要么成为恺撒，要么一无所有。
——葡萄牙的伊莎贝拉
和弗朗索瓦一世握手言和之后，查理从艾格莫尔特港回到了西班牙。他心中还是念念不忘远征阿尔及尔的计划，于是决定再次召开卡斯蒂利亚议会，告诉他们自己近年来对外战争的成果和开销，600万杜卡特的巨债压在卡斯蒂利亚人民肩上，查理期望能够通过额外征税来填补空缺。
在卡斯蒂利亚为期三个月的议会期间，伊莎贝拉第七次怀孕了。1539年4月21日生下一个死胎后，伊莎贝拉虽然气色有所好转，却在十天后突然去世，年仅35岁。
痛失爱妻
1527年，在格拉纳达已经怀孕的伊莎贝拉，随查理返回巴利亚多利德后就即将临盆。因为是头胎，所以伊莎贝拉生产的时候比较困难。为了不让别人看见她生产时的痛苦表情，伊莎贝拉命人用面纱将她的脸部遮住。产婆让她大声叫喊，而这位淑女则死也不愿意叫出声来。5月21日下午4点左右，经过数个小时的煎熬，伊莎贝拉终于为查理生下一位男婴。卡斯蒂利亚贵族希望这位未来的国王能够取名为“胡安”或“费尔南多”这样传统的名字，而查理坚持以父亲费利佩的名字为他的第一个孩子命名。出生两周后，菲利普接受了洗礼。此后查理常常叫他“小菲利普”。
1526—1529年，查理身在西班牙，夫妻二人常常一起出现在公共场合，表现得十分恩爱幸福。但这对夫妻对彼此的期待，可能有些不太对等，在伊莎贝拉眼中，查理是她梦寐以求的“恺撒”式的夫君，而查理或许更多是把伊莎贝拉看作是可以帮助他管理西班牙的助手，一个可以为自己不断生育后代的皇后。
中世纪贵族都不会亲自抚养孩子，以便能够尽快再次生育。在菲利普出生后三个月，伊莎贝拉就再次怀孕。查理将怀孕的伊莎贝拉留在卡斯蒂利亚，而自己前往阿拉贡召开议会。之后查理选择了前往巴塞罗那和瓦伦西亚等地筹集资金，而不是回到妻子身边。1528年6月，伊莎贝拉生下第二个孩子玛利亚，几周之后查理才回到伊莎贝拉身边。等到伊莎贝拉再次怀孕后，查理又断然离开西班牙前往意大利，而此次一去便是四年未回。
1529年11月22日，伊莎贝拉产下另一个男孩，取了一个更加西班牙化的名字“费尔南多”。加冕后的查理正从博洛尼亚前往德意志时，这个孩子早夭，伊莎贝拉独自一人承受着丧子之痛。费尔南多的死，让伊莎贝拉对菲利普和玛利亚倍加留心，生怕他们生病。在菲利普和玛利亚儿时的记忆中，父亲永远是缺失的。
1533年春，得知查理即将回到巴塞罗那，伊莎贝拉立即带着两个孩子前去与丈夫见面。回到西班牙后，查理看到长子菲利普已经七岁，于是便聘请老师教育他。这次回来后，查理陪着伊莎贝拉度过了两年的时间，1534年6月又一个孩子胎死腹中。查理特意多留了一年，等到伊莎贝拉再次怀孕后才出发。查理出发后三个月，伊莎贝拉又为他生下一个女儿，取名为胡安娜。这个时候，查理觉得菲利普不能成长于周围全是女性的环境中，于是为儿子建立了自己的议庭。
1535年5月，查理再次离去，远征突尼斯，直到1537年1月才回来。查理回来后让伊莎贝拉再次怀孕。不久后，就在查理前往阿拉贡时，伊莎贝拉产下了一个男孩，取名为胡安，但胡安在五个月后也不幸早夭。还未走远的查理迅速返回，他担心伊莎贝拉年纪已大而即将结束生育期，于是又逗留了一段时间，再次让伊莎贝拉怀孕，但不久后伊莎贝拉就流产了。最后这次怀孕让伊莎贝拉的身体彻底垮掉，不久便去世了。
