我只对生者发动战争，而从不针对死者。
——查理五世
1543年征战海尔德公国的胜利让查理认为，对付德意志的新教王子们，也完全能够使用同样的手段迫使他们屈服，或许这才是解决德意志地区宗教问题最简单的方式，他已经对帝国议会上无休止的辩论感到极度厌烦了。和弗朗索瓦一世的战事一结束，查理终于腾出手来解决此事。
小市民的私生子
在和弗朗索瓦一世签订了《克雷皮和约》之后，查理回到了布鲁塞尔。到底将米兰还是尼德兰交给奥尔良公爵，这个问题让查理犹豫不决。随着约定之日的逼近，1545年2月，查理最终还是选择放弃米兰，将其作为斐迪南女儿的嫁妆赐予奥尔良公爵。
1545年5月，查理前往沃尔姆斯，试图再次通过在此召开的议会使德意志地区的天主教徒和新教徒达成和解。然而会议一直开到了8月，已经极为不耐烦的查理直接终止了这个迟迟未能取得任何进展的议会，随后沿着莱茵河到了科隆，准备回到布鲁塞尔通过战争手段来解决问题。
此时的国际局势也为查理提供了绝佳的外部条件。弗朗索瓦一世还在和亨利八世打得不可开交，而苏莱曼一世也在印度洋和葡萄牙与波斯战作一团。查理的想法得到了教宗保罗三世的大力支持，教宗使者告诉查理，如果他立即对路德派的异端宣战，罗马教廷愿意提供20万杜卡特的现金援助，随后还会再追加10万杜卡特，同时派遣一支由1.2万名步兵和500名骑兵组成的意大利远征军予以支援。此外，教宗还特许查理出售西班牙的修道院土地，为此次战争筹得资金。
教宗的慷慨激励了查理，不过此时已经是1545年夏末，他不可能在9月组建一支军队然后在冬季作战，所以他告知教宗将在来年实施进攻计划。就在查理准备回布鲁塞尔，着手将米兰交给奥尔良公爵时，9月9日奥尔良公爵的突然死亡让他不必再为此事烦忧了。查理向弗朗索瓦一世保证自己会遵守誓言，并建议刚刚丧妻的菲利普迎娶一位法兰西公主，由他们的第一个孩子继承米兰公国。弗朗索瓦一世并未否决这项提议。
没想到教宗保罗三世竟然先一步动手，将原本归属米兰公国的帕尔马和皮亚琴察赐给了自己的私生子，然后又在年底召开的特伦托大公会议上公然与查理提出的改革要求唱反调。这两件事让查理如鲠在喉，但不得不默默接受，因为他担心会失去德意志天主教的支持。
查理回到布鲁塞尔后便开始积极备战。妹妹玛丽提醒他说，在一个世纪前帝国皇帝西吉斯蒙德就曾试图对波西米亚的胡斯派进行武力镇压，那时还得到了所有德意志诸侯的支持，然而最终并未取得成功，反而不得不撤出波西米亚。玛丽建议，宗教的事情最好还是留给他们自己去解决，让查理不要用武力手段插手此事。然而查理没有采纳玛丽和其他人的谏言。1546年2月18日，路德的死讯让查理更加确定，对德意志的战争时机已到。
2月，查理与苏莱曼一世签订了为期一年的停战协议之后，就带着500名骑兵从布鲁塞尔前往雷根斯堡，召开新的帝国议会。他邀请沿途遇到的所有领主前来会见，并告知他们说，他更愿意以和平方式而不是使用武力解决德意志的宗教问题。查理还和这些领主一起会谈、打猎，气氛很是欢乐和谐。显然，查理此举只是为了安抚这些领主，以便能够顺利通过德意志各地区。查理一路顺利地来到了雷根斯堡，并在此地逗留了四个月。在此期间，他以狩猎为消遣，还与当地的一位19岁小姑娘发生了一段恋情。在皇后伊莎贝拉过世后，查理多年来未曾娶妻。这次来到雷根斯堡，这位年届46岁的皇帝再一次对年轻的肉体产生了冲动。
