明军的进攻直接导致了蒙古的分裂。1470年，忽必烈家族后裔达延把东蒙古的成吉思汗各部落整编在一起，复兴了成吉思汗国。但好景不长，随着他的去世，帝国在内讧中再次土崩瓦解，东蒙古又回到了之前的混乱局面。而在亚洲东北部，努尔哈赤把七个女真部落统一成一个国家，即满洲国。满族人聪明机智，英勇好战，他们很快击败了察哈尔部，同时，明朝政权瓦解，满族人很快成了中国的主人。1636年，满洲国皇帝皇太极改国号为清。
一、1370年后混乱的蒙古
1368年时，中国的起义推翻了蒙古大汗忽必烈在中国建立的帝国。接着，忽必烈后裔妥欢帖睦尔被驱逐出了北京，1379年5月23日，妥欢帖睦尔在巨大的悲痛中去世。明朝人将成吉思汗后裔赶走后，立即追随着蒙古人来到了蒙古地区。
妥欢帖睦尔之子爱猷识里达腊获悉父亲去世的消息后，在哈拉和林称汗，他的统治从1370年持续到1378年。此间，他徒劳地期盼着，有朝一日能重登王位。然而，他不仅没能实现这一愿望，还时刻面临着那些深入蒙古地区的明军的突袭—1372年，明朝将领徐达进军哈拉和林，不过在土兀剌河畔遭遇阻截。爱猷识里达腊去世后，其子脱古思帖木儿于1378年在蒙古帝国都城哈拉和林继位。如今，曾经庞大的蒙古帝国已缩小到了它最初的规模。1388年，一支十万人的明朝军队进军蒙古地区，在贝加尔湖南岸，战胜了脱古思军，接着，脱古思被自己的一位亲戚暗杀。
这次失败让忽必烈家族威严扫地，大多数蒙古部落宣布自治。反叛部落中的主要代表是部落首领鬼力赤，根据萨囊彻辰的记载，他是克呼古特部王公，即蒙古语的乞儿吉斯部王公。乞儿吉斯人当时主要分布在叶尼塞河上游沿岸，一直到库苏泊一带。鬼力赤不再承认忽必烈后裔额勒伯克大汗的宗主权，他于1399年打败并处死了他。
当时统治中国的是明朝的第三个君主永乐帝，他也是明朝最杰出的君主，对于这次篡位，他感到由衷的高兴，因为这样一来蒙古内部的纠纷愈演愈烈，而且由于忽必烈家族被推翻，也结束了成吉思汗蒙古人卷土重来的噩梦。因此，永乐帝承认了鬼力赤。然而，据《明史》记载，当时两个反叛部落的首领阿苏特部的阿鲁台和卫拉特部首领马哈木打败了鬼力赤。为了表明自己完全区别于那些觊觎王位的蒙古人，阿鲁台和马哈木决定直接向北京朝廷表示效忠，这种行为一举两得，既表明了自己的主权，又赢得了明朝的支持。利用这一形式，卫拉特人将霸权扩张到了贝加尔湖西岸至额尔齐斯河上游的整个西蒙古地区，但没过多久，蒙古中部和东部又陷入混乱之中，据萨囊彻辰的记载，当时鬼力赤之子额色库正与阿鲁台和马哈木争夺最高汗国。这场混战一直持续到额色库去世（1425年）。
然而，1403—1404年间，在额勒伯克之子的努力下，成吉思汗汗国复辟。据蒙古史家萨囊彻辰记载，额勒伯克的这个儿子名为额勒锥·特穆尔，《明史》则以其佛教梵文名本雅失里来称呼他。不久后，阿鲁台站在了这位代表着正统的人一边。北京朝廷为忽必烈家族又一次出现而惶恐不安，永乐帝努力想让本雅失里表态，承认其属臣的身份。遭到拒绝后，永乐帝于1410—1411年间进军蒙古，深入成吉思汗的故地—鄂嫩河上游平原，战胜了本雅失里和阿鲁台的军队。这次失败使本雅失里彻底丧失了权威。1412年，卫拉特部首领马哈木打败了他。
到此时为止，马哈木一直与明朝永乐帝保持着友好关系，因为此前卫拉特人一直向北京朝廷求助，以反对忽必烈后裔以及东部的其他蒙古首领。然而，随着卫拉特部真正强大起来，他认为可以迫使蒙古各部和蒙古王室承认他的霸权，于是，他毫不犹豫地与明朝皇帝断绝了往来。1414—1415年间，永乐帝穿过苍茫的戈壁，向他进攻，但马哈木重创了明朝军队后顺利逃到土兀剌河以西。但是，因为明军的入侵，马哈木的威信暂时受损，因为他没能阻止明朝军队进攻蒙古草原。
据《明史》记载，后来，阿鲁台又活跃于政治舞台上，1422年，在他的帮助下，本雅失里即额勒锥·特穆尔成为大汗。他洗劫了甘肃边境，当永乐帝率军匆忙赶来时，他又穿过了苍茫的戈壁，从容自得地离开了。不久后，阿鲁台杀死了额勒锥·特穆尔，成为大汗。1424年和1425年，永乐帝先后向其进军，却没有任何结果。之后，卫拉特部首领脱欢反对阿鲁台的霸权，并打败了他，然后再次和明朝站在了一起。
二、第一个卫拉特帝国：脱欢
永乐帝为了防止忽必烈家族死灰复燃，采取的一贯策略就是扶持年轻的处于发展中的卫拉特势力，以打击忽必烈家族。这一策略在他死后才真正见效。1434—1438年间，卫拉特首领脱欢杀死阿台[ 根据《明史》记载，他杀死的是阿鲁台。]。无论如何，脱欢夺得了蒙古各部落的霸权。然而，约1434年左右，正统王权的拥护者们又拥立忽必烈家族的一个王子—额勒伯克之子额勒锥·特穆尔的兄弟阿占为大汗。但实际权力早已落入了卫拉特人手中。
