一个著名案例是塞哥维亚主教胡安·阿里亚斯·达维拉的案子，他是西班牙最重要教堂之一的领袖。1411年，圣文森特·费雷尔在塞哥维亚的精彩宣讲说服了他的家庭从犹太教改信基督教。
胡安的父亲迭戈·阿里亚斯·达维拉和母亲埃尔维拉由此发迹；迭戈成为恩里克四世国王的司库。但有传闻称，他们一家仅仅是假装皈依基督教，目的是获得财政的好处，他们私下里还是信奉犹太教，并嘲讽基督教。迭戈和埃尔维拉的儿子胡安在二十四岁时便成为神父，随后当上塞哥维亚主教，于是风言风语更厉害了。
胡安的父母去世多年后，宗教法官来了，问题变得更尖锐。塞哥维亚主教对异端裁判所发出抗议，然后直接向梵蒂冈的教皇提出申诉。他首先采取了预防措施，将自己已故亲属（包括父母）的遗骸从墓穴中挖出，亲自带到了罗马。有些人觉得他是在以恰当的方式抗议异端裁判所的心狠手辣，也有人相信他的行动恰恰证明他的家庭是伪基督徒。塞哥维亚主教再也没有返回西班牙，于1497年在罗马去世。
在卡斯蒂利亚，他的家庭的活动受到了长期调查。据历史学家戴维·马丁·吉特利茨的说法，“从1486年到1490年，数十名目击证人提供了关于这个家族的证词”，声称迭戈·阿里亚斯·达维拉的家族在假装基督徒的那些年里，实际上仍然遵守犹太教的安息日，过犹太教的主要节日，按照犹太教的规矩饮食，支持犹太会堂，并逃避去基督教堂做礼拜。另外，胡安的父亲曾“经常鄙夷基督教的标志，尤其是圣徒”。这些证词很自然地让人对他的儿子——塞哥维亚主教的宗教信仰产生怀疑。
发生在西班牙天主教核心的一桩丑闻或许让人越来越感到教会本身遭到了异教徒的破坏。西班牙除了圣地亚哥·德·孔波斯特拉之外最重要的朝圣地点是瓜达卢佩的圣龛，这个地方也是伊莎贝拉女王心目中最神圣的地方，她几乎每年都访问该地。
瓜达卢佩圣龛的中心是一尊面色黧黑的圣母玛丽亚雕像，据传说，它是由圣路加雕刻的；711年穆斯林入侵西班牙之后，这尊雕像被埋在地下，以免落入穆斯林手中。基督徒成功收复该地区之后，由于当地一名农民目睹的幻象，雕像被重新发掘出来。这名农民向神父指出了雕像埋藏的地点。这个地点演变为一个广受欢迎的圣龛。
信徒尊崇这尊雕像，将它与一些奇迹（包括基督徒奴隶逃脱穆斯林主人）联系起来。整个半岛的西班牙天主教徒艰难地跋山涉水，来到瓜达卢佩，向圣母像祷告，或者悔罪、告解，并从居住在此处的约130名修士那里获得赦罪。
瓜达卢佩是西班牙最神圣的主教管区的最神圣的圣龛，由托莱多的教会管辖。托莱多则是西班牙地位最高的教士——托莱多大主教和红衣主教佩德罗·门多萨，伊莎贝拉的密友和顾问——的领地。上述的所有宝贵的记忆给圣龛带来了财富，让居住在那里的修士能够过得舒适，专注于学术和艺术，如为手稿绘制插图。他们的饮食条件很好，修道院里有热的和冷的流动水。
瓜达卢佩城也因为宗教旅游业繁荣起来，许多饭馆、客栈和商人靠向每年成群结队赶来的朝圣者出售货物和提供服务而发财致富。据学者格蕾琴·斯塔尔－勒博说，当地人口有约10%是改宗犹太人。
异端裁判所建立之后，开始流传一些说法，称瓜达卢佩的改宗犹太人神父特别优待城里的改宗犹太人商人，给他们出谋划策，帮助他们保留犹太人习俗，鼓励他们遵守犹太人的饮食律法，并想方设法蒙蔽基督徒，让基督徒觉得这些改宗犹太人也信奉基督教。据斯塔尔－勒博的研究，斐迪南国王于1483年9月驾临瓜达卢佩。很快，当地居民和圣龛的修士都受到了调查。