在雷根斯堡议会召开期间，查理居住在此地的一所旅馆里，由于劳累和对天气的不适而病倒。这时妹妹玛丽采纳了廷臣的建议，召当地伶人前去为查理表演，希望能够让他心情舒畅起来，尽早康复。查理因此遇到了这位和儿子菲利普同龄的女孩，名叫芭芭拉·布隆博格。他为这位19岁女孩的美貌和歌声所倾倒。
芭芭拉的父母是当地从事皮毛买卖的商人。与芭芭拉在人来人往的旅馆里私会，不容易被人怀疑，于是两人很快陷入热恋之中。不久之后，也就是在查理47岁的生日那天，芭芭拉生下了一个儿子，取名为热罗姆。贵为皇帝的查理虽然承认了这个儿子，但将此事严格保密，打算像对待之前的玛格丽特等私生子女一样，将孩子与母亲分开，把热罗姆送到布鲁塞尔，交由妹妹玛丽抚养。但最终他还是放弃了这个想法，因为女儿玛格丽特就曾被当做权力争夺的工具，他担心热罗姆也会重蹈覆辙。1550年，查理让人将热罗姆带回西班牙抚养，并让知晓此事的人发誓严格保密。直到自己去世，他自己也对和一个十多岁的女孩发生这样的事情而感到愧疚。查理委托亲信的妻子到巴利亚多利德附近的城堡来抚养热罗姆。直到1558年，退位的查理到了尤斯特修道院时，才与这位私生子见面。
在生下孩子之后，查理就将芭芭拉嫁给了自己一位名叫克格尔的书记官，并让她随同丈夫迁居布鲁塞尔，随后芭芭拉又为新夫生了三个孩子。查理给予克格尔每年100弗洛林的年俸，让他居住在尼德兰，随时听候尼德兰摄政玛丽的差遣。此后查理住在布鲁塞尔差不多有三年的时间，不过两人之间应该再无来往，芭芭拉最多也只能远远地看着这位曾与自己春风一度的皇帝。在丈夫死后，芭芭拉经济拮据，应阿尔巴公爵之请求，查理的儿子菲利普二世给了芭芭拉和她的孩子们一笔资助。直到1576年，年近30岁的热罗姆才第一次见到自己的母亲，而这时候小热罗姆已经成了有名的“奥地利的唐·胡安”。
胡安早先在西班牙接受了教育，后来进入军中服役。在1554年的遗嘱中，查理提到了这名叫做胡安的孩子，承认他是自己的亲生儿子。随后，胡安被带往查理所在的尤斯特修道院看望他，不过查理并未当面明言他们之间的关系。1558年，查理在死前所留下的最后遗嘱中再次承认了这个儿子，并希望他以后能够成为神职人员，这通常是私生子最好的去处了。在临死前的一天，查理竟然还想起了孩子的母亲芭芭拉，并从自己的私人财库中取出600杜卡特金币，让亲信转交给她。
胡安一直不知道查理就是他的亲生父亲，直到之后和菲利普二世见面时，才得知了这个被查理隐瞒多年的秘密。但菲利普二世告诉他，作为私生子，胡安不能使用“殿下”这个王室成员的专用称呼，只能在名字前加上尊称“唐”。
此后，胡安受到了较好的待遇，经常随行于菲利普二世左右，后来还成为西班牙军队的指挥官，并于1571年负责领导神圣联盟同奥斯曼帝国海军作战，随后的勒班陀战役让唐·胡安名垂史册。之后，唐·胡安被任命为尼德兰总督，刚到任时，尼德兰出现了反对西班牙的暴动，他率军予以镇压，并取得重大胜利。
1576年，见到儿子不久后，芭芭拉便在儿子的安排下进入了巴利亚多利德附近的修道院。两年之后，唐·胡安不幸染上伤寒，不久后因病离世。菲利普二世允许芭芭拉自己选择住所，她最初选择了毕尔巴鄂附近的近海村庄科林德雷斯。1584年，她又在附近的安布罗塞洛购买了一处住宅，直到70岁时在那里去世。
