异端裁判所的建立者
这些岁月里，所有人心中都充满宗教仇恨，穆斯林和基督徒在西班牙与东欧兵戎相见。双方都自我辩护，称自己的行动是为了敬奉神。伊莎贝拉女王建立了一个教会与政府合作的机构，称为异端裁判所。
异端裁判所的镇压对象是那些正式自称为基督徒，但其行为让其他人怀疑他们的信仰不真诚的人。伊莎贝拉在世时，异端裁判所的主要迫害对象是改宗犹太人，即公开皈依基督教、自称为基督徒的犹太人。起初，穆斯林和犹太人并不是异端裁判所的目标。它的任务是揭露不诚心的伪基督徒，对其加以矫正；如果他们不思悔改，就会被处以火刑，这是对异端罪的传统刑罚。但伊莎贝拉和斐迪南后来觉得，他们国境内的犹太人会诱导改宗犹太人，于是决定强迫西班牙的所有犹太人改信基督教。不接受洗礼的犹太人被驱逐出境。后来，穆斯林也遭到迫害，尽管两位君主在接受格拉纳达投降时曾特别承诺，允许他们保留自己的信仰。上述的两项政策都让心不甘情不愿的基督徒越来越多，他们将受到异端裁判所的审判。
我们知道，女王于1477年在塞维利亚的时候，第一次考虑建立异端裁判所。她于1480年，也就是土耳其人占领奥特朗托、西班牙与格拉纳达的战争即将爆发的那年，正式建立了异端裁判所。她这么做其实并不非常情愿，而是受到塞维利亚和其他地方的教士的强烈敦促。教士们告诉她，安达卢西亚的改宗犹太人当中异端蔓延，危害人的灵魂，并且损害了国家安全。因此西班牙异端裁判所的起源部分是由于战时的紧张气氛，因为在这个时期，人们互相猜忌，不可靠的忠诚比平时更难以得到宽容。但事实证明异端裁判所是一种政府压迫与控制人民的极其有效的工具，所以它作为一个机构，存在了三百多年。历代君主因此得到了一种方便的手段，去镇压敌人，并惩罚主流社会不认可的种种“不和谐”行为。
它的最早一批牺牲品是犹太人出身的基督徒，他们仍然遵守一些犹太教的习俗，这被称为“犹太化”，所以很难判断他们是否真诚地皈依了基督教。但后来，同性恋者、穆斯林出身的人、新教徒、离婚的人，全都受到同样的审查。反政府人士或者被指控有各种不合常规思想的人，也都成为异端裁判所的猎物。
不过，西班牙异端裁判所（也称宗教法庭）受到了广大群众的欢迎，因为他们相信，这种机构是有必要存在的。在多年内乱和动荡之后，很多人看到出现了一个强有力的中央集权的专制政府，并且在消灭社会不和谐现象，感到很高兴。西班牙人渐渐变得非常珍视宗教正统。偏执的人，甚至心胸狭隘和书生气的普通人，是异端裁判所最热忱的拥护者。它的牺牲品或潜在牺牲品，对它既恨又怕。用历史学家亨利·卡门的话说，它成了“西班牙土地上一种标准的现象”。
没有人能说得准，伊莎贝拉在建立异端裁判所的时候，究竟是怎么想的。也没有人能说得准，究竟有多少人受到了它的影响。研究异端裁判所的学者常常带入了自己的偏见。异端裁判所常常出现在文学作品中，以至于真相和大家的观感已经混为一谈，难以厘清。英格兰的宣传家以异端裁判所的存在为证据，称自己的王国在道德上比西班牙优越，尽管英格兰政府也在残酷地镇压国内的宗教少数派。据说奥斯曼苏丹巴耶济德二世曾严厉谴责异端裁判所，尽管不久前奥斯曼帝国屠杀了数万名自己国内的异端分子，即那些信奉伊斯兰教什叶派一种神秘主义的苏非派别而不信政府规定的逊尼派教义的人。换句话说，宗教压迫不是什么新鲜事，也绝不是西班牙独有的。
近几十年来，数百名学者仔细研读了异端裁判所留存至今的文献残篇。历史学家曾相信，被火刑处死的人数量极多，但近期的研究对此提出了质疑。学术界对实际死亡人数的估计大大缩小了。数十万人被异端裁判所处死的说法已经被证明是错误的。
但毋庸置疑的是，伊莎贝拉在位期间，有很多人被火刑处死，可能至少有1000人，或者多达2000人。例如，在宗教首都托莱多，伊莎贝拉在世期间，宗教法官处死了168人。该地区有约85人受审但最后被无罪释放。还有120人被缺席审判，因为他们已经逃亡或者死去。死亡数字之所以能够判断，是因为宗教法官常常运用异端裁判所的文献机制为证据，审判那些已经过世的人，然后焚烧死者的骨骸。逃跑的人会被缺席审判，然后会制作他们的肖像并烧毁，就像伊莎贝拉的两兄弟争夺王位期间，在阿维拉，恩里克四世国王的木偶般的肖像被象征性地废黜一样。在那个时代，用蜡、木料或布制作的人像被认为具有仪式上的意义。
西班牙异端裁判所不是斐迪南和伊莎贝拉原创的新主意。在有文字记载的历史的大部分阶段，在政教分离的概念被发明之前，政府和宗教是密不可分的。在大多数文化中，反对宗教教义，就等同于挑战政治权威。因此异端裁判所作为一种机构，有很深的根源和早就规定好的规则，只不过西班牙人为其引入了一些创新的特点。