一些改宗犹太人家庭逃离了瓜达卢佩。一个大家族逃往穆斯林控制下的马拉加（当时正与卡斯蒂利亚交战），公开以犹太人的方式生活。
斯塔尔－勒博写道，1485年，瓜达卢佩的一名市民被确认犯有遵循犹太教律法的异端罪，在信仰审判中被处以火刑。还有四十五人在死后或缺席被判有罪。
据斯塔尔－勒博记载，随后，异端裁判所举行了一次绝密会议，以调查瓜达卢佩的神父是否也是异端分子。很快就有确凿证据表明，这些判断是正确的。例如，一名改宗犹太人忏悔神父，迭戈·德·马切纳修士，被多名证人指认，曾指导其他改宗犹太人逃避基督教仪式，如在大斋节期间不吃肉。他告诉其他修士，他们可以在耶稣受难节吃煮的鸡肉，而非烤鸡肉，这样别人就察觉不出。他还曾公开质疑圣母玛丽亚是否真的是处女（圣母玛丽亚是童真女，这是西班牙虔诚天主教徒的信条之一），并告诉别人，他从来没有接受过洗礼。
证人说，另一名改宗犹太人教士，修道院长贡萨洛·德·马德里临死前接受临终涂油礼时假装呕吐，以避免吃下圣饼。修士路易斯·德·马德里，改宗犹太人，曾在修道院公开表示，他认识两个改宗犹太人修士，他们在举行圣餐仪式时拒绝为圣饼祝圣；但他不肯说这两人是谁。有三名修士被发现行过割礼。还有几名修士装病，以逃避弥撒或唱圣诗。
最终，西班牙中心最神圣的圣地的130名修士中有21人因为所谓的犹太教活动而遭到谴责。据斯塔尔－勒博的说法，其中一人被终身监禁，迭戈·德·马切纳被处以火刑。
西班牙的天主教会企图隐瞒这起丑闻，将他们收集到的关于这座修道院的改宗犹太人修士的活动的文献资料藏匿起来。但有些文献始终没有被销毁，斯塔尔－勒博对其作了详尽的研究，并写了一本书《在圣母的阴影下》。
但这桩丑闻在西班牙几乎人尽皆知，让人们更加猜疑，其他的宗教修会是否也包藏了异教徒。
在此期间，伊莎贝拉女王肯定知道瓜达卢佩的情况，因为她命令使用从该城的改宗犹太人那里没收的100万马拉维迪，为朝圣者建造一座医院。然后她自己出资100万马拉维迪，以承担此项工程的开支。
那些成为虔诚基督徒的西班牙改宗犹太人有时也加剧了紧张气氛。他们与其他人拉开距离，或者自觉高人一等。他们满脑子都是血统论。不过基督徒也是这样。在巴塞罗那和巴伦西亚，这些虔诚的犹太人基督徒抱成一团，在由犹太会堂改建的基督教堂内做礼拜。有人声称自己是耶稣家族的直系后裔。布尔戈斯主教阿隆索·德·卡塔赫纳是拉比希罗马赫·哈·利未（皈依基督教后改名为布尔戈斯的保罗）的儿子，据说曾这样吟诵圣母经：“圣母玛丽亚，我的血亲，为我祈祷吧。”在阿拉贡，这样的人自称“以色列的基督徒”。
研究异端裁判所的著名历史学家亨利·卡门写道：“这些改宗犹太人的态度，或许是出于自卫，而不是傲慢。但他们加剧了新老基督徒之间的互不信任。尤其是，一个改宗犹太人民族的概念，植根于犹太人基督徒的心灵，让别人觉得他们是一个单独的、外来的、敌对的团体。这造成了命运攸关的影响。”
最终，改宗犹太人发现自己无论在犹太人还是基督徒社区，都找不到真诚的朋友，而此时卡斯蒂利亚和阿拉贡正在奔向战争。到这时，几乎所有地方都对他们产生了猜忌。内塔尼亚胡写道，在15世纪40年代末，只有“少数”改宗犹太人被视为可能的异端分子，但在随后几十年里，老基督徒的民意发生了重大变化，“绝大多数”改宗犹太人都被视为确凿无疑的异端分子。
