计划还没实施呢，太子就有些得意过头了，竟然嘲笑李祐谋反远没有他容易。万万没想到，李承乾的失败，就是从齐王谋反开始的。不久，纥干承基不知怎么的，牵连进了齐王谋反案，被判了死刑。眼看生命即将走到尽头，纥干承基无可奈何，为了求生，把太子谋反的事情抖了出来。接到报告，李世民知道非同小可，不敢怠慢，命长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李勣和大理寺、中书省、门下省一起审案，结果是“反形已具”，叛乱阴谋完全属实。如此一来，太子不可能再让李承乾当了，太子党作为谋反集团，难逃被赶尽杀绝的命运。李安俨、杜荷、赵节被处死，左庶子张玄素、右庶子赵弘智、令狐德棻虽然没有参与谋逆，但他们身为东宫官员，未能尽好辅助太子的责任，通通免为庶人。纥干承基本应处死，因有重大立功表现，封祐川府折冲都尉、平棘县公。
侯君集早年追随秦王征战，现在要人头落地了，唐太宗念及旧情，爱惜其才，想功过相抵，只是群臣不同意。因此，太宗只能对侯君集说：“与君长诀矣。”回想侯将军的一生，他立过很多功劳，但也被好几个人看出有不臣之心。
有一次，李世民让名将李靖教侯君集兵法，没过多久，侯君集对皇帝说：“李靖将要谋反。”李世民一听就纳闷了，这李靖为什么要谋反啊？侯君集说：“他只把粗略的东西教给我，没有精益求精，以后要是谋反，没人可以打败他。”李世民又问李靖，李靖断言：“侯君集必反，现在天下已经平定，我教给他的东西足以应对周边蛮夷，可侯君集仍不满足，这不是想谋反是什么！”
江夏王李道宗也认为侯君集要反，他说：“君集志大而智小，自负微功，耻在房玄龄、李靖之下，虽为吏部尚书，未满其志，以臣观之，必将为乱。”侯君集这个人野心极大，谁都看不起，日后肯定造反。张亮也曾秘密举报，说侯君集可能有谋反夺权的心思，因为侯君集曾愤愤不平地对张亮说：“郁郁不可活，公能反乎？当与公反耳。”
侯君集的人生算是交待了，即将定格在贞观十七年，那么李承乾呢？他的命运又将如何？这是一道非常棘手的难题，老父亲、老皇帝李世民不得不面对它。为君之难，在这种场合体现得淋漓尽致。
一般来说，大臣谋反比较好处理，杀了便是。可太子怎么办呢？按照法律，谋逆死路一条，但他是嫡长子呀，李世民以前那么喜欢他，二十多年的父子情，真能说断就断？长孙皇后若是泉下有知，会怎么想？所以李世民问大臣：“你们看怎么处置承乾呀？”没一个人敢回答。如果主张杀，以后李世民想念儿子了，迁怒于你，吃不了兜着走；说不杀，公然违背法律、制度，削弱朝廷的执政基础，鼓励更多皇子造反。所以此时此刻，群臣最好的选择是闭嘴，无声胜有声，他们宦海沉浮多年，也是这么做的。沉默良久，终于有人打破僵局，通事舍人来济说：“陛下不失为慈父，太子得尽天年，则善矣！”法外开恩，不要杀为好，李世民求之不得，批准了。随后下发《废皇太子承乾为庶人诏》，原文如下：
肇有皇王，司牧黎庶，咸立上嗣，以守宗祧，固本忘其私爱，继世存乎公道。故立季历而树姬发，隆周享七百之期；黜临江而罪戾园，炎汉定两京之业。是知储副之寄，社稷系以安危；废立之规，鼎命由其轻重。详观历代，安可非其人哉！皇太子承乾，地惟长嫡，位居明两，训以《诗》《书》，教以《礼》《乐》。庶宏日新之德，以永无疆之祚。而邪僻是蹈，仁义蔑闻，疏远正人。亲昵群小，善无微而不背，恶无大而不及，酒色极于沈荒，土木备于奢侈。倡优之技，昼夜不息；狗马之娱，盘游无度。金帛散于奸慝，捶楚遍于仆妾，前后愆过，日月滋甚。朕永鉴前载，无忘正嫡，恕其瑕衅，倍加训诱。选名德以为师保，择端士以任宫僚。犹冀中人之性，可以上下；蟠木之质，可以为容。愚心不悛，凶德弥著。自以久婴沈痼，心忧废黜，纳邪说而违朕命，怀异端而疑诸弟。恩宠虽厚，猜惧愈深，引奸回以为腹心，聚台隶而同游宴。郑声淫乐，好之不离左右；兵凶战危，习之以为戏乐。既怀残忍，遂行杀害。然其所爱小人，往者已从显戮，谓能因兹改悔，翻乃更有悲伤。行哭承华，制服博望。立遗形于高殿，日有祭祀；营窀穸于禁苑，将议加崇。赠官以表愚情，勒碑以纪凶迹，既伤败于典礼，亦惊骇于视听。桀跖不足比其恶行，竹帛不能载其罪名。岂可守器纂统，承七庙之重；入监出抚，当四海之寄。承乾宜废为庶人。朕受命上帝，为人父母，凡在苍生，皆存抚育，况乎冢嗣，宁不钟心。一旦至此，深增惭叹。