异端裁判所的指导原则是，不遵守宗教与政治常规等于叛国。在伊莎贝拉的时代，教会和国家是一体的，宗教权威与世俗权力是融合起来的。对宗教正统的威胁，就是对政治统治集团的威胁。君主们相信，他们之所以登上王位，是因为上帝的意志。质疑上帝，就等于是质疑君主的政治合法性。另外，国王和女王也要负责监管臣民的生活和灵魂。国王和女王若不能铲除异端，他们自己的灵魂也有危险。
异端裁判所这个词（inquisition）源自拉丁语inquisitio，字面意思是“调查”。西班牙异端裁判所遵循的是特定的罗马法。例如，罗马人允许刑讯逼供，因为他们相信大多数罪犯不会主动承认自己的罪行，因为那样他们就会受罚。但罗马人知道，刑讯得来的口供往往不可靠，因此他们要求官员在获得供词之后还要从嫌疑人那里得到说明，证实嫌疑人的供词是在刑讯之下得来的。罗马皇帝们发现刑讯逼供是达到他们自己目的的有效办法。历史学家卢·安·霍姆扎写道，在后来的岁月里，“刑讯逼供的做法也变得更普遍……尤其在叛国案中”。刑讯逼供在西班牙也成了一种司空见惯的执法手段：受害者被处以水刑（口中被泼入大量的水，使其有被溺死的痛苦感觉），或者被吊在房梁上，使肩膀脱臼。
一些国王和教皇曾用异端裁判的手段来镇压各种各样的异端分子。火刑则是对异端分子的传统刑罚。例如圣女贞德因为女扮男装，被判违背了教会的规矩，于是被烧死。西班牙人收复格拉纳达时发现的九名改信伊斯兰教的前基督徒被认为是叛教者，于是被判死刑。
在伊莎贝拉时代之前规模最大的一次镇压异端的事件发生在12世纪初到14世纪初，迫害对象是西欧流行的一种基督教分裂派别，称为清洁派。清洁派不遵守教会正统的表现是，他们允许女性成为教会领袖，批评梵蒂冈与教会统治集团的腐化堕落，并遵循一种特别的使得他们非常瘦的饮食规矩。他们说，他们的信仰让他们非常特别；他们自称“完美者”。1234年，教皇英诺森三世批准对清洁派进行镇压，并处死不肯放弃自己信念的人。仅在1244年3月的一天，法兰西就有约两百名清洁派成员被烧死。那些不愿意为了自己的非正统思想牺牲的人假装改过自新，转入地下。
那个时代没有“疑罪从无”的原则。嫌疑人被简单地推断有罪。在这次宗教镇压之下，那些被指控有非正统行为但认罪的人得到了原谅，但还是受到了一些惩罚：他们被强迫戴一顶尖顶帽或穿特殊的衬衫，或者被强迫光着脚或裸体行走，或者以其他方式表示悔罪。那些认罪之后又恢复原先异端思想的人，会被处以死刑。
异端裁判所的体制鼓励人们互相检举揭发。告密者可以匿名揭发思想可疑的人。被揭发者的一些貌似无辜的行为可能被人指控是对基督教信仰不真诚，比如避免吃猪肉、在犹太教的安息日穿干净衣服，或者在犹太教的节日点蜡烛。事实证明，很多人愿意秘密告发自己的朋友、雇主和熟人。恣意检举他人而无须承担个人风险，这让人性最丑恶的一面暴露了出来。
根据这些检举，很多人被投入监狱，有的遭到毒刑拷打，直到认罪。如果他们真心实意地认罪，那么可能逃过死刑，得到有限的惩罚。但如果他们故态复萌或者他们的异端思想被认为是冥顽不灵的，那么教会官员会将他们交给政府官员，由后者执行死刑。这样惨无人道的不公，如何在西班牙猛烈地爆发出来？这个复杂而自相矛盾的问题的答案，要追溯到基督教的起源。耶稣的教导是基督教的基础，但他自己是个犹太人。他在犹太地区被罗马官员处死，犹太人的领袖默许了罗马人的行动，因为他们可能害怕他不合常规的传道会给他们惹上麻烦，得罪统治他们的罗马人；也可能他们认为耶稣的行为挑战了他们自己的权威。关于这些事件，世俗历史的记载极少，但它们对基督徒来说是一项核心信条。
1世纪的犹太人有很好的理由对罗马人感到担忧，并努力用自己的办法来维持秩序，因为耶稣去世几十年后，犹太人因为另一次叛乱而被从犹太家园驱逐出去。一些犹太人迁往西班牙，这是罗马帝国的一个重要部分，此时已经有一些犹太人在那里安家落户了。到伊莎贝拉的时代，一些犹太人家族在伊比利亚半岛已经生活了1500多年。
希伯来历史学家和金融家以撒·阿布拉瓦内尔是异端裁判所时期伊比利亚半岛最有影响的犹太人之一。他写道，他的家族在以色列的第二圣殿时期就生活在塞维利亚了。第二圣殿于公元70年被摧毁之后，更多犹太人来到伊比利亚半岛。据一位学者记载，在“烈火将美丽的耶路撒冷化为灰烬”之后的时期，有的犹太人去了巴比伦，有的去了埃及，但“最显赫的家族去了西班牙，其中有便雅悯和犹大支派的残部，大卫王家族的后裔”。事实上，作为敬语的“堂”可能源自希伯来语的“adon”一词，意思是“君主或主人”，不过也有人说“堂”的词源是拉丁语dominus（主人）。
