关于整编的程序和时间，是马歇尔在谈判中最关心的问题。他的基本原则就是“尽快”，但落实这个原则却遇到来自国共双方的阻力。国民党方面虽然愿意整编中共军队，以达到取消或控制对方的目的，但也担心，国民党军队官兵会因整编受中共军队的政治影响，军心不稳。张治中在给蒋介石的报告中说，在一年之内混合编组国共军队，其结果“利害参半”。因此，他在谈判中涉及这一问题时始终消极应付，声称一切均视马歇尔和中共代表的意见而定，自己不提任何方案。
中共中央虽然主张执行政协决议，准备在整军问题上以某些让步换取中共军队的合法化和国家民主化，但，也考虑到，军队在中国政治中具有极其重要的意义，必须谨慎行事。因此整编要有一个过程，不可急于行事。至于与国民党军队混编，中共方面原则上坚决反对。由于国共双方在整编的程序和时间上均持谨慎的态度，在混编问题上又有根本分歧，谈判中不可避免地发生了长时间的争论。
谈判开始后，双方便就协议中使用“统编”还是“混编”发生争论。国民党代表提出，国共军队整编成60个师之后，即应完成“混编”，即只有一支国家军队，而不应再有国军与共军之分。周恩来则坚持只能使用“统编”一词，以免造成误解，实际上是根本否定“混编”。由于这两个词的区别显而易见：“统编”可以理解为统一编制，不等于将军队混合；“混编”的含义可以是不分程度和级别地混合编组军队。几经争论，双方最后一致同意，在协议中使用“统编”一词。
关于统编，国民党方面没有拿出具体方案，周恩来则主动提出了统编的程序和时间表。他指出，统编中的一些措施对中共是全新的问题，因此中共主张分阶段逐步完成之。在统编的第一阶段，国共军队应各自完成复员整编，亦即12个月以后开始实行统编。他提出的理由是国共双方的军队经历了18年的敌对之后，要统一在一个旗帜下并非易事，急于求成会产生各种难以克服的困难。而且中共军队缺乏正规训练，还需要准备一段时间，才能达到正规化的标准。
马歇尔的方针是整编完成后，立即实现双方军队在一定级别上混合编组。他没有理由反对周恩来提出的逐步统编的建议，但决不同意将统编长时间拖延下去。他主张整编开始后4～6个月，即着手在一定级别上混合编组。他提出的折中方案是整编开始6个月以后，先以军为单位混编；从第7个月开始，每月编成一个集团军；每个集团军由国共各一个军组成，共编组4个集团军，驻扎于华北地区；整编开始后第13个月起，再以师为单位混合编组。至于中共军队的正规化训练，马歇尔表示美军可以在中共控制地区的选定地点举办军事训练学校，培训中共军队的下级军官，这样就可以避免拖延时间。
商谈的结果是马歇尔的建议被国共双方代表接受。这个方案对国民党方面来说，既可以达到混编的目的，又可以避免立刻混编带来的不利影响。对中共方面来说，由于混编的级别较高、影响不大，而且半年以后才开始实行，可以有充分的时间来观察形势和做好准备工作。
2月25日，三人小组签署了《关于军队整编及统编中共部队为国军之基本方案》。这个方案被马歇尔视为得意之作。在整军协议签字仪式上，马歇尔称这个整军方案是“中国的希望”，他还措辞激烈地谴责了国民党内的顽固分子“自利自私，即摧毁中国大多数人民所渴望之和平及繁荣生存权利而不顾也”。[40]这既反映了马歇尔对整军协议的重视，也表明他对这个协议可能被破坏不无担忧。
马歇尔到中国后经过两个月的努力，使国共谈判取得重大突破。停战、政协和整军三大协议的签订一度使中国展现出和平、民主和统一的前景。马歇尔能一举取得如此巨大的成就，客观环境固然是重要的因素，而他本人在调处中尚能保持客观、冷静和公允的态度，也是同样重要的原因。如果这些主客观因素能够继续存在，1946年的中国历史将有可能向与后来不同的方向发展。
二 马歇尔与东北内战
从1月停战谈判开始至2月25日国共达成整军协议，中国大地曾一度有希望出现和平的局面。然而，这一线希望很快因东北燃起内战之火而破灭。从1月7日至14日的营口争夺战开始，国共军队在东北的武装冲突愈演愈烈，并逐步向关内蔓延，最终演变成全面内战。美苏两国及国共双方在东北地区的妥协是马歇尔使华有望取得调处成功的主要背景，围绕东北问题展开的复杂纠纷是促使杜鲁门政府调整对华政策的一个至关重要的原因。马歇尔来华后接连处理了一个又一个棘手的难题，唯独在东北问题上束手无策。调处东北内战的失败是马歇尔整个调处失败的开端，也是他调处失败的关键所在。