讲回1546年，芭芭拉所带来的欢愉没能让此时的查理更为顺心。到了这一年6月，施马尔卡尔登联盟的成员已经悉数退出议会，准备起兵与查理对决。
施马尔卡尔登联盟
萨克森选帝侯腓特烈三世于1525年去世后，他的弟弟“坚定者”约翰继承了爵位，约翰比腓特烈三世更加激进，公开与查理对抗，不仅在1526年的施派尔帝国议会上迫使查理做出让步，1529年又带头签署了抗议书，在1530年的奥格斯堡议会上更是与查理针锋相对。在生命的最后几年，约翰致力于团结德意志新教诸侯组成同盟以反对查理。约翰在1532年过世后，把爵位传给了儿子约翰·腓特烈，他最开始与其同父异母的兄弟一起统治萨克森，并于十年后成功挤掉弟弟，成为萨克森唯一的统治者。1531年，尚未继承爵位的约翰·腓特烈与黑森伯国的腓力一世一同创建立了施马尔卡尔登联盟。黑森伯国也是支持新教的德意志诸侯之一，1521年在沃尔姆斯议会上，他第一次与路德见面，三年后就皈依了新教，还参与镇压了德意志农民战争，击败了其领导者托马斯·闵采尔。
施马尔卡尔登联盟成立之初，只是一个带宗教色彩的防御性联盟，目的在于德意志的新教诸侯联合互保。联盟规定，成员国在受到查理攻击时，其他成员国有义务出兵支援。要成为此联盟的成员，必须接受1530年通过的《奥格斯堡信纲》或《四城信纲》。这两个信条内容类似，都是强调成员要遵循《圣经》的教导，共同反对罗马教宗。1535年，施马尔卡尔登联盟迅速壮大，只要接受《奥格斯堡信纲》的诸侯，都可以加入联盟，因此吸引了德意志地区的安哈尔特、符腾堡等伯国加入，还有一些自由城市，如奥格斯堡、美茵河畔法兰克福等也都加入了。联盟甚至也吸引了弗朗索瓦一世加入其中，但他很快就因为宗教信仰不同而退出。皈依新教的丹麦于1538年加入同盟，次年勃兰登堡选帝侯也加入进来。1545年，迎娶了克里斯蒂安二世的女儿多萝西娅的帕拉丁选帝侯弗里德里克三世，竟然也加入了这个反查理的联盟。
虽然没有公开地直接反叛查理的统治，但联盟也集结了不少兵力用于防卫，包括1万名步兵和2000名骑兵。联盟成员很快就没收了原本属于罗马教廷的土地，进一步壮大了联盟地区的经济实力。联盟在成立的15年间，一直没有主动向查理发起挑战，而查理也一直忙于和法兰西、奥斯曼帝国的战争，根本没有时间理会这个联盟。1542年在弗朗索瓦一世发起针对查理的战争时，施马尔卡尔登联盟拒绝为弗朗索瓦一世提供帮助，而此时联盟将不得不独自面对查理即将发起的进攻。
1546年6月，大多数联盟成员退出雷根斯堡议会后，就着手为即将与查理进行的战争做准备。他们向法兰西和英格兰求助，希望能够获得资金上的支持，但法英两国的国库在近年来的战争消耗中早已几近枯竭。7月中旬，联盟成员在多瑙河畔的多瑙沃特集结了7万步兵和9000骑兵以及100门火炮，距离查理所在的雷根斯堡仅仅100多公里。只要沿着多瑙河进军，联盟就可以将他们的皇帝抓住，从而将其驱出德意志。
不过，尽管这是一个庞大的联盟，军队众多，战力强大，但却并非现代意义上的德意志民族国家的原型。参与联盟的各个领主、城市和邦国虽然聚集在同一信仰之下，但彼此之间有着不同的目标和利益，更缺乏统一的决策和领导。联盟的军队没能选出一个各方认可的最高指挥官，而是成立了一个由十名联盟成员组成的委员会进行指挥。可以想象，这个委员会在军事决策上的争吵不休所带来的低效率，势必会对战争的成败造成直接的影响。
