1月中旬，拉比埃努斯离开了恺撒，他是恺撒阵营中一个主要的变节者。拉比埃努斯从一开始就担任恺撒的高级军团长，陪同他在高卢征战，并且证明了自己是恺撒麾下最有才干的高级军官。与其他军团长相比，拉比埃努斯在《战记》中得到了浓墨重彩的描写。有学者推测，拉比埃努斯在前往高卢之前，或许是前60年，曾担任裁判官，但这种说法绝对没有任何证据。如果这是真的，那么拉比埃努斯到内战时至少已经五十岁了，早就有资格竞选执政官了。为了辅佐恺撒，拉比埃努斯事实上推迟了自己的从政生涯，以便在高卢继续作战。作为军团长，拉比埃努斯赢得了一些荣耀，尽管大部分荣耀都归属恺撒。如果拉比埃努斯自己是一位行省总督，而不是别人的下属，那么他独立开展的一些行动，如前54年至前53年之间和前52年镇压叛乱部落的行动，一定能为他赢得一次凯旋式。他在高卢战争期间也发了财，因为恺撒在赏赐钱财上极其慷慨大方，但在与他人分享荣誉上却很吝啬。西塞罗为拉比埃努斯的暴富感到遗憾。如果卡图卢斯诗中的“屌人”（Mentula）的确指拉比埃努斯的话，拉比埃努斯可能还招致了卡图卢斯的讥讽。恺撒极可能打算进一步赏赐拉比埃努斯，并希望拉比埃努斯与自己一同在前48年担任执政官。早在前50年夏季，就有传闻称，拉比埃努斯开始对恺撒三心二意，但恺撒对自己的高级军团长仍然表示信任，派他去内高卢；内高卢离意大利较近，因此也更容易受到反对派的影响。但最终恺撒的这个姿态未能奏效，拉比埃努斯加入了恺撒的敌人。他可能仅仅是选择忠于旧主，因为他来自皮基努姆，那个地区受到庞培家族的极大影响。有学者推测，拉比埃努斯过去曾在庞培麾下服役，也曾得到过庞培的支持。这些原因都是可信的，但私人恩怨也同样重要。历史上成功的军事家们往往极其自负，常常贬低其他人的才能，嫉妒其他人的名望。拿破仑的元帅们和第二次世界大战期间的盟军高级将领们就是例子，其他的例证还有很多。拉比埃努斯最好年华的很大一部分都给了恺撒，似乎觉得自己没有得到充分的认可。他也许感到高卢战争期间罗马人之所以能够得胜，要感谢他的能力和行动，而不是恺撒。史料给人的印象是，拉比埃努斯颇为粗鲁无礼，绝不是讨人喜欢的角色。他背叛恺撒很可能是对自己始终只能屈居第二而心怀不满，并且坚信自己的真正价值没有得到认可。拉比埃努斯或许还判断，恺撒有可能会输掉内战，尤其是在恺撒失去了他的才华支持之后。恺撒得知拉比埃努斯叛逃后，决定做一个新的姿态，命令将拉比埃努斯的行李辎重全部送给他。
面临战争，许多人都希望站到正确的队伍中，为自己谋利益。早在前50年8月，西塞罗的通信伙伴凯利乌斯·鲁弗斯就表达了自己玩世不恭的观点：
你当然不会忘记，在国内纠纷中，只要是在宪法框架之内进行，而不诉诸武装冲突，那么人们就应当拥护更符合荣誉的一方；但在战争中，人们却支持更强大的一方，并坚持认为强权就是公理。在这场斗争中，我可以预见元老院和“律师”们，所有那些心惊胆寒、没有希望加入恺撒阵营的人，都会支持庞培，而恺撒的军队要强得多。
凯利乌斯说到做到，加入了拥有更强军队的一方，而不是得到大多数权贵拥护并且占据道德高地的一方。并不是所有人都同意他对内战双方力量对比的判断。恺撒拥有10个军团，全都是高卢战争的老兵，还有22个在内高卢征募的独立大队（相当于2个军团），以及来自高卢和日耳曼的辅助部队和盟军。由于战损、事故和疾病，这些军团的实际兵力应当与纸面数字有差距，尤其是那些服役时间最久的军团。往高了估计，恺撒在前49年初实际掌握的兵力可能有4.5万人，但数字也可能更接近3万～3.5万人。这些士兵的军事素养比敌人的任何部队都要强。有2个军团原先在恺撒麾下，如今驻扎在意大利南部。其中第一军团在组建时曾向庞培宣誓效忠，但另一个（原先的番号是第十五军团，现在改称第三军团）则是由恺撒征募的。这2个军团都在高卢参加过三次战役。庞培很快意识到，之前的乐观说法（这2个军团都对旧主心怀不满）完全是胡说八道。至少在目前，他对这些部队不太信任，不愿意率领他们去攻击其老战友和统帅。庞培在西班牙各行省的确拥有7个齐装满员、训练有素的军团，但这些部队的实际作战经验极少或者根本没有经验，因此不像恺撒部下那样久经沙场、自信满怀。更重要的是，这7个军团尚在远方，无法参加内战的最初阶段。长远来看，庞培及其盟友能够动员的人力、资金、牲畜和装备资源比恺撒多得多。他们自信地估计意大利全境会有潮水般的新兵加入他们；另外，两位执政官都在他们这边，因此他们能够动用国库的财富。在西班牙、北非和整个东方，庞培的门生故旧满天下，这些人都能为他提供兵员和金钱。但动员所有这些资源、征募军队、提供装备和后勤支持，以及训练新兵，都需要时间。庞培及其盟友在战争爆发前最后几个月中固执己见、拒绝妥协的一个原因就是，他们绝对自信，认为自己拥有极其强大的军事力量，能够轻易地压倒恺撒。总的来讲，如果恺撒给他们时间来准备的话，他们的这种判断倒可能是正确的。