国民政府在战后解决东北问题时，一贯坚持一家独占的原则，拒不承认中共在东北的地位，也拒不讨论中共代表团提出的限制国民党军队在东北行动的建议。国民政府的基本策略是把国共争夺东北的斗争扩大为国际纠纷，利用国民政府在国际上的合法地位和签署的相关国际协议，使国民政府独占东北的要求合法化，进而使其为独占东北采取的军事行动合法化。
在停战谈判和整军谈判期间，国民政府一直矢口否认国共在东北一些地区已经形成对峙的局面。国民党方面在谈判中声称，东北问题的本质是国际问题，没有内政问题；国民政府接收东北的行动有中苏条约为根据，因此不能受到国共谈判的限制。鉴于东北有国共和苏联三方同时存在的实际状况，国民政府奉行一家独占的方针，否认中共军队在东北存在的事实，必然会导致它最终凭借武力争夺东北。
从1945年11月下旬开始，中共中央逐步改变了一度实施的争取控制全东北的战略计划，并公开提出用政治方式解决东北问题，包括主张在东北成立包括中共在内的地方性民主联合政府。停战协议签订后不久，中共中央明确提出和平解决东北问题的具体方针，即在国民政府承认中共在东北一定合法地位的条件下，与国民党方面合作实行民主改革，和平建设东北。[41]
在停战谈判期间，周恩来曾经多次向马歇尔说明，中共中央承认国民政府有权根据中苏条约，从苏军手中接收东北行政权。但东北问题不仅仅是外交问题，而且包含内政问题。中共军队已经占领东北许多城镇、厂矿、交通线和乡村，并建立了地方政权。基于这种现实，解决东北问题必须区分内政与外交。为防止发生武装冲突，国民党军队向东北运兵必须事先与中共方面协商，运兵数量必须有所限制。[42]经过谈判，中共方面认为，军事三人小组实际上达成若干默契，包括国民党军队在东北驻军不得过多；在秦皇岛登陆的国民党军队只能进入东北；国民党军队经过华北解放区的其他交通线向东北运兵，事先必须与中共协商；进入东北的国民党军队应按时向军调部报告调动情况。在整军协议中规定，国民党军队将在东北驻扎5个军。中共方面据此理解，调入东北的国民党军队最多不应超过5个军。[43]这种理解是有根据的，不应被视为误解。
马歇尔解决东北问题基本上遵循两个原则，即保证国民政府在东北居于统治地位，以及尽量避免引起国共之间的武装冲突。东北是美国和苏联在东亚抗衡的焦点。从对苏战略出发，杜鲁门政府绝对不允许东北出现国共分庭抗礼的局面。在美国领导人看来，承认中共在东北的地位无异于打开苏联向中国渗透的渠道；只有国民政府独家经营东北，或至少在东北占压倒优势，美国人才能放心。
另一方面，马歇尔虽然坚决执行杜鲁门政府的既定方针，支持国民政府恢复对东北的统治，但并不等于他认为美国为达此目的可以不惜诉诸武力。马歇尔当时的顾虑有三：第一，如果爆发国共内战，苏军可能以东北秩序混乱为理由，再次延迟撤出东北；第二，国民政府并没有能力在东北用武力征服中共；第三，东北内战会蔓延到华北，战端一启，牵动全局，驻华美军将再遇尴尬局面。[44]
马歇尔在东北问题上执行的是一种相当矛盾的政策，那么是否可以说，只要马歇尔同意美军为国民党军队向东北运兵，就一定会导致武装冲突？显然不能用简单的是与否做结论。因为中共中央毕竟没有否认国民政府有接收东北的权力，也没有否认国民政府在东北的存在，尽管这种承认是有条件的。如果马歇尔能够像解决其他问题一样，持慎重和务实的态度，履行军事三人小组已经达成的默契，东北内战还是有可能避免的。问题是马歇尔并没有这样做，他偏偏要去扮演江湖魔术师的角色，其认真的程度令人瞠目，也难怪中共领导人后来会讥讽他的调处是在演“文明戏”。
马歇尔调处东北内战经历了三个阶段。第一阶段从1月24日到3月27日，调处的中心是争取向东北派遣停战执行小组。谈判的结果是达成了一项实际上无法生效的向东北派遣执行小组的协议。
马歇尔提出向东北派遣执行小组的建议，是由国共军队在营口展开的争夺战引起的。营口是国民党军队一直企图控制的重要港口，目的是使海运的国民党军队可以从那里登陆。1月7日，也就是停战令公布前三天，国民党军队向营口中共守军发动猛烈进攻，企图在停战前抢占这一战略重镇，以便为向东北运兵做准备。经过三天激战，国民党军队于10日攻占营口。之后，中共军队决定趁对方立足未稳，在13日夜24时停战令生效之前夺回营口。13日拂晓，中共军队向营口发动反击，当晚即攻入市区，将国民党守军包围在原市公署、海关和邮局等三个孤立的据点中。24时停战令生效后，中共军队奉命停止射击，维持现状。但被围的国民党军队却借机发动反攻。于是中共军队再度发动进攻，于14日晨全歼国民党守军1700余人。
