保洛之争，曹老帅稳操胜券
5月10日，吴佩孚凯旋而归，回到直系大本营保定。当晚，曹锟大摆庆功宴。直系的头头脑脑全部到齐，首位功臣自然是吴佩孚。但庆功宴上的话题似乎只有一个，那便是“直系即中央”。曹锟的弟弟曹锐、曹锳首先提议：
“既然直系即中央，何不把徐世昌拉下台，让三哥荣登总统宝座！”
“三哥此时不当总统，更待何时？”
在座的亲信、将领一听，纷纷附和：
“对呀，肥水不流外人田。”
“这回也该我们直系做大总统了！”
曹锟笑眯眯地扫视着在座的各位，最后把目光落在吴佩孚身上，他知道这事别人说都不管用，“江山”是吴佩孚打下来的，只有他最有发言权。只要他说一句话，曹锟很快就可以登基做总统。而且在他看来，吴佩孚没有理由不同意。
吴佩孚有他自己的想法，如今已与直皖大战之后的形势不同，他完全可以提出召开这样或那样的会议，建立一个合乎自己胃口的中央政府。但他很清楚，当时直系的势力只能控制北方几省；奉系占据关外，仍然实力雄厚；广东孙中山的军队已进攻江西，准备由此北伐直系。在此情况下再组织什么国民大会，无论奉系、皖系，还是南方的孙中山，以及西南联治派，怕是都很难同意。于是，他想通过另一途径达到控制中枢的目的。这一途径便是“恢复法统”。
在宴会后召开的将军会议上，吴佩孚提出来自己的观点。
“倘若恢复5年前被张勋解散的国会，让黎元洪复职总统，恢复法统，以此作为过渡，对直系更加有利。一可以打翻南方政府‘护法’旗帜；二可以抵制各省掀起的‘联省自治’运动；三可以驱逐徐世昌，让恢复的国会和复职的总统成为直系手中傀儡，形成挟天子以令诸侯之局面，确定直系在军阀中合法的统治地位。到时，再利用国会选举，请老帅名正言顺地即位当总统。”
吴佩孚这番话让大家颇感意外，在座的人不由得面面相觑，曹锟更是对此不满，他要的是一步到位，当场表示：“现在是直系自己说了算，何必要绕这么大圈子呢？”
“绕这个圈子是为了总统的位子坐得更稳。”吴佩孚解释说，“南北统一的口号已经喊了好几年，武力统一也好，和平统一也罢，为什么都不能达到统一？就在于一个法统问题。如今孙中山北伐已经打过了江西，一旦恢复了法统，孙中山就没有理由对直系用兵，这是和平统一的最好办法。”
曹锟虽然极不情愿，但碍于面子，也只好表示同意。于是，由吴佩孚执导的“恢复法统”拉开了序幕。由于徐世昌是段祺瑞操纵的安福国会选出的总统，因此吴佩孚不承认其总统地位，一直称他为“东海先生”。此后吴佩孚又多次提出召开“国民大会”的主张，危及到徐世昌的总统地位，因此徐世昌一直对吴佩孚耿耿于怀。直奉战争时他站在奉系一边，主张由奉军拱卫京畿，奉军战败后又劝张作霖不要退兵，以等待时机。
5月15日，由投靠直系不久、直系色彩不太浓厚的长江上游警备司令孙传芳首先发出逼宫信号，公开提出“恢复法统”，接着由旧国会众议院议长吴景濂、参议院议长王家襄以及直系各省督军、将领开始通电大造舆论逼宫。6月2日，徐世昌被迫交印辞职，6月11日，黎元洪复职重新出任大总统，任命颜惠庆署理国务总理。至此，吴佩孚完成了组建新政府的第一步。
要想控制北京政权，就要控制内阁，吴佩孚深知这一道理，因此在颜惠庆内阁中，安排多名亲信出任要职：蓬莱同乡高恩洪出任交通总长、亲信董康出任财政总长、其秘书长孙丹林出任总统府副秘书长兼内务部次长。至此，新组建的颜惠庆内阁唯吴佩孚马首是瞻，遇到大事情必须由吴佩孚拍板，吴佩孚坐镇保定遥控指挥，俨然成为北京政府的“太上皇”。
但吴佩孚忽略了曹锟的感受，在新成立的内阁里，只有曹锟的一个亲信且在一个无关紧要的位子上，吴佩孚住在曹锟的公署里，任何事情包括一些重大事件均不向曹锟汇报，直到有一天曹锟派手下人找上门来，他才意识到自己做得有些过分。
当时已是6月末，有天晚上吴佩孚已经入睡，曹锟忽然派人上门，要他即刻去曹府相见。下人不敢叫醒刚刚入睡的吴佩孚，一向对吴佩孚宽厚的曹锟终于忍无可忍，发了狠话：“不来也得来！”下人不敢再怠慢，赶紧叫醒吴佩孚，吴佩孚虽然很不耐烦，但还是起身赶往曹府。
一进门，吴佩孚发现曹锟脸色不对，赶紧问：“发生了什么事，让老帅这么着急？”由于吴佩孚已称“大帅”，曹锟不得已只好改称“老帅”。
“你现在是大帅了，哪里还把老帅放在眼里，能来理我就该感谢了！”
曹锟对待吴佩孚一向纵容，如此发怒还是第一次。吴佩孚正疑惑间，蓦然发现桌上放着的报纸，“曹汝霖”三个字赫然醒目，吴佩孚立刻明白了曹锟发怒的原因。