这次革命肯定让明朝宫廷暗自庆贺，因为这次革命让威胁着明朝的成吉思汗家族和东蒙古人进一步衰落。纠缠着明朝统治者的成吉思汗汗国的噩梦终于结束了。但事实上，卫拉特人同样心怀野心，想要继承成吉思汗汗国的传统，并为了自身利益希望恢复大蒙古帝国。
为此，卫拉特部首领脱欢进攻了察合台系的歪思汗，战场从伊犁河流域辗转到吐鲁番。在战争中，卫拉特人始终占据着上风。最后，脱欢之子额森台吉捉住了歪思汗，就像《拉失德史》记载的那样，因为歪思汗的成吉思汗血统，额森对他以礼相待。在吐鲁番的另一次战役中，额森再次俘虏了歪思汗，在他的要求下，歪思汗留下了他的妹妹马黑秃木·哈尼木公主，才得以获释。
脱欢死后，其子额森（即也先）继承了王位（1439—1455年），在他治下的卫拉特国处于权力的巅峰时期，其疆域从巴尔喀什湖延绵至贝加尔湖，甚至包括长城附近地区，原蒙古都城哈拉和林也属于帝国的领土。额森还占领了哈密绿洲，1445年，他还占领了明朝的兀良哈地区，也就是后来的热河地区。五年后，他向明朝公主求婚，明朝宫廷应允，但后来又悔婚。于是，额森一怒之下进犯了山西大同附近的明朝边境。明帝英宗及太监王振率军迎战，战争在河北西北宣化附近的土木堡展开，1449年，额森给予明军致命的打击—杀敌十万有余，还俘虏了英宗。然而，额森不擅长围攻战，没能占领该地设防城市大同和宣化，于是，他带着英宗回到蒙古。三个月后，他进军北京，并在京郊扎营，然而，他发动的数次进攻都被击退，不久以后，他的粮草也消耗完了。这时，明朝的援军从辽东赶来，面对精兵强将的威胁，额森迫于无奈，他只能从居庸关仓皇撤退。不久后，1450年，额森决定释放明帝英宗，并于1453年与明朝议和。
《明史》记载，在额森的扶植下，一位名为脱脱不花的成吉思汗系傀儡成为大汗。接着，脱脱不花娶了额森之妹为妻，额森希望借助这桩婚事让二人所生的儿子被承认是正统的成吉思汗国继承人。但脱脱不花拒绝了，于是，额森杀了他。1453年，额森承认自己作为明朝属臣。1455年，他被暗杀。
据《拉失德史》记载，额森死后，其子阿马桑赤台吉继位，继续统治卫拉特国。他于1456—1468年间的某一年，进攻蒙兀儿斯坦的察合台汗国，并在伊犁附近战胜了羽奴思汗，羽奴思汗逃往突厥斯坦城。该书还提到，额森早些时候将察合台系的皇后马黑秃木·哈尼木引入了卫拉特家族，并将她的两个儿子亦不剌忻·王和也里牙思·王抚养长大。后来，这两兄弟与阿马桑赤发生冲突，失败后，两兄弟逃到了明朝。
尽管卫拉特人发生了内乱，但是，这些内乱并没有让他们衰落。他们仍定期威胁邻近各族，尤其是西南方。这些地方分布着游牧的吉尔吉斯—哈萨克人，他们是一支突厥人，主要漫游于伊犁河下游、楚河、萨雷河和图尔盖河一带。1509—1518年哈斯木汗统治期间和1518—1523年谟麻失汗统治期间，他们成了河中昔班朝的噩梦，谟麻失汗的继承者塔希尔汗因为独裁统治而激怒了这些游牧民，许多氏族纷纷离去。然而，随后即位的泰外库勒汗重建了吉尔吉斯—哈萨克汗国，但是，1552—1555年间，卫拉特人如旋风一般从科布多地区涌入伊犁河流域，泰外库勒汗仓皇逃到塔什干，这一地区的昔班朝统治者老奴思·阿合木收留了他。他向老奴思求助，老奴思答道：“即使十个他们这样的王公联合起来，也对付不了卡尔梅克人（即卫拉特人）。”1570年，卫拉特人仍统治着从叶尼塞河上游到伊犁河流域之间的地区。简而言之，虽然1455年额森台吉死后，卫拉特人在对付东蒙古的成吉思汗后裔时毫无起色，然而，在西方，他们仍威胁着伊犁河到里海之间广阔的草原。
三、成吉思汗系最后的复辟国：达延汗和阿勒坦汗
1455年，额森台吉去世后，卫拉特人在东蒙古的势力衰微，但东蒙古的成吉思汗后裔们并未立即从中获利。当时，他们正深陷于互相残杀的家族战争之中。1467年，成吉思汗的第二十七代继承人满都古勒大汗在讨伐他的继承人博勒呼济农的战争中去世。1470年，博勒呼济农在他称汗前被暗杀。一度人丁兴旺的忽必烈家族，如今只剩下一个五岁的男孩，也就是博勒呼济农之子达延，“他被所有的人遗弃，甚至他的母亲也遗弃了他，改嫁了”。满都古勒的年轻遗孀满都海赛音可敦保护了他，并拥立他为汗。后来，在满都海赛音可敦的率领下，忠实的蒙古人战胜了卫拉特人。1481年，满都海赛音可敦嫁给了年轻的达延汗。1491年左右，这个英勇的女人再次率领军队，击退了卫拉特人。传说中，是她最终打败了卫拉特人，并恢复了东蒙古人的霸权。