唐太宗历数太子种种罪行，比作夏桀、盗跖，可最重要的一项只字不提，那就是谋反。为什么呢？因为太子没谋反？不对！因为把谋反说出来，太子必须砍头，他连庶人都做不了了。被废后，二十多岁的李承乾流放黔州，不久死去，消息传来，唐太宗为之废朝，以国公之礼安葬。又过了将近百年，李承乾之孙李适之把祖父的灵柩迁回，安葬于太宗昭陵。那么李承乾死于何时？《旧唐书》说死在贞观十九年，但1972年年底出土的《大唐故恒山憨王荆州诸军事荆州大都督墓志铭》记载：李承乾去世于贞观十七年十月一日，距离被废不足半年时间。
随着李承乾的倒台，一个问题摆在了李世民面前：下任太子花落谁家？表面上看，魏王的可能性最大，按照制度，李泰是嫡次子，最有资格接班，本人又深受李世民喜爱，大臣中也不乏支持者。太子获罪以来，他每天入宫侍奉父皇，李世民当面许诺太子之位。魏王党的刘洎、岑文本也劝皇帝立魏王。一切似乎都已尘埃落定，李泰辛苦多年，付出的努力即将开花结果了。除李泰外，李世民还喜欢晋王李治，他也有可能被立为太子。为了表达对兄弟的友爱，进一步讨好父皇，坚定其立储决心，李泰又对李世民说：“臣有一子，臣死之日，当为陛下杀之，传位晋王。”意思是：如果我当了皇帝，哪天死了，就把自己的儿子杀掉，传位给弟弟。听了这番话，李世民深受感动：果然是朕的好儿子。
光自己感动还不够，李世民把李泰的话跟大臣们说了，想感动感动他们：“人谁不爱其子，朕见其如此，甚怜之。”世间谁不喜爱自己的儿子呢？我看到李泰这个样子，特别怜惜他。听罢，谏议大夫褚遂良说：“陛下，您可得好好想想这句话呀，魏王连爱子都舍得杀，还能放过弟弟？是儿子亲还是弟弟亲啊？李承乾之所以走到这步，与您溺爱魏王是分不开的。如果想立魏王，臣请先安置好晋王，免遭杀身之祸。”听说自己最重要的两个儿子可能会手足相残，李世民心如刀割，难以接受，哭着说：“我不能尔。”
回宫后，李世民又发现李治忧心忡忡，好像有什么心事，就“屡问缘由”，可能李治一开始还不愿说，李世民问了很多次才道出实情。原来魏王担心父皇立李治，就去恐吓弟弟：“听说你和汉王元昌的关系很铁呀，现在他谋反被杀，你一点都不忧虑吗？”言下之意是：你老实点，不要和我抢位子，小心我把你和李元昌关系好的事情抖出来，落个杀身之祸。李世民知道后，看透了李泰，心里十分懊悔。李承乾也拉李泰下水，他曾对父皇说：“臣贵为太子，如果不是李泰逼急了，哪里会造反，父皇现在立他，正中其下怀。”
权衡之后，李世民想立晋王为太子。第一，李治是长孙皇后的儿子，和庶子们比，具备优先继承皇位的权利。第二，李泰虚伪狡诈、用心险恶，若立为皇太子，李承乾、李治都会成为刀下之鬼；而晋王是太宗从小带大的，对其知根知底，是个仁孝之人，如果他接班，嫡子们都能善终。第三，李治有长孙无忌和褚遂良的支持，前者是长孙皇后的哥哥，太宗的发小，既是功臣，又为外戚，才能出众，深得太宗皇帝信任，他说出的话是有一定分量的。既然魏王、晋王都是他的外甥，长孙无忌为什么力挺晋王呢？因为李泰已经有魏王党了，他以后登基，肯定用自己人，不会重用长孙无忌；李治更像是白纸，没有班底，没有势力，把他扶上太子之位，就是拥立之功，李治上了台，肯定知恩图报，大力提拔。褚遂良也一样。第四，李世民当年谋夺皇位，发动玄武门之变，酿成手足相残的悲剧，带了一个很不好的头。他不希望同样的事情发生在自己儿子身上，如果立李泰，就是向皇子表明，太子之位是可以争来的，长此以往，后代子孙必然手足相残，难以禁止，俗话说祸起萧墙，堡垒总是从内部攻破的。
