蒙古人在征服波斯二十年后，才考虑结束他们的临时政府状态，建立正式的政权。1251年，蒙哥任命旭烈兀为伊朗总督。此后几年内，旭烈兀先后镇压了阿拔斯王朝、叙利亚阿尤布王朝等，正式建立波斯汗国，即伊儿汗国。在他之后，波斯曾被其家族的阿八哈、阿鲁浑、海合都、合赞、完者都和不赛因统治。而随着最后一位统治者不赛因的去世，旭烈兀家族在波斯的统治也宣告结束。这也标志着伊儿汗国的瓦解。
一、初期蒙古人在波斯的统治
当札兰丁的新花剌子模帝国被蒙古人摧毁时，波斯仍处于一个临时拼凑的松散政权之下。西蒙古军驻扎在库拉河下游和阿拉斯河下游的阿兰草原和木干草原上，手握大权的蒙古将军们相继统率着它：1231—1241年间是灭亡花剌子模国的绰儿马罕，1242—1256年间是征服小亚细亚的拜住。谷儿只诸王、小亚细亚的塞尔柱苏丹们、西里西亚的亚美尼亚诸王和毛夕里（摩苏尔）的封建主等西方属臣都直接隶属于蒙古帝国边境上这一军事政府，那些与拉丁语世界有往来的地区也是如此。
绰儿马罕倾向基督教，正如汉学家伯希和指出的，他身边有两位信仰聂思托里安教的兄弟。在他统治期间，窝阔台大汗派出一位名为西蒙的叙利亚基督教徒来到桃里寺，在那里，他的叙利亚名字列班·阿塔[ 汉译名列边阿塔。]更为人们所熟悉。后来，列班·阿塔被贵由大汗任命为官员，专门处理基督教事务。再后来，他行驶着窝阔台赋予的权力，来到波斯，将帝国的法令交到了绰儿马罕手中，根据法令规定，禁止屠杀那些已解除武装并承认蒙古政权统治的基督教徒。根据亚美尼亚编年史家基拉罗斯的记载：“列班的到来极大地宽慰了基督教徒，并将他们从死亡与奴役之中解脱出来。”列班身上所肩负的使命再次说明，蒙古政府在经历了最初的屠杀后，为西伊朗的基督教居民们创造了更为宽松的环境。
1241年，绰儿马罕因中风而哑，1242年，拜住取代了他。拜住并不是那么关注基督教，这从他见教皇英诺森四世派来的使者阿瑟林及其四位随从的态度上就可见一斑。阿瑟林于1247年5月24日抵达驻扎在阿兰草原上的拜住营地。他不太遵循外交礼节，直接规劝蒙古人不要屠杀，还拒绝向汗的代表拜住施以三鞠躬的礼节。这让拜住怒火中烧，扬言要处死这些修道士。但在1247年7月17日，贵由大汗派出的王室代表野里知吉带抵达拜住的营帐。野里知吉带向拜住传达了贵由的旨意，于是，拜住让阿瑟林带了一封回信给教皇。1247年7月25日，阿瑟林在两位“蒙古”使者的陪同下，离开了拜住的营帐。
比起拜住，野里知吉带更重视基督教，他不顾阿瑟林此番出使所产生的消极后果，于1248年5月底，派出了两位东方基督教徒—大卫和马克，前往法兰西路易九世处，带去了一封用波斯文写的、晦涩难懂的信。1248年12月下旬，路易九世在塞浦路斯接见了这个蒙古使团。虽然，这一使团的真实性还有待考证，但伯希和指出，它确实证明野里知吉带当时正在策划着进攻巴格达的哈里发，而圣路易即将在埃及进攻阿拉伯世界，所以野里知吉带希望与他的十字军联合。
1249年1月27日，这两位蒙古基督教徒与路易告别，从塞浦路斯的尼科西亚出发，乘船返回。1249年4月或5月，安德烈一行抵达野里知吉带的营地，接着野里知吉带派他们前去蒙古宫廷。当时，摄政皇后斡兀立·海迷失统治着蒙古汗国，驻扎在塔尔巴哈台的叶密立和霍博的原窝阔台封地内。
蒙哥成为大汗后，对窝阔台系党羽进行了一次大清洗，野里知吉带是深受贵由信任的辅臣，也属于被清洗的行列。1251年10月中旬到1252年2月中旬，蒙哥派人处死了他。只剩下拜住一人守卫边境。
拜住决定处理谷儿只和小亚细亚的事务，但谷儿只女王鲁速丹拒绝向蒙古人投降，这激怒了拜住，鲁速丹去世时，拜住想让鲁速丹的侄儿大卫·拉沙继位，因为此人对他比较顺从。然而，钦察汗站在了鲁速丹之子大卫·纳林这一边。1246年，这两位争夺王位的兄弟来到蒙古宫廷，在贵由汗的面前陈述了各自的理由。上文已述，贵由汗将谷儿只分为两部分，拉沙统治卡特利亚，纳林统治埃麦利蒂亚。
在小亚细亚的塞尔柱苏丹国内，也发生了类似的仲裁。1246年，贵由汗将小王子乞立赤·阿尔斯兰扶上了王位，同时规定，塞尔柱人应付的年贡是“一百二十万海帕帕，五百件丝织品、五百匹马、五百头骆驼、五千头小牲畜，如绵羊、山羊等。此外，还要呈献与年贡价值相当的礼物。”
1254年，蒙哥汗决定将权力一分为二，让凯·卡兀思二世统治克孜尔·伊尔马克以西地区，让乞立赤·阿尔斯兰统治其东。然而没过多久，这两兄弟就打了起来，最终凯·卡兀思获胜，其弟成为囚徒。1256年，凯·卡兀思不断拖延缴纳贡赋，这让拜住很不满，在阿克萨赖附近，拜住打败了他，凯·卡兀思被迫逃往尼西亚的希腊人当中避难。后来，在蒙古人的帮助下，乞立赤·阿尔斯兰取代了他。不久后，凯·卡兀思返回，最后他不得不接受蒙哥的仲裁，与其弟瓜分领地。