营口争夺战显然属于停战令生效后的遗留问题。马歇尔在接到营口冲突的报告后，于1月24日向国共双方提出一份备忘录，建议军调部立即向营口派出执行小组，而且将来发生类似事件，可依例采取同样行动。[45]马歇尔的建议立刻得到中共代表的赞成，但由于国民党代表坚决反对，军事三人小组一直未能就此问题达成协议。
马歇尔提出向东北派遣执行小组的建议，看起来治标不治本，实际上却是深谋远虑的一着棋。这一点随着围绕东北的国际关系的发展变得越来越明显。2月9日，马歇尔在给杜鲁门的电报中披露了他解决东北问题的全盘计划。他在电报中指出：“过去一个月在中国业已完成的许多事情能否巩固，在很大程度上将依赖于处理满洲动荡的局势。”美国在东北问题上必须采取更多的行动，其中包括：（1）实现中国统一，有统一的中国军队，建立联合政府和恢复交通；（2）美军尽快撤出中国，避免苏联发出对英国在希腊驻军那类的指责；（3）中国宣布准备向日本派遣军队。“由于中国具有国内统一的明确事实，由于美国战斗部队撤退而使龃龉消失，以及由于中国军队参加驻日盟国占领军而提高了它的地位，中国到那时就可以将满洲问题提交远东委员会。”[46]
马歇尔的判断是清楚的，就是准备把解决东北问题纳入美国对苏战略的轨道，试图使中国最终能按照美国的愿望，用一个声音对苏联讲话。按照他的设想，只要苏联没有中国内部纠纷作为借口，美国就有机会通过外交手段迫使苏联放弃对东北的干涉。当然，如果他的设想真的变成现实，东北问题最终必将成为一场国际争端，东北必难逃再次成为大国竞技场的命运。
在限制苏联的考虑的支配下，马歇尔到中国后，一面极力为国民政府向东北运兵创造条件，一面鼓励国民政府在中苏合作经营东北企业的谈判中务必采取强硬立场。马歇尔的行动得到杜鲁门政府的有力支持。2月间，杜鲁门政府向苏联和国民政府发出措辞强硬的照会，表示不能坐视美国在东北的利益因中苏间的妥协而受到损害。[47]它还与英国一起，单方面公布了“雅尔塔秘密协定”，从而煽动起反苏情绪。
但是，马歇尔和杜鲁门政府的这些行动并非没有问题。马歇尔的设想得以实现的前提是实现中国的统一，这在他给杜鲁门的电报中说得非常明确。在中国还没有实现统一的情况下，加之中共军队在东北发展迅速，美军为国民党军队向东北大规模运兵，必然会助长蒋介石和国民党武力解决东北问题的气焰，由此引起中共军队的坚决反击也是必然的。对国民政府的意图马歇尔看得也很清楚，况且鼓励国民政府对苏采取强硬态度，难免会招致苏联的报复，在东北造成对国民政府不利的形势。在这种情况下，将向东北派遣执行小组作为临时性的缓冲办法，既可以缓解东北冲突地区的紧张局势，避免因东北发生武装冲突而打乱马歇尔的战略部署；又可以使美军代表进入东北合法化，为苏军撤退后直接插手东北做准备。可以设想，如果军调三人执行小组能够顺利进入东北，苏军撤出后，那里出现的局面将会是美国在国共之间纵横捭阖。马歇尔一直深信，三人执行小组不能进入东北，那里的形势将会演变成对国民政府的致命威胁，尽管蒋介石的看法完全相反。
从1月中旬开始，国民党军队第七十一军、新六军和新一军被陆续运抵东北南部，这一地区的武装冲突亦随之逐步升级。进入东北的国民党军队不去从苏军手中接收地方，而是以锦州至沈阳的铁路线为中心，四出攻掠，先后进占盘山、台安、新民、阜新和彰武等地区。由于东北地区形势日益紧张，中共中央断定解决东北问题，已成为时局的关键，因此必须争取尽快同国民政府谈判解决东北问题。[48]这一方面是为了配合中共中央在东北“让开大路、占领两厢”的战略部署，保证将东北工作的重心顺利地转移到建立巩固的根据地方面；另一方面也是由于东北苏军这时正极力反对中共军队在东北作战，他们担心大规模冲突会导致美军借机直接进入东北。[49]
2月2日和12日，中共中央书记处两次召开会议，专门讨论东北问题。会议决定，目前还是要争取和平解决东北问题，争取在东北与国民党方面和平合作。中共中央指示重庆代表团，应主动与国民党方面谈判解决东北问题，向对方提出国共应共同接收东北，东北政府应民选，立即向营口派遣三人执行小组，驻东北的国民党军队不得超过10万～15万人等建议。[50]15日，中共中央发表公开讲话，详细介绍了中共在东北已获得的地位及其组织和实力，并提出解决东北问题的四项原则，其核心就是必须承认中共在东北已经拥有的重要地位。[51]
为了确保在谈判中居于有利地位，中共中央在政治上采取主动行动的同时，亦指示东北局在军事上必须坚持有理有利有节的斗争。一方面，必须采取自卫立场，不刺激对方，并尽可能争取苏军在外交上配合中共方面的和平合作方针；另一方面，根据东北国共武装冲突暂时难以避免的情况，中共中央要求东北部队在自卫的条件下，争取打一两个胜仗，杀一下国民党军队的威风，使之不敢在东北为所欲为。[52]
