九、西察合台汗国的灭亡与帖木儿帝国的建立
1370年4月10日，帖木儿34岁，“他戴上金王冠，系着象征帝王身份的腰带，出现在诸王公和异密面前，他们都跪倒在他面前”。至此，西察合台汗国已经名存实亡，实权已尽收于帖木儿手中。《武功记》的记载表明，帖木儿宣布自己是成吉思汗和察合台的继承人和延续者。然而，他的称号并不明确，直到1388年，他才开始使用“苏丹”的称号。最为重要的是，他不敢废黜来自成吉思汗家族的傀儡皇帝，尽管当年他与忽辛一同拥立的哈比勒·沙汗公开支持忽辛。
他确实考虑过甩掉汗这个包袱，但他很快意识到，要想得到河中贵族们的认可和服从，他就必须在无可争辩的合法性原则的幕后来操纵一切。因此，他所能做的只是处死了哈比勒·沙汗，拥立了另一位忠于自己的成吉思汗宗王—锁咬儿哈的米失为汗，此人名义上的统治从1370年持续到1388年。他死后，帖木儿拥立他的儿子是马合谋为汗，他的统治从1388年持续到1402年。帖木儿政府所颁布的所有法令，都以合乎礼节的方式签署着这一显赫家族的后裔们的名字。他们都是屈从于帖木儿意志的稻草人，不过徒有虚名，无论是当时还是日后都没有任何人会想起或是留意到这些可怜的无名之辈。
帖木儿对待统治权问题时的不坦率和诡辩态度是不争的事实。他不敢重新制定一套新的法律，而是宁可制造一种新的局面，然而其实质就是用突厥统治取代蒙古统治，用一个帖木儿帝国取代西察合台汗国。他并不追求法律上的根本性改变，因此，他从未表示过要废除成吉思汗的札撒，而去支持沙里亚法或者说穆斯林法律。
称霸河中之后，帖木儿经过一段时间的整顿，便开始了进一步的对外扩张之路。他以成吉思汗为楷模，于1375—1379年间，东征东察合台汗国；1388年，征服花剌子模；1393年，攻打伊儿汗国，而后北上进攻钦察汗国；1398年南侵印度；1399年西征小亚细亚；1402年打败奥斯曼帝国，俘虏其苏丹巴耶塞特一世。经过数年的征伐，终于建立起一个仅次于成吉思汗汗国的帖木儿帝国。
十、东察合台汗国的失势
帖木儿确保了他在河中的王位，又前去征伐原东察合台汗国，也就是伊犁和裕勒都斯地区—该地区爆发了新的革命，蒙古杜格拉特家族在那里几乎完全控制了喀什噶尔。后来又经过几年的混乱后，杜格拉特部的异密播鲁只于1347年拥立察合台汗秃忽鲁帖木儿登上了伊犁的王位。秃忽鲁帖木儿统治期间，播鲁只去世，之后兀鲁思别吉一职由他年幼的儿子忽歹达继承。播鲁只的弟弟异密哈马尔丁垂涎这一职位已久，他曾多次向秃忽鲁帖木儿提出抗议。秃忽鲁帖木儿死后，他杀死已故可汗的儿子也里牙思火者，报了仇。1365年，帖木儿获胜，也里牙思火者被驱逐，不得已才从河中返回了伊犁。哈马尔丁推翻了察合台王朝，自僭汗号，1366年到1392年间统治着蒙兀儿斯坦，即怛逻斯河流域、伊塞克湖、伊犁河、裕勒都斯河和玛纳斯河流域，此外，还有可能统治着阿尔蒂沙尔，或称喀什噶尔的较大部分地区。在忽歹达的帮助下，也里牙思火者的弟弟黑的儿火者躲开了哈马尔丁的报复，从喀什逃到了帕米尔，并一直躲在那儿，等待着出头之日。
