《讨粤匪檄文》发布者称：“倘有血性男子，号召义旅，助我征剿者，本部堂引为心腹，酌给口粮。倘有抱道君子，痛天主教之横行中原，赫然奋怒以卫吾道者，本部堂礼之幕府，待以宾师”，“倘有久陷贼中，自拔来归，杀其头目，以城来降者，本部堂收之帐下，奏受官爵。倘有被胁经年，发长数寸，临阵弃械，徒手归诚者，一概免死，资遣回籍。”檄文发布者并非在职官员，现下仅是地方绅士身份，却以本部堂自称，未经皇帝允许将体制中人与私军领袖身份集于一身。
发布于湘勇主力出发征战当天的《讨粤匪檄文》，是湖南儒学精英的集体站队，他们选择站在清帝国一边，对政教合一的太平天国政权说不，与“窃外夷之绪，崇天主之教。自其伪君伪相，下逮兵卒贱役，皆以兄弟称之，谓惟天可称父，此外凡民之父皆兄弟也，凡民之母皆姊妹也。农不能自耕以纳赋，而谓田皆天王之田；商不能自贾以取息，而谓货皆天王之货；士不能诵孔子之经，而别有所谓耶稣之说、《新约》之书，举中国数千年礼义人伦、诗书典则，一旦扫地荡尽”的南京政权决一死战。
圣谕日日抵衡阳
在衡阳练兵的日子里，奕詝曾接连下谕催促曾国藩率湘勇赴湖北作战：“长江上游，武昌最为扼要，若稍有疏虞，则全楚震动。著骆秉章、曾国藩选派兵勇，并酌拨炮船，派委得力镇将，驰赴下游，与吴文镕等会合剿办，力遏贼冲，毋稍延误。” [42]“曾国藩团练乡勇，甚为得力，剿平土匪，业经著有成效。著酌带练勇，驰赴湖北。合力围攻，以助兵力之不足。所需军饷等项，著骆秉章筹拨供支。两湖唇齿相依，汉、黄一带尤为豫省门户，该抚等自应不分畛域，一体统筹也。”“武昌省垣情形万分危急……著曾国藩遵照前旨，赶紧督带兵勇船炮，驶赴下游会剿，以为武昌策应，所需军饷等项，著骆秉章即设法供支，以资接济，毋稍延误。将此由六百里加紧谕令知之。” [43]在这些圣谕中，皇帝反复强调湖南地方政府必须给予湘勇经济支持，他现在把曾国藩的私军视为国家雇佣军，待遇等同于江忠源的楚军，最关键处则守住底线，即知县出身的楚军领袖位至江南大营帮办军务兼安徽巡抚，而曾官至兵部侍郎的湘军领袖依然只是在籍绅士。
曾国藩接谕后未率部增援武昌。奕詝反复提到让他督带兵勇炮船出省作战，可湘勇现在连一艘战船都没有，怎么突破长江防线进入湖北？1853年10月15日，太平军石祥祯、韦俊部在湖北广济全歼清军一万多人，牢牢控制长江要隘田家镇，湘勇援鄂必然与叛军争锋水上，但对曾国藩而言水师至今还只是一个概念，无战船无重炮只是画饼充饥。湘勇不会像楚勇那样一味遵从圣谕，皇帝可以在宫中调兵遣将体现主子的存在感，搭上的可都是三湘子弟的性命。没有水师的湘勇不会出省作战，这是曾国藩的想法，他在《暂缓赴鄂并请筹备战船折》中提出，务必建立湘勇水师与敌争夺长江制水权：“该匪以舟楫为巢穴，以掳掠为生涯，千舸百艘，游弈往来，长江千里，任其横行，我兵无敢过而问者。前在江西，近在湖北，凡傍水之区，城池莫不残毁，口岸莫不蹂躏，大小船只莫不掳掠，皆由舟师未备”，“现在两湖地方，无一舟可为战舰，无一卒习于水师。今若带勇但赴鄂省，则鄂省已无贼矣；若驰赴下游，则贼以水去，我以陆追，曾不能与之相遇，又何能痛加攻剿哉？再四思维，总以办船为第一先务”。 [44]这是极其重要的战略思想，指出打赢内战必须先行建设水上军事力量，否定了专守一城一地的僵化思维。
写成《暂缓赴鄂并请筹备战船折》当天，曾国藩命令湘勇截留从广东藩库解往江南大营的四万两白银。此事非同小可，进抵伪都南京城下的江南大营，集结着南方清军几乎所有精锐，截留其军饷的严重后果谁都清楚，湘军领袖却不管不顾地全数截留白银。曾国藩向皇帝诉苦，“筹备炮船，招募水勇，约需银十余万两。湖南藩库仅存银三万余两，实属不敷供支。查有广东解往江南大营饷银十余万两，现留长沙，因鄂省梗阻，未敢前进。臣咨商抚臣，即将此项截留四万余两，作为筹备炮船之费，其有不敷，由臣设法劝捐添凑”，这样做“实于公事有裨”。截留军队饷银在先，上折子在后，非但如此，手还伸得很长，提出解往湖北造船的二十万两广东库银，应划出四万两抵扣他这次截留的江南大营军饷，理由是圣谕中有“两湖办船，本属一气”，“两湖唇齿相依，自应不分畛域，一体统筹也”之言。这回奕詝难得地冷静，谕令“户部查照办理” [45]。