原来曹汝霖在交通总长任期内经手的一笔数额高达2000万元的款项没有底账，涉嫌贪污。事发后，交通总长高恩洪与财政总长董康曾向吴佩孚请示处理意见，吴佩孚要他们上报总统黎元洪，然后对曹汝霖依法查办。如此重大的一个案件，吴佩孚既没有向曹锟请示处理意见，也没有与曹锟通气，如今曹锟从报上看到曹汝霖被捕的消息，这才如梦方醒：自己已经大权旁落！
吴佩孚赶紧陪着笑脸说：“老帅不要生气，要是我做错了什么，请老帅拿军棍打我，不要气坏了身子。”
曹锟本来耳朵根子发软，何况又是对吴佩孚，加上“大权旁落”这种事说出来有失脸面，只好不再追究。吴佩孚也非常识趣，一边给老帅道歉，一边保证以后不再干政，并表示将返回自己的公署。
7月1日，吴佩孚离开保定返回洛阳，从此他的直鲁豫巡阅副使公署变得熙熙攘攘热闹非凡，不仅内阁成员往来频繁，各省督军、省长前往拜谒，一些外国使节也纷纷造访，洛阳不仅成为直系的西部大本营，而且成了北洋政府的重心。如此一来，在直系内部便形成了保定与洛阳两个中心，加之吴佩孚不仅没有放弃干政，而且更牢固地把执了内阁，使他与曹锟之间的矛盾进一步加深，在直系内部形成了拥曹的“保派”与拥吴的“洛派”。
由于颜惠庆内阁中几个重要人物迟迟不肯就职，加上财政困难，颜惠庆不愿再担此重任，于8月1日辞职。对于新一任国务总理的人选，吴佩孚表示绝不干涉，但当黎元洪宣布由南方“名流”唐绍仪组阁时，吴佩孚连续致电北京，反对唐绍仪组阁，提出由颜惠庆继续出任总理，如其不愿就任，则由王宠惠代理总理。
吴佩孚的主张，立即得到直系各省军阀附和，黎元洪在吴佩孚的威势下，不得不于9月19日解散唐绍仪内阁，任命王宠惠署理国务总理。
吴佩孚之所以选中王宠惠，因为王宠惠与其内阁中的教育部长汤尔和、财政总长罗文干都是“好人政府”的鼓吹者，他们与外交部长顾维钧都是没有党派的“好人”，也是英美派人物，因此这届内阁又称为“好人政府”。吴佩孚组织“好人政府”的目的不过是以此“好人”装点门面，为我所用，因为“好人政府”的核心人物便是他的亲信交通部长高恩洪、内务部长孙丹林。“好人政府”实际上成为受吴佩孚操纵的“洛派政府”。
“好人内阁”一开始运行，首要任务便是为洛阳方面筹措军费。由于财政困难，财政总长罗文干与奥地利银行团代表华义银行经理罗索达·柯索利签订奥国借款展期合同，在使中国财政遭受巨大损失的同时，华义银行支付财政部8万英镑补款，折合华币60万元。财政部收到此款后，抽出10万元用于支付中央经费，其余50万元全部拨到洛阳。
对于此项展期借款，罗文干在协商签订合同时，已尽力将对国家的财政损失降到最低。但罗文干办理该事项时未提交国会通过，手续上有所欠缺。“保派”人物吴景濂、张伯烈因对王宠惠内阁的亲洛倾向不满，便以此为突破口，以华义银行支付给财政部的8万英镑支票上和财政部公函上罗文干的亲笔签名为受贿书证，以华义银行买办“保派”人物李品一为证人，指控罗文干受贿，胁迫黎元洪下手谕，于11月18日晚将罗文干等人逮捕。
罗案发生第二天，“洛派”阁员高恩洪与孙丹林立刻打电报向吴佩孚求救，吴佩孚对该项“展期借款”了如指掌，对黎元洪竟敢下令逮捕罗文干非常气愤，立刻给总统府发电报，以上司对下属的口气对黎元洪大加指责与训斥。黎元洪在上届总统任内虽然也是傀儡，但无论段祺瑞还是张勋，都不敢对他公开侮辱。尽管黎元洪气得浑身发抖，但在吴佩孚的高压下，也只好做出让步，将罗文干接到总统府。
罗文干由阶下囚成为了总统的座上客，一时有恃无恐，一定要总统给个说法才肯回家。然而，罗文干做梦也不会想到，时隔一天局势突然逆转，吴佩孚再也救不了他。原来，曹锟亲自出马了！
曹锟得知吴佩孚拿到50万元而他分文未得，十分气愤，觉得吴佩孚实在目无尊长，欺人太甚。由于此款是经交通部划拨的，立刻派人到交通部查账，竟查出半年时间内，吴佩孚操纵前后两届内阁为其公署拨付军费509.9万元，而仅仅拨付保定方面242.4万元。一怒之下，曹锟决定推倒“洛派”内阁。
11月23日，曹锟通电公布了罗文干犯下的五条误国大罪，并建议组织特别法庭，对其彻底追究。24日，直系诸将领及直系势力控制下的各省军阀，乃至皖系军阀纷纷通电支持曹锟，一致痛斥罗文干丧权卖国，请求北京政府予以严惩。同时警告吴佩孚，若包庇罗文干等罪犯，将以卖国罪群起讨伐。“保派”乘机大叫：“秀才不倒，大选不成。”大有将吴佩孚拉下马，将曹锟扶上总统宝座之势。