即使如此，查理此时的处境依旧非常危险。教宗承诺的20万杜卡特迟迟没有送到，迫在眉睫的资金匮乏让查理担心他的战果。万般无奈之下，查理只能选择从雷根斯堡逃走，一路向南逃往巴伐利亚的兰茨胡特，那里有坚固的城堡可以抵御一段时间。这时查理唯一能够指望的就是西班牙了，他赶紧给儿子菲利普写信，催他立即筹集三四十万杜卡特送来，否则哈布斯堡家族的声誉以及帝国在尼德兰、意大利等地的统治就要倾覆了。
就在查理孤立无援苦等救兵之时，联盟的另一支军队也于8月5日抵达了多瑙沃特。这支军队历经长途跋涉，到达阿尔卑斯山时已然筋疲力尽、人困马乏，于是整支部队驻军不前，准备休整四天之后再开战。联盟委员会正式公开宣告，因为查理违反了之前《奥格斯堡信纲》中对他们的承诺，因此他们放弃对他的效忠。选帝侯们也认为，他们无需再称呼查理为“皇帝”了，查理五世已经被废除，此后可以改称他为“根特的查理”。
不久之后，联盟军队就追着查理赶到了兰茨胡特。值得庆幸的是，此时教宗派出的意大利增援部队也赶到了。查理此举已经违反了他当上皇帝后签署的“选举妥协协议”，在协议中他承诺不会让外国军队进入德意志。但到了这个时候，“根特的查理”已经不在乎这些了，反而发出皇帝诏书进行反击，称联盟领导者皆为“叛徒”，并威胁说所有支持者的性命和财产都将不保。
这个时候，查理已经拥有了一支由意大利、西班牙和德意志士兵所组成的3.4万人的部队，因此决定主动出击。查理命令军队前往多瑙沃特下游60公里处的英戈尔施塔特。查理亲自为部队选择了最佳的扎营位置，再次全副武装亲自上阵，视察各个可能被敌人进攻的地方，加固了这里的防御，同时还招募了不少儿童和妇女为士兵提供补给。
8月31日，联盟军队来到了距离查理营地几百米的地方，开始用火炮轰击其大营。经历了无数次战争的查理此时并未惊慌失措，反而淡定自若。有目击者称，面对如暴雨般的炮弹，查理并未选择躲开，而是命其他人躲避，他自己却依旧站在原处。他们甚至相信，要不是上帝保护着皇帝，他早就死了。查理此时所需要的正是他们的信任。在阿尔及尔那样残酷的天气中，查理所做的也是身先士卒、鼓舞士气，这一可贵的精神在联盟军队的将领中是找不到的。
联盟的围攻并没有持续多久，之后就自行撤退了，可能是因为缺水，或者想诱使查理追击，不过从后来的历史发展来看，他们终究是错失了这一绝佳的机会，没能俘虏查理。此时，查理的另一支援军也自尼德兰及时赶到了，这支部队的行程历时50多天，在德意志跋涉800余公里。6月，查理就命布伦伯爵自尼德兰出兵援助，伯爵于7月20日就进入了德意志，尚不知道在哪里与查理会合。而当时整个德意志基本上都在反对查理。到了8月23日，这支尼德兰来的远征军顺利地跨过了美因茨附近的莱茵河，与此同时查理也命令他们向多瑙河进发。德意志各地领主都试图拦截这支援军，但查理不断为援军提供各地情报和指示，使他们总是能够巧妙地避免与敌军的正面冲突，并在未遭受什么损失的情况下，于9月14日最终安全地到达了英戈尔施塔特。布伦率领的这支援军，总共有1.2万名步兵、5000名骑兵和12门火炮。
联盟自撤退之后，就清楚自己无法在战场上打败皇帝，他们转而试图以侮辱查理的方式获得心理平衡。有使者向他们提到“皇帝陛下”的提议时，黑森伯爵菲利普一世就说：“什么皇帝陛下？他就是根特的查理，就像我是黑森的菲利普一样。如果德意志能够选举他为皇帝，那么照样也可以废黜他。”而查理对于这样的侮辱并不以为然，此时他有5万多名士兵在手，是时候用反击让他们闭嘴了。
