议会所在的伦敦塔，以支持简·格雷登上王位。
约翰·霍金斯在这帮奋勇进取的同僚中如鱼得水。在行事目标和运行机制上，女王的海军和一向目无法纪的英格兰海帮（seafaring community）可说是如出一辙。伊丽莎白统治英格兰的时代，海军部崛起，成为举足轻重的专设机构。除了常设职位以外，还有大量其他人员被雇用和留任。统管船坞大小事务的造船总长就是其中的核心人物。此外，海军部还雇用了水手看管船只，以及信差、造船师、木匠、车匠、铁匠，德特福德还专门有一项在干船坞保管栓塞的差使。润滑整个海军运作系统的食物供给这一环节也安排得更为妥当有序，他们聘用了专职人员负责储存与分配海军的必备物资，以及食物和啤酒。军械部（Ordnance Board）成立得更早，它掌管枪炮和弹药的制作、出售和保养，也是一个相当完备成熟的机构。它和海军部虽分属两部，但二者间有着千丝万缕的联系。船舰和海岸炮台的枪炮弹药均由军械部提供。
1547年亨利离世的时候，海军共有50艘船；等到1558年伊丽莎白即位的时候，所剩战船已经寥寥无几。威廉·温特上呈了一份具有里程碑意义的报告，提出需要制定战略规划来引导海军的发展。海军应当保持24艘吨位在200吨到800吨的常设船舰，并且以600吨以上的中型盖伦帆船（galleon）为主力。遇有战事，就以这支小型的核心舰队统御整支海军。温特还详细列出了45种可用作战船的私人船只。
16世纪50年代晚期至60年代早期，英格兰议会和财政部对由自己供养着的皇家海军表现出蓬勃的热情，投入颇多。此起彼伏的拉锯声和敲钉子的声音日夜不停地回荡于德特福德、伍尔维奇（Woolwich）、朴次茅斯和吉灵厄姆（Gillingham）等地。这一番举全国之力的造船大潮可谓盛况空前。1559年，当时的干船坞中共计有520名造船师、100名役工，这在当时是一支非常庞大的建造队伍。一番汰旧补新之后，船队维持在了24艘船左右的理想规模。到1564年，正当盛年的女王为自己增添了14艘新船。“伟大哈利”号、“彼得石榴”号这样的高大巨舰已被淘汰。尽管海军部众人仍旧喜爱采用大型船舰来守卫英格兰海岸，但它们已不像亨利时代的巨舰那么庞大，船身线条也更为流畅优美。“伊丽莎白·乔娜思”号（Elizabeth Jonas，680吨）、“凯旋”号（Triumph，740吨），以及由商船改造而来的“胜利”号（Victory，800吨）和“伊丽莎白·博纳旺蒂尔”号（Elizabeth Bonaventure，600吨）就是这批新船中的代表。
伊丽莎白时代的海军极为重视传统的延续和经验的积累。得益于海上私掠经历的锤炼，海军部众人已经能完全适应现代海战的要求。16世纪60年代和70年代，皇家海军都在全力建造一种新式战船——既有剽悍的战力，同时其成本又在英格兰这个资金紧张的小国的承受范围之内。此外，贡松和威廉·温特革新了海军的炮火装备，为女王的战船配备了蛇炮（culverin）——此炮相较以前的大炮不仅射程更远，而且准度更高。
不过在皇家海军所经历的这一番革命性蜕变中，真正的核心人物还要算以下几位造船长：彼得·佩特（Peter Pett）、马修·贝克（Matthew Baker）和理查德·查普曼（Richard Chapman）。彼得·佩特从孩提时代起就在皇家船厂工作，自1523年起再也没离开过。贝克是他的学徒，于亨利八世统治后期加入船厂。查普曼也是他的学徒。皇家造船师和海军部的成员一样，传承了16世纪以前悠长久远的时光里积累下来的记忆和经验，对巨型战舰、加莱赛船、桨帆船以及大舢板俱皆详熟。1570年，他们建造了新式盖伦帆船“远见”号（Foresight）。1573年，堪称现代战舰先驱的“无畏”号（Dreadnought）横空出世。它的吨位达到700吨，舰身总计搭载31门炮。炮火装备达到了全舰总吨位的4.43%，这是一个非常了不起的成就。还没有哪艘船能以这样的吨位搭载如此多门巨炮，“无畏”号举世无双。1577年下水的“复仇”号（Revenge）火力凶猛，以区区400吨的吨位搭载了42门威力惊人的重炮。
