光绪帝和慈禧在政治上的巨大分歧，在朝野俨然形成了两派政治势力 —帝党和后党。帝党主要以翁同龢为核心，成员有文廷式、志锐、汪鸣銮、长麟、张謇等。他们要求慈禧还政于光绪帝，赞同革新，但他们大多是词馆清显、台谏要角，虽自视清高，却无权无势。后党集团以荣禄、奕劻、刚毅、世铎为中心，在京的王公大臣、文武百官和京外的督抚藩臬，都以慈禧为核心，他们实权在握，阵营整齐，势力强大。双方实力不可相提并论，但即使是以卵击石，帝党也不甘心被完全排除在政事之外，帝后两党的第一次激烈冲突便发生在甲午战争中。
日本强大以后，急于扩展势力范围，邻近的清国首当其冲，日本在伺机而动。机会终于来了，光绪二十年（1894）五月，朝鲜爆发东学党起义，清廷驻朝委员袁世凯派兵镇压，很快风平浪静，但双方就撤兵问题迟迟未达成一致意见。日本岂肯放过机会，以保护侨民为由，不断增兵。战事结束，双方协议撤军，日军却不撤反增，双方战争如箭在弦上，不得不发。
慈禧主和，光绪帝主战。深谋远虑的慈禧早已洞悉双方实力悬殊，贸然一战必然会损失惨重，暗中支持李鸿章游走于各国之间，寄希望于外交解决；光绪帝年轻气盛，是可忍孰不可忍，不信泱泱大国对付不了日本这个「蕞尔小邦」。光绪帝一反往日对慈禧太后的言听计从，每次上朝大谈抗战，并谕令李鸿章为淮军统帅，增兵朝鲜。帝党纷纷上书言战，推波助澜，造成了强大的舆论攻势。慈禧不得不妥协，同意宣战。
光绪帝责令李鸿章积极备战，无奈李鸿章是个见风使舵之辈，唯慈禧之命是从，见慈禧一心筹备自己的六十大寿，对战事主和不主战，李鸿章对光绪帝的谕旨只是敷衍塞责，寄希望于外交干涉，积极奔走于英、俄、美、德之间。世界上没有永恒的盟友，只有永恒的利益，俄国局势不稳，无力东顾；英、美、德等不希望俄国独占清国东北，对日本出兵也是听之任之，李鸿章的如意算盘全部落了空。
李鸿章的妥协思想贯穿淮军上下，淮军在战场上一溃千里。八月，日本在丰岛海面偷袭清军运兵船，点燃战火，中日双方正式宣战。战争爆发后，中国军队败绩频传，牙山失守，平壤失城，主帅叶志超吓得狂奔五百里，一路逃至鸭绿江，日军一路攻城略地，战火烧过鸭绿江，凤凰、旅顺、海城的清国军队接连败北。帝党见势对后党又发起了猛烈的攻势，要求撤换李鸿章，启用被慈禧赶下台的恭亲王奕欣，并将同情帝党的李鸿藻送进了军机处，打破了后党独霸军机处的局面。光绪帝奋发图强，试图力挽狂澜。他每天天未明就起床批览奏章，频繁召见臣僚讨论战事，希望集思广益拿出克敌制胜的方法。无奈朝中大臣禀承慈禧懿旨，对战事不敢用心，光绪帝渐感独木难支，身心疲惫。
面对帝党的咄咄逼人，慈禧开始反击，翦除光绪帝的羽翼。珍嫔一直是光绪帝主战的一个强大精神后盾，珍嫔鼓励他冲破重重罗网，维护主权领土完整，也趁机夺回大权。珍嫔的胞兄志锐是帝党中坚，极力联络朝中主战派，壮大势力。主战派的折子常被军机处的大臣们扣押，志锐便利用裙带关系，常让主战派的奏折通过珍嫔直达圣听。有位品级较低的主战官僚想上奏折言战事，可惜屡次上折都被阻，于是想通过李莲英递交皇帝，可李莲英要价太高，这位官僚转而投靠珍嫔，这才一偿宿愿。李莲英得知消息后，怀恨在心，状告慈禧。珍嫔此举无疑犯了慈禧的大忌。慈禧六十大寿，照例要晋封一批妃嫔，所以当年正月初一日，慈禧便发布懿旨晋封珍、瑾二嫔为妃。十月份，册妃的典礼都择好了吉日，十月二十九日光绪帝在给慈禧请安时，慈禧铁青着脸，不理睬他，光绪帝在地上一跪就是两个多小时。最后，慈禧恶狠狠地说：「珍妃的事，你不管，我来管。不能让她破坏家法，干预朝政。下去吧！」光绪帝不知原委，听得一头雾水，心想坏了，一定是珍妃有什么把柄在她手中，这下凶多吉少，却不敢多问。光绪帝回到宫中依然坐立不安，预感有不祥之事将要发生，于是派太监出去探知消息，不久太监来报：清晨，慈禧命令太监李莲英当众杖责珍妃。刑不上大夫，何况是皇帝的宠妃，宫中基本上是不对妃嫔动刑的，可怜珍妃娇躯弱体，被打得遍体鳞伤，奄奄一息，抬入宫后，御医诊治了半个月方才能够下床活动。次日，慈禧再降下一道懿旨：珍、瑾二妃降为贵人。慈禧借题发挥，对珍妃干预朝政的事严加追究，一批帝党人员纷纷落马，珍妃宫中太监高万枝被就地正法，同时受到牵连的还有珍妃的胞兄志锐，志锐参劾慈禧亲信孙毓汶等，激怒慈禧，被贬往乌里雅苏台，帝党御史安维峻藉攻击李莲英影射慈禧，被充军张家口，另一帝党中坚、珍妃的老师文廷式因托病出京，这才幸免于难。帝党势力折损大半，主和派声音一时尘嚣日上。光绪帝坐卧不宁，却束手无策。