四万两白银都给湘勇了，奕詝让军机处传谕湘勇速赴安徽协同楚勇作战。“本日据宋晋奏，曾国藩乡望素孚，人皆乐为效用。请饬挑选练勇，雇觅船只，顺流东下，与江忠源水陆夹击，速殄贼氛等语。”“现在安徽逆匪势甚披猖，连陷桐城、舒城，逼近庐郡。吕贤基已经殉难，江忠源又复患病，暂住六安，不能前进，皖省情形甚属危急。总由江面无水师战船拦截追剿，任令贼?往来自如，以致逆匪日肆鸱张。该侍郎前奏亦曾筹虑及此。著即赶办船只炮位，并将前募楚勇六千，由该侍郎统带，自洞庭湖驶入大江，顺流东下，直赴安徽江面，与江忠源会合，水陆夹击，以期收复安庆及桐、舒等城”。“该侍郎忠诚素著，兼有胆识，朕所素知。谅必能统筹全局，不负委任也。” [46]皇帝好言说尽，勉励前侍郎赶紧建造兵船，率六千雇佣兵从洞庭湖进入长江与江忠源部会合，水陆夹攻歼灭叛军收复失地。
曾国藩是在接谕后14天上《筹备水陆各勇赴皖会剿俟粤省解炮到楚乃可成行折》的，他告诉皇帝造船的过程并不顺利，工匠技术生疏，船只吨位太轻，“不足以压长江之浪，不足以胜巨炮之震”，认为水师成军尚待时日。他说的都是真话，没有合格的战船火炮击溃叛军战船，与江忠源部会师水陆夹击敌军全是无用空话。话虽如此他还是安慰奕詝，说湖南督抚对他造船比较支持，骆秉章派来一位叫成名标的水师守备，又送来从广东取来的拖罟、快蟹船设计图，目前已经竣工10艘，计划再造20—30艘，如果舱面安放千斤大炮，加上置于船侧的舷炮，“乃足以壮军威而摧逆焰”。前侍郎还告诉皇帝，新船“上油未干，入水既虞其重涩，捻灰未固，放炮又患其酥松，必须一月以外，乃可下河。至价买旧船，修改舱面，其用力稍省，其为日自少，然至二三百号之多，亦须一月余之久”。至于为什么需要几百艘战船才能出征，前侍郎的理由是：“盖为数过少，则声势太孤，贼众之船未遇，我军之心先怯。”前侍郎说战船需用的火炮还在途中，待这些火炮从广州运到衡州，那时战船也造得差不多了，水师有望成军。他在折子中把自己的决定告诉皇帝：“事势所在，关系甚重，有不能草草一出者，必须明春乃可成行。” [47]
奕詝对曾国藩很不满意，下谕责问他：“现在安省待援甚急，若必偏执己见，则太觉迟缓。朕知汝尚能激发天良，故特命汝赴援，以济燃眉。今观汝奏，直以数省军务，一身克当，试问：汝之才力能乎，否乎？平时漫自矜诩，以为无出己之右者，及至临事，果能尽符其言甚好，若稍涉张皇，岂不贻笑于天下。著设法赶紧赴援，能早一步，即得一步之益。汝能自担重任，迥非畏葸者比。言既出诸汝口，必须尽如所言办与朕看。” [48]年轻的皇帝总是急于求成，总想轻易地击败强大的叛军，不过，发往衡阳的圣旨表面上言辞尖锐，对接谕者极尽讥嘲，实际上他已高度依赖这位握有重兵自作主张的湖南缙绅。
更多折子从衡阳发来宫中，曾国藩提出更多请求，这些请求无休无止看不到尽头。《请提用湖南漕米片》要求赴鄂作战前，“准臣提用漕米二三万石”，奕詝御批，“户部知道。用之于军需，固不为浪费”。 [49]《请捐输归入筹饷新例片》提出给予授给捐输钱物者官衔之权，“由臣开单咨部，随时发给部照。嗣后臣行营所至，如湖北、安徽等省，准令臣随处劝捐，一例咨部，仍随时发给部照”，奕詝批复“该部知道钦此” [50]。总之能答应的全都答应，能办到的都给办到，但这位绅士还在推诿，一会说“臣所练之勇，现在郴、桂剿办土匪，不能遽行撤回”，一会儿称“饷乏兵单，微臣竭力效命，至于成效，则不敢必。臣以丁忧人员，去年奏明不愿出省办事，仰蒙圣鉴在案。此次奉旨出省，徒以大局糜烂，不敢避谢。然攻剿之事，实无胜算。臣系帮办团练之人，各处之兵勇既不能受调遣，外省之饷项亦恐不愿供应。虽谕旨令抚臣供支，而本省藩库现仅存银五千两，即起程一月之粮，尚恐难备。且贼势猖獗如此，岂臣区区所能奏效”。 [51]
整个湘勇部队都还在衡阳寸步未移，谕令和折子已来来回回一大堆，弄得奕詝脸色很难看，焦躁地下谕指责前侍郎，生完气又觉得不得不用这个人，违心地说：“知道了。成败利钝固不可逆睹，然汝之心可质天日，非独朕知。若甘受畏葸之罪，殊属非是。” [52]与同为湖南人的江忠源相比，奕詝对曾国藩戒备极深，他屡屡催促湘勇赴鄂作战，后者则以各种理由抗旨不遵。骆秉章拨藩银令王錱募勇奋战，曾国藩居然致函干预：“兵贵精不贵多，新集之勇未经训练，见贼易溃，且饷糈难继，宜加裁汰”，逼迫其裁撤王錱部练勇。
1854年2月，曾国藩终于率湘勇自衡州出征，29日接到上谕催促其赴湖北作战，“此时惟曾国藩统带炮船兵勇，迅速顺流而下，直抵武汉，可以扼贼之吭。此举关系南北大局，甚为紧要。此时水路进剿，专恃此军”。 [53]最后一句了不得，皇帝把湘勇称为“军”，还声称“专恃此军”，现在曾国藩创建的地方武装可以称为湘军了，名正言顺地进入帝国军事力量序列。一切都在这位战略家的谋划中，自然而然水到渠成。
