伊莎贝拉女王之死
1502－1504年，伊莎贝拉的健康状况显然越来越糟糕。因此她能取得的成绩也有限。她的身体时好时坏，但无法预测何时能好一点。她在1502年11月21日给女婿曼努埃尔一世国王的信中解释道：
我收到了你的大使胡安·德·费雷拉捎来的信。我很想早点给你回信，但做不到，因为我身体很差。后来我觉得有所好转，但又病倒两次，因此无法亲笔写信……感谢上帝，我现在好了点，但还是没办法写信……尊贵的、伟大的国王，我最亲爱的儿子，愿上帝好好保佑捍卫你。
但在1504年10月，伊莎贝拉的身体状况突然恶化。她患有水肿，身体肿胀，高烧不退，喘气困难，口渴难耐但无法进食。她的皮肤下有明显的瘤子和肿块。御医已经放弃了治愈女王的希望。伊莎贝拉女王几乎完全卧床不起，用自己最后的力量写下了自己的最终遗嘱。
卡斯蒂利亚宫廷变得鸦雀无声、心惊肉跳，为她担忧，但也越来越为自己担心。胡安娜和腓力远在佛兰德，斐迪南国王的地位不明确，王位传承悬而未决，令人忧心忡忡。所有人都因为必须在即将展开的冲突中选择站队而挣扎。“西班牙的灾祸到了！”彼得·马特在给自己的朋友埃尔南·德·塔拉韦拉和滕迪利亚伯爵的信中写道，并描写了女王逐渐恶化的症状。“……我们看到国王和内侍满面乌云。大家已经在窃窃私语，如果她走了，将发生什么情况。”
他们为西班牙的未来担忧，因为伊莎贝拉平息了过去的混乱，而如今没有人说得准，权力交接将和平进行，还是会发生暴力冲突。很多西班牙人渐渐相信，伊莎贝拉是阻止混乱的唯一屏障，是她给这样一个饱受摧残的国度带来了和平。马特给另一位廷臣的信中写道：
昨天我们悲戚地在宫中坐下的时候，你问我，我对渐渐衰弱的女王怎么看。我担心，如果她辞世，那么美德和宗教也要摈弃我们而去。我希望，我们被上帝招走的时候，能够去她将要去的那个地方。在她一生中，她超越了人类的巅峰，所以她不可能死，她必将青史留名，永不磨灭。所以我们必须为她哀悼，但我们也要羡慕她，因为她将享受双重的生命。因为她留下的世界将被她的永恒名望所装点，而她自己将在天堂，与上帝一起永生。
在西班牙全境，人们纷纷去教堂，为伊莎贝拉女王的生命祈祷，表示如果上帝让她活下去，他们自己愿意赎罪或朝圣。他们发现了凶险的预兆，从中解读恶事。春季发生地震，导致城墙与塔楼坍塌，将一些人活活压死在废墟中；安达卢西亚出人意料地出现了特别恶劣的天气，导致饥荒和疫病。西班牙人有时间斟酌所有这些预兆，因为伊莎贝拉自从1502年就一直患病，但在1504年秋季的三个月里越来越羸弱。
在英格兰，凯瑟琳心急火燎地等待关于母亲健康状况的消息，写信询问母亲的状况。凯瑟琳说，她从姐姐胡安娜那里得知，母亲的疟状发热在缓解，因此感到欣慰；她希望母亲的身体在好转。她请求伊莎贝拉尽快回信，因为她在收到母亲的信、得知母亲已经康复之前，无法“满足或快乐”。她急于得到信息，在11月26日发出了同一封信的多个副本，以确保至少有一份抵达母亲手中。
与此同时，伊莎贝拉女王在苦苦支撑，等待批准凯瑟琳与亨利王子结婚的教皇文书送抵。英格兰的伍斯特主教告诉亨利七世国王，教皇文书的一个副本在正式发布之前被“秘密地”先行发给伊莎贝拉，“以便安慰已经临终的她”。
文书抵达后，她的工作也完成了。女王终于看到，她的日子已经不多了，她请求为她举行临终涂油礼。仪式举行了，神父在她的眼睛、耳朵、鼻子、嘴唇和手上涂了经过祝圣的圣油。御医、亲人和挚友聚集在病榻前祷告。