十月初九日，慈禧六十寿辰，紫禁城弦歌悠扬，鼓乐喧天，光绪帝及王公大臣赏戏三日，诸事延置不办，北京城张灯结彩，沉浸在一片欢乐之中。日本却在这一天给慈禧送来了一份重礼：攻占旅顺，直逼大连。光绪帝为此恼怒不已，慈禧泰然自若，对前方战事全然不放在心上。
北京城歌舞升平时，辽东战火烧得正旺，威海卫又狼烟四起，十二月开始，半个月之内，北洋大臣李鸿章经营了半辈子的海军全军覆没。清廷被迫签下城下之盟——《马关条约》，承认朝鲜自主、割地、赔款、开放商埠。
一贯被中国人瞧不起的小国「倭寇」竟能全歼大清北洋水师，索得巨款，割走国土，这种丧权辱国的条约令光绪帝五内俱焚，他时而仰天长叹，时而悲愤落泪，他不仅未能解民于倒悬，反而内忧外患日甚一日。年轻的皇帝心有不甘，他要夺权，重振河山。
甲午一败让帝后两党感受到了奇耻大辱，神州上下也如天雷震响，炎黄子孙奔走呼号，救亡图存迫在眉睫。知耻而后勇，一场声势浩大的改革运动在五湖四海掀起自救风云。
戊戌政变
戊戌变法是光绪帝政治生涯中最重要的一次活动，它是光绪帝政治理想的一次实践，也是帝后较量最为激烈的一次。在这次全面的碰撞中，光绪帝澈底明白什么叫「以卵击石」。
光绪帝从小就爱慕西学洋物，对新鲜事物抱有特别的兴趣。一次师傅张家襄无意间讲起外国人进膳用手不用筷子，光绪帝回宫后，果然学洋人用手扒饭，结果弄得满脸满手全是饭粒，把慈禧逗得哭笑不得。他最喜欢的玩具是西洋钟表、火轮车模型、留声机等，他还饶有兴趣地学了一段时间的英语，美国的《纽约时报》还为此作了专门报导。在翁同龢等帝师的引导下，读了大量中外史地和早期资本主义者的著作，他自称这些著作使他「受益匪浅」。他的这种逐步开眼看世界的眼光是他的「亲爸爸」无法理解和认同的，因为他的「亲爸爸」只懂运筹于帷幄之间决胜中华大地，即使对一衣带水的日本，她都是陌生的，就更遑论对世界局势的高瞻远瞩了。
一向对慈禧望而生畏的光绪帝拿出了毕生的勇气请庆亲王奕劻转告慈禧：「我不做亡国之君，如不给我实权，我宁可退位！」一向爱权如命的慈禧怎能忍受如此大逆不道的话，立即暴跳如雷，大吼道：「他不愿坐此位，我早就不愿他坐了！」慈禧对这个离心离德的傀儡皇帝早已失去了兴趣，恭亲王奕欣病入膏肓，民众因战事失败而迁怒于她，内外交困，这个节骨眼上遽行废立，难免引起不必要的麻烦。但慈禧对忤逆的养子已经受够了，沉思再三后，决定先采取权宜之计，放手让光绪帝去干，一旦光绪帝露出把柄，她再痛打落水狗，一招致命，让那些高谈阔论的帝党输得心服口服。慈禧让奕劻转告光绪帝：「皇上欲办事，太后不阻。」就是这样一个没有限期的承诺让光绪帝兴奋不已，他要像日本明治天皇一样变法维新，自强救国。
真正激发势单力薄的光绪帝孤掷一注地要将改革的理想付诸实现的人是维新派的领袖康有为。康有为是广东南海人，自中法战争大清战败后，他强烈渴望以变法来挽救国家危亡。光绪十四年（1888），他赴顺天乡试时，曾向朝廷递过《上清帝第一书》，提出了「变成法，通下情，慎左右」的主张，后回到广东聚徒讲学，著书立说，宣传变法，引起了社会震惊。甲午之败后，康有为正在北京应试，联合各省举人一千三百多人「公交车上书」，痛陈民族危亡的严峻形势，提出拒和、迁都、练兵、变法的主张。可惜上书被阻，光绪帝对此毫不知情，但康有为的上书却在百官众僚中广泛传开，帝师翁同龢屈尊下驾，夜访康有为，聊救国大计。虽然他对这个狂妄得不知天高地厚的知识分子并不认同，但被他赤诚的救国之心感动，《上清帝第四书》终于到达光绪帝的手中。光绪帝如饥似渴地读完康有为的奏折，激动得难以言表，此时正值德国出兵侵占山东，各国虎视眈眈，瓜分豆剖之危近在眼前，他决心重用康有为，推行变法。
