随着“皇家方舟”号覆没，皇家海军进入史上最严峻的时期。没过几日，“巴勒姆”号战列舰在埃及西北海岸线附近被U-331号U型潜艇送入海底。不久后，日本帝国海军（Imperial Japanese Navy，IJN）6艘航母对珍珠港（Pearl Harbor）的美国舰队发动袭击，塔兰托战役与之相比可谓不值一提。
日本帝国海军航母搭载的战机数量是英军航母的两倍，而且这些战机比过时的剑鱼式鱼雷轰炸机速度更快、性能更优。日本人在海上空战进攻方面的造诣可谓登峰造极。相比之下，英国人在战争初期还算英勇的投入根本微不足道。
三天后，即1941年12月10日，皇家海军面对日本海军全力出击的空袭和鱼雷袭击。为扰乱日本夺取英国殖民地和荷兰殖民地的企图，一支规模虽小但战力强悍的舰队受命出击。丘吉尔认为，英国战列舰只要在印度洋露面就能起到和以往一样的效果——令包括日本在内的所有敌人土崩瓦解。英国在东南亚的优势地位岌岌可危。上将汤姆·菲利普斯爵士（Admiral Sir Tom Phillips）正在马来西亚海岸线附近试图破坏日军登陆行动。不过他犯了一个致命的错误。他没有申请空军从新加坡提供空中掩护。
结果他面对的是世界上有史以来最强大骇人的海上空军队伍。“反击”号（Repulse）战列舰遭到数波三菱轰炸机（Mitsubishi bomber）袭击。她动作娴熟地躲过了大堆大堆的鱼雷，不过4波敌军轰炸之后，5发鱼雷直接命中了“反击”号，她还是沉入了海中，508名舰员捐躯。HMS“威尔士亲王”亦在同一轮袭击中被击沉。
战败的消息传到伦敦时正是午夜，丘吉尔被叫醒后得知了这个消息。“整场战争，没有任何一个消息比这个更令我震惊了，”他回忆说，“……我转了个身蜷缩在床上，心中满是这个战报带来的惊惧。除了珍珠港事件中幸存下来的美国战舰，印度洋中已经没有任何英国或美国战舰了，而且美军幸存战舰正匆忙回返加利福尼亚（California）。这片无边无垠的水域被日本人牢牢掌控，而我们，不论身在其中哪一处都是孱弱而毫无防备的。”[77]
5天之后，在亚历山大附近有一艘皇家海军巡洋舰丧命于一艘U型潜艇。4天后，K舰队和B舰队追击意大利护航队时闯进了雷区，一艘巡洋舰和一艘驱逐舰被炸沉，另有一艘巡洋舰身受重伤。马耳他的突击部队失去作战能力。同一天，意大利潜水部队驾驶着配备了鱼雷的“马亚来”潜水器（maiale）进入亚历山大港，把水下爆破弹安在了“伊丽莎白女王”号和“勇士”号上。这是英国在地中海的最后两艘战列舰，它们孤苦伶仃地搁浅在亚历山大港中，甲板建筑和结实的巨型舰炮伸出水面，一如倾颓衰落的不列颠。
意大利人保住了地中海中部的海上控制权。12月，纳粹空军重返地中海，其基地对马耳他东西两面航路形成包围之势。轴心国护航队成功驶往非洲，而英国由于海上力量微弱，护航队基本无法再抵达马耳他。在意大利战舰的侵扰和德国轰炸机的空袭下，仅20%的补给物资幸存。马耳他遭遇现代史上最残酷的围困之一——如世界末日一般的连续轰炸。
新加坡曾是英国在苏伊士运河以东最重要的基地，是海事战略的核心所在。1942年2月她沦于日本人之手。同月，盟军在爪哇海战役中全面溃败。HMS“埃克塞特”号——普拉特河大捷的勇士——亦在折损战舰之列。詹姆斯·萨默维尔爵士被调到印度洋任舰队司令，舰队由5艘老旧的战列舰和3艘航母组成。它们面对的是日本帝国海军威力巨大的航母和技术先进、速度快捷的战列舰。萨默维尔3艘航母上的90架舰载机将对面日本帝国海军由训练有素的飞行员驾驶的300架战机。
用丘吉尔的话说，那是“这场战争最危险的时刻”。皇家海军已经承受不了任何失败。萨默维尔选择不与日本帝国海军正面交手，尽管如此他还是丢了“赫尔墨斯”号和两艘巡洋舰，前者是第一艘现代意义上的航空母舰。
同月，皇家海军的尊严在另一处亦遭受重创，德军“沙恩霍斯特”号和“格奈泽瑙”号两艘战列舰以及“欧根亲王”号巡洋舰破开布雷斯特之围，沿英吉利海峡回到本国港口。皇家海军、数百架皇家空军战机和海岸炮台的合力阻拦被它们躲开。《泰晤士报》刊载的尖锐评论写道：“自17世纪以来，本国海域从来没有发生过如此折损海军尊严的事情。”[78]
