前48年10月，恺撒又一次被任命为独裁官，但与第一次不同，这一次他当上独裁官不仅仅是为了主持选举。这一次没有选举下一年的执政官或其他行政长官（平民保民官除外）。这或许是因为恺撒无法返回罗马城，但又不想将主持选举的任务下放给其他人。按照常规，独裁官的任期只有六个月。苏拉对这项规矩置若罔闻，担任独裁官一直到他自愿辞职为止。恺撒虽然不想让大家觉得他在模仿一手炮制了流放政策以迫害政敌的苏拉，但他需要官方权力。执政官塞维利乌斯任命恺撒为独裁官，任期一年，于是对他的权力施加了一些限制，尽管这已经是正常任期的两倍。独裁官没有与他平起平坐的同僚，而是有一名下属，这名下属的头衔是“骑兵统帅”。这个官位在最初设立的时候，独裁官负责指挥重步兵，即罗马军团，而他的副手负责指挥由贵族组成的骑兵。恺撒的骑兵统帅是马克·安东尼。在一段时间内，观鸟占卜师的祭司团（安东尼本人也是其成员）抗议说，让一名骑兵统帅任期超过六个月是不合适的。但这个奇怪的抗议很快被撤销了。法萨卢斯战役之后，安东尼返回了意大利。从前47年1月到恺撒于秋季返回，安东尼在意大利就是实际上的头号实权人物。他作为二把手是非常优秀的，但在独掌大局的这几个月里，他的行为越来越放肆。他经常大摆筵席，非常奢靡和公开地宴饮。他酒量惊人（后来他写了一本关于饮酒的书，其中似乎包含了许多吹嘘自己酒量的狂言），据说他处理政务的大部分时间都是醉醺醺的或者至少还在遭受宿醉的折磨。至少有一次，他打断了广场上的集会，在众目睽睽之下呕吐。有的时候，他带领盛大的车队巡游全国各地，他本人操作一辆高卢（可能是不列颠风格）战车，后面的马车上载着一名著名的女戏子（当时是他的情妇），还有一辆车载着他母亲。整个车队的最前面有为他开道的执法吏，这是非常不像话的景象。他有时将自己打扮成赫拉克勒斯。有的史料甚至说，他尝试用一组狮子给他拉车。除了这个情妇之外，他还毫不避讳地和一些元老的妻子通奸，造成了极大的丑闻。马克·安东尼醉心于权力，而他的行为让温和派的人们相信，从长远来看，恺撒的胜利肯定会带来暴政。
安东尼没有办法很好地处理他在前47年遇到的问题，这些问题相当严重，全都直接或间接缘于恺撒的长期不在。在庞培的图章戒指被送回罗马、公开展示之前，人们普遍不相信他已经死了。庞培派的很多人在法萨卢斯投降了，其他人则在随后的几周内投降。西塞罗当时不在法萨卢斯，但他立刻判断，战争已经输掉了。加图提议让西塞罗当最高统帅，遭到西塞罗的拒绝。庞培的儿子格奈乌斯想要当场杀掉演说家，被加图拦住。西塞罗返回了意大利，但是安东尼告诉他，在得到恺撒的具体指示之前，不能赦免他，也不能允许他返回罗马。但一连几个月都没有恺撒的消息，而且也不确定他是否能战胜敌人、在埃及战争中生存下来。与此同时，加图率领狄拉奇乌姆的驻军渡海来到了昔兰尼加，随后通过陆路来到阿非利加行省，与梅特卢斯·西庇阿、拉比埃努斯、阿弗拉尼乌斯、佩特列乌斯和其他许多庞培派的顽固分子会合。他们全都决心将战争继续打下去。努米底亚国王朱巴一世支持他们。多年前在一次庭审中，恺撒曾拉扯朱巴一世的胡须。朱巴一世在前不久击败库里奥的作战中起到了关键作用。随着时间一天天过去，他们的力量越来越强。到夏季的时候，人们已经担心，他们可能会进攻西西里或撒丁岛，甚至意大利本土。对西塞罗这样的人来说，这是令人心急如焚的事情。他们开始考虑，自己向恺撒投降是不是操之过急了；他们还记得，庞培派许多领导人对那些仅仅保持中立的人也抱有莫大仇恨。西塞罗所希冀的仅仅是能够恢复一定程度的正常的政治生活，他的紧张焦虑更使他对恺撒感到愤怒，因为恺撒没有更快地结束战争。
恺撒的老兵们同样感到沮丧，因为大多数经验丰富的军团，包括第九军团和第十军团，在法萨卢斯战役之后就被送回了意大利。他们在那里坐等，一连几个月无所事事，只能思考着自己蒙受的冤屈。有些服役期满的士兵希望退役回家，而所有人都记得，在过去几年里，恺撒曾承诺给他们赏金和土地。在一些百夫长和军事保民官的领导下，这些军团很快处于哗变状态，将被派去恢复秩序的军官们乱石打死。安东尼不得不亲临军营，但他也无法解决问题、恢复秩序。他不在罗马期间，一些平民保民官在罗马城兴风作浪。其中之一是西塞罗的女婿多拉贝拉，他也开始像凯利乌斯那样鼓吹废除债务。一些人感到机会来了，想在这个充满不确定性的时期为自己争取更好的地位，于是广场上又一次发生了暴乱。最后，安东尼带领一些没有参加哗变的部队返回了，利用这些部队恢复了秩序。元老院通过了终极议决，支持安东尼。安东尼有效地平定了暴乱，但这更让世人觉得，恺撒政权仅仅是凭借武力而存在的。安东尼非常讨厌多拉贝拉，多拉贝拉也憎恶他。安东尼相信多拉贝拉与他的妻子有奸情，这更让两个男人间的关系恶化。安东尼很快就和他的妻子离婚了。