萨克森公爵莫里茨和斐迪南签订了一份攻防联盟协议，并计划入侵约翰·腓特烈统治的萨克森。得知到这个消息后，联盟的创建者约翰·腓特烈需要尽快率军返回，以保护自己的领地，而留下其他盟友自生自灭。11月16日，冬天的来临，让联盟军事委员会极不情愿地做出决定：大军解散，各自领军返回。
米尔贝格之战
英法两国最终只提供了所承诺的援助资金的三分之二，此时查理和联盟军队的实力此消彼长，局势开始向有利于查理的方向转变。1546年冬季异常的好天气也为查理的反击提供了良机。虽然这时候查理被痛风折磨得痛苦不堪，不得不由士兵抬着随军前行，但只要有战斗，他便会毫不犹豫地披甲上阵。查理体恤下士和身先士卒的精神极大地鼓舞了军队上下，他们见到皇帝就大声呼喊：“陛下！去战斗！”
联盟解散后，德意志南部的诸侯纷纷向查理投诚，并付出巨额的赔偿以获得皇帝的赦免。第一个向符腾堡公爵提供支持的帕拉丁选帝侯弗里德里克三世，此时也第一个向查理投降。作为查理的外甥女婿、多萝西娅的丈夫，弗里德里克三世认为他会优先得到查理的宽恕。12月17日，弗里德里克被带到查理的面前。他请求查理宽恕，而查理则端坐在椅子中，从口袋里掏出一封信，让他读一读。这封弗里德里克写给盟友的信被查理拦截了下来，信件中他用粗鲁的言辞表达了对查理的不敬和不屑。64岁的弗里德里克三世此时痛哭不已，查理于是说道：“外甥啊，你起兵反我实在伤我至深。你是我的亲戚，并在我的家族中长大，然而你却派军去支援我的敌人来反对我，为他们提供了这么多的支援。既然如今你表现出了悔恨之情，那么我决定原谅你，并忘掉你曾经反我之事。”虽然原谅了他，但查理需要他此后用行动来证明自己是真心悔过。
接下来是符腾堡的乌尔里希公爵前来请求查理的宽恕，查理对其处以30万弗洛林的罚款，并让他交出所有火炮和弹药，允许帝国军队进入他领地内的三座城堡，以此来保证他是真心效忠。乌尔里希公爵不得不接受这个条件，他只能望着天空说：“既然上帝执意要让皇帝在德意志一年取得两次胜利，那么我还有什么不能接受呢。”
现在就剩下萨克森了。萨克森选帝侯约翰·腓特烈拥有规模不小的军队，因此没有选择投降。查理授意莫里茨和斐迪南入侵萨克森。1546年，结束了和英格兰的战事后，弗朗索瓦一世终于意识到德意志联盟被查理击溃的后果了，于是加紧向联盟提供资金和军队支持。查理得知弗朗索瓦一世准备干涉时，便威胁其大使说：“我可以在两个星期内进入你们的王国。”即便如此，查理也深知法兰西和英格兰对德意志提供的支持绝对不容小觑。
1547年初，有两个好消息传来：1月28日亨利八世去世；紧接着在3月31日，弗朗索瓦一世也去世了。查理暂时没有了后顾之忧。这个时候，约翰·腓特烈一方面率军围攻莫里茨的主要据点莱比锡，另一方面成功地煽动起了波西米亚人反抗斐迪南。查理只能带着他的大军向东前往波西米亚，平定那里的叛乱。
约翰·腓特烈的部队规模要大于查理的部队。为了让波西米亚的新教徒一同参加反帝国的行动，腓特烈在波西米亚部署了很大一部分军队，只留下一小支部队来保护脆弱的萨克森城，以防查理从南面进攻。为了往北撤回到维滕贝格的防御据点，他命令军队北上，放弃了易北河畔的萨克森的起源地迈森，于4月抵达了易北河东岸的米尔贝格驻军扎营，只留下几名士兵警戒易北河西岸。腓特烈觉得易北河非常宽广，查理的帝国军队无法在此渡河。