意大利战役，1月～3月
恺撒渡过卢比孔河的消息令其对手目瞪口呆。在1月，野战军的补给非常困难。虽然之前有一些传闻，但他们很可能知道，恺撒的军队主力仍然在阿尔卑斯山以北。即便在颁布元老院终极议决和开始动员之后，很多人仍然真心实意地相信，恺撒在看到他们如此团结、无比强大之后，一定会妥协。还有人推测，恺撒会等待作战季节的到来，在采取行动之前小心地集结兵力；或许会保持防御状态，以等待时机与元老院继续谈判。1月7日之后的几天内，元老院多次开会。为了让庞培安慰元老们，会议是在城市界线之外召开的。他的岳父获得了叙利亚总督的职位，而多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯将前往外高卢担任总督。恺撒在《战记》中说，他们没有按照惯例在公民大会投票以批准这些任命。但这两人都按常规举行了外放行省总督的仪式，并匆匆赶往各自的辖区。获得其他任命的资深裁判官也是如此。其中一名资深裁判官被任命为内高卢总督。恺撒的敌人们公开决定以武力镇压他，但他们尚未做好准备。征兵工作正在进行，军队和装备正在集结，但意大利绝没有做好抵挡入侵的准备。恺撒在采取行动之前一定希望手边拥有更多兵力，从这个角度说，他也没有准备好。他已经指示其他几支部队前来与他会合，但他们要过一段时间才能抵达。他的敌人还没有准备就绪，如果继续等待，敌人就会变得更强大。恺撒是个雷厉风行、从来不会耽搁的人（除非耽搁对他绝对有利），他仅仅率领着第十三军团，开始推进。
图9 前49年，意大利战役
他的部下已经占领了阿里米努姆，这座城市没有抵抗他。他在那里待了一段时间，同时派遣安东尼率领5个大队去占领阿雷提乌姆（今天的阿雷佐）；还派遣了3个大队，分别去占领皮索鲁姆、法努姆（现代的法诺）和安科纳。目前没有发生交战。恺撒渡过卢比孔河的消息似乎于1月17日抵达了罗马。庞培及其主要盟友迅速离开了罗马城，因为庞培很快意识到，他目前没有足够兵力去阻挡恺撒。这意味着所有的行政长官都抛弃了罗马城，目前共和国的政治生活已经停止了正常运转。许多骑墙派元老想起了马略和苏拉攻入罗马城时的血雨腥风，于是和庞培一起撤退了。其他元老则离开罗马城，躲到自己的乡间别墅，保持低调。大约在这个时候，一些非正式的使节来到了阿里米努姆去见恺撒。其中有卢基乌斯·尤利乌斯·恺撒，他的父亲曾担任执政官，他本人则担任恺撒的军团长达数年之久。他带来了庞培的书信。庞培向恺撒保证，他的行动不是出于对恺撒的私人仇隙，而是为了履行对共和国的义务。庞培敦促他的老盟友自行放弃指挥权，以避免内战。裁判官卢基乌斯·罗斯基乌斯带来了类似的请求。恺撒回答说，他的全部意愿就是行使罗马人民以合法方式授予他的权力。他的敌人招兵买马已经有一段时间了。如果他们要和平，那么庞培应当前往自己的行省，然后庞培与恺撒两人都应当放弃指挥权，同时解散各自的军队，以及意大利境内的所有其他军队。恺撒请求庞培前来与他面谈，这不是他最后一次提出这样的请求。到1月23日，小卢基乌斯·恺撒来到了庞培身边，此时庞培在阿普利亚的忒阿努姆。根据西塞罗两天后的书信：
庞培愿意接受恺撒的条件，前提是恺撒必须立刻撤离他占领的在他行省边界之外的城镇。他们答复说，完成这个前提之后，我们应当返回罗马城，在元老院解决这个问题。现在我希望我们能够维持和平。一方的领导人悔恨自己的鲁莽和愚蠢，另一方则懊恼自己的力量薄弱。
庞培的提议被以书面形式送到恺撒那里。用恺撒自己的话说，这提议就是他应当“返回高卢，放弃阿里米努姆，解散他的军队”。在他看来，这是“不公平的买卖”。提议中未提及庞培将于何时前往其行省，也没说他将在何时放弃指挥权、解散军队。很显然，庞培实际上是要求恺撒放弃他凭借突然人侵意大利而占据的军事优势。敌人要求恺撒撤退并相信他们会在元老院未来的某一次会议上同情地倾听他的要求。恺撒没有理由相信，未来的会议会比过去十八个月的辩论对他更有利。庞培及其盟友并不信任恺撒，也不期望他会接受这个提议，因此仍然继续招兵买马。恺撒也不信任他们，不肯迈出和平的第一步，即返回自己的行省。让恺撒感到特别挫败的是，庞培不肯与他面谈。过去两人相处融洽，恺撒似乎相信能与自己的前女婿达成真正的协议。庞培或许拿不准主意，不知道自己会不会被恺撒说服。庞培害怕暗杀到了病态的地步，而且曾经目睹一场极其残酷的内战，因此他或许不肯冒险去面见恺撒。不过，说到底，他不肯与恺撒面谈，也可能是为了他与加图和其他新盟友的关系。他与这些人的联盟是前不久的事情，而他与恺撒的友谊则更悠久，维系的时间也更长。不管庞培自己的想法是什么，他深知如果他私下会见恺撒，加图等人就不会再信任他的诺言和坚定不移。加图已经敦促元老院任命庞培为最高统帅，直到击败谋反的资深执政官恺撒。两位执政官和前任执政官们过于倨傲，不肯接受其他人的指挥，于是驳回了加图的请求。盟友内部的嫉妒和猜忌就像敌对双方的互不信任一样，都无助于通过谈判达成妥协。
