7月31日，段祺瑞在天津召开军事会议，表示副总统之职留给对南作战有功之人，原来徐树铮又想利用副总统之职诱使张作霖入关对南作战；由于曾经把此职位许给曹锟，所以也不反对曹锟当副总统，但条件是要对南作战并立战功。
直到这时曹锟才明白自己又被耍了一次，知道即使立下战功，“副总统”恐怕也是一张空头支票，于是指使吴佩孚通电攻击段祺瑞政府，自己则为避免受“牵连”，潜回保定大本营。
于是，吴佩孚在前线公然与南方签订停战协定，通电主和，打乱了段祺瑞的军事部署。而除了曹锟，其他任何人无法驾驭或左右吴佩孚。在此情况下，段祺瑞决定不再计较曹锟的出身和资历，对其兑现诺言，帮助他登上副总统的宝座。
然而，此时段祺瑞却失去了对国会的控制能力。虽然安福系对段祺瑞言听计从，但徐世昌为了达到主和目的，想把副总统一职送给南方以示和谈诚意，加上他担心手握重兵的曹锟当上副总统会威胁自己总统之职，因而操纵旧交通系予以坚决抵制。而以冯国璋为首的研究系要选举冯国璋为副总统，自然也表示反对。最终选举以失败告终，曹锟的副总统之梦彻底破碎。
1918年10月10日，徐世昌就任大总统。在冯国璋下野的同时，段祺瑞在前方吴佩孚倒戈的军事压力下，又因其“西原借款”被披露不断遭到舆论抨击，被迫辞去总理一职，与冯国璋一同下台，纷扰一年之久的“府院之争”终于落下帷幕。
一将擎天，做了北京太上皇
冯国璋下台后，曹锟依靠其军事实力成为直系领袖。此时直皖矛盾非但没有缓和，反而愈演愈烈。段祺瑞由于留任参战督办，手中掌握着国会和参战军两张王牌，依旧随心所欲操纵北京政权，人称“督办当国”。而这两张王牌都是由其心腹干将徐树铮具体指挥，到1919年6月，参战军改为边防军，兵力已达三个师四个混成旅，北京附近的区域已经容纳不下，于是徐树铮出任西北筹边使兼西北边防军总司令，并以“西北王”自居，俨然与四省经略使曹锟、“东北王”张作霖相提并论。
令曹锟与张作霖感到不安的是，徐树铮的三个师四个旅不仅筹建完毕，而且大有扩张之势，对直系与奉系均构成严重威胁。当时在北方军阀中，以曹锟与张作霖兵力最多，实力最雄厚，地位最高。两人由于相互争雄，关系并不融洽。但此时，面对共同的威胁，两人联起手来，结成直隶、江苏、湖北、江西、奉天、吉林、黑龙江七省“反皖同盟”，不久河南也加入了这个同盟。与此同时，驻扎湖南的吴佩孚部坚决要求撤防北上。
吴佩孚撤军北上，意味着南军将随时可以北伐进攻，段祺瑞的“武力统一”将彻底破产，同时对控制中央政权的皖系形成直接威胁。为扭转局势，段祺瑞故伎重演，指使安福系游说曹锟，以补选曹锟为副总统为条件，换取吴佩孚放弃撤防。
曹锟自从当副总统的美梦破灭之后，对段祺瑞的一切幻想也随之消失。面对段祺瑞派来的说客，曹锟郑重表示：“我相信国会有这个能力，也相信芝泉兄此次的诚意。倘使倒回半年，我会接受芝泉兄的好意。如今世事变迁，我能守住脚下这块地盘就已经很不错了。”
曹锟所指想必对方明白，徐树铮觊觎直隶这块地盘已久，曹锟岂会为了一个空头副总统放弃北归的兵力！在这个军阀混战的年代，有军队便有一切，吴佩孚的精锐部队远在湖南，曹锟处在皖系包围之中，一旦发生什么变化，定然远水不解近渴。
1920年5月20日，吴佩孚所部自衡阳起拔，撤军北上。6月中旬，直军全部撤回中原，因原直隶营址被占，暂驻郑州等地。紧接着，第三师主力进驻保定，迅速在保定、天津一带展开。奉军为策应直军，暗中向京畿附近调兵遣将。原来的反皖联盟也由8省扩大为13省。
与此同时，皖系也在积极部署。6月17日，徐树铮从西北返抵北京，京畿一带直皖势力形成对峙局面。
7月初，皖系在团河成立“定国军”，以段祺瑞为总司令，徐树铮为参谋长，段芝贵为第一路司令兼京师戒严总司令，曲同丰为第二路司令兼前敌总司令，魏宗瀚为第三路司令。司令部设于团河，司令办事处则设于琉璃河附近。
与此同时，直系在保定成立“讨逆军”，以曹锟为总司令，吴佩孚为前敌总司令兼西路总指挥，曹锳为东路总指挥。司令部在高碑店，以天津为“讨逆军”大本营。
由于皖军数量超过直军，且武器装备较直军先进，段祺瑞对战争前景充满乐观，并信心十足地吹嘘：战争开始，只需五天便可攻下保定，消灭曹吴。段祺瑞知道张作霖与徐树铮不和，但也知道张作霖与直系曹锟、吴佩孚、李纯也有矛盾，认为张作霖会在直皖战争中保持中立。
然而，7月13日，张作霖通电声明“派兵入关参加助直倒皖战争”，这一消息令段祺瑞惊愕万分，立刻想办法推延战争爆发，但为时已晚。此时直军在高碑店，皖军在涿州、涞水，双方已成对峙之势。
