我的人生是一段漫长的旅程。
——查理五世
1535年突尼斯战争胜利后，35岁的查理就曾考虑过退位的问题，不过那时候儿子菲利普还太小，于是作罢。此后在1547年德意志战争结束后，查理再次认真地考虑了此事，担心因被捕或者战败而失掉自己奋斗大半生所赢得的名声。他的担心在1552年梅斯之围失败后几近成为现实。虽然他于次年试图挽回荣誉，但严重的痛风已经让查理不能走动，只能坐在轿椅上行军。
宣布退位
1554年10月9日，查理从伦蒂战场回到了布鲁塞尔。在休养了一段时间之后，查理的精神恢复了一些，还能外出打猎了，还抽空为当地的仰慕者签名。人们看到皇帝的气色已经好转了很多。
听说菲利普在英格兰受到爱戴，查理的心情愉悦。他希望菲利普尽快和玛丽一世生下子嗣，这样菲利普就可以前来布鲁塞尔。在布鲁塞尔等待儿子的日子里，查理显得十分焦急。他此时骑不动马，只好骑着驴子，没事就前往小时候经常去的皇家公园，看看那些珍奇的动物，平日里与埃莉诺和玛丽两姐妹聊天消磨时光。
查理没有等到儿子的到来，却接到了母亲的噩耗。1555年耶稣受难日，查理的母亲，他那一长串头衔和王位的真正拥有者——“疯女”胡安娜终于结束了她漫长而又艰苦的一生，在托德西利亚斯去世，享年75岁，在那个时代也算是活得比较久了。胡安娜的遗体被查理安排送往格拉纳达，和她的丈夫费利佩以及父母伊莎贝拉一世和费尔南多二世一起被安葬于格拉纳达皇家修道院中。
最终菲利普也没能让年长的玛丽一世怀孕，只能从伦敦赶到布鲁塞尔与父亲见面，而他拥有的英格兰国王头衔也即将在1558年随着玛丽一世的逝世而告终。父子四年未见，两人相拥而泣，此后又在布鲁塞尔度过了一段美好的时光。查理最后一次主持召开了金羊毛骑士团会议，将其效忠对象转至菲利普，此后金羊毛骑团士便一直效忠于西班牙王室。
1555年10月25日，查理在他最初加冕为勃艮第公爵的布鲁塞尔库登贝格宫里，宣布了自己的退位诏书。在公爵府金羊毛骑士所聚会的大堂里，墙壁上装饰着精美的挂毯，来自尼德兰的议员和贵族以及十七省的首长，在金羊毛骑士等侍卫的护卫下一同等待查理的到来。查理骑着毛驴从他郊外的寓所来到了布鲁塞尔，在奥伦治亲王威廉搀扶下，拄着拐杖缓慢地走进了会场，儿子菲利普、妹妹玛丽等哈布斯堡家族的成员，政府顾问官，所有金羊毛骑士团成员与各国使团，还有当时欧洲的风云人物，都跟在查理的身后一同进入大厅。
首先发表演讲的是萨伏依的伊曼纽尔·菲利贝托，他是萨伏依公爵查理三世与葡萄牙的比亚特丽斯所生的儿子，作为查理的表侄，帮助查理以及随后的菲利普二世取得了不少战争的胜利，深受查理喜爱。菲利贝托解释了查理因为健康、精神和政治上的原因不得不卸任，愿意将“勃艮第遗产”交给儿子菲利普继承。待菲利贝托冗长的演讲结束之后，查理在奥伦治亲王的搀扶下，吃力地站了起来，简单明了地总结了他自己的一生。他提到以往前去各地的经历：去过德意志九次，西班牙六次，而意大利则有七次，尼德兰十次，又分别在战争与和平时期共去过法兰西四次，还两度前往英格兰，两度征战非洲。说到动情之处，查理还一度落泪，随后继续说道：
自朕十九岁始，先皇驾崩，吾诺之以争选帝冠。非意在中饱私囊，乃志在以己之力，为德意志及朕所统辖之地谋福，并借此为基督之众带来和平，务必使众人一心、团结一致以捍卫天主之信仰，以抗奥斯曼土耳其。朕不畏艰苦、行经各地，不惧艰辛、多次征战……终致使朕倦累、患疾周身……至今朕仍饱受疾痛之苦，他人不能以此指责朕乃逃兵。然，朕今已不再辜负众望推延此事。切勿以为，朕意在躲避麻烦或危险，实则因朕力不能及……朕深知大错已铸，皆因朕年少无知，亦错在人为、错在狂热，终归错在倦怠。然朕之错，非意在针对某人，如若有对之不公者，乃全在朕不知情，在朕之无能，为此朕愿公开致歉，恳请被吾冒犯之人宽谅。
简短的演讲已经让站立的查理痛苦不堪。他坐回宝座之后，听众都表示愿意宽恕他的罪过和迫害，并同情皇帝一生所遭遇的挫折，不少人听完之后还垂泪不已。