1479—1543年间，东蒙古先后经历了达延汗未来妻子、也就是摄政皇后满都海赛音可敦强有力的统治以及他自己后来的积极统治，这都标志着成吉思汗汗国的统治得以复兴。达延汗亲政后，开始有计划地收服蒙古草原上的零散部落。在整编各部的过程当中，达延汗并没有使用暴力手段。西部一些激进的土默特人杀害了达延汗的一个儿子，因为达延汗将其子派往该部出任酋长。之后，达延汗一路追击反叛者，直到青海，他在那里接受了反叛者的投降。1512年，他将三子巴尔斯博罗特派给他们，出任他们的济农。此外，达延汗还平息了兀良哈人发动的一次叛乱，他将该部解散，归并入其他五部。从1497年到1505年间，他还对从辽东到甘肃的明朝边境地区进行了一系列攻击，成效卓然。
1543年，达延汗去世，他的子孙们瓜分了这些部落。察哈尔各部落归长支之首博迪汗，他是达延的孙子。博迪汗驻在张家口和多伦诺尔。从1544年到1634年间，察哈尔王室一直统治着蒙古最高汗国，历经博迪汗（1544—1548年）、库登汗（1548—1557年）、图们札萨克图汗（1557—1593年）、彻辰汗（1593—1604年）和林丹汗（1604—1634年），满洲皇帝最终废黜了林丹汗。大约1528年左右，达延汗的三子巴尔斯博罗特，以及巴尔斯博罗特之子衮必里克墨尔根统率鄂尔多斯部，在黄河河套扎营。衮必里克墨尔根之弟阿勒坦汗[《明史》作俺答。]是达延汗诸孙中最为杰出的，他统治土默特部，驻扎在河套的东北部，其核心位于呼和浩特，也就是归化城。最后，达延汗的幼子相呼森札斡惕赤斤统治着喀尔喀各部，集中在合勒卡河、贝加尔湖和克鲁伦河下游一带。
在鄂尔多斯王公、阿勒坦的侄孙库图克图彻辰洪台吉的援助下，土默特部首领阿勒坦汗亲自率领着团结一致的蒙古人，将卫拉特人赶回了科布多地区。在此之后的几次遭遇战中，卫拉特人又接连被打败，1552年，他们失去了哈拉和林，该地区是蒙古帝国君权的所在地，也是蒙古帝国的象征。之后，他们中的两部，即土尔扈特部与和硕特部被达延汗军击溃后一直被赶到乌伦古河和额尔齐斯河一带，他们开始向西迁移。
阿勒坦汗的统治从1543年持续到1583年，但是，早在其祖父达延汗统治期间，他就因屡立战功而闻名，尤其是在对明朝的战争中，他于1529年攻占了山西北部的大同地区，1530年先后侵占了甘肃宁夏地区和北京西北部的宣化，1542年杀死了张世忠，据说俘虏了二十万人和二百万头牲口。此后，他几乎每年都经过大同或宣化，掠夺明朝边境。1550年，他向北京的大门进军，放火烧了城郊。返回之前，他还掠夺了保定一带。这位成吉思汗的后裔精明而能干，除了战争之外，他还兼顾了其他事情。1550年和1574年，他先后两次提出要求，希望明朝能在边境上设立市场，以便于蒙古人的牲畜与中国货物之间的交换。在各次远征中，他都得到了其侄孙—鄂尔多斯王公库图克图彻辰洪台吉的积极支持，库图克图彻辰洪台吉生于1540年，死于1586年，他曾多次出征，蹂躏宁夏与榆林之间的明朝边境地区。
四、达延帝国的分裂：鄂尔多斯人与喀尔喀汗国
蒙古民族最大的弱点在于他们习惯于瓜分家族遗产。虽然达延汗帝国的扩张局限于蒙古境内，但是，帝国组织与成吉思汗汗国相差无几。当帝国创建者死后，帝国成了一种联邦式的家族国家，国内的各级首领都是兄弟或堂兄弟，他们承认以察合台部为代表的领导者的最高权力。这种肢解所带来的是成吉思汗继承者们所经历的更为彻底的分裂。鄂尔多斯国的建立者衮必里克墨尔根济农就是其中一例，他于1550年去世，他的部落被其九个儿子彻底瓜分。那额达拉作为长子只得到了四圈“旗”，也就是今天的郡王部。
除此之外，喀尔喀诸王将卫拉特人赶回科布多，并占领了克鲁伦河与杭爱山之间的广袤地区后，那些远离察哈尔的宗王们其实享有了无上的独立。喀尔喀王格呼森札的曾孙硕垒乌巴什洪台吉便是其中一例，1609年，他占领了原卫拉特国的中心地，即吉尔吉思湖和乌布萨泊地区，1620年和1623年时，他两次发动战争，将卫拉特人从此地赶到额尔齐斯河和塔尔巴哈台。之后，他建立了阿勒坦汗国，并自称为阿勒坦汗，该汗国一直延续到约1690年。另一位喀尔喀王公名为费瑚尔汗，他是阿勒坦的堂兄弟，他打败了卫拉特人，居于阿勒坦汗之东、乌里雅苏台之西，他的儿子素巴第取札萨克图汗号，并用该名来称呼这一汗国。第三位喀尔喀王公是格呼森札的孙子图蒙肯，他在鄂尔浑河源、翁金河上游和色楞格河畔建赛音诺颜汗国。图蒙肯的兄弟阿巴台是土谢图诸汗的祖先，该汗国与赛音诺颜汗国以鄂尔浑河为分界，疆域包括土兀剌河流域，也就是被称为库伦（乌兰巴托）的地区。按照家族顺序来排列，赛音诺颜家族是土谢图汗国的藩属国，直到1724年，该家族才摆脱了土谢图汗国的统治，获得独立与平等。喀尔喀人的第五个汗国由格呼森札的曾孙硕垒在克鲁伦河畔建立，他自称为车臣汗。