7月14日，段祺瑞迫于形势毅然下达对直军的总攻击令，直皖战争爆发。
直军兵力5.5万人，盟军18万人；皖军兵力7万人，盟军14万人。开战当日，西路战场上，皖军第一路司令段芝贵进攻高碑店直军，连吃败仗，吓得狂奔30里外扎营；15日晚，吴佩孚突袭皖军前敌总部松林店，俘虏前敌司令曲同丰；东路战场上，由于日本护国队从天津赶来为皖系助力，直军一度失利，16日奉军参战，从右翼插入战场，皖军腹背受敌，大败而逃。17日，直奉两军自廊坊出击，长驱直入，皖军一路溃败。徐树铮见败局已定，于惊慌失措中化装逃回北京，其部下不战而降。
18日，直皖战争基本结束。19日，段祺瑞因战败引咎辞职，北京政权落入以曹锟为首的直系与以张作霖为首的奉系手中。
四天的战事结束后，直奉两军分别接收皖军南北苑营房，奉军将南苑12架飞机运回奉天，并将东直门里徐树铮库房里的军械物资席卷一空，同时将其他皖军所遗全部军械、重炮、辎重等物资以及军械技术人员统统运走，并收编了皖军全部军队。
曹锟对此极为不满，发牢骚说：“张雨亭真是地道的胡子！”
吴佩孚更是认为张作霖与土匪无异，对直系军人直言：“奉军真是强盗行为，吾辈不可效尤！”
联合倒皖刚刚结束，直奉便矛盾凸显，紧接着在政治权利的分配和争夺以及对地盘的扩大与争夺中，直奉之间的争斗就此拉开序幕。28日，曹锟、张作霖及前国务总理靳云鹏齐聚天津，召开善后会议，就惩办祸首、解散国会、取消和会等问题基本取得一致意见，但在中央和地方人事安排和地盘分配、军费报销等问题上，三人很难达成一致。
张作霖先是保举他的儿女亲家、复辟首犯张勋出任安徽督军，又保举张景惠为山东督军，许兰州为陕西督军。在保举张勋遭到反对后，又保举另一个儿女亲家鲍贵卿为安徽督军。曹锟对张作霖的贪婪强烈不满，力保直系将领冯玉祥出任安徽督军，由于冯玉祥是安徽人，符合当时安徽民众的要求。但张作霖寸步不让，双方意见难以统一。同时，张作霖为实现“问鼎中原”的野心，反复要求将热河、察哈尔、绥远三个特区划归奉系。
双方意见不能统一，只能到京拜见大总统徐世昌再做商议。8月14日到京后，北京政府用其他利益作交换，达成以张文生出任安徽督军的协定，总算将安徽督军一事摆平。同时任命曹锟为直、鲁、豫三省巡阅使，吴佩孚任副职，张作霖晋授镇威上将军；并给双方各1000万元的军费报销款，这样，双方各得其所，政治分赃暂告一段落，最后达成曹、张共同执掌中央大权的一致意见。
9月4日，两人同时离开北京到达天津。为了加强两人的亲密关系，携手合作，以确保北京政坛平静，国务总理靳云鹏别出心裁，事先对曹、张子女情况进行摸底，然后找到曹锟，提出将其7岁的女儿曹士英许配张作霖8岁的儿子张学思，靳云鹏说完之后，特地强调一句：“两位大帅做了亲家，往后在一起既可共筹国是，又可论及家事，正是门当户对的一桩好姻缘！”
本来用一桩政治婚姻拴住两人关系倒也未尝不可，但靳云鹏这“门当户对”一句令曹锟皱起了眉头。毕竟曹锟出身正途，堂堂武备学堂弟子，又是小站宿将，对胡匪出身的张作霖难免嗤之以鼻。
“英雄不问出处，张大帅为人四海，讲义气重情义，是个难得的好亲家。”靳云鹏察言观色，赶紧补充一句。曹锟憨厚地笑笑，当即答应：“好好好，这门亲戚我认了！”
但实际上，联姻的方式虽在短时间内弥补了两人之间的裂痕，但随着两人利益之争的加剧，以及个人野心的膨胀，最后必然会导致兵戎相见。而这场兵戎相见则以吴佩孚与张作霖之间的龃龉拉开序幕。
平心而论，直皖战争中直系取得胜利，主要是吴佩孚的功劳。奉军只是在大局已定之后才出手援助，或可说奉军之援助可有可无。当时中外报纸争相报道吴佩孚，称赞吴佩孚是中国百年难得一见的将才。在此背景下，8月1日，吴佩孚通电提出召开国民大会，解决国是，并拟定了八条纲领。
但令吴佩孚没有想到的是，张作霖对他这一主张反应十分强烈，在他提出该主张的当天，即针锋相对发表通电，强词驳斥。张作霖认为直皖战争的胜利，主要在于奉军的加入，根本不把吴佩孚放在眼中，而且在多种场合贬低吴佩孚，他曾在接受外国记者采访时说：“吴佩孚不过是一个小小的师长，我手下这样的师长就有好几个，哪一个拉出来都不比吴佩孚差，要都让他们出来参政议政，那国家不乱套了！我是与曹经略使合作，岂能与一个小小的师长对话！”