只有在查理离开西班牙的四年时间里，伊莎贝拉才没有怀孕，这段期间她得肩负起摄政西班牙的重任。在1529—1533年以及1537—1539年查理不在西班牙的时候，伊莎贝拉摄政西班牙总计超过七年之久，她经常参加议会并与贵族磋商，在西班牙的政事决策中扮演了积极的角色，而不仅仅是查理的牵线木偶。查理也夸奖这位能干的妻子“非常审慎和深思熟虑”。历史学家常常将她与其外祖母卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉一世相提并论，她也获得了卡斯蒂利亚人的爱戴。
伊莎贝拉生于葡萄牙，所以她的政策更偏向于伊比利亚半岛的利益，而不是像查理那样从整个帝国大局出发。她捍卫伊比利亚半岛免受穆斯林海盗的袭击，确保西班牙独立于查理的帝国军事行动，这点也影响了菲利普此后对待父亲的态度。为了确保西班牙不会再发动针对查理的叛乱，伊莎贝拉定期在托莱多、巴利亚多利德、塞维利亚、巴塞罗那和马略卡岛等地巡视访问。
和伊莎贝拉结婚后，查理似乎也结束了婚前的那种滥交行为，虽然其间仍然诱惑不断。据说1531年查理为妹妹玛丽在尼德兰建造住所时，曾与一位叫做艾格蒙特的年轻寡妇有染，但查理在写给斐迪南的信中称自己并没有被年轻女人所吸引，他并非一个不忠的丈夫。因此，我们可以相信在长达十三年的婚姻里，查理对伊莎贝拉十分忠诚。
伊莎贝拉的突然过世让查理痛苦万分。在给斐迪南的信中，查理写道：“面对如此巨大和恐怖的损失，我感到万分的焦虑和悲伤。”之后的两个多月里，查理一直都沉浸在丧妻之痛之中，他把自己关在修道院五十天，以追悼缅怀伊莎贝拉。同时他将两个女儿玛利亚和胡安娜转移到了阿雷瓦洛，让她们在那里成长，免得让女儿跟着他的议庭来回奔走，同时也是为了让她们离开哥哥菲利普。
在当时的欧洲，路易十二、费尔南多二世等国王在妻子死后都会立即续弦，以便能够多生继承人。葡萄牙的曼努埃尔一世也曾娶过三任妻子，英格兰的亨利八世更是随心所愿地废娶王后。而伊莎贝拉只为查理留下了三个未成年的孩子。在死亡率颇高的中世纪，难免会因为王储夭折而出现王位继承危机。因此查理决定不再娶妻的做法在当时不仅罕见，也非常冒险。一旦菲利普意外身亡，不仅刚刚统一的西班牙会再次分裂，整个勃艮第也有很大可能丢失。虽然斐迪南已经继承了神圣罗马帝国，但意大利的境况也非常令人担忧。因此查理只能加紧对菲利普的培养。还未满12岁的菲利普不得不独自在托莱多的圣若望皇家修道院中主持了母亲的葬礼。这也是他首次独自在公共场合出现。之后，查理为菲利普正式创建了府院。查理过于悲痛，以致无法亲自将伊莎贝拉的遗体送往格拉纳达皇家礼拜堂安葬在祖父母和父母的坟墓旁，只能将此事交由儿子菲利普处理。
1540年之后，查理让人创作了许多艺术作品和音乐作品向其心爱的妻子致敬。佛兰德斯作曲家创作了安魂弥撒，以表达查理对于妻子去世的悲痛和期望与伊莎贝拉重逢的愿望。查理还委托他的御用画家提香为伊莎贝拉创作遗像，其中最知名的一幅就是《葡萄牙的伊莎贝拉肖像》。在这幅画中，提香使用了拉斐尔和达·芬奇所使用的经典构图技巧。画中伊莎贝拉坐在靠窗的床边，窗外的风景增加了空间深度，背景以蓝、绿色为主，以衬托室内的暖色调。伊莎贝拉身着红色饰有水钻的连衣裙，衣服上还装饰着其他珠宝，胸前佩戴的一条珍珠项链挂在一颗宝石上，左手捧着一本打开的书，眼睛沉迷地望着远方。画中的伊莎贝拉正值壮年，神态坚定，雍容华贵，与其皇后的身份十分匹配。
除此画作之外，提香还创作了《荣耀》，画中是奥古斯都的上帝之城的景象，其中查理和伊莎贝拉和儿子菲利普、女儿胡安娜以及玛丽和埃莉诺在一起。这幅画表达了查理渴望他和伊莎贝拉以及几个子女都能够进入天堂的愿望。查理退位后，还将此画带到了尤斯特修道院中，之后又转移到埃斯科里亚修道院，直到19世纪后收藏于马德里的普拉多博物馆。