背井离乡的犹太人在罗马帝国统治下的西班牙繁荣昌盛起来，有些犹太人成为多个文化领域（包括哲学、医学、文学、天文学和科学）的伟大学者。罗马帝国灭亡后，他们在西哥特人统治时期经历了一个受压迫的时代，但并没有被逐出自己几百年来的家园。他们与穆斯林结盟，得以维持舒适的生活，于约公元1000年前后，在高度文明的科尔多瓦达到了一个文化巅峰。很多犹太人说阿拉伯语，越来越习惯阿拉伯人的风俗。但是，犹太人与阿拉伯人的亲密关系使得基督徒非常猜疑他们，因为西班牙的天主教徒还保留着这样的文化记忆：犹太人曾帮助穆斯林征服伊比利亚半岛。
在伊斯兰教主宰伊比利亚半岛的几个世纪里，犹太人被迫向穆斯林缴纳特殊赋税，并服从一些专门针对他们的法规，以换取穆斯林的宽容。他们的生活并非完全安宁，因为伊斯兰宗教狂热不时掀起狂潮。例如，1068年12月，格拉纳达的一群穆斯林暴民屠杀了约1500户犹太人。基督徒逐渐从穆斯林手中收复半岛的土地，而犹太人也不时地遭到基督徒的迫害。犹太人常常被困在互相杀伐的基督徒和穆斯林之间，只得尽可能随机应变，努力生存下去。
在这些世纪里，西班牙王室一般认为自己有法律上和道德上的责任去保护犹太人。由于历史悠久的仇恨的存在，王室很难始终如一地贯彻这项政策。1391年，伊莎贝拉出生的大约六十年前，声势越来越浩大的基督教狂热浪潮开始针对犹太人。反犹的传道者在王国各地漫游，发表气势汹汹的演说，大谈耶稣的受难，警示犹太教的威胁，并怂恿暴民攻击犹太人、摧毁犹太会堂。许多人因此丧命，数千名犹太人被迫改信基督教，犹太会堂被改为基督教堂。这场暴力活动的中心是塞维利亚。此后，塞维利亚成了许多为了生存而改信基督教的犹太人的家园。其他一些犹太人家族，如阿布拉瓦内尔家族，为了逃避迫害，迁往葡萄牙。也有一些人迁往格拉纳达或北非。许多家庭因此妻离子散：有的人接受了洗礼，有的人勇敢地坚持自己的犹太教信仰。1411年，又一轮猛烈的传教运动迫使大批犹太人改宗。
反犹的狂热活动发生的时期，一般是中央政府虚弱的时期。例如，1391年的反犹迫害运动，发生在十一岁的恩里克三世国王（绰号“病恹恹的恩里克”或“软弱的恩里克”）登基之后的那一年。他尝试惩罚那些迫害犹太人的凶手，但不得不屈服于政治压力，允许对犹太人施加新的限制。伊莎贝拉登基的时候，在西班牙的犹太人总数已经下降到约8万人，而基督徒人口为约600万。
于1391年和1411年被强迫改信基督教的犹太人被允许摈弃被强迫许下的誓言。危险消散之后，他们可以恢复犹太教信仰，而不必担心更多迫害。但出于种种原因，一些改宗犹太人选择继续信奉基督教。有的人是真心实意皈依的。有些人觉得，改宗之后，就能得到许多职业和机遇，而这些好处是非基督徒无法得到的。所以这些人是为了方便起见才皈依基督教的。结果就是，在伊莎贝拉在世期间，有很多老年人，孩提时代是犹太教徒，后来改信基督教。这些人，以及他们的孩子，被称为改宗犹太人。这样的人有数万人，其中很多游走于两个世界之间。
1390年之后，很多改宗犹太人在政府获得了报酬丰厚、影响力很强的职位。他们在经济上和职业上的成功，激起了许多基督徒的嫉妒。在过去，很多职位几乎可以自动地从基督徒父亲传给儿子，如今他们却要面对改宗犹太人的竞争。
改宗犹太人还进入了教会，成为神父和主教。不足为奇的是，人们担心有基督教信仰并不纯粹的人获得教职，去负责照管基督徒的灵魂。据研究异端裁判所的历史学家亨利·卡门说，在卡斯蒂利亚，在伊莎贝拉在世期间，至少有四名主教是改宗犹太人，在梵蒂冈代表西班牙人的红衣主教胡安·德·托尔克马达也是。
异端裁判所的鼓吹者当中肯定有反犹主义的情绪。但西班牙的局势比北欧和东欧那种明目张胆的偏执更为微妙和复杂。一般来讲，在卡斯蒂利亚，基督徒和犹太人的关系比欧洲大陆其他地方要好。1296年，犹太人被逐出英格兰；1394年，被逐出法兰西。但伊比利亚半岛没有发生这样的事情，英格兰和法兰西的很多犹太人难民定居到了伊比利亚半岛。在那里，犹太人和基督徒之间存在亲近关系，数百年来世代为邻。
没有证据表明伊莎贝拉是个反犹主义者。她和一些犹太教徒有亲密和友好的关系。其中之一是卡斯蒂利亚最有名的拉比，来自塞哥维亚的亚伯拉罕·塞尼奥尔，他是女王的长期支持者。另外，以撒·阿布拉瓦内尔（他的家族在伊比利亚半岛生活了一千多年）担任女王和她的葡萄牙亲戚的财政顾问。他们的家族已经合作了多年。卡斯蒂利亚王位继承战争之后，葡萄牙国王若昂二世开始迫害在葡萄牙境内的伊莎贝拉的亲戚，阿布拉瓦内尔不得不逃离葡萄牙，随后返回卡斯蒂利亚，得到信任。由于同样的原因，伊莎贝拉的亲戚也在同一时期逃离葡萄牙，来到卡斯蒂利亚。到1491年，阿布拉瓦内尔已经成为女王的私人财政代表。