在现场的有斐迪南、伊莎贝拉的儿时好友比阿特丽斯·德·博瓦迪利亚，以及她的忏悔神父——托莱多大主教西斯内罗斯。
她要求斐迪南国王承诺不续弦。这可能出于对未来新娘的嫉妒，也可能是因为她希望保护他们的儿女的遗产，所以不愿意看到斐迪南再娶。据苏里塔说，斐迪南宣誓不会再娶，“好几个人证实”国王发出了这样的誓言。
一般情况下，临终涂油礼要在临终的人的脚上也涂油，但伊莎贝拉女王不准房间内除了神父之外的任何人看到她的脚。这有点奇怪，编年史家的解释是，这是由于她羞怯和贞洁。
有史料记载的伊莎贝拉的最后一个举动是，神父们结束祷告时，她用手在自己胸前画了十字。她于1504年11月26日去世。同一天，凯瑟琳给她写下了心急火燎的信。伊莎贝拉享年五十三岁。
“就这样，最尊贵的伊莎贝拉女王、西班牙人的荣誉和所有女性的楷模，在梅迪纳·德尔·坎波与世长辞。”圣克鲁斯写道。“宫廷和所有城市的人们自发地表达悲痛，他们的悲伤有充分的理由，因为他们失去的是一位最卓越的女王，历史上从来不曾有过这样优秀的人统治一个民族。”
当世人们记忆中最猛烈的暴风骤雨降临了，仿佛天空也在哭泣。斐迪南国王向欧洲各国统治者通知女王驾崩，命令将其遗体运到格拉纳达，不过他自己没有陪同灵柩。于是，女王的送葬队伍，包括忠诚的彼得·马特，动身前往安达卢西亚。
消息传到各地，许多地方的人都为伊莎贝拉的去世而悲恸。历史学家赫罗尼莫·苏里塔写道：
在所有国度，不仅她的臣民和同胞，所有人都普遍表达了深切的哀恸和悲伤。最低的评价也是，她不仅是她的时代，也是许多世纪以来最卓越和勇敢的女性。这位高度虔诚的女王非常重视圣事和扩展我们神圣的天主教信仰，而且她非常审慎和认真地行事，让居住在整个基督教世界的所有人都从中受益。
意大利人巴尔达萨雷·卡斯蒂廖内曾在西班牙生活。在他的著作《廷臣之书》中，他赞颂伊莎贝拉为欧洲近期历史上最伟大的统治者之一。
除非全体西班牙人，不管贵族还是平民，不分男女贫富，全都串通好了，虚伪地赞颂她，那么在我们的时代，不管在何地，都不曾有过比伊莎贝拉女王更光辉的榜样。她的真挚的善良、精神的伟大、审慎、虔诚、贞洁、彬彬有礼、慷慨大方——简而言之，所有类型的美德——都超越世人。这位女士的名望极高，传扬四海，各国无人不知，而那些生活在她身边的人、目睹她举止的人，全都证实，这名望源自她的美德与功绩。不管是谁，只要看看她的行为，就会发现这是事实。她留下了不计其数的东西可以为此证明，如果我们愿意，可以一一列举。但所有人都知道，她登基的时候，卡斯蒂利亚的大部分被权贵主宰。但她以绝对的公正收复了整个国土，以至于那些被剥夺土地的人也对她忠心不贰，心甘情愿地交出霸占的财产。另外一件值得注意的事情是，她在保卫自己的国家、抵抗强大敌人的时候，总是表现出莫大勇气与智慧。在这样一场漫长而艰难的战争中，敌人在为自己的财产、生命、宗教（按照他们的想法）和真主而战斗。而她无论在作战会议中还是亲临前线时，总是表现出高超的才干，我们时代的君王几乎难以望其项背，不要说没有本事效仿她，甚至没有资格嫉妒她。
卡斯蒂廖内说，她为西班牙人的行为举止设立了一套新标准：
因此，人民对她非常尊崇，既有爱戴，也有畏惧。他们的心中仍然饱含这种尊崇，仿佛他们觉得，她还在从天堂注视他们，或许会从那里嘉许或批评他们。因此，这些国度仍然被她的名望和她设立的手段所统治，所以，尽管她的生命结束了，她的权威仍然延续，就像一个轮子在外力驱动下滚了一段时间之后，若撤去外力，仍然能够自行前进好一段距离。