针对哈马尔丁，帖木儿发动了一系列的远征，虽然这些远征远不如对波斯、德里和安卡拉的远征著名，却更值得关注，因为它们发生于更艰难的地区，对付的是更加捉摸不透的敌人。这些远征是防御性的，是为了保护河中地区免受游牧民周期性的骚扰。帖木儿的军官们来到伊塞克湖北的阿拉木图进行侦察，并与敌人签订了协定，帖木儿拒绝接受这些协定。他离开了塔什干，从赛拉木向坦基河进攻，该地就是埃尼亚斯和丹尼森·罗斯所说的养吉城，即恒逻斯，又名奥李—阿塔。他驱逐了那里的游牧民，收获了许多战利品。
1375年，帖木儿第三次征战，他离开赛拉木，经过楚河河源边的怛逻斯和托克玛克地区。哈马尔丁利用了游牧民惯用的伎俩，在他到来前，就撤退到了《武功记》中称为比耳哈·古里安或阿沙尔·阿塔的地方，埃尼亚斯和丹尼森·罗斯认为是伊犁河上游附近、阿拉套北部一个山嘴边的奥塔尔。无论如何，该地应该位于伊塞克湖西北部的山脉。在那里，帖木儿的长子只罕杰儿突袭了敌人，敌人朝着伊犁河的方向溃散。帖木儿劫掠了伊犁河的部分区域，该地是构成原东察合台腹地的一部分，后来，他继续进军，来到纳伦河上游的河谷。在那里，《武功记》记载了他在喀什西北的阿尔帕和雅吉河畔的活动。他抓住了哈马尔丁之女迪勒沙·阿哈公主，并纳她为妾。接着，他经过了费尔干纳的乌兹根和忽毡，回到了撒麻耳干。
然而，哈马尔丁并没有被打垮，帖木儿率军返回河中时，他向帖木儿统治下的费尔干纳省进军，并劫掠了安集延城。盛怒之下的帖木儿匆忙赶到了费尔干纳，将他驱逐出了讹迹邗和亚色山区，一直紧追不舍，来到了纳伦河上游的南部支流阿特巴希河河谷地。
进入天山一带后，帖木儿落入了埋伏，哈马尔丁早已等候多时。最后，帖木儿凭借着超人的胆识，以及“他的长矛、战棍、剑和索套”，才得以逃脱。不久后，帖木儿再次返回，赶跑了他的敌人。接着，他返回了撒麻耳干，大约1375年或1376年，其子只罕杰儿在此城去世。
之后的两年，帖木儿发动了对哈马尔丁的第五次远征。在伊塞克湖以西的峡谷中，他与哈马尔丁交战，一路追击他，直到伊塞克湖西的科奇卡里。《武功记》甚至提到，1383年帖木儿向伊塞克湖派出了第六次征伐哈马尔丁的远征军，然而，仍旧没捉住哈马尔丁。
1389—1390年间，帖木儿决定努力摆脱蒙兀儿斯坦的游牧民。1389年，在巴尔喀什湖以南和以东的伊犁河和叶密立河地区和阿拉湖周围，他的军队来回往返，当时这些地区是蒙兀儿斯坦的中心地带，后来又成了俄国的谢米列契耶省和中国的塔尔巴哈台保护区。这时，帖木儿扮演的是君主和征服者的角色，他派出骑兵迅速地穿过这些草原，同时，他的先头部队跟着蒙古人一直来到了阿尔泰山以南的黑也儿的石河。接着，他的军队从巴尔喀什湖盆地出发，兵分几路，分别经过天山，到达博斯腾湖盆地，最后在裕勒都斯河流域会师。帖木儿本人是经过空格斯河谷来到裕勒都斯的。
在以上地区与帖木儿作战的诸位蒙古首领中，察合台家族的继承人黑的儿火者，他被篡位者哈马尔丁暂时赶下了王位。据《拉失德史》载，黑的儿火者逃到东突厥斯坦的最东边，先逃到于阗，后又来到罗布泊，他企图在那里建立一个新王国，同时，在他的强迫下，吐鲁番境内最后一批回鹘人皈依了伊斯兰教。