总而言之，那些位于西南边境的地区，只是时不时地感受到蒙古宗主权的存在。在向属国施加压力的同时，绰儿马罕和拜住也不得不听取来自哈拉和林宫廷的意见，但因为两地相距甚远，哈拉和林的决定往往要延迟几个月才能送达。
二、阔儿吉思和阿儿浑的统治
阔儿吉思和阿儿浑统治期间，呼罗珊和伊拉克·阿只迷的民政机构的雏形正在逐渐形成。1231年，绰儿马罕正在西北部进攻札兰丁，蒙古将军真帖木儿消灭了花剌子模在呼罗珊的最后一支军队。1233年，窝阔台汗任命真帖木儿出任呼罗珊和马赞达兰的长官，负责财务事务。连年的屠杀和征战，让这一地区几乎成为废墟，正因为如此，要在这里征收赋税，要以更残暴的手段才行。大汗和另外三个成吉思汗兀鲁思的首领们瓜分了这些税收，然而，就连真帖木儿这样的蒙古贵族，也开始任命伊朗籍学者出任理财大臣。
1235年，随着真帖木儿去世，职位短暂空缺后，畏兀儿人阔儿吉思继任。他来自别失八里地区，是畏兀儿人当中有声望的学者。因此，成吉思汗还在世时，术赤就对他青睐有加，让他教授家族中的孩子们畏兀儿文。后来，窝阔台任命阔儿吉思管理呼罗珊的户口和赋税。“在他之前，其境内的那颜和官吏，俨然像独立的君主一般，将税收的大部分据为己有。阔儿吉思的到来结束了这一状况，并逼迫他们退还赃款。在他的保护下，波斯人的生命和财产免于蒙古酷吏的侵犯，从此，蒙古官吏再也不能随意屠杀居民。”他在任期间，不仅修复了图斯城，还住在那里，这位才华横溢而且有勇有谋的畏兀儿人正在试图建立起真正的民政管理机构，这一点对蒙古人和伊朗人都大有裨益。
在阔儿吉思的努力下，窝阔台汗于1236年下令复兴呼罗珊，没过多久，赫拉特的人口就开始增加。但是，窝阔台死后，那些曾被阔儿吉思禁止肆意掠夺的蒙古官吏们将其带到了摄政皇后脱列哥那面前，随后，又被送往察合台的孙子哈剌旭烈兀那里（他曾冒犯过哈剌旭烈兀）。1242年，哈剌旭烈兀处死了他。
受脱列哥那的委托，斡亦剌惕人阿儿浑阿合开始管理呼罗珊和伊拉克·阿只迷，阿儿浑的统治从1243年持续到1255年，他和阔儿吉思一样，设法保护伊朗居民，使他们免受蒙古官吏的欺压和勒索。后来，为了取悦贵由大汗，他废除了较低一级的成吉思汗后裔们盲目颁发的大量敕令、税额和专利权[ 正是因为这些特权，他们甚至得以插手蒙古的国库。]。1251年，阿儿浑访问蒙哥宫廷，他发现蒙哥大汗也是他坚定的支持者。应他的要求，蒙哥将牙剌洼赤父子在河中已经建立起来的制度推广到波斯，取代了征服初期所实行的混乱的财政制度。换而言之，阿儿浑引入了根据纳税人财产的多少按比例均摊税的税制，税收也开始用于维持军队和邮政事业的开支。1278年，在图斯附近，阿儿浑寿终正寝。
三、旭烈兀的统治
蒙古人征服波斯二十年后，才开始考虑结束设立在那里的临时政府，那是一种二元政府制，即阿兰和木干草原上进行纯军事统治，而呼罗珊和伊拉克·阿只迷则进行财政管理。蒙古人决定在此基础上建立一个正规的政权。1251年的库里勒台上，蒙古大汗决定由其弟旭烈兀担任伊朗总督，并同时要求他镇压波斯残余的两股势力，即马赞达兰的伊斯梅尔派伊玛姆们的公国和巴格达的阿拔斯哈里发朝。之后，旭烈兀从蒙古出发，经过阿力麻里和撒麻耳干，1256年1月2日渡过了阿姆河，在阿姆河的南岸，他的新属臣们派来代表，热情地欢迎了他。
按蒙哥的计划，旭烈兀先进攻了马赞达兰境内的麦门底司堡和阿剌模忒堡。后来，旭烈兀在麦门底司堡抓住了鲁克赖丁库沙，并将他交给了蒙哥大汗。12月20日，阿剌模忒堡的守军投降。
接着，旭烈兀去进攻巴格达的阿拔斯哈里发起进攻，此人既是伊斯兰教逊尼派的精神领袖，也是伊拉克阿拉比境内一小块领地的世俗君主。当时，正值哈里发穆斯台耳绥姆（1242—1258年在位）当权，他资质平庸，企图用计对付蒙古人，就像他前任的哈里发们对付布威朝、塞尔柱朝、花剌子模国和蒙古人一样—以前，只要前来征服的君主是英明强悍的，哈里发就会投降。10世纪时，当时的哈里发曾接受布威朝异密埃尔奥马拉与他一同统治；11世纪时，当时的哈里发也与塞尔柱苏丹一同统治。在这些时候，哈里发总会暂时将自己的影响力限制在宗教领域，然后等待着，希望这些短命的君主能早日消失。等时机来临时，哈里发就会挺身而出，斡旋于诸君主间的争端，并予以致命一击。较之那些世俗君主们或长或短的统治，哈里发的权力更长久，而且具有神性特征。