以上五位可汗都是格呼森札的后代，但是，他们之间并不团结，1662年，阿勒坦汗罗卜藏向其近邻札萨克图汗出兵，俘虏并处死了他。在这之后，土谢图汗与其他蒙古诸王公结盟，进军阿勒坦汗，他只能仓皇逃走。在准噶尔的卫拉特人和北京宫廷的支持下，阿勒坦暂时复位，然而，1682年，新的札萨克图汗袭击了他，他沦为俘虏。1691年，他和他的汗国也跟着他一起消失了。正如我们所看到的，随着喀尔喀汗国中这个位于最西边的汗国的消失，原卫拉特人报了仇，并夺回了后来称之为科布多省的阿勒坦领地。
达延汗朝的蒙古帝国也在无休止的家族纷争中崩溃了。一百年来，察哈尔大汗们只对鄂尔多斯部的汗王们以及不超过四位幸存的喀尔喀王公保持着最高权力，而且这种权力纯粹是名义上的。于是，和达延汗时代以前一样，东蒙古人再次陷入了混乱之中。
五、东蒙古人皈依喇嘛教
这时，东蒙古人受到了改革后的西藏黄派喇嘛教的强烈影响。此前，这些蒙古人一直是萨满教徒，或者是稍微带有一些旧派喇嘛教（即红派）的色彩。元朝时，他们在中国的前辈们深受佛教影响，以至于当他们被驱逐出中原时，感到了某种知识上的匮乏。但是，15世纪初由宗喀巴在西藏创立的黄派喇嘛教现在企图在精神上征服这些民族，并将其视为可能的保护者。
1566年，鄂尔多斯人率先信奉喇嘛教，同年，其中一位名为乌审旗济农库图克图彻辰洪台吉的首领远征西藏，并带回了许多喇嘛，他们开始了蒙古人的改宗工作。1576年，库图克图彻辰劝说其叔祖父—土默特部强大的首领阿勒坦皈依喇嘛教。当时，阿勒坦正处于鼎盛时期。接着，鄂尔多斯部和土默特部决定在蒙古人中，以黄教的形式正式恢复喇嘛教。显而易见的是，这一政策上他们受到了先祖忽必烈和八思巴喇嘛这一先例的鼓舞。阿勒坦汗和库图克图彻辰甚至不远万里，从西藏请来了黄教首领大喇嘛索南嘉措[ 《明史》称锁南坚措。]。在青海湖畔，他们举办了盛大的典礼来迎接他，并和他举行了一次会议。1577年，蒙古教会于此次会议上正式成立。阿勒坦回忆道，正如他是忽必烈的化身，而锁南坚措是八思巴的化身。阿勒坦授予锁南坚措“达赖喇嘛”的称号，此后，他的继承者也延续了这一称号。于是，在黄教的教义宣传下，达延和阿勒坦复辟的成吉思汗汗国成为神圣不可侵犯的帝国。
锁南坚措在返回西藏时，将一位名为惇果尔文殊师刊呼图克图的活佛留在了蒙古，他住在归化城（今呼和浩特）的阿勒坦附近。1583年，阿勒坦汗去世，1585年，锁南坚措回到土默特部主持了他的火化仪式。
察哈尔大汗札萨克图于1557—1593年间在位，他信奉喇嘛教，并在佛教教义的基础上颁布了一部新的蒙古法典。林丹大汗是他的继承人，他统治期间还修建了一些寺庙，并让人将《甘珠尔经》由藏文翻译为蒙古文。早在1558年，喀尔喀人就开始信奉西藏佛教，1602年，另一位活佛迈达里·胡土克图与他们一起生活在库伦地区。
阿勒坦汗和达延系其他王公们带领着其子民一同皈依西藏佛教，在他们看来，这是在追随忽必烈的脚步。然而，忽必烈信奉佛教时，蒙古人几乎已完成了对中国的征服。虽然阿勒坦汗一次次进攻长城，火烧北京城郊，但他的成果也就仅限于此。不过，随着喇嘛教的盛行，东蒙古人的性情立即松弛下来，在虔诚的西藏教权主义影响下，鄂尔多斯部和土默特部，还有察哈尔部和喀尔喀部很快丧失了阳刚之气。受这种佛教的影响，近代蒙古人开始走向衰落。
当蒙古人获得了这种精神上的超脱后，卡尔梅克人或是满族人认为，他们征服东蒙古人的时机已成熟。
六、满族对中国的征服
通古斯人统治着亚洲东北部的一片广袤地带：满洲（有满族、达呼尔族、高丽族、玛尼基尔族和比拉尔族）、俄属沿海省（奥罗奇人）、叶尼塞河中游东岸和西伯利亚地区的中通古斯卡河和下通古斯卡河流域（叶尼塞人和恰波吉尔人）和勒拿河与石勒喀河之间的维季姆地区（奥罗楚恩人）、从黑龙江到堪察加半岛附近的鄂霍次克海周围地区（基列人、萨马吉尔人、奥尔恰人、涅格达人、拉列基尔入、伊卡基尔入、拉穆特人、乌楚尔人等民族）。与人们长期以来的固有观念不同，这些民族在远东的古代史中默默无闻，一直到12世纪前的中世纪初期也是如此。唯一的例外是7世纪末时，通古斯人中的一个部落建立了渤海国，并一直持续到926年，它的疆域包括整个满洲和高丽最北部。渤海国的都城位于松花江支流的牡丹江畔宁古塔以南的忽汗城，渤海国象征着通古斯人第一个文明的政治实体。926年，契丹征服者阿保机灭亡了渤海国。