前侍郎清楚清军水师在长江流域连遭败绩无船可战，奉调北上的广东水师远在海上缓慢漂移，这是他拥有湘军水师的绝佳时机，即便水师初成青葱稚嫩。奕詝亦是聪明之人，终于看出水师重要，却已经为时过晚，只能让曾国藩湘军水师坐大，以拯救帝国江山社稷。年轻的皇帝时时觉得委屈愤怒难抑，湘勇行动迟缓致使江忠源命丧庐州，吴文镕战死黄州，一切都由曾国藩造成，所有谕令都被他当作耳边风。曾国藩的想法正好相反，他把门生江忠源之死归因于奕詝频繁征调过度使用，使其才干体力在被动受命中消耗殆尽；把座师吴文镕阵亡之因归咎于奕詝不顾实际地催战，以及湖北巡抚崇纶的恶意构陷。曾国藩在衡州致函吴文镕嘱其坚守武昌，告诉他“今日南北两省，且以坚守省会为主，必俟水师办成，乃可以言剿。”巡抚崇纶与吴文镕不和，参奏湖广总督闭城株守，奕詝居然“切责”吴文镕。吴文镕等不到曾国藩打造好水师，离开武昌督师于黄州，随即战死。赴死前他写遗书给曾国藩：“吾意坚守，待君东下，自是正办。今为人所逼，以一死报国，无复他望。君所练水、陆各军，必俟稍有把握，而后可以出而应敌。不可以无故率尔东下。东南大局，恃君一人，务以持重为意，恐此后无有继者。吾与君所处，固不同也。” [54]吴文镕预测主持东南大局者必定是曾国藩，可谓有先见之明。
湘人从水
一切都准备停当了，湘军接下来要真刀真枪地打仗，他们的对手是1852年进入湘鄂区域的太平军。
太平军1852年进入两湖地区时兵力不足两万，当地四十多万反满民众加入进来，兵员猛增到近五十万。新加入者中除了底层士人，还有矿工、炭户、挑夫、渔民、船户和秘密组织成员，后者以行业、帮会的方式群体性加入太平军。太平军攻占道州的最大收获，是招募了揠煤夫即煤矿工人一千多人，付给他们每人每月10两白银，“到处俱用湖南煤夫挖掘地道，恃为长技，无坚不摧”。 [55]两湖地区的天地会秘密组织也集体性加入反叛军，清人汪士铎在日记中记述：“癸卯、甲寅间，贼目曾天养至武昌，通城、蒲圻、大冶、兴国、嘉鱼、咸宁，旧钟人杰之余党十万余人来投降。” [56]这些新加入者被来自广西高地的太平军老兵称为新兄弟，其人数是后者的数十倍。
太平军庞大的水营也几乎全由新兄弟组成，他们利用两湖地区众多江河湖泊，正面强攻沿江城市或机动作战消灭清军水师，给帝国军队以毁灭性打击。太平军水营组建于1852年年底，这年12月12日，湖北提督博勒恭武、岳州知府廉昌战败弃城，此时成千上万条粮船停泊在岳州，几万失业盐船水手聚集在武昌，湖南道州商人唐正才振臂一呼，船户、水手纷纷加入太平军，东王杨秀清任命唐正才为典水匠，即水营最高指挥官。水营以船户水手为水兵，分为前后左中右五军。水营船只征用大量民船，用来运送军队和物资，采用群狼战术歼灭清军水师，长江千里尽为太平军所控制，“贼船之多亦不下万余艘，行则帆如叠雪，住则樯若丛芦，炮声遥震，沿江州邑无兵无船，莫不望风披靡” [57]。
水营组建不久就参加了武昌战役。西征军1852年12月22日攻克汉阳、汉口后，水营用船只和木板在江面搭起通往武昌城的浮桥，几十万太平军渡过长江合围武昌。1853年2月9日，太平军沿长江东下进攻南京，水营2月15日突破清军长江老鼠峡防线立下首功，此后又协助地面部队攻陷九江、安庆，在四合山江面全歼副将陈胜元所率清军水师，攻取金陵城。从武昌出征到夺占南京，太平军仅用了不到40天。水营指挥官唐正才战功卓著受封“恩赏”丞相，升任殿左五指挥，提督水营事务。攻占南京后水营扩充为9个军，每军约13000人，9军共计约120000人。
太平军水营遇上湘军水师后才算是棋逢对手，这是两个敌对政权水上军事力量的较量，也是湘人与湘人之战。在太平军担任军事教官的英国人呤唎亲历这场战争并目睹了双方军队中的湘籍士兵情状，他在《太平天国革命亲历记》中这样评价他们：“太平军来自湖南的很多，中国人说湖南人是中国最好看的。我完全相信这话，因为我曾打听我所碰到的超出一般相貌的太平军是哪里的人，每次我都发现相貌最好的全是湖南人或者是江西山地来的人。湖南位居中国中心，向来以产生最好的士兵驰名，尤其是湘勇，久已为人所称赞。”现在这些相貌好看的湘人将为丰沛的河流湖泊鏖战，为丰茂的土地丘陵厮杀，为各自的信念把热血洒向湘水。
1854年2月25日，曾国藩令罗泽南、李续宾二营留守衡州，其余湘军全部集结湘潭待命，曾国藩大营即总指挥部设于水师，褚汝航、塔齐布分任水师总统与陆师先锋。湘军水师分10营，共5000人，湘潭水师4营以褚汝航、夏銮、胡嘉垣、胡作霖为营官，衡州水师6营以成名标、诸殿元、杨载福（杨岳斌）、彭玉麟、邹汉章、龙献琛为营官。水师共有241艘战船和200艘辅助船，战船仿照广东战船式样建造，计有40艘快蟹、50艘长龙、150条舢舨，1艘相当于水师旗舰的拖罟船供曾国藩乘坐，自身没有动力由其他船拖带。水师战船一共配置570门火炮，其中大部分是进口洋炮，水勇战前由来自广西的炮手培训过。地面部队由10营陆师组成，一共5000人。随军出征的还有粮台即后勤补给机构，粮台备有大米12000石、煤炭18000石、食盐40000斤、食油30000斤；征用大批民船运送这些军用物资，为壮军威发放给这些辎重民船旗帜和枪炮。这是湘军的首战，参战官兵、后勤人员加上民夫，总共17000余人。