恺撒继续前进。他得到消息称，伊古维乌姆有5个大队的驻军，指挥官是资深裁判官昆图斯·米努基乌斯·泰尔姆斯，但市民们支持恺撒。和恺撒一起在阿里米努姆的2个大队连同驻扎在皮索鲁姆的1个大队，在库里奥指挥下奔向伊古维乌姆。泰尔姆斯撤退了，他手下的新兵开了小差，各自回家，库里奥的部下在伊古维乌姆受到了群众的欢迎。恺撒信任当地居民对他的善意，继续前往奥克希努姆，并很快占领了皮基努姆，这里据说是庞培家族势力范围的腹地。发生了一场小规模战斗，抓了一些俘虏，但群众普遍不愿意起来反抗恺撒及其部下。反对恺撒对平民没有什么吸引力，何况恺撒的军队纪律森严，并没有抢劫或侵害平民。一些庞培派士兵甚至倒戈，加入了恺撒军队。很多社区还记得，恺撒曾将在高卢获得的一些战利品馈赠给他们。让恺撒特别满意的是，就连曾受到拉比埃努斯特别照拂的秦古鲁姆也自愿为恺撒打开了城门。
此时已是2月，恺撒将第十三军团各单位集中了起来，第十二军团也赶到了他身边。在阿斯库路姆，又一支庞培派军队望风而逃。一直到科尔菲涅乌姆，恺撒才遇到一些像样的抵抗。在那里指挥的是多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯，他目前还没有办法接近自己的行省。他和自己的部下集结了30多个大队的军队，但这些完全是未经训练的新兵。庞培并不希望阿赫诺巴尔布斯坚守该城，因为他知道，这些毫无经验的新兵与恺撒的老兵对抗，必然只能有一个结果。庞培本人此时在更远的南方，掌握着第一军团、第三军团和一些新兵。但他并没有权力向阿赫诺巴尔布斯发号施令，只能给他写信，敦促他放弃科尔菲涅乌姆，前来与他会合。多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯不是个容易改变主意的人，他回信请求庞培来与他会合。恺撒那边在战略上就没有这样的分歧了。他包围了科尔菲涅乌姆，驱散了一些企图摧毁城外桥梁的敌军。不久之后，苏尔莫镇发出求援呼吁，于是安东尼率领全军的四分之一开赴苏尔莫。这又是一场不流血的胜利。庞培派军队的指挥官被俘虏，押送到恺撒面前，很快被释放了。与此同时，恺撒军队在搜集粮草，准备攻打科尔菲涅乌姆。三天后，恺撒军队实力大增，第八军团和22个在外高卢征募并得到罗马军团士兵的标准训练和装备的大队赶到了。这些部队开始建造一道围城防线，并加强一些堡垒，以包围该城。
在包围圈封闭之前，多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯收到了庞培的最后一封信。庞培明确表示，他不打算率军来援救科尔菲涅乌姆。多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯判断科尔菲涅乌姆前景不妙，于是公开宣布援军已经在路上，私下里却准备自己逃跑。但他鬼鬼祟祟的动作很快让部下得知了真相。他们召开了一次议事会来决定如何是好，与会者包括多名军事保民官、百夫长们（如果33个大队齐装满员的话，应当一共有近200名百夫长）和普通士兵代表。一些士兵是马尔西人，与他们的指挥官多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯有亲密的关系，因为他的家族地产就在那个地区。起初他们坚决忠于阿赫诺巴尔布斯，甚至威胁要用武力对付其他士兵。但是，在他们确信自己的指挥官打算临阵脱逃后，情绪就变了。阿赫诺巴尔布斯被自己的部下逮捕了，官兵们立即派遣使节去向恺撒投降。这对恺撒来说是好现象，因为他虽然肯定能攻破这座城镇，但那样的话就要被牵制在原地达几周之久。敌军既已投降，问题在几天之内就解决了。但他不愿意立即进城，因为天已经黑了，他担心自己的士兵进城之后在漆黑的大街小巷上胡作非为。目前为止，他的军队还没有像以往经常做的那样，在行军沿途烧杀抢掠。他命令部队在包围科尔菲涅乌姆的防线上彻夜保持警戒状态，以阻止敌人逃跑。快到黎明时，城内的一名庞培派主要将领普布利乌斯·科尔内利乌斯·兰图鲁斯·斯宾特尔（他于前57年担任执政官）出来投降。很快，其他的高级军官也投降了。
恺撒对阿赫诺巴尔布斯的描述当然不是很正面，其他史料对阿赫诺巴尔布斯就更加严厉了。据说阿赫诺巴尔布斯打算自尽，命令他的医生提供毒药。但他听说恺撒不会处决重要的犯人时，立刻懊悔了自己的鲁莽行为。医生告诉他，他已经服下的毒药剂量极小，对身体无害。他听了这话不禁喜上眉梢。然后多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯出去向恺撒投降，他和恺撒的对抗至少持续了十年。投降的庞培派人士有50名元老和骑士，日期可能是2月21日。恺撒命令将这些俘虏带到自己面前，重述了自己的观点（他遭到了元老院不公平、不合法的待遇，被强迫诉诸武力），并提醒其中一些人，他在过去可没有亏待他们。之后，所有俘虏都被释放了。恺撒之前已经贯彻了宽大为怀的政策，但此前还没有这么多、这么高贵的俘虏享受到他的仁慈。阿赫诺巴尔布斯携带了600万塞斯特尔提乌斯的公款，用来支付军饷。科尔菲涅乌姆的行政长官将这笔钱交给了恺撒，但他命令将钱退还给他的敌人，免得让世人觉得“恺撒不伤害敌人的性命，却贪恋钱财”。投降的士兵则被要求向恺撒宣誓效忠。不久之后，这些降兵就将在库里奥的指挥下，在西西里和阿非利加为恺撒而战。