随着女真人的崛起，通古斯人第一次跻身于历史主流之中，通古斯人的女真各部落居住在山林中的乌苏里江流域，这片山林穿过了中国东北，还有俄属沿海各省。12世纪初，更准确地说是1113—1123年间，完颜氏族一位杰出的首领阿骨打率领着这些女真人，征服了包括东北、察哈尔和北部的契丹国，并征服了中国南宋长江以北的几乎所有省份，由此建立了通古斯人的第一个帝国，即金朝，北京是金朝的都城之一。金朝的政权从1122年持续到1234年，最后被成吉思汗的蒙古人灭掉。中国编年史记载了女真人勇敢的精神，最后一批女真人凭借这种精神与成吉思汗及其子窝阔台抗争，争夺着每一寸土地。因此，他们的失败也推迟了近二十五年。据这些编年史记载，连蒙古将军们也时常对这种绝境中的英雄主义赞叹不已。
中国的蒙古帝国灭亡后，明初，女真人分布于松花江与日本海之间，他们或多或少承认了明朝的宗主权。像他们11世纪的祖先一样，他们是一群与主流文化隔绝的森林氏族，靠着渔猎为生。1599年，他们的首领努尔哈赤将七个女真部落统一为一个汗国。1606年，建立了满族国。鄂多理是王室的第一个大本营，位于松花江支流忽尔卡河河源边，在后来的宁古塔城附近；然而，在此之前，努尔哈赤已经在更南方的位于沈阳东北方的长春居住，努尔哈赤四代祖先的墓地都在这里。到此时，满族各部仍使用女真文字，并将其归功于12世纪的金朝，它起源于中国的表意文字，但这种古汉字式的女真文字不足以准确表达通古斯语音。1599年，努尔哈赤修改了源于古回鹘字的蒙古字母，并对其加以利用。
不久后，努尔哈赤发现，万历皇帝（1573—1620年）统治下的明朝正逐渐走向衰落，1616年，努尔哈赤正式称汗。1621—1622年间，他夺取了当时名为盛京，如今称为沈阳的边境重镇，1625年，在此地建都。1622年，他占领了辽阳。1624年，他接受了蒙古族科尔沁部的归顺，当时科尔沁部在兴安岭以东和松花江拐弯处以西的地区过着游牧生活。1626年9月30日，努尔哈赤去世，在他的努力下，满洲已经成为一个有着严格军事组织的强大国家。
1626年，努尔哈赤之子皇太极继位。满洲人开始致力于实现统一，而蒙古人却破坏了他们现存的有限的统一。察哈尔汗林丹成了整个东蒙古人的大汗，他企图保留对这些部落的宗主权，却只是徒劳。鄂尔多斯部和土默特部站起来，反抗他的霸权。1627年，在喀喇沁和阿巴噶两部的援助下，鄂尔多斯首领额璘臣济农家族打败了林丹。鄂尔多斯部和土默特部不愿服从与他们同族的察哈尔汗，转而效忠于满族君主皇太极。满族人向林丹进军，他仓皇逃往西藏，并于1634年死在了那里。后来，察哈尔部也臣服于皇太极，皇太极允许由林丹家族继续担任首领。1635年，林丹之子额哲洪果尔承认了皇太极的宗主权，同年，皇太极还接受了鄂尔多斯部首领额璘臣济农的归顺。1649年，鄂尔多斯部被重新编成六个旗，每一旗都由出身于成吉思汗后裔的衮必里克墨尔根济农家族的宗王统治。如此一来，整个内蒙古都处于满族帝国的统治之下。从此，察哈尔、土默特和鄂尔多斯诸汗与满族王朝密切地联系在一起，这种封建效忠的纽带一直持续到1912年大清王朝灭亡。
现在，满族人统治了全中国，和之前的蒙古人相比，他们更加适应中国的环境。满族的首领依次是1643—1661年在位的顺治；顺治死后1661—1669年，以其年幼之子康熙名义进行统治的摄政王们；1669—1722年在位的康熙；1723—1735年在位的康熙之子雍正；1736—1769年在位的雍正之子乾隆，他们无不以地地道道的合乎中国传统的“天子”身份行事。较之忽必烈及其后裔，他们更适应这一角色。13—14世纪，统治中国的成吉思汗族皇帝们在成为天子以后，仍然是蒙古大汗，当他们成为中国的统治者时，他们仍是成吉思汗的继承人，仍是突厥斯坦、波斯和俄罗斯诸汗国的宗主，他们的堂兄弟察合台家族、旭烈兀家族和术赤家族仍统治着那些汗国。而对满族人而言，他们更专注于中国的帝国，这就是为何他们在精神上比忽必烈家族更彻底地汉化。历史证明，满族人不像忽必烈后裔那样，被赶出中国，他们被同化了。1912年，中国人推翻了他们的王朝，而原满族征服者因为长期同化已融入了中国主体。虽然帝国推行种种法令以保护其种族的纯洁性，然而，同化不仅发生在原明朝的土地上，也发生在满洲本土，在那里，来自河北或山西的居民同化或取代了通古斯人。根据人种地理学的显示，该地区现在已完全是中国人的土地了。