对张作霖的观点，徐世昌与靳云鹏立刻表示赞同与支持，两人对吴佩孚“召开国民大会”的提议十分恐惧，靳云鹏形容为“简直是要革我们的命”。吴佩孚这才意识到自己位卑言轻，目前尚不是自己发表政论的时候，但对张作霖的目中无人、恶意打压极为愤恨，尤其他以儒将自称，对“胡匪”出身的张作霖一向瞧不起，认为此次直皖之战，奉军只是在直军胜局已定时出来呐喊助威，根本没有在战争中发挥实质性的作用，更不配在战后与曹锟共同执掌中央。
吴佩孚将这笔账记在心里，从此一心一意埋头练兵，努力扩充军事实力，准备在时机成熟时一举击败张作霖。
1921年底，北京政府在政治纷争与国库空虚加剧的情况下，陷入重重困境之中，靳云鹏被迫辞去国务总理。此时，曾作为袁世凯复辟帝制祸首被通缉的梁士诒企图出面组阁，他找到张作霖，开出保证给奉军多筹军饷、联络南方合作倒直的优厚条件，张作霖当即决定成全其当总理的要求。
而曹锟对总理一职早有自己中意的人选，不赞成张作霖推荐的梁士诒。但梁士诒玩弄当初徐树铮欺骗曹锟的手法，四处放风，说一旦组阁将首先筹发直军军饷，随后便登门拜访曹锟。曹锟问：
“可以给直军筹措500万军饷吗？”
“500万，没问题！”
梁士诒想都没想便一口答应。500万对当时财政是一个不小的数字，但梁士诒压根儿就没想过兑现，只想当上总理再说，一旦助奉倒直成功，一切空头支票统统作废。但曹锟却是认真的，为了500万军饷，老老实实将梁士诒扶上了台。
岂料梁士诒上台后，对奉系有求必应，对直系虚与委蛇，以各种理由拒绝支付直军军饷，曹锟这才知道上当了。当初被徐树铮欺骗倒也忍了，如今被一个专事玩弄诡计的小人欺骗，曹锟怒不可遏。恰逢华盛顿会议召开，中国代表就胶济铁路赎回自办问题与日本代表针锋相对，据理力争，梁士诒却同意将胶济铁路以中日合办的名义，继续由日本操控路权。曹锟抓住梁士诒的卖国行径，指使坐镇洛阳的吴佩孚连续通电抨击梁士诒内阁，决意发起倒阁运动，除掉梁士诒。
由于梁士诒的幕后支持者为张作霖，吴佩孚与张作霖嫌隙甚深，于是其抨击矛头直指张作霖。而张作霖出面替梁士诒辩护，使内阁问题很快发展为吴佩孚与张作霖的直接交战，并很快转化为直、奉两系的较量。
自1922年元月，张作霖一面加紧与皖系残余势力联络，一面派人南下联络孙中山，试图组成张、段、孙“反直三角同盟”。同时大肆扩军，除了在东北招兵外，还派人赴通州招兵，火药味越来越浓。
曹锟没有想到事情闹到这种地步，他也想通过战争打垮张作霖，独霸政坛，但直皖大战刚刚结束不久，如若再仓促作战，唯恐难以取胜。于是，曹锟四处放风，称不愿与亲家兵戎相见，并三次派直军第二十三师师长、奉天人王承斌拜见张作霖，表示决心，并于3月8日派胞弟曹锐前往奉天给张作霖拜寿。张作霖的属下孙烈臣对曹锐说：
“大帅就是想知道，究竟是部下亲，还是亲戚亲。”
曹锐返回洛阳后，将张作霖的意思转达给曹锟，曹锟“嘿嘿”笑了，但并没有给张作霖做出答复。4月初，随着“反直三角同盟”的巩固，张作霖开始向关内大举发兵。
吴佩孚对曹锟的“和奉”不以为然，一直在积极备战，主张“抗奉”不曾动摇。接到奉军大举入关的情报后，随即在京汉线上扣留车辆，调军布防，准备应战。曹锟虽然不愿与奉军开战，但随着奉军大兵压境，不得不坚定信念，与奉军决一死战，于是，曹锟给吴佩孚发电称：
“你就是我，我就是你。亲戚虽亲，不如自己亲。你要怎么办，我就怎么办。”
吴佩孚接到电报大为感动，随即加快备战步伐，直奉大战已箭在弦上。
1922年4月29日，第一次直奉战争爆发。张作霖自任奉军总司令，以孙烈臣为副总司令，杨宇霆为参谋长，率4师9旅约12万人，分东、西两路沿津浦、京汉铁路向直军发起进攻。
直军在保定设司令部，以吴佩孚为总司令，率8师7旅约10万人迎战，其10万中三分之一兵力用于巩固后方。论兵力直军不如奉军，论武器直军亦不如奉军，奉军有大炮150门，机关枪200挺，而直军仅有大炮100门，机关枪100挺。但论战斗力，奉军一向纪律涣散，平日训练较少，其素质、士气远在直军之下。
双方开战后，一开始难见分晓，5月3日，吴佩孚出奇兵绕道攻击奉军后方，使卢沟桥奉军腹背受敌，战况急转直下；加之奉军第十六师战场倒戈，奉军全线溃退。5日，张作霖败退关外。
自此，以曹锟为首的直系终于独霸北京政坛。
大权旁落，收回全不费功夫
第一次直奉大战后，“直系即中央”成为众所周知的事实，四年前曹锟还为一个副总统的允诺为皖系充当打手，如今大总统唾手可得，曹锟可谓踌躇满志。其弟曹锐、曹锳更是在直系将领中宣布：