在勃艮第宣布退位后，查理本打算回到西班牙，再将卡斯蒂利亚、阿拉贡、美洲和两西西里等王位正式移交给菲利普，但痛风的日益加重，让他连签字都无法完成。直至1556年的元旦，查理才签署了正式退位诏书，宣布将卡斯蒂利亚、阿拉贡等王位交由菲利普继承，同时也任命菲利普为帝国意大利区的代政。自此，查理才结束了自己近四十年的执政生涯，只保留了皇帝头衔，其他的事情就交给儿子菲利普了。菲利普在父亲的见证下就职，并宣誓遵守当地的法律和传统。查理之所以选择退位，也是为了能够给儿子留下施展的空间，正如父亲不撒手孩子就永远学不会走路一样，查理也认为自己的离去才能让菲利普学会自己解决问题。
辞去职务之后，查理显得轻松了许多，精神气色也有了很大好转。他还将自己的随行人员从750个减少到150个，并付给他们遣散费，其中一些人被查理安排效忠儿子菲利普或者弟弟斐迪南。查理希望在回西班牙之前能够在布鲁塞尔见到斐迪南及其子马克西米利安，但斐迪南拒绝前去，兄弟二人此生最后一次见面的机会就这样失去了。
马克西米利安和妻子玛利亚则回应了查理的邀请，但由于缺乏资金而延误了行程，直到1556年7月18日才到达布鲁塞尔。几天之后，查理在姐姐埃莉诺、妹妹玛丽、女婿马克西米利安和女儿玛利亚的陪同下一同前往西班牙。离开布鲁塞尔时，有人看见查理几次转身，回望着他身后熟悉的布鲁塞尔城墙，潸然泪下，从此与故乡永别。
不同于第一次在弟弟查理的胁迫下前往西班牙，这次埃莉诺则是主动要求一同前往。时隔多年，物是人非，埃莉诺和与第一任丈夫葡萄牙国王曼努埃尔一世所生的女儿玛利亚已经有约30年未曾见过。比起出生地尼德兰，她现在更加想念和喜欢西班牙。妹妹玛丽与查理和埃莉诺从小一同长大，感情深厚，守寡后又回到了尼德兰担任摄政，从未去过西班牙，此时菲利普已经接管了尼德兰，她终于可以卸下重任，享受自己的生活了。
如同第一次前去西班牙一样，查理一行人乘坐驳船从根特前往泽兰的弗利辛恩港，在那里已经有五十多艘船等待着他们的到来。起航的时间取决于风向，他们能做的也只是在港口安心等待。趁此时机，查理坐在小推车上，被人推着游览了港口所在的瓦尔赫伦岛。9月13日，他们终于登上了主舰。船队出行不久，就遭遇风暴，不得不返航。听到返航消息的菲利普担心父亲等人的安危，赶紧乘车前往泽兰，并换乘小船驶往岛上的港口，见到父亲后，又和他交谈了一个半小时才放心离去。
四天之后，船队再次起航，这次顺利地抵达了西班牙。
退隐修道院
1556年9月28日，查理一行人安全到达了西班牙。在旧卡斯蒂利亚的首府之一的布尔戈斯，查理给了追随者们以丰厚的奖赏，再次遣散了一些随从。一路前往目的地的行程中，查理受到了沿途各个地方的礼遇，很多人来为查理践行。
由于最终的目的地尤斯特修道院尚未整修好，查理不得不在位于马德里以西约190公里的山谷中的村子哈兰蒂亚暂居数月。尤斯特修道院位于托莱多以西近两百公里，距离葡萄牙比较近。跟他的祖父马克西米利安一世一样，查理希望选择一个偏远的角落，静静地等待死亡的来临。不过此时的查理并非独身一人，在尽可能地遣散了随从之后，他还有70多名随行人员，这个小小的修道院根本容纳不下。因此，在查理到来之前，修道院就开始了扩建。对于查理最终选择在这个地方过完余生，当时有很多人表示不解，教宗就认为查理决定退居尤斯特是前所未见的怪事。实际上在1542年，查理就曾和他的朝臣波吉亚家族的弗朗西斯科商讨过此事，弗朗西斯科曾到访过此地，后来还派人前往勘察修道院的布局和外观等情况。1553年，查理拿出3000杜卡特命人改造这个修道院，让自己及仆人和官员能够住在那里。