这种一边倒的局势，令吴佩孚嫡系部将萧耀南、张福来等人也不敢替吴佩孚说话，纷纷表示支持“老帅”。孤立无援的吴佩孚第一次领教到曹锟的威力，一时间目瞪口呆，急忙对曹锟表示屈服，通电说：“对曹使始终服从，对元首始终拥护”，对于“罗案”“谨遵曹帅主旨，主张依法办理”。
随着吴佩孚的认输，“洛派”内阁随之倒台，“保洛之争”以“洛派”失败而告终。而罗文干成了两派争斗的牺牲品。
祸起萧墙，直奉大战中惨败
吴佩孚认输后，曹锟考虑到以后对付张作霖与孙中山还要依靠吴佩孚，遂顺水推舟表示“保洛是铁一般的关系”，两人很快恢复了“你即是我，我即是你”的关系。此后，一直到1924年第二次直奉大战爆发，吴佩孚虎踞洛阳，度过了人生中的巅峰时期。此时吴佩孚拥兵数十万，掌控直隶、陕西、河南、山东、湖北、湖南、四川等省，洛阳俨然成为北方的政治、军事中心，被时人称为“西宫”，设有全国18个省督理、督办代表机构。按曹锟所言：“只要洛阳打个喷嚏，北京天津都要下雨。”
1924年9月8日，吴佩孚以“中国最强者”成为美国《时代》杂志封面上的第一个中国人，上海英文杂志《密勒氏评论报》的主编、美国人约翰·鲍威尔甚至赞誉他：“比其他任何人更有可能统一中国。”但也就是在吴佩孚的巅峰时期，直系内部争斗不断，为直系的衰落以及吴佩孚的人生衰落埋下了伏笔。
“保洛之争”结束后，曹锟开始贿选，于1923年10月10日在中南海怀仁堂宣布就职总统。曹锟上台后，对直系将领按功封赏，吴佩孚被升为直鲁豫巡阅使，王承斌任直隶军务督理兼直鲁豫巡阅副使，齐燮元任苏皖赣巡阅使，萧耀南任两湖巡阅使，冯玉祥、王怀庆、王承斌、齐燮元、萧耀南、阎锡山等均被提升为上将军。可以说，大家各得其所，本应各司其职，和平相处，然而，由于吴佩孚大权独揽，独断专行，致使一些将领对他心怀不满，其中冯玉祥、王承斌、齐燮元因受到吴佩孚压制或排挤，组成“反吴三角同盟”与之抗衡。
冯玉祥的实力在直系中仅次于吴佩孚，由于冯玉祥数次倒戈，投靠曹锟后又暗中与孙中山联系，因此吴佩孚对他百般防范与压制，以克扣军饷等手段限制他扩军。冯玉祥对此衔恨在心，一直伺机报复。
直奉战争后，冯玉祥出任河南督军，吴佩孚派出冯玉祥的死对头宝德全为河南军务帮办。冯玉祥与宝德全嫌隙甚深，两人曾兵戎相见。吴佩孚以为如此安排可以达到监视、制约冯玉祥的目的，岂料冯玉祥一到开封，便命令手下将前来迎接他的宝德全拖到庄稼地里枪杀了。吴佩孚闻讯后火冒三丈，发电质问冯玉祥，冯玉祥却回电称：“没有见到此人前来赴任，可能途中被乱军杀死了。”令吴佩孚既恼火又无可奈何。
由于两人之间成见已深，冯玉祥每次到洛阳谒见吴佩孚，吴佩孚总是顾左右而言他。有一次冯玉祥谈及河南最近发生旱情，应该设法防救。吴佩孚诡异地一笑说：“待我卜个卦，算算何时能下雨。”说完便拿出签筒，从里面挑出六个制钱，嘴里嘟嘟囔囔，一连卜了六七卦，然后说：“明日午后2时西北方会下雨。”
吴佩孚早年从家乡蓬莱逃到北京后，曾以卜卦为生，后来作战也经常以卜卦算胜负，据说十分灵验。冯玉祥对此不以为然，想看看吴佩孚怎样为自己圆场。第二天下午2时，冯玉祥准时来到吴佩孚的公署，对吴佩孚说：“这烈日当头，好像没有要下雨的迹象啊！”
吴佩孚慢悠悠地说：“焕章此言差矣，莫斯科此时正在下雨。”吴佩孚以此讽刺冯玉祥正在接受“赤化”。冯玉祥闻之脸色大变，愤然离去。
冯玉祥督豫期间，不仅收编了原河南督军赵倜的旧部，还悄悄募兵扩军。后来曹锟任命冯玉祥为陆军检阅使，在冯玉祥即将赴京上任时，吴佩孚下令只准他带走原部第十一师，督豫期间扩编的五个补充团则交由下任河南督理改编。吴佩孚知道冯玉祥不会乖乖就范，特派其参谋长以照料为名，到郑州监视冯玉祥的部队开拔。
冯玉祥自有办法，他令补充团将士佩戴十一师番号，提前趁夜间登车北上，在吴佩孚的参谋长眼皮底下，将补充团全部送离河南，然后才开始运送十一师将士与辎重。待吴佩孚的参谋长发现时，已是鞭长莫及。
第二十三师师长王承斌，因直奉战争时有通奉嫌疑，也受到吴佩孚的防范和压制。直奉战争后，王承斌任直隶省长，成为“保派”骨干。“罗文干受贿案”发生后，王承斌第一个跳出来指责吴佩孚。为了控制王承斌，吴佩孚令直隶军务帮办和驻防直隶地区的部队长官，越过王承斌，直接听命于曹锟与他本人；还暗中活动，想要将王承斌调任河南督理，以便就近监视。
至于江苏督理齐燮元，则因为吴佩孚的“和皖”政策，禁止他“收回”受皖系残余势力控制的上海，而对吴佩孚心怀不满。