尽管哈马尔丁同为帖木儿和黑的儿火者的敌人，但帖木儿还是毫不犹豫地进攻了黑的儿火者，因为他害怕察合台家族会在畏兀儿地区重新招募新兵。黑的儿火者被打败后逃往戈壁。获胜后，帖木儿在察力失，即今天的焉耆，召开了一次军事会议，和士兵们瓜分了从游牧民那里获得的战利品。
在返回撒麻耳干前，帖木儿派出他的儿子乌马儿·沙黑先行，经乌什·吐鲁番和喀什之道，从裕勒都斯返回。至于他本人率领驻军是否也走了这条路，我们就不得而知了，也不知是否经过了伊犁河、楚河和怛逻斯河之路返回。
尽管帖木儿也洗劫了戈壁的中心，但这一次，他还是没能打败劲敌哈马尔丁汗。帖木儿的军队刚返回河中，哈马尔丁立即又在伊犁河流域恢复了政权。因此，1390年，帖木儿再次派出一支军队进攻他。这支军队从塔什干出发，经过伊塞克湖，从阿力麻里渡过伊犁河，向哈拉塔尔以北的地方前进，一路尾随着哈马尔丁，来到了黑也儿的石河。但是，哈马尔丁又一次溜掉了。哈马尔丁消失在了阿尔泰山之中，进入了“黑貂与银鼠出没的地方”，杳无音信。帖木儿军在阿尔泰山的松树上烙上了帖木儿的名字，以彰显他们的胜利，然后沿着阿特里克湖返回了河中。
随着篡位者哈马尔丁消失，察合台后裔黑的儿火者恢复了在蒙兀儿斯坦的王位。虽然杜格拉特部的新首领异密忽歹达是哈马尔丁的侄子，但他一直是正统王权的拥趸者，他第一个召唤黑的儿火者回来，并支持他复位。这位新汗是虔诚的穆斯林，在征服吐鲁番后，他迫使该地最后一批回鹘人皈依了伊斯兰教。这一信仰让他与帖木儿的联系紧密起来，最终，二人缔结合约。1397年前后，黑的儿火者将女儿嫁给了帖木儿，帖木儿很重视这桩联姻，因为他借着这一名义顺利成了成吉思汗大家族中的一员。
1399年，黑的儿火者去世，他的三个儿子继承了他在伊犁地区的王位，他们分别是沙迷查干、纳黑失只罕和马黑麻。三兄弟都处于杜格拉特异密忽歹达的监护之下。1399年左右，帖木儿迫不及待地抓住了岳父之死带来的远征机会，进入了喀什噶尔，甚至有可能抵达了伊犁河流域。征服者的孙子米儿咱·伊斯堪答儿率领着这支军队，进入了喀什，劫掠了叶儿羌，攻克了设有防备的阿克苏城，该城的居民为了自保，将居住在他们中间的中国富商们交到了占领军手中。接着，伊斯堪答儿派出一支军队，朝西北方向进军，掠夺了拜城和库车，他亲自率领军队进入于阗，那里的居民热烈地欢迎他，并献上了各种礼物，自称是帖木儿的臣民。至此，东察合台汗国也被帖木儿帝国暂时征服。
十一、东察合台汗国的复兴：歪思汗与也先不花二世
东察合台汗国，或者像突厥语和波斯语史学家们称呼的蒙兀儿斯坦，在帖木儿时代暂时被征服，但等到15世纪，也就是帖木儿帝国失势后，它又出人意料地复兴起来。该汗国的疆域一方面包括蒙兀儿斯坦本土，另一方面它还包括畏兀儿斯坦，或者称原回鹘国。
15世纪的察合台诸汗中，有几位个性十分有趣的，这一点可以从《拉失德史》的零星材料中推测。其中之一就是1418—1428年间在位的歪思汗，他致力于吐鲁番绿洲的灌溉系统。作为一位虔诚的穆斯林，他向西蒙古人即卫拉特人或称为卡尔梅克人开战，结果，卫拉特部脱欢汗之子，也是当时的首领额森台吉俘虏了他。虽然卫拉特可汗们也属于纯蒙古族人，但他们并不属于成吉思汗系。据《拉失德史》载，额森对歪思汗很尊重，立即释放了他。在伊犁地区，歪思汗再次被额森击败，但他幸运地逃走了。歪思汗与卫拉特人第三次交战是在吐鲁番附近，歪思汗再次被俘。这一次，他答应将自己的妹妹留在额森台吉家族，才获得释放。正如上文谈及河中的情况时所描述的那样，诸小游牧部落的首领们都希望与成吉思汗系的公主们联姻，这样一来，其后裔就会成为贵族。