“三哥此时不当总统，更待何时？”
有了曹氏兄弟的提示，众将领纷纷劝进。曹锟也想立刻赶走徐世昌，自己登上大总统宝座。但吴佩孚没表态，他不敢贸然行动，于是暗示吴佩孚“肥水不流外人田”。吴佩孚岂能不明白曹锟的意思？但他持反对意见。
“此事不宜操之过急。倘若先恢复国会，让黎元洪复职总统，以此作为过渡，对直系更加有利。”
吴佩孚对曹锟言明自己的观点，曹锟却一时转不过弯来。吴佩孚秀才出身，到底多读了几年书，他耐心地给曹锟解释，根据《中华民国临时约法》，大总统无权解散国会，但1917年6月张勋复辟前夕，逼迫大总统黎元洪解散了国会。随后段祺瑞镇压了张勋复辟，黎元洪引咎辞职，大总统由冯国璋代理。由于国会已解散，原法统已不存在，段祺瑞与梁启超等人组织临时参议院，成立新政府。这就是段祺瑞的所谓“再造共和”。这无疑遭到革命党人的反对，当年7月孙中山发起护法运动，1921年又发动第二次护法运动。
“恢复法统，不仅可以令护法运动失去依据，还可以使打着‘民治’旗号的‘联省自治’运动失去依据。同时，1918年8月召开的新国会即安福国会，以及选出的大总统均属非法，如此一来，可以名正言顺地赶徐世昌下台，以黎元洪为过渡时期总统，再利用国会选举名正言顺地当上总统。”
曹锟听着吴佩孚的分析，觉得有些道理，尽管他急切想当上大总统，不想绕这么大弯子，但如今的吴佩孚已今非昔比，吴佩孚的主意他不能不听，因此还是答应按照吴佩孚的计划走。
1922年5月19日，曹锟、吴佩孚携直系各省督军联名通电，要求恢复旧国会；5月24日，“第一届国会继续开会筹备处”在天津成立；6月2日，大总统徐世昌被迫辞职；6月11日大总统黎元洪在中南海怀仁堂举行复职典礼。
然而，曹锟很快发现，吴佩孚的“恢复法统”，让他离大总统的宝座越来越远。吴佩孚身为直鲁豫巡阅副使，直奉战争之后却一直没有回其公署所在地洛阳，而是一直在保定曹锟的公署里发号施令。
关于北京政府的内阁班子，吴佩孚恨不能一手把控起来，他先是举荐其亲信董康出任颜惠庆内阁的财政总长，举荐其秘书长孙丹林做总统府副秘书长兼内务部次长，又举荐其蓬莱同乡高恩洪出任交通部长。但此时曹锟已推荐高凌蔚做了交通部长，吴佩孚便直接找到曹锟，希望他出让交通部长一职。曹锟一向纵容吴佩孚，不愿为了一个交通部长与吴佩孚发生不愉快。但接下来他忽然发现，北京政府的“太上皇”已悄然易主，他已经被晾到了一边！
6月17日曹锟和吴佩孚正在保定“光园”谈话，高恩洪、董康突然出现，理直气壮地对曹锟说：“我们有要事要向吴大帅报告，请老帅暂避。”
此时吴佩孚已称起“大帅”，此前北洋军阀里只有张勋、曹锟、张作霖三人先后称为“大帅”。按照北洋军阀的规矩，一般将领做到督军称“帅”，做到督军以上才称为“大帅”。如今吴佩孚称“大帅”，曹锟只好改称“老帅”。
曹锟知道，颜惠庆内阁遇到问题都要让高恩洪、董康二人请示吴佩孚后再办理，早已把他当成了局外人，本来大权旁落已令他很不高兴，如今高、董竟当着自己的面如此嚣张，气得曹锟站起来喊道：“总长的命令我哪敢不听？虽然光园是我的地方，让我离开我就得离开！”说完转身就走。
不久后，曹锟在报纸上看到前交通部长曹汝霖被捕的消息，原因是曹汝霖在任时经手的一笔数额高达2000万的款项没有底账，涉嫌贪污。其实17日高恩洪、董康到“光园”找吴佩孚，就是请示怎样处理曹汝霖的案子。而如此重要的一宗大案，不仅高、董避开他不谈，吴佩孚竟然也一字不提，令曹锟忍无可忍，立刻派人找吴佩孚来见他。
但此时吴佩孚已经就寝，其手下人都不敢叫醒他。曹锟久等不见回音，心里更加气愤，于是再派人去叫，并叮嘱必须把吴佩孚叫来。这次吴佩孚总算是来了，一进门就说：
“发生了什么事，让老帅这么着急？”
“你现在是大帅了，哪里还把老帅放在眼里！能来理我就该感谢了。”
曹锟脾气一向很好，对吴佩孚更是能忍则忍，今天却一脸怒容，一反常态，吴佩孚知道曹锟这次是真的动怒了，连忙赔着笑脸说：
“老帅不要生气，要是我做错了什么，请老帅拿军棍打我，不要气坏了身子。”
曹锟见吴佩孚赔笑服软，便适可而止，不再追究。吴佩孚知道自己做得过分了，便于7月1日回到洛阳，表示以后绝不干政。
然而，令曹锟没有想到的是，吴佩孚非但没有放弃干政，反而直接控制了北洋政府，不仅将洛阳变成了北洋政府的重心，也变成了直系的中心，使直系形成保定与洛阳两个中心，直系内部也迅速分化为拥曹与拥吴两派——保派与洛派，而且两派矛盾急剧凸显。