1854年2月29日，曾国藩接上谕，“水路进剿，专恃此军”。3月31日，曾国藩又接谕旨，“此时得力舟师，专恃曾国藩水上一军。倘涉迟滞，致令汉阳大股窜踞武昌，则江路更形阻隔。朕既以剿贼重任付之曾国藩，一切军情，不为遥制”。 [58]4月4日，水师在洞庭湖遇大风，装载辎重的战船沉没24艘，相撞伤几十艘，尚未开战即遭惨重损失，曾国藩懊恼不已。发生在4月4日的还有陆师的战败，太平军林绍璋部在湘鄂边界设伏，击溃王錱部于羊楼司，曾国葆、邹寿璋、杨名声3营战败撤往岳州。林绍璋率部猛攻岳州，战至4月7日，曾国藩率水师驰援，炮击围城敌军，接应湘勇残部弃城撤往长沙。林绍璋部咬住湘军不放，4月24日攻陷湘潭，夺占造船厂，缴获湘军战船。湘潭激战时，太平军石祥祯部突击靖港，与林绍璋部形成夹攻之势，长沙危在旦夕。4月28日，曾国藩率水师5个营和陆师800人反攻靖港，狂风使战船不受控制地漂入太平军岸炮射程，遭到轰击损失惨重。石祥祯派出200多艘小船，围住40艘湘军大船展开火攻，湘军水勇纷纷弃船逃生。陆师在曾国藩督战下进攻靖港，见水师战败，不听指挥哄散溃逃，亲兵护住曾国藩急退。目睹湘军如此败象，前侍郎羞愤难当，纵身一跳欲投水自尽，幕僚章寿麟赶紧将他拉上船来，送往长沙高峰寺调养身体。
长沙官员认为这是报复的绝佳时机，他们幸灾乐祸地写了折子，参奏这位自杀未遂的在籍办团缙绅，要求皇帝严惩他并将湘军解散，但湘军在其他战场的胜利，使长沙官员不得不打消了这种念头。4月25日，陆师塔齐布部反攻湘潭，湘军的炮火摧毁了守军部分工事；水师彭玉麟、杨岳斌部火攻湘潭太平军水营，“贼舟连樯十里，分三队合击，同时纵火焚其辎重皆尽”， [59]林绍璋部损失战船约2000艘。战至5月1日，湘军攻克湘潭，全歼林绍璋部将士近万名。这是湘军首次大量歼灭敌军有生力量，也是太平军西征军首次成建制溃败，湖南战局随之发生逆转。
军事斗争暂赢一局，政治斗争还在继续。为争夺湖南领导权，曾国藩以退为攻，“陆师既克湘潭，巡抚、提督上功，而国藩请罪”。 [60]前侍郎奏称，“靖港战败，水师半溃，实由臣调度乖方，请交部从重治罪，并请特派大臣总统此军”。他表面上让皇帝派其他大臣指挥湘军，实际上是料定除了自己，任何人都难以摆平这支属于他的军队，由此果断地反将一军。对于湖南官员和缙绅的再次角力，奕詝让军机处转谕长沙，“逆船经曾国藩亲督舟师进剿，虽小有斩获，旋以风利水急，战船被焚，以致兵勇多有溃败。据曾国藩自请从重治罪，实属咎有应得。姑念湘潭全胜，水勇甚为出力，著加恩免其治罪，即行革职，仍赶紧督勇剿贼，带罪自效”。他将曾国藩革职，又让其继续掌控湘军，革去的是虚衔，不动的是其军事指挥权。奕詝何尝不清楚湘军领袖明里谦恭内底桀骜，“请特派大臣总统此军”一句，简直就是对他的要挟。可此人一旦离场，哪里还有现在这支能够打赢叛军的部队。帝国已经到了现在这种地步，任性只能加快其倾斜沉没，奕詝决定留住前侍郎，他的方式是将湖南提督鲍起豹革职，把他的职位交给湘军营官塔齐布。圣谕从宫中六百里加急送往长沙，“湖南提督鲍起豹自贼窜湖南以来，并未带兵出省，迭次奏报军务，仅止列衔会奏。提督有统辖全省官兵之责，似此株守无能，实属大负委任。鲍起豹著即革职，所有湖南提督印务，即著塔齐布暂行署理”。 [61]这是对所有湖南官员的警告，在平叛战争中冒领军功或抱团组圈是不可容忍的行为。
奕詝在战争中学习驭臣之术，对于湖南的人事安排有独到之处，“曾塔配”这样的惊幻组合都能设想出来。塔齐布不过是湘军营官，一举擢升为一省最高军事长官提督，湘军领袖曾国藩仅是在籍办团缙绅，这样的安排实在太富想象力。曾国藩深解其意却不揭破，毕竟麾下营官擢升为从一品提督，自己脸上也算有光。塔齐布“受印日，士民聚观，叹诧国藩为知人，而天子能明见万里也”。 [62]紧接着又有上谕，无非又是催促其乘胜赴鄂作战。只是靖港、湘潭战后湘军人数锐减，一万营勇仅剩四千，皇帝对其称呼亦低调许多，上谕中用词不再是军而是勇，“曾国藩统领舟师，屡有挫失，此摺所陈纰缪各情，朕亦不复过加谴责。现在所存水陆各勇，仅集有四千余人。若率以东下，诚恐兵力太单。该革员现复添修战船，换募水勇，据称一两月间当有起色。果能确有把握，亦尚不难转败为功”。 [63]