女王还很依赖一些犹太血统人士的辅佐。她身边有很多改宗犹太人。她的忏悔神父埃尔南·德·塔拉韦拉就是改宗犹太人。她雇来记载她的朝代历史的人编年史家埃尔南多·德尔·普尔加尔，也是改宗犹太人。塞哥维亚的司库安德烈斯·德·卡布雷拉也是改宗犹太人，他对女王的极大贡献被刻画在石刻雕塑上，永垂青史。
而且她的亲人可能也有犹太血统。西班牙犹太人相信，伊莎贝拉的丈夫斐迪南的母亲是改宗犹太人的后代。据拉比埃利亚胡·卡普萨利记载，他与多位塞法迪犹太人交流过，他们都相信斐迪南的卡斯蒂利亚外曾祖父阿隆索·恩里克斯曾爱上一位美丽的犹太少妇，名叫帕洛玛。两人有了私情，生了个儿子。这孩子很可爱，于是恩里克斯将他带到自己家中，和自己的其他儿女一起抚养长大。这个孩子就是后来的卡斯蒂利亚海军司令，地位最高的贵族之一，他的女儿胡安娜·恩里克斯嫁给了阿拉贡国王胡安二世。
但伊莎贝拉成为女王的时候，改宗犹太人已经变得不得民心，他们和基督徒之间酝酿许久的敌意正在开始涌现。近几十年来，一直有人敦促开展某种形式的教会调查，看一些改宗犹太人是真的基督徒，还是仅仅假装皈依，以获取历史上由基督徒专享的油水足的职位。伊莎贝拉的哥哥恩里克四世曾请求教皇批准他进行这样的调查，但后来不了了之。后来，伊莎贝拉竭尽全力构建统一战线以对付格拉纳达的时候，这件事又沸腾了起来。
大多数学者认为，是一个名叫阿隆索·德·奥赫达的神父怂恿伊莎贝拉女王建立异端裁判所。他是塞维利亚多明我会的修道院长，享有圣洁的声誉。他相信，很多改宗犹太人是假装信奉基督教。伊莎贝拉于1477－1478年居住在塞维利亚时，阿隆索·德·奥赫达给她送去了当地改宗犹太人假装皈依基督教的报告，强烈地敦促她采取行动。她不是塞维利亚人，所以可能会倾向于听信他，因为他比她更熟悉当地民情。
并非所有人都相信有必要组建异端裁判所。事实上，伊莎贝拉的忏悔神父和最亲近的宗教顾问埃尔南·德·塔拉韦拉“反对建立异端裁判所”。她的改宗犹太人编年史家普尔加尔也反对，说这会让安达卢西亚的人民受到不公正的惩罚，而他们唯一的过错就是没有接受过很好的基督教神学教育。“大人，我相信”，普尔加尔在1481年给红衣主教门多萨的公开抗议信中写道：
有的人有罪，是因为他们邪恶；而其他人，也是大多数人，之所以有罪，是因为他们效仿那些恶人；如果有好的基督徒给他们做榜样的话，他们是能够洗心革面的。但那里的老基督徒是恶人，而新基督徒是善良的犹太人。大人，我能确定，在安达卢西亚有1万名十岁至二十岁的少女，她们从出生起就足不出户，她们知道的宗教教义完全来自她们的父母，除此之外不曾听说过或学过任何教义。把这样的人全都烧死，是一件非常残酷的事情。
但很快有匿名报告，质疑普尔加尔自己是否为一名虔诚的基督徒，以及是否忠于王室。他不得不退出对这个话题的公开讨论。但他相信，伊莎贝拉在组建异端裁判所的时候，她的意图是可以理解的。至少他在当时说自己相信这一点。
毫无疑问，伊莎贝拉本人是个热忱的信徒，花了大量时间在私人祭坛前祈祷，并努力揣测上帝对她人生的安排；她着迷于参加弥撒，甚至在访问卡斯蒂利亚的宗教中心时，居住在托莱多大教堂唱诗堂之上的一套房间内。她在不做礼拜的时候，最喜欢的消遣是制作祭坛的刺绣装饰品，悬挂在她的王国和耶路撒冷的各个教堂内。她逃避令人疲惫的宫廷生活时，会退隐到瓜达卢佩的一座修道院，并称其为她的“天堂”。
她的虔诚有黑暗的一面。在精神世界里，她害怕未知的、危险的东西。她雇人绘制的王室全家肖像中，她躲避在圣母玛丽亚的怀抱中，而他们的头顶上有咄咄逼人的恶魔在飞舞。这样的设计不是巧合。
改宗犹太人的问题爆发的时候，女王特别容易受到教士的影响。她的女儿伊莎贝拉七岁了，而伊莎贝拉女王无法再次生儿育女。她受到了极大的社会与政治压力，因为她必须生下一个男性继承人去继承卡斯蒂利亚和阿拉贡两国的王位，并永久性地将两国联合起来。她担心自己的不育是因为上帝对她不满，热切希望重新得到上帝的恩宠。
