……我笃信，相比于放任敌军不管的军官，我们的国家会更快原谅那些主动进攻敌军的军官。
——霍雷肖·纳尔逊
1799年4月15日，法国海军中将厄斯塔什·布吕克斯（Eustache Bruix）率领19艘战舰出了布雷斯特，驶进浓浓的海雾之中。亚历山大·胡德（Alexander Hood）——布里德波特子爵、英吉利海峡舰队司令、声名更盛的塞缪尔·胡德的兄弟——当时正在韦桑岛附近执行封锁行动，不过他的封锁圈过于松散，无法侦察和拦截布吕克斯。邻近费罗尔时有5艘西班牙战列舰加入法军分队，之后一同往南向加的斯进发。
不列颠人再度陷入恐慌。布吕克斯准备去哪儿？他有可能是准备和加的斯的西班牙主力舰队会合，也有可能是去地中海制造事端，为埃及的拿破仑军队减轻压力。更坏的情形是，这可能是一个障眼法：布吕克斯可能会掉头折返，入侵爱尔兰或不列颠。
皇家海军的海军中将基斯勋爵正以15艘战舰封锁加的斯的28艘西班牙战舰。他在数量上被严重压制，不过听闻布吕克斯正在自由行动后，他依然列出战列线阻止两支庞大的舰队会合。但法军司令继续前行并进入地中海，试图在那里与一支大型西班牙舰队会合。
基斯出击追敌。尼罗河战役之后，皇家海军恢复了以往在中海（Middle Sea）的地位，不过这个地位并不稳固。拿破仑正在埃及，法军占据着马耳他以及大半个意大利。不列颠在海上战线拉得过长，因此想着把自己的微弱优势最大限度地利用起来，而布吕克斯的法西舰队对他们形成了数量压制。尼罗河战役之后，纳尔逊成为梅诺卡岛东部的高层军官。自1798年9月起，他的任务就成了支援那不勒斯和西西里的国王斐迪南四世抵抗法国人。纳尔逊的战列舰有2艘在黎凡特海域帮助奥斯曼人阻挡拿破仑对叙利亚的进攻，还有3艘在封锁马耳他，这项行动颇耗时日，形势胶着且花费高昂。
地中海战区政治和军事方面的具体事务异常复杂，纳尔逊深陷其中。现在不列颠人面临着第二次被彻底扫出地中海的危险。无人知晓布吕克斯的打算，他可能前往埃及，或者援助马耳他抗击英军，也有可能只是在牵制对方。
不列颠人没有料到，土伦才是布吕克斯的目的地，他于5月14日抵达此地。基斯到了梅诺卡岛之后得知了布吕克斯的动向。正当5月27日布吕克斯掉头前往卡塔赫纳、与西班牙舰队在约定地点会合的同时，基斯匆忙赶往土伦，在热那亚沿海搜寻法军但徒劳无功。等到这位不列颠司令得知布吕克斯已经和西班牙人会合后——联军战列舰总数达到43艘——他又转身去防守梅诺卡岛，他推断这里可能是敌军的目标。
基斯召集所有不列颠军队同他一道防守梅诺卡岛。不过纳尔逊拒绝接受这个命令，他认为自己洞悉地中海局势，并且自圣文森特战役和尼罗河战役之后，他对自己的能力极为自信。他做好了抗命的准备。1799年夏天，他推断最需要自己这支稀疏兵力的地方是意大利沿海，此时紧要任务是在巴勒莫守护不列颠的坚定盟友——斐迪南四世。除此之外，纳尔逊心中更重要的就是马耳他的得失。中海的命运就系于此岛，封锁马耳他岛上的法军对于增加不列颠的利益至关重要，所以封锁一分钟也不能停。他准备带着仅有的少量战舰向数量远超自己的法军舰队发动自杀式袭击，不让敌人成为地中海的主人。
