明日此时，我要么爵位加身，要么躺在威斯敏斯特大教堂里。
——纳尔逊，1798年8月1日
纳尔逊分队发现亚历山大港是一片惬意和平的景象，丝毫没有感觉到危险的逼近。此地一艘法军战舰都没有，也没有显示出任何他们要来的迹象。拿破仑还在地中海某个地方自由行动，只是没有人知道他在哪儿。如果放跑了拿破仑，纳尔逊就会面临毁灭性的后果。
6月30日，纳尔逊下令起锚，出海继续追捕法军。他把土耳其、克里特岛以及希腊附近海域都仔仔细细搜索了一遍，寻找法军踪迹。7月20日，他抵达西西里的锡拉库萨（Syracuse），那不勒斯的斐迪南四世同意纳尔逊将这里用作暂时的基地。这是不列颠人在地中海唯一一处能使用的地盘。舰队用了6天时间补充新鲜食物和淡水，然后出发，继续追捕。他们重新回到了地中海东部。
纳尔逊不知道的是，拿破仑在6月31日，即自己离开亚历山大港的第二天，已经抵达了亚历山大港。
离开锡拉库萨两天后，纳尔逊舰队进入希腊的科隆湾（Bay of Coron），在那里他终于确定拿破仑已经到了埃及。此时为时已晚：法军陆军应当早已登岸，战列舰亦折返回国了。纳尔逊唯一能做的就是亡羊补牢，实施封锁行动。
纳尔逊称自己的舰队是“光耀汪洋的最精良分队”。[96]“完全同意，”索马里兹在他的日记中写道，“我深信，从没有其他哪支舰队能超过我们。”[97]1798年夏天追击拿破仑时，纳尔逊对麾下舰长们的驾驭被视为领导者应学习的典范。舰长贝里写道，在整个追击过程中，纳尔逊会把所有舰长召集到他的旗舰上，“将自己想到的不同的进攻模式，以及他认为最好的方案，都完整地阐述给他们”。[98]据贝里所言，纳尔逊把自己的想法阐述得非常透彻，所以他的方案公布之后不需要任何其他的附加指示。
不过纳尔逊召集全体舰长的记录只有一次。他如此兴师动众，不可能只是为了在这场舰长会议上概述自己的战术方案，他应该做了一些更细微、更有成效的事。他自有一套方式和周围所有部下建立牢固关系。与自己信任的舰长在一起时——1798年在他身边的舰长大多数都是顶尖人物——他更倾向于讨论而非直接下达指令。数名舰长熟知他和他的行事方式。巡弋途中，他努力和老资历舰长詹姆斯·索马里兹增进关系，有时整天都和对方在一起。他还花了很多时间在天资卓越的亚历山大·鲍尔身上。
所有舰长，不论是否和纳尔逊一起战斗过，都早闻其威名，他们熟知他在圣文森特战役中的作为，他如何做出自己的判断并冒着巨大的个人风险和专业操作上的风险将之实施到底，知道他多次身先士卒、冲在战斗的最前线，因此他们明白自己也要做到凶悍、主动、勇敢。另外他们也清楚，纳尔逊的目标是全歼敌军，而非看上去漂亮的战术性胜利。圣文森特战役中他登临敌舰时大喊“不成功，便成仁！”这就是他英勇的标准。
经过对航海技术和战术的广泛讨论后，他们理解了纳尔逊的意图。他的前辈们，如罗德尼与豪，试图从微观层面指挥战斗，几位有过亲身经历的舰长看到了这种领导方式的局限。纳尔逊不想那样打，他身为舰队司令官的一个显著特点就是他简化了战术，让不列颠战舰靠到对手近身的地方，剩下的则交给战舰的火炮处理，这是他从威廉·洛克那里学到的制胜之道。他清楚战斗刚开始的时候最为关键，要出其不意地寻衅敌军，迫使对方转入守势。他知道绝大部分舰长都同意他的看法。他们是海军中最顶尖的军官，他们指挥的船员训练完备、战力卓绝。他们唯一需要的就是随机应变的勇气、如其所愿地自由战斗以及对身边袍泽心意相通的信任。