在哈兰蒂亚停留期间，查理和两个手足情深的姐妹告别，虽然两姐妹也希望能够与查理一同前往修道院，但无奈教规所限，因此她们转而决定于此地定居——这里距离查理的住处不远，方便她们能够随时探望。玛丽虽然对卡斯蒂利亚很陌生，但也想以顾问的身份帮助摄政西班牙的侄女胡安娜，此时菲利普还留在尼德兰。胡安娜谢绝了姑姑的好意，于是玛丽得以享受了一段安宁的退休生活。
尤斯特修道院的住所有两层，每层四个房间，查理的房间位于教堂里的唱诗班旁边，这样他就可以在自己的卧室里听着唱诗班的歌声参加宗教仪式。严重的通风已经让他无法行走，只能坐在床上完成仪式。这座修道院并未为查理带来多少清净，反而是查理给修道院带来了喧闹。住在修道院里的查理也非像修士那样终日祈祷和念经，而是依旧处理着政务，尤其是帮助菲利普二世处理在执政过程中遇到的问题。帝国议会的人员经常来访，访客往来络绎不绝。查理在修道院的生活也绝非清苦，虽然深受病痛折磨，但他依旧是大吃大喝，以至于医生不得不开一些消食的草药以帮助他消化。
临终前的查理变得越来越顽固，不仅残忍，而且反复无常。他有时说要用火刑铲除异端，有时后悔早年在沃尔姆斯议会上放了路德，还命令对任何接近修道院的妇女鞭挞一百。他还修改了遗嘱，让菲利普举办3万场弥撒来安慰他的灵魂。到了1558年的8月，查理临终前的一个月，痛风所引起的疼痛已经使他无法承受了，而且还转变为间歇发热，病痛让他不堪重负。终于，在9月21日凌晨，查理咽下了最后一口气，享年58岁。临终的时候，查理的手中还握着皇后伊莎贝拉去世时所持的十字架。
查理的两个姐妹也在同年相继去世。1558年2月，埃莉诺第一次在巴达霍斯见到了自己阔别28年的女儿玛利亚，随后于返回哈兰蒂亚的路途中去世，享年59岁。埃莉诺去世后，玛丽悲痛不已，随后前往尤斯特修道院去见查理，哥哥安排她回尼德兰担任摄政，让菲利普返回西班牙。最初玛丽拒绝这个提议，但查理病重之后，玛丽便答应了。查理去世后不久，玛丽也患上了重病，但还是希望履行对哥哥的承诺前去尼德兰，不过最终未能如愿。玛丽于在1558年10月18日在巴利亚多利德附近的西加莱斯逝世，享年53岁。
查理去世后，欧洲和美洲等地数千个教堂组织活动、竖立纪念碑纪念这位已故的皇帝。西班牙的遗嘱执行人的确安排了3万场安魂弥撒。最初，查理的遗体只是被埋在了尤斯特修道院里，不过根据他留下的遗嘱，查理希望像其外祖父母一样，建造一个类似格拉纳达的皇家礼拜堂那样的地方，将自己和妻子伊莎贝拉安葬在一起。菲利普二世忠实地履行了父亲的遗愿。1574年，他将查理和伊莎贝拉的遗体迁葬到了埃斯科里亚修道院，将棺椁安放在皇家礼拜堂的一个小穹顶之下，满足了他被安葬在“半圆的圣殿”之下的愿望。
最初，菲利普二世为了纪念自己在1557年圣昆汀战役中击败亨利二世而开始修建埃斯科里亚修道院。这座修道院位于距马德里不远的瓜达拉马山脉的山脚下。菲利普二世之所以修建这座修道院，一是用来将父母查理和伊莎贝拉、自己以及后代安葬在此处，二是期望这里能够成为一个反宗教改革的中心。埃斯科里亚修道院于1563年4月23日开始动工，总共用了21年，于1584年完成。此后，西班牙的国王和有继承权的王室成员都被安葬于此处，包括哈布斯堡王室和波旁王室的国王们，只有三位国王未列于其中。游客们至今仍可以在埃斯科里亚修道院最中央的墓地中见到自查理之后的历代西班牙国王和王子们的棺椁。
但这还没完，经过菲利普二世和菲利普四世两次的迁墓，在17世纪，查理的棺椁还被打开过一段时间，供人参观瞻仰。在19世纪初拿破仑侵略西班牙期间，查理的棺椁再次被打开。到1868年西班牙“光荣革命”之时，瞻仰已经变成木乃伊的查理遗体又变成了吸引游客的项目。1870年，西班牙政府还邀请了一些外交人员及其家属从马德里来到埃斯科里亚，瞻仰皇帝的圣体，所以查理的棺椁再次被打开。