纳尔逊比较幸运，因为西班牙船舰的糟糕状况以及布吕克斯自身的恐惧，支援马耳他以为拿破仑在埃及减轻压力的计划受阻。布吕克斯率领着浩浩荡荡的无敌舰队出了地中海，他的目标是赢得英吉利海峡的控制权。他于8月抵达布雷斯特，身后沮丧的基斯和他隔着一个星期的路程。
整件事情是对皇家海军的一种羞辱。法西无敌舰队已经严重威胁到不列颠在地中海来之不易的地位，而且几乎就要把英国本土舰队逐出英吉利海峡。第一海务大臣斯宾塞勋爵必须夺回海军事务的控制权，尤其是此时布雷斯特还挤满了虎视眈眈的敌军战列舰。斯宾塞一直以来都坚决主张严密封锁法国海岸线，不过他遭到了海军内部的抵制。英吉利海峡舰队指挥官、海军上将布里德波特时年73岁，让他服从号令很难。他排斥驻军韦桑岛附近、持续封锁布雷斯特以及其他法国港口的严苛做法——毫无疑问，这是海军中最繁重而又无利可图的任务。布里德波特声称紧密封锁是做不到的，入冬后分队的船舰数量越来越少，与此同时布里德波特却舒服地待在干燥的陆地上。封锁行动没能阻止敌舰进出布雷斯特，这也并非全是年迈司令官的错：1799年的海军力量过于分散，各处驻防点都很缺船舰。
矛盾正在整个海军中酝酿升级。海军部对纳尔逊大为光火，号令已经无法管束他了。这位英雄人物自得地夸耀自己绝不遵循基斯防守梅诺卡岛的命令，宣称是他最终拯救了斐迪南和马耳他。纳尔逊说，如果是他主持大局，他会追击并击溃整个法西联合舰队。更糟糕的是，纳尔逊认定本应由自己接替圣文森特任地中海总司令，结果基斯却坐上了这个位子，纳尔逊为此生了很久的气。
1800年年初马耳他之围时，两个人又碰到了一起。纳尔逊竭力抓捕“慷慨”号（74），那是尼罗河战役中幸存的两艘战舰之一。一个月后，到了3月，最后一艘法军战舰“威廉泰尔”号被俘。当时纳尔逊并不在场：他似乎不再花时间待在海上，并且当他出海悠游时还带上了威廉爵士和正怀着纳尔逊孩子的汉密尔顿女士。他的声誉落入了低谷。国内的官员和大臣们对他和艾玛·汉密尔顿（Emma Hamilton）的情事十分气愤，并且认为他越来越粗心懈怠、好战凶残。纳尔逊向基斯申请回国，基斯同意了，但没给他乘坐战舰回国的荣誉待遇。纳尔逊擅自从马耳他封锁圈中抽调出3艘战列舰驶到里窝那，然后自己带着旅伴汉密尔顿一家从那里走陆路回国。
一年后海军以征服者的身份重回阿布基尔湾。基斯是两栖作战的大师，而纳尔逊不具备这项才能。海军和陆军在土耳其演练过登陆行动，此举意义重大。陆军登陆埃及，彻底击败了法军。
回看本国海域，斯宾塞认定只有一个人能肃清英吉利海峡舰队中所渗入的不良习气和懒散态度，那个人就是圣文森特伯爵。
舰队听闻他要到来很是惊恐。布里德波特在自己的餐桌上举杯：“但愿地中海舰队的那套规矩永远不要出现在英吉利海峡舰队。”[101]至于圣文森特，他的医生建议他不要接手总司令的位子，但他说国王还有国家需要他这么做，“不列颠海军要求他这么做”。[102]
英吉利海峡舰队的军职人员和水手习惯了想什么时候离开就什么时候离开，舰队司令和舰长经常把指挥权交给副官然后自己到岸上享受款待。圣文森特自然不会受人欢迎，他把这些都禁止了。他把地中海舰队的铁律用在他们身上，以期尽可能严密地封锁布雷斯特，一如近40年前霍克所做的那样。