哗变士兵、债务人和旧敌人
恺撒在从布隆迪西乌姆前往罗马的途中遇到了西塞罗，热情洋溢地欢迎他，随后立刻赦免他，并鼓励他返回罗马。原本胆战心惊的西塞罗松了一口气，感到很开心。在恺撒不在罗马城期间，元老院授予他自行决断以对付敌人的权力。当然自内战爆发以来，恺撒一直都是自行其是。如今元老院的法令给他的做法增加了一些官方合法性。此外，他还获得了缔结条约和对外宣战的权力，以及主持（实际上就是控制）所有高级行政长官选举的权力。尽管恺撒直到10月初才返回罗马，他决定使用这最后一项权力，在本年度的余下时间指定一些行政长官。他选择昆图斯·弗费乌斯·卡雷努斯和普布利乌斯·瓦提尼乌斯为执政官。瓦提尼乌斯就是在前59年帮助他获得高卢总督职位的那个保民官。这两人都曾担任他的军团长。其他的行政长官职位和一些由于近些年的战争而空缺的祭司职位，也被赏给了他的支持者。这些新任行政长官的任期其实都极短，没有足够的时间去做任何事情，但需要奖赏的人太多，恺撒不希望自己慷慨大方的美名受损。他为下一年设立了十位裁判官，而不是通常的八位。目前他不再继续担任独裁官，而是第三次被选为执政官。他不在罗马期间，元老院授予他的另一项权力是可以连任五年执政官。他为自己挑选的同僚是马尔库斯·埃米利乌斯·李必达，此人非常忠诚可靠，但没有突出的才干，想象力也很匮乏。李必达而不是马克·安东尼被选为执政官，这也许能够表明安东尼在最近一年太放肆，已经失去了恺撒的宠信。这也许是真的，但我们必须记住，恺撒需要奖赏许多人，他也许不愿意过于突出某一个人的地位，让他成为永久性的第二把手。
恺撒返回意大利的消息并没有让军队的哗变平息下来，因为士兵们的怨念已经酝酿了太久。恺撒派遣撒路斯提乌斯（未来的历史学家，前不久被选为下一年的裁判官）去直面哗变部队，但撒路斯提乌斯遭到暴乱士兵的袭击，险些丧命。哗变士兵开始从位于坎帕尼亚的营地开赴罗马。到这时，哗变的主谋——那些军事保民官和百夫长们——的目的似乎已经是迫使恺撒做出一些妥协，并承诺在将来给予更大的赏赐。他们知道，恺撒很快要去阿非利加对抗庞培派军队，因此他需要最优秀的士兵，这样也许他会更容易让步。大部分士兵或者甚至绝大多数军官其实可能都没有这样明确的目标，他们有的只是一股强大的但不集中的怨气。为了应对最糟糕的情况，恺撒做了一些保卫罗马的准备工作，但对外仍然保持冷静。尽管他的一些幕僚劝阻他，他还是亲自去见哗变士兵。哗变士兵在罗马郊外扎营，这时恺撒出人意料地、静悄悄地骑马来到他们的阵线，登上了演讲台（通常建在指挥部附近）。他抵达军营的消息传开后，士兵们围着他，听他要说什么。他问他们想要什么。他们叙述了自己长期而艰辛的服役经历，并提醒他在近些年曾向他们许过什么样的诺言。最后，他们要求允许他们全部退役回家。这个要求的目的可能是提醒恺撒，他在新的战役中需要他们，但不能认为他们的忠诚是理所应当的，可以随意践踏。恺撒开始非常冷静地回答，这种冷静更让人震惊。在过去，他总是称士兵们为“兄弟们”，而如今却称他们为“公民们”。恺撒告诉他们，既然他们想退役，他很愿意让他们退役，他们从现在起就仅仅是平民了。他还温和地保证，假以时日，他一定兑现诺言，赏赐他们。士兵们被这漫不经心的举动和保证震惊了。
就像在打仗时一样，恺撒夺回了主动权，现在他的士兵们拼命要恢复自己的信心和决心。士兵们开始呼喊，表示自愿继续为他效力，然后一名哗变领导人更正式地重复了这个请求。恺撒拒绝了这一请求，但重复了自己的诺言（将来一定会向所有官兵分配许诺给他们的土地和赏金）。到这时，他似乎开始使用温和的、批评的口吻，他自己的士兵居然怀疑他的诺言，让他很伤心。可能就在这个时候，他转身要离去，让哗变士兵更加绝望。他们哀求他让他们留在军中，带领他们去阿非利加；向他保证依靠他们就能打赢战争，而不需要其他部队的帮助。恺撒缓和了自己的态度，但与前58年在韦松蒂奥的演讲完全相反，他说他愿意收留所有部队，但第十军团除外。他提醒第十军团的老兵们，他在过去给了他们多少恩惠，并表示他现在会让他们全部退役；尽管他们忘恩负义，但他还是会兑现诺言，在阿非利加得胜之后会给之前向他们承诺过的全部赏金和土地。第十军团士兵们的集体荣誉受到了挑战，他们对老统帅的忠诚也被重新点燃。他们哀求恺撒，只要他收留他们，对他们实施十一抽杀也可以。恺撒逐渐缓和下来，假装不情愿地听从了对方，并宣布这一次不会处决任何人。但是，他记住了那些煽动哗变的军事保民官和百夫长，据说他在随后的战役中特意将这些人安排到最暴露、最危险的地方。
