伊莎贝拉登基
在塞哥维亚，伊莎贝拉得知恩里克四世死讯后，放声大哭，说自己感受到“极大的悲伤”。她的心情一定很复杂，因为尽管恩里克四世对她做了很多残酷的事情，兄妹俩的确有过真挚的感情。他是她最后一位活跃的近亲。她的父亲和弟弟阿方索均已去世；她的母亲尽管还在世，却神志不清，在公共生活中不能发挥任何作用。斐迪南远在阿拉贡，伊莎贝拉必须独自面对恩里克四世的死亡。他的去世是她一生中的一个重大转折。
然而，不管伊莎贝拉多么悲恸，似乎都已经为这消息做好了准备。她迅速开始采取行动。她的朋友们——比阿特丽斯·德·博瓦迪利亚及其丈夫安德烈斯·德·卡布雷拉、她的幼时教师贡萨洛·查孔及其外甥古铁雷·德·卡德纳斯——很快聚集到她周围。除了他们，塞哥维亚还无人知道国王驾崩的消息。伊莎贝拉的团队希望利用出其不意的因素，决定性地确立她的统治权，并迅速造成既成事实，以排除小胡安娜的竞争。几个小时内，伊莎贝拉及其盟友就开始落实计划。准备工作完成后，伊莎贝拉换上丧服，向王国各地发出书信，告知卡斯蒂利亚人民恩里克四世国王已经驾崩，并在城内准备葬礼。
恩里克四世死后的那一天，从早到晚都是风云激荡。塞哥维亚市民几十年后还记得这一天。上午10点，圣米迦勒教堂（塞哥维亚的主要教堂，距城堡约1/4英里）敲响了大钟；很快城内其他教堂也开始鸣钟，这刺耳的钟声传遍大街小巷。从上午11点开始，神父们在圣米迦勒教堂举行哀思弥撒。一切按照既定仪式举行，包括吟唱赞美诗、诵读经文、进行特定的祷告，信众做出回应等。仪式是用拉丁文进行的，由钟声和歌声伴奏，为了让亡魂安息，点燃了蜡烛。
11点半，仪式结束，官员和市民从教堂鱼贯而出，走上大街，聚集到中央广场。一位官员向群众呼喊，宣布恩里克四世国王驾崩，并且没有留下一个合法继承人，所以他的妹妹伊莎贝拉将继承王位。两名在恩里克四世病榻前见证他去世的人士公开确认，国王已死。
伊莎贝拉公主也参加了弥撒。仪式结束几个小时之后，她脱下黑色丧服，身穿光彩夺目的华服，佩戴黄金和珠宝首饰，再次出现。她走回同一座教堂，让大家宣布她为女王。她在短得让人惊讶的时间里，成功安排好了威风堂堂的象征性的权力交接。她显然为此已经准备了几个月。
很快，游行队伍走进广场。领头的是手捧伊莎贝拉和特拉斯塔马拉王族（伊莎贝拉和斐迪南都是该家族的成员）纹章的武士，然后跟着伊莎贝拉的忠实教师贡萨洛·查孔的外甥古铁雷·德·卡德纳斯。随后就是满身珠光宝气的公主，她骑着一匹乳白色的骏马，而不是像吉桑多公牛条约时那样骑着表示谦卑的骡子。她来到主广场，身边陪着乐师，鼓乐齐鸣。在圣米迦勒教堂门口，她登上阶梯，走到一处覆盖锦缎的平台上。
紧随她身后和陪伴在她身侧的有安德烈斯·德·卡布雷拉（恩里克四世信任的宝库管理人和塞哥维亚市市长）及其夫人比阿特丽斯·德·博瓦迪利亚。塞哥维亚主教（改宗犹太人）胡安·阿里亚斯·达维拉和其他一些市政官员和教士全部步行跟随女王的队伍。犹太人社区的一些成员也在队伍中，包括拉比亚伯拉罕·塞尼奥尔及其追随者，他们以此公开表达对公主成为女王的支持。根据一位公证人的记载，人群中还有教皇使节、一些骑士和贵族、一群圣方济各会与多明我会修士、塞哥维亚的巨商富贾和一大群普通市民，其中大多数市民都是羊毛制造业（本城的支柱产业）的雇员。
伊莎贝拉以响亮和清晰的嗓音向人群讲话。二十三岁的公主站在高台上，宣誓要捍卫教会和卡斯蒂利亚与莱昂人民。她右手按着《圣经》，以上帝之名发誓，要服从教会的训诫。她宣誓要促进人民的福祉，改善他们的生活，伸张正义，并保护贵族的特权。人群用传统的言辞向她宣誓效忠，表示接受她为统治者。
随后，官员们在她面前跪下，向她宣誓效忠，认可她为女王，并向她的丈夫斐迪南宣誓。卡布雷拉将城堡和宝库的钥匙交给伊莎贝拉，因为现在城堡和宝库属于她了。她又将钥匙还给卡布雷拉，请他保管。他向她宣誓效忠，承诺要妥善管理该地区的“各城堡与要塞”。伊莎贝拉很快奖赏了她的最亲密朋友卡布雷拉和查孔。按照伊莎贝拉的承诺，卡布雷拉和比阿特丽斯很快成为莫亚侯爵和侯爵夫人。查孔则被晋升为女王的幕僚长。女王的意思是很清楚的：在过去曾经忠诚对待她的人，将会得到伊莎贝拉女王的恩宠奖掖。
伊莎贝拉的四岁女儿被抬起，作为下一位王位继承人，展示给群众。这强调了卡斯蒂利亚当下和未来对女性继承权的认可。自乌拉卡（1109－1126年在位）和1217年的贝伦加利亚女王以来，卡斯蒂利亚与莱昂还不曾有一位独立统治的女王。近两百多年来，王位都是传承给男性的。现在伊莎贝拉成为君主，她的女儿成了王储。