8月1日国会正式复会，颜惠庆下台，黎元洪在得到曹锟、吴佩孚不干预总理人选的情况下，任命唐绍仪为国务总理。岂料吴佩孚出尔反尔，坚决要求由王宠惠出任国务总理，并最终组成受其控制的“好人政府”。
著名学者胡适等人认为，中国军阀混战，是因为自命清高的知识分子不愿出来为政，导致坏人当道。只有“好人”组成的政府，才能彻底改变中国的混乱局势。然而，吴佩孚将鼓吹好人政府主义的几个“好人”王宠惠、罗文干等人拉入政府，完全是为了借用“好人”的声誉谋取政治资本，同时利用亲信操纵内阁，使“好人政府”为其所用。
令曹锟气愤的是，“保派”在“好人政府”中只有一名阁员高凌蔚，还是被放在一个无关紧要的部门。曹锐提醒曹锟说：“他今日能夺取内阁，明日就能夺取总统。”这正是曹锟所担心的。黎元洪当上总统后，曹锟曾问吴佩孚什么时候重新选举总统，吴佩孚说：“让黎黄陂在总统位上再待一段时间，完成南北统一大业再说。”可曹锟如今已经60岁，统一却还遥遥无期，要真按吴佩孚说的做，曹锟这辈子就不用指望做总统了。
而吴佩孚由于独断专行，颐指气使，不仅引起“保派”的不满，也使直系军阀除吴的嫡系外，纷纷投靠“保派”；而以众议院议长吴景濂、副议长张伯烈为首的许多议员也对吴佩孚不把国会放在眼里产生恶感，与“保派”结成联盟，首先以吴佩孚控制的“好人政府”为攻击目标，开始了倒阁运动。
倒阁运动的引发点为“罗文干受贿案”。罗文干是财政总长，其受贿案是指内阁擅自签订澳国借款展期合同，在使中国财政遭受巨大损失的同时，内阁拿到债权方交来的补款8万英镑，折合华币60万元。其中10万元用于支付中央经费，50万元全部拨到洛阳。该合同是王宠惠指令罗文干与澳方代表华义银行代理人签订的，“洛派”阁员以为神不知鬼不觉，岂料华义银行副经理是曹锟的亲信“保派”边守靖的亲戚，此案立刻通过边守靖报到曹锐、吴景濂处。
由于此款是通过交通部划拨的，曹锟得知此案后，立刻派人到交通部查账，竟发现该部半年内向吴佩孚拨付军费509.9万元，而只拨给保定方面242.4万元。曹锟再也无法对吴佩孚的张狂保持沉默，决心向吴佩孚宣战。
11月23日，曹锟发表通电，指斥罗文干犯有五条误国大罪，提出组织特别法庭，彻底追究。紧接着，直系诸将领及直系势力控制下的各省军阀，乃至皖系军阀纷纷发表通电，一致痛斥罗文干丧权卖国，请求北京政府予以严惩。同时警告吴佩孚，若包庇罗文干等罪犯，将以卖国罪群起讨伐。
这种一面倒的局势，让不可一世的吴佩孚一下子成了众矢之的。他自知陷于孤立，对抗下去未必能取胜，且直系分裂对自己无益，于是赶紧通电向曹锟认错屈服，表示一切听从老帅安排。于是，吴佩孚苦心建立的“好人政府”仅维持了三个月便彻底垮台，“保”“洛”之争最终以“保派”胜利而告终。
千万贿选，最豪华总统出笼
扳倒了“好人政府”，收服了吴佩孚，曹锟一不做二不休，开始向大总统之位冲刺。
1923年1月4日，张绍曾内阁诞生，张绍曾既倾向于“保派”，又是吴佩孚的儿女亲家，同时与国会中的吴景濂关系密切，因此很容易获得各方通过。而黎元洪选中他，则是看中了他的主张：先统一后大选。黎元洪企图由张绍曾组阁实现府院合作，共同抵制“保派”大选，以延长其总统任期。
然而，曹锟岂能坐视黎元洪府院联合推迟大选？新一轮倒阁很快展开，6月6日张绍曾被迫下台。此后黎元洪孤掌难鸣，却仍抓着总统的印玺不肯放手，曹锟干脆从幕后走到前台，亲自导演“逼宫驱黎戏”——
6月7日，陆军检阅使冯玉祥、京畿卫戍司令王怀庆等人率军警500人，闯入总统府，围住居仁堂，以内阁无人负责为由，向黎元洪索饷；
6月8日，曹锟的亲信边守靖雇人在天安门前举行所谓的“万人国民大会”，高呼要求黎元洪“即日退位，以让贤路”的口号；
6月9日，北京全体警察罢岗，为黎元洪守卫新华门及东厂胡同的卫戍部队也随之撤走，黎元洪宅邸水电、电话被切断；
6月10日，曹锟授意军警300余人，闯入黎元洪东厂胡同私宅索饷，又有“市民请愿团”、“国民大会”代表千余人在黎元洪住宅门口大喊大叫，逼黎元洪退位；
……
6月13日，黎元洪将总统印玺15颗交给正在东交民巷法国医院住院的姨太太黎本危保管，自己出走天津。但很快被直隶省长王承斌截住，由于拒不交出印玺，在天津新站被困于专列之中，曾试图开枪自杀，被反应灵敏的随身翻译救下。当晚10时被迫说出印玺下落，14日凌晨4点在总统自动辞职电稿上签字。于是，“逼宫夺印戏”落幕。不圆满的是，黎元洪恢复自由后，立即将被迫交印与签名过程通告全国，激起全国各界一片唾骂。