然而，成吉思汗的后裔们宣布，腾格里（长生天）赋予了他们统治人间帝国的权力，这一权力将永世长存。拉施特曾将旭烈兀与哈里发之间的通信复原，信中旭烈兀采用了前所未有的傲慢措辞，他向哈里发提出要求，希望能赋予他统治巴格达的世俗权力。他在信中说道：“你知道，从成吉思汗以来，蒙古军队曾给世界带来怎样的命运，秉承天意，花剌子模王朝、塞尔柱王朝、戴拉木王朝和各阿塔卑王朝又饱受了怎样的屈辱！然而，巴格达的大门从未向他们关闭，甚至让他们在巴格达建立过属于他们的统治。我们的力量如此强大，如何能拒绝我们，不向我们敞开大门呢？要当心啊！不要用武力反对军旗，这是徒劳。”
对这一庄严的警告，哈里发采取了蔑视的态度，他拒绝交出阿拔斯朝的世俗领地，因为那是他的祖先从塞尔柱人手中拼命夺回来的。他公然反对成吉思汗后裔统治下的世界帝国：“你真是个初出茅庐的年轻人啊，不过得志了区区几日，就误以为是世界之王。你还不知道吧，从东方到马格里布，从帝王到乞丐，皆为我的臣仆，我可以将他们都召集起来。”然而，这不过是苍白无力的恐吓，对于哈里发发出的警告，旭烈兀及其萨满教、佛教和聂思托里安教的将军们毫不理会。
1257年11月，蒙古军开始进攻巴格达，拜住的军队经过毛夕里，在底格里斯河的西岸从后方袭击巴格达。旭烈兀这边，乃蛮部将领怯的不花率领着左翼军，沿卢里斯坦道进攻阿拔斯王朝的都城。最后，旭烈兀从哈马丹出发，从尔曼沙赫和霍尔湾一路南下，来到底格里斯河畔。1258年1月18日，各路蒙古军成功会师，旭烈兀在巴格达东郊安营扎寨。此前，哈里发的少数部队试图阻止蒙古军围城，但都被击败。22日，蒙古军将军拜住、不花帖木儿和孙札黑率军占领了底格里斯河西郊的阵地，河的另一边，旭烈兀和怯的不花逐渐缩小包围圈。眼见情势不妙，哈里发试图与蒙古人议和—他派人前去谈判，希望能引起蒙古人感情上的共鸣，此外，他还派出了聂思托里安教教徒马基哈。然而，一切都晚了。2月5日和6日，蒙古人发动了猛烈的进攻，占领了东部所有堡垒，被围攻的居民纷纷投降。守城的士兵们企图逃跑，但被蒙古人抓住了，他们被分派给各个部队，然后被一一处死。2月10日，哈里发亲自向旭烈兀投降，旭烈兀让他命令全城百姓放下手中武器，并走出巴格达城。“城中居民放下了手中的武器，他们蜂拥而至，前来向蒙古人投降，而蒙古人当场处死了他们。”接着，2月13日，蒙古人攻入巴格达城，将那些没有出城的居民也都杀死，并放火烧城。这次劫掠前后持续了十七天，据统计，死难者多达九万人。
之后，哈里发在蒙古人的强迫下交出了他的财宝，并说出了他埋藏宝藏的地方，出于对他尊贵身份的忌惮，蒙古人让他不流血地死去—2月20日，蒙古人将他装入一只口袋，在马蹄下被踩死。
四、旭烈兀征伐叙利亚
旭烈兀攻占了巴格达，灭亡了哈里发王朝，之后，他踏上哈马丹之路，赶往阿哲儿拜占，像之前的蒙古将军绰儿马罕和拜住一样，他将驻地设在了该省北部。阿哲儿拜占境内的桃里寺和蔑剌合两城作为都城，所谓都城，其实是驻扎在城镇附近的游牧宫廷。在乌尔米亚湖，旭烈兀修建了许多房屋，其中他最喜欢停留的地方是蔑剌合以北一座小山上的瞭望台，以及阿拉塔黑的一座宫殿和忽伊的一些寺庙。他将从巴格达带来的战利品保存在乌尔米亚湖中一个岛上的城堡中。到了夏天，旭烈兀系宗王们又向北迁移，来到亚拉腊山嘴的阿拉塔黑山中。
随着巴格达的陷落，其余地区陷入了恐慌。毛夕里的阿塔卑别都鲁丁卢卢（1233—1259年在位）已年过八旬，他奉命将巴格达大臣的头颅一颗颗悬挂到城墙之上，而且，他还亲自前往蔑剌合旭烈兀营地，去拜见这位君主。接着，法尔斯的阿塔卑阿布·巴克尔派其子赛德去祝贺旭烈兀攻占巴格达城。小亚细亚的两位塞尔柱苏丹—凯·卡兀思二世和乞立赤·阿尔斯兰四世两兄弟也同时抵达了设在桃里寺城附近的旭烈兀营帐，这对兄弟互相敌视。凯·卡兀思二世很惶恐，因为1256年时，他的部队曾抵抗过蒙古将军拜住，并在阿克萨赖被拜住击败。为平息旭烈兀的怒火，他让工匠将自己的画像画在一双靴子底，然后将这双靴子呈献给怒火未消的旭烈兀，说：“您的奴仆斗胆，他希望他尊敬的君主能将他可敬的脚放在奴仆的头上，以此抬举奴才的头颅。”此事表明，随着巴格达城的沦陷，剩下的地区已经沦落到卑躬屈膝的境地。
