郑成功杀兄夺岛的这一年（1650），天下形势迎来了新一轮的动荡。
清廷方面，政权支柱、摄政王多尔衮身故。其兄弟、在南征中立下汗马功劳的豫亲王多铎也在前一年离世。
多尔衮三十九岁英年早逝，年仅十三岁的顺治帝开始亲政。顺治帝名福临，年幼入主北京，浸淫汉家文化多年，思想上已被彻底汉化。重人伦礼制的他，对满洲族那种所谓夷狄的游牧风俗早就心存厌恶。
清王朝是满族政权，一直以来都有满蒙通婚的习俗，君王的后宫多由蒙古女子组成。蒙古人比满洲旗人更遵从游牧习俗。
年幼的顺治帝陷入一种矛盾，在外朝，他带头学习汉家的礼义廉耻，但入了自家后宫，却不得不做一些“寡廉鲜耻”之事。
按照塞外游牧民族的婚配传统，父亲去世，其妻妾（生母除外）为儿子所有；哥哥去世，弟弟则把嫂子据为己有。先帝皇太极驾崩时，其弟多尔衮便继承了其后宫，其中就有顺治帝的生母。
在塞外民族看来，这是一种风俗，但以顺治帝的汉家伦理观来看，这无疑是奇耻大辱。
天子生母，堂堂一国皇太后，竟要再嫁、委身于他人，纵观华夏千年历史，可有先例？面对汉人帝师的质问，顺治帝只能痛苦地摇头：“闻所未闻……”
多尔衮一死，顺治帝如释重负。况且他年已十三，可以正式拉开亲政的序幕了。
李成栋倒戈后，广州重回明朝版图。同年十一月，广州守将杜永和私通清军，卖城求荣，广州再度被清军攻陷。进攻广州的清军主帅是尚可喜，另一方面，清将孔有德攻陷桂林，永历帝再次逃至南宁，南方的抗清局势急转直下。
在此危亡局势下，郑成功不可能在厦门独善其身。南宁的永历帝下旨命他率军收复广州。郑成功将厦门托付予叔父郑芝莞，而后率军出征广东。厦门的郑成功早已是清廷的眼中钉，得知其出征广东，便立刻命福建巡抚张学圣、总兵马得功进攻厦门。
显然，清廷根本不惧怕守卫厦门的郑芝莞。若郑成功能用人得当，清军怎敢贸然突袭？在这点上，郑成功的确失策了。
郑芝莞有所有郑家人的通病，有所嗜好。他年轻时秉性严谨，因此郑成功信任他，对他委以重任。然而人性并非一成不变，郑芝莞的变化来得迟了些罢了。他嗜好的东西和郑联的相似，酒色罢了。只不过他年老体衰，比起女色，更嗜酒。郑芝莞这嗜酒的毛病是中年之后才染上的，郑成功对此一无所知。
左右近侍怕郑芝莞喝酒误事，小心翼翼地提醒道：“国姓爷将厦门重地托付予将军，将军需慎之又慎，沿岸的防务，将军是否安排妥当了？”
郑芝莞嗤笑道：“厦门自有重兵把守，尔等何惧？”
“清军虎视眈眈，谨慎些总是妥当，万一……”
“什么万一？尔等的意思，清军放着大陆的沃土不取，反倒盯上了我们这个偏僻小岛？清军不擅水战，我厦门岛虽和大陆相近，却仍有一海相隔，我就不信清军能插翅渡海！”郑芝莞哈哈大笑，在他看来，有闲工夫在此杞人忧天，还不如去痛饮几杯。
虽是偏僻小岛，但清军一直视厦门为眼中钉，恨不能去之而后快。但凡有点大局观，都能看透这道理，但要跟郑芝莞这样的酒鬼讲理，属实是强人所难了。
清军对厦门采取了奇袭策略，但从结果来看着实小题大做了。清军总兵马得功仅派了数十骑上岛打探消息，谁知岛上的军民见有敌军上岛，竟然惊慌失措地作鸟兽散。
见此情景，清军斥候倒是惊疑不定了。他们已做好苦战的准备，不承想，数十人的斥候部队就将成百上千的敌军吓得慌不择路。守将郑芝莞是何等无能，清军有了深刻体会。
“什么！清军上岛了？”郑芝莞收到第一通敌袭情报后，还半信半疑，只当是误报。但随着第二通、第三通接踵而至，他终于意识到事态严重，开始慌了。
身为守军主帅，面对敌袭，本应从容指挥应战。但郑芝莞的第一反应却令人汗颜。
“来人，速速将金银等贵重物品搬上船！备船，快去备船！我成日叮嘱尔等做好准备，防的便是这种情况！”就这样，全军在其号令下，只顾搬运财宝，哪里还顾得上备战。
“清军上岛了，快逃到山里去！”
厦门岛的军民瞬间乱成一锅粥。再怎样无敌的精兵，遇上此等庸帅，都会沦为乌合之众。此时的厦门便是最好的范例。
郑成功之家眷全在厦门岛上，其中就有他的发妻董氏。