恺撒在科尔菲涅乌姆的宽大为怀很快就流传开来，他的温和节制也成为其宣传攻势的核心部分。所有人都以为恺撒会像苏拉或马略，或者像庞培那样大开杀戒。当然没有人敢指责庞培，尽管曾经他的绰号是“年轻的屠夫”。恺撒的士兵纪律严明，从不抢劫平民，只有在遇到抵抗的时候才动武。即便他的死敌也被释放，不过兰图鲁斯和阿赫诺巴尔布斯获释后马上又跟恺撒作对。意大利的绝大部分人民对内战的原因不感兴趣。大部分群众对庞培和恺撒都十分尊重，认为他们是共和国的优秀公仆。假如恺撒的军队一路烧杀抢掠地穿过意大利，就可能让更多平民转而反对他。他宽大为怀的政策是非常务实而有效的。庞培几个月前吹嘘会有一支支大军从意大利土壤中崛起并为他效力，事实并非如此。一位元老尖刻地说，现在伟人庞培或许应当跺跺脚了。庞培很早就断定，罗马城是守不住的。后来他又得出了新的结论，他手中只有2个具备作战经验但或许不可靠的军团，以及一些毫无战斗力的新兵，因此他在意大利本土没有办法打败恺撒。他打算改换战场，将自己的军队带到大海对岸的希腊，在那里训练部队，并在东方各行省的支持下集结一支大军。其他元老不会支持他的这个计划，再加上他要向恺撒隐瞒自己的意图，因此起初庞培没有把这个计划告诉其他人。在科尔菲涅乌姆的抵抗浪费了相当于3个军团的兵力，但庞培成功地将自己军队的剩余部分集中在了布隆迪西乌姆（现代的布林迪西）。他征用了一些商船，开始将人员和装备运过亚得里亚海。这是一项漫长而复杂的任务，但庞培一直擅长大规模的组织工作，开始以自己的娴熟技能着手此事。
恺撒于3月9日兵临布隆迪西乌姆城下。他手中有6个军团，包括久经沙场的第八、第十二和第十三军团，以及一些新兵和可能来自外高卢的大队。其中部分兵力很快将被正式改编为一个新的军团，即第五“云雀”军团，这个名字的来源可能是该军团士兵与众不同的头盔羽饰或盾牌徽记。庞培则只有2个军团的后卫部队，正在等待登船。恺撒命令部下开始建造障碍物，以封锁通往港口的狭窄水道。守军也利用自己的工程技能，阻止恺撒军队的行动。双方又多次尝试谈判，但始终无果。庞培又一次拒绝与恺撒面谈。庞培军队最后准备就绪，于3月17日夜间撤离布隆迪西乌姆。除了2艘船在恺撒军队建造的障碍物处搁浅之外，庞培全军安然逃脱。城镇居民向恺撒军队指出了敌人撤离前设置的陷阱。据恺撒说，平民终于可以表达他们对庞培军队的憎恨了，但他们帮助恺撒军队无疑也是为了避免遭到军队的虐待。庞培带领一支相当强大的部队撤退了，假以时日，他能够以此为骨干，组建一支大军。万事俱备之后，他便可以从希腊入侵意大利，就像当年苏拉那样。庞培常说：“苏拉这么干过，我为什么不行？”
罗马
恺撒目前无法追击敌人。庞培军队已经将该地区的绝大部分商船集中起来带走了，要从其他地区搜集和调动船只需要很长时间。恺撒不愿意原地坐等，不愿意处于守势，更不愿意将主动权拱手让给敌人。此时已是春季，是常规作战季节的开端，军队在此时行动会比较便利。恺撒的军队主力（约7个军团和为数众多的盟军及辅助部队）仍然在阿尔卑斯山以北。庞培最好的几个军团在西班牙半岛，与其统帅断绝了联系，由他的军团长指挥。目前他们还很消极，但这种情况不可能永远持续下去，尤其是假如恺撒集中全部力量渡海入侵希腊的话。去西班牙不需要舰队，而且从那里军队也能够轻松地进军高卢或意大利。但是，庞培组建和训练军队则要花费好几个月时间，所以他在前49年不大可能从希腊入侵意大利。庞培也没有无所事事，他和他的盟友计划切断各行省通往意大利的粮食补给线。击败庞培的西班牙军队就相当于打击他的最精锐部队，削弱他的力量，尽管这不会是战争中最具决定性的战役。这种策略十分有效，而且它是完全可行的。恺撒毫不犹豫地决定攻击在西班牙的庞培军队。他开玩笑地说，他要先收拾掉“一支没有将军的军队”，然后去希腊对抗庞培，消灭“一位没有军队的将军”。同时，库里奥将负责保卫西西里的安全，确保当地的余粮继续被运往意大利。另一支部队将占领撒丁岛。