就在直系内部一些将领与吴佩孚产生嫌隙的时候，1924年初，吴佩孚又提出统一军权于中央的建议，即各巡阅使和督军等一律不得兼任师长，其师长职务由中央派人接任，各师由陆军部直接管辖。此举等于削了各省军阀的兵权，自然招来一片反对声。但北京政府坚持采纳吴佩孚的建议，强行解除了一些省份督军所兼任的师长职务，不过也做出了一定让步，即同意各师仍驻原省并受该省督军节制。
但有三人不曾解除师长职务，其中便有冯玉祥、齐燮元。这两人对中央的命令坚决不服从，吴佩孚拿他们毫无办法，只好睁一只眼闭一只眼。与此同时，吴佩孚自己也依旧兼任第三师师长，使得各省军阀对他愈加心怀不满，吴佩孚因此给自己树立了更多的敌人。
尽管直系内部争斗不止，但吴佩孚一时一刻都没有停止练兵备战。他料定张作霖战败之后不会善罢甘休，于1923年春天，在赤峰、朝阳、山海关等地布下重兵设防。事实正如吴佩孚所料，张作霖战败退回关外后，埋头整军经武，决心洗雪一败之耻。
1923年夏，张作霖观看了上海大陆电影公司拍摄的吴佩孚洛阳练兵实况，不禁大为震惊。在吴佩孚“冻不拆屋，饿不扰民”的纪律规范下，直军训练有素，士气高涨，其装备也较此前大有提高。曹锟从外商那里购买了大量军火，质量和性能比此前直军所用的国产军火不可同日而语。这些都让张作霖意识到，仅凭他一人之力，恐怕无法与直系抗衡。于是，他积极联系同样敌视直系的皖系段祺瑞、南方孙中山，与他们再结“反直三角联盟”。
1924年9月3日，直系江苏督军齐燮元为收回上海，与皖系军阀浙江督军卢永祥兵戎相见。尽管江浙之战只是局限于东南一隅的局部战争，但却给张作霖出兵制造了借口，9月15日，张作霖以反对直系发动江浙战争为由，组织镇威军，自任总司令，率22万大军，向九门口、山海关、热河扑来，第二次直奉战争爆发。
由于奉军已侦得直军各部防守阵地以及各部力量强弱，所以先发制人，将主力集结至山海关、九门口一线，要在此线给直军决定性打击。
根据奉军部署，7月18日晚10时，吴佩孚在中南海四照堂召开讨逆军总司令部军事会议，自任讨逆军总司令，任命王承斌为副总司令兼直隶筹备司令，分东、中、西三路迎击奉军。彭寿莘为第一军司令，王怀庆为第二军司令，冯玉祥为第三军司令，张福来为援军总司令，另有海、空军各一部，总兵力20万人，依托长城组织防御。吴佩孚将其嫡系部队三师约12万人放在东路抵抗山海关、九门口一线的奉军，他认为奉军备战时间久，已做好充分准备，加上有日本支援，若与之硬拼，恐怕只会白白损失，决定先持守势，以逸待劳，待奉军疲惫、放松警惕时，突然冲出，杀他个措手不及，一举打到奉天，到时日本想要援助奉军，只怕也来不及了。
四照堂点将后，吴佩孚为筹措军饷，没有立即前往前线，而是在北京遥控指挥前线作战。战争首先在热河地区爆发，奉军看准这一路直军力量薄弱，迅速而猛烈地进行攻击，到10月初，奉军已经逼近凌源、赤峰，而前来增援的王怀庆的13师还在行军途中。很快，热河全区被奉军占领。接下来，奉军转向山海关一带作战。
直奉双方都在山海关正面战场投入重兵，战斗极为惨烈，直军借助山洞等有利地势，顽强抵抗奉军猛烈的炮火和飞机轰炸，击退了奉军40多次的连续猛扑。奉军见此路不通，寻找其他突破口，在日本提供的情报中，奉军得知山海关左翼要塞——九门口防守薄弱，遂改变进攻点，全力攻打九门口。10月8日，直军丢失九门口，战局立即对直军不利。奉军占据九门口后，西可进攻石门寨，南则威胁山海关。在这种威胁下，吴佩孚调张福来的援军开赴前线，并于10月10日从北京出发前往山海关督战。途中他多次停车做军事部署，12日早抵达山海关前线后，直军士气大增。
13日晨，直军与奉军在石门寨开战，吴佩孚亲临前线指挥，命靳云鹗、杨清臣两师增援石门寨，待局势稍定，根据战局变化，调整兵力分布。尽管吴佩孚在此投入了重兵，调入重炮团，交叉掩护，轮番作战，但如果仅仅以陆军作战，直军尚有优势，而奉军投入飞机轰炸，直军的炮队便不是对手了。此时，武器的差距决定了战场局势。17日，直军弃守石门寨，向秦皇岛败退。
吴佩孚四照堂点将时，心中已形成一个通盘计划：东线山海关由第一军与海军联合进攻奉军，西线由第二军王怀庆防守热河，而第三军冯玉祥则出热河呈迂回态势威胁奉军后方战略要地锦州，使奉军腹背受敌，如此分散奉军主力。如今王怀庆的第二军及热河守军已经被打败，只能寄希望于冯玉祥。吴佩孚看了一下冯玉祥呈报的军事行动报告，显示冯玉祥于15日击退奉军，占领赤峰。对此，吴佩孚没有怀疑，立即命总参谋长张方严发电给冯玉祥，命他火速推进，分散奉军主力，以减缓第一军正面作战压力，电报中称：“大局转危为安在斯一举。”