启用布衣为良相，对于无权的光绪帝而言这是难上加难的事，最后他冲破重重阻力，退而求其次，将康梁一派任以小职、委以大任，很快一批维新派新将加入帝党阵营。康有为任职总理衙门「行走」后，维新派的梁启超、谭嗣同、杨深秀、杨锐、刘光第、康广仁等先后受到重用。通过与他们频繁接触，光绪帝对变法的形势和主张有了更明确、具体的蓝图。光绪二十四年（1898）四月二十三日，光绪帝意气风发地颁布了《明定国是诏》，正式向中外宣示进行变法维新。这道上谕犹如变法的动员令，披荆斩棘，撕破了后党因循守旧的壁垒，是拨旧开新的大举。
《明定国是诏》颁布后，后党中坚奕劻、荣禄、刚毅等向慈禧哭诉光绪帝的任性妄为，请太后早定大计。老谋深算的慈禧自有计划，就在变法后的第五天，变法诏书当时墨迹未干，慈禧便强迫光绪帝连下三道谕旨和一道任命：以「渐露揽权狂悖」罪将翁同龢革职并逐出京城；凡以后一切官员升迁任命都得先到太后面前「谢恩」；宣布当年秋光绪帝陪太后到天津阅兵；将王文韶调入朝廷中枢，任命荣禄为直隶总督，统管京津三军。
翁同龢是唯一一个位居津要的帝党官员，与光绪帝多年来情同父子，翁同龢的被逐令发布后，光绪帝如同五雷轰顶，一连几天以泪洗面，不吃不喝，他与维新派的联络也陷入被动。翁同龢是帝党中最为稳健的一个，他离京后，光绪帝的步伐迈得更快了，加上一向对光绪帝暗加保护的恭亲王奕欣病逝，帝后之间的润滑剂没有了，缺乏历练的光绪帝变得更加急躁。不久他重整心情，亲自召见康有为等人，可康梁等人都是不入流的「小官员」，事权有限，为了避免因人事变动造成后党的关注，光绪帝决定只给事权，不给官权。慈禧耳目遍布朝野，已布下了天罗地网，密切注视光绪帝的一切言行。光绪帝每次召见康有为都如临大敌，地点随时变动，还得支开左右，围帘密谈，且每次都是寥寥数言，便匆匆而散。可即使如此小心谨慎，光绪帝的一言一行还是躲不开慈禧的法眼。有次光绪帝在颐和园仁寿殿秘密召见康有为，召见才刚开始，荣禄便闯了进来，当面向光绪帝参劾康有为「辩言乱政」。虽然光绪帝据理力争，康有为得以平安离开，但这一警告让光绪帝惊出了一身冷汗，也让康有为明白了光绪帝的处境。康有为一改往日要求大刀阔斧力行变法的主张，建议光绪帝采取渐变措施：保留旧衙门，添置新衙门；勿革旧大臣，任用新小臣；维新官员只需赏个小官，委以重任，便可以拥有决策性的参议权。光绪帝命康有为「在总理各国事务衙门章京上行走」，这是一个六品卿衔，慈禧只要求四品以上的大员任命要谢恩，这一妥协性的措施避开了慈禧人事上的干扰，不失为一个权宜之计。
《明定国是诏》颁布后不久，全国掀起变法热潮，上百条变法诏书雪片般飞向全国，有时数日一令，有时一日数令，叫人目不暇给，内容林林总总。维新派奔赴各地进行变法宣传活动，报馆、学会如雨后春笋般涌现。全国正掀起一波波除旧布新的波澜，人人言变法，天天讲变法，思想封闭的中国人正经历着一场前所未有的变革洗礼。
改革不外乎利益的重新分配，这必然会极大地损害既得利益者的权益，如旗人不再享用特权，而是自谋生计；如枢机重臣不参与政要商议，而被搁置一旁……改革的每一步都伤筋动骨，都会招致山潮海啸般的反抗，何况是全面改革。地方政要大多是紧随慈禧，除了湖南巡抚陈宝箴外，几乎所有督院巡抚都将诏令束之高阁，有的甚至高唱反调。光绪帝大感意外，气愤不己，决心整整这批趋炎附势之徒，九月六日，他将原礼部六堂官全部罢黜，第二日另起炉灶，任命谭嗣同、林旭、刘光第、杨锐为四品军机章京，凡一切奏章都由他们四人拟稿，并免去了李鸿章、敬信在总理衙门行走等，如此咄咄逼人的态势无疑是在向慈禧公然挑衅。一群布衣起家而不知政坛险恶的读书人，一个政治上稚气未脱的年轻帝王，连手对付一群久居要津、善于翻云覆雨的朝廷重臣和一个一言定鼎、稳坐钓鱼台的智谋太后，实力悬殊岂可以千里计。