但曹锟不管这些，逼走黎元洪，总统印玺到手，大总统宝座已唾手可得。早在年初曹锟便已为出任大总统做准备，特聘愿意为其投票的议员380多人，为直鲁豫巡阅使署顾问，当时国会两院议员700余人，其所聘顾问已超过半数。曹锟对这些顾问出手大方，每人每月发给顾问津贴200元，并在春节前赠送议长吴景濂“炭敬”3万元，赠送副议长张伯烈“炭敬”1万元，以期两议长为大选出力。
然而，尽管曹锟特聘380多名议员，但此时的国会派系纷争，其中变数颇大，尤其有皖、奉两系军阀以及南方孙中山的阻挠与反对，要想凑齐合法人数并非易事。于是，曹锟主动同诸政敌修好，派曹锐游说段祺瑞，又派张作霖的亲家鲍贵卿到东北讨好张作霖，并表示愿意响应孙中山的号召，召开“南北和会”，同时放出“孙曹携手”的言论。但这些努力毫无效果，段祺瑞与张作霖反应冷淡，孙中山则通电表示“孙曹携手”纯属谣言。
为了抵制曹锟当选大总统，皖系、奉系、孙中山三方开始联手与曹锟争夺议员。如此一来，议员成为了双方争相收买的抢手货，一方为了“贿选”，一方为了“贿不选”。孙中山为了把国民党议员和反直议员拉到上海，特地派人赴京游说；皖系干将浙江督军卢永祥为了“贿不选”，不仅为南下议员们准备了招待处和办公处，并将上海的纸烟捐、电报收入、烟酒税、盐税余款列为国会专项经费。张作霖则一次拿出70万元，作为赴沪议员的专项津贴，每个赴沪议员每月可领津贴300元。比曹锟的200元顾问津贴多了100元。
议员们为利益驱使，纷纷离开京津南下，曹锟一看十分着急，忙找议长吴景濂讨主意。吴景濂说：“我看，只能用贿选的方式了。”
“贿选”对曹锟来说是一个非常敏感的字眼，早在几年前被徐树铮戏耍几次之后，段祺瑞终于打算兑现一次诺言，于是搞了一场竞选副总统的闹剧，段祺瑞以北京政府预垫经费150万为曹锟拉票，每张选票2000元，结果议员们都嫌票价太低。于是徐树铮就找到曹锟，希望他本人出些钱，如果他当时肯放血，或许就能出任副总统了。但当时他确实手头“拮据”，不舍得为这个虚无缥缈的副总统大出血。如今今非昔比，敛财机会多多，自然手头也就宽裕了许多。自从任直鲁豫巡阅使以来，其全军军费一直由亲信李彦青掌管。李彦青为曹锟“精打细算”，每次发放军饷每师必克扣2万元，当时曹锟手下有25个师，仅此一项，曹锟每次就能拿到50万元。直皖战争后，徐树铮的西北边业银行被曹锟接收，连其中王揖唐、朱深等人股本100万元一并进了曹锟的腰包。但即使有钱了，曹锟还是不舍得，毕竟“贿选”不是几十万就能解决的。
直隶省长王承斌见曹锟为“贿选”经费发愁，为了讨好曹锟，便在谋划贿选筹款上下功夫，最终以三种途径获取了经费。第一种，以敲诈贩毒分子的方式，获取经费500余万元；第二种，由直系各督军、省长等人摊派；第三种，强行向直隶各县“借”军饷，大县两三万，中县一两万，小县万儿八千。虽说将整个直隶搞得鸡犬不宁，但贿选经费总算筹上来了。
9月初，吴景濂与曹锟的秘书长王毓芝等人在北京甘石桥设立“议员俱乐部”，作为大选活动机关，开始公开进行贿选事宜。规定每个议员参加一次“宪法会议”，可得出席费20元，每周参加常会可得出席费100元。此外还有其他名目的奖赏，如“冰敬”（夏季津贴）、“炭敬”（冬季津贴）、“节敬”等。这样，在京议员每月可从“贿选”方得到600元津贴，而在沪议员从“贿不选”方仅可领到300元津贴。
于是，在沪议员立刻离开反曹锟的“贿不选”三角联盟，北上投身“贿选”行列。一时间，京沪线上议员成群结伙，不绝于途，不几天时间，“议员俱乐部”已收买议员500多名。吴景濂等人见形势好转，又提出更优厚的条件：准许议员任期延长一年。如此一来，“贿不选”三角联盟只能甘拜下风。
10月1日，“议员俱乐部”发给每名议员5000元支票一张，共发给了576人，支票在选出大总统的3日后即可兑现。除了5000元面额的普通票支票，另有1万元及1万元以上的特殊票支票。
10月5日是大选之日，清晨，大批军警荷枪实弹，在北自西单牌楼，南至宣武门外大街布置了警戒线，并派保安队来回巡逻。象坊桥众议院更是戒备森严，象坊桥东西两口军警夹道排队，严密审查进入大选会场的议员及参观人员。选举原定于10点开始，然而直到下午1点多才到会593人，终于达到法定人数，可以摇铃开会了。下午4点投票完毕，接着点票唱票，最后由吴景濂报告选举结果：