伊莎贝拉去世后很多年，查理始终未能从伤痛中恢复过来。他此后一生都身着黑衣，以表示对伊莎贝拉的哀悼。
平定叛乱
1539年11月5日，查理任命儿子菲利普为西班牙摄政，并为他留下了一份“治理指导”，该指导成为菲利普日后统治西班牙的基本国策。这份文件中包括：与奥地利家族保持良好的关系，使哈布斯堡家族能够协同防御共同的敌人；与葡萄牙王室联姻，此举后来让菲利普获得了葡萄牙王位；将米兰或尼德兰与西班牙分离，以免这些地方出现反对西班牙统治暴动；恢复萨伏依公国的地位，使其至少可以成为阻挡法兰西对伦巴第扩张野心的阻碍；维护天主教的信仰，保护英格兰的天主教徒。
查理还安排了辅助菲利普摄政的府院成员，并给他们划定了基本职责和义务的范围之后，才准备动身前往尼德兰，此时的根特因为再次征税而发生叛乱。这次查理准备取道法兰西进入尼德兰，很多官员在听到皇帝的决定后简直不敢相信自己的耳朵，甚至就连弗朗索瓦一世的使节也觉得不可思议。但刚刚和弗朗索瓦一世签订了《尼斯和约》，两人又在艾格莫尔特港度过了一段愉快时光，这让查理认为他的这位兄长拥有维持和平的诚意。
那个曾被查理囚禁并虐待过的法兰西王太子亨利再次前来西班牙，迎接查理前往巴黎。1540年新年的第一天，查理进入巴黎城，据说当时有20万人目睹皇帝的到来。弗朗索瓦一世也让人将巴黎凯旋门装饰一新，并举办活动，以盛大的仪式迎接皇帝的到来。法兰西人民也终于盼来了他们与查理帝国久违的和平。
弗朗索瓦一世为查理安排了各种活动，打猎、通宵舞会和宴会，尽其所能地展示他的富有和慷慨，并赠送给查理很多精美的衣服和贵重礼物，据说其中一件华服就价值4万杜卡特。不过查理正为亡妻服丧而只身穿黑衣，因此他并未接受这件华服，但收下了弗朗索瓦一世奉上的其他财宝。查理打算和弗朗索瓦一世缔结一项婚约，将他的女儿玛利亚嫁给弗朗索瓦一世的幼子奥尔良公爵查理二世，此时奥尔良公爵已年满18岁，虽然天生有一只眼睛失明，却是弗朗索瓦一世的三个儿子中最英俊的一个，而玛利亚也12岁了，到了适合婚配的年龄。双方的婚约规定，奥尔良公爵和玛利亚两人结婚后将共同统治尼德兰和勃艮第，以及位于勃艮第和波旁公国之间的夏洛莱。而弗朗索瓦一世放弃对米兰和萨伏依公国的主张，查理则放弃对勃艮第的主张。
然而，米兰对于弗朗索瓦一世太具诱惑了，他并不愿意就这么放弃。奥尔良公爵和玛利亚的婚姻是否能够达成以及是否能有子嗣，还是一个不太确定的问题，所以法兰西是否能够拥有尼德兰也存在变数。因此，弗朗索瓦一世迟迟不愿意批准这个婚约。但米兰的问题并没有妨碍两人在巴黎的友谊，弗朗索瓦一世将查理从巴黎一路送到边境，答应暂时搁置米兰问题留待以后解决，而查理则告诉弗朗索瓦一世，斐迪南到布鲁塞尔之后，他们将再商议如何解决此事，并暗示弗朗索瓦一世他有意将米兰交给奥尔良公爵。
查理在2月回到了根特，派出3000人的德意志部队迅速平定了叛乱。查理处决了一百多名叛乱者，有的予以没收财产。那些因拒绝交税而叛乱的地方势力又不得不将应缴之税全部补齐。查理就此撤销了根特的城市特权，并将地方政府的权力削弱，没收了其所有的火炮和重型武器。
到了4月时，弗朗索瓦一世终于答应放弃米兰，但前提是能够立即得到尼德兰。这对于查理来说是绝对不可能应允的，尼德兰不仅仅是他的财富来源，一旦将北部的尼德兰地区给了弗朗索瓦一世，那么剩余的其他勃艮第地区就成了被法兰西所包围的囊中之物，他自己的出生地也肯定保不住。双方的谈判持续了数周，没有任何进展。