“黄金雄狮”号：典型的英式盖伦帆船
人们习惯称这批新船为“快速大帆船”（race-built galleons）。它们是皇家海军造船史上浓墨重彩的一笔。看到“race”（意为“赛跑”）一词时人们会觉得这些船在速度上颇具优势。确实如此，但其实这里的“race”一词是从“raze”（意为“夷为平地”）来的——新式战船在甲板以上的建筑被压低了高度，有的甚至什么都不建，船头在这方面的改造尤为明显，另外船腰部位的干舷（upperworks）[59]也大大缩减。整个吃水线以上的船体很像一弯斜斜的新月、一片切好的香瓜，轮廓从船尾的尾楼下行到船腰，然后再降至船头，顶端是一根醒目的船首斜桅，仿佛要刺入水中一般。它的水下部分模仿了地中海桨帆船，线条纤细。船腰被加宽了，船腰到船尾的部分越来越窄，近似锥形，这样船尾比之前狭窄了不少，然后就是高高耸立的艉楼。
和欧洲的其他船型相比，英式盖伦帆船有更高的长宽比，有时甚至能达到3∶1。船身变得更为狭长，稳定性提升，船舷两侧安置的大炮火力更猛，数量也更多。船头的斜桅模仿了地中海桨帆船，船尾和风帆系统则取法北欧帆船。这种设计解决了困扰几代造船师的难题。盖伦帆船对阵其他帆船时有压制性优势，因为它的船头安有重炮，可以直接向前方轰击，而其他帆船只能从船侧开炮，这大大削弱了后者作为进攻型武器的杀伤力。可以分水破浪的船首斜桅堪称战船设计上的重大突破：它将桨帆船纵向开炮的灵活性和普通帆船船舷上的重火力合为一体。交战时，此船可以大大拉开和敌船之间的距离，同时又能实现速度和火力的双重压制。
集合了所有这些优势的“快速大帆船”大受私掠船船主青睐。同时民间也开始出现以海军新式船型为模型而建造的私人船舰。沃尔特·雷利的“雷利方舟”号（Ark Raleigh）就是其中的佼佼者。雄心勃勃的雷利正要用这艘迅捷灵活的盖伦帆船去弗吉尼亚开拓殖民地，最好是能从西班牙的地盘中分疆裂土。很多盖伦帆船会在有战事的时候应召加入皇家海军。
和亨利八世时处于巅峰时期的皇家海军以及其他国家的海军相比，这些新式帆船不复旧式帆船的巨大体量，舰队规模也更为合理。但卓尔不群的优良性能才是皇家海军的最大凭恃——行动敏捷、操作灵活，而且所载大炮火力猛、射程远。出现这样的设计也是形势所迫，英格兰极度缺乏海船，而财政上又捉襟见肘，根本无力承受海上堡垒一般的巨舰。
伯利勋爵官拜财务大臣，同时他还是女王的首席大臣。他笃信英格兰和西班牙之间必有一战，而且唯有组建一支实力雄厚的海军，才能与菲利普的大军抗衡。他之所以任命被西班牙帝国视为眼中钉的霍金斯为海军财务官，正是出于对菲利普的提防和敌意。霍金斯纵横汪洋，远近闻名，选择他担任海军部的头号要职，英格兰从事私掠的航海者们和皇家海军的内里勾连，由此可窥一斑。毕竟，他率领的远洋探险不光是自己获利，还为英王和其他资助人带回了不菲收益。除此之外，霍金斯是海军部中唯一在英格兰海域以外统率过皇家船舰的人。