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不管表象之下的现实如何，西班牙异端裁判所的所作所为都是超乎寻常地违背基督教精神、凶残而可憎。它与西班牙思想的另一项强大的原则（曾经由伊莎贝拉的兄长恩里克四世表达出来）完全相反，即宽恕是基督教的一个根本特征。恩里克四世曾受到压力，去惩罚一名多次背叛他的贵族，将此人传唤到自己面前，然后将他释放，并说，宽恕是他的信仰的一个关键支柱。“我宽恕你，”恩里克四世说，“以便我要离开人世的时候，上帝能够宽恕我的灵魂。”
在这个案例里，恩里克四世国王宽恕的是实际上有罪的人。而如今伊莎贝拉残酷镇压的，却是没有任何罪过，或者危害极小的人。她自己内心一定很矛盾，因为她允许自己身边的人对异端裁判所的正义性和道德性提出严正的质疑，不过她自己没有表达过任何疑虑。她允许编年史家普尔加尔在王室赞助的著作中写道：“宗教法官和世俗刽子手的行为残忍，表现出极大的敌意，不仅敌视那些被他们惩罚和折磨的人，还敌视所有的新基督徒。”
斐迪南是个没有道德原则的人，他对异端裁判所应当不会感到任何道德顾虑。事实上，历史学家本齐恩·内塔尼亚胡相信，斐迪南是“异端裁判所的真正始作俑者”。他写道，斐迪南
表现得守道德、虔诚信教；因为他对伦理与宗教在人的生活中发挥的关键作用，有准确的判断。他没有公开挑战道德，而是利用它达到自己的目的。他懂得如何拿捏群众的情绪，它是社会生活的一个因素；他也懂得利用群众的激情的力量……作为他统治国家的动力。因此，他利用群众对改宗犹太人的仇恨和关于异端罪的教会法律，去推动自己的政治利益，同时努力把自己打扮为神圣教会的真正儿子。他对捍卫宗教律法的热忱，甚至超过了他主持民事法律的热情……因此他没有正式地调查异端裁判所的司法程序，以避免承担它的裁决带来的责任；并防止别人反驳他的说法，即他对宗教法官的裁决完全信任。但他常常干预异端裁判所的战利品的收集与分配。
那么，伊莎贝拉女王的立场是怎么样的呢？毕竟她在其他很多方面被描述为充满人道关怀，并且热忱地学习基督的生平和教诲。她如何能为异端裁判所的残忍和草菅人命辩护？
简而言之，伊莎贝拉的个性非常复杂，包含五花八门的元素。虽然她在很多方面显得仁慈宽大，但也有睚眦必报的一面，让她非常严酷、穷追不舍、不屈不挠地惩罚她眼中的恶人，并达到自己的目的。她或许是这样推断的：异端裁判所是达到有价值、正当合理的目的的手段；为了战胜格拉纳达，她需要得到安达卢西亚老基督徒（尤其是塞维利亚和科尔多瓦的老基督徒）全心全意的支持，而这些人非常敌视改宗犹太人。或许她相信自己的整个生活方式都受到了威胁，只有最残酷无情的策略才能帮助基督教西班牙在土耳其人的进攻下生存下来。或许，她当真是为自己臣民的精神福祉担忧，尽管这种担忧是受到误导而产生的。对每一种宗教信仰的狂热信徒来说，只有他们的信仰才是宇宙的关键。无论如何，伊莎贝拉完全能够把自己的举措——建立和支持异端裁判所——合理化。成功的统治者为了追寻自己眼中的更大福祉，往往甘愿牺牲其他人。按照内塔尼亚胡的说法，对伊莎贝拉来说，“要想安全地控制安达卢西亚，就必须想办法消除骚乱”。
但在针对格拉纳达的战争结束后，她的立场也没有变化。她残酷镇压的打击面反而扩大了。1492年3月，在秘密磋商之后，她和斐迪南命令犹太人（此前没有受到异端裁判所的大力迫害）立刻皈依基督教，否则将其驱逐出境。他们认为，犹太人在西班牙的存在会诱惑改宗犹太人，让后者抛弃基督教信仰，使其丧失救赎的机会。犹太人到她面前恳求时，她告诉他们，这个决定是斐迪南在梦中做出的，因此是上帝的意志。“你们相信这是我们的决定吗？”她对前来恳求她收回成命的犹太人代表说道，“是上帝让国王心中产生了这想法。”在犹太人的恳求之下，她也不肯向丈夫表达抗议。她告诉他们：“国王的心就像河流一样，都在天主的掌控之下。天主按照自己的意志，改变国王的心意。”从此，伊莎贝拉的犹太人臣民知道，局面已经不可挽回了。