恺撒已经向他的士兵们强调，他不会效仿苏拉，在意大利各地攫取土地以赏赐老兵。他会用属于国家或由国家收购的土地来赏赐他们。这种措施再加上持续的战争开销，使恺撒原本就很沉重的经济负担变得愈发沉重。前47年秋季，他花了很大的精力来解决这些开支。他从意大利各城镇贷款（表面上这些城镇是自愿借钱给他，但没有一个社区敢于让恺撒失望），并且显然不打算偿还，至少在短期内不会偿还。打败庞培之后，东方各行省的居民常给他送来黄金白银的冠冕或花环，既是为了祝贺他的胜利，也是给他提供资金。现在，他鼓励意大利人也做出这样的姿态。凯利乌斯和多拉贝拉的活动表明，此时很多债务人仍然有很大的怨气。恺撒现在缓和了自己的一些政策，效仿多拉贝拉的一些法律，对本年度的地租设了一个相对较低的上限。但他仍然拒绝废除所有债务，说现在他自己也借了那么多钱，如果废除债务，他本人就是主要的受益者，所以他不能考虑这么做。已经死亡或仍然在反抗恺撒的庞培派领导人的一些财产被拍卖了。安东尼买了庞培在罗马的豪宅，因为他认为只需要付豪宅实际价值的一小部分即可。苏拉曾允许他的许多党徒（其中主要的有克拉苏、庞培和卢库鲁斯）以这种方式获取昂贵的地产和房产。恺撒的许多部下也希望能以类似的方式获益。如果他们这么想，就要大失所望了，因为恺撒坚持要求他们按照房地产在战前的市场价格来全额购买。恺撒这么决定的部分原因当然是他不希望别人把他和苏拉相比，但从根本上也是由于他承受着极大的经济压力。只有少数人得到了物美价廉的好处，其中之一便是他的长期情人塞维利娅。恺撒显然对她还有很深的感情，但我们不知道他们现在是否还有肉体关系。大约在这个时期，恺撒和塞维利娅的一个女儿特尔提娅（字面意思是“第三”或“三分之一”）也有私情，但这似乎没有影响他和塞维利娅的关系。甚至有流言称，是塞维利娅安排女儿和恺撒私通。另外，塞维利娅是布鲁图斯的母亲，而布鲁图斯是法萨卢斯战役之后投靠恺撒的最优秀也是最广受尊重的庞培派领导人之一。塞维利娅以低廉的价格买下了一些昂贵的地产。西塞罗开玩笑地说，大家不知道这些地产是多么物美价廉，因为价格砍掉了“三分之一”。
阿非利加战役
在罗马恢复秩序并做好准备去攻击在阿非利加的庞培派军队之后，恺撒便离开了罗马。部队和补给物资被集中部署在西西里的利利俾港，入侵阿非利加的军队就在那里集结。这一次仍然严重缺少船只，尤其是运输船，所以仍然无法一次将全军运过大海。而且此时已是冬季，这意味着天气很糟糕，马其顿战役遇到的问题又一次出现了。军中的占卜师宣称，近期内不宜发动一场战役，但恺撒对占卜预言之类的事情素来不关心，这一次也是充耳不闻。他急于出发，希望打败阿非利加的敌人之后就能结束战争。前47年12月17日，他抵达利利俾，将自己的营帐搭建在海岸上，以示他的急切心情，并警示部下“时刻准备出发”。他在埃及时的懒散早已消失，一贯的充沛精力又回来了，或许因为心情焦灼而显得更加活跃。恺撒只带来了1个军团，但在随后一周内又有5个军团赶到。其中只有1个军团是久经沙场的老兵，即第五“云雀”军团，他在外高卢组建了这支部队，并赋予其官兵罗马公民权。另外5个军团（第二十五、第二十六、第二十八、第二十九和第三十军团）都是在内战时期组建的，很可能包括大量庞培派的降兵。
每个单位抵达后便登上船，挤进等候在那里的运输船。恺撒下达了严格的命令，任何人不得携带任何非必需的行李或装备。2000名骑兵及其坐骑也上了船，但没有空间携带许多粮草，也无法容纳登陆之后搬运粮草的牲畜。恺撒寄希望于抵达阿非利加后就地获取足够的粮草和牲口。12月25日，他扬帆起航，但此次行动的筹划不是很周密。在过去，他惯常的做法是下发密封的命令，让部下在指定时间打开信封，查看关于在敌境海岸何处登陆等重要细节。这一次，他没有足够的情报，不知道军队可以在何处登陆，而是寄希望于舰队行驶到阿非利加海岸后便能找到合适的登陆场。强劲的风增加了混乱，舰队被吹散了，每艘船各自单独前进或者以小群前进。12月28日，恺撒看到陆地时，他身边只有少量船只。他沿着海岸航行，寻找合适的登陆地点，也希望更多船只赶上来。最终他在敌人占据的哈德鲁门图姆港附近登陆了。他身边只有3500名军团士兵和150名骑兵。据说他下船时跌倒在海滩上，这是一个不吉利的征兆。但他立刻用两手抓住砂石，宣布：“我抓住你了，阿非利加！”于是大家对凶兆付之一笑。