另外，关于奥斯曼土耳其人入侵的消息常常包含可信的、真实的报告，讲到土耳其人得到了一些伪基督徒的帮助，这些人为土耳其人提供物质援助，包括地图、建议和内部消息，帮助他们征服基督教社区。在征服格拉纳达的过程中，肯定发生过这样的事情。另外，基督教欧洲的一些犹太人在私下里为奥斯曼帝国的胜利喝彩，因为根据他们的弥赛亚信仰，基督教世界毁灭之后，“犹太人将得到救赎”，所以基督教世界的失败加快了“弥赛亚的降临”。克里特岛的拉比卡普萨利在他的著作中清楚地表达了这种信念，将征服者穆罕默德二世描绘为仅仅对恶人残酷的大英雄。
欧洲各地的人们越来越执拗地担心遭到宗教上的背叛。
◇◇◇
15世纪70年代末，伊莎贝拉在进行积极进取的维护治安行动时，关于改宗犹太人的争议令问题激化了。她正在奔向塞维利亚（可以说是王国最重要的城市，也是国际贸易的一个枢纽），这是她第一次去那里。塞维利亚发生了内乱，她要努力证明，中央政府的权威有能力消灭无政府状况。例如，在她南下的过程中，在中世纪风格的城镇卡塞雷斯，她停留了相当长时间，努力重建秩序与安宁，惩罚罪犯，伸张正义。据普尔加尔记载，当地恢复了法治，所有居民都“非常满意”。在整顿治安的同时，她还视察了王国边境的防御工事，去了葡萄牙边境上的巴达霍斯。
伊莎贝拉抵达塞维利亚后，发现当地乌烟瘴气。用普尔加尔的话说，当地“到处是丑闻、纷争和战争”，导致多人死伤。她立刻开始重复自己在其他地方的行动（正是这样的行动为她赢得人民的支持与敬仰），即主持正义。
每个星期五，她在城堡公开接受请愿，人们可以向她陈情上诉。她端坐在一个大房间的高高椅子上（椅子上铺着金线织物），廷臣和法律顾问环绕在她四周，帮助她澄清每一个案子的真相。然后她会做出裁决。罪犯被判刑，其中很多被判死刑；受害者即刻得到赔偿。两个月内，她就颇有建树；街头犯罪和抢劫基本上销声匿迹。很多罪犯和被指控有不端行为的人看到她是动真格的，纷纷逃离塞维利亚。普尔加尔写道：“因为她给人民带来正义，善良的人们非常爱戴她，恶人则畏惧她。”
然而，她的手段虽然高效，并且或许是必需的，但也是专断的。最终塞维利亚居民噤若寒蝉。加的斯主教堂阿隆索·德·索利斯恳求她对坏人多一些仁慈，并表示，上帝珍视那些“内心谦卑”因而能够发慈悲的人。
女王的立场有所缓和。“她看到不计其数的男女因为畏惧司法而饱受折磨，被他们的泪水和呻吟所感动”，决定对普通罪犯实施一次大赦。消息传了出去，很快就有4000多人返回了塞维利亚地区。伊莎贝拉严苛的司法工作得到了大家的赞赏。
将类似的调查工作延伸到宗教领域，是很容易的事情。很快，奥赫达的主张——建立异端裁判所——就有了更多支持者。他的热情支持者之一是菲利波·德·巴尔贝里修士，近期抵达卡斯蒂利亚的宗教法官，原籍西西里。他在寻求对一道古老的法令（源于1223年）进行确认，这道法令允许在西西里岛进行异端裁判，以铲除异端；还规定异端分子财产的三分之一将被异端裁判所没收。教皇使节尼科洛·佛朗哥（特雷维索主教）也同意。于是很快这三人都在怂恿伊莎贝拉采取行动了。
随后，他们发现斐迪南国王也赞同他们的观点。异端裁判所建立之后，就成为非常有用的铲除异己的工具，还能从被指控犯有异端罪的人那里收到金钱，这些钱可以用于其他用途。国王很快加入了这场“合唱”。他已经选择了主管异端裁判所的理想人选：他的长期忏悔神父，严峻顽固而清心寡欲的托马斯·德·托尔克马达，即红衣主教胡安·德·托尔克马达的侄子。
历史学家拉斐尔·萨巴蒂尼认为，“对斐迪南来说，这个建议或许是颇有诱惑力的”，因为这一方面能让他立刻满足自己虔诚的虚荣心；另一方面又能充实几乎已经枯竭的国库，因为被迫害的是社会上一个非常富裕的群体。既能良心坦荡，又能大发横财，何乐而不为呢。不过，虽然斐迪南是西班牙的君主之一，而且是阿拉贡的最高统治者，但他在卡斯蒂利亚没有伊莎贝拉那样的权力。卡斯蒂利亚毕竟是伊莎贝拉的王国，虽然斐迪南在卡斯蒂利亚的地位不是简单的君主配偶，但根据法律和政策，他必须服从于她的意志。所以他能够做的，仅仅是帮助三位教士游说。他们四人使尽浑身解数去敦促伊莎贝拉，于是她让步了。
伊莎贝拉不情愿地同意开展初步调查，以确定新皈依的基督徒当中遵循犹太教习惯的程度。1477年，她请求红衣主教佩德罗·门多萨开始向民众告知此事。红衣主教门多萨命令准备一份教导手册，向那些不熟悉基督教规则与仪式，或忘记了这些知识的人解释。这是一种教义问答手册，解释了洗礼、告解和基督教信仰的基本信条。门多萨命令在西班牙的所有教堂、布道坛和学校宣讲这份手册。其他人主张对不信基督的人施行更严厉的制裁，以净化教会。但伊莎贝拉和红衣主教门多萨起初不愿意使用过激手段。