卡斯蒂利亚与穆斯林签订的条约的一个条款就预示了伊莎贝拉新的、更严苛的立场。这个条款说，被卡斯蒂利亚征服的地区的犹太人必须在三年内皈依基督教，否则必须迁往北非。但在结束漫长战争的激动中，人们忘记了这个条款。
所以伊莎贝拉的命令公布之后，大多数犹太人都感到震惊，甚至不知所措。此前，伊莎贝拉女王和斐迪南国王并没有以任何方式表达自己对犹太人不满。他们对犹太人一直表达尊敬和友谊。有人相信斐迪南有犹太血统。以撒·阿布拉瓦内尔的大部分成年时光里，都是伊莎贝拉及其家族的备受信赖的谋士和财政顾问。他后来说，他得知伊莎贝拉的命令时，简直不敢相信自己的耳朵。他回忆道：“王室的命令颁布时，我正在宫里。我哀求国王，求他发慈悲，一直求到我自己累垮。我三次跪着恳求国王：‘哦，国王陛下，看着我们，不要这样残酷地对待我们。为什么要这样对待您的仆人？只要允许我们留在陛下的国度，我们甘愿献出金银，献出我们拥有的一切。’”
不足为奇的是，犹太人提议的高额贿赂让斐迪南兴趣盎然，他显然犹豫了，在考虑此事。但他的忏悔神父托马斯·德·托尔克马达跳了起来，恼怒地比画着，指责斐迪南为了三十枚银钱，就要背叛自己的信仰。犹大将自己的朋友耶稣出卖给罗马人（目的是处死耶稣），得到的赏金就是三十枚银钱。斐迪南决定坚持原先的决定。随后阿布拉瓦内尔恳求自己的朋友们采取措施，阻碍这道王室法令的实施，
但正如蝰蛇用灰尘堵住耳朵，不听耍蛇人的声音，国王也狠下心来，不理睬犹太人的苦苦哀求，而是宣布，就是把犹太人的全部财富都给他，他也不会撤销这道法令。坐在他右手边的女王也反对撤销法令，敦促他将已经开始的工作继续下去。为了求国王撤销法令，我们想尽了办法，耗尽了力气。但任何智慧都无益，任何人都帮不了我们。这邪恶的法令宣布的地方，或者它的消息传播到的地方，我们的民族号啕大哭，为自己的绝境哀哭；因为自从犹太民族被逐出圣地家园以来，还不曾有过这样的放逐。
有些犹太人，如伊莎贝拉童年的盟友拉比亚伯拉罕·塞尼奥尔，不情愿地同意改宗。他在瓜达卢佩修道院接受了洗礼，女王就站在他身旁。“成千上万人”也带着悔恨接受了洗礼。
其他的犹太人选择了背井离乡，他们知道路上的风险极大，他们的一些家人会丧生。堂以撒·阿布拉瓦内尔告诫和鼓励犹太人坚守犹太教信仰，即便失去自己的生命和财产。对他来说，信仰是至关重要的。他和家人逃到了那不勒斯，后来又去了威尼斯。其他的犹太人则逃往葡萄牙、奥斯曼帝国、北非或欧洲其他地区。
据编年史家记载，犹太人逃离西班牙，是一幅凄惨的景象。卡斯蒂利亚编年史家安德烈斯·贝纳尔德斯写道：“在王室法令规定的期限内，犹太人廉价出售和处理了自己的财产，所得甚微；他们到处哀求基督徒买下他们的财产，却找不到买家。豪门大宅被以微不足道的价钱出售；用一头驴就能换来一座房子。一小块布或亚麻就能换得一座葡萄园。”