战还须从水师入手，经岳州、靖港两仗湘军师船战损过半，曾国藩命衡州、湘潭再造新船60艘，又由长沙船厂修复100多艘伤船。初战中一些营勇表现欠佳，缺乏向死而生的战斗意志，曾国藩反思：“吾水陆万人非不多，而遇贼即溃，岳州之败，水师拒贼者杨载福一营。湘潭之战，陆师塔齐布两营，水师杨载福两营。以此益知兵贵精不贵多。” [64]他对水师作大幅调整，裁汰心理素质差的营勇，新募数千兵员补充进湘军。在实战中他还了解到，营官的命令难以传达到各艘战船，指挥意图难以贯彻造成混乱以致溃败，为此每船增设1名哨官。
湘军重整后再次东征，首战攻击目标为岳州。湘军水师分三批拔锚出发，全速驶向岳州；陆师分三路进发，中路塔齐布部，西路胡林翼部，东路江忠淑、林源恩部。留守衡阳的罗泽南部也奉调会攻岳州。太平军守将曾天养收缩防区，命其部撤出常德、澧州，将所掠民船尽集岳州踞守。1854年7月24日，湘军攻陷岳州，曾天养率部退至距岳州15公里的城陵矶，伺机在长江与洞庭湖交汇处与湘军水师决战。
1854年7月27日，城陵矶战役拉开序幕。此时广东水师已由海路进入长江，驶抵城陵矶与湘军水师会合，至此可谓帝国已出尽水上精锐。太平军亦调集精锐部队参战，韦俊部赶赴城陵矶与曾天养部会合，西征军实力大为增强。8月9日，广东水师统兵官陈辉龙、广东游击沙镇邦率广东师船强攻城陵矶，太平军水营在象骨港设伏，诱使广东水师大型战船搁浅，随即出动所有舟船火攻师船，以群狼战术全歼广东水师，陈辉龙、沙镇邦战死。彭玉麟、褚汝航、夏銮率部赶来增援，也被敌船团团围住，贴身近战距离过近，湘军水师的重炮火器失去效用，不是被击沉就是被俘获，几乎和广东水师一样地全军覆没，营官褚汝航、夏銮阵亡，突围生还的唯有彭玉麟。
危急时刻又是塔齐布部力挽狂澜，使濒临死亡的湘军满血复活。1854年8月11日，塔齐布部由陆路攻击城陵矶，曾天养领兵三千舍舟登岸交战，塔齐布带伤冲入阵中击杀曾天养。曾天养是太平军悍将，1853年随胡以晃征战安徽，攻陷桐城、舒城、庐州，致使江忠源兵败自尽，之后又与石祥祯、韦俊部会战湖北，全歼湖广总督吴文镕所率黄州清军，湘军在城陵矶击杀曾天养，算是为曾国藩座师吴文镕、门生江忠源报了仇。8月14日，韦俊收拢曾天养残部再战湘军，湘军陆营营官褚殿元、刘士宜战死，罗泽南、李续宾率部死战才稳住阵脚。曾国藩命彭玉麟、杨岳斌率水师从侧背猛袭擂鼓台守军，由广西来湖南的李孟群自募水勇2营1000人参战，曾国藩命他随杨岳斌、彭玉麟东下进攻拔城陵矶。湘军猛烈反击攻陷太平军13座营垒，韦俊引军退往湖北，湘军追击二百里收复湖南全境。
城陵矶战役后，太平军水营已难以组织有效抵抗，战场形势开始一边倒。湘军进入长江直驱武汉，《清史稿》记述水师战况：“孟群偕载福、玉麟中流直下。舰分二队，前队冲盐关出贼背，后队自上击下，毁贼船二百余艘。会诸军铲沿江木栅，破汉关及金沙洲、白沙洲，抵鲇鱼套，西渡攻汉阳朝宗门。贼扬帆下窜，尸蔽江。毁晴川阁下木栅、大别山下木垒，武昌、汉阳同时收复” [65]，太平军水营已无像样的抵抗。杨载福率部进攻武汉，水师将士傲立船头，不顾炮火连天弹丸纷飞徐徐进抵城池，以无惧生死的气势碾压太平军士气。“三版人皆露立，棹船徐进，有俯首避铅丸者，众目笑之，以为大耻。”这样的军心士气是太平军前所未见的，“寇从城上望见，相顾失色，缒而逃者日杀百数不能止。明日，武昌寇弃城走，汉口、汉阳寇皆乘夜具舟遁。武昌之复不劳力，由创水军，使寇震怖无策，故千里无留行焉”。 [66]
在夺取制水权的一系列战役中，湘军水师经受住太平军水营群狼战术打击，大吨位、重火炮、机动性强等技术优势逐渐显现。太平军水营在两湖地区的战争中，即便打赢湘军水师损失也十分惨重，学者罗尔纲根据史料统计，湖南境内太平军战船“初被焚于湘潭约二千艘，接着被焚于岳州约数百艘，被焚于城陵矶约数百艘”；湖北区域水营战船“被毁于汉阳小河约四千艘”。 [67]1854年8月14日，太平军石凤魁部撤出武汉三镇，水营残部被湘军水师围歼于汉口，“杨载福等以水师舢板数十号溯流驶入汉口，纵火焚贼船千余号，几尽”。 [68]自此，太平军不再有水上优势。