恺撒在军事上控制了整个意大利，没有一座设防城镇或都市抵抗他。时间紧迫，庞培的力量一天天强大，所以恺撒急于开赴西班牙。大多数行政长官和一些显赫元老投奔了庞培。更多元老留在意大利，仍然在骑墙观望。恺撒希望元老院照常开会，好让世人觉得国家机器在这样的危机时期仍然在运转。他的敌人声称，他们才是真正共和国的代表。恺撒要挑战敌人的这种观点，表明国家机器仍然在罗马运作，它也理应在罗马；也明确表示自己的事业是合法的，他并不是反对共和国，而是反对一个篡夺了共和国权力的派系。因此，他希望尽可能多的元老参加4月1日的会议。西塞罗还在意大利，恺撒的盟友们给西塞罗写了很多信，劝说他来开会。演说家曾经非常努力地避免战争局面的出现，并且对很多人的热情好战感到惊恐失望。战争开始后，他看到庞培迅速放弃了罗马城，深感震惊；后来意识到庞培打算完全撤出意大利，更是愤怒。西塞罗对庞培抱有长期的、深切的忠诚，从一开始，他的本能和判断都告诉他，不管发生了什么事，他都应当站在庞培那边。庞培常常辜负西塞罗，并不总是给予西塞罗应得的赞誉，并且与克拉苏和恺撒结为盟友。最严重的是，当克洛狄乌斯迫使西塞罗流亡时，庞培没有出手相助，而是袖手旁观。即便如此，西塞罗对庞培仍然有着很深的感情。他还希望伟大的庞培有一天能够发挥出西塞罗相信他拥有的全部潜力，成为共和国内一支为善的力量。但自西塞罗结束流亡归国以来，庞培和其他人就鼓励他与恺撒交好。西塞罗除了与恺撒进行热情洋溢的通信，参加恺撒的建筑工程，以及让昆图斯在恺撒军中服役之外，还从恺撒那里借了一大笔钱。在战争爆发前的几个月里，西塞罗如坐针毡，因为他不希望别人以为他被恺撒收买了，但他更不愿意让人觉得，他是因为想赖恺撒的账才反对他的。
西塞罗对自己奇里乞亚总督的职位不感兴趣，但还是小心地履行义务。在针对阿玛努斯山区部落的战役中，他（实际上是他的更有经验的军团长）赢得了一场小胜。演说家算不上一位军人，却渴望为了自己的这次成功赢得凯旋式。前50年，元老院投票决定为他举行公共感恩活动，按照常规，这是授予凯旋式荣誉的前奏。加图曾反对这项动议，后来一本正经地告诉西塞罗，他之所以反对给西塞罗公共感恩，是因为他觉得西塞罗值得奖赏的是他稳妥、清廉的为官之道，这对共和国更有价值。库里奥起初也反对授予西塞罗公共感恩的荣誉。感恩活动期间政务不能运作，库里奥或许是担心恺撒的政敌会借机操控处理政务的日程，对恺撒不利。但恺撒迅速指示库里奥支持这一动议，于是动议最终轻松地通过了。加图给西塞罗的伤口上撒盐，成功地推动元老院授予毕布路斯二十天的公共感恩，毕布路斯也曾在阿玛努斯山区作战，此地是奇里乞亚（西塞罗的行省）和叙利亚（毕布路斯的行省）的边界。加图的女婿毕布路斯事实上在战役中建功甚微，遭遇过至少一场大败。向他授予任何荣誉都是值得商榷的，何况是这么长时间的感恩，但加图就是要让自己女婿得到的感恩时间超过庞培曾经得到过的；只有恺撒曾得到过二十天的公共感恩。西塞罗接受了加图的虚伪行为，认为若是要在政坛取得成功，虚伪是少不了的。在西塞罗之前担任奇里乞亚总督的是阿庇乌斯·克劳狄，他对行省百姓万般压榨，中饱私囊。西塞罗私下里将克劳狄的行径描述为“野兽”恶行，但与克劳狄本人交往时始终保持礼貌，甚至是热情。尽管如此，加图的这一招还是让西塞罗颇感怨恨。表决之后，恺撒写信祝贺西塞罗，无疑让西塞罗赢得凯旋式的信心大增，并且大肆宣扬他的老对手加图的双重标准。
内战爆发时，西塞罗的处境十分窘迫。他还没有放弃自己的资深执政官军权，因为他还在等待自己渴望的凯旋式。因此他身边还有执法吏侍奉，还有权指挥军队。尽管他十分不赞同庞培、加图和多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯及其同党的态度和行为，但他还是觉得自己不能反对这些人，也不能不支持当年合法选举产生的执政官。西塞罗得到了征兵的任务，但很快就放弃了，认为此事已经不切实际，后来就没有在战争中发挥任何积极作用。恺撒渡过卢比孔河，西塞罗认为这是令人震惊的弥天大罪，但后来他听说恺撒对被俘的庞培军队宽大为怀，对恺撒的态度又软化了一些。西塞罗写信给恺撒，赞扬他的仁慈，尤其是对兰图鲁斯的宽容（兰图鲁斯在前63年曾支持过西塞罗）。庞培前往布隆迪西乌姆后，西塞罗与庞培便断了联系。西塞罗也没有努力投奔到庞培身边，因为他痛恨庞培撤离意大利的战略。西塞罗待在自己的一座乡间别墅，静观事态发展。3月初，可能是在布隆迪西乌姆陷落之前，恺撒给演说家写了一封短信，敦促他：
不必怀疑，我曾多次对你感恩戴德，并且希望将来能有更多感激你的理由。这是你应得的。但在此之前，我有求于你。因为我很快将到罗马，所以我希望能在那里见到你，听取你的建议，享有你的善意，目睹你的尊严，得到你的援助。此信结尾如同开端。请原谅我的匆忙和此信的简略。
西塞罗于3月19日回信，询问恺撒信中所谓他的“善意”与“援助”具体指的是什么。他重申自己愿意为了和平而努力，只要和平能够保护“我们共同的朋友庞培”；因为如果恺撒和庞培两人和解，将最有利于共和国的利益。26日，恺撒又写了一封信，感谢西塞罗赞扬他的仁慈，并表示“我的天性中绝无残酷的念头”。恺撒又一次敦促他到罗马来，这一次说他需要西塞罗的“建议和资源”。另一个鼓励因素是，演说家的女婿普布利乌斯·科尔内利乌斯·多拉贝拉目前在恺撒军中，恺撒向演说家保证，自己对这个年轻人很是器重。两天后，恺撒与西塞罗在福尔米亚会面了。西塞罗决心不被对方利用，坚决不肯前往罗马：