“夫人快逃，鞑子打上岛来了！”董氏没有丝毫拖沓，将夫君母亲的灵位塞进怀里，抱起年幼的儿子郑经，便朝海边跑去。
厦门港口有几艘大船准备起航，士卒们正忙于将物资搬入船舱，若有避难的庶民靠近，便会遭棍棒驱逐。
“那可是四镇之战船？”董夫人指着大船问道。
“正是。”家丁林礼答道。
“甚好，上船去。”董夫人在家丁的护送下靠近战船，对船上的人喊道，“我是国姓爷夫人董氏，请将军让我们上船。”
“夫人请移驾他船，属下已为家眷准备了其他船。”答复的不是别人，正是四镇主帅郑芝莞。
“为何不能上这艘船？”董夫人狐疑道。
“此为战船，女眷不便上船。”郑芝莞狡辩道。
“我是主帅国姓爷之妻，上战船有何不便？”
“不可，战船危险，还望夫人换一条船。”郑芝莞百般拒绝，只因船舱内尽是岛上财宝，他想据为己有。若国姓爷夫人上了船，察觉自己的企图，恐生变数。
“我身为国姓爷之妻，怎会害怕？”董夫人正气道。她已看透夫君叔父的宵小之心，否则哪里有不允许主帅家眷上自家战船的道理？
清军这场大胜来得突然，巡抚张学圣亲自从大陆赶赴厦门岛。张学圣为人沉着冷静，他上岛后立马登上了全岛最高的山，睥睨整片岛屿，不禁无奈地摇了摇头。
厦门就是一座四面环海的孤岛，要守住此处，必须有相当的水上雄师，而清军缺少的正是水师部队。张学圣作为主帅，是真不愿摊上这烫手山芋。占领厦门确实是大功一件，但若失陷，主帅必定要担责。若可能，还是避而远之为妙。此岛是个易攻难守的无底洞，守之反而会损兵折将，还是先行撤退，另做打算。
张学圣打定了主意，便立刻召集了带上岛的兵马，退回泉州，只留马得功率五百骑继续留在岛上，搜罗举世闻名的郑家财富。即便已知郑芝莞携财宝出逃，他还是不死心，贪婪地搜刮着岛上残余的一切值钱之物。
这贪婪的本性，让他贻误了撤退时机。就在他忙着寻找郑家宝藏的同时，驻守揭阳的郑鸿达率援军赶到了厦门。清军只顾关注国姓爷部队的走向，浑然忘了不远处还有个郑鸿达。于是乎，马得功被围困在厦门城内，和大陆部队断了联系。
郑鸿达包围厦门，远在南澳的郑成功也收到了厦门急报，率施琅、陈勋等一干部将回援厦门。
马得功知晓郑鸿达的软肋，想以此要挟，换取生机。他本是郑鸿达当年在长江沿岸驻防时的麾下将校，对其底细了如指掌。他知道，郑鸿达的家眷全隐居在安平。
马得功给郑鸿达发去密函：“鸿达兄长贵安。小弟知兄长之家眷隐姓埋名于安平。若小弟在厦门遭遇不测，小弟在大陆之同僚定会将兄长家眷之情报汇报朝廷。小弟罪该万死，但兄长家眷无辜，不应受牵连。小弟在此起誓，若能逃过此劫，必然保兄长家眷无虞。还望兄长三思而后行！”
一根筋的郑鸿达信以为真，大呼不妙，苦恼得不知如何是好。
马得功这般庸将，放他一条生路又有何妨？那厮的能力平平无奇，我早有领教，不足为虑。
就这样，郑鸿达到头来还是决定助马得功潜逃。与此同时，郑成功麾下的施琅已率先头部队上岛，加入围城。郑鸿达还不至于蠢到公然放跑敌将。他给城内送去了一份义正词严的战书：余在东门列阵，念在昔日情谊，只望和将军堂堂正正交锋！
此言暗藏玄机：眼下，郑成功的部队已登陆，郑鸿达要放跑敌将，绝不能“堂堂正正”。他强调这四个字，恰恰是在暗示马得功暗中投靠自己。
马得功会意，于是趁夜深人静，暗访郑鸿达大营，在其庇护下躲藏了数日。郑鸿达准备了一艘渔船，密送马得功返回大陆。但世间没有不透风的墙，这消息还是走漏了出去。藏匿、备船等工作牵连者众多，不可能做到一一封口。
四月初一，郑成功率主力部队抵达厦门，但这时已马得功已潜逃三日了。极度的愤怒和不甘让郑成功情绪激动，虽没到失去理智的地步，但明眼人都看得出他的情况不太正常。
“懊恼归懊恼，还需保持一分冷静。”林统云苦劝道。
“气杀我也，谈何冷静？”郑成功脸上的肌肉不断地抽搐着。
郑成功咬着牙，满布血丝的双眼涌出豆大的泪珠。
“冷静！愤怒于事无补！”林统云的语气重了几分。
“你叫我如何冷静！我这眼泪，是为了曾樱……”郑成功哽咽道。