九月十四日，光绪帝第十一次赴颐和园，请慈禧允许任康有为等为懋勤殿顾问，而懋勤殿顾问主管改革的全盘事宜，这无疑是想架空军机处。这一次慈禧被澈底激怒，痛责光绪帝听信小人之言，试图破坏祖宗基业，一向忍让的光绪帝一时失去理智，也顶起嘴来：「儿子宁愿破坏祖宗之法，也不忍心丢弃祖宗之民、祖宗之地，被后人耻笑！」这话一出口，无疑是将甲午战争的罪责抛给当年主和的慈禧，慈禧气急攻心，连连叫光绪帝滚出去。帝后矛盾到了白热化的程度，一场宫廷政变悄然而至。
自七月开始，京城四处流传着「换皇上」的说法，后党势力磨刀霍霍，帝党成员岌岌可危，光绪帝也预感到了不测，很快写下「密诏」，说自己皇位不保，请康有为等速定良策，可这些有勇无谋的书生当灭顶之灾到来时才发现，自己一直以来都孤立无援，皇帝也不过是一个有名无实的空壳，要军队无军队，要实权无实权。康有为等最后病急乱投医，他们拜访了原日本首相伊藤博文，请他说服慈禧容忍新政，经过再三力劝，伊藤博文勉强答应三天后与光绪帝面谈。御史杨崇文立即密告慈禧，奕劻则劝她立即训政，以免光绪帝与东洋人勾结。伊藤博文虽然只是暂住中国，却是个中国通，对帝后矛盾了然于胸，只想坐收渔翁之利，岂肯为维新派多费唇舌，所以三天后也爽约了。一计不成再施一计，袁世凯平时有开明之名，手握大军，光绪帝等决定冒险一试。九月十六日，光绪帝在颐和园召见了袁世凯，破格授予他候补侍郎的头衔，让他专管练兵。九月十六日晚，光绪帝从颐和园回到养心殿，谭嗣同夜访在法华寺的袁世凯，请他兵围颐和园，囚禁慈禧。不料，袁世凯权衡了利弊后，表面应承，却连夜密告了荣禄。荣禄连夜调兵，围住京畿重地，防止康有为等逃走，第二天一早，赶往颐和园告知慈禧。慈禧听后震惊不已，想不到一向怯弱的光绪帝会对自己下狠手，她已经等不到下个月天津练兵的时候，她现在就要将这个不知天高地厚的忤逆子废除。
当日傍晚，久居颐和园的慈禧突然回到皇宫，光绪帝急忙出外迎接，慈禧怒气冲冲地径直走过，对他视而不见，带着她的亲信直闯养心殿，带走了所有奏折章疏。临走时，慈禧对光绪帝吼道：「我养你二十余年，你竟敢听信小人之言谋害我？」光绪帝吓得两腿战栗，说不出话来。慈禧随即命人将光绪帝囚禁在瀛台涵元殿。九月二十一日，慈禧以光绪帝的名义发布诏书，皇帝病重，太后重新训政，追捕康有为等人。
从六月二十一日光绪帝发布《明定国是诏》，到九月二十一日慈禧宣布训政，共一百零三天，史称「百日维新」，这一年为戊戌年，所以又称「戊戌变法」。康有为、梁启超等逃往海外，谭嗣同拒绝逃跑，一再表示：「各国变法，无不从流血而成，今中国未闻有因变法而流血者。有之，请自嗣同始！」九月二十八日，谭嗣同、林旭、杨锐、康广仁、杨深秀、刘光第六君子被斩于菜市口。将近一百天的改革就这样草草收场了，光绪帝从此过上了囚帝生活。
囚帝生涯
皇宫本就是个勾心斗角的权力中心，得势时众星捧月，失势时众人落井下石。都说落架的凤凰不如鸡，落架的皇帝照例人人踩。变法失败后，光绪帝跟他的帝国一起经历了悲苦凄凉的动荡变迁。政变后连续三天内，慈禧每天召集重臣面斥光绪帝，逐条逼迫光绪帝认罪，让他在百官臣僚面前颜面尽失，威信全无，训斥完以后，再将他押到瀛台关押，并下令撤除瀛台与岸上连接的唯一通道，命令亲信太监轮流监管。从此以后，光绪帝完全失去了行动自由，变成了一个不带枷锁的囚徒皇帝，「欲飞无羽翼，欲渡无舟楫」。
慈禧还要铲草除根，在政变几天内，她把过去侍奉光绪帝的太监有的处死，有的充军，无一幸免。慈禧认为性格懦弱的光绪帝之所如此胆大妄为，都是那个不知天高地厚的珍妃挑拨的。光绪帝宠爱的珍妃在戊戌变法期间，支持光绪帝变法维新，大臣的一些变法主张常通过珍妃传递给皇帝。戊戌变法失败后，她再次被施以杖刑，撤去钗环，援宫中成例，交给皇后严加管束。珍妃被囚禁于偏僻的钟粹宫后北三所，不许再见皇帝，慈禧又以「串通是非，不安本分」等罪名，对原侍奉珍妃的六名太监给予「板责」、「枷号」等处分，责令所有太监，一律不准为珍妃传递信件，如有违反，一经查出，立即正法，决不姑息。珍妃被囚处原是侍从下人的住所，珍妃入住后，正门从外面锁上，打上内务府的十字封条，饮食从门坎下送进去，都是普通下人的食物，并不准人与她说话。她只穿了一套衣服进去，不准再给她替换，直到她身上那件衣服破烂得衣不蔽身的时候，为了维护礼仪，才允许另给衣服。每逢过节或初一、十五，慈禧就派一个老太监代表慈禧在门外数落珍妃的罪过，珍妃必须忍气吞声地跪地听骂，训斥结束，珍妃还得叩头谢恩。