他（恺撒）反复说，我的拒绝是对他的谴责。如果我不去的话，其他人去的可能性就小了。说了很多之后，恺撒说道：“那么来吧，来谈谈和平。”“是作为完全自由的人来吗？”我问道。他说：“难道我会教你该说些什么吗？”“如果那样的话，”我说，“我会在元老院发言，说元老院不会批准你率军前往西班牙或者派遣军队去希腊。何况，我会为格奈乌斯（即庞培）的命运而哀叹。”然后他说：“我真的不希望你这么发言。”“我就知道你会这么想。但我不想去那里。因为我一旦去了那里，就控制不住自己的舌头，一定会表达自己的真实想法，以及更多。因此我就干脆不去罗马。”
恺撒敦促西塞罗再好好考虑。西塞罗确信恺撒此时对他已经没有好感，但觉得自己收回了一些自尊。会谈快结束时，恺撒唐突地说，如果西塞罗不肯辅佐他，他就会寻找其他人的协助。这话显然有威胁的意味。在演说家看来，恺撒的军官们鱼龙混杂，这让恺撒的威胁显得更加严重。
在保民官安东尼和卡西乌斯的传唤下，元老院于指定日期召开了会议。为了让资深执政官恺撒能够参会，会议是在城市的正式边界之外举行的。这种做法是合乎规程的，尽管后来至少西塞罗不愿意承认它是正式会议，只肯说这是一次非正式集会。与会者少得可怜，显赫人士们都没有到场。即便如此，恺撒还是利用这个机会，公开地重申自己受到的冤屈：他仅仅希望能够行使保民官们以合法程序授予他的特权。但庞培的态度却渐渐发生了变化，认为是恺撒的私敌们对他的刻骨仇恨才迫使他诉诸武力。更为务实的举措是，恺撒请求元老院派遣使者去与庞培谈判、和解。恺撒宣称，他自己的雄心壮志便是在“司法和正义”上表现出与他在军事行动中表现出的同等的才华。恺撒的动议通过了，但没人愿意去当这个使者。恺撒始终是个平民派，并没有将自己的注意力局限于元老院。安东尼召开了平民大会，对一些措施做了表决。在这次集会之前，恺撒向群众做了演讲，又一次解释了自己的行为，并责怪是他的政敌挑起了战争。他向群众保证，罗马城仍将得到粮食，甚至许诺给每一位公民300塞斯特尔提乌斯的赠礼。和元老院里的情形一样，群众的反应是沉默。人们还记得马略和苏拉的凶残报复，而战争的前景并不明朗。在《战记》中，恺撒声称，庞培曾威胁将留在意大利的人也视为恺撒同党。说到底，所有阶层的绝大多数人对内战双方都没有什么强烈的感情，只希望保持中立，安全地度过这场内战。有些人被恺撒的言辞和态度说服了，但大多数人仍然很谨慎。唯一公开反抗恺撒的是一个叫作卢基乌斯·凯基里乌斯·梅特卢斯的保民官，他开始在元老院里阻挠恺撒。
恺撒决定动用国库的时候，发生了一场大冲突。征服高卢为他赢得了极大的财富，但他从来就不是守财奴，而是一掷千金地去笼络他的军队，以及收买库里奥和埃米利乌斯·保卢斯这样的人的忠诚。现在，支撑一场庞大战争的成本极高。仅仅几个月之间，他就组建了3个新军团，征募了一些新兵（这年年初时，他握有10个军团、一些独立大队和辅助部队）。后来他还征募了更多部队。所有这些士兵都需要军饷。尤其是对那些曾经在敌人那边服役的士兵，就更不能让他们有不满的理由。更重要的是，这些军队都需要装备和给养。在高卢，恺撒主要依赖同盟者为他提供粮草，但内战的条件是完全不同的。并不是所有的行省和同盟社区都支持他，但他也不能过于严酷地对待那些不支持他的社区，因为他最终还是需要将他们争取到自己这边来。若有需要，恺撒不得不自掏腰包来为军队的很大一部分需求买单。克拉苏曾吹嘘，只有能够用自己的资源征募军队的人才算是真正的富人。恺撒很富有，但他现在的任务是为一场规模宏大的战争提供资金，任何个人都不可能那么多钱。
但是，当他去国库（或者是派人去国库，因为如果他亲自去国库，就必须跨越罗马城的边界）时，梅特卢斯堵在大门口，禁止他进入。国库位于广场上的农神庙。两位执政官在撤离罗马城时将国库大门紧锁，并将钥匙带走。但是，恺撒的士兵们完全无视梅特卢斯，用斧子将大门砍倒了。据普鲁塔克的说法，恺撒唤来铁匠将大门打开，并且恺撒和梅特卢斯在神庙外发生了对抗。保民官不断企图阻挠，恺撒大发雷霆，威胁要把他杀掉。梅特卢斯最后终于让步，恺撒声称自己天性宽宏仁慈，让他发出这样的威胁比让他真正杀人更难。恺撒在1月曾宣称自己要捍卫保民官的权力，如今却和他的敌人一样，随时可以压制和威胁一位保民官。他从来没有隐瞒过，他最终的目标是捍卫自己的尊严。现在战争已经爆发了，要捍卫自己尊严的唯一办法就是打赢战争；而要打赢，他就需要现金。他控制了国库的现金，共1.5万根金条、3万根银条和3000万塞斯特尔提乌斯。另外，恺撒还取走了几百年来一直保存着以防范高卢人于前390年洗劫罗马城那样的悲剧重演的特别资金。恺撒宣称，国家不需要这笔特别资金了，因为他已经永久性地解除了高卢人的威胁。即便如此，他在《战记》中也没有提及此事，仅仅说梅特卢斯在恺撒政敌的撺掇下，处处与他作对。