他要面对的敌军相当强大。在离开西西里之前，他得到报告称，西庇阿现在指挥着多达10个军团（无疑是不满员和缺乏经验的，但恺撒的很多部队也是如此），再加上一支强大的骑兵部队，以及朱巴一世国王的部队（包括4个按照罗马人的方式组织、训练和装备的“军团”）。努米底亚人为数众多的轻骑兵和轻步兵袭扰部队非常有名，尤其是骑兵享有极高的声望，而朱巴一世拥有极多这样的轻装部队。朱巴一世还有120头战象，这在当时已经是非常罕见的了。大象令人恐惧，但对敌我双方都很危险，因为它们常常受惊，胡乱践踏自己的部队。后来，梅特卢斯·西庇阿小心地训练战象，以帮助它们应对战场的混乱和喧嚣。恺撒的兵力远少于敌人，即便在随后几天内他的大部分船只都到齐了，仍然在数量上处于下风。他把部队集结起来也花了不少力气，派遣军官带领小队战船去搜寻分散落单的运输船。有一次，恺撒秘密离开军队，亲自去寻找迷失的船只，但还没有出发，这些船只就出现了。就像前48年在马其顿一样，他占有出其不意的优势，因为敌人这一次仍然没预料到他会如此迅速地杀到，并且是在冬天赶来。敌军非常分散，要花一点时间才能集结起来，并形成足够打垮恺撒的强大兵力。与此同时，他派遣自己的舰队返回西西里，命令它们尽快运来更多的部队。但就像在内战初期一样，庞培派仍然拥有一支强大的海军，所以恺撒的援兵未必能够抵达他的身边。恺撒当前的首要任务是保障部队的粮草供应充足。他不能为了搜集粮草而走得太远，因为那样会遭到敌人的阻截。并且为了迎接援兵，他必须待在海岸附近。庞培派军队已经将很大一部分可用的粮草搜集起来了。另外，他们大量征召农民到军中服役，严重扰乱了当地的农业生产。在战役的最初几周，恺撒主要关心的问题是补给。他传令到其他行省（包括撒丁岛）搜集粮草，并火速运到他身边。
登陆不久之后，他便试图劝降哈德鲁门图姆驻军的指挥官，但没有成功。恺撒没有能力攻城，于是继续前进，在鲁斯皮纳设立了大本营。前46年1月1日，他抵达了莱普提斯镇，受到了当地人的欢迎。就像在科尔菲涅乌姆一样，他小心地部署了警卫，以防止自己的士兵进城抢劫。次日，他留下6个大队驻防莱普提斯，然后返回了鲁斯皮纳。1月4日，他决定发动一次大规模的搜粮行动，于是带领30个大队出发了。出营走了3里之后，发现了敌人，于是恺撒命令将自己的400名骑兵和150名弓箭手带到前线，他目前手头只有这么多骑兵和弓箭手。他亲自带领一支巡逻队前去侦察，让军团士兵的队伍随后跟进。这支庞培派军队由拉比埃努斯指挥，包括8000名努米底亚骑兵、1600名高卢和日耳曼骑兵以及众多步兵。但是他将部队部署成了非常紧密的战线，比骑兵的正常队形要紧凑得多，所以恺撒从远距离之外误以为这是一支常规的步兵部队。从这个错误的前提出发，他将自己的部队部署成单一战线。罗马人极少这样布阵，一般情况下至少还有第二道战线，但恺撒的兵力远少于敌人，所以他决定让己方的正面尽可能宽大，以防被敌人包抄侧翼。他的小群骑兵（很多骑兵还没有登陆）被分配在两翼，数量极少的弓箭手则被派到战线前方袭击敌人。他做好了准备，但没有主动攻击敌人，因为他不愿意交战，除非是绝对必须。拉比埃努斯突然开始行动，命令骑兵在两翼展开。努米底亚轻步兵从自己的主战线蜂拥上前，恺撒的士兵则向前推进迎战。本次战役到目前为止都还只发生了一些小规模冲突，这是恺撒军队第一次见识到土著军队的典型战法。敌人雄厚的兵力迫使恺撒的骑兵后退，但恺撒中路的军团士兵在与难缠的敌人拼杀。双方还没有交锋，敌人就逃跑了，但很快又集结起来，卷土重来，在这一系列袭扰过程中一直用冰雹一般的标枪攻击恺撒军队。恺撒士兵的右侧没有盾牌保护，所以特别容易被投射武器杀伤。他们也不能追得太远，因为敌人非常敏捷，能够轻易吃掉得不到支援的落单士兵或小群体。恺撒下令，任何人不得追击敌人超过本大队战线四步远。
恺撒军队承受了极大压力，伤员可能比阵亡者更多。恺撒的士兵发现自己被敌人重重包围，却无力攻击敌人，而敌人逐渐消磨了他们的力量。恺撒的士兵大多缺乏经验，紧张情绪在全军弥漫开来。恺撒像往常一样保持镇静，鼓舞士气。可能就是在这一次行动中，他比较成功地劝服了一名打算逃跑的旗手。恺撒抓住那人，将他扭转过来，说道：“看，敌人在那边！”在恺撒努力鼓舞正在动摇的己方士兵时，拉比埃努斯在战线后面嘲讽恺撒军队。《阿非利加战争史》的作者做了这样的描述：
拉比埃努斯不戴头盔，在战线上来回奔驰，鼓励自己的士兵，有时向恺撒的士兵呼喊：“你们在干什么，你们这些乳臭未干的新兵蛋子？你们真的很凶猛，是不是？你们是不是也被恺撒的花言巧语欺骗了？他把你们带到了一个倒霉的地方。我真的可怜你们。”然后恺撒的一名士兵答道：“拉比埃努斯，我可不是新兵，是第十军团的老兵。”拉比埃努斯说：“我没看见第十军团的徽标。”那名士兵反驳道：“你很快就会知道，我是什么样的人。”与此同时，他脱掉自己的头盔，好让对方看清他的面目，然后瞄准拉比埃努斯，使出全身力气投出自己的标枪，深深刺入了拉比埃努斯战马的前胸。随后他说道：“拉比埃努斯，你看到了吧，攻击你的是第十军团的一名士兵。”
