南朝军事将领与皇权的关系一直处在动态之中：当局势混乱时，军事将领们会结成集团拥立自己支持的皇帝；当皇帝（往往是继任的皇帝）能够稳定执掌政权时，又会对势力强大、过于跋扈的军事将领进行诛杀，以维持皇权的独尊。
在宋、齐两代，这种皇权打压军事将领的现象比较突出。刘义隆被谢晦、檀道济等迎立之后不久就借机陆续除掉了四人。为孝武帝刘骏夺位立下战功的名将柳元景、沈庆之，在前废帝刘子业即位不久也被诛杀。明帝刘或在讨平反对武装之后赐死为其平叛的将领吴喜，斥逐老将张永。到后废帝刘昱朝，杀戮武人的风气更盛。在这种情况下，曾有一大群禁军将领寄希望于除掉刘昱，改立建平王、南徐州刺
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[1] 《陈书•宣帝纪》，第81页。
史刘景素：
自是废帝狂悖日甚，朝野并属心景素……与司马庐江何季穆、录事参军陈郡殷沵、记室参军济阳蔡履、中兵参军略阳垣庆延、左右贺文超等谋之。以参军沈颐、毋丘文子、左喧、州西曹王潭等为爪牙。季穆荐从弟豫之为参军。景素遣豫之、潭、文超等去来京邑，多与金帛，要结才力之士。由是冠军将军黄回、游击将军高道庆、辅国将军曹欣之、前军韩道清、长水校尉郭兰之、羽林监垣祗祖，并皆响附，其余武人失职不得志者，莫不归之。[1]
可见簇拥在刘景素周围的有两批人，一批是南徐州刺史京口军府中的军官，一批是朝廷禁军序列中的黄回、高道庆、曹欣之等军官，追随他们的也都是“武人失职不得志者”。476年刘景素的仓促起兵很快被平定。次年，后废帝又诛杀了另一群被怀疑谋反的禁军军官和朝臣，[2]辅政大臣萧道成也几度险些被刘昱杀害。在这种恐怖气氛中，刘昱遭到了和前废帝刘子业一样的下场——被侍卫刺杀，政权则落到了萧道成手中。
萧道成建齐之后，太子萧赜与萧道成集团中的一些将领不睦。当萧赜即位之后，立即处死了在淮阴时期就追随萧道成的旧将垣崇祖；车骑将军张敬儿曾为萧道成击败刘休范、沈攸之立下战功，也被萧赜借机除掉。到齐明帝萧鸾一朝，因为与北魏战事激烈，内部矛盾相对并不明显。萧鸾平生最担心的是萧道成、萧赜子孙，进行了多次诛戮。到萧鸾晚年病危时，又开始担心异姓将帅会威胁自己的继承人，这激起老将王敬则在会稽起兵，但迅速失败。萧鸾死后，年轻的萧宝
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[1] 《宋书》卷七十二《建平王景索传》，1862页。
[2] 《宋书》卷九《后废帝纪》：“四月月甲戌，豫州刺史阮佃夫、步兵校尉申伯宗、朱幼谋废立，佃夫、幼下狱死，伯宗伏诛……六月甲戌，诛司徒左长史沈勃、散骑常侍杜幼文、游击将军孙超之、长水校尉杜叔文，大赦天下。”（第187页）
卷继位，他对将帅们大开杀戒：旧将曹虎被杀；陈显达自江州刺史起兵，旋即兵败身死；豫州刺史裴叔业在惊恐中投降北魏；旧将崔慧景受命攻击裴叔业，但在进军途中倒戈，围攻建康数日后兵败。另一路讨伐裴叔业的萧懿所部驰援京师，击败崔慧景部。但萧宝卷旋即赐死萧懿，又大肆捕杀其家人。此举引发萧衍在雍州起兵，终结了萧宝卷和齐朝的统治。
在宋、齐两代的政治中，这种以残暴杀戮著称的“少主现象”很值得关注。宋前废帝刘子业、后废帝刘昱、齐东昏侯萧宝卷都是少年即位且血腥残暴，大肆杀戮臣僚，并在短时间内被刺杀或推翻。这也和南朝皇权所处的环境有关：东晋皇权不振，不可能出现残暴的君主；宋齐几位少主又和十六国、北朝那些以残暴著称的君主如赫连勃勃、高洋不太一样：赫连勃勃、高洋的残忍虐杀并没有特定对象，任何朝臣、近侍甚至不相干的百姓都可能遭到屠戮；宋齐三位少帝屠杀的对象则主要指向掌权的大臣，特别是有军事经验的将领。这反映了南朝皇权对军事将领的忌惮，即少帝们本能地意识到武人将领们对自己帝位的威胁，[1]但由于年幼，心智与政治经验尚不完善，所以表现为残忍的和扩大化的屠杀，最终造成其统治解体。这背后的原因，是南朝军事将领与皇权之间的关系尚未完全理顺。再反观北方，暴君并无特定的诛杀对象，也是因为皇权已经强大到没有任何潜在对手，所以其暴行也没有特定的目标，更接近心理上的扭曲和宣泄。