想封死法国的大西洋海岸线，得有严苛的秩序，有食物、水和酒的正常供给。即便在状况最好的时候，韦桑岛也不是一个好待的地方，在此驻防的军职人员和水手没有任何喘息的机会。船舰在敌方海域中磨损，水手生病、抱怨不休，军官心如死灰，不再有任何期待。所以毫不奇怪，没有舰队司令喜欢这些，所以他们都想尽一切可能从陆地上遥遥指挥。在圣文森特的统辖之下，分队白天被派去布雷斯特危险的礁石和浅滩附近巡逻，晚上换到韦桑岛周围。任何人都没有休整的机会，只能不停地监视和驾船机动。需要连续进行抢风航行的时候，圣文森特的望远镜会一直对准舰队的战舰，确保舰长们不论白天黑夜都出现在甲板上。哪个舰长要是未能达到圣文森特严苛标准，就只有上帝能救他了。
战舰出海一次一般会持续6个月，所有修缮事宜都在海上进行，只有遇到紧急情况他们才允许入港，而且停留时间非常有限。圣文森特对属下们期待甚高，相应地，他也非常关注他们的健康状况。为预防坏血病，他任何时候都不允许断了柠檬汁的供应。自此柠檬汁不再仅仅是生病后用作治疗的手段。为了解决潮湿问题，他们用热砂擦洗（而非用水冲洗）船上的下层甲板，并且给寝具通风。更为根本的是，水手可以接种疫苗。
1800年5月至9月，舰队需要送回医院治疗的仅16人。圣文森特说，水手们良好的健康状况是他最大的成就。英吉利海峡舰队重新回到了霍克在任时的状态。而在地中海，优秀的军官们积极应对挑战，平庸者的斗志被压垮。圣文森特对软弱的态度是，“擦掉‘不能’这两个字，写上‘尝试’”。[103]经此种种，法国和西班牙海军被遏制住了。
但这项行动的代价是高昂的。“漫长迟缓的两个月，”一名恼火的舰长写道，“我们的耐心得到了磨炼，像身上套着绳索的猪一样来来回回地慢慢走。”[104]几个月的时间内，军官们背负着巨大的压力，但最终他们的航海技术被提升到了极致。虽然有些船舰触礁沉海，但经过测绘，海军对险恶莫测的法军海岸线逐渐有了精准的了解，事故大大减少。
圣文森特麾下有一部分舰长是海军中最差劲的，也有一部分是最优秀的，后者包括圣文森特角战役和尼罗河战役中的英雄人物。托马斯·特鲁布里奇——另一个坚定奉行严明纪律的人——担任舰队副官。詹姆斯·索马里兹受命指挥大约8艘战列舰，驻守在离布雷斯特港口仅2英里的地方。分队司令官必须在强劲的海流和东南风中穿过此处的暗礁与峭壁，这是最艰难的任务，能做到的舰长寥寥无几。索马里兹面容憔悴，看上去像“产过卵的鲱鱼”。[105]圣文森特写道，“有你在那里，如同把布雷斯特的钥匙放进了我的口袋，我尽可安心酣睡”。
比起它所有的优点，皇家海军需要反复的电击才不会跌入麻木状态。行事有条不紊的基斯勋爵重新恢复了不列颠在地中海的力量。圣文森特再度拉起不列颠最重要的一条防线——对法封锁圈。1800年年末，一项新威胁冒出头来，不列颠对法国和西班牙港口的封锁波及了波罗的海周边国家，她们被阻隔在自己的市场之外。丹麦试图维护中立国的权利，于是派遣战舰执行护航任务。1800年8月，不列颠战舰以回击相威胁，终止了丹麦的抗议行动，丹麦人根本不是实力正往巅峰迈进的皇家海军的对手。