1429年，歪思汗去世，他的两个儿子羽奴思和也先不花二世开始争夺王位，或者说，他们各自的支持者打着他们的名义这么做。这场纠纷最终以弟弟也先不花二世获胜告终，羽奴思逃往撒麻耳干，在帖木儿王朝兀鲁伯汗处避难。
虽然也先不花二世还很年轻，但他却统治了蒙兀儿斯坦全境，他于1429—1462年在位。杜格拉特部异密赛义德·阿里曾帮他夺取政权，现在的势力也如日中天。这时，杜格拉特家族成员在察合台汗阿克苏的宗主权下，占有拜城和库车，但是河中和呼罗珊的帖木儿王朝汗沙哈鲁及其子兀鲁伯从他们手中夺走了喀什城。1433—1434年间，赛义德·阿里又从兀鲁伯代理人那儿夺回了喀什。
也先不花二世曾与河中帖木儿王朝的卜撒因交战。1451年，他对帖木儿王国北部边境上的赛拉木、突厥斯坦和塔什干诸城发动了一次掠夺性远征。卜撒因一路追击他，一直来到怛逻斯。之后，在费尔干纳的安集延地区，卜撒因又一次受到也先不花二世的攻击，于是，卜撒因决定分裂察合台家族的势力。他找来了流亡于泄剌只的羽奴思，并借军队给他，让他与其弟也先不花二世开战。在卜撒因的帮助下，羽奴思于1456年在伊犁附近成为蒙兀儿斯坦西部的可汗，而也先不花二世仍是阿克苏、裕勒都斯河流域和畏兀儿斯坦等东部各省的君主。接着，羽奴思企图征服喀什。喀什的杜格拉特部异密赛义德·阿里向也先不花二世求助，后者从裕勒都斯赶来，在喀什东北通往阿克苏途中的科纳·沙尔将羽奴思赶走。羽奴思又一次失去了他的追随者，他再次来到河中，向卜撒因求助。在卜撒因的帮助下，他在伊犁河伊塞克湖地区重建统治。
也先不花二世于1462年去世。其子笃思忒·马黑麻年仅17岁，是个毫无经验的年轻人。他的放浪形骸疏远了既是伊斯兰教学者，又是伊斯兰教贵族的毛拉们，后来，他又因为攻击喀什城而激怒了实力强大的杜格拉特家族。但幸运的是，他于1469年去世，从而躲过了一场大叛乱。但他的后代就没那么幸运了。他死之后，他的伯父羽奴思立即攻占了阿克苏，当时阿克苏是蒙兀儿斯坦的都城。追随者们救出了笃思忒·马黑麻之幼子怯别二世，并把他带到了喀喇沙尔和畏兀儿地区的吐鲁番，在那里他被拥立为汗。但是，四年后，这些追随者处死了这个小孩，并将其首级献给了羽奴思。尽管这次谋杀使羽奴思成为整个蒙兀儿斯坦唯一的君主，但是，他对暗杀深感恐惧，于1472年下令将这些人都处死了。
羽奴思恢复了在阿克苏的统治后没多久，额森台吉之子阿马桑赤台吉就率领着卫拉特人入侵。在伊犁河附近，卫拉特人打败了羽奴思，他被迫向突厥斯坦城附近撤退。但是，卫拉特人的实际行动再次证明，他们这次进攻不过是毫无政治结果的游牧人的突袭罢了。卫拉特人一离开，羽奴思又从锡尔河回到伊犁，从半定居地回到了游牧地。他之所以这样做，是想要迎合蒙兀儿斯坦的诸部落，这些部落民希望他们的可汗像一位真正的成吉思汗后裔，忘掉他曾经的都市生活和泄剌只文化，在帐篷中重复祖祖辈辈所过的生活。