光绪帝自被囚以来，生活和精神上承受着双重折磨，从一些日常琐事即可以看出他的狼狈。一张桌子，一张椅子，一副破桌板，这就是瀛台全部家具。慈禧派了四个亲信太监日夜监视他。他经常坐在露台上，双手抱膝，愁思哀伤，或者躺在床上冥思苦想，他的内心充满着对慈禧、袁世凯等人的怨恨。他还偷偷地写日记，里面写满了他无处可诉的忧怨。他在这儿整整被关了两年后，就再也无话可写了。
刚去瀛台的时候，慈禧还下令按皇帝御食标准给他两桌饭菜，可后来慈禧下令撤去一席，只剩下一桌干冷变质的食物。太监们敷衍了事，有时干脆不去送饭，光绪帝饥肠辘辘时曾采食过院里的花朵。瀛台因无人收拾，很快变得破败不堪，院内杂草丛生，房间也污秽满地。光绪帝的炕上只有九月初时的一张破席，寒冬腊月，光绪帝常常冻得彻夜难眠，瀛台的窗纸破损，一直无人裱糊，刺骨寒风在室内四处肆虐。慈禧有一个心腹太监实在看不过去，偷偷地帮光绪帝裱了窗纸，结果引来杀身之祸。光绪帝是皇宫里穿着龙袍的乞丐。一个内务府专管洗衣的太监见光绪帝的一件衬衣既脏又旧，建议扔了，光绪帝连忙拦住，说这衣服已经穿了几个月，患难相依，还是留着做个纪念吧。有一次，光绪帝率百官去天坛祭天，走得很慢，一位官员催促他快走，光绪帝抱怨道：「你们穿好靴，我穿破靴，怎么走得快嘛！」
太监和大臣们的放肆来自慈禧的暗示，慈禧肆意地折磨光绪帝，让他身心俱疲。有一次，慈禧特意点了一出《打龙袍》的戏叫光绪帝一起来看，故事为宋仁宗不认生母，被包拯定为不孝，以打龙袍代替责罚皇帝的故事。慈禧边看边别有用心地借机挖苦道：「皇帝犯了错，要打就真打，何必打龙袍呢。」光绪帝吓得战战兢兢，在一旁连声称是。
光绪帝曾多次企图逃离虎口。有一次，光绪帝在六名太监的引导下，顺利逃出瀛台，可惜在出皇宫大门时被一名侍郎发现，被送回禁地，六名太监被杀。有一年冬天，光绪帝乘机踏冰逃出，可再次被人发觉，慈禧干脆叫人凿冰，以防止光绪帝逃跑。
囚禁光绪帝依然难解慈禧的心头之恨，她希望及早除掉光绪帝这个「眼中钉」。光绪二十五年（1899），她将端王载漪的儿子傅儁立为大阿哥，随时准备取代光绪帝。傅儁是道光帝曾孙，其母亲为桂祥的女儿，慈禧的侄外孙，这个亲上加亲的王孙面相俊朗，活泼好动，常随母亲入宫玩耍，颇得慈禧的喜爱。但慈禧只知其面不知其心，这其实是一个荒诞不羁的浪荡公子，他把大量的精力都用在个人情欲上，私下把宫女们当成发泄欲望的工具，很多宫女敢怒不敢言，虽然朝野对他议论纷纷，唯有慈禧被蒙在鼓里。直到有一天，一个宫女犯错被罚，剥开外衣时，里面的汗衫居然是大阿哥的，慈禧一怒之下将其处死。他还同太监到宫外野游，流连于各等妓院之间，甚至夜不归宿。这让慈禧的颜面尽失，自己精心选择的大阿哥居然是这路货色。清朝自雍正帝始，朝廷不再立储，但她强迫光绪帝在众臣面前承认这个大阿哥。她这个举动遭到了内外势力的一致反对。经元善等工商人士联名保护光绪帝，东南各省的督抚刘坤一、张之洞等对废帝不表支持，李鸿章、荣禄则倾向于保留光绪帝的虚名，以免节外生枝。英、美、法等国在华人员公开宣称「他们只承认光绪皇帝，不承认中国有新的皇帝」，拒绝入朝祝贺，得知光绪帝「患病」的消息后，一再要求探望，力图一探虚实。《字林西报》、《泰晤士报》等不断向外发布光绪帝的消息，甚至一些外国军舰驶进清国沿海进行示威。慈禧见舆论汹汹，废立之谋不得不暂告一段落。