东蒙古人，更准确地说是内蒙古人，在满族人占领北京前九年，也就是1635年给予了满族王朝支持，帮助满族王朝取得了胜利。此后，当满族政权巩固时，对这些东蒙古人中的一部分作了重新考虑。忽必烈后裔长支之首察哈尔汗布尔尼试图发动叛乱，反对康熙帝。1675年，他同其邻部土默特人开战，但没多久就被清军击溃并成为俘虏。这是内蒙古发生的最后一次骚乱，从此，内蒙古各旗即东蒙古彻底归顺于清王朝。
七、17世纪的西蒙古人
东蒙古人归顺之后，一直试图复辟成吉思汗帝国的西蒙古人成了清朝最大的敌人。西蒙古人在15世纪的历史长河中叱咤风云，从1434—1552年间，统治着整个蒙古地区，此后，以土默特部首领阿勒汗为代表的东蒙古人打败了他们，并把他们赶到了科布多地区。而在科布多，他们又被一位喀尔喀王公阿勒坦汗打败，所以只能前往更西方的塔尔巴哈台。
此外，额森台吉汗于1455年去世后，卫拉特联盟，也就是西蒙古人的联盟逐渐瓦解[ 西蒙古汗国由四个盟邦民族组成。]。根据乾隆帝时期提供的材料，下面将简述这四个民族的历史，它们分别是绰罗斯部、杜尔伯特部、土尔扈特部与和硕特部，还有臣属于杜尔伯特部的辉特部。以上四部在政治上关联不大，但它们都属于“四联盟”，即杜尔本·卫拉特的总称号之下。
17世纪初，阿勒坦汗率领喀尔喀人驱逐卫拉特四部，最终导致民族大迁徙。在阿勒坦汗的压力下，绰罗斯部从科布多向西来到了叶尼塞河上游，土尔扈特人也进一步向西前进。1616年，土尔扈特首领和鄂尔勒克放弃了准噶尔地区，踏上了西进的道路，穿过了咸海和里海以北的吉尔吉斯—哈萨克草原。他们先后被小帐的吉尔吉斯—哈萨克人和诺盖部阻拦在恩巴河西岸和阿斯特拉罕附近，最终，和鄂尔勒克打败了这两部。1620年，他将女儿嫁给了失必儿汗国昔班朝末代可汗库程之子伊施姆汗，得到了他的庇护。随后，土尔扈特部开始向西南方向迁移，1632年起，土尔扈特人开始在伏尔加河下游定居。1639年，和鄂尔勒克征服了里海以东的曼吉什克半岛山区的土库曼人，此后，该地区就一直归顺于和鄂尔勒克家族。1643年，和鄂尔勒克将其部落大约五万帐迁移至阿斯特拉罕附近，之后，他与那里的地区居民发生纠纷，在一次战斗中被杀。
但这件不幸的事情并没有阻止土尔扈特人的步伐，他们继续占领了从伏尔加河河口到曼吉格什拉特半岛之间的里海北部草原，并劫掠了包括赫扎拉斯普、柯提和乌尔根赤在内的乞瓦汗国诸城。在和鄂尔勒克的孙子明楚克汗（1667—1670年）统治期间，土尔扈特人把三个土库曼部落从曼吉什拉特半岛驱逐到高加索。另一方面，土尔扈特人开始与俄罗斯结交，并于1656年和1662年两次承认其宗主权。明楚克之子阿玉奇汗（1670—1724年在位）统治期间，亲俄政策进一步加强。1673年2月26日，他在阿斯特拉罕拜访了莫斯科长官，承认自己作为沙皇的属臣地位，因而得到盛大的款待。俄国希望利用他们对付克里米亚人，以及乌拉尔河畔的巴什基尔人和库班的诺盖人。然而，俄国人与土尔扈特人之间也有过一些纠纷，比如，1682年时，俄国人提出让阿玉奇交出一个人质，阿玉奇不仅不从，还反叛俄国，并对喀山发动了一场掠夺性的远征，此后，他再次归顺于沙皇。1693年，阿玉奇以俄国人的名义，先后对巴什基尔人和诺盖人开战，并取得了胜利。1722年，彼得一世肯定了他的功绩，并在萨拉托夫热情地接见了他。
总而言之，处于俄国保护下的土尔扈特部日益繁荣。1770年，受某些俄国代理人的愚蠢行为的影响，渥巴锡汗被迫率其部向中亚撤退，此时，汗国的疆域从乌拉尔河一直到顿河，从察里津一直到高加索。1771年1月5日，土尔扈特部大撤退，有七万多户卷入这次迁移，他们渡过乌拉尔河，历经千辛万苦，最终抵达图尔盖。在图尔盖，奴儿·阿里汗率领的小帐和阿布赖率领的中帐吉尔吉斯—哈萨克人先后发起进攻。最后，当这些不幸的移民跋山涉水，来到巴尔喀什湖时，喀喇吉尔吉斯人，又称为布鲁特人又攻击了他们。那些幸存下来的人最终抵达伊犁河谷，在那里，中国政府安置了他们。
八、西藏教会的保护者：柴达木和青海地区的和硕特汗国
当土尔扈特人开始在威海—里海草原上创建新的帝国时，卫拉特人，或卡尔梅克人的另一支则把目光投向了西藏。