纳尔逊没有用把所有舰长召集到一起的方式表述自己的意图打算，他会采用一对一或者小范围讨论的方式，且通常选在晚餐的时候进行。他身具魅力，思想开放。这非常重要，谈话以非正式的形式进行，基于友情、相互尊重和平等。可以说，纳尔逊那些声名更为显赫的前辈都不是让人觉得愉悦的人，霍克、罗德尼、豪和圣文森特，这些司令官脾气暴躁、难以取悦，而且大都沉默寡言，只和自己偏爱的一小撮舰长有交情。即便是获得胜利的中队和舰队，其中也弥漫着内部不和及严重猜忌。结果往往就是，颇具天分的军官只能缄口不言，像傻瓜一样听命于平庸的舰队司令。纳尔逊的分队则异常团结。
得益于科林·怀特（Colin White）[99]的近作，我们现在可以了解纳尔逊是以其他的方式传达自己的打算的。他一艘船一艘船地与舰长们就自己的《通用命令手册》（Public Order Book）进行沟通，这当中写了他自己的战术思考。后世发现的达比舰长的《尼罗河袖珍手册》（Nile Pocket Book）向我们展露了纳尔逊的领导风格。达比抄录了纳尔逊的要点说明并附上了自己的注释。个人友谊和详细的书面说明——这些是纳尔逊领导力的基石。
8月1日，分队抵达亚历山大港。法军运兵船正停泊于此，士兵已经下船，此景令人沮丧。鲍尔和哈洛韦尔继续开进亚历山大港港口，查探对方动态。胡德和弗里率舰侦察东面30英里处的阿布基尔湾。下午2点30分，他们向分队余部发出信号，表示他们终于看到了猎物：正停驻在海湾中的13艘法军战列舰。
1782年，布吕埃斯作为一名年轻军官参与了圣基茨的护卫舰湾之战，当时胡德窃取了德·格拉斯的锚地，并让自己的战舰抛锚守御海湾。现在换由布吕埃斯站到了胡德当初的绝妙位置上。他的战舰呈直线阵形抛锚排列，先锋部分的第一艘战舰紧靠浅滩，舰队左侧是大片浅滩。此刻是下午，时间偏近日落，所以法军舰队司令放心地认为这一天不列颠方面不会再有任何动作了。总之他是不希望开战的，因为许多水手此时正在岸上寻觅食物。
纳尔逊和布吕埃斯想法不同。他知道对方很难对付，此时天色已晚，自己又对“必须仰赖的水手不了解”，他本不会在这个时候发动进攻。他的战舰散得很开，总长约为10英里或者12英里，不过就在快到下午3点的时候，他发出信号让舰队向阿布基尔湾行进。
“看到敌人之后大家高兴坏了，似乎分队的每个人都变得容光焕发”，贝里如此回忆。[100]不列颠战舰争相赶往战场。下午4点22分，纳尔逊发出信号，让所有船舰准备好从船尾抛锚。纳尔逊在搜捕过程中早已把这项命令添加到自己的旗号手册中，因为他预料到可能会如此时一般出现抛锚之后再交战的情形。纳尔逊升起这个旗令是在清晰地告知舰长们，他希望他们靠近对面敌舰抛锚，然后在那个位置开战。至于具体怎么做则交给舰长们自己决定。从某种程度上来说，他还发明了一套靠灯笼辨别敌友的方法，以避免夜间作战时自己人向自己人开火。5点30分，他发出信号，以最方便可行的方式组成纵列战线。弗里率先就位，比其他人都快，这也是他运气好，因为他有由法国人绘制的此处浅滩的精准地图。
往法军靠近的时候，弗里发现法军队首战舰“战士”号（Guerrier，74）的前面有让自己绕过去的空间，这让他可以从靠近浅滩的那一侧发动攻击。他笃定法军的左舷炮没有准备好，因为他们根本不可能考虑到英军敢冒险行驶到离浅滩这么近的地方。所以他依靠自己的直觉开始了行动。他从“战士”号和浅滩之间挤了过去，在此过程中还扫射了这艘法军战舰，然后从船尾抛锚，把“歌利亚”号停在法军第二艘战舰“征服”号（Conquérant，74）对面，猛攻对方未及防御的一侧。随后加入战斗的是胡德的“泽勒斯”号。他虽然害怕“泽勒斯”号或者“歌利亚”号随时可能搁浅，不过最后还是跟着弗里绕过了法军阵头，途中也扫射了“战士”号。他在“战士”号左侧船头附近抛锚。其余不列颠战舰进入战场时不必再担心敌军阵头的这两艘战舰，因为她们已经被轰得支离破碎。