之后，为了完成蒙哥所托，旭烈兀启程去征服叙利亚和埃及。当时，法兰克人和阿尤布王朝瓜分了叙利亚。法兰克人占据着沿海地带，此地又被分为两个地区国，即北部的安条克公国和特里波利郡，它们都属于波赫蒙德六世；南部的耶路撒冷王国，但它早已没有了耶路撒冷城，因而不能实施有效的统治，其实这是由一些男爵领地和法国的小政区组成的联邦。安条克—特里波利王波赫蒙德六世是其北部邻国亚美尼亚（即西里西亚）王海屯一世的亲密盟友，他娶了海屯王的女儿，并追随海屯王的步伐，很快也加入了蒙古联盟。阿尤布王朝是库尔德人的王朝（由伟大的萨拉丁创建，而现在已经具有明显的阿拉伯特征），纳绥尔·优素福（1236—1260年在位）苏丹正统治着该地区，他软弱无能，于1258年向蒙古人称臣，并将其子阿尔·阿吉兹送到旭烈兀那儿作人质。
尽管这些国家和地区表示臣服，但旭烈兀还是决定向阿尤布王朝西部的美索不达米亚和叙利亚发动进攻。战争始于对迪牙巴克尔的蔑牙法里勤异密国进行地区性远征，名叫卡米勒·穆罕默德的人统治着异密国。蒙古人之所以怨恨卡米勒，是因为他曾将一位进入其境内的雅各派基督教牧师钉死在十字架上，而该牧师持有蒙古人颁发的过境证。旭烈兀派出了一支蒙古分队前去围攻蔑牙法里勤，此次围攻时，东方的基督教徒们强烈地感受到，当他们与蒙古人一起向着穆斯林的叙利亚进攻时，他们正在参与另一种形式的十字军运动。
经过长期围攻后，蔑牙法里勤沦陷，卡米勒被活捉，蒙古人将他的肉一片片割下来，塞进他的嘴里，一直折磨他，直到他死去，然后又将他的头颅插在一根长矛上，蒙古人举着它，以胜利者的姿态穿过了叙利亚的各大城市，从阿勒颇一直到大马士革。蔑牙法里勤异密国中的大部分居民被屠杀，唯有基督教徒得以幸免。因为该城是雅各派的古老主教区，还是亚美尼亚教派的中心，所以城中基督教徒人数众多。刚加的基拉罗斯记载道：“这些教堂得到了尊重，而圣·马鲁塔收集的数不清的遗物也受到了同等的尊重。”
围攻蔑牙法里勤后，旭烈兀征服了叙利亚。据亚美尼亚史学家海顿记载，在旭烈兀与其忠实的属臣亚美尼亚王海屯一世的一次会晤期间，蒙古人就已经拟定好了作战计划。“汗要求海屯，让他率领在埃德萨的全部亚美尼亚军，参与到他的征战中来。他希望能向耶路撒冷进军，将圣地从穆斯林手中解放出来，归还给基督教徒。听到这一消息，海屯王很高兴，他立即召集大军，赶去与旭烈兀会合。”据瓦尔坦的记载，亚美尼亚大主教还前来为大汗祝福。于是，从某种角度而言，这场由成吉思汗孙子领导的远征具有亚美尼亚—蒙古十字军的特点。它甚至还具有法兰西—蒙古十字军的形式。因为在涉及与蒙古人的关系方面，海屯不仅要为他个人考虑，还得为他的女婿安条克王、特里波利伯爵波赫蒙德六世考虑。提尔的圣殿骑士在《奇普洛瓦故事集》中也证实了这一点：“为了女婿波赫蒙德的利益，海屯与旭烈兀有过长谈，此后，波赫蒙德在旭烈兀心中也受到优待。”
1259年9月，蒙古大军从阿哲儿拜占出发，向叙利亚西部进军，怯的不花那颜率先头部队出发，老将军拜住和失克秃儿率领右翼军，孙札黑率领左翼军，旭烈兀亲自率领中军，他的基督教妻子脱古思可敦陪伴而行。他们从库尔德斯坦南下，进入阿勒贾兹拉省，之后，旭烈兀占领了努赛宾，哈兰和埃德萨向他投降，塞伊汗城民被屠杀。攻占比雷吉克后，旭烈兀渡过了幼发拉底河，劫掠了门比杰，围攻了阿勒颇。纳绥尔苏丹没有在阿勒颇城内组织抵抗，而是继续率领着人马停留在大马士革。
1260年1月18日，旭烈兀率领的蒙古军与海屯和波赫蒙德六世分别率领的亚美尼亚和法兰克援军一起，开始围攻阿勒颇城，原阿尤布朝王公图兰沙驻守着该城。“他们将20门弩炮摆放在阵地前，1月14日，他们攻入该城。一次大胜后，他们占领了除城堡之外的阿勒颇城，而城堡一直坚持抵抗，持续到了2月25日。”之后，他们沿用成吉思汗的方式，对该城进行了彻底的大屠杀，这场大屠杀整整持续了6天。之后，海屯放了一把大火，烧了清真寺，而雅各派教堂则幸免于难。旭烈兀分给海屯一些战利品，并将阿勒颇的穆斯林曾经从亚美尼亚境内夺去的几个地区和城堡归还给他。还有一些土地原本属于阿勒颇公国，自从萨拉丁时代就被穆斯林占有了，旭烈兀将这些土地归还给了波赫蒙德六世。
如今，整个叙利亚都陷入混乱，蒙古人尚未来到，一些穆斯林王公就投降了。旭烈兀在阿勒颇城前接见了霍姆斯前王—阿尤布朝的阿什拉夫·穆萨，他被他的人民推翻了，如今，旭烈兀又帮助他复位。随着阿勒颇城的沦陷，哈马城也不战而降。像在阿勒颇一样，纳绥尔苏丹没有尽力守卫大马士革，听闻阿勒颇陷落的消息后，他就仓皇逃往埃及。就这样，大马士革被守军遗弃了，不得不提前投降。1260年3月1日，在海屯王和波赫蒙德六世的陪同下，怯的不花率领蒙古军队抵达大马士革。后来，该城的行政权被交到了一位蒙古长官手中（还有三位波斯文官协同管理）。4月6日，一度坚持抵抗的城堡缴械投降，按照旭烈兀的命令，怯的不花亲自砍下了城堡长官的头颅。