随着列强对中国侵略的不断深入，反洋教运动风起云涌，遍及华北各地，帝国主义国家严责清政府保护使馆和外国侨民安全不力，双方剑拔弩张，民族矛盾上升为主要矛盾。山东义和团首先提出了「扶清灭洋」的口号，各省义和团纷纷仿效。朝廷分为两派，一派以载漪、刚毅等为首主张招抚义和团以抵抗列强；另一派以李鸿章、张之洞、刘坤一等为首，主张严厉镇压义和团，与外国修好。慈禧一直犹豫不决。废帝计划遭到否决后，载漪心有不甘，伙同一批王公大臣蛊惑慈禧：洋人扬言支持光绪帝，干涉中国内政，义和团宣称刀枪不入，何不利用义和团赶走洋人？慈禧觉得有理，五月，连开四天御前会议，决定对外宣战。六月十三日，义和团在清政府支持下向北京东交民巷使馆区发动进攻，英、美、德、法、意等迅速组成八国联军，由德军司令瓦德西率领大举入侵北京。义和团在廊坊、老龙头车站、紫竹林等给了八国联军以重创，但自身付出的代价更为沉重。义和团的血肉之躯毕竟不是八国联军的对手，很快八国联军便占据了上风，一路势如破竹，长驱直入。光绪二十六年（1900）七月二十一日凌晨，皇宫外已经响起了隆隆的大炮声，慈禧仓皇失措，决定挟光绪帝，带着皇后、溥儁、瑾妃十多人在百余名清军的护卫下准备逃走，临走前突然想起珍妃，强行带走有诸多不便，留在皇宫又怕她年轻漂亮，外国军队万一将其奸污，岂不有失皇家颜面？慈禧命人将珍妃拖出来，珍妃还在强词争辩：「国难当头，皇上怎么能逃走，弃满城百姓、江山社稷于不顾？皇上应该坐镇北京，力挽狂澜..」珍妃句句言中肯綮，直击慈禧的短处，慈禧大怒，命令太监将她拖到乐寿堂一座破井旁，要珍妃自尽。珍妃不肯，慈禧命令太监将她推入井中。一代皇妃就这样香消玉殒，终年二十四岁。光绪帝从太监处得知珍妃逝世的消息，不由得悲从心来，泪湿衣襟，又听说珍妃临终慷慨陈词，内心的激愤难以言表，但以他一个囚帝的位置，又何曾有权说话。
慈禧一行换上便服，唯有光绪帝因珍妃之死早已神情恍惚，一直不肯脱下龙袍，他唯一的念头便是回宫议和。慈禧一行逃出紫禁城时，沿路到处是溃散的士兵和流离失所的老百姓，宫内一时车辆不够，只有慈禧、光绪帝等人乘车，大多侍卫大臣都得步行。这些平日锦衣玉食的王公大臣们何曾受过这种苦，一时吵吵嚷嚷，乱成一团，慈禧再三喝斥才稍稍平静。出宫匆忙，食物带得少，加上沿途经历战乱，士兵轮番抢劫，民间百姓苦不堪言，根本没有食物可以供给。出宫的第一晚，因为被褥不够，只有慈禧、皇后、李莲英等有被褥，光绪帝只能活活受冻，最后是李莲英拿出自己的被褥才勉强度过一个晚上。出京三天后，慈禧一共才吃了三个鸡蛋，其他人基本上是空腹奔跑。第四天，怀来县令吴永迎驾，才换洗了衣物，吃了一顿饱饭。接下来，各地勤王军队陆续到达，情形才稍有好转。光绪帝再次提出要去使馆面议和谈之事，遭到慈禧喝斥。等到了宣化，慈禧才想起好多事情没有处理，她连发几道上谕，命庆亲王奕劻回京和李鸿章一起与各国交涉谈和。一行人来到昌平，岑春煊赶来救驾。光绪帝要岑春煊带太后一行先走，自己则回宫议和，被老奸巨滑的岑春煊婉拒了，议和之念再次流产。行至太原，再至潼关，光绪帝一路要求回京谈判都被慈禧驳回。光绪帝积郁于胸，脾气暴躁，无人敢接近。但民间百姓对光绪帝的崇敬却是发自肺腑的，沿途不时有百姓跪立一旁，叩头三呼万岁，并有人拦驾主动供上财物。光绪帝深受感动，百姓对太后的崇敬却相对淡泊，这让慈禧十分恼怒。
慈禧一行人吃尽苦头，终于到了西安，经过一路的舟车劳顿，早已疲惫不堪，慈禧马上命令恢复皇家的排场。陕西巡抚立即专门辟了行宫，宫内一应俱全；马车换成了八抬大轿，护卫官兵也用上了皇家仪仗，还赶制了二十四面龙旗，以壮声势。慈禧的三餐依然按照宫中的规矩，分荤局、素局、饭局、茶局、点心局等。为了保证慈禧能喝到新鲜牛奶，行宫还专门养了六头奶牛。慈禧还说比原来节俭多了。她以光绪帝的名义下了道谕旨，要各地官员将应缴北京的一切钱粮转往西安。到西安，慈禧不再担心自己的安危，照例请戏班到行宫唱戏。
慈禧一行人在庆祝自己成功逃脱的同时，八国联军此时正在北京城召开狂欢派对，总司令瓦德西在皇宫举行了盛大的阅兵仪式，并宣布此后三天内，军队可以放开禁忌，随意抢掠。外国士兵们在大清皇帝的龙椅上纷纷合影留念，然后张开钱袋子，到皇宫各处及北京城内的王公贵戚家一路翻箱倒柜，满载而归。近六百年的皇都古城，集天下珍玩、宝物之精粹，几乎全部落入联军之手，从此遗失海外。