然而，电报发出后，迟迟得不到回音，吴佩孚忧心忡忡，不知冯玉祥葫芦里卖的什么药。10月23日，电务处长田怀广突然来报：“大帅，总统府电话无法接通，拍发无线电也无人接收。”吴佩孚听后大惊，这时他想到冯玉祥迟迟没有动静，将它们联系到一起，心里顿时生出一股不祥之感：“会不会是冯焕章在捣鬼……”
果然，不久后即传来冯玉祥通电倒直的消息，10月22日夜，冯玉祥乘京城空虚，率兵返回北京发动“北京政变”，囚禁总统曹锟。此消息如晴天霹雳在直军中炸开……
起死回生，又遇劲敌北伐军
吴佩孚万万没有想到，自己会从人生巅峰瞬间跌入谷底，而这一切，都源于冯玉祥的倒戈。冯玉祥对吴佩孚的怨恨，吴佩孚心知肚明，但他没有料到冯玉祥会加入“反直三角联盟”，收下张作霖的140万元军饷，联合曹锟卫队旅旅长孙岳，以及直系将领胡景翼共同倒直。
战前部属时，吴佩孚将冯玉祥安排至西路，此路途经之地多为荒山僻壤，道路崎岖不利于行军，也不便就地筹措军粮，但此路军队对战局起着极为重要的作用，为避免冯玉祥消极应付，吴佩孚特意令讨逆军副总司令、“保派”军人王承斌做西路监军，不料王承斌早与冯玉祥组成“反吴三角同盟”，虽然没有加入策划倒戈，但也没有阻止冯玉祥倒戈，而是睁一只眼闭一只眼，到“北京政变”成功之后，他便公开站到了冯玉祥一边。
对于京城的拱卫人员，吴佩孚做了精心布置，特意选中第十五混成旅旅长孙岳。孙岳是同盟会会员，曾参加滦州起义，曹锟为了使其躲过袁世凯的杀害，认他做了养子。直皖大战中，孙岳表现出色，被任命为曹锟卫队旅旅长。直奉大战中，孙岳在初战中失利，吴佩孚气急败坏，当着众人的面斥责孙岳“没能力”，孙岳心中恼火，憋着一口气，在接下来的战斗中，亲赴战场指挥作战，很快转败为胜，立下战功。战后，各师旅的大小军官都得到晋升，孙岳却没有得到提升，因此对吴佩孚心怀不满。加上他与冯玉祥是多年好友，一直过从甚密，在冯玉祥发动“北京政变”时，与之里应外合，打开城门，使得冯军兵不血刃一夜间占领北京。
至于胡景翼，他本是陕西靖国军第四路司令，同盟会会员，后来虽然倒向直系，但吴佩孚认为他是“土匪”出身，又与南方革命军交好，对其并不重用，胡景翼在直系吃不开，遂与冯玉祥联合倒直。
10月15日冯玉祥给吴佩孚呈报军事行动报告，说已击退奉军占领赤峰，其实这是他与张作霖事先策划，联手搞的骗局，实际奉军是主动撤离赤峰的，两军并未真的发生战斗。19日，冯玉祥收到吴佩孚“大局转危为安在斯一举”的急电，同时看到同盟社发布的战情报道，说直军伤亡惨重，势已不支，认为直军已经必败无疑，遂决定倒戈回京，发动政变，掌握北京政权。
也就在这一天，张福来的援军抵达前线，直军立即扭转战局，重新夺回九门口，倘若冯玉祥能在第一时间得到直军重夺九门口的消息，知道直军还有战胜的可能，那么，他或许不会做出倒戈回京的决定。毕竟奉系战胜直系之后，定然会直接控制北京政权，而他自己则会失去直系的庇护。
吴佩孚得知冯玉祥倒戈并发动北京政变的消息后，10月23日上午8时在秦皇岛车站的总司令部召开紧急军事会议，亮明自己的观点：此时前线处于胶着状态，不会发生大的变故，而冯玉祥军队不堪一击，应当先救出总统夺回政权。
对此，吴佩孚的部下提出反对意见：“此时情势危急，大帅万万不可离开前线，应当先集中兵力击溃奉军，再挥师南下，解决北京问题。”
吴佩孚却固执己见，对前线将领们表示：“你们将各自阵地守好，我回去杀掉冯玉祥。等我回来再直捣黄龙。”于是将山海关战场的军事指挥权交给张福来、彭寿莘两人，当晚率领第三师和第二十六师各一部七八千人赶赴天津，由于此时江浙战争已经结束，为了让江浙两省援军能够顺利增援前线，吴佩孚部署对冯作战的同时，还要保证津浦路线畅通。
然而，吴佩孚没有想到，先回救北京的这一决定，竟成为他此生中最大也是影响他一生命运的失误。这个失误，源于他的求胜心切一时草率操之过急，也源于他独断专行听不进他人意见，更源于他对冯玉祥的过于轻视。实际上，他率领的七八千人，因刚从前线调下而疲惫不堪，与准备充分、以逸待劳的冯玉祥军队根本无法抗衡。而冯玉祥政变原本已造成军心浮动，他作为主帅在此关键时刻率兵离去，分散兵力暂且不说，对军心士气的影响可想而知。
结果正是如此，就在吴佩孚与冯玉祥军队作战连连溃退时，直军前线也因主帅离去而军心涣散，发生内乱。奉军却乘机加强攻势，不出一周，直军全线崩溃，前线将领纷纷溃逃天津。