驾驶“大胆”号的达维奇·古尔德的行动还远算不上“大胆”，他抛锚在“歌利亚”号和“征服”号之间靠浅滩的一侧。接着是索马里兹的“俄里翁”号。他同样绕过法军阵头，紧贴着浅滩从弗里和胡德身边经过，途中还击沉了一艘法军护卫舰。他随后在“人民主权”号（Peuple Souverain，74）船尾和“富兰克林”号（Franklin，80）之间抛锚。之后是米勒带着“忒修斯”号从弗里和胡德之间穿过。当她们仅隔着10码穿行而过时，不列颠战舰上的水手们大声呼喝呐喊。据英军的一名舰长说，当时法军发出一阵微弱的呼喝声以示回击，结果不列颠战舰上响起震天响的嘲笑声，狠狠削弱了法国人的士气。米勒抛锚在第三艘和第四艘法军战舰——“斯巴达”号（Spartiate，74）和“阿奎隆”号（Aquilon，74）——之间。
此时已有5艘英军战舰穿行至法军近岸一侧，这令法军惊骇不已。纳尔逊知道从右舷发动进攻的时候到了，这样可以对敌军阵线形成双面夹击。“前卫”号在“斯巴达”号和“阿奎隆”号的右侧抛锚。“斯巴达”号成了第一艘被夹击的法军战舰，不过夹击很快就结束了，因为米勒误解了意思，慷慨地把这艘敌舰留给了他的舰队司令，然后继续前行与“阿奎隆”号交手。跟在纳尔逊“前卫”号后面的是托马斯·路易斯的“弥诺陶洛斯”号，他从“前卫”号外侧经过，然后在一个可以同时轰击“斯巴达”号和“阿奎隆”号的位置抛锚。约翰·佩顿的“防御”号和纳尔逊、路易斯呈交叠之势抛锚，在这个位置她可以同时瞄准“阿奎隆”号和“人民主权”号（74）。
晚上7点，太阳刚沉入地平线，达比的“柏勒洛丰”号到了法军旗舰“东方”号（Orient，120）附近，后者是当时世界上最大的船，同时的“庄严”号找上了“轰鸣”号（Tonnant，80）。这些不列颠战舰发现自己的火力被压制，他们的位置也不利。如果两艘不列颠74炮战舰能在绝佳位置抛锚的话，她们还是有机会和法军的巨型战列舰对阵的。达比应当停在“东方”号船首附近，这样她就可以轰击敌人，敌人却无法回击，不过他靠近对方的时候把事情搞砸了，结果发现自己的船舷正对着法军巨舰的船舷。威斯克没做好战术机动，从他原本选择的对手身边穿了过去，结果“庄严”号的船首斜桅撞上了“休卢克斯”号（Heureux，74）。“柏勒洛丰”号被“东方”号冷酷无情的舷炮轰断了船桅，同时“富兰克林”号也在轰击她，负伤的达比被迫下令切断锚绳，好让她从敌人毁灭性的密集炮火中滑行离开，对方此时已不间断地轰击了半个小时。“庄严”号紧紧地揳入“休卢克斯”号，舰上的火炮无法瞄准敌人。相反，她遭敌人残酷反击，包括舰长在内伤亡惨重，船桅尽毁。HMS“卡洛登”号尚未进入战斗就搁浅了。
对纳尔逊而言，此刻已是危急关头。不过幸运的是，8点钟时，亚历山大·鲍尔和本杰明·哈洛韦尔从亚历山大港赶到了阿布基尔湾。胡德说，落到“卡洛登”号头上的倒霉事其实是一件幸事，因为它警示了在一片漆黑中陆续进入战场的其他英格兰战舰。“亚历山大”号停在了“东方”号船尾位置，同时“敏捷”号停在了她的船首处。稍后，晚上9点，托马斯·汤普森把“利安德”号带到“人民主权”号和“富兰克林”号（80）之间的位置，当下行的索马里兹与“富兰克林”号交手时，他可以从这个绝佳位置扫射对方船尾。不列颠战舰遇上的种种好运，恰恰显示出此次行动对每艘战舰及其舰长而言是多么复杂。20吨重的巨型锚索需要一队身形健硕的水手才能将其从船头拽到船尾。从船尾抛锚，意味着一艘顺风航行的船舰要在准确位置停船，同时还要稳住航向以保持舷炮对准对手，不能摆到其他方向。锚索上装了弹簧，这样在有需要的时候可以把战舰拉到不同的角度。