但后来发生了一些事情，导致局势恶化。1478年的圣周，一个出身于著名的古斯曼家族的年轻卡斯蒂利亚人，在追求一个年轻的改宗犹太人姑娘。他说，他在她家的时候，偶然听到她父亲亵渎耶稣的名字，并侮辱基督教。他向一名多明我会神父告发了此事。奥赫达得知后立刻对被告的家庭进行了调查。被告及其五名朋友表示悔罪，得到了宽恕。但狂热的奥赫达认为这还不足以赎清这些人的罪孽，于是加倍努力，呼吁女王注意这些他认为的危险的叛教行为。据教会历史学家萨巴蒂尼说，女王又一次不同意，至少在一定时期内不同意施行严厉制裁。
但主张建立异端裁判所的人此时得到了一个强大的盟友。托马斯·德·托尔克马达是塞哥维亚一座多明我会修道院的院长，也是几十年来德高望重的教士。他是看着伊莎贝拉长大的，还曾作为斐迪南的宗教顾问和忏悔神父，陪同他到各地旅行。此外，作为一位前任红衣主教的侄子，他的话很有分量。现在，他开始利用自己的影响力来反对改宗犹太人。
伊莎贝拉女王不情愿地同意向教皇申请一份诏书，即官方的法律文件，授权在西班牙组建异端裁判所。教皇西克斯图斯四世于1478年11月7日批准了建立异端裁判所的请求，允许两位君主挑选三位主教、大主教或神父，在两个王国内担任宗教法官。但伊莎贝拉仍然很犹豫，不愿意发动有些人在敦促她做的那种严厉的调查。她更加努力地开展教育工作，以确保人们受到关于可能的叛教行为的教育，而不是因为过失而受罚。同时她和斐迪南去了托莱多。卡斯蒂利亚国会在那里开会，向他们尚在襁褓中的儿子和继承人胡安宣誓效忠。随后伊莎贝拉又生下了一个孩子，即胡安娜。两年过去了，她没有做任何努力推动异端裁判所的成立。
但关于组建异端裁判所的讨论很自然地让改宗犹太人惶惶不可终日。一位新皈依的基督徒写了一本小册子，批评两位君主竟然考虑这样的事情。攻击王室始终是一件危险的事情。有些人认为这本批评君主的小册子恰恰证明王权受到了严重的、危险的冒犯。这本小册子流通的时间也很不凑巧，因为那时奥斯曼军队刚刚征服了奥特朗托。
1480年9月，两位君主决定贯彻教皇诏书，任命了两位高级宗教法官去领导异端裁判所，即门多萨和托尔克马达。这两人任命了其他一些人启动工作，在塞维利亚建立了一个大本营，因为有人抱怨，塞维利亚的问题最严重。很快，就有一群身穿白袍、头戴黑帽的宗教法官开始在从卡斯蒂利亚北部到塞维利亚的游行队伍中行进。人们被告知，要么悔罪并接受宽恕，要么好自为之。
有些改宗犹太人大为惶恐，迅速逃离塞维利亚。他们的匆匆逃跑让宗教法官更觉得他们有罪。很快王室就发出通知，要求查明哪些人逃亡，以及逃往何处。异端裁判所的触手伸向全国各地。宗教法官宣布，他们将逮捕任何以这种方式逃离塞维利亚的人。国内各地的贵族协助教会追捕嫌疑人。改宗犹太人开始受到审判，有些人被定罪。
第一次公开处决，即信仰审判，于1481年2月6日在塞维利亚举行，也就是异端裁判所建立的仅仅几个月之后。六人被处以火刑。教士阿隆索·德·奥赫达在这一天做了得意扬扬的布道，但几周后他就死于瘟疫。若在其他时期，异端裁判所声势最壮的支持者的死亡，或许会让整个异端裁判所事业画上句号。但奥赫达已经发动了一件非常宏大且丑恶的事情。数十人逃亡，意味着必须追踪并调查他们。塞维利亚有数百人悔罪，在等待更全面审判期间挤满了监狱。为了处理这些工作，需要更多教士。根据1482年2月的一份教皇法令，七位宗教法官获得任命。此事发生的时候，国内的宗教狂热正在高涨；就在同一个月，伊莎贝拉呼吁西班牙的所有骑士支持针对格拉纳达的战争。
关于改宗犹太人问题的更多、更普遍的报告导致在科尔多瓦和哈恩（收复失地运动的另外两个军事基地）组建了类似的宗教法庭。1485年，托莱多建立了宗教法庭。很快，在全国各地，在阿维拉、梅迪纳·德尔·坎波、塞哥维亚、西贡萨和巴利亚多利德，都组建了异端裁判所。斐迪南在巴塞罗那、萨拉戈萨和巴伦西亚启动了类似的行动。
斐迪南领地内的异端裁判所很快就变得比卡斯蒂利亚的异端裁判所更臭名昭著。在1482年的一份教皇诏书中，教皇西克斯图斯四世对阿拉贡王国发生的一些事情提出了严正抗议。
他指控道，斐迪南国内的异端裁判所的动机不是宗教热忱，也不是拯救灵魂，而是对财富的贪婪；很多真正的、虔诚的基督徒，由于敌人、竞争对手、奴隶和更加低贱和不恰当的人的证词，在没有任何合法证据的情况下，就被投入世俗监狱，遭到刑讯，被谴责为异端分子，剥夺财产，交给世俗当局处死；这些恶行危害人的灵魂，立下了有害的恶例，令人作呕。
斐迪南迅速做出回应，说他对教皇竟然被“上述改宗犹太人的持续不断、奸诈狡猾的劝导”而蒙蔽感到“震惊”，并警告教皇“所以要多加小心，不要继续追究此事”。