但总的来讲，恺撒军中的老兵很少，很多新兵正在努力承受压力。就像十多年前在桑布尔河一样，高度紧张的士兵往往会聚成一团，这就限制了他们的战斗力，也使他们成为更好的靶子。恺撒命令将战线扩展开，并命令各大队交错面向前后两个方向，让一半兵力对抗已经包围恺撒后方的敌人骑兵，一半则对付前方的敌人步兵和袭扰部队。布阵完成后，各大队同时发动进攻，投出雨点般的标枪，这足以将敌军逐退一会儿。于是，恺撒迅速停止追击，开始撤回营地。大约在同一时间，敌军得到了佩特列乌斯的增援，他带来了1600名骑兵和大量步兵。庞培派军队的斗志再次高涨起来，开始骚扰撤退中的恺撒军队。没走多远，恺撒就不得不改为作战队形，迎击敌人。恺撒的士兵已经很疲惫，而他的骑兵战马还没有从海运旅途中恢复元气，又被长时间的运动搞得很劳累，有的战马还负了伤，因此已经精疲力竭。但经过了一天漫长的战斗之后，大多数敌军也远远谈不上精神抖擞。恺撒敦促士兵做最后一次努力。等待敌人的压力稍微减轻一些之后，他发动了最后一次坚决的反击。佩特列乌斯负了伤，拉比埃努斯很可能在战马负伤之后坠落，被抬离了战场，所以敌军在一段时间内损失了两位最具攻击性也最有经验的指挥官。不管具体原因是什么，这次反击的胜利足以让恺撒安全地继续撤退。在鲁斯皮纳城外的这次交锋（有时被称为一场战役）对恺撒来说无疑是一场失败，因为他此前在为军队搜粮时从来没有这样被阻拦过。但他毕竟还是且战且退地撤到了安全地带，否则结局还要糟糕得多。总而言之，这对恺撒来说是一场挫折，但绝对不是决定性的失败。库里奥的军队被以相同方式作战的敌人全歼了，而恺撒逃脱了同样的命运。
此后，恺撒极大地加固了位于鲁斯皮纳的营地，并将舰队的水手带上岸，当作轻步兵使用。而军中的工匠开始制作各式各样的投石器弹丸和标枪。他发出了更多的急令，要求搜集粮食和其他给养物资并运到他那里。与此同时，一些士兵发挥了出色的想象力，为自己急需的东西寻找替代品。一些老兵搜集了海藻，用淡水洗净后晾干，当作草料喂马。这样的话，马匹虽然健康状况不佳，但至少能活命。梅特卢斯·西庇阿率军前来支援庞培派军队，此时联合的敌军在距恺撒营地3里的地方扎营。朱巴一世国王也在赶来加入他们的途中，但他的国土遭到了竞争对手——毛里塔尼亚国王博库斯二世——的进攻（其军队的指挥官是罗马雇佣军人普布利乌斯·西提乌斯），于是被迫返回。西提乌斯曾参与喀提林叛乱，后来逃到了阿非利加。博库斯二世的进攻不是恺撒安排的，但他和西提乌斯如此积极主动且高效地开辟了第二战场，对恺撒来说是非常幸运的。博库斯二世国王显然愿意与自己的死敌朱巴一世的敌人结盟，因为庞培派军队的支持大大增强了朱巴一世的力量。恺撒在宣传中很好地利用了这个情况，宣称庞培派辱没了他们作为罗马元老的身份，竟与一位外国君主联合，并且为他效力。据《阿非利加战争史》记载，敌军最终会师的时候，梅特卢斯·西庇阿就不再穿将军的斗篷，因为朱巴一世看了不爽。另外，据说庞培派的残暴统治让大多数行省居民离心离德。消息传来，是恺撒本人，而不是他的一名军团长，来到了这个地区，于是一些当地人投奔了他。据说有些人记起了自己对恺撒的姑父马略负有义务。六十年前马略在努米底亚得胜，到如今他的威名仍然能够激起人们的忠诚。庞培派军中不断有人倒向恺撒这边，但恺撒的士兵没有一个投敌。从战役一开始，庞培派军队就定期处决战俘，有一次是一名被俘的百夫长拒绝投降而被斩杀。双方都没有努力以谈判的方式结束战争。仍然在作战的庞培派极其憎恶恺撒，恺撒则非常鄙视他们。有传闻说，西庇阿家族在阿非利加一定会常胜不败，于是恺撒雇用了一个默默无闻的西庇阿家族成员，叫作西庇阿·萨尔维托或萨路提奥，此人除了拥有一个著名姓氏之外，各方面都是饭桶。