如果说中共中央在东北是执行以和平合作为主、以军事行动配合谈判的方针，那么国民政府恰恰相反，是以谈判配合军事进攻，更倾向用武力解决问题，拒绝承认中共在东北的地位。1月22日，国民党方面正式拒绝向营口派遣执行小组，理由是担心那样做会引起与苏联的纠纷。周恩来曾经于 2月14日、15日、18日、19日的三人小组会议上和这期间与张治中的双人会谈中，一再提出通过谈判解决东北问题，但国民党方面一再拖延，不置可否。2月20日，马歇尔再次提出派遣执行小组进入东北，亦遭到国民党代表的反对。[53]
2月间，马歇尔一直专心于整军谈判。他对东北问题非常重视，却并不急于解决。2月20日的建议被国民党方面否定后，他没有再为制止东北冲突采取其他措施。21日，周恩来曾经向他提出三点建议，他仅仅表示赞成，认为有必要制定一项关于东北的政策，以避免误会。然而他并没有为制定那项政策探索可行的途径。[54]2月28日至3月5日，军事三人小组出巡华北，视察解决停战令生效后的遗留问题，进一步稳定华北形势。直到3月6日三人小组返回重庆，马歇尔才认为已有必要争取尽快解决东北的问题。这一方面是由于马歇尔看到华北局势基本稳定，认为可以集中精力于东北；另一方面是因为马歇尔已经决定于3月11日回国述职，他希望在行前能控制住东北形势。但这时重提向东北派遣执行小组问题，为时已晚。
从3月11日开始，苏军从沈阳沿长春路逐步向北撤退，国共争夺苏军撤出地区的斗争随之展开。国民党军队在美军帮助下，经过一个多月的调兵遣将，在东北南部地区已经集中5个军的兵力，准备以沈阳为中心，向东南北三个方向发动所谓的“扇形攻势”。与此同时，在美国的鼓动下，以国民党六届二中全会为转折点，国民政府对苏联的政策开始转向强硬。蒋介石这时认为，美国舆论谴责苏联正“日渐积极”，而丘吉尔的富尔顿演说“几使人有第三次世界大战其将来临之感矣”；马歇尔正越来越向国民党倾斜，他“对共党阴谋，似有略进一层之认识”。[55]结果，不仅国民政府公开拒绝苏联在东北经济问题上的要求，国民党六届二中全会还通过了《对苏联提出抗议，严重交涉限期撤退其东北驻军》的提案，要求“切实交涉”以促使东北苏军“迅即撤退，交由国民政府派军接防”。[56]军事准备的完成和外交接收的失败，使国民政府越来越倾向在东北走军事冒险的道路，蒋介石缺的只是美国持续不断的支持和援助。
3月9日，蒋介石在与马歇尔会谈时，对向东北派遣执行小组一案提出五点附加条件：（1）执行小组只解决军事冲突，不干预政治事务；（2）执行小组应随国民党军队进止；（3）国民政府有权接收长春路及其沿线两侧30公里内的地区，中共军队应从这一地区撤出；（4）国民党军队有权进入铁路沿线各矿区；（5）中共军队不得阻碍国民政府接收主权。[57]蒋介石向马歇尔提出如此复杂而又苛刻的条件，其用意无非是执行小组要么不进入东北，要么进入东北后成为掩护国民党军队发动进攻的工具。
3月初，中共中央对东北形势的估计也在发生明显的变化。国民政府拒不谈判东北问题，而进入东北的国民党军队到处进攻中共军队，抢占地盘，致使中共中央认为有必要逐步加强在东北的军事行动。中共中央在这一时期指示东北局，国民政府一面命令国民党军队发动军事进攻，企图击溃我方军事力量；一面利用外交手段，使苏联将更多的城市交给它接收。因此，国共在东北的军事对抗和冲突将持续一个时期，东北中共军队必须迅速准备粉碎国民党军队的进攻；中共军队目前不再向东北增兵，如果国民党军队增兵数超过5个军，则采取报复行动。[58]
3月4日，毛泽东向到延安访问的马歇尔重申了中共解决东北问题的一贯方针。3月10日，周恩来向马歇尔递交了中共对东北问题的声明。声明指出：中共方面曾经表示同意国民党军队进入东北，条件是它向北接收，而非向西进攻；1月间又表示赞成马歇尔提出向东北派遣三人执行小组的建议。然而这些行动均由于国民政府拒绝谈判解决东北问题而未能产生任何结果。为了顺利及合理地解决东北争端，中共方面今后将按照两个原则进行谈判：（1）东北的内政和外交分别解决，中共不介入中苏外交，不干涉中苏谈判；（2）军事和政治同时解决，中共在军事方面已做重大让步，承认整编后国民党军队在东北保持军事优势，国民政府亦应承认，政协决议的民主原则适用于东北，改组东北政务委员会和各省、市政府，实行地方自治的联合政纲。[59]第二天，周恩来在与马歇尔会谈时再次强调，在东北地区，政治和军事两个问题必须同时解决。[60]周恩来的谈话比之前2月21日提出的仅包含军事问题的三项建议前进了一大步，这表明中共中央在东北形势即将进入转折的时刻，仍然力求从根本上解决国共在东北问题上的分歧。