几周后，教皇就退缩了。但在斐迪南的王国，公民继续反对异端裁判所，很多人觉得它的程序不公正，违反了传统的法律。在萨拉戈萨附近的特鲁埃尔，发生了反对异端裁判所的起义，但被军队镇压下去。1485年9月15日夜间，宗教法官佩德罗·阿韦斯在萨拉戈萨大教堂祭坛前祈祷时，被刺客戳死。刺客要么是改宗犹太人，要么是改宗犹太人雇用的。这起暗杀让改宗犹太人的命运更糟糕了，因为阿韦斯是在跪着祈祷时被杀的，因此很快就被视为一位圣徒。密谋者被处决，阿拉贡的民意转向支持异端裁判所。
每一个新的宗教法庭在启动的时候，会发布“恩典敕令”，呼吁信徒前来悔罪并得到宽恕。他们被告知，如果他们真诚地悔改，就会得到宽恕；但如果冥顽不灵，他们的罪孽迟早会被揭露，那时受到的惩罚会更严酷。梵蒂冈历史学家萨巴蒂尼相信，伊莎贝拉女王和红衣主教门多萨希望用这个程序来劝导人们回到教会的怀抱，而避免流血。
但“恩典敕令”的执行导致更多人受到指控。很多人主动来寻求赦免，忏悔自己的异端罪行。但要证明他们的真诚，悔罪的人必须告发其他仍然在遵循犹太教规矩的人。如果他们告发别人，就可能让别人受到恐怖的折磨，或许会死亡；如果他们不告发别人，他们的悔罪就被认为是不完整的、不真诚的。萨巴蒂尼写道：“这些可怜的叛教者，发现自己腹背受敌。他们要么可耻地背叛那些他们知道还在信奉犹太教的同胞，要么不仅承受火刑的残酷死亡，而且还被没收财产，他们的儿女将沦为乞丐。”
如果一个人犯了以下错误之一，就会被认为是伪基督徒：声称弥赛亚还没有降临；说摩西的律法和耶稣基督的一样好；遵守犹太教的安息日，在那一天穿干净衬衫，或者在星期五晚上避免劳动；遵循犹太教的饮食规矩；大斋节期间吃肉；遵守以斯帖斋戒或犹太教要求的其他斋戒；背诵大卫王《诗篇》时不说“荣耀归于圣父、圣子与圣灵”这一句；在生孩子之后的四十天里不去教堂做礼拜；为自己的孩子行割礼或给他们取希伯来名字；按照犹太教的习俗结婚；在开始长途旅行之前举办告别晚宴；携带犹太教的宗教器具；临死前将脸转向墙壁；用温水清洗尸体；用犹太教的习俗哀悼死者；在犹太教墓地埋葬死者。
当然，上述行为可能是改宗犹太人的家庭习惯，而没有刻意的宗教意义。其中有些在传统的基督徒家庭也很常见，这意味着，即便那些根本不是异端分子的人，即便那些最虔诚的天主教徒，也可能被判有罪。西班牙历史学家胡安·安东尼奥·略伦特研究了文献资料，认为上述法规在制定时就“带有刻意的恶毒”，是为了尽可能广地撒网，抓捕尽可能多的人。有些宗教法官的工作狂热非常惊人。
在有些案例中，为了给处决犯人的决定辩护，异端裁判所给出了滑稽可笑的说法。中世纪一个流传很久的民间传说是，犹太人会绑架并杀死基督徒婴儿，这是对耶稣基督之死的恐怖重演。这时，西班牙出现了一个故事，主人公是一个被称为拉瓜尔迪亚圣婴的孩子，据说他在这样一起牺牲仪式中被犹太人杀害。这起所谓的人祭谋杀案受到调查，导致1491年有六名改宗犹太人和五名犹太人在阿维拉被判死刑。有些犯人在遭到刑讯后认罪；但并没有小孩失踪的报告，也始终没有找到小孩的尸体。
异端裁判所的财政方面是它迅速发展壮大的重要促进因素，因为它为政府带来了大量金钱。如历史学家何塞·马丁内斯·米连所说，异端裁判所从建立之初就要自筹经费：宗教法官的薪水和监禁犯人的费用来自犯人的家产。这是一个历史悠久的传统。1477年，教皇西克斯图斯四世批准伊莎贝拉将异端裁判所没收的所有货物或金钱纳入王室金库。这条规则被吸收进了1484年的塞维利亚法令。
异端裁判所的标准操作流程有三个步骤：扣押、没收和出售。犯人最初因异端罪被捕，就是扣押。犯人被传唤到听证会上，被命令公开自己的所有财产。异端裁判所会制作一份财产清单，并向犯人高声宣读，要求他签字。档案一式三份，法庭官员会注意犯人是否企图隐藏自己的财产。犯人被羁押候审。他的财产被没收，由国家控制。若犯人负有债务，会用他的财产向债权人还债。
然后，异端裁判所以犯人的名义代为保管他的财产和货物。若犯人被无罪开释，那么他的财产和货物将被归还。但如果他被判有罪，财产就被交给异端裁判所的金库。货物会被估价，然后法庭将其拍卖。犯人的亲属不被允许竞买。
很显然，异端裁判所受到经济上的刺激，会想方设法将嫌疑人判定有罪。有的时候，有权有势的人可以收买异端裁判所，保住自己的部分财产；但异端裁判所的很多牺牲者很穷，没有多少财产可以被扣押。于是，很多贫困家庭连自己最后一点点财产也丧失殆尽。