就连外国的敌人也认可她的功业。法兰西人菲利普·德·科米纳写道，伊莎贝拉“据说是世界上最睿智和高尚的人之一”。
她在临终前的最后两个月写了遗嘱，又多次修改，将自己的遗嘱当作一份蓝图，希望她死后的西班牙能够按照这蓝图发展。她高屋建瓴地预测了可能出现的问题。
她命令传位给她的女儿胡安娜公主，她将成为“上述属于我的各国、土地与领地的女王，上帝允许我指定她为王国的君主”。也就是说，王位将直接传给胡安娜。但伊莎贝拉增加了一个限制性条款：如果胡安娜不在国内，或者“被证明不愿意统治，或没有能力统治”，斐迪南将担任摄政王，直到胡安娜的长子查理王子二十岁，能够继承王位。伊莎贝拉特别敦促胡安娜和腓力“顺从于”斐迪南，因为他“拥有突出的美德”。她刻意将腓力大公排除在西班牙统治者的角色之外，这是她有意为之。
伊莎贝拉确保斐迪南能够得到舒适的生活，把三个教会骑士团的大团长头衔都给了他，这样他就能得到一笔丰厚的收入；另外王室从美洲获得的年收入的一半也归属斐迪南。她在遗嘱里对他不吝溢美之词。她说，她给他留下的巨大财富“比我希望给他的要少，比他理应享有的少得多，因为他为国家做出了卓越贡献”。她对丈夫表达的深切挚爱远远超过了法律文书一般的客套话。她要把自己的珠宝首饰都留给他，“让他睹物思人，回想起我在世的时候对他始终抱有的热爱，并且让他知晓，我在一个更美好的世界等待他前来团聚；希望这份记忆能鼓舞他生活得更公正和圣洁”。
她要求将凯瑟琳和玛丽亚的嫁妆按照婚约全数支付。这就能让她们在各自的婚姻生活中继续下去，不必担心因为金钱纠纷而发生争吵。
她要求将自己埋葬在标志着她最伟大胜利的地方，即格拉纳达。具体地点是阿兰布拉宫的圣弗朗西斯科教堂。她要求大家不要为她服丧，而是把用来置办丧服的金钱捐献给穷人。她要求偿清她的债务。
她命令捐献巨款（包括200万马拉维迪）给慈善事业，为贫家女子置办嫁妆，帮助她们结婚，或者从事宗教事业。她要求为200名被她所谓的异教徒控制的俘虏赎买自由。上述慈善活动所需的资金来自变卖她的私产所得。
她请求王国感谢安德烈斯·德·卡布雷拉及其妻子比阿特丽斯·德·博瓦迪利亚的贡献，让他们保有莫亚侯爵和侯爵夫人的头衔，世袭罔替。她还特别赞扬了贡萨洛·查孔，她儿时的教师，以及加尔西拉索·德·拉·维加（曾任西班牙驻梵蒂冈大使）。许多年前，在阿雷瓦洛，查孔是教导她学习圣女贞德这样一位女性榜样的人之一。加尔西拉索·德·拉·维加是曾代表她与教皇亚历山大六世斗争、谴责这位教皇腐化的廷臣。
她思绪里最重要的事情，仍然是她的宗教原则。伊莎贝拉女王希望她的儿孙辈都能认识到自己保卫和推进基督教信仰的义务，指导他们遵循教会的训诫，并将异端裁判所维持下去。她告诉他们永远不要放弃直布罗陀（711年，北非人就是从这块巨岩出发，入侵西班牙），说那座城市和地区应当永远是西班牙王室的领地和财产。
她最耐人寻味的姿态之一与她的兄长恩里克四世有关。当年她嫁给斐迪南，与兄长发生了戏剧性冲突，后来又夺取了王位。仿佛是为了补偿兄长，伊莎贝拉将自己最珍贵的财产——一件圣物，她相信它曾属于耶稣基督，并且拥有医治疾病的奇效——赠给兄长最心爱的安东尼奥教堂（位于塞哥维亚城郊）。这件圣物是一小块血染的布头，据说是基督的无缝上衣的一块，在他受难的日子被撕了下来。