除了对潜在威胁的诛杀，南朝君主还在探索运用制度化的调兵、选将等机制实现对军事将领的控制。[2]在“元嘉之治”期间，刘义隆成功实现了对将帅武人的控制。但宋军对北魏历次北伐均无功而返，就
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[1] 亦有先帝教导的成分。比如萧鸾对萧宝卷的训导：“高宗临崩，属以后事，以隆昌为戒，曰：‘作事不可在人后！’故委任群小，诛诸宰臣，无不如意。”隆昌即被萧鸾废黜的萧昭业。见《南齐书》卷七《东昏侯纪》，第102页。
[2] 自刘裕以来，皇权控制将帅的另一个方式是重用宗室兄弟、子侄等。但同室亦可操戈，君王家族内部的互相杀戮有时甚至烈于外人。宋文帝诸子孙之间的杀戮，以及萧鸾对宗室诸王的屠杀都是例证。这说明宗室并不能代替异姓将领。
与刘义隆对将帅牵制太多有关。《宋书•文帝纪》末，沈约对刘义隆的评价是：
授将遣帅，乖分阃之命，才谢光武，而遥制兵略，至于攻日战时，莫不仰听成旨。虽覆师丧旅，将非韩、白，而延寇蹙境，抑此之由。[1]
除了贻误战机，这种指挥方式还造成前线将帅缺乏主动进攻精神与应变能力。刘义隆总结最后一次北伐（元嘉二十九年，452年）的失策，认为是将帅懦弱畏战：“早知诸将辈如此，恨不以白刃驱之，今者悔何所及！”[2]实则是他自己对前线干预过多所致。
在萧衍攻灭萧宝卷，建梁称帝之后，充分吸收了宋、齐两代将领（也包括他自己）坐大篡权的教训，有意识地削夺军事将领，特别是那些随同他起兵的武人的权力。萧衍有能力和信心驾驭这些将领，所以他并未采取诛杀策略，只是不让这些人久居边境州镇，改为让他们在建康担任显赫，但无直接兵权的官职，且在不同官职之间频繁调动，使其无法培植私人力量。比如曾随萧衍起兵的将领王茂，在梁朝最初五六年还在地方州镇及前线任职，后调入建康任尚书右仆射、侍中等职务。他感觉作为武人受到冷落，心中颇为不满：
时天下无事，高祖方信仗文雅，茂心颇快快，侍宴醉后，每见言色，高祖常宥而不之责也。[3]
另一名元从功臣曹景宗，也对离开军队之后的承平生活颇为厌倦：
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[1] 《宋书•文帝纪》，第103页。
[2] 《宋书》卷五十三《张永传》，第1512页。
[3] 《梁书》卷九《王茂传》，第176页。
（曹景宗）性躁动，不能沈默，出行常欲褰车帷幔，左右辄谏以位望隆重，人所具瞻，不宜然。景宗谓所亲曰：“我昔在乡垦．骑快马如龙，与年少斐数十骑，拓弓弦作霹雳声，箭如饿鸥叫。平泽中逐獐，数肋射之，渴饮其血，饥食其肉，甜如甘露浆。觉耳后风生，鼻头出火，此乐使人忘死，不知老之将至。今来扬州作贵人，动转不得，路行开车慢，小人辄言不可。闭置车中，如三日新妇。遭此邑邑，使人无气！”[1]
其实梁朝中前期与北魏的战事并不少，完全有这些旧将施展的空间。但萧衍为了便于驾驭，都是命令子侄诸王担任北伐统帅。这些宗王多懦弱且无军事经验，造成梁朝的北伐频频失利。比如505-506年，临川王萧宏指挥的北伐，以及524年豫章王萧综指挥的北伐。前次以萧宏弃师逃命引发惨败，后次则因萧综投降北魏而不了了之。不过，旧将赋闲也确实保障了梁朝数十年的稳定。
总之，皇帝对将领失去控制会导致军人政变，如果控制太严密则会削弱军队战斗力，无法取得对北方战争的胜利。这是南朝的政治结构一直未能解决的问题。