但由于很多被迫害的人很穷，所以异端裁判所的收入往往不足以覆盖羁押所有犯人并为其提供口粮的开销，所以有的时候王室会给异端裁判所一些经济补助。斐迪南努力想办法来弥补异端裁判所的财政亏空，但异端裁判所的官员常常无法按时领到薪水。因此教会官员常常被选来担任宗教法官，因为他们自己从教会得到的收入能够维持生活开销，无须依赖别人。
由于异端裁判所的迫害，许多曾经的犹太人家庭面对两难的选择。有些犹太人成了虔诚的基督徒。但正如普尔加尔所警示的，宗教教育一般发生在一个人的童年，所以很多皈依基督教的犹太人在基督徒生活的最基本圣礼和仪式方面受到的教育很差。也有的犹太人仅仅是名义上皈依基督教，内心实际上还忠于犹太教。几乎每个改宗犹太人家庭里，都有这些现象并存，每个家庭都有自己的困难。
例如，假如一个改宗犹太人家庭有亲戚来访，而这些亲戚仍然信奉犹太教，那么如何准备饮食？不管主人家是怎么吃饭的，他们肯定会为客人准备犹太人的食物。但如果这么做，那么改宗犹太人家的主妇就有犯下异端罪的危险，可能会被指控遵循犹太教习俗。如果一个心怀不满的仆人告发，那么主妇就可能遭到起诉。
类似地，如果改宗犹太人家庭接受犹太亲戚的款待，吃了按照犹太人的规矩准备的饭菜，那么他们就可能遭到起诉。如果家里生了孩子而按照犹太人的传统庆祝，即便这家人是定期听弥撒的天主教徒，也可能遭到起诉。改宗犹太人如履薄冰，很难不犯错误。根据基督教律法，施舍犹太人乞丐，是罪孽。在犹太教的圣日拜访犹太会堂，是罪孽。不吃猪肉是很可疑的。
嫉妒和恶意很快发挥了作用，而且有很多基督徒相信犹太人的财富是通过不正当手段获得的。例如，据编年史家迭戈·德·巴莱拉记载，1473年的科尔多瓦暴乱之所以发生，就是因为很多基督徒“看到科尔多瓦的改宗犹太人非常富裕，能够买官……因而大怒”。当官的改宗犹太人以“傲慢”的方式行使职权，这让基督徒非常恼怒。有时犹太人也会作证指控已经改宗的其他犹太人，因为他们相信后者皈依基督教仅仅是为了得到金钱的好处。
改宗犹太人的另一个麻烦是，他们当中很多人从事的职业让他们不讨人喜欢。放债是一种风险很大的行当，高利贷有时会让债务人走投无路。基督徒不被允许放债，因为这是一种有罪的职业。但犹太人可以从事这种行业。税吏很少得到同胞的喜爱，而很多改宗犹太人做这方面的工作，在社会底层的财政困难越来越严重的时候，税吏却在寻求最大限度地搜刮民脂民膏。例如，1480年，塞维利亚城有21名税吏和2名财政官，全都是改宗犹太人。
犹太人和改宗犹太人还占据了卡斯蒂利亚王国的国库和税务部门的大多数高级职务。例如，改宗犹太人迭戈·阿里亚斯·达维拉是恩里克四世国王在位期间国内最高级的财政官员。改宗犹太人安德烈斯·德·卡布雷拉在塞哥维亚担任司库，先是为恩里克四世国王效力，后为伊莎贝拉服务。
托莱多城的异端裁判所档案表明，至少在异端裁判的早期，在当地遭到起诉的人是中产阶级，不属于精英阶层。被判死刑的人当中有鞋匠、屠夫、编织匠和商人，以及他们的妻子。但也有更富裕的人陷入罗网。
但遗憾的是，对于异端裁判所，我们知之甚少。被火刑处死的人真的是异端分子，还是皈依基督教但保留了一些犹太教习俗的人？研究了大量庭审证词和现存编年史的学者们没有一致的意见。以色列学者本齐恩·内塔尼亚胡相信，大多数被烧死的人其实是基督徒，因为虔诚的犹太人鄙视和憎恨他们，认为他们是机会主义的叛徒。他写道，当时的犹太作家看到这些新皈依的基督徒受到的苦难，起初表达了“公开的喜悦”。希伯来学者杰贝兹称改宗犹太人为“上帝的敌人”。伊本·舒艾卜说，改宗犹太人的“邪恶”“在我们眼里比非犹太人更恶劣”。
但也有历史学家相信被定罪的人是“秘密的犹太人”，即面对巨大压力但秘密保留犹太教信仰的人。勒妮·莱文·梅拉麦德研读了许多庭审记录，她相信很多犹太女人虽然表面上遵守基督教的要求，但私下里还是勇敢地在自己家庭维持一种犹太人的核心特性：
所有这些女性，母亲、姨母、姐妹和妻子，都遵守犹太教律法，教导或者被教导犹太教律法，都认同她们的犹太传统。她们全都受到教导，要把自己当作以色列的女儿。她们非常清楚自己这么做是在拿生命冒险。她们都愿意默默地颠覆天主教会的教导，无视落入异端裁判所监狱或者被绞死的风险。所有人都对自己的所作所为良心坦荡。
如果梅拉麦德是正确的，的确有很多犹太人仅仅在假装基督徒，那么当时的很多基督徒怀疑他们，也不足为奇了。有些神父和修女是改宗犹太人，其中一些还在教会攀升到了高层。这意味着他们在宣讲自己并不相信的东西吗？庭审表明，有些人的确如此。在托莱多，在异端裁判所的最初十年里，两名神父和一名修女被指控犯有犹太异端罪；两名神父被无罪开释，但修女被判死刑。