在海军内部派系中，霍金斯效忠于伯利。为了全盘掌控海军，他们必须要把海军部中的旧有成员赶走。霍金斯出任海军财务官前还向女王呈递了一份奏折，准确完整地剖示了海军部成员欺瞒国君、以公肥私之事。他列举了威廉·温特利用海军谋私的诸多罪状：虚报造船账目，超量订购原材料，用国库的钱重复支付已经购买的木料，将海军造船占为己用，等等。
霍金斯之言的确属实。如此庞大复杂的机构，海军部想要管好每一个细节是不可能的。海军内部的管理部门各自为政，每位海军部官员各辖一块，互不干涉。这就使得整个海军被分割成了一块块私人地盘，官员们从中牟取不菲的私利。部内成员和造船长把工程分包给自己支持的承包商，造船的款项由财政部划拨，剩余的钱全部流入他们自己囊中。
此风因循之下，无人能摸清楚其中的虚实，更遑论有谁能一统号令了。四分五裂之下，掌权者们从中大肆获利。这种行径在伊丽莎白时代本是公开的秘密，人们早已见怪不怪。不过正盘算着扳倒温特的霍金斯却从中寻到了下手的机会，以贪污腐败的罪名把同僚拉下马来。
霍金斯心中已经拟定一套方略，旨在改变海军迟缓笨拙、开销繁重的沉疴。具体方案是国库向他支付海军所有“常设开支”，其中包括修缮船只、看管仓库、看船人的工酬以及其他各项常规开销（与所谓“常设开支”相对的“特别开支”，是指起房造屋、兴建新船、大规模修整造船厂和筹措战争物资等方面的花销）。原来的常设开支是每年7000英镑，霍金斯说自己只要4000英镑就够了。他的提议得到采纳。女王船舰的设计建造和设备配给都交由霍金斯全权处理。温特和其他僚属都被毫不留情地连根拔掉，无法再阻碍霍金斯的变革计划。至此，霍金斯在伯利的默许之下终于统揽了整个海军大权。
霍金斯卓越的组织才能在远洋航行期间大放光彩，他执掌海军期间仍是精力充沛和专注的。1579年，女王和霍金斯之间达成了“第一协议”（First Bargain）。根据协议，海军装备由霍金斯供应，经费为每年1200英镑，他无须提供这笔钱的详细账目，只要圆满完成任务即可。女王与佩特和贝克之间也有类似的协议。海军中最大的5艘船每3年需要彻底检修一次，其他船只按照大小排序每2年检修5艘。此外所有船每年都得填补船缝和适当修缮。这两位造船师的酬劳是每年1000英镑，工料和人力开销均包含其中。
为了让水师舰队能够随时应战，霍金斯在海军的基础设施建设上下了很大功夫。海军部在查塔姆（Chatham）设立了永久性总部和房舍。在霍金斯主持之下，德特福德的干船坞新添了一道水闸——以前都是用泥巴堆起来的坝堵水，放船下水的时候需要20个人花一个月的时间才能把这道坝推掉。此外，他还命人在查塔姆挖了一处用来放置船桅的池塘，这样各式木板、木杆在风干时不会因太过干燥而开裂。梅德韦（Medway）乃是皇家海军的战略要地，为保无虞，1579年霍金斯派人重新修缮了希尔内斯（Sheerness），这是一座扼守梅德韦入口的堡垒。他还将拱卫梅德韦的阿普诺城堡（Upnor Castle）增修扩建了一番。河面上拉起以风力装置和驳船进行收放的铁链，它可以保护其后的造船厂不受从荷兰来的西班牙敌船侵袭骚扰。多佛港新增了一道排沙闸门以确保港口不被淤泥堵塞，霍金斯的努力终于让这里重新成为大型战舰的停驻之地。至于船上，霍金斯没做什么大的变动，但也有一些极其重要的调整：安置了起锚用的链式泵（chain pump）和绞盘。还有一项变革也颇值一提，凡是霍金斯统率的船都必须储备活牲口和新鲜果蔬，供船员食用。
霍金斯大大加快了海军升级换代的进程。任职第一年，就有6艘海军战舰被改造成新式盖伦帆船——“凯旋”号、“胜利”号、“白熊”号（White Bear）、“祈望”号（Hope）、“菲利普与玛丽”号（Philip and Mary）和“羚羊”号（Antelope）。到1585年，海军半数船舰都改造成了新式设计。