不过年底时情势变了，沙皇保罗一世（Tsar Paul）因不列颠占领马耳他而与之决裂。他向丹麦、瑞典和普鲁士施压，让它们加入“武装中立联盟”，准备在深海打击不列颠人的傲慢气焰，宣示中立国的贸易权利。这些国家的海军联合起来有将近100艘战列舰，对不列颠构成了严重威胁。如果她们破开不列颠封锁圈，法国海军就能从波罗的海获得大量重要补给物资。重振活力的法国海军将会全面瓦解不列颠现行的战争策略。海军上将海德·帕克[106]受命破坏这个联盟。
帕克被视为波罗的海专家，不过他年事已高，且行事优柔寡断。圣文森特正是想摆脱这个古怪又不靠谱的高级将领才举荐他去执行破坏联盟的任务。但形势的发展未如其所愿，圣文森特突然被任命为第一海务大臣并再次成为帕克的上司。不久前刚晋升海军中将的纳尔逊勋爵被派去参与这个至关重要的任务，以增加胜算。他和汉密尔顿的恋情广为人知，而且他明显表露出对她的痴迷，因此人们认为纳尔逊已经彻底转移了注意力，变得不可靠了。
海军受命行进至哥本哈根，准备迫使丹麦人让步或者摧毁他们的舰队，然后帕克和纳尔逊再进攻俄国海军，如有必要，也对瑞典施以恫吓。海军必须加快步伐。
等到3月7日纳尔逊在雅茅斯加入舰队时，他心里已经盘算好如何击败北方联盟了。而帕克正在筹备一场舞会，这位64岁的舰队司令官刚刚迎娶了一位18岁的姑娘，并不急着赶去波罗的海。等到远航要开始时，帕克却不让纳尔逊查看重要情报。他们还在战略制定上产生了分歧，舰队司令准备等敌人自己冒出来，纳尔逊则希望直接前往喀琅施塔得（Kronstadt），重创挑起这场事端的俄国人，帕克认为这样风险太大。他们还在是从大贝耳特海峡（Great Belt）还是丹麦海口（Sound of Denmark）进入波罗的海的问题上浪费了更多时间。就在帕克多番拖延的同时，丹麦人已经组织起了自己的防御力量。
正面进攻哥本哈根的想法把帕克吓坏了。进攻部队将进入国王海峡（King’s Channel），这是一条狭长的带状水域，水深较浅，位于名为中央高地（Middle Ground）的大片浅滩和哥本哈根港口之间。海峡靠城市的一侧排列着丹麦战舰、浮动炮台和堡垒。最终，领军进攻的机会分给了纳尔逊，这个任务比尼罗河那次更为艰难。
“能指挥这样一群卓越不凡的同伴实在是我的运气”，纳尔逊在回忆他的舰长时这样说道。[107]托马斯·福利在他的旗舰HMS“大象”号（Elephant）上担任舰长，老朋友托马斯·福利曼特尔、托马斯·汤普森和乔治·默里（George Murray）也在此舰供职。其他优秀的舰长被分配在其他船舰上，包括6艘74炮战舰、3艘64炮战舰、1艘54炮战舰、1艘50炮战舰、5艘护卫舰、4艘史鲁普船、2艘火船，还有许多装载了火炮的布里格帆船以及将起到重要作用的7艘轰炸船，一旦战列舰击破防线，就将由它们摧毁丹麦人的船坞。帕克留了6艘最大的战舰从北面逼近哥本哈根。