5月1日，查理为了纪念伊莎贝拉逝世一周年又清修了两日。当查理再次出现在根特市民面前时，城市里的权贵光着头、脖子上套着绳索站在他的面前，跪下来祈求宽恕。而查理只是望着远方，并未打算宽恕他们的叛乱行径，直到妹妹玛丽前来帮他们求情，查理这才同意放了他们。不久后斐迪南从维也纳赶来，兄妹三人一同讨论查理死后如何分割哈布斯堡帝国的遗产。此时查理原先的主张略有改动，他原本答应将女儿玛利亚嫁给奥尔良公爵后，由他们夫妻二人共同统治此地，但这时候查理认为他们只能虚位持有尼德兰，而实际统治者还是查理自己，直至他去世后才能将尼德兰完全交给他们。如果玛丽亚并未与奥尔良公爵生下子嗣就死去，尼德兰还是要回归哈布斯堡帝国。同时，法兰西还要为此项婚约提供保证，要帮助查理和斐迪南消灭德意志的新教徒，还要协助斐迪南驱逐匈牙利的土耳其人，并允许查理的儿子菲利普迎娶纳瓦拉公国的珍妮·阿尔布莱特，以继承该公国。弗朗索瓦一世还应赐予奥尔良公爵更多的土地，同时还要放弃对米兰和萨伏依公国的权力主张。
这个在查理看来已经做出巨大让步的新提议，对弗朗索瓦一世而言则完全不能接受。且不说法军撤离萨伏依和米兰是完全不可能的，让菲利普迎娶珍妮更是巩固了西班牙和法兰西的边界，这对法兰西没有任何好处。另外让弗朗索瓦一世赐予奥尔良公爵更多的土地，也就相当于恢复了“大胆”查理的“勃艮第王国”。弗朗索瓦一世非常不喜欢这份提议，在很多外国使节看来，弗朗索瓦一世和查理的谈判已然宣告破裂，战争即将爆发。
但令人跌破眼镜的是，5月弗朗索瓦一世收到这个不可能实现的提议后，却建议暂时维持现状，而查理也接受了。到了6月，双方最终还是谈崩了，婚约也被取消。此时弗朗索瓦一世已经在暗地里采取行动，准备再次向查理开战。
查理在尼德兰度过夏天，在佛兰德斯各地重申了他的权威。在确保不会再次发生叛乱后，查理打算先去趟德意志，再经由热那亚返回西班牙，为应对弗朗索瓦一世即将发动的战争做好准备。而对于这次的德意志之行，查理打算在雷根斯堡再次召开帝国议会，解决此地的所有宗教问题，然后远征阿尔及尔。
雷根斯堡
1541年2月，查理动身从布鲁塞尔前往德意志，在雷根斯堡召开议会，试图重新讨论在1530年所确定的《奥格斯堡信纲》。那时候为了让德意志王子们团结起来，共同抵御土耳其人对匈牙利和奥地利的入侵，查理暂停了1521年他所发布的《沃尔姆斯法令》，等待教宗召开一次全体大公会议以解决宗教分歧。
不过路德派也已经意识到，他们没有在任何教宗所召开的大公会议上取得宽容，教宗克雷芒七世为了维护教宗和罗马教廷的传统特权，直到过世也未曾召开大公会议。在1535年，由德意志诸侯组成的施马尔卡尔登联盟投票决定，将这个共同防御同盟的时限再延长12年，同时还邀请丹麦、英格兰和法兰西加入此同盟。
保罗三世于1534年当选为教宗之后，便开始针对新教在教会内部积极采取措施进行改革。1536年6月，他发出号召，准备于次年5月在曼图亚召开一次大公会议，但德意志新教王子们极力反对会议在曼图亚召开，再加上曼图亚公爵拒绝承担维护秩序的责任，保罗三世的计划受阻。不过教宗并未就此放弃，不久后他又成立了一个九人委员会，以对教会进行改革的必要性提供意见。委员会起草了一份名叫《红衣主教代表及其他高级教士关于改进教会的建议》的报告，并于1537年呈报给保罗三世。这份报告的语气及内容丝毫不逊于路德对罗马教廷的攻击，其中猛烈地斥责和控诉了教宗的丑行和教会的腐朽，教宗本人读过之后深感惶恐不安，决定不对外公布。但这份报告竟然秘密流传到德意志，并被翻译为德语，而且还附上了路德的评论，用来证明德意志要求改革的正当性。路德在德语版《建议》的扉页上讽刺说，红衣主教是用狐狸尾巴而不是扫帚来打扫“奥革阿斯的牛圈”。