同时，杜格拉特家族异密赛义德·阿里的两个儿子米儿咱·桑尼司（1458—1464年在位）和穆罕默德·海达尔一世（1465—1480年在位）先后统治了从属于蒙兀儿斯坦的喀什和叶儿羌两城。《拉失德史》描述，桑尼司性格具有两面性，他既狂暴又宽容，在他的治理下，喀什发展得很好，以至于后来人们将他的统治时期视为黄金时代。接着，是海达尔的统治。最初，海达尔在羽奴思汗的宗主权下，和平地统治着喀什和叶儿羌。但是，桑尼司之子海达尔的侄儿阿巴扎乞儿打破了这种和平，他攻占了叶儿羌，又从杜格拉特家族有关的其他宗王们那儿夺取了于阗城。从那时起，他的行为俨然一位独立的君主。海达尔向羽奴思求援，以对付这位反叛的侄儿。然而，在叶儿羌城下，阿巴扎乞儿于1479—1480年间，先后两次打败了联手的二人。此外，他还从其叔父海达尔手中夺下了喀什，1480年，海达尔撤往阿克苏，投奔羽奴思汗。
尽管羽奴思汗在喀什噶尔本土上发生的杜格拉特异密们之间的这些纷争中未能够实现他的志愿，但在统治末期他在中国和河中两地取得了相当大的成就。《明史》记，1473年时，吐鲁番的一位名叫阿力的苏丹从明朝的一个藩属王朝，即契丹王朝手中夺取了戈壁滩上的哈密绿洲。一支中国军队被派往吐鲁番，但未能捉住入侵者，待追兵返回后，他们再次占领哈密。1476年，这位阿力，或称为哈力，派出使者携带着贡赋来到北京。如果《明史》的编年准确无误的话，阿力的统治相当于羽奴思汗的统治时期。
在河中方面，羽奴思汗抓住帖木儿王朝衰败的时机，以调停人的身份干涉河中事务。帖木儿王朝的两个宗王，即撒麻耳干王阿黑麻和费尔干纳王乌马儿·沙黑，为了塔什干的所有权大打出手，元气大伤，最后乌马儿·沙黑占有了塔什干。随着费尔干纳承认羽奴思的宗主权，最后，羽奴思扮演起了仲裁者和无私的调停者的身份，在征得双方同意后，1484年，他取得了两兄弟所争夺的塔什干和赛拉木。后来，羽奴思定居在塔什干，直到1486年去世。
1486年羽奴思去世后，其子阿黑麻成为统治者，统治着伊犁、裕勒都斯河流域和吐鲁番地区，直到1503年。在辽阔的草原上，他很快活。一方面，他与卫拉特人交战并获胜；另一方面，他还与吉尔吉斯—哈萨克人交战。1499年，他战胜了杜格拉特部异密阿巴扎乞儿，夺下了喀什和英吉沙尔城。这位能干的成吉思汗后裔在国内展开了一系列讨伐和处决，最终让反叛的部落首领们臣服于他。
《明史》也记载了阿黑麻在哈密绿洲的事迹，依照汉语的表述，他是“吐鲁番速檀阿黑麻”。1482年，地区契丹王朝的一位后裔—罕慎王子在中国的支持下，从察合台汗国那儿夺回了哈密。1488年，阿黑麻在一次伏击中杀死罕慎，攻下了哈密。次年，罕慎部众再次夺回哈密。1493年，阿黑麻抓住了哈密君主和中国驻官，并囚禁了他们。中国为此封锁了哈密边境，并禁止吐鲁番商旅进入，还将来自畏兀儿地区的商人都驱逐出了甘肃境内。《明史》记，这一报复让阿黑麻十分愤恨，但他最终还是顺从地将哈密归还，也就是说哈密仍处于中国的影响之下。
十二、东察合台汗国的灭亡