1871年，一位画家花费数日对着查理的遗体进行了素描。到了20世纪，查理仍不得安宁。一位名叫祖鲁埃塔的学者希望能够通过现代的技术来确定查理是否死于疟疾。虽然这一请求被当时的西班牙国王胡安·卡洛斯一世拒绝，但到了2005年，祖鲁埃塔还是获得了许可，随后对查理的一根手指骨进行了检测。该检测在巴塞罗那的一家医院研究所进行，最后确认了查理的遗骨上保留着大量感染过疟疾的痕迹，骨头上还留下了被痛风折磨的痕迹。不过DNA测定并未获得王室许可，因此这段骨头是否属于查理难以最终断定。
查理的棺椁被多次打开，从好的一面来看，或许也可以说明人们将这位皇帝视为圣徒。但我们要评价查理，首先要摒除加诸他身上的种种光环，而把他当作一个人、一个丈夫、一个父亲、一个兄长来看待。
生前身后名
作为丈夫，对比起那个时代的大多数基督教君王来说，查理无疑是忠贞的。亨利八世一生结婚八次，对前任妻子要么禁闭，要么直接杀害，以至于闹到和教宗决裂的地步；弗朗索瓦一世不仅在克洛德在世之时有多个情妇，在克洛德死后更是一婚再婚。而反观查理，虽然在婚前多有风流，但他一生仅有一位合法妻子伊莎贝拉，比当时的绝大多数君王要忠贞得多。在伊莎贝拉死后，查理也未再迎娶他人，而路易十二、费尔南多二世等人都是在自己年届半百之时另娶新欢。
查理也是一位严父和慈父。或许是因为自己从小未曾享受过多少父爱，所以尽管大多数时候并未在自己的孩子身边陪伴他们长大，但查理仍给了他们最好的教育，这一点与当时的很多君王类似。尤其是对菲利普，他常常给儿子写信或给予“治理指导”，教导他如何治理国家，在儿子结婚后，甚至还担心年轻的菲利普纵欲过度，劝他节制。在给兄弟姐妹的信中，查理多有调侃和玩笑之词，而对于儿子却始终是一副冷冰冰的严肃口吻。他为了将帝国多分一点给儿子，不惜与斐迪南翻脸。对于他承认的几个私生女，查理也尽可能地安排她们有好的归宿。
对于兄弟姐妹，查理是哈布斯堡家族的族长，所以他必须确保兄弟姐妹的个人选择符合家族的利益。因此，他强迫姐姐埃莉诺嫁给曼努埃尔一世，在曼努埃尔一世死后又强迫埃莉诺嫁给他的死敌弗朗索瓦一世，而弗朗索瓦一世只是将埃莉诺当作政治交易的筹码，从未与之有过夫妻生活。即便如此，他后来还是尊重妹妹玛丽的意愿，没有强迫她再嫁。对于弟弟斐迪南，早期查理一直不信任他，担心弟弟威胁他的统治，但当斐迪南表现出自己的忠诚之后，他便早早地选定了斐迪南继承自己的帝国皇帝之位。
查理在处理政治和宗教事务时怀有那个时代人文主义者的理想，试图实现基督教世界的和平，致力于让全体基督教世界归于一个教会，然而这种带有古典主义色彩的理想已经远远不适应16世纪的欧洲现实，因此在实施过程中屡屡碰壁。正是因为试图维护和平，他反而变成了他人眼中的威胁者，试图统一教会之举使他在新教徒眼中成为罗马教会的刽子手。因而，新教国家对查理的评价并不是很高。例如杜兰特在他的《文明的故事》中就如此说道：
查理在那个时代的失败，最难令人忘怀，更由于他的德行，时常给人类带来不幸。意大利在饱受10年蹂躏之后，他才允许给以和平，他降服意大利的同时将教皇政治带到西班牙；意大利文艺复兴的花朵，也在他黑暗的统治下枯萎了。他打败了弗朗索瓦，俘虏了他，却在马德里失去了与他缔结条约的机会，若能如此，不但可保全一切颜面，也可挽救无数的生灵。由于他曾经协助奥地利在维也纳击败苏里曼，在地中海阻止了巴巴罗萨。他加强了哈布斯堡王朝，却削弱了皇帝的权力；他失去了洛林，却降服了勃艮第。德国的诸王子挫败了他建立中央集权的企图，从他的时代开始，神圣罗马帝国成了正在腐朽中的组织，等待拿破仑来宣布她的死亡。他失败于未能压服德国的新教教义，却在尼德兰获得成功，镇压了新教的兴起，不过也为他的儿子埋下了失败的种子。他发现德国诸城市的繁荣和自由，便把它们放置在保守的封建制度统治下，使他们不愉快。他到德国时，德国无论在思想和精力方面，都生气勃勃，超过欧洲任何国家；他退位时，无论精神和智力，都困顿不堪，以致德国在两个世纪中处于停滞状态。他的政策是造成意大利和德国式微的次要原因，在西班牙却是主要的原因，他的措施压制了地方自治的自由和人民的活力。为了亨利，他说服了凯瑟琳向亨利让步；为了天主教会，他拯救了英格兰；他迫使教皇克莱门特陷于招致毁灭的犹豫不决之境。