两次失败并未动摇保罗三世改革的决心，1540年他正式承认了新创的耶稣会（见第二十九章）。查理建议教宗在与德意志新教徒和解的方向上多做尝试，因此保罗三世于1540年又两次派遣使者前往德意志，参加在哈根瑙和沃尔姆斯召开的会议，讨论宗教问题。这次雷根斯堡议会，教宗派了红衣主教加斯帕罗·孔塔里尼作为使者前来参加。
教宗试图阻止查理在帝国议会上讨论宗教问题，查理则回复说，路德派也拒绝参加任何在帝国之外举办的大公会议，此前保罗三世还曾想在威尼斯的维琴察再次召集大公会议。同时，查理还告知教宗，只有帝国会议才有能力募集资金以共同抵抗土耳其人，而大公会议则帮不上什么忙。
为了能够解决德意志的宗教问题，查理建议神学家拿出一份可以用于讨论的草案，同时让德意志的天主教阵营结成统一战线。查理从天主教和新教之中各选择了三位神学家，让他们一同寻找双方的共同点，而不是强调彼此的差异。双方在原罪和称义的问题上达成了一致，但在信条与护教辞等方面分歧较大。这份草案成了雷根斯堡讨论的基础。
2月23日，查理到达雷根斯堡。此时他希望能够安抚德意志民众，面临着土耳其人的威胁和与弗朗索瓦一世之间可能发生的战争，无论发生哪种情况，他都需要德意志出钱出力。会议直到4月5日才开幕，天主教和新教各派三个代表出席，由教宗特使红衣主教孔塔里尼充当监督，同时还有帕拉丁选帝侯弗雷德里克二世，以及查理掌管北欧事务的首相格兰维尔的尼古拉斯等六名见证人在场。
草案中双方没有异议的部分很快通过，而关于称义的问题只有天主教方、曾经与路德辩论过的埃克坚决反对，但最终双方还是通过了这条。其余关于教会的圣礼和其他一些教会规章、权威的部分并没有达成协议，尽管如此，他们还是通过了这些有争议的内容。5月31日，查理拿到这份经过双方讨论修改和商定后的书面报告，认为双方还是可以在争议并不太大的条款上达成一致的，其余部分则可以推迟到以后解决。届时如果仍解决不了，那么只能通过皇帝的权威来强行实现了。
此时的路德仍不能公开活动，有人将议会的条款送往维滕贝格给路德过目，路德对协议中的某些内容表示满意，但仍不能相信天主教会的诚意。在同意该决议之前，他必须要知道罗马教廷无条件接受此决议。当新教徒带着路德的意见返回到会议时，红衣主教孔塔里尼从罗马教宗那里得到消息，教宗果然拒绝了这样的妥协，并坚持认为宗教的问题只能在大公会议上解决，而不是由德意志地区召开的议会来决定。
此后，双方便不再是找共识了，而是在日渐扩大彼此之间的差异和分歧，前期取得的共识也被推翻，甚至原本查理支持的天主教一方也试图与法兰西结盟，以反对皇帝强行要求他们妥协来达成一致。会议开到了7月，最终查理也没能在议会上取得任何结果。新教一方只能接受一些有争议的条款，而天主教一方则要求对已商定的条款再次进行调查，并等待罗马教宗最后的解释和决定，还提议在未来18个月内召开大公会议，届时双方的争议将在会议上提出并解决。在大公会议召开前，查理制定了一份《雷根斯堡临时公约》以确保德意志地区的新教徒遵守协议，不让他们再发表任何动议和主张，也停止拆除天主教堂和修道院的举动，同时要求德意志新教神职人员按照协议规定的内容，改革他们的错误做法，例如结婚和生子。