这一切发生之迅速，令吴佩孚目瞪口呆、无所适从。正所谓墙倒众人推，11月1日，山东郑士琦宣布武装“中立”，毁坏津浦铁路，阻止援军北上及吴佩孚南下，山西阎锡山也于同日宣布“中立”，并出兵石家庄，截断京汉铁路。而冯玉祥和奉军也从三面包围了吴佩孚司令部所在的天津。
11月3日，吴佩孚率残兵2000余人，乘车到达塘沽，后乘“华甲”号轮船南下，打算在青岛登岸，转胶济路、津浦路、陇海路回洛阳重整旗鼓。然而对于吴佩孚这个败军之将，各省督军均避之唯恐不及。“华甲”号驶至青岛时，山东郑士琦不仅拒绝假道，并且拒绝给“华甲”号供应淡水与食物。吴佩孚只好改变计划，乘船南下，经上海入长江，过武汉抵洛阳。然而此时吴佩孚仅有第三师残部2000人外加新招募的士兵1万人，曾对吴佩孚百般讨好的陕西督军刘镇华见有机可趁，便出兵洛阳。吴佩孚无力抵抗，打算避难武汉萧耀南处，却遭到萧耀南拒绝。
此时，北京政权已落入张作霖与段祺瑞手中，段祺瑞出任了中华民国临时总执政，接连发出“逮捕吴佩孚解京治罪”的通令，冯玉祥也改所部为中华民国国民军，挥师南下，吴佩孚无处可躲，只好于1925年1月5日乘舰南下，暂泊黄州。
就在段祺瑞打算武力劫持吴佩孚的军舰时，吴佩孚突然收到湖南军阀赵恒惕的电报，邀请他进入湖南。在遭遇了“众叛亲离”后，吴佩孚本不指望会有昔日好友“收留”自己，却不曾想并非“旧友”的赵恒惕会主动相邀，一时感慨万千。就这样，吴佩孚回到最初的“发迹地”岳阳，总算找到一处栖身之地。由于湖南是“自治”省，吴佩孚可以毫无顾忌地在此进行政治活动，于是他联络旧部，伺机再起。
机会很快来了。奉系控制北京政权后，以西北边防督办的任命将冯玉祥排挤出北京，同时疯狂扩张，使各省军阀人人自危。浙江督军孙传芳生怕自己的督军之位不保，赶紧与冯玉祥联合抗奉。由于吴佩孚在直系各省中仍具有一定的影响力和号召力，1925年10月，孙传芳通电拥护吴佩孚出山，领导各省军阀讨奉，立即得到湖北萧耀南、福建周荫人以及原江苏督军齐燮元所部师长、旅长等人的通电支持，特别是萧耀南，见吴佩孚又有再起之势，连忙示好，表示愿意继续追随。
吴佩孚自然不会错过这个东山再起的机会，10月21日，在萧耀南的恭迎下，吴佩孚抵达武汉，宣布接受14省区将领的联名公推，出任“十四省讨贼联军总司令”。
“讨贼联军”征讨的是奉系张作霖，但吴佩孚却对讨奉不怎么热心，他在武汉发表的“讨贼”言论，全部针对段祺瑞与冯玉祥。此时，吴佩孚接到孙传芳的电报，请他到南京主持攻打徐州的战事，吴佩孚闻讯后大喜，孙传芳此举正好为他攻占河南制造了借口。吴佩孚立即任命靳云鹗为豫东“讨贼”军第一路总司令，打着协助孙传芳攻打徐州的旗号，向河南督理岳维峻提出借道河南。岳维峻不是傻瓜，自然清楚吴佩孚葫芦里卖的什么药，立即予以回绝。吴佩孚又借协助攻打山东之名，借道河南，再次遭到拒绝。
其实，此时吴佩孚已经与山东督办、奉系张宗昌秘密联手。张宗昌曾派亲信到武汉，对吴佩孚说：“国民军攻直隶，直隶最终必归国民军，若再把山东攻下，那么国民军将掌控直、鲁、豫、陕、甘，以及察、热、绥三特区，这些地区联成一气，势不可当！这对奉系自然没有好处，但对直系又有什么好处呢？直系又会遭遇什么下场呢？”张宗昌所言正是吴佩孚所担心的，相对于张作霖，吴佩孚更害怕冯玉祥发展壮大，于是与张宗昌“化敌为友”，走出直奉联合的第一步。
1925年12月，张作霖和吴佩孚的代表会晤大连，基本达成谅解，1926年1月5日，吴佩孚收到张作霖的电报，张作霖正式提出直奉联合。吴佩孚知道张作霖并非真心与之联合，只不过想要利用他遏制冯玉祥的壮大，目的达成后，便会卸磨杀驴。但吴佩孚又何尝不是如此？他更害怕张作霖与冯玉祥再度联手，那样他东山再起的希望将彻底破灭。他的首要敌人自然是冯玉祥，他的如意算盘是：与张作霖联手打败冯玉祥后，再与张作霖算旧账。
1926年1月20日，吴佩孚通电讨冯，仍然打着“讨贼联军”的旗号，只是将“贼”冠于冯玉祥的头上。吴佩孚第一个目标自然是河南。他计划兵分三路进攻河南，东路进攻河南东部，以靳云鹗为总司令；西路进攻河南西部，以刘镇华、张治公为总司令；南路进攻信阳，以寇英杰为总司令。1月底，河南战争爆发。东路靳云鹗很快便攻克归德、兰封，到2月27日已经占领开封，兵逼郑州。但进攻信阳的寇英杰却是败绩连连，损失惨重，最后竟败退至鄂北广水一带。