伊莎贝拉女王是自行发布“宣言”、自立为王的，而不是按照卡斯蒂利亚的传统由国民推举为王。事实上，她是自己给自己加冕的。随后武士们呐喊道：“卡斯蒂利亚，卡斯蒂利亚，卡斯蒂利亚，无比尊贵、无比强大的公主，我们的女王伊莎贝拉万岁！无比尊贵、无比强大的国王，她的合法丈夫，堂斐迪南万岁！”据市民回忆，当时人群掌声雷动，鼓乐喧天，所有人都欢呼雀跃。
随后女王及其队伍返回了教堂，走进有穹顶的大门，人群跟在后面。她在主祭坛前跪下，然后匍匐在上帝面前。随后她站起身来，将王室的挂饰捧在手中，放在祭坛上，仿佛在献上祭品。尽管她表现得仿佛她的君权来自神授，但实际上她发动了一场政变。恩里克四世国王曾犹豫不决，不知道立谁为自己的继承人，但在他最后的五年里曾明确表示，要小胡安娜接替他成为统治者。现在没有人提起胡安娜的名字了。
自那一天起，历史学家就大感困惑，不知道卡斯蒂利亚与莱昂的合法统治者究竟是伊莎贝拉，还是胡安娜。或许胡安娜的确是国王的亲骨肉，如果这是真的，那么伊莎贝拉就是个篡位者。但胡安娜或许并非国王的孩子。无论如何，在这个日子，在塞哥维亚（恩里克四世及其两位妻子的婚姻时光大部分是在这里度过的），当地人民倾向于相信伊莎贝拉是卡斯蒂利亚与莱昂的真正的合法统治者。
伊莎贝拉女王走出教堂后，游行队伍又在她周围聚集。这一次，古铁雷·德·卡德纳斯骑马打头阵，举起一支宝剑，剑尖指向天空，象征主持正义。据帕伦西亚记载，人群震惊之下喃喃低语，因为这是第一次有一位女性宣示自己主持正义、施加惩罚的权力。伊莎贝拉有意识地选用男性气概的象征，后来在一些典礼场合，她也是这么做的。她甚至命人制作了一幅挂毯，描绘女王握着剑的形象，标题为《名望》。
这显然是一场精心策划的表演。用那种方式竖直地举起剑，这是一个“军事十字”的视觉符号。从登基的最初时刻起，伊莎贝拉女王就开始为自己打造一种形象：泰然自若、沉着冷静、光辉灿烂、神圣、血统高贵、得到上帝佑助。
她穿过城市，经过犹太人区的边缘，进入那座由摩尔人装饰的宫殿，即她的家。她骑马前进，周围簇拥着徒步的贵族，市政官员跟在后面。她威风凛凛地走过这座中世纪城市的蜿蜒街道，走向自己祖先的家园，即悬崖边上的要塞，以一位当世女性的身份在祖先雕像之间占据自己的位置。
她是独自登上王座的。她进入城堡，将它和城堡塔楼内储藏的金银财宝都据为己有，因为她是它们的合法主人。“当夜，她就住在这宫中”，一位塞哥维亚学者后来记载道。
◇◇◇
随后几天内，伊莎贝拉开始得到消息，国家其他地区的臣民对她的加冕做何反应。大主教阿方索·卡里略迅速宣布支持她，于是王国的主要教区托莱多的精神领袖就站到了她的阵营。卡里略还旅行到塞哥维亚，向她宣誓效忠。红衣主教佩德罗·冈萨雷斯·德·门多萨在将恩里克四世的遗体送到最后安息之所之后，也匆匆赶到伊莎贝拉女王身边。罗德里戈·博吉亚帮助门多萨当上红衣主教的努力在恩里克四世死后立刻结出了果实：门多萨当即宣布支持伊莎贝拉，而非胡安娜。
全国各地传来了消息。伊莎贝拉的自我加冕在北方得到赞扬，尤其在老卡斯蒂利亚，包括阿维拉、塞普尔韦达、巴利亚多利德、托尔德西利亚斯、托莱多和穆尔西亚。在安达卢西亚的基督徒控制区和埃斯特雷马杜拉，有人提出了一些质疑，因为那里的人们不是很了解伊莎贝拉。她显然需要尽快去那里，让大家感受到她的存在。加利西亚似乎处于叛乱边缘，但那里的局面也比王国其他地区更糟糕。
但是，给新政权造成最初两次危机的，是比较私人的问题。第一次危机是夫妻间的争吵威胁到了王国的稳定性；第二次危机是一个被抛弃的求婚者造成的。这些问题是在卡斯蒂利亚普遍而持续的社会紊乱、经济崩坏的大环境下爆发的。因此伊莎贝拉不得不同时处置许多难题。
首先是婚姻的危机。恩里克四世死后，伊莎贝拉并没有着急通知斐迪南。当时他正在自己家中，即阿拉贡王国的首都萨拉戈萨，距离塞哥维亚约175英里。历史学家约翰·爱德华兹写道：“她似乎并不着急希望丈夫到身边来。”她派了一名行动迟缓的信使去见斐迪南，通知恩里克四世的死讯，并建议他考虑阿拉贡的当前局势，自行斟酌如何决策。她没有敦促这名信使快速行动。她故意没有及时通知斐迪南来参加加冕典礼，就是为了断绝他自己索取卡斯蒂利亚王位的希望。
所以斐迪南一直到加冕礼好几天之后才得知了这一系列重大事件：国王驾崩，伊莎贝拉登基。他父亲的老友卡里略大主教派了一名信使火速给斐迪南通风报信，强调他必须立刻到卡斯蒂利亚。恩里克四世奄奄一息的时候，红衣主教门多萨也给斐迪南送了信，同样建议他迅速赶到塞哥维亚。