在鲁斯皮纳城外，两军不断互相试探，进行小规模交锋，庞培派军队经常尝试伏击任何远离营地的恺撒队伍。梅特卢斯·西庇阿常在自己营地外不远处排兵布阵，一连几天恺撒都没有出营迎战，于是西庇阿命令自己的部队逼近对方。即便如此，他还是不够自信，不敢发动全面进攻。恺撒命令所有可能暴露的巡逻队或搜粮队都撤回营地，并指示外围警戒哨仅仅在受到压力时才撤退。他做这些事情的时候抱着漫不经心的态度，因为他懒得登上壁垒观察敌军，而只是在指挥部营帐里沉着地接收报告、发布合适的命令，“因为他的军事素养和知识就是这样卓越”。他对敌人的谨慎态度的判断是完全正确的，因为西庇阿看到恺撒营地戒备森严、固若金汤，壁垒和塔楼都有重兵把守且部署了重武器，因而不敢发动进攻。另外，恺撒的毫无动作也让庞培军队非常紧张焦躁，害怕恺撒要将他们诱骗到陷阱里去。但是，西庇阿宣称恺撒不敢与他们交战，以此鼓舞自己的士兵。不久之后，一支船队从西西里抵达，给恺撒带来了第十三军团和第十四军团，以及800名高卢骑兵和1000名轻步兵。除了这些作战经验丰富的部队之外，船队还运来了足够的粮食，能够解恺撒的燃眉之急。庞培军队不断有人叛变和临阵脱逃。1月25日夜间，恺撒突然转入攻势，率领他的主力部队离开了营地。起初他们远离敌军，撤退时经过鲁斯皮纳镇，但随后突然转身，占领了一些足以威胁庞培派军队战线的山丘。为了牢牢占据这些山丘，发生了几次交战。次日又发生了一次较大规模的骑兵对抗，恺撒的部下得胜。拉比埃努斯的努米底亚骑兵大多数都逃跑了，但他们的撤退导致与其协同的日耳曼和高卢武士暴露出来，其中很多人被杀死。骑兵逃窜的景象令庞培军队的其他单位士气溃散。次日，恺撒进逼乌齐塔镇，这是当时庞培军队的主要水源地。梅特卢斯·西庇阿以作战队形出战迎敌，但双方都没有继续进逼和挑起交锋。
塔普苏斯战役，前46年4月6日
此时梅特卢斯·西庇阿已经得到了增援，因为朱巴一世留下了一名军官和一支强大的部队以牵制西提乌斯，然后率领自己的3个“军团”、800名重骑兵以及大量努米底亚骑兵和轻步兵前来与庞培军队会合。朱巴一世国王抵达的消息传遍了恺撒营地，随着口口相传，对其兵力和战斗力的描述也越来越夸张。苏埃托尼乌斯告诉我们，恺撒决定以实事求是的态度告诉他的士兵们：
我告诉你们，再过几天，国王就会率领10个军团、3万名骑兵和300头战象到此。你们当中的某些人可以不要再打听或者猜测了，可以相信我的话，因为我对此一清二楚。如果你们不相信，那我保证一定会把这些人放到一艘旧船上，让风把他们吹到任何什么地方去。
这口吻和在韦松蒂奥的演讲类似，既表达了绝对的自信，也有一些轻微的不满——士兵们对他的信心和对纪律的尊重竟然动摇了。他故意夸大了朱巴一世军队的实力，所以在敌人援军的真实兵力显现出来之后，恺撒士兵们感到松了一口气。随后，在乌齐塔周边，两军开展了一系列行动。双方争夺两军阵地之间的一些高地，拉比埃努斯企图伏击恺撒的前锋，但是失败了，因为他的一些部队纪律太差，不肯耐心等待敌人抵达。恺撒军队轻松击溃了敌人，在山上建造了一个营地。恺撒的主力部队于黄昏回营，庞培派军队发动了一次突如其来的骑兵攻势，但也被打退了。小规模的交锋还在继续，恺撒的士兵开始修建防御工事，既是为了限制敌人的行动自由，也是为了威胁乌齐塔。
不久之后，消息传来，有人看到又一支运送援兵的船队正在靠近鲁斯皮纳。随后耽搁了几天，因为船队将等待护送他们的一些恺撒战船误以为是敌人，但最终消除了误会，第九军团和第十军团登陆了。恺撒还记得第十军团在意大利哗变中扮演的角色，于是决定抓住机会惩罚一下哗变的主谋分子，以儆效尤。军事保民官阿维艾努斯就是主谋分子之一，他自私地坚持用一整艘船来运输他的亲眷和行李。当时船运空间非常紧张，需要运输士兵和关键的补给物资，所以阿维艾努斯的行为显得特别放肆。恺撒剥夺了他的军职，让他灰溜溜地回家。另一名军事保民官和几名百夫长也有类似的不端行为，同样被解职。这几个人都只能在一名奴隶的陪同下回国。恺撒现在拥有10个军团，其中一半是有经验的作战单位。更多敌人倒戈，并且恺撒说服了一些盖图里酋长反叛朱巴一世国王，于是国王不得不调遣更多的部队去镇压他们。
乌齐塔的防御工事现已完工，几天后，两军排兵布阵，在不足半里的距离上对峙，但双方都没有主动挑起对抗。双方的骑兵和轻步兵进行了一些小规模交锋，庞培派军队占了上风。两军继续在乌齐塔城外对峙，恺撒让他的部下扩展防线。第三支援军船队也在靠近阿非利加，但这一次庞培军队得到了风声，俘虏或摧毁了一些被恺撒派去护送援军船队的战船。恺撒得知此消息，立刻离开了在乌齐塔的军队，火速行进6里，抵达沿海的莱普提斯。他指挥着自己的一队战船，追击并打败了敌人的战船。虽然我们不太确定，但之前第三支援军船队也在靠近阿非利加的消息可能是错误的，第七军团和第八军团可能没来得及在战役结束前赶到恺撒身边。