原来，驻守信阳的是国民军第二军第十一师，师长蒋士杰是国民军首屈一指的骁将，其手下田生春、杨瑞轩两支劲旅均骁勇善战。在寇英杰攻打信阳屡屡受挫的情况下，吴佩孚决定采用他最拿手的迂回战术，出襄樊、走南阳，绕道左翼进攻信阳侧背。襄樊、南阳镇守使非国民军嫡系，答应给吴佩孚借道。于是，吴佩孚佯装正面攻击信阳，主力部队却绕道北进，2月下旬北进部队突然出现在信阳侧背，连克确山、驻马店、偃城、漯河、许昌等京汉线要地，令蒋士杰腹背受敌。3月13日，蒋士杰终于被迫放下武器。吴佩孚不禁感慨道：“若我有一个蒋士杰，上次战争也不致失败。”当即对蒋士杰、田生春、杨瑞轩三人优礼有加，并委任为总司令部参议。信阳失守后，河南境内国民军很快全军覆没，国民军第二军军长兼河南督理岳维峻也成了俘虏。
3月初，靳云鹗、寇英杰会师郑州后，兵分两路，一路西进攻克洛阳，再克陕州、潼关，另一路朝保定进攻，直指京津。吴佩孚则重返洛阳，再次成为全国瞩目的风云人物。
河南战争爆发后，奉系张宗昌和李景林的直鲁联军也开始进攻直隶，3月23日占领天津，28日进占丰台，同时不断发电，请吴佩孚北上主持北京大计。
冯玉祥连遭挫败，自知不是直奉联军的对手，为保住国民军实力，以退为进，宣布下野，将军政大权交予张之江、鹿钟麟。鹿钟麟时任北京警备司令，在冯玉祥的授意下，于4月10日发动了第二次“北京政变”，将段祺瑞赶下台，释放曹锟，迎接吴佩孚入京主政，以此讨好吴佩孚并表达归顺之意。但吴佩孚不为所动，4月11日发表通电，称国民军全部退出北京后方有议和可能，同时发电报给张宗昌等奉系将领，称“国民军无和平诚意，请按照原计划从速进兵扫荡赤巢”。15日，吴佩孚军队抵达西苑，张作霖军队占据通州，国民军被迫退至南口。
段祺瑞下台后，北京政府总统之位空缺，恢复自由的曹锟再次萌生出任总统之想法，于是，曹锟派心腹王坦前来征求吴佩孚的意见。吴佩孚考虑到政局尚未稳定，曹锟因贿选总统一事早已声名狼藉，如今再令他复位总统，只怕张作霖会继续借“贿选”大做文章，就对王坦说：“三爷在前台是唱不好的，这一点你我都清楚，何况现在局势未稳时机不成熟，还是等我把大局搞定再说吧。”
果然，在吴佩孚提出恢复宪法，恢复颜惠庆内阁，由颜内阁摄行总统职权后，张作霖就拿出“贿选”一事做文章，主张恢复约法、召开新国会，甚至列出了新内阁人选名单，两人为此争执不下。然而，此时的局势已不容二人继续争执，南方国民革命军已在调兵遣将，准备誓师北伐；北方国民军虽退至南口，但实力犹存。冯玉祥虽然下野，却从未停止扩军备战，并接受苏联的军事援助，实力不可小觑。于是，吴佩孚与张作霖达成“军事为先，政治缓议”的共识，商定先联合攻下南口，再由吴佩孚南下攻打广东革命根据地，将北伐军消灭在出征之前。张作霖则北上攻打国民军，之后共分天下。
然而，这一切都只是一个美丽的梦想，吴佩孚再次犯了过于轻敌的错误，使他的东山再起成为了昙花一现。
就在吴佩孚进攻南口之时，1926年7月，广东国民革命军以推翻北洋军阀为目标的北伐战争拉开了序幕，但吴佩孚根本没把北伐军放在心上，只管进攻南口，任凭曹锟、孙传芳发电劝他迅速南下，他均不为所动。直到北伐军进军湖南，攻克长沙，直逼武汉，吴佩孚才意识到形势严峻，这才于匆忙中挥师南下。
令吴佩孚没有想到的是，北伐军锐不可当，汀泗桥战役、贺胜桥战役，吴佩孚一败涂地，武昌血战后，吴佩孚兵败两湖，其主力军全部被北伐军消灭。10月6日，吴佩孚逃往郑州。此时吴佩孚已走投无路，只好给四川军阀杨森打电报，称：“我已无路可走，不论你允许与否，我都只有入川一途了。”
杨森此前曾受恩于吴佩孚，念及此情，随即迎接吴佩孚入川，并予以庇护。从此，吴佩孚在四川开始了长达四年之久的逃亡生活。此间他曾多次试图东山再起，皆以失败而告终。1931年春，蒋介石在其政权得以巩固的情况下，终于允许吴佩孚离开四川。
此后，吴佩孚曾前往甘肃，试图在甘肃寻找机会，同样被蒋介石所制止。1931年末，吴佩孚来到北平，张学良以“子侄”身份，安排他住进东四什锦花园胡同的大宅院，每月赠送其4000元生活费。至此，吴佩孚结束了五年之久的流寓生活。
拒做汉奸，命丧日本人之手
吴佩孚携妻妾寓居北平之时，正是日本加紧侵华步伐，想方设法收买汉奸为其服务之际。吴佩孚作为中国政治舞台上一度左右政局的人物，虽然大势已去，但政治野心不死，同时在华北及两湖地区仍有一定号召力，加上他反蒋反共，自然成为日本收买的最佳人选之一。