4月23日晚，查理的军队已经抵达易北河，虽然有将军提出反对意见，但查理还是决定渡河。24日拂晓时分，一部分先头部队开始寻找渡河地点，此时升起的浓雾也利于掩护部队行动。一小群西班牙和意大利士兵先游过河，击杀了约翰·腓特烈留下警戒的士兵，确保随后的大部队安全渡河。在当地农民的帮助下，他们找到了一处浅滩，架设起木浮桥，之后其余部队均顺利渡河。而扎营在米尔贝格的腓特烈还侥幸地认为查理的帝国军队不太可能发动攻击，竟让一些军官离营去参加弥撒。看到帝国军队已直抵眼前时，腓特烈和他的将士全都惊呆了。意识到查理的军队即将抵达，腓特烈的第一反应是立即撤往维滕贝格，然而他知道自己的部队行军速度太慢，根本无法在短时间内后撤。此时的腓特烈决定赌一把，他判定来的只是查理的先头部队，因此命令全军做好战斗准备。腓特烈将部队部署在森林边缘，以防止被帝国军队包围，同时也能在失利时迅速撤退。查理很快来到前线指挥此次战役。虽然在提香的画中，查理身着戎装骑在战马上指挥战斗，但实际上他是被人抬去的。
查理的帝国军队不到两万人，由唐·阿瓦罗·德·桑迪率领的伦巴第、那不勒斯和匈牙利三个大方阵组成。战斗于24日晚间打响，萨克森的腓特烈旗下的部队多由德意志农民组成，面对帝国整齐划一的部队，虽然成功地抵御了匈牙利骑兵的第一波进攻，但依然是螳臂当车。萨克森军队的两翼很快就溃不成军，中路的步兵只能勉力抵抗，为腓特烈后撤到附近的森林争取时间。虽然腓特烈在战场上英勇奋战，在拼杀中自己脸部也受了伤，但最终还是被俘虏了。查理以50多名士兵的损失，击败了腓特烈的军队，击毙敌军3000多人。无论说腓特烈大意轻敌也好，经验不足也罢，他的失败都使德意志境内再无可与查理抗衡的力量。
腓特烈被带到查理的面前时，他说：“命运既然让我成为皇帝陛下的囚徒，那我请求您按我的地位给予应有的待遇。”查理则讽刺道：“现在你称我为皇帝了，之前你可不是这么叫我的。”查理本打算将腓特烈处决，然后没收其所有财产来惩罚其反叛的罪行，最后在大臣力劝之下，改为将腓特烈监禁并宣判其为“异教徒”。之后的五年，腓特烈都跟着查理四处出巡，到1552年才被释放，并得到魏玛作为领地，随后于1554年逝世。
查理将萨克森选帝侯的资格留给了腓特烈的表弟，也就是为其指挥左翼骑兵的莫里茨。萨克森的阿尔布雷希特支系终于取代了恩斯特支系，成为萨克森选帝侯。莫里茨此次背叛德意志投降皇帝的举动，让他被称为“犹大”，之后他选择再一次背叛皇帝，来试图挽回荣誉。
5月25日，查理率军进入了前萨克森选帝侯一直庇护的维滕贝格城，这里是路德派的大本营。在维滕贝格的教堂里，则埋葬着罗马教宗恨之入骨的异端——马丁·路德。查理和随从来到了路德的陵墓前，这个让查理耗费了无数精力所对付的敌人，其尸骨就在眼前。阿尔巴公爵和西班牙与意大利的士兵纷纷喊着要将路德的尸骨挖出来焚烧，但查理制止了他们，并说道：“就让他休息，直到审判日吧。”当另一位将军再次提议焚烧路德尸骨时，查理反驳说：“我只对生者发动战争，而从不针对死者。”在查理战胜了施马尔卡尔登联盟并取得了米尔贝格之战的胜利后，黑森的菲利普一世本欲准备再战，然而在清楚自己处于孤军无援的境地后，最终不得不于6月初与查理的首相协商投降条款。得胜的查理再次召集德意志王子，让他们出席即将在奥格斯堡举行的帝国议会。