此次选举共发选票590张，收回票数590张，票数与人数相符。四分之三票应为443票，曹锟得480票，超过四分之三，按《大总统选举法》，当选为中华民国大总统。吴景濂话音刚落，台下的“猪仔议员”们即报以雷鸣般的掌声。
此时，曹锟正等候在保定的大本营里望眼欲穿，当电话铃声响起时，这位60岁的老翁不知是怎么跳起来抓住电话听筒的。电话里传来吴景濂报喜的声音，他只记住了最关键的一句话：以480票当选总统！
吴景濂还在电话里絮絮叨叨地汇报选举过程，曹锟已放下电话，一把抓住心腹“财神”李彦青之手，却是“执手相看泪眼，竟无语凝噎”。李彦青见大功告成，立刻跑出去向各有关方面报告喜讯，一时间，恭贺电话纷纷打进曹府，保定城内的军阀政客、社会名流、乡绅巨贾纷纷前往祝贺，曹府门前顿时车水马龙，冠盖如云。
此次贿选，曹锟花费了1356万元巨资。在北洋军阀统治时期，运动国会议员贿赂公行，本为司空见惯，不足为奇，但像曹锟这样以一千多万巨款贿选总统，实属罕见。
1923年10月10日，曹锟在中南海怀仁堂宣誓就职，15颗总统印玺掌控在手，曹锟终于如愿以偿。
然而，令曹锟没有想到的是，这个大总统当起来却是十分的艰难。当他还在新任总统的喜悦中没回过神来的时候，一个以反贿选为起点的反直风潮已在各地掀起，皖系的浙江督军卢永祥、奉系张作霖以及云南唐继尧等，纷纷发出讨伐曹锟的通电。这对曹锟来说尚且不重要，因为这种反对一时半会还酿不成直接的军事威胁。首要的威胁来自外国人，当时临城劫车案发生不久，各国公使提出以惩办临案负责长官田中玉等人为庆贺新总统就职的先决条件。
临城劫车案发生在5月5日，由浦口始发的第2次特别快车在山东临城被土匪孙美瑶劫持，劫走中国旅客71人，外籍旅客39人。虽然此案已在6月中旬得以解决，被劫人质全部得以释放。但公使团提出“赔偿损失”、“将来之保障”等要求。曹锟完全同意前期摄政内阁及外交部对公使团的各项答复，但关于惩办临案负责长官田中玉，曹锟感到十分为难。这明显是列强干涉中国内政，倘若接受此议，肯定令他很丢脸面。而山东督军田中玉与曹锟是拜把兄弟，曾为曹锟提供贿选经费40万元。刚刚上任便拿把兄弟开刀，于情于理均说不过去。
曹锟找来心腹智囊商议，大家一致认为，脸面也罢，把兄弟也罢，都不重要，眼下最重要的是，尽快得到各外国公使的承认和支持。于是，曹锟将田中玉召到北京，派其心腹高凌蔚前去做工作，劝其主动辞职。田中玉原以为办案有功，曹锟就职总统后当给予奖赏，怎么也不会想到是免职，于是对高凌蔚大发其火，表示坚决不辞职。
曹锟无奈，只好亲自出马，但无论怎么劝说，田中玉就是不服气，他质问曹锟：
“临案的最高责任者不是我，这你知道！”
田中玉这话点中曹锟的“死穴”。田中玉只是山东督军，而曹锟是直鲁豫巡按使，最高责任者自然是曹锟。曹锟自知理亏，只好好言求告：
“老弟就委屈一点，给三哥留点面子吧，等应付了外国人，三哥再想办法给老弟补偿。”
“我哪里有那么大面子！三哥如今是大总统了，当然是总统的面子值钱！可总统也该看看，现在还有哪个督军肯服从中央？就我服从了，结果被免职，看以后谁还敢听你指挥！”
尽管田中玉牢骚满腹，但最后还是递交了辞呈，曹锟为了照顾田中玉的面子，又下令提升田中玉等五人为上将军。如此的惩办结果令各国公使十分不满，但各国公使已应邀向曹锟祝贺，承认其大总统地位，曹锟便从此保持缄默。无论外国人怎么不满，尤其对列强要求共管中国路政，曹锟知道出卖国家主权的后果，于是坚决不开口、不表态。最后公使团不再深究，同意了前期摄政内阁及外交部所作的各项答复，中方给被劫人质赔款了事。
摆平了洋人，内阁方面却总也摆不平。当初为了扳倒张绍曾内阁逼走黎元洪，曹锟将国务总理一职许给了张绍曾；此后由内务总长高凌蔚代理摄政内阁的国务总理，曹锟又把未来总理许给了高凌蔚；贿选中需要众议院议长吴景濂实际操刀，曹锟又把未来总理许给了吴景濂。
一女许三家，到底嫁哪个成了问题。张绍曾已失势且早已失去兵权，可以对其毁诺；但高凌蔚与吴景濂都是贿选功臣，又都有一定势力，不等曹锟做出决定，两人已打得头破血流，最后吴景濂被排挤出局，出走天津。在这场争斗中，曹锟明显站在高凌蔚一边，对吴景濂大有“兔死狗烹”之意，一下子将吴景濂推到了对立面。
然而，高凌蔚代理总理之后，认为总理一职非他莫属，一时有恃无恐，为所欲为，尤其发布了改选议员的命令，引起议员们的普遍不满，结果未正式组阁便跌落马下。