纳尔逊几乎没有时间整合队伍。3月30日夜里，他乘着小艇去霍兰德海渊（Hollander Deep）侦察地形并在浅水处留下浮标作为警示标志。第二天他带着自己最亲近的舰长们登上帕克的旗舰并概述了自己的计划。一艘船先行进入海峡，在一艘预先确定好的丹麦战舰或者相同体积的浮动炮台对面抛锚，然后开火；第二艘船从第一艘船的外侧经过，然后在下个目标附近抛锚并开火。如此重复，船舰将顺着敌人的阵线铺下去。护卫舰将与丹麦防线的北面部分交手，同时布里格炮船和1艘护卫舰将扫射敌军阵线南端。一旦解决了海岸防线，不列颠陆军将占领三王冠堡垒（Tre Kroner），之后轰炸船开始轰炸城市和船坞。一名在场者回忆说：“纳尔逊勋爵精力充沛的形象令人印象深刻，（他）一直在舱室里来回踱步，看不出一丝惊慌或者优柔寡断的样子。”[108]
翌日他们放置了更多标识危险区域的警示标志。他和心腹属下在“亚马逊”号（Amazon）护卫舰上开了会，然后亲自划船在船舰之间穿梭，用他“刺耳”缓慢的诺福克腔调大声宣布指令。[109]之后他设宴招待麾下所有舰长，并在进餐时不断提振他们的斗志，因为这支分队的确非常紧张不安，引航员和航海长都不敢奢望自己真能穿过那些浅滩。
第二天所发生的意外证实了他们的担忧。那些率先进入海峡的船舰在中央高地上搁浅，经过仔细安排的方案没多久就被打乱了。纳尔逊只得亲自指挥，引领“大象”号穿行海峡中部区域。尽管如此，和纳尔逊希望的情形比起来，引航员接引的船舰与丹麦战舰还离得太远。
11点45分，所有不列颠战舰（包括那些搁浅的）都进入战斗，即便射程较长，丹麦人还是被轰惨了。不过英方早已料到丹麦人的抵抗会非常凶残，漂浮的炮台很难克制。与圣文森特角战役的西班牙水手以及尼罗河战役的法国水手比起来，丹麦人战斗的理由更切实具体：他们是在为自己的家人和家园而战。他们可以在战斗中途获得补给和增援，这在远离陆地的海战中基本是不可能的。但不列颠海军的炮火还是为己方争得了主动权。12点45分，在英军发射了40轮舷炮之后，多数丹麦战舰失去了作战能力。
海德·帕克爵士此时待在距此5英里的地方，丹麦人的抵抗让他烦躁焦虑。他在下午1点15分打出旗号：“行动停止。”事后帕克解释说他当时是担心纳尔逊陷入困境，所以才发出信号以给对方撤退的机会，这样纳尔逊就不必担心会遭到军事法庭的审判而声名受损，何况纳尔逊可以自由选择服从或者不服从，但这是借口。命令就是命令，不是建议。
正在攻打堡垒的护卫舰看到了旗号并且遵令而行。“纳尔逊会怎么看我们？”他们的指挥官诘问。[110]纳尔逊的副指挥官看到了信号，不过他把这个重复出现的旗令藏到了一张船帆后面，并且继续升着近身作战的旗令。纳尔逊看到后表示认同。“你知道的，弗里，”他说，“我只剩一只眼睛，所以有些时候我有权看不见一些东西。”然后他把望远镜放在右眼上说：“我真的没有看到那个旗令。”
如果纳尔逊遵从了那个旗令，或者舰长们选择遵从帕克而不是他的指令，哥本哈根之战就会成为史上最严重的海战灾难。事实上，下午2点时丹麦战舰基本都被摧毁了。托马斯·福利曼特尔写道，他从没有在海战中见到过像发生在丹麦战舰上那样血腥的屠戮。纳尔逊说那是一场大屠杀：“任何正常人看到那个场景都不会高兴。”但纳尔逊还算不上已经击败了丹麦人，他们的炮台还在轰击，对最北面的不列颠战舰造成了严重的破坏，并给英军带来巨大伤亡。不仅如此，纳尔逊有包括旗舰在内的数艘船舰搁浅。他其实仅有一点微弱的优势。