临时决议
施马尔卡尔登联盟早期针对查理反攻的初步胜利，让意大利的一些反对者以为他们可以轻易挑战皇帝的权威，于是在1546之后一年的时间里，意大利各地领主趁机发动了叛乱。卢卡、锡耶纳和佛罗伦萨等地的一些反对者试图推翻美第奇家族的统治，但因领导者被出卖，叛乱很快平息下去。那不勒斯当地精英也起来反对本地总督的统治，总督动用西班牙军队驱散了游行示威的人群，并在城市中向市民展示了军队的火炮，以威慑那些不服从者。
热那亚此间也经历了一场暴动，连查理的海军总司令安德烈亚·多利亚都差点被人谋杀。多利亚在1528年投靠查理之后，就成了热那亚的实际统治者，不过他拒绝出任热那亚的君主或者总督，而是将热那亚的政治体制改为寡头共和制，自己仿效古罗马监察官成为热那亚的“永久监察官”。热那亚贵族乔凡尼·路易吉·菲斯基摆下鸿门宴试图谋害多利亚及其子，多利亚称病未参加宴会，之后乔凡尼占领了热那亚港，多利亚趁机逃亡。正当叛军以为叛乱成功之时，身着盔甲的乔凡尼不慎跌入海港淹死，多利亚借机重新夺取了热那亚。
1546年初，米兰总督达瓦洛斯死后，查理就委派费兰特·贡萨加接替达瓦洛斯成为米兰总督。乔凡尼落水身亡后，其同党就被贡萨加抓获，他们招认出幕后的主使者是皮埃尔·路易吉·法尔内塞，就是在奥尔良公爵死后被教宗保罗三世授予帕尔马和皮亚琴察的那位私生子。贡萨加还得知皮埃尔还在策划另一项阴谋，因此他恳请查理尽快采取行动。
此时的查理刚刚降服了叛乱的德意志王子，还无暇顾及意大利，因此他给贡萨加的命令是“见机行事”，如同给其前任达瓦洛斯的指令一样，任何时候都不能宣称自己是在遵照皇帝的命令行事。虽然贡萨加极力避免出现问题，但在1547年9月，他的军队重新夺回皮亚琴察后，士兵们还是将那位教宗的私生子刺死了，并将其尸体从宫殿窗户扔到了大街上。
查理的军队处决了叛乱者，让意大利重新恢复了和平，但皮埃尔的死让教宗十分愤怒。教宗宣布除非查理的军队撤出皮亚琴察，否则他不会再让大公会议迁回特伦托。那时他打算将大公会议从特伦托迁到教宗国控制下的博洛尼亚，以便能够掌控大公会议的走向。德意志战役初胜，教宗就将他的意大利军队召回。更改大公会议地点，对于德意志新教王子来说完全不可接受，查理也反对将会议迁到博洛尼亚。1547年8月，查理向教宗发出最后通牒，大公会议要么在特伦托召开，要么暂停，直至德意志帝国议会得出结果。
从1547年9月1日到次年的6月30日，奥格斯堡帝国议会足足开了十个月。查理期望能够在议会上通过增强自己权力的条款，比如推行统一而标准化的执法体系和铸币措施，精简和加强帝国法院，并承认尼德兰地区是独立的帝国治区，还提议创立一个新的同盟，以帮助哈布斯堡家族统治德意志。查理还要求再次筹集资金，用以帮助匈牙利抵抗土耳其人可能的进攻，同时德意志还应建立一支部队，以防未来再次出现反叛皇帝的情况。这些条款实际上都可以实施，唯独有一条遭到与会贵族的强烈反对：查理打算提出一个能够统一帝国宗教信仰的框架。