我们知道，这样的评价对于查理来说，显然是极不公平的。意大利的战乱，由法兰西、教宗国和威尼斯等各方势力之间的争端引起，查理只是被迫卷入其中。正如马基雅维利这个同时代之人所观察到的那样，意大利人之间相互争斗并引入外来强权试图支持自己，而当外来者图谋不轨之时，意大利人又开始暗中反对这些外来者。从查理八世到弗朗索瓦一世，意大利的各方努力引入了法兰西，又引入了西班牙来介入。查理在意大利的所作所为，实际上只是恢复了原来的局面，而意大利人又担心查理一家独大。查理好不容易战胜了这些敌人后，他们却背信弃义，撕毁和约。之后查理也放弃了和约，转而寻求更加实际的相互妥协的解决方案。查理对待德意志的新教徒还算宽容，《奥格斯堡和约》的最终签订，与其多次试图实现宗教和解的意见一致。神圣罗马帝国并未在查理的手中变得更坏，反而是查理实施了对帝国的改革。
意大利文艺复兴的终结也并非查理之过。正如之前所述，1520年，文艺复兴已经达到顶峰，罗马之劫和对佛罗伦萨的围困的确让意大利失去了一段时间的辉煌，但这是战乱后的正常结果。我们看到此后的意大利乃至于欧洲的艺术、经济并未因此而陷入衰退，随后而起的巴洛克艺术依然在天主教国家蓬勃发展。而意大利经济的衰退是由于大西洋贸易的开拓，之后地中海世界整体都陷入衰落之中，这个转折并不能怪罪到查理的头上。
作为弗拉芒人的查理将其管理方式和人员引入西班牙，又使用西班牙创造的大方阵等新式军队驰骋于欧洲和非洲，在德意志地区压制新教徒，在意大利称霸，对抗奥斯曼土耳其。此等功勋在那个时代无人能及，不过这也为他树立了过多的敌人，逼迫法兰西与异教徒结盟。正是因为树敌太多，查理及其治下的哈布斯堡帝国在历史上并未获得多少积极的评价。这种负面的评价最早来自于反西班牙的尼德兰和英格兰等盎格鲁-撒克逊国家，对于西班牙的偏见，还导致了历史学家对于拉丁美洲和其他天主教国家的歪曲，被当代学者们称为“黑色传说”。
这种“黑色传说”除了上文所说的西班牙异端裁判所之外，还包括了西班牙对美洲的剥削和压榨，对尼德兰的残忍镇压等，而这些负面评价往往也可以应用在英格兰对北美的殖民过程中，应用在荷兰东印度公司对亚洲残酷无情的掠夺中。盎格鲁-撒克逊国家的这种双重标准值得我们深思。
帝国的未来
查理留下的广阔领土，在他的弟弟和儿子的治下走向了迥异不同的命运。儿子菲利普二世获得了西班牙、尼德兰、帝国意大利区和美洲，而斐迪南一世则继承了皇位，获得了奥地利、匈牙利和波西米亚。查理留给儿子的遗产使得西班牙在菲利普二世时代成为欧洲最强大的国家，而留给弟弟斐迪南一世的这一支，无论是神圣罗马帝国也好，奥地利、匈牙利和波西米亚也罢，都已不再是能够左右欧洲历史进程的一流强国，直到后来奥匈帝国的再次崛起。
查理留给菲利普二世的除了庞大的帝国遗产之外，还有3600万杜卡特的债务，每年需要偿还100万杜卡特。菲利普二世在继承王位之后没多久，就因先后在1557年、1560年、1575年和1596年拖欠贷款宣布破产。亨利二世也因巨额负债而宣布破产，这才为意大利带来了和平的转机。菲利普二世联合萨伏依的菲利贝托，在1557年的圣昆汀战役中打败了亨利二世。直到查理去世后的第二年4月，亨利二世和菲利普二世签订了《勒卡托-康布雷和约》，这才宣告了哈布斯堡帝国和瓦卢瓦王朝之间战争的结束。亨利二世放弃了对米兰的要求，也将萨伏依和皮埃蒙特归还给菲利贝托，但保留了从查理手中获得的三个主教区；同时承认菲利普二世对那不勒斯、西西里和撒丁王国的控制，将科西嘉割让给热那亚，而获得自由贸易权等。