新总统上台不能长期没有正式内阁，曹锟权衡利弊之后，突然提出由前清遗老孙宝琦组阁。孙宝琦曾做过山东巡抚，如今在税务督办的位子上过着心满意足的日子，突然天上掉下个大馅饼，令这位年近六旬的老翁欣喜若狂，发誓要大显身手，做出一番政绩。岂料一上任便就内阁人选在曹锟面前连连碰壁，接着提出“奉行宪法”、“和平统一”等施政方针，曹锟均不予以支持，孙宝琦赌气提出辞职，要求回去继续做税务督办，被曹锟严词拒绝，并告知就是税务会办也不给他。
其实孙宝琦不过是为了独掌内阁抗争，根本不舍得辞去国务总理。当时曹锟经常患病，又不愿接见宾客，孙宝琦便梦想着曹锟哪天死去自己摄行总统职权。于是他请来一个算命先生给曹锟算命，算命先生掐指一算，说曹锟不出一月必死无疑。孙宝琦信以为真，以为自己摄行总统职权的日子就要来到。
1924年3月，京城里突然盛传起“曹锟已死，秘不发丧”的消息。国会议员、外国公使纷纷打电话给总统府秘书长王毓芝，询问曹锟的情况。曹锟得知自己的“死讯”后，一时哭笑不得，令王毓芝尽快查明谣言来源，结果查明谣言是从总理孙宝琦府上传出的。原来孙宝琦等了一月未闻曹锟死讯，但也未得到曹锟尚在世的任何消息，便断定“曹锟已死，秘不发丧”，为了敦促有关方面公开曹锟已死事实，以便自己摄行总统职权，便把此信息传播出去。
曹锟闻听事情来龙去脉，气得破口大骂：“孙宝琦这个老混蛋！”孙宝琦很快得知曹锟的确没死，赶紧登门道歉，曹锟拒而不见，指令下人说：“你去告诉他，就说我已经死了。”
此后孙宝琦又数次登门拜访，无不是吃了闭门羹。孙宝琦觉得这个总理真是做不下去了，加上他一直想把曹锟的亲信、财政总长王克敏赶出内阁，而由于曹锟对王的偏袒一直不能如愿，孙宝琦对曹锟的不满越来越大，终于在7月2日提出辞呈，曹锟即刻批准，并令顾维钧代理国务总理。
总理之争折腾了3个月，好不容易产生的孙内阁，在维持半年之后便这样谢幕了，内阁又没了正式总理。此时北京政府已陷入严重财政危机之中，由于财政无着，长期拖欠薪饷，各种索饷事件搅得曹锟焦头烂额。而令他更为头疼的是，他的政令在直系军阀以外根本不起作用，即使在直系军阀的势力范围，也往往不那么管用，直系内部握有军权的大小实力派之间的争斗正在愈演愈烈。
曹锟上台后论功行赏，任命吴佩孚为直鲁豫巡阅使，王承斌为直隶军务督理兼直鲁豫巡阅副使，齐燮元为苏皖赣巡阅使，萧耀南为两湖巡阅使。随后又封冯玉祥、齐燮元、王承斌、王怀庆等六人为上将军，直系大将各得其所，一时间和乐融融。然而，吴佩孚大权独揽、专横霸道，经常干涉直系各将的职权，压制、排挤各将，尤其1924年初又提出统一军权于中央的建议，借机实行“削藩”，剥夺各省军阀的军权，令直系军阀内部很快形成以冯玉祥、齐燮元、王承斌为首的反吴“三角同盟”。而曹锟由于一味偏袒吴佩孚，造成他与众将领的隔阂与疏远。
与此同时，被直系打出关外的张作霖经过两年多的整军经武，厉兵秣马，决心一雪两年前兵败之耻。为了稳妥起见，张作霖联络粤、皖，结成“反直三角同盟”，伺机向直系宣战。正在万事俱备只欠东风之时，忽见江浙一带硝烟弥漫，战火已经燃起，张作霖立刻吹起向直系进军的号角。
变生肘腋，都是老冯捣的鬼
江浙战火由直系江苏督军齐燮元点燃。1924年9月3日，齐燮元为收回上海，与皖系军阀浙江督军卢永祥兵戎相见。上海是全国最大的商埠，税收之多居全国之首。齐燮元任江苏督军不久就想把上海从皖系手中夺过来，但受曹锟、吴佩孚的“和皖”“联卢”政策掣肘，一直未能如愿。1924年4月，卢永祥收编了受直系孙传芳进攻从福建逃入浙江的皖系臧致平、杨化昭两部，违反了“江浙和平公约”，即不得容留、收编“客军”，而此时粤、奉、皖已结成“反直三角联盟”，“和皖”“联卢”成为一句空话，曹锟便默认了齐燮元的攻卢决定。9月8日，曹锟正式下令讨伐卢永祥，江浙战争全面爆发。
但战争初期打得十分优雅、悠闲，双方部队久驻江南繁华之地，养尊处优惯了，突然拉上战场，都是四平八稳、慢慢腾腾。双方在黄渡进行阵地战，每天早晨开炮，快到中午时双方同时停炮午休，下午3点继续开炮，傍晚停止，夜间各自就寝，从无出击与进攻。直到9月17日直系孙传芳突然进军浙江，战局陡变。卢永祥腹背受敌，于10月17日通电下野，江浙战争结束。
虽然江浙之战只是局限于东南一隅，但却为远在关外的张作霖制造了进攻直系的口实，1924年9月4日，张作霖发表讨直通电；9月15日，张作霖组织镇威军，自任总司令，统辖22万大军杀进山海关，第二次直奉战争爆发。