马歇尔经过与蒋介石和周恩来商谈，于3月11日提出一项派遣执行小组赴东北的“命令草案”。这个草案有两个特点：第一，只谈军事和外交接收，不谈国共在东北的冲突问题；第二，几乎接受了蒋介石提出的全部附加条件。[61]马歇尔在当天向周恩来说明，不能接受政治和军事同时解决的要求，他的理由是美军人员“厌恶”卷入政治事务的争论。这听上去更像是个借口，因为马歇尔本人就深入地介入了政协谈判，而且对此举津津乐道。在这里马歇尔不是厌恶卷入政治事务，而是不希望在苏军没有撤完之前讨论东北的内政问题。马歇尔的草案受到中共方面的坚决反对，因为它肯定会助长国民政府凭借武力独占东北的气焰。
3月11日的“命令草案”是马歇尔态度开始变化的重要标志。由于马歇尔在东北形势发展的关键时刻向国民政府全面让步，他的调处从此很难再保持公正。此时杜鲁门政府的对华政策深受正在爆发的冷战影响，由此导致对苏联战略的偏见使马歇尔贬低了东北地区内政问题的极端重要性，不愿意承认中共在东北已取得有利地位的现实。关内局势的初步稳定又使他产生了有条件、有资本可以对中共强硬一些的幻想。这是他调处东北内战的一个致命误判，这个误判使他与蒋介石殊途同归。
马歇尔在回国述职期间仍然很关注东北形势，并督促美方代表吉伦（Gilem，Alavan C.）积极调处，尽快向东北派出执行小组，但东北内战局面实际上已经无可挽回。国民政府在美军协助运兵的支持下，很快把东北变成中国第一个大规模内战的战场。3月27日，国共达成向东北派遣执行小组的协议。[62]事实很快证明，这项协议只是一纸空文，根本无法贯彻执行。
马歇尔在东北的第二阶段调处开始于4月上旬，调处的中心是长春问题。就在国共达成向东北派遣执行小组的协议的第二天，国民政府东北行营主任熊式辉通知军调部，不准执行小组进入东北。经吉伦一再交涉，蒋介石才于3月30日向熊式辉发出指示，东北行营不得拒绝三人执行小组进入东北，以及不得让三人执行小组妨碍国民政府接收。意即三人执行小组可以进入东北，但行动必须限制在国民政府允许的范围内。[63]4月3日，执行小组的中共代表到达沈阳，结果被国民党军队扣押在机场。三人执行小组中的国民党代表则以他们的领导尚未到达为借口，拒绝采取任何行动。国民政府显然是在制造障碍，以便拖延时间，造成三人执行小组无法在东北展开工作的既成事实。
面对国民政府的阻挠，美方代表仅仅决定在没有制定具体原则之前暂停进入东北。马歇尔了解情况后，立刻打电报给吉伦，指示他建议召开国、共、美三方会议，就地迅速解决问题，否则不能离开沈阳，要用有力的手段达成有效的协议。[64]4月7日，吉伦奉命向蒋介石提交了一份措辞强硬的备忘录，指责国民党方面借故拖延时间，阻碍三人执行小组前往冲突地点调查。他要求蒋介石立刻采取行动，否则就会破坏东北已处于摇摆之中的平衡。在美方的督促下，执行小组于第二天就调查问题达成协议。[65]但美方所坚持的仅仅是调查，这对制止内战不可能起实际作用。14日，军调部派三位委员到沈阳视察，行期三天，来去匆匆，可以说是一次名副其实的“调查旅行”。而向东北派遣三人执行小组的协议就这样被国民党方面破坏了。
国民政府阻挠执行小组进入东北看来是有预谋的行动。4月1日，蒋介石在国民参政会第四届二次会议上发表讲话，声称东北问题“本质上是一个外交问题”，在主权接收完毕之前，“没有什么内政问题可言”；国民政府对东北“只有接收主权，推行国家的行政权力，军事冲突的调处，只在不影响政府接收主权、行使国家行政权力的前提之下进行”，任何人不得借外交困难，要挟政府以自立，国民政府不承认中共在东北的地位。[66]蒋介石的讲话不啻是一份宣战书，点燃了东北的内战之火。东北保安司令杜聿明此时亦命令所部国民党军队，迅速抢占各战略要点，并限令立即攻占四平。
蒋介石之所以敢于如此不顾一切地破坏向东北派遣三人执行小组的协议，并公开发表好战讲话，同美方的态度有直接关系。军调部的美方代表尽管在执行小组进入东北问题上与蒋介石有分歧，但在保证国民政府控制东北这一点上是与蒋站在同一边的。进入东北的三人执行小组中的美方代表曾经接获的密令明确要求由国民党军队占领所有村镇、城市及交通线上的要点，并单独管理所有铁路、公路、水上和空运交通、交通设备、铁路两侧30公里以内的地区，以及单独占领所有工厂、煤矿、电厂和其他设备的地区。[67]事实表明，美方坚持向东北派遣执行小组，主要是为了在避免冲突的条件下，保证国民政府的接收能顺利进行。因此，美方只要求蒋介石同意向东北派遣三人执行小组，对蒋介石加于执行小组的苛刻的限制条件则始终不置一词。