伊莎贝拉女王身边还有其他一些人也急于将新进展告诉国王。例如，古铁雷·德·卡德纳斯写信给斐迪南，天真地描述了自己在加冕礼上扮演的独特角色，即捧着正义之剑。斐迪南于12月21日收到了信，也就是塞哥维亚加冕礼的一周之后。他得知妻子独立登上了王位，不禁暴跳如雷。他立刻跳上马背，奔向塞哥维亚。
他对陪他从阿拉贡出发的编年史家帕伦西亚说：“我从未听说过，竟然有女人篡夺男性的特权。”帕伦西亚努力安慰国王，说她“毕竟只是个妇道人家”，等她认识到自己需要男性的保护之后，一定会重新考虑自己的行动。斐迪南身边的其他人更为不安；一位男性编年史家说，伊莎贝拉做的事情“有些阴险”。
斐迪南压抑自己的怒气，自我安慰说，伊莎贝拉一定只是一时糊涂。他告诉自己，等他到了塞哥维亚之后，她就会意识到自己做得太过分了，一定会顺从于他的权威。他对自己的床上功夫无比自信，相信一定能够凭这个让她服服帖帖。一位编年史家记载道，斐迪南“相信自己只要耐心，一定能够满足妻子的爱欲需求，那样就能轻松地克服妻子的顽固，那顽固是奸臣在他妻子心里撺掇起来的”。
斐迪南抵达时，伊莎贝拉已经独立执政两个多星期了，所以有时间细细考虑自己要对斐迪南采取什么样的立场。斐迪南也在争取时间。12月30日，他接近了塞哥维亚，但没有直接进城，而是在附近的图雷加诺要塞等待。伊莎贝拉及满朝文武为欢迎他的典礼做了安排。准备工作进行的时候，双方不断传递消息。
1月2日，斐迪南从塞哥维亚的大门进入城市，身穿奢华的皮毛和金线华服。伊莎贝拉女王没有亲自去迎接他，而是让一大群官员和教士，包括门多萨和卡里略，去迎接他，并打着华盖，将他护送到圣米迦勒教堂（也就是两周前伊莎贝拉登基的地点）门廊上。人们正式询问他，是否愿意以女王的丈夫的身份统治，他表示同意。塞哥维亚的市议员然后宣誓支持他，称“他们将服从和接纳殿下，因为殿下是我们的女王陛下的合法夫君”。
然后斐迪南在游行队伍的护送下来到城堡。伊莎贝拉在大门内等候。现在他俩的角色逆转了。掌控局面的人是她。现在他需要来拜见她，而不是她求见他。她遵循卡斯蒂利亚与莱昂历史上女王们立下的法律先例来行事，不过那些女王是几百年前统治的，她们的事迹主要是被记载在古老的编年史里。伊莎贝拉的登基被认为在理论上是可行的（人们相信女人有可能有能力独立统治），但在现实中仍然是惊世骇俗的，宫廷的男人们尤其感到震惊。男性主宰世界是自然而然的事情，就连伊莎贝拉的支持者对如何处置局面也有点困惑和糊涂。学者在史册中寻找女性君权的先例。伊莎贝拉的登基虽然不是史无前例的，但的确十分不寻常。
因此，伊莎贝拉的举动违反了西班牙的传统。对欧洲大陆其他地方的人来说，这更是令人瞠目结舌。学者努莉亚·西列拉斯－费尔南德斯写道：“欧洲各地的情况是相似的，女王一般只有在如下情况才能以丈夫的名义统治：国王亲自指定女王，并且有能力将自己的抉择强加于他的臣民。”
不过贝伦加利亚女王只统治了几个月，就将王权交给自己的儿子。只有乌拉卡（1109－1126年在位）统治的时间比较长。她结过婚，但婚姻后来破裂，于是她独立地统治国家。
学者特雷莎·艾伦菲特写道：“乌拉卡推翻了这样的观念：娶了女王的男人将自动分享妻子的国度的统治权。”
斐迪南的谋臣感到特别沮丧，努力去理解究竟发生了什么事。帕伦西亚说，这局面全怪那些“持续不断地怂恿”伊莎贝拉的人促使她产生“女人的……耍性子”。但事实似乎并非如此。伊莎贝拉是出于自己的原因，自行决定独自统治的。她不愿意冒险让斐迪南分享王权，从而造成不愉快的后果。或许她再也不信任他了。他长期远离卡斯蒂利亚，在伊莎贝拉需要他的时候却不肯回来，他的风流成性，肯定都让伊莎贝拉觉得他不靠谱。而且他也可能会企图将她排挤到继承体系之外。
夫妇终于见面时，双方都大发脾气，发生了一场“不愉快的争执”。正如她担心的那样，斐迪南及其亲戚认为他才应当是无可争议的统治者，因为他是伊莎贝拉父亲的血缘最近的仍然在世的男性亲属。他的一些支持者相信女人没有治国理政的能力。但伊莎贝拉及其支持者坚称，卡斯蒂利亚与莱昂由女王独自统治的历史很悠久，最突出的就是乌拉卡女王，她在12世纪初执掌王权。他们说，伊莎贝拉是卡斯蒂利亚国王胡安二世的直系后裔，斐迪南在卡斯蒂利亚王国的权力只能是源自他和伊莎贝拉的婚姻关系。换句话说，伊莎贝拉和斐迪南都觉得自己是合法统治者，对方只是统治者的配偶。
斐迪南大发雷霆，觉得自己受到了公开的羞辱，损害了他的男性气概。他宣布自己要回阿拉贡。伊莎贝拉恳求他留下，辩称，“她绝对不会有任何理由想要对她最亲爱的夫君造成哪怕是一丁点的羞辱。为了夫君的幸福和荣誉，她甘愿牺牲不仅是王位，还有她自己的健康”。她说，她“不愿意，也不能够与他分离”。