1486—1503年间，阿黑麻在阿克苏和吐鲁番统治着东蒙兀儿斯坦和畏兀儿斯坦；其兄马哈木则继承了其父羽奴思在塔什干和西蒙兀儿斯坦的统治，于1487—1508年间在位。上文提及，1488年，撒麻耳干的末代帖木儿朝人企图从马哈木手中夺回塔什干，然而，他在该城附近的奇尔奇克或帕拉克被打败，蒙古可汗仍统治着塔什干。不幸的是，马哈木犯了一个致命的错误，他接纳了穆罕默德·昔班尼。当时，昔班尼只是一个冒险者，他前来为马哈木效力。马哈木很欣赏他，于1487年将突厥斯坦城作为封邑赐给他。在马哈木的支持下，昔班尼从末代帖木儿王朝汗王那儿夺取了不花剌和撒麻耳干，并于1500年成为河中之王。但他一获得河中就立即反过来对付马哈木。马哈木向其弟阿黑麻求援，阿黑麻匆忙从畏兀儿地区赶来。然而，在费尔干纳、浩罕东北的阿赫昔战役中，昔班尼打败并俘虏了这两兄弟。虽然昔班尼尽情地嘲笑马哈木的天真，但是，这一次他对他们以礼相待，并于1502年左右释放了他们（但没有归还塔什干和赛拉木城）。之后，阿黑麻于1503年冬在阿克苏因瘫痪去世。马哈木则于1508年被处决。
马哈木之死标志着察合台后裔完全被驱逐出西突厥斯坦。被赶回天山东部后，他们在那里生活了一百年。在畏兀儿斯坦、吐鲁番、喀拉沙尔（察力失）和库车，阿黑麻的长子满速儿汗在其父死后被拥立为可汗，他的统治从1503年持续到1543年。统治初期，他遇到了很多困难。喀什的杜格拉特部异密阿巴扎乞儿进攻阿克苏，并掠夺察合台后裔们的财宝，之后，还摧毁了库车和拜城。1514年，满速儿之弟赛德汗从阿巴扎乞儿手中夺取喀什、叶儿羌和于阗。从此，赛德汗统治着喀什噶尔本土，而其兄满速儿统治着蒙兀儿斯坦[即伊犁和裕勒都斯。]和畏兀儿斯坦。两兄弟亲密无间，确保了中亚的和平。
杜格拉特家族的继承人穆罕默德·海达尔二世，或称为海达尔·米儿咱，前文已经提及。1456—1486年间，羽奴思汗逗留在察合台后裔当中，他在泄剌只度过了青年时代，一并带来了波斯人的优雅风度。同样的，海达尔也是被社会环境彻底改造的一位蒙古王子。他是一位虔诚的穆斯林。
1547年前去征伐克什米尔前，他在河中与巴布尔交战，并帮助成吉思汗后裔赛德汗收复了喀什和叶儿羌。虽然裕勒都斯和畏兀儿斯坦的诸部落仍过着古老的游牧生活，然而，在察合台的统治下，不仅把喀什噶尔，而且把库车、喀拉沙尔和吐鲁番这一古代回鹘国与撒麻耳干、赫拉特的波斯和伊朗化的突厥文明都紧密地联系在了一起。
察合台汗们试图把帖木儿王朝时期文艺复兴的这种突厥—伊朗文化带到远东，也就是明朝治下的中国边境地区。《明史》记载了满速儿汗对中国发动的战争，这一点也得到了《拉失德史》的证实。《拉失德史》指出，此次冲突主要是争夺哈密绿洲。1513年，哈密地区王公拜牙即者臣服于满速儿。1517年，满速儿来到哈密，并向甘肃的敦煌、肃州和甘州方向攻击中国本土。同时，其弟喀什噶尔的统治者赛德汗将战火引入了吐蕃人的拉达克省，1531年，历史学家海达尔·米儿咱在该地统率其军。
之后，满速儿之子沙·汗继位，继续统治畏兀儿斯坦，或者说是吐鲁番的汗国，他的统治从1545年持续到1570年。沙·汗与其兄弟马黑麻交战，后者占领了哈密的部分地区，并得到了卫拉特人的支持。1570年，沙·汗去世，马黑麻成了吐鲁番的统治者。然而，现在他不得不站起来反抗第三个兄弟琐非速檀，琐非速檀派出一位使者来到中国求助。琐非速檀之后，史书中不再有关于吐鲁番察合台汗国的相关记载。然而，据我们所知，1647年，一位被中国视为真正的察合台后裔的吐鲁番苏丹曾派使者前往北京宫廷，1657年，又派出了第二个使者。