此后的三个星期内，怯的不花彻底征服了叙利亚。蒙古军攻入了萨马里亚境内，将纳布卢斯驻军全部杀死。一路上，蒙古军没有遭遇阻碍，他们长驱直入，来到加沙。在比勒加斯，纳绥尔苏丹被抓住，怯的不花利用他逼迫阿杰伦驻军投降，然后将他交给了旭烈兀。
对于当地遭受了六年压迫的基督徒而言，蒙古人进入大马士革无疑是对他们最大的报答。他们列队在街上游行庆祝，他们一路唱着赞美诗，手持十字架，强迫穆斯林们在十字架前肃立。他们一路前进，来到了倭马亚朝清真寺，在清真寺里敲钟、喝酒。提尔的圣殿骑士提到，海屯及其女婿波赫蒙德六世协同蒙古人攻下大马士革后，经过怯的不花的允许，他们将一座清真寺改为俗用，也就是说，一座被穆斯林强占的原拜占庭教堂被归还给了基督教徒。
这些征伐似乎永无止境，直到一场意外发生。1259年8月11日，蒙哥大汗在中国去世，为了争夺王位，旭烈兀的兄弟忽必烈和阿里不哥展开了战争。旭烈兀排行老四，而且远离蒙古，所以没能成为候选人。后来，他对忽必烈心怀同情，他的支持和调停也发挥了巨大作用。
除此之外，旭烈兀还清醒地意识到，他的堂兄弟—钦察汗的别儿哥在高加索边境对他造成了严重威胁，因此，他在叙利亚和巴勒斯坦留下了一支占领军，由怯的不花作为统帅，而他自己则返回了波斯。据记载，这支占领军的人数被压缩到两万人。
现在，怯的不花统治着蒙古人的叙利亚和巴勒斯坦，他十分偏爱当地的基督教徒，因为他本人是聂思托里安教徒，而且他认为这样做对法兰克—蒙古联盟双方都有利。但令人遗憾的是，阿迦的男爵们仍视蒙古人为野蛮人，他们宁愿处于穆斯林的统治下，也不愿屈从于这些野蛮人。其中，西顿的儒连伯爵攻击了蒙古巡逻队，杀死了怯的不花的侄儿。为了报复，愤怒的蒙古人劫掠了西顿。无论是公开的，还是暗地里的，法兰克人与蒙古人之间的联盟就此结束。
这一结盟的破裂重新燃起了被占领地人民的希望。尽管阿勒颇—大马士革的阿尤布王朝苏丹国已经被征服，但那里仍有一支实力雄厚的军队，也就是马木路克军，埃及苏丹国的君主们也在那里。马木路克是雇佣军，主要由突厥人组成，是埃及阿尤布王朝苏丹们的军队。1250年，他们推翻了阿尤布王朝，成为埃及的主人，他们的将军们也成了埃及的苏丹。当时，马木路克苏丹忽都思（1259—1260年在位）统治着开罗，他敏锐地意识到，形势正朝着对他有利的方向发展—旭烈兀率领着蒙古军主力返回了波斯，怯的不花又失去了沿海的法兰克人的援助，仅仅靠两万人的占领军守卫占领区，是十分困难的。既然法兰克人已经与之决裂，马木路克军就应该把握时机投入战斗。1260年7月26日，在异密拜巴斯的统率下，他的先头部队离开埃及，向巴勒斯坦进军。由拜答几指挥的一小支加沙蒙古占领军被打败。阿迦的法兰克人不仅允许马木路克军通过，还让他们在阿迦城下补充粮草。这样一来，在战争初期，马木路克军就占据了很大优势。离开阿迦后，马木路克军经过法兰克人的属地加利利，向约旦出发。怯的不花率蒙古骑兵和几支由谷儿只人和亚美尼亚人组成的小分队出城迎战。1260年9月3日，两军在泽林附近的艾因贾卢特交战。怯的不花的守军被击败，但他拼命守卫了成吉思汗旗帜的荣誉与尊严。
作为胜利者，忽都思苏丹进入了大马士革，其后不久，一直到幼发拉底河流域为止的地区都成了埃及的马木路克苏丹国的领土。但旭烈兀并未就此罢休，1260年11月，一支蒙古分队再次进入叙利亚，第二次攻占了阿勒颇，然而，12月10日，这只蒙古军在霍姆斯附近被击败，并再一次被驱逐回了幼发拉底河东岸。
五、旭烈兀的晚年
旭烈兀最终也没能征服叙利亚，他的堂兄弟钦察汗别儿哥的威胁让他处于不利地位。成吉思汗长支的后裔统治着南俄罗斯草原，他偏爱伊斯兰教，甚至超过了旭烈兀对基督教的偏爱，所以，旭烈兀的胜利也让他大吃一惊。拉施特记载了别儿哥对旭烈兀的评论：“他将穆斯林的所有城市都洗劫一空，没有征求亲属的任何意见，就处死了哈里发。承蒙安拉庇护，我一定要让他解释为何要滥杀无辜！”正如他所表现出来的强烈感情一样，为了反对旭烈兀，别儿哥立即与马木路克军联合，新马木路克苏丹拜巴斯（1260—1277年在位）本人就是钦察突厥人，他促成了这一结盟。1262年，别儿哥开始与拜巴斯交换使者，并正式向旭烈兀宣战。当年的11—12月间，旭烈兀发动进攻，越过了两国在高加索边境的分界线—打耳班关隘，向捷列克河以北的钦察境内前进。此后不久，在捷列克河畔，他遭遇了别儿哥侄子那海率领的军队，被击败，撤退到了阿哲儿拜占。