船员的任务相当艰巨。船锚必须在非常精准的时刻下落，在同一时间，瞭望员要以迅疾之势收尽船帆，然后快速下到火炮那里，而且这些事情都得顶着敌人的炮火在黑暗中完成，每一个错误都要付出高昂的代价。“柏勒洛丰”号和“庄严”号没能经受住考验，结果船桅尽毁，许多人丧命。弗里在法军近岸一侧开辟出通道可谓精彩绝伦，但他没能抓住准确时机抛锚，结果发现自己停在了敌方阵线的第二艘和第三艘战舰之间，而非原本计划的与第一艘战舰并排的位置。古尔德在第一艘和第二艘战舰之间抛锚的时候，这两艘战舰已经几乎被打残了。
不过那些抛锚位置恰到好处的战舰所占据的对敌优势是无可辩驳的。米勒的位置就停得非常漂亮。汤普森发觉很难选择“利安德”号的有利位置。靠50门火炮，她根本无法和对方的战列舰对抗。然而在后来选择的抛锚位置，汤普森能够直射“富兰克林”号船首，加农炮炮弹轰入后穿过整个火炮甲板再从船尾飞出，继续带着巨大的杀伤力撞入“东方”号船首。
本杰明·哈洛韦尔是那些看明白需要如何行动并照之去做的舰长中的一员。他冲着“东方”号驶去并停在她的后舷方向，在那个位置他可以同时轰击敌军旗舰和“富兰克林”号，对方的火炮还无法还击。他的瞭望员收起船帆，然后返回火炮处。若在这些步骤完成之前就开火，将会导致灾难性的后果，所以他们必须顶着敌军的炮火一步步完成上述步骤，然后战舰才能找对方算账。哈洛韦尔的“敏捷”号于晚上8点3抛锚，8点5分开始炮击。
一支分队要实施这样的战术，需要训练完备、技艺高超的水手经过磨合之后通力协作才有可能实现。达比在《尼罗河袖珍手册》中披露，纳尔逊早就针对此种情境制定了指令，尤其规定了需要从船尾抛锚时船舰该如何行动。尼罗河战役是不列颠水手的航海技术、力量和意志力的最佳证明。战斗开始阶段繁复的战术机动完成之后，船员们毫不留情地出手轰击。
等到晚上10点30分，不列颠水手的优势已一览无遗。不到两个半小时，整个敌军先锋就被彻底击溃，船桅尽毁。“战士”号、“征服”号、“斯巴达”号以及“阿奎隆”号被俘获，“人民主权”号切断锚绳后搁浅了，“富兰克林”号也到了投降的边缘。绝大多数不列颠战舰进入战场时果断而又机智，其中表现最好的战舰把自己停在了可以扫射对手的位置。其猛攻让法军惊慌失措，压得他们无力抵抗。正因如此，英军以前所未有的飞快速度解决了6艘敌舰。胡德描述他攻击“战士”号时写道：“6点钟刚过不久，我着手指挥火炮向她的船首轰击，此时两舰之间的距离比手枪射程还短，轰击组织得非常精准，以致大约7分钟后她的前桅就落入水中，当时太阳快落到地平线了……10分钟后主桅和后桅相继落水。”
晚上10点30分，纳尔逊前额被击伤，之后被带到船下面的伤员舱，人们以为他快要死了。他坚持排在负伤的属下们后面，直到军医留意到他。后来医生发现他受的是轻伤，于是将士们把这位已经脑震荡、有些眩晕的舰队司令带到了面包房。不过此事已经无关紧要了，战局已定。