慈禧又惊又吓，一到西安就大病一场，诊治调养了三个月才渐渐痊愈。她每天忧心忡忡，但她并不顾念北京城丢失的那些财宝，她最担心的是八国联军要她负全责，取她项上人头，让她归政光绪帝，每日不收到北京发的电报便无法安心入睡。主持北京和谈的李鸿章和奕劻已与各国商洽，慈禧的底限是如果洋人不追究她的责任，她便可以「量中华之物力，结与国之欢心」。谈判于光绪二十七年（1901）九月七日结束，清廷与参战的十一国签订了丧权辱国的《辛丑条约》。在八国联军开列的一长串惩凶名单上，载漪名列榜首，屡屡让慈禧失望的大阿哥溥儁也顺势被废除。和约签订后，帝后一行回到京城，京城官员费尽心机搭起了大量彩棚、御道，宫内建筑装饰一新，但依然难掩满目疮痍的景象。
一回到皇宫，慈禧便好了伤疤忘了痛，照例奢侈挥霍。光绪帝又回到了瀛台，重新过上了囚帝的生活。西逃回宫后的第一个春节，宫内照例赏戏三天，光绪帝边看边嘀咕：「国难当头，还有心情听戏？」谁知站立一旁的一个太监耳尖，听到了，怒气冲冲地责问道：「你刚才说什么？」光绪帝吓得接连央求：「只是随便说说，公公千万不要声张。」狼狈如此，真是生不如死。
慈禧有时还会下令责打他。太监不敢叫太医诊治，偷偷地在宫外找了个大夫，说主人的牙齿因牙虫而脱落，请他去镶牙。大夫被带到皇宫中一个僻静的住所，一个面容憔悴的中年男子表情痛苦，口腔正在流血，大夫一眼就瞧出牙齿是被人打落的，因为宫中事非多，大夫也不敢多问，镶好牙，收了银子便回了家。不料几天后便听说宫里死了个太监，因为私自请大夫为皇帝看病，得罪了慈禧。大夫一家吓得几天都不敢出门。
西安归来后，光绪帝的身体每况愈下，精神状态也逐渐萎靡。他向瑾妃要了一顶珍妃生前用过的蚊帐挂在室内，每天睹物思人。除了有时慈禧需要叫他出来应景之外，大多时间他都呆在瀛台发呆，只要有人接近，他便忍不住要喝斥。他嫌太监不够尽心侍候，嫌太医对他马虎应付，他的精神接近崩溃状态。至光绪三十四年（1908），光绪帝几乎一病不起，形容枯槁让人生怜，可慈禧并不怜悯他，她在等待他能先她而去，光绪帝的生命进入了最后的岁月。
死亡疑云
光绪帝的死是清宫一大谜案，多年以来民间众说纷纭，清朝政府对此一直讳莫如深。一百年后，历史真相大白于天下，砒霜中毒夺了光绪帝的命。一个九五至尊的皇帝，是谁毒死了他？难道这就是母子之争的最终结局？
帝后矛盾不可调和，已到了不是你死就是我活的地步。光绪帝刚刚被囚禁到瀛台时，情绪激动，常常在墙壁或门上刻上慈禧、袁世凯、李莲英等人的名字，在他们名字上使劲画叉，以泄心头之恨。嗜权如命的慈禧连亲生儿子同治帝都忍心抛弃，何况这个挡在她权欲路上的继子，慈禧对他起杀机已不是一天两天的事了。庚子之变前后，清国的政治舞台动荡不安，各色人物粉墨登场。光绪帝被囚禁后谣言四起，汉口的报纸甚至有光绪帝逃到武汉投奔张之洞的报导，上海的不少报纸纷纷转载，一时之间，张之洞保驾的消息疯传海内外。正好当时有个潦倒的宫廷戏子和一个太监因监守自盗被发现，遂逃出宫去，靠盗窃来的一枚御印和一床金龙被冒充光绪帝，到处招摇撞骗，居然屡屡得手，不久窜入武昌，故技重演。一些急于攀龙附凤的中下级官吏被急功近利的思想冲昏了头脑，被这种低级骗术耍得团团转，他们心想百足之虫死而不僵，说不定有朝一日能平步青云。张之洞也听闻了此事，他熟悉慈禧心性，知道她是绝不可能让光绪帝逍遥自在的，为了谨慎起见，他还是发了封密电给慈禧，汇报了此事，确认了光绪帝还在瀛台后，才将两个骗子就地正法。这个微不足道的骗局震惊了慈禧：光绪帝虽然不掌权，光凭他皇帝的头衔便可振臂一呼，天下皆从，一旦复出，后果不堪设想，她绝对不能让他离开了自己的眼皮底下。
帝后矛盾成了永不可解的枷锁，慈禧唯恐自己先死，光绪帝困龙出海，尽翻旧案，多尔衮死后被顺治帝挖棺鞭尸的教训殷鉴不远，慈禧可不想步他后尘。光绪帝被关进瀛台后心情抑郁，尤其是珍妃被关后，光绪帝有苦无处诉，有冤无处伸，思念成疾，本来瘦弱的身体经过这一劫更加孱弱。西巡回宫后，光绪帝连正常饮食都成问题，治病就更加难以保证了。慈禧希望光绪帝早日归西，可事与愿违，偏偏自己先罹患重病，并且一病不起，慈禧必须为自己安排后路。