此事的影响远不止对英国海战史的冷落斥责。纳粹海军非常需要战舰阻断北极护航队，自1941年夏天以来，北极护航队就一直在从英国、加拿大和美国向阿尔汉格尔（Archangel）和摩尔曼斯克（Murmansk）输送巨量的战争物资。苏联战局至关重要，而这些飞机、坦克以及其他军事补给更是不可或缺。纳粹海军正需要像“沙恩霍斯特”号和“俾斯麦”号姊妹舰“提尔皮茨”号（Tirpitz）这样的战舰切断苏联补给线。纳粹海军第一战斗群（Battle Group I）现身挪威后给皇家海军带来巨大压力。北极护航队仅靠巡洋舰、驱逐舰和轻型护卫舰护航是不够的，德军战列舰正潜伏在挪威峡湾，皇家海军只得忍痛从主力舰队中抽调出数艘战列舰和一艘航母，为运往苏联的数以千计的坦克、飞机、弹药和卡车保驾护航。[79]
第一批护航队没有遭受什么严重损失。从1942年开始，纳粹海军和纳粹空军感觉不能再任由盟军的补给行动这样进行下去了。1942年4月，北极白昼开始延长，盟军的损失亦开始加剧。北极圈的冰封海面大战频发。由于轰炸机的轮番袭击加上严寒的气候，北极圈护航成为皇家海军最艰难的任务，这也反映出1942年的一些情形。PQ13船队折损了9艘商船中的5艘以及1艘护航的捕鲸船。从此之后，护航船队遭到U型潜艇和轰炸机持续袭击。5月，PQ16船队共折损8艘航船。
不过PQ17船队在6月的遭遇更为悲惨。它是当时北极护航队中阵容最强大的一支。35艘商船由护航舰近身贴护，并配有一支英美联合军队作为掩护。船队多次在U型潜艇和战机的袭击下奋勇穿行，直到7月4日，瑞典情报机构告知海军部，“提尔皮茨”号和重型巡洋舰“希佩尔海军上将”号（Admiral Hipper）已从特隆赫姆出击，同时重型巡洋舰“吕佐夫”号和“舍尔海军上将”号（Admiral Scheer）也已离开纳尔维克。英国和美国护航舰艇——包括HMS“约克公爵”号、USS“华盛顿”号、“胜利”号航母和40艘其他战舰——受命返回斯卡帕湾。护航行动分散进行。
抵达苏联的补给船只有11艘，共有22艘船在途中被飞机和潜艇击沉。这对皇家海军来说无疑是一场大灾难，并使她在华盛顿和莫斯科心目中的分量大大降低。德军赢得太轻松了，他们觉得似乎水上打击就足以震骇盟军船舰，并由纳粹空军和U型潜艇任意猎杀。北极圈护航队直到9月才被叫停。丘吉尔称之为“整场战役中最像噩梦的海上行动”。[80]
大西洋上，实行狼群战术的U型潜艇正在享受第二次“欢乐时光”。U型潜艇被调去地中海对付“皇家方舟”号等战舰后，大西洋护航队有了一些喘息之机。1941年12月美国参战后，U型潜艇指挥官又多了数以千计的肥美猎物，这些全无防护的目标原本一直是碰不得的。1942年1月至8月，U型潜艇共击沉609艘航船，总吨位达600万吨，而U型潜艇的折损数目仅为22艘。航船损失数量在几个月内陡增，从1月的91艘，至4月的140艘，再到10月的196艘。情况在2月变得更为复杂，当时纳粹海军升级了恩尼格玛（Enigma）密码机并引入一种新秘钥——TRITON。盟军再也无法定位到德军U型潜艇狼群在大西洋中的位置。
1942年7月，U型潜艇离开快意狩猎的美国东海岸，返回大西洋中部袭击加拿大和英国之间的护航队。损失急剧攀升。英国出现食物和燃料短缺。1942年是纳粹海军U型潜艇的黄金时期，它们是英国和皇家海军的噩梦。
此时日本人正在东方猖獗肆虐。在地中海、大西洋和北极圈，具有重大战略意义的补给线路一直遭受侵袭。这是关乎经济存亡的决战。随着美国和苏联参战，保持前往英国的海上航线畅通就成了左右欧洲命运的关键所在。1942年是局势飘忽不定的一年。皇家海军已到了极限，所到之处均是压力重重，让她尝遍陌生的失败滋味。不过虽然处于最黑暗的时刻，但英国对它的依赖程度超过以往任何时候。丘吉尔一语中的：“大西洋战役主宰着整场战争的走向。其他任何一处的战局——不管陆上、海上抑或空中——最终都取决于这里的战斗结果，这一点我们应时刻谨记。”