后来，波斯汗国不仅感受到来自钦察可汗们的敌意，还受到察合台诸汗们的敌视。高加索或阿姆河方向的势力频频发动侧击，让波斯汗国几乎瘫痪，也阻止了它向叙利亚方向扩张的势头。成吉思汗后裔之间的这场内战终结了蒙古的征服。
之后，旭烈兀逐一消灭了许多省内的地区王朝，完成了波斯境内的统一。毛夕里的阿塔卑、老别都鲁丁卢卢（1233—1259年在位）承认了蒙古人的宗主权，保住了王位。然而，他的儿子们草率地选择了支持马木路克，旭烈兀盛怒之下洗劫了毛夕里。1262—1264年间，萨尔古尔朝的塞尔柱沙赫、法尔斯阿塔卑也反叛过蒙古人，1264年12月，蒙古人攻占了卡泽伦，处死了他。后来，在旭烈兀的支持下，萨尔古尔朝公主阿必失可敦获得了法尔斯的王位，随后，她嫁给了旭烈兀的四子忙哥帖木儿王子，这无异于兼并了法尔斯。旭烈兀的另外一子，也就是继承人阿八哈也与起儿漫忽特鲁沙朝的女继承人帕夏可敦结婚。
一个有趣的现象是，旭烈兀及其早期几位继承者统治期间，波斯境内有佛教活动存在，但却几乎没有资料对其进行记载。就我们所知，来自中国的某些佛教僧侣定居在旭烈兀国内，并在那里修建了许多佛塔。尤其是旭烈兀的孙子阿鲁浑汗，还以自己的肖像画来装点这些塔。就元代的中国画来看，我们应该为这些艺术品的遗失而惋惜，由此也可以解释后来波斯袖珍画的某些特征是受其影响。
旭烈兀在攻占巴格达之后，仍是波斯文学的保护者。伟大的史学家沙哀丁·志费尼就是一个典型例子。志费尼的父亲哈哀丁来自尼沙普尔，是蒙古政府的一名管理者，负责呼罗珊的财政事务。1256年，他劝说旭烈兀，让他不要焚烧阿剌模忒堡中伊斯梅尔派教徒们藏书的图书馆。1249—1251年及1251—1253年期间，他先后两次访问蒙古，对中亚问题如数家珍，大约在1260年，他写就了不朽的著作—《世界征服者史》，也就是成吉思汗及其继承者们的历史，相关记载一直持续到1258年。1262—1263年间，旭烈兀任命他为巴格达长官。
1265年2月8日，旭烈兀死于蔑剌合附近，不久，他的皇后脱古思可敦也去世了。他们的去世让东方基督教各派深感悲伤。他们用巴赫布拉攸斯以叙利亚雅各派教会的名义和刚加的基拉罗斯以亚美尼亚教会的名义，写下了深情的话语来悼念他们：“基督教的两颗巨星”“又一位君士坦丁，又一位海伦。”
六、阿八哈的统治
旭烈兀死后，他的长子阿八哈继位，他于1265—1282年在位。阿八哈继续在阿哲儿拜占居住，但他选中了桃里寺城为都城，该城后来持续作为都城，一直到蒙古的波斯王朝结束（除了完者都统治期间，即1304—1316年，将都城前往了苏丹尼耶）。和他的父亲一样，阿八哈仅仅将自己视为忽必烈大汗的副手，在他的再三请求下，忽必烈给他颁发了授职书—札儿里黑。
也和他的父亲一样，阿八哈很可能是一位佛教徒，然而他对国内的亚美尼亚派、聂思托里安派或者雅各派等基督教会也表示了极大的善意，同时，他还赞成与基督教世界联合起来，一同反对埃及和叙利亚的马木路克。他即位后不久，就与拜占庭皇帝迈克尔·佩利奥洛格斯的女儿马丽公主结婚。在叙利亚方面，阿八哈是聂思托里安教大主教马·德赫的保护者，后来，他与主教之子、著名的马·雅巴拉哈三世成了朋友。
在国外，阿八哈结束了他父亲发动的反钦察汗别儿哥的战争。1266年春天，别儿哥的侄子那海再次发动进攻，经过打耳班关隘和库拉河，然而，阿八哈的副手们在阿克苏河畔打败了他，他只能退回失儿湾。后来，别儿哥亲自率领大军向打耳班进军，希望能夺得渡口，但却于1266年在库拉河上游突然去世，军队在他死后撤退了。
在东北方向，阿八哈不得不面对河中的察合台系八剌汗的攻击，1269—1270年间，八剌进攻呼罗珊，占领了莫夫和尼沙普尔。一次，阿八哈为了蒙蔽敌人，佯装撤退，之后于1270年7月，在赫拉特附近打败了八剌。值得注意的是，赫拉特马立克的克尔特人沙姆斯哀丁巧妙地斡旋其中，并没有卷入这场蒙古的内战之中。为了保卫他的城市，当察合台人入侵时，这位老于世故的阿富汗人表示将效忠于察合台人；然而，当阿八哈率军来到呼罗珊时，他又临时倒戈，转向了阿八哈一边。他在赫拉特建立了有效的防卫，帮助阿八哈将入侵者引入埋伏圈，并在那里打败了他们。
1273年1月，阿八哈得以复仇，他将战争引向了河中—他派出一支军队劫掠了不花剌。虽然赫拉特马立克沙姆斯哀丁在1270年曾向阿八哈表示要效忠于他，但阿八哈并不信任他。阿八哈给予了他许多尊号和荣誉，然后在1277年将他骗到桃里寺，并于1278年1月将他毒死。随后，在1279年，他将这位牺牲者的儿子鲁肯哀丁拥立为赫拉特王，称为沙姆斯哀丁二世。