美方继续为国民政府向东北运兵是助长蒋介石气焰的另一个重要因素。杜鲁门政府一面试图避免东北发生内战，一面又不惜帮助挑起内战的国民政府谋求军事优势。3月28日和31日，军调部的中共代表和周恩来分别向美方提出抗议，反对美军继续协助国民政府向东北运送军队。吉伦在答复时声称，停战令规定可以向东北调动国民党军队。至于中共代表指责进入东北的国民党军队已经超过5个军，吉伦认为那是中共方面以整军方案为标准提出的非难，而整军方案的规定只适用于12个月以后，目前东北国民党军队的数量不应受此限制。[68]吉伦在给马歇尔的报告中则把周恩来的抗议说成仅仅是一种威胁。吉伦无非认为，中共解决东北问题离不开马歇尔的调解，因此他们对美国的抗议不过是虚张声势，不会根本影响其对马歇尔调处的态度。马歇尔默认了吉伦为国民党方面做出的辩解。本来，美军停止运送国民党军队是制止东北内战最有效的手段，然而美方代表恰恰对此不肯做任何妥协。美方代表的行动对国民党挑起东北内战来说是在推波助澜，对于马歇尔的调处，则无异于自掘坟墓。
4月初，由于国民党方面破坏派遣执行小组进入东北的协议和美军继续向东北运送国民党军队，东北大规模内战已经是一触即发。中共中央根据“让开大路、占领两厢”的战略计划，曾经准备将长春路及其沿线的大城市让给国民党接收。但是，国民党军队进入东北后不是积极向北接收，而是在南满四出攻城略地，致使东北的战略布局发生了深刻变化。面对这种情况，中共中央重新修订战略计划，于3月下旬多次向东北局发出指示，要求“不惜一切重大牺牲，保卫北满，保卫战略要地”“用全力控制长、哈两市及中东路全线”“以南满、西满为辅助方面”。[69]
中共中央重订战略部署的依据是东北外交和军事形势的变化。从1月开始的中苏解决东北经济问题的谈判拖拖拉拉，一直未能达成任何协议，这期间中苏关系从缓和转向恶化。因此东北苏军在北撤回国过程中，不断给国民党军队设置障碍，致使国民党军队向北推进根本跟不上苏军撤退的步伐。另外，国民党军队进入东北后，将主要兵力用于打通承锦交通和争夺南满战略要点。其结果是在客观上造成了中共军队被迫向北收缩，而国民党军队向北接收兵力不足的局面。在这种局面下，东北苏军的撤退自然给中共军队造成了在东北北部发展的极好机会。中共中央当时还估计，经美方调处，东北停战协议是有可能达成的；在达成东北停战协议和三人执行小组到达之前，中共军队如能控制长春、哈尔滨和齐齐哈尔等大城市，将会提升中共的谈判地位，从而更有利于和平解决东北问题。[70]
3月27日，周恩来在谈判中仍然表示，国民政府如果同意东北停战，还可以确保它在长春和哈尔滨的地位，但国民政府继续采取拖延解决的态度。4月8日，国民党军队向四平发动进攻，遭到中共军队的顽强抵抗。由于四平久攻不下，国民党军队根本无法到达苏军已撤离的长春。
4月9日，时任国民党谈判代表的陈诚忽然改口，表示同意在东北地区停战。这显然是缓兵之计，目的是争取增援时间。两天后，周恩来向中共中央建议，为争取停战后的有利地位，最好于苏军撤出后两天之内占领长春。中共中央第二天便指示东北局，按周恩来的建议采取行动。[71]中共军队遂于18日向驻守长春的国民党收编的原伪军姜鹏飞部发起攻击，当日即占领长春。随后中共军队又相继占领了哈尔滨和齐齐哈尔。
中共军队占领长春是在东北内战已经发生的情况下，为了配合谈判和实施保卫北满计划而采取的具有战略性的军事行动。但是，它毕竟发生在国际矛盾尖锐、复杂的东北地区。在苏军撤退过程中，中共军队第一次断然夺取东北大城市，无疑预示着中共中央的内外政策正发生着深刻的变化。
4月间，毛泽东起草了题为《目前国际形势的几点估计》的党内文件，并在中共中央领导人中传阅。毛泽东在文件中指出，美苏迟早还要妥协，但妥协的范围不是无限制的，而且美苏的妥协“并不要求资本主义世界各国人民随之实行国内的妥协。各国人民仍将按照不同情况进行不同斗争”。[72]如果说在此之前，中共中央的战略总的说来是在适应美苏妥协的前提下，尽可能争取最好的条件；那么占领长春的行动和毛泽东起草的文件则表明，中共中央正在下决心冲破美苏格局的束缚，按照中国的实际形势，推动中国革命运动的发展。从4月开始，中共中央对美国对华政策的批评日趋尖锐，同样是这种变化的反映。