实际上，查理并未在帝国议会上花费多少时间，而是将其交由他的内阁大臣来处理，自己则将大部分的精力用在了别的活动上。他于1547年11月30日参加并主持了金羊毛骑士团的年会，又在1548年1月6日的主显节（也叫三王节）上参加了弥撒，此节是为纪念耶稣复活后首次向三贤士现身，查理也模仿三贤士那样带着三个分别装有黄金、乳香和没药的杯子参加了活动。1月底，他又将选帝侯召集过来，让他们承认尼德兰拥有帝国独立的治区地位。在2月24日生日聚会上，他还庄严地宣布莫里茨成为萨克森选帝侯。
1548年5月15日，查理颁布了一项“大公会议决定前，皇帝陛下针对神圣罗马帝国境内宗教仪式的宣言”，简称为“奥格斯堡临时决议”，其主要内容是让新教徒重新采用天主教的传统习俗，但允许新教教士结婚，也允许普通人领取圣餐。这项临时决议如其全称所示，是想在大公会议召开前暂时平息德意志地区的宗教冲突。查理再次表示，希望能够设计出一个让德意志的天主教徒和新教徒都可以接受的方案。与雷根斯堡上无效的妥协不同，这次他是使用武力和皇帝的权威，促成了双方的和解。
虽然这个临时决议被认为是新教在政治和宗教上获得合法地位的第一步，但却让查理陷入更多的麻烦之中，不仅教宗认为这份没有经过他授权的文件不合规定，而且新教徒们对这个临时决议也相当不满。即便如此，查理还是给了信奉路德新教的德意志王子们18天的过渡期，让他们遵照决议行事。路德的继任者和最好的朋友与同道——菲利普·梅兰希通表示愿意为和平而妥协，然而其他路德教会的牧师和神学家却坚决反对这项临时决议。因此，很多持反对意见的新教牧师被免职并驱逐，有的还被监禁和处决。在施瓦本和莱茵河沿岸地区，总共约有400名新教牧师入狱，还有一些人逃往了英格兰。
查理试图在帝国全境推行这项临时决议，但最后仅在自己的军事控制地区取得了成功。很多天主教的王子们不接受过渡期，同时担心查理的皇权过于强大。为了进一步争取时间，他们请求查理给予第二个过渡期，即“莱比锡过渡时期”，其目的在于让路德派保留他们的核心神学信仰，而在其他一些礼仪方面则仍遵守传统。这一方案依然遭到反对，尽管它对新教徒保持了最大的宽容，却并没有被实际执行。
奥格斯堡帝国议会召开期间，查理的妹妹玛丽委托提香为查理创作一幅纪念米尔贝格战役胜利的肖像画。当然，查理肯定不愿让艺术家画一幅自己坐在担架上被人抬着指挥战斗的画像，在他详细的指导说明以及严格的规定下，提香创作了这幅有名的《查理五世骑马像》。
前面已经介绍过，提香为查理及伊莎贝拉创作了很多画像，这位聪明机智的威尼斯人与皇帝建立了深厚的友谊。居于奥格斯堡期间，查理经常与提香会面。也正是在此画的创作过程中，发生了那个查理亲自为提香捡起画笔的故事。
无论这段轶事是否真实可信，艺术史学家贡布里希认为，这都是那个时代艺术和艺术家的胜利，“我们可能认为拾起画笔没有什么了不起，但是想一想那个时代宫廷的严厉法规，我们就不难明白，人们认为那是人间权力的至高代表在天才的威严面前做出的象征着低首下心的举动。从这种意义来看，对于其后的时代，这段轶事不论真假都意味着艺术的一种胜利”。
提香出色地完成了查理交代的任务。在画中，提香描绘出了真实的树木、天空和其他景观，画中的查理手握长矛，如同屠龙勇士圣乔治，而他的头盔上、胸带间和马身上使用红色，则代表了他为捍卫天主教信仰而战。正如这幅画中的金色背景所表达的，一个从旧世界到新世界，从日出到日落的大帝国在查理背后徐徐升起。
第六部分 从日出到日落
在朕的国土上，太阳永不落下——查理五世