纳尔逊之后的举动是最有争议的。他写了一封信给丹麦王储。“纳尔逊勋爵收到过指示，如果丹麦放弃抵抗，英国就会饶了她”，他接着写道，如果丹麦人仍旧开炮，他将别无选择，只有在不救出丹麦俘虏的情况下直接放火烧了浮动炮台。王储同意休战。纳尔逊继续写信说，如果丹麦和大不列颠宣布和平，那将是“他有史以来的最大成就”。
机敏的思维使纳尔逊成功摆脱了眼下的困境。他得以把破损的船舰撤出敌军堡垒的射击范围，让搁浅的船只重新下水，最重要的是，他能够保住到手的战利品。此役2艘敌舰被击沉，1艘爆炸，12艘被俘。被俘船只中有11艘被焚，还有1艘用来送受伤人员回国。纳尔逊麾下的高级军官和他的朋友将此举视为“政治上的大师之作”。他扭转了弱势地位。他的英勇早已得到证明，现在他又为自己赢得了足智多谋、极具政治勇气的美名。他的决心和人格力量奠定了这场胜利，并讨回了自己的威名。
帕克派纳尔逊到岸上和谈，以为自己赢得谨慎行事的名誉。谈判受阻后，轰炸船被带到可以轰击哥本哈根的位置。丹麦担心自己如果支持不列颠就会遭到俄国的报复，和谈不成的症结就在此。而没过几天这个威胁就不复存在了，沙皇遇刺使丹麦有了寻求和平的自由。纳尔逊继续追击瑞典海军，后者慌忙返回港口。帕克不同意他继续深入波罗的海。然而此时政府和圣文森特都已厌倦了帕克，于是命令他回国。纳尔逊成为舰队司令官并晋封子爵。6月时大局已定，形势对不列颠十分有利。纳尔逊和舰队于7月1号抵达雅茅斯。哥本哈根之战乱象丛生，并不值得庆贺，不过它的重要性不容否认——不列颠需要排除法国，独占波罗的海的海军补给品。
就在同时，另一名经历了尼罗河战役的老将正显露出新一代不列颠海军将领的非凡气概。詹姆斯·索马里兹在此前已晋升海军少将，负责加的斯封锁行动。7月6日，带着6艘战列舰的索马里兹进入直布罗陀附近的阿尔赫西拉斯（Algeciras），向3艘有西班牙火炮堡垒保护的法军战列舰发起攻击。这次进攻颇有纳尔逊的风采，只是索马里兹没有纳尔逊的好运。风向和潮汐都和他的进攻方向相反，这场被称为第一次阿尔赫西拉斯之战的战斗就这么结束了。英军损失了1艘船，其余船舰破损严重。索马里兹退到直布罗陀进行紧急修补。7月12日，西班牙一支由5艘战列舰（另加1艘法军战列舰）组成的队伍抵达此地，准备护送法军前往加的斯。索马里兹再次迎难而上发动进攻。
当夜的战斗后来被称为第二次阿尔赫西拉斯之战，索马里兹的5艘战列舰对阵法西联军的9艘战列舰。他派出阵中速度最快的“非凡”号（Superb，74）率先接敌。“非凡”号抢到敌军分队的后路朝着“真实卡洛斯”号（Real Carlos，112）发射了3轮舷炮。令“非凡”号舰长理查德·基茨（Richard Keats）欣喜的是，“真实卡洛斯”号陷入惊慌之中并误朝和她并肩的“埃梅内希尔多”号（Hermenegildo，112）开炮。“埃梅内希尔多”号开炮回击，以为“真实卡洛斯”号是不列颠战舰，接着其他敌舰也开始朝他们以为的“非凡”号开火，而真正的“非凡”号则顺着敌军阵线前进，在短暂交锋之后俘虏了“圣安东尼奥”号（San Antonio，74），任由法西联军在黑暗和硝烟中互射。“真实卡洛斯”号着了火，而且当“埃梅内希尔多”号移过来扫射她的船尾时两者撞到了一起，这两艘西班牙海上巨兽之后都发生了爆炸，造成无数死伤。