奕詝接到战报欣喜若狂，下谕封赏曾国藩，“此次克复两城，三日之内，焚舟千余，踏平贼垒净尽。运筹决策，甚合机宜。允宜立沛殊恩，以酬劳勋：曾国藩著赏给二品顶戴，署理湖北巡抚，并加恩赏戴花翎；塔齐布著赏穿黄马褂，并赏给骑都尉世职”。年轻的皇帝一时间又是满脑子速胜论，急切地期待湘军顺流而下夺回江西、安徽、江苏诸省失地，许诺奖赏有功湘军，“楚省大局已定，亟应分路进剿，由九江、安庆直抵金陵，扫清江面”，“曾国藩等以剿贼自任，虽当乘此机会，急思顺流而下，以次攻复沿江诸城，然须计出万全，谋定后战，方无挫衄之虞。若能由九江、安庆直抵金陵，使长江数千里尽荡妖氛，则从征将弁，朕必破格施恩，以酬懋绩”。代理湖北巡抚曾国藩亦在武昌全力备战，写折子向宫中要求拨划军饷，“附片奏请旨饬江西抚臣筹银八万两，广东、四川二省各筹银数万两，迅解行营”，“附片奏请饬谕陕西抚臣筹银二十四万两，解赴行营”。奕詝一概应允，贴心地告诉湘军领袖，“此次东下之师，关系大局转机，务期成算在胸，相机筹办，能制贼而不为贼制，庶可次第廓清也！所请饬拨陕西饷银，已谕知王庆云照数筹拨，源源接济矣”。一切都变得和谐起来，君臣之间不再猜忌，朝廷开始向湘军输送库银，攻克南京指日可待，谁都不曾想到一道新谕送抵湘军大营：“曾国藩著赏给兵部侍郎衔，办理军务，毋庸署理湖北巡抚。陶恩培著补授湖北巡抚。未到任以前，著杨霈兼署。” [69]很显然，皇帝反悔了。
先是任命曾国藩署理湖北巡抚，到收回圣谕只赏虚衔，其间不过7天。曾国藩是何等地心思缜密，接到任职谕令后就预设退路，以专事军务与礼教规矩作推辞状：“奉命署理湖北巡抚，于公事毫无所益，于臣心万难自安。臣统率水师，即日启行，于鄂垣善后事宜不能兼顾。且母丧未除，遽就官职，得罪名教，何以自立？是以不敢接受关防，仍由督臣收存。” [70]令他懊恼的是此折尚未呈抵宫内，免职谕旨已到湖北大营，可见奕詝对他防范之深。任命私军领袖为封疆大吏并非没有先例，拥有楚勇的江忠源即任职安徽巡抚，湘军营官塔齐布亦为湖南提督，唯独对他这个1849年就实授礼部右侍郎署兵部左侍郎、署工部左侍郎的前朝官员始终保持戒备。没有任何一个皇帝喜欢过于聪明且锋芒毕露的人，更不愿意他成为厥功至伟的帝国救星。打破官员籍贯地回避制的朝廷，为拯救帝国冒了很大风险，缙绅利用宗亲血缘关系网络组建私属地方武装，打赢叛军以后会自愿地交还权力吗？会不会成为地方军阀架空中央政权？一国之主为此昼夜思索寝食不安。
速胜论的终结
湘军由长江东下，与向荣的江南大营、琦善的江北大营会攻南京，是奕詝和曾国藩的战略共识。太平军则在湖北田家镇部署五万主力阻截湘军。
江北田家镇有楚江锁钥之称，与南岸半壁山共扼航道。石祥祯、韦俊部1853年10月围歼田家镇清军水师，防卫战总指挥江忠源仅以身免，太平军长驱入鄂。1年后田家镇攻守互换，攻方换作湘军，太平军成为守方，楚军领袖江忠源失守之地，湘军领袖曾国藩发誓将其夺回。
田家镇现在集结了太平军西征军所有精锐。战役总指挥燕王秦日纲设大营于田家镇，沿长江北岸修筑绵延数十里的土垒，炮眼密布，射程覆盖江面。胡以晃部驻守南岸半壁山要塞，阵地前挖掘深壕，编插竹签布满铁篱。为保持战役纵深，韦俊部进入南岸下游富池口，陈玉成部驻守蕲州。在田家镇与半壁山之间的江面上，守军布下4道铁索7道篾缆，用来拦截湘军水师。汉末东吴欲阻魏军东下，在长江两岸凿石系链横悬江面，软肋在于攻方用火熔断一节铁链，千寻铁索即沉入江底。太平军以史为鉴，改用众多小船托住铁索，索船之间以铁码钤之，砍断一节其余索链牢系如故。为防止小船漂移将其用锚固定。预判湘军定会火烧铁索，守军用竹筏木料搭簰为垒，簰中安放火炮，舟船护卫周边，为阻截湘军水师，太平军造了一座水上之城。
1854年11月20日，田家镇战役爆发。湘军水陆主力19000人、湖北绿营9300人协同作战，塔齐布部攻击富池口，罗泽南部进抵半壁山。战至11月24日，富池口、半壁山等南岸要塞尽入湘军陆师之手。湘军水师由彭玉麟、杨岳斌指挥，突破蕲州防线攻至田家镇，师船重炮远距离压制沿岸守军，水勇分4队猛攻守军水营。第1队是装了炭炉的小船，靠上铁索烧红后用斧头砍断；彭玉麟率第2队、杨岳斌率第3队挤过断索空隙，乘风势火攻敌簰，烧毁护簰木船4500多艘，歼灭太平军水营数万人。秦日纲率余部撤出田家镇退守安徽黄梅县城，塔齐布部紧追不舍攻陷此城。陆师罗泽南部夺取孔垅，水师进至新港水营基地，水陆会合后直驱九江剑指南昌。
湖南、湖北尽失，南京政权大为震惊。东王杨秀清命林启荣部死守九江城，与梅家洲罗大纲部互为犄角拱卫湖口。湖口是鄱阳湖与长江连接处，湘军水师一旦进入鄱阳湖，即可经赣江进攻南昌，为守湖口翼王石达开亲赴前线主持军事。