与亨利二世的战争胜利后不久，菲利普二世再次在与奥斯曼土耳其帝国的战争中获胜。苏莱曼大帝时期的奥斯曼帝国正值顶峰，在苏莱曼于1566年逝世之后，奥斯曼帝国出现了持续一百多年的后宫干政时期，帝国也由此渐渐走向衰落。1571年的勒班陀战役中，奥斯曼海军败于以西班牙为首的“神圣同盟”海军，这沉重地打击了奥斯曼帝国的地中海霸权。奥斯曼帝国见证了欧洲强权的兴起和衰落，从威尼斯到神圣罗马帝国，继而是西班牙帝国和俄罗斯帝国，最终也见证了自己的毁灭。
菲利普二世在葡萄牙出现继承人危机之时，通过军事手段获得了葡萄牙的王位，使葡萄牙和西班牙共主长达60年。同样在菲利普二世治下的尼德兰人，则趁机占领了葡萄牙在亚洲的据点，从而取代了葡萄牙成为亚洲贸易的主要参与者。
在菲利普二世崛起的同时，法兰西却被内部的宗教改革折磨得精疲力竭。此时的英格兰和尼德兰已经成为哈布斯堡家族西班牙之后的主要对手，身为西班牙国王的菲利普二世面临着双重挑战。首先是在与英格兰的战争中，西班牙无敌舰队受到重创。1588年西班牙无敌舰队的失败，被英美史学家夸大为英格兰取代西班牙成为全球霸主的转折点，但这不是史实。布罗代尔指出，这次失败并不能代表西班牙的衰落，其一是西班牙在此后还曾两次派遣舰队试图再次征服英格兰，其二是由于西班牙因为遭遇风暴而过早放弃了沿大西洋北上北海的航线。此时的西班牙正处于上升期，小小的挫折并未伤其筋骨，反倒是伊丽莎白一世因为这一场战役损失掉了多年积累的财富。对西班牙的另一打击是尼德兰的起义和独立。从1568年开始一直持续到1648年的战争，以及其间的三十年战争之后，西班牙的强国地位才随着《威斯特伐利亚和约》与《比利牛斯合约》的签订让给了法兰西。
从1556年继位到1598年去世，菲利普二世长达42年的统治结束之后，西班牙帝国开始走向衰落。历经三代之后，西班牙的哈布斯堡家族因为近亲结婚而以无嗣终结，身患多种遗传病的卡洛斯二世（即查理二世）最终于1700年无子而亡。西班牙陷入继承战争之中，欧洲各国以法兰西波旁王室为一方，以奥地利哈布斯堡王室为另一方，爆发了一场大战。最终，西班牙王权旁落至波旁王室。
而查理留给弟弟斐迪南一世的哈布斯堡分支情况另有不同。斐迪南一世于1558年正式在法兰克福加冕成为神圣罗马帝国皇帝，一方面维持着《奥格斯堡和约》给德意志带来的稳定，另一方面也小心维持着与奥斯曼帝国的和平。斐迪南一世在1562年组织的帝国皇位选举中，确保了自己的儿子马克西米利安二世继承皇位，查理的儿子菲利普二世没能因《家族和约》而被选帝侯们所承认。
1564年，斐迪南一世在维也纳去世，其子马克西米利安二世继承了帝国皇帝和匈牙利、波西米亚等王位。马克西米利安更倾向于支持新教，维持了其统治地区的相对和平。而到了鲁道夫二世统治时期，他并未能将斐迪南一世和马克西米利安二世的政策维持下去，反而发动新的十字军东征，向奥斯曼帝国发起进攻。这场“漫长的战争”让匈牙利发生了叛乱，随后波西米亚也爆发了争取宗教自由的运动，最终导致欧洲各国均被卷入的三十年战争爆发，使得德意志地区经济陷入倒退，皇权进一步被削弱。
18世纪，奥地利哈布斯堡家族又先后卷入了西班牙王位继承战争、波兰王位继承战争、奥地利领地继承战争，以及为争夺海外殖民地而爆发的七年战争等。此时他们对各个领地的控制权逐渐削弱，以至于无法保持对于德意志诸侯的压制。在此期间，德意志地区的普鲁士、汉诺威等邦国渐渐崛起，神圣罗马帝国皇帝此时已是徒有虚名。
西班牙王位继承战争失败后，哈布斯堡王朝在西班牙彻底终结，只保留下奥地利一脉，统治奥地利、匈牙利和波西米亚直到1740年，之后奥地利也爆发了继承战争。最后一任帝国皇帝、也是哈布斯堡家族最后一位男性统治者卡尔六世（即查理六世）死后无男嗣，其长女玛丽娅·特蕾西娅承袭了奥地利大公之位，玛丽娅之夫洛林公爵弗朗茨·斯蒂芬继承了神圣罗马帝国皇位。德意志地区的普鲁士、巴伐利亚和萨克森三个诸侯国，以及西班牙、法兰西、波兰等国均不支持弗朗茨和玛丽娅。历时七年的奥地利领地争夺战争结束之后，虽然是弗朗茨和玛丽娅一方获胜，但普鲁士已经崛起为能够与奥地利相抗衡的最具实力的诸侯。