虽然他们被禁止带走金银，还是秘密地在满载货物的牲口的鞍具、笼头和挽具里藏了大量金银。在边境城镇和海港，他们会受到专门官员的搜身。为了逃避搜查，有些人竟将多达30个杜卡特吞下肚。富裕的犹太人为穷人支付路费，互相慈善友爱，以便让除了极少数最穷苦的人之外，大多数人都不必改宗。在7月的第一周，他们踏上了离开故国的道路，男女老少都亡命天涯；有步行的，有骑马、骑驴的，有坐车的；每个人都走向自己选定的港口。在路上，在他们经过的国家，他们遇到极大的困难，蒙受了笔墨难以描摹的不幸。有的人倒下，有的人爬起；有人死去，有婴儿诞生；有的人晕倒，有的人患病；基督徒们看到他们的惨状，无不怜悯他们，劝说他们接受洗礼。有些人因为痛苦万分，皈依了基督教；但这样的人很少。拉比们鼓舞大家，让年轻人和女人唱歌，吹笛子，打鼓，给大家鼓劲，维持大家的精气神。
塞哥维亚的犹太人在西班牙的最后三天是这样度过的：他们在墓地“用自己的泪水浇灌父辈的骨灰；他们的哀哭让所有听到的人心生怜悯”。很多人离开西班牙时，携带的只有从犹太会堂取走的珍贵的希伯来文手稿。
第一批离开的是一些居住在格拉纳达的犹太人家庭，不久之后其他犹太人也追随他们动身了。他们来到港口，斐迪南为他们安排了船只。有些人在海上溺死，或者侥幸从海难中逃生。有些人被冻死。许多人病倒。他们遭到强盗袭击，被抢走财物，甚至身上的衣服，被卖为奴隶。有些人被抛弃在遥远的海岸。一群人来到了非斯，那里正发生旱灾，于是他们被赶走。他们被迫在干旱平原搭起营帐，很快就开始有人饿死。关于犹太人吞下黄金、将其偷运出西班牙的故事流传甚广；非洲的穆斯林“谋杀了一些犹太人，然后剖开尸体，寻找黄金”。
被放逐的犹太人在不同的基督徒国家受到的待遇是不同的。很多人去了葡萄牙，他们在那里只要缴纳沉重的赋税，就可以停留。在热那亚，一手拿面包、一手拿十字架的神父欢迎他们；他们若要填饱肚子，必须皈依基督教。臭名昭著的教皇亚历山大六世受到其他很多人的谩骂，但他对犹太人比较友好，允许他们定居在教皇国，并保护他们。
西班牙异端裁判所既恶毒，又悲剧。但从伊莎贝拉的角度看，它将西班牙团结了起来，得以消灭内部的宗教纷争，让国民可以一致对外。这是西班牙历史上最大规模，从伊莎贝拉的角度看也是最成功的强迫异教徒皈依基督教的行动之一。消灭外来者的行动有其好处；宗教宽容并非普遍性的概念。现在，西班牙做好了准备，并且足够心狠手辣，即将成为到当时为止人类历史上最强大的世界霸权。
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犹太教的第一圣殿是所罗门王建造的，于前586年被新巴比伦帝国摧毁，耶路撒冷被征服，犹太王国部分人口被掳走，即所谓“巴比伦之囚”。后巴比伦的居鲁士大帝允许犹太人重建圣殿，于前516年建成，即第二圣殿。公元66年，犹太人反叛罗马帝国。70年，罗马将领提图斯（后来的皇帝）占领耶路撒冷，摧毁第二圣殿。根据犹太教的信仰，未来将会有第三圣殿出现。?
伊莎贝拉女王的祖父。?
塞法迪犹太人即西班牙－葡萄牙系犹太人。“塞法迪”是《圣经》中对伊比利亚半岛的称呼。犹太人的另一个重要分支是“阿什肯纳兹犹太人”，即德意志系犹太人。?
这个阿隆索·恩里克斯的父亲是卡斯蒂利亚国王阿方索十一世的私生子。?
特雷维索为意大利城镇，位于威尼斯城以北16英里处。?
复活节前一周。?
信仰审判（Auto－da－fé），字面意思是“信仰的行动”，是西班牙、葡萄牙和后来的墨西哥异端裁判所时期异端分子的仪式性公开忏悔，随后一般会被处以火刑。?
大斋节是基督教徒为准备复活节而进行悔罪的一段时间，这是从使徒时期就有的传统节期。?