此次厦门失陷，曾樱自尽殉城。曾樱并不属郑家势力，此人是万历四十四年的进士，典型的明朝精英官僚。此人先后在南京朝廷任工部侍郎，福州朝廷任礼部尚书兼文渊阁大学士。隆武政权覆灭后，他追随郑成功。由于年迈，难以从军，此次便留在了厦门。
清军上岛时，曾樱急忙赶赴郑家主宅，却没见到郑家主母董氏。先前已提过，董氏强行登上郑芝莞的战船，离开了厦门。
但曾樱并不知情，还道郑成功的妻儿被清军虏了去。
成功此番出征前，请曾老多多关照自己的妻儿。
郑成功对曾樱委以重任，不过是卖年迈的曾樱一个面子。这份“体贴”对暮年英雄而言，可谓是一种悲凉。
曾樱可不当这是场面话，他认为自己辜负了国姓爷的托付，无颜苟活，竟回自家府邸自缢了。郑成功得知曾樱自尽，心中愧疚难忍，当场恸哭。即便时隔多年，他每每想起冤死的曾樱，都会暗自抹泪。
若对曾樱之死是“悲恸”，那郑成功对临阵脱逃的郑芝莞则是“愤恨”。郑芝莞辜负了他的信任不说，还企图侵吞郑家财产。不仅如此，此人还将国姓爷的妻儿拒之船外，所幸董氏坚持上了船，若非如此，后果不堪设想。
郑家珍藏的数十万两黄金以及粮仓内积存的数万石粮草，皆被清军掠夺一空。好在林统云从琉球采购的武器弹药仍储藏在鼓浪屿，逃过了此劫。遭殃的不只是郑家，众将的府邸无不遭到洗劫。危难关头，郑芝莞仅顾自身利益，即便是国姓爷叔父，也不可饶恕。
另一名叔父郑鸿达私放敌将马得功，更是罪无可恕。郑鸿达自知此事隐瞒不了多久，写了一份认罪书，向郑成功自首坦白了：叔父此举罪无可恕，却情非得已，只因那马得功以我一家老小做要挟……
郑成功对此解释可以理解，决定不再追究，却无法原谅，于是命令手下：定国公若造访，便和他说，本帅不想见他！
郑芝莞在海上避难了数日，得知郑成功回防，清军撤退，竟恬不知耻地重回厦门。他自知罪孽深重，却自恃郑家宗亲，笃定郑成功不敢处置自己。
四月初十，郑成功召开军法会议，公开审判罪将。他肆意宣泄自己的怒火，诸将噤若寒蝉。有人求他从宽处置，他怒斥：“你给郑芝莞说情，莫不是想给自己今后临阵脱逃铺路？”
此言一出，再没人敢置喙。郑成功下达了最终判决：以尚方宝剑，斩罪将郑芝莞！
尚方宝剑是天子赐予心腹之臣的信物，象征着天子的信任，和“斩奸佞”的责任。
“老夫何罪至死，何罪至死啊！”郑芝莞连连喊冤，但已于事无补。他当场被处斩，船上的财宝全部没收充公。
郑芝莞的首级被曝尸三日，才准许入土。守城失职的阮引、何德各领了五十杖刑。《闽海纪要》有曰：诸将股栗。
同时，据《台湾外纪》记载，郑成功布告全军：
本藩铁面无情，尔诸勋臣镇将，各宜努力。苟不能进怯敌，本藩自有国法在；虽期服之亲，亦难宥之。
此布告一出，再加之郑芝莞已服刑，全军上下无不震惊于首领的“铁面无情”。处置完罪将后，郑成功造访曾樱府，郑重悼念这位忠直的老人。
郑鸿达心中有愧，为表自责之意，主动让出金门岛，退到了对岸的白沙。白沙等沿岸部分区域仍是郑家的势力范围。郑鸿达将麾下兵马尽数交给郑成功，再无起兵造反之力。他想以此打消郑成功的疑虑，让其消气。
此番清军偷袭厦门，郑成功因其失策和用人不当，也难辞其咎。但他补救得当，以“铁面无情”的做派让全军重振了士气。据《闽海纪要》记载：“兵势复振。”
同年，在北京清廷，有人告发已故的摄政王多尔衮曾密谋造反，其派系下的官吏遭朝廷肃清。
皇太极临死前，将年幼的顺治帝托付予亲弟多尔衮和堂弟济尔哈朗。但事实上，多尔衮一人成功将统治权攥在手中，他在世期间，比他年长的济尔哈朗根本没有话语权。眼下，济尔哈朗终于荣升郑亲王，为报复多尔衮对自己多年的打压，捏造了其谋反的罪证。
就这样，已入土的多尔衮惨遭追夺封典、毁墓掘尸，但世人都知其冤枉。直到乾隆四十三年（1778），他才得以平反。
清廷内虽经历了惨烈的派系更替，但凭借多尔衮生前打牢的根基，还没到政权不稳的地步。再者，顺治帝已到了亲政的年纪，能稳住朝局。
被困南宁的永历帝，以及初占厦门的郑成功最终还是没能把握住这次清廷动荡的良机，只因这动荡根本没有走出紫禁城……