此后，哈布斯堡-洛林王朝开始统治奥地利、匈牙利和波西米亚。拿破仑崛起后，逼迫皇帝弗朗茨二世放弃帝号，解散了存在了约一千年的神圣罗马帝国。帝国被一分为二，其中德意志地区加入了以普鲁士为首的莱茵邦联，而弗朗茨二世在拿破仑称帝后宣布建立奥地利帝国，理论上奥地利帝国的地位仍然高于德意志各邦国。因此，奥地利与普鲁士之间不可避免地于1866年爆发了为期两个月的普奥战争，最终由普鲁士完成了德意志的统一，与奥地利的地位相当。普奥战争后，奥地利帝国又改组为奥匈帝国，成为19世纪末和20世纪初期的欧洲强国，直到第一次世界大战之后因战败解体。奥地利、匈牙利等地分别成立了共和国，哈布斯堡家族的最后一任皇帝被迫离开了他们统治多年的领地奥地利，流亡海外。自此哈布斯堡帝国才算正式从历史上消失。
奥地利作家茨威格见证了这个历史的时刻。在《昨日的世界》一书中，茨威格不无悲缅地说道：
皇帝这个词对我们这些普通百姓来说是权力和财富的集中体现，是奥地利永存的象征。我们从孩提时起就学会了无比敬畏地说皇帝这个词，而现在我却眼望着他的继承人，奥地利最后一个皇帝被驱逐出自己的国家。代代相传了数百年的哈布斯堡皇室的光荣帝国，在这最后一分钟里寿终正寝了……每个人都露出送葬时那种悲哀窘迫的心情。延续了近千年的皇朝在这一瞬间宣告真正结束。我知道，我要回去的地方已是另一个奥地利，另一个世界。
参考文献
通史和断代史
1．威廉·麦克尼尔《世界史》和《西方文明史手册》是很好的阅读材料，海斯、穆恩和韦兰的《全球通史》部分地影响了笔者的史观。保罗·肯尼迪的《大国的兴衰》、威尔·杜兰特的《文明的故事》提供了诸多有趣的历史细节。一些章节资料也来自于“企鹅欧洲史”系列，不再一一列明。此外，爱德华·吉本的《罗马帝国衰亡史》中的观点，本书虽然多持批判态度，但不能否认这部著作的伟大。
2.15—16世纪的断代史主要参考了费尔南·布罗代尔的两部巨著《地中海与菲利普二世时代的地中海世界》和《15至18世纪的物质文明、经济和资本主义》，布罗代尔关于那个时代的人文、地理、经济等长时段的分析贡献了本书的大部分历史背景。
3．地中海及其周边地区的历史则以布雷斯特德的《地中海的衰落》、朱迪斯·M·本内特的《欧洲中世纪史》为主要参考。雅克·巴尔赞的《从黎明到衰落》提供了不少有用的观点。约翰·朱利叶斯·诺威奇所著的《地中海史》介绍了地中海周边国家的历史，作为一个业余作家，诺威奇的书中充满了有趣的野史资料，本书有关巴巴罗萨的活动大部分参考此书中的介绍。然而，此书中存在着一些基本的史实错误，对于查理的评价也失于公正。
地区史和国别史
4．彼得·弗兰科潘的《丝绸之路》是一部以反西方中心的视角审视历史的著作，能为我们带来很好的启迪。
5．神圣罗马帝国的历史主要以詹姆斯·布赖斯的《神圣罗马帝国》和彼得·威尔逊的《神圣罗马帝国1495—1806》两本书为参考。
6．东地中海地区的历史主要参阅了西蒙·蒙蒂菲奥里的《耶路撒冷三千年》，拜占庭的历史在本书中虽然着墨不多，但拉尔斯·布朗沃思的《拜占庭帝国》却是一部很好的补充阅读资料。
7．伯纳德·刘易斯的《历史上的阿拉伯人》和休·肯尼迪《大征服：阿拉伯帝国的崛起》为本书第十五章提供了史料。
8．帕特里克·贝尔福的《奥斯曼帝国六百年》是本书中奥斯曼土耳其帝国历史的主要资料来源。波斯（伊朗）的历史观点来自阿卜杜·侯赛因·扎林库伯的《波斯帝国史》，也辅以《剑桥伊朗史》的5—6卷作为哈布斯堡—波斯关系的资料来源。
9．查理与苏莱曼之间的战争参阅了James Reston，Defenders of the Faith: Christianity and Islam Battle for the Soul of Europe，1520-1536。