好了，太子人选即将浮出水面，但出现了两个问题：李治在嫡子中排老三，立他相当于越过了李泰，不符合嫡长子继承制，外人会不会有看法？还有，朝廷内部有魏王党呀，立晋王，他们不服怎么办？思前想后，李世民决定演一出戏，看看大臣们的反应，同时也敲打敲打魏王党。
地点：两仪殿。演员：李世民、李治、长孙无忌。观众：房玄龄、李勣、褚遂良。
李世民说：“我的兄弟、儿子有人造反，背叛朕，朕活着还有什么意思呢。”他拿出刀假装自杀，长孙无忌赶紧把刀夺下，交给李治，并问皇帝心目中的太子人选。李世民说：“我想立晋王。”长孙无忌回答：“谨奉诏，有异议者，臣请斩之。”这句狠话是说给房玄龄听的，因为在场的只有他一个人支持魏王，目的就是要震慑他。长孙无忌刚表态完，李世民就对李治说：“你舅舅同意你当太子了，还不拜谢。”
李治连忙感谢。李世民又问：“各位都已经同意了，不知道百官怎么看。”长孙无忌又说：“晋王仁孝，天下臣民都认可他，陛下不信的话可以出去问，有反对的，算我输。”随后太宗驾临太极殿，召集六品以上文武官员，说：“承乾悖逆，泰亦凶险，皆不可立。朕欲选诸子为嗣，谁可者？卿辈明言之。”百官一想，李承乾、李泰都不能立，嫡子不就剩李治了嘛，不立他还能立谁？况且晋王就跟在皇帝身边，已经很明显了，简直是秃子头上的虱子——明摆的事。于是众人欢呼：“晋王仁孝，当为嗣。”大事已定，朝廷接连发出两道诏书，一个是《立晋王为皇太子诏》：
昔者哲王受图，上圣垂范，建储贰以奉宗庙，总监抚以宁邦国。既义在于至公，变事兼于权道。故以贤而立，则王季兴周；以贵而升，则明帝定汉。详诸方册，岂不然乎？并州都督右武侯大将军晋王治，地居茂亲，才惟明哲，至性仁孝，淑质惠和。夙著梦日之祥，早流乐善之誉。好礼无倦，强学不怠。今承华虚位，率土系心，畴咨文武，咸所推戴。古人云：“知子莫若父，知臣莫若君。”朕谓此子，实允众望。可以则天作贰，可以守器承祧，永固百世，以贞万国。宜立治为皇太子，可令所司，备礼册命。
还有一个是《黜魏王泰诏》：
朕闻生育品物，莫大乎天地；爱敬罔极，莫重乎君亲。是故为臣贵于尽忠，亏之者有罚；为子在于行孝，违之者必诛。大则肆诸市朝，小则终贻黜辱。雍州牧相州都督左武侯大将军魏王泰，朕之爱子，实所钟心。幼而聪令，颇好文学，恩遇极于隆重，爵位穷于宠章。不思圣哲之戒，自构骄僭之咎，惑谗谀之言，信离间之说。以承乾虽居长嫡，久缠疴恙，潜有代立之望，靡遵义方之则。承乾惧其凌夺，泰亦日增猜沮。争结朝士，竞引凶人，遂使文武之官，各有托附；亲戚之内，分为朋党。朕志存公道，义在无偏，彰厥巨衅，两从废黜。非惟作则四海，亦乃贻范百伐。可解泰雍州牧相州都督左武侯大将军，并削爵土，降为东莱郡王。
作为失败者，李泰先被幽禁于北苑，后又降为东莱郡王，解除雍州牧、相州都督、左武侯大将军等职务。年底，朝廷把李泰迁往均州。李世民曾向群臣展示李泰的奏章，说：“李泰确实是个人才，朕很想念他，你们也是知道的。但为了江山社稷，不得不父子分离，这也是在保护他呀。”是啊，李泰的身份过于尴尬了，当今太子曾经的政敌，万一哪天李世民驾崩，长孙无忌、褚遂良、李治真的不会痛下杀手？这点不能完全保证。魏王在长安，魏王党会误以为还有希望，继续挣扎。迁往均州，远离长安是非之地，更为稳妥。
斗争结束后，长安城又恢复了往日的平静。李承乾和李泰这对难兄难弟，失魂落魄地离开国都，开始他们短暂的后半生。登上太子宝座的李治，年仅十六岁，还是个菜鸟级的选手。李世民往后余生最重要的工作之一，就是帮助他积累丰富的治国经验，成为“最强王者”，有朝一日君临天下，把大唐的事业发扬光大。在储君阶段，唐太宗是如何培养李治的呢？