霍金斯的行政能力卓著。他以冷酷无情的手段夺来海军大权，并将海军铸造成一支劲旅雄师，因为他相信这是将来对抗菲利普大军时不可或缺的力量。而在他入主海军之前的40年里，海军部的管理体系也完成了一场渐进式的革命。可能在现代人看来当时的状况不过是一片乱象，但贡松家族、温特家族、佩特、贝克和查普曼等人确实有一番非凡功绩。他们给女王打造了一支可以随时奔赴战场的海军。私掠势力和国防体系彻底融为一体。总而言之，日后强盛的国家海军正是以女王海军为底子建立起来的，而以上众人则是头号功臣。
宦海险恶，波涛浮沉，霍金斯即便身为女王重臣，身边仍是危机重重。他别无选择，唯有拿出当年对付西班牙人时的冷酷与狡猾，在不进则退的逆流中不断往上走。
霍金斯敏锐地察觉到正在酝酿积聚的暴风骤雨。他不断督促皇家船舰的改造工程加速进行，还让水师时刻保持战备状态。英式的盖伦帆船大大拓展了海军的活动范围，使其不再囿于本国周围海域，它们可以纵横远洋直抵遥远彼岸，因此其功用实为远洋作战。从霍金斯采用的新式船身结构就可以十分了然地窥见此番意图。其构造旨在保护船身不受蛀木甲虫的侵蚀，但这些甲虫只在热带才有——皇家海军与彼处并无瓜葛。之所以对海军进行种种增删改建，只有一个解释：它即将成为打入葡萄牙和西班牙两大帝国的楔子。
正当霍金斯紧锣密鼓革新海军的时候，有关德雷克环球航行的消息陆陆续续传回来，极为振奋人心。德雷克穿越麦哲伦海峡时遭到猛烈轰击，但他那艘150吨、装载18门重炮的“金鹿”号（Golden Hind）撑过来了，并且成为太平洋上首屈一指的重火力战舰。它沿着智利、秘鲁、巴拿马、墨西哥的海岸线一路前行，途中骚扰劫掠当地殖民据点，见到火力薄弱却又满载财物的运宝船也一并掳获。除了珠宝，他们还获得了其他价值连城的东西：沿海地图和太平洋到马尼拉（Manila）之间的盖伦帆船航线图。以此为指引，德雷克横渡太平洋到达马鲁古群岛（Moluccas）——传说中的“香料群岛”，数百年来商旅们的梦寐之地，不过至此为止还没有英格兰人睹其真容并满载香料离开。随后他继续向印度洋进发，在好望角扫清障碍，最后经由几内亚返回英格兰。
这一趟远航，德雷克与伊丽莎白获利无数，当然德雷克的赞助者们也是如此——霍金斯亦在其中。英格兰航海者们似乎看到美洲、马鲁古群岛和太平洋正在向自己招手。汪洋之中，西班牙根本不是英格兰的对手。
菲利普自是龙颜大怒，德雷克犹如蝗虫一般，所过之处尽为赤野。但这帮信奉异教的海盗在他眼中还只是卑劣的盲流而已，身为西班牙国王，他的心思集中在更重大的国事上。他建立神圣帝国的雄图伟业即将大功告成。
1580年，菲利普二世将葡萄牙国王的权杖揽入怀中，并逐步将横跨大西洋、太平洋和印度洋的两个寰宇帝国并为一体。
不仅如此，他还手握一支睥睨天下的雄壮海师。16世纪60年代，菲利普经营了一支自己的地中海桨帆船舰队，最多时有140艘巨舰。1571年，这支舰队和地中海其他基督教国家组成联合海军，在勒班陀（Lepanto）彻底击溃奥斯曼海军，勒班陀战役亦成为有史以来最为壮观的海战。1582年，曾经亲历勒班陀战役的圣克鲁斯侯爵（the marquis of Santa Cruz）扬帆出海，剑锋直指亚速尔群岛。堂·安东尼奥（Don Antonio）是上一任葡萄牙国王的外甥，他声称自己才是王位的正统继承人。他盘踞在亚速尔群岛与菲利普对峙，同时法英两国的私掠势力亦急切地为他提供援助。当时许多在堂·安东尼奥麾下服役的英格兰人还是第一次经历远洋海战。日后他们将这一段海上作战的经验带回了伊丽莎白的海军之中。