晚上9点时，“亚历山大”号上有人竭力把易燃物扔进了“东方”号船尾的窗户里。火烧了起来，并从敌军舰队司令官的舱室蔓延至整艘旗舰。“东方”号努力扑灭火情，却遭到两艘无休止轰击的英军战舰阻拦。“敏捷”号炮兵装填了子母弹，火势蔓延到哪儿他们就瞄准哪儿，以阻止法军靠近火焰。9点15分，火势已经到了无法扑灭的地步。战场上的开炮声停止了，众舰等着那震撼一刻的到来。
晚上9点37分，那一刻来了。一场世界末日般的大爆炸将整个战场都照得通明。“东方”号焦黑的碎片像雨一样落到附近船舰上。爆炸声震耳欲聋，紧接着是一片寂静。没多久，炮火继续轰鸣。
原先在“东方”号前面的法军战舰已经全部被俘，后面的“轰鸣”号、“休卢克斯”号以及“梅屈尔”号（Mercure，74）切断了锚绳。约莫午夜时分，炮击再次停止。将士们精疲力竭，席地而坐。破晓之前纳尔逊下令集结。他派出小艇，传令状况尚且良好的战舰——“歌利亚”号、“忒修斯”号、“利安德”号和“大胆”号——攻击法军后军。只有古尔德没能遵守命令。“轰鸣”号船桅尽损，但拒绝投降。“休卢克斯”号、“梅屈尔”号还有“蒂莫莱翁”号（Timoléon，74）搁浅。
13艘法军战列舰仅2艘——“威廉泰尔”号（Guillaume Tell，80）和“慷慨”号（Généreux，74）——逃出生天。这场大捷震撼人心，毫无疑问是不列颠海战史上最伟大的胜利。一夜的疯狂屠戮之后，法国人丧失了最大的战果——地中海的全部控制权。多亏了纳尔逊，皇家海军再度统御地中海，获得了占据此地带来的战略优势和经济优势。拿破仑和他的陆军被困在了埃及。
这场胜仗扭转了欧洲局势。法国不再所向披靡，其海军的威望尽失。地中海的其他势力——奥地利、俄国、葡萄牙、那不勒斯和土耳其——有了底气，加入不列颠组成新的反法同盟。回看不列颠国内，一整个夏天民众都在挂念纳尔逊分队的命运，等到捷报终于传回国内，人们欣喜至极。纳尔逊被加封为“尼罗河的纳尔逊男爵”，并成为一时无双的全民偶像。
大战刚结束时，纳尔逊发现自己和友方基地离得比较远，而他磨损严重的战舰亟须修补，同时他也需要看守好自己的战利品。战后第一天，詹姆斯·索马里兹把其他舰长都召集到自己的船上，他们决定组成“尼罗河俱乐部”（Nile Club），并送给纳尔逊一把剑作为礼物。据他们说，这是为了感谢他“迅捷的决断和无畏的指挥”。作为回应，纳尔逊称麾下舰长是自己的“至亲袍泽”（band of brothers），这引自莎士比亚《亨利五世》中一场亨利五世的演说。他指挥的人是海军中最优秀的，他们年轻（平均年龄比对阵的法军小10岁）、久经战阵而且满怀激情。除了少数例外，他的至亲袍泽都立下了令他自豪的功勋。
尼罗河战役把皇家海军最优秀的方面都展现了出来。舰长们战意汹涌而又保持理智。法军守御阵线的战斗堪称英勇，只是他们的纪律和技艺赶不上不列颠水手。纳尔逊在战斗过程中做不了什么，不过正如他的舰长们所认定的那样，是他的领导确保了这场胜利。在一段繁重累人、时不时让他满心焦虑的追击之后，他将他的精英分队带到了阿布基尔湾。途中他一直都在激励军官和水手的士气。将士们看到抛锚停驻的敌军，知道战斗来临时所表现出的欢呼雀跃，便足以说明这一点。
在那个时候，舰队司令官们基本都会认为此时天色太晚而选择等待。很少有指挥官在看到敌舰抛锚停驻、处在无法攻取的位置之后还会认真严肃地发起进攻。纳尔逊的英勇大胆激发出他的“至亲袍泽”及其属下的潜能。他信任他们，而他们则希望达成他的期待。对于他期待他们表现出的作战气势和作战方式，他们了然于心。他没有以下达详细的作战指令，不停地发出信号的方式把事情弄得过于复杂。纳尔逊在查看战斗结果时写道：“显然‘胜利’已不足以描绘此刻的情景。”