伊莎贝拉的婚姻真正陷入了危机，这种分歧有可能毁掉她的婚姻和她的王国。此时，她完全可能在压力下退缩，仅仅为了婚姻的和谐就将王国的控制权交给他。
她需要一个男人在自己身边，以克服她的性别造成的问题。历史学家詹娜·比安基尼在写到贝伦加利亚女王时说：“女性，即便那些很明显拥有王位继承权的女性，如果没有结婚，也很少被接受为君主。”
而且，为了确立伊莎贝拉的权威，她的婚姻必须要开花结果，所以她需要斐迪南。学者米丽娅姆·沙迪斯写道：“中世纪的女王之所以能够成为女王，是因为她是一位国王的妻子或女儿。但几乎不可避免的情况是，成功的女王必须是一位母亲。”
所以伊莎贝拉必须找到办法，保住自己与斐迪南的婚姻。所以，虽然她继续坚守自己的立场，但非常温柔和气。她努力抚慰斐迪南，最后他停止了反抗。她劝服了他，他俩的权力分割主要是表面上的，不是实质的；作为她的丈夫，他将享有个人权力和自治权。她指出，如果他反对她的统治权，那么他就损害了他们的独生女的权益。他还必须承认与伊莎贝拉签的婚前协议的有效性，他在协议中同意，他的身份将是女王的配偶，而不是国王。他当时在婚礼前的兴奋情绪中匆匆签署了协议，或许没有注意到这个条款的重要性。
伊莎贝拉用一种分享权力的协议，想办法安抚了他。托莱多大主教和塞维利亚大主教帮忙起草了一份新协定，称为《塞哥维亚协定》，给了斐迪南很少实权，但很多象征性的重要地位。伊莎贝拉仍然是卡斯蒂利亚的“主权女王”，她的孩子，而不是斐迪南与其他女人所生的孩子，将继承王位。但他们提议，在公文、宣言、钱币铭文中，将同时签署伊莎贝拉与斐迪南的名字，并且斐迪南的名字在前面。但卡斯蒂利亚与莱昂的主权以及任命官员和财政决定权都仅属于伊莎贝拉。
为了向世人展示夫妻的团结，他们拟定了一句箴言：Monta tanto, tanto monta。意思是伊莎贝拉和斐迪南两人一样，完全平等。这为斐迪南挽回了颜面，让他能够宣称，伊莎贝拉在他们婚姻余下时光里做的大部分事情，都有他的部分功劳。但这种平等只是表面上的，因为事实上，按照伊莎贝拉的盟友的说法，假如她不认可斐迪南写的文件，就对其加以修改，或者撕掉；而斐迪南的拉丁文很差，所以看不懂卡斯蒂利亚宫廷与其他国家元首之间的书信。而伊莎贝拉很快开始下大力气学习拉丁文，以便更好地掌握国际外交的语言，并要求她的女儿和侍女都一同听课学习。
但当斐迪南和伊莎贝拉不在一起的时候，他将享有与女王相同的权力，并有权代理她行事。《塞哥维亚协定》的谈判是在圣诞节期间进行的，随后五个月他一直在卡斯蒂利亚。这是自他们结婚第一年以来，他俩待在一起最久的时段。
伊莎贝拉坚持了自己的立场——卡斯蒂利亚的统治权将属于她，但她的做法损害了自己在史册中的形象。她在世的时候，地位比斐迪南优先，事实上她主宰着卡斯蒂利亚，而卡斯蒂利亚比阿拉贡幅员更辽阔也更重要。但名号的问题，即他的名字在她前面，产生了长期影响，因为他们后来被世人称为“斐迪南和伊莎贝拉”，这似乎暗示他处于主宰地位。西班牙语的特点更加剧了这个问题：在英语中，这对夫妻君主被称为国王与女王，而在西班牙语里，斐迪南和伊莎贝拉的名号是“国王”的复数，所以他们是“双王”。英语国家的人很容易误会卡斯蒂利亚的统治者是国王，而实际上是女王。伊莎贝拉在卡斯蒂利亚的女王地位在世界历史上非常罕见，以至于观察者与评论者似乎无法理解，一个女人居然能成为君主，于是他们坚持认为斐迪南是统治者，尽管事实并非如此。于是，在公文、远离伊比利亚半岛的外交圈子（那里得到的关于西班牙的消息都是二手的）和最终的历史书里，斐迪南的名字都被置于伊莎贝拉之前。后来，她的一些成就也被归功于他。
为了让丈夫开心，伊莎贝拉愿意做这样的妥协。在某些方面，斐迪南的确开心了。他还年轻，只有二十二岁左右，但已经非常玩世不恭，他可能意识到，只要世人觉得他有权，那么和他真正有权也差不多。