就在中共军队占领长春的当天，马歇尔返回中国。他认为此刻中国的局势已经全面恶化。4月8日，吉伦曾经提出解决东北问题的四项办法：（1）东北的中共部队停止调动；（2）中共军队从中苏条约涉及的铁路线及其附近的地区撤出；（3）中共军队从占领的铁路线及其沿线的城镇后撤至少一天行程的距离；（4）中共军队按上述办法撤退时，国民党军队不得追击。[73]吉伦这个建议的倾向性十分明确，目的就是要保证国民党军队占领苏军撤出的交通线和战略要点。第二天，周恩来在三人小组会议中拒绝了吉伦的建议。他提出东北必须先停战，然后才有条件讨论其他问题。谈判至此中断。中共军队占领长春后，国民党方面借机扩大东北内战，声称国民党军队不占领长春便无停战可言，东北内战由此迅速白热化。
马歇尔这时除了继续奉行自相矛盾的政策外，并没有为制止东北内战找到什么新办法。他的指导思想仍然是避免冲突同时确保国民党军队的优势地位。首先，马歇尔并不赞成国民政府借争夺长春而扩大内战。他认为，如果国共冲突加剧，苏联可能会以护路为理由，继续在长春以北的铁路线上驻军。而且国民党军队全力向北推进，势必会使兵力分散和战线太长等弱点更加凸显，有被中共军队各个击破的危险。其次，一旦东北内战蔓延到关内，他前三个月的努力必将付之东流。不论上述哪一种情况发生，都会影响杜鲁门政府在中国的战略目标。另外，基于力求使国民政府控制东北的战略考虑，马歇尔又不得不支持国民政府控制长春。长春是联系南北满的战略枢纽，长春的得失直接关系到国民政府在东北的地位。失去长春，国民政府就会失去对东北北部的控制权，东北就会形成国共分庭抗礼的局面，而这正是马歇尔一开始调处就在竭力避免的。
为了摆脱面临的困境，马歇尔设想以长春作为讨价还价的筹码，一方面要求中共军队撤出长春，以换取国民政府停止内战；另一方面要求国民党军队停止进攻，并延缓进入长春，以此换取中共中央在东北北部做更多让步。两者之间孰缓孰急，则随长春争夺战的形势而定。在中共军队撤出长春之前，马歇尔以向中共施加压力为主，直至不惜放手让国民党军队攻打。
马歇尔到重庆不久，即向国民党方面指出，现在形势已经极为严峻，美国海军目前不会也无力在中国支持一场规模巨大的内战。蒋介石完全清楚美国的战略意图，他指责美国援助国民政府并不如苏联对中共的援助更有力；美军不加强向东北运送国民党军队，可能给国民政府的接收带来灾难性后果。东北行营向蒋介石报告说，国民党军队在东北的困难是缺乏后续部队和物资接济，除了四平、长春一带尚属顺利外，在其他各地区均难以支撑，甚至沈阳都受到威胁。面对这种局势，马歇尔决定同意美海军为国民政府向东北运送更多的军队，并向蒋介石提出了具体的运输计划。[74]实际上马歇尔在华盛顿期间就向魏德迈表示过，为国民党军队再增运两个军到东北并不违反之前国共达成的协议。[75]
马歇尔的行动受到中共方面的谴责。周恩来向马歇尔指出，美国违反整军协议继续为国民党军队向东北运兵，是导致东北内战的重要因素。解决东北问题的关键，一是美国停止为国民党军队运兵，二是立即停战。而且由于东北已经发生大规模的武装冲突，整军协议中规定的国共军队在东北的比例不再适用，中共军队的数量必须增加。马歇尔在会谈中为美国援蒋运兵进行辩护，不过他除了重复吉伦的观点外，也未提出什么新的理由。[76]
4月23日，马歇尔起草了一份东北停战令草案。他在草案中提出四点建议：（1）国共双方军队必须于接到命令后的24小时内立即停战；（2）根据整军协议，确定双方军队在东北的位置，国民党军队的第五十四军、第九十三军继续调入东北；（3）国民党军队接收东北必须根据三人执行小组的专门指令进行；（4）东北的政治问题由国共协商解决，目前暂时维持现状。[77]马歇尔在这里表现出的意图同以往是一致的，问题是随着国民政府向东北调入的军队越来越多，停战的可能性就越来越低，蒋介石的态度也就越来越强硬。
24日，蒋介石向马歇尔提出东北停战的条件。他声称停战的前提是中共军队将长春让给国民党军队，然后（1）在东北实行1月10日的停战协议；（2）双方军队调动应根据整军协议进行，目前继续完成国民党的第五十四军、第九十九军两个军向东北的调动；（3）长春路沿线30公里以内由国民党军队接收，中共军队不得阻碍；（4）长春路沿线30公里以外中共控制区的政治问题，由国共协商解决。[78]这其实就是一个要求中共单方面妥协的方案。