一个严寒的冬天，慈禧突然大发慈悲，让太监给光绪帝送去一件狐皮袍子，并要太监转告光绪帝，钮扣都是纯金的，千万别弄丢了。太监到瀛台时，对这句话重复了十多遍，光绪帝十分恼怒，忍不住对太监吼道：「你回禀太后，让我自杀是不可能的，不要妄想了。」太监讨了没趣，吓得如实回复了慈禧，慈禧听后半晌没作声，神色大变。她下定决心，至死不能让皇帝逃出自己的掌心。
光绪三十四年（1908）十月初二，光绪帝在勤政殿接见了日本来使；十月初六日，在紫光阁赐宴西藏达赖；十月十日，光绪帝还率百官去给慈禧祝寿，虽然说不算精神矍铄，却还算健壮。因为从小得不到照料，饮食不调，光绪帝常常患感冒，脾胃病不时发作，并有长期遗精和腰背痛的毛病，身体孱弱，却不致命。二十一日下午六时左右，光绪帝驾崩于瀛台，一切来得太突然，没有立储，没有选万年吉地，一切似乎毫无征兆便发生了。朝野内外议论纷纷，谣言四起。逃亡海外的康有为等人成立了保皇党，在海外颇具规模，听闻光绪帝病死，悲痛欲绝，觉得疑点重重，大肆为光绪帝吊丧，声讨慈禧和袁世凯为谋害光绪帝的主谋，清宫也拿不出确实证据。国内流言四起，清廷严禁百姓讨论此事，企图防民之口，可越是想要掩盖，越是原形毕露。
慈禧此时也病入膏肓，或许是回光返照，光绪帝的死令她精神焕发。她命御医改了光绪帝的医案，她不能让后人抓住把柄，死后戳她的脊梁骨。
光绪二十五年（1899）正月初二的医案称，光绪帝患有严重的神经官能症、关节炎或骨结核，还有血液系统疾病。当年三月初九的医案表明，光绪帝肝肾阴虚，脾阳不足，气血亏损，医生已束手无策，光绪帝抱怨他们敷衍了事。光绪三十四年（1908）春天，光绪帝一病未平一病又起，大多时间卧病在床，十月十七日前后，一度有心肺衰竭的征兆；十九日，咳嗽不停，大便不通，通体困乏；二十日，目光呆滞，口角挂着白沫；二十一日，气若游丝，奄奄一息，进入弥留状态，到中午便一命呜呼，归西而去，将医案修改得如此合情合理，却终究逃不过事实真相。
在清末刊行的一些私人日记里留下截然不同的证据。光绪帝在慈禧生日的当天被宣布圣躬不和，御医周景濂诊治的结果却是六脉平和，并无急病攻心的现象，只是开了一些平和的药剂调补。起居注官恽毓鼎记载，光绪帝在瀛台听说慈禧太后生病，面露喜色，慈禧听说后，恶狠狠地说：「我不能先他而死。」袁世凯推荐入宫的西医屈桂庭在十月十八日进宫时发现光绪帝肚子剧痛，在床上打滚，而且面色黑黄。屈桂庭认为，这种现象跟他以前的病毫无瓜葛，应是中毒所致。十月十九日，慈禧公布懿旨示意中外，光绪帝已命悬一线，无力回天，同时宣布光绪帝胞弟载沣之子三岁的溥仪在宫教养学习，这是慈禧对光绪帝后事的安排。光绪帝的死早在她的预料当中。
最有确凿无疑的证据是，恰好是在一百年之后，2008年，科学家经过对光绪帝头发和遗骨的精密分析，发现光绪生前体内含有高浓度的砒霜。这一结论让清宫的谎言无处遁形。
光绪帝终于先自己而去，慈禧该高枕无忧了，可她是一个善于掩饰感情的人，病榻上的慈禧一如往日的冷静，当天连下了三道懿旨。皇帝新丧，朝廷后继无人，当务之急是立储。慈禧下了一道懿旨，立三岁的溥仪为帝，承同治帝为嗣，兼祧光绪帝。第二道懿旨，命载沣为摄政王，处理朝政一切大事；第三道懿旨是命礼亲王世铎、睿亲王魁斌等安排光绪帝的丧葬事宜。三道懿旨暂时安定了混乱的人心，朝政似乎朝有序方向发展。但当人们在为光绪帝举行隆重的殓奠礼时，慈禧终于松了一口气，斗了半个多世纪，操劳了大半生，她自信地说过，她不比任何一个男性统治者差，但她依然不忘了告诫后人，不要让女人掌权。后一句话也许是她母性的回归，是对两个儿子的忏悔之言吧。
在相距不到二十个小时的次日午后二点左右，慈禧也撒手人寰。一个三十八岁壮年而逝，一个七十四岁寿终正寝，两个势不两立的政治巨头一起离世，老百姓深感震惊、诧异、惶惑，有识之士担忧清国这艘千疮百孔的破舟还能在这惊涛骇浪中漂浮多久？