伊莎贝拉和斐迪南关于婚姻的漫长谈判与和解最终导致命运发生了另一个奇怪的扭转。当地的一名教士，多明我会修士托马斯·德·托尔克马达（他的叔叔是罗马的一位势力强大的红衣主教），在促成夫妻和解、达成联合统治协议的工作中发挥了重要作用。伊莎贝拉童年时见过托尔克马达，不过我们很难说他们之间有多少交集。她肯定认识他，因为他是王家圣十字修道院（多明我会的一座古老的修道院）的院长，在塞哥维亚是一位相当有地位的教士。托尔克马达和斐迪南很快发现，他们非常投缘；托尔克马达成了斐迪南最喜爱的忏悔神父和私人密友。德·托尔克马达很快开始陪伴国王在卡斯蒂利亚各地巡游，始终在御前，以至于其他官员都注意到了这一点。例如，1475年6月，斐迪南前往巴利亚多利德和布尔戈斯，将伊莎贝拉留在阿维拉。此行托尔克马达就陪在他身边。两个月后，托尔克马达和国王一起在巴利亚多利德；这年11月，他也和斐迪南一同旅行。1476年1月和2月，他又在国王的随员队伍中。这一年余下的时间里，他至少陪国王进行了两次长途旅行。
当时的婚姻很脆弱，所以夫妻俩通过特别恩宠托尔克马达（是他帮助他们在精神上、婚姻上和政治上合为一体），来突显自己的团结一心。他们下令扩建他的修道院，最重要的工程是给修道院建造了一座新的大门，以赞颂他们的和睦。这座大门装饰着大量象征他俩的精美符号，还带有Monta tanto，tanto monta的铭文，这是一个被大量运用的建筑主题。这是夫妻俩共同开展的第一项主要的建筑工程。大门纪念了他们登上卡斯蒂利亚王位的大事。他们还对最亲密的朋友安德烈斯·德·卡布雷拉和比阿特丽斯·德·博瓦迪利亚表现出极大的恩宠，在雕塑中给了他们突出的地位。在雄伟大门的正上方有一座被钉在十字架上的耶稣像，他脚下则是巴伦西亚的走遍天下讲道的修士文森特·费雷尔（如今已被封为圣徒）。在基督像之下是一幅场景画，中央是亚利马太的约瑟、圣母玛丽亚、婴孩耶稣和抹大拉的玛丽亚。但伊莎贝拉女王和她的朋友比阿特丽斯的石像就在耶稣一家的右侧，安德烈斯·德·卡布雷拉在左侧。用这种方式，伊莎贝拉和斐迪南告诉后人，比阿特丽斯·德·博瓦迪利亚、安德烈斯·德·卡布雷拉和托马斯·德·托尔克马达在他们掌权的过程中起到了重大作用。
伊莎贝拉女王肯定需要托尔克马达帮助她维持婚姻的稳定，因为有的时候分享权力的安排更像是表面文章，而不是实际。伊莎贝拉努力让大家都觉得斐迪南的地位极高，因为这有利于减少他们婚姻的摩擦，因为如果让一个男人貌似掌握主宰权，她的地位就更稳固。她确立自己为王国的唯一掌权者之后，就开始假装她是与丈夫合作统治的。女王的忏悔神父埃尔南·德·塔拉韦拉回忆说，她口述了王室命令，让他起草，并让他签名，仿佛这是两人共同的决策。她对他说：“签成‘国王和女王’。”
伊莎贝拉努力让世人相信，他们的婚姻非常幸福和谐，夫妻为了国家的福祉精诚合作。但许多证据表明，幸福的婚姻只是假象，也就是后人所说的“婚姻的虚构”。他们分开居住的时候，他的权威比他们生活在一起时更大。他常常旅行，往往是去和她相反的方向。
伊莎贝拉和斐迪南联合为内廷和行政幕僚任命官员。伊莎贝拉的多年好友贡萨洛·查孔被任命为财政大臣，古铁雷·德·卡德纳斯是副财政大臣。阿拉贡的加夫列尔·桑切斯被指派管理内廷财务。很多高级职位被交给了受过良好教育、才干得到证明的改宗犹太人，这些人是通过自己的才华获得职位的，而不是通过世袭。例如，卡斯蒂利亚人阿隆索·德·布尔戈斯是布尔戈斯一位前拉比的孙子，他担任宫廷的政治与宗教顾问和伊莎贝拉的忏悔神父。与伊莎贝拉同样亲近的安德烈斯·德·卡布雷拉也是改宗犹太人，他就是她的朋友比阿特丽斯·德·博瓦迪利亚的丈夫。
然而，就在伊莎贝拉与家族的一名成员缓和关系的同时，另一名成员却制造了难题。
◇◇◇
葡萄牙国王阿方索五世是伊莎贝拉的远房舅舅，还是恩里克四世的第二任妻子胡安娜王后的哥哥。他仍然觉得，伊莎贝拉与斐迪南私订终身，让他失去了伊莎贝拉和卡斯蒂利亚王位。在斐迪南和伊莎贝拉结婚后的四年中，阿方索五世威望日增。1471年，他赢得了一系列重大胜利，成功入侵北非的艾西拉和丹吉尔，控制了那里储量丰富的金矿。阿方索五世变得很富有。他是个虚荣而骄傲的人，用羊毛和丝绸挂毯来记载和宣扬自己的胜利。挂毯上画着他的军队潮水般翻越城墙、占领城市，将妇女儿童从家中驱赶出去。
在这些挂毯里，阿方索五世把自己的形象描绘得非常伟岸英武。画中，他和儿子若昂骑马位于战场中央，身披精美铠甲，身旁是黑压压的步兵。他在战场的实际表现远远没有图画中那么光荣。艾西拉的穆斯林想投降，阿方索五世与其进行停战谈判的时候，他那些受到肾上腺素刺激的士兵却自作主张地攻打城墙，而不愿意接受谈判得来的胜利。阿方索五世很快不得不加入混战，与士兵们一起冲上城墙。穆斯林守军措手不及，阿方索五世及其士兵屠杀了约2000名穆斯林，俘虏5000人，对一些居民躲避进去的清真寺发动了特别残酷的攻击。尽管基督教会禁止奴隶贸易，但阿方索五世有权将俘虏卖为奴隶，因为他从教皇尼古拉五世那里获得了特别许可，只要被卖的人是“撒拉森人、异教徒和其他不信基督的人”。