为大军征集粮草仍然是个很大的问题。恺撒得知当地的风俗是将粮食埋藏在地下，于是率领2个军团去搜寻尽可能多的粮食埋藏地点。他还从敌军逃兵那里得知，拉比埃努斯在筹划一次伏击，于是在随后几天内，派遣其他队伍沿着同样路线去搜粮，好让拉比埃努斯志得意满。然后，在某一天黎明之前，他率领3个久经战阵的军团和骑兵出发，去捕猎敌人的伏击部队。敌人被遏制住了，但补给问题还没有解决。连续抵达的援军使恺撒实力大增，但这也意味着吃饭的人更多了。他还没有办法迫使敌人在对他有利的条件下交战，而且暂时也没有希望占领乌齐塔，剥夺敌人的主要水源供应。恺撒判断，继续待在原地没有好处。于是他的军队纵火烧毁了自己的营地，在一天凌晨撤走了，随后在阿嘎尔镇附近停留。他从这里派遣了许多搜粮队，找到了大量粮食（不过大多是大麦，而非小麦）和其他食物。
恺撒还尝试突袭敌人的搜粮队（庞培派军队也是大队人马集中于一处，对粮草问题也感到非常头疼），但看到敌人援兵正在赶来，就撤退了。恺撒军队在前进时常常遭到努米底亚骑兵的骚扰，因此常常需要停下来击退他们。这种袭击令恺撒军队疲于奔命，严重阻滞了行军。有一次，队伍在4个小时内仅仅前进了100步（约33码）。恺撒将他的大多数骑兵撤到步兵后方，这样的话他的军团就能比较顺利地行军，因为敌人骑兵看到恺撒骑兵接近时总会撤退。他继续前进，但直到天黑之后才抵达一个比较适合扎营的地点。在之后的日子里，他思考如何训练他的士兵，研发新的战术来对付敌人的战法。尽管他在撤退，但许多城镇仍然向他投降，不过有一次朱巴一世得知一座城镇向恺撒投降，而恺撒还没有来得及往那里派驻部队，朱巴一世就攻打了那里，屠杀了居民。3月21日，恺撒军队举行了净化仪式，这是军队每年都要举行的一种仪式庆典。《阿非利加战争史》的作者记述了此事，而恺撒在《战记》中没有提及。第二天，他向敌人发出挑战，但敌人不肯应战，于是他继续行军。
恺撒发布了一项长期有效的命令，让每个军团随时保持300名步兵以作战队形前进，随时为骑兵提供支持，以击退追击他们的努米底亚骑兵。他抵达了萨尔苏拉镇，将其攻克，夺取了相当数量的粮食，那都是敌军之前搜罗并存放在那里的。西庇阿没有努力去阻止他。下一个敌占城镇太强大，需要正式的围城战才能攻下，于是恺撒调转方向，在阿嘎尔附近扎营，并且打赢了一次骑兵交锋，尽管他的骑兵数量远少于敌人。他又一次向敌人发起挑战，但庞培派军队不肯从他们占据的高地上下来，而恺撒也不愿意进攻居高临下的敌人，让自己的士兵吃亏。4月4日，他又一次在凌晨出动，走了16里，抵达滨海城镇塔普苏斯，开始攻打这座城镇。西庇阿追了上去，兵分两路，驻扎在距塔普苏斯约8里的两个营地里。通往塔普苏斯的主要道路有两条，但都很狭窄，一侧是大海，另一侧是一个大盐湖。恺撒预料到敌人的打算，于是建立了一座堡垒，封锁了最明显的道路。受挫的西庇阿率军在夜间绕了一个大圈子，绕过盐湖，利用一块宽仅1.5里的狭窄陆地，从另一侧逼近城镇。他于4月6日早上抵达那里。朱巴一世和阿弗拉尼乌斯可能留在营地中，以包围恺撒。
恺撒将2个军团的新兵留在围攻城镇的战线上，然后率领其他部队组成了常规的三道阵线，面对西庇阿。他在两翼部署了作战经验丰富的部队，辅之以弓箭手和投石手，第十军团和第九军团在右翼，第十三军团和第十四军团在左翼。为了增强防御，尤其是为了抵挡敌人的战象，他将第五“云雀”军团一分为二，利用其兵力在两翼后方组成了第四道阵线，两翼分别有5个大队。3个比较缺乏经验的军团（具体番号不详）部署在中路。按照惯例，骑兵在两翼，不过在这个狭窄的地带，骑兵施展不开。地形对庞培军队的限制更大，因为他们的骑兵比恺撒多得多，不过大部分努米底亚骑兵应当在朱巴一世身边。恺撒做出了一个相当不寻常的举动，他命令自己的一些战船在战斗打响后通过水道，威胁敌军后方。史料中没有详细记载庞培派军队的部署情况，也没有给出可靠的数字，告诉我们西庇阿手边有多少兵力，又有多少兵力留在朱巴一世和阿弗拉尼乌斯手中。庞培派军队的部署可能是循规蹈矩的：骑兵在两翼，军团列为三道阵线，战象在主战线前方，可能集中在两翼。这对恺撒来说是个很好的机遇。庞培军队分散了自己的兵力，而且选择了只能与敌人简单地迎头抗击的地形。在这样的交锋中，恺撒的更有经验的部队胜算更大。士兵斗志昂扬，自信必胜。大多数军官也敦促他立刻下达进攻命令。恺撒在巡视战线、鼓舞士兵的时候，可以感受到他们的热情。即便如此，《阿非利加战争史》的作者仍然告诉我们：
图14 塔普苏斯战役
恺撒感到疑虑，要抑制士兵们急切求战的热情。他喊道，他不赞同如此鲁莽地冲杀出去，并一次又一次地制止士兵们。这时，右翼有一名喇叭手在没有得到恺撒命令的情况下，在其他士兵的怂恿下，吹响了喇叭。所有大队都跟着喇叭声，开始向敌军推进。尽管百夫长们挡在战线前方，企图以武力阻拦士兵们，阻止他们未经将军命令便发动进攻，但这些都是徒劳。