10．本书第十八章奥地利的历史参考了史蒂芬·贝莱尔的《奥地利史》和埃·普里斯特尔的《奥地利简史》。
11．马格里布和北非地区的历史参考了凯文·希林顿的《非洲史》和肯尼斯·帕金斯的《突尼斯史》，这两本著作为我们提供了北非与基督教世界战争和交往过程的基本资料，是对以西班牙、葡萄牙为中心历史叙述的重要补充。
12．西班牙历史参考了雷蒙德·卡尔的《西班牙史》，还有William D. Phillips和Carla Rahn Philips合著的A Concise History of Spain 。《西班牙简史》《黄金时代的西班牙》等著作都为本书提供了不少新鲜的视角。
13．关于葡萄牙历史和大航海时代，参考了查·爱·诺埃尔《葡萄牙史》，虽然出版于1952年，但书中的很多观点至今仍然值得参考。另一本值得阅读的是戴维·伯明翰的《葡萄牙史》，其对于16世纪之后的葡萄牙历史着墨较多，而对此前的历史只用了一个章节来叙述。葡萄牙对北非的征服和沿海的探索也参考了罗杰·克劳利的《征服者：葡萄牙帝国的崛起》。
14．林肯·佩恩的《海洋与文明》让我们能够从整个海洋史的角度看待欧洲的地理大发现和西班牙、葡萄牙大航海时代的历史地位，书中关于各航海民族的历史也提供了广阔的视野。
15．美洲的历史和欧洲殖民征服过程，本书以林恩·福斯特的《中美洲史》、本杰明·吉恩等的《拉丁美洲史：1900年以前》和菲格雷多等的《加勒比海地区史》为参考资料。
专题史
16．关于战争和武器的历史参考了迈克尔·霍华德的《欧洲历史上的战争》、阿彻·琼斯的《西方战争艺术》。芬纳的《统治史》则帮助我们从统治和治理的角度了解那个时代的战争。
17．约翰·赫伊津哈的《中世纪的衰落》、贡布里希的《艺术的故事》和海因里希·沃尔夫林的《文艺复兴与巴洛克》为本书艺术史及其背景提供了指导，尤其贡布里希的《艺术的故事》是笔者理解艺术史的精神指南。瓦萨里的四卷《意大利名人传》是了解文艺复兴时期艺术家很有用的材料。
18．宗教改革的部分与相关的查理的历史参考了托马斯·马丁·林赛的《宗教改革史》，《路德文集（第一卷）》、马克·格林格拉斯所著的《基督教欧洲的巨变：1517—1648》也为本书增添了宗教改革的细节内容。扬·胡斯的改革见威廉·M.马奥尼的《捷克和斯洛伐克史》。赖建诚和苏鹏元所著的《教堂经济学》为我们提供了别样的视角。
查理传记
19．查理的传记作品中，本书主要参考了Geoffrey Parker的Emperor: A New Life of Charles V，另外辅以Hugh Thomas的El Imperio Espa?a de Carlos V和Manuel Fernándezálvarez的Carlos V: El César y el homebre两本西语著作。英语著作中，T. M. Ragg在1928年所著的The Emperor Charles V和Edward Armstrong在1910年所著的The Emperor Charles V也提供了一些细节和资料。另外参考了约翰·朱利叶斯·诺威奇的Four Princes中的部分内容。Wim Blockmans和Nicolette Mout所编著的The World of Emperor Charles V提供了当代关于查理最新的一些研究进展。
20．家族史或者帝王、帝国史中，Benjamin Curtis的The Habsburgs: The History of A Dynasty还有John S. C. Abbott的History of the Habsburg Empire都是不错的参考资料。
其他人物传记和著作
21．其他人物传记及作品主要有马基雅维利的《君主论》、伊拉斯谟的《愚人颂》，茨威格的《一个古老的梦：伊拉斯谟传》，都是很不错的历史补充材料。