这是恺撒九年来第一次返回罗马城。他在那里顶多只待了几周，然后便匆匆前往军中。他的大军正在集结，准备远征西班牙。他让马克·安东尼留下掌管意大利。从西塞罗的通信中，我们得知库里奥、凯利乌斯和多拉贝拉等人都坚信，西班牙战役将是非常短暂的，恺撒很快就会得胜。恺撒军队很快占领了撒丁岛和西西里，没有遇到多少强烈的抵抗。恺撒赢得了意大利战役的胜利，但这胜利是空虚的，因为庞培及其军队全身而退了。战争将持续下去，并且已经在蔓延。后来，地中海周边几乎所有国度都被卷入战火。恺撒的敌人仍然很强大，并且越来越强。在意大利，人们看到恺撒没有像苏拉那样草菅人命，不禁松了一口气，但很少有人转变为他的热情支持者。
伊莱尔达战役，前49年4月～8月
恺撒将在西班牙的庞培派军队描述为“没有将军的军队”。庞培在西班牙半岛拥有7个军团，由3名军团长指挥。其中之一是马尔库斯·特伦提乌斯·瓦罗，他是一位广受尊重的学者，著作颇丰，涉猎极广。他与庞培有着长期的政治联系，在前70年为庞培撰写了一部解释元老院程序的手册。他之前就担任过庞培的军团长，在前49年负责掌管外西班牙，但似乎没有多少军事才干。在随后的战役中，他的部队没有与庞培的主力军队会合，没有发挥多少作用。参战的主要是剩余5个军团，指挥官是马尔库斯·佩特列乌斯和卢基乌斯·阿弗拉尼乌斯。佩特列乌斯是两人中较有经验的一位。前63年击败喀提林的那支军队的实际指挥官就是他。据撒路斯提乌斯说，佩特列乌斯当时就已经有了三十年的从军经验。他可能是马略的一位资深百夫长的儿子。到内战爆发时，他一定已经约六十岁了，虽然是一位经验丰富的将领，但大多时候都是担任别人的副手。阿弗拉尼乌斯是前60年的执政官之一，他最有名的地方是擅长舞蹈，其他方面则很平庸。他参加过庞培的几次战役，因此有一些军事经验，但从来没有独当一面。作为一名前任执政官，他的资历比佩特列乌斯深，但我们不知道是他指挥佩特列乌斯，还是两人联合指挥。除了5个罗马军团之外，他们还拥有相当多的辅助部队，包括约1万名骑兵和8个大队的西班牙步兵。这些西班牙步兵大多是重步兵，但也包括一些装备标枪和小型圆盾的轻步兵。
恺撒命令他的军团长盖乌斯·费边带领位于外高卢行省以西（驻扎在纳尔博）的3个军团，控制比利牛斯山的山口通道。费边在完成这个任务之后继续进军，逼近阿弗拉尼乌斯和佩特列乌斯。这两人的军队集中在伊莱尔达（今莱里达）。恺撒还命令另外3个军团（以及5000名辅助步兵和6000名盟军及辅助骑兵）与费边会合。恺撒本人随后出动，但途中在马西利亚城外稍事停留。这个古老的希腊殖民地是罗马最古老的盟友之一。作为高卢总督，他也曾小心地尊重和优待这座城市，但此地与庞培联系紧密，与他的友好关系可以追溯到镇压塞多留的战争时期。马西利亚紧闭城门，不准恺撒进入。马西利亚行政长官声称，他们不懂复杂的罗马政治，但他们觉得不能支持恺撒和庞培中的任何一方去反对另一方。马西利亚人所谓的中立其实是虚假的。多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯率领由他自己的扈从和奴隶组成的军队乘船进入马西利亚港口，得到允许。阿赫诺巴尔布斯家族与马西利亚地区的联系可能也是促使马西利亚人欢迎他的原因之一。多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯并没有因为前不久的投降和被释而羞赧，而是终于抵达了他垂涎多年的高卢行省。马西利亚人立即请他指挥城防，并做好抵抗的准备。恺撒将3个军团调到城外，交给盖乌斯·特雷博尼乌斯指挥。此外还有一队战舰提供支援，其指挥官是曾经率领舰队打击维尼蒂人的迪基姆斯·布鲁图斯。在部队调动就绪准备开始攻城后，恺撒将攻城任务交给部下，自己则在900名日耳曼辅助骑兵的护卫下继续前进。这段时间他非常忙碌，需要制订计划、发布恰当的命令。对敌人来讲，马西利亚失守将是一个沉重的打击，因为它是一个重要港口，其设施和商船队能够为在西班牙作战的军队提供强有力的后勤支持。但恺撒的时间很紧迫，他等不起。虽然指挥军队日理万机，但他还是挤出一些时间给显贵们写信。就在抵达马西利亚之前，他写了一封信给西塞罗，敦促演说家不要鲁莽地加入庞培阵营。