圣克鲁斯侯爵率领雄壮舰队直扑亚速尔群岛，其规模之大在大西洋上可谓前无古人。更令人咋舌的是，这支舰队取得了几乎不可能实现的战绩。长途奔袭几百英里，西班牙船舰从位于大西洋的本部直接开到前线，并在敌方境内开辟一处据点，发动海上攻势。在特塞拉岛之役（Battle of Terceira）中，堂·安东尼奥的盎格鲁-法兰西盟军舰队大败亏输，亚速尔群岛落入菲利普之手。
“夺取特塞拉岛后，”一个西班牙人写道，“圣克鲁斯侯爵身边的船长们……公然夸言，现在葡萄牙已经是我们的了，拿下英格兰指日可待，法兰西也终究会被我们一口一口吞掉。”[60]圣克鲁斯侯爵深信，西班牙的海上力量已经是寰宇第一。他向菲利普进言，进攻英格兰的时机已然成熟，应当一举肃清从荷兰到西印度群岛、从麦哲伦海峡到马鲁古群岛这两条航线上的麻烦，为帝国除去心腹大患。国王亦正有此意：“要彻底扑灭（荷兰人的叛乱），要紧之处是确保英格兰不再在背后捣鬼作祟。”[61]
无论是对菲利普还是伊丽莎白而言，欧洲大陆以及英格兰的未来都取决于尼德兰局势的走向。
1584年，伊丽莎白的大臣们均已明了英格兰和西班牙之间必有一战。同年，德雷克正在组建船队，准备再度冲入菲利普的帝国疆域兴风作浪。为此西班牙国王下令密切关注英格兰海盗的动向。有流言说德雷克此番远航将会四处出击，目标众多。也有人说他要去马鲁古群岛，为英格兰在远东争得一席之地。甚至还有人说他其实是冲着西班牙运宝船船队去的。众说纷纭，莫衷一是，不过有一点是肯定的，德雷克的背后有女王支持，而且身负有关战略布局的重任。
船队尚未出航，一个刚从西班牙回来的英格兰商人带回一则消息，这消息一下子就让众人炸开了锅。据他讲述，在毕尔巴鄂时他发现有西班牙官员在跟踪自己，为此他颇费了一番力气才得以脱身。他还绑架了其中一人，并发现了一些信件，信中命令对荷兰、德国、英格兰的船只执行禁运令。4天后，枢密院（Privy Council）对在押的西班牙俘虏进行了审问。经证实，菲利普确实在征召外国船舰加入西班牙舰队，用以抵御弗朗西斯·德雷克的侵犯。
此次事件标志着双方不宣之战的开始，并且战事一直延续到1604年方才告终。伊丽莎白对此事的回应是，受到冒犯的英格兰商人可以通过攻击西班牙船舰来补偿自己。德雷克此番远航的战略意图十分明晰：削弱西班牙的备战实力，并带回尽可能多的财富。具体而言就是截获堪称汪洋骄子的西班牙黄金船队，全力侵蚀菲利普的大帝国，让菲利普的船舰航行时都要避开欧洲。德雷克向女王进言时说，竭力破坏菲利普的帝国势力和船队，“使其饱受摧折，迫使他全力应付此事，从而无力再对女王陛下寻衅滋扰”。[62]如此一来，“西班牙君主或能明了，与英格兰操戈相向实为下下之选”。[63]
虽然德雷克未能将黄金船队收入囊中，但他的整个远航沿着西班牙海岸线一路肆意出击，从巴约纳（Bayona）到佛得角（Cape Verdes），越过大西洋后又劫掠了圣多明各（Santo Domingo）、卡塔赫纳（Cartagena）、古巴和佛罗里达。西班牙的大小官员和殖民者再度陷入惊恐之中。似乎德雷克这伙嗜血之徒已经无孔不入，再没有哪个地方是安全的了。与此同时，为了报复菲利普扣留英格兰海船，成百上千的英格兰航海者都在海上四处猎杀西班牙船舰。英国士兵亦奔赴荷兰，加入当地抗击菲利普大军的队伍。伯利写道，英格兰即将“开始一场人类历史上前所未有的大战”。[64]
此言非虚。菲利普传命圣克鲁斯侯爵备战开拔，开启了入侵英格兰的征程。
第4部分 无敌舰队