圣安东尼奥是恩里克四世幼时的家，后来被改为修道院，在伊莎贝拉在位期间又改为克拉利萨女修会的女修院。那里的修女们为劳工提供精神慰藉和社区服务。这些劳工在塞哥维亚的古罗马高架渠下，以擦洗羊皮为业，艰难度日。在女修院内，修女们照料弃婴，这些婴儿被母亲抛弃，要么是因为贫困，要么因为是私生子。
修女们生活在远离尘嚣的修道院，将这一小块布当作圣物小心保管，相信它具有医治妇科疾病的奇效。布上还连着一只智齿。修女们相信，这只智齿属于伊莎贝拉，她把自己的智齿留在女修院，是为了让自己的一样东西始终留在塞哥维亚，并且与曾属于耶稣基督的圣物一起安息。
另外，伊莎贝拉下令，如果无法将她的遗体运往她希望的位于格拉纳达的埋葬地，就将她安葬在这家女修院，或者是她在托莱多建造的圣约翰王家修道院与教堂。
她要求自己下葬时穿一件圣方济各会的修女服，并将自己心爱的女儿伊莎贝拉公主的遗体迁来，母女一同长眠。她希望用一块简朴的石碑标示她的坟墓，坟墓应当与地面齐平，不要建造高高的墓葬堆。
她后来给遗嘱增加了一些补充条款，包括她之前忽略了的一些小事，并发布了另外两项指令。这两项要求都表明，她深刻认识到，她的民族即将在宗教和帝国霸业上遇到巨大挑战。她要求将修道院的改革继续进行，“以避免伤害和丑闻”。她还明确规定，发现大西洋彼岸新大陆的“主要目的”是“向土著传播天主教信仰”，不得伤害新大陆的土著居民，而是要“公正地”对待他们。
伊莎贝拉驾崩后，斐迪南国王向公众宣布了噩耗，并派遣信使到西班牙各地发布消息。他宣布，胡安娜成为女王，他将辅佐她统治。由于胡安娜不在国内，他先承担起治国重担。她要过一段时间才能返回西班牙。
斐迪南命令送葬队伍立刻出发，前往格拉纳达。大雨瓢泼，人们考虑是否等天气好转再行动，但斐迪南坚持立刻启程，无人敢于质疑国王。他派遣送葬队伍运送灵柩出发了，但没有亲自陪同。彼得·马特是送葬队伍成员，他后来回忆说这趟旅程是可怕的磨难：“似乎大海的惊涛骇浪在驱赶我们……我们穿过山谷和平原，简直是在游泳，道路化为水塘和湖泊。到处是烂泥，举步维艰。”
他们经过了伊莎贝拉的幼时家园阿雷瓦洛，然后继续南下。领导人经常聚起来商议，讨论是否应当在如此恶劣的条件下继续前进。在托莱多，他们认真考虑停下，等候天气好转，但他们害怕激怒斐迪南，于是继续跌跌撞撞地艰难前进，在疾风苦雨和烂泥中挪动。路上有人死去，被暴涨的河水卷走，也有牲口溺死。“我从来没有经历过比这更恐怖的事情，”马特写道，“我们这一程，没有一里路不是在死亡危险中走过的。”
最终，在数周的旅行之后，他们抵达了格拉纳达，将伊莎贝拉的遗体停放在阿兰布拉宫的一座教堂，等待找到一个更合适的安息之地。
仿佛上苍不愿意让她被安葬在格拉纳达，大自然的力量联合起来阻挠她的灵柩被运往那里。将她安葬在塞哥维亚（她和兄长恩里克四世钟爱的美丽城市）就简单多了，但人们害怕斐迪南发怒，于是他们在泥潭中挣扎前进数周，终于抵达了曾经的纳斯尔王朝国都。前往格拉纳达的旅程总是会变成恐怖而难忘的磨难。
首先，根据她的指示，人们将她安葬在纳斯尔王朝一座旧宫殿（被改为一座圣方济各会修道院）的庄严小教堂内。
后来，1521年，伊莎贝拉的遗骸被转移到格拉纳达市中心一座豪华大教堂内，墓穴上方设有威风凛凛的大理石雕像。她想要的是一座简朴的坟墓，只要有与地面齐平的石碑就可以了。她希望自己长眠在伊莎贝拉公主身侧，但她女儿的遗体始终没有被迁往那里。伊莎贝拉女王的长眠之所被宗教符号所环绕，就像穆斯林在阿兰布拉宫的墙壁上一遍又一遍地书写“唯有真主是胜利者”一样。