6月，恺撒与费边会合了，此时他的6个军团以及大多数盟军和辅助部队已经合军一处。这6个军团可能是第六、第七、第九、第十、第十一和第十四军团。从数字上看，敌人的兵力可能略占优势。不过我们不知道双方每个单位的具体兵力，所以也很难说。但恺撒军队的士气高涨、斗志旺盛，远胜于敌人。虽然恺撒控制了国库资金，但要满足这场战争的开销仍然是很困难的。于是，“此时，他向军事保民官和百夫长们借钱，然后将现金发给士兵们。他这么做是一箭双雕，因为百夫长们在战争中投了资，必然忠于他；而金钱的赏赐也换得了军团士兵们的热情”。恺撒军队的信心高涨，但是敌人占据了非常有利的防御位置。他们的主营地和伊莱尔达镇在同一座山脊上。一支较小的部队控制着西科里斯河（今塞格雷河）上的桥梁，这条河分隔着两军。恺撒抵达之前，费边已经建造了两座间隔约4里的桥梁，来到了敌人占据的西岸。两支雄壮的大军互相虎视眈眈地据守着。随着时间一天天过去，补给很快就出现了问题，双方都定期派遣搜粮队到河流东岸寻找粮草。费边的2个军团有一次去搜粮的时候，刚刚过桥，桥就坍塌了。阿弗拉尼乌斯派遣4个军团和一支强大的骑兵去攻击他们，所幸恺撒的援兵经过另一座较远的桥梁及时赶到。
战斗两天之后，恺撒抵达了。此时断桥已经修复地差不多，在恺撒的命令下，当夜就完全修好了。这一天，他进行了一次仔细的侦察，尤其查看了地形。次日上午，他只留下6个大队看守营地和桥梁，并率领余下的所有部队推进到庞培军队营地前方的山坡脚下，严阵以待。阿弗拉尼乌斯和佩特列乌斯回应了这一挑战，但将自己的阵线部署在半山坡处，离自己营地的壁垒不远。然后，按照这一时期常规的作战习惯，两军都虎视眈眈地盯了对方一段时间，谁都不愿意冲杀出去。恺撒不愿意冒险出战，因为敌人居高临下，占有地利。当天的某个时间，他自称得知（可能是通过俘虏或敌方逃兵）阿弗拉尼乌斯过于谨慎，不肯出战。于是恺撒决定在原地建造一个新营地。和过去类似的情况一样，恺撒小心地确保己方部队在建造营地的时候不会被敌人抓住可乘之机。恺撒的军队排成常规的三道战线，他将构成第三道战线的大队后撤，命令他们挖掘一道15英尺宽的壕沟。为了保险起见，他们没有建造壁垒；因为那样会太暴露，容易遭到敌人攻击。即便没有壁垒，这么宽的壕沟也足以阻滞敌人的任何攻击了。到晚上，壕沟挖好了，恺撒将其余部队也撤到壕沟之后。夜间，他让部下保持戒备状态，但敌人没有任何动作。次日，3个军团摆好阵势，准备迎敌，而其余部队则派人搜罗建造壁垒所需的材料，同时挖掘与第一道壕沟呈直角、向后延伸的两道壕沟，让营地更加完备。敌人发动了一些骚扰，但被恺撒的掩护部队轻松击退，于是新的壕沟竣工了。第二天，终于在壕沟后方建起了壁垒。
随后，恺撒尝试去占领能够俯视庞培军营与伊莱尔达镇之间地域的一座小丘。他率领3个军团进发，派遣其中一个军团的先遣部队去占领小丘。阿弗拉尼乌斯观察到恺撒军队的动向，他的部下抢先抵达小丘，将企图登山的恺撒军队逐退。《战记》解释说，恺撒之所以遭到此次失败，是因为敌人的作战风格就像西班牙部落，快速奔跑而不顾阵型。事实可能的确如此（恺撒说，在一个地方驻扎太久的部队的作战风格会受到当地人的影响），但他或许是刻意将敌人描绘为非罗马的蛮族。恺撒的读者们对描写与高卢诸部落交战的狂野情节热血沸腾，对描写同胞的手足相残就不是很感兴趣了。双方都投入预备队，战斗持续了近一整天。地形非常狭窄，顶多只能挤进去3个大队，以便组织战线。双方的损失都很惨重，但鏖战5个钟头之后，第九军团的将士们还有足够的精力，手握利剑，最后一次冲向敌人。庞培军队退缩了一段时间，于是恺撒的部下得以撤退。恺撒这边有70人阵亡，包括第十四军团的1名资深百夫长，还有约600人负伤。敌人则损失了约200人，包括1名首席百夫长和另外4名百夫长。双方都相信自己赢了，但事实是恺撒未能达成自己的目标，即占领小山。
随后天气对战局产生了影响，瓢泼大雨导致河水猛涨，冲垮了费边的两座桥梁。于是，恺撒及其军队的补给线（给养由盟军运来）被切断了，也无法得到增援。一群前来加入恺撒军队的高卢人遭到敌军一支强大袭扰部队的攻击，损兵折将，最后撤到了一个防御阵地。士兵们努力修桥，但起初都未能成功，于是口粮配给下降到很糟糕的程度；若是长时间这样，士兵们的健康必然会受到严重损害。过了几天之后，士兵们开始搭建覆盖皮革、木制框架的简易小舟，就像他们在不列颠见过的那种。在夜色掩护下，他们将这些小舟装到大车上，运到22里之外的一个地点，并在河边的一座小山后建立了一个小营地。随后1个军团被派到那里，一些士兵乘小舟到达河对岸，两天之内就建造了一座新桥梁。高卢人和他们押运的粮草利用这座桥过了河，与主力部队会合。危机暂时解除了，但恺撒还远远没有打败敌人。出现了一些振奋人心的迹象：一些西班牙社区感到战局在向有利于恺撒的方向扭转，于是派遣使节来，承诺要投奔他。恺撒要求这些西班牙社区都向他提供急需的小麦。新桥是一道至关重要的生命线，但距离较远，不是非常方便。恺撒的士兵们开始挖掘运河，将西科里斯河的河水引走，开辟了一个简单的渡口。此时庞培军队的两位军团长感到自己的位置太暴露，因为恺撒的骑兵数量在增加，也越来越自信，这让庞培军队的搜粮行动越来越困难。他们决定撤往凯尔特伊比利亚人居住的地区，这些人对庞培特别友好。