早在被困四川时，日本海军第一遣外舰队特务长荒城二郎少将就曾代表日本拜谒吴佩孚，表示愿意奉送“步枪10万支、机枪2000挺、大炮500门、子弹若干、助款百万”，吴佩孚在当时迫切需要武器装备的情况下，尚且坚拒不受。如今到了北平，更不会屈从。
但国民政府对吴佩孚怀有戒心，怕他会与日本人勾结，于1932年4月聘其为“国难会”议员，吴佩孚对此置之不理。1933年1月，蒋介石迎段祺瑞南下时，曾两次邀请吴佩孚南下居住，吴佩孚不想受其监视，拒绝前往。
其实吴佩孚在北平东四什锦花园胡同内的巨宅寓所，以及每月4000元生活费，都是张学良奉蒋介石之命安排与奉送的。吴佩孚初到北平时，正值“九一八”事变后，全国抗日情绪高涨，原想凭借“世侄”张学良的武力东山再起，不料张学良对这位老世伯虽以“子侄”身份执礼甚恭，但绝口不提国家大事。
到1936年春，吴佩孚与蒋介石逐渐有所往来。蒋介石在携夫人宋美龄北巡中，曾在外交大楼设宴邀请吴佩孚会晤，吴佩孚欣然前往。
1938年12月，吴佩孚在东四什锦花园胡同的大宅里接待了一位看似寻常的客人——其旧部政务处长刘泗英，刘泗英秘密带来重庆国民政府行政院长孔祥熙的亲笔信，令吴佩孚看后精神为之一振。同时，孔祥熙奉蒋介石之命，赠送吴佩孚生活费10万元，为吴佩孚解除了生活上的后顾之忧。刘泗英返回重庆时，吴佩孚复信一封，又作诗一首，请刘泗英转呈蒋介石：
飒飒西风里，秋声动地哀。
斯民何所恃，端仗大英才。
但日本人对吴佩孚的策反一刻也没有放松，“七七”事变后，日本人在北平设立“南山庄大迫机关”，并派出大迫通贞、川本芳太郎等高级特务游说吴佩孚“出山”，特务头子土肥原贤二甚至亲自出马，“三顾茅庐”。吴佩孚与日本人大打太极拳，最后竟“顺从”地开出“出山”的条件：必须建立一支由自己指挥的军队和一个属于自己的政府。吴佩孚要做的是与日本天皇平起平坐的大总统，这显然是土肥原贤二不能接受的。
屡次碰壁之后，土肥原使出流氓手段，唆使一些汉奸搞所谓“通电拥吴”，散布谣言宣称吴佩孚已答应出任汉奸组织“和平救国委员会”“绥靖委员会委员长”的伪职，并邀请130名中外记者为吴佩孚组织记者招待会，越俎代庖为吴佩孚准备好“讲话稿”。
对此，吴佩孚一笑置之，他心中自有主张。1939年1月30日，按土肥原的策划，中外记者招待会在吴佩孚的宅邸举行。吴佩孚将土肥原为他准备的“讲话稿”放在一边，自己从容不迫，对日本一阵炮轰，径自提出中日和平的三个条件：
第一，日本无条件地全面撤兵；
第二，中华民国应保持领土和主权完整；
第三，日本应以在重庆的国民政府为全面议和的交涉对象。
吴佩孚话音未落，中外记者一片哗然，土肥原之前在媒体散播的吴佩孚答应出任“绥靖委员会委员长”的谎言被揭穿，顿时老羞成怒，竟动用军警扣发英美等国记者的电稿，迫使新闻界不得刊登吴佩孚发言的真实内容，而让通讯社抢先刊发了土肥原准备的“讲话稿”。但海外及非沦陷区的新闻媒体仍然刊登了此次记者招待会的真相。
尽管如此，土肥原仍不死心，又派川本芳太郎大佐前往吴府游说。川本芳太郎不惜对吴佩孚行三跪九叩大礼，以弟子自称，吴佩孚仍以大打太极拳的方式与之周旋。大汉奸汪精卫也多次到北平，约吴佩孚会晤，但均未能如愿。
吴佩孚虽顶住了日本人的威逼利诱，却没有躲过日本人的暗中报复。1939年11月24日，吴佩孚吃晚饭时，一粒小石子卡到牙齿里，疼痛不已。家人立即打电话到医院，请牙医前来医治，不料来了一个名叫伊东的日本牙医，而吴家人并不知道伊东是受日本派遣军参谋长板垣征四郎的派遣而来。伊东查看吴佩孚的口腔情况后，在没有用麻药的情况下，将吴佩孚的一颗槽牙连肉带血拔了下来，吴佩孚大叫一声昏死过去。
待吴佩孚从昏迷中醒来，牙床已肿得老高，剧痛不止，这才想起追问：“是谁请的那个混账医生，他究竟是什么人？”
第二天，吴佩孚家人又请来中医郭眉臣，郭眉臣为吴佩孚开了药方，但服用几日后不见好转。此时，吴佩孚的病情已发展到左脸肿大，喉咙发炎，莫说进食，连咽一口唾液都是巨大的折磨，并引发全身忽冷忽热，整日困乏不堪。如今只有开刀取脓一途，但为了免遭日伪毒手，吴佩孚坚决拒绝开刀。他忍受着剧痛，病情一拖再拖。
12月4日午饭过后，吴佩孚的秘书帮办张伯伦来到他的卧房，吴佩孚睁眼看到他，努力想挤出一点笑容，却因触动神经疼痛得面容扭曲。张伯伦看到他如此痛苦，想说什么却又怕一开口会带了哭腔。吴佩孚的头不能动，只能斜着眼望着张伯伦，嘴里蠕动好半天，终于艰难地说出几个字：“死，死了好，死了好……”