阿方索五世刚愎自用，鲁莽冲动，并且极其执拗。他曾设定某个日期为登陆日，但那一天黎明时乌云密布、狂风怒号，他仍然坚持要求部队冲上海滩。士兵们跟随他登上适航性很差的船只，一些船只被波涛吞没，或者在礁岩上撞得粉碎。这一天有约200名骑士和步兵溺死，他们的沉重装备把他们拖向海底。这个恐怖事件被记载到某张挂毯上，告诉大家，阿方索五世愿意付出昂贵的生命代价，来换取自己的光荣胜利。
因为阿方索五世惯于呼风唤雨，所以被伊莎贝拉“抛弃”（这是他的看法）后感到“特别恼火”。他可不是那种可以轻易忘记这种怠慢的人。现在伊莎贝拉的敌人找到办法，煽动他的旧恨，从中渔利。他们提议让他成为卡斯蒂利亚（葡萄牙的长期竞争对手）的国王。对他来说，卡斯蒂利亚是非常有价值的：它囊括了伊比利亚半岛的大约三分之二，而葡萄牙只相当于半岛的四分之一。阿方索五世因为近期在北非的胜利已经得意忘形，若再掌控卡斯蒂利亚与莱昂，那么他将成为欧洲最强大的君王之一。
伊莎贝拉的敌人甚至可以提出新的联姻，因为小胡安娜（已故的恩里克四世和他的葡萄牙裔王后的女儿）也对卡斯蒂利亚王位有权力主张，并且尚未婚嫁。胡安·帕切科（恩里克四世国王那位宠臣的儿子，与父亲同名）在父亲死后，控制了胡安娜公主。这位公主现年十三岁，被当作与葡萄牙国王阿方索五世联姻的棋子。伊莎贝拉和斐迪南也提出了自己的联姻建议，提议将斐迪南的妹妹（目前在阿拉贡）嫁给阿方索五世。
阿方索五世拒绝了这项提议，而要求伊莎贝拉和斐迪南退位，坚称他的外甥女小胡安娜才是真正的女王。伊莎贝拉回应说，现在那些鼓吹胡安娜有统治权的人，恰恰就是过去坚持说她是野种的人。
卡斯蒂利亚与葡萄牙的争端显然值得忧虑。但在统治的早期——此时她的加冕礼刚刚过了几个月，伊莎贝拉女王还有更优先的事务要处理。为了巩固对自己王国的权威，她用盛大排场来提高王室的地位，增强她的统治。她终于完全自由，并且拥有自己的资源，所以可以采纳奢华的穿着打扮了。斐迪南也是这样。他们的衣服里编织着金线，身上佩戴珠宝，身穿皮草。他们志得意满，衣锦还乡，重返自己之前去过的地方，接受群众的赞颂和崇拜。他们来到巴利亚多利德，他们曾在此地匆匆成婚，以逃避恩里克四世的卫兵和爪牙。但这一次，他们在这里受到了热烈欢迎，人们为他们举办了丰富多彩的聚会、比武大会、斗牛赛、盛大宴会和音乐演出，年轻人在这些场合表演了最时髦的舞蹈。
但两位君主得知阿方索五世的军队正在边境集结，打算入侵卡斯蒂利亚，于是庆祝活动戛然而止。小胡安娜指控伊莎贝拉毒死了她的父亲，非法窃取王位。葡萄牙国王阿方索五世决定帮助小胡安娜报仇，并夺取卡斯蒂利亚王位。
5月底，战争爆发了。阿方索五世率领超过1万步骑兵、200车补给物资、重型火炮和其他辎重，杀入卡斯蒂利亚国境。他大肆炫耀自己的财富，运来了大量黄金十字架、金币和有雕刻图案的银盘，以展示自己的优势力量和资源。“他一掷千金”地笼络卡斯蒂利亚贵族，希望他们接受他与外甥女胡安娜结婚，并成为他们的国王。舅舅与外甥女结婚需要教皇的特别许可，但国王仍然大力推动自己的计划。阿方索五世在埃斯特雷马杜拉（靠近葡萄牙边境）举办奢靡的庆祝活动，欢庆他与胡安娜的订婚和婚礼，然后又开始备战。
伊莎贝拉和斐迪南也在备战。她负责后勤，他领兵作战。这很快成为他们固定的合作模式。她激烈地敦促他奋勇杀敌，他几乎立刻率军出征。
伊莎贝拉命令国民将战火燃到葡萄牙，攻击葡萄牙大小城镇，而不是坐等葡萄牙军队杀到眼前。她在给全国的一封公开信中写道：“诸位知晓，葡萄牙国王堂阿方索及其军队入侵了卡斯蒂利亚，目标是挑起令人发指的暴行。”所以，她宣布，她已经命令堂阿方索·德·卡德纳斯“以血与火对付葡萄牙国王”，攻入他的王国，摧毁那里的城镇和村庄。她希望臣民拿起武器，保卫卡斯蒂利亚，以展现他们对王室的“古老而惯常的忠诚”。
随后是长达九个月的越境袭掠，战线不断转移。伊莎贝拉和斐迪南的动员速度相当快，但还是占下风，因为阿方索五世享有盛誉，是一位久经沙场、老谋深算的老将。战局对伊莎贝拉和斐迪南非常不利。在这场所谓“1475－1479年战争”中，卡斯蒂利亚的权贵不得不再一次选择阵营。很多权贵仍然忠于伊莎贝拉，而其他一些人比较暧昧，还有一位重要的前盟友——反复无常的托莱多大主教阿方索·卡里略干脆叛变投敌了。这位势力强大的高级教士对斐迪南和伊莎贝拉渐渐怨恨起来。斐迪南对他不够尊重，让他恼火；而且斐迪南和伊莎贝拉逐渐越来越多地和他的竞争对手门多萨（他夺走了卡里略的红衣主教位置）合作，也让他不爽；而且为了炼金术士的事情，他还和伊莎贝拉发生了令人窘迫的公开冲突。如今，伊莎贝拉最需要卡里略帮助和支持的时候，他背叛了她。