蒋介石要求中共执行整军协议的规定，他却要向东北运送9个军，而东北的政治问题被限制为中共控制地区的政治问题。他提出执行1月停战协议，无非是重申国民政府向东北运兵的合法性，并要求中共军队退回原防，其余的地方均由国民政府随意接收。面对如此苛刻的条件，连马歇尔都认为提出来毫无意义，徒增双方的对抗和猜忌。马歇尔苦口婆心，力陈利害，蒋介石却无动于衷。他所需要的美援已经到手，马歇尔的劝告与美国运输舰相比，太不实惠，根本没有说服力。
马歇尔在交涉无结果后，再次向国民党方面让步，于29日把蒋介石的四项条件转告周恩来。他声称：中共军队让出长春是妥协的唯一基础，否则他就退出调处。马歇尔做这样的威胁太不自量力了，因为即便马歇尔在那里调处，美国军舰也没有停止将国民党军队和武器装备运进东北，中共也并没有因此就屈服于压力。马歇尔把美国在中国的影响力估计得太高。周恩来当时明确告诉马歇尔，蒋介石的条件不可能被接受，因为国共的分歧不单纯在长春一地的归属，而是先打仗、再谈判，还是相反。中共方面的原则是先停战，停止调动军队，派遣三人执行小组到冲突地区监督停战，然后讨论东北的军队布防、复员、调整军队比例等问题。周恩来说中共并不谋求控制东北，只是要求在新组成的东北地方政府中能有合理的地位，并通过和平协商，在民主的基础上决定东北的前途。马歇尔对周恩来的答复是，他看不出与蒋介石讨论中共的建议有什么用处，国民政府的停战努力已被中共军队占领长春所破坏，所以他决定退出调处。[79]
马歇尔曾经一再声称，中共军队占领长春是东北发生大规模内战的根本原因，他退出调处是为了向国共双方施加压力。实际情况是中共军队占领长春是在东北已经发生内战，而美国又无力制止的情况下发生的。可以肯定地说，即使中共军队不占领长春，东北也绝不会因此出现和平局面。马歇尔对此一清二楚，可以说他的辩解有些虚伪。马歇尔退出调处是在国民党军队全力围攻四平，而他承诺继续为国民党军队向东北调进两个军的情况下做出的决定，他实际上是接受了蒋介石打下长春再谈其他问题的立场。马歇尔的调处和美国援蒋运兵本来是两个相互制约的因素，但马歇尔退出调处，美国军舰却在继续为国民党军队向东北运兵，这实际上是在向中共施加压力。如果说马歇尔3月11日提出的东北停战草案是他调处策略转变的开端，那么他4月29日退出调处的声明则标志着这个转变的完成。其结果是他在调处中的地位一落千丈，在国共两党的心目中，他都变成了可以利用来推行某种策略的缓冲器。
马歇尔退出调处的目的是借“战场上的事态发展”打破国共谈判的僵局。换句话说，他是希望利用国民党军队取得军事优势来迫使中共改变立场。然而事与愿违，不仅四平争夺战旷日持久，而且东北的战火开始向关内蔓延。国民党军队一面在东北大打出手，一面不断向中共中原部队发动蚕食性进攻。中共中央为了配合保卫四平和长春，开始在南满采取军事行动，并于5月初在锦承路沿线发动交通战。山东的中共军队亦在津浦路沿线地区出击，进逼徐州国民党守军。马歇尔对东北内战引起的连锁反应焦虑万分，尽管他声明退出调处，却始终坐卧不宁，一刻也没有停止幕后活动。
5月4日和8日，马歇尔分别会见时任国民党代表的徐永昌和俞大维，提醒他们注意，如果不尽快解决东北问题，肯定会波及华北。他提出一项折中办法，即中共军队撤出长春，由军调部在长春设立前进指挥所，国民党军队6个月左右之后再进入该城。[80]5月10日，马歇尔根据蒋介石的要求起草了一份备忘录，全面分析了国民党军队在东北的战略地位。他在备忘录中指出，考虑到无法确定中共军队未来会采取何种行动、苏联会有什么反应以及交通运输的状况等因素，国民政府必须妥协，否则会引起军事、经济和财政各方面的混乱。妥协的具体方案是先南后北，将国民党军队配置于长春和长春以南各点，同意中共军队配置于哈尔滨以西至满洲里；待达成协议后，国民党军队再向北推进；政治问题可以通过划定军队防地求得解决。他警告蒋介石，国民政府“在东北的军事实力是软弱的，中共在东北则拥有战略上的优势”；国民政府如不采取灵活态度，就会丢掉东北的大部分地区，华北亦将随之崩溃。[81]
马歇尔此时对东北形势的估计还是冷静的、有预见性的。但他在此基础上提出的解决办法却很成问题。他向蒋介石提出先继续稳定华北，阻止东北内战向华北蔓延；在东北则先控制东北南部，巩固国民党军队已经占领的阵地，然后通过政治方式解决东北北部的前途。这个方案虽然基本上没有超出他最初的设想，却已经大大地后退了一步，即承认了国民党军队用武力夺取东北南部战略要点的既成事实。
马歇尔为了推行他的计划，一面报告杜鲁门，美军准备停止向东北运送国民党军队；一面向蒋介石提出四点建议，其核心是以在长春设立军调部长春指挥所和延缓国民党军队占领长春，换取中共军队撤出长春和长春以北的关键城市。[82]