恺撒看到自己没有办法抑制士兵们高涨的热情，于是发出了“祝好运”的口令，催动战马冲向敌军。
士兵们的绝对自信被证明是有道理的，因为庞培派军队抵挡不住这样的突然袭击，很快就溃败了。普鲁塔克讲的故事有所不同，据他说，在战斗即将打响的时候，恺撒感到自己的癫痫病要发作了，不得不让人把他抬到阴凉处，所以进攻开始时才发生了混乱。关于恺撒癫痫病的记载极少，这是唯一一个讲到他的病情影响指挥作战的故事。
攻击恺撒右翼的战象被散兵射出的冰雹般的投射武器吓得惊慌失措，乱哄哄地逃跑了。庞培派军队的整个左翼很快土崩瓦解。虽然有人努力重整旗鼓，但在恺撒军队凶悍的追击之下，都失败了。恺撒的军团士兵情绪高涨，比法萨卢斯战役之后更为恣意地杀戮。他们希望战争尽快结束，不愿意看到敌人得到宽恕，然后又卷土重来。恺撒已经下令处决了一名庞培派将领，此人于前49年在西班牙投降后被释放，如今是第二次被俘。这是他一贯的政策，第一次会原谅对方，但如果对方得到宽恕后仍然与他为敌，那么第二次就不客气了。在塔普苏斯，恺撒的士兵们可不管这么多，杀死了许多想要投降的庞培派士兵。恺撒的几名军官在企图阻止这种屠杀时，甚至被己方士兵砍倒。到这一天结束时，庞培派军队有1万人死亡，恺撒仅有50多人伤亡。敌军的主要将领逃走了，但大多数都在随后几周内丧命。阿弗拉尼乌斯和苏拉的儿子福斯图斯被西提乌斯俘虏，然后交给恺撒。恺撒在士兵们的呼吁下将他们处死。其他一些俘虏也被处决，但对于有些人，比如小卢基乌斯·恺撒（恺撒的堂兄和军团长的儿子），我们不知道他们是被恺撒下令处决的，还是被他的下属杀死的。佩特列乌斯和朱巴一世国王组织了一场相当诡异的自杀对决，通过互相决斗来了断自己。关于决斗的结局，各种史料说法不一，但最有可能的结果是佩特列乌斯杀死了朱巴一世，然后在一名奴隶的帮助下自尽。梅特卢斯·西庇阿从海路逃走，但他的船只被追击而来的恺撒海军拦截，于是就自杀了。在少数逃脱的人当中，拉比埃努斯最后逃到了西班牙，与庞培的儿子格奈乌斯和塞克斯图斯会合。
在整个阿非利加战役期间，加图一直负责驻守乌提卡城，所以大军溃败的时候他不在场。事实上，他在整个内战的军事行动中起到的作用微乎其微，这是非常引人注目的。败兵很快带来大军溃败、恺撒即将杀到的消息。加图与城内的罗马人（他将数百名居住在当地的罗马人组成了一个议事会）进行了会商，但认识到不管做出怎样的决定，都不可能继续打下去了。于是他们只有三个选择：逃跑、投降或自杀。晚饭（法萨卢斯战役之后，加图就拒绝按照惯常的方式侧卧用餐，而是坐下吃饭。他还做了许多类似的姿态，据说他从内战爆发以来就不再剃须或理发）之后，他回到自己的房间。他注意到他的儿子和仆人拿走了他的剑，于是发出了抱怨，坚持要求他们把剑拿回来，但随后就去读书了。他这一天读的书非常值得我们注意，是柏拉图的《斐多篇》，这部书讨论的是灵魂不朽。加图一生都努力研究哲学。最后，在毫无征兆的情况下，他放下书卷，拿起剑，刺向自己的腹部。伤势很重，但还不至于立刻丧命。听到声响后，他的儿子和奴隶们冲了进来。他们传来了一名医生，清洗了加图的伤口，并包扎起来。但他从来就不缺乏决心或勇气。其他人离开后，这个四十八岁的男子便撕开缝伤口的线，开始掏出自己的内脏。其他人还没来得及控制住他，他便咽气了。恺撒得知此事后，感到很可惜，没有机会去宽恕自己的不共戴天之敌。但在很大程度上，加图就是为了避免被敌人宽恕而自杀的。
在恺撒越过卢比孔河后不到三年半的时间里，大多数迫使他走出那一步的权贵都已经死了，幸存者也几乎全部放弃了战斗。流血冲突还没有结束，因为一年之后西班牙还会有一场战役，甚至更加野蛮和残酷。内战开始的时候，恺撒的敌人错误地判断，恺撒不敢打仗；后来又错误地认为，他们手里掌握着更多的资源，所以他们必胜无疑。尽管困难重重，恺撒还是打赢了内战。现在人们拭目以待的就是，他能不能赢得和平，建立长期的稳定。这是头等大事，但首先，就像在亚细亚一样，他需要平定阿非利加。像往常一样，曾经支持庞培派军队的社区受到了惩罚性的罚款，而那些支持恺撒的人则得到了奖赏。可能就是在这个时期，他与摩尔人国王包古达的妻子尤诺娅有了一番私情。直到6月，也就是登陆差不多五个半月之后，他才离开了阿非利加。
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Cicero, ad Att. 11. 17a. 3.
Plutarch, Cato the Younger 66. 2 (Loeb translation by B. Perrin (1919), p. 397).