1855年1月15日，湘军水陆攻击梅家洲，被罗大纲部击退。1月23日，湘军再攻梅家州，烧毁守军建在湖口的木簰望楼，石达开急令水营把几艘装满沙石的大船凿沉堵塞航道。1月29日，湘军三攻梅家洲，营官萧捷三率120艘舢板奋力突入鄱阳湖，守军冒着炮火抛石堵死水道，湘军大船被迫留在外江。自此，湘军水师被肢解为外江水师与内湖水师。石达开见外江大吨位师船失去舢板护卫，命令水营趁势反击，烧毁敌船39艘之多。2月11日，太平军夜袭九江城西官牌夹水师大营，烧毁大型战船十余艘，攻上曾国藩座船。曾国藩跳入小船逃往陆师罗泽南、刘蓉部营中。湖口大败使曾国藩几近绝望，牵马握刀冲向敌阵欲求一死，将领幕僚拉住战马劝他回首。
石达开部死死守住湖口，湘军水师已被打残，终结了奕詝和曾国藩的速胜论。他们原先设想的湘军攻占华中地区后，迅速进入华东区域，会合江南、江北两大清军主力一举攻克南京的战略目标，被无情的现实击得粉碎。
接下来的战局像一团乱麻。1855年4月3日，湖广总督杨霈部战败，太平军韦俊部收复武汉，湖北巡抚陶恩培自尽。曾国藩命胡林翼部回援湖北，塔齐布部分兵随胡林翼赴鄂，其部主力继续进攻九江。1855年8月，悍将塔齐布久战无果病死军中。亡于军中的还有罗泽南，罗泽南率部克复弋阳、广信、义宁后，11月入鄂与胡林翼部会合，1856年4月战死在武昌城下。塔齐布、罗泽南都是湘军创始人，曾国藩为之痛惜不已。
1856年12月，太平军守将韦俊因天京事变弃守武汉。天京事变缘起于南京政权核心圈内争，东王杨秀清总揽军政大权，天王洪秀全不甘心仅为宗教偶像，密令北王韦昌辉、燕王秦日纲入城，诛杀东王及家眷、部属两万余人。政变发生后，翼王石达开逃往安庆大营，召集部属起兵讨伐。洪秀全把一切责任推给韦、秦二人，下诏为东王杨秀清平反，处死北王、燕王，传令石达开主持军政，加封其兄洪仁发、洪仁达为信王、勇王，用来节制翼王。天京暗流涌动，1857年5月，石达开为避祸率部再回安庆。西征军勇将韦俊是韦昌辉之弟，闻知兄长被杀，身心俱疲无力再战。
胡林翼部克复武汉三镇，朝野上下为之一振。在江西遥望已任命湖北巡抚的胡林翼，曾国藩心里别有一番滋味。江西战局毫无起色，他将一切归罪于江西巡抚陈启迈蓄意掣肘，决意将其扳倒。奕詝接到前侍郎送来的折子，一如既往地奉行现实主义，在握有强大武装者与并无战绩的地方主官发生冲突时，坚定地站在前者一边。谕令很快送抵江西，“陈启迈著即革职，按察使恽光宸先行撤任，听候新任巡抚文俊查办。该抚到任后，著即将曾国藩所参各情节逐款严查，据实具奏，不得稍有徇隐”。 [71]10月再谕：“兵部右侍郎著曾国藩补授。曾国藩现在督办军务，兵部右侍郎著沈兆霖兼署”。 [72]奕詝之前擢升湘军指挥官胡林翼为湖北巡抚，对曾国藩却始终悭吝，不考虑任命他为战区所在地巡抚，仅在原先的职位上来回挪动，将其悬空于实授与虚衔之间。
石达开是曾国藩的噩梦，前侍郎对这个难缠的对手束手无策。1855年1月，石达开下令堵塞湖口迫使湘军水师一分为二，指挥所部连克江西7府74县。1856年1月大败周凤山部，樟树一役斩杀湘军千余人，周凤山遁入南昌。石达开部合围南昌，曾国藩坐守孤城，所想所思还是如何重振湘军水师。1857年1月，杨岳斌病愈归队，统带湘军外江水师，湘军陆师与李续宾部会攻九江。九江战役打响时，湘军水师已恢复到湖口战役时的规模，外江水师增至15营7500人，内湖水师8营4000人，共有500多艘大小战船，2000多门火炮。湘军领袖愤懑的是客居江西作战，处境未因参倒陈启迈得以好转，新任巡抚文俊与他处处作对，两江总督何桂清更是处心积虑排挤湘军，把藩库白银尽数调拨给江南大营，对湘军将士不管不顾；非但如此还多次密奏宫中称曾国藩指挥不力谎报战功。因父亲1857年2月20日去世，湘军领袖未经奏准便离开江西返回湖南。
奕詝并未责怪曾国藩，大度地赏假三个月，赐400两白银让其治丧。三个月后前侍郎假满奏请继续守制，奕詝下谕命他返回军营：“惟现在江西军务未竣，该侍郎所带楚军素听指挥，当兹剿贼吃紧，亟应假满回营，力图报效。” [73]曾国藩坚持在家终制，奏请辞去兵部右侍郎衔。他告诉奕詝以非实授兵部侍郎“虚悬”身份，拿着木刻印章率部征战是何等的卑微渺小，于他个人而言屡遭地方官吏欺凌事小，影响湘军士气贻误战局就是大事了。他向皇帝摊牌，诉说苦衷，话里话外全是酸楚委屈：“臣居兵部堂官之位，而事权反不如提镇”，“臣办团之始，仿照通例刻木质关防，文曰‘钦命帮办团防查匪事务前任礼部右侍郎之关防’；四年八月，剿贼出境，湖南巡抚咨送木印一颗，文曰‘钦命办理军务前任礼部侍郎关防’；五年正月换刻，文曰‘钦差兵部侍郎衔前礼部侍郎关防’，秋间又换刻，文曰‘钦差兵部右侍郎之关防’。臣前后所奉寄谕，援鄂援皖，筹备船炮，肃清江面，外间皆未明奉谕旨，时有讥议。关防更换既多，往往疑为伪造。如李成谋已保至参将，周凤山已保至副将，出臣印札，以示地方官而不见信，反被诘责。甚至捐生领臣处实收，每为州县猜疑。号令所出，难以取信。”曾国藩举出空头职衔种种弊端后直接撂挑子不干，“恭谢天恩，请开兵部侍郎署缺”。 [74]