伊莎贝拉骑马来到卡里略的要塞，希望他能帮忙防御外敌。然而大主教通过一名信使粗暴地通知她，他已经改换了阵营。他对自己的仆人说：“如果女王从一扇门进来，我就从另一扇出去。”她被这骤然的形势逆转震惊了，因为卡里略大主教在将近十年里一直是她的盟友。有观察者说她跪了下来，向上帝祷告，感到自己孤立无援。自从她和卡里略大主教一起支持她的弟弟阿方索王子以来，大主教就一直在她身边，如今他的背叛对她伤害极深。
但她到人生的这个阶段已经体验了许多失望，所以她像往常一样，很快重整旗鼓，继续前进。她大力笼络叛变的贵族，表示只要他们放下武器，就宽恕和奖赏他们。在不到一年的时间里，她的努力收到了成效，大局开始向她的方向扭转。阿方索五世不得不将军队撤离卡斯蒂利亚，以保卫葡萄牙境内的遭到伊莎贝拉攻击的各城市。
1476年3月1日，在规模很大的托罗战役中，双方终于发生了大决战。葡萄牙军队的指挥官是阿方索五世、他的二十一岁儿子若昂王子和反戈一击的托莱多大主教卡里略。另一方是伊莎贝拉的军队，指挥官是斐迪南、阿尔瓦公爵、红衣主教门多萨和其他的卡斯蒂利亚贵族。当天雾气弥漫、大雨瓢泼，战场血腥而混乱，爆发了激烈的肉搏战。这一天有数百人，可能多达一千人阵亡。死亡的葡萄牙人当中有些不是战死的，而是在黑暗与混乱中溺死在杜罗河。
我们很难准确地了解当时的战局，因为葡萄牙和卡斯蒂利亚的记载不同。若昂王子指挥的部队打赢了他们那部分的战斗；斐迪南国王指挥的部队打赢了另一部分的战斗。但最能说明问题的，是阿方索五世率领溃败的军队逃离了战场。卡斯蒂利亚人缴获了他的战旗，即葡萄牙王旗。一位名叫杜阿尔特·德·阿尔梅达的葡萄牙勇士努力夺回王旗，但失败了。德·阿尔梅达用右臂举着王旗，对方砍断了他的右臂，于是他将王旗转移到左臂，坚持战斗。然后他的左臂也被砍断，于是他用牙咬着王旗，直到最后牺牲。不过葡萄牙人后来收复了王旗。
此役的结局没有决定性。但伊莎贝拉运用天才的政治宣传手段，将此役描绘为卡斯蒂利亚的辉煌胜利。双方其实互有胜负，但在卡斯蒂利亚，斐迪南被追捧为胜利者，而阿方索五世被描绘为怯懦的败军之将和笑柄。按照中世纪的习惯，抢占敌人军旗也算是胜利。伊莎贝拉宣布这是上帝的意愿和对他们统治的佑护。在托尔德西利亚斯的圣保罗修道院，冬季寒风中，她赤足行走，向上帝感恩，并起誓在托莱多建造一座修道院和教堂，以永久纪念此次胜利。
操控国民对战役的观感，比战役实际的结果更能有力地影响民意，最终让他们相信政府宣传的版本。一群研究了此次战役及其后果的西班牙历史学家写道：“托罗战役不是军事胜利，而是政治胜利，所以它是一个决定性事件，因为它结束了卡斯蒂利亚的内战，有利于天主教双王。”
但和平并没有很快降临，而是在随后四年里渐渐促成的，双方还蒙受了一些生命损失。战争直到1479年才正式结束，伊莎贝拉直接与她的葡萄牙姨母比阿特丽斯（伊莎贝拉母亲的妹妹）谈判，缔结了和约。这些谈判的级别很高，因为他们代表着家族的关系。比阿特丽斯是阿方索五世的堂姐，也是若昂王子的岳母，所以与战争双方都既是血亲又是姻亲。她是个非常睿智的女人，就像她的母亲（即伊莎贝拉的外祖母）一样。最终大家都同意遵守她制定的和平条件，以解决争端。
战争的第一年之后，阿方索五世本人就不再参战。不过由于他原本享有极高的军事声誉和地位，所以打成平手的托罗战役对他仍然是一次可耻的失败。他有些沮丧，寻求法兰西的增援和支持，在那里待了一年，恳求法兰西出兵，但完全是白费工夫。他逐渐认识到，不讲信誉的路易十一国王在考虑将他转交给斐迪南。他开始计划乔装打扮，逃离法兰西，路易十一羞愧地命令安排船只送这位受辱的国王回国。阿方索五世回到葡萄牙，与儿子若昂分享权力，后者使用了“若昂二世国王”的头衔。阿方索五世于1481年在一家修道院去世。他曾轻蔑地把斐迪南和伊莎贝拉视为不过是任性的黄口小儿，最后却被他们打得一败涂地。年轻的若昂二世国王接受了停战协定，但满腹怨恨，继续敌视伊莎贝拉女王。她则在卡斯蒂利亚警惕地观察他的动向。
小胡安娜的生活也垮掉了。她的父亲恩里克四世国王（如果真的是她父亲的话）没有为她的未来做有效的保障。她的母亲胡安娜王后，即恩里克四世的妻子，后来又生了两个私生子，于1475年在马德里去世，享年只有三十六岁，死因不明。她给自己曾经非常骄傲的兄长葡萄牙国王阿方索五世丢尽了脸，后者为了支持她女儿的事业和捍卫家族荣誉所做的努力酿成了凄惨的大祸。“有人说她是被兄长毒死的……也有人说她是因为企图堕胎而死的，”学者南希·F. 马里诺写道，“她死的时候，无人为她哀哭。”