在西方，阿八哈继续着他父亲反对马木路克的事业，然而，马木路克的实力日益壮大，现在既是埃及的君主，还统治着叙利亚。马木路克苏丹拜巴斯不仅是伊斯兰教的领袖，也是那个时代最为杰出的武士之一，他一直采取攻势，时不时地侵犯蒙古人的亲密盟邦和属国—西里西亚的亚美尼亚国。1275年4月，他洗劫了西斯、阿达纳、塔尔苏斯和剌牙思等城市，此后，他开始干涉小亚细亚塞尔柱苏丹国的各种事务。塞尔柱苏丹国是波斯汗国的亲密属国，该国的苏丹凯·库思老三世（1265—1283年）未成年时，蒙古就充当着苏丹国的保护者，当时该国由丞相穆因哀丁·苏来曼代为治理。这位丞相是一个不折不扣的阴谋家，他与拜巴斯暗中往来，希望借助拜巴斯的力量，帮助苏丹国摆脱蒙古人的控制。1277年，拜巴斯来到塞尔柱苏丹国，4月18日，他在卡帕多细亚入口处、吉浑河上游河畔的阿尔比斯坦击溃了蒙古的占领军。而这位统率着塞尔柱军队的丞相则趁机逃走。4月23日，拜巴斯胜利攻下了卡帕多细亚的开塞利，之后返回了叙利亚。
与此同时，阿八哈愿意与反对马木路克的拉丁政权结盟，1273年他将此意致函教皇和英王爱德华一世。1274年5月至7月间，他的两位使者拜访了格列高利十世，路易斯宗教委员会长老们也接见了他们。然而，无论是教皇，还是法国或英国，都没有对这位蒙古征服者的倡议做出响应。
于是，阿八哈决定单独行动。1271年10月底，他派出一万骑兵，扫荡了阿勒颇省的郊区，1280年9月和10月，他再次派出一支人数更多的分遣队，这支军队曾短暂占领过内城以外的阿勒颇城。然而，这不过是一次侦察行动。1281年9月，一支由五万人组成的蒙古军来到叙利亚。和父亲海屯一样，亚美尼亚王尼奥三世是蒙古人的忠诚伙伴，他也率军加入了战斗。因此，总计由亚美尼亚人、谷儿只人和法兰克人组成的三万大军加入了蒙古军，这支大军由阿八哈之弟忙哥帖木儿率领。1281年10月30日，在霍姆斯附近，他们遭遇了由嘉拉温苏丹率领的马木路克军。以尼奥三世为首的亚美尼亚和谷儿只军，也就是蒙古右翼军，将敌军打得落荒而逃，然而，途中忙哥帖木儿负伤，不得不从战场中撤下，他的撤退削减了士气。于是，蒙古人只能再次返回幼发拉底河，此次战败后不久（1282年4月1日），阿八哈去世。
1282年5月6日，阿八哈的弟弟帖古迭儿即位，他没有继续执行旭烈兀家族的传统政策。他的母亲忽推可敦很可能是聂思托里安教徒，他本人也在年轻时接受过洗礼，但根据海顿和尚的记载，他即位后信奉的是伊斯兰教，并取名为阿赫默德，取号为苏丹。他开始竭尽全力使波斯转而信奉伊斯兰教。海顿和尚记载：“他想尽一切办法使鞑靼人皈依伊斯兰教。”1282年8月，帖古迭儿向马木路克提议和谈。佛教徒和聂思托里安教徒中的“守旧派”就此事向中国大汗忽必烈提出了抗议，因为忽必烈既是帖古迭儿的伯父，又是波斯汗国名义上的宗主。据马可·波罗记载，忽必烈对此很不悦，他扬言要干涉波斯。同时，蒙古守旧派以及其他势力都开始支持阿八哈之子—呼罗珊长官阿鲁浑。不久后，内战爆发。
阿鲁浑在呼罗珊发动起义，并向伊拉克·阿只迷进军，然而，1284年5月4日，他在可疾云附近的阿克霍札被打败，只能向帖古迭儿投降。不久后，军队首领又策划了一起阴谋，这起阴谋后来演变为宫廷政变，最后，军队抛弃了帖古迭儿，他于1284年8月10日被处死，次日，阿鲁浑即位。
七、阿鲁浑的统治
阿鲁浑和阿八哈及旭烈兀一样，他将许多文职，尤其是财政管理方面的事务交给基督教徒或犹太教徒处理。他任命犹太教医生撒菲·倒剌为理财大臣和首席谋臣。从1288年起，直到1291年阿鲁浑病倒，他都深深地信赖着撒菲·倒剌。撒菲·倒剌精通蒙古语和突厥语，很有才干，一直与阿鲁浑保持着高度一致。他不允许军事将领蔑视法庭的判决，以树立法庭的权威；他下达命令，控制粮食征收官吏过度剥削百姓。简而言之，他找出各种弊端，竭尽全力想将正规的民政管理引入蒙古人纯粹的军事统治当中。他还增加了慈善机构的基金，对文人学士进行鼓励和资助。值得一提的是，他的亲属们几乎包揽了除了呼罗珊和小亚细亚以外所有地区的税收事务，因为这两个地区是阿鲁浑之子合赞和阿鲁浑的兄弟海合都的封地。然而，这位犹太教大臣仍然招来了人们的仇视：他禁止掠夺行为，这让蒙古封建主们对他深恶痛绝，并让这位伟人丧失了尊严。
阿鲁浑的一位妻子名为兀鲁克可敦，生于克烈部，是已故脱古思可敦的侄女，也是一位聂思托里安教教徒。1289年8月，她让其子，也就是未来的完者都接受了洗礼，并起教名为尼古拉，以示对教皇尼古拉四世的尊重。海顿和尚记载道：“阿鲁浑喜爱并尊重基督教，他重新修建了被帖古迭儿毁坏的基督教堂。”