战局胶着正当用人之际，奕詝还是催促曾国藩回到前线，湘军领袖则把话挑明：“臣细察今日局势，非位任巡抚，有察吏之权者，决不能以治军；纵能治军，决不能兼及筹饷。臣处客寄虚悬之位，又无圆通济变之才，恐终不免于贻误大局”，“国家定制，各省文武黜陟之权责成督抚，相沿日久，积威有渐，督抚之喜怒，州县之荣辱，进退系焉。州县之敬畏督抚，盖出于势之不得已，其奉承意旨，常探乎心之所未言。臣办理军务，处处与地方官相交涉，文武僚属大率视臣为客，视本管上司为主，宾主既已歧视，呼应断难灵通。防剿之事，不必尽谋之地方官矣。至于筹饷之事，如地丁、漕折、劝捐、抽厘，何一不经由州县之手。或臣营抽厘之处，而州县故为阻挠；或臣营已捐之户，而州县另行逼勒。欲听之，则深虑事势之窒碍；欲惩之，则恐与大吏相龃龉。” [75]话说到这个份上，明明白白是要奕詝让他做地方主官。
奕詝就是不愿让曾国藩在湘军所在地当巡抚，将其兵部侍郎开缺，同意他继续在籍守制。圣谕：“曾国藩以督兵大员，正当江西吃紧之际，原不应遽请息肩。惟据一再陈请，情词恳切。朕素知该侍郎并非畏难苟安之人，著照所请，准其先开兵部侍郎之缺，暂行在籍守制。” [76]谕令充满矛盾，既称曾国藩为督兵大员，又偏不给他实际职务，症结还是前侍郎制定军规，让湘军官兵首先忠诚于他。皇帝并非完全视湘军为异己，湘军营官不断地被他颁旨擢升为编制内高级将领或一省主官，如实授塔齐布湖南提督、杨岳斌福建陆路提督、胡林翼湖北巡抚、李续宾浙江布政使，这样做为的是让湘军中人明白，他们既是曾氏私军更是帝国雇佣军。坚持不授湘军创建者曾国藩任何实职，奕詝以这样的方式暗示湘军领袖，湖南的这支地方武装兼具私军和国家雇佣军双重性质，曾氏家族不得独自掌控。
曾国藩在籍守制之时，石达开为经营江西放弃安庆，集全部主力于赣省。湘军陆师李续宾部面对强敌奋起作战，1857年10月25日突袭石钟山、梅家州，10月26日攻陷湖口，切断九江城防后路。湖口一役，使得内湖水师与长江水师分隔3年后得以会合，湘军自此掌控长江千里航道。在家守制的曾国藩获悉后喜极而泣，致函在军中的弟弟曾国荃：“三年积愤，一朝雪耻。” [77]陈玉成部由安徽经湖北驰援江西，被李续宾分兵击败。奕詝下谕赏李续宾巡抚衔，可专折奏事。
李续宾部会合水师杨岳斌、彭玉麟部围攻九江城。太平军九江守军是内战中最顽强的城市保卫者，击败湘军发动的近百次水陆攻击，战至1858年5月19日才被攻陷，城破时守将林启荣、李兴隆及部属全部战死。自塔齐布部强攻九江，到李续宾部会同水师攻克此城，湘军费时长达数年。
帝国正规军依然萎靡不振，石达开部撤离安庆回守江西本是安徽战局翻盘绝佳时机，结果却是帝国军队全面溃败。1858年8月23日，太平军青年将领陈玉成、李秀成率部入皖，打败巡抚福济所部清军夺回安庆。8月26日，陈玉成部、李秀成部合攻江北大营，聚歼钦差大臣德兴阿部一万余人，冯子材率江南大营援军五千人抵江北大营时，所有屯营已焚烧殆尽。围堵南京的清军，此时仅剩钦差大臣和春、提督张国梁指挥的江南大营，他们能做的不过就是在紫金山南麓挖掘百余里长壕，围堵南京断绝其交通，对何时夺取城池则毫无头绪。
湘军攻下九江城，曾国藩接旨同意赴浙江作战，对手还是石达开。后者热衷于运动战，1857年10月战败湖口，1858年2月集结驻皖赣二十余万主力转战浙江，击败清军漳州镇总兵周天受部，攻陷处州、永康、武义。奕詝谕令江南大营和春率军援浙，和春称病不愿入浙，情急之下奕詝命“曾国藩驰驿前往浙江办理军务”，谕新任江西巡抚耆龄将在江西的湘军萧启江、张运兰、王开化等部交给曾国藩驰援浙江。圣谕称这些营官“系曾国藩旧部，所带勇丁得曾国藩调遣，可期得力” [78]，把湘军士兵称为勇丁，再次强调前侍郎私军被清廷征用为雇佣军的事实，雇佣军总指挥曾国藩仍无编制内实际职务。
石达开强攻衢州91天未能破城，1858年7月14日撤围入闽，8月与石震吉、杨辅清等部会师浦城，9月和杨辅清部杀回江西，攻占景德镇，威逼湖口、九江。曾国藩急令陆师张运兰部、水师刘于浔部在1859年1月发起景德镇战役，牵制逼近湖口、九江之敌。石达开为策应杨辅清部，率部出福建铁牛关，经江西瑞金、南安、崇义进入湖南，攻陷郴州、永州，赣湘腹地的矿工、游民、天地会成员加入其部，队伍发展到三十多万人。