在喀什噶尔的察合台汗国，赛德汗之子阿不都·拉失德继位，很快，新汗与强大的杜格拉特家族发生争端，并处死了作为首领的历史学家海达尔的叔叔赛亦德·马黑麻·米儿咱。海达尔曾忠心耿耿地效力于赛德汗，为他征服了拉达克，因为害怕遭遇与叔叔相同的命运，他去了印度，1541年，成了克什米尔地区的统治者。据《拉失德史》载，拉失德的统治一直是在抵制入侵伊犁和伊塞克湖地区的大帐吉尔吉斯—哈萨克人中度过。勇敢的阿不杜拉迪甫是拉失德的长子，他在反吉尔吉斯汗那札儿的战斗中死去。虽然拉失德竭尽全力，但他未能阻止吉尔吉斯—哈萨克人的入侵，最终他们夺取了包括伊犁和昆格山地区在内的大部分蒙兀儿斯坦地区。至此，他的领地被削减到只剩下喀什噶尔。
1565年，拉失德去世，其子阿不都·哈林继位，成为喀什噶尔可汗。叶儿羌是当时喀什噶尔的都城。喀什是阿不都·哈林的一个兄弟麻法默德的封邑。显然，1603年底，葡萄牙耶稣会传教士鄂本笃过其境时，这位麻法默德已经在叶儿羌继承了阿不都·哈林的王位。麻法默德的侄子统治着阿克苏，他的私生子则统治着察力失，即喀拉沙尔。史书中没有更多关于该王朝的记载。埃尼亚斯认为，17世纪50至75年间，该王朝可能有一位成员是一位名为伊斯迈尔的汗。然而，那时喀什噶尔的察合台汗国已经分裂成叶儿羌、喀什、阿克苏和于阗诸小汗国，和卓们掌握了实际的统治权。
“和卓”一词，指的是那些宣称自己源自穆罕默德先知或前四位阿拉伯哈里发的穆斯林，他们对信仰十分热忱。在布哈拉和喀什地区有许多这类家族。据《拉失德史》记，这些和卓们对赛德汗的影响十分巨大。赛德汗对伊斯兰教十分虔诚，他本人甚至希望成为托钵僧。因为和卓马黑麻·亦速甫及时从撒麻耳干赶去喀什，才阻止了他。亦速甫说服了他，即使生活在世俗世界中，同样可以得到救赎。怀着同样崇拜的心情，赛德汗欢迎了一位和卓哈司剌·马黑杜米·奴烈。《拉失德史》提及，1530年，这位和卓以使徒身份来到喀什噶尔，1536年又动身前往印度。根据地方传说，1533年，一位杰出的和卓从撒麻耳干来到喀什，参加可汗与乌兹别克人之间的谈判，“他与他的两个妻子住在喀什”。他的一个妻子是撒麻耳干人，另一个是喀什人，他还有两个儿子。他的两个儿子关系不睦，由此导致喀什噶尔被分裂为两派，白山派统治喀什，黑山派统治叶儿羌。
且不论分裂的真实原因，从16世纪末—17世纪的75年间，双方都在喀什噶尔享有实权。白山派向伊犁地区的吉尔吉斯—哈萨克人求助，黑山派则向天山南部的喀喇吉尔吉斯人求助。两派穆斯林教士逐渐控制了察合台家族的世俗汗国，直到1678年，喀什末代可汗伊斯迈尔驱逐了白山派领袖哈司剌·阿巴克和卓，阿巴克向准噶尔人求援，准噶尔人进军喀什，俘虏了伊斯迈尔，并拥立阿巴克为汗。在准噶尔人的帮助下，阿巴克打败了叶儿羌的黑山派，并在叶儿羌建都。于是，喀什噶尔再次统一，但是，它成了由准噶尔人所建立的新蒙古帝国的一个保护国。至此，东察合台汗国灭亡。