母亲死了，丈夫阿方索五世又跑到法兰西，抛弃了她，小胡安娜孤苦伶仃。伊莎贝拉与比阿特丽斯商定的停战协定给了胡安娜进入女修院的选择，她同意了，要么是自意当修女，要么是因为相信自己别无选择。战争爆发四年后，胡安娜进入了葡萄牙科英布拉的圣克拉拉女修院，后来搬到圣乔治城堡。她始终没有放弃自己的信念，即她才是合法的女王，毕生都用“我，女王”来给书信签名。但她深居简出，没有给任何人制造麻烦，似乎一直过着正常生活，直到1530年去世。
伊莎贝拉有没有篡夺胡安娜的王位，取代她成为女王？小胡安娜可能真的是恩里克四世的女儿，理应成为女王。但她母亲的放荡成性肯定让人怀疑小胡安娜的合法性。恩里克四世自己的性行为也招致更多质疑。
在三十四年的成年生涯中，恩里克四世度过了二十年的婚姻，先是娶了布兰卡，然后是胡安娜，却没有生出别的孩子来，不管是合法的还是私生子。与他同时代的其他君主，生的孩子比他多得多。英格兰国王爱德华四世有十个合法儿女，可能还有五个私生子；马克西米利安一世有两个合法孩子，十二个私生子；作为红衣主教，罗德里戈·博吉亚理应守贞，却有四到八个孩子。法兰西国王路易十一至少有八个孩子；阿方索五世至少有五个儿女。很多女人若能为国王生孩子，一定会感到万分荣幸。我们简直可以肯定，恩里克四世国王有某种生殖系统疾病，他的医生也认为他不育。如果他是同性恋，那么可能对女性也有很低程度的性欲。
伊莎贝拉对这些情况知晓多少？或许很多。她曾作为胡安娜王后的侍女，在宫廷生活，所以能够直接地、近距离地、全天候地与年轻的王后接触。她可能亲眼看到过一些事情，因此确信小胡安娜不是恩里克四世的骨肉。
或许，伊莎贝拉对胡安娜的合法性不能百分之百确定，但相信自己是上天注定要统治国家，国家也需要她的统治。她显然对王国的许多问题高度关注和尽心尽责，登基之后就立刻开始处置近几十年来持续恶化的许多亟待解决的问题。没有任何迹象表明胡安娜对广大公民有任何责任感。
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不管伊莎贝拉女王登基是否具有合法性或最终的正当性，葡萄牙的威胁开始消散之后，她就将全副精力转向卡斯蒂利亚面对的问题。1476年4月，她召开了她的第一次行政议事会，即国会。她面临着令人生畏的巨大挑战。王国的货币贬值，财政一团糟，消费者遭到欺骗，犯罪分子猖獗而有恃无恐。她开始努力解决这些问题，没过多久就取得了一些了不起的成功。
她恢复了武装民兵的旧制度，即所谓“神圣兄弟会”。神圣兄弟会其实就是各城镇授权的执法武装力量，任务是抓捕罪犯。这些神圣兄弟会单位的开销由各城镇承担，很快被组织成一种独立的、向王室负责的民兵，得到训练，负责维持治安，听命于卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉。伊莎贝拉亲自主持了很多审判。有些批评者或许会质疑，被指控的犯罪嫌疑人在遭到草草的判决（最高惩罚是死刑）之前，有没有受到正当程序的审判。但大多数人很感激，因为在几十年的无法无天之后，治安终于得到了恢复。
伊莎贝拉还调整了御前议事会的人员构成。在她兄长当政期间，御前议事会被贵族主宰。她的新议事会里有三名贵族和九名律师。议事会的领导人是一位教士；她早期的人选之一是改宗犹太人阿方索·德·布尔戈斯。通过这种手段，她提高了政府管理的专业化程度，培养了一个官僚系统，其成员为受过教育的精英人士，凭借功绩而非高贵的出身得到任命。她常选择改宗犹太人担任要职，这凸显了从中世纪的管理原则转变为近代化的原则。这种做法也鼓励更多犹太人看到皈依基督教的好处。
她还对教会进行了新的审查。她鼓励学术，重视教士的教育，并努力涤荡教会的腐败。在整个基督教世界，教会的腐败都越来越引人关注。
伊莎贝拉女王努力处置各式各样问题的时候，她的盟友们关切地观察着她。改宗犹太人廷臣埃尔南多·德尔·普尔加尔在给西班牙驻罗马大使的信中写道，她“太年轻”，就承担起了管理“这么桀骜不驯”的民族的重任，“每个钟头都在听取这么多建议、这么多信息，而且它们互相矛盾……包含那些让普通人的耳朵难以分辨的弄虚作假的言辞”。他补充道，犯罪非常普遍和猖獗，所以她不得不肩负这些重担，因为“由于缺乏司法，国家面临遭到永久天罚的威胁”。