刚吃败仗没多久，索马里兹就大胜一场，公众对海军又燃起了巨大的希望。海军在一系列行动中——从持续数月的沉闷的封锁行动到第二次阿尔赫西拉斯之战这样光荣且干净利落的交锋——证明了自己的非凡气魄。1801年的哥本哈根之战展现了海军的残酷无情。索马里兹获胜之后，西班牙下令本国战舰从布雷斯特撤回，自此西班牙和法国的关系开始趋于冷淡。10月，不列颠和法国开始进行和平谈判，双方于1802年3月签订《亚眠和约》（Peace of Amiens）。
但是两国的和平关系并未延续多长时间。1803年3月，法军横扫意大利，不列颠数条阵线受到威胁。如果拿破仑控制了意大利，他就能再次瞄准地中海东部并对埃及和印度施以重击。与此同时，拿破仑正在布伦集结规模庞大的陆军准备入侵英格兰。守护国土的重任被托付给了不列颠海军将领们。基斯统领北海舰队。康沃利斯勋爵负责指挥封锁布雷斯特，他是一个年迈阴沉但尽职尽责的海军将领。舰队一如在圣文森特执掌时那样纪律严明、能力强大、组织完善。康沃利斯就候在韦桑岛附近等待开战的那一天。卡斯伯特·科林伍德受命打理繁重的岸上事务。爱德华·珀柳封锁费罗尔。纳尔逊勋爵则受命指挥地中海舰队封锁土伦。
理论上，如此声势浩大地部署能兵强将以抵御拿破仑似为天才之举；但实际上，和平时期的海军饱受折磨。圣文森特伯爵是一名伟大的海军将领，却在行政上表现拙劣，他认定海军委员会是腐败和浪费的聚集之地。他对船坞以及在那里工作的人也持如此观感，并且开始了一系列针对行政人员和合同商的政治迫害。第一海务大臣强行推动新的经济策略，他和许多军人一样，认为行政者只知道如何花钱，但不懂得该把钱花在什么上面。被圣文森特视为骗子的人与海军的合同全部作废。
结果在和平时期，海军行政体系内部斗了起来，船坞和仓库中干系重大的工作彻底中断。等到战事重起时，舰队司令们发现自己的舰队缺乏船和补给，只能通过强行征兵、配额供应和输送囚犯的方式补充船员。
地中海的形势尤其糟糕，不列颠一进入和平时期，这里的舰队就疏于打理了。舰队中船舰腐朽且亟待修补，供给线沉通不畅，水手们士气低沉、饥肠辘辘且受困于疾病。纳尔逊于1803年被派往地中海时，接手的就是这样的舰队。他抵达朴次茅斯后发现自己的旗舰HMS“胜利”号“相当混乱”，船上只有一半的水手，及至船上满员时，船员中“尽是各式各样的囚犯，有些是被警察逮捕的，还有些是从监狱里出来的，不一而足。说白了，卷帆、收帆、掌舵，没一样有人会”。[111]更糟糕的是，她可能不再是纳尔逊的旗舰，因为康沃利斯勋爵有优先选择权。
“胜利”号缓慢地驶向约定地点与康沃利斯会合，同行的还有HMS“安菲翁”号（Amphion，32）。但是纳尔逊一直看不到英吉利海峡舰队的影子，这使他愈加恼火。他换乘到一艘护卫舰上急匆匆地前去与自己的舰队会合。等到“胜利”号找到康沃利斯的时候，勋爵却根本不想要这艘船以及随行的“安菲翁”号。纳尔逊给前首相写了一封饱含愤懑之情的信，说他知道自己尽快赶到地中海有多么重要，不过“我能用的只有上级长官给我的这些工具”。[112]