17世纪最初的二十五年间，在喀尔喀人的压力下，杜尔本·卫拉特人远走西方。其结果是，和硕特部在额尔齐斯河畔、斋桑湖周围扎营，范围一直延伸到雅米谢威斯克。约1620年，其首领拜巴噶斯巴图尔崇信西藏黄派喇嘛教，在他热情而虔诚的鼓动下，另外的三个卡尔梅克王绰罗斯部首领哈剌忽剌、杜尔伯特部的达赖台吉和土尔扈特部首领和鄂尔勒克分别派出他们的一个儿子，前往西藏学习喇嘛教。后来，拜巴噶斯的两个儿子继位，车臣汗鄂齐尔图统治斋桑湖地区，阿巴赖台吉统治塞米巴拉金斯克地区的额尔齐斯河流域。阿巴赖台吉也是一位虔诚的佛教徒，他在额尔齐斯河以西的塞米巴拉金斯克和塔拉之间建了一座喇嘛寺庙。
1636年，拜巴噶斯的弟弟顾实汗来到青海湖附近，在青海周边和柴达木开辟了一片领地。他在西藏东部的喀木扩张自己的领土，该地区最后臣服于他的世俗权力之下，并视黄教为精神权威。与和硕特部其他诸王一样，顾实汗也是虔诚的喇嘛教徒，当时，也就是1630—1636年间，原红教的保护者西藏第巴藏巴王占据了拉萨，黄教正遭受着巨大的威胁。黄教首领达赖喇嘛阿旺·罗卜藏向顾实汗求援，顾实汗匆忙赶来，组织了一个同盟保卫黄教。卡尔梅克人其余各支的王公都参与了该联盟，包括顾实汗的侄儿、斋桑湖地区和塞米巴拉金斯克的鄂齐尔图和阿巴赖台吉；绰罗斯部首领巴图尔洪台吉，他当时统治着乌伦古河流域、额尔齐斯河流域和塔尔巴哈台的叶密立河流域；甚至连土尔扈特首领和鄂尔勒克也加入了，当时他正在夺取威海和里海以北的草原。但是，只有顾实汗和其兄弟昆都伦乌巴什担负着战斗的任务。约1639年左右，他发起了第一次远征，深入西藏，并击败了达赖喇嘛的所有敌人。第二次战役约在1642年展开，他俘虏了第巴藏巴，攻克拉萨，并拥立达赖喇嘛阿旺·罗卜藏为西藏中部乌斯藏的君主。作为和硕特部王所授予的世俗权力的标志，罗卜藏于1643—1645年间在原西藏储王的王宫，即拉萨布达拉宫地址上建立了住所。与此同时，顾实汗已经成为青海、柴达木和北部西藏的君主，并得到了大祭司的承认，成为拉萨地区黄教的保护者以及世俗权力的代表，直到1656年去世。正如北京宫廷所称呼的那样，他是西藏的可汗。
顾实汗死后，其子达延汗（1670—1700年在位）继承了青海和柴达木的和硕特王国，及其在西藏的保护国。同时，达延汗之子拉藏汗（1700—1717年在位）也是一位热忱的黄教保护者，他克忠职守，并积极召开会议选举活佛。为了反对专权的大臣桑结嘉措，他不得不干涉西藏事务，因为该大臣借年幼的达赖喇嘛的名义进行极端统治。1705—1706年间，拉藏汗进入拉萨，处死了这位大臣，并废黜了小达赖喇嘛，让一个更加顺从于他的人取而代之。青海和塔里木地区的和硕特部统治者，无论是顾实汗，还是拉藏汗，都与西藏教廷有着千丝万缕的联系。
黄教在中亚和远东事务中影响巨大，和硕特部首领的地位也因此格外崇高，这种崇高的地位必然招致他人嫉妒。卡尔梅克人的另一支部落，即绰罗斯部成了准噶尔地区最强大的一支，他们想努力维护这种重要的地位。1717年，绰罗斯部首领大策凌敦多布进军西藏，连续三个月的时间，拉藏汗将绰罗斯人堵在了纳木错湖以北，后来因为兵力悬殊，被迫向拉萨撤退。12月2日，大策凌敦攻克西藏，并将拉藏汗驱逐出拉萨。于是，和硕特对西藏的保护终结了，然而，那些追随着顾实汗从额尔齐斯河而来的和硕特部民依然构成了柴达木地区居民的基本成分，另外三个和他们同种族的部族则继续生活在青海东北部和西部，以及青海东南部的索克巴地区的鲁仓和拉加寺。
在鄂齐尔图彻辰和阿巴赖两兄弟的统治下，继续生活在斋桑湖附近的额尔齐斯河畔的和硕特人饱受兄弟二人的互相倾轧之苦。战败后，阿巴赖离开了此地，并开始与土尔扈特人争夺乌拉尔河与伏尔加河之间的草原，1670年俘虏了土尔扈特首领明楚克。然而，土尔扈特人立即采取了报复行动，他们俘虏了阿巴赖，并驱散了他的部落。绰罗斯部首领噶尔丹攻击了留在斋桑湖一带的鄂齐尔图，并于1677年处死了他，他的一些部民归顺了噶尔丹，其余人则投奔了在柴达木和青海地区生活的和硕特人。
九、绰罗斯王朝下的准噶尔王国：巴图尔洪台吉的统治
和土尔扈特部与和硕特部一样，卫拉特部落的绰罗斯人和杜尔伯特人都被喀尔喀人赶出了蒙古西北部。之后，在后来成为科布多省的乌布萨泊地区，绰罗斯人与喀尔喀人的阿勒坦汗再次交战，又被打败，该部于1620年解散。其中的一些人跟着杜尔伯特部的一部分人向北前进，来到西伯利亚，进入了乌拉拉周围的鄂毕河上游山区，后来苏联人在那里组成了一个卫拉特自治共和国，有的人甚至去了更远的北方，抵达了楚麦什河和鄂毕河汇合处。但是，大多数绰罗斯人还有追随他们的杜尔伯特人来到了塔尔巴哈台附近，定居于黑额尔齐斯河、乌伦古河、叶密立河和伊犁河流域。而在同时期，土尔扈特部和和硕特部已分别迁往里海以北和青海地区。因此，在杜尔伯特部和辉特部属臣们的帮助下，绰罗斯人的可汗们能重建卫拉特国，也就是后人们所称呼的准噶尔国。“准噶尔”这一名称指的是绰罗斯人及其联盟者，即服从于绰罗斯诸汗的杜尔伯特部人和辉特部人。