阿鲁浑后来想再次投入到反马木路克的战争中去，他急切地盼望着再次与基督教世界结盟。基于此目的，1285年，阿鲁浑致函[ 该信函的拉丁译文现存于梵蒂冈。]教皇霍诺里乌斯四世，信中他提出了周密的作战计划。在这封著名的信中，波斯汗呼唤了鞑靼的祖先成吉思汗的名字，还提到了既是他的伯祖父，又是其宗主和盟友的中国皇帝忽必烈，之后他追忆了那些将成吉思汗国与基督教世界紧密团结起来的伟人们。他写道，他受忽必烈大汗之托，前去解放基督教徒之地，并成为它的保护者。信末，他请求，当他入侵叙利亚时，希望对方能派一支十字军支援。
出于同一目的，1287年，阿鲁浑派出了另一个使团，由列班·扫马率领，前去欧洲。列班·扫马在黑海岸的特拉布松港乘船，在君士坦丁堡登陆。作为阿鲁浑的代表，拜占庭皇帝安德努尼卡斯二世（1282—1328年在位）热情地欢迎了他。在圣·索菲亚大教堂祈祷后，列班·扫马再次起航，前往意大利，他在那不勒斯靠岸，并在那里亲历了1287年6月23日在海湾发生的一场海战—安哲文和阿拉贡舰队之间的战争。接着，他向罗马出发，遗憾的是，1287年4月3日，教皇霍诺里乌斯四世刚刚去世，没有选出继承人，红衣主教们接见了他。他向主教们解释蒙古基督教世界的重要性：“要知道，我们的许多长老曾前往突厥人、蒙古人和中国人的居住地，去那里教化他们。今天，许多蒙古人已经成为基督教徒，他们中间甚至有君主和皇后的孩子们，他们接受了洗礼，信奉基督。阿鲁浑友好地与主教团结在一起，他希望获得叙利亚，也恳请你们施以援手，解放耶路撒冷。”
在瞻仰了圣·彼得和罗马的其他教堂之后，列班·扫马离开罗马，经过热那亚，前往法兰西。1287年9月10日，列班·扫马抵达巴黎，接受了菲利普的接见，菲利普亲自陪着他去瞻仰了圣察帕勒教堂。参观完从索尔邦到圣丹尼勒的教堂之后，大约10月底—11月初，列班·扫马前往波尔多，去拜访英王爱德华一世。和法兰西国王一样，爱德华也亲切地欢迎了蒙古使者们，然而，这两位君主都不愿意签订列班·扫马一行所希望签订的明确的军事协约。列班·扫马失望地回到罗马。1288年2月20日，罗马选出了新教皇尼古拉四世。尼古拉四世对蒙古教士的提议很感兴趣，还允许他参加了复活节前一周的庆祝仪式，并将他安排在首席的位置上。列班·扫马倍感欣慰。然而，就政治层面而言，他此番出使并不成功。西方各国并没有像蒙古军所希望的那样，组织起能与之配合的十字军。
带着尼古拉四世、金发菲利普和爱德华一世给阿鲁浑的信，列班·扫马回到了波斯。1288年夏末，他抵达阿鲁浑宫殿。阿鲁浑对他满怀谢意，任命他为他的斡耳朵的聂思托里安教牧师。
1289年4月10日的复活节庆祝会后，阿鲁浑再次派出使者，前去访问教皇尼古拉四世、金发菲利普和爱德华一世，这次的使者是热那亚人布斯卡尔。1289年7月15日至9月30日间，布斯卡尔抵达罗马，先后受到尼古拉和菲利普的接见。他反复重申了其君主的提议，希望能建立起以解放圣地为目的的联盟，并向敌人发动攻击，然后他还展示了阿鲁浑写给菲利普的信件，这封信中写道：“以长生天之力，在至高无上的汗—忽必烈的庇佑之下，在此，法兰克王，我们诚挚地邀请你，于虎年冬季的最后一个月（1291年1月）出兵，大约在春季第一月的第十五日（1291年2月20日）扎营于大马士革城之前。若能按时出兵，我们将重新占领耶路撒冷，并将其归还于你。如若不能按时出兵与我军会师，那么，我军此番进军将徒劳无功。”信后还附有一份法文写成的公文，公文上，阿鲁浑允诺，将为在叙利亚登陆的法国十字军提供充足的装备，还有3万匹战马。但最终没有得到西方的答复。
1290年，阿鲁浑再次向教皇、菲利普和爱德华派出使者，这位使者名为察甘，基督教名为安德鲁，布斯卡尔随他一同前往。这次是布斯卡尔第二次出使。然而，除了形式上的礼仪外，西方诸国仍未做出任何答复。因此，法兰西与蒙古人联合起来一同对抗马木路克的战争始终未曾发生。
这样一来，阿鲁浑只能将注意力转移，开始保卫呼罗珊和外高加索的北部边境。他任命长子合赞出任呼罗珊长官，任命斡亦剌惕部的管理者阿儿浑阿合之子异密涅兀鲁思作为他的副手。涅兀鲁思出身显赫，他的父亲阿儿浑阿合一直为大汗统治着波斯的东部和中部，手中几乎拥有无上的权力。所以，他坚持认为呼罗珊是他的私有财产。1298年，他发动起义，差一点就捉住合赞王子。然而，虽然开端很顺利，但之后他一路被阿鲁浑的军队驱逐，被迫逃往河中地区，1290年，又跑到窝阔台家族首领海都汗那里避难。