查理的这份临时公约反而使他处于内外交困的境地，不但新教徒更加反对他，且罗马教廷也不承认他的这份声明。托马斯·林赛在《宗教改革史》中如此评价此次帝国议会：“雷根斯堡会议简直可以说是分道扬镳之转折点。直到1525年，路德领导之下的运动还表现为德国整个教会之内的宗教改革。从1525年至这次会议，还一直存在这样的期望：将已经形成领土教会的路德宗包括进整个德国教会的总体改革里……但是妥协在雷根斯堡失败了，以后再也没有继续妥协的希望。”
布达失陷
就在查理身处帝国议会期间，斐迪南于6月22日来到了雷根斯堡，请求查理提供援军，支援他对匈牙利布达的围攻。
1532年，第二次进攻维也纳失败的苏莱曼一世和斐迪南达成了停战协定。苏莱曼一世以斐迪南称“儿臣”为条件，承认他控制下的西匈牙利主权，而匈牙利其余的部分则成为奥斯曼帝国的附庸，仍由亚诺什一世担任国王。1538年，斐迪南和亚诺什一世秘密签订了一项条约，双方认可彼此所统治的疆域，并相互承认对方为匈牙利国王，也就是将匈牙利一分为二，从而结束了内战。那时候亚诺什一世还没有孩子，所以认可斐迪南成为他的继承人。然而在1540年7月7日，就在亚诺什一世去世的半个月前，他的妻子为他生下一个儿子，取名为扎波尧伊·亚诺什·齐格蒙特。这就使得他和斐迪南签订的协议无效了。亚诺什一世死后，齐格蒙特很快就被支持他父亲的匈牙利贵族选举为匈牙利国王，称为亚诺什二世，并得到了奥斯曼帝国的承认。
这位还在襁褓中的婴儿国王亚诺什二世，在其母亲波兰雅盖隆王朝的伊莎贝拉和地区枢机主教的摄政下，继续向奥斯曼称臣。斐迪南趁此机会宣称他和亚诺什一世的协议仍然有效，不承认亚诺什二世的继承权。随后斐迪南便派兵占领了维谢格拉德、瓦茨、佩斯等地，并于1541年5月4日包围了布达。
苏莱曼一世在得知斐迪南撕毁停战协议后，立即亲率土耳其大军前往布达解围。斐迪南在6月初得知苏莱曼一世的军队离开伊斯坦布尔后，急忙前往雷根斯堡向哥哥求助。兄弟二人试图在议会上劝说德意志诸侯提供资金，以抵抗奥斯曼的军队，但新教王子们表示，在未达成宗教宽容之前拒绝提供任何援助。此次的帝国议会看来是无法达成和解了，只能将问题留待未来的大公会议或下一次帝国议会再解决。
帝国议会总算是有了结果，由于此前查理在1532年纽伦堡议会上的决议仍然有效，所以帝国议会最终还是同意资助2.4万名士兵前去布达解围。然而为时已晚，7月下旬，苏莱曼一世的军队抵达特兰西瓦尼亚后，迫使特兰西瓦尼亚议会宣誓向亚诺什二世效忠，并承认奥斯曼帝国的宗主国地位。8月21日，苏莱曼一世的大军抵达布达，斐迪南的部队很快就被打败，数千名士兵被屠杀，斐迪南的指挥官也在战斗中受伤，两天后不治身亡。
苏莱曼一世对外宣称是为了保护亚诺什二世而来，还想要见见这位婴儿国王。8月29日，当六位匈牙利贵族带着他们的国王前往苏丹的帐篷时，土耳其近卫军也以进城参观为由进入了布达。匈牙利人很快就发现，这不过是苏莱曼一世耍的诡计，土耳其近卫军进城后，不费一兵一卒就控制了斐迪南半年也未能攻克的布达。之后苏丹扣留了一位有影响力的匈牙利贵族，才将国王和其余人释放。
接下来苏莱曼一世宣布，亚诺什二世每年要向苏丹缴纳1万弗洛林的年贡，以换取他保留蒂萨河以东领地。亚诺什二世在母亲和其余匈牙利贵族和平民的带领下，从此告别了布达，而布达也被奥斯曼帝国控制了长达150年之久。斐迪南率领着2.4万名德意志士兵于9月初赶到后，便被苏莱曼一世彻底击溃。1542年，斐迪南再次尝试收复布达和佩斯两城，但仍未能成功。
为了反击奥斯曼土耳其，查理决定积极筹备他的阿尔及尔远征计划。雷根斯堡会议无果后，另一件意外之事的发生，迫使查理不得不在6月29日提前离开雷根斯堡，前往意大利。