重新去征服蒙古之前，绰罗斯首领哈喇忽剌遏制住了其部民的瓦解，并将他们安置在塔尔巴哈台地区，他死于1634年。其子巴图尔洪台吉在位期间（1634—1653年），将准噶尔人安置在塔尔巴哈台，并在叶密立河畔的和布克赛尔附近建立了一座用石头堆砌而成的都城。据考朗特记：“有时，他居住在新都城内，有时，则在伊犁河畔或科布多西南地区安营扎寨，他很乐意接见外国王公派来的使者和西伯利亚巡抚的使者，这位曾经的游牧武士正在向一位立法并发展贸易和农业的王公转变。”
当时大帐吉尔吉斯—哈萨克人的游牧地位于西起突厥斯坦城，东至伊犁河之间的区域，巴图尔洪台吉对他们发动了几次远征，并获得了胜利。1635年，他在一次反大帐可汗伊施姆的远征中，俘虏了其子叶汗吉尔，但很快就被他逃脱。1643年，巴图尔再次向叶汗吉尔进军，当时叶汗吉尔已成为苏丹。巴图尔在和硕特部首领鄂齐尔图和阿巴赖的帮助下，打败了叶汗吉尔。
十、噶尔丹的统治：准噶尔帝国的建立
据波兹尼夫记载，1653年，巴图尔洪台吉去世，其子僧格夺取了准噶尔部王位。但在1671年，僧格的两个兄弟车臣汗和卓特巴巴图尔杀死了他。之后，巴图尔洪台吉的四子噶尔丹被送往拉萨的达赖喇嘛处，成了寺院教士。约1676年，达赖喇嘛给予噶尔丹宗教特许权，接着，他从拉萨返回，在斋桑湖地区的和硕特部汗鄂齐尔图的支持下，噶尔丹杀死了车臣汗，并赶走了卓特巴巴图尔，成为绰罗斯人的可汗以及其他准噶尔部落的宗主。
然而，1677年，噶尔丹却调转矛头，前去攻打鄂齐尔图，打败并杀死了他，还兼并了他的领土和一部分部民，并将剩下的部民向甘肃方向驱赶。
通过这次政变，噶尔丹巩固了准噶尔国政权，其疆域从伊犁河延续到科布多以南，国内包括杜尔伯特部人、和硕特部残余和辉特部人，简而言之，就是所有未迁走的卫拉特人。如此一来，噶尔丹开始了雄心勃勃地征服中亚计划。
他的第一个目标是喀什噶尔，和卓家族逐渐削弱了该地察合台诸汗的势力，并狡猾地取而代之。于是，该地白山派和黑山派的两个和卓家族掌握了实权，前者统治喀什城，后者统治叶儿羌。约1677年，察合台末代汗伊斯迈尔起而反抗，白山派首领哈司剌·阿巴克和卓逃往喀什避难。噶尔丹抓住这个时机，于1678—1680年间顺利地攻占了喀什噶尔，俘虏了伊斯迈尔汗，并将其送往伊犁河畔的固尔扎监禁了起来。
但噶尔丹并没有满足于让阿巴克和卓作为喀什长官复位，他还进攻了另一支和卓家族，也就是敌对的黑山派，顺利拿下了叶儿羌。这样一来，叶儿羌也落入了阿巴克手中。于是，喀什噶尔成了准噶尔人的保护国，在这里，和卓们不过是绰罗斯汗的地方官。阿巴克死后，白山派和黑山派又陷入无休无止的争吵中。准噶尔人将白山派的阿哈玛特和卓和黑山派的丹尼雅尔和卓囚禁起来，逼迫他们达成协议。1720年，丹尼雅尔当选为喀什噶尔长官，住在叶儿羌，但条件是他必须前往固尔扎觐见准噶尔洪台吉，并承认自己的属臣身份。此外，准噶尔贵族们还占有了喀什噶尔的大片土地。
征服喀什噶尔后，噶尔丹于1681年又侵占了吐鲁番和哈密，此前，东察合台后裔的一支居住在那里。如今，噶尔丹的目标是重谱成吉思汗国的史诗，他鼓励所有蒙古人，让他们参与到侵占满族人的远东帝国的战争中来。
为了让蒙古人团结起来，噶尔丹想将四位喀尔喀汗纳为他的属臣。不过，喀尔喀汗之间的争吵，尤其是札萨克图汗和土谢图汗之间的仇视，是非常激烈的。看准了这一点，噶尔丹就开始大力支持札萨克图汗，反对土谢图汗，但没过多久，土谢图汗察珲多尔济的部队，就在其弟哲布尊丹巴统率下，战胜了札萨克图汗沙喇，在逃亡时，沙喇淹死。接着，土谢图汗的军队进入了准噶尔的领地，并杀死了噶尔丹的一位兄弟。
噶尔丹迅速做出反应—1688年初，他进军土谢图汗的领土，在鄂尔浑河支流塔米尔河畔歼灭了土谢图汗军，这象征着准噶尔人正在取代东蒙古人，成为蒙古各族的首领。土谢图汗从噶尔丹那里逃走后，与另外几位喀尔喀汗逃往库库河屯附近，也就是山西西北边境的土默特部境内。当时，该地已处于清朝的保护之下，他们向满族人康熙帝求救。与此同时，征服了鄂尔浑河和土兀剌河地区后，噶尔丹一路南下，于1690年春天，来到克鲁伦河流域，直抵满洲的边境地区。
